TABLE 1.
MY09/11 sequence alignmentsa
| Sequence name and HPV type |
Sequence (5′-3′) |
|---|---|
| MY09 | CGT CCM ARR GGA WAC TGA TC |
| HPV-6 | ... ... ... ... ... ... .. |
| HPV-11 | ... ... ... ... ... ... .. |
| HPV-16 | ... ..T ... ... ... ... .. |
| HPV-18 | ... ... ... ... ..T ... .. |
| HPV-26 | ..C ..T ..T ... ..T ... .. |
| HPV-31 | ..A ... ..T ... ... ... .. |
| HPV-33 | ... ... ... ... ... ... .. |
| HPV-35 | ..G ... ..C ... ... ... .. |
| HPV-39 | ... ... ... ..G ..T ... .. |
| HPV-40 | ... ..T ..T ... ..T ... .. |
| HPV-42 | .TA ..T ... ... ..T ... .. |
| HPV-45 | ..A ... ... ... ..T ... .. |
| HPV-52 | .TA ..T ... ... ... ... .. |
| HPV-53 | .TG ... ... ... ... ... .. |
| HPV-55 | .TA ... ... ... ..T ... .. |
| HPV-56 | .TA ... ..T ... ..T ... .. |
| HPV-58 | ... ... ... ... ... ... .. |
| HPV-59 | ... ... ... ... ... ... .. |
| MY11 | GCM CAG GGW CAT AAY AAT GG |
| HPV-6 | ... ... ... ... ... ... .. |
| HPV-11 | ..T ... ... ... ... ... .. |
| HPV-16 | ... ... ..C ..C ... ... .. |
| HPV-18 | ... ... ... ... ... ... .. |
| HPV-26 | ... ... ... ... ... ... .. |
| HPV-31 | ..T ... ... ..C ... ... .. |
| HPV-33 | ... ..A ... ... ... ... .. |
| HPV-35 | ... ..S ..C ... ... ... .. |
| HPV-39 | ... ... ..C ..C ... ... .. |
| HPV-40 | ... ... ..C ... ... ... .. |
| HPV-42 | ... ..A ... ..C ... ... .. |
| HPV-45 | ... ... ..C ... ... ... .. |
| HPV-52 | ..G ... ..C ..C ... ... .. |
| HPV-53 | ... ... ... ... ... ... .. |
| HPV-55 | ..G ... ..C ..C ... ... .. |
| HPV-56 | ... ..A ..C ... ... ... .. |
| HPV-58 | ... ..A ... ... ... ... .. |
| HPV-59 | ..T ... ... TTA ... ... .. |
a
The primer sequences are in boldface type with the corresponding HPV sequence alignments underneath. Nucleotide homology is indicated with a period, and mismatches are indicated with the nucleotide change in the corresponding sequence. The degenerate base code is as follows: M = A or C, W = A or T, Y = C or T, and R = A or G.