TABLE 1.

Lists of plant families used for SQTLs detection for each of the plant families for which initial QTLs were retrieved.

Initial QTLs families	Plant families selected for SQTL detection
Brassicaceae	Brassicaceae, Malvaceae, Cleomaceae, Anacardaceae, Actinidiaceae, Myrtaceae
Fabaceae	Fabaceae, Salicaceae, Moraceae, Rhamnaceae, Linaceae, Cannabaceae, Euphorbiaceae, Rosaceae, Vitaceae, Cucurbitaceae, Crassulaceae, Nelumbonaceae, Ranunculaceae, Myrtaceae, Papaveraceae, Lythraceae, Anacardaceae, Rutaceae, Malvaceae, Brassicaceae, Cleomaceae, Amaranthaceae, Actinidiaceae, Convolvulaceae, Solanaceae, Rubiaceae, Oleaceae, Pedaliaceae, Phrymaceae, Asteraceae, Apiaceae
Myrtaceae	Lythraceae, Anacardaceae, Rutaceae, Malvaceae, Cucurbitaceae, Rosaceae, Rhamnaceae, Fabaceae, Actinidiaceae, Salicaceae, Rubiaceae, Vitaceae, Oleaceae, Pedaliaceae, Phrymaceae, Apiaceae
Salicaceae	Salicaceae, Linaceae, Fabaceae, Euphorbiaceae, Moraceae, Rhamnaceae, Vitaceae, Cannabaceae, Rosaceae, Crassulaceae, Cucurbitaceae, Nelumbonaceae, Ranunculaceae, Papaveraceae, Myrtaceae, Lythraceae, Anacardaceae, Rutaceae, Malvaceae, Brassicaceae, Cleomaceae, Amaranthaceae, Lauraceae, Theaceae, Amborellaceae, Actinidiaceae, Convolvulaceae, Solanaceae, Rubiaceae, Oleaceae, Pedaliaceae, Phrymaceae, Asteraceae, Apiaceae
Poaceae	Arecaceae, Araceae, Bromeliaceae, Asparagaceae, Orchidaceae, Musaceae, Poaceae

The selection of plant families was based on the synteny level of the different initial QTLs against the 151 species of the project, as described in paragraph “Filtering the Syntenic Quantitative Trait Loci Network”.