. 2021 Jun 18;71(2):334–352. doi: 10.1093/sysbio/syab047

Table 4.

(MSci A00 Inline graphic , high rate, shallow) Relative root mean square error (rRMSE) for parameter estimates under the Deep MSci model (Fig. 2c) with or 0.3 at the high mutation rate and


Truth	1	1	1	1	1	1	1	3	1	2	0.1	0.3
= 0.1
F, 10L	0.28	0.24	0.34	0.24	0.45	0.36	0.25	0.15	0.45	0.17	0.42	-
D, 10L	0.31	0.25	0.36	0.24	0.48	0.36	0.22	0.16	0.46	0.18	0.41	-
P, 10L	0.27	0.22	0.28	0.27	0.50	0.51	0.27	0.15	0.45	0.22	0.43	-
R, 10L	0.99	0.86	1.49	0.31	0.37	0.25	0.23	0.36	1.12	0.46	0.47	-
F, 20L	0.24	0.21	0.28	0.18	0.40	0.35	0.28	0.10	0.41	0.13	0.46	-
D, 20L	0.26	0.22	0.31	0.18	0.43	0.33	0.26	0.11	0.43	0.14	0.45	-
P, 20L	0.24	0.20	0.26	0.26	0.39	0.49	0.38	0.11	0.46	0.17	0.54	-
R, 20L	1.09	0.73	1.75	0.27	0.32	0.25	0.22	0.30	1.04	0.41	0.53	-
F, 50L	0.17	0.12	0.18	0.13	0.24	0.27	0.39	0.07	0.33	0.08	0.53	-
D, 50L	0.18	0.13	0.20	0.13	0.27	0.27	0.32	0.07	0.38	0.09	0.51	-
P, 50L	0.31	0.13	0.34	0.22	0.21	0.41	0.29	0.09	0.60	0.14	0.68	-
R, 50L	1.18	0.63	1.50	0.22	0.23	0.26	0.24	0.26	0.90	0.38	0.64	-
F, 100L	0.12	0.08	0.13	0.09	0.18	0.23	0.32	0.04	0.27	0.06	0.59	-
D, 100L	0.14	0.08	0.16	0.09	0.19	0.24	0.30	0.04	0.33	0.06	0.57	-
P, 100L	0.39	0.11	0.42	0.21	0.15	0.42	0.23	0.09	0.72	0.14	0.74	-
R, 100L	1.27	0.59	1.60	0.19	0.20	0.21	0.23	0.23	0.73	0.35	0.73	-
= 0.3
F, 10L	0.30	0.27	0.31	0.21	0.35	0.35	0.30	0.15	0.34	0.16	-	0.48
D, 10L	0.31	0.29	0.41	0.22	0.40	0.35	0.28	0.16	0.35	0.17	-	0.49
P, 10L	0.27	0.24	0.27	0.22	0.48	0.55	0.35	0.15	0.48	0.21	-	0.44
R, 10L	1.03	0.93	1.83	0.32	0.37	0.28	0.24	0.36	1.11	0.49	-	0.57
F, 20L	0.24	0.18	0.26	0.18	0.35	0.28	0.37	0.09	0.30	0.12	-	0.39
D, 20L	0.28	0.20	0.33	0.19	0.33	0.27	0.33	0.10	0.33	0.13	-	0.40
P, 20L	0.26	0.17	0.29	0.21	0.45	0.47	0.42	0.10	0.52	0.18	-	0.37
R, 20L	1.04	0.69	1.69	0.30	0.30	0.26	0.24	0.31	1.08	0.44	-	0.51
F, 50L	0.18	0.12	0.16	0.11	0.22	0.28	0.48	0.05	0.21	0.10	-	0.27
D, 50L	0.20	0.12	0.19	0.11	0.21	0.29	0.49	0.06	0.25	0.10	-	0.30
P, 50L	0.28	0.13	0.34	0.20	0.26	0.53	0.56	0.09	0.60	0.17	-	0.33
R, 50L	0.97	0.61	1.56	0.24	0.21	0.24	0.25	0.29	1.07	0.41	-	0.38
F, 100L	0.11	0.09	0.11	0.08	0.15	0.20	0.42	0.04	0.15	0.08	-	0.20
D, 100L	0.12	0.10	0.14	0.08	0.14	0.20	0.49	0.04	0.19	0.08	-	0.21
P, 100L	0.34	0.12	0.41	0.20	0.19	0.47	0.37	0.09	0.66	0.15	-	0.34
R, 100L	0.87	0.59	1.50	0.22	0.18	0.17	0.30	0.27	1.06	0.39	-	0.32

Note: Truth represents the true parameter values used in the simulation; values for Inline graphic and are . Results for other simulation settings are in Supplementary Tables S12–S18 available on Dryad.