Table 2.
Sequence variations of the SARS-CoV-2 Mpro cleavage sites of the polyprotein. The P5-P5’ cleavage site residues are shown, the circulating variants are indicated, and the variant counts are shown in parentheses based on COVID-3D resource. n.a., data are not available; -, no variant at this position is included in the database.
| P5 | P4 | P3 | P2 | P1 | P1’ | P2’ | P3’ | P4’ | P5’ | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| nsp4-nsp5 | S | A | V | L | Q | S | G | F | R | K |
| S496L (3) | A497S (1) | V498I (25) | L499A (1) | - | - | - | F3L (1) | R4K (11) | K5E (1) | |
| V498F (1) | R4G (1) | |||||||||
| nsp5-nsp6 | G | V | T | F | Q | S | A | V | K | R |
| G302C (8) | V303I (4) | T304I (54) | F305L (1) | Q306H (4) | S1N (127) | - | V3M (25) | K4E (36) | R5G (13) | |
| G302S (1) | V303G (1) | T304N (35) | F305C (1) | Q306R (1) | V3L (10) | K4R (21) | ||||
| T304P (1) | V3I (5) | K4Q (6) | ||||||||
| V3A (4) | K4G (1) | |||||||||
| nsp6-nsp7 | V | A | T | V | Q | S | K | M | S | D |
| V286I (22) | A287T (35) | T288I (22) | V289L (20) | Q290H (90) | - | K2R (4) | M3I (1096) | S4A (7) | D5A (7) | |
| V286L (8) | A287V (32) | T288A (3) | V289I (7) | K2E (2) | M3T (12) | S4L (3) | D5E (4) | |||
| A287S (2) | T288S (3) | V289E (1) | M3V (3) | |||||||
| A287D (1) | T288N (2) | |||||||||
| nsp7-nsp8 | R | A | T | L | Q | A | I | A | S | E |
| R79M (5) | A80V (250) | T81I (257) | L82S (2) | Q83H (3) | - | I2V (20) | A3V (26) | S4L (37) | E5D (8) | |
| R79G (4) | A80T (8) | T81A (4) | I2M (6) | A3S (3) | S4T (5) | |||||
| R79S (1) | I2T (3) | A3T (2) | S4A (1) | |||||||
| R79K (1) | I2L (2) | A3D (1) | ||||||||
| nsp8-nsp9 | A | V | K | L | Q | N | N | E | L | S |
| A194V (74) | V195I (35) | - | - | Q198H (31) | - | - | - | - | S5G (11) | |
| V195F (3) | S5N (5) | |||||||||
| V195A (1) | S5R (1) | |||||||||
| nsp9-nsp10 | T | V | R | L | Q | A | G | N | A | T |
| T109I (287) | V110L (1) | R111H (1) | L112T (1) | Q113R (1) | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | |
| T109R (1) | V110N (1) | R111C (1) | ||||||||
| nsp10-nsp11 | E | P | M | L | Q | S | A | D | A | Q |
| n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | n.a. | A2V (44) | D3G (12) | A4V (54) | Q5P (1) | |
| A2T (5) | D3N (6) | A4T (4) | Q5K (1) | |||||||
| A2S (5) | D3E (1) | A4S (1) | Q5L (1) | |||||||
| A2D (2) | A4E (1) | Q5R (1) | ||||||||
| nsp11-nsp12 | H | T | V | L | Q | A | V | G | A | C |
| H928Y (100) | T929I (2) | V930I (14) | L931T (1) | Q932H (41) | - | V2I (3) | G3R (1) | A4V (152) | C5S (1) | |
| H928Q (4) | T929A (1) | V930F (1) | L931Y (1) | A4S (41) | ||||||
| H928L (2) | T929S (1) | V930L (1) | A4T (1) | |||||||
| nsp12-nsp13 | V | A | T | L | Q | A | E | N | V | T |
| V597L (13) | A598S (6763) | T599I (744) | L600Y (1) | Q601H (2) | - | E2A (1) | N3T (6) | V4L (5) | T5I (9) | |
| V597A (11) | A598V (418) | T599N (10) | Q601K (1) | E2G (1) | N3S (2) | V4I (4) | T5A (6) | |||
| V597M (3) | A598T (10) | T599A (1) | E2K (1) | N3H (1) | V4A (1) | |||||
| V597W (1) | A598E (1) | T599L (1) | E2Q (1) | N3I (1) | ||||||
| A598L (1) | E2V (1) | |||||||||
| A598Q (1) | ||||||||||
| nsp13-nsp14 | F | T | R | L | Q | S | L | E | N | V |
| F523C (1) | T524I (114) | R525K (32) | L526F (2) | Q527P (1) | - | - | - | - | - | |
| F523L (1) | T524A (2) | R525I (3) | L526P (1) | |||||||
| T524Q (1) | R525D (1) |