Skip to main content
. 2020 Nov 6;23(2):609–625. doi: 10.1093/biostatistics/kxaa045

Table 1.

Mean and standard deviation (SD) of estimates from the various estimation methods. Scenario 1 (Inline graphic) has Inline graphic covariates of which either 1, 2, or 4 are truly pleiotropic. Scenario 2 (Inline graphic) has Inline graphic covariates of which either 7, 21, or 35 are truly pleiotropic.

    Inline graphic Inline graphic
  1 / 7 Covariates 2 / 21 Covariates 4 / 35 Covariates 1 / 7 Covariates 2 / 21 Covariates 4 / 35 Covariates
Inline graphic Method Mean SD Mean SD Mean SD Mean SD Mean SD Mean SD
Sparsity in the covariate effects on the outcome
10 IVW 0.219 0.077 0.240 0.103 0.289 0.146 0.024 0.075 0.040 0.105 0.086 0.142
  Reg 0.204 0.060 0.203 0.066 0.217 0.090 0.005 0.053 0.007 0.063 0.012 0.088
  Post-reg 0.201 0.066 0.198 0.073 0.210 0.096 0.004 0.059 0.003 0.070 0.006 0.099
  MV-All 0.198 0.282 0.188 0.239 0.196 0.252 0.007 0.259 0.000 0.209 -0.015 0.314
  Oracle 0.199 0.030 0.198 0.037 0.198 0.058 0.000 0.027 0.001 0.033 0.000 0.048
80 IVW 0.290 0.110 0.478 0.194 0.678 0.243 0.095 0.110 0.279 0.199 0.480 0.238
  Reg 0.200 0.050 0.214 0.080 0.231 0.113 0.014 0.045 0.035 0.079 0.053 0.106
  Post-reg 0.181 0.060 0.184 0.088 0.185 0.121 0.003 0.055 0.013 0.084 0.018 0.117
  MV-All 0.167 0.178 0.169 0.194 0.160 0.223 -0.005 0.157 0.003 0.192 0.001 0.211
  Oracle 0.192 0.032 0.189 0.054 0.180 0.083 0.002 0.029 0.004 0.050 0.006 0.078
Sparsity in the genetic effects on the covariates
10 IVW 0.219 0.077 0.240 0.104 0.288 0.146 0.020 0.076 0.040 0.103 0.089 0.146
  Reg 0.203 0.046 0.204 0.057 0.215 0.089 0.003 0.044 0.005 0.055 0.013 0.086
  Post-reg 0.201 0.047 0.200 0.061 0.207 0.094 0.001 0.044 0.002 0.057 0.005 0.092
  MV-All 0.197 0.176 0.199 0.172 0.204 0.199 0.000 0.164 0.000 0.146 0.002 0.171
  Oracle 0.199 0.032 0.198 0.039 0.198 0.060 0.000 0.028 -0.001 0.035 -0.001 0.053
80 IVW 0.290 0.112 0.478 0.194 0.678 0.243 0.096 0.112 0.284 0.193 0.484 0.243
  Reg 0.212 0.056 0.237 0.087 0.253 0.118 0.020 0.052 0.047 0.082 0.068 0.112
  Post-reg 0.197 0.053 0.208 0.083 0.207 0.116 0.007 0.049 0.022 0.079 0.027 0.112
  MV-All 0.188 0.124 0.194 0.168 0.175 0.202 -0.001 0.116 0.011 0.158 -0.002 0.187
  Oracle 0.191 0.040 0.189 0.063 0.180 0.092 0.001 0.037 0.006 0.059 0.003 0.086