Table 5.
Genes detected by short-read next-generation sequencing that confer antimicrobial resistance (AMR) to tetracycline and trimethoprim.
| Isolate | AMR genes conferring tetracycline resistance | AMR genes conferring trimethoprim resistance | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| tetM | tetU | dfrC | dfrE | dfrF | dfrG | |||||
| EF01 | - | - | - | - | - | - | ||||
| EF02 | - | - | - | - | - | - | ||||
| EF03 | + | - | - | - | - | + | ||||
| EF04 | + | - | - | - | - | + | ||||
| EF05 | - | - | - | - | - | - | ||||
| EF06 | - | - | - | - | - | - | ||||
| EF07* | - | - | - | - | - | + | ||||
| EF08 | + | + | - | - | - | + | ||||
| EF09 | - | - | - | - | - | - | ||||
| EF10 | - | - | - | - | - | - | ||||
| EF11 | - | - | - | - | - | - | ||||
| EF12 | - | - | - | - | - | - | ||||
| EF13* | - | - | - | - | - | - | ||||
| EF14 | - | - | - | - | - | - | ||||
| EF15 | - | - | - | - | - | - | ||||
| EF16* | + | - | - | - | - | - | ||||
| EF17 | - | - | - | - | - | - | ||||
| EF22 | - | - | - | - | - | - | ||||
| EF23† | - | - | - | - | - | - | ||||
| Total | 4 | 1 | 0 | 0 | 0 | 4 | ||||
| 4 | 4 | |||||||||
*Enterococcus faecalis.
†Enterococcus casseliflavus.