Table 2.

MM-PBSA analyses of the four selected drug candidates against the multiple targets of SARS-CoV-2.

Drug name	Protein	vdW. energy	Elec. energy	Polar solvation energy	SASA energy	Binding energy
Venetoclax	3CLpro	− 187.08	− 24.72	129.59	− 21.10	− 103.32
	PLpro	− 133.73	− 28.05	120.60	− 15.06	− 56.24
	NSP12	− 131.44	− 25.94	81.83	− 13.03	− 88.58
	NSP13	− 278.11	− 52.01	275.11	− 33.15	− 88.17
	NSP14	− 245.48	− 46.32	174.52	− 24.35	− 141.63
	NSP16	− 188.05	− 39.82	181.72	− 21.29	− 67.447
Tirilazad	3CLpro	− 121.73	− 27.08	110.30	− 13.06	− 52.59
	PLpro	− 151.48	− 6.45	72.31	− 18.39	− 104.01
	NSP12	− 102.36	− 9.23	56.26	− 10.32	− 30.68
	NSP16	− 135.24	− 18.43	77.64	− 15.40	− 91.44
Acetyldigitoxin	3CLpro	− 94.62	− 32.69	99.41	− 12.83	− 40.73
	NSP13	− 100.81	− 39.69	117.42	− 14.40	− 37.28
	NSP14	− 59.15	− 14.75	59.30	− 8.70	− 23.30
	NSP16	− 38.70	− 12.68	64.74	− 10.45	− 55.57
Ledipasvir	PLpro	− 114.89	− 28.08	87.50	− 14.59	− 70.03
	NSP12	− 241.98	− 79.58	207.79	− 29.28	− 116.06
	NSP14	− 273.26	− 48.60	223.06	− 33.70	− 132.50
	NSP16	− 259.25	− 100.71	266.84	− 29.25	− 122.38
Elbasvir	3CLpro	− 167.08	− 21.72	119.59	− 19.20	− 99.32
	PLpro	− 158.14	− 27.30	118.92	− 17.14	− 83.65
	NSP12	− 194.16	− 40.30	178.91	− 25.30	− 80.85
	NSP13	− 194.25	− 54.67	185.75	− 22.94	− 86.11
	NSP14	− 294.48	− 96.95	306.26	− 35.04	− 120.21
	NSP16	− 198.05	− 49.83	191.72	− 29.30	− 77.54
Nafamostat	3CLpro	− 38.44	− 5.63	20.90	− 5.90	− 28.45
	PLpro	− 0.002	21.87	13.50	− 0.19	35.18
	NSP12	− 123.44	− 23.64	71.32	− 11.43	− 78.48
	NSP13	− 123.10	314.19	394.97	− 19.55	566.50
	NSP14	− 92.99	− 82.88	112.56	− 12.90	− 76.22
	NSP16	− 168.05	− 19.82	161.72	− 11.29	− 47.447

Each of the 18 complexes was subjected to 100ns MD simulation. The energy terms (in kcal/mol) were calculated from the data obtained from the last 20 ns trajectory.

vdW.: Van der Waals; Elec.: Electrostatic; SASA: solvent accessible surface area.