TABLE 3.

Comparison between PCR-derived and MAGIC 5-isolated V3 sequences of HIV-1 in plasma

Case	V3 sequencesa
1	P	CTRPNNNTRK	SVNIGPGRAF	YATGAIIGDI	RQAHC
	M	––––––––––	––––––––––	––––––––––	–––––
2	P	––––––––––	–IH––––K––	––––––––––	–––––
	M	––––––––––	–IH––––K––	––––––––––	–––––
3	P	–––––––––R	–IN–––––––	–––∗D–––––	–––––
	M	–––––––––R	–IN–––––––	–––∗D–––––	–––––
4	P	––––––––––	–ISFA––Q––	––––Q–––––	–––––
	M	––––––––––	–ISFA––Q––	––––Q–––––	–––––
5	P	–––––––––R	–IHM–––R––	–G–∗D–––––	–––––
	M	–––––––––R	–IHM–––R––	–G–∗D–––––	–––––
6	P	–––––––––R	––SM–––K––	FT––D–––––	–––––
	M	–––––––––R	––SM–––K––	FT––D–––––	–––––
7	P	––––––––––	–IHM–L–––W	–T––G–––N–	–––––
	M	––––––––––	–IHM–L–––W	–T––G–––N–	–––––
8	P	––––––––––	–IHM–––G––	––––D–––––	–––––
	M	––––––––––	–IHM–––G––	––––D–––––	–––––
9	P	––––G–––––	GIH–––––––	––––E–T–––	–––Y–
	M	––––G–––––	SIH–––––––	––––E–T–––	–––Y–
10	P	––––––––––	GIH––––Q––	––––Q–––––	–––––
	M	–––––––P––	GIH––––Q––	––––Q–––––	–––––

^aP, PCR-derived V3 sequence; M, MAGIC 5-isolated V3 sequence. A dash indicates identity with case 1 P, an asterisk indicates a deletion, and an underline indicates an amino acid substitution within a pair.