Table 4.
SARS‐CoV‐2 mutations of different variants of concern
| Virus structure protein | SARS‐CoV‐2 genome site | Role | Mutation | Variants of concern | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Alpha variant | Beta variant | Gamma variant | Epsilon variant | Delta variant | Omicron variant | ||||
| Spike protein | ORF1ab | Binding protein regulation | PLpro: T183I | Yes | No | No | No | No | No |
| PLpro: A890D | |||||||||
| PLpro: I14127 | |||||||||
| Nsp6: | |||||||||
| S106K | |||||||||
| RdRp: | |||||||||
| P323L | |||||||||
| nsp2: | No | Yes | No | No | No | No | |||
| T85I | |||||||||
| PLpro: | |||||||||
| K837N | |||||||||
| 3CL: | |||||||||
| K90R | |||||||||
| nsp6: | |||||||||
| S106K | |||||||||
| RdRP: | |||||||||
| P323L | |||||||||
| Lpro: K38R | No | No | No | No | No | Yes | |||
| PLpro: S1265I | |||||||||
| PLpro: Δ1266 | |||||||||
| PLpro: A1892T | |||||||||
| nsp4: T492I | |||||||||
| 3CL: P132H | |||||||||
| nsp6:L105F | |||||||||
| nsp6: Δ106‐108 | |||||||||
| nsp6: I189V | |||||||||
| RdRP: P323L | |||||||||
| nsp14: I42V | |||||||||
| PLpro:S370L | No | No | Yes | No | No | No | |||
| PLpro:K977Q | |||||||||
| nsp6:S106K | |||||||||
| nsp6:Δ107‐109 | |||||||||
| RdRP:P323L | |||||||||
| nsp13:E341D | |||||||||
| nsp4:V167L | No | No | No | No | Yes | No | |||
| RdRP:P323L | |||||||||
| RdRP:G671S | |||||||||
| nsp13:P77L | |||||||||
| RBD | Increase the binding affinity of the virus | K417N | No | Yes | Yes | No | No | No | |
| G339D | No | No | No | No | No | Yes | |||
| S371L | |||||||||
| S373P | |||||||||
| S375F | |||||||||
| K417N | |||||||||
| RBM | Increase transmissibility and replication | N501Y | Yes | Yes | Yes | No | No | No | |
| E484K | No | Yes | Yes | No | No | No | |||
| L452R | No | No | No | No | Yes | No | |||
| T478K | |||||||||
| N440K | No | No | No | No | No | Yes | |||
| G446S | |||||||||
| S477N | |||||||||
| T478K | |||||||||
| E484A | |||||||||
| Q493R | |||||||||
| G496S | |||||||||
| Q498R | |||||||||
| N501Y | |||||||||
| SD1 | A570D | Yes | No | No | No | No | No | ||
| Y505H | No | No | No | No | No | Yes | |||
| SD2 | D614G | Yes | Yes | No | No | No | No | ||
| H655Y | No | No | Yes | No | No | No | |||
| D614G | No | No | No | No | Yes | No | |||
| T547K | No | No | No | No | No | Yes | |||
| D614G | |||||||||
| H655Y | |||||||||
| S1/S2 | P681H | Yes | No | No | No | No | No | ||
| T7161 | |||||||||
| A701V | No | Yes | No | No | No | No | |||
| P681R | No | No | No | No | Yes | No | |||
| D950N | |||||||||
| N679K | No | No | No | No | No | Yes | |||
| P681H | |||||||||
| N764K | |||||||||
| D796Y | |||||||||
| N856K | |||||||||
| Q954H | |||||||||
| N969K | |||||||||
| L981F7t5 | |||||||||
| N | ORF8: Q27* | Yes | No | No | No | No | No | ||
| ORF8: R521 | |||||||||
| ORF8: Y73C | |||||||||
| N: D3L | |||||||||
| N: R203K | |||||||||
| N: G204R | |||||||||
| N: 5235F | |||||||||
| ORF3a: Q57H | No | Yes | No | No | No | No | |||
| ORF3a: S171L | |||||||||
| E: P71L | |||||||||
| N: T205I | |||||||||
| ORF3a: S26L | No | No | No | No | Yes | No | |||
| M:I82T | |||||||||
| ORF7a:V82A | |||||||||
| ORF7a:T120I | |||||||||
| ORF8:D119I | |||||||||
| ORF8:Δ120‐121 | |||||||||
| N:D63G | |||||||||
| N:R203M | |||||||||
| N:D377Y | |||||||||
| E: T9I | No | No | No | No | No | Yes | |||
| M: D3G | |||||||||
| M: Q19E | |||||||||
| M: A63T | |||||||||
| N: P13L | |||||||||
| N:Δ31‐33 | |||||||||
| N: R203K | |||||||||
| N: G204R | |||||||||
| Outside of spike protein | Enhanced transmissibility | Nsp6: Δ107‐109 | Yes | No | No | No | No | No | |
| NTD | Evasion of antibody neutralization | Δ69‐70 | Yes | No | No | No | No | No | |
| Δ144‐145 | |||||||||
| A67V | No | No | No | No | No | Yes | |||
| Δ69‐70 | |||||||||
| T95I | |||||||||
| G142D | |||||||||
| Δ143‐145 | |||||||||
| N211I | |||||||||
| Δ212 | |||||||||
| 215EPEins | |||||||||
| L18F | No | Yes | No | No | No | No | |||
| T20N | |||||||||
| P26S | |||||||||
| D138Y | |||||||||
| R190S | |||||||||
| ORF3a: S253P | No | No | Yes | No | No | No | |||
| ORF8:E92K | |||||||||
| N:P80R | |||||||||
| N:R203K | |||||||||
| N:G204R | |||||||||
| T19R | No | No | No | No | Yes | No | |||
| G142D | |||||||||
| E156G | |||||||||
| Δ157‐158 | |||||||||
Abbreviation: SARS‐CoV‐2, severe acute respiratory syndrome coronavirus 2.