TABLE 4.
Comparison of RT-qPCR and WGS results for SARS-CoV-2 VOC detection (n = 732)
| WHO VOC and PANGO lineage by WGS | No. with RT-qPCR result indicating:b |
||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Alpha | Beta | Gamma | Delta | Omicron | Non-VOC | Total no. | |
| All Alpha | 43 | - | - | - | - | - | 43 |
| B.1.1.7 | 37 | - | - | - | - | - | 37 |
| Q.3 | 6 | - | - | - | - | - | 6 |
| All Beta | - | 2 | - | - | - | - | 2 |
| B.1.351 | - | 2 | - | - | - | - | 2 |
| All Gamma | - | - | 20 | - | - | - | 20 |
| P.1 | - | - | 13 | - | - | - | 13 |
| P.1.10 | - | - | 5 | - | - | - | 5 |
| P.1.17 | - | - | 2 | - | - | - | 2 |
| All Delta | - | - | - | 378 | - | - | 378 |
| B.1.617.2 | - | - | - | 29 | - | - | 29 |
| AY.1 | - | - | - | 20 | - | - | 20 |
| AY.2 | - | - | - | 5 | - | - | 5 |
| AY.3 | - | - | - | 5 | - | - | 5 |
| AY.4 | - | - | - | 1 | - | - | 1 |
| AY.13 | - | - | - | 32 | - | - | 32 |
| AY.14 | - | - | - | 59 | - | - | 59 |
| AY.19 | - | - | - | 1 | - | - | 1 |
| AY.20 | - | - | - | 5 | - | - | 5 |
| AY.23 | - | - | - | 1 | - | - | 1 |
| AY.25 | - | - | - | 7 | - | - | 7 |
| AY.25.1 | - | - | - | 25 | - | - | 25 |
| AY.26 | - | - | - | 15 | - | - | 15 |
| AY.35 | - | - | - | 2 | - | - | 2 |
| AY.43 | - | - | - | 2 | - | - | 2 |
| AY.44 | - | - | - | 77 | - | - | 77 |
| AY.46.2 | - | - | - | 1 | - | - | 1 |
| AY.47 | - | - | - | 8 | - | - | 8 |
| AY.48 | - | - | - | 1 | - | - | 1 |
| AY.52 | - | - | - | 1 | - | - | 1 |
| AY.54 | - | - | - | 3 | - | - | 3 |
| AY.59 | - | - | - | 1 | - | - | 1 |
| AY.62 | - | - | - | 1 | - | - | 1 |
| AY.67 | - | - | - | 3 | - | - | 3 |
| AY.74 | - | - | - | 1 | - | - | 1 |
| AY.75 | - | - | - | 10 | - | - | 10 |
| AY.98.1 | - | - | - | 1 | - | - | 1 |
| AY.100 | - | - | - | 3 | - | - | 3 |
| AY.103 | - | - | - | 26 | - | - | 26 |
| AY.110 | - | - | - | 9 | - | - | 9 |
| AY.114 | - | - | - | 1 | - | - | 1 |
| AY.116.1 | - | - | - | 2 | - | - | 2 |
| AY.118 | - | - | - | 5 | - | - | 5 |
| AY.119 | - | - | - | 4 | - | - | 4 |
| AY.120.1 | - | - | - | 1 | - | - | 1 |
| AY.121 | - | - | - | 3 | - | - | 3 |
| AY.122 | - | - | - | 5 | - | - | 5 |
| AY.126 | - | - | - | 2 | - | - | 2 |
| All Omicron | - | - | - | - | 230 | - | 230 |
| B.1.1.529/BA.1 | - | - | - | - | 123 | - | 123 |
| BA.1.1 | - | - | - | - | 107 | - | 107 |
| All non-VOC | - | 1 | 4 | - | - | 54 | 59 |
| A.2.5 | - | - | - | - | - | 6 | 6 |
| B.1 | - | - | - | - | - | 3 | 3 |
| B.1.1.318 | - | - | - | - | - | 1 | 1 |
| B.1.1.519 | - | - | - | - | - | 1 | 1 |
| B.1.311 | - | - | - | - | - | 1 | 1 |
| B.1.427 | - | - | - | - | - | 3 | 3 |
| B.1.429 | - | - | - | - | - | 8 | 8 |
| B.1.526 | - | - | - | - | - | 10 | 10 |
| B.1.621a | - | 1 | 2 | - | - | - | 3 |
| BB.2a | - | - | 2 | - | - | - | 2 |
| B.1.627 | - | - | - | - | - | 1 | 1 |
| B.1.637 | - | - | - | - | - | 11 | 11 |
| XB | - | - | - | - | - | 9 | 9 |
| All | 43 | 3 | 24 | 378 | 230 | 54 | 732 |
a
VOI Mu with E484K and N501Y mutations and a subset with K417N, which overlaps with VOCs Beta and Gamma.
b
Dashes indicate none detected.