Table 2.
Specificity results for PCR primers using P. aeruginosa and other foodborne pathogenic strains.
| No. | Bacterial species | Strains | Number of strains | Source* | Species-specific target for PCR and qPCR | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| PCR group_98983 | PCR phzA2 | PCR group_75393 | PCR group_88276 | qPCR group_98983 | qPCR phzA2 | qPCR group_75393 | qPCR group_88276 | |||||
| 1 | P. aeruginosa | 1ATCC27853 | 1 | a | + | + | + | + | + | + | + | + |
| 2 | P. aeruginosa | ATCC9027 | 1 | a | + | + | + | + | + | + | + | + |
| 3 | P. aeruginosa | ATCC15442 | 1 | a | + | + | + | + | + | + | + | + |
| 4 | P. aeruginosa | GIM1.46 | 1 | b | + | + | + | + | + | + | + | + |
| 5 | P. aeruginosa | Laboratory isolate | 91 | a | + | + | + | + | (59)+ | (59)+ | (59)+ | (59)+ |
| 6 | P. putida | ST25-10 | 1 | a | − | − | − | − | − | − | − | − |
| 7 | P. putida | GIM1.57 | 1 | b | − | − | − | − | − | − | − | − |
| 8 | P. fuscovaginae | ST42-2 | 1 | a | − | − | − | − | − | − | − | − |
| 9 | P. hunanensis | 0617-8 | 1 | a | − | − | − | − | − | − | − | − |
| 10 | P. fulva | 0625-4 | 1 | a | − | − | − | − | − | − | − | − |
| 11 | P. kilonensis | ST38-5 | 1 | a | − | − | − | − | − | − | − | − |
| 12 | P. lini | M41023-1 | 1 | a | − | − | − | − | − | − | − | − |
| 13 | P. jessenii | ST42-4 | 1 | a | − | − | − | − | − | − | − | − |
| 14 | P. alcaligenes | 2 CMCC1.1806 | 1 | b | − | − | − | − | − | − | − | − |
| 15 | P. chlororaphis | 1,143-3 | 1 | a | − | − | − | − | − | − | − | − |
| 16 | P. fragi | 52,532-7 | 1 | a | − | − | − | − | − | − | − | − |
| 17 | P. mendoza | CMCC1.1804 | 1 | b | − | − | − | − | − | − | − | − |
| 18 | P. mosselii | ST42-10 | 1 | a | − | − | − | − | − | − | − | − |
| 19 | P. corrugata | ST19-4 | 1 | a | − | − | − | − | − | − | − | − |
| 20 | P. oleovorans | M43075-4 | 1 | a | − | − | − | − | − | − | − | − |
| 21 | P. taiwanensis | 0617-3 | 1 | a | − | − | − | − | − | − | − | − |
| 22 | P. geniculata | 52,023-3 | 1 | a | − | − | − | − | − | − | − | − |
| 23 | P. fluorescens | 51,184-3 | 1 | a | − | − | − | − | − | − | − | − |
| 24 | P. fluorescens | GIM1.492 | 1 | b | − | − | − | − | − | − | − | − |
| 25 | E. coli | ATCC 25922 | 1 | a | − | − | − | − | − | − | − | − |
| 26 | E. coli | 1,656-1 | 1 | a | − | − | − | − | − | − | − | − |
| 27 | S. hominis | 1,006-1 | 1 | a | − | − | − | − | − | − | − | − |
| 28 | S. hominis | 0656-4 | 1 | a | − | − | − | − | − | − | − | − |
| 29 | S. haemolyticus | 620 | 1 | a | − | − | − | − | − | − | − | − |
| 30 | Y. enterocolitica | Y1408 | 1 | a | − | − | − | − | − | − | − | − |
| 31 | Y. enterocolitica | C009 | 1 | a | − | − | − | − | − | − | − | − |
| 32 | Y. enterocolitica | Y2602 | 1 | a | − | − | − | − | − | − | − | − |
| 33 | Y. enterocolitica | Y3553 | 1 | a | − | − | − | − | − | − | − | − |
| 34 | L. monocytogenes | 1,333-2 | 1 | a | − | − | − | − | − | − | − | − |
| 35 | L. monocytogenes | Feb-45 | 1 | a | − | − | − | − | − | − | − | − |
| 36 | L. monocytogenes | 509A1-3 | 1 | a | − | − | − | − | − | − | − | − |
| 37 | E. coli | 1,679 | 1 | a | − | − | − | − | − | − | − | − |
| 38 | E. coli | 1,677-3 | 1 | a | − | − | − | − | / | / | / | / |
| 39 | S. epidermis | 597 | 1 | a | − | − | − | − | / | / | / | / |
| 40 | B. cereus | 1,378 | 1 | a | − | − | − | − | / | / | / | / |
| 41 | B. cereus | wqr5 | 1 | a | − | − | − | − | / | / | / | / |
| 42 | S. aureus | 800 | 1 | a | − | − | − | − | / | / | / | / |
| 43 | Salmonella | 839 | 1 | a | − | − | − | − | / | / | / | / |
| 44 | Salmonella | 838 | 1 | a | − | − | − | − | / | / | / | / |
*
a, our laboratory; b, Guangdong Huankai Co., Ltd., China. 1, ATCC, American Type Culture Collection, United States. 2, CMCC, China Medical Culture Collection, China. Results (+/−) indicate positive and negative signals.