Skip to main content
. 2022 Jun 7;147:105709. doi: 10.1016/j.compbiomed.2022.105709

Table 2.

The average value of structural parameters for all the complexes during 120-ns MD simulation.

Simulated system RMSD (nm)



Protein Cα
Ligand heavy
Binding site
RMSF (nm)
Rg (nm)
No. of H-bonds
atoms Atoms Cα atoms
wt-atv 0.146 0.052 0.111 0.088 1.830 0.886
dlt-atv 0.208 0.066 0.149 0.088 1.860 0.043
pls-atv 0.165 0.098 0.152 0.092 1.850 0.052
lmb-atv 0.159 0.101 0.146 0.088 1.840 0.857
wt-prz 0.142 0.054 0.135 0.091 1.840 0.348
dlt-prz 0.134 0.077 0.130 0.083 1.830 0.395
pls-prz 0.157 0.110 0.148 0.089 1.840 0.250
lmb-prz 0.183 0.101 0.177 0.102 1.860 0.173
wt-k22 0.127 0.067 0.114 0.085 1.840 0.605
dlt-k22 0.146 0.088 0.140 0.090 1.850 0.695
pls-k22 0.158 0.086 0.145 0.089 1.840 0.514
lmb-k22 0.152 0.075 0.122 0.097 1.840 1.183

* RMSD values were calculated in protein-ligand complexes.