TABLE 1.
Lactobacillus strains
| Strain | Sourcea | Identification by:
|
GenBank accession no. for sequence | ||
|---|---|---|---|---|---|
| DGGE | Species-specific primers | 16S V2-V3 sequence | |||
| L. acidophilus ATCC 4356T | ATCC | NAb | L. acidophilus | NA | NA |
| L. agilis DSM 20509T | DSM | NAb | NA | NA | NA |
| L. brevis ATCC 14869T | ATCC | NAb | NA | NA | NA |
| L. casei ATCC 334 | ATCC | NAb | L. casei | NA | NA |
| L. casei/L. zeae ATCC 393T | ATCC | NAb | L. zeae | NA | NA |
| L. casei ATCC 4684 | ATCC | NAb | L. casei | NA | NA |
| L. crispatus ATCC 33820T | ATCC | NAb | L. crispatus | NA | NA |
| L. delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC 11842T | ATCC | NAb | NA | NA | NA |
| L. fermentum ATCC 14869T | ATCC | NAb | L. fermentum | NA | NA |
| L. gasseri ATCC 33323T | ATCC | NAb | L. gasseri | NA | NA |
| L. helveticus ATCC 15009T | ATCC | NAb | NA | NA | NA |
| L. johnsonii ATCC 33200T | ATCC | NAb | L. johnsonii | NA | NA |
| L. paracasei subsp. paracasei ATCC 25302 | ATCC | NAb | L. casei | NA | NA |
| L. plantarum ATCC 1988 | ATCC | NAb | L. plantarum | NA | NA |
| L. plantarum ATCC 14917T | ATCC | NAb | L. plantarum | NA | NA |
| L. rhamnosus ATCC 8530 | ATCC | NAb | L. rhamnosus | NA | NA |
| L. rhamnosus DSM 20021T | DSM | NAb | L. rhamnosus | NA | NA |
| L. reuteri DSM 20016T | DSM | NAb | L. reuteri | NA | NA |
| L. ruminis ATCC 27780T | ATCC | NAb | NA | NA | NA |
| L. salivarius subsp. salicinius ATCC 11742T | ATCC | NAb | NA | NA | NA |
| L. salivarius subsp. salivarius ATCC 11741T | ATCC | NAb | NA | NA | NA |
| L. sharpeae DSM 20505T | DSM | NAb | L. sharpeae | NA | NA |
| L. vitulinus ATCC 27783T | ATCC | NAb | NA | NA | NA |
| L. zeae | |||||
| DSM 20178T | DSM | NAb | L. zeae | NA | NA |
| GTP5 | Pig | L. acidophilus/L. crispatus/L. helveticus | L. crispatus | L. crispatus | AF157035 |
| GT3C1 | Pig | L. acidophilus/L. crispatus/L. helveticus | L. crispatus | L. crispatus | AF158588 |
| L8 | Human | L. acidophilus/L. crispatus/L. helveticus | L. acidophilus | L. acidophilus | AF158988 |
| L35 | Human | L. acidophilus/L. crispatus/L. helveticus | L. acidophilus | L. acidophilus | AF159014 |
| L43 | Human | L. acidophilus/L. crispatus/L. helveticus | L. acidophilus | L. acidophilus | AF159021 |
| L10 | Human | L. plantarum | L. plantarum | L. plantarum group | AF158990 |
| L12 | Human | L. plantarum | L. plantarum | L. plantarum group | AF158992 |
| L13 | Human | L. plantarum | L. plantarum | L. plantarum group | AF158993 |
| L33 | Human | L. plantarum | L. plantarum | L. plantarum group | AF159012 |
| L45 | Human | L. plantarum | L. plantarum | L. plantarum group | AF159023 |
| L44 | Human | L. gasseri/L. johnsonii | L. gasseri | L. gasseri | AF159022 |
| GTH5 | Human | L. gasseri/L. johnsonii | L. gasseri | L. gasseri | AF157044 |
| L. johnsonii | |||||
| NCK800 | Culture collection of T. K. Klaenhammer | L. gasseri/L. johnsonii | L. johnsonii | NA | NA |
| GTH10 | Human | L. fermentum | L. fermentum | L. fermentum | AF158581 |
| GT3S3 | Pig | L. reuteri | L. reuteri | L. reuteri | AF158590 |
| GTH18 | Human | L. brevis/L. sharpeae | L. brevis (because primer pair 11 negative and aerogenic) | L. brevis | AF157038 |
| L4 | Human | L. reuteri | L. reuteri | L. reuteri | AF158983 |
| L38 | Human | L. fermentum | L. fermentum | L. fermentum | AF159016 |
| L3 | Human | L. casei group | L. casei | L. casei group | AF158982 |
| L6 | Human | L. casei group | L. casei | L. casei group | AF158986 |
| L9 | Human | L. casei group | L. casei | L. casei group | AF158989 |
| L14 | Human | L. casei group | L. casei | L. casei group | AF158994 |
| L19 | Human | L. casei group | L. casei | L. casei group | AF158998 |
| L20 | Human | L. casei group | L. casei | L. casei group | AF158999 |
| L22 | Human | L. casei group | L. rhamnosus | L. casei group | AF159001 |
| L25 | Human | L. casei group | L. casei | L. casei group | AF159004 |
| L27 | Human | L. casei group | L. rhamnosus | L. casei group | AF159006 |
| L28 | Human | L. casei group | L. rhamnosus | L. casei group | AF159007 |
| L29 | Human | L. casei group | L. rhamnosus | L. casei group | AF159008 |
| L30 | Human | L. casei group | L. casei | L. casei group | AF159009 |
| L32 | Human | L. casei group | L. rhamnosus | L. casei group | AF159011 |
| L37 | Human | L. casei group | L. rhamnosus | L. casei group | AF159015 |
| L39 | Human | L. casei group | L. casei | L. casei group | AF159017 |
| L41 | Human | L. casei group | L. rhamnosus | L. casei group | AF159019 |
| L42 | Human | L. casei group | L. casei | L. casei group | AF159020 |
| L. rhamnosus | |||||
| DR20 | Culture collection, NZDRI | L. casei group | L. rhamnosus | NA | NA |
| GTH1 | Human | L. salivarius | NA | L. salivarius subsp. salivarius | AF158557 |
| L5 | Human | L. ruminis | NA | L. ruminis | AF158984 |
a
ATCC, American Type Culture Collection; DSM, Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen; NZDRI, New Zealand Dairy Research Institute.
b
NA, not applicable (these were reference strains).