TABLE 1.
Distribution of OTUs in the 12 16S rDNA clonal libraries
| OTU(s) | Frequency ona:
|
|||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| PVA
|
BR
|
PEG-S
|
PEG-L
|
PEG-M
|
PU
|
|||||||
| 24 h | 72 h | 24 h | 72 h | 24 h | 72 h | 24 h | 72 h | 24 h | 72 h | 24 h | 72 h | |
| D001 | 34.6 | 5.3 | 33.7 | 3.6 | 10.8 | 3.4 | 23.3 | 30.8 | 18.0 | 13.0 | ||
| D002 | 3.9 | 5.3 | 3.6 | 1.8 | 3.1 | 38.1 | 15.0 | 24.2 | 11.5 | 16.1 | 2.0 | 7.4 |
| D003 | 5.8 | 8.8 | 6.0 | 7.3 | 3.1 | 3.4 | 13.1 | 1.9 | 4.0 | |||
| D004 | 3.9 | 3.5 | 2.4 | 12.7 | 7.7 | 6.0 | 10.0 | 4.6 | 8.9 | 6.0 | 9.3 | |
| D005 | 13.5 | 21.1 | 8.4 | 21.8 | 6.2 | 10.7 | 5.0 | 13.6 | 19.6 | 2.0 | 11.1 | |
| D006 | 1.8 | 1.5 | 5.0 | 1.5 | 1.8 | 2.0 | ||||||
| D007 | 5.0 | |||||||||||
| D008 | 3.3 | |||||||||||
| D009 | 5.8 | 1.2 | 3.6 | 12.3 | 14.3 | 3.3 | 22.7 | 9.6 | 3.6 | 5.6 | ||
| D010 | 11.5 | 5.3 | 4.8 | 9.1 | 1.5 | 4.8 | 3.3 | 1.5 | 3.6 | 4.0 | ||
| D011 | 1.5 | 1.7 | ||||||||||
| D012 | 3.1 | 1.7 | 1.5 | |||||||||
| D013 | 1.9 | 1.8 | 1.2 | 3.6 | 4.6 | 1.2 | 1.7 | 4.6 | 3.9 | 16.0 | ||
| D014 | 1.8 | 1.5 | 1.7 | 1.9 | ||||||||
| D015 | 5.8 | 2.4 | 1.8 | 1.5 | 1.7 | 1.9 | 4.0 | |||||
| D016 | 3.6 | 3.4 | 1.7 | 1.9 | 10.7 | |||||||
| D017 | 1.8 | 1.7 | 1.5 | 3.9 | ||||||||
| D018 | 1.9 | 1.8 | 1.7 | |||||||||
| D019 | 4.8 | 1.5 | 1.9 | 1.8 | 3.7 | |||||||
| D020 | 2.4 | |||||||||||
| D021 | 2.4 | 1.9 | 1.9 | |||||||||
| D022 | 1.2 | |||||||||||
| D023 | 1.2 | 1.5 | 1.2 | |||||||||
| D024 | 1.2 | 1.5 | 2.0 | 1.9 | ||||||||
| D025 | 1.8 | 1.2 | 1.2 | 5.4 | 4.0 | |||||||
| D026 | 3.6 | |||||||||||
| D027, D073, D074 | 1.8 | |||||||||||
| D028 | 5.5 | 4.6 | 1.9 | 1.8 | 2.0 | |||||||
| D029 | 3.9 | 1.5 | 2.0 | |||||||||
| D030 | 1.9 | 5.3 | 1.8 | 1.5 | 2.0 | |||||||
| D031 | 1.9 | 4.6 | 1.9 | |||||||||
| D032 | 1.9 | |||||||||||
| D033 | 1.9 | 3.6 | 2.0 | |||||||||
| D034 | 4.6 | |||||||||||
| D035, D038 | 3.0 | |||||||||||
| D036, D039, D041 | 1.5 | |||||||||||
| D037 | 1.8 | 1.5 | ||||||||||
| D040 | 1.5 | 2.0 | 1.9 | |||||||||
| D042 | 1.8 | 1.5 | 1.5 | 9.3 | ||||||||
| D043 | 7.0 | 1.5 | ||||||||||
| D044 | 5.3 | |||||||||||
| D045 | 3.5 | 1.8 | ||||||||||
| D046, D047 | 3.5 | |||||||||||
| D048, D050–D054 | 1.8 | |||||||||||
| D049 | 1.8 | 1.9 | 3.7 | |||||||||
| D055 | 3.6 | 3.1 | ||||||||||
| D056, D057, D060, D135 | 2.4 | |||||||||||
| D058, D059, D061–D071, D128–D130 | 1.2 | |||||||||||
| D072 | 1.5 | 1.8 | ||||||||||
| D075 | 3.1 | |||||||||||
| D076 | 1.5 | 1.9 | ||||||||||
| D077–079 | 1.5 | |||||||||||
| D080 | 1.8 | 3.1 | ||||||||||
| D081–D088, D090–D093, D095–D097 | 1.9 | |||||||||||
| D089 | 1.9 | 1.9 | ||||||||||
| D094 | 1.5 | 1.9 | 1.9 | |||||||||
| D098, D099, D102 | 1.8 | |||||||||||
| D100, D103 | 1.8 | 1.9 | ||||||||||
| D101 | 3.6 | |||||||||||
| D104, D105 | 3.9 | |||||||||||
| D106–D108, D136 | 1.9 | |||||||||||
| D109–D115, D117–D125, D127 | 2.0 | |||||||||||
| D116 | 4.0 | |||||||||||
| D126 | 1.5 | 2.0 | ||||||||||
| D131 | 1.2 | 1.5 | 2.0 | |||||||||
| D132–134 | 1.5 | |||||||||||
a
Frequency (F) was calculated as follows: F = (m/N) × 100, where m is the number of clones having the same ARDRA pattern in a library and N is the total number of clones in the same library.