Appendix 3—table 1. List of genes with pairs physically adjacent protein sites be under higher LD than pairs of distant sites.

p-values are calculated with chi-square test and adjisted using Benjamini-Hochberg multiple testing correction.

cog number	90% r2 quantile	# distant & high LD	# close & high LD	# distant & low LD	# close & low LD	OR	p-value	q-value	aligned PDB ID
RUS population
10,789	1.00	6	6	85	8	10.63	4.3E-04	8.4E-03	4N6Q A
7636	1.00	40	16	263	11	9.56	5.2E-09	5.5E-07	4FQG A
11,223	1.00	7	9	87	12	9.32	1.0E-04	2.8E-03	1S3S G
9853	1.00	21	22	261	32	8.54	8.7E-11	1.7E-08	4 × 00 A
17,085	0.19	16	6	183	11	6.24	1.6E-03	2.1E-02	1NLT A
12,357	1.00	56	30	245	24	5.47	1.5E-08	1.4E-06	2GUY A
1037	0.63	26	13	113	11	5.14	4.6E-04	8.8E-03	1K8F A
6153	0.81	39	14	126	9	5.03	5.2E-04	9.7E-03	5GVH A
14,273	0.38	22	9	244	21	4.75	7.5E-04	1.3E-02	3LCC A
5725	0.38	26	15	312	38	4.74	1.6E-05	6.3E-04	1TA3 B
18,561	1.00	69	32	558	55	4.71	3.0E-10	4.8E-08	1KSG A
3052	1.00	91	25	222	13	4.69	1.3E-05	5.4E-04	4U9V B
3876	0.80	38	22	373	47	4.59	4.1E-07	3.0E-05	1W63 A
4779	0.68	80	26	873	63	4.50	1.6E-09	2.1E-07	2GJL A
16,912	1.00	172	54	1383	99	4.39	9.1E-17	8.8E-14	1WKR A
14,670	0.82	25	8	273	20	4.37	2.2E-03	2.6E-02	6C6N A
14,338	1.00	110	28	150	9	4.24	2.8E-04	6.6E-03	6J3E A
8942	1.00	35	10	279	19	4.20	1.1E-03	1.6E-02	3DH1 A
3214	1.00	37	9	189	11	4.18	4.4E-03	4.2E-02	1SZN A
1413	1.00	78	24	253	19	4.10	1.8E-05	6.8E-04	5L3Q B
7650	1.00	75	29	201	19	4.09	1.2E-05	5.1E-04	5EBE B
1071	1.00	178	54	1002	75	4.05	1.0E-13	2.4E-11	1SXJ D
18,096	0.64	42	16	462	45	3.91	3.7E-05	1.2E-03	1WPX A
13,142	0.81	57	9	562	23	3.86	1.6E-03	2.1E-02	5GHE A
16,593	0.59	118	34	954	72	3.82	1.7E-09	2.1E-07	3WDO A
14,325	1.00	133	28	621	36	3.63	1.1E-06	6.8E-05	5U03 A
10,827	0.80	25	11	286	35	3.60	2.1E-03	2.5E-02	2IHO A
10,077	0.44	38	11	397	32	3.59	1.3E-03	2.0E-02	3AKF A
9626	0.78	47	9	468	25	3.58	3.2E-03	3.4E-02	2CVF A
10,648	0.75	59	20	587	56	3.55	1.4E-05	5.6E-04	3I83 A
8,095	1.00	192	60	1686	151	3.49	3.2E-14	1.0E-11	2YMU A
5372	0.56	88	33	914	99	3.46	3.3E-08	2.9E-06	1RGI G
14,269	1.00	105	23	426	27	3.46	4.1E-05	1.3E-03	5UJ8 E
14,404	1.00	54	16	374	33	3.36	4.0E-04	8.0E-03	4IDA A
17,420	0.34	32	12	340	39	3.27	2.4E-03	2.8E-02	1W9P A
6507	0.71	63	13	620	40	3.20	9.9E-04	1.6E-02	1AUA A
9423	1.00	60	11	401	23	3.20	4.4E-03	4.2E-02	4Y42 A
7878	0.78	41	17	446	58	3.19	3.5E-04	8.0E-03	4TYW A
3307	1.00	87	17	720	45	3.13	2.3E-04	5.8E-03	6DVH A
6285	0.27	55	13	565	43	3.11	1.4E-03	2.1E-02	2VWS A
10,049	0.83	68	16	668	51	3.08	4.0E-04	8.0E-03	1KH4 A
6148	1.00	628	131	1361	93	3.05	1.6E-15	7.7E-13	4CHT A
14,511	0.63	42	13	414	44	2.91	3.7E-03	3.7E-02	3HG7 A
2522	0.23	46	16	492	60	2.85	1.5E-03	2.1E-02	5L0R A
5,375	0.67	45	18	448	63	2.84	9.6E-04	1.5E-02	2WZO A
73	0.21	68	20	715	74	2.84	2.5E-04	6.2E-03	1WPX A
12,131	1.00	210	35	816	48	2.83	8.7E-06	4.0E-04	6GKV A
1097	1.00	63	17	534	51	2.83	1.1E-03	1.6E-02	2IW0 A
18,360	1.00	174	35	924	66	2.82	3.6E-06	2.0E-04	1ULT A
5930	0.38	57	16	594	60	2.78	1.5E-03	2.1E-02	2 PXX A
8261	0.81	112	42	930	129	2.70	9.4E-07	6.5E-05	4QNW A
18,092	1.00	83	22	794	78	2.70	2.5E-04	6.1E-03	4QJY A
1060	0.78	65	16	533	50	2.62	3.2E-03	3.3E-02	3WXB A
17,037	0.31	95	19	918	70	2.62	7.4E-04	1.3E-02	5YHP A
15,353	1.00	109	26	944	86	2.62	1.0E-04	2.8E-03	3WNV A
7784	1.00	120	15	929	45	2.58	3.5E-03	3.5E-02	3L4G B
10,236	0.53	182	35	1810	135	2.58	3.5E-06	2.0E-04	1Q6X A
2011	0.34	90	17	889	67	2.51	2.4E-03	2.7E-02	3A1K A
8572	1.00	167	32	976	76	2.46	8.1E-05	2.4E-03	4AH6 A
14,282	0.81	153	18	1251	60	2.45	2.0E-03	2.4E-02	3QM4 A
7836	0.78	83	17	685	58	2.42	4.4E-03	4.2E-02	1DQW A
3610	0.46	196	45	1946	185	2.42	1.2E-06	7.3E-05	4BKX B
8725	0.63	71	18	669	71	2.39	4.0E-03	4.0E-02	6G6M A
11,096	0.48	64	20	657	87	2.36	3.0E-03	3.2E-02	3AKF A
6520	0.75	86	28	599	84	2.32	8.3E-04	1.4E-02	4K3A A
12,399	1.00	610	107	994	76	2.29	1.4E-07	1.1E-05	1JZQ A
8945	1.00	147	32	558	53	2.29	7.9E-04	1.3E-02	3E5M A
1744	1.00	148	45	616	83	2.26	9.7E-05	2.8E-03	1C7J A
16,360	0.82	134	34	1297	149	2.21	2.0E-04	5.3E-03	3WTC A
12,853	0.53	168	31	1634	139	2.17	3.8E-04	8.0E-03	6H7D A
14,137	0.64	118	27	1175	127	2.12	1.7E-03	2.1E-02	6C5B A
7106	0.38	124	22	1167	98	2.11	4.4E-03	4.2E-02	5K8E A
1523	1.00	77	29	402	72	2.10	4.4E-03	4.2E-02	5Y1B A
2779	0.68	127	27	1155	120	2.05	2.8E-03	3.0E-02	1SXJ B
4275	1.00	555	87	957	74	2.03	2.5E-05	8.4E-04	5VC7 A
17,782	1.00	184	53	581	83	2.02	4.1E-04	8.0E-03	4QNW A
4829	1.00	350	62	504	46	1.94	1.7E-03	2.1E-02	5MXC A
9827	0.46	237	42	2273	209	1.93	3.9E-04	8.0E-03	2VJY A
1520	0.45	153	32	1498	163	1.92	2.6E-03	2.9E-02	3PQV A
4468	1.00	238	48	1409	148	1.92	3.6E-04	8.0E-03	1V9L A
8360	1.00	852	74	884	40	1.92	1.5E-03	2.1E-02	5YLW A
16,987	0.53	154	34	1482	174	1.88	2.8E-03	3.0E-02	3LWT X
935	0.65	104	38	1036	203	1.86	3.0E-03	3.2E-02	3FGA A
11,732	0.68	118	40	1076	196	1.86	2.3E-03	2.7E-02	4C2L A
15,295	0.82	152	41	1326	193	1.85	1.7E-03	2.1E-02	4A69 A
6753	1.00	246	36	1868	151	1.81	3.4E-03	3.5E-02	1SXJ C
13,863	1.00	319	86	414	62	1.80	1.6E-03	2.1E-02	6F43 A
USA population
14,970	0.53	13	6	160	8	9.23	1.8E-04	1.3E-02	2VFR A
1536	0.65	12	13	184	23	8.67	4.6E-07	2.0E-04	6AHR E
3618	0.20	9	10	139	24	6.44	2.1E-04	1.4E-02	5LCL B
18,366	0.11	44	15	486	41	4.04	3.5E-05	4.5E-03	1UPU D
8253	0.16	44	12	467	35	3.64	5.8E-04	3.4E-02	6F87 A
9241	0.16	56	23	624	81	3.16	2.6E-05	4.2E-03	1YCD A
1743	0.15	49	19	510	64	3.09	2.1E-04	1.4E-02	4PEH A
64	0.15	85	27	905	101	2.85	1.9E-05	3.6E-03	2B4Q A
14,128	0.11	77	28	804	103	2.84	1.9E-05	3.6E-03	2 × 8 R A
10,841	0.16	120	20	1166	69	2.82	1.5E-04	1.2E-02	3TIK A
17,174	0.64	96	27	679	73	2.62	1.4E-04	1.2E-02	5EY6 A
5725	0.11	73	30	799	126	2.61	5.9E-05	6.9E-03	1TA3 B
10,834	0.37	90	31	936	124	2.60	3.3E-05	4.5E-03	2QB6 A
1267	0.24	117	29	1150	116	2.46	1.0E-04	1.0E-02	4CPD A
9614	0.16	149	44	1550	187	2.45	1.9E-06	6.0E-04	2VGL B
6148	0.53	487	75	4438	284	2.41	1.2E-10	1.5E-07	4CHT A
161	0.10	227	52	2,206	210	2.41	2.0E-07	1.3E-04	5DNC A
621	0.10	105	35	1060	152	2.32	9.1E-05	9.7E-03	3WG6 A
14,368	0.09	124	26	1008	92	2.30	7.4E-04	4.1E-02	2 × 1 C A
9215	0.31	161	56	1546	243	2.21	3.0E-06	7.6E-04	4QNW A
13,117	0.47	140	44	1401	226	1.95	4.5E-04	2.8E-02	1W9P A
3876	0.28	232	51	2244	259	1.90	1.5E-04	1.2E-02	1W63 A