TABLE 3.
Validation of PCR primers with control templates
| Template | Amplification with PCR primer sets
|
||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Ribo2 | TetB/P | TetM | TetO | OTR | TetQ | TetS | TetT | TetW | |
| Genomic or plasmid DNA | |||||||||
| C. jejuni subsp. jejuni [tet(O)] | + | − | − | + | − | − | − | − | − |
| S. pyogenes A498 [tet(T)] | + | − | − | − | − | − | − | + | − |
| C. perfringens JIR4202 [tetA(P) tetB(P)] | + | + | − | − | − | − | − | − | − |
| pBT-1 [tet(Q)] | + | − | − | − | − | + | − | − | − |
| pJIR667 [ΔtetB(P)] | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| pFD310 [tet(M)] | + | − | + | − | − | − | − | − | − |
| pGEM-tetW [tet(W)] | + | − | − | − | − | − | − | − | + |
| pGEM-tetO [tet(O)] | + | − | − | + | − | − | − | − | − |
| pVP2 [tet(S)] | + | − | − | − | − | − | + | − | − |
| pAT451 [tet(S)] | + | − | − | − | − | − | + | − | − |
| pCT10 [tet] | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| Cell biomass | |||||||||
| C. jejuni subsp. jejuni [tet(O)] | + | − | − | + | − | − | − | − | − |
| S. pyogenes A498 [tet(T)] | + | − | − | − | − | − | − | + | − |
| C. perfringens JIR4202 [tetA(P) tetB(P)] | + | + | − | − | − | − | − | − | − |
| E. coli(pBT-1) [tet(Q)] | + | − | − | − | − | + | − | − | − |
| E. coli(pJIR667) [ΔtetB(P)] | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| E. coli(pFD310) [tet(M)] | + | − | + | − | − | − | − | − | − |
| E. coli(pGEM-tetW) [tet(W)] | + | − | − | − | − | − | − | − | + |
| E. coli(pGEM-tetO) [tet(O)] | + | − | − | + | − | − | − | − | − |
| E. coli(pVP2) [tet(S)] | + | − | − | − | − | − | + | − | − |
| E. coli(pAT451) [tet(S)] | + | − | − | − | − | − | + | − | − |
| E. coli(pCT10) [tet] | − | − | − | − | − | − | − | − | − |