Table 1.

Summary of R packages used for each ICARUS step

Step in ICARUS	Main command	R packages	Reference
Quality control	-	Seurat	(1–4)
Integration of second dataset	Seurat::FindIntegrationAnchors Harmony::RunHarmony	Seurat, Harmony	(1–4,22)
Dimensionality reduction	Seurat::FindVariableFeatures Seurat::NormalizeData Seurat::ScaleData Seurat::RunPCA	Seurat	(1–4)
Clustering	Seurat::FindNeighbours Seurat::FindClusters Seurat::RunUMAP Seurat::RunTSNE	Seurat	(1–4)
Data correction	Seurat::CellCycleScoring Seurat::ScaleData(vars.to.regress)	Seurat	(1–4)
Labelling clusters	SingleR::SingleR Celldex::BlueprintEncodeData Celldex::DatabaseImmuneCellExpressionData Celldex::HumanPrimaryCellAtlasData Celldex::ImmGenData Celldex::MonacoImmuneData Celldex::MouseRNAseqData Celldex::NovershternHematopoieticData	SingleR, Celldex	(12)
Multimodal analysis	-	Seurat	(1–4)
Differential expression analysis	Seurat::FindMarkers	Seurat	(1–4)
Pathway analysis	ClusterProfiler::gseGO ClusterProfiler::gseKEGG ClusterProfiler::gseWP ReactomePA::gsePathway	ClusterProfiler, ReactomePA	(20,21)