Table 4.
Description | Genemarkers | TIMER (n = 184) | GEPIA2 (n = 181) | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Purity | None | ||||||
Cor | p | Cor | p | Cor | p | ||
CD8 + Tcell | CD8A | − 0.136 | 0.067 | − 0.144 | 0.050 | − 0.130 | 0.086 |
CD8B | − 0.070 | 0.347 | − 0.087 | 0.241 | − 0.110 | 0.140 | |
T cell | CD3D | − 0.108 | 0.147 | − 0.114 | 0.121 | − 0.170 | * |
(general) | CD3E | − 0.143 | 0.055 | − 0.155 | * | − 0.200 | * |
CD2 | − 0.167 | * | − 0.178 | * | − 0.190 | * | |
Bcell | CD19 | − 0.009 | 0.906 | − 0.026 | 0.728 | − 0.120 | 0.120 |
CD20 (MS4A1) | − 0.051 | 0.496 | − 0.070 | 0.345 | − 0.100 | 0.160 | |
CD138 (SDC1) | − 0.084 | 0.262 | − 0.054 | 0.466 | − 0.044 | 0.550 | |
CD23 (FCER2) | − 0.004 | 0.960 | − 0.019 | 0.792 | − 0.110 | 0.130 | |
Th1 | T-bet (TBX21) | − 0.162 | * | − 0.172 | * | − 0.190 | * |
STAT4 | − 0.242 | * | − 0.242 | * | − 0.200 | * | |
STAT1 | − 0.097 | 0.195 | − 0.089 | 0.229 | 0.003 | 0.960 | |
IFN-γ (IFNG) | − 0.094 | 0.207 | − 0.090 | 0.222 | − 0.150 | * | |
TNF-α (TNF) | − 0.029 | 0.695 | − 0.008 | 0.913 | − 0.028 | 0.710 | |
Th2 | GATA3 | − 0.124 | 0.097 | − 0.117 | 0.113 | − 0.092 | 0.220 |
STAT6 | − 0.038 | 0.612 | − 0.037 | 0.616 | 0.057 | 0.440 | |
STAT5A | − 0.072 | 0.334 | − 0.081 | 0.276 | − 0.063 | 0.390 | |
IL13 | − 0.116 | 0.119 | − 0.112 | 0.130 | − 0.140 | 0.061 | |
Tfh | BCL6 | − 0.382 | * | − 0.348 | * | − 0.270 | * |
IL21 | − 0.112 | 0.132 | − 0.106 | 0.152 | − 0.180 | * | |
CD278 (ICOS) | − 0.225 | * | − 0.215 | * | − 0.190 | * | |
CXCL13 | − 0.169 | * | − 0.174 | * | − 0.170 | * | |
Th17 | STAT3 | − 0.085 | 0.257 | − 0.073 | 0.321 | − 0.042 | 0.570 |
IL17A | 0.226 | * | 0.205 | * | 0.053 | 0.480 | |
Treg | FOXP3 | − 0.245 | * | − 0.239 | * | − 0.210 | * |
CCR8 | − 0.260 | * | − 0.266 | * | − 0.230 | * | |
STAT5B | − 0.166 | * | − 0.160 | * | − 0.084 | 0.260 | |
TGFβ (TGFB1) | − 0.122 | 0.103 | − 0.091 | 0.217 | − 0.076 | 0.310 | |
CD25 (IL2RA) | − 0.255 | * | − 0.248 | * | − 0.180 | * | |
T cell exhaustion |
PD-1 (PDCD1) | − 0.116 | 0.121 | − 0.120 | 0.104 | − 0.130 | 0.078 |
CTLA4 | − 0.205 | * | − 0.205 | * | − 0.200 | * | |
LAG3 | − 0.158 | * | − 0.157 | * | − 0.085 | 0.250 | |
TIM-3 (HAVCR2) | − 0.250 | * | − 0.236 | * | − 0.230 | * | |
GZMB | − 0.108 | 0.149 | − 0.108 | 0.144 | − 0.099 | 0.180 |
TAM, tumor associated macrophage; Cor, R value of Spearman’s correlation. Purity, correlation adjusted by purity. *P < 0.05. None, correlation without adjustment