Skip to main content
. 2022 Jun 28;13:876095. doi: 10.3389/fpls.2022.876095

Table 3.

Significant SNPs associated with drought-tolerance traits that were repeatedly detected in at least two environments or two models.

Traits SNP Chr Position GLM MLM CMLM SUPER FarmCPU
-logP Env. -logP Env. -logP Env. -logP Env. -logP Env.
CHL TM5832 A3 621,671 4.98 E1 5.38 E1 5.15 E1 5.16 E1 11.39 E1
CHL TM62605 D6 5,487,6807 4.82 E1 5.06 E1 4.84 E1 4.85 E1
CHL TM62606 D6 54,884,942 5.16 E1 5.06 E1 4.84 E1 4.85 E1
CHL TM62607 D6 54,890,311 4.98 E1 5.38 E1 5.18 E1 5.19 E1
CHL TM62609 D6 54,911,815 4.98 E1 5.20 E1 5.00 E1 5.00 E1
CHL TM62610 D6 54,916,052 4.86 E1 5.20 E1 5.00 E1 5.00 E1
CHL TM62611 D6 54,918,765 4.98 E1 5.09 E1 4.89 E1 4.89 E1
CHL TM62612 D6 54,926,607 5.21 E1 5.20 E1 5.00 E1 5.00 E1
CHL TM62613 D6 54,951,583 4.86 E1 5.43 E1 5.23 E1 5.24 E1
CHL TM62614 D6 54,954,140 5.16 E1 5.09 E1 4.89 E1 4.89 E1
CHL TM62617 D6 54,970,026 4.79 E1 5.38 E1 5.18 E1 5.19 E1
CHL TM62621 D6 54,996,965 5.10 E1 4.87 E1 4.89 E1 5.41 E1
CHL TM62623 D6 55,009,088 4.97 E1 4.74 E1 4.75 E1
CHL TM62625 D6 55,026,490 4.97 E1 4.74 E1 4.75 E1
CHL TM62626 D6 55,042,409 4.97 E1 4.74 E1 4.75 E1
CHL TM69863 D8 64,527,910 4.82 E1 5.02 E3 4.78 E3 4.85 E3 7.64 E3
LA TM57176 D5 9,970,466 4.80 BLUP 4.88 BLUP
PH TM31805 A9 43,528,559 5.34 E1 5.81 E1 5.68 E1 5.51 E1 5.46 E1
PH TM76073 D11 19,273,291 4.93 E1 5.31 E1 5.07 E1 5.43 E1
PH TM76072 D11 19,269,898 4.74 E1 5.13 E1 4.88 E1 5.29 E1
SD TM46636 A13 60,446,545 4.98 E4 5.04 E4 4.72 E4 4.86 E4
SD TM74311 D10 28,156,527 4.89 E4 5.05 E4 4.87 E4
SD TM74312 D10 28,162,597 4.89 E4 5.05 E4 4.87 E4
SD TM74314 D10 28,181,084 4.76 E4 5.98 E4
LEAVES TM10267 A5 5,328,342 5.00 BLUP 5.11 BLUP 4.98 BLUP 5.62 BLUP
LFW TM18554 A7 2,232,287 4.80; 7.73 E1; E3
LFW TM40383 A12 7,095,050 4.74 E3 4.72 E3 4.71 E3 4.98 E3
LFW TM73079 D10 560,544 5.29 E1 5.37 E1 5.36 E1
LWW TM59672 D6 11,843,657 5.35 E2 4.87 E2 7.65 E2
LWW TM59675 D6 11,881,468 5.38 E2 4.91 E2
LWW TM59677 D6 11,906,406 5.38 E2 4.91 E2
LWW TM73079 D10 560,544 4.73 E1 4.80 E1 4.84 E1
LWW TM73946 D10 12,123,707 6.05;6.43 E1; E4
LDW TM33865 A10 2,761,881 5.21 E3 5.08 E3 5.02 E3 5.04 E3 6.51;9.80 E4; E3
LDW TM47696 A13 79,134,335 5.26; 6.50 E3; E4
LDW TM72359 D9 40,414,934 4.83 E4 4.88 E4 4.98 E4 4.98 E4 8.47 E4
LDW TM72361 D9 40,432,377 4.73 E4 4.84 E4 4.84 E4
LDW TM73079 D10 560,544 5.26 E1 5.30 E1 5.29 E1 4.73 E1

E1, E2, E3, and E4 indicate the four environments 2015–2016 Damao in the field, 2015-2016 Damao in the greenhouse, 2016–2017 Yacheng in the greenhouse, and 2016-2017 Baogang in the field, respectively. CHL, chlorophyll content; LA, leaf area; PH, plant height; SD, stem diameter; LEAVES, number of leaves; LFW, leaf fresh weight; LWW, leaf wilted weight; and LDW, leaf dry weight. GLM, general linear model; MLM, mixed linear model; CMLM, compressed linear mixed model; SUPER, settlement of kinship under progressively exclusive relationship; FarmCPU, fixed and random model circuitous probability unification.