TABLE 5.

Variable nucleotides present in two or more copies of the Sig1 gene fragment amplified from seven isolates of T. weissflogii

Isolatea	Clone	Nucleotides present in two or more copies at the following positionsb:
		Coding						Intron													Coding Coding
		1	19	25	28	31	53	64	65	66	85	86	91	98	102	114	119	121	132	140	161	189	196	198	211	212	228	229	234	237	241	267	274	297	315	318	335	345	387	405	417	435	443	483	531	534	558	579	596	605	618	630	632	638	639
Long Island Sound clone Actin	Reference	A	C	T	G	C	T	T	—	—	A	T	A	G	T	A	C	C	T	C	A	T	G	G	G	G	A	A	A	T	T	C	T	T	C	G	A	T	T	A	T	A	C	G	C	A	A	C	T	A	C	T	A	T	C
	1	C	.	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	.	.	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.
	2	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		.	.	.	.	.	.	.	.
	3	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	.	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	.	.	C		.	.	.	.	.	.	.	.
	4	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		.	.
	5	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	.	.
	6	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
	7	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
	8	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
	9	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	.	.	.	.	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	.	.	.
	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Long Island Sound clone 4C	1	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.
	2	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	C	.	.	.	.	.	.
	3	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
	4	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	.	.	.	.	.	.
	5	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	.	.	.	.	.	.
Norway	1	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
	2	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	.	.	.	C	.	.	T	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
	3	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
	4	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	.	.	.	.	.	.	T	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
	5	.	.	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Portugal	1	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
	2	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
	3	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
	4	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		.	.
	5	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
California	1	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
	2	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
	3	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
	4	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
	5	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
South Pacific	1	.	T	.	A	T	C	C	G	C	T	.	T	A	G	.	T	.	C	T	.	.	.	A	.	.	T	G	G	C	.	G	.	.	T	A	.	C	G	C	C	G	C	A	T	.	.	A	A	G	T	C	.	C	A
	2	.	T	.	A	T	C	C	G	C	C	.	T	A	G	.	T	.	C	T	.	.	.	A	.	.	T	G	G	C	.	G	.	.	T	.	.	C	G	C	C	G	.	A	T	.	.	A	A	G	T	C	.	C	A
	3	.	T	.	A	T	C	C	G	C	T	.	T	A	G	.	T	.	C	T	.	.	.	A	.	.	T	G	G	C	.	G	.	.	T	A	.	C	G	C	C	G	.	A	T	.	.	A	A	G	T	C	.	C	A
	4	.	T	.	A	T	C	C	G	C	T	.	T	A	G	.	T	G	C	T	G	.	.	A	.	.	T	G	G	C	.	G	.	.	T	A	.	C	G	C	C	G	.	A	T	.	.	A	A	G	T	C	.	C	A
	5	.	T	.	A	T	C	C	G	C	T	.	T	A	G	.	T	G	C	T	G	.	.	A	.	.	T	G	G	C	.	G	.	.	T	A	.	C	G	C	C	G	.	A	T	.	.	A	A	G	T	C	.	C	A
Hawaii	1	.	T	.	A	T	C	C	.	.	T	.	T	A	G	T	T	.	C	.	.	.	.	.	.	.	T	G	G	C	.	G	.	C	T	A	.	C	G	C	C	G	.	A	T	.	G	A	A	.	T	C	.	C	A
	2	.	T	.	A	T	C	C	.	.	T	.	T	A	G	T	T	.	C	.	.	.	.	.	.	.	T	G	G	C	.	G	.	C	T	A	.	C	G	C	C	G	.	A	T	.	G	A	A	.	T	C	.	C	A
	3	.	T	.	A	T	C	C	.	.	T	.	T	A	G	T	T	.	C	.	.	.	.	.	.	.	T	G	G	C	.	G	.	C	T	A	.	C	G	C	C	G	.	A	T	.	G	A	A	.	T	C	.	C	A
	4	.	T	.	A	T	C	C	.	.	T	.	T	A	G	T	T	.	C	.	.	.	.	.	.	.	T	G	G	C	.	G	.	C	T	A	.	C	G	C	C	G	.	A	T	.	G	A	A	.	T	C	.	C	A
	5	.	T	.	A	T	C	C	.	.	T	.	T	A	G	T	T	.	C	.	.	.	.	.	.	.	T	G	G	C	.	G	.	C	T	A	.	C	G	C	C	G	.	A	T	.	G	A	A	.	T	C	.	C	A

^aLong Island Sound Clones Actin and 4C and the Norway and Portugal isolates were obtained from the Atlantic Ocean, and the California, South Pacific, and Hawaii isolates were obtained from the Pacific Ocean basin. 

^bThe positions are numbered relative to the first nucleotide immediately following the forward primer. A dot indicates that the nucleotide is identical to the nucleotide in the Long Island Sound Clone Actin reference clone; dashes indicate gaps.