Table 1.
Structural parameters of RNA constructs from experiments and simulations
| 6SVS crystal27 | ST/LT-DPX [Na+] | ST/LT-TPX [Na+] | ST/LT-TPX [Mg2+] | |
|---|---|---|---|---|
| Shift (Å) | − 0.27 | 0.03±0.11 | 0.05±0.15 | 0.10±0.14 |
| Slide (Å) | − 2.32 | − 1.52±0.13 | − 1.82±0.17 | − 1.87±0.16 |
| Rise (Å) | 3.17 | 3.33±0.05 | 3.41 +0.09 | 3.43±0.10 |
| Tilt (°) | − 2.57 | 0.30±0.80 | 0.46±1.18 | − 0.11±1.00 |
| Roll (°) | 3.40 | 4.87±1.33 | 2.32±1.33 | 0.83±1.47 |
| Twist (°) | 29.76 | 30.99±0.66 | 29.30±0.94 | 31.06±1.07 |
| x-displacement (Å) | − 5.14 | − 3.62±0.32 | − 3.82±0.90 | − 3.60±0.39 |
| y-displacement (Å) | 0.28 | 0.01±0.29 | 0.18±0.66 | − 0.04±0.44 |
| Helical rise (Å) | 2.79 | 2.96±0.11 | 3.09±0.15 | 3.26±0.17 |
| Inclination (°) | 7.18 | 8.80±2.48 | 4.23±3.02 | 1.12±3.00 |
| Helical twist (°) | 30.49 | 32.27±0.59 | 30.79±1.11 | 32.24±1.10 |
| Propeller (°) | − 6.06 | − 12.55±2.47 | − 5.43±3.48 | − 4.75±2.96 |
| P … P (Å) | 6.32 | 6.14±0.05 | 6.19±0.08 | 6.25±0.05 |
| Major groove (Å) | 13.27 | 9.94±0.89 | 13.69±0.75 | 13.99±0.95 |
| Glycosidic torsional angle | anti | anti | anti | anti |
| Sugar pucker | C3′-endo | C3′-endo | C3′-endo | C3′-endo |