Table 3.
Amino acid sequence alignment of penicillin-binding protein 2 of Neisseria gonorrhoeae isolates before and after selection for resistance to cefixime.
| Amino Acid Position According to the Reference Strain M32091 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 1 | 1 | 1 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 0 | 6 | 7 | 9 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 2 | 2 | 3 | 3 | 3 | 4 | 5 | 5 | 7 | 7 | 8 | 8 | 8 | 9 | 9 | 1 | 1 | 1 | 1 | 2 | 2 | 2 | 2 | 3 | 3 | 3 | 3 | 4 | 4 | 4 | 4 | 5 | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 1 | 0 | 3 | 6 | 1 | 2 | 3 | 4 | 7 | 3 | 4 | 7 | 8 | 0 | 3 | 5 | 9 | 6 | 9 | 1 | 9 | 1 | 5 | 8 | 1 | 3 | 1 | 2 | 6 | 8 | 3 | 6 | 8 | 9 | 0 | 1 | 2 | 5 | 1 | 2 | 3 | 5 | 4 | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| M32091 | Reference strain | D | V | N | L | Y | G | E | D | E | R | Q | K | A | Q | K | I | E | E | Q | R | A | T | D | R | R | D | A | I | V | A | A | T | L | N | E | R | L | Q | P | S | P | R | – | S | R | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| WHO F | Unemo et al. (2016) | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | – | . | . | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| WHO F* | This study | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | – | . | . | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| WHO Y | Unemo et al. (2011) | E | A | S | . | H | A | G | E | . | . | E | . | . | . | . | . | . | . | . | . | V | . | E | K | Q | . | . | M | T | . | S | V | A | T | D | T | F | L | S | A | T | Q | – | T | . | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| WHO Y* | This study | E | A | S | . | H | A | G | E | . | . | E | . | . | . | . | . | . | . | . | . | V | . | E | K | Q | . | . | M | T | . | S | V | A | T | D | T | F | L | S | A | T | Q | – | T | . | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| M009 | This study | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | D | . | . | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| M009* | This study | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | V | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | D | . | . | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| M043 | This study | E | A | S | . | H | A | G | E | . | . | E | . | . | . | . | . | . | . | . | . | V | . | E | K | Q | . | . | M | T | . | S | V | A | T | D | T | F | L | S | A | T | Q | – | T | . | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| M043* | This study | E | A | S | . | H | A | G | E | . | . | E | . | . | . | . | . | . | . | . | . | V | . | E | K | Q | . | . | M | T | . | S | V | A | T | D | T | F | L | S | A | T | Q | – | T | . | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| M107 | This study | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | D | . | . | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| M107* | This study | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | D | . | . | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| M110 | This study | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | D | . | . | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| M110* | This study | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | D | . | . | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| M111 | This study | E | A | S | . | H | A | G | E | . | . | E | . | . | . | . | . | . | . | . | . | V | . | E | K | Q | . | . | M | T | . | S | V | A | T | D | T | F | L | S | A | T | Q | – | T | . | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| M111* | This study | E | A | S | . | H | A | G | E | . | . | E | . | . | . | . | . | . | . | . | . | V | . | E | K | Q | . | . | M | T | . | S | V | A | T | D | T | F | L | S | A | T | Q | – | T | . | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| M128 | This study | E | A | S | . | H | A | G | E | . | . | E | . | . | . | . | . | . | . | . | . | V | . | E | K | Q | . | . | M | T | . | S | V | A | T | D | T | F | L | S | A | T | Q | – | T | . | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| M128* | This study | E | A | S | . | H | A | G | E | . | . | E | . | . | . | . | . | . | . | . | . | V | . | E | K | Q | . | V | M | T | V | S | V | A | T | D | T | F | L | S | A | T | Q | – | T | H | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 7 | 7 | 7 | 7 | 8 | 8 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 3 | 4 | 4 | 5 | 6 | 6 | 6 | 6 | 6 | 7 | 8 | 8 | 8 | 8 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 1 | 3 | 4 | 4 | 4 | 4 | 5 | 5 | 5 | 5 | 6 | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3 | 5 | 6 | 7 | 5 | 8 | 0 | 3 | 6 | 9 | 1 | 2 | 7 | 3 | 7 | 7 | 1 | 2 | 4 | 8 | 9 | 2 | 0 | 3 | 5 | 8 | 1 | 4 | 6 | 0 | 2 | 6 | 4 | 1 | 5 | 6 | 9 | 1 | 2 | 5 | 6 | 6 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| M32091 | Reference strain | R | G | A | E | E | I | T | L | N | R | R | P | A | V | L | Q | I | F | E | R | E | N | P | T | T | A | A | F | N | A | N | A | T | H | G | G | A | P | P | K | I | I | – | A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| WHO F | Unemo et al. (2016) | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | N | . | . | . | . | . | . | . | . | – | . | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| WHO F* | This study | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | N | . | . | . | S | . | . | . | . | – | . | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| WHO Y | Unemo et al. (2011) | M | T | P | K | D | V | . | . | S | . | Q | K | V | E | V | K | V | I | A | K | K | E | A | . | . | . | P | L | . | V | Y | . | . | N | S | . | . | . | . | . | . | . | – | . | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| WHO Y* | This study | M | T | P | K | D | V | . | . | S | . | Q | K | V | E | V | K | V | I | A | K | K | E | A | . | . | . | P | L | . | V | Y | . | . | N | S | . | . | . | . | . | . | . | – | . | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| M009 | This study | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | L | . | V | . | G | . | N | . | . | . | . | . | . | . | . | – | . | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| M009* | This study | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | L | . | V | . | G | . | N | . | . | . | . | . | . | . | . | – | . | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| M043 | This study | M | T | P | K | D | V | . | . | S | . | Q | K | V | E | V | K | V | I | A | K | K | E | A | . | . | . | . | L | . | V | Y | . | . | N | S | . | . | . | . | . | . | . | – | . | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| M043* | This study | M | T | P | K | D | V | . | . | S | . | Q | K | V | E | V | K | V | I | A | K | K | E | A | . | . | . | . | L | . | V | Y | . | . | N | S | . | . | S | . | . | . | . | – | . | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| M107 | This study | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | L | . | V | . | G | . | N | . | . | . | . | . | . | . | V | N | V | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| M107* | This study | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | L | . | V | . | G | . | N | . | . | . | . | . | . | . | V | N | V | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| M110 | This study | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | L | . | V | . | G | . | N | . | . | . | . | . | . | . | V | N | V | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| M110* | This study | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | L | . | V | . | G | . | N | . | . | . | . | . | . | . | V | N | V | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| M111 | This study | M | T | P | K | D | V | . | . | S | . | Q | K | V | E | V | K | V | I | A | K | K | E | A | . | . | . | . | L | . | V | Y | . | . | N | S | . | . | . | . | . | . | . | – | . | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| M111* | This study | M | T | P | K | D | V | . | . | S | . | Q | K | V | E | V | K | V | I | A | K | K | E | A | . | . | V | . | L | . | V | Y | . | A | N | S | . | . | S | . | . | . | . | – | . | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| M128 | This study | M | T | P | K | D | V | . | . | S | . | Q | K | V | E | V | K | V | I | A | K | K | E | A | . | . | . | . | L | . | V | Y | . | . | N | S | . | . | . | . | . | . | . | – | . | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| M128* | This study | M | T | P | K | D | V | . | . | S | . | Q | K | V | E | V | K | V | I | A | K | K | E | A | . | . | . | . | L | H | V | Y | . | . | N | S | A | . | S | . | . | . | . | – | . | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino acid changes are represented by a single capital letter. An asterisk indicates isolates after selection. Amino acid modifications after cefixime induction are highlighted in green. Amino acid modifications not reported in the literature are highlighted in blue.