TABLE 1.
Determination of variable regions in the rrl genes of the ECOR collection strains used in this study and E. coli K-12
| Strain and locus | Sequence present ata:
|
|||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Helix 25
|
Helix 45
|
Helix 63
|
Helix 79
|
Helix 98
|
||||||||
| I | II | III | I | II | I | II | I | II | I | II | III | |
| K-12 | ||||||||||||
| rrlA | + | + | + | + | + | |||||||
| rrlB | + | + | + | + | + | |||||||
| rrlC | + | + | + | + | + | |||||||
| rrlD | + | + | + | + | + | |||||||
| rrlE | + | + | + | + | + | |||||||
| rrlG | + | + | + | + | + | |||||||
| rrlH | + | + | + | + | + | |||||||
| ECOR 10 | ||||||||||||
| rrlB | + | + | + | + | + | |||||||
| rrlC | + | + | + | + | + | |||||||
| rrlD | + | + | + | + | + | |||||||
| rrlG | + | + | + | + | + | |||||||
| rrlH | + | + | + | + | + | |||||||
| ECOR 24 | ||||||||||||
| rrlB | + | + | + | + | + | |||||||
| rrlC | + | + | + | + | + | |||||||
| rrlD | + | + | + | + | + | |||||||
| ECOR 35 | ||||||||||||
| rrlB | + | + | + | + | + | |||||||
| rrlC | + | + | + | + | + | |||||||
| rrlE | + | + | + | + | + | |||||||
| rrlG | + | + | + | + | + | |||||||
| ECOR 40 | ||||||||||||
| rrlB | + | + | + | + | + | |||||||
| rrlC | + | + | + | + | + | |||||||
| ECOR 52 | ||||||||||||
| rrlA | + | + | + | + | + | |||||||
| rrlC | + | + | + | + | + | |||||||
| rrlD | + | + | + | + | + | |||||||
| rrlE | + | + | + | + | + | |||||||
| A8190 | ||||||||||||
| rrlA | + | + | + | + | + | |||||||
| rrlC | + | + | + | + | + | |||||||
| rrlE | + | + | + | + | + | |||||||
| rrlG | + | + | + | + | + | |||||||
A plus sign indicates the sequence found at the locus and helix in question.