Table 3.
Genetic distances based on the F gene between isolates in this study and NDV isolates from various genotypes from the data in GenBank.
| S. No. | NDV | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. | KU377533.1_Pigeon_10VIR7155/turtledove/Italy/2010 (G_XXI.2) | |||||||||||||||
| 2. | KC433530.1_NDV_Cormorant/Florida/41105/2012 (G _XIX) | 0.180 | ||||||||||||||
| 3. | KY042142.1_quail/SouthKorea/88-M/514/1988 (G_XX) | 0.101 | 0.147 | |||||||||||||
| 4. | JX915242.1_Avian_avulavirus_1_chicken/DominicanRepublic/28138-4/1986 (G_XVI) | 0.157 | 0.180 | 0.134 | ||||||||||||
| 5. | JX518885.1_NDV_2010_Mali_ML57051T (G_XVIII) | 0.153 | 0.167 | 0.116 | 0.162 | |||||||||||
| 6. | HF969176.1_NDV_chicken/Nigeria/NIE10-310/2011 (G_XVII) | 0.163 | 0.169 | 0.124 | 0.168 | 0.105 | ||||||||||
| 7. | HF969210.1_NDVchicken/Nigeria/NIE10-139/2011 (G_XIV) | 0.176 | 0.186 | 0.151 | 0.179 | 0.130 | 0.130 | |||||||||
| 8. | AY865652.1_NDV_Sterna/Astr/2755/2001 (G_XIII) | 0.132 | 0.164 | 0.113 | 0.151 | 0.111 | 0.114 | 0.129 | ||||||||
| 9. | KC152048.1_Avian_avulavirus_1_isolate_GD450/2011 (G_XII) | 0.143 | 0.167 | 0.112 | 0.150 | 0.103 | 0.113 | 0.125 | 0.093 | |||||||
| 10. | JX518875.1_NDV_2009_Madagascar_MGBBS (G_XI) | 0.206 | 0.217 | 0.176 | 0.199 | 0.204 | 0.196 | 0.237 | 0.195 | 0.208 | ||||||
| 11. | KX857721.1_Avian_avulavirus_1_Mallard/USA/MN/AI10-3434/2010 (G_X) | 0.187 | 0.198 | 0.165 | 0.165 | 0.180 | 0.179 | 0.203 | 0.178 | 0.167 | 0.184 | |||||
| 12. | KT381605.1_NDV_Duck/Guangdong/YF18/2014 (G_IX) | 0.164 | 0.173 | 0.134 | 0.148 | 0.160 | 0.155 | 0.196 | 0.147 | 0.153 | 0.151 | 0.115 | ||||
| 13. | JX012096.2_NDV_strain_AF2240-I (G_VIII) | 0.118 | 0.126 | 0.083 | 0.106 | 0.110 | 0.115 | 0.141 | 0.106 | 0.104 | 0.153 | 0.135 | 0.104 | |||
| 14. | MN557410.1_Avian_orthoavulavirus_1_layer/Indonesia/BYL2-I10/981/2014 (G_VII.2) | 0.135 | 0.162 | 0.105 | 0.151 | 0.115 | 0.120 | 0.139 | 0.097 | 0.104 | 0.196 | 0.165 | 0.150 | 0.098 | ||
| 15. | KY042129.1_Avian_avulavirus_1_pigeon/Egypt/Giza/11/1088/2015 (G_XXI.1.1) | 0.086 | 0.163 | 0.088 | 0.155 | 0.133 | 0.146 | 0.150 | 0.124 | 0.125 | 0.203 | 0.189 | 0.154 | 0.101 | 0.120 | |
| 16. | KT381592.1_NDV_Pigeon/Guangdong/GZ293/2014 (G_VI) | 0.113 | 0.170 | 0.096 | 0.153 | 0.146 | 0.151 | 0.174 | 0.138 | 0.136 | 0.196 | 0.182 | 0.166 | 0.106 | 0.136 | 0.105 |
| 17. | JQ697744.1_Avian_avulavirus_1_chicken/MX/NC04-635/2010 (G_V) | 0.149 | 0.095 | 0.115 | 0.135 | 0.136 | 0.133 | 0.148 | 0.128 | 0.130 | 0.178 | 0.161 | 0.131 | 0.088 | 0.134 | 0.133 |
| 18. | AY741404.1_NDV_strain_Herts/33 (G_IV) | 0.135 | 0.153 | 0.108 | 0.119 | 0.134 | 0.138 | 0.164 | 0.126 | 0.129 | 0.117 | 0.110 | 0.074 | 0.078 | 0.121 | 0.131 |
| 19. | KY247177.1_Avian_avulavirus_1_strain_SH15 (G_III) | 0.169 | 0.178 | 0.143 | 0.156 | 0.160 | 0.164 | 0.199 | 0.154 | 0.154 | 0.164 | 0.125 | 0.085 | 0.111 | 0.144 | 0.162 |
| 20. | DQ195265.1_NDV_strain_LaSota (G_II) | 0.198 | 0.189 | 0.168 | 0.182 | 0.191 | 0.193 | 0.227 | 0.188 | 0.183 | 0.196 | 0.111 | 0.120 | 0.146 | 0.182 | 0.190 |
| 21. | D00243.1_Avian_orthoavulavirus_1 (G_I) | 0.160 | 0.176 | 0.139 | 0.147 | 0.164 | 0.151 | 0.193 | 0.147 | 0.153 | 0.168 | 0.088 | 0.086 | 0.107 | 0.137 | 0.155 |
| 22. | EF564833.1_NDV_Canada_goose/US(OH)/87-78/1987 (Class I) | 0.424 | 0.436 | 0.408 | 0.412 | 0.427 | 0.412 | 0.430 | 0.419 | 0.412 | 0.437 | 0.385 | 0.419 | 0.404 | 0.438 | 0.426 |
| 23. | MZ488467_Layer/Indonesia/Yogyakarta/DOC-HTN20/2020 (G_VII.2) | 0.143 | 0.163 | 0.114 | 0.157 | 0.127 | 0.129 | 0.147 | 0.109 | 0.115 | 0.202 | 0.174 | 0.159 | 0.107 | 0.022 | 0.120 |
| 24. | MZ488466_Layer/Indonesia/LamSel/P032006203/2020 (G_VII.2) | 0.160 | 0.179 | 0.126 | 0.164 | 0.149 | 0.143 | 0.175 | 0.138 | 0.142 | 0.203 | 0.158 | 0.135 | 0.117 | 0.068 | 0.139 |
| 25. | MZ488465Layer/Indonesia/LamSel/P032006078/2020 (G_VII.2) | 0.160 | 0.176 | 0.127 | 0.171 | 0.152 | 0.149 | 0.176 | 0.138 | 0.142 | 0.206 | 0.156 | 0.133 | 0.122 | 0.065 | 0.136 |
| 26. | MZ488464_Chicken/Indonesia/M-Enim/P031909005/2019 (G_VII.2) | 0.146 | 0.174 | 0.114 | 0.161 | 0.127 | 0.134 | 0.148 | 0.108 | 0.119 | 0.201 | 0.173 | 0.158 | 0.108 | 0.020 | 0.127 |
| 27. | MZ488463_Chicken/Indonesia/LamTeng/BRS-20/2020 (G_II) | 0.196 | 0.191 | 0.166 | 0.183 | 0.190 | 0.193 | 0.225 | 0.187 | 0.185 | 0.196 | 0.111 | 0.121 | 0.144 | 0.181 | 0.189 |
| 28. | MZ488462_Chicken/Indonesia/BDL/P032001007/2020 (G_VII.2) | 0.144 | 0.170 | 0.112 | 0.159 | 0.128 | 0.136 | 0.148 | 0.112 | 0.118 | 0.202 | 0.173 | 0.158 | 0.108 | 0.024 | 0.122 |
| 29. | MZ488461_Broiler/Indonesia/Psw/P032009017/2020 (G_I) | 0.163 | 0.181 | 0.135 | 0.153 | 0.157 | 0.147 | 0.179 | 0.130 | 0.144 | 0.175 | 0.113 | 0.107 | 0.107 | 0.099 | 0.153 |
| 30. | MZ488460_Broiler/Indonesia/GK/ISW-19/2019 (G_VII.2) | 0.144 | 0.163 | 0.115 | 0.159 | 0.128 | 0.131 | 0.149 | 0.110 | 0.117 | 0.202 | 0.175 | 0.159 | 0.108 | 0.022 | 0.122 |
|
| ||||||||||||||||
| S. No. | NDV | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 |
|
| ||||||||||||||||
| 1. | KU377533.1_Pigeon_10VIR7155/turtledove/Italy/2010 (G_XXI.2) | |||||||||||||||
| 2. | KC433530.1_NDV_Cormorant/Florida/41105/2012 (G _XIX) | |||||||||||||||
| 3. | KY042142.1_quail/SouthKorea/88-M/514/1988 (G_XX) | |||||||||||||||
| 4. | JX915242.1_Avian_avulavirus_1_chicken/DominicanRepublic/28138-4/1986 (G_XVI) | |||||||||||||||
| 5. | JX518885.1_NDV_2010_Mali_ML57051T (G_XVIII) | |||||||||||||||
| 6. | HF969176.1_NDV_chicken/Nigeria/NIE10-310/2011 (G_XVII) | |||||||||||||||
| 7. | HF969210.1_NDVchicken/Nigeria/NIE10-139/2011 (G_XIV) | |||||||||||||||
| 8. | AY865652.1_NDV_Sterna/Astr/2755/2001 (G_XIII) | |||||||||||||||
| 9. | KC152048.1_Avian_avulavirus_1_isolate_GD450/2011 (G_XII) | |||||||||||||||
| 10. | JX518875.1_NDV_2009_Madagascar_MGBBS (G_XI) | |||||||||||||||
| 11. | KX857721.1_Avian_avulavirus_1_Mallard/USA/MN/AI10-3434/2010 (G_X) | |||||||||||||||
| 12. | KT381605.1_NDV_Duck/Guangdong/YF18/2014 (G_IX) | |||||||||||||||
| 13. | JX012096.2_NDV_strain_AF2240-I (G_VIII) | |||||||||||||||
| 14. | MN557410.1_Avian_orthoavulavirus_1_layer/Indonesia/BYL2-I10/981/2014 (G_VII.2) | |||||||||||||||
| 15. | KY042129.1_Avian_avulavirus_1_pigeon/Egypt/Giza/11/1088/2015 (G_XXI.1.1) | |||||||||||||||
| 16. | KT381592.1_NDV_Pigeon/Guangdong/GZ293/2014 (G_VI) | |||||||||||||||
| 17. | JQ697744.1_Avian_avulavirus_1_chicken/MX/NC04-635/2010 (G_V) | 0.141 | ||||||||||||||
| 18. | AY741404.1_NDV_strain_Herts/33 (G_IV) | 0.136 | 0.112 | |||||||||||||
| 19. | KY247177.1_Avian_avulavirus_1_strain_SH15 (G_III) | 0.169 | 0.138 | 0.072 | ||||||||||||
| 20. | DQ195265.1_NDV_strain_LaSota (G_II) | 0.188 | 0.166 | 0.117 | 0.126 | |||||||||||
| 21. | D00243.1_Avian_orthoavulavirus_1 (G_I) | 0.167 | 0.143 | 0.079 | 0.090 | 0.103 | ||||||||||
| 22. | EF564833.1_NDV_Canada_goose/US(OH)/87-78/1987 (Class I) | 0.424 | 0.412 | 0.406 | 0.396 | 0.412 | 0.399 | |||||||||
| 23. | MZ488467_Layer/Indonesia/Yogyakarta/DOC-HTN20/2020 (G_VII.2) | 0.143 | 0.140 | 0.133 | 0.155 | 0.189 | 0.147 | 0.432 | ||||||||
| 24. | MZ488466_Layer/Indonesia/LamSel/P032006203/2020 (G_VII.2) | 0.159 | 0.154 | 0.124 | 0.141 | 0.129 | 0.125 | 0.432 | 0.082 | |||||||
| 25. | MZ488465Layer/Indonesia/LamSel/P032006078/2020 (G_VII.2) | 0.157 | 0.154 | 0.128 | 0.141 | 0.129 | 0.124 | 0.422 | 0.054 | 0.028 | ||||||
| 26. | MZ488464_Chicken/Indonesia/M-Enim/P031909005/2019 (G_VII.2) | 0.150 | 0.145 | 0.129 | 0.155 | 0.195 | 0.146 | 0.436 | 0.038 | 0.083 | 0.079 | |||||
| 27. | MZ488463_Chicken/Indonesia/LamTeng/BRS-20/2020 (G_II) | 0.190 | 0.165 | 0.117 | 0.126 | 0.004 | 0.101 | 0.412 | 0.188 | 0.128 | 0.127 | 0.193 | ||||
| 28. | MZ488462_Chicken/Indonesia/BDL/P032001007/2020 (G_VII.2) | 0.147 | 0.141 | 0.129 | 0.152 | 0.194 | 0.147 | 0.444 | 0.041 | 0.087 | 0.083 | 0.022 | 0.192 | |||
| 29. | MZ488461_Broiler/Indonesia/Psw/P032009017/2020 (G_I) | 0.163 | 0.145 | 0.094 | 0.112 | 0.139 | 0.068 | 0.402 | 0.114 | 0.140 | 0.142 | 0.115 | 0.136 | 0.115 | ||
| 30. | MZ488460_Broiler/Indonesia/GK/ISW-19/2019 (G_VII.2) | 0.145 | 0.140 | 0.135 | 0.157 | 0.191 | 0.148 | 0.435 | 0.001 | 0.084 | 0.055 | 0.038 | 0.190 | 0.041 | 0.116 | |
NDV=Newcastle disease virus