Table 2.
Proteomic studies in ALS focused on biomarker discovery.
| Disease | Marker | Quantitation | Tissue | Summary | Reference |
|---|---|---|---|---|---|
| Tissue-based proteomic markers in ALS | |||||
| ALS | TDP43 | PRM absolute quantitation |
Prefrontal/motor cortex and spinal cord | An increase in C: N-terminal TDP43 peptide ratio > 1.5, new truncation site-specific trend observed in ALS-TDP | [51,55] |
| ALS (sporadic) |
Calmodulin | Label-free | Spinal cord | Downregulated in ALS | [51] |
| ALS (sporadic) |
ATP5D | Label-free | Spinal cord | Downregulated in ALS | [51] |
| ALS | UCHL1 | Label-free and MRM | Spinal cord | Upregulated in ALS and correlated with CSF | [52] |
| ALS | MAP2 | Label-free and MRM | Spinal cord | Upregulated in ALS and correlated with CSF | [52] |
| ALS | GPNMB | Label-free and MRM | Spinal cord | Upregulated in ALS and correlated with CSF | [52] |
| Plasma/Serum proteomics biomarkers in ALS | |||||
| ALS | Gelsolin | LFQ and MRM | Plasma | Differentially expressed in ALS | [56,57,58] |
| ALS | Clusterin | MRM | Plasma | Downregulated in ALS | [57,58] |
| ALS | CD5L | MRM | Plasma | Differentially expressed in ALS | [57,58] |
| ALS | Ficolin 3 | MRM | Plasma | Upregulated in ALS | [57,58] |
| CSF proteomic biomarkers in ALS | |||||
| ALS | α-1-antichymotrypsin | LFQ | CSF | In CSF, 118 proteins were significantly altered in ALS compared to controls | [56] |
| ALS | Amyloid beta A4 protein | LFQ | CSF | In CSF, 118 proteins were significantly altered in ALS compared to controls | [56] |
| ALS | Gelsolin | LFQ | CSF | In CSF, 118 proteins were significantly altered in ALS compared to controls | [56] |
| ALS | Chitinase-3-like protein 1 (CHI3L1) |
LFQ | CSF | Upregulated | [59] |
| ALS | Chitinase-3-like protein 2 (CHI3L2) |
LFQ, TMT | CSF | Upregulated in mutated C9orf72 symptomatic ALS compared to asymptomatic controls with C9orf72 mutations | [59,60] |
| ALS | Chitotriosidase-1 (CHIT-1) | LFQ, TMT | CSF | Upregulated in mutated C9orf72 symptomatic ALS compared to asymptomatic controls with C9orf72 mutations | [59,60] |
| ALS | Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1 (UCHL1) | LFQ, TMT, MRM | CSF | Upregulated in mutated C9orf72 symptomatic ALS compared to asymptomatic controls with C9orf72 mutations | [52,59,60] |
| ALS | MAP2 | MRM | CSF | Upregulated | [52] |
| ALS | CAPG | MRM | CSF | Upregulated | [52] |
| ALS | GPNMB | MRM | CSF | Upregulated | [52] |
| ALS | CRYAB | TMT | CSF | Upregulated in mutated C9orf72 symptomatic ALS compared to asymptomatic controls with C9orf72 mutations | [60] |
| ALS | PFN1 | TMT | CSF | Upregulated in mutated C9orf72 symptomatic ALS compared to asymptomatic controls with C9orf72 mutations | [60] |
| ALS | TFRC | TMT | CSF | Upregulated in mutated C9orf72 symptomatic ALS compared to asymptomatic controls with C9orf72 mutations | [60] |
| ALS | TREM2 | TMT | CSF | Upregulated in C9orf72 variant-associated symptomatic ALS compared to asymptomatic controls with C9orf72 variants | [60] |
| ALS | TXNDC17 | TMT | CSF | Upregulated in mutated C9orf72 variant-associated symptomatic ALS compared to asymptomatic controls with C9orf72 variants | [60] |
| ALS | NEFM | TMT | CSF | Upregulated in mutated C9orf72 symptomatic ALS compared to asymptomatic controls with C9orf72 mutations | [60] |
| Exosomal biomarkers in ALS | |||||
| ALS | Gelsolin | LFQ | CSF exosomes | Upregulated in C9orf mutated ALS cases | [61] |
| ALS | Clusterin | LFQ | CSF exosomes | Upregulated | [61] |
| ALS | UBA1 | LFQ | CSF exosomes | Upregulated in C9orf mutated ALS cases | [61] |
| ALS | NIR | LFQ | CSF exosomes | Upregulated in sporadic ALS | [62] |
| ALS | TDP43 | LFQ | Plasma exosomes | Levels correlated with longitudinal progression | [63] |