Table 2.
Gene-specific frequencies of copy number alterations by MLPA in pregnancy-associated breast cancer (PABC) and non-PABC patients. Mean and median MLPA copy number ratio, including standard deviation (stdev) and interquartile range (iqr), as well as the results of inter-group statistical comparison, are also given
| PABC (N = 31) | non-PABC (n = 23) | chi-square statistics | |||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Gene | Chr | mean | stdev | median | iqr | loss | gain | HL amp | mean | stdev | median | iqr | loss | gain | HL amp | L vs N | GA vs N |
| ESR1 | 6q | 0,99 | 0,26 | 0,92 | 0,28 | 9% | 9% | 0% | 1,10 | 0,20 | 1,09 | 0,31 | 0% | 13% | 0% | 0,25 | 0,69 |
| EGFR | 7p | 1,12 | 0,32 | 1,05 | 0,19 | 0% | 13% | 3% | 0,95 | 0,16 | 0,96 | 0,21 | 3% | 0% | 0% | 0,46 | 0,13 |
| ZNF703 | 8p | 1,06 | 0,33 | 1,16 | 0,42 | 38% | 19% | 0% | 1,07 | 0,25 | 1,05 | 0,22 | 13% | 9% | 0% | 0,36 | 0,45 |
| FGFR1 | 8p | 1,04 | 0,29 | 1,04 | 0,33 | 31% | 13% | 0% | 1,12 | 0,43 | 1,02 | 0,41 | 16% | 13% | 3% | 0,77 | 1,00 |
| ADAM9 | 8p | 0,95 | 0,33 | 0,93 | 0,40 | 22% | 9% | 0% | 1,04 | 0,27 | 1,00 | 0,39 | 6% | 16% | 0% | 0,45 | 0,44 |
| IKBKB | 8p | 1,10 | 0,25 | 1,07 | 0,27 | 13% | 25% | 0% | 1,22 | 0,34 | 1,12 | 0,45 | 6% | 25% | 3% | 1,00 | 0,54 |
| PRDM14 | 8q | 1,17 | 0,30 | 1,12 | 0,40 | 3% | 28% | 3% | 1,37 | 0,45 | 1,21 | 0,29 | 0% | 28% | 6% | 1,00 | 0,49 |
| MTDH | 8q | 1,26 | 0,26 | 1,23 | 0,25 | 0% | 31% | 3% | 1,46 | 0,36 | 1,42 | 0,45 | 0% | 41% | 9% | no loss | 0,08 |
| MYC | 8q | 1,57 | 0,34 | 1,63 | 0,51 | 0% | 75% | 6% | 1,81 | 1,22 | 1,59 | 0,69 | 0% | 53% | 13% | no loss | 0,98 |
| CCND1 | 11q | 1,44 | 0,65 | 1,27 | 0,46 | 0% | 44% | 9% | 1,21 | 0,25 | 1,16 | 0,32 | 0% | 22% | 0% | no loss | 0,27 |
| EMSY | 11q | 1,04 | 0,24 | 0,98 | 0,23 | 6% | 22% | 0% | 1,16 | 0,21 | 1,14 | 0,28 | 0% | 19% | 0% | 0,50 | 0,87 |
| CDH1 | 16q | 1,08 | 0,17 | 1,09 | 0,21 | 0% | 9% | 0% | 1,18 | 0,36 | 1,17 | 0,30 | 0% | 16% | 3% | no loss | 0,26 |
| CPD | 17q | 0,87 | 0,15 | 0,88 | 0,17 | 9% | 0% | 0% | 0,93 | 0,12 | 0,96 | 0,16 | 3% | 0% | 0% | 0,63 | no GA |
| MED1 | 17q | 0,94 | 0,22 | 0,91 | 0,27 | 16% | 3% | 0% | 0,97 | 0,15 | 0,98 | 0,14 | 3% | 3% | 0% | 0,23 | 1,00 |
| ERBB2 | 17q | 1,02 | 0,22 | 1,01 | 0,34 | 3% | 13% | 0% | 0,99 | 0,18 | 0,95 | 0,16 | 0% | 3% | 0% | 1,00 | 0,37 |
| CDC6 | 17q | 1,01 | 0,19 | 1,01 | 0,26 | 6% | 6% | 0% | 1,08 | 0,23 | 1,03 | 0,17 | 0% | 6% | 0% | 0,50 | 1,00 |
| TOP2A | 17q | 0,93 | 0,22 | 0,92 | 0,31 | 19% | 3% | 0% | 1,01 | 0,17 | 1,06 | 0,23 | 0% | 3% | 0% | 0,03 | 1,00 |
| MAPT | 17q | 0,92 | 0,18 | 0,92 | 0,28 | 9% | 0% | 0% | 0,90 | 0,11 | 0,89 | 0,08 | 3% | 0% | 0% | 1,00 | no GA |
| PPM1D | 17q | 1,07 | 0,27 | 1,09 | 0,34 | 9% | 19% | 0% | 1,07 | 0,27 | 0,96 | 0,22 | 0% | 16% | 0% | 0,25 | 1,00 |
| BIRC5 | 17q | 1,15 | 0,26 | 1,16 | 0,34 | 6% | 34% | 0% | 1,32 | 0,36 | 1,25 | 0,28 | 0% | 31% | 6% | 0,51 | 0,51 |
| CCNE1 | 19q | 1,06 | 0,17 | 1,01 | 0,19 | 0% | 6% | 0% | 1,16 | 0,35 | 1,08 | 0,20 | 3% | 13% | 3% | 0,40 | 0,22 |
| AURKA | 20q | 0,97 | 0,27 | 0,96 | 0,23 | 6% | 6% | 0% | 1,22 | 0,57 | 1,15 | 0,34 | 0% | 16% | 3% | 0,50 | 0,12 |