Skip to main content
. 2022 Jun 23;28(17):3742–3751. doi: 10.1158/1078-0432.CCR-22-0203

Table 2.

HDR (functional score) of BRCA2 missense DBD variants and ACMG framework classification.

ACMG codes Classification
Variant (p.) HDR Score PM1 PM5 PP1 PM3/BP2 PP3/BP4 (PROVEAN) BA1/BS1/PM2 (Frequency) BP5 PP_Multifac/BP_Multifac PS3/BS3 Pre-HDR Post-HDR
p.Val2908Gly 2.53 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3 LBEN LBEN
p.Ser2522Phe 2.85 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3 LBEN LBEN
p.Leu2972Trp 2.78 PM1 — — — BP4 — — — BS3 VUS LBEN
p.Gly2584Asp 2.79 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3 VUS LBEN
p.Arg2494Gln 2.79 PM1 — — — BP4 — — — BS3 VUS LBEN
p.Arg2488Ser 2.96 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3 VUS LBEN
p.Pro2771Leu 2.81 PM1 — — — PP3 PM2 — — BS3 VUS VUS
p.Arg2488Gly 2.92 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3 LBEN LBEN
p.Val2969Met 3.01 PM1 — — BP2 BP4 — — — BS3 LBEN LBEN
p.Arg2787Cys 2.90 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3-publishedb LBEN LBEN
p.Leu3011Pro 3.12 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3 VUS LBEN
p.Ser2807Leu 3.04 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3 VUS LBEN
p.Arg2973His 3.08 PM1 — — — BP4 — — BP_Multifac BS3 LBEN LBEN
p.Pro2767Ser 3.05 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3 VUS LBEN
p.Tyr3035Ser 3.10 PM1 — — BP2 BP4 — — — BS3 LBEN LBEN
p.Gln3026Glu 3.06 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3 VUS LBEN
p.Gly2508Ser 3.22 PM1 — — BP2 BP4 BS1_Supporting — — BS3 LBEN LBEN
p.Val3081Ala 3.22 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3-publishedb LBEN LBEN
p.Pro2608Ala 3.47 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3 VUS LBEN
p.Tyr3049Cys 3.32 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3 VUS LBEN
p.Phe2600Cys 3.33 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3 VUS LBEN
p.Ala2770Asp 3.51 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3 VUS LBEN
p.Cys2646Trp 3.39 PM1 — — — PP3 PM2 — — BS3 VUS VUS
p.Leu2768His 3.40 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3 VUS LBEN
p.Cys2765Gly 3.41 PM1 — — — PP3 PM2 — — BS3 VUS VUS
p.Cys3069Arg 3.52 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3 VUS LBEN
p.Arg2520Pro 3.54 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3 VUS LBEN
p.Phe2794Leu 3.56 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3 VUS LBEN
p.Ile2495Thr 3.59 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3-publishedb LBEN LBEN
p.Leu2587Phe 3.77 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3 VUS LBEN
p.Tyr3092Cys 3.62 PM1 — — — PP3 — — BP_Multifac BS3 LBEN LBEN
p.Ser3123Gly 3.72 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3 VUS LBEN
p.Leu2929Trp 3.85 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3-publishedb LBEN LBEN
p.Phe2873Cys 3.79 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3-publishedb LBEN LBEN
p.Arg2991His 3.90 PM1 — — — BP4 — — — BS3-publishedb LBEN LBEN
p.Pro2639Ala 3.98 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3-publishedb LBEN LBEN
p.Thr2662Met 3.89 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3 VUS LBEN
p.Arg2625Lys 3.94 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3 VUS LBEN
p.Glu2769Gln 3.97 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3 VUS LBEN
p.Arg2787His 3.97 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3-publishedb LBEN LBEN
p.Thr2515Ile 4.22 PM1 — — — BP4 — — BP_Multifac BS3 LBEN LBEN
p.Asp2679Gly 4.12 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3-publishedb LBEN LBEN
p.Ile2672Val 4.37 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3-publishedb LBEN LBEN
p.Pro3039Leu 4.13 PM1 — — — BP4 — — — BS3-publishedb LBEN LBEN
p.Tyr3035Cys 4.16 PM1 — — — BP4 — — — BS3 VUS LBEN
p.Arg2520Gln 4.23 PM1 — — — BP4 — — — BS3-publishedb LBEN LBEN
p.Gly2901Asp 4.25 PM1 — — — BP4 — — — BS3-publisheda LBEN LBEN
p.Glu3071Asp 4.30 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3-publishedb LBEN LBEN
p.Ile2490Thr 4.48 PM1 — — — BP4 BA1 — — BS3-publishedb BEN BEN
p.Ser2810Gly 4.37 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3 VUS LBEN
p.Arg2888Cys 4.57 PM1 — — BP2 BP4 — — — BS3-publisheda LBEN LBEN
p.Leu2774Arg 4.41 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3 VUS LBEN
p.Gly2544Ser 4.43 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3 VUS LBEN
p.Ser2695Leu 4.45 PM1 — — BP2 BP4 PM2 — — BS3 LBEN LBEN
p.Leu2865Val 4.45 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3-publishedb LBEN LBEN
p.Val2728Ala 4.49 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3 VUS LBEN
p.Asp3170Gly 4.73 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3-publishedb LBEN LBEN
p.Pro2735Arg 4.51 PM1 — — — PP3 PM2 — — BS3 VUS VUS
p.Lys2849Glu 4.56 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3-publishedb LBEN LBEN
p.Pro2827Ser 4.61 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3 VUS LBEN
p.Asp2665Gly 4.74 PM1 — — — BP4 — — — BS3-publishedb LBEN LBEN
p.Ser2533Cys 4.64 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3 VUS LBEN
p.Gln2561Arg 4.66 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3 VUS LBEN
p.Gly3086Ala 4.73 PM1 — — — BP4 — — — BS3 VUS LBEN
p.Pro2785Leu 4.79 PM1 — — — PP3 PM2 — — BS3 VUS VUS
p.Ser2704Phe 4.81 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3-publisheda LBEN LBEN
p.Gln2858Arg 4.81 PM1 — — — BP4 PM2 BP5 — BS3 LBEN LBEN
p.Glu2981Lys 4.86 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3 VUS LBEN
p.Val3079Ile 5.16 PM1 — — BP2 BP4 BS1_Supporting — — BS3-publisheda LBEN LBEN
p.Glu3152Lys 4.90 PM1 — — — BP4 — BP5 — BS3 LBEN LBEN
p.Tyr3098His 5.31 PM1 — — — BP4 BS1_Supporting — — BS3-publisheda LBEN LBEN
p.Arg2678Gly 5.12 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3 VUS LBEN
p.Asp2913Glu 4.92 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3-publishedb LBEN LBEN
p.Ser2806Leu 4.94 PM1 — — — BP4 BS1_Supporting — — BS3 LBEN LBEN
p.Ala3029Val 4.95 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3 VUS LBEN
p.Ala2756Gly 5.18 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3 VUS LBEN
p.Ser3070Phe 5.00 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3 VUS LBEN
p.Arg2502Cys 5.04 PM1 — — BP2 BP4 BS1_Supporting BP5 — BS3 LBEN LBEN
p.Ser2483Asn 5.09 PM1 — — BP2 BP4 PM2 — — BS3 LBEN LBEN
p.Asp2965His 5.33 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3-publishedb LBEN LBEN
p.Asp2712Asn 5.19 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3 VUS LBEN
p.Gln2858Lys 5.23 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3 VUS LBEN
p.Cys3069Gly 5.37 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3 VUS LBEN
p.Ser2697Asn 5.39 PM1 — — BP2 BP4 — — — BS3 LBEN LBEN
p.Lys2950Asn 5.41 PM1 — — — BP4 BS1_Supporting BP5_Strong — BS3 BEN BEN
p.Ile3107Thr 5.61 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3 VUS LBEN
p.Glu2571Gly 5.50 PM1 — — — BP4 — — — BS3-publishedb LBEN LBEN
p.Asp3112Asn 5.67 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3 VUS LBEN
p.Met2676Thr 5.66 PM1 — — — BP4 PM2 — — BS3-publishedb LBEN LBEN

Note: PM1, protein structure; PM5, pathogenic effect for alteration of same residue; PM3, Fanconi anemia phenotype; BP2, healthy biallelic patients; PP1, cosegregation in family; BA1/BS1/PM2, Population Frequency Codes; BP5, Co, occurrence.

Abbreviations: BEN, Benign; CI, confidence interval; HDR, homology directed repair; LBEN, Likely Benign; LPATH, Likely Pathogenic; Multifac, Multi-factorial; P, Pathogenic; VUS, Variant of Uncertain Significance.

aBS3, published, previous classification using BS3/PS3 evidence from HDR assays published by the Couch laboratory.

bBS3, published, previously classified using BS3/PS3 evidence from functional studies by Couch and other laboratories (see Supplementary Table S2).