Table 1.
Summary of q RT-PCR oligonucleotide primers used in measuring mRNA expression in mitochondrial structural, biogenesis, synaptic genes and autophagy and mitophagy genes.
| Gene | DNA Sequence (5′-3′) | PCR Product Size |
|---|---|---|
| Mitochondrial Structural Genes | ||
| Drp1 | Forward Primer ATGCCAGCAAGTCCACAGAA | 86 |
| Reverse Primer TGTTCTCGGGCAGACAGTTT | ||
| Fis1 | Forward Primer CAAAGAGGAACAGCGGGACT | 95 |
| Reverse Primer ACAGCCCTCGCACATACTTT | ||
| Mfn1 | Forward Primer GCAGACAGCACATGGAGAGA | 83 |
| Reverse Primer GATCCGATTCCGAGCTTCCG | ||
| Mfn2 | Forward Primer TGCACCGCCATATAGAGGAAG | 78 |
| Reverse Primer TCTGCAGTGAACTGGCAATG | ||
| Opa1 | Forward Primer ACCTTGCCAGTTTAGCTCCC | 82 |
| Reverse Primer TTGGGACCTGCAGTGAAGAA | ||
| Mitochondrial Biogenesis Genes | ||
| PGC1α | Forward Primer GCAGTCGCAACATGCTCAAG | 83 |
| Reverse Primer GGGAACCCTTGGGGTCATTT | ||
| Nrf1 | Forward Primer AGAAACGGAAACGGCTCAT | 96 |
| Reverse Primer CATCCAACGTGGCTCTGAGT | ||
| Nrf2 | Forward Primer ATGGAGCAAGTTTGGCAGGA | 96 |
| Reverse Primer GCTGGGAACAGAGGTAGTAT | ||
| TFAM | Forward Primer TCCACAGAACAGCTACCCAA | 84 |
| Reverse Primer CCACAGGGCTGCAATTTTCC | ||
| Synaptic Genes | ||
| Synaptophysin | Forward Primer CTGCGTTAAAGGGGGCACTA | 81 |
| Reverse Primer ACAGCCACGGTGACAAAGAA | ||
| PSD95 | Forward Primer CTTCATCCTTGCTGGGGGTC | 90 |
| Reverse Primer TTGCGGAGGTCAACACCATT | ||
| Synapsin 1 | Forward Primer TGAGGACATCAGTGTCGGGTAA | 64 |
| Reverse Primer GGCAATCTGCTCAAGCATAGC | ||
| Synapsin 2 | Forward Primer TCCCACTCATTGAGCAGACATACT | |
| Reverse Primer GGGAACGTAGGAAGCGTAAGC | ||
| Synaptobrevin 1 | Forward Primer TGCTGCCAAGCTAAAAAGGAA | 68 |
| Reverse Primer CAGATAGCTCCCAGCATGATCA | ||
| Synaptobrevin 2 | Forward Primer GGGACCAGAAGTTGTCGGAG | 89 |
| Reverse Primer CTTGAGCTTGGCTGCACTTG | ||
| Neurogranin | Forward Primer CTCCAAGCCAGACGACGATA | 83 |
| Reverse Primer AACTCGCCTGGATTTTGGCT | ||
| Mitophagy genes | ||
| PINK1 | Forward Primer CCATCGGGATCTCAAGTCCG | 70 |
| Reverse Primer GATCACTAGCCAGGGACAGC | ||
| Parkin | Forward Primer AGAGGTCCAGTTAAACCCACC | 90 |
| Reverse Primer GAGGGTTGCTTGTTTGCAGG | ||
| ATG5 | Forward Primer TCCATCCAAGGATGCGGTTG | 95 |
| Reverse Primer TCTGCATTTCGTTGATCACTTGAC | ||
| BCL2 | Forward Primer TCCTTCCAGCCTGAGAGCAA | 73 |
| Reverse Primer GCCTGAGAGGAGACGTCCTG | ||
| LC3B | Forward Primer TCCACTCCCATCTCCGAAGT | 94 |
| Reverse Primer TTGCTGTCCCGAATGTCTCC | ||