Table 1.

Gene identity and cut-off points for read mapping analysis

Gene	Identity (%)	Reference	Cut-off used (%)
hag	56.6–85	[24, 28]	55
uspA1	Modular	[28]	–
uspA2	Modular	[28]	–
uspa2H	Modular	[28]	–
modM	70	[28]	70
mhaB1	68.8	[28]	68
mhaB2	98	[28]	90
mhaC	Not published	–	70
tbpA	98	[28]	90
tbpB	51	[28]	50
lbpA	99	[28]	90
lbpB	77	[28]	75
pilA	>78	[28, 82]	70
pilQ	Not published	–	70
pilT	Not published	–	70
ompG1a	90	[28]	90
ompG1b	92	[28]	90
mcmA	Not published	[28]	70
sbp2	99.8	[28]	90
copB	76.1	[28]	70
ompCD	97.1	[28]	95
ompE	96.6–100	[28]	97
mcaP	98–100	[28]	98
m35	92.8–99.4	[28]	90
msp22	99	[28]	90
msp75	97	[28]	90
msp78	99	[28]	90
afeA	87–100	[28]	85
mclS	99	[83]	90
oppA	98.7	[28]	90