Table 3.
Isolate |
BBH18 |
NCTC 11020 |
57 |
1343 |
1470 |
10 309 |
1077 |
1648 |
608 |
1227 |
626 |
1080 |
1833 |
37 |
687 |
1592 |
19 |
20 |
628 |
18 |
|
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
copB |
|||||||||||||||||||||
ompCD |
|||||||||||||||||||||
ompE |
|||||||||||||||||||||
ompG1a |
|||||||||||||||||||||
ompG1b |
|||||||||||||||||||||
mid/hag |
|||||||||||||||||||||
mcaP |
|||||||||||||||||||||
m35 |
|||||||||||||||||||||
mhaB1 |
|||||||||||||||||||||
mhaB2 |
|||||||||||||||||||||
mhaC |
|||||||||||||||||||||
tbpA |
|||||||||||||||||||||
tbpB |
|||||||||||||||||||||
lbpA |
|||||||||||||||||||||
lbpB |
|||||||||||||||||||||
msp22 |
|||||||||||||||||||||
msp75 |
|||||||||||||||||||||
msp78 |
|||||||||||||||||||||
afeA |
|||||||||||||||||||||
mcmA |
|||||||||||||||||||||
mclS |
|||||||||||||||||||||
pilA |
|||||||||||||||||||||
pilQ |
|||||||||||||||||||||
pilT |
|||||||||||||||||||||
modM |
|||||||||||||||||||||
oppA |
|||||||||||||||||||||
sbp2 |
|||||||||||||||||||||
LOS type |
B |
A |
A |
A |
C |
B |
A |
C |
C |
A |
A |
A |
A |
A |
A |
A |
A |
A |
A |
A |
|
MLST |
128 |
56 |
386 |
389 |
390 |
381 |
388 |
384 |
385 |
383 |
379 |
380 |
380 |
378 |
387 |
382 |
46 |
46 |
46 |
46 |
|
16S type |
1 |
1 |
1 |
1 |
1 |
2 |
1 |
3 |
2 |
2 |
3 |
3 |
3 |
3 |
3 |
2 |
2 |
2 |
2 |
2 |
|
β-Lactamase (bla BRO) |
2 |
1 |
1 |
2 |
1 |
1 |
2 |
2 |
1 |
1 |
1 |
1 |
2 |
1 |
2 |
1 |
1 |
1 |
1 |
||
Age (years) |
School age |
2 |
6 |
81 |
75 |
4 |
6 |
34 |
1 |
1 |
2 |
7 |
81 |
85 |
5 |
41 |
43 |
3 |
26 |
||
Clade |
1 |
1 |
1 |
1 |
1 |
1 |
1 |
2 |
2 |
2 |
2 |
2 |
2 |
2 |
2 |
2 |
2 |
2 |
2 |
2 |
|
Gene presence |
LOS type |
MLST |
16S type |
β-Lactamase gene |
Age range (years) |
Core-genome phylogeny clade |
|||||||||||||||
Present |
A |
46 |
1 |
bla BRO-1 |
0–4 |
1 |
|||||||||||||||
Absent |
B |
56 |
2 |
bla BRO-2 |
5–16 |
2 |
|||||||||||||||
C |
128 |
3 |
17–59 |
||||||||||||||||||
378 |
60+ |
||||||||||||||||||||
379 |
|||||||||||||||||||||
380 |
|||||||||||||||||||||
381 |
|||||||||||||||||||||
382 |
|||||||||||||||||||||
383 |
|||||||||||||||||||||
384 |
|||||||||||||||||||||
385 |
|||||||||||||||||||||
386 |
|||||||||||||||||||||
387 |
|||||||||||||||||||||
388 |
|||||||||||||||||||||
389 |
|||||||||||||||||||||
390 |