Standard | Spezifischer Bereich | Einsatzbereich des Standards |
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American College of Medical Genetics (Variant Interpretation Guidelines) |
Einschätzung der Pathogenität von genetischen Varianten | Regeln zur Einteilung von Sequenzvarianten in die 5 Klassen: 1) Normvariante („benign“), 2) wahrscheinliche Normvariante („likely benign“), 3) Variante unklarer klinischer Relevanz („variant of unknown significance“, VUS), 4) VUS, wahrscheinlich pathogen („likely pathogenic“) und 5) VUS pathogen („pathogenic“; [7]) |
GA4GH Phenopacket Schema (Global Alliance for Genomics and Health) |
Schema zur Erfassung klinischer Informationen | Ein Datenschema der GA4GH, welches Informationen über phänotypische Abnormitäten, klinische Messwerte, Behandlungen, Biopsien und genetisch/genomische Befunde erfasst [13, 14] |
HGVS (Human Genome Variation Society) |
Benennung von genetischen Varianten | Syntax zur Beschreibung von verschiedenen Varianten auf DNA-, RNA- und Proteinebene [5] |
HPO (Human Phenotype Ontology) |
Beschreibung phänotypischer Abnormitäten | Ontologie zur Benennung von abnormalen klinischen Merkmalen (s. Text; [8, 9]) |
MAxO (Medical Action Ontology) |
Klinisches Management | Die neue Medical Action Ontology beschreibt Behandlungen und andere medizinische Handlungen, welche dem klinischen Management dienen |
Mondo (Mondo Disease Ontology) |
Nosologie aller Erkrankungen | Eine Nosologie, die zahlreiche andere Nosologien miteinander verbindet und vereinheitlicht [12] |
OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man) |
Monogene Erkrankungen | Zusammenfassung relevanter Informationen zu monogenen und ausgewählten anderen Erkrankungen bzw. zu Genen und deren Funktionen [4] |
ORDO (Orphanet Rare Disease Ontology) |
Nosologie Seltener Erkrankungen | Eine Nosologie (Krankheitsontologie) mit Informationen zu Erkrankungen und deren Prävalenzen, Genassoziationen und HPO-basierten Symptombeschreibungen aus der Orphanet-Ressource [10] |
ORPHAcodes | ORPHAcodes | International geltendes Klassifizierungssystem für Diagnosen im Bereich der seltenen Krankheiten [11] |
VCF (Variant Call Format) |
Beschreibung von genetischen Varianten, die durch Next-Generation-Sequenzierung (NGS) nachgewiesen wurden | Schema zur Spezifizierung von genetischen Varianten, die durch NGS-Methoden wie Exom- oder Genomsequenzierung identifiziert werden; das VCF-Schema enthält verschiedene Felder mit Informationen über die Sequenzqualität und -tiefe und die Allelverteilung usw. [6] |