Table 1.
Haplotype frequencies of 28 polymutants (A67V, T95I, G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, Q493R, G496S, Q498R, N501Y, Y505H, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, K796Y, N856K, Q954H, N69K, L981F), observed among all Omicron viruses.
| Polymutant haploytypes | Freq | A67 | T95 | G339 | S371 | S373 | S375 | K417 | N440 | G446 | S477 | T478 | E484 | Q493 | G496 | Q498 | N501 | Y505 | T547 | D614 | H655 | N679 | P681 | N764 | D796 | N856 | Q954 | N969 | L981 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Mutant | V | I | D | L | P | F | N | K | S | N | K | A | R | S | R | Y | H | K | G | Y | K | H | K | Y | K | H | K | F | |
| VIDLPFNKSNKARSRYHKGYKHKYKHKF | 3958 | ||||||||||||||||||||||||||||
| VIDLPFKNGNKARSRYHKGYKHKYKHKF | 45 | K | N | G | |||||||||||||||||||||||||
| VIDLPFKKSNKARSRYHKGYKHKYKHKF | 36 | K | |||||||||||||||||||||||||||
| VIDSSSKKSNKARSRYHKGYKHKYKHKF | 24 | S | S | S | K | ||||||||||||||||||||||||
| VIDLPFKNGNKARSRYHKGYKHNYKHKF | 8 | K | N | G | N | ||||||||||||||||||||||||
| VIDLPFNKSNKARSRYHKGYKHNYKHKF | 8 | N | |||||||||||||||||||||||||||
| VIDLPSNKSNKARSRYYKGYKHKYKHKF | 8 | S | Y | ||||||||||||||||||||||||||
| VIDFPFNKSNKARGRYHTGYKHKYNHKL | 6 | F | G | T | N | L | |||||||||||||||||||||||
| VIDLPFNKSNKARSRYHKGYKHNDNQNL | 6 | N | D | N | Q | N | L | ||||||||||||||||||||||
| VIGLPFNKSNKARSRYHKGYKHKYKHKF | 6 | G | |||||||||||||||||||||||||||
| VIDLPFNKSNKVRSRYHKGYKHKYKHKF | 5 | V | |||||||||||||||||||||||||||
| VIDLPFNNSNKARSRYHKGYKHKYKHKF | 5 | N | |||||||||||||||||||||||||||
| VIDLPSNKSNKARSRYHKGYKHKYKHKF | 5 | S | |||||||||||||||||||||||||||
| VIDSSSNKSNKARSRYHKGYKHKYKHKF | 5 | S | S | S | |||||||||||||||||||||||||
| VTDLPFNKSNKARSRYHKGYKHKYKHKF | 5 | T | |||||||||||||||||||||||||||
| All rare haplotypes (< 5)* | 166 |
*Full list of all haplotypes are given in the supplementary materials.