Table 3.

CPASSOC results for the “tissue across all phenotypes” analysis, annotated with false discovery rate and Bonferroni-adjusted p value calculated

Phenotype	Phet	FDRphet	Bonfphet†	Phom	FDRphom	Bonfphom	chr	Gene name
Nic Dep	3.49E − 09	2.50E − 05	2.50E − 05	7.16E − 06	1.43E − 03	5.14E − 02	2	COA5
Alc Dep	1.76E − 06	6.32E − 03	1.26E − 02	4.75E − 01	9.17E − 01	1.00E + 00	6	HLA-B
Alc Dep	1.42E − 05	2.42E − 02	1.02E − 01	1.42E − 02	1.13E − 01	1.00E + 00	7	GPC2
Alc Dep	1.55E − 05	2.42E − 02	1.11E − 01	1.78E − 04	1.04E − 02	1.00E + 00	6	HCG27
Cannabis craving	1.69E − 05	2.42E − 02	1.21E − 01	6.55E − 09	1.98E − 05	4.70E − 05	19	ZNF304
Can Dep	2.43E − 05	2.80E − 02	1.75E − 01	1.10E − 08	1.98E − 05	7.93E − 05	2	LY75
Family alcoholism	2.73E − 05	2.80E − 02	1.96E − 01	5.51E − 09	1.98E − 05	3.95E − 05	2	SEPTIN2
Alc Dep	5.31E − 05	4.41E − 02	3.81E − 01	9.09E − 01	9.90E − 01	1.00E + 00	17	TRPV3
Can Dep	5.53E − 05	4.41E − 02	3.97E − 01	1.87E − 08	2.43E − 05	1.34E − 04	6	MTRF1L
Nic Dep	6.21E − 05	4.46E − 02	4.46E − 01	1.08E − 08	1.98E − 05	7.76E − 05	7	SSPOP
Family alcoholism	1.36E − 05	7.86E − 02	5.50E − 01	1.10E − 08	2.23E − 04	4.44E − 04	2	SEPTIN2
Cannabis craving	8.44E − 06	6.80E − 02	3.40E − 01	1.31E − 08	2.23E − 04	5.28E − 04	19	ZNF304
Nic Dep	3.11E − 05	1.37E − 01	1.00E + 00	2.16E − 08	2.23E − 04	8.72E − 04	7	SSPOP
Can Dep	1.22E − 05	7.86E − 02	4.90E − 01	2.21E − 08	2.23E − 04	8.90E − 04	2	LY75
Can Dep	2.77E − 05	1.37E − 01	1.00E + 00	3.74E − 08	2.73E − 04	1.51E − 03	6	MTRF1L
Cannabis craving	4.58E − 05	1.37E − 01	1.00E + 00	4.06E − 08	2.73E − 04	1.64E − 03	3	CCDC66
Family alcoholism	4.76E − 05	1.37E − 01	1.00E + 00	6.75E − 08	3.88E − 04	2.72E − 03	1	PPIE
Alc Dep	1.42E − 04	2.71E − 01	1.00E + 00	1.77E − 07	8.91E − 04	7.13E − 03	16	CIAO3
Can Dep	1.73E − 04	2.75E − 01	1.00E + 00	2.09E − 07	9.21E − 04	8.41E − 03	22	RRP7A
Nic Dep	1.85E − 04	2.75E − 01	1.00E + 00	2.33E − 07	9.21E − 04	9.38E − 03	19	SLC7A9
Family alcoholism	2.68E − 04	3.33E − 01	1.00E + 00	2.51E − 07	9.21E − 04	1.01E − 02	14	RPL36AL
Family alcoholism	2.90E − 04	3.37E − 01	1.00E + 00	4.02E − 07	1.27E − 03	1.62E − 02	2	FOXN2
Alc Dep	7.52E − 05	2.02E − 01	1.00E + 00	4.11E − 07	1.27E − 03	1.65E − 02	14	RPL36AL
Family alcoholism	2.67E − 04	3.33E − 01	1.00E + 00	5.56E − 07	1.60E − 03	2.24E − 02	2	MTERF4
Nic Dep	7.21E − 04	5.36E − 01	1.00E + 00	8.17E − 07	2.06E − 03	3.29E − 02	5	RPS23
Family alcoholism	3.53E − 04	3.56E − 01	1.00E + 00	8.18E − 07	2.06E − 03	3.30E − 02	6	GNMT
Family alcoholism	6.96E − 04	5.36E − 01	1.00E + 00	9.02E − 07	2.14E − 03	3.63E − 02	7	ERV3-1
Alc Dep	8.85E − 04	5.67E − 01	1.00E + 00	1.04E − 06	2.32E − 03	4.17E − 02	11	APIP

Top portion is based on phom and bottom is based on phet. Values shown: Shom homogeneous p value (phom), Shet heterogeneous p value (phet), FDR of phom and phet (FDRphom, FDRphet), chromosome number (chr), Bonferroni-adjusted p value (Bonfphet, Bonfphom), and annotated gene name (gene name). Fifteen genes listed are significant by the Bonferroni threshold 7.66 × 10⁻⁷. Four genes are suggestive by the Bonferroni-adjusted p value. Table is sorted by column notated with^†.