Table 2.
CRISPR deletion of LINC01871 alters the expression of several immune regulatory transcripts
| Gene (protein) symbol | Log2FC | Padj | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | |
| Immune regulation and function | LYN | −10.392 | 1.24E-16 | ||||||||||||
| CD109 | −9.707 | 2.05E-14 | |||||||||||||
| TNFSF15 | −9.598 | 4.64E-14 | |||||||||||||
| IL17RB | −9.324 | 1.87E-13 | |||||||||||||
| IL22 | −8.080 | 1.70E-09 | |||||||||||||
| IKZF3 (Aiolos) | −7.158 | 1.62E-34 | |||||||||||||
| PDCD1 (PD-1) | −6.243 | 1.07E-06 | |||||||||||||
| CD27 | −6.128 | 1.20E-04 | |||||||||||||
| TNFSF8 (CD30L) | −5.727 | 8.29E-04 | |||||||||||||
| LAG3 | −4.684 | 1.04E-14 | |||||||||||||
| CD79A | −4.091 | 2.66E-08 | |||||||||||||
| EGR2 | −3.925 | 5.74E-62 | |||||||||||||
| THEMIS | −3.770 | 5.85E-162 | |||||||||||||
| CD8A | −3.683 | 4.03E-34 | |||||||||||||
| CCL5 | −3.456 | 9.82E-12 | |||||||||||||
| FOXP3 | −3.064 | 1.78E-03 | |||||||||||||
| IRF5 | −2.959 | 1.19E-10 | |||||||||||||
| TNFRSF8 (CD30) | −2.537 | 3.47E-44 | |||||||||||||
| SLAMF7 | −2.398 | 1.90E-52 | |||||||||||||
| TBX21 (T-Bet) | −2.066 | 2.45E-23 | |||||||||||||
| IL6ST | −1.820 | 2.16E-21 | |||||||||||||
| CXCR3 | −1.728 | 2.68E-18 | |||||||||||||
| TNFRSF4 | 1.910 | 1.37E-09 | |||||||||||||
| CD44 | 1.924 | 1.68E-174 | |||||||||||||
| TGFBR3 | 2.069 | 8.65E-16 | |||||||||||||
| CD226 | 2.750 | 1.96E-80 | |||||||||||||
| SELL (CD62L) | 3.061 | 1.82E-15 | |||||||||||||
| HAVCR2 | 3.139 | 1.95E-87 | |||||||||||||
| CCR4 | 3.816 | 4.47E-08 | |||||||||||||
| KLF2 | 4.043 | 4.13E-60 | |||||||||||||
| TOX2 | 4.353 | 2.58E-138 | |||||||||||||
| CCR2 | 4.893 | 9.69E-13 | |||||||||||||
| TIGIT | 5.531 | 2.31E-08 | |||||||||||||
| SLAMF1 (CD150) | 5.726 | 4.86E-84 | |||||||||||||
| Growth signalling/cancer regulation | IGFBP4 | −12.476 | 3.61E-32 | ||||||||||||
| CSF1 (M-CSF) | −7.356 | 5.58E-16 | |||||||||||||
| PTPN13 | −5.998 | 4.19E-05 | |||||||||||||
| TLR2 | −5.914 | 7.51E-05 | |||||||||||||
| PRKAR2A | −5.899 | 2.08E-56 | |||||||||||||
| MMP9 | −5.096 | 9.32E-117 | |||||||||||||
| FSCN1 | −5.003 | 0.00E+00 | |||||||||||||
| PDGFD | −4.730 | 7.54E-03 | |||||||||||||
| GZMB | −4.688 | 2.93E-02 | |||||||||||||
| P2R×7 | −4.190 | 1.17E-08 | |||||||||||||
| ADCY6 | −4.163 | 5.86E-21 | |||||||||||||
| FGFBP2 | −3.543 | 1.62E-17 | |||||||||||||
| CSF2 (GM-CSF) | −3.052 | 6.62E-48 | |||||||||||||
| TNF | −1.631 | 1.22E-88 | |||||||||||||
| CD28 | 1.614 | 7.59E-30 | |||||||||||||
| XCL1 | 1.636 | 1.92E-09 | |||||||||||||
| TLR1 | 1.674 | 4.87E-02 | |||||||||||||
| LIF | 2.613 | 2.15E-171 | |||||||||||||
| ITGA6 | 3.072 | 0.00E+00 | |||||||||||||
| HPGD | 3.517 | 1.88E-37 | |||||||||||||
| MMP2 | 3.851 | 1.17E-02 | |||||||||||||
| ITGAM | 4.198 | 4.15E-03 | |||||||||||||
| IL7R | 4.393 | 1.41E-02 | |||||||||||||
| PTGDR2 | 4.399 | 1.27E-83 | |||||||||||||
| ALOX15B | 5.189 | 5.42E-03 | |||||||||||||
| PTGDR | 5.460 | 1.02E-10 | |||||||||||||
| HPGDS | 7.992 | 1.99E-09 |
Genes in bold denote correlation with LINC01871 in SjDRo− (online supplemental table 18).
1. Th1 pathway; 2. Th2 pathway; 3. Th1/Th2 activation; 4. CD8 cytotoxic/cytokines; 5. Treg/Th17; 6. T cell development; 7. T cell exhaustion; 8. associated with autoimmune disease; 9. molecular mechanisms of cancer; 10. proliferation/crosstalk; 11. extravasation/migration; 12. prostaglandin pathway.
FDR, false discovery rate; log2FC, log2 fold change; Padj, FDR-adjusted p value; SjD, Sjögren’s disease; SjDRo−, anti-Ro negative SjD; Treg, regulatory T cell.