TABLE 1.
Characteristics of 63 canine fecal E. coli isolatesa
| Clonal group | Strain | O group |
pap
|
sfa/ foc | sfaS | focG | bma | iha | fim | hly | cnf1 | cdt | fyu | iroN | iut |
kpsMT
|
rfc | ibeA | traT | PAI | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| F type | A | C | EF | G | II | III | K1 | “K5” | |||||||||||||||||||
| 1 | 17a | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + |
| 32a | 168 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| 10b | 8 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| 13a | 138 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| 13c | 1 | − | − | − | − | − | + | − | + | − | − | + | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| 14a | 1 | − | − | − | − | − | + | − | + | − | − | + | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| 32b | 25 | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| 14b | 8 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | |
| 17b | 1 | − | − | − | − | − | + | + | − | − | − | + | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| 18 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| 29 | 11 | − | + | + | − | − | + | − | − | + | + | + | + | + | − | − | − | + | + | − | − | + | − | − | + | − | |
| 44 | 120 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | |
| 28a | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | + | − | − | − | + | − | − | + | − | − | − | − | |
| 28c | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | + | − | − | − | + | − | − | + | − | − | − | − | |
| 2 | 19 | 6 | 48 | + | + | + | III | + | + | − | − | + | + | + | + | − | + | + | − | + | − | − | + | − | − | + | + |
| 23e | 6 | “536” | + | + | + | III | + | − | + | − | + | + | + | + | − | + | + | − | − | − | − | − | − | − | − | + | |
| 20 | 18 | 10 | + | + | + | III | + | + | − | − | + | + | + | + | − | + | + | − | + | − | + | − | − | + | + | + | |
| 22 | 2 | 10, 14 | + | + | + | II, III | + | − | + | − | − | + | + | + | + | + | + | − | − | − | − | − | − | − | − | + | |
| 33 | 4 | 48 | + | + | + | III | + | + | − | − | − | + | + | + | − | + | + | − | + | − | − | + | + | − | − | + | |
| 54 | 75 | 12 | + | + | + | III | + | − | + | − | − | + | + | + | + | + | + | − | + | − | − | + | − | + | − | + | |
| 34 | 20, 124 | 10 | + | + | + | III | + | − | − | − | − | + | + | + | − | + | + | − | − | − | − | − | − | − | + | + | |
| 13e | 54, 57 | 12 | + | + | + | III | + | − | − | − | + | + | + | + | − | + | + | − | − | − | − | − | − | − | + | + | |
| 26 | 83 | 13 | + | + | + | III | + | − | + | − | + | + | + | + | − | + | + | − | − | − | − | − | − | + | − | + | |
| 5b | 32, 83 | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | + | − | − | − | + | + | − | − | − | − | − | − | + | − | + | |
| 23a | 83 | − | − | − | − | − | + | − | + | − | − | + | − | − | − | + | + | − | − | − | − | − | − | + | − | + | |
| 7 | Multiple | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | + | − | − | − | + | − | − | + | − | − | + | − | + | + | + | |
| 8 | Multiple | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | + | − | − | + | − | − | + | − | + | + | + | |
| 30 | 6 | 48 | + | + | + | III | + | − | + | − | + | + | + | + | − | + | + | − | − | − | − | − | − | − | − | + | |
| 5a | 6 | “536” | + | + | + | III | + | − | + | − | − | + | + | + | − | + | + | − | − | − | − | − | − | − | − | + | |
| 1 | 6 | “536” | + | + | + | III | + | − | + | − | − | + | + | + | − | + | + | − | − | − | − | − | − | − | − | + | |
| 14e | 6 | “536” | + | + | + | III | + | − | + | − | + | + | + | + | − | + | + | − | − | − | − | − | − | − | − | + | |
| 2 | 6 | “536” | + | + | + | III | + | − | + | − | − | + | + | + | − | + | + | − | − | − | − | − | − | − | − | + | |
| 4 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | + | + | − | + | − | − | + | − | + | + | + | |
| 11 | 18 | 10 | + | + | + | III | + | + | − | − | + | + | + | + | − | + | + | − | + | − | + | − | − | + | + | + | |
| 12e | 4 | 13, 14 | + | + | + | I, III | + | − | + | − | + | + | + | − | − | + | + | − | − | + | − | − | + | − | − | + | |
| 52 | 6 | 12 | + | + | + | III | + | − | − | − | − | + | + | + | + | + | + | − | + | − | − | + | − | − | − | + | |
| 57 | 6 | − | − | − | − | − | + | − | + | − | − | + | − | − | − | + | + | − | + | − | − | + | − | − | − | + | |
| 10a | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | + | − | − | + | − | − | − | − | |
| 59a | 88 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| 59e | 2 | 13 | + | + | + | III | + | + | − | − | − | + | + | + | − | + | + | − | + | − | + | − | − | + | − | + | |
| 24 | 22 | − | − | − | − | − | + | − | + | − | − | + | − | − | − | + | + | − | + | − | − | + | − | + | − | + | |
| Undefined | 12a | 8 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| 25a | 6 | − | − | − | − | − | + | − | + | − | + | + | + | + | − | + | + | − | − | − | − | − | − | − | + | + | |
| 25e | 6 | 48 | + | + | + | III | + | + | − | − | + | + | + | − | − | + | + | − | + | − | − | + | − | − | − | + | |
| 15 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | + | + | − | + | − | − | + | − | + | + | + | |
| 49 | 1 | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
| 60 | 6(weak) | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | |
Clonal groups 1 and 2 correspond with clusters 1 and 2 as shown in Fig. 1. Plus and minus signs indicate presence or absence of trait. Strain 34 also exhibited the X19 O antigen. F type, papA allele (as defined by multiplex PCR or, for “536” denoting similarity to archetypal strain 536 by comparative sequence analysis). Strains that were papA negative were presumed to be F-type negative (papA sequence was not determined for strain 29, clonal group 1). Presence or absence of papG (according to flanking primers [not shown]) corresponded precisely with presence or absence of a defined papG allele. Of the VF genes for which only the operon name is shown, detection was specifically for sfa/focDE, bmaE, fimH, hlyA, cdtB, fyuA, and iutA. Detection was by PCR for all genes and by probe as well for fimH, nfaE, hlyA, kpsMT II, and cnf1. All strains were concordantly positive or negative by PCR and blot for kpsMTII. All strains were negative for afa/dra, gafD, nfaE, and cvaC.