Skip to main content
. 2023 Feb 8;12:e82516. doi: 10.7554/eLife.82516

Appendix 1—table 12. Coordinated episodic selection in concordantly evolving pairs predicted for the phylogeny reconstructed by USHER.

Z-scores < 0 and upper p-values after Benjamini-Hochberg adjustment < 0.05 indicate clustering of nonconsecutive mutations; z-scores > 0 and lower p-values after Benjamini-Hochberg adjustment < 0.05 indicate that nonconsecutive mutations tend to avoid each other. For site pairs with z-scores > 0, concordant evolution cannot be explained without positive epistatic interaction between the sites.

site 1 site 2 #nonseq. pairs zscore lower pvalue upper pvalue lower pvalue adj. upper pvalue adj.
12 346 1296 0,461 0,29 0,71 1 0,9263
12 899 883 0,705 0,245 0,755 1 0,9551
13 152 3955 –0,731 0,75 0,25 1 0,4597
20 190 2357 –0,372 0,6525 0,3475 1 0,5826
20 417 3184 0,692 0,225 0,775 1 0,9551
26 190 3876 0,993 0,1425 0,8575 0,8835 0,9975
26 655 10663,5 2,486 0,01 0,99 0,1425 1
54 690 923 –1,288 0,9175 0,0825 1 0,1959
62 251 95 0,51 0,2875 0,7125 1 0,9263
67 96 2027 0,462 0,285 0,715 1 0,9263
69 70 2241 2,982 0 1 0,0713 1
69 144 967 2,582 0,01 0,99 0,1425 1
70 144 833 2,303 0,02 0,98 0,1832 1
76 490 1801 0,766 0,2125 0,7875 1 0,9551
80 215 13261,5 –2,369 0,995 0,005 1 0,0204
80 950 6321 –1,417 0,9325 0,0675 1 0,1749
152 252 1142 0,042 0,4875 0,5125 1 0,8063
189 360 43 0,188 0,395 0,605 1 0,8621
189 772 109 –0,85 0,785 0,215 1 0,4226
190 417 2157,5 –0,741 0,7725 0,2275 1 0,4323
215 1167 2031 –1,602 0,9525 0,0475 1 0,1425
255 256 2126 –1,048 0,845 0,155 1 0,3398
255 260 1285 –2,55 1 0,0025 1 0,0119
256 258 645 –1,441 0,9375 0,0625 1 0,1696
256 260 872 –1,368 0,9275 0,0725 1 0,1797
259 260 435 –2,326 0,9925 0,0075 1 0,0267
259 261 778 –1,861 0,99 0,01 1 0,0335
357 360 30,5 –1,517 0,95 0,05 1 0,1425
359 360 38 –0,549 0,6725 0,3275 1 0,5657
360 772 39 –0,674 0,7225 0,2775 1 0,4943
439 440 2456,5 –2,577 0,9925 0,0075 1 0,0267
439 441 1061 –2,935 1 0,0025 1 0,0119
439 444 1143,5 –3,434 1 0,0025 1 0,0119
440 441 1555,5 –2,671 0,995 0,005 1 0,0204
440 442 897 –2,686 1 0,0025 1 0,0119
440 444 1675,5 –2,976 1 0,0025 1 0,0119
441 442 387 –4,065 1 0,0025 1 0,0119
441 443 440 –3,437 1 0,0025 1 0,0119
441 444 721,5 –4,488 1 0,0025 1 0,0119
441 445 596 –2,144 0,9825 0,0175 1 0,0554
442 443 253 –3,58 1 0,0025 1 0,0119
442 444 416 –4,346 1 0,0025 1 0,0119
443 444 472 –4,301 1 0,0025 1 0,0119
444 445 640 –2,502 0,9975 0,0025 1 0,0119
501 570 21489 3,943 0 1 0,0713 1
501 1118 21300 1,398 0,08 0,92 0,57 1
570 681 26547,5 2,15 0,015 0,985 0,171 1
570 1118 13096,5 1,926 0,0225 0,9775 0,1832 1
572 1181 511 –0,81 0,785 0,215 1 0,4226
583 1237 3077 –0,998 0,8325 0,1675 1 0,3536
681 716 27238 –1,029 0,8575 0,1425 1 0,3249
681 1118 26316 0,042 0,475 0,525 1 0,8063
716 982 10836,5 0,057 0,4625 0,5375 1 0,8063
716 1118 13434,5 –0,024 0,5175 0,4825 1 0,7858
859 950 4892 0,429 0,3125 0,6875 1 0,9263
982 1118 10470,5 0,258 0,3975 0,6025 1 0,8621
1027 1176 4023,5 0,98 0,155 0,845 0,8835 0,9975