Appendix 1—table 8. Predicted concordantly evolving pairs for the MP phylogeny of S-gene reconstructed by USHER.

See legend for Appendix 1—table 7. The ‘p-value’ column contains the lower p-values.

site1	site2	p-value	epistat	#consec. pairs of mut.	#mut. in consec. pairs in site1	#mut. in consec. pairs in site2	#mut. in site1	#mut. in site2	IQ-TREE	pdb distance
12	346	0,00006	0,934	2	2	1	9	4	0	-
12	899	0,00004	0,724	2	2	1	9	3	0	-
13	152	0,00004	1,407	5	4	3	4	13	1	-
20	190	0,00022	0,885	3	2	3	8	4	0	22,59
20	417	0,00018	1,107	2	2	1	8	8	1	47,83
26	190	0,00026	0,913	4	3	4	12	4	1	18,40
26	655	0,00042	0,968	6,5	3	6	12	14	0	37,53
54	690	0,00044	0,714	1	1	1	11	3	0	33,65
62	251	<2e-5	0,748	1	1	1	2	3	0	32,01
67	96	<2e-5	0,599	1	1	1	3	7	0	7,12
69	70	<2e-5	1,496	3	3	3	5	5	1	1,30
69	144	0,00002	0,984	2	2	2	5	5	0	12,57
70	144	<2e-5	1,088	3	3	3	5	5	1	14,03
76	490	0,0001	0,275	1	1	1	2	3	1	45,18
80	215	<2e-5	1,687	6,5	3	6	21	14	0	12,51
80	950	0,00014	1,091	3	2	2	21	7	0	56,59
152	252	0,00016	0,623	2	2	1	13	4	0	15,26
189	360	0,0003	0,534	1	1	1	2	2	1	29,89
189	772	0,00024	0,440	1	1	1	2	2	0	44,17
190	417	<2e-5	1,134	2,5	2	2	4	8	1	39,93
215	1167	0,00042	0,853	2	2	2	14	4	0
255	256	0,00022	0,758	2	2	2	8	7	0	1,32
255	260	0,00036	0,811	3	3	2	8	3	0	9,61
256	258	0,00012	0,660	1	1	1	7	2	0	2,81
256	260	0,00014	1,056	2	2	2	7	3	0	8,18
259	260	<2e-5	1,536	2	2	2	3	3	0	1,31
259	261	0,00014	0,909	1	1	1	3	2	1	3,81
357	360	<2e-5	1,025	1,5	1	2	2	2	0	7,59
359	360	<2e-5	1,268	2	1	2	2	2	1	1,34
360	772	0,00018	0,534	1	1	1	2	2	0	58,61
439	440	<2e-5	2,038	3,5	2	4	10	12	0	1,31
439	441	<2e-5	2,795	5	3	4	10	5	1	3,50
439	444	0,00006	1,606	4,5	3	4	10	7	0	6,21
440	441	<2e-5	2,822	4,5	4	2	12	5	1	1,33
440	442	<2e-5	2,092	3	3	2	12	3	1	3,92
440	444	<2e-5	2,947	4,5	4	3	12	7	1	5,60
441	442	<2e-5	2,292	3	2	2	5	3	1	1,33
441	443	0,00002	1,383	2	2	2	5	2	1	3,23
441	444	<2e-5	3,829	6,5	4	4	5	7	1	2,60
441	445	0,00018	1,086	2	2	1	5	6	0	8,51
442	443	0,0001	1,132	2	2	1	3	2	1	1,32
442	444	0	2,387	4	3	3	3	7	1	4,05
443	444	0,00006	1,031	4	1	4	2	7	1	1,32
444	445	0,0002	1,270	4	5	3	7	6	0	1,31
501	570	0	2,734	16	13	10	46	19	0	53,69
501	1118	0,00048	2,028	18	14	13	46	19	1	131,71
570	681	0,00018	2,538	17,5	15	14	19	62	0
570	1118	0,00002	1,881	13,5	9	10	19	19	0	79,04
572	1181	0	0,533	1	1	1	3	2	0
583	1237	0,00014	0,242	1	1	1	3	3	1
681	716	0,00002	3,017	20	20	16	62	21	1
681	1118	0,00032	2,334	18	14	12	62	19	0
716	982	0	4,623	19,5	13	16	21	18	1	81,66
716	1118	0	2,872	17,5	11	13	21	19	1	22,29
859	950	0	1,596	4	3	4	9	7	1	15,17
982	1118	0	1,831	17,5	10	10	18	19	1	94,63
1027	1176	0,00016	1,206	5,5	5	4	12	9	0