表 2. Summary of integration methods for multimodal single-cell data.

单细胞多模态数据整合方法的概览

方法名称	数据	主要算法	语言	文献
Seurat V3	转录组+染色质可及性/蛋白组	CCA、锚点（MNN）	R	[6]
Conos	转录组+染色质可及性	MNN、联合聚类	R	[12]
LIGER	转录组+染色质可及性/甲基化	iNMF、联合聚类	R	[13]
Coupled NMF	转录组+染色质可及性	非负矩阵分解、耦合聚类	Matlab	[34]
DC3	转录组+染色质可及性/染色体构象； 单细胞+群体细胞	非负矩阵分解、耦合聚类、解卷积	Matlab	[35]
MOFA	转录组+甲基化	贝叶斯多组分因子分析	R	[36]
MATCHER	转录组+染色质可及性+甲基化+组蛋白修饰	GPLVM、QN	Python	[37]