Table 3.
Interaction Types of Docking Results
| PDB Code | Ligand/Compound | Hydrogen Bond | Amino Acid Residues | |
|---|---|---|---|---|
| Total | Amino Acid | |||
| 3ERT | Native ligand | 3 (ARG A:394; GLU A:353; THR A:347) | 22 | LEU A:349; GLU A:353; ALA A:350; THR A:347; ARG A:394; LEU A:387; GLY A:521; LEU A:391; HIS A:524; ASP A:351; ILE A:424; MET A:343; LEU A:346; MET A:388; LEU A:525; LEU A:384; MET A:421; PHE A:404; GLY A:420; GLU A:419; LEU A:428; TRP A:383; |
| Cisplatin | 2 (THR A:347; ASP A:351) | 4 | ASN A:348; ALA A:350; ASP A:351; THR A:347; | |
| Bis-(3-methyl-1-(naphthalene-2-carbonyl) thiourea) platinum (II) | 2 (THR A:347; ASP A:351) | 20 | ASP A:351; VAL A:418; MET A:343; GLY A:521; THR A:347; MET A:421; GLU A:419; LEU A:536; TYR A:526; ALA A:350; GLY A:420; ILE A:424; LEU A:346; LEU A:525; MET A:522; LEU A:387; LEU A:384; TRP A: 383; LEU A:349; GLU A:353; | |
| 2ITO | Native ligand | 1 (MET A:793) | 19 | ARG A:841; CYS A:797; GLU A:762; THR A:854; LEU A:788; MET A:766; SER A:719; GLY A:796; ASP A:855; VAL A:726; LEU A:718; ALA A:743; LEU A:844; LYS A:745; THR A:790; MET A:793; PRO A:794; LEU A:792; GLN A:791; |
| Cisplatin | 2 (ASP A:855; ASN A:842) | 6 | CYS A:797; LEU A:844; ARG A:841; THR A:854; ASN A:842; ASP A:855; | |
| Bis-(3-methyl-1-(naphthalene-2-carbonyl) thiourea) platinum (II) | 3 (ASN A:842; ASP A:800; ASP A:855) | 13 | SER A:719; ASP A:800; CYS A:797; ARG A:803; LEU A:799; PHE A:723; LEU A:718; LEU A:844; LYS A:745; ASP A:855; THR A:854; ARG A:841; ASN A:842; | |
| 1Z95 | Native ligand | 2 (ARG A:752; THR A:877) | 24 | PRO A:892; PHE A:891; VAL A:903; ILE A:898; HIS A:874; ILE A:899; THR A:877; LEU A:701; ARG A:752; LEU A:704; PHE A:876; LEU A:707; PHE A:764; LEU A:873; MET A:749; ASN A:705; GLN A:711; LEU A:741; MET A:742; MET A:745; MET A:895; GLY A:708; MET A:787; VAL A:746; |
| Cisplatin | 2 (GLY A:738; HIS A:874) | 9 | ILE A:898; SER A:740; LEU A:741; MET A:742; TYR A:739; GLN A:738; HIS A:874; VAL A:903; ILE A:906; | |
| Bis-(1-(3-chlorobenzoyl)-3-methyl thiourea) platinum (II) | 1 (ASN A:705) | 24 | VAL A:746; ILE A:899; LEU A:873; MET A:780; MET A:787; PHE A:764; MET A:749; MET A:895; LEU A:704; ARG A:752; VAL A:903; ILE A:898; THR A:877; GLN A:711; PHE A:891; MET A:742; HIS A:874; ASN A:705; LEU A:880; LEU A:707; LEU A:701; PHE A:876; MET A:745; GLY A:708; | |
Notes: Description: A bolded word indicates an amino acid that is also inert in a native ligand.