Table 2.
Binding energy (kcal/mol) and individual energy terms of Delta RBD-ligand systems calculated by Prime MM-GBSA.
| ligand | ΔGbind | ΔGCoulom | ΔGCovalent | ΔGHbondd | ΔGLipo | ΔGSolvGB | ΔGvdW | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| #1 | ZINC000000004319 | − 59.54 | 0.12 | 1.23 | − 2.94 | − 13.79 | − 15.71 | − 26.22 |
| #2 | ZINC000003824921 | − 54.8 | − 37.26 | 4.57 | − 3.47 | − 18.48 | 35.68 | − 31.99 |
| #3 | ZINC000067665085 | − 54.76 | − 18.6 | 1.33 | − 2.31 | − 17.91 | 28.05 | − 42.13 |
| #4 | ZINC000035644633 | − 51.87 | − 57.74 | 3.44 | − 2.32 | − 17.69 | 61.48 | − 34.59 |
| #5 | ZINC000085540202 | − 51.64 | 6.63 | 5.41 | − 1.82 | − 15.39 | 3.93 | − 47.05 |
| #6 | ZINC000000607910 | − 51.46 | − 21.8 | − 0.94 | − 2.45 | − 13.77 | 19.15 | − 25.85 |
| #7 | ZINC000000538509 | − 50.78 | 4.91 | 2.05 | − 1.6 | − 17.78 | − 3.98 | − 30.29 |
| #8 | ZINC000053073961 | − 50.18 | 41.13 | 3.07 | − 1.16 | − 17.26 | − 33.41 | − 36.14 |
| #9 | ZINC000003810860 | − 50.05 | − 26.04 | 4.45 | − 1.71 | − 19.57 | 27.55 | − 29.34 |
| #10 | ZINC000022446634 | − 49.42 | 28.75 | 5.74 | − 1.13 | − 17.62 | − 29.46 | − 32.19 |
| #11 | ZINC000003816292 | − 48.55 | 42.49 | 9.34 | − 2.06 | − 9.41 | − 50.72 | − 35.51 |
| #12 | ZINC000001530886 | − 48.14 | 31.35 | 2.7 | − 2.59 | − 17.89 | − 23.82 | − 28.71 |
| #13 | ZINC000006716957 | − 47.99 | − 13.17 | 9.96 | − 1.89 | − 18.8 | 21.94 | − 38.49 |
| #14 | ZINC000077313075 | − 47.94 | − 63.1 | 8.9 | − 2.92 | − 19.73 | 72.88 | − 39.91 |
| #15 | ZINC000030731084 | − 47.58 | − 23.59 | 5.78 | − 4.24 | − 13.51 | 31.38 | − 41.64 |
| #16 | ZINC000000537928 | − 47.34 | 22.02 | 3.74 | − 0.54 | − 26.3 | − 11.93 | − 29.88 |
| #17 | ZINC000150339331 | − 47.3 | 11.6 | 7.07 | − 1.84 | − 14.58 | − 9.06 | − 33.73 |
| #18 | ZINC000000001003 | − 47.24 | − 15.85 | 2.57 | − 1.03 | − 15.88 | 13.98 | − 25.87 |
| #19 | ZINC000000608266 | − 47.12 | 61.92 | 5.59 | − 0.65 | − 22.26 | − 55.54 | − 32.12 |
| #20 | ZINC000001552042 | − 47.11 | − 77.88 | 2.11 | − 1.33 | − 16.25 | 86.71 | − 34.63 |