Table 4. The top-ranking Recurrent Effectors for the 17 Super Module Groups.
Numbers within parentheses indicate the occurrences in Super Modules within a Super Module Group.
| group | trans CNV | mutation | methylation | mir | phosphorylation |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | chr9 1Mb-21Mb (9) | TTN—(4) | CCRL2 (4) | MIR96 (5) | ESR1-S118 - (5) |
| chr9 27Mb-38Mb (9) | SYNE1 - (3) | ICAM4 (4) | MIR93 (4) | RPS6-S235S236 + (5) | |
| chr9 21Mb-22Mb (9) | MIR32 (4) | CDKN1B-T198 + (5) | |||
| chr9 23Mb-27Mb (7) | NFKB1-S536 + (4) | ||||
| chr9 38Mb-141Mb (7) | RPS6-S240S244 + (4) | ||||
| chr4 85Mb-90Mb (7) | MAPK3-T202Y204 + (4) | ||||
| chr8 8Mb-12Mb (7) | MAPK1-T202Y204 + (4) | ||||
| chr4 71Mb-85Mb (6) | MYH9-S1943 + (4) | ||||
| chr4 90Mb-111Mb (6) | |||||
| chr4 130Mb-151Mb (5) | |||||
| chr4 173Mb-190Mb (5) | |||||
| chr5 54Mb-68Mb (5) | |||||
| chr5 131Mb-142Mb (5) | |||||
| chr8 1Mb-2Mb (5) | |||||
| chr8 12Mb-36Mb (5) | |||||
| chr17 1Mb-22Mb (5) | |||||
| chr22 24Mb-51Mb (5) | |||||
| chr1 2Mb-6Mb (5) | |||||
| chr4 1Mb-10Mb (5) | |||||
| chr4 13Mb-49Mb (5) | |||||
| 2 | chr6 66Mb-78Mb (4) | TTN + (3) | ADAM28 (4) | YAP1-S127 + (4) | |
| chr6 79Mb-83Mb (4) | IL12RB1 (4) | ||||
| chr7 55Mb-57Mb (4) | |||||
| chr7 65Mb-159Mb (4) | |||||
| chr12 3Mb-8Mb (4) | |||||
| chr12 9Mb-11Mb (4) | |||||
| chr12 59Mb-70Mb (4) | |||||
| chr17 1Mb-7Mb (4) | |||||
| 3 | |||||
| 4 | chr13 33Mb-38Mb (8) | SCN5A - (4) | HIST1H4F (7) | MIR429 (10) | ACACA-S79 - (8) |
| chr8 1Mb-2Mb (7) | APBA2 - (4) | OTX2 (7) | MIR96 (10) | ACACB-S79 - (7) | |
| chr8 8Mb-12Mb (7) | CHD5 - (3) | PAX3 (6) | MIR425 (9) | RB1-S807S811 - (7) | |
| chr13 23Mb-33Mb (7) | FLG—(3) | TFAP2B (6) | MIR7-1 (9) | STAT3-Y705 + (7) | |
| chr13 38Mb-48Mb (7) | PIK3CA—(3) | HOXA9 (6) | MIR1307 (9) | PRKCA-S657 + (7) | |
| chr13 49Mb-53Mb (7) | CSMD1 - (3) | SYCP1 (5) | MIR629 (9) | FOXO3-S318S321 + (5) | |
| chr5 52Mb-130Mb (6) | PKD1 - (3) | HOXD10 (5) | MIR33A (9) | ESR1-S118 - (5) | |
| chr5 131Mb-142Mb (6) | GTF3C1 - (3) | ZIC1 (5) | MIR590 (8) | MAPK3-T202Y204 + (5) | |
| chr5 154Mb-180Mb (6) | TP53 - (3) | GHSR (5) | MIR25 (8) | MAPK1-T202Y204 + (5) | |
| chr8 2Mb-8Mb (6) | POU4F2 (5) | MIR93 (8) | PRKCD-S664 + (4) | ||
| chr8 12Mb-38Mb (6) | SPARC (5) | MIR335 (8) | MAPK14-T180Y182 + (4) | ||
| chr9 22Mb-23Mb (6) | GCM2 (5) | MIR671 (8) | CDK1-Y15 - (4) | ||
| chr13 95Mb-115Mb (6) | OLIG3 (5) | MIR19A (8) | YAP1-S127 + (4) | ||
| chr18 2Mb-15Mb (6) | TLX1 (5) | MIR17 (8) | AKT1-T308 + (4) | ||
| chr18 19Mb-21Mb (6) | FOXG1 (5) | MIR20A (8) | SRC-Y527 + (4) | ||
| chr9 1Mb-22Mb (6) | MFAP4 (5) | MIR33B (8) | |||
| chr9 23Mb-141Mb (6) | CHAD (5) | MIR454 (8) | |||
| chr13 48Mb-49Mb (6) | C1orf114 (4) | MIR15B (7) | |||
| chr16 47Mb-90Mb (6) | TNFSF4 (4) | MIR576 (7) | |||
| chr18 15Mb-19Mb (6) | SULT1C4 (4) | MIR32 (7) | |||
| 5 | NFE2L2 - (5) | MIR942 (7) | BAD-S112 + (7) | ||
| KRAS—(5) | MIR20A (7) | NFKB1-S536 + (6) | |||
| KMT2D - (5) | MIR31 (6) | YAP1-S127 + (6) | |||
| HTT—(4) | MIR7-1 (6) | TSC2-T1462 + (6) | |||
| PLEC—(4) | MIR17 (6) | PDK1-S241 + (5) | |||
| NOTCH1 - (4) | MIR625 (6) | PRKAA1-T172 + (5) | |||
| SIN3A - (4) | MIR21 (6) | GSK3B-S9S21 + (4) | |||
| BRD4 - (4) | MIR425 (5) | GSK3B-S9 + (4) | |||
| PTPN14 - (3) | MIR589 (5) | FOXO3-S318S321 + (4) | |||
| COL6A3 - (3) | MIR590 (5) | EGFR-Y1068 + (4) | |||
| CTBP1 - (3) | MIR32 (5) | RPS6-S235S236 - (4) | |||
| PTPN13 - (3) | MIR19A (5) | AKT1-T308 + (4) | |||
| SPEF2 - (3) | MIR1976 (4) | PRKCA-S657 + (4) | |||
| APC—(3) | MIR181A1 (4) | AKT2-T308 + (4) | |||
| TFAP2B - (3) | MIR15B (4) | GSK3A-S9 + (4) | |||
| DST—(3) | MIR576 (4) | AKT1S1-T246 + (4) | |||
| GRIK2 - (3) | MIR550A1 (4) | CHEK2-T68 - (4) | |||
| ESR1 - (3) | MIR550A2 (4) | MYH9-S1943 - (4) | |||
| IKZF1 - (3) | MIR671 (4) | ||||
| EGFR—(3) | MIR181A2 (4) | ||||
| group | trans CNV | mutation | methylation | mir | phosphorylation |
| 6 | chr8 41Mb-43Mb (14) | TP53 + (10) | CD1C (8) | MIR497 (7) | FOXO3-S318S321 - (10) |
| chr12 3Mb-8Mb (11) | EPHB1 + (5) | MNDA (8) | MIR664A (6) | PRKCD-S664 - (7) | |
| chr20 1Mb-62Mb (11) | NOTCH1 + (5) | CD1B (7) | MIR383 (6) | RICTOR-T1135 - (7) | |
| chr1 146Mb-149Mb (10) | ABCC9 + (5) | SPTA1 (6) | MIRLET7B (6) | YAP1-S127 - (7) | |
| chr12 8Mb-33Mb (10) | BRCA1 + (5) | LOC730811 (6) | MIR1976 (5) | TSC2-T1462 - (6) | |
| chr1 149Mb-157Mb (10) | CHD5 + (4) | REG3A (6) | MIR490 (5) | PRKCB-S660 - (6) | |
| chr8 138Mb-146Mb (10) | MACF1 + (4) | LOC286094 (6) | MIR326 (5) | PRKCA-S657 - (6) | |
| chr19 29Mb-51Mb (10) | PTPN13 + (4) | C13orf28 (6) | MIR1247 (5) | MYH9-S1943 + (6) | |
| chr12 55Mb-56Mb (10) | DSP + (4) | GP2 (6) | MIR362 (5) | ARAF-S299 - (6) | |
| chr19 2Mb-22Mb (10) | SYNE1 + (4) | MIR770 (6) | MIR1468 (5) | RAF1-S338 - (5) | |
| chr1 157Mb-186Mb (9) | KMT2C + (4) | FCRL3 (5) | MIR1258 (4) | MAPK14-T180Y182 - (5) | |
| chr1 192Mb-215Mb (9) | ANK1 + (4) | FCER1A (5) | MIR23B (4) | EGFR-Y1068 - (5) | |
| chr1 216Mb-249Mb (9) | KMT2D + (4) | APCS (5) | MIR1287 (4) | EIF4EBP1-S65 + (5) | |
| chr6 45Mb-58Mb (9) | MYH7 + (4) | OR2T6 (5) | MIR10A (4) | BAD-S112 - (5) | |
| chr7 55Mb-57Mb (8) | RYR3 + (4) | SNORA80B (5) | MIR501 (4) | RB1-S807S811 + (5) | |
| chr8 46Mb-138Mb (8) | SMAD4 + (4) | PAX4 (5) | AKT1-S473 - (5) | ||
| chr12 38Mb-47Mb (7) | MED12 + (4) | PRSS1 (5) | CHEK2-T68 + (5) | ||
| chr12 48Mb-55Mb (7) | HFM1 + (3) | MS4A3 (5) | MTOR-S2448 - (4) | ||
| chr12 56Mb-58Mb (7) | SPTA1 + (3) | CCL11 (5) | RPS6KA1-T359S363 - (4) | ||
| chr12 129Mb-133Mb (7) | IFI16 + (3) | C20orf71 (5) | EIF4EBP1-T70 + (4) | ||
| 7 | chr1 146Mb-149Mb (4) | FLG + (3) | |||
| PLXNA2 + (3) | |||||
| OBSCN + (3) | |||||
| ROS1 + (3) | |||||
| MUC17 + (3) | |||||
| PTPRB + (3) | |||||
| 8 | chr8 91Mb-102Mb (4) | DCC + (4) | MIR23B (6) | SRC-Y416 - (9) | |
| chr8 104Mb-146Mb (4) | SPEN + (3) | MIR664A (5) | STAT3-Y705 - (7) | ||
| PIK3CA + (3) | MIR574 (5) | SHC1-Y317 - (6) | |||
| DNAH5 + (3) | MIR1247 (5) | NFKB1-S536 - (6) | |||
| LAMA4 + (3) | MIRLET7B (5) | SRC-Y527 - (6) | |||
| SYNE1 + (3) | MIR653 (4) | ACACB-S79 + (5) | |||
| SVEP1 + (3) | MIR326 (4) | ACACA-S79 + (5) | |||
| LAMA1 + (3) | MTOR-S2448 - (4) | ||||
| PCNT + (3) | RPS6KA1-T359S363 - (4) | ||||
| TAF1 + (3) | PRKAA1-T172 - (4) | ||||
| EGFR-Y1068 - (4) | |||||
| EIF4EBP1-T70 + (4) | |||||
| AKT1-S473 - (4) | |||||
| AKT1-T308 - (4) | |||||
| MAPK3-T202Y204 - (4) | |||||
| RPS6KB1-T389 - (4) | |||||
| PRKCA-S657 - (4) | |||||
| MAPK1-T202Y204 - (4) | |||||
| chr1 107Mb-119Mb (7) | CUBN + (4) | KIAA0408 (4) | MIR181A1 (6) | SRC-Y416 + (7) | |
| chr1 6Mb-35Mb (6) | NRAS + (3) | MIR589 (5) | SRC-Y527 + (6) | ||
| chr1 37Mb-107Mb (6) | FAT3 + (3) | MIR590 (5) | SHC1-Y317 + (5) | ||
| chr4 90Mb-111Mb (6) | KRAS—(3) | MIR93 (5) | PRKAA1-T172 + (5) | ||
| chr4 13Mb-47Mb (6) | KMT2D + (3) | MIR17 (5) | GSK3B-S9 + (4) | ||
| chr18 27Mb-35Mb (6) | CREBBP + (3) | MIR744 (5) | NFKB1-S536 + (4) | ||
| chr18 36Mb-64Mb (5) | MIR423 (5) | EIF4EBP1-T70 - (4) | |||
| chr1 155Mb-186Mb (5) | MIR1976 (4) | CHEK1-S345 + (4) | |||
| chr4 50Mb-58Mb (5) | MIR1226 (4) | CDKN1B-T198 - (4) | |||
| chr4 59Mb-70Mb (5) | MIR28 (4) | AKT1-S473 + (4) | |||
| chr4 71Mb-85Mb (5) | MIR574 (4) | TSC2-T1462 + (4) | |||
| chr13 33Mb-38Mb (4) | MIR576 (4) | GSK3A-S9 + (4) | |||
| chr18 2Mb-15Mb (4) | MIR25 (4) | ||||
| chr18 21Mb-25Mb (4) | MIR181A2 (4) | ||||
| chr18 64Mb-78Mb (4) | MIR511 (4) | ||||
| chrX 3Mb-56Mb (4) | MIR326 (4) | ||||
| MIR19A (4) | |||||
| MIR625 (4) | |||||
| MIR655 (4) | |||||
| MIR21 (4) | |||||
| 10 | PRKDC—(3) | CLDN4 (5) | MIR1293 (4) | ESR1-S118 + (4) | |
| POLR2A - (3) | C4BPB (4) | NDRG1-T346 - (4) | |||
| TP53 - (3) | LOC202781 (4) | ||||
| LOC145837 (4) | |||||
| 11 | |||||
| group | trans CNV | mutation | methylation | mir | phosphorylation |
| 12 | chr3 12Mb-13Mb (4) | TP53 - (4) | LOC642587 (4) | MIR561 (6) | EGFR-Y1068 + (7) |
| SPTA1 - (3) | tAKR (4) | MIR96 (5) | SHC1-Y317 + (6) | ||
| LRP1B - (3) | CARD17 (4) | MIR10A (5) | NDRG1-T346 + (4) | ||
| FAT1 - (3) | ABCA6 (4) | MIR21 (5) | MAPK3-T202Y204 + (4) | ||
| SYNE1 - (3) | MIR641 (4) | MIR429 (4) | ACACA-S79 + (4) | ||
| RB1 - (3) | MIR181A1 (4) | PRKCA-S657 - (4) | |||
| LAMA1 - (3) | MIR577 (4) | MAPK1-T202Y204 + (4) | |||
| MIR671 (4) | |||||
| MIR181A2 (4) | |||||
| MIR708 (4) | |||||
| MIR625 (4) | |||||
| MIR342 (4) | |||||
| MIR1180 (4) | |||||
| MIR769 (4) | |||||
| MIR1468 (4) | |||||
| MIR766 (4) | |||||
| 13 | |||||
| 14 | |||||
| 15 | chr8 104Mb-146Mb (8) | NF1 - (5) | MIR574 (5) | YBX1-S102 + (6) | |
| chr5 1Mb-12Mb (8) | LRP2 + (4) | MIR432 (5) | RAF1-S338 + (5) | ||
| chr5 32Mb-44Mb (7) | MACF1 - (3) | MIR758 (5) | EGFR-Y1173 + (5) | ||
| chr7 8Mb-57Mb (7) | ASTN1 + (3) | MIR502 (5) | ERBB3-Y1289 + (5) | ||
| chr8 46Mb-104Mb (7) | SOX11 + (3) | MIR532 (5) | RICTOR-T1135 + (4) | ||
| chr5 12Mb-32Mb (7) | MAP2 + (3) | MIR23B (4) | RPS6-S235S236 - (4) | ||
| chr5 137Mb-142Mb (7) | MUC5B + (3) | MIR431 (4) | RPS6-S240S244 - (4) | ||
| chr7 65Mb-159Mb (7) | KRAS + (3) | MIR654 (4) | TSC2-T1462 + (4) | ||
| chr20 1Mb-62Mb (7) | CREBBP + (3) | MIR369 (4) | PRKCB-S660 + (4) | ||
| chr5 131Mb-137Mb (7) | BRCA1 - (3) | MIR497 (4) | ARAF-S299 + (4) | ||
| chr5 154Mb-180Mb (6) | PTPRM + (3) | MIR501 (4) | |||
| chr7 63Mb-65Mb (6) | SMARCA4 + (3) | MIR362 (4) | |||
| MIR766 (4) | |||||
| 16 | |||||
| 17 |