Table S5. Gene Set Enrichment Analyses results for HLA class II IMM high vs low group at Baseline. ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
GeneSets,pval,padj,log2err,ES,NES,size,Leading Edge 1,Leading Edge 2,Leading Edge 3,Leading Edge 4,Leading Edge 5,Leading Edge 6,Leading Edge 7,Leading Edge 8,Leading Edge 9,Leading Edge 10,Leading Edge 11,Leading Edge 12,Leading Edge 13,Leading Edge 14,Leading Edge 15,Leading Edge 16,Leading Edge 17,Leading Edge 18,Leading Edge 19,Leading Edge 20,Leading Edge 21,Leading Edge 22,Leading Edge 23,Leading Edge 24,Leading Edge 25,Leading Edge 26,Leading Edge 27,Leading Edge 28,Leading Edge 29,Leading Edge 30,Leading Edge 31,Leading Edge 32,Leading Edge 33,Leading Edge 34,Leading Edge 35,Leading Edge 36,Leading Edge 37,Leading Edge 38,Leading Edge 39,Leading Edge 40,Leading Edge 41,Leading Edge 42,Leading Edge 43,Leading Edge 44,Leading Edge 45,Leading Edge 46,Leading Edge 47,Leading Edge 48,Leading Edge 49,Leading Edge 50,Leading Edge 51,Leading Edge 52,Leading Edge 53,Leading Edge 54,Leading Edge 55,Leading Edge 56,Leading Edge 57,Leading Edge 58,Leading Edge 59,Leading Edge 60,Leading Edge 61,Leading Edge 62,Leading Edge 63,Leading Edge 64,Leading Edge 65,Leading Edge 66,Leading Edge 67,Leading Edge 68,Leading Edge 69,Leading Edge 70,Leading Edge 71,Leading Edge 72,Leading Edge 73,Leading Edge 74,Leading Edge 75,Leading Edge 76,Leading Edge 77,Leading Edge 78,Leading Edge 79,Leading Edge 80,Leading Edge 81,Leading Edge 82,Leading Edge 83,Leading Edge 84,Leading Edge 85,Leading Edge 86,Leading Edge 87,Leading Edge 88,Leading Edge 89,Leading Edge 90,Leading Edge 91,Leading Edge 92,Leading Edge 93,Leading Edge 94,Leading Edge 95,Leading Edge 96,Leading Edge 97,Leading Edge 98,Leading Edge 99,Leading Edge 100,Leading Edge 101,Leading Edge 102,Leading Edge 103,Leading Edge 104,Leading Edge 105,Leading Edge 106,Leading Edge 107,Leading Edge 108,Leading Edge 109,Leading Edge 110,Leading Edge 111,Leading Edge 112,Leading Edge 113,Leading Edge 114,Leading Edge 115,Leading Edge 116,Leading Edge 117,Leading Edge 118,Leading Edge 119,Leading Edge 120,Leading Edge 121,Leading Edge 122,Leading Edge 123,Leading Edge 124,Leading Edge 125,Leading Edge 126,Leading Edge 127,Leading Edge 128,Leading Edge 129,Leading Edge 130,Leading Edge 131,Leading Edge 132,Leading Edge 133,Leading Edge 134,Leading Edge 135,Leading Edge 136,Leading Edge 137,Leading Edge 138,Leading Edge 139,Leading Edge 140,Leading Edge 141,Leading Edge 142,Leading Edge 143,Leading Edge 144,Leading Edge 145,Leading Edge 146,Leading Edge 147,Leading Edge 148,Leading Edge 149,Leading Edge 150,Leading Edge 151,Leading Edge 152,Leading Edge 153,Leading Edge 154,Leading Edge 155,Leading Edge 156
AYERS.EXPANDED.IMMUNE [1],0.000522369,0.0017822,0.477270815,0.716196646,2.039505709,18,CIITA,CXCL13,HLA-DRA,STAT1,IDO1,CXCL10,CD2,TAGAP,CCL5,HLA-E,NKG7,IL2RG,CD3D,CD3E,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
BELTRA.TEX.PROG.1 [2],0.540298507,0.696384743,0.097215081,0.386010747,0.920655947,10,STAT1,ICOS,IL7R,OAS1,CXCR5,IRF7,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
BELTRA.TEX.TERM [2],0.949101796,0.965752705,0.067051258,0.242260489,0.587590194,11,PDCD1,RUNX3,ENTPD1,TIGIT,CD244,LAG3,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
BIOCARTA_BCR_PATHWAY,0.494962217,0.652450195,0.056767239,-0.377013366,-0.996265287,33,NFATC2,SOS1,CD79B,MAP3K1,NFATC1,MAPK14,PPP3CA,CALM3,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
BIOCARTA_CCR3_PATHWAY,0.639943741,0.767769784,0.049991391,-0.371008534,-0.877167202,18,GNAS,MYL2,PPP1R12B,GNAQ,MAPK3,PRKCB,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
BIOCARTA_CXCR4_PATHWAY,0.902777778,0.935019841,0.077073673,0.2344985,0.685215959,19,CXCR4,MAP2K1,NFKB1,HRAS,PTK2B,CXCL12,PRKCA,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
BIOCARTA_DC_PATHWAY,0.002263211,0.00729257,0.431707696,0.769063074,1.865322422,11,TLR7,CSF2,IL10,CD2,CD40,CD33,IFNG,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
BIOCARTA_MONOCYTE_PATHWAY,0.676161919,0.768968457,0.050396432,-0.406712942,-0.852850517,10,SELP,CD44,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
BIOCARTA_THELPER_PATHWAY,0.115625,0.223541667,0.234392647,0.554831905,1.371286733,12,ICAM1,CD2,CD4,ITGB2,CD3G,PTPRC,CD3D,CD3E,ITGAL,CD247,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
CALABRO.LYMPHOCYTE.INFILTRATION [3],0.242214533,0.379687646,0.166933849,0.449989933,1.192331973,15,CD8A,IGLC1,IGHG3,CD14,CD37,CD3G,CD3D,LCK,CD3E,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Cancer.Testis.Antigens,0.3454039,0.488620151,0.079556468,-0.476629726,-1.117469724,17,MAGEA10,MAGEA4,SSX5,PAGE1,CAGE1,MAGEC1,TSSK6,DDX53,MAGEB1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
"CRISTESCU.T.GEP {Cristescu, 2018 #77}",0.000348646,0.001444391,0.498493109,0.725959658,2.067307737,18,PDCD1LG2,HLA-DQA1,HLA-DRB1,CD274,STAT1,IDO1,CD8A,CXCL9,CCL5,TIGIT,PSMB10,HLA-E,NKG7,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Endogenous.Retroviruses,0.080775444,0.173517621,0.199915231,-0.746583448,-1.383688068,6,ERV3-1,ERVFRD-1,ERVMER61-1,ERVV-2,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
GALON.IMMUNOLOGIC.CONSTANT.OF.REJECTION [5],0.112676056,0.223541667,0.252961123,0.479511573,1.339193673,17,STAT1,CCL2,CXCL10,ICAM1,IRF1,MADCAM1,CXCL9,GZMH,IFNG,CCL5,TBX21,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
GSE16385_MONOCYTE_VS_MACROPHAGE_DN [6],0.028017241,0.067708333,0.28201335,-0.406411688,-1.325001101,166,SEMA3E,GRIA2,SYN2,CAPN6,CCSER1,CCDC3,PAN3,NMNAT2,ASB14,MGAT5,CSDC2,RASGRP3,ACER3,KALRN,NIPSNAP3B,LYRM9,CTTN,EFCAB1,CDH26,MBNL2,OXGR1,ATXN7L3B,RPL26,B3GAT2,EPHA7,MMP16,THSD1,PNMT,AIF1L,NAALADL2,MEF2C,ITGB1BP2,LNX1,RBP7,CNOT6L,GSX2,IL17RE,COX6C,NUDT12,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
GSE16385_MONOCYTE_VS_MACROPHAGE_UP [6],0.590128755,0.730553191,0.041320951,-0.293544082,-0.960529979,176,SORCS2,AFF2,IL13RA2,SERTAD4,CAMK2B,DPH1,BFSP1,GPRC5B,EIF3E,YIPF3,ROS1,MPZL2,BEX2,CPXM1,FHIT,ENOX2,NDRG3,DZIP1,CD248,NOVA1,LYRM4,CRTAC1,RPL3L,NINJ2,RAMP3,CALML4,DNAJC3,FTO,ZC3H12C,TIE1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
GSE1740_UNSTIM_VS_IFNA_STIMULATED_MCSF_IFNG_DERIVED_MACROPHAGE_DN [7],0.100770688,0.208739282,0.287805131,0.266609806,1.126807962,188,TMEM52B,COMMD1,C2orf69,MCM5,SNRNP200,CCL17,TMEM147,SLC26A6,LAGE3,GGA1,CARD9,NPRL2,CSK,CCT7,MTCP1,MRPL34,CCL22,TMEM71,SPATA5L1,TRAPPC12,TUBG1,RABEPK,ACAD9,DTX4,FAM102A,CENPB,LMNB2,PIK3CD,AGO1,NCAPG2,NUP85,SPTAN1,APBB1IP,TSPAN33,BZW2,CCL26,IL17RA,NOP56,GMIP,METTL1,APEX2,CDK5,NDUFAF7,TNFRSF18,APOO,ZCCHC17,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
GSE1740_UNSTIM_VS_IFNA_STIMULATED_MCSF_IFNG_DERIVED_MACROPHAGE_UP [7],0.009287468,0.026933657,0.380730401,0.308503723,1.283096758,160,NGFR,MGAM,KCNMB1,MYL12A,DESI1,MYO1E,PPIF,LPAR5,APOL2,ITK,PEA15,GBP1,CD74,HIVEP3,SIPA1L1,SLC2A3,SLAMF8,LAT2,STAT1,TINF2,FAM219A,SH3BP5,HLA-DOB,SERPINB8,MS4A15,PTTG1,RNFT2,HHAT,SCPEP1,OR3A2,ENTPD5,CARD16,DYNC1H1,NLRC5,MDGA1,TLR6,GRIN3A,DTL,RUNX3,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
GSE5099_CLASSICAL_M1_VS_ALTERNATIVE_M2_MACROPHAGE_DN [8],0.843648208,0.906140668,0.024497355,-0.255516889,-0.825698162,155,HOXA7,CDSN,SERTAD4-AS1,SLC44A5,TFF3,CTTN,FZD1,PHLPP1,PDE10A,HOXA9,CD79B,SLC7A3,EVC2,LRRN1,RGMA,LRRN4,CORIN,HPSE2,KRTAP5-2,DLAT,GALNT7,SOX4,CRNDE,CBX5,KIAA1217,PPM1D,SPCS2,DDX5,TSPAN11,SMPD3,MARCKSL1,PELI2,DBN1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
GSE5099_CLASSICAL_M1_VS_ALTERNATIVE_M2_MACROPHAGE_UP [8],0.888653234,0.935019841,0.020121823,-0.241329744,-0.795336867,189,HLA-G,SPON1,SPIN3,STIM2,MPP7,RPL30,NOG,RPS18,LRRN3,ATP10A,SNHG8,PGAP1,ZNF16,RPL9,KDM7A,PABPC1,EEF1G,ATP8B2,S1PR1,TMEM128,POLR3E,HEBP1,RPS6KA3,MPZL3,RPL12,TPP2,RPL13A,PFDN5,RPL6,AUTS2,RPLP1,FOXO1,CD55,TSPAN14,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
GSE5099_MONOCYTE_VS_ALTERNATIVE_M2_MACROPHAGE_DN [8],0.05915144,0.137231341,0.321775918,0.274892931,1.155425804,169,PLEKHS1,TMC7,NUP43,TULP4,EGLN1,DNAJB2,APOL2,ZNF589,PAK2,DYNLL1,OR2B6,NCKIPSD,KPNA4,DNAJB4,GPHN,SLC26A6,EYA3,EIF4G2,PPIL4,LAT2,HSPA5,SYNJ1,HNRNPC,SNX27,RNF213,SMURF2,CASP9,P4HA1,STON2,SEC24A,INPP4A,EVI2B,HEMK1,HIBCH,TMA7,ZNF638,WDR33,TPM3,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
GSE5099_MONOCYTE_VS_ALTERNATIVE_M2_MACROPHAGE_UP [8],0.338378378,0.488620151,0.06767604,-0.329467614,-1.070113969,160,SDK2,CCDC85A,ERP27,PTPRN2,NEK3,DACH2,SNHG17,FFAR3,HKDC1,PGAM2,STAG3L4,NHSL2,RIMS1,EVC2,KRT23,TSPY26P,RARB,NEURL1,CCDC159,MAPK10,SLC4A8,RNASEL,CORIN,GAS5,DLAT,ZNF765,WNK3,SLPI,SWSAP1,A2ML1,BCKDHA,EREG,SLFN13,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
GSE5099_MONOCYTE_VS_CLASSICAL_M1_MACROPHAGE_DN [8],1,1,0.011923453,-0.177427256,-0.582985217,184,PIGL,GNAS,NEK3,PPP1R3C,RNF165,MRPL45,MAGED2,SMYD4,UBE2V2,PRPF6,ATAT1,CALML4,TXLNB,CDK8,ANKS3,PRKAR1A,TRAPPC6A,PLXNB2,NDUFAF6,TP53RK,ADH5,SCARA5,TBC1D9B,CENPJ,DCAF13,RPS8,HNRNPDL,PROSER1,CTDSP2,LY6D,RPL4,C1QBP,DIMT1,RGS2,ZMYND11,ABCB10,CDADC1,IER2,BRAP,HSPA2,C12orf57,EIF2D,CMTM2,RPS4X,PANK4,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
GSE5099_MONOCYTE_VS_CLASSICAL_M1_MACROPHAGE_UP [8],0.193133047,0.32004905,0.097544922,-0.35231725,-1.151534417,170,RAPGEF3,HAPLN1,GFRA3,SH3GL3,CX3CL1,IL13RA2,EFHD1,KLHDC3,MARK1,ALPK3,STK32A,PPBP,ZNF354B,LENG9,NAPB,SPATA17,ST6GALNAC1,PXDN,CLEC2L,RAMP2,SERINC3,CCHCR1,RPS9,ARHGAP31,A4GALT,NPY1R,USP2,FAM163A,DNAH7,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
HALLMARK_COMPLEMENT [9],0.000447348,0.001621636,0.498493109,0.345517452,1.484403318,198,TFPI2,LAMP2,OLR1,PDP1,FN1,SERPINE1,PLAUR,GRB2,RHOG,GNAI2,DPP4,CTSD,CASP7,KYNU,PSEN1,HSPA5,MMP14,CTSC,APOBEC3G,CXCL1,PLA2G4A,CTSL,CASP5,IRF1,PCLO,XPNPEP1,CASP9,PLSCR1,CTSV,PSMB9,ADAM9,ITGAM,GNAI3,DOCK10,APOBEC3F,PHEX,STX4,PIK3CG,GNB4,SIRT6,S100A9,SERPINC1,PFN1,CALM1,TNFAIP3,ANG,WAS,CASP1,CCL5,KCNIP3,IL6,ITIH1,MAFF,MMP12,JAK2,IRF2,FCER1G,ERAP2,GNB2,LTA4H,GCA,C9,RASGRP1,C1QA,CFB,HSPA1A,PREP,CD40LG,PLEK,CTSS,USP15,LYN,DGKG,C1QC,GNGT2,USP14,PIK3R5,LCK,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
HALLMARK_IL2_STAT5_SIGNALING [9],0.012157396,0.033577571,0.380730401,0.297339318,1.260972455,193,TRAF1,RGS16,CTLA4,SPRED2,ADAM19,MYO1E,TLR7,ITGA6,GSTO1,MUC1,ITGAE,CSF2,PLIN2,HUWE1,NT5E,FLT3LG,NCS1,SLC2A3,PRAF2,CSF1,TWSG1,GPR65,IGF2R,CXCL10,DHRS3,TNFRSF8,BMPR2,CD86,NRP1,SMPDL3A,IL2RA,ITGAV,PLSCR1,P4HA1,IL10,PRNP,TNFRSF9,NFKBIZ,LIF,IL18R1,NOP2,IL2RB,SERPINC1,SOCS1,CAPG,TNFRSF18,CDC6,ABCB1,SNX14,PNP,MAFF,ICOS,CCR4,SYNGR2,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
HALLMARK_IL6_JAK_STAT3_SIGNALING [9],5.07E-05,0.00026753,0.557332239,0.459993872,1.754420223,87,TNFRSF12A,IL9R,PDGFC,CXCL13,GRB2,CCL7,HMOX1,IL7,CSF2,CXCL3,IRF9,TLR2,MYD88,STAT1,STAM2,CSF1,CXCL10,CXCL1,IL1B,IRF1,IL2RA,CXCL9,STAT2,CBL,IL18R1,IL17RA,SOCS1,TYK2,LTBR,IFNGR2,ITGA4,TNF,TGFB1,IL6,IL15RA,CD14,CCR1,CSF3R,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
HALLMARK_INFLAMMATORY_RESPONSE [9],5.11E-07,3.29E-06,0.659444398,0.411438796,1.759362774,196,DCBLD2,ITGB8,SPHK1,RGS16,AXL,TNFAIP6,ATP2C1,CLEC5A,SLC31A1,OLR1,CCL20,SERPINE1,PLAUR,RHOG,MSR1,CCL7,CCL17,KCNJ2,TLR2,FPR1,SEMA4D,IL18,PSEN1,CSF1,PTAFR,C3AR1,TLR1,MMP14,INHBA,CCL2,RIPK2,IL1A,CYBB,CCL22,ITGA5,NOD2,PTPRE,SLC31A2,HBEGF,CXCL10,ICAM1,IL1B,IRF1,CD82,IL10,TNFSF15,CXCL9,PDPN,TNFRSF9,GNAI3,NPFFR2,CD40,HIF1A,LTA,LIF,NLRP3,CCR7,TAPBP,GPR132,IL18R1,IL2RB,GNA15,ADM,LAMP3,AQP9,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
HALLMARK_INTERFERON_ALPHA_RESPONSE [9],1.91E-08,1.58E-07,0.733761988,0.558149565,2.158130903,95,PSMA3,PSME2,IL7,CD74,CNP,IRF9,IFI35,PSME1,CSF1,PARP14,IFI27,LGALS3BP,RIPK2,GBP2,MVB12A,CXCL10,IFI44,TAP1,OASL,B2M,IFI44L,IRF1,PLSCR1,PSMB9,ISG15,STAT2,TRIM14,IFIH1,SLC25A28,PNPT1,ISG20,TDRD7,NUB1,RNF31,CMPK2,LAMP3,TRIM21,IFI30,SAMD9L,RSAD2,CASP1,IL15,IRF2,UBE2L6,SAMD9,GBP4,MOV10,DHX58,PSMB8,EPSTI1,CXCL11,CASP8,TRIM25,PARP9,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
HALLMARK_INTERFERON_GAMMA_RESPONSE [9],9.16E-18,5.31E-16,1.086440543,0.568428529,2.442068238,198,TNFAIP6,HLA-DQA1,PSMA3,HLA-DRB1,CIITA,CD274,HLA-DMA,NUP93,FCGR1A,PSME2,CCL7,IL7,CD74,SPPL2A,IRF9,CASP7,LYSMD2,FPR1,IFI35,MYD88,PSME1,STAT1,PARP14,PSMA2,PSMB2,SLAMF7,PFKP,IDO1,HLA-B,IFI27,LGALS3BP,CCL2,RIPK2,RNF213,CXCL10,IFI44,UPP1,ICAM1,TAP1,PLA2G4A,OASL,B2M,CD86,IFI44L,IRF1,PLSCR1,APOL6,PSMB9,ISG15,CXCL9,STAT2,VAMP5,TOR1B,CD40,HIF1A,TRIM14,IFIH1,SLC25A28,NLRC5,TAPBP,IRF5,PNPT1,ISG20,TDRD7,IL2RB,RNF31,CMPK2,SOCS1,TRIM21,IFI30,SAMD9L,RSAD2,TNFAIP3,NFKB1,ITGB7,CASP1,CCL5,IL6,IL15,PNP,IL15RA,JAK2,IRF2,SOD2,UBE2L6,PSMB10,HLA-A,CFB,NFKBIA,ZNFX1,VAMP8,GBP4,MVP,PML,DHX58,ST8SIA4,PSMB8,EPSTI1,GCH1,CXCL11,CASP8,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
HALLMARK_PROTEIN_SECRETION [9],0.592,0.730553191,0.161978949,0.249796424,0.965858288,95,LAMP2,SEC22B,STX12,SGMS1,CLTC,GLA,RER1,IGF2R,CTSC,DST,YKT6,ARF1,M6PR,TMX1,AP3S1,VPS4B,GBF1,COPB2,AP2S1,PPT1,SNAP23,RAB9A,RAB5A,TMED2,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
HALLMARK_TGF_BETA_SIGNALING [9],0.171779141,0.307575758,0.271288555,0.328723708,1.177813158,54,PMEPA1,SKIL,SERPINE1,RAB31,TGIF1,BMPR2,SMURF2,RHOA,BCAR3,SMURF1,MAP3K7,CTNNB1,TRIM33,SLC20A1,THBS1,IFNGR2,TGFB1,ACVR1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
HALLMARK_UV_RESPONSE_DN [9],0.661184211,0.767769784,0.037070539,-0.286734485,-0.920510201,138,CACNA1A,KALRN,DLC1,YTHDC1,RGS4,VAV2,ICA1,SDC2,MAPK14,MAGI2,ID1,ACVR2A,NFIB,MYC,MMP16,BMPR1A,SMAD3,GRK5,PTPRM,IGF1R,TGFBR3,GJA1,ATP2B4,NEK7,MAP2K5,PLCB4,VLDLR,ARHGEF9,ANXA4,ATRX,F3,NIPBL,ZMIZ1,MET,DUSP1,DYRK1A,PTGFR,MRPS31,SNAI2,HAS2,CAV1,TGFBR2,RBPMS,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
HALLMARK_UV_RESPONSE_UP [9],0.830618893,0.906140668,0.02534155,-0.258569062,-0.833429318,152,COL2A1,IGFBP2,EPCAM,GPX3,KLHDC3,KCNH2,GAL,NPTX2,WIZ,FGF18,IL6ST,OLFM1,RXRB,PLCL1,CHKA,MAPK8IP2,TYRO3,AMD1,RRAD,BMP2,NR4A1,RET,GLS,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
KEGG_ANTIGEN_PROCESSING_AND_PRESENTATION [10],1.16E-08,1.12E-07,0.747739663,0.631814645,2.354906075,67,HLA-DQA1,HLA-DRB5,HLA-DRB1,CIITA,HLA-DMA,CALR,HLA-DOA,HLA-DPB1,HLA-DQB1,HLA-DRA,HLA-DPA1,HLA-DQA2,RFX5,PSME2,CD74,KIR2DS4,HLA-DMB,PSME1,HSPA5,HLA-B,KIR2DL4,HLA-DOB,CD8A,TAP1,PDIA3,CTSL,B2M,HLA-F,TAP2,LTA,TAPBP,KLRC1,RFXANK,CD8B,IFI30,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
KEGG_B_CELL_RECEPTOR_SIGNALING_PATHWAY [10],0.661870504,0.767769784,0.143758989,0.246013369,0.913625548,74,NFKBIB,GRB2,BCL10,MAP2K2,RAC1,NRAS,FCGR2B,PIK3AP1,CHUK,PIK3CD,PPP3R1,SYK,PIK3CG,INPP5D,DAPP1,MAP2K1,BLNK,CARD11,NFKB1,NFATC4,PPP3CB,VAV1,HRAS,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
KEGG_CYTOKINE_CYTOKINE_RECEPTOR_INTERACTION [10],0.000440675,0.001621636,0.498493109,0.330558361,1.455144097,230,NGFR,TNFRSF12A,IL9R,VEGFC,IL12A,PDGFC,IL24,CCL8,TNFRSF10A,IL21R,CXCL13,CCL20,CXCR4,IL11,PRLR,CCL7,TNFSF13,IL7,CSF2,CCL17,CXCL3,TNFSF4,FLT3LG,IL18,IL1RAP,CSF1,CX3CR1,INHBA,CCL2,IL1A,CCL22,CXCL10,TNFRSF8,CXCL1,IL1B,TNFRSF11A,BMPR2,TNFSF13B,CCL13,IL2RA,IL10,TNFSF15,CCR2,TNFSF12,CXCL9,IL21,TNFRSF9,AMH,CD40,TNFRSF10B,CSF1R,LTA,LIF,CCR5,CCR7,CCL27,CCL26,IL18R1,IL17RA,IFNG,CCL4,IL2RB,CCR3,CXCL16,TNFRSF18,LTBR,TNFRSF10C,IFNGR2,TNF,TGFB1,CCL5,IL6,IL15,ACVR1,IL15RA,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
KEGG_FC_GAMMA_R_MEDIATED_PHAGOCYTOSIS [10],0.06492244,0.144826982,0.287805131,0.316690953,1.21865613,92,SPHK1,MARCKS,ARF6,FCGR1A,ARPC2,FCGR3A,RAC1,FCGR2C,PIP5K1C,ARPC3,PLD1,FCGR2B,ARPC4,PLA2G4A,SPHK2,CDC42,PIK3CD,ARPC5L,DOCK2,LIMK1,SYK,DNM3,PIK3CG,PLA2G4B,INPP5D,MAP2K1,WAS,VAV1,CFL1,ARPC5,PTPRC,HCK,CRKL,FCGR2A,LYN,AKT1,NCF1,PIK3R3,AMPH,CFL2,PIK3R5,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
KEGG_LEUKOCYTE_TRANSENDOTHELIAL_MIGRATION [10],0.22972973,0.37012012,0.090263548,-0.365212855,-1.144593473,109,RAPGEF3,MYLPF,RAPGEF4,PTK2,CLDN11,CLDN10,GNAI1,MAPK11,CLDN22,ACTN2,VAV2,MYL2,CLDN7,MAPK14,MYL9,PIK3R1,ESAM,MYL10,CDH5,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
KEGG_NATURAL_KILLER_CELL_MEDIATED_CYTOTOXICITY [10],0.021750283,0.057341655,0.352487858,0.329475393,1.334162037,115,ULBP2,MICB,TNFRSF10A,RAET1G,GRB2,CSF2,KIR2DS4,FCGR3A,MAP2K2,RAC1,HLA-B,NRAS,KIR2DL4,ICAM1,PIK3CD,TNFRSF10B,KLRC1,PPP3R1,SYK,PIK3CG,IFNG,MAP2K1,ARAF,TNFRSF10C,IFNGR2,ULBP1,TNF,NFATC4,PPP3CB,VAV1,HRAS,MICA,FCER1G,HLA-A,ITGB2,HLA-E,KIR2DL3,KLRD1,FASLG,PIK3R3,IFNAR2,PIK3R5,LCK,IFNGR1,PTK2B,ITGAL,TNFSF10,PRKCA,IFNAR1,HLA-C,LCP2,CD244,PTPN6,RAC3,SH3BP2,LAT,KLRK1,CD48,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
KEGG_T_CELL_RECEPTOR_SIGNALING_PATHWAY [10],0.175,0.307575758,0.315324832,0.281249145,1.110248779,103,CTLA4,NFKBIB,GRB2,ITK,PAK2,CSF2,BCL10,MAP2K2,NRAS,CD8A,CDC42,CHUK,PIK3CD,IL10,RHOA,MAP3K7,PPP3R1,CBL,PIK3CG,IFNG,PDCD1,MAP2K1,CD8B,CARD11,NFKB1,TNF,NFATC4,PPP3CB,VAV1,HRAS,NCK2,ICOS,CD4,RASGRP1,NFKBIA,CDK4,CD3G,CD40LG,PTPRC,NFKBIE,AKT1,PIK3R3,CD3D,PIK3R5,LCK,CD3E,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
KEGG_TGF_BETA_SIGNALING_PATHWAY [10],0.025171625,0.063476271,0.307750048,-0.471685739,-1.446591128,84,THBS4,ID4,GDF5,BMP6,COMP,PITX2,BMP5,NOG,CHRD,INHBB,LEFTY2,ID1,RPS6KB2,ACVR2A,LEFTY1,MYC,ACVRL1,SMAD1,BMPR1A,SMAD3,RBL2,BMP4,BMP2,SMAD5,DCN,ZFYVE9,TGFB3,SMAD9,PPP2R1A,GDF7,SKP1,MAPK3,SMAD6,BMP7,TGFB2,TGFBR2,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
KHAN.T.EXHAUSTION [11],0.331683168,0.488620151,0.170932335,0.323535338,1.069230871,38,TLR7,RAD54L2,DCLRE1C,IRF9,STAT1,PARP14,AGFG1,ISG15,STAT2,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
PID_CD8_TCR_DOWNSTREAM_PATHWAY [12],0.355029586,0.490278952,0.181383128,0.288462338,1.029383434,52,FOSL1,MAP2K2,NRAS,CD8A,B2M,IL2RA,TNFRSF9,PPP3R1,IFNG,IL2RB,MAP2K1,CD8B,TNFRSF18,TNF,PPP3CB,HRAS,ELK1,HLA-A,CD3G,FASLG,IL2RG,CD3D,IFNAR2,CD3E,PRKCA,IFNAR1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
PID_TCR_PATHWAY [12],0.186666667,0.318431373,0.271288555,0.314025807,1.158502421,63,HLA-DRA,GRB2,ITK,BCL10,FLNA,CSK,NRAS,RAP1A,CD86,CDC42,CHUK,CBL,CD80,CARD11,WAS,VAV1,HRAS,CD4,RASGRP1,CD3G,PTPRC,AKT1,CD3D,SLA2,LCK,CD3E,PRKCA,LCP2,PTPN6,STIM1,SH3BP2,LAT,IKBKG,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
REACTOME_CD28_CO_STIMULATION [13],0.390428212,0.526624099,0.068151344,-0.400078649,-1.057215755,33,SRC,PAK3,PDPK1,PRR5,THEM4,PIK3R1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
REACTOME_CLASS_I_MHC_MEDIATED_ANTIGEN_PROCESSING_PRESENTATION [13],7.74E-05,0.000360858,0.538434096,0.307011275,1.398962011,363,RBX1,PSMD9,PSMB1,PSMA3,FBXL7,PSMC1,CDC20,SEC13,CALR,LRR1,FBXO30,UBA1,RNF25,FCGR1A,PSMD14,PSME2,PSMC3,PSMD11,PSMD1,SEC22B,UBE2C,FCGR1B,PSMD8,ZNRF2,PSMA5,HUWE1,UBE2S,TLR2,UBE2L3,ANAPC11,TRAIP,PSMB5,MYD88,TRIM32,SEC23A,TRIP12,PSME1,SIAH2,PSMA2,HSPA5,PSMB2,HLA-B,UBE2F,TLR1,CUL2,UBC,CYBB,RNF213,PSMA4,PSMB7,HECTD3,UBE2A,PSMB4,TAP1,PSMA6,PDIA3,CTSL,B2M,SEC61B,SMURF2,HLA-F,RNF217,ATG7,CHUK,UBE2D4,PSMA1,THOP1,ITGAV,CTSV,PSMB9,MEX3C,SEC24A,HACE1,SAR1B,TAP2,TRIM69,PSMB3,PSMD7,SMURF1,HERC4,KBTBD8,ERAP1,TAPBP,PSMC5,NEDD4L,PSMD2,PSMD4,PSMB6,RNF19A,TLR6,STX4,PSME4,SNAP23,S100A9,KLHL5,SOCS1,UBA3,UBE2M,UBE2D1,ASB5,TRIM21,PSMC4,ANAPC7,TRIM11,FBXO22,DTX3L,RNF19B,PSMA7,RNF7,UBA6,VAMP3,UBE2L6,ERAP2,HERC2,UBR1,STUB1,CD14,SEC61A1,UBE2J2,PSMB10,ASB4,HERC5,HLA-A,CDC16,SEC61G,RNF34,PSMD3,VAMP8,AREL1,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
REACTOME_DOWNSTREAM_TCR_SIGNALING [13],5.49E-13,1.06E-11,0.921426003,0.652828668,2.524215394,95,TAB2,HLA-DQA1,PSMD9,HLA-DRB5,PSMB1,PSMA3,PSMC1,HLA-DRB1,HLA-DPB1,HLA-DRA,HLA-DPA1,HLA-DQA2,PSMD14,PSME2,PSMC3,PSMD11,PSMD1,PSMD8,BCL10,PSMA5,PSMB5,PSME1,PSMA2,HLA-DQB2,PSMB2,UBC,RIPK2,PSMA4,PSMB7,PSMB4,PSMA6,CHUK,PSMA1,TRAV29DV5,PSMB9,PSMB3,PSMD7,MAP3K7,PSMC5,PSMD2,PSMD4,PSMB6,PSME4,TRAV19,INPP5D,UBE2D1,PSMC4,CARD11,NFKB1,PSMA7,TRAT1,CD4,PSMB10,PSMD3,NFKBIA,CD3G,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
REACTOME_IMMUNOREGULATORY_INTERACTIONS_BETWEEN_A_LYMPHOID_AND_A_NON_LYMPHOID_CELL [13],2.78E-06,1.61E-05,0.62725674,0.410362968,1.72878169,175,IGLV2-8,IGKV1-12,MICB,IGKV1D-12,IGLV6-57,FCGR1A,IGLV1-51,IGHV3-53,IGKV1-5,OSCAR,IGHV1-46,IGKV1D-16,IGHV2-70,IGLV1-40,FCGR3A,IGHV4-59,SLAMF7,HLA-B,IGKV3D-20,IGHV3-7,IGLV2-11,IGHV3-30,LAIR1,KIR2DL4,IGKV1-16,LILRB4,FCGR2B,SIGLEC10,CD8A,ICAM1,IGLV3-21,IGHV1-69,B2M,HLA-F,MADCAM1,TRAV29DV5,IGHV4-34,CD226,IGKV2-30,IGHV1-2,CD40,TREM1,CD33,IGKV2D-40,KLRC1,CRTAM,IGHV3-33,TRAV19,IGKV3-11,SIGLEC8,CD8B,ITGA4,ITGB7,CD300A,ULBP1,SIGLEC6,MICA,LILRB1,IGKV1-17,SIGLEC5,HLA-A,ITGB2,CD96,IGHV2-5,IGLV3-19,IGHV3-23,CD3G,CD40LG,HLA-E,KIR2DL3,KLRD1,CD300LF,ITGB1,IGLV3-25,CD3D,KLRB1,SIGLEC9,IGLC3,CD3E,CD300C,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
REACTOME_MHC_CLASS_II_ANTIGEN_PRESENTATION [13],3.58E-07,2.59E-06,0.67496286,0.497868575,2.018879304,118,HLA-DQA1,HLA-DRB5,HLA-DRB1,TUBA1C,SEC13,HLA-DMA,HLA-DOA,HLA-DPB1,HLA-DQB1,HLA-DRA,KIF2C,KIF5A,HLA-DPA1,HLA-DQA2,DYNLL1,KIF4A,CD74,DCTN1,CTSD,KIF15,AP1S3,CLTC,SEC23A,HLA-DMB,HLA-DQB2,KIF11,CTSC,DYNC1LI1,KIF23,ARF1,HLA-DOB,DCTN2,CTSL,CAPZB,TUBA1B,RACGAP1,CTSV,ACTR1A,SEC24A,SAR1B,DYNC1H1,AP2S1,DNM3,TUBB6,CAPZA1,KIF18A,DYNC1LI2,IFI30,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
REACTOME_NEUTROPHIL_DEGRANULATION [13],4.51E-10,5.23E-09,0.814035838,0.358281277,1.676882475,455,LAMP2,TNFAIP6,MGAM,PSMB1,CLEC5A,OLR1,ANXA2,ADAM8,SLC15A4,NPC2,GLB1,RAP2C,FUCA2,CNN2,RAB10,ALOX5,PLAUR,PSAP,PSMD14,RHOG,PSMC3,CAP1,ACTR2,DYNLL1,RAB31,ATAD3B,PSMD11,PSMD1,GPR84,C1orf35,IDH1,PGAM1,PSMA5,PGM1,OSCAR,HUWE1,DYNLT1,TLR2,CTSD,PKM,SLC2A5,FPR1,VCP,XRCC6,C6orf120,VAPA,GLA,SLC2A3,PSEN1,PSMA2,KCMF1,PTAFR,C3AR1,RAC1,ATP6V1D,HLA-B,NRAS,LYZ,IGF2R,MNDA,CTSC,DYNC1LI1,CYBB,LAIR1,B4GALT1,PLD1,LAMP1,QPCT,PSMB7,S100A11,GOLGA7,CD68,CD58,SURF4,CXCL1,DDOST,OSTF1,RAP1A,B2M,ATG7,AMPD3,ITGAV,SPTAN1,PLAU,RHOA,RNASE2,ARMC8,ITGAM,PA2G4,DOCK2,PYCARD,PSMD7,PRDX4,PGRMC1,CD53,NCKAP1L,CD33,DYNC1H1,MANBA,NFAM1,MMP25,DPP7,ACAA1,DNASE1L1,FTH1,ARSA,RNASET2,SRP14,PSMD2,CSTB,SLC11A1,SNAP23,BRI3,GYG1,S100A9,CMTM6,GLIPR1,FTL,DOK3,APEH,RNASE3,CPPED1,BIN2,MAN2B1,NME2,NFKB1,CD300A,TMBIM1,DEGS1,PNP,ARHGAP9,FCER1G,TICAM2,ATP11A,GM2A,LTA4H,GCA,CD14,MIF,SIGLEC5,CLEC4D,GRN,HLA-A,ITGB2,HSPA1A,ARPC5,PSMD3,PTX3,VAMP8,PLEKHO2,MVP,SIRPB1,CEACAM8,AHSG,HPSE,PTPRC
REACTOME_SIGNALING_BY_THE_B_CELL_RECEPTOR_BCR [13],7.01E-15,2.03E-13,0.996986218,0.57602178,2.362814123,157,PSMD9,PSMB1,PSMA3,PSMC1,IGLV2-8,IGKV1-12,NFKBIB,IGKV1D-12,IGHM,IGLV6-57,IGLV1-51,GRB2,PSMD14,PSME2,IGHV3-53,PSMC3,PSMD11,PSMD1,PSMD8,BCL10,PSMA5,IGKV1-5,IGHV1-46,IGKV1D-16,IGHV2-70,PSMB5,IGLV1-40,PSME1,PSMA2,IGHV4-59,PSMB2,NRAS,IGKV3D-20,IGHV3-7,IGLV2-11,UBC,IGHV3-30,PSMA4,IGKV1-16,PSMB7,PIK3AP1,PSMB4,PSMA6,IGLV3-21,IGHV1-69,ITPR1,CHUK,PSMA1,PIK3CD,IGHV4-34,PSMB9,IGKV2-30,PSMB3,IGHV1-2,PSMD7,REL,MAP3K7,AHCYL1,IGKV2D-40,PSMC5,PPP3R1,SYK,PSMD2,PSMD4,PSMB6,IGHV3-33,PSME4,IGKV3-11,DAPP1,PSMC4,BLNK,CALM1,CARD11,NFKB1,PPP3CB,VAV1,HRAS,PSMA7,SH3KBP1,RASGRP1,IGKV1-17,PSMB10,IGHV2-5,PSMD3,NFKBIA,IGLV3-19,IGHV3-23,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
REACTOME_TCR_SIGNALING [13],8.70E-12,1.26E-10,0.875325132,0.590797571,2.406100443,117,TAB2,HLA-DQA1,PSMD9,HLA-DRB5,PSMB1,PSMA3,PSMC1,HLA-DRB1,HLA-DPB1,HLA-DQB1,HLA-DRA,HLA-DPA1,HLA-DQA2,ITK,PSMD14,PSME2,PSMC3,PAK2,PSMD11,PSMD1,PSMD8,BCL10,PSMA5,PSMB5,PSME1,PSMA2,HLA-DQB2,PSMB2,CSK,UBC,RIPK2,PSMA4,PSMB7,PSMB4,PTPN22,PSMA6,CHUK,PSMA1,TRAV29DV5,PSMB9,PSMB3,PSMD7,MAP3K7,PSMC5,PSMD2,PSMD4,PSMB6,PSME4,TRAV19,INPP5D,UBE2D1,PSMC4,CARD11,WAS,NFKB1,PSMA7,ENAH,TRAT1,CD4,PSMB10,PSMD3,NFKBIA,CD3G,PTPRC,PSMB8,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
REACTOME_TNF_SIGNALING [13],0.006358275,0.019409471,0.407017919,0.492409457,1.675162131,42,TRAF1,ADAM17,TAB2,SPPL2A,UBC,CHUK,BIRC3,TAB3,CYLD,MAP3K7,USP4,TRADD,RNF31,TNFAIP3,TNF,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
WOLF.IFNY [14],8.09E-05,0.000360858,0.538434096,0.702157357,2.092163993,24,IFI6,STAT1,IFI27,CXCL10,IFI44,TAP1,OASL,IFI44L,ISG15,IFIH1,RSAD2,HERC5,SAMD9,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
WP_B_CELL_RECEPTOR_SIGNALING_PATHWAY,0.839816934,0.906140668,0.027518293,-0.25665529,-0.794058367,97,RASGRP3,NFATC2,GAB2,VAV2,SOS1,CD79B,PDPK1,BRAF,MAPK14,MAPK9,MYC,GAB1,CAMK2A,PIK3R1,MEF2C,CD22,GTF2I,PLCG1,ETS1,FOXO1,E2F3,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
WP_CANCER_IMMUNOTHERAPY_BY_PD1_BLOCKADE,0.126530612,0.236734694,0.257206466,0.442573249,1.316702422,23,PDCD1LG2,HLA-DRB1,CD274,CD8A,IFNG,PDCD1,CD8B,NFKB1,NFATC4,HLA-A,CD3G,CD3D,LCK,CD3E,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
WP_TCELL_ANTIGEN_RECEPTOR_TCR_SIGNALING_PATHWAY,0.296875,0.453125,0.23112671,0.2792027,1.051103986,86,GRB2,ITK,BCL10,MAP2K2,RIPK2,IL1A,CD8A,IL1B,ITPR1,CDC42,CHUK,VIM,TNFRSF9,REL,CCR5,MAP3K7,CBL,MAP2K1,CARD11,WAS,NFKB1,TGFB1,VAV1,HRAS,IL6,IL15RA,ICOS,CD4,NFKBIA,CD3G,CRKL,PSTPIP1,AKT1,CD3D,LCK,CD3E,PTK2B,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
*All gene sets were either obtained from the Molecular Signatures Database (MsigDB) v7.5.1 or from direct literature ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
Referrences:,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
"[1]Ayers M, Lunceford J, Nebozhyn M et al. IFN-gamma-related mRNA profile predicts clinical response to PD-1 blockade. J Clin Invest 2017; 127: 2930-2940.",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
"[2]Beltra JC, Manne S, Abdel-Hakeem MS et al. Developmental Relationships of Four Exhausted CD8(+) T Cell Subsets Reveals Underlying Transcriptional and Epigenetic Landscape Control Mechanisms. Immunity 2020; 52: 825-841 e828.",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
"[3]Calabro A, Beissbarth T, Kuner R et al. Effects of infiltrating lymphocytes and estrogen receptor on gene expression and prognosis in breast cancer. Breast Cancer Res Treat 2009; 116: 69-77.",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
"[4]Cristescu R, Mogg R, Ayers M et al. Pan-tumor genomic biomarkers for PD-1 checkpoint blockade-based immunotherapy. Science 2018; 362: 6411.",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
"[5]Galon J, Angell HK, Bedognetti D, Marincola FM. The continuum of cancer immunosurveillance: prognostic, predictive, and mechanistic signatures. Immunity 2013; 39: 11-26.",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
"[6]Szanto A, Balint BL, Nagy ZS et al. STAT6 transcription factor is a facilitator of the nuclear receptor PPARgamma-regulated gene expression in macrophages and dendritic cells. Immunity 2010; 33: 699-712.",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
"[7]Tassiulas I, Hu X, Ho H et al. Amplification of IFN-alpha-induced STAT1 activation and inflammatory function by Syk and ITAM-containing adaptors. Nat Immunol 2004; 5: 1181-1189.",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
"[8]Martinez FO, Gordon S, Locati M, Mantovani A. Transcriptional profiling of the human monocyte-to-macrophage differentiation and polarization: new molecules and patterns of gene expression. J Immunol 2006; 177: 7303-7311.",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
"[9]Liberzon A, Birger C, Thorvaldsdottir H et al. The Molecular Signatures Database (MSigDB) hallmark gene set collection. Cell Syst 2015; 1: 417-425.",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
"[10]Kanehisa M, Furumichi M, Sato Y et al. KEGG: integrating viruses and cellular organisms. Nucleic Acids Res 2021; 49: D545-D551.",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
"[11]Khan O, Giles JR, McDonald S et al. TOX transcriptionally and epigenetically programs CD8(+) T cell exhaustion. Nature 2019; 571: 211-218.",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
"[12]Schaefer CF, Anthony K, Krupa S et al. PID: the Pathway Interaction Database. Nucleic Acids Res 2009; 37: D674-679.",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
"[13]Griss J, Viteri G, Sidiropoulos K et al. ReactomeGSA - Efficient Multi-Omics Comparative Pathway Analysis. Mol Cell Proteomics 2020; 19: 2115-2125.",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
"[14] Wolf DM, Lenburg ME, Yau C et al. Gene co-expression modules as clinically relevant hallmarks of breast cancer diversity. PLoS One 2014; 9: e88309.",,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,