Supplementary Table S1d: Large Tandem Arrays

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Tandem Arrays
chr1:141614596-141629292
chr1:142011066-142025761
chr1:142245576-142259928
chr2:94793805-94815544
chr2:130527955-130533249
chr2:130918665-130923963
chr2:131145648-131150946
chr2:131752314-131757592
chr3:199259377-199263452
chr4:48911896-48929687
chr4:49259299-49274079
chr8:43489114-43506146
chr8:86744493-86911178
chr9:33567377-33587718
chr9:38536498-38557002
chr9:42429334-42456540
chr9:43025353-43052560
chr9:43964543-43986620
chr9:66111804-66133881
chr9:68742783-68763792
chr9:89731067-89735730
chr9:89926704-89931368
chr9:98936138-98953601
chr10:124329561-124349273
chr13:18218665-18279040
chr18:14244666-14324176
chr19:55280783-55336942
chr21:14145755-14197329
chrX:49059954-49271622
chrY:9226249-10017916

Clusters excluded from Tandem Arrays
Jump to:
chr1
chr2
chr3
chr4
chr8
chr9
chr10
chr13
chr18
chr19
chr21
chrX
chrY

chr1:141614596-141625495			9970 bp
Genome Start	Genome End	Strand	Div	Repeat Start	Repeat End	Repeat Left	Name	Family	Class
141614596	141614738	-	28.2	129	274	-154	MSTA	MaLR	LTR
141614785	141615018	+	21.9	907	1178	-402	THE1-int	MaLR	LTR
141615017	141615062	-	19.6	921	967	-613	THE1-int	MaLR	LTR
141615138	141615238	-	19.6	1	106	-322	MSTA	MaLR	LTR
141615239	141615551	-	22.4	1317	1651	0	MST-int	MaLR	LTR
141615544	141615649	-	26.7	60	176	-252	MSTA	MaLR	LTR
141615699	141615796	-	18.6	1	99	-329	MSTA	MaLR	LTR
141615797	141615906	-	19.1	1541	1651	0	MSTA-int	MaLR	LTR
141615909	141617203	-	25.1	32	1389	-262	MSTA-int	MaLR	LTR
141617206	141617338	+	15.9	507	661	-990	MST-int	MaLR	LTR
141617365	141617669	-	25.1	76	385	-43	MSTA	MaLR	LTR
141617674	141617907	+	23.7	907	1178	-402	THE1-int	MaLR	LTR
141618050	141618155	-	19.6	1	113	-262	MSTA	MaLR	LTR
141618156	141618473	-	21.3	1341	1651	0	MST-int	MaLR	LTR
141618480	141618591	-	22.3	61	171	-257	MSTA	MaLR	LTR
141618627	141618722	-	24.0	1	97	-331	MSTA	MaLR	LTR
141618723	141618834	-	13.4	1538	1651	0	MSTA-int	MaLR	LTR
141618950	141619056	-	19.4	1	104	-324	MSTA	MaLR	LTR
141619057	141620636	-	23.7	28	1651	0	MSTA-int	MaLR	LTR
141620632	141620774	+	23.2	504	670	-981	MST-int	MaLR	LTR
141620804	141621069	-	25.8	98	374	-54	MSTA	MaLR	LTR
141621097	141621328	+	22.9	907	1183	-397	THE1-int	MaLR	LTR
141621336	141621392	-	22.8	910	967	-613	MSTA-int	MaLR	LTR
141621477	141621572	-	15.8	1	97	-331	MSTA	MaLR	LTR
141621573	141621920	-	20.7	1317	1651	0	MSTA-int	MaLR	LTR
141621919	141622021	-	25.2	58	171	-257	MSTA	MaLR	LTR
141622067	141622165	-	25.2	1	100	-328	MSTA	MaLR	LTR
141622166	141622242	-	16.9	1574	1651	0	MSTA-int	MaLR	LTR
141622245	141622306	+	18.3	317	376	-52	MSTA	MaLR	LTR
141622341	141622379	-	12.8	623	661	-990	MSTA-int	MaLR	LTR
141622380	141623910	-	23.5	28	1583	-68	MSTA-int	MaLR	LTR
141623906	141624059	+	25.3	463	617	-963	THE1-int	MaLR	LTR
141624077	141624343	-	22.9	96	376	-52	MSTA	MaLR	LTR
141624368	141624608	+	23.4	907	1188	-392	THE1-int	MaLR	LTR
141624600	141624655	-	18.2	911	967	-613	THE1-int	MaLR	LTR
141624753	141624848	-	19.8	1	97	-331	MSTA	MaLR	LTR
141624851	141625195	-	23.6	1318	1649	-2	MST-int	MaLR	LTR
141625203	141625312	-	20.6	56	159	-269	MSTA	MaLR	LTR
141625397	141625495	-	23.2	1	100	-328	MSTA	MaLR	LTR

chr1:141627690-141628929			1120 bp
Genome Start	Genome End	Strand	Div	Repeat Start	Repeat End	Repeat Left	Name	Family	Class
141627690	141627745	-	25.0	911	967	-613	MSTA-int	MaLR	LTR
141627857	141627962	-	27.4	28	134	-1517	MSTA-int	MaLR	LTR
141627960	141628110	+	28.0	465	621	-959	THE1-int	MaLR	LTR
141628126	141628479	-	25.3	1	376	-52	MSTA	MaLR	LTR
141628480	141628698	-	14.0	1401	1651	0	MSTA-int	MaLR	LTR
141628696	141628929	-	17.1	13	250	-1401	MSTA-int	MaLR	LTR

chr1:142011066-142021963			9954 bp
Genome Start	Genome End	Strand	Div	Repeat Start	Repeat End	Repeat Left	Name	Family	Class
142011066	142011208	-	27.5	129	274	-154	MSTA	MaLR	LTR
142011255	142011488	+	22.8	907	1178	-402	THE1-int	MaLR	LTR
142011608	142011708	-	21.6	1	106	-322	MSTA	MaLR	LTR
142011709	142012021	-	23.7	1317	1651	0	MSTA-int	MaLR	LTR
142012014	142012107	-	26.9	76	176	-252	MSTA	MaLR	LTR
142012169	142012266	-	19.6	1	99	-329	MSTA	MaLR	LTR
142012267	142012382	-	19.8	1535	1651	0	MSTA-int	MaLR	LTR
142012386	142013674	-	25.2	32	1382	-269	MSTA-int	MaLR	LTR
142013677	142013809	+	15.9	507	661	-990	MST-int	MaLR	LTR
142013836	142014142	-	25.2	76	385	-43	MSTA	MaLR	LTR
142014147	142014386	+	24.7	907	1188	-392	THE1-int	MaLR	LTR
142014378	142014433	-	21.4	979	1035	-616	MST-int	MaLR	LTR
142014535	142014627	-	20.4	1	94	-334	MSTA	MaLR	LTR
142014628	142014945	-	21.3	1341	1651	0	MST-int	MaLR	LTR
142014952	142015063	-	23.3	61	171	-257	MSTA	MaLR	LTR
142015099	142015194	-	22.9	1	97	-331	MSTA	MaLR	LTR
142015195	142015306	-	13.4	1538	1651	0	MSTA-int	MaLR	LTR
142015434	142015526	-	21.5	1	96	-332	MSTA	MaLR	LTR
142015527	142017106	-	23.7	28	1651	0	MSTA-int	MaLR	LTR
142017102	142017255	+	27.5	463	617	-963	THE1-int	MaLR	LTR
142017274	142017539	-	25.4	98	374	-54	MSTA	MaLR	LTR
142017567	142017798	+	22.9	907	1183	-397	THE1-int	MaLR	LTR
142017806	142017862	-	22.8	910	967	-613	THE1-int	MaLR	LTR
142017947	142018042	-	15.8	1	97	-331	MSTA	MaLR	LTR
142018043	142018385	-	22.2	1322	1651	0	MSTA-int	MaLR	LTR
142018389	142018491	-	22.6	58	171	-257	MSTA	MaLR	LTR
142018537	142018635	-	25.2	1	100	-328	MSTA	MaLR	LTR
142018636	142018712	-	15.6	1574	1651	0	MSTA-int	MaLR	LTR
142018715	142018775	+	18.3	317	376	-52	MSTA	MaLR	LTR
142018810	142018848	-	15.4	623	661	-990	MSTA-int	MaLR	LTR
142018849	142020379	-	23.7	28	1583	-68	MSTA-int	MaLR	LTR
142020375	142020528	+	24.0	463	617	-963	THE1-int	MaLR	LTR
142020546	142020812	-	21.4	96	376	-52	MSTA	MaLR	LTR
142020837	142021077	+	23.0	907	1188	-392	THE1-int	MaLR	LTR
142021069	142021124	-	20.0	911	967	-613	THE1-int	MaLR	LTR
142021221	142021316	-	19.8	1	97	-331	MSTA	MaLR	LTR
142021319	142021663	-	23.3	1318	1649	-2	MST-int	MaLR	LTR
142021671	142021780	-	21.6	56	159	-269	MSTA	MaLR	LTR
142021865	142021963	-	23.2	1	100	-328	MSTA	MaLR	LTR

chr1:142245939-142247179			1119 bp
Genome Start	Genome End	Strand	Div	Repeat Start	Repeat End	Repeat Left	Name	Family	Class
142245939	142246172	+	16.7	13	250	-1401	MSTA-int	MaLR	LTR
142246170	142246388	+	14.1	1401	1651	0	MSTA-int	MaLR	LTR
142246389	142246742	+	25.6	1	376	-52	MSTA	MaLR	LTR
142246758	142246909	-	21.9	465	661	-959	MST-int	MaLR	LTR
142246907	142247010	+	25.2	28	130	-1521	MSTA-int	MaLR	LTR
142247124	142247179	+	25.0	911	967	-613	MSTA-int	MaLR	LTR

chr1:142250021-142254064			3750 bp
Genome Start	Genome End	Strand	Div	Repeat Start	Repeat End	Repeat Left	Name	Family	Class
142250021	142250116	+	20.8	1	97	-331	MSTA	MaLR	LTR
142250213	142250268	+	18.2	911	967	-613	THE1-int	MaLR	LTR
142250260	142250500	-	23.8	907	1188	-392	THE1-int	MaLR	LTR
142250525	142250789	+	22.0	96	374	-54	MSTA	MaLR	LTR
142250809	142250962	-	24.7	463	617	-963	THE1-int	MaLR	LTR
142250958	142252488	+	23.8	28	1583	-68	MST-int	MaLR	LTR
142252489	142252527	+	15.4	623	661	-990	MST-int	MaLR	LTR
142252562	142252624	-	18.3	317	376	-52	MSTA	MaLR	LTR
142252627	142252703	+	16.9	1574	1651	0	MST-int	MaLR	LTR
142252704	142252802	+	25.2	1	100	-328	MSTA	MaLR	LTR
142252848	142252955	+	24.1	58	180	-248	MSTA	MaLR	LTR
142252949	142253295	+	21.3	1317	1651	0	MSTA-int	MaLR	LTR
142253296	142253391	+	16.9	1	97	-331	MSTA	MaLR	LTR
142253476	142253532	+	22.8	910	967	-613	THE1-int	MaLR	LTR
142253540	142253771	-	22.5	907	1183	-397	THE1-int	MaLR	LTR
142253776	142254064	+	24.2	76	374	-54	MSTA	MaLR	LTR

chr2:94793805-94802160			7719 bp
Genome Start	Genome End	Strand	Div	Repeat Start	Repeat End	Repeat Left	Name	Family	Class
94793805	94794002	-	25.4	75	285	-141	MSTA	MaLR	LTR
94794007	94794283	+	21.5	907	1218	-362	THE1-int	MaLR	LTR
94794375	94794482	-	20.2	1	106	-322	MSTA	MaLR	LTR
94794483	94794795	-	21.5	1317	1651	0	MST-int	MaLR	LTR
94794794	94794882	-	23.0	75	171	-257	MSTA	MaLR	LTR
94794934	94795031	-	22.7	1	99	-329	MSTA	MaLR	LTR
94795032	94796650	-	22.6	28	1651	0	MSTA-int	MaLR	LTR
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94797326	94797385	-	19.3	910	967	-613	THE1-int	MaLR	LTR
94797476	94797570	-	20.0	1	97	-331	MSTA	MaLR	LTR
94797571	94797918	-	22.4	1318	1651	0	MST-int	MaLR	LTR
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94798158	94799775	-	24.1	34	1651	0	MST-int	MaLR	LTR
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94799948	94800232	-	24.5	76	376	-52	MSTA	MaLR	LTR
94800237	94800480	+	20.5	907	1191	-389	THE1-int	MaLR	LTR
94800469	94800524	-	23.2	911	967	-613	THE1-int	MaLR	LTR
94800621	94800715	-	17.9	1	97	-331	MSTA	MaLR	LTR
94800716	94800788	-	20.6	1579	1651	0	MST-int	MaLR	LTR
94800825	94801107	-	24.7	76	376	-52	MSTA	MaLR	LTR
94801113	94801353	+	26.6	976	1256	-395	MST-int	MaLR	LTR
94801342	94801397	-	18.2	911	967	-613	THE1-int	MaLR	LTR
94801501	94801576	-	19.0	1	76	-356	MSTA	MaLR	LTR
94801577	94801909	-	22.9	1322	1651	0	MST-int	MaLR	LTR
94801914	94802014	-	27.7	60	171	-257	MSTA	MaLR	LTR
94802064	94802160	-	23.7	1	99	-329	MSTA	MaLR	LTR

chr2:94803900-94811612			7020 bp
Genome Start	Genome End	Strand	Div	Repeat Start	Repeat End	Repeat Left	Name	Family	Class
94803900	94804195	-	24.8	76	385	-43	MSTA	MaLR	LTR
94804200	94804465	+	29.1	907	1191	-389	THE1-int	MaLR	LTR
94804454	94804509	-	19.6	911	967	-613	THE1-int	MaLR	LTR
94804595	94804702	-	18.4	1	105	-323	MSTA	MaLR	LTR
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chr10:124345292-124346236			932 bp
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chr13:18226449-18254644			26196 bp
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