//This file contains the eight Rfam families and the rRNA SSUs family with their annotated // structure. Each family begins with the name of the family with a '.seq_struct' suffix followed // by a new line. Then all the sequences belonging to the family follow in FASTA format. Each // sequence is followed by a new line and its structural annotation in bracket notation. SSU.seq_struct >gi|5713|emb|X59604.1| B.bigemina gene A small subunit rRNA 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>gi|160642|gb|M19172.1|PFARGEA P.falciparum 18S ribosomal RNA in asexual parasites AACCTGGTTGATCTTGCCAGTAGTCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCAAGTGAAAGTATATATATATTTTATATGTAGAAACTGCGAACGGCTCATTAAAACAGTTATAGTCTACTTGACATTTTTATTATAAGGATAACTACGGAAAAGCTGTAGCTAATACTTGCTTTATTATCCTTGATTTTTATCTTTGGATAAGTATTTGTTAGGCCTTATAAGAAAAAAGTTATTAACTTAAGGAATTATAACAAAGAAGTAACACGTAATAAATTTATTTTATTTAGTGTGTATCAATCGAGTTTCTGACCTATCAGCTTTTGATGTTAGGGTATTGGCCTAACATGGCTATGACGGGTAACGGGGAATTAGAGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAATAGCTACCACATCTAAGGAAGGCAGCAGGCGCGTAAATTACCCAATTCTAAAGAAGAGAGGTAGTGACAAGAAATAACAATGCAAGGCCAATTTTTGGTTTTGTAATTGGAATGGTGGGAATTTAAAACCTTCCCAGAGTAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAATTGTTGCAGTTAAAACGCTCGTAGTTGAATTTCAAAGAATCGATATTTTATTGTAACTATTCTAGGGGAACTATTTTAGCTTTTGGCTTTAATACGCTTCCTCTATTATTATGTTCTTTAAATAACAAAGATTCTTTTTAAAATCCCCACTTTTGCTTTTGCTTTTTTGGGGATTTTGTTACTTTGAGTAAATTAGAGTGTTCAAAGCAAACAGTTAAAGCATTTACTGTGTTTGAATACTATAGCATGGAATAACAAAATTGAACAAGCTAAAATTTTTTGTTCTTTTTTCTTATTTTGGCTTAGTTACGATTAATAGGAGTAGCTTGGGGACATTCGTATTCAGATGTCAGAGGTGAAATTCTTAGATTTTCTGGAGACGAACAACTGCGAAAGCATTTGTCTAAAATACTTCCATTAATCAAGAACGAAAGTTAAGGGAGTGAAGACGATCAGATACCGTCGTAATCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGTGTTGGATGAAAGTGTTAAAAATAAAAGTCATCTTTCGAGGTGACTTTTAGATTGCTTCCTTCAGTACCTTATGAGAAATCAAAGTCTTTGGGTTCTGGGGCGAGTATTCGCGCAAGCGAGAAAGTTAAAAGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGCGTGGAGCTTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTCACTAGTTTAAGACAAGAGTAGGATTGACAGATTAATAGCTCTTTCTTGATTTCTTGGATGGTGATGCATGGCCGTTTTTAGTTCGTGAATATGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGATCTTAACCTGCTAATTAGCGGCGAGTACACTATATTCTTATTTGAAATTGAACATAGGTAACTATACATTTATTCAGTAATCAAATTAGGATATTTTTATTAAAATATCCTTTTCCCTGTTCTACTAATAAATTGTTTTTTACTCTATTTCTCTCTTCTTTTAAGAATGTACTTGCTTGATTGAAAAGCTTCTTAGAGGAACATTGTGTGTCTAACACAAGGAAGTTTAAGGCAACAACAGGTCTGTGATGTCCTTAGATGAACTAGGCTGCACGCGTGCTACACTGATATATATAACGAGTTTTTAAAAATATGCTTATATTTGTATCTTTGATGCTTATATTTTGCATACTTTTCCTCCGCCGAAAGGCGTAGGTAATCTTTATCAATATATATCGTGATGGGGATAGATTATTGCAATTATTAATCTTGAACGAGGAATGCCTAGTAAGCATGATTCATCAGATTGTGCTGACTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGATTGAAAGATATGATGAATTGTTTGGACAAGAAAAATTGAATTATATTCTTTTTTTTCTGGAAAAACCGTAAATCCTATCTTTTAAAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTA 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>gi|501039|gb|U07367.1|PVU07367 Plasmodium vivax El Salvador asexual blood stage small subunit rRNA gene AACCTGGTTGATCTTGCCAGTAGTCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCAAGTGAAAGTATATGCATATTTTATATGTAGAAACTGCGAACGGCTCATTAAAACAGTTATAATCTACTTGACATTTTTTCTATAAGGATAACTACGGAAAAGCTGTAGCTAATACTTGCCTTAGCACTCTTGATTCATTTCTTGAGTGTGTACTTGTTAAGCCTTTTAAGAAAAAAGTTATTAACTTAAGGAATTATAACAAAGAAGCGACACGTAATGGATCCGTCCATTTTTAGTGTGTATCAATCGAGTTTCTGACCTATCAGCTTTTGATGTTAGGGTATTGGCCTAACATGGCTATGACGGGTAACGGGGAATTAGAGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAATAGCTACCACATCTAAGGAAGGCAGCAGGCGCGTAAATTACCCAATTCTAAAGAAGAGAGGTAGTGACAAGAAATAACAATACAAGGCCAATCTGGCTTTGTAATTGGAATGATGGGAATTTAAAACCTTCCCAAAACTCAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAATTGTTGCAGTTAAAACGCTCGTAGTTGAATTTCAAAGAATCGATATTTTAAGCAACGCTTCTAGCTTAATCCACATAACTGATACTTCGTATCGACTTTGTGCGCATTTTGCTATTATGTGTTCTTTTAATTAAAATGATTCTTTTTAAGGACTTTCTTTGCTTCGGCTTGGAAGTCCTTGTTACTTTGAGTAAATTAGAGTGTTCAAAGCAAACAGATATAGCATTGCGCGTTTGAATACTACAGCATGGAATAACAAATTGAACAAGTCAGAATTTTTGTTCTTTTTTCTTATTTTGGCTTAGTTACGATTAATAGGAGTAGCTTGGGGGCATTTGTATTCAGATGTCAGAGGTGAAATTCTTAGATTTTCTGGAGACAAACAACTGCGAAAGCATTTGCCTAAAATACTTCCATTAATCAAGAACGAAAGTTAAGGGAGTGAAGACGATCAGATACCGTCGTAATCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGCTTTGGATGAAAGATTTTAAAATAAGAATTTTCTCTTCGGAGTTTATTCTTAGATTGCTTCCTTCAGTGCCTTATGAGAAATCAAAGTCTTTGGGTTCTGGGGCGAGTATTCGCGCAAGCGAGAAAGTTAAAAGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGCGTGGAGCTTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACTAGTTTAAGACAAGAGTAGGATTGACAGATTAATAGCTCTTTCTTGATTTCTTGGATGGTGATGCATGGCCGTTTTTAGTTCGTGAATATGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGATCTTAACCTGCTAATTAGCGGCAAATACGACATATTCTTACGTGGGACTGAATTCGGTTGATTTGCTTACTTTGAAGAAAATATTGGGATACGTAACAGTTTCCCTTTCCCTTTTCTACTTAGTTCGCTTTTCATACTGTTTCTTTTTCGCGTAAGAATGTATTTGCTTGATTGTAAAGCTTCTTAGAGGAACGATGTGTGTCTAACACAAGGAAGTTTAAGGCAACAACAGGTCTGTGATGTCCTTAGATGAACTAGGCTGCACGCGTGCTACACTGATATGTATAACGAGTTATTAAAATTACGATTCAGCTTGCTGTTTCGTATTTTTCCTCCACTGAAAAGTGTAGGTAATCTTTATCAGTACATATCGTGATGGGGATAGATTGTTGCAATTATTAATCTTGAACGAGGAATGCCTAGTAAGCATGATTCATCAGATTGTGCTGACTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGATTGAAAGATATGATGAATTGTTTGGACAAGAAGAAGGGGGATTATATCTCCTTTTTTCTGGAAAAACCGTAAATCCTATCTTTTAAAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGTGAACCTGCGGAAGGATCATTA 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>gi|777407|gb|U23936.1|AMU23936 Allomyces macrogynus small subunit ribosomal RNA (rns) gene, complete sequence TACCTGGTTGATCCTGCCAGTAGTCATATGCTTGTCTAAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAACTGTTTATACAAGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAATTTATTTGATAGTACCCTTTTACTACTTGGATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCACAAAAGTCCTGACCTTTACGGAAGGGATGCAGTTATTAGATACAAAACCAACCCGGGCAACCGGTTTTTTGGTGATTCATGATAACTTTGCGGACCGCATGGCCCTGCCGGCGGCGGGTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTGTCGATGGTAGGATAGAGGCCTACCATGGTGATAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGATACAGGGAGGTAGTGACAATAAATAACGATGCAGGACCTTTTGGTCTTTGCAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAATTTCAAGGGTTTTTTTCGTAGCTAGCCATTGTTCCCTTTGCGGTCAATGTGCATTTGGCTACAGGCCCTTTTTTTCTGCTAGGAGATGCGGCTCTTCTGCTTGTCAGCGGGGCTGCAGTTTTCCTAGCACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCTTTTTCTTTGCCTGAATATCTTAGCATGGAATAATAGAATAGGACTTTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACTAGAGTAATGATTAATAGGGATAGTTGGGGGCATTAGTATTTAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTAGGAAAGACTAACTTCTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTAAGGGATCGAAGATGATTAGATACCATCGTAGTCTTAACCATAAACGATGCCGACCAGGGATCGGGCGCTTGTAGTTTTTCCAAAAAGACACGCCCGGCACCTTTTGAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACATGGTAAGGATTGACAGATTGAAAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTCGTGGATTGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACCTTTTCCTACTCGTTACTTGCTCATGGGTTTTATCTCATGGCACGCAAGTTCTTAGCGGGACTGCTGGCGTTTAGCCAGAGGAAGTTCGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCGCACGCGCGCTACACTGATGCAGTCAGCAAGTTTTTTAACTGGCTGTAGTTCTTTCGGGAGCTATGGTCGATTTCCTTGCCCGAAAGGGTTGGGTAATCTTTTGAAACTGCATCGTGATGGGGATCGACCTTTGTAATTATCGGTCGTGAACGAGGAATTCCTAGTAAGTGTGGGTCATCAGCCCACGCTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGGATGGCTTAGTGAGATTTTTGGATTGTTGAGCGATTGCAGCAATGTGAACGCCCGACGAGAAATTGATCAAACTTGGTCATCTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTA 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>gi|167195|gb|M54937.1|BSIRG16SL Blastocladiella emersonii ribosomal RNA small subunit (16S-like) gene TACCTGGTTGATCCTGCCAGTAGTCATATGCTTGTCTAAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAACTGCTTTATACAAGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAATTTATTTGATAGTACCCCATTACTACTTGGATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCACTCAAGTCCTGACCGCTTGTCGGAAGGGATGCAGTTATTAGATACAAAACCAGCCCCGGGCAACCGGGTTTTCTGTTGGTGATTCATGCTAACTTTGCGGATCGCATAGCCTTTGTGCTGGCGACGGGTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGACGGTAGGATAGAGGCCTACCGTGGTGATAACGGGTAACGGGGAATAAGGGTTTGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGATACAGGGAGGTAGTGACAATAAATAACGATGCGGGGCCTTTTGGCCATCGCAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAATTTCAGGGCTGTCTTTGTCACCTGGCCACTGAGCCTTTRCGGCCAGTGTTGCTTTCGGGTGCGGGCCCTTTATTTCTGCTGGGTGCTCCTTTGGGTTGGCTTTTGCTAGCTCGGGGGATGTCTGCCCAGCACGTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCTTTTTTTAAGCTTGAATATCTTAGCATGGAATAATAGAATAGGACTCTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTGGGACTGGAGTAAATGATTAATAGGGATAGTTGGGGGCATTAGTATTTAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTAGGAAAGACTAACTTCTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTAAGGGATCGAAGATGATTAGATACCATCGTAGTCTTAACCATAAACGATGCCGACCAGGGATCGGGCGTCATGTAGTTATTCACATAAAAGACGCGCCCGGCACCTTTTGAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGTGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACATGGTAAGGATTGACAGATTGAAAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTCGTGGATTGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACCTTGATCTGCTAATTAGTTGGGCTTGCATTTATGCAAGTAATCCAACTTCTTAGAGAGACTGCTGGCGTTTAGCCAGAGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGATAAGGTCAGCGAGTTTCAACTTGCTGGCTTAAGTTGAGTTTCGGCTCGGCTTAAGCTGGGATTCCTTGGCCGTGAGGTCTGGGTAATCTTTTGAAACCTTATCGTGATGGGGATTGACCTTTGTAATTATCGGTCATGAACGAGGAATACCTAGTAAGTGTGGGTCATCAACCCACGCTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGGATGGCTTAGTGAGATTTTTGGATTGCCGGGTGATTGCAGCAATGCGAACACTTGGCGAGAAATTGCTCAAACTTGGTCATCTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTA 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glms.seq_struct >AB006424.1/2989-3156 CCUAUAAUUAUAGCGCCCGAACUAAGCGCCCGGAAAAAGGCUUAGUUGACGAGGAUGGAGGUUAUCGAAUUUCGCGGAUCCUCCCGGCUGAGUGUGCAGAUCACAGCCGUAAGAAUUUCUUCAAACCAAGGGGGUGACUCCUUGAACAAAGAGAAAUCACAUGAUCUU ...................((((((((.(.........))))))))).........(((((....(((...))).....)))))((((((.............)))))).....((((((......(((((((....))))))).......))))))........... >AE016998.1/163176-163331 UAAAUUAUAAAAGCGCCAGAACUACAAAUAGUGUAGUUGACGAGGUGGGGUUUAUCGAGAUUUCGGCGGAUGACUCCCGGUUGUUCAUCACAACCGCAAGCUUUUACUUAAAUCAUUAAGGUGACUUAGUGGACAAAGGUGAAAGUGUGAUGAGAG ...................(((((((.....)))))))........(((((...((((....))))......)))))((((((.......))))))...((((((((......(((((((....))))))).......)))))))).......... >AE017024.1/157527-157682 UAAAUUAUAGAAGCGCCAGAACUACAAGUAGUGUAGUUGACGAGGUGGGGUUUAUCGAGAUUUCGGCGGAUGACUCCCGGUUGUUCAUCACAACCGCAAGCUUUUACUUAAAUCAUUAAGGUGACUUAGUGGACAAAGGUGAAAGUGUGAUGAGAG 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AGAAAUCAAAUAAGAUGAAUUCGUAUAAUCGCGGGAAUAUGGCUCGCAAGUCUCUACCAAGCUACCGUAAAUGGCUUGACUACGUAAACAUUUCUUUCGU ...................(.((((...(.(((((.......))))).)........(((((((.......)))))))..)))).).............. >U51115.1/15592-15691 GAAAUCAAAACACGACCUCAUAUAAUCUUGGGAAUAUGGCCCAUAAGUUUCUACCCGGCAACCGUAAAUUGCCGGACUAUGCAGGGAAGUGAUCGAUAAA ...............(..((((...(..((((.......))))..)........(((((((.......)))))))..))))..)................ >Z99123.2/194904-195003 CUUAGAAAAAGACAUUCUUGUAUAUGAUCAGUAAUAUGGUCUGAUUGUUUCUACCUAGUAACCGUAAAAAACUAGACUACAAGAAAGUUUGAAUAAAUUU ..............((((((((...((((((.........))))))........(((((...........)))))..))))))))............... >AP001509.1/53310-53409 AUAAAUCGAAAACAUCAUUUCGUAUAAUGGCAGGAAUAGGGCCUGCGAGUUUCUACCAAGCUACCGUAAAUAGCUUGACUACGAAAAUAAUGGGUUUUUU .................(((((((...(.(((((.......))))).)........(((((((.......)))))))..))))))).............. >AP001509.1/79478-79577 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