// The predicted structures of RNAspa whose MCC scores is reported in // Table 1. Each file contains a concatenation of the output RNAspa gave to all the // group of ten sequences for each family. cobalamin.RNASpa_150_5 /home/tirza/YairProject/AL /home/tirza/YairProject/FoldalignM/DATA/cobalamin_10_1.set 150 5 Sample 0:550 4108 Sample 1:724 4010 Sample 2:746 3998 Sample 3:743 4143 Sample 4:761 4108 Cost: 3998 >AF010496.1/39869-39652 GGCACCUUCGCGGCAGAUGGUUCCCGGCCAAGCCACGCGCGGCCGGGUGAAAAGGGAAUACGGUGUGGUGUAGGCAUCAGCCGCCAAAUCCGUAACUGCCCCCGCAACUGUAAGCGGCGAGCACCCCCCGGCAACCACUGGCCCCGACCGCGGGGCCGGGAAGGUGGGGAAGCCACGACCCGCAAGUCAGGAGACCUGCCAUCAGCGUCAUCAACCGC .........((((..(((((..(((((((..(.....)..)))))))(((...(((..(((((..((((...(((....)))))))...)))))..(((.(((((........)))).).)))(((((((....)..(((((((((....)))))))))...)).)))).........)))(((.(((....))).)))..)))...)))))..)))) >AE017277.1/42695-42883 CCUUUCAAAAGGAAAAUGGGUACACGAACAGUUUGUUUCGUGUUUAAAAGGGAAGCUUGGUGAAACUCCAACACGGUCCCGCCACUGUAAAUGCUGAGAUUUCUUUUUAAUGCCACUGUGAAAACGGGAAGGCGAAAGAAAUCAUAUGAAGCAUAAGUCAGGAGACCUGCCUGUUUUAACAACACUGAU ((((....))))(((((((((((((((((.....).))))))).....(((....(((((((..(((.......)))..)))).(((...(((((.(((((((((((....(((.((((....))))...))))))))))))).)....)))))....)))))).))))))))))))............ >M89481.1/311-504 CGGUAGCAUCCGUGGGCCGGUCCUGUGAGUUAAUAGGGAAUCCAGUGAAAAUCUGGAGCUGACGCGCAGCGGUAAGGAAAGGUGAGAUGAGAGCGUAAGCAGAAACUGCCUCCGGCGGGAAGUCAUCAUUUCUGCUAUCCAGCCAACGGAUAACCCUCCAAGCCCGAAGACCUGCCGGCUAACGUCGCAUCUGG .....((...(((.((((((((((((......)))))...(((((.......)))))((((.....))))(((..(((..((((((((((..((....)).((..(((((...)))))....)).)))))))...(((((.......)))))))).)))..))).........))))))).)))..))...... >BX248337.1/276050-275850 GGCAUCGAGCGGGGCAACGAUGCUUCGCGAGAGGGAACCUGGUGAGAAUCCGGGACUGUCCCGCAGCGGUAUGCAGGAACGACCGCCGUCUUGGAAGUAGACAAGCACUGGUCUCAACGACUGGGAAGCGACGGCCAGUAGGAGCACCCACCGGGUGCGAGCCUGCGAGUCCGAAGACCUGCCAGCCGUGCCGGACGCGCC (((.((..(((..(((....)))..)))..))((...(((((.......))))).))((((.(((.((((..(((((...(((((((((((((........)))((.((((((.....))))))...))))))))..(((((.((((((...))))))...)))))).)))......)))))..))))))).))))..))) >AE016786.1/232051-232274 CCUUAUGCCUCGCGUUCAGGUGCCCCUCAGGGGGUGAAACGGGAAACCGGUGCGUCCCAGGCCCUUCAGCAGGGCCGGACAAUGCCGGUGCUGCCCCCGCAACGGUAAGCGAGUGAAGCGUCUGUACCACUGUGCCUCGUAGUACGGCAUGGGAAGGUGACGCGUUCCAGGAGCCCAGCUCUUCCUCGCAAGCCCGGAGACCGGCCUGGCGUUCAUGAACACCC ..(((((....((((.((((((((((....)))))....(((....((((.((((((..((((((.....))))))))))..(((((.(((.......))).))))).(((((....(((((...(((.(((((((.........)))))))...))))))))......(((((...)))))..)))))..))))))...)))))))))))).)))))...... >AE012818.1/1974-2213 UUCUUUCUCGCCAUGACAGGUGCCGGUUUAAAAGCCGGAGAAUAGGGAAGUACGUGAGAUUCGUACACUGUACCCGCAACUGUACAACGGUUAACCGCCGGGCAAAUUCCGUGGCCACACGGAUGCGCAAGGCGGGCUUUCAGGUCACUGCCGGUUUUCCUCCACGGAAAACUGCGGGAAGGUUUGGAGGCGCUCGAUGCCGUGAAAGUCAGGAGACCUGCCAGUCAUGCAUUUGCACCA .....(((((((......))).(((((......)))))......)))).(((((.......)))))..(((((........)))))..(((...(((((..((....((((((....))))))...))..)))))(((((((..((.(((.(((((((((.....))))))))))))...))..)))))))((..((((.(((((..(.((((...)))).)..))))))))).))))). >AE015938.1/189808-189620 AAUAGUAAAUGAAAUUUAGGUGUCCACUUUGUAAAAAUGAUGGAUGAAAAGGGAAUGUGGUUCAAUUCCACAGCAGCCCCCGCUACUGUAAUAGAUGACAAGCCUUUAGUAACCACUCUUUAAAAGGAGGAAGGUAAAGGUUAGAAUGAUUCUUAAGCCAGGAGACCUGCCUAGAUUGUUAAAAUCCUC .........((((((((((((.(((.((((.((((...(((((.((..(((((..(((.(((..(((..((((.(((....))).))))))).))).)))..)))))..)).))).)))))).)))).)))((((...(((((((.....)))..)))).....))))))))))))).)))........ >AE017174.1/111334-111550 CGUUUCUUUCAUGAAGACGGUGCAAGGGAAUCCGGUGCAAUUCCGGAGCUGAGCCCUCAGCUGUAAUGCUUCGAUGUCACUUCUCCGAACAAGAGGUGAUGGGGUGGAUAGUCAAUCGCGAUGGUCACUGUAGAAGGGCGUAGUCCCCUAUGGGAAGGCCGACGAAGACCCGAUAAGAAGCUAAGCCAGAAGACCUGCUUUAGUAGAUUUGUUCUAA ((..(((....(((((..((((((.((....))..)))..(((.((((((((....)))))).....(((((...(((((((((.......))))))))).((((.(((.....))).((.(((((.((((((..((((...)))).))))))...))))).))...)))).....)))))....)).))).)))..)))))..)))..))...... >AP005030.1/142199-142427 GCCUUGCAGGUGUUCCCAGGUCAGCCCUAGGGUUGGCGGGCCGUGGUGCUCGGGAAGCCGGUGACGGCCCCUCAGGGGGUUCAUGCCGGAGCGGCCCUCGCCACUGUGAUCGGGGAGUUCCCGUUCCGUGCCGCCGCGGGCGGCGCCACUGGUCCCUCAGGGCCGGGAAGGCAGGGACGGGCGCGUGUACCCGUAAGCCAGGAGACCGGCCACGGCAUCUCACGAAGUG (((.....(((.(((((..(((((((....)))))))((((......))))))))))))(((((.((((.(((.((.(.....).)).))).)))).)))))...(((..((((..((.((((((((..((((((...))))))(((.(((((((....)))))))...))).)))))))).)).....))))...(((.(....).)))))))))............. >AE016800.1/261827-262025 UAGUAUGCGCUUCAAGCUGGUGCUAUCUGGAAGUAUAGAUGGCUGAAAAGGGAAUCCGGUGUGAAUCCGGAACUGACGCGCAGCGGUAAUAGAGAACGAAAGCUUAAUCAGACACUGCACGAUGGAAUCGUGUGGGAAGUCAGGCAAGUAGGUUAACAGCUCUUGAGUCCGAAUACCUGCCAGCAACUGAGCAAACACU ........((((...((((((((((((((......)))))))).....(((...(((((.......))))).(((.....)))(((....((((......((((((.((.(((.((((((((.....))))))))...))).))....)))))).....)))).....)))....)))))))))....))))....... /home/tirza/YairProject/AL /home/tirza/YairProject/FoldalignM/DATA/cobalamin_10_2.set 150 5 Sample 0:391 3649 Sample 1:672 3549 Sample 2:670 3546 Sample 3:645 3545 Sample 4:646 3621 Cost: 3545 >AL939110.1/156680-156867 GGGCCGUGGUGGACUUCCGGGGCCAUCUACGGCGGCAGAAGAGGAAGCCCGGUGCGAAUCCGGCGCGGUCCCGCCACUGUGACCGGGGACAGGAUCCCCGGGAGCCAGGAACUCUCGCCGCCGUGCUCUUCGAACCAGGGCGCGGACACCCUGAGUGAGGACCUAUCGCCAUGCGCGGCUGCCGUUCC .((((.(((.......))).))))....((((((((......((....)).(((((....)((((.((((((((....((..(((((((.....)))))))..))((((..(....)..((((((((((.......))))))))).)..)))).))).)))))...))))..)))).))))))))... 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CCUAGGCGGGUUGUCCCAGGUGUCUCGUGCCGGCGCGCACGAGGUGAAACGGGAAGCCGGUGACGCUCUCCGAGCCAGUCCGGCGCUGCCCCCGCAACGGUAAGCGCAUCGCGCGCGAGCCCGGAGACCGGCCUGGAACCUUUCGUUUGAUUCACCCGCGGUGGGCGGGCGCAAGCGUGAAGCGGGCCGUCCGGGCCUGUUCCUCG ....((.((((.(((((...(..(((((((......)))))))..)....)))..(((((....((((...))))....))))))).))))))(.(((((...((((.....))))..(((((((...(((((((((((.....))))...((((((((.....))))((....))))))..))))))))))))))))))).)... >AF263012.1/9229-9015 AGGCUGACCGGUGCAGCUGGUUCGCCCUGUCCGCCAGGCAGGGUGUCGCAAGAGGGAACCCGGUGGAAAUCCGGGACUGCCCCGCAGCGGUGAGUGGGAACGACCGCCGUCAUACGCACUGGGCCCGGACGGGUCUGGGAAGCGACGGCCACUAGGUGUCUGCCCGGCAGACGUGCCCGCGAGUCCGAAGACCUGCCCGCUGCCCGCACGCGACC ..((((..(((.(((((.....(((((((.((....)))))))))((....))(((..(((((((......((((.....))))..((((((..((....))..))))))......))))))))))((.(((((((.(((..((.(((.(((.....((((((...))))))))).)))))..)))..))))))).)))))))))))).)).... >AE015938.1/166402-166584 UUUAAUAUUAUUUUAUUAGGUGCUUUACAAGUUAAAAGGGAAAGUGGUGAAAAUCCACUGCAGCCCACCGUUACUGUAAUGCUGACGAAAUCUUAUAAAAUCCACUAGAUAUAUUUUAUCUGGGAAGGUUAGAAAUUAGGAAGAAGCUAAGCCAGGAAACCUGCCUAAUAAGUGUUAAUUCUU .((((((((....(((((((((((((...........(((..(((((.......)))))....)))..((((((......).)))))...(((((......((.(((((((.....)))))))...))........))))).)))))......(((...)))))))))))))))))))..... >AE009228.1/1838-1621 UAAGGGUAAGGGACUGACGGUCUUUUCCCGGCAACGGGAAAAGCUAAGAGGGAACACGGUUCCGCCCCGAGAAAGGGUCAUUCCGUGGCUGCCCCCGCAACUGUAAGCGGUAAGCCCGCACCGUAAAGCCACUGAACCUUUAUGAUCGGUUCGGGAAGGCGGUGACAGGGUGUUGAUAGCCGCAAGCCAGGAGACCUGCCGUUUCAGGAAAAAGCGUC ...(((...(((((((..((.(((((((((....)))))))))))....(....).)))))))..)))..((((.(((..((((.(((((((..((((........))))...((((.((((((.......(((((((.........)))))))....))))))...))))..........)).)))))))))....))).))))............. >AL939107.1/147400-147583 CAGACCGUAGUAUCAGCGGGUCAUCGCCGCGACGGGAGACAGGAAGCCGGUGUGAAUCCGGCACGGUCCCGCCACUGUGACCGGGGAGUGCACCCUUCGACACGCCACUGCGCGCCGCGCGGGAAGGCCAGGGAGGAGCGUCGAUCCGGGAGUCAGGACACUGGCCUGUCGCGGGCCCGUUCCG ...............((((((.....((((((((((...(((...(((((.......)))))...(((((((....))).(((((..((((..(((((.....(((.((((((...))))))...)))...))))).))).)..)))))......)))).))).)))))))))))))))).... >AE015940.1/273052-272875 AUUUAUAGAAUAAAUUUAGGUGCUUAUAGCUUAAUAGGGAAGCAGGUGAAAAUCCUGAACGGUCCCGCCGCUGUGAUGGGGAGUUUUUUCAAAGUAAACCACUGGAUAAUAUAUCUGGGAAGGUAUGAAAAAAUAAUGAACCUAAGUCAGAAUACCUACCUAAAUUAAAUACACUAUA ............((((((((((.(((((((......((((..((((.......)))).....))))...)))))))((((..(((((((((......(((.((((((.....))))))...))).)))))))))......))))............))))))))))............ >AP005029.1/99872-99714 GCCAGGGACCCGGCACGCGGUACGGUCGGUGCGAUAACGACGACGGCAUAGCGGAAGCCGGUGGAAAUCCGGCACGGUCGCGCCACUGUGAACGAGACGAGCCGCCCCGAUGGGCGAAGCGCCUCGCAAGUCAGACCCGCGGCUGUCGUCCUGUGCACC 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AUUUUUUUGGCAGGUUUAGGUUUUCUGUCCGUCUAUGUUGCAGGGAAAGUAAGAACGCGAAUCUCAUGAUUCUCAAUGGUCUAAUUGAAUAAAAAGUUAGACAGACCAUAAGAGAAUGUGAAAAAUUUAGACAGUGAUACGGAUUGGGCAGAUAUUUUCAGUUUUAGACGCACUAGCUCCCAUUCUUAAAGGCUUUAUCCUUAUCUAAUCUAUUUUUUAAACGUAUUCUUUCCCAACUGUAAGUCUGUGACGCGCAGCGGUAAGAGAGAACGAAAGCUUAAUAAGACACUGCAUGACGGAAUCGUGUGGGAAGUCAGGCGAGUAGGUUAACAGCUCUUGAGUCCGAAUACCUGCCAGCAACUGAGCAAACACU .......((((((((........((((((((((..((((((.((((..((......))...))))...((((((.(((((((..((((........))))..)))))))..))))))................))))))..)).))))))))..........((..(((((.((..(((((..(((((.(((((((.........(((........)))..(((.((((((..(..((((..(((...)))..))))..)..)))))).))))))))))..)))))....((((((.....))))))))).))..))))((((.(.....).))))....)))..)).))))))))((......))....... >AL591978.1/56481-56658 GUACUAAACAACUAAAUAGGUGAAUAUAUUAAUCCGGGAAAGAGGUGAAAAUCCUCUACAGGCCCUAGCUACUGUAAUACGGACGAAAACCAAACAUAUGUCACUGGAAGCAAUUCCGGGAAGACUGGUGAGUAGGAUGAUGUUAAGUCAGGAGACCGCUUUUAUAUUCGAUAUCCAA 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CCUUUCAAAAGGAAAAUAGGUACACGAACAUUUCGUUUCGUGUUUAAAAGGGAAGCUUGGUGAAACUCCAACACGGUCCCGCCACUGUAAAUGCUGAGAUUUCUUUUUGAUACCACUGUGAAAACGGGAAGGUAAAAGAAAUUAUAUGAAGCAUAAGUCAGGAGACCUGCCUGUUUUAACAACACUGAU ((((....))))((((((((((((((((........)))))))......((((...((((.......)))).....)))).(..(((...(((((..(((((((((....((((.((((....))))...)))))))))))))......)))))....)))..)....)))))))))............ >AE014432.2/6200-5972 UCGCAAUUUUCAGGAGACGGUUCCGCCAUUGCGGCGGAUGAAAAGGGAACACGGUGAAGCCAUAGGGCUGAAACCGAGACUGCCCCCGCAACUGUAACCGGAGAGCUAUCCUCCACAGGCCGCGCAAGCGGCCAAAGCCACUGAAAGCAGCAAUAUGCUGCAAUCGGGAAGGCGGAGGCAAAGCGAAGACCCGGAAGUCAGGAGACCUGCCGUAUCCGGUCACCCAUGC ..(((.(((((((....)...((((((.....))))))))))))(((..(.((((..((((....))))...)))).)..(((....)))......((((((..(((.((((((...((((((....))))))...(((.((((..(((((.....)))))..))))...)))))))).).))).......(((..(((....)))...)))..))))))..))).))) >AP003190.2/44501-44328 AAUAAAAUAAGAGCAUUAGGUGUUUAGUAACUUAAUAGGGAAAGUUAAAAACUGCAGCCCCCGCUACUGUUGAUAAGGACGAGAAUAAAAAGCCACUGUGAUAAAUAGUCAUGGAAAGGAUUGUUUUAGGAUGAUUUAUUAGCCAGGAGACCUGCCUAGUAUGCUAUUCUUAUU .....(((((((..(((((((........))))))).(((..(((.....)))....)))..(((((((((((((((..(.(((((((....((.(((((((.....)))))))...)).))))))).).....)))))))))((((...))))...)))).))...))))))) >AE016867.1/236456-236654 UUUACCAUGCCGGCCGUCGGUUUCCGAGAGGAACUAACAGGGAAUUCGCCAGCUUUGUUUCAAAGGCCAAAACGAAACUGCCCCCGCAACUGUAGGCAUCGAGCCUGCUCCAAGACUGCCACUGGAUUCAGAUCCGGGAAGGCCGGAGCAUGGUGAUGACAUGCCAGUCAGGAGACCUGCCGACCCGAUUCAACCAACU .(((((((((((((((((((.((((....))))......(((..((((...(((((......))))).....))))....)))))......((((((.....)))))).....))).....((((((....))))))...))))))..))))))))((((......))))(....).....((......))........ >AE009122.1/6687-6504 CCAUAGCUUCUCCGGUCAGGUGCCCGCCCUUGCGGCGGGAGAAUCGGGAAUCCGGUGAAAGACCGGAACGUGCCCAACGCUGUAAGGCGGAUGCUCUUUUUCUCAUGCCACUGAAGCAAUUCGGGAAGGCGAAAGGGGCGGAUGAAGCUUAGUCAGAAGACCGGCCUGGCAGGAUAGACCGAAC 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UCCGAGGUGACUGAUUUGGUUUCUGCCGAGUCAGUGAACAGGGAACUCCGGUGAAAUUCCGGGACGGUCCGGCCGCUGUGUGCCGCCAGAGAUCUUCCAAGUGAAGUCUCAUUGUUUGCUUUUCUAUUCAGCCAUUGCUCGUGUUUUCGCGUUUCAACGUGAACGUGAGUGAGAAGGCCAUGAGCAAACAAAGUGGUGGUGAGUCAGAAGACCUACCUCGUACAAGACGUUUUGG ..((((((((((((((((((....)))))))))))......(((..(((((.......)))))....)))(((..(((..(((((((.((((.((((.....)))))))).((((((((((.........(((.(..(((((((..((((((....)))))))))))))..)...)))...))))))))))...)))))))...)))..).)))))))))..((((....)))). >AE010542.1/7559-7740 UUAAUAUCAUGUCAAUUAUGUUCCUUAUUUUUUAAGGCUAAGAGGGAAUUUGGUGAGAUACCAAAACGAGCCCGUCGCUGUAAUUGAGUUUUUUCUUGUUUUAUACCACUGGAUUUUUAUUUGGGAAGGUAAAGAAAUAUAAAUCAUAAGUCAGAAGACCUGCAUAAUUGAAUUACUCUAUC ...........((((((((((.(((((.....)))))......(((..((((((.....)))))).....)))(((.(((....(((.((.((((((......((((.((((((....))))))...))))))))))...)).))).....)))..)))..))))))))))........... >AY033235.1/252-496 GUGUACUAGGGUCAAUGUGCUGGCCUCGGCCAGCGCGCGUCCGCAGCGAAGCCGGUGGGAAUCCGGCGCUGUCCCGCAACGGUGAUGGGGCCCGGCCCCGAGUCCGGUCGACUGUGGACGUGUCCCCACAUUGCCCCGGCGCAGGGUCAGCCCCACGAGCUGCCUGCGCGUGCACCGCGAAGGACGGCCCGUGGAUUUGAGGUUCUUGUCCGAGCCCGCAGGCUCACGAGGGCAGCAGCGCCCUG ........(((.((((((((((((....))))))(((((((((((((((..((((((((...(((((.(..(((((...))).))..).).)))).))))...))))))).))))))))))))....)))))).)))(((((....((((..(((((.(((((((.((((.....)))).))).)))).)))))..)))).(..(((((..(((((....))))))))))..)....)))))... >AE007744.1/3364-3542 AAAUAAUACCAUAUUUUAGGCACCUAAUCUUAGGUUUAAUAGGGAAAUUGGUGAAAAUCCAAUGCAACCCCCGUUACUGUAUACAGUUACAAAACCAAUGUCCACUGGAGUUUUCUCUGGGAAGGAUGGUUGAGGCUAAACUGUGAGCCAGGAGACCUACCUAAAAUAUUAUGGAACUU ........((((((((((((.(((((....)))))....((((...((((((....).))))).......((((.((((....)))).))..(((((...(((.(..(((....)))..)...))))))))..((((........)))).))...)))))))))))))...)))..... >AE016932.1/22310-22515 UAUCUUUGUCCCCGCAUUGGUUUGCGACUCUCAUCACGAGGGAAGCGAUUAAAAGGGAAUCAGGUGUAAAUCCUGAACAGUCCCGCUGCUGUAAGUUCCAUAGAUAUGUUGCGAGCAAUCUACUCAAAGCCACUGGAAAGAAAAUUCCGGGAAGGCGCCCGCAACAGGAAUAAGUCAGAAGACCUGCCAUGUAAAAUCCGUUUCAC .............(((.((((((((..(((((.....)))))..))))......((((.(((((.......)))))....))))....(((...(((((.......(((((((((.......)))...(((.((((((......))))))...)))....)))))))))))....))).......))))))).............. >AE016990.1/90583-90393 CUGUAGCAUCCACUUGCCGGUCCUGUGAGUUAAUAGGGAAUCCAGUGCGAAUCUAGAGCUGACGCGCAGCGGUAAGGAAAGGUGCGAUGAUUGCGUUAUGCGGACACUGCCAUCCGGUGGGAAGUCAUCAUCUCUUAGUAUCUUAGAUACCCCUCCAAGCCCGAAGACCUGCCGGCCAACGUCGCAUCUGG .....(((((..(((((((.((((((......))))))......(((((..((.......)))))))..)))))))....)))))((((...(((((..((((...))))...(((((((((((.........))).(((((...))))).................))))))))..)))))..))))... >BX572608.1/190529-190732 ACUUCUAAUGGCGGUGACGGUUCCCGAGAGGGAUGAAAAGGGAAUACGGUGCGGACGCAGACACUUUCGCGUUCUAGGCCGUAGCUGUUCCCGCAACUGUAAGCGGAUCGUCUUUCGUCGGAUGCCACUGGGAACCUCGGUCCUGGGAAGGCGACGGAAGAUCAACCGCGAGCCAGGAGACCUGCCGUCAUUCGUGGUCACACG ......(((((((((...(((((((....))))......(((((((((((..((((((.((.....))))))))...))))))....))))).(..(((...((((...((((((((((....(((.(..((.((....))))..)...)))))))))))))...))))....)))..)))).)))))))))((((....)))) >BX572595.1/100553-100338 UUUGAUCGCGCCCGUUCAGGUGUGCCGGGAAUCGUCCGGCACAGGGAAGCCGGUGCGGGCCCAAGCUUAUGGCCGCAAACCCAAAUCCGGCGCUGCGCCCGCAACUGUGAGCGGUGAGCGAUCCUUCAAUCGGCCACUGGGCAGCACUUGCCCGGGAAGGCGAAGGAUUGCGACGACCCGUGAGCCAGGAGACCGGCCUGAGUACGUCAUCUUCCA ........(((.((((((.((((((((((.....)))))))))((....))..(((((((...(((.....((((............)))))))..)))))))..).))))))))).((((((((((.....(((.(((((((.....)))))))...)))))))))))))((((((.((.(.(((.(....).)))))).)).))))........ >AE005721.1/1901-2129 GUCUGUUGCCGUUGUCGUGGUCUGCGGACGUUCGCGUCCGGAGCUAAGAGGGAAGUCGGUGAGGGCGUGAAACCCUGAAUCCGGCGCUGCCCCCGCAACUGUGAGCGGCGAGCCGCUGUCCGUUUCGUGUCACUGACGCGCCGAAGCUGGUUCGGGGAUGCGUCGGGAAGGCCAGGGCAGGGGUGACGACCCGUGAGCCAGGAGACCUGCCUCGACAGAUAACGUCCUC .........(((((((.(((.((.((((((....)))))).))))).((((.(.(((......(((......(((((..((((((((...(((((.((((...(((((....)))))....((((((((((...)))))...))))).)))))))))..)))))))).....)))))((.((((....)))).)).)))....))).).))))....)))))))..... >M34485.1/360-150 UUUACACAAUUCGUAACAAGUUAAAAGCAUUCGCUUUAGGGAAACUGGUGCAAAUCCAGUGCUGCCCCCGCAACGGUAAAAAUGUAAACCAUAUUAAAAAAGUCAUUUAGACUUACGCCACUGCAUGCAUAGAUGUGGGAAGGUGAAUAUGCUUGUCUCUUUUUGAGAUGCCAUUUGAGUCCGGAGACCUGCUUGUUACAUCUAUCCACUC ............(((((((((..(((((....))))).(((..(((((.......)))))....)))...(..(((...(((((.....((((((....(((((.....))))).((((.(..(((......)))..)...))))))))))..((((((.....)))))).)))))....)))..)....)))))))))............ lysine.RNASpa_150_5 /home/tirza/YairProject/AL /home/tirza/YairProject/FoldalignM/DATA/lysine_10_1.set 150 5 Sample 0:473 2509 Sample 1:448 2576 Sample 2:500 2433 Sample 3:436 2485 Sample 4:443 2628 Cost: 2433 >AE016770.1/235405-235209 CAGGCCAGAAGAGGCGCGUUGCCCAAGUAACGGUGUUGGAGGAGCCAGUCCUGUGAUAACACCUGAGGGGGUGCAUCGCCGAGGUGAUUGAACGGCUGGCCACGUUCAUCAUCGGCUACAGGGGCUAAAUCCCCUGGGUUGUCACCAGAAGCGUUCGCAGUCGGGCGUUUCGCAAGUGGUGGAGCACUUCUGGGUGA ...(((......)))...(..(((.......(((((((.((((.....))))....)))))))...((..((((..(((((.((((((((((((........)))))).....((((.((((((......)))))))))))))))).((((((((((....)))))))))).....)))))..))))..)))))..) >AE013149.1/9167-9356 AGGUGAGGUAGAGGCGCGGGUCAUCAAGAGUAACAUGCCAGAGGUGUUAAGGGCCGAUGAAGGUGUGUGAAAGGGGUGCCCGCCGAAGCGCGUAAACUUCCUUAAGGUUUACGCAGCUGGGCCUAUGCCGAACAGGUAUAGGACUGUCACUGAAGGCUCCCCAGGCCUUCAGUGGAGAGCUAUCUCGCUA .((((((((((...((((((.((((.......(((((((...(((.......)))......)))))))......)))))))))...((((((((((((.......))))))))).))).((((((((((.....)))))))).)).((((((((((((.....)))))))))))).)..)))))))))). >AE004127.1/7715-7538 UCUAGCAGAAGAGGAGCACUGCCCAGGCAGAUGUUUUGUGGAGCCUCAACUCCAAUACAGAACAUUCAGGGGGAGUAGUGCCGAGGUGAAUCAAAGUUGUGGCUUUGGUUUAUCGGUUGAACGGGCUGAAUCCCUUCAACUGUCAUCAGCUCGAAUCUGAUGAAGAGCUUCUGAGGGA .((..((((((....(((((((((.....((((((((((((((......)))))...))))))))).....)).)))))))...(((((((((((((....))))))))))))).((((((.(((......)))))))))..(((((((.......)))))))....))))))..)). >AE007856.1/5090-5262 ACCUAGGGUAAAGGUGCUGUAGUUAUUAUUAUUUAUUCUUAGCUGGCAAGCUUUGAGGGAUAAAGAAAGGAAUUGCAGCCGAAGAAGGAUUUCCGGCAGGAACUUUUUCUGGUUUUGUAUAAAAUAUAUGCAGAACUGUCACUAUUCUUUUAUAGUGGAGAGCUACAAGGUGC ((((...(((...(.(((((((((.......((((((((.((((....))))....))))))))......))))))))))..(((((((.((((....)))).)))))))(((((((((((.....))))))))))).(((((((......))))))).....))).)))).. >AE017274.1/20257-20449 CGAUGAGGUAGAGGUUGCGACUUUUAAUAGUAAAACGGACGAGACACAGAGAAUGUCUUAGACUCCGUUUGAAAGGAAAAGUUGCCGAAGUUUAUAUUUCUUCUCUGGAAAUAUGAGCUGGGGCUGUCUCCGAAAGGAACAGAACUGUCACGUUUACAAAAUUACCGUGUAAACGUGGGGUGCUAUCUUAACG 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>AE001799.1/20444-20268 GACCCGACGGAGGCGCGCCCGAGAUGAGUAGGCUGUCCCAUCAGGGGAGGAAUCGGGGACGGCUGAAAGGCGAGGGCGCCGAAGGGUGCAGAGUUCCUCCCGCUCUGCAUGCCUGGGGGUAUGGGGAAUACCCAUACCACUGUCACGGAGGUCUCUCCGUGGAGAGCCGAUCGGGUC ((((((((((.(((((((((..(.......(((((((((.((.......))....)))))))))......)..))))))......(((((((((.......))))))))))))..((((((((((.....)))))))).)).((((((((....))))))))....))).))))))) >AE017007.1/287994-288186 CGAUGAGGUAGAGGUUGCGACUUUUAAGAGUACGACGGACGAGACACAGAGAAUGUCACCGACUCCGUUUGAAAGGAAAAGUUGCCGAAGUUUAUAUUUCUUCUCUGGAAAUAUGAGCUGGGGCUGUCUCCGAAAGGAACAGAACUGUCACGUUUACAAAAUUACCGUGUAAACGUGGGGUGCUAUCUUAACG .(.((((((((.(((((((((((((........((((((((.((((.......))))..))..)))))).......)))))))))...(((((((((((((.....)))))))))))))....((((.(((....))))))))))).(((((((((((.........)))))))))))....)))))))).). >X00008.1/296-492 CAGGCCAGAAGAGGCGCGUUGCCCAAGUAACGGUGUUGGAGGAGCCAGUCCUGUGAUAACACCUGAGGGGGUGCAUCGCCGAGGUGAUUGAACGGCUGGCCACGUUCAUCAUCGGCUAAGGGGGCUGAAUCCCCUGGGUUGUCACCAGAAGCGUUCGCAGUCGGGCGUUUCGCAAGUGGUGGAGCACUUCUGGGUGA ...(((......)))...(..(((.......(((((((.((((.....))))....)))))))...((..((((..((((..(((((.((((((........))))))....(((((.((((((.....)))))).)))))))))).((((((..((....))..))))))......))))..))))..)))))..) /home/tirza/YairProject/AL /home/tirza/YairProject/FoldalignM/DATA/lysine_10_2.set 150 5 Sample 0:407 2370 Sample 1:415 2408 Sample 2:422 2332 Sample 3:443 2258 Sample 4:430 2302 Cost: 2258 >AP004601.1/22341-22165 CGGUGAGGUAGAGGAGCAUACAACAUUAGUAAUCGACAAGAGGAUGACAACGAUGAUAGUUGGUGGAAGGGUUGUUUGCCGAAGCAUAAUAAGGGUCAGACUUAUUAUUGCUGGUACAUCUUUGAAUAAAAGAUGCACUGUCAUGCAAAAUUAAGUGCAUGGAGAACUACUGAUCGA ((((..(((((..(.(((.(((((.......((((((....(........).......))))))......))))).))))..(((((((((((.......))))))).))))(((.(((((((.....))))))).))).(((((((........)))))))....))))).)))). >AP001512.1/119931-120105 GGAUGAGGUAGAGGUGCAAUGCGAAUCAGUACCCACUUGGAGUUUGAUGGAACUAGGAAGAGUGGGGAAAGGUCAAUUUGCCGAAGUGAAUGUAUGUCCAUCCCAUACGUUUGCUGGGUCGUUUUUGAAUAAAAAACGAACUGCCGCUGACUGUUAGCGGAGAGCUAUCUGCCAA ......((((((...((...((((((.....(((((((..(((((....))))).....)))))))((....)).))))))...((((((((((((.......))))))))))))((.((((((((.....)))))))).)).(((((((...)))))))...))..)))))).. >AP001517.1/215539-215348 AGUGAUGGUAGAGGUGCGAAAACCAAGAGUACACAGUCUGAGAGAAAUGAGAAUCGUUGACGACUGUUGGAAAGGGGGAUUCGCCGAAGUGCAGAUCGGGGCUCAUUCCCAUUUGCGCUGGACCUAUGUUGAAUAAGCAUAGGGCUGUCACAACACUAGCCCCAACUAGUGCUGUGGAGAACUAUCUCACGU .((((.(((((....(((((..((.......(((((((.......((((.....))))...))))).))......))..)))))...(((((((((.((((.....)))))))))))))((.((((((((.....)))))))).)).(((((.((((((......)))))).)))))....))))))))).. >AF269536.1/680-500 AAUAGAGUUAGAGGUUGCAUUAUUAAUGACUAACUUAUCAGAAGUCGUAUGGGACAUGUGUUGAAUAAGUGAAAGGUAAUAAUGCCGAAAUGAUGUUAUUUCCAUAAAUUAGCAUUGUGAAGUUGGUUGAACAAUAAAAACAUCACAACCACGAAUGCUUUCUUCAAUAUUUAUUUGAAUU 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AGAUUUUGAUGAGGCGCAUCAAUCAUGAGUAAACUUUAGAUAAUUUGUCUGCUAACAAUUAUAGAGUUAAAAGGGUGAGAUGCCGAAAUGAUUCAUAAUAGCAGUUAUGAAUCGUUGGACUUAAUGGUUAAGAGCUAUAAGUUUGUCAUUAUUAUUAAAUAAUGGAGUGCAUCACUUGUA .....((((((.....))))))..(..(((.(((((((......((((......))))...)))))))..........(((((...(((((((((((((....)))))))))))))((((((.(((((.....))))))))))).((((((((....))))))))...))))))))..). >AP005342.1/28132-28310 UUUUGCAGAAGAGGAGCACUGCCCAGGCAGAUGUUUUGUGGAGCCGCAACUCCAACACAGAACAUUCAGGGGGAGUAGUGCCGAGGUAGAUCAAAAUUGCAGGAUUUGAUCUGUCGGUUGACUUGGGUUGAGUCCCAUCAACUGUCAUCAGCUCAGCCUGAUGAAGAGCUUCUGAGAUG .....((((((..(.(((((((((.....((((((((((((((......))))...)))))))))).....)).))))))))..((((((((((.(((....)))))))))))))((((((..((((......)))))))))).(((((((......)))))))....))))))..... >AE010489.1/2647-2468 AUAAAAAAUAGAGGUGCAUAUAUGUAGGUAGUGUGAAAAUGUUAAGGUAUAAGCCACCAAUGUUUCACAUGAAGGGCAUAGUUGCCGAAAGAAAGUUAAUUGCUUAUGAUUAAUUUUCUUGGUCAAUGUCAACAAGCAUUGACUGUCAUAUUCUUUUGAAUAUGGAGAGCUAUUUAUAGU 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CAGGCCAGAAGAGGCGCGUUGCCCAAGUAACGGUGUUGGAGGAGCCAGUCCUGUGAUAACACCUGAGGGGGUGCAUCGCCGAGGUGAUUGAACGGCUGGCCACGUUCAUCAUCGGCUACAGGGGCUGAAUCCCCUGGGUUGUCACCAGAAGCGUUCGCAGUCGGGCGUUUCGCAAGUGGUGGAGCACUUCUGGGUGA ...(((......)))...((((((.......(((((((.((((.....))))....)))))))...((..((((..(((((.(((((.((((((........))))))....(((((.((((((......)))))))))))))))).((((((..((....))..)))))).....)))))..))))..)))))))) >AP005082.1/169934-170112 UUAUGUAGAAGAGGAGCACUGCCCAGGCAGAUGAUUUGUGGAACCGCAAUUCCAAUACCAAUCAUUCAGGGGGAGUAGUGCCGAGGUAAGUCAAAAUUGCAGGGUUUGGCUUGUCGGUUGACUUGGGUUGAGUCCCAUCAACUGUCAUCAGCACCGUCUGAUGAAGAGCUUCUGAGGGU .....((((((..(.(((((((((.....(((((((..(((((......))))).....))))))).....)).))))))))..(((((((((((.........)))))))))))((((((..((((......)))))))))).(((((((......)))))))....))))))..... >AE006126.1/222-48 UACUUGUGUAGAGGAGCGAUCACUAUAAGUAUUUUUUCUGAGUGGAUAACGAAGAGGAAAAAGGAAAGGAGUGACCGCCGAAAUCAAUUGAAAGUCAUUUUGAUUGGUUGGUGGCGUAUUCGAAAGGAACGUCAUUGUCAUAGUCUUUUUUAAACUAUGGAGCGCUACUGGUUGG 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CUCAAAGGUAGAGGCCGCGAUAGGAAAGAGUAAGCUAUGGGAGAUUUAAUGGAAUCUGUGAUCAUAGGUUGAAAGGGACUAUUGCCGAAAUAUAAGAAUAACCAUCUUAUUCAUAUAUUGGGACUGCAUUGAAUAAAUGUAGUACUGUCAUAAGAUUUAUUUUAUGGAGAGCUAUUUGGAGA (((...(((((((.(((((((((.......(((.((((((.(((((......)))))....)))))).))).......)))))))...((((((.((((((.....)))))).)))))))).((((((((.....)))))))).)).((((((((....))))))))....)))))..))). >AP001518.1/272531-272358 AGAUGGGGUAGAGGAGCGGGUUUUAAGAGUAAGCGCUUGGAGGAUGACAACGAGGAUAAGCGCCGAAAGGAAAACUCGCCGAAGCGGAAGAUGAGUCAAGCGUCUUCUUGCUGGGGUUGCAUUGAAUAAAUGUAACACUGUCACAGCAGAUUGCUGUGGAGAACUACUAACGUU ......(((((..(.(((((((((........(((((((..(........).....)))))))(....).))))))))))..(((((((((((.......))))))).))))((.((((((((.....)))))))).)).(((((((.....)))))))....)))))...... /home/tirza/YairProject/AL /home/tirza/YairProject/FoldalignM/DATA/lysine_10_4.set 150 5 Sample 0:314 1933 Sample 1:329 1840 Sample 2:360 1941 Sample 3:353 1915 Sample 4:313 1904 Cost: 1840 >U32832.1/9495-9319 UACAAAAGUAGAGGCGCAAUUAUUAUAAGUAUUUUUUCAGAGUGGAUAACGAAGAAGAAAAAAGAAAGGAAUAGUUGCCGAAAUCAAAUAAAAGUCGUUUUGUUUGGUUGGUGGCGUGCUCGAAAGGGGCGACACUGUCAUAGUUUUUCUGAUUAACUAUGGAGUGCUACGGUUGUU ..(((..((((..(((((((((((.......(((((((....((.....)).....)))))))......)))))))))...((((((((((((....))))))))))))((((.(((.(((....)))))).)))).((((((((.........)))))))).)).))))..))).. >AE007576.1/1562-1747 ACCUUUUGUAGAGGUGCUUUAAGUCAAGAGUAACCGUUUGGAGUUGGCAAACUUAGAUGAACGGUAAAAGGGGCUUUUAGCCGAAGCAUUUAGAUUGGCAGAUUUAUUUGCUGGCUUUUCAUACAACAUAUGAAUGGCUGUCACUUUAUUAGUUAGUUAUUAGGUAAGUGGAGCGCUACAAGGUAC .(((..(((((..(((((..(((((.......(((((((.(((((....)))))....)))))))......)))))..)))...((((..((((((....))))))..))))((((.((((((.....)))))).)))).((((((..(((((.....)))))..)))))).)).))))))))... >AE017033.1/217118-217310 CGAUGAGGUAGAGGUUGCGACUUUUAAGAGUAAAACGGACGAGAUACAGAGAAUGUCUAAGACUCCGUUUGAAAGGAAAAGUUGCCGAAGUUUAUAUUUCUUCUCUGGAAAUAUGAGCUGGGGCUGUGUCUGAAAGGAACAGAACUGUCACGUUUACAAAAUUACCGUGUAAACGUGGGGUGCUAUCUUAACG 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>AE017269.1/77627-77808 CUCAAAGGUAGAGGCCGCGAUAGGAAAGAGUAAGCUAUGGGAGAUUUAAUGGGAUCUGUGAUCAUAGGUUGAAAGGGACUAUUGCCGAAAUAUAAGAAUAACCAUCUUAUUCAUAUAUUGGGACUGCAUUGAAUAAAUGUAGUACUGUCAUAAGAUUUAUUUUAUGGAGAGCUAUUUGGAGA (((....((((...(((((((((.......(((.((((((.((((((....))))))....)))))).))).......)))))))...((((((.((((((.....)))))).)))))))).((((((((.....)))))))).((.((((((((....))))))))))..))))...))). >AE017000.1/234265-234084 CGGUGAGGUAGAGGUUGCAAUCAUUAAGAGUAUCAUUUCAGGAGAUGUAGUGGCAUUGAUGAAGGAAUGAGAAAGGAAUGGUUGCCGAAGUAAGUCGUGUCCACCAUGCACGCUUGCUGGGUCUGCAUUUAAUAAGUGCAGAACUGUCACAAACGUUUCGUUUGUGGAGAGCUAUCGAGAGG ......(((((...(((((((((((.......(((((((.(..(((((....)))))..)...)))))))......)))))))))...((((((.(((((.......)))))))))))((.((((((((.....)))))))).)).(((((((((...)))))))))))..)))))...... >AF306669.1/1019-1194 AUAUUUUGAUGAGGCGCAUCAAUCAUGAGUAAAGUUUAGAUUACUGUCUGCUAACAGCUAAAUUUGAAAGGGUGCGAUGCCGAAGCAAUUAUAAUAGCAGUUAUAAUUUGUUGGACUUUUUGGUUAAGAGCUGAGAGUUUGUCAUUAUUUAAAAAUAAUGGAGUGCAUCACUUGUA 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/home/tirza/YairProject/FoldalignM/DATA/lysine_10_5.set 150 5 Sample 0:205 2255 Sample 1:398 2043 Sample 2:404 2053 Sample 3:378 2005 Sample 4:374 2075 Cost: 2005 >AP003194.2/187997-187828 AAAAGAGGUAGAGGCGCGAGAAUCAAGAUUACUAAAAUGGAGUUAAGUAGCGUAGAAGUUUUAGGAAAGGGAUUAUCGCCGAAGUUUUUGGCUAAUACUUUAAGGCUAAAUGCUGGGGUUGUAUAGAAUAUAUACAACACUGUCACAAAAUGUGGAGAGCUAUCAUCUUA ..(((((((((..(.((((.((((.......(((((((...((......))......)))))))......)))).)))))..(((.(((((((..........))))))).))).((((((((((.....)))))))).)).((((.....))))....))))).)))). >AE015829.1/4454-4280 AGGAACAGAAGAGGAGCGUUAACUAGGUAGUCAAUCAGAGGAGCACAAACUCCAGCGAUGAUUGAUGAGGGAGAUUAGCGCCGAGGCAUAGAUGUGGUUGCUGCAUGUUUAUGUCGGUCGCUUAGGCUGAAUCCUAACGAUUGUCACCUGUAAUUGGUGGAGAGCUUCUGGUGAC .(..(((((((..(.(((((((((.....((((((((..((((......)))).....)))))))).....)).))))))))..((((((((((((.......))))))))))))(((((.(((((......)))))))))).(((((.......)))))....))))).))..) >AE015937.1/285886-286061 UAGAAAGGUAGAGGCGCGGUAUUUAAUAGUAUCUGUACAGAUAAAAGCAAGAUGAUGUACAGUGAAAGGAAAUAUCGCCGAAGCAUGCAGUUAAAGCUUUGAUACUGUAUGACUGGUCUUAUUUAAAAUAUGAAUAAGAUUGUCACAAAAUGAAUUUGUGGAGAGCUAUCAUUCAA ..(((.(((((..(.(((((((((........(((((((.((.........))..))))))).......))))))))))..((((((((((............)))))))).))(((((((((((.....))))))))))).(((((((.....)))))))....))))).))).. >AE017003.1/180245-180059 ACGUGAGAUAGAGGUUGCGAUACUUAUGAGUAUUCUAAUGGAGACACAGAGAUGUCUAUGAACUUAGAUGAAAGGAAGUAUUGCCGAAAUUGAUAAAUUUCUCUGCAUUUAUCAAUUGGGGCUGUUUUCGAAUAGAAACAGAACUGUCAUAUGUACAGACGUGUACGUAUGAAGAGCUAUCUACAAA ..((.((((((.(((((((((((((........(((((.(.(((((......))))).....)))))).......)))))))))(..(((((((((((........)))))))))))..).(((((((......))))))))))).((((((((((......))))))))))....))))))))... >AL591976.1/186683-186486 UGGUGAGGUAGAGGUUGCGAGAUGCACUAGUAAUUUUUUCGAGGCGAAACAAAGACGCCGACGACAAAGAAUGAACAGGUUGAUCGCCGAAGUGACUAUUUUCUCUUUGUUUAGAAAUAGUUGUUGGGACAGUUUCCUAAAGGGGCUGGACUGCUAUAAGAAUUUGUCGAAAUUUCUUAUAGGUGUGCUAUCUGACAA 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CGCAUAAAUAGAGGAGCUGCCAAGCAUGUAUUUGGCGAGGUGUUAAGGAGAAGAACCUCCAAUACUCGCUGAAGAAGGUUUGGCUGCCGAAAGGGUGAGCUUGUUCUUGAGCUCAUCCUUGGUGGUAAACACAAAGUUUACCACUGUCAUGGGACCUCCCAUGAAGCGCUAUUUAUGCA .((((((((((.((.((.(((((((.....((..((((.((((...((((......)))).))))))))..))....))))))).)))..((((((((((((......))))))))))))((((((((((.....)))))))))).(((((((....)))))))..).)))))))))). >J03294.1/2297-2476 GGUGAAGAUAGAGGUGCGAACUUCAAGAGUAUGCCUUUGGAGAAAGAUGGAUUCUGUGAAAAAGGCUGAAAGGGGAGCGUCGCCGAAGCAAAUAAAACCCCAUCGGUAUUAUUUGCUGGCCGUGCAUUGAAUAAAUGUAAGGCUGUCAAGAAAUCAUUUUCUUGGAGGGCUAUCUCGUUG ..(((.(((((((((....)))))........((((((.(((.(((((((.((((.(((....(((.((...(....).)))))..(((((((((.(((.....))).)))))))))((((.((((((.....)))))).)))).))))))).)))))))))).)))))))))))))... >M93419.1/332-511 AGUGAAGAUAGAGGUGCGAACUUCAUCAGUAAAAGCUUGGAGAAGAAUGAGCUUCAAUGAAAAGCUUUGAAAGGGAACGUUCGCCGAAGUGAAGAAAAACUCAUUUUUUUCUUUGCUGGUCCUGCAUUUAAGAGAUGCCGGAUUGUCAAGGCGGUGCCGCCUUGGAGAGCUAUCUCACUG 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(((((....((((........)))).((.((.......)).))....((((......))))..))))). /home/tirza/YairProject/AL /home/tirza/YairProject/FoldalignM/DATA/trna_10_2.set 150 5 Sample 0:68 609 Sample 1:75 481 Sample 2:85 529 Sample 3:84 445 Sample 4:83 578 Cost: 445 >AC067849.6/4771-4840 CACUGUAAAGCUAACUUAGCAUUAACCUUUUAAGUUAAAGAUUAAGAGAACCAACACCUCUUUACAGUGA (((((((..(((.....))).(((((.......))))).....(((((.........)))))))))))). >L36887.1/650-721 UGAGUCGUAGACAAUAGGUAAGUUACCAAAAUUUGAGUUUGGAGUUUGUUUGUUCGAAUCAAACCGAUUCAA (((((((..................(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))). >Z74072.1/3173-3245 GGGCGUGUGGCGUAGUCGGUAGCGCGCUCCCUUAGCAUGGGAGAGGUCUCCGGUUCGAUUCCGGACUCGUCCA (((((.(..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))).))))). >X54300.1/105-177 GGGGGUAUAGCUUAGUUGGUAGAGCGCUGCUUUUGCAAGGCAGAUGUCAGCGGUUCGAAUCCGCUUACCUCCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))). >D11467.1/1-72 UGGGGCGUGGCCAAGCGGUAAGGCAGCAGGUUUUGAUCCUGUUAUUCGGAGGUUCGAAUCCUUCCGUCCCAG (((((((..(((.........))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))). >AL021918.1/94597-94678 GUAGUCGUGGCCGAGUGGUUAAGGCGAUGGACUUGAAAUCCAUUGGGGUUUCCCCGCGCAGGUUCGAAUCCUGCCGACUACG ((((((...(((..........)))((((((.......))))))(((.....)))(.(((((.......)))))))))))). >AF041468.1/43811-43739 GGGCUCAUCGUCUAAUGGAUCAGGACAGGGACCUUCUAAGUCUCUAAUGUAGGUUCGAAUCCUACUGAGCCUA (((((((..(((...........))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))). >X05914.1/238-306 UAUAUUUUGGUGUACGAUGCACAAAAGUUUUUGAUACUUUUAGUAAUAGUUUAAUUCUAUUAAAUAUAA ((((((...(((.......)))((((((.......))))))..((((((.......)))))))))))). >AE003556.3/16759-16677 GUCAGGAUGGCCGAGUGGUCUAAGGCGCUGCGUUCAGGUCGCAGUCUACUCUGUAGGCGUGGGUUCGAAUCCCACUUCUGACA (((((((..(((..(..(.....((.((((((.......))))))))...)..).)))(((((.......)))))))))))). >AF074839.1/52-124 GGGGAAUUAGCUCAGCUGGGAGAGCGCCUGCUUUGCACGCAGGAGGUCAGCGGUUCGAUCCCGCUAUUCUCCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))). /home/tirza/YairProject/AL /home/tirza/YairProject/FoldalignM/DATA/trna_10_3.set 150 5 Sample 0:104 783 Sample 1:117 735 Sample 2:113 702 Sample 3:130 833 Sample 4:131 762 Cost: 702 >M86495.1/1026-1092 CAAGAUAUAGCUUAAACAAAGCACCUAGUUUACACCUAGAAGAUUUCACACACUAUGAAUAUCUUGA .((((((..((((.....))))..((((.......)))).....((((.......)))))))))).. >J04815.1/1380-1448 UGGGUUGUAGCUAAAUGUAAAGGCGCUUGGCCGUUAACCAAGAAAUAGUAGGAUAAAAACCUAUCUUCC ..(((((..((.....))...(((.....)))..)))))..(((...(((((.......))))).))). >D00552.1/73-146 GCCCAUGUAGCUCAGUAGGAUAGAGCACGCGCCUUCUAAGCGUGAGGUCGGAAGUUCGAGCCUUCUCGUGGGCA (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))). >X04821.1/1-73 GUUUCUGUAGUGUAGCGGUUAUCACGUUCGCCUCACAUGCGAAAGGUCCCCGGUUCGAAACCGGGCAGAAACA ((((((((........((....(...(((((.......)))))..).))(((((.....))))))))))))). >X61068.1/393-465 GGAGGAUUAGCUCAGUUGGGAGAGCACCUGCCUUACAAGCAGGGGGUCGGCGGUUCAAGCCCGUCAUCCUCCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))). >X52392.1/11128-11195 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>X00432.1/816-751 AUUCAAAUAGCUUAUAUUUAGAGUAUGACACUGAAGAUGUUAUGGAGAUUAAUUAAUCUUUGAAUA (((((((..((((.......))))(((((((....).))))))...((((....))))))))))). >X54421.1/14394-14476 GCCUAAAUGCUGGAAUUUGGUAGACAGAACAAACUUAAGAUUUGUCGCUUUCGAGCGUGUUGGUUCGAGUCCAACUUUAGGUA (((((((((((.(((....((.((((((............)))))))).))).)))).(((((.......)))))))))))). >AF067200.1/16-89 GUUCGGAUGGUGUAGUCGGUUAUCACGAAUCCUUAACACGGAUUAGGUCGUGGGUUCGAUUCCCGCUCUGAAUA ((((((((((.(.(((((.....(((((((((.......))))....)))))....))))))))).))))))). >J01395.1/3006-3078 GGGGAUAUAGCUCAGUUGGUAGAGCGCUGCCUUUGCAAGGCAGAUGUCAGCGGUUCGAAUCCGCUUAUCUCCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))). /home/tirza/YairProject/AL /home/tirza/YairProject/FoldalignM/DATA/trna_10_5.set 150 5 Sample 0:97 593 Sample 1:83 513 Sample 2:90 503 Sample 3:94 667 Sample 4:96 523 Cost: 503 >D85268.1/459-527 GUAGAUAUAGUUUAACUAAAACACUAGAUUGUGAAUCUAACCAUAGAGACUCACCACCUCUUAUUUACC 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GGGGCCAUAGCUCAGUUGGUAGAGCGCCUGCUUUGCAAGCAGGUGUCGUCGGUUCGAAUCCGUCUGGCUCCA (((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(.(((.......))).)))))))). >X15245.1/236-309 CGGGAAGUGGCUCAGUUUGGUAGAGCACCUGGUUUGGGACCAGGGGGUCGCAGGUUCAAAUCCUGUCUUCCCGA (((((((..((((.........)))).((((((.....)))))).....(((((.......)))))))))))). >X03602.1/660-731 UCCCGUAUGGUCUAGUGGUUAGGAUACCUGGCUUUCACCCAGGAGGCUCGGGUUCGAUUCCCGGUACGGGAA ((((((((.((((........)))).(((((.......))))).....((((.......)))))))))))). >AF490528.1/4630-4697 GAGGUGUUAGUAAAACAUUAUAUAAUUUUGUCAAAGUUAAGUUACAAGUGAAAGUCCUGUACACCUCA (((((((...............((((((.....))))))....(((.(.......).)))))))))). fmn.RNASpa_150_5 /home/tirza/YairProject/AL /home/tirza/YairProject/FoldalignM/DATA/rfn_10_1.set 150 5 Sample 0:210 1953 Sample 1:331 1702 Sample 2:292 1624 Sample 3:324 1622 Sample 4:305 1632 Cost: 1622 >AF269345.1/3001-2863 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/home/tirza/YairProject/FoldalignM/DATA/rfn_10_2.set 150 5 Sample 0:274 2125 Sample 1:340 2012 Sample 2:348 1983 Sample 3:403 2069 Sample 4:388 2090 Cost: 1983 >M64472.1/901-1048 GCUUAUUCUCAGGGCGGGGCGAAAUUCCCCACCGGCGGUAAAUCAACUCAGUUGAAAGCCGCGAGCGCUUUGGGUGCGAACUCAAAGGACAGCAGAUCCGGUGUAAUUCCGGGGCCGACGGUUAGAGUCCGGAUGGGAGAGAGUAACG ...(((((((..((.((((.......)))).)).(((((...(((((...)))))..)))))..((.((((((((....))))))))....))..((((((.......(((.......))).......))))))....)))))))... >AL591981.1/267609-267487 GUUCAUCUUCGGGGCAGGGUGCAAUUCCCGACCGGUGGUUAAAGUCCACGAUCUGCUUUUUUAGCAGUUGACUCUGGUGUAAUUCCAGGACCGACAGUAUAGUCUGGAUGGGAGAAGAUGUUG ...(((((((.((((.(((.......)))((((...))))...)))).(((.(((((.....))))))))..(((((.......))))).(((.(((......)))..)))..)))))))... >AE006360.1/976-840 AAAUAUCUUCAGGGCACCGUGUAAUUCGGGACCGGCGGUAAAUAGGGCUUUGACCUUAUGACUCCGCGAUUCGCUACGGCGAUUGAAGCAGUGAGAAUCUGCUAGCGACAGUAAAGUCUGGAUGGAAGAAGAUGAAC 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>AP003187.2/100445-100560 AAAAUUCUUCAGGGCAGGGUGAAAUUCCCUACCGGCGGUAAAGCCCGCGAGCUAGUUUAGCAUGAUUCGGUGAAAUUCCGAGGCCGACAGUAAAGUCUGGAUGAAAGAAGAAUAUC ....((((((..(((((((.......))))....((((......))))..((((...))))....(((((.......))))))))..(((......))).......)))))).... >AE006176.1/9504-9349 GCGCAUUCUCAGGGCAGGGUGAAAUUCCCUACCGGUGGUAAAUGUAUAACAUAAGCCCACGAGCGUUUACUAUUUCAUGUCACAAGAGAUAGUAAAGUCAGCAGAUUUGGUGAGAAUCCAAAGCCGACAGUAUAGUCUGGAUGAAAGAGAAUAAGC ((..((((((.((((((((.......))))(((...)))...............)))).((.((.(((((((((((.((...)).))))))))))).........(((((.......))))))))).(((......))).......))))))..)) /home/tirza/YairProject/AL /home/tirza/YairProject/FoldalignM/DATA/rfn_10_4.set 150 5 Sample 0:456 2785 Sample 1:484 2754 Sample 2:494 2732 Sample 3:556 2762 Sample 4:430 2836 Cost: 2732 >AP003193.2/79921-79804 AAAAGUCUUCAGGGCGGGGUGUGAGUCCCCACCGGCGGUAAAGCCCGCGAGCUAGUUUUUAGCAUGAUUCGGUGAAAUUCCGAGGCCGACAGUAUAGUCUGGAUGAAAGAAGAUGAGU 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CAAUUUUUAUCCAAUGCCUUUCGUAUAUCCUCGAUAAUAUGGUUCGAAAGUAUCUACCGGGUCACCGUAAAUGAUCUGACUAUGAAGGCAGAAGCAGGUU ..............((((((.((((.....((((.........))))..........(((((((.......)))))))..)))))))))).......... >AP001512.1/93773-93674 UUUACAUUAAAAAAAGCACUCGUAUAAUCGCGGGAAUAGGGCCCGCAAGUUUCUACCAGGCUGCCGUAAACAGCCUGACUACGAGUGAUACUUUGACAUA ..............(.((((((((.....(((((.......)))))..........(((((((.......)))))))..)))))))).)........... >AP004596.1/203844-203943 AACCUUAUAUAUAGUUUUUUCAUAUAAUCGCGGGGAUAUGGCCUGCAAGUUUCUACCGGUUUACCGUAAAUGAACCGACUAUGGAAAAGCGGAAAAUUCG .............((.((((((((.....(((((.......)))))..........(((((((.......)))))))..)))))))).)).......... >AE006347.1/1212-1310 UAGUCUAUAAUAGAACAAUCUUAUUUAUACCUAGGAUAUGGCUGGGCGUUUCUACCUCGUACCGUAAAUGCGAGACAAUAAGGAAAUUCGAUUUUUUAG ..................((((((.....(((((.......))))).........((((((.......))))))...))))))................ >AP004595.1/186669-186768 GACAAUUGAAAAUGAACCUCAUAUAAAUUUGAGAAUAUGGCUCAGAAGUUUCUACCCAGCACCGUAAAUGGCUGGACUAUGAGGGAAGAUGGAUCAUUUC ................(((((((.....(((((.......)))))..........(((((.(.......))))))..)))))))................ >AP001509.1/79478-79577 UCUUUAUAUAAAGUACCUCAUAUAAUCUUGGGAAUAUGGCCCAAAAGUUUCUACCUGCUGACCGUAAAUCGGCGGACUAUGGGGAAAGAUUUUGGAUCUU ...............(((((((.....(((((.......)))))..........(((((((.......)))))))..)))))))................ /home/tirza/YairProject/AL /home/tirza/YairProject/FoldalignM/DATA/purine_10_3.set 150 5 Sample 0:102 676 Sample 1:104 702 Sample 2:124 682 Sample 3:115 704 Sample 4:117 689 Cost: 676 >AP003193.2/214121-214023 AAAACGGAAUAUAAACAAACUCGUAUAAGCUUUGAAUAAGGCAAGGCGUUUCUACCGGAAACCUUAAAUUUCCGUCUAUGAGUGAAUUUGAUAUACUAU ..................(((((((...((((((.......))))))........((((((.......))))))..)))))))................ >Z99107.2/14363-14264 AAUUAAAUAGCUAUUAUCACUUGUAUAACCUCAAUAAUAUGGUUUGAGGGUGUCUACCAGGAACCGUAAAAUCCUGAUUACAAAAUUUGUUUAUGACAUU ....................(((((...((((((.........))))))........(((((.........)))))..)))))................. >AL591981.1/205922-205823 AUAACUUAAAACCGAAAUACUUGUAUAAUAGUUGCGAUUGGGCGACGAGUUUCUACCUGGUUACCGUAAAUAACCGGACUAUGAGUAGUUUGUAUAAAGA .................((((((((.....(((((......)))))..........(((((((.......)))))))..))))))))............. >AP003186.2/211688-211589 UAAGUGUAUUAAAUUUUAACUCGUAUAUAAUCGGUAAUAUGGUCCGAAAGUUUCUACCUGCUAACCGUAAAAUAGCAGACUACGAGGAGUUGUACUAUAA ...................((((((.....(((((......).))))..........((((((.........))))))..)))))).............. >X83878.1/168-267 UUACAAUAUAAUAGGAACACUCAUAUAAUCGCGUGGAUAUGGCACGCAAGUUUCUACCGGGCACCGUAAAUGUCCGACUAUGGGUGAGCAAUGGAACCGC .................((((((((.....(((((.......)))))..........((((((.......))))))..)))))))).............. >AE007476.1/6452-6548 AAAAUUGAAUAUCGUUUUACUUGUUUAUGUCGUGAAUUGGCACGACGUUUCUACAAGGUGCCGGAACACCUAACAAUAAGUAAGUCAGCAGUGAGAU .................((((((((.((((((((......)))))))).......(((((......)))))...))))))))............... >Z99123.2/194904-195003 CUUAGAAAAAGACAUUCUUGUAUAUGAUCAGUAAUAUGGUCUGAUUGUUUCUACCUAGUAACCGUAAAAAACUAGACUACAAGAAAGUUUGAAUAAAUUU ..............((((((((.((((((((.........))))))))......(((((...........)))))..))))))))............... >AL596170.1/223345-223246 AUAACUUAAAACCGAAAUACUUAUAUAAUAGUUGCGAUUGGGCGACGAGUUUCUACCUGGUUACCGUAAAUAACCGGACUAUGAGUAGUUUGUAUAAAGA .................((((((((.....(((((......)))))..........(((((((.......)))))))..))))))))............. >AB008757.1/115-16 AAUGAAUCACGCUGACUCACUCAUAUAAUCGCAAGAAUACGGCUUGCGAGUCUCUACCAGCCGACCGUAAAUCGGCUGACUAUGAGUGGCAAUGUCAGGA ...........(((((.((((((((.....(((((.......)))))..........(((((((.......)))))))..)))))))).....))))).. >AE010606.1/4680-4581 UAAAUAAUUUUAAUAAAAAUUCGUAUAAGCCUAAUAUAUGGAAGGGUGUCCCUACGGUUAACCAUAAAUUAACCAGCUACGAAAAAUGUUUUACUGUGUU ...................((((((....((........))..((.....))...((((((.......))))))...))))))................. tymo.RNASpa_150_5 /home/tirza/YairProject/AL /home/tirza/YairProject/FoldalignM/DATA/tymo_10_1.set 150 5 Sample 0:59 410 Sample 1:77 463 Sample 2:84 437 Sample 3:65 457 Sample 4:59 446 Cost: 410 >AF035199.1/569-652 CCAGGUCGCCAGUGCGACACCCGUUCCCACACAACGGGCAUUGGGGUGCAACUCCCCCGUCUAUCCUGGACGUCACCAGGACCA ....(((((....))))).((((((.......))))))....((((........)))).....((((((......))))))... >AF035202.1/598-681 GUAGUCGGCCAGUGCCGAGGCCCUUCACACACAAGGGUUAAUGGGGUGCAACUCCCCCGCCCAUCUCGAGCGUCAUCGAGACCA ....(((((....))))).((((((.......))))))....((((.......))))......((((((......))))))... >AF035633.1/1296-1379 UAAUUGAGUCCAGUGACUCUCCCUCUAGCACACAGAGGUCAAACCGGGUGCAACCCCCCCUCCCCCCGUAGGUUAACGGGACCA .....(((((....)))))..(((((.......))))).......(((.......)))......(((((......))))).... >M24801.1/102-178 UCAGCUCGCCAGUUAGCGAAGUCUGUCCCCACACGACAGAUAAUCGGGUGCAACUCCCGCCCCUUUUCCGAGGGUCA ....(((((......)))).)((((((.......))))))....((((.......)))).(((((....)))))... >M15284.1/14-96 AAUGAAGGCAGUCCUUCUCCCUUUAGCACACAAAGGUCAAAUGGGUGCGACUCCCCCCCUUUUCCGAGGGUCAUCGGAAACC ...(((((....)))))..(((((.......)))))......(((.......)))......((((((......))))))... >D00637.1/6279-6362 UCAGGUCGCCAGUGCGACACCCGUUCCCACACAACGGGCAUUGGGGUGCAACUCCCCCGUCCAUCCUGGACGUCACCAGGACCA ....(((((....))))).((((((.......))))))....((((.......))))......((((((......))))))... >U91413.1/613-696 UUAGCUCGCCAGUGCGAGGCCUCUUCCUACACAAGAGGUAUUGGGGUGCGACUCCCCCGUCUAUCCUGAACGUCAUCAGGACCA ....(((((....))))).((((((.......))))))....((((.......))))......((((((......))))))... >AF035201.1/605-688 CCAGGUCGCCAGUGCGACACCCGUUCCCACACAACGGGCACUGGGGUGCAACUCCCCCGUCUAUCCUGGACGUCACCAGGACCA ....(((((....))))).((((((.......))))))....((((.......))))......((((((......))))))... >AF035198.1/571-654 UCAGGUCGCCAGUGCGACACCCGUUCCCACACAACGGGCAUUGGGGUGCAACUCCCCCGUCUAUCCUGAACGUCAUCAGGACCA ....(((((....))))).((((((.......))))))....((((.......))))......((((((......))))))... >M58311.1/2-83 UUCUCUCGAGUGCGAGGCCCAUUCACACACAAUGGGUAUUGGGUGCAACCCCCCCGUCCAUCUCGAACGGUCAUCGAGACCA ...((((((...(((((((((((.......)))))))...(((.....)))..........))))........))))))... /home/tirza/YairProject/AL /home/tirza/YairProject/FoldalignM/DATA/tymo_10_2.set 150 5 Sample 0:75 485 Sample 1:86 521 Sample 2:70 479 Sample 3:78 503 Sample 4:73 470 Cost: 470 >Y16104.1/6590-6672 UAAUUGAGGACAGUUCCUCUCCCUCUAGCACACAGAGGUCAAACUGGGUGCAACUCCCCCCCCUUCCGUGGGUAACGGAAACC .....(((((....)))))..(((((.......))))).......(((.......))).....((((((.....))))))... >X54354.1/598-681 UUAGCUCGCCAGUGCGAGGCUCGUUCCCACACAACAAGUAAUGGUGGUGCAACUCCCCCGUCCUCCCGAACGUCAUCGGGACCA ....(((((....)))))(((.(((.......))).)))...((.((........))))....((((((......))))))... >M58313.1/1-81 AAUGAAGGCAGUCCUUCUCCCUUUAGCACACAAAGGUCAAUGGGUGCGACUCCCCCCCUUUUCCGAGGGUCAUCGGAAACC ...(((((....)))))..(((((.......))))).....(((........))).....((((((......))))))... >J04374.1/6247-6330 UAAUUGCGGACAGUUCCGCUCCCUCUAGCACACAGAGGUCCAUUUGGGUGCGACUCCCCCCCCUCCCGUGGGUCAACGGGAACC .....(((((....)))))..(((((.......))))).......(((........)))....((((((......))))))... >AJ277556.1/2880-2963 GAAGAGCGGCCAGUUGCUGCUGCGAUCAAGACACGAUCGUUCAAAAGGGUGCAACUCCCCCCCCCUUGGAGGGUAUCCAAGACC .....(((((.....))))).((((((.......))))))......(((........)))....((((((.....))))))... >AF035200.1/578-659 UCAGUCGCCAGUGCGAGGCCCAUUCUCUCUCAAUGGGUAUUGGGUGCAACCCCCCCGUCCAUCUCGAACGUCAUCGAGACCA ....((((....))))((((((((.......))))))....(((........)))...)).((((((......))))))... >M58314.1/2-79 GAACUACAGUUCCGCUCCUCUAGCACACAGAGGUCAAUUGGGUGCGACCCCCCCCUCUCCCGUGGGUCAACGGGAACC ((((....)))).(..(((((.......))))).)....(((........)))....((((((......))))))... >U88847.1/591-676 UUAGCUCGCCAGUUAGCGAGGUCUGUCCCCACACGACAGAUAAUCGGGUGCAACUCCCGCCCCUUUUCCGAGGGUCAUCGGAACCA ....(((((......)))))(((((((.......)))))))....((((.........))))...((((((......))))))... >M54918.1/75-159 UUAGCUCGCCAGUUAGCGAGGUCUGUCCCCACAGGACAGAUAAUCGGGUGCAACUCCCGCCCCUCUUCCGAGGGUCAUCGGAACC ....(((((......)))))(((((((.......)))))))....((((.........))))...((((((......)))))).. >M24802.1/87-163 UUAGCUCGCCAGUUAGCGAGGUCUGUCCCCACACGACAGAUAAUCGGGUGCAACUCCCGCCCCUUCUCCGAGGGUCA ....(((((......)))))(((((((.......)))))))...((((.......)))).(((((....)))))... glms.RNASpa_150_5 /home/tirza/YairProject/AL /home/tirza/YairProject/FoldalignM/DATA/glms_10_1.set 150 5 Sample 0:388 3166 Sample 1:501 2965 Sample 2:615 2927 Sample 3:485 3022 Sample 4:501 2998 Cost: 2927 >AE015944.1/292739-292466 AAAUAUAAUAAAGCGCCAGGACUUAGGUGAUGAAACUCAGACUAUGGUCUGAGUAAGUUCGACUAACCAAAUCACAGAUUUGGAGUAAGAUUAAUGAAACUCAGACUAUGGUCUGAGUAAGUUCCACCAACCAAAUCACAGAUUUGGGGUGUCACUUAAGUUGACGAGGAUGGGGAGUAUCGAAUCUUCGGCGGGUGCCCCACGGUACUGCACUACCGUUAAAGAUUGACAAAACCAAGGAGUAAUUUUUGGUACAAAUCAAUCAGGUGUUAAA ...........((((((..(((((((((((....((((((((((((((((((((.((.....))..(((((((...)))))))...............))))))))))))))))))))......((((..(((((((...))))))))))))))))))))))......(((((..(((..(((....)))((.((((((....))))))))))).)))))...((((((....((((((((....)))))))).....)))))).))))))... >AE017024.1/157527-157682 UAAAUUAUAGAAGCGCCAGAACUACAAGUAGUGUAGUUGACGAGGUGGGGUUUAUCGAGAUUUCGGCGGAUGACUCCCGGUUGUUCAUCACAACCGCAAGCUUUUACUUAAAUCAUUAAGGUGACUUAGUGGACAAAGGUGAAAGUGUGAUGAGAG .............((((..(((((((.....)))))))........(..((((....))))..))))).....(((.(((((((.....)))))))...(((((((((....((((((((....)))))))).....))))))))).....))).. >AL935254.1/94449-94600 UAAAGCGGAAUAGCGCCAGGACUUUAGAAUCUAAAGUUGACGAGGAUGACGUUUAUCGAUAAUCGACGGGUGACGUCAGGGACUGCACUCUACAGGUCAAUUACAAAAACCGACUGUGAGGUUGGUGACAGAUAUAUUGACCACGCAGCUAG ..........((((((.((((((((((...))))))))........(((((((..((((...)))).....)))))))....))))........(((((((.......(((((((....))))))).........))))))).....)))). >AE010557.1/24-169 UAUGUAAAAGAAGCGCCAGAACUCUUUUUAGAGUUGACGAGGAUUGGAAUUAUCGAAGUUUUCGGCGGAUGUUCCAAAGGUGGUUACAACCAUUAUCAACAAAAACACAGAGCAAUUUGUGUAACAAAGAGAUAAUAGUAACAAUC .............((((..((((((....))))))........(((((((..((((.....)))).....))))))).))))(((((....((((((.......(((((((....)))))))........)))))).))))).... >AP001507.1/288766-288933 AUGACAGUUGAAGCGCCAGGACUAUUCCACGGACGGUAACGGAAUAGUUGACGAGGAGAGGGUUUAUCGAAGGUUCGGCGGAUGCCCUCCGGUUGCACAUGACAGCCGCAAGCUUUUGUAAAAAACAGAGGGGCGACCUUCUGGACAAAGGCAAAAGCGUUCAUGCUA ...........(((((...(((((((((............))))))))).....((((.(((((..((((....))))..))).))))))((((((....).)))))))..((((((((......(((((((....))))))).......))))))))......))). >AE016998.1/163176-163331 UAAAUUAUAAAAGCGCCAGAACUACAAAUAGUGUAGUUGACGAGGUGGGGUUUAUCGAGAUUUCGGCGGAUGACUCCCGGUUGUUCAUCACAACCGCAAGCUUUUACUUAAAUCAUUAAGGUGACUUAGUGGACAAAGGUGAAAGUGUGAUGAGAG .............((((..(((((((.....)))))))........(((((((....))))))))))).....(((.(((((((.....)))))))...((((((((((...((((((((....))))))))....)))))))))).....))).. >AC078934.3/32621-32405 AGUACAGUUAAAGCGCCUGUGCAAAUAAAUAUUUGUAUUUGAAGAUUAAAGGUUAAUAUAUGAGUGGCCUUUAUAGAGUGCAAUAUAUGUAUUUGUAGACGAGGAGGAUAGUGAUCGAAUAGAUCGGCGGAUGCUAUCCCGGAUGUGGCUCAUUCGUUAGCUUAUUAAGUAAAACAUUAGGGUGACUUAAUGGACAAAGUUAAUAAGAUCGCCAGAA ............(((((((((((((((.((((((((((((......(((((((((.........)))))))))..)))))))).)))).)))))))..)).))).(((((((((((.....)))).......)))))))((((((.....))))))....((((((((.(....(((((((....))))))).....).))))))))..)))..... >AP004593.1/258876-259044 CUAUAAUCAAAAGCGCCAGGACUAUUCUUCGGACGGAUAGGAAGGAUAGUUGACGAGGUAGGAGGUUAUCGAAUUUUCGGCGGGUGCCUCCCGGCUGUCAUCACAGUCGAAACUUUAUCACUAAAACAGUAGGGUGACCUAUUGCACAAAAGGAUAAAGAAAGAUGUCU ............(((((..(((((((((((..........)))))))))))......(..(((((((....)))))))..).)))))....((((((......))))))...(((((((.......(((((((....)))))))........))))))).......... >AE016953.1/223108-222961 CAAUAUCGGAUAGCGCCAGACCUGAACGUUCAGGUGACGAGGAGAGAGCUUAUCGAAGAUUCGGCGGGUGGCUCUAGGGACUGCACUCUACAGAUAACAAAGAAAAACUAAUUGUGAAGUUAGAACAAAGCGGUUAUCACGCAGGUAG ............(((((..((((((....)))))).......((((.(((..((((....))))..)))..)))).))..............((((((.........((((((....)))))).........)))))).)))...... >AE013165.1/2616-2459 UUUAAUUUAGAAGCGCCUGGACUUAAAGCCUUAAGGCUUUAAGUUGACGAGGGCAGGGUUUAUCGAGACAUCGGCGGGUGCCCUGCGGUCUUCCUGCGACCGUUAGAGGACUGGUAAAACCACAGGCGACUGUGGCAUAGAGCAGUCCGGGCAGGAAA ..............((((.(((((((((((....))))))))))).......((((((((..((((....))))..)..)))))))((((.......))))......((((((.(....((((((....)))))).....).))))))))))...... sam.RNASpa_150_5 /home/tirza/YairProject/AL /home/tirza/YairProject/FoldalignM/DATA/s_box_10_1.set 150 5 Sample 0:192 1326 Sample 1:205 1444 Sample 2:238 1274 Sample 3:258 1366 Sample 4:237 1473 Cost: 1274 >AP003193.2/95783-95678 CUCUUAUCCAGAGAGGUGGAGGGAAAAAGGCCCUAUGAAACCCGGCAACCAGUGAGAAAUCACUACGGUGCCAAUUCCGGUAAAGAAAUUCUUUACAAGAUGAGAG ((((((((..(((.(((..((((.......)))).....))))((((.(((((((....)))))..))))))...))..((((((.....))))))..)))))))) >AE007554.1/96-198 UUCUUAUCAAGAGUGACGGAGGGAUAGGCCCUAUGAAGUCCGGCAACAUCCAAUUAUUUUGGAGAUGUGCUAAUUCCUACAGGUUUAUCCUGAGAGAUGAGAA .(((((((..(((.(((..((((.....)))).....))))((((.(((((((.....)))))..))))))...))((.((((.....)))))).))))))). >AF027868.1/5245-5154 UUUCUAUCCAGAGAGGUGGAGGGACUGGCCCUAUGAAACCUCGGCAACAUUAUUGUGCCAAUUCCAGCAAGCGCUAGCUUGAAAGAUAGGAA ((((((((..(((((((..((((.....)))).....)))))(((.(((....))))))...))...(((((....)))))...)))))))) >Z99111.2/13049-12893 CUCUUAUCGAGAGUUGGGCGAGGGAUUUGGCCUUUUGACCCCAAAAGCAACCGACCGUAAUUCCAUUGUGAAAUGGGGCGCAUUUUUUUCGCGCCGAGACGCUGGUCUCUUAAGGCACGGUGCUAAUUCCAUUCAGAUCUGAUCUGAGAGAUAAGAG ((((((((..((((((((.(((((......)))))....)))...(((.((((.((......(((((....)))))(((((.........)))))(((((....)))))....))..))))))))))))..((((((.....)))))).)))))))) >AP001518.1/300422-300310 CUCUUAUCAUGAGAGGUGGAGGGACUGGCCCGAUGAAGCCCAGCAACCGCCAAGCAGCAAAUCGCUUGGAAAAGGUGCUAAUUCCUGCAAAGCGAUGCUUUGAGAGAUGAGAG ((((((((..(((.(((...(((.....)))......))).(((.(((.((((((........))))))....))))))..)))...((((((...))))))...)))))))) >AE015944.1/267219-267117 UUCUUAUCAAGAGAGGCGGAGGGACUGGCCCUAUGAAACCCGGCAACCAAAAAUAAUAAUUUUAAGGUGCCAAUUCCAGCAGGUGAAACCUGACAGAUAAGAC .(((((((..(((.((.(.((((.....))))......)))((((.((.(((((....)))))..))))))..)))..(((((.....)))).).))))))). >AL596165.1/180914-180814 UUCUUAUCACGAAAGGUGGAGGGACUGGCCCUUUGAAGCCUUAGCAACCGGAAUUUAUUUUCACGGUGCUAAUUCCAGCAGUAUAUUCUGAAAGAUAAGUC ..((((((..(((.(((..((((.....)))).....)))((((((.((((((......))).))))))))))))...(((......)))...)))))).. >AP004828.1/56121-56010 CUCUUAUCCUGAGUGGUGGAGGGACAUGGACCCAAUGAAACCCAGCAACCUCUUUUUUUAUAAAAGAAAGGUGCCAAACCGUUUGCAGACAAAUAGGUCUGAACGAUAAGAG ((((((((..(((((((...(((.......)))...........((.(((((((((.....))))))..)))))...))))))).(((((......)))))...)))))))) >AE013132.1/12640-12541 CUCUUAUCAAGAGAGGUGGAGGGACUGGCCCGAUGAAACCCGGCAACCAGCCUUAGGGCAUGGUGCCAAUUCCUGCAGCGGUUUCGCUGAAAGAUGAGAG ((((((((..(((.(((...(((.....)))......))).(((.(((((((....))).)))))))..)))...(((((....)))))...)))))))) >AL591980.1/66651-66543 CUCUUAUCCAGAGCGGUAGAGGGACUGACCCUUUGAAGCCCAGCAACCUACACAUAUAAGUGAAAGGUGCUAAUCUGUUGCAGGAGUAUUAUCUUCUGAACGAUGAGAG (((((((((((((.(((((((((.....))))))...))))(((.((((.(((......)))..)))))))..))))...((((((......))))))...)))))))) /home/tirza/YairProject/AL /home/tirza/YairProject/FoldalignM/DATA/s_box_10_2.set 150 5 Sample 0:158 1732 Sample 1:304 1645 Sample 2:268 1637 Sample 3:312 1763 Sample 4:271 1618 Cost: 1618 >Z99123.2/188544-188650 UCCUUAUCAAGAGAGGUGGAGGGACUGGCCCUGCGAUACCCGGCAACCGCUGUUUAACAGAAUGGUGCUAAAUCCUUUAGAGCAAUGAUUGCUCUUGAAGAUAAGGU .(((((((...(((((.(.((((.....)))).).......(((.((((((((...))))..)))))))....))))).(((((.....))))).....))))))). >AE016745.1/287368-287470 CUCUUAUCGAGAGAGGUGGAGGGAUGUGCCCUAAGAAGCCCGGCAACCGUCUAAAAUAGAAAUGGUGCCAAUUCACAUAAAGUAUAACUUUAGAAGAUGAGAG ((((((((....(((((..((((.....)))).....))).(((.((((((((...))))..)))))))...))...(((((.....)))))...)))))))) >AE016744.1/15971-16071 ACCUUAUUUUGAGAAGCAGAGGGAUUUGGCCCGUAGAAGCUUCAGCAACCGACUUUAAAUAGCACGGUGCUAAUACCAACGAGCAACUCGAAUGAUAAGUA ..((((((....(((((...(((......)))......)))))(((.((((.((......))..)))))))........((((...))))...)))))).. >AE015937.1/3369-3474 CUCUUAUCGAGAGAGGUGGAGGGAAAGGGCCCUAUGAAACCCGGCAACCAAUAUUUUUAGAAGUAUUAAGGUGCCAAUUCCUGCAGAAAGUUCUGCAAGAUAAGAG ((((((((....(.(((..((((......)))).....))))((((.(((((((((....)))))))..)))))).......(((((....)))))..)))))))) >AE013162.1/3974-3865 CUCUUAUCAAGAGUGGUGGAGGGACUGGCCCGAUGAAACCCGGCAACCGGCACGUAAGUGCUUGGUGCCAAUUCCUGCAGGUUGGGGUUACCCAGCCUGAGAGAUGAGAG ((((((((....(.(((...(((.....)))......))))(((.((((((((....)))).)))))))........(((((((((....)))))))))...)))))))) >AL591980.1/89597-89491 CUCUUAUAAUGAGUGGUAGAGGGACUGGCCCGUUGAAACCCGGCAACCUUUCAAUACGUUGAAAAGGUGCUAAAUCCUGCGAAGUGUGAUGCUUCGAGAGAUAAGAG (((((((.....(.(((...(((.....)))......))))((((.((((((((....)))).)))))))).....((.((((((.....))))))))..))))))) >AE010547.1/5644-5538 AAACCAUCAAGAGAGAUUGAGGGACAGGCCCGUUGAGAUCUCAGCAACCUACGUAAAAUGUGUGGUGCUAAUUCCUGAUAGAUGGAAAAGAUUAUAAUACAUCUCUC ...(((((....((((((..(((.....))).....))))))(((.(((((((.....)))).))))))...........)))))...((((........))))... >AL939119.1/177986-178133 CGCUCAUCCAGAGGGGCAGAGGGAUACGGCCCGAUGAAGCCCCGGCAACCCUCCAGUCGGUUCUUGUCACACGGACGUGGCGAGGCUCCCGGCUAGGGAAGGUGCCAAAUCCGUCUCACGGCGAGAUGCGUCGUGAGGAAGAUGAGGA ..((((((....((((((..(((......)))..)...)))))(((.(((.(((.(((((.(((((((((......)))))))))...)))))...))).))))))........(((((((((.....)))))))))...)))))).. >AE007573.1/4052-3947 AUCUUAUCAAGAGUGGUGGAGGGACUGGCCCUUUGAAACCCGGCAACCAGUAUAUUUUUUAAUAUAUGUGGUGCUAAAUCCUGCAGCAAACGCUGAUAGAUGAGAA .(((((((....(.(((((((((.....))))))...))))(((.(((((((((((....))))))).)))))))......((((((....)))).))))))))). >U52812.1/691-829 CUCUUAUCCCGAGCUGGCGGAGGGACAGGCCCUAUGAAGCCCAGCAACCGGUUUCUCUGUUAUUUAUUAUGUUCAAUUGAGUGAGACAACCAAGGUGCUAACCUGUUGCAAGGUUGUAUGAUUCCUUGAGCGAUAAGAG ((((((((......((((((((..((.((.....((.....))....)).))..))))))))........((((((..((((...((((((.((((....)))).......))))))...)))).)))))))))))))) /home/tirza/YairProject/AL /home/tirza/YairProject/FoldalignM/DATA/s_box_10_3.set 150 5 Sample 0:254 1496 Sample 1:236 1459 Sample 2:224 1381 Sample 3:254 1422 Sample 4:254 1474 Cost: 1381 >AF270301.1/145-36 CUCUUAUCCUGAGUGGUGGAGGGACAUGGACCCAAUGAAACCCAGCAACCUCUUUAUUUAAAGAAAGGUGCCAAACCGUUUGCAGACAAAUAUGGUCUGAACGAUAAGAG ((((((((..(((((((...(((.......)))...........(((.(((((((....)))))..)))))...))))))).(((((.......)))))...)))))))) >Z99111.2/15242-15342 UUCUUAUCAAGAGCAGGCAGAGGGACGAGCCCGAUGAAGCCCGGCAACCGACUUAUAAAGCACGGUGCUAAUUCUUGCAGCUAGCGGCUGAGAGAUAAGAU .((((((((((((..(((...(((.....)))......))).((((.(((.(((...)))..)))))))..))))).((((.....))))...))))))). >AL591983.1/96176-96058 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