# Supplementary Document 1 (Seed-based IntaRNA prediction combined with GFP- # reporter system identifies mRNA targets of the small RNA Yfr1, Richter et al.) # Yfr1-target interactions predicted with IntaRNA. # Target positions are given relative to annotated start codons to simplify # accession. Note that start codon positions were corrected in the paper. ########################################################################## target : gene:som|location:complement(1065058..1066200) sRNA : Yfr1 5'- -3' UGUGUGAGGA ACACACUCCU 3'- -5' target pos: -3 -- 7 sRNA pos : 19 -- 28 energy : -13.42390 ########################################################################## target : gene:ppa(ipyR)|location:467424..468011 sRNA : Yfr1 5'- -3' GUGUGAGGA CACACUCCU 3'- -5' target pos: -36 -- -28 sRNA pos : 19 -- 27 energy : -12.58490 ########################################################################## target : gene:som|location:complement(1068274..1069419) sRNA : Yfr1 5'- -3' UGUGUGAGG ACACACUCC 3'- -5' target pos: -3 -- 6 sRNA pos : 20 -- 28 energy : -10.54150 ########################################################################## target : gene:PMM1697|location:1632707..1633726 sRNA : Yfr1 5'- A -3' GG GUG UGGGGA CC CAC ACUCCU 3'- A -5' target pos: -5 -- 7 sRNA pos : 19 -- 30 energy : -9.02716 ########################################################################## target : gene:PMED4_09051|location:772378..772536 sRNA : Yfr1 5'- A U AAU C GCCUAA A -3' AAAAAAG CU CGAUAAAU GC GA GUG UGGGGA UUUUUUC GG GCUAUUUA CG CU CAC ACUCCU 3'- GCC AAACCA -5' target pos: -20 -- 23 sRNA pos : 19 -- 57 energy : -8.22313 ########################################################################## target : gene:PMM0538|location:508827..510053 sRNA : Yfr1 5'- -3' UGAGGAGU ACUCCUCA 3'- -5' target pos: 2 -- 9 sRNA pos : 17 -- 24 energy : -8.14839 ########################################################################## target : gene:PMM0130|location:complement(127095..127739) sRNA : Yfr1 5'- -3' UGAGGGGUA ACUCCUCAU 3'- -5' target pos: 2 -- 10 sRNA pos : 16 -- 24 energy : -8.01153 ########################################################################## target : gene:PMM1021|location:966927..967682 sRNA : Yfr1 5'- A -3' UGAGGAG UA ACUCCUC AU 3'- -5' target pos: 12 -- 21 sRNA pos : 16 -- 24 energy : -7.85208 ########################################################################## target : gene:PMM1405|location:complement(1350757..1350987) sRNA : Yfr1 5'- A -3' GUGA GGGG CACU CCUC 3'- -5' target pos: 16 -- 24 sRNA pos : 18 -- 25 energy : -7.58405 ########################################################################## target : gene:argJ|location:52867..54075 sRNA : Yfr1 5'- CAUU U -3' UUGGU UGUGAG GA AACCA ACACUC CU 3'- C -5' target pos: -10 -- 8 sRNA pos : 19 -- 32 energy : -7.51481 ########################################################################## target : gene:umuC|location:895182..896474 sRNA : Yfr1 5'- -3' UGGGGAGU ACUCCUCA 3'- -5' target pos: -35 -- -28 sRNA pos : 17 -- 24 energy : -7.27687 ########################################################################## target : gene:PMM0992|location:945804..946208 sRNA : Yfr1 5'- C -3' GU GAGGGGU CA CUCCUCA 3'- -5' target pos: -42 -- -33 sRNA pos : 17 -- 25 energy : -7.16708 ########################################################################## target : gene:PMM1517|location:complement(1457896..1458795) sRNA : Yfr1 5'- U -3' GUGAGG AG CACUCC UC 3'- -5' target pos: -31 -- -23 sRNA pos : 18 -- 25 energy : -7.14093 ########################################################################## target : gene:PMM1289|location:complement(1240108..1241049) sRNA : Yfr1 5'- -3' GUGU AGGA CACA UCCU 3'- C -5' target pos: -37 -- -30 sRNA pos : 19 -- 27 energy : -6.61959 ########################################################################## target : gene:PMM0876|location:832347..832568 sRNA : Yfr1 5'- -3' UGGGGGGUA ACUCCUCAU 3'- -5' target pos: -43 -- -35 sRNA pos : 16 -- 24 energy : -6.53024 ########################################################################## target : gene:ureG|location:925858..926463 sRNA : Yfr1 5'- -3' GU AGGAGU CA UCCUCA 3'- C -5' target pos: 19 -- 26 sRNA pos : 17 -- 25 energy : -5.81786 ########################################################################## target : gene:hemD|location:113674..114483 sRNA : Yfr1 5'- -3' GU UGAGGG CA ACUCCU 3'- C -5' target pos: -1 -- 7 sRNA pos : 19 -- 27 energy : -5.73919 ########################################################################## target : gene:PMM1308|location:1261299..1262024 sRNA : Yfr1 5'- A -3' UGUGA GGA ACACU CCU 3'- -5' target pos: -1 -- 8 sRNA pos : 19 -- 26 energy : -5.26196 ########################################################################## target : gene:PMM0349|location:334132..334548 sRNA : Yfr1 5'- U -3' UGAGGA GU ACUCCU CA 3'- -5' target pos: -22 -- -14 sRNA pos : 17 -- 24 energy : -5.22271 ########################################################################## target : gene:PMM1245|location:complement(1196504..1196884) sRNA : Yfr1 5'- A -3' UGU GAGGA ACA CUCCU 3'- -5' target pos: -18 -- -10 sRNA pos : 19 -- 26 energy : -4.73251 ########################################################################## target : gene:PMED4_07891,IG0730r5-7|location:complement(680881..681087) sRNA : Yfr1 5'- -3' UGUGGGGA ACACUCCU 3'- -5' target pos: -7 -- 1 sRNA pos : 19 -- 26 energy : -4.69760 ########################################################################## target : gene:PMM1408|location:complement(1351804..1352031) sRNA : Yfr1 5'- A -3' U GAGGGGUA A CUCCUCAU 3'- -5' target pos: -32 -- -23 sRNA pos : 16 -- 24 energy : -4.66890 ########################################################################## target : gene:PMM0414|location:392828..393532 sRNA : Yfr1 5'- A -3' UGA GGGGU ACU CCUCA 3'- -5' target pos: 2 -- 10 sRNA pos : 17 -- 24 energy : -4.45692 ########################################################################## target : gene:ruvC|location:complement(995971..996444) sRNA : Yfr1 5'- -3' GUGAGGA U CACUCCU A 3'- C -5' target pos: 1 -- 8 sRNA pos : 17 -- 25 energy : -3.40981 ########################################################################## target : gene:proC|location:374950..375756 sRNA : Yfr1 5'- -3' U UGGGGAG A ACUCCUC 3'- C -5' target pos: -41 -- -34 sRNA pos : 18 -- 26 energy : -3.08663 ########################################################################## target : gene:sds|location:588631..589602 sRNA : Yfr1 5'- -3' UGU AGGAG ACA UCCUC 3'- C -5' target pos: -15 -- -8 sRNA pos : 18 -- 26 energy : -2.89983 ########################################################################## target : gene:psbC|location:1108673..1110055 sRNA : Yfr1 5'- G -3' UGAGGAG U ACUCCUC A 3'- -5' target pos: -17 -- -9 sRNA pos : 17 -- 24 energy : -2.52384 ########################################################################## target : gene:yvoC,lgt,umpA|location:complement(438912..439805) sRNA : Yfr1 5'- U -3' UGAGGG GU ACUCCU CA 3'- -5' target pos: -24 -- -16 sRNA pos : 17 -- 24 energy : -0.77395 ########################################################################## target : gene:PMM0851|location:808959..809708 sRNA : Yfr1 5'- U -3' UGAGGG GU ACUCCU CA 3'- -5' target pos: 12 -- 20 sRNA pos : 17 -- 24 energy : -0.72313 ##########################################################################