#NEXUS BEGIN DATA; dimensions ntax=33 nchar=161; format missing=? symbols="ABCDEFGHIKLMNPQRSTUVWXYZ" interleave datatype=DNA gap= -; matrix Scu_306 CAAG-TACAGCATGGCACTAGCAAC-ACAAAGG-TCATA---GGT-TCGA Roc_I1 TGGT-TAGAGCATGGCACTAGCAAC-ACCAAGG-TCATAATAGGT-TTGA Cal_I22 TGGT-TAGAGCATGGCACTAGCAAC-AGCAAGG-TCATG---GGT-TCGA Bop_I22 TGGT-TAGAGCATGGCACTAGCAAC-ACCGAGG-TCATG---GGT-TCGA Xar_I1 TGGT-TAGAGCATGGCACTAGCAAC-ATCAAGG-TCATG---GGT-TCGA Bop_I4 TGGT-TAGAGCATGGCACTAGCAA-------------TG---GGT-TTGA Gor_I8 TGGT-TAGAGCATGGCACTAGCAAT-G-CAAGG-TCATTA--GGT-TTGA Mpi_I6 TGGT-TAGAGCATGGCACTAGCAAC-GGCAATA-TCATG---GGT-TAAA Xar_I26 TGGT-TAGAGCATGGCACTAGCAAC-GCCAATG-TCATG---GGT-TTGA Roc_I8 TGGT-TAGAGCATGGCACTAGCAAT-GCCAAGG-TCAAG---GGT-TAGA Xar_I10 TGGT-TAGAGCATGGCACTAGCAAC-GGCCAGG-TCATA---GGT-TAGA Cal_I23 TGGT-TAGAGCATGGCACTAGCAAC-GGCCAGG-TCATA---GGT-TAGA Mpi_I23 -GGT-TAGAGCATGGCACTAGCAAC-ATGAAGA-CCATG---GGT-TCAA Cid_I6 TGGT-TAGAGCATGGCACTAGCAAC-AACAAGG-TCATG---GGA-TGGA Gor_I22 TGGT-TAGAGCATGGCACTAGCAAG-TCCAAAA-TGATT---GAA-CTAA Bop_I5 TGGT-TAGAGCATGGCACTAGCAAT-GTCAAGG-AAATA---GGC-TTGA Mpi_I1 TGGT-TAGAGCATGGCACTAGCAAT-GCCAAGA-TCATG---GTT-TTGA Mpi_I9 TGGT-TAGAGCATGGCACTAGCAAT-GCCAAGA-TCATG---GTT-TTGA Cal_I3 TGGT-TAGAGCATGGCACTAGCAAT-GCCAAGG-TCATA---GGT-TTGA Bop_I1 TGGT-TAGAGCATGGCACTAGCAAC-ACCAAGG-TCATG---GGT-TTGA Xar_I6 TGGT-TAGAGCATGGCACTAGCAAT-GCCAAGG-TCATT---GGT-TCAG Bop_I3 TGGT-TAGAGCATGGCACTAGCAA--GCTAAGG-TTATG---GGT-CCTG Gor_I24 TGGT-TAGAGCATGGCACTAGCAA--GCTAAGG-TTATG---GGT-CCTG Bop_I8 TGGT-TAGAGCATGGCACTAGCAAT-ACCAAGG-TCATG---GGT-TTGA Gor_I1 TGGT-TAGAGCATGGCACTAGCAAT-GCCAAGA-TAATT---GGT-TTGA Roc_I10 TGGT-TAGAGCATGGCACTAGCAAT-GCCAAGG-TCACT---GGT-TTGA Xar_I9 TGGT-TAGAGCATGGCACTAGCAAA-ACCAAGG-TTATA---AGT-TTGA Mpi_I2 TGGT-TAGAGCATGGCACTAGCAA-----ATAGTTCATG---GGT-TCAA Xar_I3 TGGT-TAGAGCATGGCACTAGCAA-----ATGGTTCATG---GGT-TCAA Bop_I9 TGGT-TAGAGCATGGCACTAGCAAT-GCAAAGG-TCATG---GGT-TCGA Bop_I11 TGGT-TAGAGCATGGCACTAGCAAT-GCAAAGG-TCATG---GGT-TCGA Cid_I7 TGGT-TAGAGCATGGCACTAGCAAC-ACCAAGG-TCTTG---GGT-TCGA Gor_I25 TGGT-TAGAGCATGGCACTAGCAAA-ACCAAGG-TC-----------CGA Scu_306 TTCCGGGGGA--ATGCATGAAC-TGTTACA----CTG--TTC-AT----- Roc_I1 TTCCTAGGGA--ATGCATGAAC-TGATGAA----TTGGGTAC-ATTGAAT Cal_I22 TTCTT--------------------------------------------- Bop_I22 TTCTTAGGGA--ATGCATGAGT-TGAACAA------ACAAATTT-ACAGC Xar_I1 TTCCTGGGGA--GTGCATGAAA-CTAAAAG----ATGTGTAG-CTTGAAT Bop_I4 TTCCCAGGCA--ATGCCTGAAT-CGAAACG----AAATGTA--------- Gor_I8 TTTCCAGGGA--ATGCATGATT-TGATAAA----ATGTGTAC-CTTGAAT Mpi_I6 TTCCCAAGGA--ATGCATGAAC-TGATAAA----ACGTAGGCTA--TATG Xar_I26 TTCCCAGGGA--ATATATGAAC-TGATAAA----ATGTA-------TACT Roc_I8 TTTACAGGAA--ATGCATGAAC-TGATAAA----CTGTA-------TACC Xar_I10 TTCCTG------------------CATAAA----ATGTATAC-------C Cal_I23 TTCCTG------------------CATAAA----ATGTATAC-------C Mpi_I23 TACCTGTGGA------AAACAC-TAATAGAT---ATGTACAC-------T Cid_I6 ATCCC--AGA------AAACAC------------ATGT---C-------C Gor_I22 T---------------AAAAA--------------TGTACGC-------C Bop_I5 TTCCCACAGGC-ATGTAAAAAC-TGATCAA----ATGTATAC-------T Mpi_I1 TACCCAGGGA--AGGCAAGAAC-TGATAAA----ATGTAAAC-------C Mpi_I9 TACCCAGGGA--AGGCAAGAAC-TGATAAA----ATGTAAAC-------C Cal_I3 TG---------------------------------TGTACAC-------C Bop_I1 TATCCAAGGA--ATGCAGGTAC-TGATGAA----ATGTATAC-------C Xar_I6 TTCA--CTG--------------TCGTT---------TAT---------- Bop_I3 TTCC--CAGAA-ATGCATAAAG-TCATT---------TTTTT-------T Gor_I24 TTCC--CAGAA-ATGCATAAAG-TCATT---------TTTTT-------T Bop_I8 TTCC--CAGGA-ACACAAAAAT-CTGAT--------GTTTT--------- Gor_I1 TTCCTGCAGGT-ACTGACAAAA-ATGTA---------TATGC-------T Roc_I10 TTCC--CAGGA-ATCCTTAAAC-TGATAAA----ACATATAC-------C Xar_I9 TTCC--CAGGA-G-GTATATACTTCAAATA----AAATGTAA-------G Mpi_I2 TTTCCAGGTA--ATGCATAAAT-TGAATGCA----TGCAA---------- Xar_I3 TTTCCAGGTA--ATGCATAAAT-TGAATGCA----TGCAA---------- Bop_I9 TTCCCAGGCA-AAGTCAGAAA--TGATCAAA----TGAAGACTATA--C- Bop_I11 TTCCCAGGCA-AAGTCAGAAA--TGATCAAA----TGAAGACTATA--C- Cid_I7 TTCCCATGGA--ATGC---AAT-TAATCAAA----TGTATGCTGT----- Gor_I25 TACCCAGGGA---TGCAATAAAT--------CAAATGTGTGCTG------ Scu_306 ----ATGT-------------GAGTCA--CGTTTG-CTAA--AAGCATCT Roc_I1 G-TAATGT-------------AAGTTG--CTTTGG-ATAA--AAGCGTCT Cal_I22 --GAATG-CAATGT-------GAGTCG---CTTTGGATAA--AAGCGTCT Bop_I22 TCGAATG-CAATGT-------AAGGCA---CTTTGGATAA--AAGCGTCT Xar_I1 G-CAATGC------AAGTCATCGG------------ATAA--AAGCGTCT Bop_I4 -------T------AGATTATAGG------------ATAA--AAGCGTCT Gor_I8 G-CAATGC-------------AAGTCG---ATTTGGATAA--AAGCGTCT Mpi_I6 TTGAATG-CAATCT-------AAGGCA---CTTTGGATAA--AAGCGTCT Xar_I26 TTGAATG-CAATGT-------AAGTTA---CTTCAGATAA--AAGCGTCT Roc_I8 TTCAATG-CAATAC-------AAGTCA---CTTCAGATAA--AAGCGTCT Xar_I10 TCAAATG-CAACGT-------AAGTTG---CTTTGGATAA--AAGCGTCT Cal_I23 TCAAATG-CAACGT-------AAGTTG---CTTTGGATAA--AAGCGTCT Mpi_I23 TTCCATG-CATATCC-----AAAGTCG---CTTTGGATAA--AAGCGTCT Cid_I6 TTGAATG-CACAGT-------AAGTTG---CTTTGGATAA--AAGCGTCT Gor_I22 TTAAATG-TAGTGT-------ACGTTT---CTTTGGATAA--AAGCGTCT Bop_I5 GTAAATG-CAACGC-------AAGTCA---CTTTGGATAA--AAGCGTCT Mpi_I1 TTGAATC-CAATGGAT----TAATTTAATCCTTTGGATAA--AAGCGTCT Mpi_I9 TTGAATC-CAATGGAT----TAATTTAATCCTTTGGATAA--AAGCGTCT Cal_I3 TTGAATG-CAATG-------TAAATCA---CTTTGGATAA--AAGCGTCT Bop_I1 TTTAATG-CAATG-------TAAGTCA---CTTTGGATAA--AAGCGTCT Xar_I6 -----------------------------------GATAA--AAGCGTCT Bop_I3 TTTTTTT-TT------------------------GGATAA--AAGCGTCT Gor_I24 TTTTTTT-T-------------------------GGATAA--AAGCGTCT Bop_I8 T---------------------------------AGATAA--AAGCGTCT Gor_I1 TTAAATG-CAGTGA-------TAAATG---AAA-GGATAA--AAGCGTCT Roc_I10 TTGAATT-CAAAGT-------ACATCG---CTTTGGATAA--AAGCGTCT Xar_I9 TTGATTT---------------------------GGATAA--AAGCGTCT Mpi_I2 -----TGT-------------AAGTCA---CTTTAGATAA--AAGCGTCT Xar_I3 -----TGT-------------AAGTCA---TTTTAGATAA--AAGCGTCT Bop_I9 ----CTGTAC-----------AAGTCA---CTTTGGATAA--AAGCGTCT Bop_I11 ----CTGTAC-----------AAGTCA---CTTTGGATAA--AAGCGTCT Cid_I7 -----TGT-------------AAGTTG---CTTTGGATAA--AAGCGTCT Gor_I25 -----T------------TGTAAGTTGC---TT-GGATAA--AAGCGTCT Scu_306 GCAA-CATACA Roc_I1 GCCA-AATGCA Cal_I22 GCCA-AATGCA Bop_I22 GCCA-AATGCA Xar_I1 GCCA-AATGCA Bop_I4 GCCA-AATGCA Gor_I8 GCCA-AATGCA Mpi_I6 GCCA-AATGC- Xar_I26 GCCA-AATGCA Roc_I8 GCCA-AATGC- Xar_I10 GCCA-AATGCA Cal_I23 GCCA-AATGCA Mpi_I23 GCCA-AATGCA Cid_I6 GCCA-AATGCA Gor_I22 GCCA-AATGCA Bop_I5 GCCA-AATGCA Mpi_I1 GCCA-AATGCA Mpi_I9 GCCA-AATGCA Cal_I3 GCCA-AATGCA Bop_I1 GCCA-AATGCA Xar_I6 GCCA-AATGCA Bop_I3 GCCA-AATGCA Gor_I24 GCCA-AATGCA Bop_I8 GCCA-AATGCA Gor_I1 GCCA-AATGCA Roc_I10 GCCA-AATGCA Xar_I9 GCCA-AATGCA Mpi_I2 GCCA-AATGCA Xar_I3 GCCA-AATGCA Bop_I9 GCCA-AATGCA Bop_I11 GCCA-AATGCA Cid_I7 GCCA-AATGCA Gor_I25 GCCA-AATGCA ; end; when blastn to zebrafish genome, these clones below have many similar sequences. clone number of hits(coverage>90%) Roc_I1 62 Bop_I22 41 Xar_I1 61 Gor_I8 93 Mpi_I6 55 Xar_I26 90 Roc_I8 50 Bop_I5 32 Mpi_I9 31 Bop_I1 81 Roc_I10 40 Bop_I9 28 Bop_I11 30 Cid_I7 25