SUPPLEMENTARY FILE S1. MS, MSHOT, SEQ-GEN, AND/OR SIMDIV COMMANDS FOR ALL SIMULATION CONDITIONS.


BASELINE - IS
./ms 80 25 -t 4.4 -I 2 40 40 -ma x 1 1 x -n 2 1 -ej 0.25 1 2 >sim1

BASELINE - HKY
./ms 80 25 -t 4.4 -I 2 40 40 -ma x 1 1 x -n 2 1 -ej 0.25 1 2 -T >sim1_T
./seq-gen -mHKY -t 0.8 -l 500 -s 0.0088 <sim1_T >sim1_HKY

IS SIMULATION, HKY FLAG IN IMa
./simdiv -osimdiv_out.txt -q14.4 -q24.4 -qa4.4 -t1.1 -m10.227272727 -m20.227272727 -L25 -n140 -n240 -uI -z500 -j3

GTR SIMULATION, HKY FLAG IN IMa
./ms 80 5 -t 4.4 -I 2 40 40 -ma x 1 1 x -n 2 1 -ej 0.25 1 2 -T >sim1_T2_1
./ms 80 5 -t 4.4 -I 2 40 40 -ma x 1 1 x -n 2 1 -ej 0.25 1 2 -T >sim1_T2_2
./ms 80 5 -t 4.4 -I 2 40 40 -ma x 1 1 x -n 2 1 -ej 0.25 1 2 -T >sim1_T2_3
./ms 80 5 -t 4.4 -I 2 40 40 -ma x 1 1 x -n 2 1 -ej 0.25 1 2 -T >sim1_T2_4
./ms 80 5 -t 4.4 -I 2 40 40 -ma x 1 1 x -n 2 1 -ej 0.25 1 2 -T >sim1_T2_5
./seq-gen -mGTR -a 0.2075 -f 0.2764 0.1478 0.2383 0.3375 -r 1.0000 3.5810 2.1330 2.1330 3.5810 1.0000 -l 500 -s 0.0088 <sim1_T2_1 >sim1_GTR_1
./seq-gen -mGTR -a 0.9508 -i 0.5379 -f 0.3393 0.1573 0.1638 0.3395 -r 1.0000 1.4364 0.5056 0.5056 1.4364 1.0000 -l 500 -s 0.0088 <sim1_T2_2 >sim1_GTR_2
./seq-gen -mGTR -f 0.3082 0.1528 0.2046 0.3344 -r 1.0000 6.8274 4.4817 4.4817 6.8274 1.0000 -l 500 -s 0.0088 <sim1_T2_3 >sim1_GTR_3
./seq-gen -mGTR -a 0.6009 -i 0.5901 -f 0.3787 0.1150 0.1670 0.3393 -r 1.0000 2.7789 1.0000 1.0000 4.0343 1.0000 -l 500 -s 0.0088 <sim1_T2_4 >sim1_GTR_4
./seq-gen -mGTR -a 0.1845 -f 0.3595 0.2067 0.1821 0.2517 -r 1.0000 2.6161 0.2750 0.2750 2.6161 1.0000 -l 500 -s 0.0088 <sim1_T2_5 >sim1_GTR_5
**NOTE: ONE LOCUS FROM EACH OF THESE FIVE DIFFERENT SIMULATION CONDITIONS WAS INCLUDED IN EACH OF FIVE DATASETS FOR IMa ANALYSIS

RECOMBINATION, rho = 0.005
./ms 80 25 -t 4.4 -r 2.5 500 -I 2 40 40 -ma x 1 1 x -n 2 1 -ej 0.25 1 2 -T >simrev1
./seq-gen -mHKY -t 0.8 -l 500 -p 499 -s 0.0088 <simrev1 >sg_simrev1

RECOMBINATION, rho = 0.01
./ms 80 25 -t 4.4 -r 5 500 -I 2 40 40 -ma x 1 1 x -n 2 1 -ej 0.25 1 2 -T >sim2
./seq-gen -mHKY -t 0.8 -l 500 -p 499 -s 0.0088 <sim2 >sg_sim2

RECOMBINATION, rho = 0.02
./ms 80 25 -t 4.4 -r 10 500 -I 2 40 40 -ma x 1 1 x -n 2 1 -ej 0.25 1 2 -T >sim3
./seq-gen -mHKY -t 0.8 -l 500 -p 499 -s 0.0088 <sim3 >sg_sim3

RECOMBINATION, rho = 0.03
./ms 80 25 -t 4.4 -r 15 500 -I 2 40 40 -ma x 1 1 x -n 2 1 -ej 0.25 1 2 -T >sim4
./seq-gen -mHKY -t 0.8 -l 500 -p 499 -s 0.0088 <sim4 >sg_sim4

RECOMBINATION, rho = 0.04
./ms 80 25 -t 4.4 -r 20 500 -I 2 40 40 -ma x 1 1 x -n 2 1 -ej 0.25 1 2 -T >sim5
./seq-gen -mHKY -t 0.8 -l 500 -p 499 -s 0.0088 <sim5 >sg_sim5

RECOMBINATION, rho = 0.05
./ms 80 25 -t 4.4 -r 25 500 -I 2 40 40 -ma x 1 1 x -n 2 1 -ej 0.25 1 2 -T >sim6
./seq-gen -mHKY -t 0.8 -l 500 -p 499 -s 0.0088 <sim6 >sg_sim6

THIRD SPECIES GENE FLOW, Nefm = 0.1
./ms 80 25 -t 4.4 -I 3 40 40 0 -ma x 1 0.4 1 x 0 0.4 0 x -n 2 1 -n 3 1 -ej 0.25 1 2 -ej 1.25 3 2 >sim7

THIRD SPECIES GENE FLOW, Nefm = 0.2
./ms 80 25 -t 4.4 -I 3 40 40 0 -ma x 1 0.8 1 x 0 0.8 0 x -n 2 1 -n 3 1 -ej 0.25 1 2 -ej 1.25 3 2 >sim8

THIRD SPECIES GENE FLOW, Nefm = 0.3
./ms 80 25 -t 4.4 -I 3 40 40 0 -ma x 1 1.2 1 x 0 1.2 0 x -n 2 1 -n 3 1 -ej 0.25 1 2 -ej 1.25 3 2 >sim9

THIRD SPECIES GENE FLOW, Nefm = 0.5
./ms 80 25 -t 4.4 -I 3 40 40 0 -ma x 1 2 1 x 0 2 0 x -n 2 1 -n 3 1 -ej 0.25 1 2 -ej 1.25 3 2 >sim10

THIRD SPECIES GENE FLOW, Nefm = 1.0
./ms 80 25 -t 4.4 -I 3 40 40 0 -ma x 1 4 1 x 0 4 0 x -n 2 1 -n 3 1 -ej 0.25 1 2 -ej 1.25 3 2 >sim11

POPULATION STRUCTURE, INTRASPECIFIC Nefm = 2.0
./ms 80 25 -t 1.1 -I 8 10 10 10 10 10 10 10 10 -ma x 2.666667 2.666667 2.666667 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 2.666667 x 2.666667 2.666667 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 2.666667 2.666667 x 2.666667 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 2.666667 2.666667 2.666667 x 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 x 2.666667 2.666667 2.666667 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 2.666667 x 2.666667 2.666667 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 2.666667 2.666667 x 2.666667 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 2.666667 2.666667 2.666667 x -n 2 1 -n 3 1 -n 4 1 -n 5 1 -n 6 1 -n 7 1 -n 8 1 -ej 0.8 2 1 -ej 0.8 3 1 -ej 0.8 4 1 -ej 0.8 6 5 -ej 0.8 7 5 -ej 0.8 8 5 -en 0.800001 1 4 -en 0.800001 5 4 -ej 1 1 5 >sim12

POPULATION STRUCTURE, INTRASPECIFIC Nefm = 1.0
./ms 80 25 -t 1.1 -I 8 10 10 10 10 10 10 10 10 -ma x 1.333333 1.333333 1.333333 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 1.333333 x 1.333333 1.333333 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 1.333333 1.333333 x 1.333333 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 1.333333 1.333333 1.333333 x 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 x 1.333333 1.333333 1.333333 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 1.333333 x 1.333333 1.333333 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 1.333333 1.333333 x 1.333333 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 1.333333 1.333333 1.333333 x -n 2 1 -n 3 1 -n 4 1 -n 5 1 -n 6 1 -n 7 1 -n 8 1 -ej 0.8 2 1 -ej 0.8 3 1 -ej 0.8 4 1 -ej 0.8 6 5 -ej 0.8 7 5 -ej 0.8 8 5 -en 0.800001 1 4 -en 0.800001 5 4 -ej 1 1 5 >sim13

POPULATION STRUCTURE, INTRASPECIFIC Nefm = 0.5
./ms 80 25 -t 1.1 -I 8 10 10 10 10 10 10 10 10 -ma x 0.666667 0.666667 0.666667 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 0.666667 x 0.666667 0.666667 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 0.666667 0.666667 x 0.666667 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 0.666667 0.666667 0.666667 x 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 x 0.666667 0.666667 0.666667 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 0.666667 x 0.666667 0.666667 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 0.666667 0.666667 x 0.666667 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 0.666667 0.666667 0.666667 x -n 2 1 -n 3 1 -n 4 1 -n 5 1 -n 6 1 -n 7 1 -n 8 1 -ej 0.8 2 1 -ej 0.8 3 1 -ej 0.8 4 1 -ej 0.8 6 5 -ej 0.8 7 5 -ej 0.8 8 5 -en 0.800001 1 4 -en 0.800001 5 4 -ej 1 1 5 >sim14

POPULATION STRUCTURE, INTRASPECIFIC Nefm = 0.2
./ms 80 25 -t 1.1 -I 8 10 10 10 10 10 10 10 10 -ma x 0.266667 0.266667 0.266667 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 0.266667 x 0.266667 0.266667 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 0.266667 0.266667 x 0.266667 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 0.266667 0.266667 0.266667 x 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 x 0.266667 0.266667 0.266667 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 0.266667 x 0.266667 0.266667 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 0.266667 0.266667 x 0.266667 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 0.266667 0.266667 0.266667 x -n 2 1 -n 3 1 -n 4 1 -n 5 1 -n 6 1 -n 7 1 -n 8 1 -ej 0.8 2 1 -ej 0.8 3 1 -ej 0.8 4 1 -ej 0.8 6 5 -ej 0.8 7 5 -ej 0.8 8 5 -en 0.800001 1 4 -en 0.800001 5 4 -ej 1 1 5 >sim15

POPULATION STRUCTURE, INTRASPECIFIC Nefm = 0.1
./ms 80 25 -t 1.1 -I 8 10 10 10 10 10 10 10 10 -ma x 0.133333 0.133333 0.133333 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 0.133333 x 0.133333 0.133333 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 0.133333 0.133333 x 0.133333 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 0.133333 0.133333 0.133333 x 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 x 0.133333 0.133333 0.133333 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 0.133333 x 0.133333 0.133333 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 0.133333 0.133333 x 0.133333 0.0625 0.0625 0.0625 0.0625 0.133333 0.133333 0.133333 x -n 2 1 -n 3 1 -n 4 1 -n 5 1 -n 6 1 -n 7 1 -n 8 1 -ej 0.8 2 1 -ej 0.8 3 1 -ej 0.8 4 1 -ej 0.8 6 5 -ej 0.8 7 5 -ej 0.8 8 5 -en 0.800001 1 4 -en 0.800001 5 4 -ej 1 1 5 >sim16

INTERLOCUS LINKAGE, r = 0.1
./mshot 80 5 -t 22 -r 0.001 2500 -v 4 500 501 1e12 1000 1001 1e12 1500 1501 1e12 2000 2001 1e12 -I 2 40 40 -ma x 1 1 x -n 2 1 -ej 0.25 1 2 >sim17

INTERLOCUS LINKAGE, r = 0.05
./mshot 80 5 -t 22 -r 0.001 2500 -v 4 500 501 5e11 1000 1001 5e11 1500 1501 5e11 2000 2001 5e11 -I 2 40 40 -ma x 1 1 x -n 2 1 -ej 0.25 1 2 >sim18

INTERLOCUS LINKAGE, r = 0.02
./mshot 80 5 -t 22 -r 0.001 2500 -v 4 500 501 2e11 1000 1001 2e11 1500 1501 2e11 2000 2001 2e11 -I 2 40 40 -ma x 1 1 x -n 2 1 -ej 0.25 1 2 >sim19

INTERLOCUS LINKAGE, r = 0.01
./mshot 80 5 -t 22 -r 0.001 2500 -v 4 500 501 1e11 1000 1001 1e11 1500 1501 1e11 2000 2001 1e11 -I 2 40 40 -ma x 1 1 x -n 2 1 -ej 0.25 1 2 >sim20

INTERLOCUS LINKAGE, r = 0.005
./mshot 80 5 -t 22 -r 0.001 2500 -v 4 500 501 5e10 1000 1001 5e10 1500 1501 5e10 2000 2001 5e10 -I 2 40 40 -ma x 1 1 x -n 2 1 -ej 0.25 1 2 >sim21

SELECTIVE SWEEP, EARLY WEAK
./ms 80 20 -t 4.4 -I 2 40 40 -ma x 1 1 x -n 2 1 -ej 0.25 1 2 >sim22_neutral
./ms 80 5 -t 4.4 -I 2 40 40 -ma x 0.2 0.2 x -n 2 1 -en 0.249974 1 0.001 -en 0.249999 1 1 -ema 0.249999 2 x 1 1 x -ej 0.25 1 2 >sim22_sweep

SELECTIVE SWEEP, EARLY STRONG
./ms 80 20 -t 4.4 -I 2 40 40 -ma x 1 1 x -n 2 1 -ej 0.25 1 2 >sim23_neutral
./ms 80 5 -t 4.4 -I 2 40 40 -ma x 0.04 0.04 x -n 2 1 -en 0.249974 1 0.0001 -en 0.249999 1 1 -ema 0.249999 2 x 1 1 x -ej 0.25 1 2 >sim23_sweep

SELECTIVE SWEEP, LATE WEAK
./ms 80 20 -t 4.4 -I 2 40 40 -ma x 1 1 x -n 2 1 -ej 0.25 1 2 >sim24_neutral
./ms 80 5 -t 4.4 -I 2 40 40 -ma x 0.2 0.2 x -n 2 1 -en 0.002475 1 0.001 -en 0.0025 1 1 -ema 0.0025 2 x 1 1 x -ej 0.25 1 2 >sim24_sweep

SELECTIVE SWEEP, LATE STRONG
./ms 80 20 -t 4.4 -I 2 40 40 -ma x 1 1 x -n 2 1 -ej 0.25 1 2 >sim25_neutral
./ms 80 5 -t 4.4 -I 2 40 40 -ma x 0.04 0.04 x -n 2 1 -en 0.002475 1 0.0001 -en 0.0025 1 1 -ema 0.0025 2 x 1 1 x -ej 0.25 1 2 >sim25_sweep

COMPLEX DEMOGRAPHIC SCENARIO, EXPONENTIAL GROWTH
./ms 80 25 -t 8.8 -I 2 40 40 -ma x 1.6 0.4 x -n 2 0.2 -g 1 11.09035489 -g 2 -1.785148411 -ej 0.125 1 2 -en 0.125000001 2 0.5 >sim1_C

COMPLEX DEMOGRAPHIC SCENARIO, INSTANTANEOUS POPULATION SIZE CHANGE AT TIME OF SPLITTING
./ms 80 25 -t 8.8 -I 2 40 40 -ma x 1.6 0.4 x -n 2 0.2 -en 0.125000001 2 0.5 -ej 0.125 1 2 >sim1_C-I