Additional file 3 - Sequences referenced in the text File containing all sequences referenced in the paper including: the six Anopheles Y genes, intergenic Y sequences tested for male-specific amplification, An. stephensi Y sequences, An. gambiae Y sequences, the autosomal homolog of sYG1, and the resived An. stephensi scaffold linking the autosomal homolog of sYG3 to a long scaffold. An. gambiae Y genes >gYG1 (the sequence shown below starts at exon 2; exon 1 is shown in the gYG1-transcript; the length of the intron 1, which separates exons 1 and 2, is unknown) tctAGATATCAGCGTGGAGGACATACAATTGATCAAGATGGGCCATCACACAAACGCCTAAAGGAAGATAAAAGGTACGCGAAGTGTTTTAGTGAGTTCGCATTGATCGTAAGCTAATCTGTAATACAGATGGGTTACGAACAATGAATCCCACACCACCCACGACATGGACGGTTGGTATGGAAGTCGTGGGTGCCTTTTGAAGGTTTCACTCCGCGATAACaaaaaaaaGACGAGAGCCACGATGAAGCTACTAAAAAGAATTAACCTTTTATTTCTCAACATATCAAAACTGTGCGATCAATTTGCCTACATGTTAAAAATTATCTAATTAATCTATATACGTTCTTTAGTAATGCGTACATGTGCTTAAGCGTATCTTTAGGTAAGAACTGTGATGTAGAATATCCTTTTAAATGTTTTAAGAGATTGTTAAACTGTTGATAACGATATCGTTTCACTTACTAACTGTAGCTGTTCTATTTTTGGTAGACGCTTTTTTGGTCTAGACCAGCGTAAACGGTTTATGGTGCGCATTGGTGAAAACGAAATTGCCATGAATGAATTCGTCAAACATCGAGAAAGGATCATAGAGGCAGCGACAATACTCCAATACACGGAGCGCCCCTACCGCAGGATGCAACTGCAGCTGCATAATCATCACGAATCATCATGTTTGCAAGCGGTGACGTGCGCATCGCTCGCGCCGCGCTGGCTGAAGCAGTTGGTCGAATTGAACTTGGGCCTGGGGATGAACTAGCCGACCTACGCCAAACTGATATCGGTTGCGATCGCAAAGATGGACGTGCTGAAGCTCCTTCACTGTACCGTACCGTACTGGAAACTAAACACGAGCGCACGTACCCGATGGACGAGCTGAAGGTGGTGAACCGCTCCCTGCACCTGCTGGTGCTGCTATACGTTTAGCTCGGCAAGATTCATTGCGCCAAACGGCGTTCACTGAAAGTTGTGTAGTTGCTGGAGGTGGACACCATCATCGGGAAGCAGTACGCACAGTACGGCGGTGAGGAACCGTACTGGCAGCTGAAGCAGCTCGAGCAGCTGATCATAAGCCACGAAATAGAGGTCGAGTTGAAGCCAACGTTCACTAAAACACCTACAGTTGAGCAAGGTACTGCACAAGGTACTGttttttttCCGGCAGTTGAGTCAGCAGCAAAGAAGCTGCGCCTGCAATTTTATACCGTGTTGGACGTACTGCAGGCCATCGGGCAATCGTGTGTCCTGCTGGAGGACTTGTACATATTTAACGTGGCAGAGTGCAGCGGCAACCCATTGCGCTTGTAAGCGAACCCGCCCGGCTTGCGCCAGTTGAAAATTTTGTACAGCACTACGCCCCTTTCGTTCGCGAACATTAAGCTGCCGCGGCTGGAAAACTTTACGGTAGGTTCGGTGGCCGTCAATTGGCCGGCCTTCGCAGACCTGCATGCTCTCAAATACCTCAAGATCGAGATGCCGTGCAGAACACCAAGGTGGGTGGCGGTGAACAGTATTTGTGCCGCTATCAAACGAAACCGGAGCCAGCTACGCGTCCTGCGCTGCGTGATGTTCTCCGCACGCTCCATCATTGAAAATCTGTTTGCCATGCTGCCCTGCTTGTCCGTCCTGCGCACGCTTGTGCTGCAAAAGGTGGAGCGGTTGAACGATATTGTAGCACCCATGCTATCGCATACCCGCTTAACGCATGAATGCTACCAGCCGGGTAAAACACTGCACATGCGTCCCGTGCTTTACTGCACATGCGGTTCCGTGTCTTACCATGGTGGTCGCACCACCCAAATTGGAAATGAACAAGGAAGACCTCCAAAGTAGGTCATAAATAAGGAAGAACAATTTGCATAAGAAACGCATTAGACCTTAAGCAAAACATTGTAAATTGTAAAAGCCCACCAGAAAGGTTACCCTCTTGACAAACATTCGTTCGTGAAAGCGCGTCAAGTTGCGAAAGGGAAAGTTACGAGCGTAAACATCTGGTGGACAAATGTGCGCTAACTTTCTTAAAATGGTAGTACAAATAAAACTACCGGAACGGACAGAAGGTCAGTTCTGATCGGATACAGGATCGTAAATCTTGTCCCTTCAACTCATTTATGAGCAGTATTGTCCCCCTACCCAAGGTACGGATTTACTGTCTCCAAAAACGCACCGTGTATCAGTTCCATCAGGTCAGCAAAACTCCAATCCAAAAAGTTAACGTATGCTAGGTGGCATAACGTCGAAAGTTCCCACGGTTTGGCATAACTGGAAGTCCGCTTTTCACCTGACGCATCACACCGATAGCAATTGTTACGCAAGGCGAACTCAGTGCTAACTCAACTCTGCGACCAGGCCTATGACGCGAACCCGTATCGAACCAACAACATTTTTCTTCACCACATGGTGACCGTAACAGTATAAACAAGTGCGCGTAAGCAATTGTCATATCGACTCAAATAAGTGCAACAAAAACAAAAAAGTTTCCTATTCGAAGCGCTTATGGGCCTGACGCGGTCTATCGCGATGTTCATGAATGCTCGCTGTCTCATCAAAGTTCCGGGATCCAGTTGAATGCGGTAGATCCGACAGGCTTGGGTGGCATCCGCACACGTTTTCGGCGACCGCGGTATTCTGAAGCGCGGACGGACTTTGTTGATAATCGAAATATATTTGCGGTGCCTGAAACGATCACAAAACTCATGGATTAATATAAATGTACCACGATGTTTTGAAAGCAATATGATTCAACCACTCGTTGGCGGGTTGCGTGCACTGGCGTTGATCAAACGCCCGTCCACTACTAGTAGCCTTCGGCCGTCAAGGACGGTGTGAAGCGAACTGTCCTTCTCCGAATCGCTACGCCTGAAATGAACGATCTCAGTTTGACGCATTGAACTACAGCTATCACGTGAGTATGCTCCCGGTTCGATATGCTTAACCAAAGTGTTTTCTGCATCCGCTAGCTCCTGTTGGGTCAACATTTCATCTTCTCTAGACTGCCTCTCTTTAGACGGTCTCTCGGCTCTGATGGTTTCTAGTGCAAACTGCTTCTTCAACGATGTATTTTGTAGCTCTTCACTTACTCCATCACACGAGCGCACATGCAAATTCAAGTATGTCGCACCTGGGACGTTCTTGGCGATTGGACAGAAAccgtatataacccatcccagctgagttttggaagcaacgggctcgttataccttctttcAACGCTATTGAGTGGTCTGGTCACGTGACAATTATCAATTCCTATTCTGTTCTATTTCGATTCTATTTTTGCATTAAGTCATACAAGAAATGTTTATAAAATATGTTTGGTTCAGCTTGTAAGAGTAGTGAGATTTGTTTATTTAAAACCCATATCGGACATACAAGACAAAATAAATTAAGTAAAATGAA 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>gYG3 CCAATCTTGGCAGCAGGATCTCGCATTTCTTTCAGACATAACAGGACATTTAAACGATCTAAATTTGAAAATGCAAGGCAAAAATCAATTAATAACCAACATGTACGACTCACTCAAAGCATTTGTAGTGAAGCTCAAATTATTTGAGTCTCACATCCTTAAAGATGAGCTGATGCACTTTCCAACCTGCGCTAAAATTAAGAACCAGACTGAAGGATTACATTTTGACAAGTATGCATCGAAAATAGTTGAACTAAGAAAAGAATTCGAAAGCAGATTTGTTGATGTAAAAGACTTGGAGCACATATTTTCTTTTATAGTTGGGCCATTCTCGGTGGAGGTCGAGAAGCTTCCACATGATATTCAATTAGAAGTAATTGACTTTCAGAATGATTCTGAATTAAAAGAGAAATATAGAGAGGTCGGAAGCCCAGCAATATACCGTCATCTAAATGACAAATTCCCTATCATGAAAAATAGGATAGCAGAAATTTTGAGCTACTTCGGAAGCACATACCTTTGTGAAACGTTGTTTTCACATATGAAAGCAAACAAAACAGCTCACAGAACCAGACTGACCGATCGAAACCTGAGCAATGTTTTAAAAATTGTATGTTCACAAACAATACAACCAAATATCGAAGAAATTACAAACAACAAACGGTGCCAGGTTTCAAGCGAAAAATACAAAAATTAAATTTGTGTAAAAAACCCTATTTTATTTTTTTTAAATAAATGAACTCAATGAATTATATCGAATCTAACAAAAGTATTGTCTTTTTTCATGGGTCATGTTTTCAATTTTCAACTTTGCGGCCCGCAGTTCATTGAAAATTTGTATTTGCGGCCCACTATCAAAATGAG >gYG1-transcript TCTAATACGACTCACTATAGGGCAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGGGGACCTACGGCATGTGGATGTGGACTCGTGTAGAAACAAACATTGTAAATCTGTGTCGCGCAATAGAGTTGTGAAAAATCACTAAATTTGTACAAAGCATATCGTTTATATTGATCAAAGTACATCAAACGGCTTTCTTAAAAGTGTGCATCATGTCAACCTGCGCTGCATCCTTTTGCCAACACAGCCGCTACATGGTGAAAAAAGTGGGTCTGGATGTAATTTTTCATAAATTTCCAACAGACCCAACGCTGTTACGCAAATGGTTAGAATTTTATCAACGAGAGGAAGCTTGGGTGCCATCGATAAGCAGCATTTTATGTTCAGCACATTTCAACAAAACTGACTACCAGTTAATCAATTCGCCTTCGAAGGCTTATAGAAAAATTTTAAAATAGCTTAAGCCGTCTGATATCAGCGTGGAGGACATACAATTGATCAAGATGGGCCATCACACAAACGCCTAAAGGAAGATAAAAGGTACGCGAAGTGTTTTAGTGAGTTCGCATTGATCGTAAGCTAATCTGTAATACAGATGGGTTACGAACAATGAATCCCACACCACCCACGACATGGACGGTTGGTATGGAAGTCGTGGGTGCCATTTGAAGGTTTCACTCCGCGATAACAAAAAAAAGACGAGAGCCACGATGAAGCTACTAAAAAGAATTAACCTTTTATTTCTCAACATATCAAAACTGTGCGATCAATTTGCCTACATGTTGAAAATTATCTAATTAATCTATATACGTTCTTTAGTAATGCGTACATGTGCTTAAGCGTATCTTTAGACGCTTTTTTGGTCTAGACCAGCGTAAACGGTTTATGGTGCGCATTGGTGAAAACGAAATTGCCATGAATGAATTCGTCAAACATCGAGAAAGGATCATAGAGGCAGCGTCAATACTCCAATACACGGAGCGCCCCTACCGCAGGATGCAACTGCAGCTGCATAATCATCACGAATCATCATGTTTGCAAGCGGTGACGTGCGCATCGCTCGCGCCGCGCTGGCTGAAGCAGTTGGTCGAATTGAACTTGGGCCTGGGGATGAACTAGCCGACCTACGCCAAACTGATATCGATTGCGATCGCAAAGATGGACGTGCTGAAGCTCCTTCACTGTACCGTACCGTACTGGAAACTAAACACGAGCGCACGTACCCGATGGACGAGCTGAAGGTGGTGAACCGCTCCCTGCACCTGCTGGTGCTGCTATACGTTTAGCTCGGCAAGATTCATTGCACCAAACGGCGTTCACTGAAAGTTGTGTAGTTGCTGGAGGTGGACACCATCATCGGGAAGCAGTACGCACAGTACGGCGGTGAGGAACCGTACTGGCAGCTGAAGCAGCTCGAGCAGCTGATCATAAGCCACGAAATAGAGGTCGAGTTGAAGCCAACGTTCACTAAAACACCTACAGTTGAGCAGGGTACTGCACAAGGTACTGTTTTTTTCCGGCAGTTGAGTCAGCAGCAAAGAAGCTGCGCCTGCAATTTTATACCGTGTTGGACGTACTGCAGGCCATCGGGCAATCGTGTGTCCTGCTGGAGGACTTGTACATATTTAACGTGGCAGAGTGCAGCGGCAACCCATTGCGCTTGTAAGCGAACCCGCCCGGCTTGCGCCAGTTGAAAATTTTGTACAGCACTACGCCCCTTTCGTTCGCGAACATTAAGCTGCCGCGGCTGGAAAACTTTACGGTAGGTTCGGTGGCCGTCAATTGGCCGGCCTTCGCAGACCTGCATGCTCTCAAATACCTCAAGATCGAGATGCCGTGCAGAACACCAAGGTGGGTGGCGGTGAACAGTATTTGTGCCGCTATCAAACGAAACCGGAGCCAGCTACGCGTCCTGCGCTGCGTAATGTTCTCCGCACGCTCCATCATTGAAAATCTGTTTGCCATGCTGCCCTGCTTGTCCGTCCTGCGCACGCTTGTGCTGCAAAAGGTGGAGCGGTTGAACGATATTGTAGCACCCATGCTATCGCATACCCGCTTAACGCATGAATGCTACCAGCCGGGTAAAACACTGCACATGCGTCCCGTGCTTTACTGCACATGCGGTTCCGTGTCTTACCATGGTGGTCGCACCACCCAAATTGGAAATGAACAAGGAAGACCTCCAAAGTAAGTCATAAATAAGGAAGAACAATTGGCATAAAGAAACGCATTAGACCTTAAGCAAAACATGGTAAATTGTAAAAGCCCACCAGAAAGGTTACCCTCCTGACAAACATTCGTTCGTGAAAGCCGCGGTCAAGTGCCGAAAGGGAAAGTTACGAGCCGAAACATCTGGTGGACAAATGTGCGGCTAACTTTCTTAAAATGGTAGTACAAATAAAACTACCGGAACGGACAGAAGGTCAGTTCTGATCGGATACAGGATCGTAAATCTTGTCCCTTCAACTCATTTATGAGCAGAATTGTCCCCCTACCCAAGGTACGGATTTACTGTCTCCAAAAACGCACCGTGTATCAGTTCCATCAGGTCAGCAAAACTCCAATCCAAAAAGTTAACGTATGCTAGGTGGCATAACGTCGAAAGCTCCCACGGTTTGGCATAACTGGAAGTCCGCTTTTCACCTGACGCATCACACCGATAGCAATTGTTACGCAAGGCGAACTCAGTGCTAACTCAACTCTGCGACCAGGCCTATGACGCGAACCCGTATCGAACCAACAACATTTTTCTTCACCACATGGTGACCGTAACAGTATAAACAAGTGCGCGTAAGCAATTGTCATATCGACTCAAATAAGTGCAACAAAAACAAAAAAGTTTCCTATTCGAAGCGCTTATGGGCCTGACGCGGTCTATCGCGATGTTCATGAATGCTCGCTGTCTCATCAAAGTTCCGGGATCCAGTTGAATGCGGTAGATCCGACAGGCTTGGGTGGCATCCGCACACGTTTTCGGCGACCGCGGTATTCTGAAGCGCGGACGGACTTTGTTGATAATCGAAATATATTTGCGGTGCCTGAAACGATCACAAAACTCATGGATTAATATAAATGTACCACGATGTTTTGAAAGCAATATGATTCAACCACTCGTTGGCGGGTTGCGTGCACTGGCGTTGATCAAACGCCCGTCCACTACTAGTAGCCTTCGGCCGTCAAGGACGGTGTGAAGCGAACTGTCCTTCTCCGAATCGCTACGCCTGAAATGAACGATCTCAGTTTGACGCATTGAACTACAGCTATCACGTGAGTATGCTCCCGGTTCGATATGCTTAACCAAAGTGTTTTCTGCATCCGCTAGCTCCTGTTGGGTCAACATTTCATCTTCTCTAGACTGCCTCTCTTTAGACGGTCTCTCGGCTCTGATGGTTTCTAGTGCAAACTGCTTCTTCAACGATGTATTTTGTAGCTCTTCACTTACTCCATCACACGAGCGCACATGCAAATTCAAGTATGTCGCACCTGGGACGTTCTTGGCGATTGGACAGAAACCGTATATAACCCATCCCAGCTGAGTTTTGGAAGCAACGGGCTCGTTATACCTTCTTTCAACGCTATTGAGTGGTCTGGTCACGTGACAATTATCAATTCCTATTCTGTTCTATTTCGATTCTATTTTTGCATTAAGTCATACACGAAATGTTTATAAAATATGTTTGGTTCAGCTTGTAAGAGTAGTGAGATTCGTTTATTTAAAACCCATATCGGACATACAAGACAAAATAAATTAAGTAAAATGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA >gYG2-transcript ACAAGCACAGCTCAACAACGTTTTGTTAGAGAAGAAATCATCCAGCCATGTTTTCGCAATCAGCCTGTGTACAAGTTCACATAAAAACAAATGAGCTGCACACCGCTGTTGTCGAGAAAGTTATTCTTGCCATGATATCGTCCTGCAGAACGGACAACAATCAGGCCCTCCATAAGCTGCTTCACGTTGCGGTCTGCGAAGAGAATTATAATGTTTGACACACCACCGTCACGAACATAGGGTTCTGTATCACTCGCCGGTATAGTGTAAATTAGATATAGGCACCGCAAATATATTTCGATTATCAACAAAGTCCGTCCGCGCTTCAGAATACCGCGGTCACCGAAAACGTGTGCGGATGCCACCCAAGCCTGTCGGATCTACCGCATTCAACTGGATCCCGGAACTTTGATGAGGCAGCGAGCATTCATGAACATCGCGATAGACCGCGTCAGGCCCATAAGCGCTTCGAATAGGAAACTTTTTTGTTTTTGTTGCACTTATTTGAGTCGATATGACAATTGCTTACGCGCACTTGTTTATACTGTTACGGTCACCATGTGGTGAAGAAAAGTGTTGTTGGTTCGATACGGGTTCGCGTCATAGGCCTGGTCGCAGAGTTGAGTTAGCACTGAGTTCGCCTTGCGTAACAATTGCTGTCGGTGTGATGCGTCAGGTGAAAAGCGGACTTCCAGTTATGCCAAACCGTGGGAACTTTCGACGTTATGCCACCTAGCATACGTTAACTTTTTGGATTGGAGTTTTGCTGACCTGATGGAACTGATACACGGTGCGTTTTTGGAGACAGTAAATCCGTACCTTGGGTAGGGGGACAATACTGCTCATAAATGAGTTGAAGGGACAAGATTTACGATCCTGTATCCGATCAGAACTGACCTTCTGTCCGTTCCGGTAGTTTTATTTGTACTACCATTTTAAGAAAGTTAGCGCACATTTGTCCACCAGATGTTTACGCTCGTAACTTTCCCTTTCGCAACTTGACGCGCTTTCACGAACGAATGTTTGTCAAGAGGGTAACCTTTCTGGTGGGCTTTTACAATTTACAATGTTTTGCTTAAGGTCTAATGCGTTTCTTATGCAAATTGTTCTTCCTTATTTATGACCTACTTTGGAGGTCTTCCTTGTTCATTTCCAATTTGGGTGGTGCGACCACCATGGTAAGACACGGAACCGCATGTGCAGTAAAGCACGGGACGCATGTGCAGTGTTTTACCCGGCTGGTAGCATTCATGCGTTAAGCGGGTATGCGATAGCATGGGTGCTACAATATCGTTCAACCGCTCCACCTTTTGCAGCACAAGCGTGCGCAGGACGGACAAGCAGGGCAGCATGGCAAACAGATTTTCAATGATGGAGCGTGCGGAGAACATCACGCAGCGCAGGAAGCGTAGCTGGCTCCGGTTTCGTTTGATAGCGGCACAAATACTGTTCACCGCCACCCACCTTGGTGTTCTGCACGGCATCTCGATCTTGAGGTATTTGAGAGCATGCAGGTCTGCGAAAGGCCGGCCAATTGACGGCCACCGAACCTACCGTAAAGTTTTCAACTGGCGCAAGCCGGGCGGGTTCGCTTACAAGCGCAATGGGTTGCCGCTGCACTCTGCCACGTTAAATATGTACAAGTCCTCCAGCAGGACACACGATTGCCCGATGGCCTGCAGTACGTCCAACACGGTATAAAATTGCAGGCGCAGCTTCTTTGCTGCTGACTCAACTGCCGGGAAAAAAACAGTACCTTGTGCAGTACCTTACTCAACTGTAGGTGTTTTAGTGAACGTTGGCTTCAACTCGACCTCTATTTCGTGGCTTATGATCAGCTGCTCGAGCTGCTTCAGCTGCCAGTACGGTTCCTCACCGCCGTACTGTGCGTACTGCTTCCCGATGATGGTGTCCACCTCCAGCAACTACACAACTTTCAGTGAACGCCGTTTGGCGCAATGAATCTTGCCGAGCTAAACGTATAGCAGCACCAGCAGGTGCAGGGAGCGGTTCACCACCTTCAGCTCGTCCATCGGGTACGTGCGCTCGTGGTTAGTTTCCAGTACGGTACGGTACAGTGAAGGAGCTTCAGCACGTCCATCTTTGCGATCGCAACCGATATCAGTTTGGCGTAGGTCGGCTAGTTCATCCCCAGGCCCAAGTTCAATTCGACCAACTGCTTCAGCCAGCGCGGCGCGAGCGATGCGCACGTCACCGCTTGCAAACATGATGATTCGTGATGATTATGCAGCTGCAGTTGCATCCTGCGGTAGGAGCGCTCCGTGTATTGGAGTATTGACGCTGCCTCTATGATCCTTTCTCGATGTTTGACGAA An. stephensi Y genes >sYG1 (exon 1 and part of the intron 1 are on a different contig and thus not shown here; exon 2 starts at position 343) AAACCCTTCGAGTGTTATGGGAAGACCACCTAAACATGGTAATATCCCTAAGATCTGGCGGTTGGCTGGGTTTCTTTCAGGGTAACCAGGAGAACAAAAGTGTCAGTAGATTGTCAGTAGAGGTAAAGCTGCGAGAGAACTCTGGTGCAGGAACAACATCTAAAGGATGTCAAAACCAAGGAAAGTTCAGAGATGGAGGTGATTTTCTATACAAAAGACATTGAGGGATAGCTTGAACGTGTGGGATGCAGTTGTAGTTGTTTGATGTTAAACTACTTCCTAGTGACAAAAGGTAAAGACATTCGACAATGGTAGCATTCTCATCCAAATTTCTTTTTTCCAGTTATTTATTTCAGAACGCTAGACACACACACACACACACACACACACACACAAAACGCCCCTTTATGTAAACATATAAAACTTAAAACAATAATCAGAACAATCACGAAAGTGCCGCTTGTAGTAAGAGAACAAACAAATCGTCGACAGCACCATGCTACAAAACAGTGCCTTCGGGACACCGATGCTGGACGGCAAACCGGTACTGCCTGAGATTTACTCCCATCATCAAACAGTGGACAAACTGGACATCGTCGCAGAACCTCAACAGCTCACGATCTACAACAACAATAATGCGGACATAGCCTATCGCAACAGCAGCAGTATCCTCGCACCTCCAAGATATGCCGTCGAGAGATCAACTCCAACCGTCGAACACGATGGCTGGTATGGCCGTCTGTTGGACCATACAAACTACACACGGCACACGCCGGAACCAGCAGCGCACGATGTTCAACCATTAAAGACTGAGGACAACACATCACAGCGCAACGACGAGATTACTCCGAATGCTGCCGATGGTGAGGAGGTGCTTATTGGCACGTGCCAGCAGCACATGGTGCCACACGCCCAAACGCCGGCCGAGGAAGTCACACAACCGCAAGACAACATCGCGGCTGCTGTGGCGTGCAGACCGAAGAAGAAAGCAGGACAGCGGCGGCCAATGAATGCGTTCATCCTTTTTTGTAAACGGCATCGGTCAGTGTTGAAGGAACACTACCCGGAGGAAAGCAGGTGCGTGTGTCTGTGTGTCTGTGTCTACATTTGACCTAATCCTTCATTATCTACTCCTCATCCCAGGGAAACCACAAAAAAGCTTGGCAAATGGTGGAAAAATGCAACAGCGAAACAGAAAAAACCCTACCAGCTGCTGGCGGAAAAGGTATCCCGACACATTCCTTTCCGTTCAGGTGGGAACTCAATTAACACTGCTGTTTCTGTTGTTTCAGAACAAAACTAAGTTTCTGGACGTTAATCCAGGTTTCCGGTGGTGCAAAAGTTCCACCATGGCGTCGTGTGACAAAAACGTTGATGACGAACCAGTTTTGAGTAAAGTAAAGACTGAGCCAATGGAGACCGAACCGGAGGCAACCCTATCGCCTGATCTATTGGAGGCGGCCCAAGCTTTGTTGAGCTTGCGTGGAAGCGTCGAGGATCGCCGTCCGCTCACTACGTTCAAGCTGGCGGATGATTCGGACATGGAAAGCTTAAACAAACTTTGCGTCGAAACGCGCCAGTGCGGTGATAGAGCAGGTAAGTGTTAGCAGACTGAAGGATTAAGAAGAAGACGGAACAGCAGCATAAGCATTCCTTCCTTTCGCCATTAGATGCGGGACAGCCTTGGAAGCCACGATACAACCGAGTTTCCGAATCAGATCAATGTTCCACTGGTGTTGATAATGTCCCGGATCAGGTTAATGATGGTACCGAAAGCACAACTCGTGCTGCTAGGTCTTGTAAGGCCAAGCGGTACTATGACTTTATGAGTCATATGTACCCGAGTGTGCAGGCCAAACGTGCCACTAGCTCGAAGAAAACGCAGAAGGCGCACAATGATCGTACCAGTCGGAATCGCGAGTCAAATACGGGATGTCTAGTGGAACCCACAGATGTAGAAGCATTGAACAAAAACCTGGAACGGGAACTAGACAAAGAGCTTATGAACATACCCGCGCTTAGTATCGATCTTTTCCGTGCCATTCAGAACAACGAACAGAACACCACAGAACCCTGCCATCTAGCGTCTGGCTCGAAAGCCACAACAAAGATTTTCATGCGGCCATCGTCTCCGGAAGCTACTACCGACTATACAAGGTCTACGCCGGAAAACCGGATTTCTGTGGTGCCATCGACCGTGCAACCGGTACCACCGCCAGCCACCAATCCCGTCGGTTGCCGGAAGCGGAAGCAACCGCGAGAAAAAATAATCCGGTATGTCCTACCCAGGACTGACCAAAGATAGGTGCTCTGCGTACTGGGCTCCGCAATATGGTGGCATTCTTATGACGTGTACCATTGTACCTGGCCAATACGTTTGGTGAAGATCTTGATCTCCGATCTCCCTTTCCGGATCTCGGCTAGGACGGAAAACAGGGCTAACGTTTTTTGTTTGTTTTTTTTTTTCCTGTAAGACTAAGCATACTAGTTAAGCACAAAAGTATTGAGGTAAGAGCTACATGCAAT >sYG2 AACACATAAAAaTTCTGCGCGTTtATACACACTGGgTAAAATGCCGGACATGACATTTGCTAAAaTTCAGCCTCTATCCTATATAGACTTTGCATaTAAAGATCAACATTGCTTCtGTTTCGGCTATcAAACCCTCcgTTCTCTTAaCTATTGTTAGTATTATTTTTTtATtctGCAAAaCTgAagTTCTTCTAACATaGAAAatGTTTAATATTTTCGtATTTTtGTCTTTTTCAAGCTCTTTAGCGACATGTTCAGTCACAAATTTTGAATTCTCAGTACCAcTTTGATAAGCATTCAGAATCTTATCTAATTTAaCaCTTTGGTATTGTTTGTTTtGTGAACTCATTATTTACGtATTTTATAGCAGGCACTATCATTGATtAAaTCAAAtGTTGCtacAAAACGaGATATGAGCcAGTTATGAAGgAAaGaTAAGACGAAGTGAAGTGTAAACcTAAaTtAGgATGCTTtAtAAGAATTATTAGCcTTCTGTTCGCATTGATTTTTtAACTCACATGgTTTttGgTCTATAAGaCCGATAATTtCAT >sYG3 ATGCGCCGTTACTTAAGCGCACCACCGGGAGACGTTTTCAATGCACCGAGCTTGGATGACTGCTTTCCCGCCTGGAGTGTGGTCCGCTTCAGCGGTGGAATACGACTCGGTGGTGTGTTAGTTTTCTCACCCTTCGGTAGTGGGATTTTCGACACCGGTTTACCATCCGGCTGCGGATCGGTAGTCCCGCCAGTCGGTACAACCTTCGGCACGTGCACCGACAGCGTCGGTTTGTCCAGCACGAACGTATCCTGGCGTGCTATACCGATCCCGGCGGCTGCCACTGGCACCGCTGGTGGTTTGAGCTTCTCTTTGCTGCCGGGTGGCGTCACGTCCGGTTGAAGCTTTTTCGTCGCCGAACGTTGAGCGTACGGTTTTGTGGCGAGTGGTTTCGCAACCGGACGATGGATGGGACTGCCGATGGAAGGTTTTGCCAGTGTTCTGCGGGTAGTAACGGCGCCACACTTTGGCACTACTGGTTGCCGAACGCTCGAAACCTTCGTAACGCTTTCTGGTTACGGTTTCTGGTTTGGTCTGTTGCTCTTTCTTCACACTTTTCACATCTTGGCTCTTTATGGGTTTAACCTAAAAATAAAAAAATAAACTAATTAATTAATAAATACAATCGGATAAATACTTCCGCGTCCGTGTGTGTGGGTGTAGTTTCTATAGAGTGAGTCTTGATTTTTAGAAGATTTCCCTGGTCTTTAACAATCTTTTTTAGCCAAAAAAGCTGTGTCCTTACGACTCGAAAGAAATTATAGTATCGAAAAAAAACTAAAAGTAAGTATTACAGTAACATTAAGGAAAATAGGTTTAAAACACATGTAAGTCAAAGGTTTCTAAATTGAAAACAAACCAATTATAAGTGT >sYG1-transcript TACGCGCTTTAGAAGGAAAGCAACTACCAAAGAACCCATGGATTCTCTCTGACACCATCAAGAGAGCGATAGTTATTTATTTCAGAACGCTAGACACACACACACACACACACACACACAAAACGCCCCTTTATGTAAACATATAAAACTTAAAACAATAATCAGAACAATCACGAAAGTGCCGCTTGTAGCAAGAGAACAAACAAATCGTCGACAGCACCATGCTACAAAACAGTGCCTTCGGGACACCGATGCTGGACGGCAAACCGGTACTGCCTGAGATTTACTCCCATCATCAAACATTGGACAAACTGGACATCGTCGCAGAACCTCAACAGCTCACGATCTACAACAACAATAATGCGGACATAGCCTATCGCAACAGCAGCAGTATCCTCGCACCTCCAAGATATGCCGTCGAGAGATCAACTCCAACCGTCGAACACGATGTCTGGTATGGCCGTCTGTTGGACCATACAAACTACACACGGCACACGCCGGAACCAGCAGCGCACGATGTTCAACCATTAAAGACTGAGAACAATACATCACAGCGCAACGACGAGATTACTCCGAATGCTGCCGATGGTGAAGAGGTGCTTATTGGCACGTGCCAGCAGCACATGGTGCCACACGCCCAAACGCCGGCCGAGGAAGCCACACAACCGCAAGACAACATCGCGGCTGCTGTGGCGTGCAGACCGAAGAAGAAGGCAGGACAGCGGCGGCCAATGAATGCGTTCATCCTTTTTTGTAAACGGCATCGGTCAGTGTTGAAGGAGCACTACCCGGAGGAAAACAGGGAAACCACAAAAAAGCTTGGCAAATGGTGGAAAAATGCAACAGCGAAACAGAAAAAACCATACCAGCTGCTGGCGGAAAAGAACAAAACTAAGTTTCTGGACGTTAATCCAAGTTTCCGGTGGTGCAAAAGTTCCACCATGGCGTCGTGTGACAAAAACGTTGATGACGAACCAGTTTTGAGTAAAGTAAAGACTGAGCCAATGGAGACCGAACCGGAGGCAACCCTATCGCCTGATCTATTGGAGGCGGCCCAAGCTTTGTTGAGCTTGCGTGGAAGCGTCGAGGATCGCCGTCCGCTCACTACGTTCAAGCTGGCGGATGATTCGGACATGGAAAGCTTAAACAAACTTTGCGTCGAAACGCGCCAGTGCGGTGATAGAGCAGATGCAGGACAGCCTTGGAAGCCACGATACAACCGAGTTTCCGAATCAGATCAATGTTCCACTGGTGTTGATAATGTCCCGGATCAGGTTAATGATGGTACCGAAAGCACAACTCGTGCTGCTAGGTCTTGTAAGGCCAAGCGGTACTATGACTTTATGAGTCATATGTACCCGAGTGTGCAGGCCAAACGTGCCACTAGCTCGAAGAAAACGCAGAAGGCGCACAATGATCGTACCAGTCGGAATCGCGAGTCAAATACGGGATGTCTAGTGGAACCCACAGATGTAGAAGCATTGAACAAAAACCTGGAACGGGAACTAGACAAAGAGCTTATGAACATACCCGCGCTTAGTATCGATCTTTTCCGTGCCATTCAGAACAACGAACAGAACACCACAGAACCCTGCCATCTAGCGTCTGGCTCGAAAGCCACAACAAAGATTTTCATGCGGCCATCGTCTCCGGAAGCTACTACCGACTATACAAGGTCTACGCCGGAAAACCGGATTTCTGTGGTGCCATCGACCGTGCAACCGGTACCACCGCCAGCCACCAATCCCGTCGGTTGCCGGAAGCGGAAGCAACCGCGAGAAAAAATAATCCGGTATGTCCTACCCAGGACTGACCAAAGATAGGTGCTCTGCGTACTGGGCTCCGCAATATGGTGGCATTCTTATGACGTGTACCATTGTACCTGGCCAATTCGTTTGGTGAAGATCTCGATCTCCGATCTCCCTTTCCGGATCTCGGCTAGGACGGAAAACAGGGCTAACGTTTTTTGTTTGTTTTTTTTTTTTCCTGTAAGACTAAGCATACTAGTTAAGCACAAAAGTATTGAGGTAAGAGCTACAATGCAATGCCTGTTAACTTTGTTACCTGGACAAATATGCTGGGAATCGTTTTTTCCGTTTTGTTCATGGATTGTTTTCTCGGATTGTTATAAGTTCCGCGCCCAGTCCTTAAAATCCACCGGTAATTTAGTTCGGGAACAAAACGATATCCTTATTTGCTTACTCAGTTAGGACTTAGGGCTTAGAAACCTTAGATTAAGGGACGTAATGAGAGATAGACTAAGAAGCGTAACGAGAAAGTGGGAGATACTATTTATTTGCATTTTAGTAATGTTTAGCAAAGCTAATCATAACAACAACAGAAAAACAGCATGCTAAACCCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA Five intergenic Y sequences tested for male-specific amplification >Y_sequence.1 TTCGCTACTGAGTTACCTTAAATTTAGGTAAAAGTTAAGCTAAAGTGTAAAAAATTGTTTTAATAATTATTTATAATAATTAAAAATAATAAATAAACAATCAATAAATAAATTTGGGTAGCTCAGTTGCAAAAATGAGTGTCCGTGAGTGGAGGTGCATCTATTCAGACTTTAGCCAAAAATTTAATATCTACCAAATAAACGATCACAAAGGGGGAGTTTGTTTTCTTCTTCAAAGCCATGCGATCGAATAAAACCGGTTACGTTTACATACTCGTAACGATTTATCAGCCAATGGAGAAAACAAAAGCAAAACTAAAATCTAATTGCTGTTGCATGCGTCACTCGTTAAGTACGATGCAATCACTGGAATTCGCTTGGATCGTCACCAGCTTATCGAAGTATAAGGCATCGATTGGGCCGCCGATGTTCTGACTCATCTGCCTGGAATTTGCTTGTAGTAAAATTTATGCAATGCAATTTAAATTTAAATACAATTTAAAGTTGTGCACCTGCAAAACCTGTGAGCATTTGTGTCAAACGACCAAACCATACATAAACGTTCGTTTATTGATTCAATTTGAATAATTAGGCCTTAAAGGGTTACGATTTTTAAGAATAAAAACAAGAACTGTATAAGGTAGCTAAAATTGATGCAATATGGTAAGTTGTAAAGAATAATAAAACAGACATTTATAAAATAAATATAATTTTACACACACTTTGACAATTTTTCAGGAATTAATTGTTTTTCTAATTATATTCTTGAGTTGTACTAAATGTATATACTGTATTAAATGACCTTGGCTCCCTGCCATGCAGGTTTTACTTTTAGCTTTAATTTTTTTAATATTTTGATTTTAGAATTATTTTCACATTGCATGTATTCATGTTATTTTTAAATGATTTAAAACTTTTACAATAACAGGAGCCTAGAGAAAGGTTGGAAAATACCGGCCATACTTTGCTTTACATGTGTACAGATAACGAAAATCTTATGTTGTAAAATAATCCTTAGGTCACATGTCGTAAAAAATAGTTACAGAAGCGCCCCAGTGCGTTAATGGACAGTTACATACAGTTAGAAAAGATTCGCATCGCGGCAATATCACCTTTGTTTCCTCTGGAGTTTCTACAAAATAATCCTTCCATCGCTAAAATAAGTAGTAAATGTTGTGTCTAAAGACCACTTGCTTAAACTACTACTGACTGCAAAATTCCACTAATATAGATAATATTACGATAACATTCAAGGTCTCGAAATCCGTCACGGTCTGTACGGGTGACAATATCCCGGGTTTGCTGGCGGACGCATCAAGGTCATTACTGCATCTCCGTTTAAGCCTTCCATATCGCCTACGTTCATTTGAACGGCGTAATAAGACTTTGCCGACGAATGGGTCGTTCGGTGCTATTTTCATGGAAAGATCAGCCCACCGGAGCTGATCAATATGCAAACAATATGCAAAAA >Y_sequence.2 AACACCGCCAATACAATTGAAGTTTCTTCGACGTTGTGCTTCTTGTTGTATATTTCCTCGGCTTGTTGCTCGATTTCGATTGTACGAACACTGTCCACTAGCTCTTGTAAAGAGTCACCTTTACGGGCAGCTTTTCTGCATATTTCGCGGGTCTTGTAATTCCTGGCATGGTTTTGTAAAACGTCTGCAACAGTCTCGACCACATCTTGGCAATTGTTGAGACACGCCGCACATATTTTAGGTCTGATTCATCCTTATTTTGCGGTAACGATCGAAGCTTCTGCCGTTGGAACATAAGATAGTCCCTCGACCCAAAATATTCCTCAAGGCGATGCATCGCACTGGAATATGGTTGGGAAAGCGCATCCGGGCCACCTTTCTTGGATGTGTTGTCCAAAACGTCCAGCAATTTCGGACCCGCCTTCATTTTAAAAATGTTTGCCTTCGTCGACTCTTCCTTTATTCCTGCCAATGCCAAACAGGATTCTAGTATTTCACGCCATCTATTGAAGGAATTTTTATCGATTTCCTCCTCTCCTTGCAAGGCTTTGCATTCACCAACTTGTAAAGCCGAAAATGGAAGCGAAGCAAATGCTGAAGCTCCCTCAATGCAAGGTTTGGGCGCACGTTGATCGTTGTTATCCTCCTCGGTCCACTCCGAACGCAACCGTTTTTTTGGCATCTCTGCAGCCTCTTATTGCTTTTTTATGGAGTATCAATTGGTTTAGCGACTAATGGTGAAAATTTAGGTACCGCGGCGAAGAAACTACCTAAGCTTTTTCACAGTATCGAAGCCGTTTGGCCAGTTAACACGTTAATTCATGTTTG >Y_sequence.3 GTATGGGTGACCGTGATCGCACAAGTGTCGCGGCCACAATATTTGTGTACCGTGGAAGGAATGCACATACGATTGCAACATCGCAGTGTAATGGAAGGAACGCTGTTTTTCGTAGATTTTATGAGAGAAACATGATGAGAAAACGATATTTTGTATTTTCTCACTGCTTTCCGTACGTTGACACGCACGCAAATTAGGTGACCTTCATTTCCGCCCACTTCTATTATCATCCTGTCACCTCTTCTTGCTTGCTGCTCACACTGATGCGACAGGATGGGATTATGCACCAGGGAACAACGACATGCGTAATCCGTCAACGCATTTTCGCTCTCATTTCTCATCTCATCTCGCGATCATCTCGCCGCGTTTAAACGCCAAAAACTCACCGCATACACACTTTTCATAACCTGCTTAGCTTATCTACTCACCTTTAACAACAGAAGTAGCAGACGGCAAAGGCTGATAGGAGGGCTGATGGGAGAAGACACACTGAAACAAGGAGAGTTTGAAATTAGTCGAACGGAAAAGAACGCTTCTCTTTTGCTCGGAAAATCAAGATAGAGTTGGATAAACTGCCTCAAAACACATCCAACAACCACCTTACACACGGACGACAGAACTTAGCTAGTGCGTGACGTCGGCACCGTTTCACGACACACTCTACACTGAGTCCATGAAGTGATTGTAACGATGAAAACTGCACAAGCAACGCAGATCTTCCAAATGGTCACAAAACCGATACGAACCTCCTTTGGTTAGAAGATACTCGAGTTCCTAGCACAGGCGATGACACAGAGTCACTGCAGGAAGGCAAAGCGAGCGCATCTGTCCAGCACTAGAGTTGGTTGAACAATAAATCAACTGCAGCGGCTCCAACAGCTACACAACTACCTTTGACGACTCTCAGCGTTCTCCACCGTGCAAACCCACACACACTTACACGCAACCCACCGCCGTTGCATCGGTTTGAGGGGTTTGTGTTTT >Y_sequence.4 ACATTGTCAACCGTGAACTTCCTTCAGAAACGATCAAACGTGTTCGCTAATGTCATTTATACAATTTTATCGTTGCTTCCGTAGATACTCCAGTACATGTGCTGTAATATTTTATATTGCATCGATCCTCTGTTAGGATGTGCTTATTTATTTATGTGTTATAACTTTTAATTTTTTTTAACTTAATTTTTTTAATTAATTTTTTATGCATCGAATCCTACTGGAATGTGCGTAAATGAGTACCTTTGCATCGATCCTCTAAAAGGATGTGCCTTAATTCCATTTCGTACATCGATTCCTGTCGGAATATGCGTTAATCTTAAGTTTTGCATCGATCCGCTAGTGGGATGTGCTTTAATAGTTTTTTTGTTGTTGTTGTTGCATCGATTCCTGTCGTAATGTGCTTTTACGTACTGCTACTTCACATCGATCCCATGCAGGGATGTGCTTTAATTTAATTTGACTTTGCATCGGCGCCCTACGGCACGTGCGTTGACTCTTTCTTGTTTTTCCTTTTTTTATATCTGTTTGCATCGATTCCAACTGAAATGTGCGTTTGTTTCTTTTTTTTCTTGCATCGATCCTCTGAAAGAATGTGCTTAAAGAAAAGTCTTCTTTTCATCGGCCCCCTAAAGGAACGTCAGAAAAATTATCCTTTGTATCAAACCTTATAAGGTGTGCGTAACTCCGTCGTCAATGTAACATAGATCACCAACACATTCACAGTCTGTTCTGCCAAAAGCACGCACGTCGGTTCTTATTTCGGAAAAAATCCAATGTAATCAACTAAACCCTTATACCCAACTTACGTAGATTCGTCCATCTGCGCCATTGTAGTGACCGGGGTAGCCCGCTTTCTTTCAAACCACTTTTTTTATTTACTAAAACAAAATAAAGGACACAGAATGATATGTTCTTCCGTAGAGTAATCCAACTCGACTGCTGTATTTTTCTACCCCAGCTTTCAATCTCATAATCGCTCTCTCTCTCTCACACACACACTTTCTCTCTCTCTATCTCTTTGTCTTTGCCCTGTCTATCCTATTCCCTACA >Y_sequence.5 ACGATGCCATAATTTCCCCTACCTTGTTGACGCACCTTTGGCATAAAAGGGGCAAACATTGCGATCAGCTGCATCGGCCGTTGGCGCCGTGTTTTGCCCGCAGCAATGCATTTGTGTTTGTCTCACGTGCACACGTGTGATGATGGTTTGGTTCGGGACTTGGTCTCGGTGGTGGCGAAAAGAAATGGCATTATTGTTAAGCTAAATAGACACTGGTTTGCAAGTAGAGTAATTAATTTTTATCCTTCTCGTTTTATCGTAATTTAATTTGACCCCATATTAGACAGCGATTTCTGCCGAAGCAATGTGATATCATTTTCGCGGTGCCGATATTCAACTAAAACCATCTGAGAATTATTTGACGGCGATGCGATGCCATGGGGATTTCCTTTCTGCAAAACCAATTGCCCCAAAACCCTCCATTTACTTTAACCGCTAAACCGGCCGAGTTAAATTCATCCATCATCATCTCCAACATCGACAACGATAGCAACGAAGTAATCTAAAATTCTTCTCCTGTTTCTAGAATCAAAAAAATCCTCCCCCATCAGAACCGATATTAATGCGCGAACGTGCATTCCTTGCAACATAAAGCAAATCAGCTCATTTGGTTTTGTACGATCCCATACCATAAGCGTTGATTCTTGCCTCAAAAACGAACAATTGTTTAACACATGTTCGAACCAAACGTAAAAGCAACGGCGGACAGGGAGAGCGAGTAAAACTGTCCATCAGGCGCATTTTTATTGCTCTTATCGACCCAAGCAACACGATCGCGACCAAGCTCGAAGACGTAAGCGTATTAGTGTATGCGTGTGCGTGGTTTGGCTGCAGCATAAAAATCTCGGCGTAGCGTCGTAAAATTACACGACGATCGTGTCGTGTCGTGGTGTCTCTTTCGCT An. stephensi Y sequences >contig125288 GTTATGTCAGGTCGAGAAATGTCAATTTGCTCTAAACAAATCTACCTTCTATATCCATATACCTTGGACACAACAACACATAAAAATTCTGCGCGTTTATACACACTGGGTAAAATGCCGGACATGACATTTGCTAAAATTCAGCCTCTATCCTATATAGACTTTGCATATAAAGATCAACATTGCTTCTGTTTCGGCTATCAAACCCTCCGTTCTCTTAACTATTGTTAGTATTATTTTTTTATTCTGCAAAACTGAAGTTCTTCTAACATAGAAAATGTTTAATATTTTCGTATTTTTGTCTTTTTCAAGCTCTTTAGCGACATGTTCAGTCACAAATTTTGAATTCTCAGTACCACTTTGATAAGCATTCAGAATCTTATCTAATTTAACACTTTGGTATTGTTTGTTTTGTGAACTCATTATTTACGTATTTTATAGCAGGCACTATCATTGATTAAATCAAATGTTGCTACAAAACGAGATATGAGCCAGTTATGAAGGAAAGATAAGACGAAGTGAAGTGTAAACCTAAATTAGGATGCTTTATAAGAATTATTAGCCTTCTGTTCGCATTGATTTTTTAACTCACATGGTTTTTGGTCTATAAGACCGATAATTTCAT >contig102525 TTTTGCATATTGTTTGCATATTGATCAGCTCCGGTGGGCTGATCTTTCCATGAAAATAGCACCGAACGACCCATTCGTCGGCAAAGTCTTATTACGCCGTTCAAATGAACGTAGGCGATATGGAAGGCTTAAACGGAGATGCAGTAATGACCTTGATGCGTCCGCCAGCAAACCCGGGATATTGTCACCCGTACAGACCGTGACGGATTTCGAGACCTTGAATGTTATCGTAATATTATCTATATTAGTGGAATTTTGCAGTCAGTAGTAGTTTAAGCAAGTGGTCTTTAGACACAACATTTACTACTTATTTTAGCGATGGAAGGATTATTTGGTAGAAACTCCAGAGGAAACAAAGGTGATATTGCCGCGATGCGAATCTTTTCTAACTGTATGTAACTGTCCATTAACGCACTGGGGCGCTTCTGTAACTATTTTTTACGACATGTGACCTAAGGATTATTTTACAACATAAGATTTTCGTTATCTGTACACATGTAAAGCAAAGTATGGCCGGTATTTTCCAACCTTTCTCTAGGCTCCTGTTATTGTAAAAGTTTTAAATCATTTAAAAATAACATGAATACATGCAATGTGAAAATAATTCTAAAATCAAAATATTAAAAAAATTAAAGCTAAAAGTAAAACCTGCATGGCAGGGAGCCAAGGTCATTTAATACAGTATATACATTTAGTACAACTCAAGAATATAATTAGAAAAACAATTAATTCCTGAAAAATTGTCAAAGTGTGTGTAAAATTATATTTATTTTATAAATGTCTGTTTTATTATTCTTTACAACTTACCATATTGCATCAATTTTAGCTACCTTATACAGTTCTTGTTTTTATTCTTAAAAATCGTAACCCTTTAAGGCCTAATTATTCAAATTGAATCAATAAACGAACGTTTATGTATGGTTTGGTCGTTTGACACAAATGCTCACAGGTTTTGCAGGTGCACAACTTTAAATTGTATTTAAATTTAAATTGCATTGCATAAATTTTACTACGAAGCAAATTCCAGGCAGATGAGTCAGAACATCGGCGGCCCAATCGATGCCTTATACTTCGATAAGCTGGTGACGATCCAAGCGAATTCCAGTGATTGCATCGTACTTAACGAGTGACGCATGCAACAGCAATTAGATTTTAGTTTTGCTTTTGTTTTCTCCATTGGCTGATAAATCGTTACGAGTATGTAAACGTAACCGGTTTTATTCGATCGCATGGCTTTGAAGAAGAAAACAAACTCCCCCTTTGTGATCGTTTATTTGGTAGATATTAAATTTTTGGCTAAAGTCTGAATAGATGCACCTCCACTCACGGACACTCATTTTTGCAACTGAGCTACCCAAATTTATTTATTGATTGTTTATTTATTATTTTTAATTATTATAAATAATTATTAAAACAATTTTTTACACTTTAGCTTAACTTTTACCTAAATTTAAGGTAACTCAGTAGCGAAACACGCTACGGGCTTGCTACGGGAACAACAATGGACGCAAAACGTCCCCGTTGGTGAACCGGCCACGCGAAGGTATGGCCGATTCGGAAAAGGAGTCGCGCACCTTCCTTCGTGCGTTCTGAATCGACGGATGCAACGTACCTCGCACAGGTCAGACAAGTGGCTTCATTCCCGGATTACCGGGCGATCTTGCAAAAGTGGACCTGATGGGAGGAGCGGTTGCGAATCTTCCAATTCCTCCGACGGAGCAGTTGGTACTACTAGAGCACCGGCCCGAATTCCGTAGGGAGGACGAGGTCGAATCTTCCGCTGACCAACGCCTCGACACTGGTTTCTCTCCTAGCTTCCGACGAAGTGGTAGACACCGCTGAGGGGTCGAATCCGGTCTTCGGAGGGGAGCAAGGGGAGATTTCCGGAGGGTTCTCATAGTCACGATTCCTAGTAATATCCGTTGGAGTGGTAGACACCGCTGAGGGGTCGAATCCGTTCTCCGGAGGGAAAGATTATTTCGGATCTCGTGCCTGAAAAGAACCCTGAGACTCTTACGAAGTGTTCGGTTCGCCGGTTAAGAATTGTGTCCTCTTTATTGAATAAGTTGATTTCTTATATACTAATTTTGGGGTACCTTAGAACGAGACGAAAGATCATTCTTTCTTGTTTAACTATTGCCTTTCCAGCTTGTGTTTACATATCCTTTATGCTAACGCTGCATTATGCTAAAGTTTAACTCACTATCGTGGTCGCAAACCACCAGTTCAAACC >contig133399 GGAAAACCTTGACAATAAGACACACGCTTCTTGTTAAGGTCTGGATTACAAGTCAATCTTTATTCTCAAAATACTAAAATATACTGTCTTATATACTAAAATTCTATGGGAAAAGAGCATGAAACAGCATTACATCGATCTTTTTATCCTAACTCGGTATGCCGATGCGTTTGATCCCTGCCTGACGTCGGCTAGTGTAGGAGGTCTGTAATGTTACAATGTCTGGCAATTGCAGCTAACGCTACCCTGTCGTTTTATGACCATGGGTAACGCATCGCGCATCTGTGGTTCAAGTGCGTATGCCTATTTTCCTATTGCTTATTGCCTGCGCGTCGTTTGTTTATTCATCAAGTTGGTCTTTCCTTCACTGCCCTACGACCGTGCCTTGATCTTCGCGCAGGTCCTTTTTTCGTGAAACTAATCGCGCAACGATAATGTATGCATCGGGTTCTAGCGTTAACCTTTTTCGGCCTATGTTCTTCAC >contig108565 CCGTTTTTTCGTGAAACTAATCGCGCAATGACAATGTATGCGTTGTGTGCATGCAACCCTTTTCGGCCCATGTTCTTCACTTTCGTTTTTATTATATGGCTTGAGTTTATTTATAGTTTTCATATGTCTGGATATTGTCCCTTTTTCGAGATATTTTATGACATACCCTGACATGTTACCATAATTTCGTCTTTCTCACGGTATGAGGCCTCTCTGTGACTTAAGGTTGTTTTCCTAAGATAATATTTTCCGGTGAGAATTTATCCTAAACGAAAGATATTTAGGTATTTAAAATTGTACCTCTAACTCTTGCATGCCAGTCATTTTAGCTCAATTTTATTTTGTCGCGTTCGCAACACCGCCAATACAATTGAAGTTTCTTCGACGTTGTGCTTCTTGTTGTATATTTCCTCGGCTTGTTGCTCGATTTCGATTGTACGAACACTGTCCACTAGCTCTTGTAAAGAGTCACCTTTACGGGCAGCTTTTCTGCATATTTCGCGGGTCTTGTAATTCCTGGCATGGTTTTGTAAAACGTCTGCAACAGTCTCGACCACATCTTGGCAATTGTTGAGACACGCCGCACATATTTTAGGTCTGATTCATCCTTATTTTGCGGTAACGATCGAAGCTTCTGCCGTTGGAACATAAGATAGTCCCTCGACCCAAAATATTCCTCAAGGCGATGCATCGCACTGGAATATGGTTGGGAAAGCGCATCCGGGCCACCTTTCTTGGATGTGTTGTCCAAAACGTCCAGCAATTTCGGACCCGCCTTCATTTTAAAAATGTTTGCCTTCGTCGACTCTTCCTTTATTCCTGCCAATGCCAAACAGGATTCTAGTATTTCACGCCATCTATTGAAGGAATTTTTATCGATTTCCTCCTCTCCTTGCAAGGCTTTGCATTCACCAACTTGTAAAGCCGAAAATGGAAGCGAAGCAAATGCTGAAGCTCCCTCAATGCAAGGTTTGGGCGCACGTTGATCGTTGTTATCCTCCTCGGTCCACTCCGAACGCAACCGTTTTTTTGGCATCTCTGCAGCCTCTTATTGCTTTTTTATGGAGTATCAATTGGTTTAGCGACTAATGGTGAAAATTTAGGTACCGCGGCGAAGAAACTACCTAAGCTTTTTCACAGTATCGAAGCCGTTTGGCCAGTTAACACGTTAATTCATGTTTGCTCGATGTCACGTACGTCATACAGAAGATTATTGTGTGCGTGAAACTAGCTCACAGCGTCGTAAGACATCACTCACATTGTCAACCGTGAACTTCCTTCAGAAACGATCAAACGTGTTCGCTAATGTCATTTATACAATTTTATCGTTGCTTCCGTAGATACTCCAGTACATGTGCTGTAATATTTTATATTGCATCGATCCTCTGTTAGGATGTGCTTATTT 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AGCTGTTCAGCAAAGGGTAGCATCACATTACGCGAACACTACGGCCATGTGCGAATATATACGAAAAACTGAACGGACGTTGGACGCACGTAGGCATCATCTCATGGTTCACGCACGGAAGTGGCGTAGACAAGACACTCATGTTTACTCTGTGGAATCTGACGAATGCGGCGAATAGGCAGCACCGGACGATAGTGCGTGGGTTTGATTTTCAGAAACGGAAGATGACTCTCGAGACCGGATGAAGACTTCGTGGAAGCGTTTACCAGCAACACCGGATGGCAACAGATGACGACGTTAGGTTGATACTGATCAGGTCTGACGAGCTGATGATGGACCGGCCGTGAGCGAGACTATCGATGGGGGTACGTACGCGAAACACAAAAACCCCGAACGAATGCTCGG >contig172321 GCTTTTTTATTTGTATATTCACCTCTTCTGTGCAAGCGGCAGGATAAGGATACACGCGTTGATGTACTGGTATATCATCAGTAGTATTGATGGTACATTCAACTATTTGTAGCACATGATAATTTTAAATAGGTTACTAAAAGTCTGATGAATTAT >contig126759 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GGTTATTTGCCTACTGTTGTGGATTTGTAATAAAGTTACTATTTCCGTATGGAGCTGTCTGCCCTCTTTTATGTATTTAGTTAGCGTGCTATTTGTATAGCACGAATTAAGAATCTCTTTTCGAATTTTAAGATAATAACAGTACATACAAATGATATGACTGAAAGGAATTTATTAAATATTTTACAAATGCTTTTCGATGCCTCAAAACTGAACGGATTATACACATCAGAAAAAATAATGGGAAAAGGTTCAAGAAACGTACAAAAAATATTATGGACGACAAAATATGTTAAAAATACGATTCACTCAAAAAATG >contig158466 AACAACACCATAAGCTTGTCTATTAATTGAAGACGATGCTCGGGGGCGTTTAGTGTTAAAATGTGGTTTGTTATTTGCTTGAAACGAAGGGTCAACTTCCATAGGAACTGGCCTGTTATTTGCATTTTGTTGCATGAAATTGTAACCTGGATGATAATGCCTAAACATCTTTTCTTGTGGATTTACACTTCTCATAGAAAAACGATTAAAATTGTGGTTCCAACCCGATGAAGCAG >contig179124 CAGTTGGAACCGTCTGGAAATTTATAGCTGGTAGTCCAGACGCAAACGATTTAAGATTAATCAACTATTCAAATCTACTATTAATTAACTAATTCAGAATAATAACGCCCAAGTTATAATCAATAGGGATTT >contig174048 CATCTCTTATCCTGTAGAGACTTTTGATAATCGTGTCAATCAATGTCGTATCTGAGCTTCAACGCCCAACGCGCAGCCCAACGAGTAGTCCAATGTGCAACCAACAGTGAATTATGCCTCACAACTATCATCTCCTTCGTTATCGCCGCGAC >contig180113 GTAGCACATGATAATTTTAAATTAGGTTCGTAAAAGACTGATGAATTATCGTGCAATATTTTCATAATTTTTTGTTTAGTGGAAGATATCCAATGATCATTCACACGAAAATCAACCATATTATTGTTC >contig176912 TCGTGGTCGTCACCACCGGCGTCGTCCGCTCTTCTAAAGGCGCAAGCGAGATGCAATCGATTGAATTAAGCACGACCGGGATGTGCTGCACAAACGGCATCGACATTTGATACAGAATGGATGGTGGTTCTTCGCTCTACA >contig114937 ATCTAAAATACAATGTAATGTTCTAATTAAGCACAACAATAATGGTTTATCCGTGGCATAAACACTTTTACACTTCCGTTGCGTATACCGCATCCACAATTTTAAACACTTATTTATACCAGTTGACGTTTTATACAAGTTATACAAGTTATACAATTTATACAAGTTTGACGTTTAGATCGAAAACTGTTTACAAACAAAACAGCAATTGCACAATAACAACACGTTGAGCTTAGATGTTCAGTAAAATTTTGTTACGATAATGAAATAACCGATTAATGTTTAACAGTGTTATAATTAATGATACTTAATGAAAAAAGAATTAAAATTGTATCAAAGAATGCCGGAATCGTGAACAGTGAACGAAACATGAATTAGTTTCGTTTCATTTGTCTGTTTGACTAAACCATCATCGGTCAAAGGAAAGGTCGATACTGTTGGTATGAGTAGCAAATGTATTACTTTAAGCAATGCTAGCCTTGGTTCGGTCTTCATTTTTTGATCTGCTTACTATGCCCGGTTGTAGCTGCACATTGTGGAGTGCATTTTGCGAACAGTTACTTGATACGCGTAGCATCTGTGGTGTTCTTTTTACGTCTGCAGGTGTTCTGGCGGCTCGACTTGGAGCGGCTACATTTGGGCGTGGAATGCAGGTCACAAAATGAGAACCACAAATTGGCTAACATTAAAAACATTTAATAACCTCGCAGAAATAATCGTTGTCCATTTATTACAGGTAGATCCAAATTATATCAAGGAATATAAGCATAAAGGAGTGCCTTACAATGGATGATGGCTTGTTCATATTGCTCACCAGCCTTATGGAAATTTCTTCGTTAATATGTGCATGCATGCCTCATGGCTTCATGGATGGATGAATGAAGACATCTACCAATTTCACAAAATCCACACATGGTGCACTTATCTTTTACACCATGGAGATCTAA >contig123291 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AACATTCAATTAGATAATCGACAACGTGGTCAATGCTATCATCCAGATCATCATTATCATCTGCTCAATCACTGTTGCGGACGCGACAAAATAAAATTAAGCTAAACTGACTGGCATGCAAGAGTTAGATGAACAACTTTAAATAACTAAATATTTTCCGTTTAGGATAAATTCTCACCGGAAAATATTATTTTAGGAAAAAACCTTAAGTCACAGATGGCGACCTCTTACCATGAGAAAACGAAAGTATGGTGCGTTATTGGAAATATCAGAAAAAAGACAATATCCAGACATATGGAAATCACAAATAAACTCAAACCATGTATTAATTAATAATTATTATTATAATTATTATTATTATTATTTATTTTAATCTTCAACGGGCCGTGTGGCCTAATTAAGATGTAACAATTTATTCAAAAAACATAACAAAAACAAGATATTCATCGCAATTCACTGTGGCCACGGCAAAAGCCAGAGACGTTCCAATAGTTAGTTCCACTAACGTTTCACTAGTAGTTCTAGTTAACACCAGAACAAAACGCATACATTGTCATTGCGCGATTAGTTTCACGAAAAAACGACCAACGCGAAGATCAAGGCACGGTCGTAGGGCAATGAAGGAAAGATCACTTGACCAATAGGGTAAACGACCCGCAGGTAAAACAATAGGAAAATAGGCATACGCACTTGAACCACAGATGCACGACCCATGGCCATAAAACGATAGGGTAACGTTAACCACAATTGCCAGACATTGTAACATAACATCTACAACAAAA >contig156619 TATTGTTCTTACGTATCCAATTTGAATCTTAGCTTTACCCATCGGTATTATGGCTAATGGATTGTTATTTAAATCATACATGTTTATGTCTGCGAAAATTAGTTTGATCAACAGGATCGTAAATATTCTGTAACGATAGTTAAAACAAATTTGAAGAAAAGTATTAATATTTTTTCATTACTTTCTTAAGTTTACTTTATGTATTTTTCGATTGTTTGAAACGATAATACATGTTGGATGATTCTCC >contig116724 TGTACATCTTGTTTATCTGGTTCGGTCTGTAAGCCGGTGAGGTAGCAACACTTCACTGGTAAGGTATGGATACGAAACTTCTTCCCAAGTAAACATTTTGGAGGATGACCTTATGTACTTCGATGGCAAATGTATATCGCGCTCCCTCGCACTCACGCGTTAGGCTCCGCAGGCATGGAAGTGTTTGTGCATATGCCAAAATTGATTACCCGTCCAGACGCTTTGTAAGCATACTCGTGCTACACCTCCCCTTGCGATTCGTTTACCGTGTGTTTTTTCAAGGATATTTTTTTTCTCTTTCTGACTACCGCAATTGAAAACCGCGTCTCGTGCGCACTGCTTACACCCAACGTACTTAAACCCAACCTAAAGCAAGCCAACAGCCTGTTTTGGTTTTTCCAGAGCATCATTTCAGGTAATAAACATTGCTTTAAATACAAATGTATTTTGCTAACAGATTTTAAATTCAATTCGTGTTTTTGCAAGTCAAGTGATATTGTGAGTTGTGAAATTATTTAACATATCGAACCTTAAACATGCTCATGAAAGTGGTAGGTTATATCGCCGTGTTAATAAAATATTGATACCAAACTCATCGGATGAGGATGCAGTAGAACCAGAGTCGTGTGGCCAAGCATTTTCGCCAACGTAAACGTAACTGTTCAACCCGAAGGACTAGATTATCTTTAGGAGGATGTGGAGTTCGAACAGCATGAAGAAGAAGATATAACGAGCATGAGCTACATCTACATCGACGACGAGTATTCCAAAGACACCGTTGTTGAAGGCGAAACTTTCTATACCATCGAGAAGCTTTCCATTGTAGACGGCATTCGTTTTTGGGTATTACAGACTGATGCTACTCACACTTCCATT >contig161760 CCAAGATGTGAAAAGTGTGAAGAAAGAGCAACAGACCAAAATCGCCAAACCGGTAGTGGAAACCGTTACGAAGGTTTCCCGCGTTCGGCAACCAGTATTGCCAAAGGGTGGCGCCATTATTACCGGCAGAACACCGGCAAAACCTTCCATCGGCAGTCCCATCCATCGTCCGGTTGCGAAACCACTCGCCACAAAACCGTACGCTCAACGTTCGGC >contig185844 CGTAACTCAATATCAATGTGGTTGTCGGTGGATCTGGACTGACTTATACAAGATGGTTCCCGAAGCTTCCACCTCCGATTGCTCTCTCTAGCGCCAGATAGAAGTGAAGG >contig123649 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TTTTCGAGTCAGCTGTTACAACATCAGCGTACCATGTACAAGGAGGATGCCGGACTCATACCCTACCAGGAAGGCGCTCGTCAGCGACCTGTTCGGCACGAGGCGTAGAATAGCACAGCGAGCTCGTTGGCTAGATCAAGTGGAGACAGACCTGACGGAGATCGGATGCAGCCGAGGGTAGAGAAGTGCACCCATGGACCGAGTTTACTGAAAAAGGATTGGACACCAGGCCATATCTTTAGCCGAGCTGCATAGGAGCAGGCAAAGAAAGAAGAAGAGAAGAGCTTTGATGTTTGTCTTCCTTTATACTAAACAAATGTAACTAACAACTAAATCTAACAACTT >contig184768 CCTGGCTTGTAGATTGTTTCATAATCGTGCTCTTCGAGATAAGATTTCCATCTCTTTAATTTTGCATTAGTATTTTTCTGTGAAAGTGTAAAAGTAAGTGGCTGATGATCTG >contig173493 AATCGAATATAACACATGCAATATTAACGTCAATGGAAAACTGATTTCAGCCAACATAACAGAACTGTCTGGTTTTCCTACAAGTCTACCAATACATGGAATACATGTTGCAGCCGTGAACAACGTGACAAACCTAAGCCTTGAACATCTACACA >contig181045 TATCATTCTAATGAACTTAAAATTCTTATCTGAAAAGGCGAACATGCTAATTGATAGCATAACCCTAGCGAAATTAGGAATTACGAACTCAAGATTACTTAGTAAAAATGAAACAAATGCAATAA An. gambiae Y sequences from UNKN (The unplaced sequences from the AgamP3 assembly) >UNKN.14721 AAATATGCAATGCTCCTATTTGGATACTTACGGCGGTATTTCGCATAGCCATTTTAGAAAAATTTTTATTTGCTATTGAATTCACGATAAGAAATTGAAAACATTCCACACCATACTGACAAACTTTTGAAATGACTTGTTCTTTTACAGCCTTGTTAAAATGATCACCACTATCACGGAGAAAACAAAAGAATTCAACTACCAAAGCAAACTCAACGCCTGCTACTGAAATACACTGCAATTCAATGAAAGGTACAGGGTAACCCATAGTTTTTAATTTTGAATATTTTAGATGCTTAACGTTTTGTTTTTAATTGTTACCACGTTTAATTGGTCAGTACATAGATGTTTAAGCT >UNKN.17316 CTTTATCTGGGATATGGATTAGATTTGGTTCAGCGGTTACACCAAATGAAGATTTTTCTGAAGTGTCGATCTGAAAATTGGAATTCTAAGCCAATTCTAAGATGCACATTCTTTCTCAGTGGTGACAT >UNKN.21530 CCGAGCAAGATCGTCATTGGATTCGAAGCCGTGTGTTATAATGAAAAGTGGGTCCGAGGGTTTGATCGAAGAAGTGTTTGATCGCCATGGACAGAAGAAAAGAAGATAAAAAAGGAACAAGGTCGATACAAAAAGTTTTTTGATAGGGGAAGAAGCAAGAACGCGAATGTGGTGTTAGATAGAATTCAATTATGATGAGGCGTAAAGAGTTTCACAATCAAAT >UNKN.28589 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>UNKN.31588 GGAGCGGGTGATGATTGAATAAGCAGCAGAACCAGCTTCCCTTGGTGGAGATGCCATGAATACAAACACAGCACAGTTTCGATTTGTACGGCTTTGTTCTATGAGCAATGTAGCACACGTAATGCTCGTTCTTCCTCGTCGCCAATTTATCGTAATTATGATGTATGAACTTTTATTTCCGTGGTATTCTGCTTACAAACGTTCTTCGTGTGTGCAAAGT >UNKN.14715 GGCTAGTAAAGCTAGCTAGCGACTAGAAGATAGTTGCTATGAGACCAAATATTTCATAAACAAAAAATAACTCATTGTGGAATTGATAATATTTACTTGACAAAATGTTTTCACATTTAATTTTTATAGCCCTCGTGCCAGCCGCTATGAATACACCAGAAGCAGATTCAAATGCAGTAGAACCCACACAAGGCTTGAGTTTTATAAACGATGATGACAATAATATTATCGATGTTATGAGCAGCGAGGGATTTAACCCACAAAATCACACTCTCCAAGAATGCCTTCGATTTTGGGCTTTATCGTCAAACACTCCACATACATCAGTGAATATGTTGCTTCAAATACTCAGAGAAAAAACAATATATCGGCTACCAAAGGATGCACGGACTTTGTTGCAAACCAATCAAGCACCCAAGCCAATAATAAAAAACATCGGCACTGGTCAGTTTTGGTATCAAGGCGTTGCAAAATGTCTAAAGAACACGTTCAGGTATGTGATTCAATCGATATAATATTGAATCGACAGCATGAGGTTTAGCGCTTATA >UNKN.14720 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>UNKN.14714 GATCGATCGGTTGTGTTAAGCACATGAACACAACCATACCCTTTTCTCTCGATAATAGCTTTGTCAAACGTGTGCGAACATCTTTTGTGTACAGTGTGTTTTTCGCCACATCATAGCAAGCGTTTACCAGGAGTAAAATAGCATTACATACACGAAAGCGGAGAAGGTAAGAAGAAATTATGTTAGTTTGTTTTGTAGGACTAAAATATCTCTTTTTCAGCTAATAAAAAGTTAAAATGTCCTTGGAATCATCGCGCAAATCTGGCCAGTTTTACAGGCAAATCAGGAAGCGAACTGCACAACAGGCAGAATATGAAGAAGGTCAAAGTAGTAGTGCAAGGCGCGTACGGATGGGTAAGTGTATGTATGTGTTTATGCGTATTCATTATCGATAATGTTCAAAATTCGTGTATATTGTGAATTGTTAACAGTGCTTTGTATATTGTGATCCATACTGTTATAGTATTTGATTTTAATCAACCGTGTGTATGCATTCGTGTACAGTGAGATTTGCTTATATTAAAAACGTGTGTTTTCCTCCGTTAAGGCTCATGTTAATTTAACTTTGGTGGTAGATCAATAGAAAGATATTTATGATAGATAGATGCGATGGATTCAATTATCAATACATTGAAATTGCCCCAAACCGTCCGGAGTTGTCAAAATCGACGAAGGCGTTGGAGCCACCTGGAGTCGCTGGACGGCTCCAACGGCCTCAAAGGCTCCGTCTATTCGGACGGCTTCTGATTCCGTTGACTCTGTCAAACGCCGTTGACTGGCTTCGAACGGTATCGTGATTAAAGTTTGGCAAGCCTCTTCCGATTTTGGCACAGTCATTTGTTAGCAATCCTGTTTTTTGTGGAATCTACTCAATGTAAAACAAGATCGTAGATCTAATGTAAGTTAAAGTAACATTTAAATTAAGGTAT >UNKN.23115 GCATTTACTATACGAACCATGCACTTTTATTTAAATGGTTACTTGTTCTTCTGTACAGCTTTTAAGTAAATCAAATTAACATTTTACTATATTTTGTTAGTTGTTGTTAATGTAAAATAATTAAAATGTTACTTTTTATTGTTTATATTTATTATAATAAAGTATGAAGCATAGGTACAAATACTAAATTGCTATCACTAGTTTTAATTGCAACCATTTTGCATTTTATATCCGAAACATAAAAAACCATTTCCTCTGTAGAAAGATCGCTTATTTTCGCTTCATATATATCTTTCATCCACTTGGAAGAGTAATATGAGGTAGTTTCACTTATGCAACCAAAAGCCTTACCGCTAATGGTAATATCTGATCCTTCCATTTTGGCACTGCAATATTTAACAATATAGAAATCATGAGTTAGAAACCAATTTGATTGTTCACTTGGATAAAGAGTAATAATTGAGTTAATGTGTACAACTGCCCCATAACGTTTGGATTCAAATATAGGGAAATGGGGAATTTTTACTGCTTGACGGACGTGTTGGAATCTGTTCCGATATCCTGTTTGCAGCCTGTACTAAAACATTATGGCCATTTCTTAGGGATCTACCCACA >UNKN.14295 TATAAATATTTATGAATAAAGCATGCAACTATAAAAAAGCATTTACTATACGAACATGCACTTTTATTTAATGGTTACTTGTTCTTCTGTACAGCTTTTAAGTAAATCAAATTAACATTTTACTATATTTTGTTAGTTGTTGTTAATGTAAAATAATTAAAATGTTACTTTTTATTGTTTATATTTATTATAATAAAGTATGAAGCATAGGTACAAATACTAAATTGCTATCACTAGTTTTAATTGCAACCATTTTGCATTTTATATCCGAAACATAAAAAACCATTTCCTCTGTAGA >UNKN.14718 GTTTATGTTTAAAAATGTATATTGTTTTACCGTCTTAGCATCTAATGAAAAGCTTGACCCGTATGTTTTGGATTAATGTTTCAATTCTTTTTTTATTTCCCAATATGTTATGCACTTATTTTCACATGATCTATTTTATCAATACCAAAGAAATACAGAAGAATTTTAGCAATACCGAATGAAGAACTTCTTGTTATTCCAAAATACAGAATAAAAAAGATTAACAGATTACTACAA >UNKN.14717 CTTATTTTAGGCGTACAAGGTTTTGGAGGGAAACATGGTTGCATGAAATGCACGGTAGTTGGATATCGTCATTCCATTTCCAACGCCATGTGTTTTCCGATTGCCACGATGTTCCCTGCAAGAACCAATGAAGCCTTTCGTGGCATGGAATATGGAGAGCACCATAAGGAAACAACGCCACTTATTAAACTTGACAATTTCGATATTGTAGAAGACGTGATTGTGTCCGACAGGCTACATTTGATAGACCTAGGTGTGACTCGTAAGTTTTTGCAGGGTTGGATATTTGGTCAATGGGGAGCGCCACAATTATCTCCTGAGGCCATATCAAACATGTCAATTGCTTTGACCAACATTTCACTACCATCAGAAATTCACCGAAAGTTTCGCCAGTTAGACGATGTCAGATTTTGGAAAGGCTCGGAGTATAGCTCGTTTTTACACTATGCTAGTGTTTTTGTATTAAAAGACCGCATTTCTTCCGAGGCCTATAATCATTTTCTTTTGTATTTCTGTGGCATTACTTTTTTGTCCAGCAGTTTCTACAAAAATCAATGGCATGTTGGTGGTCAAATGCTCACACTTTACGTGAAAGAATTTGGTCGCATATACGGAGAAGGTTATGTGAGTAGTAATGTTCACAACCTTGTACATATATATGACGAAGTAAAAAAGTTAGGACATTTATGGACCTTAAGCGCTTACGATTTTGAAAATTTCTTACAAATTATGACACATCTCTTAAGGCATGGCCACAAGAGTCTAGAACAGGTTATTAACCGTCTAACAGAATTAGAGTACTTGAACTCCCCTAATACCTTGGACAGCAATCGTTCCTTTTTCCTTCAAAATAACGGTAATAAGGTTATTCTTCATTTACGTAATTTTATTCTGAACAAGGGAAACCGGGATGGTTGGTTTCTCTCCTCTAATTTTGATGTAGTACGGTACAGTTCAGCAGAAAAAAATAATCGTAGTGTGCGAGTTTTTGGGCAAATAATTCGCGAAAAGAGTGAGTATTTCGACCGCCCAATATCATCTGCTATTTTATTTATCTGCAAAAGTAATATTAATTGTGTTTTGGAGCCAATAGTAGAATTTGATCCATGCAATATTATTGCTAAATATTGCACAATAATGTTAAATGACCAAGGCGATGCGCTTTTTATACCATTGGTTCATACTTTTATCGAGCCAACTGGTGATGCAGCTTTATAGCTTCAGCAGTACTGCAGTTTTATTTTTCGAATTATAGCCAAGTTTAAGT >UNKN.21528 TAACTTGTTAAGAAGAGTCAGCGTGCAAAACGGTAAAGCCAATGGCAGTGCAGAAATTATTATGAGTGATGTGATGGACGCGGTGTGTGAAAACAAGACAAGGGAACCGATTGTGGTGGGGAACAAAGCGTCTGAAACCGTTGATGGGCCCGTGAACAAGTGGTTAGGAAAAGACGGAAAAATTCTGGATTACAATGATCG >UNKN.27910 CAGAATTATACGTTCCAATCATTACGCAAACACTTGCAAGGGATGAATGTTTAGCTTCACTGTTCCTCGTTTATGTAGCGTTGCGTGTGCGAGTGTTTTCGTGAACCTGCGTCAGCATTGGTTGTTGATCATCTGTAAAAATAAGAAATCACTGTAATGACCCCGTTCAGCACGCACCAGTGACAATGTTCAGTGTTACTTCCAGTGACGTTTTACACATAAACACACACATAATTATCGC >UNKN.17761 CGGGGCATGTGTGAAAAAAATGTAAACAAAACAGCTGATGGAAAACGTGTTGCTAGATTTTCCGCTCTCGGCCGTTTTCCGGCACACGAACGGGTTGGCTCTCTTGAGTGTTTTCCCGCCGGAGTGCATCCGGCCGGCACTCACTCTCCCTGTCGAGGCAAAGACGGCGATGATGAGTGCCGAAGGGGTGCTTCTACTTTTGACAGGCTAGTGTATTGCTGTTAGAACGGTAGAATAACATACTTTTTGGGGAATGTGGTAAGAGATGCATGGAGTCGCGAGACTCAAAAACTCTATAGGCCAAACATGCTAAAAATATGGTTTTATAATTTTTATTAT >UNKN.39846 CCATCCTTTTTCCCCGGCGCCAGCATCTTCTGTACCATCGTAACTGGCGCTGTGCAAACCGCCCCAGTCCTTTTCCCGTCTCGAGTACGGACGGCGAGTACAGAAGAAAGAAAAGGGTGCTTCATGCCACGTGAAAACGGTGAACAGAGCGCGCGCAGCGAAGAGATTGAAACAAAACACCTTGAAATAAAAAGAAAAACCCCCACCCACTCTGCGCACCACCTTTCGCTCAGCTCATTTCGCGTGGCCTGAAAGTGGCCAAGAGCATTTCTTCTTCTCTTGCGCCAGCAGCTGCTGGTGCCGCGCGTTTTTGCCTTCTCGTGAGTGAAGCAACCGTAGCAGGCTATGGAAAAGCACGCAAGCTAAGAAGAAGTGCACAGTTTGAATGTTACTATTTTTATCGCACCGTCTCACGGGGTAGTCCTTGCATTCCCCCTCTACGCCCCTCTCTGCCGGCAGTTTGTGTCTGAGAAA An. gambiae Y sequences from our own Illumina assembly >2111708 TCTTCCCGGGTCAGTGAGGGAGGGGAGGGGGGGGGGGGGCCCCCCGTCTGTGGTGGTGAGTTTTAGAAAAGGGATTATTTTCCATGTTGGCGTGCCTTTCGTGCGCTGTACTCGTGATTCCCTTATCAGATGTACCCGTGTATCAAAAGGGTCACATTGTAGTTTGAAAACTTTGTTAGCCGTTCGAATGATCTGTTTTGCTACAAAAAGACATTCGTTTACACTGCTAATCATCTCATCTAAATTGCTATATAATGAAGCTCCTTGGTGTAAAATTTGTCTCGCAACGATGAAACTGATAATCGTCCGGCGCATACATTTTGTTCTGCGATTTCATATCGTTTCGGCGACTAAACACTGATCAAAGGGCGTCGTCGGCAGCAGAC >1169531 GAATTTAGGACGAGTACGAGTGAGTTATTGGCGACTGCGAACGACTAAACGAAATGACGTTACACTTATCCGGACATAATGTGAGGGAATTGCTAGAACACCAAGAGGAAAAAGATCAATAATATTTTGTAGGGAAATACAATCACTAGGAGACGAAACTGGGAGAAAGATTTTGAGATCGTCTGCGTAGCAGA >3260976 CTCATTTTGATAGTGGGCCGCAAATACAAATTTTCAATGAACTGCGGGCCGCAAAGTTGAAAATTGAAAACATGACCCATGAAAAAAGACAATACTTTTGTTAGATTCGATATAATTCATTGAGTTCATTTATTTAAAAAAAATAAAATAGGGTTTTTTACACAAATTTAATTTTTGTATTTTTCGCTTGAAACCTGGCACCGTTTGTTGTTTGTAATTTCTTCGATATTTGGTTGTATTGTTTGTGAACATACAATTTTTAAAACATTGCTCAGGTTTCGATCGGTCAGTCTGGTTCTGTGAGCTGTTTTGTTTGCTTTCATATGTGAAAACAACGTTTCACAAAGGTATGTGCTTCCGAAGTAGCTCAAAATTTCTGCTATCCTATTTTTCATGATAGGGAATTTGTCATTTAGATGACGGTATATTGCTGGGCTTCCGACCTCTCTATATTTCTCTTTTAATTCAGAATCATTCTGAAAGTCAATTACTTCTAATTGAATATCATGTGGAAGCTTCTCGACCTCCACCGAGAATGGCCCAACTATAAAAGAAAATATGTGCTCCAAGTCTTTTACATCAACAAATCTGCTTTCGAATTCTTTTCTTAGTTCAACTATTTTCGATGCATACTTGTCAAAATGTAATCCTTCAGTCTGGTTCTTAATTTTAGCGCAGGTTGGAAAGTGCATCAGCTCATCTTTAAGGATGTGAGACTCAAATAATTTGAGCTTCACTACAAATGCTTTGAGTGAGTCGTACATGTTGGTTATTAATTGATTTTTGCCTTGCATTTTCAAATTTAGATCGTTTAAATGTCCTGTTATGTCTGAAAGAAATGCGAGATCCTGCTGCCAAGATTGG >2315736 CACCGTTCCAGAATCGTCGAAGTCCGCCTGATCGATTCCAGCCCTCTCGACCAATCCAGATGGAATCGAACGGCACGGGGCGAGCACATCCGGCCTACTGCAACGTGACAGTCCTGCAAGAGAAGAACGTTAGTGACCCGACGCCACAGATCGACATACCTGTGTCGATGCCAGCCTGCGTCGTCTGCGGTGAGAGCTGCGGATCGCTGTCACAGTGCGAGAAGTTCATGGGAACTACCGTAGCTGCAAGGAGAGCATTTGTGAACGAGCGAAGGATGTGCAGGAAATGCCTCGGTTACCACGC >2646824 CAAATGTAGGAGCTGATTTAAAATATAATATTTATTGCGGATACACATTGAAAGGGATTAATAATTGATGCAGAAAATAAAATTTATGTACTAAAGTATAATTTCGTTATATTTCTATTTGTGAGTTTTCAAATATTTTCATTTCATGAACACCGTA >4222593 GCTGGGCGGACATGATGTATTTTGTTATCTTAAACACACTTTTTGGCACACAAAACTAGGGAATTGTTCTGGAACAATGCGGTCGGTATGATTGTTTGACATTTGCCGTCTCGATAATTGCCTACTTGATTGTAAATTATTCCAATGGTATCTGCGCTTGTTCAATTACAGAAGTGTGCCATCAATTTCAAAAC >1916223 TACAGATGTGCTTTAATAGATTTAATGTGTTAGGAAGTGAAAATTTTAACACATAGCAATTGGAACATGTTTTATTTTTGCAATCACAACCATTTTTACCATCAAATTCAACAAATTTACAAAAAATGCATATTTTTGTGACGACTTCGTTGTATTTATAATGGTGATATGGTTCCGAAAGTAATCGTATTGTGTTATTATAGTGTTGGTAAACAAAGATAACTCAAAAACTCTGTATAATATATATGGCACTTAGTTTTGAAGCTTTTTCCATATAAATAGCTACAATCACATTCTTAATACTGATTTTTTACATAATTTGACCGTGAAAAATTTATAAATTTGAGTGATGAAAATATTGATTAAAAAAGTGTAAAGCGATTGTAGACTCAGTTGGAGAAGCGAATTTCGGCCTTTTTTGGTAGATTACTTAAAGGAAACTCATTTCTGTTGCTTATTTTTGAGAAAACAATGCGAAATGTTAACAATATCTCGAAATAAATCTACAATGACCTGTTTTTTATCAATGTTATAACTA >273264 GTATATATACAATTTCAGTACCGGTAGGCTAAATGTATCAATAGTTGTGCAATTTGTAGGGGTACAGATGTGCTTTAATAGATTTAATGTGTTAGGAAGTGAAAATTTTAACACATAGCAATTGGAACATGTTTTATTTTTGCAATCACAACCATTTTTACCATCAAATTCAACAAATTTACAAAAAATGCATATTTTTGTGACGACTTCGTTGTATTTATAATGGTGATATGGTTCCGAAAGTAATCGTATTGTGTTATTATAGTGTTGGTAAACAAAGATAACTCAAAAACTCTGTATAATATATATGGCACTTAGTTTTGAAGCTTTTTCCATATAAATAGCTACAATCACATTCTTAATACTGATTTTTTACATAATTTGACCGTGAAAAATTTATAAATTTGAGTGATGAAAATATTGATTAAAAAAGTGTAAAGCGATTGTAGACTCAGTTGGAGAAGCGAATTTCGGCCTTTTTTGGTAGATTACTTAAAGGAAACTCATTTCTGTTGCTTATTTTTGAGAAAACAATGCGAAATGTTAAC >3912212 ACGCAAGCGGCTGATCGAATCAATAATAAAGACACGCGAATCACTGAAGCGGCTGGATGAGCTCGAGTCTGAAATCAAAAACCAAGTCATGCAAACCCAACGAAAGTACGAGAATCTGCGGAACCATCGACGCAGTCTTCAAGAAAACATGCGCCAAACGGTGAGCTCCGGTGGAGGCGAGAGGAGTAACGCTCCAGTTAGCTCCGTGTGCTCCCAGACATTGGGAACGATTTCGCAGCGAAGGATGTCCACGCTACCTCCGTCGGTCTGTCCGCCGAACGTGAACTCTCGCCCACCTGAGCGAAGATATTCGGTCGATTTCTTTCAATTTGGTAAACAGTGTGAAGATGTCGCAGGC >1336084 CCGTCGGTCTGTCCGCCGAACGTGAACTCTCGCCCACCTGAGCGAAGATATTCGGTCGATTTCTTTCAATTTGGTAAACAGTGTGAAGATGTCGCAGGCAAAGTCGGCGAACAGTAGTACGTTTAATTACATGGCAAACATGGCAAGAGTGTCGCAGGCAATTTTGGCAAACAATTCGTTTAATTTAGCAACCATTACAAAGATGTCGCAGGCAAGCTCACCGAACGATTCTGGCATCAGTATGAAAC >2836788 GTCGGGGTGTTGAACCACAGGATGTTGACCCCGCGAACGGCCATCCTTGTCGCGAATGGGCCGGCGCATGGAATTCTCCATGTCGCGGACCCACTCTTGAAATTCTTTCTCTTTTCGTCCCAAAGTGTTCGGGGGCTGCGCGATGGCGGTCTCGGCAGTTTGCGCTTCCGCAATATCGAGCTTTAGCAGCTCGCGTTCAAGCACAATACGCCGTCTGTGCCGCTCCTCACTTTCCCATCGTGCACTTTCAGACGCTGACAGCGTCT >129592 AAGAACGTTAGTGACCCGACGCCACAGATCGACATACCTGTGTCGATGCCAGCCTGCGTCGTCTGCGGTGAGAGCTGCGGATCGCTGTCACAGTGCGAGAAGTTCATGGGAACTACCGTAGCTGCAAGGAGAGCATTTGTGAACGAGCGAAGGATGTGCAGGAAATGCCTCGGTTACCACGCTGGCAAATGCCGTGCTCCACCGTGTGGAGTAGATGGATGCGGCGTTCAACATCACGA >3715825 ATTGCCCCCACCGCGTAAAACGGCCGCGTGCCGTAAAATGTCAATAATCCGCATTAACAACGAACGACGATGTCGCCGTAGCTGGGGATGTACAGCGAGAGCGGCCATTATCGGGCCGTGTTTTAATCGAGGCTCAGGGTGTGCGTGAAATAGCGAGAAGCGAGACGGCCGCCGGTAATGAGGAGATGTGTGCAAGGGGCGTGTTATACAATAATAATCATAATATTTAAAGTGGCAAGATTGGGAAGAAGATGGCAAAAGGGCTGTTCCGTTGACTTCGTCGAGTCTCTTGCTAAATTGAAAATAATGGCTTTGGCGTTTACTGTATTGCATTATTTTCATTAAGTTTTG >1698977 CGAGTCTCTTGCTAAATTGAAAATAATGGCTTTGGCGTTTACTGTATTGCATTATTTTCATTAAGTTTTGAACGGTTAACGGCCGTTTTGAAATTGATGGCACACTTCTGTAATTGAACAAGCGCAGATACCATTGGAATAATTTACAATCAAGTAGGCAATTATCGAGACGGCAAATGTCAAACAATCATACCGACCGCATTGTTCCAGAACAATTCCCTAGT >992098 ATTATTGATTCGATCAGCCGCTTGCGTTGCTTGTGTTGGAAGAGCAACGTTTGGTAGGACATCTGATACAGCTTGACCGGAAACGAGTGGTACAGCATCTTTTCCTTCCCGCCCATTGAACTGCCCAGCTCGGTAAAGTGCCGCAGAGAGTTGTTGCATACGGGACAGGTAGTGCCACGGTTTGTTTTCCCCATACACGTGCGGCACAGCACGTCCAGGCAGGATAGATGGTAGAACTTGGTGTCTTTATTCACCATCTGAGCGTTGCACAGGTTGCAGTGAATCCATTGCTGGGCGGACATGA >2602701 ATGCTTTTGCCAACACAGCCGCTACATGGTGAAAAAAGTGGGTCTGGATGTAATTTTTCATAAATTTCCAACAGACCCAACGCTGTTACGCAAATGGTTAGAATTTTATCAACGAGAGGAAGCTTGGGTGCCATCGATAAGCAGCATTTTATGTTCAGCACATTTCAACAAAACTGACTACCAGTTAATCAATTCGCCTTCGAAGGCTTATAGAAAAATTTTAAAATAGCTTAAGCCGTCTGGTAAGTTGTCATGTAATGTCCCACACTAATCTATACTAATATAAGCATACATTTGATAAAGTTACTAAATTTGAAGGGTTCATACATGTAGCTGCTGTTTCTCCGACGTTTCGCCCAACGTCGATGTTTAACTCCGAATCGAGTTCATGTTTTCCTTCGTAGACCATAAGGTTACTCCGTCTTTTAAGTATAGAACGAGTTATT >1406614 GGTAAAGAAAAACAGTGTGCAGCAAGAGCCAAGGTTGGAAGGAGGTGTGCGCAAGTGTTACAGTTGCGGCAAGCCGGGGCATCGGGCTCAAGATTGTTCCACGAAAAAACGATCAGCAGCTGACACGCACGCTTTTGTCCGTAATACAAACGAACGTACTCCGGTGAAGTGTTTTAGATGTGGTGGTGAGGGGCATTTCGCCAAAAATTGTGACAAAAACAGTTATAGTGTGATGGGTGGTCAAGCTATTGTAGCAGGTAGAGAGCTGCCAACAAAGAAAGTGAATATTTACGGAAAAGAATACACGGCTCTGATCGATACCGGGAGTGAAGTATCGCTCATGGGTTGGGAAGTGTTTTCTGAACTTCCACCGCGGTGCAAAGTGTGGAACCAGTCAAACCAAATTTTAAGGGGACT Autosomal homolog of sYG1 >AsA-bbx TACTCGATAAAGCTGGACATAGTATACGGTTAATTCTAAGTTCGCCAGGAAATTATTTGTGCTGAGGATAGCCCTGGTGTTTGGGAACTCTTTTCGACAGTATCCCTGCTCTGACACTAGATCTTGAGATGTTTAAGTTTATAAAGGACCTCCACGTGCTAGCTCCTGTATTGAGATGACGAAGAGCATAAACCCTTCGAGTGTTATGGGAAGACCACCTAATCGTGGCAATATCCCTAAGAACTGGCGGTTGGCTGAGTTTCTCTGGTCCAAGAACAACATCTAAAGGATGTCAAAACCAAGGAAAGTTCAGAGATGGAGGTGATTATCTCCACAAAAAACATTAAGGGACAGCTTGAACGTGTGGGATGCAGTTGTAGTTGTTTGATGTTAAACTACTTCCTAGTGACAAAAGGTAAAGACATTCGACAATGGTAGCATTCTAATCCAAATTTGTTTTTTCCTGTTATTTATTTCAGAACGCTAAACACACACACCACACACAAAAAGCCCCTTTATGTAAACATATAAAACTGAAAACAATAATCAGAACAATCACGAAAGTGCCGCTTTTATTAAGAGAACAAACAAATCGTCTACAGCACCATGCTACAAAACAGTGCCTACGGGACACCGTTGCTGGACGGCAAACCGGTGCTGCCTGAGATTAACTCCCATCATCAAACAGTGGACAAACTGGACACCGTCGCAGAACCTCAACAGCTCACGATCTGCAACAACAATAATGCGAACATTGCCAATCGCAACAGCACCAGTATCGTCGCACCTCCAAGATATGCCGTCGAGACACCAGCTCCAACCGTCGAACGCGATGGCTGGTATGGCCGTCTGTTGGACCACACAAACTACACACGGCACACGCCGGAACCAGCAGCGCACGATGTTCAACCATTAAAGACCGAGGACAACACATCACAGCGCAACGACGAAATTACTCCGAATGCTGCCGATGGTGAGGAGCTGCTTATTGGCACGTGCCAGCAGCACATGGTGCCACACGCCCAAACGCCGGCCGAGGAAGTCACACAACCGCAAGACAACATCGCGGCTGCTGTGGCGTGCAGTCCGAAGAAGAAGGCAGGACAGCGGCGGCCAATGAATGCGTTCCTCCTTTTTTGTAAACGGCATCGGTCAGTGTTGAAGGAACACTATCCGGAGGAAAACAGGTGCGTGTGACTGTGTGTCTGTGTCTGCATCTGACCTAATCCTTGGTTATCTACTCCTCATCCCAGGGCAATCACAAAAAAGCTTGGCAAATGGTGGAAAAATGCAACAGCGGAACAGAAAAAACCCTACCAGCTGCTGGCGGAAAAGGTATCCCGGCACATTCCATTCCGTTCAGGTGGGAACTCAGCTAACACTGCCGTTTCTGTTGTTTCAGAACAAAACTAAGTTTTTGGACGTAAATCCCGGTTTCCGGTGGTGCAAAAGTTCCACCATGGCGTCGTGTGACAAAAACGTTGATGGCGAACCAGTTTTGAGCGAAGGAAAGACTGAGCCAATGGAGACCGAACCGGAGGCAACGATATCGCCTGCTCATTTGGAGGCGGCCCAAGCTTTGGTGAGCTTGCGTGGAAGCGTCGAGGATCGCCGTCCGCTCACTACGTTCAAGCTGGCGGATGATTCGGACATGGGAAGCTTAAACAAACTGTGCGTCGAAACGCGACAGTGCGGTGATAGAGCAGGTAAGTGTTGGCAGACTGAAGAATTAGGAGGAAGATGGAACAGCAGCATAAGCCTTCCTTCCTTTCGCCATTAGATGCGGGACAGCCTTGGAAGCCACGATACAACCGAGTTGCCGAATCAGATCAATGTTCCACTGGTGTTGGTAATGTCCCGGATCAGGTTAATGATGGTACCGAAAGCACAACTCGTGCTGCTAGGTCTTGTAAGGCCAAGTGGTACTATGACTTTATGAGTCATATGTACCCGAGCATGCAGACCAAACGTGCCACTAGCTCGAAGAAAACGCAGAAGGCGCACAATGATCGTACCAGTCGGGATCGCGAGTCAAATACGGGATGTCTAGTGGAACCCACAGATGTAGAGGCATTGATCGGAAACCTGGACCGGGAACTAGACAAAGAGCTTATGAGCATACCCGCGCTTAGCATCGATCTTTTCCGTGCCATTCAGAACAACGAAAAAAGGCGCAAAAAATGTCAAAGTAATTATGTGATCCTTACGTTTAACAGTGACTAACATATCTTCCCTACCATCTAGAGTCTGGCTCCAAAGCTTCACTAAAGATTTGCAACCTGCCATCGCCTCCGGTAGCCGCGATATGTACAACGATCAATACAAACGACAATACAATGTCTACGCCGGAAAACCGGATTTCTGTGGTGCCATCGACCGTGCAACCGGTACCACCACCATCCACCAAACCCGTCGGTTGTCGGAAGCGGAAGCCACCGCGAGAAAGCATAACCCGGTATGTCCTACCCACGACTGACCAAAGATAGAGGTACCTGCCCAATTCGTTTGGTGAAGATCTTGATCTCCGATCTCCCTTTCCGGATCTCGGCTAGGACGGAAAACATGGCTTACGTTGTTTGTTTTTTTTTTCCTGTAAGACTAAGCATACTAGTTAAGCACAAAAGTATTGCGGTAAGAGCTACAATGGAATGCCTGTTAACTTTGCTACCTGGACAAATATGGTGGGCATCGTTTTGTTCCGGTTTTGATCATGGATTGTTTTCTCGGATTGTTATAAGGTCCGCGCCCAGTCCTTAAAATCCACCGGTAATTTAGTTCGGGAACAAAACGATATCCTTATTTGCTTACTCAGTTAGGACTTAGGGCTTTAGAAACCTTAGATTAAGGGACGCAATAAGAGATAGACTAAGACGCGTAAAGGAAAAGGGGGAGATACTATTTATTTGCATTTTAGAAACGTTTAGCAAAGCTAATCATAACAACAGCAGGAAAACAGAATGCCAAAAAATGAAGATTCATGCTAGTTTGCTACACAGCGGTGCTCGAGTGGCCATAGTTGTCTGACCGAAAAAAGGTTGGAACCAGACCCTAGTCGTCCCTAGATGGAAGCAGTTGCAGCTTATCATCACGCTGTTCCATCACGTGGTCGTCGTGACCGGCTCTGAGACGCTATATCCTGGCATCCAATATAGTGGAACCAAAATGGAGAGGTAGTGAAAAAGATTACCATGGCAACGCATAGAATGTGACAGAGAGGGCTAGAGTGAAGCGAAATCTTTCCGATATTTCAGCTCGAGGAGGCGAAATCTTTTTGACGTATTTCTTTATATGAAATTAAAAACTAACATTAAATCTCCTCCAGCTCTAATCCAATAGCAGGCCTGTGTTTTGGTATTATGAACAACACAGCCAGAGCTGAACATAATATGCCATGAAGAGCGAGGAAGCGAAGAGTTCGTGTCTGAAACCTTCGGATTATGCTTCCAATCAAAGCAAATTTTAACTTCGATTTTACTCCTTCTCGAAGCGTTTTCGAAACACAAAATCTATCGGTTTGGTTCGTCGGGTGTAAGTCCTTAGTGAAGCCTTTTAGGATAAACGGAATGAAGTGGTTGTTCAAGCCAAGAAGACGATAAATTTGTACTTTAGAAGAAGTGGTCCCGGCAGAAAAGAGATAACATGACACACCAGACAGCAGATCACAATTCTTGCAGACTTTTTATACAAAGCGTGCAAAATCGTGGACCGCCATCAATTCCTATATACTAGTTGTCCCAAAAAAGTTACCAGGACAAACCCGTTTTAATTATAAA Digital Droplet Autosomal Reference Sequence >autoRef ATTGGACGGCTCGATTGGACGGCTCGATTGGTTCGGCGATTAGTATTTCCCTAGAACAGCTGCTCGATCAGATCCCGATAGTACTGCACTTGCTTGTGTTCCAGCGTACGGCGATTTAGCGAAAACATTACGGGGCAGTCCAAAGAGCTGCAGGCCGTTTCAAACGTGCGCTGGCAGCACGATCGACACATCTGCGTAGCAAAGGAGAGAAACATCAACAATGCATGAAAATGATCGTCTAAACAATCCTCCCAAACTGACCTTTTCGGTGAGCTCCAGTTTCCGTTCCAGCTTGTTTACTTTGTTCATCACATGCACCAGCGCTCGCTGGGGCTGCTGGCGACAGTCCTTACACACGCCGTGGTGCGTCTGTTTTCCACAGTCCACGACGCAGTTTGTGGTCGAAAAGTACTGCGAGATTGTAACTTTTTTATGCATCTGTTGATCGGTCGTCGTTGTCGGCAGCTTATCGCCCGGTGCAACACCACCACCGGTATTGTGTAACATAAGGGTCTTGCGGGGCAGCTCGTTGTACCACTGGTTAACATCCGCGCCGATTAGCAGAAGACACCGATTGAGCGGTGGAATAATAGCCTTCGTAATGTAGTAATTAGCATTAATTTTGAGACCTTCGTTCGCGAGCAGTTCGTCGGGACTTCGCACCAGACGAATGAGGGGAACAAGCGGTGGACCACTCACTATCACGTACGGTACTCGCTGTCCTTGGCGAGGTTCACGGCGCGGATCGGTTAGCTTCCACTTTCTGCAAAGGATAGGTGAGTGAAAATTTGGTGATCTATAATGATCTAACGAACCAACTACCTCATCAGCTCCAAGGCCGGTACACATGCCCCCGGTTTGTAACCGCTCTCGCCCCGAAACTCCTTCGCAAATATGAAGTCCTGCAGGTTGACGCGTCCCTCGAGAATTTTCGTAAACTGTCGACAAGTGTACTGCCGCACCTTCGACACGTCGCAAGTTTCGAACAGTATGCGCAACACCTTCTCGAGCATCTTTGCCACCACGGGACACCCATCTCGGCGGACCGTCTCGATGCCCTTCGCTTCGTACACCGGTGTCTCTTGATCTGCCGATTCGTACATGTATCCCACGTACCGTTTCTTCGTCTGTGGATGGAGGACACCAATTGCTATTTATCAATCCGAAGCTCCAGCGACAACAAAACTCGAGATACGACACTCCACGTGTGGATAAGAAGGCGCACGATGAACACTCTGCGCAATGCCAGCGCCAGCTATAAATACGGCGAGAAGTTTTGATTTTGCGAACGGTTGCACCGCACAGTATGAGGCGATTACTTTTTATTATCATCCCGGCCATCGTCACAATCGGACACTCGATCCGACCGCCCATTATCGATGGGAGGGAAGCGGATCTACACGAGTTCCCGTACCAGGTGTCGTTACAGTGGAACTTTAACAATGGTTCACGCCCAACGCATTTCTGTTCCGGATCGATCCTCAACCGGGACTGGATTCTAACGGCAGCGCACTGCATGGAAAATCTCTCGGGCAACGGTTGGTACGAGATCGTCGCAGGTGTGAACAACATTGCCCACGAAGAACCCGGAGCACAGCGACGAAATGTGTCGCGGTTCGTCAAGCATCCGTTGTTCAATGAACTCACCATCAAGCATGATATCGCTGTGGTAAGCGGAATTGGAAGTAAATGAGCAAATGGTGATCTTTCTGAACAGCAATGCTCTTGTTTCAGATTCTGCTCTCGGAACCGTTGCACCTGAACGGCAACATTAAAACAATGAGACTGGCGACGGGTAGCACAGTTGTCCTGCAGACGCACGCAAAGTTTGCTGGGTGGGGCTCAATTTCCAAAACTATGGTCAACATTTTCCCCGATATGCTGATGGTGAGTTAATGGGGCCTTTTTGCAATGTGCCCG Revised An. stephensi scaffold00149 (first 70000 bp) >scaffold00149 (1-70,000 bp, with contig114972 added according to 454 pair-end sequencing data) 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