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##FILTER=<ID=LowQual,Description="Low quality">
##FILTER=<ID=my_snp_filter,Description="QD < 2.0 || FS > 60.0 || MQ < 40.0 || HaplotypeScore > 13.0 || MappingQualityRankSum < -12.5 || ReadPosRankSum < -8.0">
##FORMAT=<ID=AD,Number=.,Type=Integer,Description="Allelic depths for the ref and alt alleles in the order listed">
##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Approximate read depth (reads with MQ=255 or with bad mates are filtered)">
##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality">
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
##FORMAT=<ID=PL,Number=G,Type=Integer,Description="Normalized, Phred-scaled likelihoods for genotypes as defined in the VCF specification">
##GATKCommandLine=<ID=HaplotypeCaller,Version=2.7-2-g6bda569,Date="Mon Jan 13 14:03:38 CET 2014",Epoch=1389618218009,CommandLineOptions="analysis_type=HaplotypeCaller input_file=[Sample_HCC_G.sorted.dedup.reassign.recal.bam] read_buffer_size=null phone_home=AWS gatk_key=null tag=NA read_filter=[] intervals=null excludeIntervals=null interval_set_rule=UNION interval_merging=ALL interval_padding=0 reference_sequence=/Homo_sapiens/Ensembl/GRCh37/Sequence/WholeGenomeFasta/genome.fa nonDeterministicRandomSeed=false disableDithering=false maxRuntime=-1 maxRuntimeUnits=MINUTES downsampling_type=BY_SAMPLE downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=250 baq=OFF baqGapOpenPenalty=40.0 fix_misencoded_quality_scores=false allow_potentially_misencoded_quality_scores=false useOriginalQualities=false defaultBaseQualities=-1 performanceLog=null BQSR=null quantize_quals=0 disable_indel_quals=false emit_original_quals=false preserve_qscores_less_than=6 globalQScorePrior=-1.0 allow_bqsr_on_reduced_bams_despite_repeated_warnings=false validation_strictness=SILENT remove_program_records=false keep_program_records=false sample_rename_mapping_file=null unsafe=ALLOW_N_CIGAR_READS disable_auto_index_creation_and_locking_when_reading_rods=false num_threads=1 num_cpu_threads_per_data_thread=1 num_io_threads=0 monitorThreadEfficiency=false num_bam_file_handles=null read_group_black_list=null pedigree=[] pedigreeString=[] pedigreeValidationType=STRICT allow_intervals_with_unindexed_bam=false generateShadowBCF=false logging_level=INFO log_to_file=null help=false version=false out=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub no_cmdline_in_header=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub sites_only=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub bcf=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub graphOutput=null bamOutput=null bam_compression=null disable_bam_indexing=null generate_md5=null simplifyBAM=null bamWriterType=CALLED_HAPLOTYPES dbsnp=(RodBinding name= source=UNBOUND) comp=[] annotation=[ClippingRankSumTest, DepthPerSampleHC] excludeAnnotation=[SpanningDeletions, TandemRepeatAnnotator] heterozygosity=0.001 indel_heterozygosity=1.25E-4 genotyping_mode=DISCOVERY standard_min_confidence_threshold_for_calling=30.0 standard_min_confidence_threshold_for_emitting=10.0 alleles=(RodBinding name= source=UNBOUND) max_alternate_alleles=6 input_prior=[] contamination_fraction_to_filter=0.0 contamination_fraction_per_sample_file=null p_nonref_model=EXACT_INDEPENDENT exactcallslog=null kmerSize=[10, 25] dontIncreaseKmerSizesForCycles=false numPruningSamples=1 dontRecoverDanglingTails=false emitRefConfidence=NONE GVCFGQBands=[1, 10, 20, 30, 40, 50] indelSizeToEliminateInRefModel=10 minPruning=2 gcpHMM=10 includeUmappedReads=false useAllelesTrigger=false useFilteredReadsForAnnotations=false phredScaledGlobalReadMismappingRate=45 maxNumHaplotypesInPopulation=128 mergeVariantsViaLD=false pair_hmm_implementation=LOGLESS_CACHING keepRG=null justDetermineActiveRegions=false dontGenotype=false errorCorrectKmers=false debug=false debugGraphTransformations=false useLowQualityBasesForAssembly=false dontTrimActiveRegions=false dontUseSoftClippedBases=false captureAssemblyFailureBAM=false allowCyclesInKmerGraphToGeneratePaths=false noFpga=false errorCorrectReads=false kmerLengthForReadErrorCorrection=25 minObservationsForKmerToBeSolid=20 maxDiscARExtension=25 maxGGAARExtension=300 paddingAroundIndels=150 paddingAroundSNPs=20 pcr_indel_model=CONSERVATIVE activityProfileOut=null activeRegionOut=null activeRegionIn=null activeRegionExtension=null forceActive=false activeRegionMaxSize=null bandPassSigma=null min_mapping_quality_score=20 filter_reads_with_N_cigar=false filter_mismatching_base_and_quals=false filter_bases_not_stored=false">
##GATKCommandLine=<ID=SelectVariants,Version=2.7-2-g6bda569,Date="Tue Jan 14 08:35:25 CET 2014",Epoch=1389684925141,CommandLineOptions="analysis_type=SelectVariants input_file=[] read_buffer_size=null phone_home=AWS gatk_key=null tag=NA read_filter=[] intervals=null excludeIntervals=null interval_set_rule=UNION interval_merging=ALL interval_padding=0 reference_sequence=/Homo_sapiens/Ensembl/GRCh37/Sequence/WholeGenomeFasta/genome.fa nonDeterministicRandomSeed=false disableDithering=false maxRuntime=-1 maxRuntimeUnits=MINUTES downsampling_type=BY_SAMPLE downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=1000 baq=OFF baqGapOpenPenalty=40.0 fix_misencoded_quality_scores=false allow_potentially_misencoded_quality_scores=false useOriginalQualities=false defaultBaseQualities=-1 performanceLog=null BQSR=null quantize_quals=0 disable_indel_quals=false emit_original_quals=false preserve_qscores_less_than=6 globalQScorePrior=-1.0 allow_bqsr_on_reduced_bams_despite_repeated_warnings=false validation_strictness=SILENT remove_program_records=false keep_program_records=false sample_rename_mapping_file=null unsafe=null disable_auto_index_creation_and_locking_when_reading_rods=false num_threads=1 num_cpu_threads_per_data_thread=1 num_io_threads=0 monitorThreadEfficiency=false num_bam_file_handles=null read_group_black_list=null pedigree=[] pedigreeString=[] pedigreeValidationType=STRICT allow_intervals_with_unindexed_bam=false generateShadowBCF=false logging_level=INFO log_to_file=null help=false version=false variant=(RodBinding name=variant source=Sample_HCC_G_raw_variants.vcf) discordance=(RodBinding name= source=UNBOUND) concordance=(RodBinding name= source=UNBOUND) out=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub no_cmdline_in_header=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub sites_only=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub bcf=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub sample_name=[] sample_expressions=null sample_file=null exclude_sample_name=[] exclude_sample_file=[] select_expressions=[] excludeNonVariants=false excludeFiltered=false restrictAllelesTo=ALL keepOriginalAC=false mendelianViolation=false mendelianViolationQualThreshold=0.0 select_random_fraction=0.0 remove_fraction_genotypes=0.0 selectTypeToInclude=[SNP] keepIDs=null fullyDecode=false forceGenotypesDecode=false justRead=false maxIndelSize=2147483647 ALLOW_NONOVERLAPPING_COMMAND_LINE_SAMPLES=false filter_reads_with_N_cigar=false filter_mismatching_base_and_quals=false filter_bases_not_stored=false">
##GATKCommandLine=<ID=VariantFiltration,Version=2.7-2-g6bda569,Date="Tue Jan 14 08:53:49 CET 2014",Epoch=1389686029191,CommandLineOptions="analysis_type=VariantFiltration input_file=[] read_buffer_size=null phone_home=AWS gatk_key=null tag=NA read_filter=[] intervals=null excludeIntervals=null interval_set_rule=UNION interval_merging=ALL interval_padding=0 reference_sequence=/Homo_sapiens/Ensembl/GRCh37/Sequence/WholeGenomeFasta/genome.fa nonDeterministicRandomSeed=false disableDithering=false maxRuntime=-1 maxRuntimeUnits=MINUTES downsampling_type=BY_SAMPLE downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=1000 baq=OFF baqGapOpenPenalty=40.0 fix_misencoded_quality_scores=false allow_potentially_misencoded_quality_scores=false useOriginalQualities=false defaultBaseQualities=-1 performanceLog=null BQSR=null quantize_quals=0 disable_indel_quals=false emit_original_quals=false preserve_qscores_less_than=6 globalQScorePrior=-1.0 allow_bqsr_on_reduced_bams_despite_repeated_warnings=false validation_strictness=SILENT remove_program_records=false keep_program_records=false sample_rename_mapping_file=null unsafe=null disable_auto_index_creation_and_locking_when_reading_rods=false num_threads=1 num_cpu_threads_per_data_thread=1 num_io_threads=0 monitorThreadEfficiency=false num_bam_file_handles=null read_group_black_list=null pedigree=[] pedigreeString=[] pedigreeValidationType=STRICT allow_intervals_with_unindexed_bam=false generateShadowBCF=false logging_level=INFO log_to_file=null help=false version=false variant=(RodBinding name=variant source=Sample_HCC_G_snps.vcf) mask=(RodBinding name= source=UNBOUND) out=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub no_cmdline_in_header=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub sites_only=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub bcf=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VariantContextWriterStub filterExpression=[QD < 2.0 || FS > 60.0 || MQ < 40.0 || HaplotypeScore > 13.0 || MappingQualityRankSum < -12.5 || ReadPosRankSum < -8.0] filterName=[my_snp_filter] genotypeFilterExpression=[] genotypeFilterName=[] clusterSize=3 clusterWindowSize=0 maskExtension=0 maskName=Mask filterNotInMask=false missingValuesInExpressionsShouldEvaluateAsFailing=false invalidatePreviousFilters=false filter_reads_with_N_cigar=false filter_mismatching_base_and_quals=false filter_bases_not_stored=false">
##INFO=<ID=AC,Number=A,Type=Integer,Description="Allele count in genotypes, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele Frequency, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
##INFO=<ID=BaseQRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score from Wilcoxon rank sum test of Alt Vs. Ref base qualities">
##INFO=<ID=ClippingRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score From Wilcoxon rank sum test of Alt vs. Ref number of hard clipped bases">
##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Approximate read depth; some reads may have been filtered">
##INFO=<ID=DS,Number=0,Type=Flag,Description="Were any of the samples downsampled?">
##INFO=<ID=FS,Number=1,Type=Float,Description="Phred-scaled p-value using Fisher's exact test to detect strand bias">
##INFO=<ID=HaplotypeScore,Number=1,Type=Float,Description="Consistency of the site with at most two segregating haplotypes">
##INFO=<ID=InbreedingCoeff,Number=1,Type=Float,Description="Inbreeding coefficient as estimated from the genotype likelihoods per-sample when compared against the Hardy-Weinberg expectation">
##INFO=<ID=MLEAC,Number=A,Type=Integer,Description="Maximum likelihood expectation (MLE) for the allele counts (not necessarily the same as the AC), for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=MLEAF,Number=A,Type=Float,Description="Maximum likelihood expectation (MLE) for the allele frequency (not necessarily the same as the AF), for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=MQ,Number=1,Type=Float,Description="RMS Mapping Quality">
##INFO=<ID=MQ0,Number=1,Type=Integer,Description="Total Mapping Quality Zero Reads">
##INFO=<ID=MQRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score From Wilcoxon rank sum test of Alt vs. Ref read mapping qualities">
##INFO=<ID=QD,Number=1,Type=Float,Description="Variant Confidence/Quality by Depth">
##INFO=<ID=ReadPosRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score from Wilcoxon rank sum test of Alt vs. Ref read position bias">
##contig=<ID=1,length=249250621>
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1	566768	.	A	T	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=1.733;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.480;QD=3.18;ReadPosRankSum=-1.733	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:60:60,0,746
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1	881627	.	G	A	2259.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,52:52:99:2288,157,0
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1	888659	.	T	C	1674.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,31:31:99:1703,117,0
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1	889713	.	C	A	364.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:393,27,0
1	891021	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	891059	.	C	T	135.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:163,12,0
1	892745	.	G	A	274.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:303,21,0
1	893280	.	G	A	267.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:296,21,0
1	893631	.	A	G	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
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1	897564	.	T	C	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
1	900285	.	C	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
1	900286	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
1	900730	.	G	A	173.31	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=28.88;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,5:6:1:199,1,0
1	900972	.	T	G	264.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:293,21,0
1	901023	.	T	C	266.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:295,21,0
1	901607	.	C	G	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
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1	909419	.	C	T	348.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=-1.775;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.085;QD=26.83;ReadPosRankSum=2.451	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,10:13:68:377,0,68
1	910179	.	G	A	202.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=28.97;ReadPosRankSum=-0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:25:231,0,25
1	910438	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	910903	.	T	C	270.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:299,21,0
1	931508	.	T	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
1	931548	.	G	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	935222	.	C	A	10.20	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.719;ClippingRankSum=-2.121;DP=41;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.092;QD=0.25;ReadPosRankSum=1.866	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:35,6:41:38:38,0,3403
1	935459	.	A	G	176.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:205,15,0
1	935715	.	C	T	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=17.75;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:65:117,0,65
1	935833	.	C	G	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
1	936111	.	C	T	49.85	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.62;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:17:78,0,17
1	936194	.	A	G	181.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:210,15,0
1	936210	.	C	A	217.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:246,18,0
1	943468	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	943907	.	C	G	47.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=11.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
1	944564	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
1	945096	.	C	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
1	945111	.	C	T	61.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:89,9,0
1	945188	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	945474	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	947034	.	G	A	143.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:171,12,0
1	948135	.	A	G	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:29:80,0,29
1	948870	.	C	G	424.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:453,33,0
1	948921	.	T	C	1944.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,45:45:99:1973,135,0
1	949235	.	G	A	223.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:252,18,0
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1	949654	.	A	G	3160.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,74:74:99:3189,223,0
1	955597	.	G	T	720.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=-1.433;DP=24;FS=2.644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.039;QD=30.03;ReadPosRankSum=1.433	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,20:24:87:749,0,87
1	973336	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	973458	.	C	T	304.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:333,24,0
1	973668	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	974180	.	G	T	96.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:124,9,0
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1	995775	.	T	C	178.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=29.79;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:62:207,0,62
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1	998395	.	A	G	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.19;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:71:77,0,71
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1	1003971	.	T	C	64.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=-1.001;DP=25;FS=4.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.185;QD=2.59;ReadPosRankSum=0.111	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,4:25:93:93,0,823
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1	1035414	.	T	C	52.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.60;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:22:81,0,22
1	1048099	.	T	C	94.85	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.71;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:17:123,0,17
1	1156878	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:32:81,0,32
1	1158631	.	A	G	1934.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,46:46:99:1963,138,0
1	1196863	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	1215445	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:75,0,33
1	1229538	.	C	T	289.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.289;DP=12;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=24.15;ReadPosRankSum=0.289	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,8:12:99:318,0,129
1	1241800	.	A	G	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
1	1242707	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
1	1247494	.	T	C	1388.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,33:33:99:1417,99,0
1	1249187	.	G	A	1966.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,47:47:99:1995,141,0
1	1252723	.	T	C	38.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:67:67,0,197
1	1253386	.	T	C	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=15.35;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:61:105,0,61
1	1253944	.	T	C	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.19;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:76:77,0,76
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1	1310668	.	A	C	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
1	1343155	.	A	G	86.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=21.70;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:25:115,0,25
1	1344254	.	A	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,200
1	1344255	.	A	G	173.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=28.96;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:27:202,0,27
1	1383710	.	A	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=14.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:72:72,0,77
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1	1404991	.	A	G	136.80	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=27.36;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:21:165,0,21
1	1413350	.	C	T	141.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.608;ClippingRankSum=0.784;DP=20;FS=4.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.041;QD=7.09;ReadPosRankSum=0.041	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,6:20:99:170,0,1842
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1	1419743	.	A	G	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=-1.589;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=4.60;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:65:65,0,197
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1	1419773	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	1419948	.	A	G	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=-1.768;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.118;QD=2.62;ReadPosRankSum=1.532	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:57:57,0,348
1	1431165	.	C	T	735.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=-0.163;DP=38;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.429;QD=19.36;ReadPosRankSum=-0.103	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,22:38:99:764,0,524
1	1457136	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.69;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:73:75,0,73
1	1464158	.	C	T	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.683;ClippingRankSum=1.001;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=8.20;ReadPosRankSum=-1.203	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:102,0,244
1	1469501	.	C	T	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=1.010;DP=29;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.433;QD=3.27;ReadPosRankSum=-0.895	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,5:29:99:123,0,915
1	1477244	.	T	C	205.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.161;DP=39;FS=3.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.197;QD=5.28;ReadPosRankSum=-0.125	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:30,8:38:99:234,0,1167
1	1479333	.	A	G	345.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=-0.288;DP=76;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.288;QD=4.55;ReadPosRankSum=-0.007	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:62,14:76:99:374,0,2479
1	1549354	.	G	A	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
1	1549720	.	C	T	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
1	1550702	.	A	G	135.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=27.15;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:164,0,31
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1	1551927	.	T	C	332.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=-2.633;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.796;QD=22.18;ReadPosRankSum=2.143	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,10:15:99:361,0,156
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1	1558792	.	T	C	167.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:196,15,0
1	1588670	.	G	A	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
1	1590526	.	G	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
1	1590613	.	G	C	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:74:74,0,79
1	1594315	.	C	T	415.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:444,33,0
1	1594977	.	T	C	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.683;ClippingRankSum=-0.573;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=8.86;ReadPosRankSum=1.203	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:108,0,234
1	1595006	.	T	C	194.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=-0.760;DP=21;FS=1.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.181;QD=9.27;ReadPosRankSum=0.036	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,8:21:99:223,0,486
1	1595074	.	T	C	141.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=-0.429;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.306;QD=9.45;ReadPosRankSum=1.041	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,5:15:99:170,0,395
1	1595137	.	T	C	16.86	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.953;ClippingRankSum=0.425;DP=15;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.085;QD=1.12;ReadPosRankSum=0.594	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,2:15:45:45,0,510
1	1595198	.	A	G	669.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:698,51,0
1	1595540	.	T	C	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.120;ClippingRankSum=-0.672;DP=21;FS=2.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.567;QD=4.04;ReadPosRankSum=0.493	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,4:21:99:113,0,656
1	1596974	.	C	T	1009.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1038,72,0
1	1596994	.	C	T	228.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.361;ClippingRankSum=0.417;DP=26;FS=4.178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.528;QD=8.80;ReadPosRankSum=-0.028	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,8:26:99:257,0,701
1	1599161	.	A	G	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
1	1599888	.	A	G	309.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=2.003;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.061;QD=28.16;ReadPosRankSum=-1.061	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,9:11:52:338,0,52
1	1602536	.	G	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
1	1602587	.	C	T	83.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:111,9,0
1	1603236	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	1647814	.	T	C	1399.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.749;DP=51;FS=6.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.454;QD=27.45;ReadPosRankSum=-0.559	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,37:51:99:1428,0,438
1	1647871	.	T	C	1364.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.367;ClippingRankSum=-0.786;DP=44;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.611;QD=31.02;ReadPosRankSum=1.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,35:44:99:1393,0,257
1	1649392	.	C	T	96.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:124,9,0
1	1650807	.	T	C	369.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=1.713;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.467;QD=26.41;ReadPosRankSum=1.557	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,11:14:99:398,0,492
1	1650832	.	A	G	310.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.264;ClippingRankSum=-1.085;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.217;QD=13.51;ReadPosRankSum=0.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,10:23:99:339,0,1441
1	1650845	.	G	A	413.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=-2.021;DP=40;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.347;QD=10.34;ReadPosRankSum=1.126	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:27,13:40:99:442,0,1485
1	1653046	.	T	A	345.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.137;ClippingRankSum=1.025;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.381;QD=14.41;ReadPosRankSum=1.083	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,10:24:99:374,0,522
1	1660043	.	T	A	86.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:114,9,0
1	1660110	.	C	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
1	1660726	.	T	C	1127.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:78:1156,78,0
1	1660735	.	T	C	1127.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.33	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:78:1156,78,0
1	1662428	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
1	1662895	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	1663851	.	G	C	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
1	1663861	.	G	A	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:12:176,12,0
1	1664019	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	1667323	.	C	T	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=14.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:28:73,0,28
1	1683900	.	G	A	979.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.322;ClippingRankSum=0.091;DP=32;FS=3.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.048;QD=30.62;ReadPosRankSum=-0.091	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,25:32:99:1008,0,205
1	1684169	.	C	G	836.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.025;DP=29;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.178;QD=28.85;ReadPosRankSum=0.178	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,22:29:99:865,0,214
1	1684472	.	C	T	834.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.083;DP=37;FS=3.053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.044;QD=22.56;ReadPosRankSum=0.714	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,26:37:99:863,0,344
1	1685213	.	C	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
1	1686040	.	G	T	359.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.232;ClippingRankSum=-2.396;DP=43;FS=7.319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.692;QD=8.37;ReadPosRankSum=2.180	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,12:43:99:388,0,1168
1	1687152	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	1687482	.	G	T	78.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=19.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:107,0,33
1	1688192	.	A	G	214.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:243,18,0
1	1689762	.	T	C	10.20	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.10;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:37:38,0,37
1	1691050	.	C	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
1	1718642	.	C	A	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:80,0,36
1	1849529	.	A	G	140.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:168,12,0
1	1987993	.	T	C	53.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.058;ClippingRankSum=-0.853;DP=27;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.467;QD=1.99;ReadPosRankSum=1.194	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,4:27:82:82,0,906
1	2041155	.	C	T	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
1	2116287	.	C	T	171.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=28.63;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:25:200,0,25
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1	2297994	.	G	C	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
1	2298202	.	T	C	93.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.44;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:122,0,34
1	2298254	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
1	2298255	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
1	2299627	.	T	C	178.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:207,15,0
1	2299912	.	T	C	137.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:165,12,0
1	2300546	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:78,0,33
1	2300557	.	G	A	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
1	2303284	.	T	C	12.48	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=6.24;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:4:39,0,4
1	2324008	.	C	T	294.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:323,24,0
1	2326009	.	G	A	275.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:304,21,0
1	2326812	.	A	G	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
1	2328714	.	A	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
1	2329808	.	A	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
1	2332391	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	2332988	.	T	C	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
1	2333031	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	2335676	.	A	G	483.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:512,36,0
1	2337537	.	C	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
1	2339115	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	2339139	.	G	A	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
1	2339395	.	A	G	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
1	2340200	.	T	C	738.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:767,54,0
1	2441358	.	T	C	301.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.413;ClippingRankSum=1.589;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.706;QD=16.76;ReadPosRankSum=-0.883	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,9:18:99:330,0,307
1	2452569	.	T	C	772.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=-0.908;DP=21;FS=5.441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.908;QD=28.71;ReadPosRankSum=0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,20:21:35:801,35,0
1	2521102	.	C	T	516.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=-1.236;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.969;QD=22.47;ReadPosRankSum=1.102	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,16:23:99:545,0,205
1	2521430	.	C	T	843.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:872,60,0
1	3383898	.	A	G	541.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:570,39,0
1	3389727	.	C	T	846.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:875,66,0
1	3394640	.	A	G	254.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:283,21,0
1	3394674	.	T	C	251.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:280,21,0
1	3395039	.	G	A	432.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:461,33,0
1	3397188	.	T	C	866.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:895,63,0
1	3397455	.	G	A	508.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:537,39,0
1	3397564	.	C	T	355.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:384,27,0
1	3402233	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
1	3414105	.	C	T	228.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.762;DP=9;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=25.42;ReadPosRankSum=-0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:55:257,0,55
1	3416449	.	C	A	915.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.632;ClippingRankSum=-0.805;DP=32;FS=3.764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.675;QD=28.62;ReadPosRankSum=0.936	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,24:32:99:944,0,234
1	3416758	.	A	G	196.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=24.60;ReadPosRankSum=-0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:61:225,0,61
1	3417131	.	A	G	374.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.051;ClippingRankSum=0.354;DP=14;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.354;QD=26.77;ReadPosRankSum=-0.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,10:14:99:403,0,129
1	3417960	.	G	A	319.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.740;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.370;QD=26.65;ReadPosRankSum=-0.740	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,9:12:95:348,0,95
1	3418171	.	A	G	331.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:360,27,0
1	3423633	.	A	G	241.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:270,21,0
1	3428160	.	T	G	315.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=-1.127;DP=28;FS=19.456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.503;QD=11.28;ReadPosRankSum=1.271	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,10:28:99:344,0,662
1	3428424	.	G	T	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:79:81,0,79
1	3428428	.	C	T	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:79:81,0,79
1	3428608	.	G	A	277.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=-1.552;DP=35;FS=8.346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.018;QD=7.94;ReadPosRankSum=1.187	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,10:35:99:306,0,949
1	3441382	.	C	T	242.82	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=-0.747;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.747;QD=30.35;ReadPosRankSum=0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:19:271,0,19
1	3447914	.	G	C	235.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=-2.166;DP=10;FS=5.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.546;QD=23.58;ReadPosRankSum=2.166	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,7:10:64:264,0,64
1	3450536	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	3496479	.	T	C	232.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:261,18,0
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1	3700216	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
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1	3730400	.	T	C	84.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:26:113,0,26
1	3730435	.	T	C	238.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:267,18,0
1	3737540	.	A	G	40.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:68,6,0
1	3741211	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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1	3806074	.	G	A	296.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:325,24,0
1	3807593	.	G	C	920.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:949,66,0
1	3808171	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
1	3809299	.	T	A	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
1	3812848	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	5486898	.	A	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
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1	5492983	.	T	C	193.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:222,15,0
1	5492991	.	C	T	193.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:15:222,15,0
1	5509412	.	C	G	153.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.143;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.717;QD=13.98;ReadPosRankSum=0.143	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,5:11:99:182,0,227
1	5926507	.	T	C	273.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:302,21,0
1	5937168	.	G	A	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=17.15;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:61:114,0,61
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1	6259090	.	C	T	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.19;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:73:73,0,73
1	6259130	.	A	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
1	6278414	.	A	G	268.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:297,21,0
1	6279370	.	G	C	268.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:297,21,0
1	6282208	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.404;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.538;QD=2.92;ReadPosRankSum=-0.538	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,3:16:75:75,0,477
1	6282224	.	T	C	315.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:344,24,0
1	6282587	.	T	C	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.424;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.910;QD=5.24;ReadPosRankSum=-0.182	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,4:16:99:112,0,435
1	6283244	.	T	C	136.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.135;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.135;QD=11.40;ReadPosRankSum=-1.635	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,5:12:99:165,0,261
1	6308695	.	A	G	125.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=-0.937;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=17.97;ReadPosRankSum=0.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:154,0,99
1	6309319	.	C	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:78,0,33
1	6313519	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
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1	6581877	.	G	A	122.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=20.46;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:53:151,0,53
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1	6614415	.	A	G	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
1	6614535	.	G	A	81.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:109,9,0
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1	6695123	.	C	T	905.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:934,66,0
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1	6707094	.	T	C	38.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=7.75;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:67:67,0,112
1	6709610	.	T	C	175.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:204,15,0
1	6710277	.	T	C	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=-1.179;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.179;QD=3.75;ReadPosRankSum=1.666	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:62:62,0,260
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1	6711146	.	T	C	190.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:219,15,0
1	6713282	.	A	G	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
1	7761001	.	G	A	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
1	7827441	.	T	A	127.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=21.29;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:57:156,0,57
1	7829226	.	A	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
1	7832212	.	C	T	342.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:371,27,0
1	7832289	.	A	T	229.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:258,18,0
1	7837842	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	7840926	.	G	C	1583.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,37:37:99:1612,111,0
1	7841330	.	G	A	252.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.303;DP=33;FS=3.387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.424;QD=7.66;ReadPosRankSum=-0.667	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,9:33:99:281,0,923
1	7870048	.	T	C	216.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:245,18,0
1	7870144	.	A	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
1	7887493	.	T	C	133.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:161,12,0
1	7890117	.	T	C	197.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=1.036;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.866;QD=19.78;ReadPosRankSum=-0.633	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,6:10:99:226,0,150
1	7904247	.	C	T	140.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:168,12,0
1	7904475	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	8021778	.	T	C	180.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.265;ClippingRankSum=0.702;DP=43;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.765;QD=4.20;ReadPosRankSum=0.796	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:35,8:43:99:209,0,1345
1	8050299	.	C	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
1	8050308	.	C	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
1	8072466	.	C	T	592.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=-1.283;DP=86;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.128;QD=6.89;ReadPosRankSum=1.467	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:66,20:86:99:621,0,2621
1	8074419	.	G	T	2558.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=0.182;DP=83;FS=2.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.149;QD=30.83;ReadPosRankSum=-0.812	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,65:83:99:2587,0,552
1	8076085	.	G	T	99.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=-0.910;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.061;QD=6.24;ReadPosRankSum=0.788	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,4:16:99:128,0,453
1	8078061	.	A	T	117.73	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.248;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.573;QD=11.77;ReadPosRankSum=1.422	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:99:155,0,109
1	8078835	.	G	A	10.20	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=-0.888;DP=14;FS=3.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.086;QD=0.73;ReadPosRankSum=-0.691	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:38:38,0,413
1	8084051	.	C	T	160.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=-1.977;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.831;QD=13.40;ReadPosRankSum=2.141	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,5:12:99:189,0,276
1	8084213	.	C	T	165.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.813;ClippingRankSum=-0.795;DP=25;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.032;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.604	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,6:25:99:194,0,743
1	8184495	.	G	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
1	8185656	.	G	A	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
1	8214803	.	G	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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1	9160958	.	T	C	32.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=1.589;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=4.10;ReadPosRankSum=-1.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:61:61,0,233
1	9161231	.	T	C	10.20	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.10;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:36:38,0,36
1	9161245	.	T	C	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:32:79,0,32
1	9161550	.	G	A	563.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:592,42,0
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1	9162051	.	C	T	584.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:613,42,0
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1	9162361	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:81:81,0,82
1	9162362	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:81:81,0,82
1	9163387	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	9163839	.	A	G	262.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:291,21,0
1	9164133	.	G	A	430.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:459,33,0
1	9164200	.	G	A	227.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:256,18,0
1	9188967	.	G	C	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.15;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:74:74,0,109
1	9209078	.	T	C	80.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=20.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:109,0,34
1	9243811	.	G	T	29.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=1.179;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=3.31;ReadPosRankSum=-1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:58:58,0,279
1	9254287	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
1	9296165	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
1	9322884	.	G	A	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
1	9323910	.	G	A	286.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.694;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.774;QD=22.06;ReadPosRankSum=-0.386	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,9:13:99:315,0,137
1	9328213	.	A	G	23.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=0.537;DP=12;FS=8.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.752;QD=1.98;ReadPosRankSum=1.182	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:52:52,0,379
1	9328242	.	A	G	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=-0.573;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.573;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:108,0,446
1	9328243	.	A	G	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=-0.248;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:108,0,446
1	9353122	.	C	G	209.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=1.179;DP=9;FS=6.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=23.31;ReadPosRankSum=-0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:55:238,0,55
1	9416346	.	C	T	95.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=-0.588;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.196;QD=6.38;ReadPosRankSum=0.457	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,4:15:99:124,0,403
1	9427869	.	G	A	220.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=-0.549;DP=19;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.718;QD=11.62;ReadPosRankSum=0.465	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,7:19:99:249,0,464
1	9428769	.	G	A	322.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:351,27,0
1	9599648	.	C	T	381.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:410,30,0
1	9633465	.	A	G	397.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-1.586;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.566;QD=24.86;ReadPosRankSum=-0.680	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,11:16:99:426,0,169
1	9633723	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	9642043	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:75,0,37
1	9642075	.	A	G	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
1	9655965	.	C	T	235.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.546;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.580;QD=23.58;ReadPosRankSum=1.214	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,7:10:95:264,0,95
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1	9673701	.	A	C	161.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-0.198;DP=7;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=23.11;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:64:190,0,64
1	9673779	.	C	A	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=12.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:32:66,0,32
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1	9883878	.	T	C	838.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:867,63,0
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1	9986710	.	G	A	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
1	9987007	.	C	T	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=9.94;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:68:68,0,77
1	9988749	.	T	C	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=13.96;ReadPosRankSum=-0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:112,0,115
1	9988760	.	T	C	32.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=5.46;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:61:61,0,145
1	9988809	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:78,0,34
1	9989081	.	G	A	63.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=-1.268;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.085;QD=4.91;ReadPosRankSum=1.268	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,3:13:92:92,0,375
1	10003320	.	G	A	679.82	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.945;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.945;QD=33.99;ReadPosRankSum=1.197	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,18:20:19:708,0,19
1	10044059	.	A	G	22.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=-0.888;DP=13;FS=3.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.283;QD=1.75;ReadPosRankSum=0.691	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:51:51,0,408
1	10044271	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:79:81,0,79
1	10044272	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:79:81,0,79
1	10045290	.	G	A	127.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=21.29;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:51:156,0,51
1	10093457	.	C	T	67.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.531;ClippingRankSum=-1.531;DP=11;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.715;QD=6.16;ReadPosRankSum=0.978	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:96:96,0,322
1	10238770	.	A	G	142.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=0.306;DP=15;FS=5.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.796;QD=9.52;ReadPosRankSum=-0.184	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,5:15:99:171,0,403
1	10243596	.	T	C	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
1	10318652	.	C	G	531.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=-0.315;DP=17;FS=2.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.315;QD=31.28;ReadPosRankSum=0.189	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,14:17:81:560,0,81
1	10366692	.	C	G	293.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:322,24,0
1	10367424	.	G	A	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:77,0,33
1	10368099	.	A	G	67.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.566;DP=11;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.708;QD=6.16;ReadPosRankSum=-0.566	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:96:96,0,308
1	10402874	.	A	G	185.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:214,15,0
1	10435324	.	C	A	324.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=-1.157;DP=13;FS=6.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.157;QD=24.98;ReadPosRankSum=0.540	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,9:13:99:353,0,129
1	10436924	.	C	T	33.73	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.988;QD=3.37;ReadPosRankSum=-1.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,6:10:99:184,0,105
1	10438687	.	C	T	481.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:510,36,0
1	10438892	.	G	A	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:41:78,0,41
1	10438966	.	A	G	138.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=23.13;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:28:167,0,28
1	10446596	.	G	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	10460485	.	T	C	1973.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.277;ClippingRankSum=0.369;DP=69;FS=5.436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.450;QD=28.61;ReadPosRankSum=-0.007	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,50:69:99:2002,0,632
1	10461177	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	10470846	.	G	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	10471789	.	A	T	189.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:218,15,0
1	10472026	.	C	A	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
1	10472848	.	C	G	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
1	10473196	.	C	T	2400.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.103;ClippingRankSum=-0.817;DP=77;FS=1.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.341;QD=31.18;ReadPosRankSum=0.855	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,62:77:99:2429,0,385
1	10480446	.	C	T	15.88	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=-0.274;DP=14;FS=4.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.822;QD=1.13;ReadPosRankSum=-0.091	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:44:44,0,350
1	10490881	.	G	A	39.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:67,6,0
1	10492684	.	C	T	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
1	10502710	.	A	G	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
1	10515414	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
1	10516290	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	10517273	.	T	C	227.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:256,18,0
1	10517300	.	T	C	102.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=1.468;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.929;QD=8.56;ReadPosRankSum=-1.239	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,4:12:99:131,0,402
1	10517306	.	T	C	16.86	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.783;ClippingRankSum=-1.953;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.255;QD=1.12;ReadPosRankSum=2.123	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,2:15:45:45,0,632
1	10517313	.	T	C	212.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=-1.141;DP=19;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.634;QD=11.20;ReadPosRankSum=0.803	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,7:19:99:241,0,466
1	10517314	.	T	C	118.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.698;ClippingRankSum=-1.309;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.611;QD=5.94;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,5:20:99:147,0,580
1	10517352	.	T	C	33.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.200;ClippingRankSum=-0.287;DP=23;FS=5.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.861;QD=1.47;ReadPosRankSum=-0.096	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,3:22:62:62,0,796
1	10517422	.	T	G	740.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:769,54,0
1	10517456	.	T	C	136.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.680;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.680;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.793	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,5:16:99:165,0,396
1	10517595	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,88
1	10517992	.	T	C	71.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.386;ClippingRankSum=0.817;DP=26;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.812;QD=2.76;ReadPosRankSum=0.533	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,4:26:99:100,0,870
1	10518037	.	T	C	120.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.611;DP=21;FS=4.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.698;QD=5.75;ReadPosRankSum=0.349	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,5:20:99:149,0,577
1	10518052	.	T	C	137.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.895;ClippingRankSum=-0.223;DP=25;FS=1.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.223;QD=5.51;ReadPosRankSum=-1.623	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,6:25:99:166,0,760
1	10518101	.	T	C	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=-0.313;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.045;QD=3.99;ReadPosRankSum=-1.388	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,4:21:99:112,0,679
1	10518596	.	C	T	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
1	10518756	.	T	C	22.79	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=-0.354;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.354;QD=2.07;ReadPosRankSum=-0.118	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:51:51,0,711
1	10518760	.	T	C	22.79	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.354;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.296;QD=2.07;ReadPosRankSum=0.118	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:51:51,0,711
1	10518976	.	T	C	37.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=-0.137;DP=23;FS=2.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.780;QD=1.64;ReadPosRankSum=0.137	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,3:23:66:66,0,801
1	10519090	.	C	T	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:80,0,37
1	10519982	.	T	C	116.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=-0.365;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.633;QD=11.68;ReadPosRankSum=-0.633	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:145,0,228
1	10520180	.	T	C	61.96	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:5:89,5,0
1	10520190	.	T	C	61.96	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:5:89,5,0
1	10520202	.	T	C	23.79	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.480;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.271;QD=2.38;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:52:52,0,300
1	10520370	.	T	C	29.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=4.25;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:58:58,0,326
1	10520378	.	T	C	125.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.638;ClippingRankSum=0.000;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=15.72;ReadPosRankSum=0.421	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:154,0,127
1	10520532	.	T	C	19.81	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=-0.627;DP=26;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.042;QD=0.76;ReadPosRankSum=0.125	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,3:25:48:48,0,846
1	10520814	.	T	C	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:70:70,0,106
1	10521200	.	T	C	155.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.309;ClippingRankSum=-2.793;DP=12;FS=15.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.000;QD=12.98;ReadPosRankSum=-1.461	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,5:12:99:184,0,256
1	10521237	.	T	C	19.81	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.480;ClippingRankSum=-0.691;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.073;QD=1.52;ReadPosRankSum=-1.283	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:48:48,0,922
1	10521238	.	T	C	19.81	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.099;DP=13;FS=3.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.283;QD=1.52;ReadPosRankSum=-1.678	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:48:48,0,922
1	10596341	.	C	T	918.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:947,66,0
1	10689924	.	C	T	665.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=-1.304;DP=23;FS=9.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.006;QD=28.95;ReadPosRankSum=-1.081	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,18:23:99:694,0,133
1	10698555	.	G	C	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=16.75;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:46:112,0,46
1	10708142	.	A	G	420.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=-0.079;DP=20;FS=17.788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.158;QD=21.04;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,13:20:99:449,0,230
1	10709441	.	C	T	300.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=-1.296;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.589;QD=27.34;ReadPosRankSum=1.061	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,9:11:46:329,0,46
1	10713765	.	T	C	281.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.000;ClippingRankSum=-0.133;DP=14;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.933;QD=20.13;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,9:14:99:310,0,172
1	10722066	.	C	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
1	11079077	.	A	G	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
1	11114706	.	G	A	30.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=-0.277;DP=36;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.579;QD=0.85;ReadPosRankSum=0.629	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:32,4:36:59:59,0,1311
1	11119899	.	T	C	1394.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,35:35:99:1423,105,0
1	11127764	.	C	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	11128001	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	11128654	.	G	A	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
1	11129848	.	A	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
1	11131433	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
1	11132217	.	G	A	1443.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,34:34:99:1472,102,0
1	11132541	.	G	C	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
1	11132638	.	G	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
1	11132965	.	G	C	72.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:100,9,0
1	11141187	.	C	G	1019.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1048,72,0
1	11177481	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	11177489	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	11205058	.	C	T	802.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:831,60,0
1	11288758	.	G	A	885.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:914,63,0
1	11301714	.	A	G	596.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:625,45,0
1	11322565	.	C	G	254.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:283,21,0
1	11714981	.	A	G	188.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:217,15,0
1	11799228	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	11806851	.	G	T	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
1	11807426	.	C	T	185.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:214,15,0
1	11810674	.	G	A	276.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.266;DP=44;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.106;QD=6.29;ReadPosRankSum=1.386	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:34,10:44:99:305,0,1353
1	11810691	.	C	T	215.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=-0.291;DP=48;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.106;QD=4.50;ReadPosRankSum=-0.079	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:39,9:48:99:244,0,1553
1	11810765	.	T	A	527.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=-1.327;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.306;QD=31.05;ReadPosRankSum=0.714	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,16:17:40:556,40,0
1	11812127	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
1	11813874	.	C	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	11814631	.	A	G	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=1.495;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.495;QD=4.54;ReadPosRankSum=-1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:60:60,0,196
1	11846252	.	G	A	457.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:486,36,0
1	11846447	.	G	A	191.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:220,15,0
1	11846742	.	C	T	64.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.099;ClippingRankSum=-1.099;DP=13;FS=6.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.437;QD=4.98;ReadPosRankSum=0.930	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,3:13:93:93,0,394
1	11847759	.	C	T	254.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=1.061;DP=11;FS=7.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.118;QD=23.16;ReadPosRankSum=-0.118	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,9:11:51:283,0,51
1	11847772	.	G	T	19.81	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.552;ClippingRankSum=-1.917;DP=14;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.639;QD=1.42;ReadPosRankSum=1.369	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:48:48,0,468
1	11847861	.	G	A	208.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=1.270;DP=16;FS=12.208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.106;QD=13.05;ReadPosRankSum=0.106	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,7:16:99:237,0,347
1	11847902	.	C	A	31.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.711;DP=18;FS=2.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.237;QD=1.77;ReadPosRankSum=-1.422	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,3:18:60:60,0,598
1	11848879	.	A	G	221.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:250,18,0
1	11848972	.	G	A	160.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.876;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.729;QD=17.86;ReadPosRankSum=0.876	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:189,0,139
1	11849447	.	A	G	349.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:378,27,0
1	11850365	.	T	G	382.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=-0.553;DP=17;FS=17.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.452;QD=22.52;ReadPosRankSum=0.452	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,11:17:99:411,0,186
1	11850927	.	C	T	19.81	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=-0.118;DP=11;FS=12.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.532;QD=1.80;ReadPosRankSum=0.118	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:48:48,0,357
1	11854457	.	G	A	350.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:379,27,0
1	11854476	.	T	G	114.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=-0.876;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=12.75;ReadPosRankSum=1.652	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:143,0,174
1	11863057	.	G	A	99.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.278;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.896;QD=9.07;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,4:11:99:128,0,264
1	11884555	.	A	G	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
1	11979909	.	T	C	53.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.945;ClippingRankSum=0.819;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.567;QD=3.16;ReadPosRankSum=-1.071	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,3:17:82:82,0,542
1	12052405	.	G	A	86.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:114,9,0
1	12066684	.	C	T	410.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=-0.688;DP=59;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.314;QD=6.96;ReadPosRankSum=0.531	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:44,15:59:99:439,0,1771
1	12082926	.	A	G	892.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.158;ClippingRankSum=-0.727;DP=29;FS=2.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.027;QD=30.79;ReadPosRankSum=0.942	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,23:29:99:921,0,170
1	12401868	.	A	C	99.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=-0.778;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.636;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,4:14:99:128,0,386
1	12567232	.	A	G	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
1	12569358	.	C	T	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.762;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.179;QD=3.86;ReadPosRankSum=-0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:63:63,0,265
1	12570225	.	T	A	13.95	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.425;DP=15;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.274;QD=0.93;ReadPosRankSum=-0.594	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,2:15:42:42,0,899
1	12570226	.	C	A	13.95	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.639;DP=14;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.917;QD=1.00;ReadPosRankSum=-0.456	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:42:42,0,899
1	12628188	.	T	C	2228.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=-2.322;DP=80;FS=3.437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.264;QD=27.86;ReadPosRankSum=2.344	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,58:80:99:2257,0,698
1	12630634	.	T	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	12630700	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
1	12630786	.	T	C	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
1	12632992	.	A	G	46.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.60;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:22:75,0,22
1	12633405	.	A	G	136.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:164,12,0
1	12634185	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
1	12635605	.	A	C	175.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:204,15,0
1	12638345	.	C	A	187.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:216,15,0
1	12638964	.	T	C	2915.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,68:68:99:2944,205,0
1	12639018	.	C	T	78.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=1.754;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.937;QD=11.25;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:107,0,147
1	12639168	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	12639226	.	C	T	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=17.15;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:74:114,0,74
1	12640081	.	T	C	361.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:390,27,0
1	12640127	.	G	A	238.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:267,18,0
1	12640650	.	C	T	2023.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.507;ClippingRankSum=-2.007;DP=67;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.007;QD=30.21;ReadPosRankSum=1.904	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,51:67:99:2052,0,473
1	12642129	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	12642456	.	T	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	12644989	.	G	C	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:65:76,0,65
1	12644991	.	A	C	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:65:76,0,65
1	12652861	.	C	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	12653199	.	A	G	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
1	12657844	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	12659408	.	G	A	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:38:39,0,38
1	12663774	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	12669452	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	12671685	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	12671703	.	T	C	89.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:117,9,0
1	12672625	.	T	C	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
1	12673602	.	C	T	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:74,0,36
1	12675268	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
1	12676205	.	C	T	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
1	12678741	.	T	C	376.74	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=-1.739;DP=11;FS=5.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.423;QD=34.25;ReadPosRankSum=1.423	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,10:11:6:404,0,6
1	12679850	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
1	12682855	.	T	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
1	12682909	.	A	G	93.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
1	12686912	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	13884138	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	14105139	.	T	A	21.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.731;DP=14;FS=2.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=1.56;ReadPosRankSum=1.386	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:50:50,0,258
1	14105291	.	G	A	514.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=1.240;DP=14;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.240;QD=34.18;ReadPosRankSum=-0.744	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,13:14:46:543,0,46
1	14105298	.	G	A	514.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=1.488;DP=14;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.240;QD=28.70;ReadPosRankSum=-1.488	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,13:14:46:543,0,46
1	14105922	.	G	A	319.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=-2.219;DP=12;FS=2.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.370;QD=26.65;ReadPosRankSum=2.034	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,9:12:82:348,0,82
1	14106047	.	T	C	107.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DP=12;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.134;QD=8.98;ReadPosRankSum=-0.289	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,4:12:99:136,0,307
1	14109114	.	A	G	279.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.625;ClippingRankSum=-2.608;DP=14;FS=5.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.965;QD=19.98;ReadPosRankSum=2.608	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,8:14:99:308,0,201
1	14143003	.	A	G	173.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:202,15,0
1	14150709	.	C	T	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:9:130,9,0
1	14150714	.	G	A	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
1	15298139	.	C	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	15389785	.	G	A	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=10.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:70:70,0,76
1	15429233	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	15436031	.	T	C	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
1	15436121	.	G	A	11.83	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=11.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:38,3,0
1	15437457	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	15441926	.	C	T	205.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:234,18,0
1	15442795	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
1	15443368	.	A	G	270.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:299,21,0
1	15443770	.	A	G	237.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:266,18,0
1	15443898	.	G	A	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=16.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:66:110,0,66
1	15444288	.	C	T	164.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=1.159;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=18.31;ReadPosRankSum=-1.652	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:193,0,152
1	15445060	.	C	T	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.19;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:77:77,0,78
1	15445186	.	G	A	90.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:29:119,0,29
1	15447498	.	A	G	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
1	15467215	.	C	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	15479283	.	G	A	88.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:116,9,0
1	15479577	.	C	G	138.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:166,12,0
1	15480286	.	G	C	225.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:254,18,0
1	15480405	.	T	C	349.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:378,30,0
1	15485173	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	15541537	.	C	T	547.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.198;ClippingRankSum=2.608;DP=22;FS=7.140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.564;QD=24.90;ReadPosRankSum=-2.679	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,15:22:99:576,0,243
1	15544623	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
1	15546077	.	G	A	606.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.334;ClippingRankSum=-0.614;DP=30;FS=3.541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.122;QD=20.23;ReadPosRankSum=0.445	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,18:30:99:635,0,434
1	15700100	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	15700104	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	15755676	.	G	A	99.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=-0.144;DP=29;FS=8.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.606;QD=3.44;ReadPosRankSum=0.087	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,5:29:99:128,0,875
1	15832543	.	T	C	472.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:501,36,0
1	15834297	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
1	15844615	.	A	G	455.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:484,33,0
1	15850603	.	G	A	172.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=-1.097;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.485;QD=12.34;ReadPosRankSum=1.097	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,6:14:99:201,0,280
1	15850613	.	G	A	419.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:33:448,33,0
1	15859483	.	G	C	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
1	15894959	.	T	C	118.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.937;QD=16.97;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:147,0,112
1	15896199	.	G	A	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=5.40;ReadPosRankSum=-0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:66:66,0,202
1	15896984	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,115
1	15897020	.	C	T	129.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=25.95;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:30:158,0,30
1	15936703	.	A	G	191.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:220,15,0
1	15986547	.	T	C	149.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.387;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.031;QD=13.62;ReadPosRankSum=-0.143	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,5:11:99:178,0,222
1	15988702	.	T	C	54.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=-0.189;DP=17;FS=2.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.189;QD=3.22;ReadPosRankSum=0.063	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,3:17:83:83,0,554
1	15988878	.	A	G	16.86	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=-0.822;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.639;QD=1.20;ReadPosRankSum=1.187	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:45:45,0,453
1	15988957	.	G	A	446.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:475,33,0
1	15989141	.	C	G	64.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=-1.246;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.311;QD=4.63;ReadPosRankSum=1.090	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,3:14:93:93,0,422
1	15989918	.	T	C	21.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=0.493;DP=13;FS=3.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.493;QD=1.68;ReadPosRankSum=-0.691	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:50:50,0,431
1	15990912	.	T	C	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.988;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=13.79;ReadPosRankSum=-0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:111,0,108
1	15990983	.	T	G	139.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=-3.067;DP=14;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.600;QD=9.98;ReadPosRankSum=0.267	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,5:14:99:168,0,350
1	15993338	.	A	G	661.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:690,48,0
1	15993514	.	C	T	18.82	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.537;DP=12;FS=6.435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.107;QD=1.57;ReadPosRankSum=-0.752	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:47:47,0,391
1	15993603	.	G	A	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.19;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:73:73,0,78
1	16042766	.	T	C	111.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.841;ClippingRankSum=0.281;DP=28;FS=1.965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.654;QD=3.99;ReadPosRankSum=0.343	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,5:27:99:140,0,779
1	16044401	.	G	A	169.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=-1.431;DP=33;FS=4.232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.066;QD=5.14;ReadPosRankSum=-0.418	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,7:33:99:198,0,1002
1	16056364	.	G	A	264.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.264;ClippingRankSum=0.094;DP=35;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.321;QD=7.56;ReadPosRankSum=-0.132	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,9:35:99:293,0,991
1	16060678	.	T	C	71.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.096;ClippingRankSum=-1.812;DP=26;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.102;QD=2.76;ReadPosRankSum=1.670	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,4:26:99:100,0,856
1	16061035	.	G	C	139.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.596;ClippingRankSum=0.980;DP=28;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.260;QD=4.99;ReadPosRankSum=-1.092	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,6:28:99:168,0,870
1	16096934	.	C	T	411.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:440,33,0
1	16111720	.	T	C	804.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:833,57,0
1	16154733	.	A	T	391.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=-1.393;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.393;QD=30.77;ReadPosRankSum=-1.741	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,9:10:46:420,0,46
1	16154741	.	C	T	391.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=-1.159;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.290;QD=32.65;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,11:12:46:420,0,46
1	16154783	.	C	G	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
1	16154784	.	A	T	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
1	16160968	.	C	T	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.421;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=10.72;ReadPosRankSum=-1.638	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:114,0,110
1	16162186	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
1	16200163	.	A	G	320.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=1.491;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.780;QD=18.87;ReadPosRankSum=-1.395	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,9:17:99:349,0,304
1	16255644	.	C	T	144.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.880;ClippingRankSum=-0.037;DP=22;FS=4.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.774;QD=6.58;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,6:22:99:173,0,623
1	16256007	.	T	C	636.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:665,45,0
1	16259813	.	A	G	914.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:943,66,0
1	16260916	.	C	T	208.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.127;ClippingRankSum=0.634;DP=19;FS=1.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.718;QD=10.99;ReadPosRankSum=-0.718	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,7:19:99:237,0,446
1	16265422	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	16271260	.	G	A	230.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=1.214;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.386;QD=23.08;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,7:10:99:259,0,99
1	16272250	.	A	G	462.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:491,36,0
1	16384499	.	C	A	96.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=16.13;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:63:125,0,63
1	16386416	.	G	A	69.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=13.95;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:64:98,0,64
1	16388646	.	T	C	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
1	16400072	.	G	C	44.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:72,6,0
1	16451413	.	C	T	2507.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,59:59:99:2536,178,0
1	16451767	.	G	A	1864.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.444;ClippingRankSum=-0.073;DP=63;FS=2.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.590;QD=29.60;ReadPosRankSum=-0.073	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,48:63:99:1893,0,449
1	16453171	.	C	T	123.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=20.63;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:54:152,0,54
1	16453216	.	T	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	16455052	.	C	T	235.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:264,18,0
1	16455143	.	T	C	140.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:168,12,0
1	16475123	.	C	T	1691.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.012;DP=49;FS=5.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.509;QD=34.53;ReadPosRankSum=-0.459	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,39:49:99:1720,0,701
1	16475126	.	C	T	1691.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.164;ClippingRankSum=-0.332;DP=51;FS=7.217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.897;QD=33.17;ReadPosRankSum=0.584	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,40:51:99:1720,0,701
1	16524869	.	T	C	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.849;ClippingRankSum=-0.740;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.555;QD=5.90;ReadPosRankSum=0.555	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,3:12:99:99,0,350
1	16534646	.	C	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:81,0,33
1	16542876	.	A	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	16555882	.	C	T	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=21.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:116,0,33
1	16556623	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	16556647	.	C	G	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=10.69;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:36:71,0,36
1	16556786	.	C	T	122.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=17.54;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:151,0,106
1	16557507	.	T	C	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.94;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:75:76,0,75
1	16557691	.	T	C	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
1	16558056	.	A	T	47.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
1	16569760	.	T	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
1	16574316	.	T	C	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.19;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:72:77,0,72
1	16576836	.	A	G	331.94	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=1.044;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.044;QD=33.19;ReadPosRankSum=-1.044	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,9:10:14:360,0,14
1	16577794	.	C	T	709.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=-1.704;DP=28;FS=4.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.280;QD=25.35;ReadPosRankSum=1.449	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,20:28:99:738,0,244
1	16577908	.	G	C	557.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=1.410;DP=22;FS=4.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.352;QD=25.35;ReadPosRankSum=-1.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,15:22:99:586,0,243
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1	16890672	.	G	A	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.422;ClippingRankSum=0.248;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:108,0,489
1	16902856	.	C	T	80.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=-1.575;DP=22;FS=2.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.638;QD=3.67;ReadPosRankSum=1.830	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,4:22:99:109,0,670
1	16907328	.	G	T	209.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=-0.573;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.054;QD=23.31;ReadPosRankSum=0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:99:238,0,107
1	16909052	.	C	T	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.664;ClippingRankSum=-2.219;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.740;QD=5.90;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,3:12:99:99,0,361
1	16929327	.	C	T	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.75;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:72:72,0,111
1	16932809	.	C	T	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=17.55;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:74:116,0,74
1	16933156	.	C	A	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:72:72,0,118
1	16934905	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	16939857	.	C	T	20.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.354;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.296;QD=1.89;ReadPosRankSum=0.118	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:49:49,0,344
1	16945227	.	G	T	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.479;ClippingRankSum=-0.925;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=0.740	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,3:12:79:79,0,343
1	16946562	.	C	A	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=7.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:65:65,0,101
1	16946854	.	A	G	83.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=20.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:26:112,0,26
1	16947837	.	T	C	157.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.361;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=17.53;ReadPosRankSum=-0.361	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:186,0,141
1	16948178	.	G	A	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:74,0,35
1	16949745	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=6.79;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:69:69,0,158
1	16949958	.	C	G	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.68;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:110,0,151
1	16950708	.	T	G	174.90	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=29.15;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:15:203,0,15
1	16952481	.	A	G	280.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.359;ClippingRankSum=-0.536;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.239;QD=23.40;ReadPosRankSum=-0.600	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,8:12:99:309,0,146
1	16957446	.	T	G	115.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-0.922;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=14.47;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:144,0,140
1	16959612	.	A	G	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.573;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.203;QD=8.53;ReadPosRankSum=0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:105,0,224
1	16959826	.	C	T	30.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=5.13;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:59:59,0,148
1	16961588	.	A	G	25.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=-0.067;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.067;QD=2.86;ReadPosRankSum=0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:54:54,0,251
1	17017675	.	C	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	17272769	.	G	A	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.684;QD=9.97;ReadPosRankSum=0.956	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:108,0,183
1	17272787	.	A	G	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.35;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:70:70,0,102
1	17312743	.	C	T	699.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:62:728,62,0
1	17313343	.	G	A	1026.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1055,78,0
1	17313654	.	C	T	1030.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=-1.375;DP=29;FS=3.832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.494;QD=29.24;ReadPosRankSum=1.255	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,28:29:48:1059,48,0
1	17314942	.	G	A	1201.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.398;ClippingRankSum=-1.733;DP=31;FS=3.452;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.286;QD=29.83;ReadPosRankSum=1.621	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,30:31:58:1230,58,0
1	17319011	.	G	A	993.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1022,75,0
1	17346404	.	A	T	51.70	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:98,9,0
1	17347956	.	G	A	41.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:69,6,0
1	17350943	.	A	G	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
1	17353988	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	17380497	.	G	T	1023.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1052,81,0
1	17393709	.	G	A	322.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=-0.537;DP=12;FS=18.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.537;QD=26.90;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,10:12:99:351,0,227
1	17393718	.	G	A	322.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.219;ClippingRankSum=0.361;DP=9;FS=21.004;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.729;QD=31.47;ReadPosRankSum=-0.729	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:351,0,227
1	17393722	.	G	A	322.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.920;ClippingRankSum=-0.684;DP=8;FS=17.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.920;QD=28.99;ReadPosRankSum=-0.684	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:351,0,227
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1	17401848	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	17402255	.	C	T	1010.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:80:1039,80,0
1	17402347	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	17405809	.	G	A	1276.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,31:31:93:1305,93,0
1	17520008	.	A	G	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
1	17521098	.	G	C	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
1	17550303	.	T	C	250.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=-1.666;DP=9;FS=10.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=27.86;ReadPosRankSum=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:56:279,0,56
1	17550363	.	A	G	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.214;ClippingRankSum=-0.731;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.895;QD=7.68;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:105,0,454
1	17550364	.	G	A	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=-0.731;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.546;QD=7.68;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:105,0,454
1	17550601	.	G	A	175.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=29.30;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:28:204,0,28
1	17552875	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:81,0,35
1	17557133	.	A	C	880.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:909,63,0
1	17557310	.	G	A	89.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:117,9,0
1	17557426	.	C	G	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
1	17557657	.	T	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
1	17558122	.	G	A	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
1	17558359	.	T	G	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
1	17559196	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
1	17559837	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	17559907	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	17560113	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	17560123	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	17560262	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	17563967	.	T	C	23.79	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=3.96;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:52:52,0,136
1	17564826	.	G	C	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
1	17564895	.	G	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
1	17568659	.	A	G	196.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.493;ClippingRankSum=0.555;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.791;QD=15.14;ReadPosRankSum=-0.555	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,6:13:99:225,0,279
1	17569708	.	G	C	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.937;DP=7;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=12.25;ReadPosRankSum=-1.300	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:114,0,156
1	17570466	.	T	C	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.480;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.271;QD=2.88;ReadPosRankSum=-0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:57:57,0,326
1	17575645	.	A	C	54.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.285;ClippingRankSum=-1.550;DP=29;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.791;QD=1.89;ReadPosRankSum=1.486	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,4:29:83:83,0,978
1	17586134	.	A	G	42.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=-0.776;DP=48;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.034;QD=0.89;ReadPosRankSum=0.776	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:43,5:48:71:71,0,1653
1	17586506	.	T	C	140.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=1.855;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.533;QD=10.83;ReadPosRankSum=-1.991	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,5:13:99:169,0,281
1	17593316	.	G	A	152.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.054;ClippingRankSum=0.490;DP=38;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.941;QD=4.02;ReadPosRankSum=-0.038	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,7:38:99:181,0,1263
1	17599525	.	T	G	400.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:429,30,0
1	17602366	.	G	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
1	17604760	.	T	C	143.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:171,12,0
1	17609448	.	G	T	1267.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1296,90,0
1	17610602	.	A	C	381.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:410,30,0
1	17733564	.	T	G	1085.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1114,78,0
1	17739313	.	T	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	17739820	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
1	17740357	.	G	A	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
1	17741044	.	G	A	43.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:71,6,0
1	17742209	.	T	C	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
1	17743613	.	T	C	91.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:119,9,0
1	17743669	.	C	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
1	17744852	.	G	A	140.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:168,12,0
1	17748027	.	A	G	187.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:216,15,0
1	17750552	.	T	C	193.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:222,15,0
1	17765484	.	T	C	86.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:114,9,0
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1	19202926	.	T	C	1013.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.758;ClippingRankSum=-0.076;DP=29;FS=6.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.433;QD=34.96;ReadPosRankSum=-2.013	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,22:29:99:1042,0,428
1	19243589	.	A	G	137.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:165,12,0
1	19244240	.	C	G	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
1	19252241	.	G	A	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
1	19275077	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	19275793	.	C	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
1	19282981	.	A	C	1191.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1220,90,0
1	19447752	.	G	T	177.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.986;ClippingRankSum=0.540;DP=27;FS=49.305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.694;QD=6.58;ReadPosRankSum=-0.540	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,9:27:99:206,0,694
1	19541367	.	T	C	89.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:117,9,0
1	19542250	.	T	C	160.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.495;QD=22.97;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:60:189,0,60
1	19542631	.	T	C	154.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=19.35;ReadPosRankSum=-0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:99:183,0,109
1	19542644	.	T	C	25.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=-1.532;DP=11;FS=9.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.589;QD=2.34;ReadPosRankSum=0.118	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:54:54,0,358
1	19543247	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=7.29;ReadPosRankSum=-1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,327
1	19543249	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=7.29;ReadPosRankSum=-1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,327
1	19543456	.	T	C	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.550;DP=7;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=10.11;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:99,0,342
1	19543457	.	T	C	235.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=33.68;ReadPosRankSum=-0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:99:264,0,175
1	19543459	.	T	C	235.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=33.68;ReadPosRankSum=-0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:99:264,0,175
1	19543465	.	T	C	235.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=-0.573;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.001;QD=26.20;ReadPosRankSum=0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:99:264,0,175
1	19543921	.	T	C	209.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=29.97;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:61:238,0,61
1	19543931	.	T	C	71.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.684;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=8.97;ReadPosRankSum=-0.684	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:100,0,271
1	19578192	.	G	A	652.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:681,48,0
1	19585545	.	G	A	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
1	19586437	.	A	G	34.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.685;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.137;QD=1.51;ReadPosRankSum=0.867	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,3:23:63:63,0,798
1	19586455	.	A	G	154.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.977;ClippingRankSum=0.529;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.135;QD=12.90;ReadPosRankSum=-0.529	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,5:12:99:183,0,290
1	19586458	.	A	G	421.74	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=-1.107;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.791;QD=34.43;ReadPosRankSum=0.791	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,10:11:6:449,0,6
1	19588562	.	A	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	19589204	.	A	G	47.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
1	19590145	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	19621380	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
1	19622375	.	A	T	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
1	19638883	.	T	C	135.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:163,12,0
1	19652063	.	G	A	552.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:581,42,0
1	19655630	.	A	G	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:71:71,0,151
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1	19675561	.	C	T	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
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1	19680391	.	G	A	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
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1	19762910	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	19774133	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	19801887	.	A	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	19801898	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	19943823	.	C	A	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
1	19950062	.	T	C	138.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.919;ClippingRankSum=-1.653;DP=15;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.919;QD=9.25;ReadPosRankSum=0.674	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,5:15:99:167,0,384
1	19953118	.	G	T	223.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:252,18,0
1	19984461	.	C	T	234.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:263,21,0
1	20020993	.	A	G	1006.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:1035,69,0
1	20020994	.	C	T	1006.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:1035,69,0
1	20073703	.	C	T	296.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.274;ClippingRankSum=-1.444;DP=25;FS=1.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.594;QD=11.87;ReadPosRankSum=0.878	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,9:25:99:325,0,577
1	20095951	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
1	20097941	.	G	T	191.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=0.702;DP=23;FS=4.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.702;QD=8.34;ReadPosRankSum=-0.568	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,7:23:99:220,0,578
1	20117992	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	20238343	.	A	G	307.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:336,24,0
1	20238466	.	A	G	356.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:385,27,0
1	20480668	.	G	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	20480840	.	C	G	450.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:479,33,0
1	20482701	.	G	A	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.988;QD=14.29;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:114,0,113
1	20482752	.	C	T	164.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.589;ClippingRankSum=1.067;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=20.60;ReadPosRankSum=-0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:64:193,0,64
1	20486451	.	C	T	400.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=-0.979;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.588;QD=26.72;ReadPosRankSum=0.979	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,11:15:99:429,0,130
1	20811184	.	C	T	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=20.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:110,0,33
1	20826243	.	C	T	651.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=-0.743;DP=28;FS=1.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.264;QD=23.28;ReadPosRankSum=0.647	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,18:28:99:680,0,324
1	20826910	.	G	A	783.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=-0.754;DP=32;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.119;QD=24.49;ReadPosRankSum=0.595	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,21:32:99:812,0,358
1	20827031	.	A	G	597.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.236;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.331;QD=29.89;ReadPosRankSum=-0.709	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,16:20:99:626,0,112
1	20968011	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
1	20968516	.	C	T	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
1	20969441	.	T	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	20969690	.	G	A	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
1	20975278	.	C	T	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.69;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:75:75,0,79
1	20975992	.	T	C	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=10.69;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:68:71,0,68
1	20976075	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	20976078	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	20976589	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	20976759	.	C	T	90.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:118,9,0
1	20977000	.	A	C	440.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=-0.547;DP=47;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.035;QD=9.38;ReadPosRankSum=0.547	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:33,14:47:99:469,0,1267
1	20977221	.	A	T	1100.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1129,78,0
1	20977365	.	C	G	1471.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,35:35:99:1500,105,0
1	20977380	.	T	C	216.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=-1.157;DP=34;FS=3.675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.142;QD=6.38;ReadPosRankSum=1.482	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,8:34:99:245,0,1019
1	20977449	.	G	T	620.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=-1.214;DP=30;FS=14.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.377;QD=20.69;ReadPosRankSum=0.419	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,17:30:99:649,0,475
1	20977748	.	T	G	17.84	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=-1.004;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.091;QD=1.27;ReadPosRankSum=0.639	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:46:46,0,451
1	20978221	.	C	T	131.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=26.35;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:160,0,31
1	20978832	.	T	C	2488.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=-1.732;DP=60;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.520;QD=34.04;ReadPosRankSum=1.675	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,59:60:99:2517,146,0
1	20982631	.	G	A	2634.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.680;ClippingRankSum=-0.735;DP=66;FS=3.424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.260;QD=26.69;ReadPosRankSum=0.630	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,65:66:99:2663,189,0
1	20983987	.	G	A	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:76,0,37
1	20987873	.	G	C	709.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:738,51,0
1	21101163	.	A	G	565.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:594,42,0
1	21101369	.	T	C	12.05	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.369;ClippingRankSum=0.091;DP=14;FS=3.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.274;QD=0.86;ReadPosRankSum=-0.274	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:40:40,0,472
1	21101899	.	T	C	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=1.531;DP=11;FS=7.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.978;QD=6.43;ReadPosRankSum=-1.106	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:99:99,0,404
1	21101903	.	T	C	382.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.041;ClippingRankSum=0.967;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.041;QD=31.90;ReadPosRankSum=-0.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,10:12:49:411,0,49
1	21120635	.	C	A	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
1	21120640	.	G	A	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
1	21120649	.	G	A	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:12:180,12,0
1	21167404	.	A	G	1404.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,33:33:99:1433,99,0
1	21256776	.	A	G	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
1	21457532	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	21544791	.	T	C	240.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.226;ClippingRankSum=0.215;DP=42;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.981;QD=5.73;ReadPosRankSum=-0.276	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:33,9:42:99:269,0,1283
1	21671943	.	T	G	827.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:856,60,0
1	21672185	.	A	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
1	21724634	.	G	A	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
1	21724639	.	C	G	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
1	21750970	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	21798154	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:69:78,0,69
1	21929528	.	G	A	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:74:74,0,75
1	21940555	.	C	T	850.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:879,63,0
1	22005665	.	C	T	164.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:193,15,0
1	22051873	.	G	A	119.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=23.95;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:148,0,31
1	22054427	.	C	A	82.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=20.70;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:23:111,0,23
1	22149935	.	T	C	138.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:166,12,0
1	22160020	.	C	T	39.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:67,6,0
1	22199245	.	C	T	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
1	22206942	.	G	A	186.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:215,15,0
1	22207235	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	22214046	.	C	T	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:28:118,0,28
1	22216574	.	C	A	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
1	22216604	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	22217108	.	G	A	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
1	22352040	.	G	T	621.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:650,48,0
1	22352179	.	A	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	22353491	.	C	T	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:30:79,0,30
1	22353986	.	C	G	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:12:175,12,0
1	22353989	.	C	G	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
1	22356809	.	A	T	653.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:682,48,0
1	22356888	.	G	A	731.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:760,54,0
1	22356905	.	G	A	754.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:783,54,0
1	22357217	.	G	T	759.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:788,57,0
1	22357549	.	G	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	22380237	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
1	22390072	.	G	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
1	22391784	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	22394003	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
1	22441865	.	C	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
1	22443887	.	G	T	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=13.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:30:70,0,30
1	22444490	.	A	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	22444810	.	C	A	186.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:215,15,0
1	22444859	.	T	G	143.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:171,12,0
1	22445991	.	C	T	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
1	22455142	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	22817911	.	A	G	117.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=7;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=16.82;ReadPosRankSum=-1.754	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:146,0,99
1	22835677	.	A	G	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.988;QD=14.63;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:116,0,109
1	22846709	.	G	A	289.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:318,24,0
1	22852715	.	G	C	254.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=-0.625;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.048;QD=14.99;ReadPosRankSum=0.241	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,8:17:99:283,0,325
1	22853141	.	G	A	284.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.680;ClippingRankSum=-0.533;DP=13;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.817;QD=21.91;ReadPosRankSum=0.533	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,8:13:99:313,0,159
1	22856601	.	T	C	410.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.875;ClippingRankSum=0.296;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.888;QD=31.60;ReadPosRankSum=-0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,11:13:39:439,0,39
1	23219493	.	T	C	454.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:483,33,0
1	23410742	.	A	C	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=-0.573;DP=9;FS=6.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=8.42;ReadPosRankSum=0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:104,0,228
1	23413707	.	T	C	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=-0.690;DP=18;FS=2.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.159;QD=5.10;ReadPosRankSum=0.584	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,4:18:99:120,0,541
1	23415102	.	T	C	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=-0.894;DP=22;FS=5.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.724;QD=3.85;ReadPosRankSum=0.298	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,4:22:99:113,0,712
1	23415165	.	G	A	214.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.079;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.555;QD=10.74;ReadPosRankSum=-0.158	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,7:20:99:243,0,502
1	23415433	.	G	C	282.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=-0.394;DP=28;FS=3.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.689;QD=10.10;ReadPosRankSum=0.541	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,9:28:99:311,0,694
1	23418153	.	C	T	190.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=-0.530;DP=15;FS=5.426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.766;QD=12.72;ReadPosRankSum=0.412	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,6:15:99:219,0,345
1	23419261	.	G	A	22.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.722;ClippingRankSum=-0.670;DP=22;FS=5.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.670;QD=1.04;ReadPosRankSum=0.191	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,3:22:51:51,0,705
1	23419374	.	G	T	184.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=-0.800;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.733;QD=13.20;ReadPosRankSum=0.800	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,5:14:99:213,0,880
1	23419383	.	C	T	184.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=-1.096;DP=19;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.482;QD=9.72;ReadPosRankSum=0.833	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,6:19:99:213,0,880
1	23419855	.	T	C	187.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=-2.060;DP=20;FS=4.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.981;QD=9.39;ReadPosRankSum=2.140	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,7:20:99:216,0,505
1	23492782	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	23515824	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,111
1	23515826	.	G	A	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,111
1	23515836	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,111
1	23611946	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	23618624	.	T	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	23619009	.	T	C	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:63:63,0,120
1	23632626	.	G	C	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
1	23633278	.	G	A	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
1	23640112	.	G	A	1110.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=-0.402;DP=39;FS=8.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.045;QD=28.48;ReadPosRankSum=0.499	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,29:39:99:1139,0,327
1	23686246	.	C	T	955.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:984,69,0
1	23687827	.	T	C	408.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.240;ClippingRankSum=0.979;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.501;QD=27.25;ReadPosRankSum=-0.588	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,11:15:99:437,0,130
1	23688178	.	A	G	635.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:664,48,0
1	23688933	.	A	G	120.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=-0.700;DP=26;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.335;QD=4.64;ReadPosRankSum=0.456	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,6:26:99:149,0,761
1	23689083	.	G	A	445.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.685;ClippingRankSum=-0.474;DP=17;FS=5.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.423;QD=26.22;ReadPosRankSum=0.685	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,12:17:99:474,0,173
1	23694021	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	23695275	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	23696152	.	G	A	373.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:402,30,0
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1	23755513	.	T	C	620.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:649,45,0
1	23755716	.	T	C	974.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:1003,69,0
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1	23810063	.	C	G	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
1	23834486	.	G	A	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=-1.537;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=14.46;ReadPosRankSum=1.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:115,0,107
1	23836364	.	A	G	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=7.35;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:65:65,0,110
1	23847464	.	C	A	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=10.19;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:69:69,0,73
1	23884661	.	G	A	1168.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,28:28:84:1197,84,0
1	23885498	.	T	C	1761.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,43:43:99:1790,129,0
1	24018277	.	C	G	96.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:124,9,0
1	24020776	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	24021737	.	C	T	115.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=11.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=19.29;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:73:144,0,73
1	24021843	.	C	A	365.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:394,27,0
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1	24105533	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
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1	24121601	.	C	T	945.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:974,69,0
1	24128467	.	C	T	1110.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1139,81,0
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1	24134462	.	C	T	91.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:119,9,0
1	24134721	.	T	C	2027.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,47:47:99:2056,141,0
1	24135292	.	G	T	47.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
1	24286897	.	C	T	133.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:161,12,0
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1	24291597	.	G	C	193.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:222,15,0
1	24292140	.	G	A	90.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:118,9,0
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1	24294587	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	24295233	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	24296088	.	G	T	685.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:714,54,0
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1	24302049	.	G	C	184.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:213,15,0
1	24302765	.	T	C	272.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:301,21,0
1	24668667	.	C	G	151.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=-0.825;DP=11;FS=6.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.143;QD=13.80;ReadPosRankSum=0.825	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,5:11:99:180,0,203
1	24718079	.	C	A	129.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:157,12,0
1	24740225	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	24792617	.	T	A	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
1	24796069	.	A	C	25.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.118;DP=11;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.061;QD=2.34;ReadPosRankSum=-0.354	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:54:54,0,352
1	24798001	.	G	A	263.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:292,21,0
1	24798383	.	C	T	112.94	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:14:141,14,0
1	24859617	.	G	A	424.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.650;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.250;QD=21.24;ReadPosRankSum=0.750	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,15:19:99:453,0,109
1	24859665	.	G	A	303.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=1.780;DP=17;FS=5.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.048;QD=17.87;ReadPosRankSum=-2.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,9:17:99:332,0,295
1	24861704	.	G	A	338.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=-0.163;DP=16;FS=4.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.356;QD=21.17;ReadPosRankSum=-0.054	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,10:16:99:367,0,199
1	24862643	.	T	G	363.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=1.099;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.761;QD=27.98;ReadPosRankSum=-1.268	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,10:13:99:392,0,199
1	24862649	.	A	G	363.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.221;QD=29.65;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:99:392,0,199
1	24864000	.	A	T	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=35.51;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:66:102,0,66
1	24864008	.	A	G	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=18.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:66:102,0,66
1	24989762	.	G	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	25168124	.	G	C	1380.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=-1.397;DP=44;FS=3.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.251;QD=31.38;ReadPosRankSum=1.164	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,35:44:99:1409,0,255
1	25169634	.	A	G	623.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=-0.070;DP=61;FS=5.891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=10.23;ReadPosRankSum=0.023	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:42,19:61:99:652,0,1656
1	25169875	.	C	A	2227.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,52:52:99:2256,157,0
1	25226142	.	C	A	158.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=22.68;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:67:187,0,67
1	25570081	.	T	C	223.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.417;ClippingRankSum=0.361;DP=26;FS=1.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.750;QD=8.61;ReadPosRankSum=-0.139	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,8:26:99:252,0,634
1	25678238	.	T	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	25687742	.	C	T	37.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.145;ClippingRankSum=0.228;DP=23;FS=10.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.046;QD=1.64;ReadPosRankSum=-0.320	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,3:23:66:66,0,808
1	25688276	.	A	G	329.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.467;ClippingRankSum=-0.533;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.467;QD=23.55;ReadPosRankSum=0.400	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,9:14:99:358,0,172
1	25884492	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:9:135,9,0
1	25884497	.	T	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
1	25887525	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	25889632	.	T	C	1424.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,34:34:99:1453,102,0
1	25890189	.	A	G	1589.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,38:38:99:1618,114,0
1	26127202	.	T	G	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:70:123,0,70
1	26127203	.	T	C	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:70:123,0,70
1	26128521	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.15;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:69:69,0,114
1	26131375	.	A	G	137.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:165,12,0
1	26131654	.	G	A	455.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=-1.798;DP=19;FS=7.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.658;QD=23.99;ReadPosRankSum=2.149	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,13:19:99:484,0,203
1	26138262	.	T	C	605.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=-1.029;DP=27;FS=1.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.029;QD=22.44;ReadPosRankSum=1.029	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,17:27:99:634,0,356
1	26139879	.	C	G	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
1	26140573	.	C	A	671.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.032;ClippingRankSum=-1.157;DP=28;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.980;QD=23.99;ReadPosRankSum=1.054	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,18:27:99:700,0,278
1	26146514	.	G	C	491.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=-0.478;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.903;QD=27.32;ReadPosRankSum=-0.903	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,14:18:99:520,0,115
1	26150023	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
1	26158962	.	A	G	523.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=-0.701;DP=20;FS=8.038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.454;QD=26.19;ReadPosRankSum=-1.196	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,14:20:99:552,0,196
1	26161037	.	G	C	246.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.166;ClippingRankSum=0.296;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=24.68;ReadPosRankSum=-0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,7:10:89:275,0,89
1	26188625	.	G	T	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
1	26226798	.	C	T	376.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=-2.620;DP=13;FS=3.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.254;QD=28.98;ReadPosRankSum=2.451	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,10:13:90:405,0,90
1	26228409	.	A	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
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1	26801762	.	G	T	178.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.893;ClippingRankSum=-0.584;DP=36;FS=31.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.549;QD=4.97;ReadPosRankSum=1.099	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,11:36:99:207,0,722
1	26856462	.	T	G	801.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:830,57,0
1	26875433	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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1	26900735	.	C	G	1184.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,28:28:84:1213,84,0
1	26901090	.	C	T	992.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1021,72,0
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1	27107695	.	A	G	185.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=-1.369;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.093;QD=14.29;ReadPosRankSum=1.791	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,6:13:99:214,0,245
1	27108245	.	T	C	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.750;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.150;QD=4.72;ReadPosRankSum=-0.250	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,4:19:99:118,0,612
1	27124545	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=9.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,119
1	27180829	.	A	C	212.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=0.250;DP=26;FS=1.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.417;QD=8.18;ReadPosRankSum=-0.306	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,8:26:99:241,0,675
1	27181067	.	C	T	254.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.417;ClippingRankSum=-1.644;DP=34;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.586;QD=7.49;ReadPosRankSum=1.606	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,10:34:99:283,0,940
1	27190324	.	C	T	1015.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=-0.177;DP=86;FS=0.863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.476;QD=11.81;ReadPosRankSum=0.403	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:56,30:86:99:1044,0,2162
1	27203000	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	27204516	.	T	C	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:71:71,0,118
1	27205044	.	T	C	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=10.97;ReadPosRankSum=0.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:105,0,148
1	27205224	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:78,0,35
1	27208108	.	T	C	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.94;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:72:76,0,72
1	27210721	.	T	C	336.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.089;ClippingRankSum=-1.830;DP=35;FS=1.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.018;QD=9.62;ReadPosRankSum=1.617	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,11:35:99:365,0,923
1	27216669	.	G	A	258.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=-0.666;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.578;QD=14.38;ReadPosRankSum=0.489	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,8:18:99:287,0,357
1	27248283	.	C	G	180.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=1.945;DP=35;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.041;QD=5.16;ReadPosRankSum=-1.984	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:27,8:35:99:209,0,987
1	27269788	.	C	T	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:74:78,0,74
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1	27278573	.	T	C	107.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.655;DP=27;FS=2.087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.593;QD=3.99;ReadPosRankSum=-0.593	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,5:27:99:136,0,868
1	27312188	.	A	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	27320356	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
1	27321411	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	27426796	.	T	C	561.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:590,45,0
1	27427041	.	T	C	1123.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1152,81,0
1	27561359	.	T	C	118.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:146,12,0
1	27580061	.	G	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
1	27652898	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	27659965	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	27662122	.	T	C	14.91	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=1.560;DP=28;FS=10.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.817;QD=0.53;ReadPosRankSum=-1.634	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,3:28:43:43,0,911
1	27670694	.	A	G	32.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=1.495;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=4.68;ReadPosRankSum=-1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:61:61,0,205
1	27670734	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	27671271	.	T	C	87.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:115,9,0
1	27679287	.	T	A	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=20.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:110,0,33
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1	27993846	.	A	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
1	27996138	.	C	T	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
1	27997135	.	G	A	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:30:117,0,30
1	28004394	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	28004395	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	28145373	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	28209362	.	T	C	174.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:15:203,15,0
1	28209366	.	A	G	174.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:15:203,15,0
1	28218100	.	T	C	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=11.82;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:111,0,154
1	28261593	.	T	C	532.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.577;ClippingRankSum=-0.296;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.986;QD=29.60;ReadPosRankSum=0.887	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,13:18:99:561,0,356
1	28261600	.	A	C	532.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.158;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.107;QD=31.34;ReadPosRankSum=-0.264	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,12:17:99:561,0,356
1	28273422	.	A	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	28282292	.	T	C	963.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:992,69,0
1	28282819	.	T	C	181.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:210,15,0
1	28285534	.	T	C	344.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:29:373,29,0
1	28285632	.	A	T	234.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:263,18,0
1	28290231	.	C	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
1	28291363	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	28293189	.	A	G	58.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.423;DP=13;FS=3.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.085;QD=4.52;ReadPosRankSum=-0.085	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,3:13:87:87,0,405
1	28294051	.	T	C	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
1	28298951	.	C	T	205.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=-1.589;DP=8;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=25.72;ReadPosRankSum=1.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:65:234,0,65
1	28422847	.	C	T	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
1	28562676	.	A	G	572.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=1.171;DP=33;FS=3.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.594;QD=17.36;ReadPosRankSum=-0.558	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,17:33:99:601,0,586
1	28563084	.	C	T	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.937;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.300;QD=12.40;ReadPosRankSum=-0.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:115,0,100
1	28564279	.	A	G	80.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=-1.537;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=13.46;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:109,0,108
1	28566608	.	G	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	28566740	.	T	A	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
1	28586984	.	T	C	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
1	28604673	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	28608720	.	C	T	1573.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.810;ClippingRankSum=-2.030;DP=56;FS=21.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.768;QD=28.10;ReadPosRankSum=1.778	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,44:55:99:1602,0,287
1	28661576	.	A	G	368.53	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=-1.739;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.107;QD=33.50;ReadPosRankSum=1.423	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,10:11:3:395,0,3
1	28662072	.	A	G	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=7.13;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:71:71,0,155
1	28662157	.	A	G	24.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.067;DP=9;FS=3.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=2.75;ReadPosRankSum=0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:53:53,0,259
1	28662186	.	A	G	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=4.54;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:60:60,0,189
1	28662253	.	A	G	65.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.296;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.546;QD=6.58;ReadPosRankSum=0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:94:94,0,269
1	28824393	.	A	G	16.86	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=-1.187;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.639;QD=1.20;ReadPosRankSum=1.004	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:45:45,0,421
1	28824774	.	A	G	281.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=-0.984;DP=28;FS=1.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.836;QD=10.06;ReadPosRankSum=0.836	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,9:28:99:310,0,749
1	28825331	.	A	G	254.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=-0.818;DP=17;FS=5.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.069;QD=14.99;ReadPosRankSum=-1.588	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,8:17:99:283,0,336
1	28825370	.	A	G	109.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=0.231;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.620;QD=8.44;ReadPosRankSum=-1.003	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,4:13:99:138,0,338
1	28825486	.	A	G	87.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.95;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:24:116,0,24
1	28825830	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:69:69,0,111
1	28826015	.	A	G	12.05	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.283;ClippingRankSum=1.086;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.691;QD=0.93;ReadPosRankSum=0.099	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:40:40,0,422
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1	28826190	.	A	G	437.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=-1.264;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.702;QD=24.32;ReadPosRankSum=0.890	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,12:18:99:466,0,207
1	28826250	.	A	G	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=-0.503;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=2.51;ReadPosRankSum=0.503	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,3:19:76:76,0,611
1	28834616	.	A	C	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=1.495;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=5.25;ReadPosRankSum=-1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:65:65,0,187
1	28835201	.	C	T	515.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=-1.826;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.826;QD=32.24;ReadPosRankSum=1.508	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,14:16:36:544,0,36
1	28835363	.	C	A	1415.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=1.830;DP=45;FS=6.278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.837;QD=31.46;ReadPosRankSum=-0.468	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,36:45:99:1444,0,257
1	28835847	.	A	G	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.354;DP=35;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.061;QD=2.42;ReadPosRankSum=-0.306	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:30,5:35:99:113,0,1193
1	28836912	.	A	G	159.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.300;DP=24;FS=8.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.433;QD=6.66;ReadPosRankSum=-0.367	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,6:24:99:188,0,717
1	28837443	.	T	C	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
1	28866859	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	28868945	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
1	28868946	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
1	28871042	.	A	G	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:32:80,0,32
1	28969539	.	A	C	199.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.057;ClippingRankSum=-1.551;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.775;QD=9.08;ReadPosRankSum=1.128	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,7:22:99:228,0,535
1	29063559	.	A	C	687.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:716,54,0
1	29174286	.	T	C	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
1	29309125	.	C	T	23.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=2.329;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.059;QD=1.19;ReadPosRankSum=-0.423	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,3:20:52:52,0,699
1	29309138	.	T	C	628.81	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.178;ClippingRankSum=-2.318;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.475;QD=34.93;ReadPosRankSum=2.178	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,16:18:20:657,0,20
1	29443675	.	T	C	450.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:479,33,0
1	29443723	.	A	G	495.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:524,36,0
1	29445227	.	T	C	283.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.733;ClippingRankSum=1.733;DP=10;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.480;QD=28.38;ReadPosRankSum=-1.733	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,8:10:47:312,0,47
1	29445514	.	C	A	272.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=-2.927;DP=13;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.533;QD=20.98;ReadPosRankSum=1.092	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,8:13:99:301,0,152
1	29445598	.	A	G	715.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.306;DP=25;FS=1.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.053;QD=28.63;ReadPosRankSum=-0.577	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,20:25:99:744,0,138
1	29475341	.	C	T	2566.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=-0.447;DP=62;FS=3.153;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.006;QD=28.41;ReadPosRankSum=-1.006	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,61:62:99:2595,144,0
1	29475394	.	C	G	2418.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,58:58:99:2447,175,0
1	29475648	.	T	G	1994.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,48:48:99:2023,144,0
1	29494019	.	C	T	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=7.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:65:65,0,113
1	29497250	.	T	C	91.80	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.95;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:21:120,0,21
1	29497820	.	C	T	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
1	29499425	.	T	G	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
1	29500125	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
1	29500815	.	T	C	284.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:313,21,0
1	29500995	.	T	C	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
1	29503214	.	G	A	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
1	29507100	.	A	C	141.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:169,12,0
1	29508350	.	C	T	579.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.370;ClippingRankSum=-1.370;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.236;QD=28.99;ReadPosRankSum=1.181	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,16:20:87:608,0,87
1	29519665	.	T	C	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:65:65,0,154
1	29519778	.	T	G	311.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:340,24,0
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1	29587407	.	A	C	319.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.990;ClippingRankSum=-0.791;DP=28;FS=1.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.024;QD=11.42;ReadPosRankSum=1.031	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,10:28:99:348,0,700
1	29609536	.	G	A	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
1	29630455	.	C	T	617.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.509;ClippingRankSum=-1.024;DP=26;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.539;QD=23.76;ReadPosRankSum=1.024	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,17:26:99:646,0,292
1	29631909	.	A	G	880.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=0.629;DP=32;FS=1.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.251;QD=27.52;ReadPosRankSum=-0.126	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,23:32:99:909,0,290
1	29649026	.	A	T	267.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:296,21,0
1	29649320	.	T	G	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
1	29649874	.	T	C	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
1	29651053	.	A	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
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1	31195108	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
1	31198517	.	A	G	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:77,0,35
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1	31344250	.	A	G	377.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:406,30,0
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1	31458249	.	T	C	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.19;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:67:73,0,67
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1	31886564	.	C	G	33.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=11.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:24:62,0,24
1	31886833	.	T	C	225.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=1.461;DP=12;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.135;QD=18.81;ReadPosRankSum=-0.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,7:12:99:254,0,174
1	31887505	.	G	A	209.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=1.067;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=26.22;ReadPosRankSum=-1.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:65:238,0,65
1	31888680	.	T	C	278.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:307,21,0
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1	31889220	.	T	C	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=-0.937;DP=7;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=12.25;ReadPosRankSum=0.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:114,0,146
1	31892148	.	T	A	90.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=18.15;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:74:119,0,74
1	31892776	.	A	G	80.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=13.46;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:109,0,106
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1	31905730	.	T	C	505.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:534,39,0
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1	31942346	.	T	C	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=10.19;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:69:69,0,79
1	31943149	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,86
1	31943151	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,86
1	31944076	.	C	T	473.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=-0.594;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.085;QD=31.58;ReadPosRankSum=0.594	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,13:15:44:502,0,44
1	32034821	.	T	C	96.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:124,9,0
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1	32705721	.	C	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
1	32712450	.	G	A	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
1	32831543	.	C	T	1488.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,35:35:99:1517,105,0
1	33062048	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	33065947	.	G	C	488.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:517,36,0
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1	33091635	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	33104198	.	T	A	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
1	33133968	.	T	C	361.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:390,27,0
1	33138516	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	33139224	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	33144627	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
1	33144640	.	A	G	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
1	33145742	.	A	G	1052.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1081,75,0
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1	33150597	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	33150598	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	33150865	.	G	A	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
1	33150951	.	T	C	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
1	33234136	.	T	C	138.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:166,12,0
1	33234153	.	G	A	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
1	33235626	.	G	A	1421.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=-0.756;DP=49;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.058;QD=29.02;ReadPosRankSum=0.174	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,37:49:99:1450,0,360
1	33235651	.	A	G	147.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.187;ClippingRankSum=-0.062;DP=51;FS=1.429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.062;QD=2.90;ReadPosRankSum=0.679	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:42,9:51:99:176,0,1646
1	33245802	.	C	G	914.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=-1.731;DP=79;FS=8.085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.770;QD=11.58;ReadPosRankSum=1.421	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:52,27:79:99:943,0,1993
1	33251739	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
1	33259678	.	C	G	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
1	33284498	.	A	G	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
1	33304189	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
1	33314296	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
1	33324136	.	T	C	219.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=31.40;ReadPosRankSum=-0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:25:248,0,25
1	33360343	.	G	A	176.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.464;ClippingRankSum=-1.876;DP=35;FS=14.973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.763;QD=5.05;ReadPosRankSum=1.918	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,7:35:99:205,0,1080
1	33402515	.	C	T	313.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.931;ClippingRankSum=-0.695;DP=46;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.412;QD=6.82;ReadPosRankSum=1.056	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:35,11:46:99:342,0,1326
1	33402542	.	G	C	208.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.861;ClippingRankSum=-0.922;DP=39;FS=1.582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.478;QD=5.35;ReadPosRankSum=2.348	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,8:39:99:237,0,1125
1	33610037	.	T	C	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
1	33611890	.	C	T	79.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=19.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:26:108,0,26
1	33612508	.	G	A	123.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.550;DP=7;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.300;QD=17.68;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:152,0,104
1	33679325	.	A	T	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
1	33732192	.	G	T	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:80,0,37
1	33733980	.	T	A	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=17.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:72:115,0,72
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1	35566080	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	35567194	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
1	35581650	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	35645343	.	A	C	501.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.787;ClippingRankSum=-0.324;DP=19;FS=5.180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.805;QD=26.41;ReadPosRankSum=0.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,14:19:99:530,0,157
1	35646125	.	C	T	410.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=-0.680;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.340;QD=25.67;ReadPosRankSum=0.566	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,11:16:99:439,0,175
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1	35647243	.	T	C	437.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=-0.217;DP=15;FS=2.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.650;QD=29.18;ReadPosRankSum=0.217	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,12:15:80:466,0,80
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1	35648316	.	C	T	238.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.135;DP=12;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.309;QD=19.90;ReadPosRankSum=0.135	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,7:12:99:267,0,151
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1	35657874	.	G	C	560.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=-1.766;DP=26;FS=1.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.659;QD=21.57;ReadPosRankSum=1.607	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,16:26:99:589,0,321
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1	36068210	.	T	C	80.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=11.54;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:109,0,156
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1	36068790	.	G	A	781.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=-0.805;DP=29;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.342;QD=26.96;ReadPosRankSum=1.049	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,21:29:99:810,0,245
1	36068863	.	T	C	1408.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=1.152;DP=59;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.290;QD=23.88;ReadPosRankSum=0.588	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,37:59:99:1437,0,783
1	36180651	.	C	T	112.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.300;ClippingRankSum=1.300;DP=7;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=16.11;ReadPosRankSum=-1.300	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:141,0,109
1	36225948	.	T	C	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=22.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:28:117,0,28
1	36226206	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:77:78,0,77
1	36316571	.	A	C	209.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=-0.042;DP=19;FS=4.242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.564;QD=11.04;ReadPosRankSum=0.042	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,7:19:99:238,0,465
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1	36393158	.	A	G	88.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:116,9,0
1	36529475	.	A	G	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
1	36532316	.	T	C	135.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:163,12,0
1	36534644	.	G	T	193.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:222,15,0
1	36556187	.	G	A	91.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:119,9,0
1	36602943	.	C	T	187.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:216,15,0
1	36603165	.	G	A	353.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:382,27,0
1	36603290	.	C	T	185.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:214,15,0
1	36614713	.	C	G	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
1	36642420	.	T	C	1278.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,31:31:93:1307,93,0
1	36752152	.	C	T	970.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.117;ClippingRankSum=-0.730;DP=39;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.862;QD=24.89;ReadPosRankSum=1.058	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,26:39:99:999,0,441
1	36752433	.	C	T	1348.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,34:34:99:1377,102,0
1	36753664	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	36754467	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	36766975	.	G	C	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
1	36770065	.	C	T	46.73	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=1.076;DP=20;FS=2.858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.404;QD=2.34;ReadPosRankSum=0.404	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,4:18:85:85,0,401
1	36770806	.	C	G	530.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:559,39,0
1	36787888	.	G	A	233.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=-0.597;DP=11;FS=12.175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.896;QD=21.25;ReadPosRankSum=0.678	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,7:11:99:262,0,125
1	36863456	.	G	A	349.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=-0.214;DP=32;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.058;QD=10.93;ReadPosRankSum=0.409	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,12:32:99:378,0,765
1	36888462	.	A	G	124.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=24.96;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:25:153,0,25
1	36893968	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	36921029	.	C	A	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
1	36923922	.	C	T	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:68:81,0,68
1	36923923	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:68:81,0,68
1	36925157	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
1	36927733	.	G	A	2974.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,69:69:99:3003,208,0
1	37907423	.	T	A	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
1	37921066	.	G	A	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=-0.988;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=13.63;ReadPosRankSum=-1.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:110,0,116
1	37921082	.	A	G	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:123,0,33
1	37921250	.	T	C	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
1	37944506	.	G	A	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
1	37959450	.	T	C	1410.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,33:33:99:1439,99,0
1	37959470	.	C	G	1497.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,35:35:99:1526,105,0
1	37959499	.	G	C	1640.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,38:38:99:1669,114,0
1	37964305	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
1	37964745	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
1	38000185	.	G	A	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
1	38002068	.	C	T	138.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:166,12,0
1	38051585	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	38057866	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	38147606	.	T	A	885.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:914,63,0
1	38148765	.	A	G	1466.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,35:35:99:1495,105,0
1	38154002	.	A	G	46.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
1	38154854	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
1	38155699	.	T	G	389.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:418,33,0
1	38155841	.	A	T	289.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:318,24,0
1	38157717	.	A	G	192.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=38.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:221,15,0
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1	40361783	.	G	C	576.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:605,42,0
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1	40540624	.	A	T	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
1	40722795	.	G	A	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=7.13;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:71:71,0,158
1	40879636	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	40881041	.	C	G	457.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:486,33,0
1	40975260	.	G	C	128.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=21.46;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:69:157,0,69
1	41091127	.	T	C	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
1	41152201	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
1	41152609	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	41152996	.	A	G	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
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1	42693597	.	A	G	96.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=-1.189;DP=25;FS=2.054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.529;QD=3.87;ReadPosRankSum=1.393	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,5:25:99:125,0,770
1	42925080	.	T	C	96.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:124,9,0
1	42925688	.	T	G	2231.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,52:52:99:2260,157,0
1	43135228	.	A	G	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:73,0,35
1	43137280	.	A	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=10.94;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:72:72,0,74
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1	43159705	.	T	G	59.96	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:5:87,5,0
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1	43212431	.	A	G	414.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:443,36,0
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1	43271512	.	G	A	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
1	43296118	.	G	A	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=-0.922;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=4.47;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:64:64,0,160
1	43309548	.	G	A	157.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:186,15,0
1	43309842	.	G	C	233.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:262,18,0
1	43318478	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	43324900	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	43392250	.	C	G	20.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.193;DP=42;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.021;QD=0.50;ReadPosRankSum=-0.107	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:38,4:42:49:49,0,1483
1	43408966	.	G	A	1173.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.117;DP=39;FS=3.462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.150;QD=30.10;ReadPosRankSum=0.683	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,30:39:99:1202,0,275
1	43424519	.	T	G	463.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=-2.070;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.183;QD=25.76;ReadPosRankSum=1.873	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,13:18:99:492,0,153
1	43607770	.	G	T	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
1	43631402	.	T	C	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
1	43631939	.	G	A	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=21.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:113,0,33
1	43632260	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	43632536	.	C	T	2437.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=-1.309;DP=85;FS=0.926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.005;QD=28.68;ReadPosRankSum=1.821	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,63:85:99:2466,0,678
1	43632997	.	A	G	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:31:77,0,31
1	43633919	.	A	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	43634575	.	G	A	47.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:75,9,0
1	43635058	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	43635838	.	A	G	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
1	43636484	.	C	G	1767.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=-0.852;DP=62;FS=2.406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.142;QD=28.51;ReadPosRankSum=0.600	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,45:62:99:1796,0,563
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1	43748132	.	A	G	900.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:929,66,0
1	43831545	.	C	T	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:80,0,36
1	43916642	.	T	C	212.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.634;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.815;QD=11.82;ReadPosRankSum=-0.543	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,7:18:99:241,0,413
1	43920686	.	C	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	44019731	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	44034135	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	44035093	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:73:78,0,73
1	44035352	.	C	T	1344.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.751;DP=45;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.341;QD=29.88;ReadPosRankSum=-1.188	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,35:45:99:1373,0,303
1	44047742	.	C	T	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:79,0,36
1	44049167	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:75,0,37
1	44052673	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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1	44058265	.	C	A	1063.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=0.736;DP=50;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.259;QD=21.28;ReadPosRankSum=1.338	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,31:49:99:1092,0,600
1	44060261	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	44063250	.	T	C	68.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.92	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,3:3:34:97,0,34
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1	44064319	.	A	G	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.754;QD=11.40;ReadPosRankSum=-0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:108,0,143
1	44065235	.	G	T	126.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=25.36;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:27:155,0,27
1	44066456	.	C	G	85.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:113,9,0
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1	44067859	.	A	G	187.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=-1.203;DP=9;FS=6.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.001;QD=20.86;ReadPosRankSum=1.203	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:92:216,0,92
1	44068758	.	C	T	170.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=28.46;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:24:199,0,24
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1	44071221	.	G	A	1396.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.055;ClippingRankSum=-1.089;DP=54;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.635;QD=25.87;ReadPosRankSum=0.729	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,38:54:99:1425,0,515
1	44072018	.	C	T	1772.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.429;ClippingRankSum=-1.298;DP=55;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.687;QD=32.23;ReadPosRankSum=-0.207	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,45:55:99:1801,0,267
1	44072066	.	C	T	1624.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.564;ClippingRankSum=-0.388;DP=56;FS=1.196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.293;QD=29.01;ReadPosRankSum=2.715	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,42:56:99:1653,0,405
1	44075505	.	G	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
1	44083015	.	G	A	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
1	44083507	.	T	C	1372.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.973;ClippingRankSum=-0.796;DP=56;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.021;QD=24.51;ReadPosRankSum=1.038	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,37:56:99:1401,0,564
1	44083519	.	G	A	1360.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.081;DP=52;FS=2.577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.232;QD=26.17;ReadPosRankSum=-0.081	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,37:52:99:1389,0,497
1	44083874	.	A	G	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
1	44084739	.	C	T	1464.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.929;ClippingRankSum=-0.668;DP=61;FS=1.044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.807;QD=24.01;ReadPosRankSum=0.576	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,41:61:99:1493,0,596
1	44086831	.	C	T	1888.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.153;ClippingRankSum=-0.716;DP=62;FS=11.558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.682;QD=30.46;ReadPosRankSum=0.581	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,48:62:99:1917,0,437
1	44137257	.	C	A	647.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=-1.164;DP=20;FS=6.607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.953;QD=32.39;ReadPosRankSum=0.741	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,17:20:66:676,0,66
1	44414156	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	44415415	.	C	T	287.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;ClippingRankSum=0.898;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=28.78;ReadPosRankSum=-0.898	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,8:10:61:316,0,61
1	44438396	.	A	C	66.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=1.263;DP=27;FS=2.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.809;QD=2.47;ReadPosRankSum=-1.263	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,4:27:95:95,0,884
1	44438974	.	C	T	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:31:123,0,31
1	44443422	.	C	T	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.19;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:73:73,0,75
1	44451234	.	C	T	1103.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.700;ClippingRankSum=-0.227;DP=53;FS=3.981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.155;QD=20.83;ReadPosRankSum=0.064	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,32:53:99:1132,0,760
1	44460632	.	G	C	136.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=34.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:76:165,0,76
1	44460639	.	A	G	136.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=27.35;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:76:165,0,76
1	44464205	.	A	G	285.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=-1.733;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=28.58;ReadPosRankSum=1.271	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,8:10:55:314,0,55
1	44465419	.	T	C	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
1	44480010	.	A	G	45.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:73,6,0
1	44481492	.	T	C	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:79,0,35
1	44505646	.	C	G	128.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=21.46;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:67:157,0,67
1	44505789	.	G	A	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.69;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:123,0,33
1	44682084	.	A	T	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=8.69;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:63:63,0,64
1	44686322	.	T	C	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=15.95;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:72:108,0,72
1	44692785	.	C	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
1	44751331	.	C	T	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:77,0,37
1	44820319	.	A	G	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
1	45281380	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	45424193	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	45424196	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	45424201	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	45444038	.	G	A	72.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.948;ClippingRankSum=-0.111;DP=30;FS=4.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.779;QD=2.43;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,5:30:99:101,0,973
1	45452227	.	G	C	77.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.450;ClippingRankSum=0.650;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.450;QD=4.09;ReadPosRankSum=-0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,4:19:99:106,0,565
1	45468606	.	A	G	306.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=1.061;DP=11;FS=12.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.118;QD=27.89;ReadPosRankSum=0.825	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,9:11:23:335,0,23
1	45468631	.	A	T	716.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:745,54,0
1	45479874	.	G	T	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
1	45480733	.	C	T	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
1	45483812	.	C	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:78,0,36
1	45797505	.	C	G	35.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.502;ClippingRankSum=1.324;DP=23;FS=2.291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.054;QD=1.56;ReadPosRankSum=0.959	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,3:23:64:64,0,734
1	45810091	.	A	G	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=16.75;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:74:112,0,74
1	45956700	.	C	A	73.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:101,9,0
1	45973928	.	G	A	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:75,0,34
1	45976147	.	G	A	175.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:204,15,0
1	45976587	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
1	46016687	.	T	C	998.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.303;ClippingRankSum=1.583;DP=41;FS=5.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.714;QD=24.36;ReadPosRankSum=-1.275	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,28:41:99:1027,0,445
1	46032974	.	T	C	113.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.922;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.421;QD=14.22;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:142,0,158
1	46073489	.	G	A	251.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.857;ClippingRankSum=-1.837;DP=19;FS=2.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.429;QD=13.25;ReadPosRankSum=1.919	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,9:19:99:280,0,366
1	46075612	.	A	G	166.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=23.82;ReadPosRankSum=-1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:58:195,0,58
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1	46598273	.	A	C	217.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=32.78;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:68:246,0,68
1	46647893	.	G	A	93.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
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1	46743900	.	C	T	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=5.79;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:63:63,0,152
1	46746164	.	C	T	317.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DP=42;FS=5.254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.229;QD=7.57;ReadPosRankSum=0.029	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,11:42:99:346,0,1175
1	46768408	.	T	C	43.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:71,6,0
1	46810530	.	A	G	557.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.326;ClippingRankSum=-1.193;DP=24;FS=1.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.954;QD=23.24;ReadPosRankSum=1.670	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,15:24:99:586,0,305
1	46827456	.	A	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.540;ClippingRankSum=-1.540;DP=18;FS=6.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.118;QD=2.43;ReadPosRankSum=1.422	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,3:18:72:72,0,582
1	46828360	.	C	T	116.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.876;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.159;QD=12.97;ReadPosRankSum=-0.729	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:145,0,190
1	46871986	.	T	C	624.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:653,48,0
1	46875067	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	46879562	.	T	G	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=20.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:30:110,0,30
1	46879856	.	C	G	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
1	46978497	.	C	T	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:74,0,36
1	46978946	.	C	T	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=9.94;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:68:68,0,69
1	47023531	.	C	A	718.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.419;ClippingRankSum=-1.257;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.284;QD=31.25;ReadPosRankSum=1.095	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,19:23:97:747,0,97
1	47024454	.	G	A	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=-0.236;DP=20;FS=12.155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.370;QD=4.34;ReadPosRankSum=0.142	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,4:20:99:115,0,617
1	47027240	.	T	C	274.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.368;DP=25;FS=3.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.444;QD=10.99;ReadPosRankSum=-0.878	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,9:25:99:303,0,604
1	47048928	.	G	A	39.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.106;DP=20;FS=2.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.106;QD=1.99;ReadPosRankSum=0.212	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,3:20:68:68,0,623
1	47056227	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	47058195	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	47058863	.	C	T	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
1	47059019	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	47059934	.	T	C	529.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:558,39,0
1	47069894	.	C	G	107.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=-1.652;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.652;QD=11.97;ReadPosRankSum=1.652	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:136,0,167
1	47074621	.	G	C	454.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:483,33,0
1	47074774	.	T	A	565.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:594,42,0
1	47078637	.	T	C	265.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:294,21,0
1	47082513	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:78,0,36
1	47099346	.	C	A	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
1	47099721	.	T	C	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
1	47100049	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
1	47100858	.	T	C	273.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=1.414;DP=27;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.180;QD=10.14;ReadPosRankSum=-1.569	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,9:27:99:302,0,689
1	47101015	.	C	A	1590.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,38:38:99:1619,114,0
1	47102058	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
1	47105000	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	47109828	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	47109830	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	47133811	.	T	C	17.84	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.000;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.589;QD=2.23;ReadPosRankSum=-0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:46:46,0,223
1	47141718	.	T	C	140.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=0.000;DP=14;FS=5.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.533;QD=10.05;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,5:14:99:169,0,338
1	47143547	.	A	G	156.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.367;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.700;QD=6.53;ReadPosRankSum=-0.300	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,6:24:99:185,0,684
1	47184181	.	C	T	127.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.784;DP=21;FS=4.876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.041;QD=6.08;ReadPosRankSum=0.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,5:21:99:156,0,641
1	47279175	.	C	T	353.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.171;DP=44;FS=7.848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.672;QD=8.04;ReadPosRankSum=1.304	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:32,12:44:99:382,0,1220
1	47283005	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
1	47284526	.	C	A	321.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.257;DP=42;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.515;QD=7.66;ReadPosRankSum=-0.858	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,11:42:99:350,0,1195
1	47284572	.	G	A	508.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=-1.369;DP=43;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.490;QD=11.83;ReadPosRankSum=1.344	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:27,16:43:99:537,0,901
1	47548670	.	A	G	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
1	47717189	.	A	G	626.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:655,45,0
1	47778833	.	T	C	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
1	47840009	.	C	A	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
1	47842431	.	G	A	2041.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,47:47:99:2070,141,0
1	47842666	.	A	T	1474.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,35:35:99:1503,105,0
1	47842777	.	C	T	1894.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,44:44:99:1923,132,0
1	47844464	.	G	A	545.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:574,39,0
1	47901300	.	C	T	88.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:116,9,0
1	49808559	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:9:135,9,0
1	49808562	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:9:135,9,0
1	49808564	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:9:135,9,0
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1	49808580	.	G	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
1	49808607	.	A	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
1	50457900	.	C	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
1	50457904	.	C	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
1	50457905	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
1	50457910	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
1	51121198	.	T	C	570.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=-0.066;DP=29;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.066;QD=19.68;ReadPosRankSum=0.987	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,16:29:99:599,0,466
1	51717053	.	G	A	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
1	51753812	.	G	A	275.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:304,21,0
1	51873951	.	G	A	450.31	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=-1.737;DP=13;FS=3.358;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.935;QD=34.64;ReadPosRankSum=1.470	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,12:13:1:476,1,0
1	51984969	.	G	A	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:73,0,37
1	52220810	.	A	G	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:72:74,0,72
1	52344245	.	T	G	721.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=1.032;DP=32;FS=8.232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.253;QD=22.56;ReadPosRankSum=-1.032	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,20:32:99:750,0,412
1	52486951	.	C	T	139.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:167,12,0
1	52521062	.	A	T	769.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:798,57,0
1	52538311	.	G	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	52553860	.	C	T	201.80	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=-0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=28.83;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:21:230,0,21
1	52553995	.	G	A	243.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.666;ClippingRankSum=-1.179;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=27.09;ReadPosRankSum=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:64:272,0,64
1	52555388	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	52834950	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	52899972	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
1	53151362	.	T	C	16.86	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=-0.825;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.354;QD=1.53;ReadPosRankSum=0.118	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:45:45,0,367
1	53152178	.	G	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:72,0,37
1	53153044	.	T	C	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.105;ClippingRankSum=-0.672;DP=21;FS=5.076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.388;QD=4.13;ReadPosRankSum=0.493	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,4:21:99:115,0,620
1	53192187	.	C	T	205.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:234,18,0
1	53250650	.	G	A	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=-0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.956;QD=9.97;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:108,0,174
1	53288239	.	A	G	115.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.652;ClippingRankSum=-0.361;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=12.86;ReadPosRankSum=0.361	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:144,0,198
1	53289547	.	A	G	26.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=4.46;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:55:55,0,159
1	53289686	.	A	G	296.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.382;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=26.98;ReadPosRankSum=0.382	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,8:11:94:325,0,94
1	53289688	.	A	G	162.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=0.825;DP=11;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.143;QD=14.80;ReadPosRankSum=0.143	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,5:11:99:191,0,350
1	53289892	.	A	G	77.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=11.11;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:106,0,149
1	53291420	.	A	G	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:12:180,12,0
1	53291425	.	A	G	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:12:180,12,0
1	53291434	.	A	G	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:12:180,12,0
1	53291435	.	A	G	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:12:180,12,0
1	53292607	.	T	A	109.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=-0.289;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=9.15;ReadPosRankSum=0.536	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,4:12:99:138,0,314
1	53684525	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	53779428	.	C	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
1	53792651	.	A	C	179.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.101;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.660;QD=13.83;ReadPosRankSum=-0.101	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,6:13:99:208,0,242
1	54188477	.	C	G	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
1	54310347	.	C	T	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
1	54317697	.	T	C	870.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:899,63,0
1	54318411	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
1	54354935	.	G	C	156.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.362;ClippingRankSum=-1.429;DP=27;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.787;QD=5.81;ReadPosRankSum=0.379	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,6:27:99:185,0,813
1	54355041	.	A	G	122.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=-0.335;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.708;QD=5.34;ReadPosRankSum=0.783	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,5:23:99:151,0,713
1	54355105	.	A	G	768.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:797,57,0
1	54387752	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	54506514	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	54506515	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	54506518	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	54563039	.	G	A	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
1	54637417	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	54637915	.	C	T	191.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:220,15,0
1	54661234	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	54681920	.	G	C	1939.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,45:45:99:1968,135,0
1	54688529	.	A	G	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
1	54690954	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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1	59249031	.	T	G	2476.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,58:58:99:2505,175,0
1	59249347	.	G	C	2338.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,55:55:99:2367,166,0
1	59787350	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	59844471	.	G	A	203.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=-2.166;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.895;QD=20.38;ReadPosRankSum=2.166	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,7:10:91:232,0,91
1	61606932	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	61606945	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	61620993	.	C	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
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1	62603421	.	C	T	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
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1	62614366	.	G	A	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
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1	62617927	.	C	T	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
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1	62621089	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	62621446	.	C	T	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
1	62627675	.	G	A	522.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:551,39,0
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1	63388210	.	A	G	45.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:73,6,0
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1	65898873	.	G	C	198.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.190;ClippingRankSum=-0.028;DP=27;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.249;QD=7.36;ReadPosRankSum=0.194	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,7:27:99:227,0,768
1	65898972	.	G	A	1156.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1185,81,0
1	65900357	.	G	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
1	67452322	.	G	A	154.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.545;ClippingRankSum=0.978;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.212;QD=11.91;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,5:13:99:183,0,303
1	67453035	.	A	G	449.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:478,33,0
1	67468124	.	G	C	21.80	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DP=8;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=2.72;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:50:50,0,239
1	67518534	.	C	T	98.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.383;ClippingRankSum=-0.365;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=9.88;ReadPosRankSum=-1.568	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:127,0,238
1	67797404	.	C	T	96.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:124,9,0
1	67874689	.	T	C	212.80	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=24.76;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:21:241,0,21
1	67874696	.	T	C	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=21.69;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:99:115,0,208
1	67874697	.	T	C	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=21.69;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:99:115,0,208
1	67874731	.	T	C	184.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:213,15,0
1	67875203	.	C	T	584.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:613,42,0
1	68151980	.	T	G	129.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.919;DP=15;FS=9.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.184;QD=8.65;ReadPosRankSum=-0.919	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,5:15:99:158,0,338
1	68152438	.	C	T	69.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=-1.001;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.203;QD=7.75;ReadPosRankSum=1.203	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:98:98,0,217
1	68167491	.	C	T	308.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.737;DP=34;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.191;QD=9.08;ReadPosRankSum=-0.510	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,10:34:99:337,0,927
1	68169069	.	A	G	210.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.785;ClippingRankSum=-0.903;DP=33;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.239;QD=6.39;ReadPosRankSum=0.735	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,8:33:99:239,0,988
1	68169122	.	A	G	16.86	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.764;DP=15;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.255;QD=1.12;ReadPosRankSum=0.425	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,2:15:45:45,0,497
1	68170255	.	C	A	179.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=-1.689;DP=44;FS=1.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.898;QD=4.09;ReadPosRankSum=1.719	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:36,8:44:99:208,0,1417
1	68587458	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	68589927	.	G	T	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:12:173,12,0
1	68589935	.	T	G	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:12:173,12,0
1	68591173	.	A	G	234.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:263,18,0
1	68591405	.	G	A	921.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:950,66,0
1	68603586	.	C	T	1040.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1069,78,0
1	70024289	.	A	G	130.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=18.68;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:159,0,233
1	70024291	.	A	G	130.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.937;QD=18.68;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:159,0,233
1	70029727	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	70611208	.	A	T	153.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.920;QD=19.22;ReadPosRankSum=-0.684	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:99:182,0,111
1	70611347	.	A	G	317.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:346,24,0
1	70630925	.	G	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	70687887	.	T	G	353.10	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.158;DP=11;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.739;QD=32.10;ReadPosRankSum=-0.474	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,10:11:11:381,0,11
1	70688552	.	A	G	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=8.94;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:64:64,0,75
1	70689215	.	T	C	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.94;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:120,0,34
1	70689677	.	A	G	193.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:222,15,0
1	70689760	.	A	G	199.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=0.573;DP=9;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=22.20;ReadPosRankSum=0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:99:228,0,106
1	70689860	.	G	T	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
1	70690022	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	70690465	.	G	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.69;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:75:75,0,79
1	70690540	.	C	T	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:79,0,33
1	70691079	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:69:69,0,164
1	70691899	.	A	G	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.94;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:31:116,0,31
1	70693731	.	A	T	244.81	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.747;DP=8;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=30.60;ReadPosRankSum=-0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:20:273,0,20
1	70709759	.	G	A	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
1	70714215	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	70715093	.	G	A	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
1	70717293	.	G	A	39.73	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=-1.588;DP=35;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.606;QD=1.14;ReadPosRankSum=0.202	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:30,5:35:99:102,0,1070
1	70820199	.	C	T	97.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.755;ClippingRankSum=-1.189;DP=17;FS=6.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.396;QD=5.75;ReadPosRankSum=0.849	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,4:17:99:126,0,476
1	70828536	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
1	70905967	.	A	G	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=-1.537;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.988;QD=13.96;ReadPosRankSum=1.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:112,0,111
1	70905983	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,111
1	70910065	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:28:81,0,28
1	70910646	.	A	G	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,71
1	70910654	.	A	G	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,71
1	71529401	.	C	T	98.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=-0.061;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.152;QD=6.17;ReadPosRankSum=-0.182	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,4:16:99:127,0,470
1	71531596	.	A	G	74.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=-0.573;DP=9;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.573;QD=8.31;ReadPosRankSum=0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:103,0,227
1	71535608	.	T	C	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.480;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.480;QD=2.88;ReadPosRankSum=0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:57:57,0,315
1	74670172	.	A	G	494.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:523,36,0
1	75171751	.	T	C	453.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:482,33,0
1	75230606	.	C	T	130.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=26.15;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:159,0,31
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1	75693501	.	G	A	502.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:531,36,0
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1	79129486	.	G	A	10.17	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.702;DP=42;FS=2.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.885;QD=0.24;ReadPosRankSum=0.092	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:37,4:41:47:47,0,1355
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1	85113203	.	T	C	567.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=1.250;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.050;QD=29.88;ReadPosRankSum=0.250	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,15:19:99:596,0,117
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1	85462750	.	T	C	91.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:119,9,0
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1	85644590	.	T	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
1	85646254	.	T	C	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=10.19;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:66:69,0,66
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1	87570398	.	G	A	290.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.289;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.536;QD=24.23;ReadPosRankSum=-0.289	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,8:12:99:319,0,143
1	87572817	.	C	T	492.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:521,36,0
1	87573963	.	T	C	195.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:224,15,0
1	87573988	.	T	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
1	87574217	.	A	G	229.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:258,18,0
1	87794519	.	C	G	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
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1	87799284	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:78,0,37
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1	89892664	.	G	T	413.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:442,30,0
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1	93771716	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:81,0,33
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1	94344716	.	C	T	369.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=-0.251;DP=17;FS=5.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.452;QD=21.75;ReadPosRankSum=0.151	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,11:17:99:398,0,190
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1	94471075	.	A	G	225.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:254,18,0
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1	95336793	.	A	G	184.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:213,15,0
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1	95349437	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	95362972	.	C	T	916.96	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=-0.351;DP=25;FS=3.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.250;QD=27.83;ReadPosRankSum=0.451	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,23:25:5:944,0,5
1	95367773	.	A	G	325.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.212;ClippingRankSum=1.212;DP=40;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.515;QD=8.14;ReadPosRankSum=-1.333	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:29,11:40:99:354,0,1161
1	95392563	.	C	T	319.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.215;ClippingRankSum=0.295;DP=34;FS=1.491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.221;QD=9.40;ReadPosRankSum=0.184	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,11:34:99:348,0,867
1	95583090	.	G	C	396.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:425,33,0
1	95705053	.	A	G	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
1	95707217	.	C	T	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
1	95709821	.	T	C	562.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:591,42,0
1	95709939	.	T	G	427.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:456,33,0
1	96913001	.	G	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,147
1	96913002	.	G	A	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,147
1	96914102	.	A	T	139.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:167,12,0
1	97254014	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	97262716	.	C	T	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:31:81,0,31
1	97272456	.	A	G	247.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.067;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=27.53;ReadPosRankSum=-0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:52:276,0,52
1	97279692	.	C	T	190.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:219,15,0
1	97280132	.	A	T	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=-0.956;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.221;QD=9.97;ReadPosRankSum=0.684	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:108,0,203
1	97543752	.	G	A	208.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=-1.067;DP=8;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=26.10;ReadPosRankSum=1.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:49:237,0,49
1	97543764	.	C	T	213.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.067;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=26.72;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:62:242,0,62
1	97770920	.	C	T	101.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.632;ClippingRankSum=-1.110;DP=15;FS=9.859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.457;QD=6.78;ReadPosRankSum=0.065	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,4:15:99:130,0,417
1	98348885	.	G	A	454.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:483,33,0
1	99127392	.	T	C	275.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:304,24,0
1	99164434	.	G	A	83.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=20.95;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:23:112,0,23
1	99181738	.	C	T	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
1	99199734	.	G	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:89,6,0
1	99199742	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	99225627	.	G	A	960.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:989,69,0
1	100144363	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
1	100147287	.	A	G	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
1	100147391	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	100316589	.	A	G	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=-1.221;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.322;QD=9.97;ReadPosRankSum=1.221	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:108,0,198
1	100336361	.	C	T	234.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:263,18,0
1	100338055	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	100358103	.	C	T	254.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.747;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.747;QD=31.85;ReadPosRankSum=0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:22:283,0,22
1	100388503	.	A	C	71.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=1.214;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=7.18;ReadPosRankSum=-0.895	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:100,0,259
1	100388748	.	T	C	107.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=-1.003;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.077;QD=8.29;ReadPosRankSum=0.694	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,4:13:99:136,0,331
1	100435320	.	C	T	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
1	100440574	.	A	G	69.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=1.106;DP=11;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.978;QD=6.34;ReadPosRankSum=0.715	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:98:98,0,309
1	100489619	.	A	G	232.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=-0.377;DP=13;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.555;QD=17.91;ReadPosRankSum=1.369	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,7:13:99:261,0,231
1	100489835	.	A	G	271.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.536;DP=12;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.289;QD=22.65;ReadPosRankSum=-0.825	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,8:12:99:300,0,127
1	100489837	.	A	G	12.99	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=-1.061;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.589;QD=1.18;ReadPosRankSum=0.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:41:41,0,501
1	100490042	.	A	G	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.300;ClippingRankSum=-0.937;DP=7;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=10.54;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:102,0,156
1	100490239	.	A	G	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=9.15;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:74:74,0,111
1	100490274	.	A	G	133.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.720;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=19.11;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:99:162,0,159
1	100490275	.	A	G	133.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.720;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=19.11;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:99:162,0,159
1	100547994	.	T	C	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=-1.434;DP=18;FS=5.614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.159;QD=4.65;ReadPosRankSum=1.009	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,4:18:99:112,0,529
1	100575933	.	G	A	113.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=1.159;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=12.64;ReadPosRankSum=-0.876	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:142,0,182
1	100598866	.	G	A	601.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:630,42,0
1	100598867	.	C	T	601.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:630,42,0
1	100611320	.	A	G	162.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=23.25;ReadPosRankSum=-0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:62:191,0,62
1	100611571	.	C	T	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
1	100611931	.	A	G	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
1	100612675	.	A	G	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=21.94;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:116,0,34
1	100617372	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	100655583	.	T	A	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=8.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
1	100656265	.	C	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
1	100672060	.	T	C	521.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:550,39,0
1	100731820	.	G	A	397.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:29:426,29,0
1	100733552	.	T	C	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
1	100757763	.	T	C	69.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:97,9,0
1	100758155	.	T	C	370.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:399,27,0
1	100984519	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	101338324	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	101338482	.	A	G	139.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:167,12,0
1	101348100	.	C	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	101360684	.	G	C	109.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:137,12,0
1	101441635	.	A	C	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=18.35;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:70:120,0,70
1	101443701	.	A	G	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=-0.118;DP=11;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.061;QD=2.62;ReadPosRankSum=1.532	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:57:57,0,360
1	101443727	.	T	C	17.84	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.067;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.666;QD=1.98;ReadPosRankSum=-1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:46:46,0,278
1	101541153	.	A	G	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=-1.537;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.537;QD=13.96;ReadPosRankSum=1.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:112,0,110
1	101551968	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
1	103043651	.	G	A	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
1	104076462	.	C	T	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
1	104097685	.	C	T	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=17.95;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:75:118,0,75
1	108113129	.	C	G	781.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:810,54,0
1	108113131	.	C	T	781.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:810,54,0
1	108113371	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
1	108113375	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
1	108113385	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
1	108113398	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
1	108113403	.	A	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:85,6,0
1	108113438	.	A	C	49.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.60;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:23:78,0,23
1	108113449	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
1	108113526	.	C	G	561.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:590,42,0
1	108113547	.	T	C	511.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=38.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:540,36,0
1	108113548	.	G	A	511.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:540,36,0
1	108115145	.	T	C	563.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:592,42,0
1	108677973	.	A	C	313.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:342,24,0
1	108678732	.	T	C	669.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=1.083;DP=26;FS=3.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.472;QD=25.76;ReadPosRankSum=-0.972	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,18:26:99:698,0,277
1	108717393	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	108717676	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	108728484	.	T	C	906.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.048;ClippingRankSum=-0.544;DP=30;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.441;QD=30.23;ReadPosRankSum=0.493	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,24:30:99:935,0,163
1	109289353	.	C	G	467.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.516;ClippingRankSum=1.733;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.391;QD=24.62;ReadPosRankSum=-1.509	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,16:19:74:496,0,74
1	109312502	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	109315383	.	G	A	522.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=-0.046;DP=19;FS=4.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.046;QD=27.51;ReadPosRankSum=0.417	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,14:19:99:551,0,159
1	109321484	.	T	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
1	109351501	.	A	G	68.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.479;QD=5.73;ReadPosRankSum=-0.370	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,3:12:97:97,0,357
1	109395892	.	T	C	231.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:260,18,0
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1	109472921	.	T	G	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=-0.956;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.920;QD=10.35;ReadPosRankSum=1.221	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:111,0,179
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1	109474221	.	C	T	29.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=-0.898;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.898;QD=2.98;ReadPosRankSum=0.898	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:58:58,0,304
1	109476780	.	C	T	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:75,0,35
1	109479978	.	G	T	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.372;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.053;QD=4.88;ReadPosRankSum=-0.159	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,4:18:99:116,0,524
1	109493279	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
1	109606232	.	T	C	65.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.296;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.546;QD=6.58;ReadPosRankSum=0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:94:94,0,263
1	109606243	.	T	C	63.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.296;DP=10;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=6.38;ReadPosRankSum=0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:92:92,0,260
1	109606514	.	T	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
1	109606523	.	T	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:9:132,9,0
1	109606657	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
1	109638387	.	T	A	649.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=-0.245;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.385;QD=28.25;ReadPosRankSum=0.175	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,17:23:99:678,0,195
1	109656946	.	T	C	165.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=27.63;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:28:194,0,28
1	109735298	.	T	C	137.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:165,12,0
1	109735416	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	109737063	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
1	109737090	.	G	A	217.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:246,18,0
1	109737132	.	T	C	88.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=22.20;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:24:117,0,24
1	109745618	.	T	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
1	109758526	.	A	G	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=1.271;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.271;QD=2.88;ReadPosRankSum=-0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:57:57,0,308
1	109759998	.	A	G	329.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:358,24,0
1	109761240	.	T	C	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
1	109761255	.	A	G	230.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:259,18,0
1	109774026	.	G	A	351.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:380,27,0
1	109779556	.	T	A	271.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:300,21,0
1	109781581	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
1	109783205	.	G	T	185.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:214,15,0
1	109783261	.	T	C	129.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:157,12,0
1	109794252	.	T	C	1166.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,28:28:84:1195,84,0
1	109795026	.	T	C	734.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:763,57,0
1	109795608	.	T	C	707.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:736,51,0
1	109816176	.	A	C	557.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:586,45,0
1	109817192	.	A	G	608.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.174;ClippingRankSum=-0.168;DP=19;FS=6.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.839;QD=32.04;ReadPosRankSum=-0.950	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,16:19:62:637,0,62
1	109817245	.	C	T	111.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=-1.493;DP=24;FS=13.239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.137;QD=4.66;ReadPosRankSum=-0.355	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,5:24:99:140,0,712
1	109817590	.	G	T	498.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=-2.507;DP=22;FS=5.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.097;QD=22.67;ReadPosRankSum=2.350	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,17:22:99:527,0,146
1	109817838	.	T	C	57.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.018;ClippingRankSum=-0.404;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.135;QD=3.61;ReadPosRankSum=0.269	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,3:16:86:86,0,492
1	109818263	.	G	A	957.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:986,69,0
1	109823458	.	C	T	55.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.953;ClippingRankSum=-2.709;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.819;QD=3.28;ReadPosRankSum=2.457	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,3:17:84:84,0,552
1	109855404	.	G	A	329.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:358,24,0
1	109856306	.	G	A	782.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:811,60,0
1	109884775	.	T	G	1656.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.33	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,39:39:99:1685,117,0
1	109897103	.	A	G	1196.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1225,87,0
1	109915075	.	C	A	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
1	109944078	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	109949008	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	109950858	.	T	C	167.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:196,15,0
1	109952127	.	G	A	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
1	110040680	.	C	T	416.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:445,33,0
1	110091319	.	C	T	256.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.142;ClippingRankSum=0.301;DP=37;FS=5.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.372;QD=6.94;ReadPosRankSum=-0.336	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,9:37:99:285,0,1063
1	110129456	.	G	A	22.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.452;DP=38;FS=9.457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.214;QD=0.60;ReadPosRankSum=-0.452	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:34,4:38:51:51,0,1360
1	110136458	.	A	G	188.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:217,15,0
1	110208089	.	A	T	91.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:119,9,0
1	110213458	.	T	C	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
1	110213514	.	A	T	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
1	110276861	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
1	110277949	.	T	C	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
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1	110603891	.	C	T	333.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=1.532;DP=11;FS=4.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.589;QD=30.34;ReadPosRankSum=-1.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,9:11:56:362,0,56
1	110623097	.	C	T	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
1	110753808	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
1	110770365	.	C	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
1	110788825	.	T	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
1	110882444	.	A	G	99.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.741;DP=10;FS=2.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=9.98;ReadPosRankSum=-0.633	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:128,0,216
1	110886538	.	A	G	216.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=-0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=30.97;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:25:245,0,25
1	110886539	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.495;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,243
1	110886773	.	G	C	213.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=30.54;ReadPosRankSum=-0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:24:242,0,24
1	110887075	.	G	A	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.19;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:73:73,0,77
1	110900434	.	T	C	14.68	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=14.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:41,3,0
1	110906780	.	G	A	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:74,0,37
1	110907020	.	A	T	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:32:81,0,32
1	110913120	.	C	T	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
1	110949720	.	C	T	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
1	110949810	.	A	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	110950277	.	G	A	1042.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=0.894;DP=36;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.247;QD=28.97;ReadPosRankSum=-0.894	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,28:36:99:1071,0,219
1	110956799	.	A	C	148.94	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:14:177,14,0
1	111662236	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	111663839	.	G	A	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
1	111665067	.	T	A	93.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
1	111665727	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	111665848	.	T	C	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
1	111713672	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.69;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:57:75,0,57
1	111720775	.	G	T	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
1	111727187	.	T	G	720.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=-0.924;DP=24;FS=4.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.564;QD=30.03;ReadPosRankSum=0.711	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,19:24:99:749,0,150
1	111730901	.	C	T	141.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:169,12,0
1	111742714	.	A	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	111957693	.	A	G	93.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:30:122,0,30
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1	111992095	.	C	T	67.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=6.16;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:96:96,0,300
1	112003701	.	G	C	174.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.997;ClippingRankSum=-1.532;DP=37;FS=1.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.524;QD=4.72;ReadPosRankSum=2.036	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:30,7:37:99:203,0,1227
1	112151808	.	C	G	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
1	112170151	.	A	G	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:62:62,0,233
1	112173925	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	112247446	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	112255389	.	C	A	146.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0.335;DP=26;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.396;QD=5.64;ReadPosRankSum=-0.396	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,6:26:99:175,0,780
1	112268666	.	T	C	177.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:206,18,0
1	112269353	.	G	A	156.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=-0.684;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=19.60;ReadPosRankSum=0.684	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:91:185,0,91
1	112304126	.	G	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
1	112991698	.	T	C	64.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.085;DP=13;FS=14.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.592;QD=4.98;ReadPosRankSum=-0.423	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,3:13:93:93,0,365
1	112999227	.	G	A	399.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:428,30,0
1	113000565	.	A	G	449.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=1.273;DP=16;FS=2.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.667;QD=28.11;ReadPosRankSum=-1.152	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,12:16:99:478,0,134
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1	113248365	.	A	G	108.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=18.13;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:69:137,0,69
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1	113249524	.	G	C	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=10.69;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:67:71,0,67
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1	113456546	.	A	T	762.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.379;ClippingRankSum=-1.645;DP=28;FS=11.146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.326;QD=27.24;ReadPosRankSum=1.645	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,21:28:99:791,0,206
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1	113668998	.	C	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
1	113671013	.	A	G	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
1	113672616	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:81:81,0,81
1	113672622	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:81:81,0,81
1	113933278	.	C	A	133.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:161,12,0
1	113933482	.	C	G	87.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:115,9,0
1	114010758	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	114230387	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
1	114232441	.	A	G	124.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=24.95;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:28:153,0,28
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1	114937636	.	G	A	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:80,0,37
1	114939739	.	T	C	449.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:478,33,0
1	114940209	.	G	T	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=-0.248;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.001;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:108,0,196
1	114948281	.	A	G	935.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:964,66,0
1	114948309	.	A	G	664.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.385;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.349;QD=28.46;ReadPosRankSum=0.964	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,17:18:12:692,12,0
1	115110683	.	A	C	922.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.678;ClippingRankSum=-0.829;DP=33;FS=3.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.505;QD=27.96;ReadPosRankSum=0.627	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,24:33:99:951,0,286
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1	117122130	.	T	C	553.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.193;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.835;QD=23.07;ReadPosRankSum=1.193	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,15:24:99:582,0,321
1	117457786	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	117487710	.	A	G	755.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:784,54,0
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1	117704500	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
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1	117711911	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	117737486	.	A	G	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
1	117741040	.	C	A	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
1	117741255	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	117741463	.	C	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
1	117750611	.	C	T	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
1	117752002	.	T	G	136.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:164,12,0
1	117909041	.	G	T	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
1	117910026	.	G	A	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=14.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:73,0,37
1	117910682	.	G	A	344.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.041;ClippingRankSum=-1.611;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.752;QD=28.73;ReadPosRankSum=1.611	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,10:12:55:373,0,55
1	118065841	.	A	G	66.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=0.370;DP=12;FS=6.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.370;QD=5.56;ReadPosRankSum=-0.555	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,3:12:95:95,0,352
1	118068934	.	G	A	17.84	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=-2.270;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=1.37;ReadPosRankSum=2.073	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:46:46,0,433
1	118071206	.	G	A	30.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=6.15;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:59:59,0,93
1	118071289	.	A	G	124.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=20.79;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:62:153,0,62
1	118165973	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	118406208	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	119574074	.	G	C	134.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:162,12,0
1	119574587	.	C	T	188.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:217,15,0
1	119575170	.	C	A	221.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:250,18,0
1	119575232	.	T	C	185.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:214,15,0
1	119683063	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	119683390	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
1	119686656	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:75,0,37
1	119689148	.	A	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
1	119700224	.	C	T	139.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:167,12,0
1	119722778	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	120274455	.	A	G	359.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:388,27,0
1	120276102	.	G	A	198.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=28.40;ReadPosRankSum=-0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:25:227,0,25
1	120280273	.	T	A	126.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:154,12,0
1	120282342	.	G	A	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
1	120284988	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:78,0,36
1	120285546	.	G	A	1779.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=-2.470;DP=65;FS=2.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.440;QD=27.38;ReadPosRankSum=2.366	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,48:65:99:1808,0,502
1	120377033	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	120377035	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	120455310	.	A	G	404.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.099;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.086;QD=31.14;ReadPosRankSum=-0.099	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,11:13:52:433,0,52
1	120455441	.	A	G	510.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.787;DP=19;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.620;QD=26.88;ReadPosRankSum=-1.528	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,14:19:99:539,0,159
1	120455586	.	T	C	503.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=1.361;DP=20;FS=4.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.031;QD=25.19;ReadPosRankSum=-1.691	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,14:20:99:532,0,193
1	120456563	.	G	T	628.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=-1.080;DP=24;FS=1.748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.334;QD=26.20;ReadPosRankSum=0.889	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,17:24:99:657,0,220
1	120458004	.	A	T	662.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.250;ClippingRankSum=-1.250;DP=26;FS=3.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.028;QD=25.49;ReadPosRankSum=1.250	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,18:26:99:691,0,187
1	120533042	.	C	T	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
1	120533192	.	C	T	232.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:261,18,0
1	120533209	.	A	G	130.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=26.15;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:159,0,31
1	120536008	.	A	C	124.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=24.95;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:153,0,31
1	120536913	.	G	C	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
1	120612168	.	C	T	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.441;ClippingRankSum=0.189;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.945;QD=2.63;ReadPosRankSum=-0.315	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,3:17:73:73,0,498
1	121131036	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	121133066	.	A	G	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=6.75;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:62:62,0,93
1	121133574	.	T	C	245.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.067;DP=9;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=27.31;ReadPosRankSum=-0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:55:274,0,55
1	121133733	.	G	A	202.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=-0.143;DP=11;FS=2.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.749;QD=18.43;ReadPosRankSum=0.143	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,6:11:99:231,0,188
1	121351971	.	A	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
1	121352019	.	T	C	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
1	121352884	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	121352889	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	121352899	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:90,6,0
1	121354383	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
1	121356103	.	G	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:65:78,0,65
1	121356132	.	A	G	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
1	121484360	.	C	T	239.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:268,18,0
1	121484410	.	G	T	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:71:78,0,71
1	121484503	.	T	A	1853.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,40:40:99:1882,129,0
1	121484650	.	A	G	1195.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:84:1224,84,0
1	121484685	.	A	G	1427.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:99:1456,102,0
1	121484858	.	A	T	37.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=0.197;DP=50;FS=9.184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.377;QD=0.76;ReadPosRankSum=0.375	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:46,4:50:66:66,0,4119
1	121484867	.	G	T	37.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.509;ClippingRankSum=0.635;DP=57;FS=4.488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.155;QD=0.66;ReadPosRankSum=-1.763	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:52,5:57:66:66,0,4119
1	121484880	.	T	C	716.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=0.548;DP=43;FS=1.177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.327;QD=16.67;ReadPosRankSum=0.329	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,20:43:99:745,0,950
1	121484950	.	T	A	25.78	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.384;ClippingRankSum=-1.133;DP=36;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.529;QD=0.72;ReadPosRankSum=0.428	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:32,4:36:54:54,0,1456
1	121484951	.	T	C	2919.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,36:36:99:2948,205,0
1	121485001	.	G	A	2919.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,31:31:99:2948,205,0
1	121485071	.	C	A	481.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.283;DP=17;FS=2.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.170;QD=28.34;ReadPosRankSum=-2.887	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,13:17:99:510,0,131
1	121485088	.	T	A	140.96	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=28.19;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,4:5:5:168,5,0
1	121485170	.	C	T	332.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.931;ClippingRankSum=-0.556;DP=58;FS=13.859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.466;QD=5.74;ReadPosRankSum=-0.111	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:46,11:57:99:361,0,2012
1	121485227	.	A	T	2739.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=-1.095;DP=47;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.377;QD=29.99;ReadPosRankSum=3.860	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,28:47:99:2768,0,879
1	121485241	.	G	C	2739.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=-0.155;DP=37;FS=1.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.067;QD=35.98;ReadPosRankSum=-0.333	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,32:37:99:2768,0,879
1	121485251	.	A	T	2739.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=2.354;DP=38;FS=4.839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.785;QD=31.68;ReadPosRankSum=-1.498	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,34:38:99:2768,0,879
1	121485260	.	T	C	377.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.108;ClippingRankSum=0.144;DP=40;FS=1.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.462;QD=9.44;ReadPosRankSum=3.090	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:27,13:40:99:406,0,2390
1	121485335	.	G	T	22.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=-0.349;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.524;QD=1.14;ReadPosRankSum=0.873	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,5:20:51:51,0,2639
1	121485349	.	G	A	22.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.651;ClippingRankSum=0.451;DP=25;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.052;QD=0.91;ReadPosRankSum=0.351	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,2:25:51:51,0,2639
1	142621041	.	G	A	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,79
1	142710254	.	A	T	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
1	143437177	.	C	A	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:75,0,37
1	143448139	.	C	T	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
1	143467599	.	C	G	69.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=-0.296;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.546;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:98:98,0,270
1	143744160	.	G	A	307.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=1.157;DP=13;FS=12.861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.312;QD=23.67;ReadPosRankSum=-1.312	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,9:13:99:336,0,135
1	144014051	.	G	A	224.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.302;ClippingRankSum=1.096;DP=36;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.877;QD=6.24;ReadPosRankSum=-1.096	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:27,9:36:99:253,0,1071
1	144014068	.	T	C	806.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=1.036;DP=37;FS=1.289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.459;QD=21.80;ReadPosRankSum=-0.418	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,22:37:99:835,0,550
1	144481235	.	A	G	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=20.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:28:112,0,28
1	144593760	.	G	A	373.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=-1.086;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.493;QD=28.75;ReadPosRankSum=0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,11:13:38:402,0,38
1	144593781	.	G	C	232.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.762;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.179;QD=25.86;ReadPosRankSum=-0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:57:261,0,57
1	144593877	.	A	G	151.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=1.531;DP=15;FS=2.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.184;QD=10.12;ReadPosRankSum=2.021	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,5:15:99:180,0,1230
1	144593881	.	A	C	151.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=-0.212;DP=13;FS=2.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.092;QD=11.67;ReadPosRankSum=1.092	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,5:13:99:180,0,1230
1	144593886	.	G	A	239.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=0.380;DP=12;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.380;QD=19.98;ReadPosRankSum=0.831	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,7:12:99:268,0,774
1	144593948	.	G	A	92.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:120,12,0
1	144594393	.	G	A	122.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=24.55;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:151,0,31
1	144595935	.	G	A	227.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:18:256,18,0
1	144595943	.	A	G	227.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:256,18,0
1	144596438	.	T	C	196.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.869;DP=12;FS=2.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.259;QD=16.40;ReadPosRankSum=-0.779	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,6:12:99:225,0,225
1	144598641	.	C	T	280.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=-0.965;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=20.05;ReadPosRankSum=-0.193	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,8:14:99:309,0,226
1	144598659	.	C	T	361.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.220;ClippingRankSum=0.439;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.830;QD=21.28;ReadPosRankSum=0.146	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,10:17:99:390,0,249
1	144598755	.	G	A	704.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.726;ClippingRankSum=-0.823;DP=27;FS=4.383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.513;QD=26.10;ReadPosRankSum=1.779	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,19:27:99:733,0,276
1	144607574	.	A	G	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=10.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:70:70,0,76
1	144609517	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	144612613	.	A	G	45.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:73,6,0
1	144618144	.	A	G	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
1	144828404	.	T	A	28.75	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=14.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:56,6,0
1	144828784	.	A	G	266.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=-0.116;DP=20;FS=4.415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.193;QD=13.34;ReadPosRankSum=0.039	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,8:20:99:295,0,464
1	144829598	.	A	G	136.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=27.36;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:24:165,0,24
1	144847520	.	A	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
1	144852545	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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1	144879375	.	T	C	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
1	144909956	.	G	A	96.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.763;ClippingRankSum=0.196;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.326;QD=6.05;ReadPosRankSum=0.065	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,4:15:99:125,0,445
1	144912153	.	A	G	433.22	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.134;ClippingRankSum=0.134;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.401;QD=33.32;ReadPosRankSum=-1.203	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,12:13:4:460,0,4
1	144917841	.	T	C	13.95	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.826;ClippingRankSum=0.752;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.967;QD=1.16;ReadPosRankSum=-2.256	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:42:42,0,409
1	144932220	.	G	T	143.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.684;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.221;QD=17.97;ReadPosRankSum=-0.684	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:98:172,0,98
1	144951569	.	G	A	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
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1	144997257	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	145004953	.	T	C	287.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=-0.359;DP=37;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.077;QD=7.78;ReadPosRankSum=0.359	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:27,10:37:99:316,0,1022
1	145006291	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	145011286	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	145011721	.	A	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	145013000	.	C	T	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
1	145013802	.	T	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
1	145015601	.	T	G	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,39
1	145016020	.	T	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
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1	145018480	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
1	145097094	.	T	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
1	145099458	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	145099495	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	145099981	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	145101079	.	G	A	10.90	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=10.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:37,3,0
1	145101767	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,78
1	145101880	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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1	145102289	.	G	A	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:77,0,34
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1	145103947	.	T	C	935.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:964,69,0
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1	145109809	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	145109973	.	T	G	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
1	145110213	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	145110238	.	A	G	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
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1	145111545	.	C	T	190.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:219,15,0
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1	145116027	.	T	C	1252.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1281,90,0
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1	145510376	.	A	G	800.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:829,57,0
1	145512014	.	A	G	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.94;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:76:76,0,78
1	145512078	.	A	G	44.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=14.93;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:27:73,0,27
1	145512992	.	A	G	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=-0.067;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=3.53;ReadPosRankSum=0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:60:60,0,280
1	145513016	.	A	G	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:65:65,0,160
1	145513017	.	A	G	241.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:270,18,0
1	145513031	.	A	G	128.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=21.46;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:65:157,0,65
1	145513051	.	A	G	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=14.29;ReadPosRankSum=-0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:114,0,114
1	145585317	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	145586309	.	C	T	968.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:997,69,0
1	145586403	.	G	T	1232.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1261,90,0
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1	145592235	.	T	C	63.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.713;ClippingRankSum=-1.557;DP=14;FS=6.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.311;QD=4.55;ReadPosRankSum=0.934	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,3:14:92:92,0,450
1	145595423	.	G	A	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
1	145598459	.	T	C	86.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:114,9,0
1	145651246	.	T	A	16.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=8.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:61,6,0
1	145658838	.	G	A	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
1	145661443	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	145688968	.	A	G	278.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:307,21,0
1	145689028	.	A	G	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.69;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:71:71,0,75
1	145689491	.	A	G	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.937;QD=11.82;ReadPosRankSum=-0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:111,0,136
1	145689524	.	A	G	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=-0.505;DP=15;FS=6.166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=3.18;ReadPosRankSum=1.371	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,3:15:76:76,0,487
1	145689533	.	A	G	125.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.181;ClippingRankSum=0.466;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.825;QD=11.43;ReadPosRankSum=1.532	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,5:11:99:154,0,201
1	145689537	.	A	G	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.262;ClippingRankSum=1.531;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=3.25;ReadPosRankSum=1.531	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:64:64,0,544
1	145689566	.	A	G	175.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=25.11;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:99:204,0,116
1	145689568	.	A	G	175.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-0.198;DP=7;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=25.11;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:99:204,0,116
1	145689717	.	A	G	221.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=-2.257;DP=15;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.289;QD=14.78;ReadPosRankSum=-0.521	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,7:15:99:250,0,312
1	145689808	.	A	G	22.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=-0.752;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.182;QD=1.90;ReadPosRankSum=-0.752	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:51:51,0,395
1	145695923	.	T	G	136.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:164,12,0
1	146215111	.	G	A	172.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=13.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=24.68;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:99:201,0,163
1	146215113	.	G	A	172.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=-1.221;DP=8;FS=17.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.221;QD=21.60;ReadPosRankSum=1.221	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:99:201,0,163
1	146215138	.	A	G	232.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.793;ClippingRankSum=-1.309;DP=12;FS=19.956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.135;QD=19.40;ReadPosRankSum=-1.134	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,7:12:99:261,0,191
1	146385132	.	G	A	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:79,0,36
1	146389785	.	A	T	27.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=6.94;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:56:56,0,78
1	146554801	.	C	T	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
1	146583618	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	146583620	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	146583632	.	A	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	146602130	.	A	G	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
1	146626922	.	T	C	344.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.866;ClippingRankSum=-0.951;DP=21;FS=20.495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.021;QD=16.42;ReadPosRankSum=0.951	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,10:21:99:373,0,352
1	146627405	.	C	G	103.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.365;DP=10;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.633;QD=10.38;ReadPosRankSum=-0.741	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:132,0,224
1	146628407	.	T	C	286.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.365;ClippingRankSum=-0.627;DP=14;FS=2.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=20.48;ReadPosRankSum=0.471	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,8:14:99:315,0,218
1	146628635	.	A	G	287.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.313;ClippingRankSum=-0.817;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.670;QD=22.14;ReadPosRankSum=1.092	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,8:13:99:316,0,170
1	146629916	.	C	T	430.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=-0.888;DP=21;FS=1.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.457;QD=20.51;ReadPosRankSum=0.817	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,12:21:99:459,0,314
1	146630916	.	T	C	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=4.80;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:57:57,0,140
1	146631625	.	C	T	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:73,0,35
1	146631720	.	T	C	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.69;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:123,0,34
1	146648844	.	A	C	44.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:72,6,0
1	146649854	.	C	T	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:79,0,37
1	146676481	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	146714392	.	G	C	380.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:409,33,0
1	146731952	.	C	A	29.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=3.72;ReadPosRankSum=-0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:58:58,0,226
1	146733128	.	G	C	188.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:217,15,0
1	146735170	.	G	A	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
1	146735569	.	A	T	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:118,0,33
1	146735636	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
1	146736822	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	146739277	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
1	146739540	.	T	G	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.44;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:118,0,33
1	146740576	.	G	A	90.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:118,9,0
1	146740827	.	A	G	87.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:115,9,0
1	146746622	.	T	C	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
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1	147113387	.	C	T	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:74,0,36
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1	147229654	.	A	G	133.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=22.29;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:69:162,0,69
1	147230205	.	G	C	23.79	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=4.76;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:52:52,0,100
1	147230217	.	T	C	334.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:363,27,0
1	147761344	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	147806559	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	147806874	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:90,6,0
1	147806880	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	148356484	.	G	A	115.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=23.16;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:26:144,0,26
1	148556726	.	G	T	96.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.375;DP=29;FS=2.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.837;QD=3.34;ReadPosRankSum=1.530	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,5:29:99:125,0,937
1	148556743	.	G	A	14.91	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=-0.501;DP=27;FS=12.486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.501;QD=0.55;ReadPosRankSum=-0.656	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,3:27:43:43,0,963
1	148556752	.	A	C	461.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=-1.981;DP=20;FS=12.420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.030;QD=23.09;ReadPosRankSum=1.109	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,13:20:99:490,0,256
1	148557677	.	A	G	81.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=20.45;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:23:110,0,23
1	148561261	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
1	148561313	.	C	T	92.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.19;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:121,0,33
1	149089078	.	T	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
1	149089084	.	A	C	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.59	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,3:3:28:123,0,28
1	149092265	.	T	C	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
1	149092278	.	T	C	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:79,0,34
1	149094629	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	149094638	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	149137334	.	T	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
1	149137389	.	C	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
1	149214915	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
1	149214923	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
1	149214943	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	149214948	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	149259399	.	G	T	47.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
1	149268632	.	T	C	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
1	149268633	.	G	A	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,78
1	149279725	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	149280582	.	A	G	222.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:251,18,0
1	149286057	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
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1	150019580	.	G	A	181.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:210,15,0
1	150030304	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
1	150034629	.	A	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
1	150039678	.	G	A	345.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:374,27,0
1	150106226	.	T	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
1	150113188	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
1	150131660	.	C	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	150237624	.	G	A	187.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:216,15,0
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1	150276872	.	A	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
1	150280801	.	G	C	487.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:516,36,0
1	150281450	.	A	G	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=8.95;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:73:73,0,116
1	150281941	.	A	G	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=22.44;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:118,0,34
1	150302239	.	G	T	280.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:309,24,0
1	150308123	.	A	T	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:65:81,0,65
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1	150308128	.	G	A	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.38	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,2:2:65:81,0,65
1	150448019	.	G	A	461.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:490,36,0
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1	150531008	.	T	C	258.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:287,21,0
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1	150547747	.	G	A	1284.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.102;ClippingRankSum=-0.138;DP=73;FS=9.876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.370;QD=17.60;ReadPosRankSum=0.226	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:37,36:73:99:1313,0,1403
1	150565803	.	T	C	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.19;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:59:73,0,59
1	150571730	.	A	G	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:32:77,0,32
1	150574580	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,78
1	150584103	.	G	T	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=18.35;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:71:120,0,71
1	150584579	.	T	C	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=8.44;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:62:62,0,66
1	150589766	.	A	G	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
1	150590752	.	T	C	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=4.35;ReadPosRankSum=-0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:63:63,0,246
1	150591732	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,106
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1	150968188	.	A	G	96.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:124,9,0
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1	151827813	.	G	A	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
1	151846517	.	C	T	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:32:113,0,32
1	151846719	.	A	G	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
1	151847180	.	A	G	260.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:289,21,0
1	151862296	.	A	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	151865439	.	A	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
1	151956371	.	T	C	183.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:212,15,0
1	151956814	.	C	T	77.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=19.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:30:106,0,30
1	151963398	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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1	153578243	.	T	C	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.59	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,3:3:50:123,0,50
1	153578244	.	T	C	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.59	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,3:3:50:123,0,50
1	153578605	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:81:81,0,119
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1	153578614	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:81:81,0,119
1	153583066	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
1	153584986	.	A	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	153587308	.	C	T	1948.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=-0.050;DP=80;FS=6.099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.671;QD=24.36;ReadPosRankSum=0.320	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:29,51:80:99:1977,0,1000
1	153588340	.	C	T	1127.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=-1.906;DP=87;FS=11.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.339;QD=12.96;ReadPosRankSum=2.047	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:55,32:87:99:1156,0,2141
1	153599503	.	C	T	540.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.162;ClippingRankSum=2.292;DP=23;FS=1.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.130;QD=23.51;ReadPosRankSum=-2.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,15:23:99:569,0,289
1	153602861	.	G	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
1	153604029	.	C	T	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
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1	153613545	.	G	A	238.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:267,18,0
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1	153616857	.	T	C	232.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:261,18,0
1	153617132	.	C	A	325.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:354,24,0
1	153618126	.	C	T	1511.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,37:37:99:1540,111,0
1	153618766	.	C	T	170.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:199,15,0
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1	153637404	.	A	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
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1	153782011	.	C	T	292.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=-0.800;DP=14;FS=10.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.533;QD=20.91;ReadPosRankSum=0.533	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,9:14:99:321,0,159
1	153782668	.	G	A	270.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.772;DP=15;FS=5.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.652;QD=18.05;ReadPosRankSum=-0.993	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,8:15:99:299,0,259
1	153906397	.	A	G	236.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:265,18,0
1	153909069	.	G	C	230.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=-1.195;DP=29;FS=1.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.610;QD=7.96;ReadPosRankSum=1.195	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,8:29:99:259,0,807
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1	154387184	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
1	154438084	.	C	T	310.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:339,24,0
1	154438880	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
1	154522248	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:69:69,0,157
1	154523215	.	C	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
1	154523588	.	T	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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1	154559598	.	T	C	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:79,0,37
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1	154917314	.	G	A	645.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.445;ClippingRankSum=-0.191;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.318;QD=26.91;ReadPosRankSum=-0.064	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,17:24:99:674,0,227
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1	154941273	.	C	A	1956.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=-0.290;DP=74;FS=4.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.881;QD=26.44;ReadPosRankSum=0.479	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,52:74:99:1985,0,709
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1	155019710	.	A	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
1	155023634	.	G	A	29.75	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=14.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:57,6,0
1	155024309	.	G	C	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
1	155026942	.	A	C	1579.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=-0.795;DP=77;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.287;QD=20.52;ReadPosRankSum=1.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:34,43:77:99:1608,0,1196
1	155033308	.	G	A	10.20	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.690;DP=68;FS=1.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.091;QD=0.15;ReadPosRankSum=1.241	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:53,6:59:38:38,0,1649
1	155033572	.	A	G	117.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.937;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.300;QD=16.82;ReadPosRankSum=-0.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:91:146,0,91
1	155059851	.	A	G	455.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=1.076;DP=17;FS=5.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.283;QD=26.81;ReadPosRankSum=-1.189	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,13:17:99:484,0,126
1	155103147	.	C	A	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=15.15;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:64:104,0,64
1	155106054	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.69;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:43:75,0,43
1	155106227	.	A	T	774.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=-0.089;DP=57;FS=3.642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.065;QD=13.59;ReadPosRankSum=0.155	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:34,23:57:99:803,0,1304
1	155106550	.	A	G	1195.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.558;ClippingRankSum=-2.033;DP=54;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.188;QD=22.14;ReadPosRankSum=2.121	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,32:54:99:1224,0,778
1	155106697	.	G	A	1326.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.156;DP=52;FS=17.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.098;QD=25.51;ReadPosRankSum=-0.156	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,35:52:99:1355,0,579
1	155108287	.	G	A	86.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:114,9,0
1	155142883	.	T	A	132.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=18.97;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:65:161,0,65
1	155142927	.	A	G	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
1	155143946	.	C	T	221.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:250,18,0
1	155161168	.	C	G	598.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=-1.414;DP=27;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.260;QD=22.18;ReadPosRankSum=1.209	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,18:27:99:627,0,271
1	155162067	.	C	T	1137.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.295;ClippingRankSum=5.303;DP=47;FS=2.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=24.21;ReadPosRankSum=-3.664	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,30:47:99:1166,0,609
1	155178782	.	A	T	294.18	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=10;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.044;QD=29.42;ReadPosRankSum=-0.348	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,9:10:10:322,0,10
1	155186729	.	T	C	125.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=25.16;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:26:154,0,26
1	155186742	.	G	A	90.81	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.70;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:20:119,0,20
1	155282659	.	A	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
1	155285073	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
1	155285353	.	A	G	66.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=1.537;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=11.13;ReadPosRankSum=-1.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:95:95,0,107
1	155287588	.	C	T	230.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:259,18,0
1	155294274	.	A	G	83.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:111,9,0
1	155306784	.	G	A	343.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=-0.813;DP=16;FS=9.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.488;QD=21.49;ReadPosRankSum=0.597	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,10:16:99:372,0,201
1	155408635	.	T	C	597.98	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.123;ClippingRankSum=-1.735;DP=17;FS=3.274;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.123;QD=33.77;ReadPosRankSum=1.531	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,16:17:13:626,13,0
1	155418113	.	T	C	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
1	155451770	.	T	C	144.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.926;ClippingRankSum=0.113;DP=16;FS=2.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.359;QD=9.05;ReadPosRankSum=-0.113	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,5:16:99:173,0,392
1	155605735	.	T	C	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
1	155697129	.	A	G	18.82	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.480;DP=10;FS=4.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=1.88;ReadPosRankSum=-0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:47:47,0,299
1	155697135	.	A	G	66.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=-1.517;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.956	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:95:95,0,178
1	155703676	.	A	G	114.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.741;DP=10;FS=2.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.365;QD=11.48;ReadPosRankSum=1.133	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:143,0,433
1	155703681	.	A	G	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.532;ClippingRankSum=-1.296;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.589;QD=2.62;ReadPosRankSum=0.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:57:57,0,708
1	155703683	.	A	G	105.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=-1.386;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=10.58;ReadPosRankSum=0.546	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:134,0,359
1	155704057	.	A	G	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=16.95;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:74:113,0,74
1	155704196	.	A	G	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=4.47;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:64:64,0,222
1	155706284	.	A	G	71.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=-1.517;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=8.97;ReadPosRankSum=1.517	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:100,0,189
1	155706460	.	A	G	26.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=-0.118;DP=11;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.118;QD=2.43;ReadPosRankSum=-0.118	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:55:55,0,355
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1	155733631	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:9:135,9,0
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1	155983102	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	155983298	.	A	G	181.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.33	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:210,15,0
1	155983648	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	156006330	.	G	T	299.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.113;ClippingRankSum=1.268;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.085;QD=23.06;ReadPosRankSum=-1.437	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,10:13:97:328,0,97
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1	156013676	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	156036758	.	A	G	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=4.47;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:64:64,0,265
1	156036765	.	A	G	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=11.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,1:3:64:64,0,265
1	156037567	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=6.79;ReadPosRankSum=-1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:69:69,0,164
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1	156186369	.	A	C,T	313.29	PASS	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/2:0,7,6:13:99:435,213,193,223,0,205
1	156186461	.	T	C	272.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:21:301,21,0
1	156186465	.	C	G	272.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:301,21,0
1	156186522	.	A	G	663.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:692,54,0
1	156186563	.	T	G	566.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.33	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:595,42,0
1	156186596	.	A	G	527.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:39:556,39,0
1	156186604	.	A	G	527.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:39:556,39,0
1	156186606	.	G	A	527.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:39:556,39,0
1	156186615	.	A	G	527.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:39:556,39,0
1	156186634	.	C	G	133.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:161,12,0
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1	156202173	.	A	G	2150.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,51:51:99:2179,154,0
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1	156297134	.	T	C	155.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:184,15,0
1	156434703	.	G	T	150.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.380;DP=12;FS=2.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.244;QD=12.56;ReadPosRankSum=-0.689	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,5:12:99:179,0,262
1	156439000	.	T	C	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
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1	156446903	.	T	C	530.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.165;ClippingRankSum=0.105;DP=45;FS=6.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.089;QD=11.79;ReadPosRankSum=-0.059	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,17:45:99:559,0,911
1	156450719	.	G	A	683.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.366;ClippingRankSum=-0.528;DP=33;FS=5.440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.674;QD=20.72;ReadPosRankSum=0.419	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,19:33:99:712,0,511
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1	156469247	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	156496188	.	A	G	876.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:905,63,0
1	156499969	.	T	C	241.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.427;ClippingRankSum=0.262;DP=25;FS=13.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.777;QD=9.67;ReadPosRankSum=-0.379	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,8:25:99:270,0,633
1	156519390	.	A	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
1	156525908	.	A	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	156526387	.	C	G	238.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=-0.831;DP=12;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.135;QD=19.90;ReadPosRankSum=1.788	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,7:12:99:267,0,172
1	156526444	.	T	C	611.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:640,45,0
1	156531871	.	A	G	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
1	156532207	.	T	C	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
1	156532250	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	156532252	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	156532733	.	T	C	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.40;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:108,0,138
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1	156556321	.	G	A	140.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:168,12,0
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1	156563813	.	G	A	1972.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,46:46:99:2001,138,0
1	156563852	.	C	T	2230.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,52:52:99:2259,157,0
1	156563898	.	T	C	1758.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.33	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,42:42:99:1787,126,0
1	156563992	.	C	G	1102.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1131,78,0
1	156564640	.	G	A	909.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=-0.195;DP=35;FS=3.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.338;QD=25.99;ReadPosRankSum=0.195	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,24:35:99:938,0,371
1	156564922	.	C	T	1508.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=-1.796;DP=52;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.697;QD=29.01;ReadPosRankSum=1.648	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,39:52:99:1537,0,407
1	156567496	.	C	T	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.19;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:73:73,0,75
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1	156600864	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	156608394	.	A	C	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=7.95;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:68:68,0,108
1	156610477	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	156610650	.	A	T	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
1	156610688	.	G	A	143.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:171,12,0
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1	156613517	.	C	A	273.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:302,21,0
1	156613775	.	T	C	308.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:337,24,0
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1	156614521	.	G	A	190.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=-0.573;DP=9;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.573;QD=21.20;ReadPosRankSum=0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:99:219,0,101
1	156615114	.	A	G	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.386;ClippingRankSum=0.895;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=7.58;ReadPosRankSum=0.895	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:104,0,256
1	156615194	.	G	A	273.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:302,21,0
1	156692678	.	T	C	856.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:885,63,0
1	156703456	.	G	C	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
1	156705593	.	G	C	1331.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,31:31:93:1360,93,0
1	156706559	.	A	C	1208.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1237,87,0
1	156713512	.	C	T	3030.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,70:70:99:3059,211,0
1	156718201	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	156720380	.	C	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
1	156720382	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
1	156723579	.	A	G	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
1	156759281	.	T	C	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
1	156760036	.	G	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	156760887	.	C	A	102.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:130,12,0
1	156761918	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	156904837	.	G	T	250.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.893;DP=16;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.733;QD=15.67;ReadPosRankSum=-0.683	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,8:16:99:279,0,275
1	156907081	.	T	C	954.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:983,69,0
1	156907115	.	T	C	916.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:945,66,0
1	157014702	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	157680166	.	G	A	322.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:351,24,0
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1	157680989	.	C	T	277.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:306,21,0
1	158065762	.	C	T	288.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:317,24,0
1	158066042	.	A	G	368.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:397,27,0
1	158066834	.	A	G	269.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:298,21,0
1	158067047	.	A	C	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
1	158068344	.	A	G	406.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:435,30,0
1	158069099	.	G	A	279.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:308,21,0
1	158144516	.	G	A	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
1	158144522	.	A	C	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:9:133,9,0
1	158424892	.	A	C	751.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.561;ClippingRankSum=-1.734;DP=20;FS=4.559;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.387;QD=32.33;ReadPosRankSum=1.561	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,19:20:27:780,27,0
1	158424914	.	T	C	314.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:343,24,0
1	158424919	.	G	C	314.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:24:343,24,0
1	158978922	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	158978936	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	158986477	.	G	C	146.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.342;ClippingRankSum=-1.139;DP=58;FS=5.588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.417;QD=2.53;ReadPosRankSum=-0.755	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:50,8:58:99:175,0,1981
1	158987780	.	T	A	140.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:168,12,0
1	158990247	.	A	G	1249.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.592;ClippingRankSum=0.055;DP=39;FS=4.212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.055;QD=32.05;ReadPosRankSum=-0.128	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,32:39:99:1278,0,167
1	158995363	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	158995412	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	159001528	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
1	159002377	.	C	A	225.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=-1.120;DP=61;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.808;QD=3.70;ReadPosRankSum=0.633	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:51,10:61:99:254,0,1958
1	159002389	.	T	A	255.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=-0.128;DP=52;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.708;QD=4.92;ReadPosRankSum=0.522	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:42,10:52:99:284,0,1649
1	159002907	.	G	A	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:31:118,0,31
1	159003218	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	159003423	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
1	159005585	.	T	C	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
1	159006423	.	G	A	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
1	159006846	.	T	C	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
1	159010220	.	T	G	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:123,0,34
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1	159016491	.	A	G	193.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:222,15,0
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1	159850401	.	C	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	159897126	.	C	T	500.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=-0.764;DP=15;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.594;QD=33.38;ReadPosRankSum=0.425	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,13:15:37:529,0,37
1	159898100	.	A	G	379.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=-1.875;DP=13;FS=7.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=29.21;ReadPosRankSum=1.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,11:13:38:408,0,38
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1	159905268	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	159906849	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
1	159913388	.	G	A	77.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=-0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=12.96;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:106,0,105
1	159915424	.	C	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
1	159938871	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
1	159940000	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	159950131	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	159952156	.	G	T	286.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:315,24,0
1	159953315	.	T	C	241.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:270,18,0
1	159953521	.	C	T	426.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:455,33,0
1	159954369	.	C	T	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
1	159996575	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
1	159996756	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:76:81,0,76
1	159996762	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:76:81,0,76
1	160178356	.	A	G	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
1	160180755	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	160187173	.	A	G	1572.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,37:37:99:1601,111,0
1	160189500	.	C	A	522.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:551,39,0
1	160189772	.	G	C	540.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:569,39,0
1	160246485	.	C	T	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
1	160246704	.	C	T	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:81,0,35
1	160247185	.	G	C	484.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=-1.191;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.032;QD=30.30;ReadPosRankSum=1.032	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,14:16:42:513,0,42
1	160276709	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
1	160303416	.	G	A	2441.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,56:56:99:2470,169,0
1	160308970	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	160723517	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	160955726	.	T	C	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
1	160956745	.	C	T	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:32:115,0,32
1	160957494	.	A	G	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
1	160957886	.	A	C	20.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=6.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:59,0,37
1	160960600	.	T	C	24.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=-1.067;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:53:53,0,232
1	160962021	.	T	C	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:79,0,35
1	160962728	.	A	T	32.73	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=10.91;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:70,0,36
1	160965420	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
1	160965688	.	A	G	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=10.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:70:70,0,72
1	160966301	.	T	C	405.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=-1.131;DP=59;FS=4.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.241;QD=6.88;ReadPosRankSum=-1.363	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:45,14:59:99:434,0,1752
1	160966351	.	T	C	895.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.762;ClippingRankSum=-1.057;DP=36;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.621;QD=24.88;ReadPosRankSum=-0.151	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,24:36:99:924,0,386
1	160966352	.	T	C	920.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.728;ClippingRankSum=-1.091;DP=36;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.352;QD=25.58;ReadPosRankSum=0.990	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,24:36:99:949,0,360
1	160966353	.	T	C	171.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.279;ClippingRankSum=0.879;DP=36;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.559;QD=4.77;ReadPosRankSum=-0.440	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:29,7:36:99:200,0,1988
1	160966434	.	T	C	1311.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=-1.213;DP=38;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.595;QD=34.52;ReadPosRankSum=0.785	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,34:38:63:1340,0,63
1	160966532	.	G	A	92.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.381;ClippingRankSum=-2.184;DP=33;FS=4.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.427;QD=2.81;ReadPosRankSum=1.180	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,5:33:99:121,0,1099
1	160966599	.	T	C	274.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=-0.399;DP=42;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.133;QD=6.54;ReadPosRankSum=-0.162	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:32,10:42:99:303,0,1246
1	160966732	.	T	C	34.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=-0.032;DP=50;FS=4.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.291;QD=0.70;ReadPosRankSum=-0.129	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:45,5:50:63:63,0,1771
1	160966963	.	C	T	96.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.216;ClippingRankSum=0.654;DP=47;FS=4.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.271;QD=2.06;ReadPosRankSum=-0.781	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:41,6:47:99:125,0,1625
1	160967188	.	G	A	96.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.962;DP=46;FS=1.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.506;QD=2.10;ReadPosRankSum=-0.995	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:40,6:46:99:125,0,1628
1	160967455	.	T	C	152.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.670;DP=54;FS=1.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.037;QD=2.83;ReadPosRankSum=0.840	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:46,8:54:99:181,0,1827
1	160967816	.	T	C	708.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.322;ClippingRankSum=1.747;DP=37;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.167;QD=19.16;ReadPosRankSum=0.410	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,19:37:99:737,0,665
1	160967817	.	T	C	293.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.522;ClippingRankSum=-0.598;DP=37;FS=5.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.291;QD=7.94;ReadPosRankSum=0.359	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:27,10:37:99:322,0,2276
1	160967833	.	T	C	547.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=-1.595;DP=20;FS=1.848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.228;QD=27.39;ReadPosRankSum=-2.659	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,9:20:99:576,0,388
1	160967890	.	T	C	213.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.340;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.473;QD=13.36;ReadPosRankSum=0.113	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,5:16:99:242,0,1059
1	160967891	.	T	C	213.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=-0.674;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.306;QD=14.25;ReadPosRankSum=0.061	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,5:15:99:242,0,1059
1	160967899	.	T	C	213.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.953;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.059;QD=13.36;ReadPosRankSum=0.423	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,7:16:99:242,0,1059
1	160967938	.	T	C	626.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=-1.429;DP=46;FS=4.278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.002;QD=13.63;ReadPosRankSum=-0.394	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,18:46:99:655,0,1086
1	160968005	.	G	C	381.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DP=52;FS=2.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.500;QD=7.34;ReadPosRankSum=-0.127	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:39,13:52:99:410,0,1554
1	160968609	.	G	A	251.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=-2.403;DP=52;FS=3.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.035;QD=4.84;ReadPosRankSum=2.194	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:42,10:52:99:280,0,1648
1	160990875	.	T	C	1450.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=-2.540;DP=45;FS=23.541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.256;QD=32.24;ReadPosRankSum=1.575	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,36:45:99:1479,0,880
1	160990876	.	C	A	1450.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=-2.889;DP=46;FS=21.296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.892;QD=31.54;ReadPosRankSum=2.304	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,36:46:99:1479,0,880
1	160990878	.	C	T	1450.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=-3.254;DP=47;FS=19.410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.897;QD=30.87;ReadPosRankSum=2.827	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,36:47:99:1479,0,880
1	160993712	.	T	C	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:80,0,34
1	160996015	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	161005429	.	T	C	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:77,0,34
1	161009523	.	G	A	99.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.853;ClippingRankSum=-2.175;DP=31;FS=2.038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.242;QD=3.22;ReadPosRankSum=2.283	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,5:31:99:128,0,1005
1	161011317	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	161013121	.	C	T	45.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=-0.722;DP=34;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.080;QD=1.35;ReadPosRankSum=1.951	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:30,4:34:74:74,0,1182
1	161141266	.	G	A	421.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=-1.395;DP=16;FS=10.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.395;QD=26.36;ReadPosRankSum=1.152	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,12:16:99:450,0,122
1	161141432	.	C	G	172.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.544;ClippingRankSum=-0.151;DP=38;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.753;QD=4.55;ReadPosRankSum=0.188	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,7:38:99:201,0,1243
1	161183516	.	C	T	480.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.878;ClippingRankSum=-0.213;DP=60;FS=6.180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.338;QD=8.01;ReadPosRankSum=-0.588	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:43,16:59:99:509,0,1728
1	161332346	.	C	G	99.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=-2.192;DP=14;FS=11.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.354;QD=7.13;ReadPosRankSum=2.051	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,4:14:99:128,0,381
1	161332608	.	G	A	294.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.632;ClippingRankSum=-1.549;DP=30;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.423;QD=9.83;ReadPosRankSum=1.507	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,13:30:99:323,0,609
1	161333191	.	A	G	10.20	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=-2.282;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.734;QD=0.73;ReadPosRankSum=2.100	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:38:38,0,437
1	161334275	.	C	G	14.91	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=-1.369;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.369;QD=1.06;ReadPosRankSum=1.187	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:43:43,0,456
1	161334735	.	G	A	21.80	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=-0.898;DP=10;FS=2.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=2.18;ReadPosRankSum=0.898	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:50:50,0,262
1	161338246	.	C	G	78.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.937;QD=11.25;ReadPosRankSum=-0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:107,0,141
1	161338504	.	C	G	20.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.354;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.354;QD=1.89;ReadPosRankSum=-0.825	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:49:49,0,347
1	161338761	.	C	G	192.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:221,15,0
1	161342411	.	A	G	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
1	161718740	.	C	G	185.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:214,15,0
1	161718949	.	G	T	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
1	161719215	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	161721707	.	C	T	1459.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,35:35:99:1488,105,0
1	161724527	.	T	C	323.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:352,24,0
1	161751741	.	A	G	1277.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=1.134;DP=42;FS=3.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.042;QD=30.42;ReadPosRankSum=-1.012	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,33:42:99:1306,0,255
1	161861147	.	C	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
1	161928327	.	A	G	1808.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,44:44:99:1837,132,0
1	161928568	.	G	A	1541.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,36:36:99:1570,108,0
1	161929641	.	A	G	25.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.532;ClippingRankSum=-0.118;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.118;QD=2.34;ReadPosRankSum=0.118	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:54:54,0,372
1	161929761	.	C	T	243.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:272,21,0
1	161930476	.	C	T	322.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:351,24,0
1	161930730	.	A	G	368.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=-1.344;DP=14;FS=6.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.768;QD=26.34;ReadPosRankSum=1.202	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,10:14:99:397,0,131
1	161930908	.	G	A	326.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:355,27,0
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1	163279979	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	163286833	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
1	163309219	.	A	T	513.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:542,39,0
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1	165869700	.	T	C	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
1	165870523	.	G	A	213.84	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=-0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=30.55;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:18:242,0,18
1	165870566	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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1	167392558	.	A	G	187.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:216,15,0
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1	167511256	.	T	C	145.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=-0.704;DP=55;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.062;QD=2.65;ReadPosRankSum=0.633	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:47,8:55:99:174,0,1907
1	167512098	.	C	T	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=1.754;DP=7;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=10.54;ReadPosRankSum=-1.754	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:102,0,147
1	167512580	.	G	T	194.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:223,18,0
1	167512884	.	G	A	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=7.15;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:64:64,0,114
1	167513418	.	C	T	151.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=21.68;ReadPosRankSum=-0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:70:180,0,70
1	167513585	.	A	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,121
1	167514705	.	G	A	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.33	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
1	167514950	.	T	C	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=7.15;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:64:64,0,120
1	167515272	.	T	C	107.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:135,12,0
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1	167747222	.	T	G	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
1	167748064	.	T	C	124.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:152,12,0
1	167748149	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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1	167750525	.	C	A	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
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1	167752781	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
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1	167755895	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	167758262	.	C	T	248.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=-0.966;DP=53;FS=1.381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.966;QD=4.69;ReadPosRankSum=1.103	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:43,10:53:99:277,0,1700
1	167758651	.	C	T	179.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.382;ClippingRankSum=-1.010;DP=35;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.639;QD=5.14;ReadPosRankSum=1.093	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,7:35:99:208,0,1105
1	167758901	.	A	G	1997.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,46:46:99:2026,138,0
1	167759281	.	T	C	2081.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,48:48:99:2110,144,0
1	167759573	.	T	C	185.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.146;ClippingRankSum=0.326;DP=48;FS=1.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.873;QD=3.87;ReadPosRankSum=-0.127	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:39,8:47:99:214,0,1538
1	167789525	.	G	C	586.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:615,45,0
1	167893759	.	G	A	341.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.737;ClippingRankSum=0.843;DP=54;FS=6.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.302;QD=6.33;ReadPosRankSum=-0.926	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:42,12:54:99:370,0,1662
1	167906239	.	A	C	686.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:715,54,0
1	167973976	.	C	T	119.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=-0.374;DP=25;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.781;QD=4.79;ReadPosRankSum=0.442	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,5:25:99:148,0,816
1	168013850	.	T	C	605.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.038;ClippingRankSum=0.501;DP=23;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.301;QD=26.34;ReadPosRankSum=-0.033	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,16:23:99:634,0,231
1	168054505	.	G	T	31.73	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=6.35;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:58:69,0,58
1	168069048	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	168169452	.	G	A	165.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.041;DP=20;FS=13.024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.619;QD=8.29;ReadPosRankSum=-0.041	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,6:20:99:194,0,532
1	168170839	.	A	G	13.95	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.826;ClippingRankSum=-1.191;DP=16;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.397;QD=0.87;ReadPosRankSum=1.032	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,2:16:42:42,0,552
1	168194145	.	A	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	168202544	.	T	A	191.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:220,15,0
1	168208308	.	T	C	13.72	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:40,3,0
1	168211965	.	C	T	25.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.396;ClippingRankSum=0.322;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.611;QD=2.15;ReadPosRankSum=-0.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:54:54,0,376
1	168212234	.	G	A	232.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:261,18,0
1	168212709	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
1	168214098	.	T	G	203.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:232,18,0
1	168215499	.	C	A	278.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:21:307,21,0
1	168215505	.	A	G	278.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:21:307,21,0
1	168215575	.	G	A	91.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:119,9,0
1	168218494	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.69;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:64:75,0,64
1	168220052	.	A	G	586.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:615,42,0
1	168221225	.	A	C	273.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:302,21,0
1	168221986	.	G	T	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
1	169101060	.	G	A	162.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.595;ClippingRankSum=0.172;DP=50;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.516;QD=3.26;ReadPosRankSum=-0.331	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:42,8:50:99:191,0,1711
1	169101280	.	G	T	63.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.876;ClippingRankSum=3.407;DP=34;FS=67.308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.193;QD=1.88;ReadPosRankSum=-3.450	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:27,7:34:92:92,0,883
1	169345868	.	A	G	150.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=1.696;DP=29;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.135;QD=5.20;ReadPosRankSum=-1.750	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,6:29:99:179,0,931
1	169352066	.	C	T	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:80,0,35
1	169356833	.	G	T	20.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=-0.074;DP=28;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.114;QD=0.74;ReadPosRankSum=-0.074	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,3:28:49:49,0,999
1	169435027	.	C	T	658.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:687,48,0
1	169436830	.	A	G	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=21.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:115,0,34
1	169762807	.	T	G	337.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.282;ClippingRankSum=-0.085;DP=13;FS=7.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.775;QD=25.98;ReadPosRankSum=-0.423	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,10:13:97:366,0,97
1	169768080	.	C	A	278.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:307,21,0
1	169768372	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	169818190	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	169819892	.	A	G	103.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:131,12,0
1	169823718	.	T	C	733.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:762,54,0
1	169826644	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	169826971	.	T	C	224.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:253,18,0
1	169827756	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	169840703	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	169890574	.	T	A	278.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:307,24,0
1	169906992	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	170501385	.	A	C	182.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:211,15,0
1	170519709	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
1	170521376	.	G	A	29.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=3.72;ReadPosRankSum=-0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:58:58,0,239
1	170521650	.	T	G	287.88	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.751;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=31.99;ReadPosRankSum=-0.751	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,8:9:16:316,0,16
1	171472188	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	171472390	.	T	C	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
1	171485453	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	171486912	.	G	A	1088.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.909;DP=40;FS=1.456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.121;QD=27.22;ReadPosRankSum=-0.969	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,29:40:99:1117,0,336
1	171509327	.	G	A	760.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.665;ClippingRankSum=-0.736;DP=24;FS=2.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.194;QD=31.70;ReadPosRankSum=0.813	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,20:24:99:789,0,108
1	171511039	.	C	G	1284.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=-1.943;DP=38;FS=8.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.130;QD=33.81;ReadPosRankSum=1.468	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,33:38:85:1313,0,85
1	171514731	.	C	G	1039.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=-0.871;DP=40;FS=3.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.579;QD=25.99;ReadPosRankSum=0.074	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,28:40:99:1068,0,461
1	171526570	.	G	A	1171.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.175;DP=37;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.950;QD=31.67;ReadPosRankSum=-0.485	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,30:37:99:1200,0,195
1	171543863	.	G	T	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
1	171556165	.	G	C	1238.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=0.456;DP=40;FS=1.639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.017;QD=30.97;ReadPosRankSum=-0.490	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,32:40:99:1267,0,196
1	171558516	.	C	T	211.80	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=-0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=30.26;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:21:240,0,21
1	171559634	.	C	T	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
1	171560345	.	T	C	358.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=3.200;DP=16;FS=8.383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.573;QD=22.42;ReadPosRankSum=-3.308	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,10:16:99:387,0,480
1	171560348	.	T	A	358.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.779;ClippingRankSum=2.843;DP=12;FS=6.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.467;QD=29.90;ReadPosRankSum=-2.843	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,6:12:99:387,0,480
1	171561203	.	T	G	1057.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.980;DP=34;FS=1.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.852;QD=31.11;ReadPosRankSum=1.235	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,27:34:99:1086,0,207
1	171561225	.	C	T	1028.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=-0.295;DP=35;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.609;QD=29.39;ReadPosRankSum=-0.491	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,27:35:99:1057,0,241
1	171561250	.	G	A	457.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.202;ClippingRankSum=2.204;DP=22;FS=1.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.668;QD=20.81;ReadPosRankSum=-0.868	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,13:22:99:486,0,320
1	171561307	.	A	G	478.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=-0.269;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.269;QD=29.92;ReadPosRankSum=-1.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,13:16:82:507,0,82
1	171751051	.	A	G	226.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=-0.258;DP=30;FS=8.014;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.509;QD=7.56;ReadPosRankSum=-0.352	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,8:30:99:255,0,871
1	171751236	.	T	C	198.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=1.198;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.282;QD=8.64;ReadPosRankSum=-1.410	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,7:22:99:227,0,589
1	171753039	.	A	G	43.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.594;ClippingRankSum=0.037;DP=25;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.778;QD=1.75;ReadPosRankSum=-0.408	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,4:25:72:72,0,817
1	171753269	.	G	A	1001.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=-1.481;DP=33;FS=4.847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.427;QD=30.36;ReadPosRankSum=1.632	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,28:33:99:1030,0,100
1	171755170	.	G	A	31.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.467;ClippingRankSum=-1.380;DP=25;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.042;QD=1.27;ReadPosRankSum=0.794	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,3:25:60:60,0,864
1	171766580	.	T	G	231.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.666;ClippingRankSum=0.067;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=25.75;ReadPosRankSum=0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:62:260,0,62
1	171766696	.	A	G	68.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.422;ClippingRankSum=1.203;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.573;QD=7.64;ReadPosRankSum=-1.203	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:97:97,0,239
1	171952491	.	A	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
1	172356437	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
1	172362949	.	G	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
1	172363524	.	C	T	282.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.978;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.708;QD=25.71;ReadPosRankSum=0.978	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,8:11:65:311,0,65
1	172377262	.	G	A	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
1	172410967	.	G	A	138.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=-0.053;DP=17;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.158;QD=8.16;ReadPosRankSum=0.053	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,5:17:99:167,0,491
1	172411496	.	A	G	534.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:563,39,0
1	172411768	.	T	C	650.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=-1.567;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.120;QD=30.99;ReadPosRankSum=1.478	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,17:21:96:679,0,96
1	172502340	.	T	C	427.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:456,33,0
1	172502479	.	T	C	359.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:388,27,0
1	172553639	.	G	A	45.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:73,6,0
1	172558213	.	T	A	681.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:710,48,0
1	172580436	.	C	T	582.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:611,42,0
1	173766174	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,97
1	173790828	.	T	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
1	173790840	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
1	173827971	.	A	G	14.68	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=14.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:41,3,0
1	173829035	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	173829045	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	173864541	.	T	C	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
1	173996872	.	T	C	148.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=-0.919;DP=15;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.061;QD=9.92;ReadPosRankSum=0.919	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,5:15:99:177,0,396
1	174903494	.	G	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
1	174903498	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
1	174903504	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
1	175071798	.	T	C	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=12.63;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:104,0,116
1	175126845	.	T	C	413.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=-0.099;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.691;QD=31.83;ReadPosRankSum=-0.099	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,11:13:49:442,0,49
1	175127582	.	C	T	834.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:863,60,0
1	175127616	.	C	T	1106.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1135,78,0
1	175128444	.	C	A	802.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:831,57,0
1	175128711	.	C	A	1191.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,28:28:84:1220,84,0
1	175130276	.	G	A	1815.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,43:43:99:1844,129,0
1	175135376	.	C	T	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
1	175161849	.	G	T	714.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:743,51,0
1	175917500	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	175924522	.	A	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
1	175993820	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	176035672	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
1	176200360	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	176200362	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	177975928	.	A	G	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
1	178062739	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
1	178063551	.	A	C	137.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:165,12,0
1	178447669	.	G	A	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=12.79;ReadPosRankSum=-0.988	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:105,0,109
1	178859603	.	G	A	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
1	178888294	.	C	T	61.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.660;ClippingRankSum=-1.371;DP=15;FS=2.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.072;QD=4.12;ReadPosRankSum=1.371	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,3:15:90:90,0,463
1	179016398	.	C	A	47.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
1	179041391	.	G	A	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=-1.642;DP=17;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.170;QD=5.10;ReadPosRankSum=0.962	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,4:17:99:115,0,497
1	179041398	.	A	G	449.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:33:478,33,0
1	179042227	.	T	C	638.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:667,45,0
1	179042300	.	C	A	470.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:499,36,0
1	179042450	.	T	G	289.22	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=-0.751;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=32.14;ReadPosRankSum=0.751	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,8:9:4:316,0,4
1	179042697	.	A	G	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
1	179042719	.	A	G	91.90	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=22.98;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:15:120,0,15
1	179042732	.	A	G	12.99	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=-0.067;DP=9;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.067;QD=1.44;ReadPosRankSum=0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:41:41,0,281
1	179042905	.	A	G	146.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.041;ClippingRankSum=-1.164;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.061;QD=9.78;ReadPosRankSum=1.041	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,5:15:99:175,0,347
1	179043004	.	A	G	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.441;ClippingRankSum=-1.701;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.063;QD=3.05;ReadPosRankSum=-0.189	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,3:17:80:80,0,542
1	179043539	.	T	G	826.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:855,60,0
1	179044092	.	A	G	378.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=33.32;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:50:407,0,50
1	179044100	.	A	G	378.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=31.25;ReadPosRankSum=-0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:50:407,0,50
1	179044105	.	A	G	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.382;DP=11;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=2.89;ReadPosRankSum=0.978	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:60:60,0,499
1	179044110	.	A	G	237.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.895;DP=10;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=23.78;ReadPosRankSum=0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,7:10:99:266,0,171
1	179044118	.	A	G	29.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.480;DP=10;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=2.98;ReadPosRankSum=-0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:58:58,0,477
1	179044165	.	A	G	98.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.354;DP=14;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.051;QD=7.05;ReadPosRankSum=-0.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,4:14:99:127,0,372
1	179044180	.	A	G	161.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=23.11;ReadPosRankSum=-0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:64:190,0,64
1	179045500	.	C	A	704.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:733,51,0
1	179051300	.	T	C	630.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:659,51,0
1	179052481	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	179052482	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	179054692	.	T	G	139.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:167,12,0
1	179064875	.	A	G	1126.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1155,81,0
1	179068851	.	A	G	726.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:755,54,0
1	179069429	.	C	T	411.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:440,30,0
1	179070120	.	C	T	651.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:680,48,0
1	179070334	.	C	G	515.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:544,39,0
1	179071756	.	G	A	538.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:567,39,0
1	179071865	.	G	A	228.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:257,18,0
1	179071918	.	G	T	402.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:431,30,0
1	179072728	.	T	C	487.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:516,36,0
1	179072966	.	C	T	447.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:476,33,0
1	179073039	.	C	G	242.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:271,21,0
1	179074869	.	T	G	273.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:302,21,0
1	179075755	.	A	G	660.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:689,48,0
1	179813613	.	T	C	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=5.82;ReadPosRankSum=-0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,182
1	179814457	.	A	C	32.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.067;DP=9;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.666;QD=3.64;ReadPosRankSum=0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:61:61,0,287
1	179852074	.	T	C	209.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=-1.589;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=26.22;ReadPosRankSum=1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:62:238,0,62
1	179876988	.	C	G	612.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.370;ClippingRankSum=-0.709;DP=20;FS=5.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.236;QD=30.64;ReadPosRankSum=-0.142	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,16:20:99:641,0,120
1	179887125	.	G	A	830.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:859,60,0
1	179887681	.	G	C	363.98	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=-1.739;DP=11;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.158;QD=33.09;ReadPosRankSum=1.423	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,10:11:13:392,0,13
1	179887788	.	C	T	186.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.000;DP=8;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.589;QD=23.35;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:58:215,0,58
1	179989742	.	G	C	455.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:484,33,0
1	180139787	.	G	A	27.75	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:55,6,0
1	180140096	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
1	180140101	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
1	180141217	.	A	G	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
1	180141367	.	G	A	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
1	180145088	.	A	G	2557.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.347;ClippingRankSum=-1.732;DP=63;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.632;QD=33.62;ReadPosRankSum=1.677	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,62:63:99:2586,153,0
1	180145609	.	A	C	47.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
1	180146614	.	A	T	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
1	180162293	.	G	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	180162555	.	A	G	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
1	180169330	.	C	T	745.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:774,54,0
1	180170361	.	C	T	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
1	180171072	.	A	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
1	180171254	.	T	C	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
1	180171666	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
1	180172496	.	A	G	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
1	180172512	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	180173539	.	C	T	166.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:195,15,0
1	180239535	.	T	C	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=17.35;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:70:115,0,70
1	180241155	.	G	T	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.94;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:76:76,0,79
1	180242092	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	180250160	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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1	180932175	.	C	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	180943529	.	C	T	986.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:1015,69,0
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1	180953853	.	A	G	1401.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,33:33:99:1430,99,0
1	180956195	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	181018212	.	G	A	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.589;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=3.97;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:60:60,0,242
1	181018236	.	A	G	108.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.468;ClippingRankSum=1.599;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.536;QD=9.06;ReadPosRankSum=-1.468	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,4:12:99:137,0,288
1	181025110	.	T	C	102.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=-1.003;DP=13;FS=6.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.312;QD=7.91;ReadPosRankSum=1.157	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,4:13:99:131,0,338
1	181026558	.	G	A	220.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:249,18,0
1	181026704	.	C	T	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
1	181027841	.	A	G	189.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:218,15,0
1	181030115	.	C	T	137.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:165,12,0
1	181057874	.	T	G	944.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:973,72,0
1	181058313	.	G	A	392.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=-0.718;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.479;QD=20.67;ReadPosRankSum=0.718	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,12:19:99:421,0,217
1	181058618	.	C	G	648.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=-2.068;DP=19;FS=3.746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.615;QD=34.15;ReadPosRankSum=-0.391	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,16:19:62:677,0,62
1	181058643	.	A	G	648.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.47	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,13:13:62:677,0,62
1	181060231	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	181060618	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	181060791	.	G	A	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
1	182352621	.	T	C	2065.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,48:48:99:2094,144,0
1	182353198	.	A	T	1567.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,38:38:99:1596,114,0
1	182356399	.	A	G	1912.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,45:45:99:1941,135,0
1	182358437	.	T	C	13.72	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:40,3,0
1	182358944	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
1	182359578	.	A	C	182.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:211,15,0
1	182360223	.	G	T	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
1	182360843	.	C	G	1305.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,31:31:93:1334,93,0
1	182360930	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	182362259	.	A	G	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
1	182542851	.	G	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
1	182543175	.	G	A	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
1	182543331	.	A	G	265.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:294,21,0
1	182543666	.	T	G	345.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:374,27,0
1	182543937	.	T	C	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.94;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:71:76,0,71
1	182551337	.	A	C	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
1	182554557	.	C	T	299.90	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=-0.751;DP=9;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=33.32;ReadPosRankSum=0.751	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,8:9:15:328,0,15
1	182568204	.	G	C	263.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:292,21,0
1	182568729	.	C	G	15.88	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=-0.888;DP=13;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.691;QD=1.22;ReadPosRankSum=0.691	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:44:44,0,438
1	182569626	.	T	C	439.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:468,33,0
1	182788954	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	182814283	.	T	C	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
1	182831819	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	182831977	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
1	182844076	.	G	A	11.12	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.069;ClippingRankSum=-2.327;DP=32;FS=6.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.711;QD=0.35;ReadPosRankSum=1.552	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:29,3:32:39:39,0,2185
1	182844078	.	G	A	11.12	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.399;ClippingRankSum=-2.184;DP=29;FS=10.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.179;QD=0.38;ReadPosRankSum=1.396	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,3:29:39:39,0,2185
1	182850727	.	T	C	1261.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1290,90,0
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1	182993025	.	C	T	701.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=-0.640;DP=24;FS=2.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.071;QD=29.24;ReadPosRankSum=0.498	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,19:24:99:730,0,138
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1	183521283	.	C	T	647.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:676,48,0
1	184034791	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,168
1	184034795	.	C	T	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,168
1	184035476	.	A	C	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:30:120,0,30
1	184038143	.	A	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
1	184038151	.	C	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
1	184066194	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	184371533	.	G	T	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
1	184506400	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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1	184593989	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:75,0,36
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1	184677464	.	G	A	618.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.199;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.598;QD=32.57;ReadPosRankSum=-0.066	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,17:19:34:647,0,34
1	184760433	.	C	T	248.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.896;DP=11;FS=10.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.597;QD=22.62;ReadPosRankSum=-0.597	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,7:11:99:277,0,149
1	184761186	.	G	A	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=21.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:30:114,0,30
1	184761270	.	T	C	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=1.380;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=5.82;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:69:69,0,419
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1	186311750	.	C	T	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
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1	186390303	.	A	C	457.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.369;ClippingRankSum=-0.274;DP=14;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.274;QD=32.70;ReadPosRankSum=0.091	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,12:14:46:486,0,46
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1	186642429	.	A	G	1198.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,28:28:84:1227,84,0
1	186643058	.	A	G	801.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:830,57,0
1	186946912	.	G	A	132.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:160,12,0
1	189490339	.	A	G	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
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1	189490358	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
1	189490362	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
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1	193057207	.	A	G	369.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:398,27,0
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1	193065024	.	T	C	32.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=8.19;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:61:61,0,73
1	193074371	.	A	G	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
1	193158017	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	193211208	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	193226928	.	A	G	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
1	193227537	.	C	T	44.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:72,6,0
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1	197053373	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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1	197070776	.	C	T	224.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=1.179;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.179;QD=24.97;ReadPosRankSum=0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:59:253,0,59
1	197070815	.	T	C	194.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:223,15,0
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1	197112533	.	G	A	231.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:260,18,0
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1	197127491	.	A	C	251.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=-1.179;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=27.97;ReadPosRankSum=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:58:280,0,58
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1	197473969	.	A	T	95.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:123,12,0
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1	197474817	.	A	G	88.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:116,9,0
1	197475085	.	T	C	228.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:257,18,0
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1	197477448	.	C	T	194.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=-0.717;DP=11;FS=6.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.387;QD=17.71;ReadPosRankSum=1.532	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,6:11:99:223,0,171
1	197477498	.	G	A	161.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=20.22;ReadPosRankSum=1.920	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:97:190,0,97
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1	197480927	.	C	T	585.85	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.519;ClippingRankSum=-1.735;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.651;QD=29.91;ReadPosRankSum=1.519	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,15:16:17:614,17,0
1	197531486	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
1	197566842	.	C	T	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=10.94;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:69:72,0,69
1	197570018	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	197874949	.	T	C	319.74	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=-1.741;DP=10;FS=5.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.348;QD=31.97;ReadPosRankSum=1.393	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,9:10:6:347,0,6
1	198145878	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	198176723	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	198237879	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	198288709	.	A	G	973.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1002,72,0
1	198289927	.	G	C	506.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:535,39,0
1	198716504	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	198825746	.	C	T	87.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:115,9,0
1	198864027	.	G	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	200333925	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	200367088	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	200375010	.	T	G	21.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.177;ClippingRankSum=1.115;DP=18;FS=10.843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.159;QD=1.21;ReadPosRankSum=0.690	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,4:18:50:50,0,468
1	200377254	.	A	G	614.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=1.621;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.280;QD=32.36;ReadPosRankSum=-2.180	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,16:19:76:643,0,76
1	200521131	.	T	C	193.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:222,15,0
1	200521412	.	G	A	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
1	200522039	.	T	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	200522351	.	A	T	221.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:250,18,0
1	200522566	.	G	C	315.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:344,24,0
1	200534248	.	C	T	189.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:218,15,0
1	200548491	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
1	200548496	.	A	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
1	200558363	.	T	C	126.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=25.36;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:24:155,0,24
1	200589813	.	C	A	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:77,0,37
1	200618238	.	T	C	1177.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,28:28:84:1206,84,0
1	200620516	.	C	T	104.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=20.95;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:133,0,31
1	200624821	.	C	A	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
1	200627827	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
1	200635550	.	T	C	1186.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=1.385;DP=31;FS=9.947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.265;QD=35.10;ReadPosRankSum=-0.678	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,27:31:99:1215,0,333
1	200635560	.	T	C	1186.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=-0.242;DP=29;FS=4.410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.888;QD=32.21;ReadPosRankSum=-0.188	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,23:29:99:1215,0,333
1	200662941	.	C	A	314.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:343,24,0
1	200662983	.	A	G	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
1	200749827	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	200776641	.	C	T	274.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=-1.674;DP=30;FS=6.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.091;QD=9.16;ReadPosRankSum=0.950	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,9:30:99:303,0,823
1	200828267	.	A	T	36.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.574;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.096;QD=1.67;ReadPosRankSum=-0.670	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,3:22:65:65,0,749
1	200867453	.	A	G	1217.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=-1.403;DP=41;FS=3.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.260;QD=29.70;ReadPosRankSum=-0.156	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,34:41:99:1246,0,140
1	200867492	.	C	G	118.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.700;ClippingRankSum=0.655;DP=34;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.474;QD=3.49;ReadPosRankSum=1.649	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,6:34:99:147,0,1101
1	200870692	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	200874505	.	C	T	130.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:158,12,0
1	200875372	.	T	C	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
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1	201344621	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	201344908	.	C	T	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
1	201345042	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
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1	201349616	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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1	201358304	.	C	A	1546.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.171;ClippingRankSum=-0.197;DP=52;FS=19.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.522;QD=29.75;ReadPosRankSum=1.614	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,42:52:99:1575,0,280
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1	201461881	.	T	C	209.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=29.97;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:24:238,0,24
1	201462010	.	A	G	281.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=0.382;DP=11;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.978;QD=25.62;ReadPosRankSum=-1.377	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,8:11:91:310,0,91
1	201462035	.	A	C	250.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.762;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=27.86;ReadPosRankSum=0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:58:279,0,58
1	201463223	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	201463440	.	T	C	145.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=-1.186;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.717;QD=13.25;ReadPosRankSum=1.186	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,5:11:99:174,0,188
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1	201463961	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=7.29;ReadPosRankSum=-1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,477
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1	201464181	.	C	T	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=15.95;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:64:108,0,64
1	201464807	.	T	C	153.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=-1.221;DP=8;FS=7.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.517;QD=19.22;ReadPosRankSum=1.221	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:99:182,0,107
1	201464934	.	G	A	80.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=20.20;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:23:109,0,23
1	201484907	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	201484908	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	201485075	.	A	G	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
1	201486440	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	201486445	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	201486446	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	201486900	.	A	G	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=11.12	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,1:1:36:39,0,36
1	201486908	.	A	G	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:36:39,0,36
1	201779188	.	C	A	137.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.881;ClippingRankSum=0.000;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.307;QD=15.31;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:166,0,150
1	201790239	.	A	G	292.18	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=-0.751;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=32.46;ReadPosRankSum=-0.751	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,8:9:10:320,0,10
1	201790270	.	A	G	92.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:30:121,0,30
1	201792306	.	T	C	329.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.589;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.354;QD=29.98;ReadPosRankSum=-1.061	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,9:11:56:358,0,56
1	201793222	.	G	A	61.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.370;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.185;QD=5.15;ReadPosRankSum=-0.555	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,3:12:90:90,0,348
1	201793764	.	G	A	366.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:395,27,0
1	201845432	.	C	T	166.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.275;ClippingRankSum=-1.575;DP=23;FS=2.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.875;QD=7.25;ReadPosRankSum=1.575	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,6:23:99:195,0,617
1	201845919	.	A	T	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=1.485;DP=16;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.061;QD=2.55;ReadPosRankSum=-1.909	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,4:14:69:69,0,377
1	201846546	.	G	A	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.733;QD=2.88;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:57:57,0,308
1	201860626	.	A	G	1029.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1058,75,0
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1	201864830	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	201865763	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
1	201930242	.	A	G	13.72	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:40,3,0
1	201930463	.	A	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=7.29;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,148
1	201931219	.	C	A	96.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:124,9,0
1	201938995	.	C	T	247.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.467;ClippingRankSum=0.036;DP=50;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.255;QD=4.96;ReadPosRankSum=-0.618	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:40,10:50:99:276,0,1592
1	201959455	.	G	T	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=8.95;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:73:73,0,122
1	201963011	.	G	T	301.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=39.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:330,24,0
1	201963570	.	T	C	362.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:391,27,0
1	201964088	.	A	G	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
1	201964182	.	G	A	51.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:26:80,0,26
1	201970562	.	T	C	988.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:1017,69,0
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1	201981218	.	C	G	2584.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.663;ClippingRankSum=-0.080;DP=78;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.737;QD=33.14;ReadPosRankSum=-0.536	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,65:78:99:2613,0,324
1	201981354	.	T	C	301.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=-0.480;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.898;QD=30.18;ReadPosRankSum=-0.898	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,8:10:99:330,0,134
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1	201981862	.	T	C	3413.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,79:79:99:3442,238,0
1	202109051	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
1	202112285	.	A	G	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
1	202442385	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	202472066	.	C	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
1	202495120	.	T	G	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
1	202514946	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	202550272	.	G	A	555.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:584,42,0
1	202550547	.	G	A	271.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:300,21,0
1	202551071	.	A	G	278.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:307,21,0
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1	202552302	.	T	C	346.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:375,27,0
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1	202702812	.	A	G	112.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=-1.366;DP=26;FS=2.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.195;QD=4.34;ReadPosRankSum=1.627	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,5:26:99:141,0,824
1	202704060	.	C	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
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1	202735751	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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1	202780663	.	T	C	83.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:111,9,0
1	202821936	.	C	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
1	202826647	.	A	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
1	202830160	.	A	G	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
1	202849606	.	C	T	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
1	202861342	.	A	G	32.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.589;QD=4.10;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:61:61,0,212
1	202888947	.	T	C	34.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.896;ClippingRankSum=0.592;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.118;QD=1.93;ReadPosRankSum=-0.711	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,3:18:63:63,0,612
1	202981278	.	A	T	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
1	202986314	.	A	G	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
1	202987981	.	A	C	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
1	202988006	.	C	T	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
1	202993198	.	C	A	398.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:427,30,0
1	202993614	.	G	T	87.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:115,9,0
1	202993848	.	G	A	236.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:265,18,0
1	203098275	.	T	G	411.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=-0.467;DP=14;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.778;QD=29.41;ReadPosRankSum=0.778	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,11:14:86:440,0,86
1	203135325	.	A	C	868.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:897,69,0
1	203596318	.	A	G	591.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.614;DP=20;FS=2.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.410;QD=29.59;ReadPosRankSum=-0.236	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,16:20:99:620,0,106
1	203651927	.	T	C	415.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:444,33,0
1	203652040	.	T	C	962.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:991,69,0
1	203652140	.	C	G	1321.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1350,90,0
1	203652141	.	G	A	1321.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1350,90,0
1	203652444	.	A	G	1001.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1030,72,0
1	203667409	.	T	C	853.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:882,60,0
1	203670128	.	A	T	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
1	203671877	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	203679934	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
1	203703164	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	203704459	.	T	C	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
1	203709034	.	A	G	747.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:776,54,0
1	203709068	.	T	C	834.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:863,60,0
1	203712996	.	T	C	1253.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1282,87,0
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1	203766395	.	T	C	356.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:385,27,0
1	203771794	.	G	T	425.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:454,33,0
1	203801939	.	C	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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1	204095687	.	C	A	1053.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=-2.386;DP=31;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.324;QD=33.99;ReadPosRankSum=2.269	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,27:31:72:1082,0,72
1	204096273	.	C	G	243.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=-1.574;DP=28;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.689;QD=8.71;ReadPosRankSum=1.377	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,9:28:99:272,0,662
1	204096630	.	T	C	1238.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1267,87,0
1	204120952	.	G	T	242.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:271,21,0
1	204174021	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,77
1	204174027	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,77
1	204195272	.	T	C	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
1	204197625	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	204216410	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	204218633	.	G	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
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1	204379452	.	T	C	78.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=-1.820;DP=24;FS=2.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.194;QD=3.28;ReadPosRankSum=1.356	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,4:24:99:107,0,773
1	204379617	.	T	C	1510.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,36:36:99:1539,108,0
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1	204423811	.	G	A	107.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=0.361;DP=9;FS=6.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=11.97;ReadPosRankSum=-0.361	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:136,0,187
1	204438334	.	C	T	259.94	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=-0.747;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.747;QD=32.49;ReadPosRankSum=0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,7:8:14:288,14,0
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1	204525548	.	A	G	155.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=1.977;DP=12;FS=2.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.244;QD=12.98;ReadPosRankSum=-1.635	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,5:12:99:184,0,279
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1	205130413	.	A	G	194.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:223,15,0
1	205271739	.	G	A	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
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1	205272918	.	G	A	157.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:186,15,0
1	205275421	.	A	G	177.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:206,15,0
1	205277781	.	C	T	549.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:578,42,0
1	205290794	.	G	A	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
1	205349403	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	205350232	.	T	C	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
1	205404219	.	A	T	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
1	205404237	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	205404547	.	A	G	126.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=21.13;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:69:155,0,69
1	205404686	.	T	G	128.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=1.754;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=18.40;ReadPosRankSum=-1.754	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:157,0,104
1	205404878	.	T	C	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=12.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:66,0,33
1	205405358	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
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1	205683280	.	T	C	1945.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,45:45:99:1974,135,0
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1	205713378	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	205737450	.	T	C	306.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:335,24,0
1	205737956	.	G	C	189.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:218,15,0
1	205738166	.	T	C	229.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:258,18,0
1	205738251	.	C	A	197.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:226,18,0
1	205739192	.	T	C	275.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:304,21,0
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1	205759960	.	C	T	13.95	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=-2.143;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.238;QD=0.87;ReadPosRankSum=2.143	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,2:16:42:42,0,546
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1	206566195	.	C	T	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=-0.313;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.403;QD=4.18;ReadPosRankSum=0.224	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,4:21:99:116,0,662
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1	206603535	.	G	A	57.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.106;ClippingRankSum=-0.566;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.978;QD=5.25;ReadPosRankSum=-0.382	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:86:86,0,305
1	206626607	.	G	A	357.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=1.401;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.311;QD=25.55;ReadPosRankSum=-1.868	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,11:14:78:386,0,78
1	206627732	.	G	A	174.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:203,15,0
1	206631518	.	G	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
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1	206635706	.	G	C	315.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:344,24,0
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1	206637395	.	C	T	348.18	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.579;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.579;QD=29.02;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,11:12:10:376,0,10
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1	206676328	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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1	207195779	.	A	G	1102.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1131,78,0
1	207221409	.	T	C	321.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:350,27,0
1	207243142	.	C	G	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
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1	207942343	.	A	G	11.12	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.985;ClippingRankSum=-0.873;DP=16;FS=3.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.238;QD=0.69;ReadPosRankSum=-0.238	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,2:16:39:39,0,622
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1	207942451	.	A	G	10.20	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.873;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.397;QD=0.64;ReadPosRankSum=1.191	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,2:16:38:38,0,549
1	207942456	.	A	G	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=-0.170;DP=17;FS=2.846;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.396;QD=5.28;ReadPosRankSum=-1.189	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,4:17:99:118,0,552
1	207942472	.	A	G	543.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:572,39,0
1	207942476	.	A	G	95.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.919;DP=14;FS=10.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.071;QD=6.84;ReadPosRankSum=-0.071	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,4:14:99:124,0,349
1	207943112	.	C	T	120.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=1.408;DP=11;FS=6.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.186;QD=10.98;ReadPosRankSum=1.031	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,5:11:99:149,0,167
1	207943187	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-1.495;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=6.60;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:81:81,0,1030
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1	207943256	.	A	G	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=1.001;DP=9;FS=10.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.573;QD=8.20;ReadPosRankSum=0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:102,0,234
1	207943260	.	A	G	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=17.75;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:64:117,0,64
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1	207945872	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
1	207957094	.	A	G	134.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=26.95;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:29:163,0,29
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1	207976276	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	207976666	.	C	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	207977083	.	A	G	175.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:204,15,0
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1	207986180	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
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1	208246048	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	208417186	.	T	A	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.548;ClippingRankSum=-0.510;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.510;QD=4.34;ReadPosRankSum=0.170	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,4:17:99:102,0,512
1	209208011	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	209208019	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	209558008	.	C	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
1	209601635	.	A	G	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=-0.480;DP=10;FS=2.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.898;QD=3.18;ReadPosRankSum=0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:60:60,0,314
1	209602381	.	G	A	3429.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,80:80:99:3458,241,0
1	209602873	.	C	T	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=-2.381;DP=35;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.579;QD=2.11;ReadPosRankSum=1.155	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:30,5:35:99:102,0,1158
1	209603360	.	G	C	1844.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,43:43:99:1873,129,0
1	209603807	.	G	A	13.95	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=-0.335;DP=118;FS=10.370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.507;QD=0.12;ReadPosRankSum=-0.872	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:109,9:118:42:42,0,4399
1	209603996	.	A	G	1755.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=-0.949;DP=55;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.469;QD=31.92;ReadPosRankSum=1.298	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,45:55:99:1784,0,267
1	209604734	.	T	A	1839.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=-0.290;DP=55;FS=6.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.604;QD=33.45;ReadPosRankSum=0.341	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,48:55:99:1868,0,140
1	209605011	.	C	G	223.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=-0.641;DP=64;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.374;QD=3.50;ReadPosRankSum=0.623	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:53,11:64:99:252,0,2134
1	209605102	.	A	G	4226.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.953;ClippingRankSum=0.509;DP=115;FS=1.286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.499;QD=32.21;ReadPosRankSum=1.374	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,104:115:99:4255,0,115
1	209605601	.	G	T	461.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.017;ClippingRankSum=-0.965;DP=86;FS=39.526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=5.37;ReadPosRankSum=1.941	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:69,17:86:99:490,0,3080
1	209605635	.	G	A	330.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=-0.456;DP=81;FS=36.490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.368;QD=4.08;ReadPosRankSum=0.981	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:67,14:81:99:359,0,2665
1	209605715	.	A	G	35.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.551;ClippingRankSum=0.279;DP=98;FS=1.446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.318;QD=0.36;ReadPosRankSum=1.862	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:90,8:98:64:64,0,3640
1	209606038	.	G	A	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=-0.689;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.689;QD=3.29;ReadPosRankSum=0.365	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,4:23:99:104,0,725
1	209788514	.	G	A	3053.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,70:70:99:3082,211,0
1	209789318	.	T	C	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
1	209793327	.	A	G	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
1	209794552	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	209809062	.	T	C	128.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=21.46;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:66:157,0,66
1	209823354	.	G	A	1795.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.430;DP=59;FS=24.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.210;QD=30.44;ReadPosRankSum=-0.668	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,46:59:99:1824,0,396
1	209824707	.	A	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	209955848	.	A	C	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.480;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.898;QD=3.18;ReadPosRankSum=-0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:60:60,0,317
1	209956542	.	C	A	466.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=-0.942;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.807;QD=29.17;ReadPosRankSum=0.807	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,13:16:79:495,0,79
1	209959614	.	G	T	1068.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.251;ClippingRankSum=-0.313;DP=32;FS=5.179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.567;QD=33.40;ReadPosRankSum=0.199	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,28:32:87:1097,0,87
1	209959872	.	G	A	808.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:837,57,0
1	209960436	.	G	A	1473.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.825;DP=47;FS=5.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=31.36;ReadPosRankSum=0.041	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,38:47:99:1502,0,239
1	209960922	.	A	C	240.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.657;ClippingRankSum=-1.448;DP=43;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.224;QD=5.60;ReadPosRankSum=1.955	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:34,9:43:99:269,0,2393
1	209960925	.	T	C	1260.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.331;ClippingRankSum=0.676;DP=43;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.279;QD=29.32;ReadPosRankSum=-0.302	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,33:43:99:1289,0,622
1	209961023	.	T	A	1311.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=-0.318;DP=50;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=26.24;ReadPosRankSum=0.423	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,35:50:99:1340,0,486
1	209961314	.	T	C	1356.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=1.330;DP=47;FS=2.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.378;QD=28.87;ReadPosRankSum=-1.525	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,35:47:99:1385,0,396
1	209962794	.	G	A	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:80,0,37
1	209966843	.	A	G	274.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:303,21,0
1	209967915	.	A	G	243.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=-0.067;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=27.09;ReadPosRankSum=0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:50:272,0,50
1	209968684	.	C	A	1605.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=-0.179;DP=52;FS=4.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.134;QD=30.88;ReadPosRankSum=0.403	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,41:52:99:1634,0,313
1	209968918	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	209969902	.	G	C	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
1	209970096	.	C	G	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
1	209970355	.	G	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	209975386	.	A	G	264.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=-0.325;DP=67;FS=4.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.414;QD=3.95;ReadPosRankSum=1.452	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:49,11:60:99:293,0,1881
1	210004199	.	C	G	624.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:653,45,0
1	210004332	.	G	A	514.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.441;ClippingRankSum=0.315;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.441;QD=30.28;ReadPosRankSum=-0.819	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,14:17:74:543,0,74
1	210006603	.	C	T	641.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:670,48,0
1	210019910	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:31:81,0,31
1	210025751	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	210027654	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	210027936	.	T	C	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:28:116,0,28
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1	210406940	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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1	210827520	.	T	C	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=10.44;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:70:70,0,150
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1	210848224	.	A	G	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
1	211472543	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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1	211483257	.	A	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
1	211483320	.	T	C	139.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:167,12,0
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1	211488538	.	C	A	541.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:570,39,0
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1	211533027	.	G	A	84.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:112,9,0
1	211540932	.	G	A	96.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:124,9,0
1	211542290	.	C	A	233.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:262,18,0
1	211606466	.	A	G	77.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=15.55;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:73:106,0,73
1	211607676	.	A	G	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=14.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:71,0,33
1	211607877	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	211607888	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	211607891	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	211759378	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
1	211836789	.	T	C	124.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.018;DP=22;FS=4.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.940;QD=5.67;ReadPosRankSum=0.940	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,5:22:99:153,0,664
1	211918115	.	C	T	127.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=25.56;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:27:156,0,27
1	211918244	.	T	A	74.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=1.214;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=7.48;ReadPosRankSum=-1.386	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:103,0,275
1	211919937	.	T	C	541.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.177;ClippingRankSum=-0.159;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.796;QD=30.10;ReadPosRankSum=-0.053	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,14:18:99:570,0,106
1	211920085	.	G	A	97.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.467;ClippingRankSum=1.342;DP=27;FS=2.069;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.094;QD=3.62;ReadPosRankSum=-1.280	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,5:27:99:126,0,872
1	211920314	.	T	C	63.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=0.817;DP=26;FS=10.193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.320;QD=2.45;ReadPosRankSum=-0.746	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,4:26:92:92,0,878
1	211920427	.	T	C	121.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=-0.284;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.137;QD=5.07;ReadPosRankSum=0.142	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,5:24:99:150,0,729
1	211920624	.	G	A	227.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=-1.309;DP=12;FS=2.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.000;QD=18.98;ReadPosRankSum=1.134	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,7:12:99:256,0,175
1	211921229	.	C	A	547.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.616;ClippingRankSum=0.773;DP=18;FS=2.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.773;QD=30.43;ReadPosRankSum=-0.913	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,16:18:34:576,0,34
1	211922603	.	G	A	524.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=-0.265;DP=18;FS=2.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.009;QD=29.15;ReadPosRankSum=0.053	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,14:18:99:553,0,121
1	211946935	.	C	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
1	211973950	.	G	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	211979818	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
1	212273639	.	C	T	210.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:239,21,0
1	212274413	.	A	C	498.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:527,36,0
1	212458383	.	G	A	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
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1	212534253	.	T	C	152.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.241;ClippingRankSum=0.032;DP=25;FS=4.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.350;QD=6.11;ReadPosRankSum=-0.223	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,6:25:99:181,0,757
1	212549356	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	212560327	.	A	G	804.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:833,60,0
1	212778286	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	212782500	.	T	C	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=7.15;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:64:64,0,113
1	212785460	.	G	C	209.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=29.97;ReadPosRankSum=-0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:25:238,0,25
1	212786920	.	G	A	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:71:71,0,114
1	212789529	.	T	C	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=20.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:32:112,0,32
1	212790335	.	A	G	181.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:210,15,0
1	212790686	.	T	C	157.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:186,15,0
1	212790959	.	T	A	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=-1.067;DP=8;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=4.72;ReadPosRankSum=1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:66:66,0,216
1	212793613	.	T	C	2839.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,66:66:99:2868,199,0
1	212870017	.	G	A	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
1	212911836	.	T	C	72.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.599;ClippingRankSum=-0.462;DP=26;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.462;QD=2.80;ReadPosRankSum=0.604	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,4:26:99:101,0,846
1	212988989	.	C	A	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
1	213042103	.	A	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
1	213061362	.	T	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	213068595	.	C	T	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.532;ClippingRankSum=0.354;DP=11;FS=7.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.354;QD=2.62;ReadPosRankSum=0.118	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:57:57,0,362
1	213068971	.	T	G	180.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:209,15,0
1	213069258	.	T	A	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=-0.480;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=2.88;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:57:57,0,305
1	213069305	.	G	A	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:118,0,34
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1	213069738	.	C	T	210.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=26.35;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:60:239,0,60
1	213069783	.	A	G	411.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:440,30,0
1	213071210	.	G	A	207.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=-1.067;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.589;QD=25.97;ReadPosRankSum=1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:57:236,0,57
1	213071341	.	T	C	165.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.361;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.729;QD=18.42;ReadPosRankSum=-0.361	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:194,0,153
1	213071445	.	G	A	237.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=-1.666;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.666;QD=26.42;ReadPosRankSum=1.666	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:48:266,0,48
1	213071600	.	G	A	124.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=20.79;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:66:153,0,66
1	213175115	.	A	C	143.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:171,12,0
1	213178080	.	C	T	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
1	213224719	.	T	C	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
1	213303146	.	C	T	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=4.35;ReadPosRankSum=-0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:63:63,0,214
1	214492286	.	G	A	272.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=-0.238;DP=44;FS=1.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.070;QD=6.20;ReadPosRankSum=0.490	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:34,10:44:99:301,0,1318
1	214509164	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	214523503	.	T	A	13.95	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.752;ClippingRankSum=-0.537;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.182;QD=1.16;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:42:42,0,383
1	214524404	.	G	T	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.466;ClippingRankSum=0.694;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.231;QD=6.67;ReadPosRankSum=1.312	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,4:13:99:115,0,336
1	214524434	.	T	C	142.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.674;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.531;QD=9.52;ReadPosRankSum=-1.164	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,5:15:99:171,0,344
1	214525316	.	A	C	69.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=-0.382;DP=11;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=6.34;ReadPosRankSum=0.382	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:98:98,0,276
1	214525603	.	A	G	24.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=1.182;DP=12;FS=3.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=2.07;ReadPosRankSum=-1.182	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:53:53,0,409
1	214526964	.	T	C	56.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.217;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.794;QD=3.78;ReadPosRankSum=-0.361	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,3:15:85:85,0,476
1	214527252	.	G	A	58.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=-0.505;DP=15;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.650;QD=3.92;ReadPosRankSum=0.361	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,3:15:87:87,0,482
1	214529137	.	T	C	223.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=-0.212;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.905;QD=13.99;ReadPosRankSum=0.635	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,7:16:99:252,0,342
1	214529138	.	T	C	12.05	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=1.104;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.425;QD=0.80;ReadPosRankSum=0.934	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,2:15:40:40,0,902
1	214529170	.	T	C	401.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=-0.754;DP=17;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.854;QD=23.63;ReadPosRankSum=0.553	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,11:17:99:430,0,199
1	214529234	.	T	C	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
1	214529252	.	T	C	78.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.550;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.754;QD=11.25;ReadPosRankSum=-0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:107,0,150
1	214529725	.	T	C	135.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:163,12,0
1	214529740	.	T	C	127.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=21.29;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:69:156,0,69
1	214529774	.	T	C	110.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.929;DP=12;FS=6.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.536;QD=9.23;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,4:12:99:139,0,319
1	214542819	.	T	C	63.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=-0.778;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=4.55;ReadPosRankSum=1.713	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,3:14:92:92,0,430
1	214560839	.	T	C	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:80,0,34
1	214638172	.	C	T	519.41	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=-0.651;DP=16;FS=5.051;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.735;QD=32.46;ReadPosRankSum=0.651	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,15:16:8:547,8,0
1	214655943	.	A	G	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
1	214724668	.	G	A	348.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.246;ClippingRankSum=-0.156;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.180;QD=24.91;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,11:14:83:377,0,83
1	214787130	.	G	A	387.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=-1.480;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.888;QD=29.83;ReadPosRankSum=1.283	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,11:13:46:416,0,46
1	214814571	.	C	T	529.31	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=1.042;DP=15;FS=3.310;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.042;QD=28.51;ReadPosRankSum=-1.736	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,14:15:1:555,1,0
1	214820099	.	A	G	146.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.717;ClippingRankSum=0.466;DP=11;FS=7.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.143;QD=13.34;ReadPosRankSum=-0.143	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,5:11:99:175,0,237
1	214830617	.	A	G	56.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.883;ClippingRankSum=-1.345;DP=16;FS=2.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.673;QD=3.55;ReadPosRankSum=1.211	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,3:16:85:85,0,491
1	214837110	.	C	G	144.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=-0.061;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.061;QD=9.65;ReadPosRankSum=0.061	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,5:15:99:173,0,386
1	214837210	.	T	C	446.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.152;ClippingRankSum=0.303;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.546;QD=27.92;ReadPosRankSum=-0.303	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,12:16:99:475,0,130
1	215741053	.	T	G	22.79	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=-2.239;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.825;QD=2.07;ReadPosRankSum=1.532	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:51:51,0,311
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1	217602392	.	T	A	91.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:119,9,0
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1	219371351	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	219373414	.	G	A	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
1	219375547	.	A	G	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.69;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:71:71,0,76
1	219377377	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	219382194	.	T	A	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
1	219382614	.	C	T	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
1	219382717	.	A	G	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
1	219383192	.	T	C	178.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=29.80;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:28:207,0,28
1	219383905	.	A	G	886.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:915,66,0
1	219391205	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	219427984	.	C	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	220154768	.	C	T	1727.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.931;ClippingRankSum=-0.527;DP=60;FS=8.299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.543;QD=28.80;ReadPosRankSum=1.178	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,44:60:99:1756,0,483
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1	220231263	.	T	C	466.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=-0.493;DP=13;FS=11.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.888;QD=30.62;ReadPosRankSum=-0.888	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,11:13:44:495,0,44
1	220231275	.	T	C	339.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=-1.396;DP=12;FS=3.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.396;QD=28.31;ReadPosRankSum=1.826	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,10:12:51:368,0,51
1	220231276	.	T	C	160.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=-0.101;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.791;QD=12.37;ReadPosRankSum=1.200	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,6:13:99:189,0,346
1	220231330	.	T	C	225.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.747;DP=9;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.747;QD=25.09;ReadPosRankSum=0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:52:254,0,52
1	220231338	.	T	C	225.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=30.09;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:52:254,0,52
1	220231406	.	T	C	12.05	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.238;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.714;QD=0.75;ReadPosRankSum=-1.508	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,2:16:40:40,0,518
1	220231418	.	T	C	13.95	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=-1.104;DP=15;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.764;QD=0.93;ReadPosRankSum=0.594	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,2:15:42:42,0,510
1	220231484	.	T	C	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:69:69,0,159
1	220231487	.	T	C	133.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=26.75;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:162,0,31
1	220231959	.	T	C	167.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.96	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,4:4:91:196,0,91
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1	220232143	.	T	C	206.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=-1.422;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.422;QD=20.68;ReadPosRankSum=-0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:98:235,0,98
1	220232144	.	T	C	368.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:397,27,0
1	220232185	.	T	C	59.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.294;ClippingRankSum=0.740;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.925;QD=4.98;ReadPosRankSum=-0.740	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,3:12:88:88,0,365
1	220263059	.	G	A	406.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=-0.457;DP=15;FS=5.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.546;QD=27.12;ReadPosRankSum=0.457	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,11:15:99:435,0,128
1	220970028	.	A	G	255.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:284,21,0
1	220976489	.	C	A	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:30:78,0,30
1	220979937	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	220983017	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	220987155	.	A	G	440.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:469,33,0
1	221885140	.	C	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	221893091	.	A	G	41.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:69,6,0
1	221995526	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:78,0,36
1	221995536	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,83
1	222013290	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	222663603	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	222729582	.	A	T	250.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:279,21,0
1	222730143	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	222730466	.	C	A	173.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:202,15,0
1	222730494	.	G	T	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
1	222730495	.	C	T	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
1	222731552	.	C	T	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:29:74,0,29
1	222742676	.	T	C	174.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:203,15,0
1	222763235	.	T	G	178.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:207,15,0
1	222763249	.	C	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
1	222802006	.	A	G	924.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:953,66,0
1	222802376	.	A	G	602.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:631,45,0
1	222802926	.	C	T	487.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:516,39,0
1	222803204	.	A	G	700.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:729,51,0
1	222833601	.	T	C	716.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:745,51,0
1	222836786	.	G	A	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=14.63;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:116,0,112
1	222836894	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
1	222837149	.	C	T	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,79
1	222838216	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	222839838	.	A	G	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
1	222886119	.	A	G	17.84	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.589;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=2.23;ReadPosRankSum=1.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:46:46,0,222
1	222886134	.	T	C	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=5.30;ReadPosRankSum=-1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:60:60,0,154
1	222904795	.	T	C	113.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=1.053;DP=25;FS=14.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.713;QD=4.55;ReadPosRankSum=-1.121	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,5:25:99:142,0,772
1	222908180	.	G	A	140.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=-1.063;DP=30;FS=7.558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.181;QD=4.69;ReadPosRankSum=1.011	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,6:30:99:169,0,929
1	223177574	.	A	G	190.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:219,15,0
1	223283910	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
1	223321671	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	223329156	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
1	223329163	.	G	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
1	223717484	.	G	A	117.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=-0.278;DP=11;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.896;QD=10.71;ReadPosRankSum=0.278	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,4:11:99:146,0,263
1	223718462	.	G	A	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=14.29;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:114,0,108
1	223718651	.	G	A	131.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=-2.878;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.429;QD=8.78;ReadPosRankSum=-0.306	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,5:15:99:160,0,382
1	223718670	.	G	A	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
1	223720917	.	C	T	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
1	223720971	.	G	A	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
1	223721316	.	A	G	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
1	223721696	.	C	T	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
1	223721756	.	G	A	170.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=28.46;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:28:199,0,28
1	223722320	.	T	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
1	223722375	.	G	C	91.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:119,9,0
1	223804825	.	G	C	220.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=-0.067;DP=9;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=24.53;ReadPosRankSum=0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:63:249,0,63
1	223805231	.	T	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
1	223805308	.	G	A	201.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=-1.067;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=25.22;ReadPosRankSum=-0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:64:230,0,64
1	223805504	.	T	C	251.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:280,21,0
1	223806211	.	T	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
1	223808633	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
1	223810083	.	G	T	47.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
1	223810155	.	A	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	223813586	.	G	T	464.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:493,39,0
1	223815335	.	G	C	43.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:71,6,0
1	223816322	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	223900408	.	C	G	2794.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,66:66:99:2823,199,0
1	223900544	.	A	G	1299.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.498;DP=53;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.235;QD=24.52;ReadPosRankSum=-0.047	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,35:53:99:1328,0,601
1	223905532	.	G	A	2210.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,58:58:99:2239,174,0
1	223905536	.	A	G	2210.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:99:2239,174,0
1	223905538	.	G	C	2210.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:99:2239,174,0
1	223922254	.	A	G	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
1	223924339	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	223934720	.	G	A	2714.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,65:65:99:2743,195,0
1	223954080	.	A	C	2112.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=-0.748;DP=71;FS=5.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.217;QD=29.76;ReadPosRankSum=-0.896	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,54:71:99:2141,0,549
1	223960334	.	G	A	173.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:202,15,0
1	223960392	.	G	A	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:32:78,0,32
1	223962929	.	G	A	1961.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.184;ClippingRankSum=-1.121;DP=66;FS=18.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.180;QD=29.72;ReadPosRankSum=0.259	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,52:66:99:1990,0,406
1	223993624	.	T	G	52.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:26:81,0,26
1	224051335	.	A	C	59.03	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=14.76;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:12:87,0,12
1	224051560	.	G	A	39.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:67,6,0
1	224147289	.	T	C	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
1	224159424	.	T	C	77.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=15.55;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:74:106,0,74
1	224164610	.	G	A	115.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=23.16;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:27:144,0,27
1	224184861	.	T	C	89.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:117,9,0
1	224192533	.	A	G	136.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=27.35;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:67:165,0,67
1	224192534	.	A	G	136.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=27.35;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:67:165,0,67
1	224198994	.	C	T	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.33	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
1	224198995	.	T	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=9.35;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,119
1	224199507	.	A	G	184.85	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:17:213,17,0
1	224199901	.	G	A	323.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:352,24,0
1	224200508	.	G	A	66.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.296;DP=10;FS=5.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.895;QD=6.68;ReadPosRankSum=0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:95:95,0,277
1	224200627	.	C	T	20.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.296;ClippingRankSum=1.061;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.825;QD=1.89;ReadPosRankSum=0.118	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:49:49,0,355
1	224201019	.	G	A	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=17.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:69:115,0,69
1	224201311	.	C	G	235.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:264,18,0
1	224201837	.	G	A	274.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:303,21,0
1	224202016	.	G	C	108.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=-0.278;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.034;QD=9.89;ReadPosRankSum=0.597	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,4:11:99:137,0,262
1	224203775	.	G	C	187.18	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:10:215,10,0
1	224210867	.	T	G	132.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:160,12,0
1	224216757	.	G	A	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=19.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:32:105,0,32
1	224322339	.	T	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	224327682	.	C	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
1	224330485	.	T	C	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
1	224345012	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
1	224347291	.	G	A	660.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:689,48,0
1	224347391	.	C	T	572.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:601,45,0
1	224347433	.	C	T	254.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:283,21,0
1	224347918	.	G	C	577.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:606,42,0
1	224348315	.	G	A	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=-0.047;DP=20;FS=2.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.803;QD=4.24;ReadPosRankSum=0.331	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,4:20:99:113,0,661
1	224348506	.	A	G	911.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:940,66,0
1	224348700	.	T	C	370.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:399,27,0
1	224348827	.	A	G	528.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:557,39,0
1	224348915	.	A	G	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
1	224451242	.	A	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	224492746	.	C	T	449.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:478,33,0
1	224495852	.	C	T	942.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:971,69,0
1	224517842	.	C	T	180.81	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:20:209,20,0
1	224561138	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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1	224700930	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	225592795	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	225595690	.	A	G	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
1	225597846	.	A	G	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
1	225598309	.	A	C	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
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1	225975271	.	A	G	169.84	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=28.31;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:18:198,0,18
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1	226419166	.	G	C	181.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:210,15,0
1	226419237	.	C	G	185.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:214,15,0
1	226474132	.	G	A	311.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:340,24,0
1	226570840	.	T	C	523.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:552,39,0
1	226573364	.	A	G	15.88	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=-1.605;DP=26;FS=2.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.445;QD=0.61;ReadPosRankSum=0.080	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,3:26:44:44,0,881
1	226820500	.	G	A	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
1	226820809	.	T	C	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:66:66,0,115
1	226895345	.	C	A	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
1	226923264	.	G	A	249.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=-0.278;DP=11;FS=10.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.034;QD=22.71;ReadPosRankSum=-0.278	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,7:11:99:278,0,143
1	226923505	.	G	T	356.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:385,30,0
1	226923938	.	A	C	120.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=-1.300;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.754;QD=17.25;ReadPosRankSum=1.300	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:149,0,105
1	227069677	.	T	C	196.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=-0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=28.11;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:23:225,0,23
1	227069737	.	C	T	870.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.449;DP=31;FS=1.859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.732;QD=28.09;ReadPosRankSum=2.008	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,24:31:99:899,0,199
1	227071525	.	C	T	536.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DP=18;FS=6.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.711;QD=29.82;ReadPosRankSum=-0.355	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,15:18:76:565,0,76
1	227083550	.	C	T	160.84	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=26.81;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:18:189,0,18
1	227174902	.	G	A	146.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=-0.380;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.529;QD=12.23;ReadPosRankSum=0.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,5:12:99:175,0,258
1	227178948	.	G	A	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.592;ClippingRankSum=-1.422;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.118;QD=2.71;ReadPosRankSum=0.829	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,3:18:77:77,0,590
1	227179047	.	C	T	469.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.396;DP=20;FS=4.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.396;QD=23.49;ReadPosRankSum=-0.475	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,13:20:99:498,0,237
1	227179358	.	T	C	692.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:721,51,0
1	227182033	.	G	A	1171.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1200,87,0
1	227182575	.	A	G	170.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=1.985;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.973;QD=8.13;ReadPosRankSum=-2.063	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,6:21:99:199,0,599
1	227191011	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	227200718	.	C	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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1	227374872	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	227452844	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	227504613	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	227505713	.	A	C	69.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=13.95;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:74:98,0,74
1	227767359	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	227845283	.	C	A	180.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:209,15,0
1	227845784	.	A	G	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
1	227848341	.	A	G	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
1	227919190	.	G	A	1303.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,31:31:93:1332,93,0
1	227920061	.	T	G	1414.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,34:34:99:1443,102,0
1	227922918	.	A	C	645.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:674,48,0
1	227923081	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	227935444	.	A	G	708.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:737,51,0
1	227964399	.	T	C	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
1	227964990	.	A	G	27.75	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:55,6,0
1	227965016	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	227967129	.	A	T	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
1	227967938	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
1	227970556	.	G	A	96.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:124,9,0
1	227971211	.	T	C	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
1	228112776	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	228160733	.	T	G	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=4.97;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:63:63,0,161
1	228160736	.	C	G	119.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=19.96;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:63:148,0,63
1	228271153	.	T	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	228282695	.	C	T	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
1	228282877	.	A	C	116.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:144,12,0
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1	228303066	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	228328743	.	T	C	276.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:305,21,0
1	228330797	.	G	A	29.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=1.380;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=4.96;ReadPosRankSum=-1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:58:58,0,159
1	228331040	.	C	A	181.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:210,15,0
1	228331503	.	G	A	78.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=15.75;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:55:107,0,55
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1	229458456	.	G	A	114.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=14.35;ReadPosRankSum=0.421	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:143,0,146
1	229458632	.	T	C	219.80	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=-0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=31.40;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:21:248,0,21
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1	229461024	.	C	T	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=4.22;ReadPosRankSum=-0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:62:62,0,229
1	229567366	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:81:81,0,119
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1	229589011	.	A	T	34.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:62,6,0
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1	229631734	.	T	C	536.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:565,42,0
1	229633371	.	A	G	54.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:82,9,0
1	229635521	.	A	G	612.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:641,45,0
1	229652587	.	T	C	364.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:393,27,0
1	229652698	.	G	T	459.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:488,33,0
1	229683264	.	G	A	189.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:218,15,0
1	229729769	.	C	T	500.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.156;DP=14;FS=6.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.467;QD=30.99;ReadPosRankSum=0.467	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,11:14:99:529,0,166
1	229729777	.	C	T	500.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.822;DP=14;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.091;QD=27.85;ReadPosRankSum=-0.639	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,12:14:99:529,0,166
1	229737227	.	G	A	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
1	229738170	.	T	G	518.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.858;ClippingRankSum=-0.372;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.265;QD=28.82;ReadPosRankSum=2.602	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,14:18:99:547,0,105
1	229738236	.	G	A	835.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:864,63,0
1	229762054	.	T	A	101.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=16.96;ReadPosRankSum=-1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:32:130,0,32
1	229772693	.	T	G	535.31	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=-1.273;DP=15;FS=3.310;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.347;QD=30.22;ReadPosRankSum=1.042	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,14:15:1:561,1,0
1	229787055	.	G	A	17.84	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.274;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.456;QD=1.27;ReadPosRankSum=0.091	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:46:46,0,449
1	229790048	.	A	G	320.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=-0.694;DP=13;FS=5.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.849;QD=24.67;ReadPosRankSum=0.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,9:13:99:349,0,129
1	229795070	.	T	G	128.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.937;QD=18.40;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:157,0,105
1	229795330	.	T	C	206.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=-1.568;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.133;QD=20.68;ReadPosRankSum=1.568	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,6:10:99:235,0,152
1	229795714	.	T	C	80.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=20.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:27:109,0,27
1	229796466	.	G	A	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:29:78,0,29
1	229796919	.	C	A	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
1	229805213	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	230388105	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	230389838	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	230414717	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	230415148	.	G	A	1192.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.897;ClippingRankSum=1.116;DP=39;FS=1.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.823;QD=30.58;ReadPosRankSum=-1.043	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,32:39:99:1221,0,181
1	230416218	.	T	C	554.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=-0.272;DP=21;FS=4.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.518;QD=26.42;ReadPosRankSum=0.350	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,15:21:99:583,0,201
1	230416319	.	A	C	813.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.841;ClippingRankSum=1.529;DP=27;FS=2.087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.155;QD=30.14;ReadPosRankSum=1.280	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,22:27:99:842,0,108
1	230416399	.	G	T	868.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=-1.620;DP=28;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.399;QD=31.03;ReadPosRankSum=0.180	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,23:28:99:897,0,120
1	230416760	.	A	G	699.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=-1.034;DP=31;FS=8.607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.912;QD=22.57;ReadPosRankSum=0.426	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,19:31:99:728,0,428
1	230416953	.	A	G	1000.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.383;DP=34;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.235;QD=29.43;ReadPosRankSum=-0.554	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,27:34:99:1029,0,171
1	230417056	.	G	C	790.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.554;DP=27;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.079;QD=29.29;ReadPosRankSum=-0.554	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,21:27:99:819,0,178
1	230417371	.	C	T	882.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=1.167;DP=30;FS=7.076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.026;QD=29.43;ReadPosRankSum=0.752	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,24:30:99:911,0,154
1	230417408	.	T	C	507.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.039;DP=21;FS=1.999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.506;QD=24.18;ReadPosRankSum=0.662	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,15:21:99:536,0,185
1	230417557	.	T	C	838.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=-0.320;DP=23;FS=8.089;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.137;QD=27.69;ReadPosRankSum=0.320	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,20:23:99:867,0,146
1	230417560	.	A	G	838.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.628;DP=22;FS=11.875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.628;QD=26.98;ReadPosRankSum=-0.971	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,20:22:99:867,0,146
1	230461079	.	G	A	59.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=-2.180;DP=14;FS=2.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=1.868	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,3:14:88:88,0,415
1	230810756	.	T	A	160.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=-1.015;DP=23;FS=7.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.245;QD=6.99;ReadPosRankSum=1.505	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,6:23:99:189,0,670
1	230829139	.	A	G	768.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.396;DP=26;FS=2.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.091;QD=29.57;ReadPosRankSum=-0.396	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,20:26:99:797,0,158
1	230903350	.	T	C	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
1	230973407	.	G	T	776.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:805,57,0
1	230974774	.	T	C	1133.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1162,81,0
1	230975454	.	A	G	785.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:814,57,0
1	231042732	.	T	A	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.248;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=4.86;ReadPosRankSum=-0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:72:72,0,202
1	231044495	.	A	G	13.95	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=-0.639;DP=14;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.734;QD=1.00;ReadPosRankSum=0.822	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:42:42,0,473
1	231074311	.	T	C	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.15;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:69:69,0,119
1	231110413	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	231114595	.	C	T	186.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:215,15,0
1	231120394	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
1	231134867	.	G	A	138.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:166,12,0
1	231152829	.	T	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
1	231153482	.	T	C	135.80	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=27.16;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:21:164,0,21
1	231159152	.	C	G	1154.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1183,81,0
1	231164514	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	231172439	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	231377081	.	C	T	1299.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,32:32:96:1328,96,0
1	231400674	.	C	G	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
1	231401902	.	G	A	778.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:807,57,0
1	231402779	.	C	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	231406295	.	T	C	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
1	231408091	.	A	G	39.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=0.529;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.059;QD=1.99;ReadPosRankSum=-0.106	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,3:20:68:68,0,687
1	231468606	.	A	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
1	231468953	.	G	A	323.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:352,24,0
1	231470205	.	A	G	413.96	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.448;ClippingRankSum=1.159;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.159;QD=34.50;ReadPosRankSum=-1.448	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,11:12:5:441,0,5
1	231470650	.	T	C	295.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:324,24,0
1	231470772	.	A	G	170.92	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.99	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,8:9:1:249,0,1
1	231470864	.	T	C	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,1:6:65:65,0,405
1	231470874	.	T	C	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=5.25;ReadPosRankSum=-0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:65:65,0,405
1	231488524	.	C	T	281.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:310,21,0
1	231490105	.	C	T	191.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:220,15,0
1	231491712	.	C	A	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
1	231493687	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
1	231497393	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	231502310	.	T	C	140.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:168,12,0
1	231533448	.	C	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
1	231664203	.	G	C	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=1.150;DP=19;FS=2.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.250;QD=4.62;ReadPosRankSum=-1.050	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,4:19:99:116,0,597
1	231699474	.	G	C	93.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:31:122,0,31
1	231701286	.	G	A	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=-2.292;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.615;QD=2.41;ReadPosRankSum=2.292	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,3:19:74:74,0,643
1	232534957	.	T	C	921.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:950,66,0
1	232539219	.	C	T	61.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=-1.090;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.623;QD=4.41;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,3:14:90:90,0,429
1	232574921	.	T	C	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=1.666;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.179;QD=3.20;ReadPosRankSum=-1.666	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:57:57,0,238
1	232650750	.	A	G	437.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:466,33,0
1	232650867	.	C	T	148.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=24.80;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:28:177,0,28
1	233091463	.	T	A	790.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:819,60,0
1	233093035	.	A	G	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
1	233114608	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	233463785	.	G	C	204.03	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=-0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=29.15;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:12:232,0,12
1	233463810	.	C	G	144.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=24.13;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:24:173,0,24
1	233464545	.	G	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	233490776	.	C	T	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.44;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:118,0,34
1	233491615	.	T	G	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
1	233491672	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	233514934	.	G	A	146.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.517;ClippingRankSum=0.956;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.956;QD=18.35;ReadPosRankSum=-0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:99:175,0,113
1	233514975	.	G	T	294.82	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=-0.751;DP=9;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=32.76;ReadPosRankSum=-0.751	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,8:9:19:323,0,19
1	233515071	.	C	T	323.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.396;ClippingRankSum=0.322;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=26.98;ReadPosRankSum=-0.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,10:12:48:352,0,48
1	233515102	.	T	G	230.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.895;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=23.08;ReadPosRankSum=-0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,7:10:84:259,0,84
1	233519277	.	A	G	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=1.067;DP=8;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.589;QD=4.60;ReadPosRankSum=-1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:65:65,0,225
1	233519393	.	C	T	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
1	233749855	.	A	G	137.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:165,12,0
1	233758073	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	233777138	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	233777603	.	A	G	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
1	234041422	.	G	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
1	234509259	.	G	C	197.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=-1.644;DP=34;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.264;QD=5.82;ReadPosRankSum=1.441	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,8:34:99:226,0,941
1	234529552	.	C	T	176.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.398;ClippingRankSum=-0.240;DP=36;FS=1.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=4.91;ReadPosRankSum=0.919	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:29,7:36:99:205,0,1144
1	234529570	.	G	A	110.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=-1.312;DP=42;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.204;QD=2.64;ReadPosRankSum=0.449	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:36,6:42:99:139,0,1404
1	234552117	.	T	C	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
1	234582651	.	T	C	1136.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1165,81,0
1	234606998	.	A	G	72.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=-0.731;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.214;QD=6.06;ReadPosRankSum=0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:101,0,277
1	234610539	.	C	G	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
1	234611015	.	C	T	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=17.75;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:52:117,0,52
1	234611322	.	C	A	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:70:123,0,70
1	234611332	.	C	A	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:70:123,0,70
1	234611842	.	G	A	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
1	234612995	.	T	C	44.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.93;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:23:73,0,23
1	234740141	.	G	A	963.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:992,69,0
1	234744250	.	G	A	2749.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.376;ClippingRankSum=-0.125;DP=80;FS=2.992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.052;QD=34.37;ReadPosRankSum=-0.346	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,69:79:99:2778,0,209
1	234744413	.	C	A	1641.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=-0.426;DP=56;FS=1.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.404;QD=29.32;ReadPosRankSum=0.273	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,45:55:99:1670,0,241
1	234745009	.	A	G	889.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:918,78,0
1	234757757	.	T	C	185.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:214,15,0
1	234766437	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	234772354	.	C	T	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
1	234788013	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
1	234818217	.	G	A	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
1	235095444	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	235190411	.	A	C	38.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:67:67,0,114
1	235273179	.	G	A	63.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=-0.124;DP=54;FS=1.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.234;QD=1.18;ReadPosRankSum=0.151	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:48,6:54:92:92,0,1958
1	235383188	.	A	G	156.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.506;DP=21;FS=11.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.195;QD=7.47;ReadPosRankSum=-0.584	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,6:21:99:185,0,555
1	235506918	.	G	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,79
1	235508463	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	235611285	.	G	C	448.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:477,33,0
1	235611293	.	G	A	448.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:33:477,33,0
1	235612320	.	C	T	384.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:413,30,0
1	235629802	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	235637421	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	235638758	.	G	A	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
1	235641745	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	235642185	.	G	C	195.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:224,15,0
1	235642606	.	C	T	189.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:218,15,0
1	235652513	.	T	C	1079.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1108,78,0
1	235653025	.	C	T	237.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:266,18,0
1	235653590	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	235654172	.	A	G	139.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:167,12,0
1	235656658	.	A	G	186.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:215,15,0
1	235667690	.	A	G	734.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:763,54,0
1	235667742	.	G	T	250.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:279,21,0
1	235751133	.	C	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:82,6,0
1	235751142	.	C	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
1	235990038	.	T	C	93.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:122,0,34
1	236029475	.	T	C	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
1	236035805	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
1	236380457	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	236413230	.	T	A	470.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:499,36,0
1	236445212	.	A	G	319.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:348,24,0
1	236686575	.	T	C	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
1	236703734	.	T	C	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=12.63;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:104,0,109
1	236706505	.	C	T	20.80	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.271;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.480;QD=2.08;ReadPosRankSum=1.271	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:49:49,0,298
1	236711618	.	A	C	27.77	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=-0.401;DP=26;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.161;QD=1.07;ReadPosRankSum=0.321	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,3:26:56:56,0,938
1	236711810	.	A	G	177.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.698;ClippingRankSum=0.159;DP=28;FS=6.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=6.35;ReadPosRankSum=-1.114	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,7:28:99:206,0,827
1	236712989	.	A	C	133.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=-1.065;DP=19;FS=4.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.972;QD=7.04;ReadPosRankSum=0.880	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,5:19:99:162,0,558
1	236719135	.	T	C	72.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=-2.187;DP=25;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.111;QD=2.91;ReadPosRankSum=2.335	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,4:25:99:101,0,801
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1	237065583	.	G	T	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
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1	237766391	.	A	G	276.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:305,24,0
1	237766598	.	C	A	205.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.248;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=22.86;ReadPosRankSum=-0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:99:234,0,128
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1	238644100	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
1	240308531	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
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1	240925536	.	G	A	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
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1	240925539	.	T	C	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
1	240925553	.	T	G	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
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1	243419429	.	T	A	66.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=-0.185;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,3:12:95:95,0,351
1	243430150	.	A	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
1	243469029	.	G	A	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=9.19;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:65:65,0,71
1	243480036	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
1	243481431	.	A	G	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
1	243481556	.	C	G	227.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:256,18,0
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1	246431211	.	T	A	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
1	246452817	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	246467905	.	A	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
1	246670481	.	C	G	333.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:362,27,0
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1	246714636	.	T	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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1	246829742	.	T	C	287.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.437;DP=13;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.696;QD=22.14;ReadPosRankSum=0.271	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,8:13:99:316,0,181
1	246829873	.	G	A	379.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=-0.251;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.854;QD=22.34;ReadPosRankSum=0.050	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,11:17:99:408,0,196
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1	246830488	.	T	C	432.31	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=-1.470;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.737;QD=33.25;ReadPosRankSum=1.203	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,12:13:1:458,0,1
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1	247151557	.	A	G	271.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:300,21,0
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1	247200639	.	T	C	109.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=-0.361;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=12.20;ReadPosRankSum=0.361	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:138,0,189
1	247226994	.	C	T	45.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:73,6,0
1	247242032	.	C	T	187.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:216,15,0
1	247261502	.	C	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
1	247262625	.	G	A	261.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:290,21,0
1	247263032	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	247263044	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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1	247353355	.	G	A	324.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.540;DP=13;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.540;QD=24.98;ReadPosRankSum=-0.694	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,9:13:99:353,0,136
1	247354072	.	C	A	32.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=-1.666;DP=9;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.067;QD=3.64;ReadPosRankSum=1.666	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:61:61,0,263
1	247365848	.	T	A	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
1	247374109	.	G	A	197.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.296;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=19.78;ReadPosRankSum=-0.895	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,7:10:96:226,0,96
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1	247466370	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
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1	247472200	.	T	A	159.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:188,15,0
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1	247481583	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	247482355	.	T	C	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.94;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:71:76,0,71
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1	247484791	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	247485932	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
1	247497219	.	C	T	368.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:397,27,0
1	247497527	.	G	A	368.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:397,27,0
1	247498567	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
1	247508017	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:78,0,37
1	249209140	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
2	39033	.	T	G	349.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=-1.898;DP=16;FS=8.383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.380;QD=21.86;ReadPosRankSum=1.356	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,10:16:99:378,0,211
2	39555	.	C	T	329.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=-2.016;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.403;QD=14.34;ReadPosRankSum=1.767	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,10:23:99:358,0,500
2	41366	.	C	T	303.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=1.558;DP=28;FS=1.562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.839;QD=10.85;ReadPosRankSum=-1.558	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,10:28:99:332,0,698
2	45780	.	C	G	306.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=-0.442;DP=18;FS=4.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.088;QD=17.04;ReadPosRankSum=-0.177	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,9:18:99:335,0,321
2	45895	.	A	G	537.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:566,42,0
2	230442	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.69;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:73:75,0,73
2	237140	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	237142	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	243929	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
2	246301	.	T	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
2	260594	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
2	264895	.	G	C	133.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:161,12,0
2	272203	.	C	T	764.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=0.272;DP=30;FS=9.265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=25.49;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,21:30:99:793,0,295
2	272840	.	G	A	139.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:167,12,0
2	274672	.	C	G	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:30:123,0,30
2	277003	.	A	G	614.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.972;DP=43;FS=1.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.194;QD=14.30;ReadPosRankSum=-0.185	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,18:43:99:643,0,979
2	671102	.	C	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
2	675831	.	G	T	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=7.55;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:66:66,0,108
2	676177	.	C	G	315.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:344,27,0
2	1637201	.	C	T	503.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=-0.620;DP=28;FS=1.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.218;QD=17.99;ReadPosRankSum=0.437	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,14:28:99:532,0,520
2	1637531	.	A	G	779.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:808,60,0
2	1637648	.	T	C	395.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=-0.537;DP=19;FS=4.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.041;QD=20.83;ReadPosRankSum=0.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,11:19:99:424,0,296
2	1647171	.	T	C	1220.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1249,90,0
2	1652822	.	T	G	813.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:842,60,0
2	1653885	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
2	1660134	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
2	2167379	.	C	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
2	3193040	.	G	A	661.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=-0.503;DP=28;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.134;QD=23.63;ReadPosRankSum=0.216	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,18:28:99:690,0,346
2	3200948	.	C	A	43.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:71,6,0
2	3209744	.	A	C	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
2	3210912	.	A	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
2	3213676	.	T	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
2	3216775	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
2	3242559	.	T	C	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
2	3269721	.	C	T	46.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
2	3383538	.	C	A,G	397.29	PASS	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/2:0,6,8:14:99:521,289,272,234,0,210
2	3391826	.	C	T	69.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.580;ClippingRankSum=-2.166;DP=10;FS=3.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.546;QD=6.98;ReadPosRankSum=2.166	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:98:98,0,244
2	3392075	.	T	C	468.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=-0.736;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.302;QD=27.57;ReadPosRankSum=0.623	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,13:17:99:497,0,115
2	3392295	.	A	G	340.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.377;ClippingRankSum=-0.578;DP=18;FS=4.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.133;QD=18.93;ReadPosRankSum=0.844	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,10:18:99:369,0,268
2	3420093	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
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2	3470995	.	C	T	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
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2	3474085	.	C	T	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
2	3474437	.	G	A	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-1.495;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=5.40;ReadPosRankSum=1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:66:66,0,195
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2	3478452	.	A	G	122.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:150,12,0
2	3480366	.	T	C	234.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:263,18,0
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2	3481098	.	G	T	141.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:169,12,0
2	3481716	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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2	3483390	.	T	G	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
2	3484443	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	3484500	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
2	3484533	.	G	A	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
2	3485224	.	T	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
2	3486093	.	G	C	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:116,0,33
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2	3487175	.	A	G	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:80,0,34
2	3488502	.	A	G	227.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:256,18,0
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2	3597022	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,78
2	3597974	.	T	C	584.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.882;ClippingRankSum=0.269;DP=36;FS=5.023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.250;QD=16.24;ReadPosRankSum=-1.598	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,18:36:99:613,0,666
2	3606436	.	G	C	337.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.423;DP=13;FS=11.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.944;QD=25.98;ReadPosRankSum=-1.775	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,10:13:85:366,0,85
2	3606469	.	C	A	135.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=-0.580;DP=17;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.053;QD=7.99;ReadPosRankSum=0.685	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,5:17:99:164,0,443
2	3609064	.	G	A	74.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=0.248;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=8.31;ReadPosRankSum=-0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:103,0,226
2	3623540	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	3627648	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	3628383	.	C	A	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
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2	10133728	.	T	C	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:32:123,0,32
2	10134612	.	C	T	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=24.88;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:74:78,0,74
2	10134616	.	A	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:74:78,0,74
2	10135398	.	G	A	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.19;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:53:77,0,53
2	10135855	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	10135956	.	G	A	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:74,0,37
2	10136936	.	C	T	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
2	10140651	.	A	G	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=17.75;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:72:117,0,72
2	10140981	.	C	T	327.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.043;ClippingRankSum=-1.101;DP=24;FS=1.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.217;QD=13.66;ReadPosRankSum=-0.637	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,13:24:99:356,0,397
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2	10188649	.	A	T	677.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:706,51,0
2	10193069	.	A	T	153.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=-0.271;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.83;ReadPosRankSum=0.212	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,5:13:99:182,0,310
2	10194192	.	T	C	680.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:709,48,0
2	10194487	.	T	C	141.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=-0.906;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.340;QD=8.86;ReadPosRankSum=1.020	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,5:16:99:170,0,430
2	10198113	.	C	A	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:72:72,0,118
2	10198197	.	G	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
2	10262920	.	T	G	290.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=-0.048;DP=17;FS=2.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.241;QD=17.10;ReadPosRankSum=0.048	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,9:17:99:319,0,223
2	10537018	.	A	G	1744.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,42:42:99:1773,126,0
2	10541373	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	10541375	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	10548826	.	T	C	271.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:300,21,0
2	10563827	.	C	G	74.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:102,9,0
2	10563913	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:78,0,33
2	10564874	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
2	10565252	.	T	C	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
2	10567082	.	A	G	1182.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1211,87,0
2	10707889	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	10711494	.	C	T	46.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:27:75,0,27
2	10711941	.	C	A	444.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:473,33,0
2	10711964	.	T	C	168.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.096;ClippingRankSum=0.833;DP=19;FS=4.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.482;QD=8.88;ReadPosRankSum=-0.745	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,6:19:99:197,0,508
2	10711981	.	C	T	139.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=-0.493;DP=18;FS=4.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.197;QD=7.76;ReadPosRankSum=2.661	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,5:18:99:168,0,1045
2	10711987	.	C	T	139.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=-1.380;DP=18;FS=4.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.493;QD=7.76;ReadPosRankSum=1.479	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,5:18:99:168,0,1045
2	10712278	.	C	T	617.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.445;ClippingRankSum=-1.969;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.445;QD=25.74;ReadPosRankSum=1.842	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,17:24:99:646,0,220
2	10715169	.	C	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
2	10717806	.	C	T	255.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.501;DP=20;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.427;QD=12.79;ReadPosRankSum=-0.579	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,8:20:99:284,0,457
2	10746126	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	10768523	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
2	10784491	.	A	G	189.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.573;ClippingRankSum=-0.705;DP=16;FS=5.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.271;QD=11.86;ReadPosRankSum=1.464	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,6:16:99:218,0,378
2	10908159	.	G	A	137.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:165,12,0
2	10908197	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
2	10908252	.	G	C	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
2	10923581	.	C	T	154.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=-0.437;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.978;QD=11.91;ReadPosRankSum=0.817	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,5:13:99:183,0,307
2	10924524	.	T	C	307.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:336,24,0
2	10927345	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	10930903	.	T	C	1147.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.628;ClippingRankSum=1.173;DP=68;FS=0.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.694;QD=16.88;ReadPosRankSum=-0.829	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:36,32:68:99:1176,0,1404
2	10932989	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
2	10933249	.	C	T	1324.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=-0.056;DP=72;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.349;QD=18.40;ReadPosRankSum=0.338	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:35,37:72:99:1353,0,1273
2	10933921	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
2	10936805	.	G	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
2	10942644	.	C	A	353.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.582;ClippingRankSum=-0.610;DP=55;FS=94.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.082;QD=6.43;ReadPosRankSum=-0.173	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:38,17:55:99:382,0,1468
2	10942687	.	C	T	2847.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,65:65:99:2876,196,0
2	11053020	.	A	G	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
2	11318457	.	G	A	194.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=-0.467;DP=12;FS=26.646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.869;QD=16.23;ReadPosRankSum=-0.259	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,6:12:99:223,0,195
2	11318477	.	C	T	896.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:63:925,63,0
2	11320877	.	C	T	389.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:418,30,0
2	11323276	.	T	C	735.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:764,54,0
2	11359120	.	G	T	522.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:551,39,0
2	11462926	.	A	C	46.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
2	11593839	.	G	A	134.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.591;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.084;QD=7.49;ReadPosRankSum=-0.493	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,5:18:99:163,0,518
2	11774324	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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2	13534998	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
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2	14780038	.	T	G	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.33	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
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2	14782777	.	G	A	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=16.35;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:73:110,0,73
2	14783141	.	A	G	226.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:255,18,0
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2	14784912	.	T	G	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=-0.937;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=12.25;ReadPosRankSum=1.754	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:114,0,148
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2	14787029	.	A	G	196.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=1.447;DP=10;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.133;QD=19.68;ReadPosRankSum=-1.447	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,6:10:99:225,0,152
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2	15468425	.	A	C	157.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.387;DP=11;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.466;QD=14.34;ReadPosRankSum=1.031	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,5:11:99:186,0,224
2	15542337	.	C	G	72.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=1.517;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=9.10;ReadPosRankSum=-1.221	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:101,0,194
2	15555762	.	C	G	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:71,0,35
2	15555832	.	A	G	80.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=-0.956;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.517;QD=10.10;ReadPosRankSum=1.920	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:109,0,194
2	15601441	.	C	T	359.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:388,27,0
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2	15615937	.	T	C	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=5.40;ReadPosRankSum=-0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:66:66,0,164
2	15674686	.	T	C	269.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=-0.978;DP=13;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.533;QD=20.75;ReadPosRankSum=1.256	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,8:13:99:298,0,167
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2	16731510	.	G	A	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:78,0,37
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2	17928207	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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2	17940084	.	G	T	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,148
2	17940086	.	G	A	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,148
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2	17942775	.	T	A	386.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:415,30,0
2	17943015	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	17954027	.	G	A	404.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:433,30,0
2	17961321	.	A	G	170.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=28.46;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:28:199,0,28
2	17962450	.	A	G	153.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=25.63;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:26:182,0,26
2	17962518	.	C	T	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
2	17963098	.	T	G	204.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=25.60;ReadPosRankSum=-1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:65:233,0,65
2	17964339	.	T	G	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=17.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:69:115,0,69
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2	20100988	.	A	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,103
2	20101229	.	C	A	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=17.75;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:71:117,0,71
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2	20101487	.	G	A	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,133
2	20101717	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
2	20131079	.	T	C	108.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.421;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=13.60;ReadPosRankSum=-0.421	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:137,0,142
2	20135283	.	T	C	80.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.54;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:109,0,153
2	20189015	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:72:72,0,109
2	20192696	.	G	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
2	20240668	.	C	A	1206.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.349;ClippingRankSum=0.770;DP=56;FS=1.008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.084;QD=21.55;ReadPosRankSum=-0.273	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,32:56:99:1235,0,899
2	20403794	.	A	T	3386.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,79:79:99:3415,238,0
2	20403949	.	C	T	1592.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.683;ClippingRankSum=2.118;DP=77;FS=7.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.031;QD=20.69;ReadPosRankSum=-1.718	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:34,43:77:99:1621,0,1285
2	20404779	.	A	T	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
2	20404903	.	G	A	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.69;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:65:75,0,65
2	20405050	.	A	C	184.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:213,15,0
2	20409484	.	A	T	143.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:171,12,0
2	20412526	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
2	20413329	.	A	T	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:120,0,34
2	20415158	.	C	T	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:29:81,0,29
2	20415566	.	G	A	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:81,0,34
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2	20420078	.	G	A	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.15;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:69:69,0,117
2	20448561	.	A	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:72:72,0,122
2	20449174	.	G	A	142.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.020;DP=17;FS=2.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.133;QD=8.40;ReadPosRankSum=-1.133	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,5:16:99:171,0,432
2	20450819	.	T	C	320.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.678;ClippingRankSum=0.353;DP=18;FS=2.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.353;QD=17.82;ReadPosRankSum=-0.530	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,9:18:99:349,0,342
2	20472847	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
2	20472928	.	T	A	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,109
2	20648211	.	G	T	212.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=-1.805;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.634;QD=12.52;ReadPosRankSum=1.708	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,7:17:99:241,0,305
2	20803370	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	20814715	.	G	A	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:75,0,37
2	20817673	.	G	A	119.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.652;ClippingRankSum=1.307;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.307;QD=13.31;ReadPosRankSum=0.729	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:148,0,178
2	20817777	.	C	T	116.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=-0.296;DP=18;FS=5.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.281;QD=6.49;ReadPosRankSum=-0.493	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,5:18:99:145,0,497
2	20818193	.	G	A	298.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=-0.337;DP=17;FS=1.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.107;QD=17.57;ReadPosRankSum=0.144	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,9:17:99:327,0,279
2	20818286	.	A	C	228.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.792;ClippingRankSum=-0.201;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.068;QD=16.34;ReadPosRankSum=1.027	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,7:14:99:257,0,236
2	20818347	.	T	C	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.632;ClippingRankSum=-1.110;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.849;QD=5.12;ReadPosRankSum=0.326	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,4:15:99:105,0,423
2	20818454	.	T	A	64.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=-0.778;DP=14;FS=5.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.401;QD=4.63;ReadPosRankSum=0.311	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,3:14:93:93,0,759
2	20818458	.	G	A	64.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.382;DP=11;FS=6.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.715;QD=5.89;ReadPosRankSum=-0.566	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:93:93,0,759
2	20818764	.	C	T	245.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;ClippingRankSum=-1.733;DP=15;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.933;QD=16.38;ReadPosRankSum=1.600	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,9:14:99:274,0,163
2	20823724	.	T	C	680.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:709,51,0
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2	23865260	.	T	C	520.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:549,39,0
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2	24167473	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	24223142	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=0.942;DP=16;FS=2.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.269;QD=3.30;ReadPosRankSum=-0.942	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,3:16:81:81,0,502
2	24224040	.	A	G	130.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=32.70;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:24:159,0,24
2	24224043	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:69:69,0,148
2	24225006	.	A	G	161.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=26.96;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:28:190,0,28
2	24225621	.	T	C	136.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:164,12,0
2	24252417	.	T	C	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
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2	24384424	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
2	24390517	.	G	A	143.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:171,12,0
2	24429971	.	G	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
2	24430319	.	C	T	79.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=19.95;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:25:108,0,25
2	24462883	.	C	T	176.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:205,15,0
2	24462915	.	G	C	326.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:355,24,0
2	24463398	.	T	G	239.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:268,18,0
2	24463987	.	A	G	319.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:348,24,0
2	24464495	.	A	T	393.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:422,30,0
2	24468197	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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2	24587593	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	24587597	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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2	24985607	.	T	C	246.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=-0.380;DP=12;FS=5.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.689;QD=20.56;ReadPosRankSum=0.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,7:12:99:275,0,183
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2	25046090	.	T	C	632.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=-0.018;DP=33;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.235;QD=19.17;ReadPosRankSum=1.826	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,18:33:99:661,0,562
2	25047502	.	A	G	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=14.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:73,0,36
2	25047910	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:78,0,36
2	25049159	.	A	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
2	25050977	.	T	C	426.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.222;ClippingRankSum=-0.209;DP=32;FS=5.121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.766;QD=13.34;ReadPosRankSum=-0.095	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,14:32:99:455,0,676
2	25053410	.	C	T	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=6.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:60:60,0,72
2	25053828	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=10.94;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:72:72,0,73
2	25055915	.	C	A	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=9.94;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:61:68,0,61
2	25141538	.	A	G	658.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.345;DP=31;FS=5.401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.359;QD=21.25;ReadPosRankSum=-0.426	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,19:31:99:687,0,418
2	25142806	.	T	G	85.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.45;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:24:114,0,24
2	25469502	.	C	T	344.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:373,27,0
2	25536827	.	G	A	45.85	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.28;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:17:74,0,17
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2	26447147	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	26481446	.	A	G	229.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:18:258,18,0
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2	27293150	.	G	T	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.248;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=8.42;ReadPosRankSum=0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:104,0,232
2	27315252	.	G	A	277.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.733;DP=10;FS=2.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.898;QD=27.78;ReadPosRankSum=-1.733	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,8:10:50:306,0,50
2	27324669	.	C	T	180.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.383;ClippingRankSum=-0.365;DP=10;FS=2.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=18.08;ReadPosRankSum=-1.866	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,6:10:99:209,0,151
2	27324724	.	G	C	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
2	27324751	.	G	T	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=16.55;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:32:111,0,32
2	27354173	.	C	A	1646.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,39:39:99:1675,117,0
2	27355991	.	G	T	1317.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.098;ClippingRankSum=-0.825;DP=62;FS=1.049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.441;QD=21.25;ReadPosRankSum=1.723	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,36:58:99:1346,0,752
2	27356278	.	T	C	212.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.067;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=26.60;ReadPosRankSum=1.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:63:241,0,63
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2	27566702	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	27574159	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
2	27580240	.	G	A	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=1.666;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=3.86;ReadPosRankSum=-1.666	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:63:63,0,523
2	27580241	.	T	G	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=1.666;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.179;QD=3.86;ReadPosRankSum=-1.666	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:63:63,0,523
2	27580247	.	A	G	203.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=25.47;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:62:232,0,62
2	27580260	.	A	G	161.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.361;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.876;QD=17.97;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:190,0,130
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2	29092850	.	G	T	243.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.519;ClippingRankSum=-1.064;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.304;QD=12.19;ReadPosRankSum=1.140	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,9:20:99:272,0,404
2	29149050	.	A	C	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
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2	32391231	.	G	A	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:30:80,0,30
2	32426822	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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2	32447718	.	C	T	258.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.784;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.537;QD=13.62;ReadPosRankSum=-0.784	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,8:19:99:287,0,416
2	32447868	.	A	G	375.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=1.826;DP=12;FS=2.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.107;QD=31.31;ReadPosRankSum=-1.826	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,10:12:53:404,0,53
2	32534395	.	A	G	92.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=23.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:121,0,34
2	32535691	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,245
2	32535692	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,245
2	32667182	.	G	C	605.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:634,45,0
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2	32822957	.	G	A	316.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=-0.088;DP=24;FS=4.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.263;QD=13.20;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,10:24:99:345,0,525
2	32843295	.	A	T	49.06	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=10;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=4.91;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:11:98,0,11
2	32855615	.	A	G	945.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:974,69,0
2	32983526	.	C	T	159.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=22.82;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:65:188,0,65
2	33037217	.	G	A	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:72,0,35
2	33037244	.	C	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
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2	33585796	.	T	C	685.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:714,51,0
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2	36635947	.	T	C	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
2	36704133	.	A	G	390.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.268;ClippingRankSum=-0.996;DP=18;FS=1.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.362;QD=21.71;ReadPosRankSum=0.362	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,11:18:99:419,0,232
2	36704144	.	C	T	823.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:60:852,60,0
2	36751519	.	T	C	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
2	36776271	.	C	G	608.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.303;ClippingRankSum=0.702;DP=23;FS=4.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.305;QD=26.47;ReadPosRankSum=-1.036	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,16:23:99:637,0,226
2	36788616	.	A	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
2	36810586	.	T	C	596.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=-0.099;DP=39;FS=4.677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.042;QD=15.30;ReadPosRankSum=0.241	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,17:39:99:625,0,874
2	36825137	.	G	A	64.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.382;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=5.89;ReadPosRankSum=-0.382	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:93:93,0,309
2	36825268	.	G	A	100.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DP=11;FS=4.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.663;QD=9.16;ReadPosRankSum=0.597	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,4:11:99:129,0,259
2	37066018	.	T	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
2	37066163	.	C	T	79.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:107,9,0
2	37067499	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
2	37069885	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	37072266	.	C	G	237.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:266,18,0
2	37073803	.	G	A	189.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=-1.743;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.839;QD=13.55;ReadPosRankSum=2.001	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,6:14:99:218,0,305
2	37073809	.	T	C	497.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:36:526,36,0
2	37074951	.	G	A	458.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:487,33,0
2	37075013	.	T	A	268.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:297,21,0
2	37075397	.	T	G	485.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:514,36,0
2	37179433	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
2	37306343	.	G	A	307.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:336,24,0
2	37323427	.	A	G	77.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=15.55;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:71:106,0,71
2	37325108	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	37327244	.	A	G	783.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:812,57,0
2	37327614	.	T	C	47.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=-0.158;DP=29;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.613;QD=1.65;ReadPosRankSum=0.474	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,4:29:76:76,0,1184
2	37327662	.	T	C	549.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=-0.274;DP=14;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.369;QD=30.41;ReadPosRankSum=1.004	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,12:14:41:578,0,41
2	37327666	.	T	C	236.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=-0.984;DP=15;FS=2.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.099;QD=15.78;ReadPosRankSum=1.215	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,7:15:99:265,0,401
2	37327684	.	A	C	932.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:67:961,67,0
2	37327702	.	T	C	1021.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.513;ClippingRankSum=0.982;DP=27;FS=9.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.239;QD=32.69;ReadPosRankSum=0.664	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,19:27:99:1050,0,239
2	37328008	.	T	C	246.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.369;ClippingRankSum=-0.379;DP=25;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.728;QD=9.87;ReadPosRankSum=0.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,8:25:99:275,0,1125
2	37328012	.	T	C	123.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=-1.362;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.124;QD=5.89;ReadPosRankSum=-0.206	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,5:21:99:152,0,1144
2	37328013	.	T	C	401.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=-0.760;DP=20;FS=3.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.912;QD=20.09;ReadPosRankSum=0.076	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,11:20:99:430,0,373
2	37328034	.	T	C	1030.31	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.616;ClippingRankSum=0.913;DP=18;FS=3.039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.773;QD=31.76;ReadPosRankSum=0.351	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:2,16:18:1:1056,1,0
2	37328042	.	T	C	285.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.239;DP=22;FS=1.731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.648;QD=12.99;ReadPosRankSum=1.331	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,8:22:99:314,0,610
2	37328075	.	T	C	838.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.532;ClippingRankSum=-1.626;DP=29;FS=6.467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.118;QD=28.92;ReadPosRankSum=1.061	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,20:29:99:867,0,284
2	37328082	.	T	C	529.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=-0.617;DP=27;FS=6.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.765;QD=19.62;ReadPosRankSum=0.567	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,16:27:99:558,0,742
2	37328087	.	T	C	329.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=-0.168;DP=28;FS=1.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.983;QD=11.78;ReadPosRankSum=1.702	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,10:28:99:358,0,687
2	37328097	.	T	C	885.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=-0.761;DP=26;FS=4.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.517;QD=34.07;ReadPosRankSum=-2.404	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,20:26:99:914,0,176
2	37328362	.	G	T	578.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:607,42,0
2	37328683	.	T	C	153.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=-1.196;DP=28;FS=1.882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.321;QD=5.49;ReadPosRankSum=-0.437	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,6:27:99:182,0,927
2	37328764	.	T	C	68.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.408;DP=25;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.371;QD=2.75;ReadPosRankSum=0.927	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,4:25:97:97,0,814
2	37329098	.	T	C	13.95	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.667;ClippingRankSum=-1.032;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.079;QD=0.87;ReadPosRankSum=0.873	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,2:16:42:42,0,563
2	37329180	.	T	C	95.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.510;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.170;QD=5.63;ReadPosRankSum=0.170	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,4:17:99:124,0,490
2	37329214	.	T	C	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.55;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:71:71,0,122
2	37329307	.	T	C	203.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=-0.143;DP=11;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.717;QD=18.52;ReadPosRankSum=-1.031	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,6:11:99:232,0,183
2	37329347	.	T	C	117.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=-1.652;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=13.09;ReadPosRankSum=0.361	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:146,0,180
2	37329352	.	T	C	67.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.382;DP=11;FS=12.175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=6.16;ReadPosRankSum=-0.382	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:96:96,0,323
2	37329534	.	A	C	440.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:469,33,0
2	37329741	.	T	C	19.81	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.888;DP=13;FS=3.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.283;QD=1.52;ReadPosRankSum=-1.086	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:48:48,0,450
2	37329978	.	T	C	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=-2.239;DP=11;FS=17.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.825;QD=2.62;ReadPosRankSum=1.768	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:57:57,0,352
2	37330431	.	T	C	52.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.39	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,2:2:26:81,0,26
2	37330436	.	T	C	52.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:26:81,0,26
2	37331016	.	T	C	15.88	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=-1.722;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.670;QD=0.72;ReadPosRankSum=-0.096	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,3:22:44:44,0,1236
2	37331019	.	T	C	68.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=2.126;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.992;QD=3.44;ReadPosRankSum=-1.276	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,4:20:97:97,0,765
2	37331025	.	T	C	211.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=-0.465;DP=19;FS=1.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.056;QD=11.15;ReadPosRankSum=-0.803	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,7:19:99:240,0,546
2	37331038	.	T	C	118.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=-1.408;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.825;QD=10.80;ReadPosRankSum=0.143	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,5:11:99:147,0,347
2	37331065	.	T	C	183.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=-0.927;DP=17;FS=4.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.634;QD=10.81;ReadPosRankSum=-0.244	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,7:17:99:212,0,517
2	37331077	.	T	C	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.072;DP=15;FS=2.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.371;QD=2.12;ReadPosRankSum=0.505	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,3:15:60:60,0,886
2	37331116	.	T	C	139.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=-1.256;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.212;QD=9.98;ReadPosRankSum=0.271	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,5:13:99:168,0,724
2	37331119	.	T	C	283.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.694;ClippingRankSum=-1.905;DP=17;FS=14.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.106;QD=16.69;ReadPosRankSum=1.164	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,9:16:99:312,0,342
2	37331161	.	T	C	371.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.259;DP=12;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.467;QD=30.98;ReadPosRankSum=0.869	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,6:12:99:400,0,215
2	37331171	.	T	C	371.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=25.49;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:99:400,0,215
2	37331510	.	T	C	25.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.826;ClippingRankSum=1.611;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.537;QD=2.15;ReadPosRankSum=0.107	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:54:54,0,386
2	37331525	.	T	C	183.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.813;ClippingRankSum=1.813;DP=12;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.869;QD=15.31;ReadPosRankSum=-2.426	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,6:12:99:212,0,226
2	37331531	.	T	C	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=7.90;ReadPosRankSum=-0.289	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,4:12:99:123,0,266
2	37331614	.	T	C	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.495;QD=4.97;ReadPosRankSum=-0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:63:63,0,204
2	37331645	.	T	C	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,188
2	37331711	.	T	C	23.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=-0.151;DP=21;FS=2.318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.050;QD=1.13;ReadPosRankSum=1.457	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,3:21:52:52,0,881
2	37331745	.	T	C	172.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=1.573;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.163;QD=10.80;ReadPosRankSum=-0.271	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,6:16:99:201,0,944
2	37331750	.	T	C	172.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=1.133;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.133;QD=10.80;ReadPosRankSum=1.133	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,5:16:99:201,0,944
2	37331929	.	T	C	235.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.420;DP=23;FS=1.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.484;QD=10.25;ReadPosRankSum=1.194	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,8:23:99:264,0,624
2	37331933	.	T	C	148.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=-0.805;DP=23;FS=4.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.455;QD=6.47;ReadPosRankSum=1.295	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,6:23:99:177,0,717
2	37332024	.	T	C	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=-0.213;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.468;QD=3.44;ReadPosRankSum=0.298	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,4:22:99:104,0,689
2	37332042	.	T	C	22.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=-2.648;DP=26;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.043;QD=0.88;ReadPosRankSum=1.204	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,3:26:51:51,0,942
2	37332187	.	T	C	55.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.701;ClippingRankSum=0.567;DP=17;FS=3.328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.189;QD=3.28;ReadPosRankSum=-0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,3:17:84:84,0,551
2	37429677	.	A	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,159
2	37431389	.	A	G	68.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.517;ClippingRankSum=-0.322;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=8.60;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:97:97,0,188
2	37431681	.	A	G	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=9.44;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:66:66,0,73
2	37456032	.	C	T	1115.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,28:28:84:1144,84,0
2	37899310	.	A	G	113.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.421;DP=9;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.638;QD=12.64;ReadPosRankSum=-0.421	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:142,0,143
2	37899418	.	A	G	398.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:427,30,0
2	37901225	.	G	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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2	38296890	.	T	C	865.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.294;DP=33;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.803;QD=26.24;ReadPosRankSum=-0.294	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,23:33:99:894,0,324
2	38297170	.	C	A	777.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.461;DP=34;FS=5.284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.532;QD=22.88;ReadPosRankSum=-0.496	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,21:34:99:806,0,468
2	38297515	.	G	T	749.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=-0.292;DP=32;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.759;QD=23.43;ReadPosRankSum=0.448	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,20:32:99:778,0,424
2	38298150	.	A	G	669.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=-0.152;DP=42;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.202;QD=15.95;ReadPosRankSum=0.581	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,19:42:99:698,0,854
2	38298203	.	C	G	785.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=-0.709;DP=34;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.744;QD=23.11;ReadPosRankSum=0.106	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,21:34:99:814,0,468
2	38298952	.	A	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
2	38429763	.	T	C	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
2	38793330	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:78,0,35
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2	39492102	.	T	C	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
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2	39499011	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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2	39583446	.	A	G	588.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:617,42,0
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2	39705156	.	G	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
2	39714650	.	G	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
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2	40341388	.	T	C	130.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=26.15;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:30:159,0,30
2	40341605	.	G	A	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:71,0,36
2	40341660	.	C	T	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=-0.406;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=14.13;ReadPosRankSum=1.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:113,0,114
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2	42396722	.	A	G	384.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=1.209;DP=26;FS=8.852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.077;QD=14.80;ReadPosRankSum=-1.209	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,12:26:99:413,0,502
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2	42510018	.	A	G	995.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1024,75,0
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2	42936547	.	A	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
2	42950753	.	G	A	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
2	42981239	.	A	G	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:76,0,34
2	42981990	.	C	T	279.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:308,21,0
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2	43306685	.	G	A	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
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2	44296547	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	44296548	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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2	46908796	.	T	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
2	46987300	.	T	G	112.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.180;ClippingRankSum=-0.536;DP=12;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.289;QD=9.40;ReadPosRankSum=0.929	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,4:12:99:141,0,281
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2	47131335	.	C	A	890.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=-1.334;DP=42;FS=4.360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.013;QD=21.21;ReadPosRankSum=1.233	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,24:42:99:919,0,651
2	47131851	.	C	T	190.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.589;ClippingRankSum=1.067;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=23.85;ReadPosRankSum=-1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:67:219,0,67
2	47184490	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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2	47292440	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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2	47959106	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	47959119	.	C	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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2	48667992	.	C	A	141.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:169,12,0
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2	48808898	.	C	T	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:77,0,37
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2	48822381	.	G	A	115.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=-1.754;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=16.54;ReadPosRankSum=-0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:144,0,111
2	50666688	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:31:39,0,31
2	51957943	.	C	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
2	54091481	.	T	C	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=-0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.988;QD=14.79;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:117,0,109
2	54135936	.	T	C	567.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=-0.987;DP=22;FS=7.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.211;QD=25.81;ReadPosRankSum=0.846	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,15:22:99:596,0,237
2	54139895	.	A	G	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.19;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:70:77,0,70
2	54198267	.	C	T	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=13.96;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:66:112,0,66
2	54198295	.	G	T	219.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:248,18,0
2	54200930	.	G	A	273.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:302,21,0
2	54201107	.	C	G	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
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2	54202448	.	T	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
2	54278533	.	G	T	111.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=18.63;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:73:140,0,73
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2	54280195	.	G	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
2	54312153	.	A	T	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
2	54335963	.	C	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
2	54785845	.	T	C	372.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=0.304;DP=20;FS=3.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.456;QD=18.64;ReadPosRankSum=-0.304	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,11:20:99:401,0,320
2	54790598	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
2	54858511	.	C	T	1111.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1140,78,0
2	54886347	.	G	A	932.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:80:961,80,0
2	54888497	.	C	T	320.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:349,24,0
2	54888533	.	T	C	269.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:298,21,0
2	54889136	.	G	A	401.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:430,30,0
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2	55201038	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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2	55334338	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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2	55445518	.	C	T	180.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:209,15,0
2	55447732	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
2	55449464	.	T	C	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=9.15;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:74:74,0,113
2	55452971	.	A	G	93.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:27:122,0,27
2	55459094	.	C	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
2	55459373	.	T	G	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=22.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:117,0,34
2	55460605	.	A	T	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:79,0,33
2	55460833	.	C	G	122.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.550;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.937;QD=17.54;ReadPosRankSum=-0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:151,0,110
2	55461053	.	A	G	78.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=19.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:28:107,0,28
2	55461570	.	A	T	188.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:217,15,0
2	55461823	.	T	A	130.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=21.79;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:66:159,0,66
2	55490819	.	G	T	368.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=-0.811;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.521;QD=15.37;ReadPosRankSum=0.869	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,11:24:99:397,0,472
2	55509853	.	C	G	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
2	55510627	.	C	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
2	55516588	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	55756704	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
2	55758653	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
2	55760940	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	55764456	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
2	55764906	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:32:78,0,32
2	55771161	.	A	G	934.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:963,66,0
2	55775724	.	A	G	443.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.227;ClippingRankSum=1.371;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.660;QD=29.58;ReadPosRankSum=-1.516	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,12:15:89:472,0,89
2	55776793	.	G	A	982.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=-1.624;DP=39;FS=1.329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.641;QD=25.20;ReadPosRankSum=1.862	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,26:39:99:1011,0,440
2	55805440	.	T	C	536.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:565,39,0
2	55843638	.	C	T	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
2	55844105	.	C	T	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
2	55845351	.	T	C	32.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=4.68;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:61:61,0,201
2	55861696	.	A	T	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
2	55888413	.	G	A	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
2	55902395	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
2	55904526	.	A	C	43.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:71,6,0
2	55907352	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	55907357	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	56093204	.	G	C	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=8.95;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:73:73,0,121
2	58388696	.	A	G	446.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:475,33,0
2	58389692	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
2	58395281	.	T	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
2	61153082	.	G	T	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
2	61157119	.	C	A	78.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=19.70;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:22:107,0,22
2	61242722	.	T	C	142.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=28.56;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:24:171,0,24
2	61242727	.	A	C	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=1.221;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.684;QD=10.35;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:111,0,421
2	61242739	.	C	T	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.956;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=10.35;ReadPosRankSum=1.221	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:111,0,421
2	61242759	.	A	G	26.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=3.35;ReadPosRankSum=1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:55:55,0,231
2	61275980	.	T	C	197.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.743;ClippingRankSum=-0.581;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.452;QD=14.13;ReadPosRankSum=0.452	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,6:14:99:226,0,295
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2	64951411	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
2	65245365	.	G	A	1142.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1171,81,0
2	65246123	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
2	65283174	.	G	A	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=15.35;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:64:105,0,64
2	65296798	.	G	A	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=17.75;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:75:117,0,75
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2	65303582	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:75,0,37
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2	65496187	.	G	A	720.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.147;ClippingRankSum=-0.952;DP=48;FS=4.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.889;QD=15.02;ReadPosRankSum=2.353	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,20:48:99:749,0,1042
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2	65561889	.	C	T	315.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=-0.795;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.353;QD=17.54;ReadPosRankSum=1.236	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,9:18:99:344,0,330
2	66794834	.	G	A	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
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2	66797451	.	T	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
2	66798282	.	G	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
2	67572247	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	67572248	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	67627581	.	T	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
2	67637196	.	G	A	273.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:302,21,0
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2	68402012	.	G	T	1652.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,39:39:99:1681,117,0
2	68402830	.	G	C	239.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:18:268,18,0
2	68402835	.	A	G	239.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:268,18,0
2	68405545	.	A	G	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
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2	69688897	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:78:78,0,92
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2	69688902	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=24.88;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:78:78,0,92
2	69688903	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=24.88;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:78:78,0,92
2	69690187	.	A	G	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:102,0,194
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2	69870301	.	C	A	260.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:289,21,0
2	69871554	.	G	A	137.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:165,12,0
2	69871806	.	G	A	91.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:119,9,0
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2	70039224	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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2	70056866	.	A	G	237.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:266,21,0
2	70106832	.	T	C	270.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:299,21,0
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2	70131791	.	T	A	163.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.652;ClippingRankSum=-0.361;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=18.20;ReadPosRankSum=0.361	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:192,0,131
2	70131964	.	A	C	20.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=-0.185;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.370;QD=1.49;ReadPosRankSum=1.849	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,3:12:49:49,0,300
2	70162534	.	T	G	398.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.202;DP=24;FS=1.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.087;QD=16.62;ReadPosRankSum=-0.375	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,12:24:99:427,0,433
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2	70504926	.	A	G	585.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:614,42,0
2	70504972	.	G	C	500.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:529,36,0
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2	70676098	.	G	A	817.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:846,60,0
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2	71163086	.	T	C	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
2	71190384	.	C	T	96.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:124,12,0
2	71203342	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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2	73957124	.	A	G	1143.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1172,81,0
2	73964842	.	G	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
2	74007136	.	T	C	96.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=2.285;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.371;QD=6.45;ReadPosRankSum=-2.415	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,4:15:99:125,0,405
2	74056564	.	A	G	356.22	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=-1.107;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.423;QD=32.38;ReadPosRankSum=1.423	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,10:11:4:383,0,4
2	74091327	.	T	C	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
2	74091805	.	C	T	186.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:215,15,0
2	74093652	.	T	C	141.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:169,12,0
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2	74172133	.	C	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
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2	75119119	.	C	T	313.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=0.265;DP=18;FS=1.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.883;QD=17.43;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,9:18:99:342,0,355
2	75119865	.	C	T	680.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.029;DP=24;FS=26.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.381;QD=28.37;ReadPosRankSum=-0.439	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,14:24:99:709,0,843
2	75119869	.	T	G	680.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.282;DP=28;FS=17.926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.929;QD=24.31;ReadPosRankSum=-0.188	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,17:28:99:709,0,843
2	75148429	.	C	T	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
2	75185856	.	G	T	348.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.481;ClippingRankSum=-0.184;DP=40;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.071;QD=8.72;ReadPosRankSum=0.184	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,14:40:99:377,0,930
2	75188019	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	75505999	.	G	A	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=14.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:72,0,33
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2	85572223	.	A	T	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
2	85572227	.	C	T	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
2	85584988	.	T	C	24.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=6.20;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:53:53,0,79
2	85594106	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
2	85622059	.	T	C	506.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=-0.913;DP=23;FS=1.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.535;QD=22.03;ReadPosRankSum=-0.787	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,14:23:99:535,0,325
2	85765205	.	C	A	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:80,0,35
2	85765439	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
2	85765441	.	T	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
2	85766545	.	C	T	47.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
2	85769246	.	G	A	173.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:202,15,0
2	85769711	.	C	G	1093.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=1.442;DP=70;FS=6.416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.537;QD=15.63;ReadPosRankSum=-1.975	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:39,31:70:99:1122,0,1525
2	85769975	.	A	G	229.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.068;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.068;QD=16.41;ReadPosRankSum=-1.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,7:14:99:258,0,261
2	85773228	.	A	G	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=7.55;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:66:66,0,117
2	85773368	.	T	C	78.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=-0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=13.13;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:94:107,0,94
2	85773401	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
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2	85781318	.	T	G	686.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:715,54,0
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2	85808871	.	C	T	1073.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.346;ClippingRankSum=-0.753;DP=66;FS=8.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.818;QD=16.27;ReadPosRankSum=1.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:36,30:66:99:1102,0,1354
2	85808982	.	T	C	850.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.206;ClippingRankSum=-0.813;DP=53;FS=1.042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.224;QD=16.05;ReadPosRankSum=1.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:29,24:53:99:879,0,1088
2	85818886	.	C	T	223.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.278;DP=11;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.278;QD=20.34;ReadPosRankSum=0.278	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,7:11:99:252,0,140
2	85820301	.	A	T	196.81	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=28.12;ReadPosRankSum=-0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:20:225,0,20
2	85824039	.	G	A	791.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.786;ClippingRankSum=-0.852;DP=73;FS=0.912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.177;QD=10.85;ReadPosRankSum=1.100	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:47,25:72:99:820,0,1858
2	85826132	.	G	A	156.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.470;DP=10;FS=2.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.676;QD=15.68;ReadPosRankSum=0.103	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:185,0,182
2	85826721	.	G	A	231.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.794;ClippingRankSum=-1.331;DP=15;FS=9.249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=15.45;ReadPosRankSum=1.099	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,7:15:99:260,0,288
2	85834641	.	T	G	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.589;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=4.72;ReadPosRankSum=1.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:66:66,0,236
2	85836941	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	85836942	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	85873424	.	C	T	17.84	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=5.95;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:46,0,36
2	85981761	.	T	C	274.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:303,21,0
2	85992929	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	86001769	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
2	86249930	.	T	C	29.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.067;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=3.31;ReadPosRankSum=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:58:58,0,271
2	86250128	.	T	C	20.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=-1.061;DP=11;FS=12.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.354;QD=1.89;ReadPosRankSum=0.118	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:49:49,0,362
2	86250615	.	T	C	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=-0.898;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:60:60,0,319
2	86251099	.	T	C	113.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.300;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=14.22;ReadPosRankSum=-0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:142,0,337
2	86251104	.	T	C	113.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.937;DP=8;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.937;QD=14.22;ReadPosRankSum=-1.300	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:142,0,337
2	86251145	.	T	C	202.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=1.191;DP=12;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.259;QD=16.90;ReadPosRankSum=-0.869	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,6:12:99:231,0,504
2	86251151	.	T	C	202.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=1.093;DP=13;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.101;QD=15.60;ReadPosRankSum=0.660	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,6:13:99:231,0,504
2	86253206	.	T	C	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=-0.910;DP=16;FS=2.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.182;QD=4.99;ReadPosRankSum=0.546	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,4:16:99:108,0,462
2	86253742	.	T	C	56.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=-0.704;DP=25;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.630;QD=2.27;ReadPosRankSum=0.778	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,4:25:85:85,0,831
2	86315741	.	C	T	983.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1012,72,0
2	86317037	.	G	C	865.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:894,63,0
2	86340613	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	86354704	.	T	C	279.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:308,21,0
2	86358999	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
2	86359086	.	C	T	231.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:260,18,0
2	86363855	.	G	C	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
2	86365713	.	G	A	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
2	86365884	.	G	A	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
2	86366522	.	T	A	308.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:337,27,0
2	86366572	.	T	C	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
2	86367741	.	C	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
2	86368804	.	G	A	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
2	86385728	.	C	T	863.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.429;ClippingRankSum=-0.072;DP=39;FS=8.149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.447;QD=22.15;ReadPosRankSum=0.794	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,24:39:99:892,0,468
2	86400824	.	G	A	1173.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1202,87,0
2	86437898	.	C	T	662.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:691,48,0
2	86438600	.	T	C	738.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:767,54,0
2	86440436	.	T	C	87.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:115,9,0
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2	95950045	.	A	C	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.15;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:74:74,0,114
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2	96076409	.	C	T	135.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:163,12,0
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2	96490920	.	T	C	15.88	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.691;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.493;QD=1.22;ReadPosRankSum=-0.691	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:44:44,0,454
2	96495394	.	T	C	37.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.286;ClippingRankSum=-0.950;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.062;QD=1.99;ReadPosRankSum=0.503	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,3:19:66:66,0,631
2	96495420	.	T	C	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=-0.041;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.197;QD=4.08;ReadPosRankSum=-1.115	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,5:21:99:114,0,604
2	96495454	.	T	C	20.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=-0.322;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.967;QD=1.73;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:49:49,0,373
2	96495564	.	T	C	262.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=-0.898;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=23.89;ReadPosRankSum=0.898	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,8:10:96:291,0,96
2	96495565	.	T	C	262.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.751;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=26.28;ReadPosRankSum=0.751	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,8:9:96:291,0,96
2	96495593	.	T	C	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.979;DP=15;FS=6.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.196;QD=6.32;ReadPosRankSum=0.457	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,4:15:99:123,0,415
2	96495859	.	T	C	159.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=-1.361;DP=20;FS=4.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.619;QD=7.99;ReadPosRankSum=-0.454	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,6:20:99:188,0,699
2	96495864	.	T	C	505.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=-1.264;DP=18;FS=4.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.515;QD=28.10;ReadPosRankSum=2.482	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,12:18:99:534,0,200
2	96495895	.	T	C	246.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.689;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.529;QD=20.56;ReadPosRankSum=0.529	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,7:12:99:275,0,185
2	96495898	.	T	C	235.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=-0.935;DP=13;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.811;QD=18.14;ReadPosRankSum=0.101	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,7:13:99:264,0,229
2	96495900	.	T	C	66.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.775;ClippingRankSum=-0.592;DP=13;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.254;QD=5.14;ReadPosRankSum=1.268	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,3:13:95:95,0,428
2	96496092	.	T	C	92.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=-0.478;DP=18;FS=10.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.053;QD=5.15;ReadPosRankSum=0.265	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,4:18:99:121,0,555
2	96496199	.	T	C	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=-0.614;DP=20;FS=2.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.992;QD=3.99;ReadPosRankSum=0.047	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,4:20:99:108,0,597
2	96496484	.	T	C	217.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=31.11;ReadPosRankSum=-0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:22:246,0,22
2	96496488	.	T	C	29.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=-0.762;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=3.31;ReadPosRankSum=0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:58:58,0,312
2	96496491	.	T	C	362.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:391,27,0
2	96496824	.	T	C	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=-1.203;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.573;QD=8.42;ReadPosRankSum=-0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:104,0,243
2	96496852	.	T	C	329.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=0.382;DP=11;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=29.98;ReadPosRankSum=-1.531	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,8:11:93:358,0,93
2	96496862	.	T	C	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=-0.573;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=7.86;ReadPosRankSum=-0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:99,0,367
2	96496879	.	T	C	24.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=1.067;DP=8;FS=9.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=3.10;ReadPosRankSum=-0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:53:53,0,270
2	96496884	.	T	C	229.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:18:258,18,0
2	96496888	.	T	C	229.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:18:258,18,0
2	96496907	.	T	C	363.18	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.348;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.393;QD=32.47;ReadPosRankSum=-1.044	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,9:10:10:391,0,10
2	96497017	.	T	C	175.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=29.29;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:58:204,0,58
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2	96497030	.	T	C	133.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=26.75;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:99:162,0,147
2	96497199	.	T	C	160.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=26.80;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:22:189,0,22
2	96497288	.	T	C	21.80	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=3.63;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:50:50,0,384
2	96497294	.	T	C	66.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=11.13;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:95:95,0,100
2	96497303	.	T	C	252.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.762;DP=9;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.179;QD=28.09;ReadPosRankSum=-1.666	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:57:281,0,57
2	96497305	.	T	C	135.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.159;DP=9;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=15.09;ReadPosRankSum=-0.876	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:164,0,459
2	96497387	.	T	C	310.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.612;DP=19;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.776;QD=16.36;ReadPosRankSum=1.347	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,9:19:99:339,0,420
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2	96499875	.	T	C	25.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=1.296;DP=11;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.589;QD=2.34;ReadPosRankSum=0.118	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:54:54,0,338
2	96500072	.	G	T	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.248;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.422;QD=8.42;ReadPosRankSum=-0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:104,0,232
2	96500435	.	T	C	32.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=4.68;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:61:61,0,286
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2	98277804	.	C	T	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:75,0,36
2	98373006	.	C	T	361.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=-0.636;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.909;QD=25.84;ReadPosRankSum=0.636	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,10:14:99:390,0,133
2	98409046	.	G	A	310.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.766;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.177;QD=20.72;ReadPosRankSum=-0.648	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,9:15:99:339,0,172
2	98475831	.	G	A	20.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=-0.825;DP=11;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.825;QD=1.89;ReadPosRankSum=0.354	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:49:49,0,330
2	98611994	.	G	T	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=15.95;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:57:108,0,57
2	98612260	.	T	C	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=22.19;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:99:117,0,152
2	98612266	.	A	G	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=17.75;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:99:117,0,152
2	99084882	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
2	99149946	.	G	A	624.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.33	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:653,45,0
2	99157009	.	A	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
2	99172244	.	A	G	487.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.081;ClippingRankSum=-1.334;DP=27;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.315;QD=18.07;ReadPosRankSum=1.577	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,14:27:99:516,0,406
2	99185423	.	C	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
2	99193496	.	C	T	289.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.295;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.059;QD=19.32;ReadPosRankSum=-0.412	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,9:15:99:318,0,214
2	99195111	.	A	C	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
2	99197017	.	T	C	131.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:159,12,0
2	99202747	.	G	C	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
2	99203008	.	A	G	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
2	99204428	.	C	T	841.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:870,60,0
2	99205962	.	T	C	231.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:260,18,0
2	99216531	.	A	G	581.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:610,42,0
2	99216593	.	T	A	454.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:483,33,0
2	99219206	.	T	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
2	99220707	.	T	C	190.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:219,15,0
2	99221088	.	A	G	186.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:15:215,15,0
2	99221095	.	A	G	186.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:15:215,15,0
2	99221939	.	C	T	311.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:340,24,0
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2	99229019	.	C	A	166.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=2.450;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.336;QD=16.68;ReadPosRankSum=-2.450	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:195,0,370
2	99229020	.	A	G	166.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=2.450;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.851;QD=16.68;ReadPosRankSum=-2.450	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:195,0,370
2	99231805	.	C	G	362.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.33	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:391,27,0
2	99232312	.	G	A	174.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:203,15,0
2	99233781	.	C	T	264.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:293,21,0
2	99233894	.	T	C	235.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:264,18,0
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2	99239475	.	T	C	116.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.937;QD=16.68;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:93:145,0,93
2	99239497	.	G	A	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=8.95;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:73:73,0,115
2	99239931	.	C	T	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.642;ClippingRankSum=-1.529;DP=17;FS=2.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.170;QD=5.57;ReadPosRankSum=1.642	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,4:17:99:123,0,505
2	99240243	.	A	T	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DP=7;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=11.97;ReadPosRankSum=-0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:112,0,153
2	99443602	.	C	T	110.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.929;ClippingRankSum=0.000;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.134;QD=9.23;ReadPosRankSum=-0.289	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,4:12:99:139,0,288
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2	99812273	.	A	G	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.216;ClippingRankSum=0.535;DP=34;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.486;QD=2.55;ReadPosRankSum=1.362	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:29,5:34:99:115,0,1087
2	99812289	.	A	G	260.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=-1.388;DP=24;FS=1.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.001;QD=10.87;ReadPosRankSum=-1.581	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,8:23:99:289,0,569
2	99812290	.	A	G	66.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.095;ClippingRankSum=0.284;DP=24;FS=2.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.608;QD=2.78;ReadPosRankSum=-2.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,4:23:95:95,0,1361
2	99812398	.	A	G	26.78	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.087;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.571;QD=1.12;ReadPosRankSum=0.262	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,3:24:55:55,0,881
2	99812429	.	A	G	97.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=-0.778;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.495;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.071	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,4:14:99:126,0,415
2	99812509	.	A	G	39.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.859;ClippingRankSum=-0.653;DP=21;FS=6.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.151;QD=1.89;ReadPosRankSum=-0.151	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,3:21:68:68,0,717
2	99812787	.	A	G	334.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=1.304;DP=25;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.581;QD=13.39;ReadPosRankSum=0.416	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,10:25:99:363,0,585
2	99812808	.	A	G	20.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=-1.480;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.875;QD=1.60;ReadPosRankSum=1.678	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:49:49,0,428
2	99812951	.	A	G	210.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.301;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.835;QD=9.16;ReadPosRankSum=0.434	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,7:23:99:239,0,633
2	99812978	.	A	G	97.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.371;ClippingRankSum=-0.457;DP=16;FS=2.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.196;QD=6.11;ReadPosRankSum=0.979	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,4:15:99:126,0,976
2	99812988	.	A	G	97.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.076;ClippingRankSum=-1.076;DP=17;FS=6.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.942;QD=5.75;ReadPosRankSum=-1.076	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,3:16:99:126,0,976
2	99818612	.	T	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.69;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:73:75,0,73
2	99930099	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
2	99934416	.	T	C	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:77,0,33
2	99992822	.	A	C	1301.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=-1.270;DP=53;FS=3.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.955;QD=24.56;ReadPosRankSum=0.603	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,34:53:99:1330,0,650
2	99995804	.	T	C	930.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=-1.025;DP=42;FS=1.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.076;QD=22.16;ReadPosRankSum=0.999	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,25:42:99:959,0,612
2	100016542	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
2	100016849	.	G	A	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.19;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:73:73,0,78
2	100018271	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
2	100019496	.	A	G	262.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=1.395;DP=17;FS=8.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.241;QD=15.46;ReadPosRankSum=-1.876	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,9:17:99:291,0,269
2	100022617	.	G	A	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:78,0,35
2	100025460	.	A	G	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
2	100026349	.	A	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
2	100055158	.	T	C	468.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.735;DP=22;FS=4.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.269;QD=21.31;ReadPosRankSum=-0.935	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,13:22:99:497,0,314
2	100055506	.	A	G	591.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=1.010;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.459;QD=24.66;ReadPosRankSum=-1.010	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,16:24:99:620,0,269
2	101009385	.	C	T	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=10.94;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:72:72,0,77
2	101186088	.	C	T	156.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=1.732;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.184;QD=7.13;ReadPosRankSum=-1.806	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,6:22:99:185,0,624
2	101439580	.	G	A	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
2	101439596	.	G	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
2	101518910	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
2	101580575	.	G	A	403.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.047;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.639;QD=22.43;ReadPosRankSum=-0.140	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,12:18:99:432,0,197
2	101591304	.	A	G	616.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=1.334;DP=24;FS=4.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.127;QD=25.70;ReadPosRankSum=-1.524	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,17:24:99:645,0,218
2	101594191	.	C	T	775.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=-0.317;DP=29;FS=10.347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.098;QD=26.75;ReadPosRankSum=0.610	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,21:29:99:804,0,244
2	101599087	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
2	101599338	.	T	A	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
2	101599375	.	A	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=10.94;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:64:72,0,64
2	101599393	.	C	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:44:78,0,44
2	101605057	.	C	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
2	101610787	.	G	A	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
2	101612584	.	T	A	158.73	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.896;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.278;QD=12.21;ReadPosRankSum=1.246	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,8:12:99:208,0,117
2	101612615	.	T	C	220.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=-2.339;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.201;QD=15.77;ReadPosRankSum=-0.299	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,7:14:99:249,0,260
2	101622909	.	A	G	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=17.95;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:68:118,0,68
2	101624471	.	T	C	199.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.936;ClippingRankSum=-0.201;DP=14;FS=5.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.068;QD=14.27;ReadPosRankSum=0.201	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,7:14:99:228,0,255
2	101638888	.	A	G	287.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.835;ClippingRankSum=0.289;DP=12;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=23.98;ReadPosRankSum=-0.536	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,8:12:99:316,0,130
2	101647894	.	G	A	84.81	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=21.20;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:20:113,0,20
2	101656726	.	T	C	200.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=25.10;ReadPosRankSum=1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:66:229,0,66
2	101659862	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
2	101869588	.	G	T	436.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=-1.383;DP=27;FS=1.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.024;QD=16.18;ReadPosRankSum=1.237	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,14:27:99:465,0,394
2	101889306	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:78,0,37
2	101891360	.	T	C	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-1.495;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=5.82;ReadPosRankSum=1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,195
2	101891387	.	T	C	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=8.95;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:73:73,0,113
2	101896581	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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2	101925026	.	T	C	571.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.574;ClippingRankSum=1.279;DP=28;FS=3.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=20.42;ReadPosRankSum=-1.673	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,19:28:99:600,0,278
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2	102793533	.	C	G	151.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.159;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=16.86;ReadPosRankSum=-1.307	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:180,0,135
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2	102795471	.	C	T	214.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.054;ClippingRankSum=-0.573;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.054;QD=23.86;ReadPosRankSum=1.001	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:99:243,0,102
2	103332590	.	T	G	284.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=-1.708;DP=11;FS=16.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.708;QD=25.89;ReadPosRankSum=1.931	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,8:11:97:313,0,97
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2	103333638	.	G	A	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=7.55;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:66:66,0,107
2	103333705	.	A	G	92.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:30:121,0,30
2	103392807	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	103431404	.	T	C	227.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:256,18,0
2	104267540	.	C	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
2	104267541	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
2	104267543	.	A	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
2	105705507	.	C	T	378.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.992;DP=33;FS=3.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.954;QD=11.48;ReadPosRankSum=-0.168	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,12:33:99:407,0,819
2	105709023	.	T	C	1259.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1288,90,0
2	105713697	.	A	G	543.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.974;ClippingRankSum=0.339;DP=47;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.558;QD=11.57;ReadPosRankSum=-0.492	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:29,18:47:99:572,0,1063
2	105716266	.	A	G	289.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.670;ClippingRankSum=0.477;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=12.07;ReadPosRankSum=-0.239	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,9:24:99:318,0,553
2	105882061	.	G	A	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=17.75;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:75:117,0,75
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2	105885961	.	T	C	339.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=-0.439;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.220;QD=19.99;ReadPosRankSum=0.439	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,10:17:99:368,0,241
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2	105897261	.	C	T	78.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:106,9,0
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2	105952528	.	C	T	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
2	105952825	.	T	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,109
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2	105976344	.	A	G	172.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=28.80;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:28:201,0,28
2	105977227	.	T	C	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:71:71,0,117
2	105978235	.	G	A	108.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=21.75;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:30:137,0,30
2	105979506	.	T	C	94.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:27:123,0,27
2	105980168	.	C	T	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,91
2	105980681	.	C	G	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=7.55;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:66:66,0,97
2	105981109	.	G	A	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
2	105981982	.	G	A	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=-1.537;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.537;QD=14.63;ReadPosRankSum=1.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:116,0,116
2	105982753	.	G	A	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.94;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:75:76,0,75
2	105986161	.	T	C	43.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=14.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:27:72,0,27
2	105986650	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
2	105992043	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	105995617	.	G	C	90.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=18.15;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:71:119,0,71
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2	105998852	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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2	111912681	.	C	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
2	111923630	.	T	G	126.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.937;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.754;QD=18.11;ReadPosRankSum=-0.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:155,0,109
2	111995287	.	A	T	78.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=-1.537;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=13.13;ReadPosRankSum=1.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:107,0,107
2	111997283	.	G	A	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=40.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
2	112001555	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	112004638	.	G	T	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=17.55;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:71:116,0,71
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2	112007716	.	A	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=7.29;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,158
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2	113053228	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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2	113091340	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	113091685	.	T	G	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
2	113092433	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	113094921	.	A	G	141.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:169,12,0
2	113096857	.	G	C	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
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2	113279514	.	A	C	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
2	113280880	.	C	T	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
2	113281346	.	A	C	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
2	113286562	.	A	G	326.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:355,24,0
2	113287329	.	C	G	374.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:403,30,0
2	113287964	.	A	G	660.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:689,51,0
2	113288580	.	G	A	546.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:39:575,39,0
2	113288588	.	C	T	546.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:39:575,39,0
2	113289032	.	A	G	838.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:867,60,0
2	113289701	.	T	G	908.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:937,63,0
2	113303463	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,78
2	113306233	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	113306827	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
2	113333410	.	C	T	799.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=-0.520;DP=26;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.846;QD=30.76;ReadPosRankSum=0.195	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,21:26:99:828,0,144
2	113334225	.	A	G	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.003;ClippingRankSum=0.589;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.296;QD=2.62;ReadPosRankSum=1.532	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:57:57,0,340
2	113334241	.	A	G	409.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:438,30,0
2	113334373	.	A	G	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=9.15;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:74:74,0,102
2	113335619	.	A	T	193.84	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=27.69;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:18:222,0,18
2	113342051	.	G	T	123.80	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=24.76;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:21:152,0,21
2	113346512	.	A	C	248.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=-0.964;DP=32;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.042;QD=7.77;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,9:32:99:277,0,845
2	113371982	.	T	A	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
2	113403662	.	T	C	482.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.610;ClippingRankSum=1.844;DP=24;FS=1.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.029;QD=20.12;ReadPosRankSum=1.669	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,14:24:99:511,0,281
2	113412318	.	G	C	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=23.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:123,0,34
2	113415164	.	G	C	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.94;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:73:76,0,73
2	113421334	.	G	A	357.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=-1.415;DP=17;FS=3.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.927;QD=21.05;ReadPosRankSum=1.025	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,10:17:99:386,0,250
2	113494250	.	T	C	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
2	113494529	.	A	C	132.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:160,12,0
2	113495785	.	T	C	311.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:340,24,0
2	113513825	.	T	C	191.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:220,15,0
2	113611824	.	A	C	195.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:224,15,0
2	113820732	.	T	C	143.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:171,12,0
2	113820814	.	C	G	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
2	113821653	.	T	C	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
2	113822135	.	G	T	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
2	113890304	.	T	C	20.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=-1.396;DP=12;FS=2.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.826;QD=1.73;ReadPosRankSum=0.967	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:49:49,0,349
2	113890586	.	C	G	20.80	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.762;DP=9;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=2.31;ReadPosRankSum=-0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:49:49,0,269
2	113940681	.	T	C	1005.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1034,72,0
2	113940839	.	G	C	734.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:763,54,0
2	113943470	.	A	G	807.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:836,60,0
2	113943995	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	113947759	.	T	C	42.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:70,6,0
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2	113962278	.	C	A	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=8.15;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:69:69,0,94
2	113994510	.	A	G	272.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:301,21,0
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2	114004994	.	A	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
2	114006834	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
2	114009329	.	T	C	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
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2	114011914	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	114019962	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	114023243	.	A	G	662.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:691,48,0
2	114028160	.	G	C	11.83	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=11.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:38,3,0
2	114031821	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
2	114032203	.	A	G	189.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:218,15,0
2	114032535	.	A	G	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
2	114032767	.	T	C	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
2	114033150	.	G	A	190.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:219,15,0
2	114181495	.	T	C	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
2	114220055	.	T	C	816.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=-1.658;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.135;QD=34.03;ReadPosRankSum=0.436	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,21:24:57:845,0,57
2	114341247	.	T	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
2	114342543	.	A	G	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
2	114345906	.	C	T	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.44;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:71:74,0,71
2	114349178	.	G	A	57.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=14.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:32:86,0,32
2	114349539	.	T	A	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=9.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,114
2	114349633	.	G	A	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.15;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:74:74,0,114
2	114349672	.	A	G	71.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=-0.684;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.221;QD=8.97;ReadPosRankSum=-0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:100,0,184
2	114356085	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	114356087	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	114356088	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	114363841	.	C	T	46.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
2	114385204	.	T	C	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:32:74,0,32
2	114464777	.	C	T	78.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=-0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=13.13;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:107,0,110
2	114465355	.	T	C	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:80,0,33
2	114466116	.	T	C	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.55;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:71:71,0,112
2	114466193	.	G	T	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=14.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:72,0,36
2	114466226	.	T	C	16.86	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.589;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=1.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:45:45,0,234
2	114466298	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,149
2	114466994	.	T	C	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=4.54;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:60:60,0,197
2	114467533	.	T	C	138.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.851;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.453;QD=13.88;ReadPosRankSum=-0.676	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:167,0,181
2	114469135	.	C	G	202.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.248;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=22.53;ReadPosRankSum=0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:99:231,0,107
2	114470778	.	G	A	80.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.937;DP=7;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=11.54;ReadPosRankSum=0.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:109,0,147
2	114480177	.	C	T	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:78,0,35
2	114491830	.	T	G	128.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=25.75;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:30:157,0,30
2	114492135	.	C	T	87.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:115,9,0
2	114498915	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
2	114500131	.	C	A	91.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.95;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:23:120,0,23
2	114514098	.	A	C	384.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=-0.955;DP=17;FS=2.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.251;QD=22.63;ReadPosRankSum=0.553	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,11:17:99:413,0,182
2	114687581	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
2	114715466	.	G	A	12.99	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=-0.850;DP=65;FS=3.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.031;QD=0.20;ReadPosRankSum=-0.963	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:59,6:65:41:41,0,2258
2	114715533	.	G	A	965.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.869;ClippingRankSum=-0.300;DP=66;FS=2.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.239;QD=14.63;ReadPosRankSum=-0.587	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:39,27:66:99:994,0,1478
2	117610587	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	117610592	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	118575215	.	C	G	536.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.387;ClippingRankSum=-1.766;DP=45;FS=4.742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.771;QD=11.93;ReadPosRankSum=1.506	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:29,16:45:99:565,0,1129
2	118581294	.	A	G	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
2	118588622	.	C	T	157.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=2.577;DP=25;FS=2.050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.414;QD=6.31;ReadPosRankSum=-1.368	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,6:25:99:186,0,741
2	118588640	.	C	T	22.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=-0.887;DP=27;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.193;QD=0.84;ReadPosRankSum=1.427	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,3:27:51:51,0,970
2	118588713	.	C	T	313.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.554;ClippingRankSum=-0.365;DP=35;FS=1.391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.678;QD=8.96;ReadPosRankSum=2.242	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,12:35:99:342,0,893
2	118597049	.	A	G	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=9.15;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:74:74,0,75
2	118673663	.	T	C	168.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=-0.921;DP=19;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.745;QD=8.88;ReadPosRankSum=-1.710	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,6:19:99:197,0,520
2	118673738	.	G	A	184.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=-1.464;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.813;QD=11.55;ReadPosRankSum=1.790	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,6:16:99:213,0,389
2	118675578	.	C	T	137.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=-1.423;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.896;QD=8.10;ReadPosRankSum=1.318	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,5:17:99:166,0,472
2	118675743	.	G	A	144.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.133;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.800;QD=10.34;ReadPosRankSum=-0.133	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,5:14:99:173,0,351
2	118676111	.	T	C	408.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=-0.789;DP=25;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.952;QD=16.35;ReadPosRankSum=1.115	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,12:25:99:437,0,484
2	118676836	.	T	C	253.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=-0.372;DP=19;FS=4.242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.784;QD=13.36;ReadPosRankSum=0.206	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,8:19:99:282,0,402
2	118693673	.	G	C	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
2	118708850	.	C	G	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=8.69;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:63:63,0,69
2	118719065	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
2	118729386	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	118737161	.	G	A	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
2	118739286	.	C	T	138.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:166,12,0
2	118771566	.	C	A	176.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=0.634;DP=18;FS=2.003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.906;QD=9.82;ReadPosRankSum=-0.634	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,7:18:99:205,0,409
2	118771663	.	A	G	363.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:392,30,0
2	118772135	.	A	C	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
2	118857706	.	A	T	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
2	118866963	.	C	T	549.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:578,39,0
2	119982846	.	G	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
2	119983250	.	G	A	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.94;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:72:72,0,75
2	119984077	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
2	119984600	.	C	T	132.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:160,12,0
2	119984931	.	G	A	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:74,0,35
2	120004370	.	A	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
2	120014985	.	A	G	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
2	120019610	.	T	C	126.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=25.35;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:29:155,0,29
2	120021319	.	C	T	735.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=-0.690;DP=28;FS=4.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.796;QD=26.28;ReadPosRankSum=0.743	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,21:28:99:764,0,206
2	120021785	.	T	C	1473.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,35:35:99:1502,105,0
2	120021917	.	C	A	292.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=-0.850;DP=23;FS=3.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.157;QD=12.73;ReadPosRankSum=0.787	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,9:23:99:321,0,539
2	120022382	.	C	A	308.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.539;ClippingRankSum=0.202;DP=29;FS=6.037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.517;QD=10.65;ReadPosRankSum=-0.607	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,11:29:99:337,0,1940
2	120022385	.	C	T	502.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=-1.223;DP=28;FS=5.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.976;QD=17.96;ReadPosRankSum=1.411	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,17:28:99:531,0,851
2	120023188	.	A	G	434.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:463,33,0
2	120039012	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
2	120044394	.	C	T	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
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2	120439230	.	C	G	872.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:901,63,0
2	120439459	.	C	A	445.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:474,33,0
2	120443443	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
2	120446469	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
2	120517593	.	C	T	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
2	120641608	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
2	120739236	.	T	C	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
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2	122216419	.	A	G	208.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=-0.296;DP=22;FS=1.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.056;QD=9.49;ReadPosRankSum=0.465	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,7:19:99:237,0,460
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2	123875054	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	126523149	.	T	C	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
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2	128243335	.	T	C	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
2	128254815	.	T	G	90.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=18.15;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:69:119,0,69
2	128258179	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
2	128258208	.	C	A	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
2	128459039	.	A	G	72.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=18.20;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:25:101,0,25
2	128459214	.	C	G	260.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.739;ClippingRankSum=0.225;DP=14;FS=3.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.865;QD=18.63;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,8:14:99:289,0,158
2	128460956	.	G	A	1245.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1274,90,0
2	128464116	.	G	A	207.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.521;DP=15;FS=5.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.058;QD=13.85;ReadPosRankSum=-0.174	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,7:15:99:236,0,264
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2	128602913	.	G	A	204.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=1.186;DP=11;FS=6.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.717;QD=18.62;ReadPosRankSum=-0.717	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,6:11:99:233,0,362
2	128603035	.	T	C	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.94;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:41:76,0,41
2	128603131	.	T	C	10.23	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.12;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:21:38,0,21
2	128603528	.	G	T	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=-1.754;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=12.11;ReadPosRankSum=1.754	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:113,0,137
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2	128620372	.	T	C	104.73	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.386;ClippingRankSum=-0.546;DP=18;FS=2.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=5.82;ReadPosRankSum=1.386	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,11:16:99:253,0,130
2	128661836	.	G	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
2	128757995	.	A	C	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.425;DP=20;FS=2.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.803;QD=4.34;ReadPosRankSum=-0.236	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,4:20:99:115,0,591
2	128767942	.	T	A	332.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=-0.739;DP=21;FS=7.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.528;QD=15.85;ReadPosRankSum=2.711	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,10:21:99:361,0,395
2	128870808	.	T	C	853.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:882,60,0
2	128878014	.	G	A	948.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:977,69,0
2	128943893	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
2	128951080	.	A	G	323.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.956;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=32.58;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:99:352,0,216
2	128951095	.	A	G	168.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=24.11;ReadPosRankSum=-0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:197,0,269
2	128951107	.	A	G	168.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=-1.517;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.684;QD=21.10;ReadPosRankSum=0.684	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:99:197,0,269
2	128951491	.	A	G	101.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.637;ClippingRankSum=-1.468;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=8.48;ReadPosRankSum=-0.929	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,4:12:99:130,0,305
2	128951511	.	A	G	199.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.791;ClippingRankSum=0.811;DP=13;FS=9.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.811;QD=15.37;ReadPosRankSum=0.555	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,6:13:99:228,0,265
2	128951720	.	A	G	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=-1.067;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=4.72;ReadPosRankSum=1.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:66:66,0,397
2	128951723	.	A	G	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=5.40;ReadPosRankSum=1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:66:66,0,397
2	128951910	.	A	G	72.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=9.10;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:99:101,0,236
2	128951920	.	A	G	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=-1.067;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=4.35;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:63:63,0,501
2	128951941	.	A	G	27.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=3.47;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:56:56,0,225
2	128952677	.	A	G	12.99	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.934;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.783;QD=0.87;ReadPosRankSum=-1.104	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,2:15:41:41,0,485
2	129018064	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
2	129024961	.	A	G	541.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.138;DP=31;FS=3.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.929;QD=17.48;ReadPosRankSum=-0.059	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,16:31:99:570,0,473
2	129076387	.	C	A	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=5.82;ReadPosRankSum=-0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,382
2	129076396	.	C	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,382
2	129275781	.	T	C	310.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:339,24,0
2	130784584	.	G	A	77.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=11.11;ReadPosRankSum=-0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:106,0,149
2	130808928	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=24.88;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:69:78,0,69
2	130808935	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:69:78,0,69
2	130809039	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:74:81,0,74
2	130809044	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:74:81,0,74
2	130809065	.	T	C	211.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=1.067;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=26.47;ReadPosRankSum=-0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:61:240,0,61
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2	130813200	.	T	C	239.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:18:268,18,0
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2	130815657	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
2	130815670	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
2	130815704	.	T	C	142.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=17.85;ReadPosRankSum=-1.920	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:99:171,0,108
2	130815705	.	T	C	374.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:27:403,27,0
2	130815706	.	T	C	374.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:27:403,27,0
2	130815713	.	T	C	374.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:403,27,0
2	130815725	.	T	C	162.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.876;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.729;QD=18.09;ReadPosRankSum=0.361	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:191,0,123
2	130816328	.	T	C	130.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=21.79;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:72:159,0,72
2	130816329	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,399
2	130816330	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,399
2	130817333	.	T	C	233.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.762;DP=9;FS=10.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=25.97;ReadPosRankSum=0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:50:262,0,50
2	130817346	.	T	C	295.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=-1.580;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=29.58;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,7:10:96:324,0,96
2	130817350	.	T	C	17.84	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=-0.118;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.825;QD=1.62;ReadPosRankSum=-2.003	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:46:46,0,494
2	130817396	.	T	C	72.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.937;QD=10.40;ReadPosRankSum=0.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:101,0,149
2	130817693	.	T	C	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
2	130818345	.	T	C	78.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.550;DP=7;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.300;QD=11.25;ReadPosRankSum=-0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:107,0,151
2	130909882	.	C	G	179.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.301;ClippingRankSum=-0.635;DP=25;FS=1.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.030;QD=7.19;ReadPosRankSum=0.393	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,7:25:99:208,0,694
2	130915669	.	T	C	35.31	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=11.77;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:1:61,0,1
2	130916286	.	C	T	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.550;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=12.11;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:113,0,142
2	130916415	.	A	G	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.82;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:104,0,144
2	130916608	.	T	C	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=21.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:30:113,0,30
2	130916653	.	T	C	238.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:267,18,0
2	130916665	.	T	C	32.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=-1.179;DP=9;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=3.64;ReadPosRankSum=-0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:61:61,0,258
2	130916696	.	T	C	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=-1.754;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.937;QD=12.25;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:114,0,317
2	130916700	.	T	C	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.300;ClippingRankSum=-1.754;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=12.25;ReadPosRankSum=-0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:114,0,317
2	130917142	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:28:81,0,28
2	130917167	.	T	C	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=12.79;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:105,0,115
2	130918026	.	G	A	115.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=-0.536;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=9.65;ReadPosRankSum=0.825	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,4:12:99:144,0,326
2	130921986	.	G	C	16.86	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=2.199;DP=27;FS=2.716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.810;QD=0.62;ReadPosRankSum=-1.813	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,3:27:45:45,0,956
2	130925088	.	C	T	243.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=1.493;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.101;QD=18.75;ReadPosRankSum=-1.493	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,7:13:99:272,0,232
2	130939288	.	A	G	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=1.920;DP=8;FS=17.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=8.85;ReadPosRankSum=-0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:99,0,182
2	130939348	.	G	A	18.82	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=1.733;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=1.88;ReadPosRankSum=1.271	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:47:47,0,273
2	130942184	.	G	A	140.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:168,12,0
2	130943974	.	G	C	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=14.29;ReadPosRankSum=-0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:114,0,102
2	130987859	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	130987863	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	130987871	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	130988113	.	A	G	364.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:393,27,0
2	131104049	.	C	T	1410.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.015;ClippingRankSum=-0.895;DP=57;FS=2.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.761;QD=24.75;ReadPosRankSum=0.844	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,37:57:99:1439,0,668
2	131118538	.	A	G	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:76,0,33
2	131119817	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
2	131120744	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
2	131131002	.	T	G	50.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.045;ClippingRankSum=-0.264;DP=32;FS=43.321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.305;QD=1.59;ReadPosRankSum=0.102	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,10:32:79:79,0,806
2	131432704	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
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2	131672271	.	T	C	299.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:328,24,0
2	131672950	.	A	G	176.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.954;ClippingRankSum=0.660;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.935;QD=13.60;ReadPosRankSum=-1.200	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,6:13:99:205,0,273
2	131673316	.	C	T	127.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=21.29;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:69:156,0,69
2	131673702	.	G	A	121.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=20.29;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:58:150,0,58
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2	131688587	.	G	A	155.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.313;ClippingRankSum=-1.092;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.212;QD=11.98;ReadPosRankSum=1.256	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,5:13:99:184,0,296
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2	131798737	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	131800943	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	131802045	.	C	T	378.18	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=1.107;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.107;QD=34.38;ReadPosRankSum=-1.423	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,10:11:10:406,0,10
2	131805984	.	G	T	1336.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,37:37:99:1365,111,0
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2	132041624	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
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2	132044397	.	G	T	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=22.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:118,0,34
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2	132233199	.	C	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
2	132269860	.	C	T	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:72:72,0,78
2	132270956	.	A	G	135.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=33.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:67:164,0,67
2	132270966	.	A	G	135.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=27.15;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:67:164,0,67
2	132271382	.	A	G	80.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.300;DP=7;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=11.54;ReadPosRankSum=-0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:109,0,156
2	132271439	.	A	G	160.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.336;DP=10;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.103;QD=16.08;ReadPosRankSum=0.103	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:189,0,182
2	132271482	.	A	G	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=1.067;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.589;QD=4.72;ReadPosRankSum=1.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:66:66,0,237
2	132271513	.	A	G	239.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.067;DP=9;FS=3.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=26.64;ReadPosRankSum=0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:59:268,0,59
2	132271532	.	A	G	127.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.922;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=15.97;ReadPosRankSum=-0.421	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:156,0,145
2	132272083	.	A	G	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.69;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:74:123,0,74
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2	132272471	.	A	G	130.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=21.79;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:63:159,0,63
2	132272543	.	A	G	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:71,0,37
2	132274521	.	C	T	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.197;ClippingRankSum=-0.315;DP=17;FS=2.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.567;QD=2.99;ReadPosRankSum=0.441	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,3:17:79:79,0,495
2	132279046	.	G	T	124.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.300;QD=17.82;ReadPosRankSum=-0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:153,0,112
2	132443698	.	C	T	259.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:288,21,0
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2	132481245	.	T	G	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
2	132481426	.	G	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
2	132481508	.	C	G	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=5.63;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:62:62,0,149
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2	133012945	.	T	C	897.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:66:926,66,0
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2	133013026	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
2	133013084	.	T	C	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=7.95;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:37:68,0,37
2	133013108	.	A	G	137.96	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=27.59;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,4:5:5:165,5,0
2	133013144	.	A	G	1373.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=-0.178;DP=35;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.675;QD=31.77;ReadPosRankSum=1.599	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:2,33:35:50:1402,50,0
2	133013175	.	T	G	686.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:715,48,0
2	133013183	.	A	G	686.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:48:715,48,0
2	133013189	.	A	G	686.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:48:715,48,0
2	133013192	.	T	A	67.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=-1.109;DP=12;FS=2.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.740;QD=5.65;ReadPosRankSum=1.664	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,3:12:96:96,0,319
2	133014828	.	A	G	398.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:427,33,0
2	133014847	.	A	G	370.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:32:399,32,0
2	133015136	.	A	G	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
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2	133035863	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
2	133036530	.	A	G	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=7.46;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:73:73,0,87
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2	133036703	.	A	T	25.78	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=2.043;DP=41;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.330;QD=0.63;ReadPosRankSum=-1.472	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:37,4:41:54:54,0,1510
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2	133038142	.	C	G	977.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:69:1006,69,0
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2	133038166	.	T	C	2029.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,48:48:99:2058,144,0
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2	133038180	.	G	C	2327.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,44:44:99:2356,160,0
2	133038188	.	T	C	2327.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,43:43:99:2356,160,0
2	133038217	.	T	G	1235.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1264,87,0
2	133038221	.	C	T	1235.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:87:1264,87,0
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2	133038228	.	C	T	1235.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:87:1264,87,0
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2	133038476	.	T	C	601.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:630,42,0
2	133038491	.	T	C	601.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:630,42,0
2	133038494	.	T	C	601.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:630,42,0
2	133038526	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	133038530	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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2	133038760	.	A	G	1159.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:87:1188,87,0
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2	133174764	.	C	T	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=-1.529;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.170;QD=5.28;ReadPosRankSum=1.302	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,4:17:99:118,0,507
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2	135209142	.	G	A	354.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:383,27,0
2	135209154	.	A	G	353.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:382,27,0
2	135209591	.	C	T	358.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:387,27,0
2	135628406	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
2	135697249	.	T	A	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=16.35;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:75:110,0,75
2	135711516	.	C	T	553.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=-0.662;DP=21;FS=1.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.428;QD=26.37;ReadPosRankSum=0.895	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,15:21:99:582,0,165
2	135711657	.	G	A	644.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=-0.879;DP=27;FS=1.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.979;QD=23.88;ReadPosRankSum=0.326	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,17:27:99:673,0,367
2	135713703	.	G	A	165.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.361;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.876;QD=18.42;ReadPosRankSum=-0.361	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:194,0,148
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2	138773229	.	G	A	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.69;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:75:75,0,79
2	139122047	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	139228769	.	G	C	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
2	139259222	.	A	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
2	139326879	.	G	C	233.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:262,18,0
2	139329256	.	C	T	406.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:435,30,0
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2	140666838	.	T	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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2	140713848	.	T	G	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
2	140714683	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
2	143722839	.	A	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
2	143747623	.	G	C	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:80,0,36
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2	148687061	.	A	T	53.70	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:95,9,0
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2	149934100	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
2	149992590	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
2	150009488	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	150050074	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
2	150328912	.	T	C	96.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:124,9,0
2	150329726	.	G	C	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
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2	152334823	.	A	G	101.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=20.35;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:75:130,0,75
2	152334838	.	A	G	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:76,0,37
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2	153504552	.	G	A	333.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.581;ClippingRankSum=-0.465;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.403;QD=14.51;ReadPosRankSum=0.403	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,10:23:99:362,0,469
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2	157181925	.	A	C	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:80,0,33
2	157189011	.	G	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
2	157406249	.	G	A	611.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:640,45,0
2	157439857	.	A	G	498.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:527,39,0
2	157440644	.	G	C	591.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:47:620,47,0
2	158626980	.	C	T	968.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:997,69,0
2	158636910	.	G	A	793.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:822,57,0
2	158655962	.	G	C	441.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=-0.136;DP=25;FS=3.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.897;QD=17.67;ReadPosRankSum=-0.245	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,13:25:99:470,0,429
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2	159385972	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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2	160095470	.	T	A	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.380;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=6.79;ReadPosRankSum=-1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:69:69,0,152
2	160099278	.	G	A	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
2	160101461	.	A	T	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:80,0,33
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2	160625727	.	C	G	90.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:27:119,0,27
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2	160627317	.	C	G	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.19;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:70:73,0,70
2	160738677	.	G	A	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
2	160758831	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
2	160759168	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
2	160953049	.	C	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
2	160957626	.	A	T	412.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:441,30,0
2	160957824	.	C	G	1659.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:99:1688,114,0
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2	160959286	.	C	T	237.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:266,18,0
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2	162020542	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
2	162032662	.	T	C	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
2	162040881	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	162052675	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	162059817	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	162092640	.	G	A	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,116
2	162135095	.	A	T	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
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2	162135230	.	T	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
2	162135231	.	G	T	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
2	162135307	.	C	T	93.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:31:122,0,31
2	162135373	.	T	G	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
2	162135382	.	T	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
2	162135391	.	T	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:12:180,12,0
2	162135525	.	G	A	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:9:132,9,0
2	162135534	.	G	A	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
2	162135611	.	G	A	189.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.365;DP=10;FS=2.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.133;QD=18.98;ReadPosRankSum=0.365	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,6:10:99:218,0,660
2	162135621	.	T	C	154.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=-0.278;DP=11;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.278;QD=14.07;ReadPosRankSum=0.678	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,4:11:99:183,0,1032
2	162135622	.	C	T	154.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=-0.896;DP=11;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.278;QD=14.07;ReadPosRankSum=0.597	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,4:11:99:183,0,1032
2	162135627	.	G	C	154.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=-0.244;DP=12;FS=5.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.134;QD=12.90;ReadPosRankSum=0.135	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,5:12:99:183,0,1032
2	162135657	.	A	T	108.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=-0.678;DP=11;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.278;QD=9.89;ReadPosRankSum=1.034	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,4:11:99:137,0,258
2	162135663	.	C	T	331.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:24:360,24,0
2	162135667	.	C	T	331.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:24:360,24,0
2	162135827	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
2	162135853	.	G	T	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
2	162135864	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	162135872	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	162136094	.	G	C	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.44;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:72:74,0,72
2	162136109	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	162136113	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	162136471	.	C	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,159
2	162136473	.	A	G	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
2	162136477	.	G	A	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,155
2	162136509	.	A	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
2	162136562	.	G	C	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
2	162136590	.	C	T	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:77,0,34
2	162137374	.	A	T	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
2	162137385	.	T	C	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
2	162138646	.	A	C	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
2	162138724	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
2	162138824	.	C	G	286.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:315,21,0
2	162138832	.	C	T	286.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:315,21,0
2	162138839	.	C	T	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.377;ClippingRankSum=-0.382;DP=11;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=6.71;ReadPosRankSum=1.377	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:99:102,0,655
2	162138842	.	G	A	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DP=11;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.715;QD=6.71;ReadPosRankSum=0.715	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:99:102,0,655
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2	166748948	.	C	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
2	166770120	.	A	G	93.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:122,0,33
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2	170559264	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
2	170559824	.	G	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
2	170562735	.	C	G	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.19;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:113,0,34
2	170592709	.	A	G	274.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=-0.715;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.865;QD=19.63;ReadPosRankSum=0.627	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,8:14:99:303,0,222
2	170605981	.	C	T	266.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:295,24,0
2	170607064	.	C	A	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=16.95;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:76:113,0,76
2	170607283	.	T	C	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=-1.537;DP=6;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=13.29;ReadPosRankSum=1.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:108,0,101
2	170607750	.	A	G	217.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.555;DP=13;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.101;QD=16.75;ReadPosRankSum=-0.377	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,7:13:99:246,0,220
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2	171850207	.	G	A	21.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.589;ClippingRankSum=1.479;DP=12;FS=23.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.185;QD=1.82;ReadPosRankSum=-2.219	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,3:12:50:50,0,587
2	171910313	.	C	T	794.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:823,57,0
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2	172178281	.	T	C	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=5.11;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:64:64,0,189
2	172178501	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.69;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:75:75,0,75
2	172179534	.	T	C	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=6.79;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:69:69,0,163
2	172179940	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:81:81,0,83
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2	172411273	.	G	A	305.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:334,24,0
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2	172412510	.	T	C	195.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:224,15,0
2	172412907	.	A	C	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
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2	172414462	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
2	172414486	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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2	172710604	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	172710619	.	A	G	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
2	172725301	.	A	G	140.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:168,12,0
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2	172946315	.	T	G	117.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=-0.361;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=13.09;ReadPosRankSum=0.361	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:146,0,187
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2	173030200	.	A	G	376.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:405,27,0
2	173030203	.	C	T	376.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:405,27,0
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2	173030915	.	C	T	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
2	173188228	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	173188230	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	173333988	.	T	G	113.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.124;ClippingRankSum=0.783;DP=23;FS=8.966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.484;QD=4.95;ReadPosRankSum=-1.081	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,5:23:99:142,0,723
2	173339808	.	G	A	423.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=-0.162;DP=28;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.230;QD=15.13;ReadPosRankSum=0.116	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,12:28:99:452,0,614
2	173346361	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
2	173352103	.	C	T	853.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:882,63,0
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2	173369231	.	A	G	1193.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,28:28:84:1222,84,0
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2	174073748	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
2	174075761	.	G	A	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
2	174076273	.	T	C	46.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
2	174087747	.	A	C	419.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:448,33,0
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2	174090771	.	A	G	16.86	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.783;ClippingRankSum=-2.123;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.085;QD=1.12;ReadPosRankSum=1.953	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,2:15:45:45,0,495
2	174091088	.	T	C	543.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.33	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:572,39,0
2	174128513	.	C	T	496.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:525,36,0
2	174229348	.	G	A	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:56:74,0,56
2	174232622	.	C	T	350.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=-2.728;DP=28;FS=22.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.411;QD=12.53;ReadPosRankSum=2.681	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,11:28:99:379,0,616
2	174232845	.	T	C	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.118;DP=11;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.118;QD=2.62;ReadPosRankSum=-0.354	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:57:57,0,361
2	174233041	.	A	G	186.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.271;DP=16;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.271;QD=11.67;ReadPosRankSum=-0.163	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,6:16:99:215,0,389
2	174768101	.	G	A	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
2	174772928	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	174937467	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
2	174998576	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
2	175038776	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	175174600	.	A	T	271.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:300,21,0
2	175213041	.	T	C	540.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:569,39,0
2	175232771	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
2	175263063	.	G	A	38.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=6.46;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:67:67,0,142
2	176041963	.	A	T	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
2	176043618	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
2	176046257	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
2	176046415	.	G	A	833.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:862,63,0
2	176789373	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.69;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:71:75,0,71
2	176789478	.	T	C	71.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=17.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:100,0,33
2	176791084	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:28:81,0,28
2	176791181	.	T	C	94.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.59	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,3:3:24:123,0,24
2	176791182	.	T	C	94.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.59	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,3:3:24:123,0,24
2	176791183	.	T	C	94.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.70;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:24:123,0,24
2	176791642	.	G	A	129.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=25.95;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:30:158,0,30
2	176792805	.	T	A	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.69;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:75:75,0,79
2	176792929	.	G	A	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=-1.300;DP=7;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=12.11;ReadPosRankSum=1.300	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:113,0,130
2	176793016	.	G	A	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=12.63;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:104,0,107
2	176794417	.	T	C	164.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=0.361;DP=9;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.307;QD=18.31;ReadPosRankSum=-0.361	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:193,0,138
2	177043205	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
2	177065909	.	C	A	12.99	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=1.86;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:41:41,0,128
2	177975443	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
2	177975450	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
2	178085137	.	G	A	799.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:828,57,0
2	178085827	.	C	T	1212.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1241,87,0
2	178087165	.	G	T	675.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:704,48,0
2	178087387	.	T	C	907.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:936,66,0
2	178087779	.	T	G	752.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:781,54,0
2	178088144	.	A	C	214.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:243,18,0
2	178103229	.	A	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
2	178117765	.	C	T	136.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:164,12,0
2	178130071	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	178148470	.	A	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
2	178303981	.	C	T	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
2	178406481	.	C	T	322.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:351,24,0
2	178407897	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	178414641	.	T	C	63.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:91,9,0
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2	181290886	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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2	183876928	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
2	187364811	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
2	187369832	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	187370043	.	A	G	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.44;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:114,0,33
2	187491140	.	G	A	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:79,0,37
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2	190526205	.	C	T	245.84	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=-0.747;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.747;QD=30.73;ReadPosRankSum=0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:18:274,0,18
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2	191301368	.	A	G	283.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.661;DP=23;FS=1.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.094;QD=12.34;ReadPosRankSum=-0.724	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,9:23:99:312,0,515
2	191365666	.	G	A	26.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.480;QD=2.68;ReadPosRankSum=0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:55:55,0,313
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2	191373775	.	C	T	213.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:242,18,0
2	191402685	.	A	C	277.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:306,21,0
2	191402698	.	A	C	209.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=-0.742;DP=7;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=29.97;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:54:238,0,54
2	191402702	.	T	C	209.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.573;DP=9;FS=13.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.573;QD=23.31;ReadPosRankSum=2.054	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:54:238,0,54
2	191402710	.	T	C	304.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.96	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,8:8:33:333,0,33
2	191402712	.	T	C	304.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.751;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=33.86;ReadPosRankSum=0.751	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,8:9:33:333,0,33
2	191402713	.	A	G	304.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.751;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=33.86;ReadPosRankSum=0.751	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,8:9:33:333,0,33
2	191402748	.	A	T	307.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=-1.003;DP=13;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.540;QD=23.67;ReadPosRankSum=0.849	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,9:13:79:336,0,79
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2	192168288	.	G	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
2	192170389	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
2	192172414	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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2	192560423	.	A	G	125.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-0.421;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.421;QD=15.72;ReadPosRankSum=0.421	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:154,0,147
2	192701393	.	A	G	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=8.44;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:62:62,0,78
2	196522885	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	196524783	.	C	T	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
2	196998557	.	T	G	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
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2	197000907	.	G	A	105.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=-1.368;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.017;QD=13.22;ReadPosRankSum=1.368	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:134,0,137
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2	198257795	.	T	C	1628.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,39:39:99:1657,117,0
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2	198362018	.	T	C	2531.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,59:59:99:2560,177,0
2	198365043	.	C	G	565.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:594,45,0
2	198572305	.	G	A	106.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.825;DP=12;FS=6.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.468;QD=8.90;ReadPosRankSum=-0.289	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,4:12:99:135,0,310
2	200790050	.	A	G	92.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:121,0,34
2	200792498	.	G	T	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
2	200792881	.	C	T	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
2	200794870	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	200795165	.	C	T	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=10.94;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:72:72,0,76
2	200801184	.	C	T	13.95	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.493;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.283;QD=1.07;ReadPosRankSum=-0.493	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:42:42,0,413
2	200804172	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	201171014	.	G	C	133.80	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=6;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=22.30;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:21:162,0,21
2	201181428	.	T	C	27.75	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:55,6,0
2	201252335	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
2	201253956	.	A	G	783.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.892;ClippingRankSum=0.550;DP=63;FS=1.023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.021;QD=12.44;ReadPosRankSum=0.178	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:40,23:63:99:812,0,1513
2	201308540	.	T	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
2	201339557	.	C	T	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.69;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:75:75,0,76
2	201354244	.	G	A	134.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=26.96;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:25:163,0,25
2	201354935	.	C	G	195.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=1.422;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.203;QD=21.75;ReadPosRankSum=-1.422	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:99:224,0,105
2	201369519	.	G	A	30.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=-0.898;DP=10;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=3.08;ReadPosRankSum=0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:59:59,0,323
2	201390951	.	G	A	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
2	201675353	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	201676441	.	G	A	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=0.988;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=14.13;ReadPosRankSum=-0.988	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:113,0,119
2	201686666	.	C	T	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
2	201694786	.	T	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
2	201754897	.	A	G	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=6.96;ReadPosRankSum=-1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:70:70,0,153
2	201754974	.	A	G	78.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=-0.956;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.684;QD=9.85;ReadPosRankSum=1.920	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:107,0,185
2	201774185	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:81,0,34
2	201774393	.	T	C	138.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:166,12,0
2	201774685	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
2	201842323	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
2	201842561	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
2	201842569	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
2	201929072	.	T	C	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
2	202025621	.	A	G	350.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.606;ClippingRankSum=2.113;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.761;QD=25.05;ReadPosRankSum=-1.606	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,10:13:97:379,0,97
2	202028832	.	A	G	38.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=6.46;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:67:67,0,155
2	202029160	.	G	T	433.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=1.083;DP=15;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.516;QD=28.92;ReadPosRankSum=-1.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,12:15:85:462,0,85
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2	202032607	.	A	G	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=6.40;ReadPosRankSum=-0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:73:73,0,102
2	202033322	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:72:78,0,72
2	202036292	.	G	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
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2	202050677	.	A	G	130.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=26.15;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:28:159,0,28
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2	202082668	.	A	G	170.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=28.46;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:27:199,0,27
2	202082730	.	A	G	334.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.768;ClippingRankSum=-1.296;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.768;QD=30.43;ReadPosRankSum=-0.354	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,9:11:24:363,0,24
2	202082736	.	A	G	111.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=-0.365;DP=10;FS=2.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.741;QD=11.18;ReadPosRankSum=-0.365	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:140,0,280
2	202082737	.	A	G	24.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.898;DP=10;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.480;QD=2.48;ReadPosRankSum=0.898	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:53:53,0,602
2	202083057	.	A	G	63.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.254;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.268;QD=4.91;ReadPosRankSum=-0.423	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,3:13:92:92,0,383
2	202083872	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:81,0,33
2	202083899	.	A	G	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=10.69;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:71:71,0,75
2	202122995	.	A	G	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:29:77,0,29
2	202137664	.	T	C	359.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=-1.099;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.930;QD=23.98;ReadPosRankSum=2.113	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,10:13:86:388,0,86
2	202151362	.	A	G	26.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=3.83;ReadPosRankSum=-0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:55:55,0,198
2	202242961	.	G	A	322.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:351,24,0
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2	202260049	.	G	A	312.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:341,24,0
2	202264156	.	C	T	541.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:570,39,0
2	202345476	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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2	203168235	.	C	G	1046.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=-0.658;DP=36;FS=6.296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.534;QD=29.08;ReadPosRankSum=0.438	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,27:36:99:1075,0,289
2	203241747	.	C	T	21.80	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=13.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=3.11;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:50:50,0,188
2	203421199	.	G	A	307.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.694;ClippingRankSum=-0.212;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.741;QD=19.24;ReadPosRankSum=0.106	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,9:16:99:336,0,201
2	203425475	.	C	T	201.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.365;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.383;QD=20.18;ReadPosRankSum=-0.365	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,6:10:99:230,0,144
2	203431804	.	A	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
2	203631359	.	G	A	116.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.937;QD=16.68;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:145,0,106
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2	203631447	.	C	T	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=-0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=14.79;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:117,0,246
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2	204169060	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
2	204169830	.	T	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
2	204170170	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
2	204292517	.	T	C	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
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2	204305093	.	T	C	518.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:547,42,0
2	204306356	.	A	G	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=17.55;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:57:116,0,57
2	204306452	.	T	C	325.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:354,27,0
2	204309325	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
2	204322298	.	T	C	295.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:324,24,0
2	204629202	.	T	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:43:81,0,43
2	204629207	.	T	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:43:81,0,43
2	204629210	.	G	T	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:43:81,0,43
2	205829991	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	206364737	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
2	206480927	.	C	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
2	206481573	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
2	206610502	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	206874339	.	G	A	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=8.94;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:64:64,0,74
2	206921451	.	G	A	186.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:215,15,0
2	206980474	.	G	A	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
2	206981427	.	T	C	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:77,0,37
2	206981759	.	T	C	47.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.93;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:26:76,0,26
2	206981896	.	T	C	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:80,0,36
2	206983075	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:36:39,0,36
2	206983298	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,40
2	206987015	.	A	G	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:65:65,0,153
2	206987096	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
2	206987253	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:29:78,0,29
2	206987270	.	T	C	161.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=26.96;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:28:190,0,28
2	206987319	.	T	C	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,186
2	206987340	.	T	C	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=11.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:63,0,37
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2	206988751	.	A	G	311.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=-0.337;DP=17;FS=5.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.107;QD=18.34;ReadPosRankSum=0.144	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,9:17:99:340,0,304
2	206998050	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
2	207006676	.	T	C	356.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.745;DP=44;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.934;QD=8.11;ReadPosRankSum=1.042	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,12:43:99:385,0,1216
2	207008763	.	C	A	241.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.717;ClippingRankSum=1.591;DP=41;FS=3.317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.709;QD=5.90;ReadPosRankSum=-1.496	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:32,9:41:99:270,0,1238
2	207024107	.	G	C	405.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=-0.767;DP=32;FS=3.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.230;QD=12.68;ReadPosRankSum=1.228	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,13:32:99:434,0,694
2	207024190	.	G	A	24.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=3.10;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:53:53,0,188
2	207025444	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
2	207026131	.	G	A	843.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.165;ClippingRankSum=0.095;DP=33;FS=5.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.470;QD=25.57;ReadPosRankSum=-0.134	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,22:33:99:872,0,371
2	207631461	.	G	A	894.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.583;ClippingRankSum=-1.734;DP=23;FS=4.075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.829;QD=26.63;ReadPosRankSum=1.583	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,22:23:34:923,34,0
2	207632952	.	G	A	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
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2	208465778	.	A	G	360.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:389,27,0
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2	208477852	.	G	A	575.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:604,42,0
2	208477956	.	C	T	437.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:466,33,0
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2	208619082	.	A	G	25.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.826;ClippingRankSum=0.752;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.537;QD=2.15;ReadPosRankSum=-0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:54:54,0,407
2	208619252	.	A	G	64.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=-0.185;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=5.40;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,3:12:93:93,0,358
2	208619320	.	A	G	142.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.796;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.306;QD=9.52;ReadPosRankSum=-1.041	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,5:15:99:171,0,393
2	208619421	.	A	G	64.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.377;ClippingRankSum=0.978;DP=11;FS=6.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=5.89;ReadPosRankSum=0.382	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:93:93,0,433
2	208619461	.	A	G	63.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=0.803;DP=20;FS=5.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.236;QD=3.19;ReadPosRankSum=1.370	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,4:20:92:92,0,943
2	208619462	.	A	G	122.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.528;ClippingRankSum=1.991;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.880;QD=6.46;ReadPosRankSum=0.417	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,5:19:99:151,0,668
2	208619479	.	A	G	743.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=-0.170;DP=17;FS=2.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.170;QD=29.26;ReadPosRankSum=-1.302	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,13:17:99:772,0,105
2	208619491	.	A	G	95.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=1.466;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.003;QD=6.84;ReadPosRankSum=0.077	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,4:13:99:124,0,502
2	208619503	.	A	G	69.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.377;ClippingRankSum=0.382;DP=12;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=5.81;ReadPosRankSum=1.931	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:98:98,0,353
2	208619531	.	A	G	12.99	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=-0.480;DP=11;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.271;QD=1.18;ReadPosRankSum=-1.271	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:41:41,0,529
2	208619585	.	A	G	102.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=-1.001;DP=9;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.573;QD=11.42;ReadPosRankSum=1.203	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:131,0,366
2	208619742	.	A	G	330.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.148;ClippingRankSum=0.880;DP=21;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.246;QD=15.75;ReadPosRankSum=-2.429	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,10:21:99:359,0,740
2	208619749	.	A	G	567.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.126;ClippingRankSum=0.858;DP=22;FS=1.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.261;QD=25.81;ReadPosRankSum=0.410	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,14:21:99:596,0,242
2	208620129	.	A	G	191.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=-1.286;DP=15;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.674;QD=12.78;ReadPosRankSum=0.674	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,5:15:99:220,0,386
2	208620143	.	A	G	61.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.401;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.311;QD=4.41;ReadPosRankSum=2.024	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,3:14:90:90,0,416
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2	208633413	.	T	C	179.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:208,15,0
2	209108718	.	G	A	90.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:118,9,0
2	209108758	.	T	C	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
2	209110386	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
2	209112217	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
2	209179091	.	C	T	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.937;DP=7;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.937;QD=11.40;ReadPosRankSum=-0.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:108,0,156
2	209184999	.	C	T	13.72	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:40,3,0
2	209190330	.	T	C	259.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:288,21,0
2	209190519	.	A	T	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:15:225,15,0
2	209190528	.	C	G	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
2	209191082	.	C	A	405.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:434,30,0
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2	209212707	.	G	A	438.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:467,33,0
2	209214770	.	A	G	364.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:393,27,0
2	209215586	.	A	G	361.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:390,27,0
2	209220157	.	G	T	370.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:399,27,0
2	209220238	.	G	C	314.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:343,24,0
2	209220538	.	G	A	235.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:264,18,0
2	209220644	.	T	A	341.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.930;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.085;QD=26.29;ReadPosRankSum=0.254	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,10:13:82:370,0,82
2	209220673	.	A	T	436.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:465,33,0
2	209220727	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
2	209221580	.	T	C	345.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:374,27,0
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2	210885022	.	C	T	339.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=-0.458;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.599;QD=16.18;ReadPosRankSum=0.458	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,10:21:99:368,0,416
2	210890698	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
2	210898710	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
2	211297650	.	C	G	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=6.29;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:66:66,0,149
2	211298180	.	T	G	65.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=-1.606;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.423;QD=5.06;ReadPosRankSum=1.437	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,3:13:94:94,0,382
2	213867661	.	C	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:29:81,0,29
2	213870894	.	C	T	24.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=4.96;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:53:53,0,110
2	213892167	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	214017117	.	G	A	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
2	215145548	.	A	G	550.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:579,39,0
2	215145555	.	T	C	550.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:39:579,39,0
2	215145558	.	C	T	550.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:39:579,39,0
2	215590410	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	215592290	.	C	G	134.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:162,12,0
2	215593233	.	T	C	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
2	215672041	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
2	215674323	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	215674341	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
2	215796568	.	T	C	355.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:384,27,0
2	215901774	.	C	T	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.550;DP=7;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.97;ReadPosRankSum=1.300	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:112,0,157
2	216009607	.	T	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
2	216176807	.	T	G	450.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=-0.395;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.745;QD=23.72;ReadPosRankSum=0.307	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,13:19:99:479,0,184
2	216190020	.	C	G	1297.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.131;ClippingRankSum=1.385;DP=52;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.566;QD=24.96;ReadPosRankSum=-1.346	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,35:52:99:1326,0,571
2	216198146	.	C	T	56.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=-0.238;DP=59;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.188;QD=0.96;ReadPosRankSum=-0.188	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:53,6:59:85:85,0,2144
2	216211712	.	A	T	451.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:480,33,0
2	216212089	.	C	T	211.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=-0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=30.25;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:25:240,0,25
2	216212279	.	G	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=10.94;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:72:72,0,78
2	216212339	.	T	C	208.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=29.83;ReadPosRankSum=-0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:23:237,0,23
2	216214915	.	C	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
2	216229692	.	A	G	559.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=0.471;DP=25;FS=9.132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.915;QD=22.39;ReadPosRankSum=0.971	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,15:25:99:588,0,357
2	216235089	.	C	T	1015.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1044,72,0
2	216269254	.	T	G	131.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=1.713;DP=19;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.509;QD=6.94;ReadPosRankSum=-1.805	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,5:19:99:160,0,553
2	216272900	.	T	G	577.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:606,42,0
2	216300482	.	T	A	496.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:525,36,0
2	216300789	.	G	C	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:81,6,0
2	216300795	.	C	G	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
2	216807914	.	T	G	191.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=27.40;ReadPosRankSum=-0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:22:220,0,22
2	216808308	.	T	C	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:71,0,37
2	216808375	.	T	C	91.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:119,9,0
2	216808835	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
2	216808840	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
2	216808841	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
2	216808973	.	T	C	12.99	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=4.33;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:41:41,0,80
2	216808974	.	T	C	12.99	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=4.33;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:41:41,0,80
2	216846285	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	216878008	.	C	G	30.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=1.666;DP=9;FS=3.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=3.42;ReadPosRankSum=-1.666	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:59:59,0,281
2	216932811	.	C	G	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
2	216932814	.	G	A	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:81,6,0
2	216978518	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	216978522	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	217012901	.	A	G	1289.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=0.329;DP=48;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.669;QD=26.87;ReadPosRankSum=-0.420	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,34:48:99:1318,0,466
2	217070057	.	G	A	478.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.450;ClippingRankSum=-1.830;DP=51;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.031;QD=9.39;ReadPosRankSum=1.664	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:36,15:51:99:507,0,1390
2	217070248	.	T	C	585.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.270;ClippingRankSum=-0.395;DP=30;FS=1.367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.478;QD=19.53;ReadPosRankSum=0.353	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,16:30:99:614,0,512
2	217070652	.	C	A	488.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=-0.322;DP=24;FS=6.204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.029;QD=20.37;ReadPosRankSum=0.498	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,14:24:99:517,0,355
2	217070766	.	G	A	369.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=-1.680;DP=24;FS=3.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.174;QD=15.41;ReadPosRankSum=1.564	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,11:24:99:398,0,460
2	217364013	.	C	T	1706.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=-1.046;DP=52;FS=17.053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.643;QD=32.82;ReadPosRankSum=1.341	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,45:52:99:1735,0,127
2	217365908	.	T	C	16.86	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=1.480;DP=13;FS=7.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.493;QD=1.30;ReadPosRankSum=-1.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:45:45,0,403
2	217366444	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
2	217366499	.	A	G	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.19;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:117,0,33
2	217366515	.	A	G	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=22.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:28:120,0,28
2	217539469	.	C	T	1144.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.012;ClippingRankSum=-0.695;DP=60;FS=2.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.015;QD=19.08;ReadPosRankSum=0.784	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:29,31:60:99:1173,0,1059
2	217541582	.	T	C	2553.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,60:60:99:2582,181,0
2	217547920	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	217547922	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	217550529	.	T	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
2	218683257	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:75,0,37
2	218712306	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
2	218712606	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	218712726	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
2	218713282	.	G	A	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
2	219082119	.	G	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
2	219082330	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
2	219099260	.	G	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
2	219099484	.	T	C	559.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:588,42,0
2	219099975	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
2	219100002	.	A	G	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.684;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.956;QD=9.97;ReadPosRankSum=0.684	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:108,0,187
2	219100016	.	A	G	63.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.517;ClippingRankSum=-0.322;DP=8;FS=7.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.322;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:92:92,0,193
2	219100028	.	A	G	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.589;QD=3.97;ReadPosRankSum=1.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:60:60,0,235
2	219100087	.	A	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,149
2	219100173	.	A	G	30.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=4.40;ReadPosRankSum=-0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:59:59,0,194
2	219100666	.	A	G	132.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=26.56;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:25:161,0,25
2	219100706	.	A	G	186.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:215,15,0
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2	219117482	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
2	219129060	.	A	G	1737.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,41:41:99:1766,123,0
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2	219206919	.	C	T	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
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2	219269729	.	G	T	485.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=-0.137;DP=25;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.779;QD=19.43;ReadPosRankSum=0.356	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,14:25:99:514,0,396
2	219316421	.	T	C	238.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:267,18,0
2	219318563	.	C	T	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
2	219319657	.	A	G	485.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:514,36,0
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2	219435842	.	C	A	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
2	219458656	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	219498759	.	T	G	68.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=17.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:97,0,34
2	219499706	.	T	C	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=7.95;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:68:68,0,120
2	219499719	.	T	C	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:113,0,34
2	219499975	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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2	220308581	.	A	C	848.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:877,60,0
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2	220333950	.	T	C	268.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:297,21,0
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2	220422029	.	G	A	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.000;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.68;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:96:110,0,96
2	220422400	.	C	G	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:123,0,33
2	220422582	.	G	A	202.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=-0.248;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.422;QD=22.53;ReadPosRankSum=0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:99:231,0,232
2	220422585	.	G	C	202.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=-0.684;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.322;QD=25.35;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:99:231,0,232
2	220422774	.	A	G	441.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.529;ClippingRankSum=0.057;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.661;QD=25.99;ReadPosRankSum=-0.057	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,13:17:99:470,0,128
2	220423769	.	C	G	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=13.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:29:70,0,29
2	220426636	.	G	T	535.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.036;ClippingRankSum=-0.722;DP=41;FS=2.709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.670;QD=13.07;ReadPosRankSum=0.749	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,18:41:99:564,0,843
2	220427680	.	C	T	135.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:163,12,0
2	220427996	.	T	C	89.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:117,9,0
2	220430203	.	C	T	1872.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,44:44:99:1901,132,0
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2	220462640	.	G	T	275.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.33	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:304,21,0
2	220475638	.	T	C	88.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:116,9,0
2	220476443	.	C	T	371.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:400,27,0
2	220479312	.	T	C	181.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:210,15,0
2	220494118	.	A	C	136.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:164,12,0
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2	220500426	.	A	G	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
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2	222826714	.	T	C	50.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.93;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:27:79,0,27
2	222828409	.	G	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
2	222828416	.	A	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
2	222828421	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
2	223424178	.	A	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
2	223436607	.	C	T	981.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.054;ClippingRankSum=0.411;DP=39;FS=3.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.624;QD=25.17;ReadPosRankSum=-0.107	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,27:39:99:1010,0,413
2	223491733	.	C	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
2	223491922	.	A	G	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:32:76,0,32
2	223725749	.	T	G	26.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=-0.898;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.480;QD=2.68;ReadPosRankSum=0.898	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:55:55,0,264
2	223765491	.	C	T	122.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=-1.032;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=5.85;ReadPosRankSum=-0.289	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,5:21:99:151,0,654
2	223807323	.	T	C	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=-1.001;DP=9;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=8.53;ReadPosRankSum=1.422	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:105,0,228
2	223808401	.	A	C	105.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=-0.979;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.588;QD=7.05;ReadPosRankSum=0.718	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,4:15:99:134,0,425
2	223808437	.	G	C	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=-0.898;DP=10;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.898;QD=2.88;ReadPosRankSum=0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:57:57,0,305
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2	225440721	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	227658130	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:78,0,37
2	227661043	.	T	C	69.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.248;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.203;QD=7.75;ReadPosRankSum=-0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:98:98,0,214
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2	228190065	.	A	G	888.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:917,66,0
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2	228420193	.	A	T	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=-0.406;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=5.68;ReadPosRankSum=-0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:68:68,0,117
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2	231031365	.	A	G	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
2	231031376	.	A	G	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
2	231032977	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	231032983	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	231033288	.	A	C	134.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:162,12,0
2	231033516	.	C	T	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=17.55;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:67:116,0,67
2	231077110	.	C	T	660.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.626;ClippingRankSum=-0.945;DP=23;FS=1.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.435;QD=28.73;ReadPosRankSum=0.735	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,17:23:99:689,0,179
2	231077676	.	G	A	480.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.856;ClippingRankSum=-0.619;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.443;QD=24.04;ReadPosRankSum=-1.278	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,14:20:99:509,0,205
2	231077725	.	A	G	1150.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1179,81,0
2	231248261	.	C	T	861.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:890,63,0
2	231254438	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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2	231738273	.	G	C	1253.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.79	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,3:3:99:1282,0,1350
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2	232322779	.	G	A	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:64:78,0,64
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2	233243981	.	A	T	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=-0.573;DP=9;FS=13.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:99,0,224
2	233413648	.	G	A	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=6.63;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:68:68,0,159
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2	233414832	.	T	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,79
2	233440216	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	233446568	.	G	A	397.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:426,30,0
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2	234203740	.	A	G	530.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.529;ClippingRankSum=0.634;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.410;QD=25.27;ReadPosRankSum=0.336	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,14:21:99:559,0,233
2	234203805	.	T	C	235.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=1.154;DP=14;FS=6.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.421;QD=16.84;ReadPosRankSum=-0.780	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,7:14:99:264,0,264
2	234203876	.	C	T	510.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=-1.278;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.619;QD=25.54;ReadPosRankSum=0.206	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,14:20:99:539,0,195
2	234204113	.	T	C	854.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:883,63,0
2	234371351	.	G	A	311.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=-2.000;DP=14;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.133;QD=22.27;ReadPosRankSum=1.467	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,9:14:99:340,0,169
2	234372429	.	G	A	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:32:113,0,32
2	234378902	.	T	C	464.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:493,36,0
2	234380123	.	A	G	465.56	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=-0.248;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.744;QD=33.25;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,13:14:7:493,7,0
2	234380666	.	C	T	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
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2	234439611	.	C	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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2	234635467	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	234637569	.	A	G	88.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:116,9,0
2	234637912	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
2	234642015	.	T	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
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2	234648860	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
2	234650193	.	T	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
2	234650208	.	G	A	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:81,0,36
2	234650604	.	T	C	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
2	234653184	.	A	C	191.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:220,15,0
2	234653192	.	A	G	191.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:15:220,15,0
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2	234657983	.	T	C	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
2	234658116	.	C	T	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
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2	234664354	.	G	A	131.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=26.35;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:28:160,0,28
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2	234666461	.	T	G	118.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:146,12,0
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2	234672722	.	T	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
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2	234749354	.	G	A	147.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=-0.212;DP=13;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.437;QD=11.37;ReadPosRankSum=0.271	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,5:13:99:176,0,288
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2	235949877	.	T	C	548.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.716;DP=24;FS=1.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.550;QD=22.87;ReadPosRankSum=-0.239	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,15:24:99:577,0,314
2	235949920	.	A	G	676.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.121;ClippingRankSum=-0.247;DP=32;FS=3.220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.855;QD=21.15;ReadPosRankSum=1.387	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,18:32:99:705,0,508
2	235950002	.	G	A	660.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=0.399;DP=32;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.171;QD=20.65;ReadPosRankSum=-0.209	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,18:32:99:689,0,513
2	235950187	.	T	C	693.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=1.630;DP=34;FS=5.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.006;QD=20.40;ReadPosRankSum=-1.595	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,19:34:99:722,0,548
2	235950284	.	A	C	962.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=-1.734;DP=35;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.274;QD=27.51;ReadPosRankSum=1.588	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,25:35:99:991,0,316
2	235951819	.	A	G	823.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=-1.403;DP=32;FS=8.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.443;QD=25.74;ReadPosRankSum=1.443	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,22:32:99:852,0,349
2	235955518	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
2	235963424	.	C	T	1047.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.922;ClippingRankSum=1.275;DP=36;FS=3.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.541;QD=29.10;ReadPosRankSum=-1.237	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,28:36:99:1076,0,250
2	235964133	.	C	T	877.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=-0.838;DP=32;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.964;QD=27.43;ReadPosRankSum=0.754	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,23:32:99:906,0,257
2	235964277	.	T	C	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.937;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.937;QD=12.11;ReadPosRankSum=-0.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:113,0,162
2	236407769	.	C	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
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2	236485320	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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2	239007806	.	A	G	222.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=-0.058;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.868;QD=14.85;ReadPosRankSum=-0.521	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,7:15:99:251,0,295
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2	239049540	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
2	239071036	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
2	239073934	.	T	C	140.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:168,12,0
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2	239075935	.	A	G	404.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:433,30,0
2	239080571	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	239084119	.	C	T	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
2	239084197	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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2	239089939	.	C	T	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
2	239095671	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
2	239098006	.	C	G	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:80,0,36
2	239155053	.	C	T	24.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.898;DP=10;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:53:53,0,313
2	239229372	.	C	A	193.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:222,15,0
2	239237953	.	G	T	103.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.495;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.778;QD=7.41;ReadPosRankSum=0.212	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,4:14:99:132,0,384
2	239306268	.	A	C	275.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=-0.480;DP=10;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.271;QD=27.58;ReadPosRankSum=0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,8:10:44:304,0,44
2	239308049	.	A	T	130.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=26.15;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:28:159,0,28
2	239308280	.	C	T	235.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.296;DP=10;FS=20.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.214;QD=23.58;ReadPosRankSum=0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,7:10:99:264,0,101
2	239308404	.	T	C	216.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:245,18,0
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2	239356026	.	C	T	110.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=22.15;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:139,0,31
2	239359833	.	T	G	193.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:222,15,0
2	239360097	.	C	T	133.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.221;QD=16.72;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:99:162,0,109
2	239360121	.	T	A	80.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=20.20;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:24:109,0,24
2	239832097	.	A	T	32.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:60,6,0
2	239969974	.	G	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:81,0,34
2	239972494	.	C	T	124.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=17.82;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:153,0,110
2	240003870	.	G	A	184.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:213,15,0
2	240201768	.	G	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
2	240201797	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
2	240269461	.	C	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
2	240952673	.	A	G	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.937;QD=12.11;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:113,0,157
2	240961728	.	T	C	400.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=-0.538;DP=45;FS=2.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.639;QD=8.91;ReadPosRankSum=1.640	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:32,13:45:99:429,0,1236
2	241193079	.	C	T	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
2	241388857	.	C	A	229.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:258,18,0
2	241388981	.	T	A	459.74	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=1.203;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.668;QD=32.61;ReadPosRankSum=-1.737	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,12:13:6:487,0,6
2	241390516	.	C	T	250.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=-0.895;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.895;QD=25.08;ReadPosRankSum=0.895	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,7:10:84:279,0,84
2	241391025	.	G	C	201.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=1.589;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=25.22;ReadPosRankSum=-1.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:66:230,0,66
2	241392491	.	A	G	72.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=9.10;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:101,0,172
2	241393762	.	A	G	364.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=-1.606;DP=13;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.099;QD=28.06;ReadPosRankSum=0.592	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,10:13:81:393,0,81
2	241393797	.	C	T	17.84	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=-0.888;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=1.37;ReadPosRankSum=0.493	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:46:46,0,379
2	241395353	.	A	G	54.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.322;QD=6.85;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:83:83,0,183
2	241395503	.	T	C	115.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=23.16;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:22:144,0,22
2	241404317	.	C	T	778.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=-1.613;DP=38;FS=10.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.239;QD=20.49;ReadPosRankSum=1.493	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,23:38:99:807,0,501
2	241405485	.	C	T	776.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=0.252;DP=28;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.532;QD=27.74;ReadPosRankSum=-0.028	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,22:28:99:805,0,175
2	241405528	.	A	G	431.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.946;ClippingRankSum=-0.412;DP=27;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.412;QD=15.99;ReadPosRankSum=-1.383	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,13:27:99:460,0,493
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2	241406408	.	C	T	229.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=-1.422;DP=31;FS=3.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.158;QD=7.41;ReadPosRankSum=1.512	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,8:31:99:258,0,868
2	241406649	.	A	G	473.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.256;ClippingRankSum=0.872;DP=26;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=18.22;ReadPosRankSum=0.872	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,13:26:99:502,0,476
2	241406701	.	G	C	439.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.580;DP=31;FS=5.449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.420;QD=14.19;ReadPosRankSum=0.180	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,13:31:99:468,0,670
2	241452068	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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2	241462551	.	G	A	104.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.361;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=11.64;ReadPosRankSum=0.361	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:133,0,169
2	241465247	.	A	T	15.88	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.589;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.589;QD=1.99;ReadPosRankSum=-1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:44:44,0,235
2	241467196	.	A	G	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:74,0,33
2	241507585	.	C	T	95.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.300;QD=13.68;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:124,0,108
2	241512271	.	C	T	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:76,0,37
2	241515252	.	G	A	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
2	241515813	.	C	T	176.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:205,15,0
2	241517770	.	G	A	1320.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,31:31:93:1349,93,0
2	241522450	.	T	C	139.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:167,12,0
2	241522634	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
2	241525316	.	C	T	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
2	241537421	.	G	A	428.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:457,33,0
2	241538074	.	A	G	696.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:725,51,0
2	241538229	.	A	G	502.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:531,36,0
2	241826050	.	C	T	533.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=1.252;DP=24;FS=3.976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.789;QD=22.24;ReadPosRankSum=-1.252	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,15:24:99:562,0,319
2	241826139	.	G	A	485.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=-0.903;DP=25;FS=1.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.903;QD=19.43;ReadPosRankSum=0.903	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,14:25:99:514,0,398
2	241826754	.	G	A	29.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=9.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:58,0,35
2	241827425	.	G	T	118.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.937;QD=16.97;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:147,0,110
2	241827618	.	T	C	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
2	241828012	.	T	C	700.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=2.486;DP=26;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.405;QD=26.95;ReadPosRankSum=-0.520	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,19:26:99:729,0,209
2	241828034	.	A	G	1700.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:99:1729,123,0
2	241828308	.	C	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
2	241828311	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
2	241828338	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	241828339	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	241828528	.	T	C	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:32:117,0,32
2	241828542	.	A	C	72.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:100,9,0
2	241828945	.	C	T	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
2	241829249	.	G	T	38.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=9.69;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:67:67,0,77
2	241831005	.	C	T	805.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=-0.224;DP=32;FS=1.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.728;QD=25.18;ReadPosRankSum=0.590	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,22:32:99:834,0,336
2	241831471	.	C	T	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:74:81,0,74
2	241831472	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:74:81,0,74
2	241832461	.	C	T	44.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:72,6,0
2	241834373	.	C	T	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=8.55;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:71:71,0,101
2	241834944	.	T	C	461.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.854;ClippingRankSum=0.637;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=19.24;ReadPosRankSum=-0.753	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,13:24:99:490,0,381
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2	241835421	.	A	G	597.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=-0.255;DP=25;FS=3.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.142;QD=23.91;ReadPosRankSum=2.010	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,16:25:99:626,0,321
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2	241835543	.	A	C	392.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.289;DP=19;FS=7.425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.023;QD=20.67;ReadPosRankSum=0.124	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,11:19:99:421,0,253
2	241835786	.	G	A	342.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.919;ClippingRankSum=-0.460;DP=22;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.182;QD=15.58;ReadPosRankSum=0.525	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,11:22:99:371,0,368
2	241835946	.	T	C	427.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=-0.745;DP=19;FS=17.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.570;QD=22.51;ReadPosRankSum=0.745	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,13:19:99:456,0,177
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2	242177614	.	T	C	234.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:263,18,0
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2	242257859	.	G	A	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
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2	242382192	.	C	T	90.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:119,0,34
2	242382864	.	C	T	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
2	242384194	.	C	G	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
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2	242439071	.	G	A	125.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=0.421;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.368;QD=15.72;ReadPosRankSum=-0.421	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:154,0,151
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2	242502956	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
2	242503047	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	242512138	.	A	G	566.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=-1.650;DP=19;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.950;QD=29.83;ReadPosRankSum=1.450	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,15:19:99:595,0,102
2	242513958	.	A	G	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=11.12	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,1:1:39:39,0,40
2	242513967	.	A	G	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,40
2	242515096	.	T	G	293.84	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=-0.751;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=32.65;ReadPosRankSum=0.751	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,8:9:18:322,0,18
2	242515197	.	T	C	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=14.63;ReadPosRankSum=-0.988	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:116,0,114
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2	242516292	.	C	T	114.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=19.13;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:68:143,0,68
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2	242521405	.	C	T	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
2	242572846	.	A	G	815.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.020;DP=32;FS=1.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.175;QD=25.49;ReadPosRankSum=0.183	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,22:32:99:844,0,343
2	242573211	.	T	C	720.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.356;ClippingRankSum=1.079;DP=27;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.304;QD=26.70;ReadPosRankSum=-1.300	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,20:27:99:749,0,225
2	242607483	.	G	T	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,157
2	242607484	.	C	T	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,157
2	242610773	.	T	A	1126.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:86:1155,86,0
2	242611050	.	C	G	18.82	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=-0.594;DP=28;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.074;QD=0.67;ReadPosRankSum=0.371	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,3:28:47:47,0,938
2	242611287	.	G	A	124.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.175;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.008;QD=6.24;ReadPosRankSum=-0.436	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,5:20:99:153,0,567
2	242611934	.	T	C	241.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=-1.745;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.888;QD=10.07;ReadPosRankSum=1.990	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,8:24:99:270,0,599
2	242612342	.	G	T	160.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=-0.573;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.422;QD=17.86;ReadPosRankSum=0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:99:189,0,100
2	242612487	.	C	T	146.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=-1.309;DP=12;FS=5.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.831;QD=12.23;ReadPosRankSum=2.533	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,5:12:99:175,0,243
2	242612755	.	G	A	201.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=-1.568;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=20.18;ReadPosRankSum=2.383	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,6:10:99:230,0,142
2	242612784	.	T	G	158.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.098;ClippingRankSum=-0.676;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.668;QD=15.88;ReadPosRankSum=0.336	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:187,0,178
2	242612909	.	A	G	61.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=7.72;ReadPosRankSum=-0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:90:90,0,183
2	242613089	.	A	G	30.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=1.271;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.898;QD=3.08;ReadPosRankSum=1.271	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:59:59,0,292
2	242613133	.	T	G	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.684;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.684;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.684	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:102,0,179
2	242615462	.	T	C	277.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.904;ClippingRankSum=2.592;DP=29;FS=8.923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.711;QD=9.58;ReadPosRankSum=-2.547	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,10:29:99:306,0,717
2	242618050	.	A	G	446.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=-0.424;DP=33;FS=3.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.571;QD=13.54;ReadPosRankSum=0.571	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,13:33:99:475,0,784
2	242626822	.	G	A	172.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=-0.573;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=19.20;ReadPosRankSum=0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:99:201,0,100
2	242629529	.	G	A	14.91	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;ClippingRankSum=0.000;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:43:43,0,314
2	242630048	.	G	A	74.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=1.214;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=7.48;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:103,0,272
2	242660006	.	G	A	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:78,0,36
2	242660688	.	C	T	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:74,0,33
2	242664198	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
2	242664777	.	G	A	107.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=21.56;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:25:136,0,25
2	242665602	.	G	C	243.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=-0.762;DP=9;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=27.09;ReadPosRankSum=0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:58:272,0,58
2	242667893	.	T	G	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=-0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=14.79;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:117,0,216
2	242667894	.	A	G	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=-0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=14.79;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:117,0,216
2	242668050	.	A	G	216.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:245,18,0
2	242668088	.	C	T	233.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:262,18,0
2	242668089	.	G	A	233.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:262,18,0
2	242668535	.	T	C	112.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;ClippingRankSum=-0.937;DP=7;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.754;QD=16.11;ReadPosRankSum=0.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:141,0,114
2	242684394	.	G	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
2	242688203	.	C	T	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.69;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:75:75,0,75
2	242688292	.	C	T	146.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=-1.493;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.377;QD=11.29;ReadPosRankSum=1.791	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,6:13:99:175,0,228
2	242688672	.	C	T	32.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=8.19;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:61:61,0,68
2	242690675	.	G	A	65.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=-1.944;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.254;QD=5.06;ReadPosRankSum=1.268	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,3:13:94:94,0,390
2	242690770	.	T	C	191.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.951;ClippingRankSum=-0.317;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.238;QD=9.59;ReadPosRankSum=0.634	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,7:20:99:220,0,494
2	242691021	.	C	G	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=17.15;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:72:114,0,72
2	242692490	.	T	C	23.79	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=7.93;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:52,0,37
2	242699290	.	C	T	69.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:97,9,0
2	242702812	.	G	A	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
2	242703937	.	G	A	162.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:191,15,0
2	242708162	.	C	T	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.988;QD=14.63;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:116,0,108
2	242831008	.	T	A	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=7.19;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:57:57,0,74
2	242930689	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
2	242939108	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	3169190	.	A	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
3	3170792	.	C	T	1011.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1040,72,0
3	3176301	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
3	3186772	.	G	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
3	3189059	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
3	3189279	.	A	G	494.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:523,36,0
3	3190451	.	G	A	689.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:718,54,0
3	3191776	.	T	C	237.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:266,18,0
3	3192903	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	3192927	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	3193388	.	T	G	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
3	3193646	.	G	T	193.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:222,15,0
3	3193676	.	A	G	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
3	3193957	.	A	C	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
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3	5201815	.	C	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
3	5221182	.	G	T	788.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.262;ClippingRankSum=-0.087;DP=27;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.429;QD=29.21;ReadPosRankSum=0.087	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,21:27:99:817,0,175
3	5230343	.	C	G	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=14.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:73,0,37
3	5231478	.	G	A	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
3	5241309	.	C	A	414.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.395;ClippingRankSum=-1.902;DP=19;FS=5.161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.648;QD=21.83;ReadPosRankSum=1.986	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,12:19:99:443,0,209
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3	5260130	.	A	C	1349.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,32:32:96:1378,96,0
3	5260299	.	G	A	892.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:921,63,0
3	5260444	.	T	G	499.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.359;ClippingRankSum=-1.359;DP=19;FS=12.420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.307;QD=26.30;ReadPosRankSum=1.359	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,13:19:99:528,0,417
3	5260445	.	C	A	499.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.184;ClippingRankSum=-1.184;DP=19;FS=12.420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.658;QD=26.30;ReadPosRankSum=0.833	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,13:19:99:528,0,417
3	5733921	.	T	C	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
3	5734174	.	G	A	151.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:180,15,0
3	8792728	.	C	T	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=13.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:68,0,36
3	8920207	.	T	C	225.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:254,18,0
3	8920281	.	G	A	90.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:118,9,0
3	8922054	.	T	C	415.31	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=-0.869;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.448;QD=34.61;ReadPosRankSum=0.869	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,11:12:1:441,0,1
3	8922984	.	G	T	279.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DP=10;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.898;QD=27.98;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,8:10:54:308,0,54
3	8955389	.	C	T	581.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:610,42,0
3	9005078	.	C	T	336.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:365,27,0
3	9024017	.	A	G	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
3	9024146	.	C	A	274.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:303,21,0
3	9034558	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
3	9036010	.	T	G	184.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:213,15,0
3	9404650	.	C	G	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:80,0,37
3	9404877	.	G	A	123.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.221;QD=15.47;ReadPosRankSum=0.684	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:83:152,0,83
3	9404924	.	G	C	265.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:294,21,0
3	9406836	.	T	C	178.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.201;ClippingRankSum=-2.295;DP=18;FS=4.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.140;QD=9.93;ReadPosRankSum=2.388	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,6:18:99:207,0,435
3	9422210	.	T	C	211.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.551;ClippingRankSum=0.352;DP=22;FS=1.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.070;QD=9.63;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,7:22:99:240,0,591
3	9424625	.	C	G	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=6.75;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:62:62,0,120
3	9425911	.	G	A	37.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=-1.457;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.452;QD=1.80;ReadPosRankSum=0.653	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,3:21:66:66,0,689
3	9426330	.	A	G	251.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.036;ClippingRankSum=-1.992;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.978;QD=11.99;ReadPosRankSum=1.847	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,8:21:99:280,0,512
3	9428270	.	G	A	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:32:117,0,32
3	9429194	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
3	9430763	.	C	G	429.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:458,33,0
3	9430868	.	T	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
3	9431009	.	C	G	195.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:224,15,0
3	9431657	.	C	G	190.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:219,15,0
3	9432461	.	A	G	167.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.652;ClippingRankSum=2.219;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.219;QD=18.64;ReadPosRankSum=-2.219	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:196,0,144
3	9433750	.	A	G	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
3	9435240	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
3	9436129	.	T	C	90.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:118,9,0
3	9436999	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	9474982	.	T	C	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
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3	9511975	.	G	A	92.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.19;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:121,0,34
3	9517369	.	C	T	964.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.117;DP=42;FS=2.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.686;QD=22.97;ReadPosRankSum=-0.013	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,26:42:99:993,0,558
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3	9831112	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:75,0,35
3	9833986	.	C	T	475.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=1.646;DP=23;FS=12.352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.065;QD=20.69;ReadPosRankSum=-1.969	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,15:23:99:504,0,253
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3	9847431	.	C	G	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
3	9860880	.	G	T	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:72,0,33
3	9867625	.	C	T	194.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=-0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=27.83;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:25:223,0,25
3	9871030	.	T	G	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
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3	9876301	.	G	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
3	9876919	.	G	A	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:77,0,37
3	9876987	.	G	A	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:118,0,34
3	9932337	.	G	C	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=-0.979;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.638;QD=3.35;ReadPosRankSum=0.043	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,4:22:99:102,0,672
3	9932374	.	G	T	327.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.692;ClippingRankSum=0.915;DP=25;FS=2.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.638;QD=13.11;ReadPosRankSum=0.582	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,10:25:99:356,0,541
3	9935263	.	A	G	115.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DP=22;FS=5.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.392;QD=5.26;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,5:22:99:144,0,671
3	9952706	.	A	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.778;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=3.13;ReadPosRankSum=-0.156	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,3:14:72:72,0,432
3	9957455	.	C	T	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.495;QD=5.25;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:65:65,0,175
3	9959702	.	C	T	10.20	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=1.678;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.099;QD=0.78;ReadPosRankSum=-0.888	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:38:38,0,360
3	9959713	.	C	T	243.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.769;ClippingRankSum=-1.398;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=22.16;ReadPosRankSum=0.896	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,7:11:99:272,0,137
3	9960070	.	C	T	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.573;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.573;QD=8.20;ReadPosRankSum=0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:102,0,211
3	9970031	.	A	G	574.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:47:603,47,0
3	9975247	.	C	G	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
3	9976159	.	A	G	728.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:757,57,0
3	9985457	.	T	C	125.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=25.16;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:27:154,0,27
3	9991101	.	C	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
3	10006079	.	A	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
3	10028690	.	G	A	166.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:195,15,0
3	10028988	.	C	A	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
3	10029289	.	A	G	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
3	10029305	.	T	C	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
3	10039166	.	C	T	90.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=22.69;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:119,0,33
3	10040472	.	A	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.94;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:38:72,0,38
3	10040515	.	A	G	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=16.95;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:67:113,0,67
3	10044457	.	C	T	93.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:122,0,34
3	10044547	.	G	T	221.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:250,18,0
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3	10045734	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
3	10046165	.	C	T	126.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=25.35;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:30:155,0,30
3	10046398	.	G	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.69;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:75:75,0,79
3	10046703	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
3	10047246	.	C	T	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
3	10047680	.	A	G	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=18.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:56:120,0,56
3	10048502	.	C	T	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:75,0,35
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3	10059664	.	T	C	118.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=-1.036;DP=10;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.741;QD=11.88;ReadPosRankSum=0.741	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:147,0,369
3	10060425	.	C	T	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
3	10065254	.	G	A	611.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.438;ClippingRankSum=-1.290;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.479;QD=27.81;ReadPosRankSum=0.553	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,16:22:99:640,0,191
3	10065426	.	C	T	368.98	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=-0.791;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.474;QD=30.75;ReadPosRankSum=-0.791	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,10:11:13:397,0,13
3	10067794	.	A	G	434.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.467;DP=14;FS=7.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.778;QD=31.05;ReadPosRankSum=-0.934	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,11:14:99:463,0,194
3	10067797	.	T	C	434.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.650;DP=15;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.072;QD=28.98;ReadPosRankSum=-0.938	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,12:15:99:463,0,194
3	10067972	.	C	T	249.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.067;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=27.75;ReadPosRankSum=0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:62:278,0,62
3	10085536	.	A	G	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.19;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:113,0,33
3	10138069	.	T	G	160.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=0.361;DP=9;FS=13.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=17.86;ReadPosRankSum=-0.361	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:189,0,152
3	10140671	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
3	10143274	.	C	T	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
3	10168647	.	T	C	167.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=23.97;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:70:196,0,70
3	10168802	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	10192596	.	A	G	61.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.382;DP=11;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=5.62;ReadPosRankSum=-0.382	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:90:90,0,302
3	10192704	.	A	G	133.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.991;ClippingRankSum=-1.065;DP=19;FS=2.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.713;QD=7.04;ReadPosRankSum=0.787	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,5:19:99:162,0,498
3	10192744	.	A	G	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=17.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:61:115,0,61
3	10193358	.	A	G	97.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.182;DP=16;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.424;QD=6.11;ReadPosRankSum=-0.424	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,4:16:99:126,0,461
3	10193475	.	A	G	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=2.583;DP=17;FS=5.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.189;QD=2.81;ReadPosRankSum=-2.583	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,3:17:76:76,0,531
3	10193509	.	A	G	516.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:545,42,0
3	10193906	.	A	G	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.054;ClippingRankSum=-0.573;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.573;QD=8.86;ReadPosRankSum=1.683	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:108,0,229
3	10193978	.	A	G	106.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=0.077;DP=13;FS=16.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.546;QD=8.21;ReadPosRankSum=-0.849	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,4:13:99:135,0,356
3	10193994	.	A	G	180.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=-1.452;DP=18;FS=2.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.890;QD=10.04;ReadPosRankSum=-0.702	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,6:18:99:209,0,474
3	10194056	.	A	G	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=-1.174;DP=19;FS=10.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=2.36;ReadPosRankSum=0.391	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,3:19:73:73,0,588
3	10194356	.	A	G	29.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:58:58,0,199
3	10194593	.	A	G	19.81	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.762;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=2.20;ReadPosRankSum=-0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:48:48,0,835
3	10194594	.	A	G	19.81	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=1.179;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.179;QD=2.20;ReadPosRankSum=-0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:48:48,0,835
3	10194624	.	G	C	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DP=7;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.97;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:112,0,151
3	10194651	.	A	G	16.86	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.783;ClippingRankSum=-1.444;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.425;QD=1.12;ReadPosRankSum=1.444	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,2:15:45:45,0,497
3	10194677	.	A	G	17.84	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.099;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.099;QD=1.37;ReadPosRankSum=-0.691	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:46:46,0,480
3	10194890	.	A	G	144.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=-0.113;DP=16;FS=2.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.793;QD=9.05;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,5:16:99:173,0,409
3	10194903	.	A	G	17.84	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=-0.099;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.480;QD=1.37;ReadPosRankSum=-0.691	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:46:46,0,420
3	10194983	.	A	G	69.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.106;ClippingRankSum=0.382;DP=12;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.566;QD=5.81;ReadPosRankSum=-0.715	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:98:98,0,614
3	10194984	.	A	G	156.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.461;ClippingRankSum=-0.689;DP=13;FS=2.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.380;QD=12.06;ReadPosRankSum=-0.831	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,5:12:99:185,0,266
3	10194988	.	A	G	15.88	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=1.086;DP=13;FS=8.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.099;QD=1.22;ReadPosRankSum=0.493	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:44:44,0,1077
3	10253557	.	G	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
3	10302172	.	G	A	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=-0.361;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.938;QD=3.38;ReadPosRankSum=0.217	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,3:15:79:79,0,482
3	10320968	.	T	A	368.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:397,27,0
3	10321229	.	G	T	162.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=-1.098;DP=10;FS=6.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.103;QD=16.28;ReadPosRankSum=1.268	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:191,0,170
3	10321734	.	C	T	108.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.791;ClippingRankSum=-1.739;DP=17;FS=9.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.896;QD=6.40;ReadPosRankSum=1.318	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,5:17:99:137,0,438
3	10342876	.	C	T	464.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.016;ClippingRankSum=0.049;DP=36;FS=1.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.081;QD=12.91;ReadPosRankSum=-0.016	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,14:36:99:493,0,823
3	10345180	.	G	T	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
3	10356146	.	A	C	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
3	10362292	.	T	C	152.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=25.47;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:22:181,0,22
3	11235006	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	11235011	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	11235281	.	A	C	281.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:310,21,0
3	11235419	.	G	T	188.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:217,15,0
3	11247119	.	T	C	210.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:239,18,0
3	11300707	.	T	C	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
3	11302884	.	G	A	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
3	11302933	.	A	G	178.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:207,15,0
3	11303437	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:75,0,35
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3	12780552	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
3	12828961	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
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3	12939162	.	G	A	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=1.067;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=4.60;ReadPosRankSum=-1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:65:65,0,239
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3	13388084	.	T	C	121.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=24.35;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:150,0,31
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3	13394259	.	G	C	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
3	13395579	.	C	A	616.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.421;DP=29;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.775;QD=21.27;ReadPosRankSum=-0.111	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,17:29:99:645,0,428
3	13407556	.	T	C	373.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.052;DP=26;FS=6.329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.675;QD=14.38;ReadPosRankSum=0.415	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,11:26:99:402,0,571
3	13670536	.	A	G	135.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:163,12,0
3	13679203	.	G	A	138.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:166,12,0
3	13679335	.	C	T	220.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:249,18,0
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3	14194094	.	T	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
3	14197987	.	A	T	880.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:909,63,0
3	14220095	.	C	G	57.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.937;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=8.25;ReadPosRankSum=-0.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:86:86,0,124
3	14520286	.	T	A	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
3	14527363	.	G	A	1063.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.476;ClippingRankSum=-1.733;DP=27;FS=3.174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.835;QD=32.28;ReadPosRankSum=1.605	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,26:27:49:1092,49,0
3	14527939	.	C	G	1277.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,31:31:93:1306,93,0
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3	14528028	.	T	C	717.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=-0.738;DP=28;FS=6.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.836;QD=25.63;ReadPosRankSum=-0.394	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,19:28:99:746,0,302
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3	14712473	.	G	A	532.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=-1.416;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.969;QD=31.34;ReadPosRankSum=1.416	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,15:17:34:561,0,34
3	14713058	.	G	T	159.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.408;ClippingRankSum=-0.466;DP=11;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.717;QD=14.52;ReadPosRankSum=1.031	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,5:11:99:188,0,216
3	14713121	.	C	G	124.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.550;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.754;QD=17.82;ReadPosRankSum=1.754	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:95:153,0,95
3	14713306	.	A	G	30.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=5.13;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:59:59,0,148
3	14984719	.	C	G	835.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:864,60,0
3	14985730	.	T	C	90.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=-0.265;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.903;QD=5.04;ReadPosRankSum=0.690	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,4:18:99:119,0,551
3	14985751	.	T	C	109.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.626;ClippingRankSum=0.354;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.061;QD=7.84;ReadPosRankSum=0.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,4:14:99:138,0,387
3	14986098	.	T	C	161.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.408;ClippingRankSum=1.186;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.825;QD=14.71;ReadPosRankSum=0.387	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,5:11:99:190,0,670
3	14986104	.	T	C	161.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.741;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=16.18;ReadPosRankSum=-0.633	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:190,0,670
3	14986110	.	T	C	161.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;ClippingRankSum=1.754;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=23.11;ReadPosRankSum=-1.754	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:190,0,670
3	14986137	.	T	C	163.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.268;ClippingRankSum=-0.470;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.470;QD=16.38;ReadPosRankSum=-0.470	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:192,0,171
3	14986138	.	T	C	27.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=-1.271;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.898;QD=2.78;ReadPosRankSum=-0.898	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:56:56,0,472
3	14986150	.	T	C	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=-0.269;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.673;QD=3.24;ReadPosRankSum=0.135	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,3:16:80:80,0,494
3	14986471	.	T	C	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.110;ClippingRankSum=0.196;DP=15;FS=2.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.240;QD=6.32;ReadPosRankSum=0.326	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,4:15:99:123,0,435
3	14986797	.	C	T	354.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.833;DP=32;FS=18.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.825;QD=11.09;ReadPosRankSum=-0.952	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,11:32:99:383,0,802
3	14988060	.	T	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
3	15046088	.	T	C	126.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=21.13;ReadPosRankSum=-1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:72:155,0,72
3	15084957	.	A	G	97.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DP=12;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.289	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,4:12:99:126,0,298
3	15091248	.	A	G	114.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.365;DP=10;FS=7.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=11.48;ReadPosRankSum=-0.365	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:143,0,228
3	15112554	.	T	C	15.88	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.888;DP=13;FS=3.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.086;QD=1.22;ReadPosRankSum=-1.086	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:44:44,0,441
3	15113123	.	A	G	29.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=3.72;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:58:58,0,227
3	15113655	.	T	C	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=-1.589;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:66:66,0,218
3	15113694	.	T	C	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:63:63,0,184
3	15113742	.	T	C	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=8.35;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:70:70,0,118
3	15113777	.	T	C	32.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=8.19;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:61:61,0,119
3	15113783	.	T	C	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=17.15;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:40:114,0,40
3	15113893	.	T	C	246.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.386;ClippingRankSum=-1.214;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.895;QD=24.68;ReadPosRankSum=1.214	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,7:10:97:275,0,97
3	15114234	.	T	C	26.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.067;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=2.98;ReadPosRankSum=-0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:55:55,0,353
3	15114237	.	T	C	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=-1.179;DP=9;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.179;QD=3.86;ReadPosRankSum=-0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:63:63,0,339
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3	15451902	.	T	C	207.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.683;ClippingRankSum=-1.001;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=23.09;ReadPosRankSum=-1.203	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:99:236,0,110
3	15451903	.	T	C	74.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=-0.248;DP=9;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=8.31;ReadPosRankSum=-0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:103,0,364
3	15452371	.	T	C	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=4.11;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:57:57,0,195
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3	15455813	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
3	15469001	.	A	C	275.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:304,21,0
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3	15900973	.	A	C	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=-1.683;DP=9;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=7.86;ReadPosRankSum=-0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:99,0,183
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3	16300625	.	T	C	269.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:298,21,0
3	16350756	.	G	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
3	16358584	.	T	C	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
3	16365223	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	17200091	.	T	C	368.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=38.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:397,27,0
3	17202334	.	A	C	446.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:475,33,0
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3	20023990	.	A	G	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
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3	27416999	.	T	C	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=7.95;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:68:68,0,112
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3	28359788	.	G	A	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
3	28363241	.	T	C	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
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3	32209230	.	T	C	246.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=1.179;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=27.42;ReadPosRankSum=-1.666	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:62:275,0,62
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3	32815231	.	A	T	352.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:381,27,0
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3	33909048	.	G	C	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=1.300;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.82;ReadPosRankSum=-0.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:104,0,141
3	33909611	.	C	T	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=12.25;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:114,0,150
3	36573076	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	36589040	.	A	G	222.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.731;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.895;QD=22.28;ReadPosRankSum=-0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,7:10:99:251,0,99
3	37001785	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
3	37001792	.	G	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
3	37030175	.	C	A	128.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=21.46;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:70:157,0,70
3	37030754	.	T	C	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=17.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:70:115,0,70
3	37032296	.	A	C	166.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=23.82;ReadPosRankSum=-1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:68:195,0,68
3	37032370	.	T	C	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=8.94;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:64:64,0,79
3	37094679	.	G	A	247.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.663;ClippingRankSum=-0.896;DP=11;FS=10.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.597;QD=22.52;ReadPosRankSum=0.896	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,7:11:99:276,0,131
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3	37416459	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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3	39183895	.	A	G	542.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:571,39,0
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3	39449810	.	A	C	400.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:429,30,0
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3	39450362	.	G	A	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=0.684;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=10.22;ReadPosRankSum=-0.956	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:110,0,197
3	39450470	.	A	G	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=29.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:30:118,0,30
3	39450480	.	A	G	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.92	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,3:3:30:118,0,30
3	39452106	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,199
3	39452123	.	G	A	237.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=-0.361;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.307;QD=26.42;ReadPosRankSum=1.159	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:266,0,267
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3	39452772	.	A	G	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=-0.762;DP=9;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.179;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:63:63,0,288
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3	40577738	.	A	G	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,44
3	40577810	.	A	G	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=-0.406;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.988;QD=13.96;ReadPosRankSum=1.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:90:112,0,90
3	40578843	.	A	G	32.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=-0.762;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=3.64;ReadPosRankSum=0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:61:61,0,260
3	40578973	.	A	G	68.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.573;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.573;QD=7.64;ReadPosRankSum=0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:97:97,0,231
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3	40592124	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	40592131	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
3	41242338	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	41243742	.	T	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
3	41250481	.	G	A	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
3	41262444	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
3	41277040	.	C	T	43.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:71,6,0
3	41281388	.	T	G	1690.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,40:40:99:1719,120,0
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3	42252141	.	A	G	171.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=24.54;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:62:200,0,62
3	42252274	.	G	A	237.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.546;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.546;QD=23.78;ReadPosRankSum=-0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,7:10:94:266,0,94
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3	42257513	.	A	G	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
3	42265369	.	C	T	160.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=-0.876;DP=9;FS=6.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=17.86;ReadPosRankSum=0.876	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:189,0,148
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3	42266346	.	A	G	175.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=25.11;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:99:204,0,160
3	42266349	.	C	T	175.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=25.11;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:99:204,0,160
3	42266621	.	T	C	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
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3	42578768	.	G	A	236.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:265,21,0
3	42578862	.	C	T	455.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:484,36,0
3	42885774	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:78,0,36
3	42907112	.	A	C	148.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.135;DP=12;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.135;QD=12.40;ReadPosRankSum=-0.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,5:12:99:177,0,215
3	42908775	.	A	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:67:78,0,67
3	42909050	.	T	C	64.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.248;DP=9;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=7.20;ReadPosRankSum=0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:93:93,0,223
3	42909160	.	G	A	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=0.550;DP=7;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=12.11;ReadPosRankSum=-0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:113,0,148
3	42909526	.	C	T	38.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.054;ClippingRankSum=1.001;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.573;QD=4.31;ReadPosRankSum=-1.001	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:67:67,0,240
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3	42955330	.	C	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
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3	42982266	.	C	A	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
3	43024445	.	T	G	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
3	43074430	.	A	G	184.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:213,15,0
3	43074871	.	A	G	249.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:278,21,0
3	43097765	.	G	A	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
3	43098226	.	C	A	179.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:208,15,0
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3	43147525	.	T	C	168.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:197,15,0
3	43388922	.	C	T	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,119
3	43602803	.	C	T	142.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=-1.359;DP=16;FS=5.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.113;QD=8.92;ReadPosRankSum=1.133	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,5:16:99:171,0,424
3	43761441	.	A	G	173.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:202,15,0
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3	44450564	.	A	G	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
3	44483206	.	A	T	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
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3	44485822	.	C	T	187.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:216,15,0
3	44485914	.	T	C	183.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:212,15,0
3	44791398	.	T	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
3	44906746	.	A	G	1386.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,33:33:99:1415,99,0
3	44956860	.	C	T	471.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:500,36,0
3	44958125	.	A	G	213.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=1.067;DP=8;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=26.72;ReadPosRankSum=-1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:67:242,0,67
3	44958773	.	T	C	563.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:592,45,0
3	44960561	.	T	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
3	44963967	.	T	C	225.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:254,18,0
3	44964485	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	44965131	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=14.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:72,0,37
3	44966250	.	C	G	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
3	45043993	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
3	45044878	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	45052775	.	G	C	1344.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,32:32:96:1373,96,0
3	45124169	.	T	C	499.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=-0.420;DP=43;FS=1.223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.319;QD=11.62;ReadPosRankSum=0.624	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,15:43:99:528,0,1095
3	45124351	.	C	T	392.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.409;ClippingRankSum=0.465;DP=52;FS=4.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.465;QD=7.55;ReadPosRankSum=1.374	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:39,13:52:99:421,0,1519
3	45124371	.	T	G	1517.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.166;ClippingRankSum=-0.255;DP=51;FS=2.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.188;QD=29.76;ReadPosRankSum=2.343	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,39:51:99:1546,0,373
3	45125720	.	T	G	12.05	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.921;ClippingRankSum=-0.778;DP=39;FS=1.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.144;QD=0.31;ReadPosRankSum=-0.183	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,5:36:40:40,0,1099
3	45125780	.	T	C	1183.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=-1.072;DP=43;FS=3.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.515;QD=27.53;ReadPosRankSum=0.181	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,32:43:99:1212,0,360
3	45125850	.	T	C	1616.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,38:38:99:1645,114,0
3	45125920	.	A	T	2006.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,48:48:99:2035,144,0
3	45126215	.	A	G	1517.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,35:35:99:1546,105,0
3	45126558	.	C	T	508.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=-1.140;DP=39;FS=4.973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.054;QD=13.05;ReadPosRankSum=1.111	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,15:39:99:537,0,910
3	45127515	.	T	C	2280.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,53:53:99:2309,160,0
3	45134822	.	T	C	358.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.244;DP=45;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.706;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.090	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:33,12:45:99:387,0,1290
3	45153422	.	A	G	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
3	45153796	.	C	T	270.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.349;DP=41;FS=5.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.167;QD=6.60;ReadPosRankSum=-0.319	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,10:41:99:299,0,1214
3	45168882	.	A	G	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
3	45170095	.	T	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
3	45179435	.	G	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
3	45266555	.	T	C	174.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:203,15,0
3	45267310	.	C	T	42.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:70,6,0
3	45527218	.	T	C	190.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=23.85;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:60:219,0,60
3	45533224	.	G	A	343.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=-0.041;DP=19;FS=4.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.367;QD=18.09;ReadPosRankSum=0.122	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,10:19:99:372,0,327
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3	45722396	.	A	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=10.94;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:72:72,0,200
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3	46717065	.	C	G	426.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=-2.264;DP=23;FS=1.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.465;QD=18.56;ReadPosRankSum=2.140	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,13:23:99:455,0,368
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3	46723551	.	G	A	697.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.038;DP=32;FS=5.514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.153;QD=21.81;ReadPosRankSum=1.151	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,19:32:99:726,0,471
3	46723663	.	C	T	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
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3	46724569	.	C	T	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=10.69;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:66:71,0,66
3	46727399	.	G	T	50.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.93;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:27:79,0,27
3	46732435	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
3	46734441	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
3	46877455	.	T	G	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
3	46963502	.	T	C	811.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:840,60,0
3	47017915	.	A	G	167.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:196,15,0
3	47018214	.	T	C	833.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:862,60,0
3	47031237	.	C	G	192.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:221,15,0
3	47032342	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	47038320	.	T	C	12.99	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=-2.282;DP=14;FS=7.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.639;QD=0.93;ReadPosRankSum=2.100	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:41:41,0,482
3	47042161	.	A	G	87.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:115,9,0
3	47043538	.	C	T	603.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:632,45,0
3	47045384	.	C	T	102.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.893;ClippingRankSum=-0.979;DP=15;FS=6.286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.326;QD=6.85;ReadPosRankSum=1.371	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,4:15:99:131,0,391
3	47045739	.	C	G	636.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:665,48,0
3	47046842	.	G	C	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
3	47058057	.	A	G	268.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:297,21,0
3	47098588	.	A	C	169.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.573;ClippingRankSum=-0.271;DP=16;FS=2.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=10.61;ReadPosRankSum=0.054	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,6:16:99:198,0,359
3	47108330	.	C	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
3	47125385	.	G	A	1098.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1127,78,0
3	47162661	.	A	G	535.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:564,39,0
3	47285912	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
3	47286227	.	G	T	200.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:229,18,0
3	47318853	.	C	T	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=-1.666;DP=9;FS=3.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=3.75;ReadPosRankSum=-0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:62:62,0,269
3	47385585	.	C	A	515.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:544,39,0
3	47386060	.	G	C	240.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:269,18,0
3	47389317	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	47449058	.	T	C	950.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:979,72,0
3	47449580	.	T	C	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
3	47452087	.	G	A	577.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:606,42,0
3	47452786	.	G	A	785.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:814,57,0
3	47454399	.	G	A	267.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:44:296,44,0
3	47459679	.	C	T	994.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1023,72,0
3	47462200	.	T	C	1195.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1224,87,0
3	47555142	.	C	A	254.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:283,21,0
3	47807759	.	A	T	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
3	47813354	.	T	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
3	47857575	.	T	C	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
3	47891000	.	G	A	299.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=-0.180;DP=46;FS=1.376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.283;QD=6.52;ReadPosRankSum=0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:35,11:46:99:328,0,1351
3	47892579	.	G	C	211.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.162;ClippingRankSum=-1.010;DP=50;FS=12.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=4.24;ReadPosRankSum=0.303	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:41,9:50:99:240,0,1654
3	47956424	.	C	T	366.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=-1.146;DP=46;FS=2.949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.040;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.593	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:32,12:44:99:395,0,1255
3	47958037	.	G	T	422.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=-1.097;DP=40;FS=1.349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.549;QD=10.57;ReadPosRankSum=1.530	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:27,13:40:99:451,0,1070
3	48029118	.	A	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
3	48070742	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
3	48282695	.	A	G	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.94;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:70:76,0,70
3	48312229	.	A	G	29.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=-1.067;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=3.72;ReadPosRankSum=1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:58:58,0,227
3	48335857	.	C	T	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.807;QD=3.11;ReadPosRankSum=-0.135	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,3:16:78:78,0,509
3	48342882	.	C	T	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:69:69,0,149
3	48454758	.	C	A	12.99	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=1.667;DP=16;FS=7.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.238;QD=0.81;ReadPosRankSum=-1.667	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,2:16:41:41,0,564
3	48461313	.	C	G	245.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.362;ClippingRankSum=-0.537;DP=19;FS=12.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.372;QD=12.94;ReadPosRankSum=0.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,8:19:99:274,0,415
3	48470424	.	C	G	171.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:200,18,0
3	48470756	.	T	C	53.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=-1.683;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.203;QD=5.97;ReadPosRankSum=1.683	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:82:82,0,193
3	48474249	.	A	G	210.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=-0.768;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.902;QD=9.16;ReadPosRankSum=1.036	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,7:23:99:239,0,605
3	48474561	.	G	A	61.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.601;DP=29;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.348;QD=2.13;ReadPosRankSum=-0.221	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,4:29:90:90,0,982
3	48476431	.	C	G	452.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:481,33,0
3	48481434	.	G	T	25.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.589;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.354;QD=2.34;ReadPosRankSum=-0.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:54:54,0,356
3	48507667	.	T	C	228.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=10;FS=10.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=22.88;ReadPosRankSum=-0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,7:10:87:257,0,87
3	48508585	.	C	T	116.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.867;ClippingRankSum=-1.280;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.372;QD=5.56;ReadPosRankSum=1.197	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,5:21:99:145,0,622
3	48610625	.	G	T	45.80	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.27;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:21:74,0,21
3	48625266	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
3	48628920	.	C	T	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
3	48714699	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
3	48723302	.	G	C	269.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:298,24,0
3	48727112	.	G	A	796.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:825,57,0
3	48730116	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
3	48784270	.	G	A	284.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:313,21,0
3	48785637	.	T	C	71.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=-0.894;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.809;QD=3.26;ReadPosRankSum=0.809	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,4:22:99:100,0,705
3	48786362	.	T	C	11.12	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.863;ClippingRankSum=-0.373;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.969;QD=0.65;ReadPosRankSum=0.224	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,2:17:39:39,0,591
3	48786945	.	T	C	11.12	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=-1.104;DP=15;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.255;QD=0.74;ReadPosRankSum=1.274	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,2:15:39:39,0,513
3	48786991	.	T	C	190.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=-0.259;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.779;QD=15.90;ReadPosRankSum=-1.073	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,6:12:99:219,0,226
3	48787219	.	A	G	585.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:614,42,0
3	48787674	.	T	C	125.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=20.96;ReadPosRankSum=0.988	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:154,0,221
3	48787684	.	T	C	217.03	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=32.01;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:12:245,0,12
3	48787695	.	T	C	125.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=25.15;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:99:154,0,221
3	48787856	.	T	C	234.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=-0.825;DP=12;FS=2.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.239;QD=19.56;ReadPosRankSum=1.599	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,8:12:99:263,0,131
3	48787909	.	T	C	356.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=1.025;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.634;QD=20.99;ReadPosRankSum=0.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,10:17:99:385,0,236
3	48788616	.	T	C	63.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=-0.994;DP=31;FS=21.206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.262;QD=2.06;ReadPosRankSum=0.994	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,5:31:92:92,0,1021
3	48962128	.	T	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
3	48972344	.	T	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
3	48972351	.	A	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
3	48972892	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
3	49016056	.	A	G	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
3	49044767	.	C	T	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
3	49052785	.	T	A	1472.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,35:35:99:1501,105,0
3	49053219	.	A	G	1084.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1113,78,0
3	49054692	.	T	C	1496.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,36:36:99:1525,108,0
3	49070499	.	C	T	303.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:332,24,0
3	49135961	.	C	G	190.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:219,15,0
3	49145741	.	T	C	634.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:663,45,0
3	49156676	.	A	G	538.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:567,39,0
3	49162583	.	C	T	1131.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.843;ClippingRankSum=-1.150;DP=43;FS=16.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.013;QD=26.32;ReadPosRankSum=2.499	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,30:43:99:1160,0,396
3	49200137	.	G	T	416.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=-1.480;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.691;QD=32.06;ReadPosRankSum=1.283	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,11:13:51:445,0,51
3	49200627	.	A	G	196.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=-0.064;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.953;QD=8.20;ReadPosRankSum=-0.127	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,7:24:99:225,0,655
3	49200692	.	T	A	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=1.062;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.503;QD=2.36;ReadPosRankSum=1.845	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,3:19:73:73,0,631
3	49315600	.	C	T	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=-0.849;DP=15;FS=2.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.588;QD=5.45;ReadPosRankSum=0.979	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,4:15:99:110,0,414
3	49331060	.	T	C	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:70:70,0,108
3	49357958	.	T	C	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
3	49360038	.	T	C	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=8.95;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:73:73,0,97
3	49396751	.	T	C	535.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=-0.989;DP=61;FS=1.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.665;QD=8.78;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:44,17:61:99:564,0,1710
3	49397323	.	T	C	477.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=1.279;DP=66;FS=5.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.352;QD=7.24;ReadPosRankSum=-1.055	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:50,16:66:99:506,0,2033
3	49453505	.	T	C	451.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:480,33,0
3	49460910	.	G	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
3	49463700	.	C	T	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=10.44;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:70:70,0,75
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3	49548008	.	C	G	1291.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1320,90,0
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3	49571462	.	G	T	852.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.680;ClippingRankSum=-1.498;DP=38;FS=9.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.164;QD=22.44;ReadPosRankSum=1.195	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,24:38:99:881,0,491
3	49572894	.	T	C	807.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=-1.569;DP=21;FS=10.212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.578;QD=27.32;ReadPosRankSum=1.569	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,20:21:33:836,33,0
3	49713753	.	T	C	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
3	49755471	.	G	A	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=9.15;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:74:74,0,100
3	49760039	.	T	C	964.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:993,72,0
3	49760477	.	G	A	625.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=-0.701;DP=26;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.269;QD=24.07;ReadPosRankSum=0.485	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,17:26:99:654,0,317
3	49761834	.	C	T	19.81	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.537;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.396;QD=1.65;ReadPosRankSum=-0.107	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:48:48,0,391
3	49762662	.	G	T	175.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=-0.050;DP=17;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.452;QD=10.34;ReadPosRankSum=0.352	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,6:17:99:204,0,419
3	49763338	.	T	C	64.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=-1.399;DP=27;FS=15.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.853;QD=2.40;ReadPosRankSum=1.331	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,4:27:93:93,0,894
3	49866392	.	C	T	231.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=1.635;DP=12;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.309;QD=19.31;ReadPosRankSum=-1.788	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,7:12:99:260,0,174
3	49866584	.	T	G	395.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=-0.653;DP=17;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.151;QD=23.28;ReadPosRankSum=0.553	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,11:17:99:424,0,211
3	49924940	.	T	C	476.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.170;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.283;QD=28.05;ReadPosRankSum=-0.396	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,13:17:99:505,0,125
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3	49928691	.	T	C	1234.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1263,87,0
3	49936102	.	T	C	471.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.858;ClippingRankSum=-0.283;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.913;QD=20.51;ReadPosRankSum=0.850	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,14:23:99:500,0,334
3	49949071	.	A	G	393.18	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=-1.159;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.448;QD=32.77;ReadPosRankSum=0.869	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,11:12:10:421,0,10
3	50003246	.	C	T	41.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:69,6,0
3	50003586	.	G	A	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.94;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:72:72,0,79
3	50067350	.	T	C	92.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:27:121,0,27
3	50135834	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
3	50144951	.	T	C	103.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.213;DP=24;FS=4.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.355;QD=4.32;ReadPosRankSum=0.213	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,5:24:99:132,0,728
3	50149728	.	A	G	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=8.55;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:71:71,0,118
3	50150555	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:77:78,0,77
3	50153356	.	T	C	324.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=-0.027;DP=44;FS=14.379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.111;QD=7.38;ReadPosRankSum=1.165	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:33,11:44:99:353,0,1315
3	50155468	.	T	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
3	50197097	.	C	T	1404.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,33:33:99:1433,99,0
3	50213525	.	G	A	88.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:116,9,0
3	50217234	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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3	50226151	.	T	C	1386.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,34:34:99:1415,102,0
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3	50332697	.	G	A	184.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:213,15,0
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3	50619906	.	G	C	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
3	50620015	.	G	A	238.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:267,21,0
3	50623347	.	C	T	139.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:167,12,0
3	50644134	.	C	T	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
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3	50685642	.	A	G	1060.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1089,78,0
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3	51432895	.	T	C	303.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:332,24,0
3	51434215	.	A	C	151.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.256;QD=11.67;ReadPosRankSum=-0.212	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,5:13:99:180,0,302
3	51529233	.	G	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,40
3	51697493	.	A	G	325.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:354,24,0
3	51705962	.	G	A	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
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3	51999463	.	G	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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3	52084040	.	C	T	322.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=1.296;DP=11;FS=9.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.589;QD=29.34;ReadPosRankSum=-0.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,9:11:51:351,0,51
3	52109407	.	T	C	259.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.666;ClippingRankSum=-1.179;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=28.86;ReadPosRankSum=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:61:288,0,61
3	52109841	.	T	C	276.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.821;ClippingRankSum=-1.377;DP=18;FS=1.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.111;QD=15.38;ReadPosRankSum=1.200	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,8:18:99:305,0,375
3	52237970	.	C	T	757.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=-0.892;DP=35;FS=4.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.589;QD=21.65;ReadPosRankSum=0.791	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,21:35:99:786,0,486
3	52273421	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
3	52288945	.	T	C	534.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=-0.477;DP=24;FS=1.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.477;QD=22.28;ReadPosRankSum=0.477	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,15:24:99:563,0,315
3	52407041	.	C	T	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:70:70,0,119
3	52448913	.	A	G	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
3	52449047	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
3	52492707	.	T	C	399.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:428,30,0
3	52510592	.	G	A	668.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:697,51,0
3	52515533	.	T	C	587.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:616,45,0
3	52516293	.	C	G	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
3	52517206	.	G	A	311.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:340,24,0
3	52523405	.	C	T	750.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:779,57,0
3	52643777	.	C	T	17.84	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=-1.004;DP=14;FS=3.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.091;QD=1.27;ReadPosRankSum=0.822	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:46:46,0,442
3	52719816	.	C	T	219.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:248,21,0
3	52723782	.	A	G	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=23.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:57:123,0,57
3	52723783	.	A	G	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:57:123,0,57
3	52723847	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
3	52724486	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	52745087	.	T	C	363.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:392,27,0
3	52867288	.	A	T	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
3	52867715	.	G	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
3	52869263	.	C	A	182.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:211,15,0
3	52871031	.	C	T	240.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:269,18,0
3	52871236	.	C	G	355.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:384,30,0
3	52872264	.	A	G	444.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:473,33,0
3	52872311	.	C	G	731.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:760,54,0
3	52872874	.	A	G	413.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:442,30,0
3	52873017	.	A	G	532.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:561,39,0
3	52873039	.	T	C	682.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:711,51,0
3	52873568	.	A	G	327.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:356,24,0
3	52874099	.	T	C	236.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:265,18,0
3	52874446	.	C	T	526.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:555,39,0
3	52935459	.	G	A	46.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
3	52936763	.	C	T	132.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:160,12,0
3	52938092	.	C	G	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
3	52947585	.	C	T	108.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=-0.849;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.231;QD=8.37;ReadPosRankSum=0.694	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,4:13:99:137,0,362
3	53080555	.	C	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
3	53106047	.	T	C	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
3	53120889	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
3	53125922	.	T	C	80.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.230;ClippingRankSum=0.577;DP=33;FS=2.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.176;QD=2.45;ReadPosRankSum=-0.326	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,5:33:99:109,0,1110
3	53201613	.	C	T	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
3	53205494	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
3	53206573	.	T	C	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
3	53213657	.	T	C	955.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=-1.374;DP=36;FS=5.108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.378;QD=26.55;ReadPosRankSum=1.374	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,25:36:99:984,0,371
3	53216051	.	T	C	237.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:266,18,0
3	53216189	.	T	C	38.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:66,6,0
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3	53262000	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
3	53262773	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
3	53264485	.	A	G	2093.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=0.469;DP=80;FS=3.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.964;QD=26.17;ReadPosRankSum=1.133	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,54:79:99:2122,0,879
3	53265206	.	A	C	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
3	53265766	.	C	T	270.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:299,21,0
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3	53267100	.	C	A	205.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=25.72;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:62:234,0,62
3	53267133	.	G	C	477.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:506,36,0
3	53267155	.	G	A	185.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.813;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.705;QD=11.61;ReadPosRankSum=-0.054	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,6:16:99:214,0,375
3	53267962	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
3	53268303	.	C	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
3	53269046	.	T	C	1489.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.580;ClippingRankSum=0.940;DP=90;FS=6.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.494;QD=16.55;ReadPosRankSum=-1.094	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:49,41:90:99:1518,0,1862
3	53269163	.	G	A	2392.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=-0.191;DP=83;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.481;QD=28.83;ReadPosRankSum=2.007	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,61:83:99:2421,0,716
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3	53269679	.	A	G	272.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:301,21,0
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3	53269802	.	T	A	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:76,0,37
3	53270062	.	G	C	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.988;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=14.29;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:98:114,0,98
3	53270113	.	A	T	211.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=-0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=30.25;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:25:240,0,25
3	53270169	.	G	T	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.69;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:115,0,33
3	53270344	.	T	C	137.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:165,12,0
3	53270424	.	A	G	177.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:206,15,0
3	53270682	.	G	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:81,0,36
3	53270849	.	G	C	127.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=25.55;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:30:156,0,30
3	53271040	.	A	C	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:12:178,12,0
3	53271047	.	A	G	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:12:178,12,0
3	53272067	.	G	A	241.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=-0.762;DP=9;FS=3.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=26.86;ReadPosRankSum=0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:59:270,0,59
3	53272314	.	T	C	569.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=1.309;DP=20;FS=8.951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.175;QD=28.49;ReadPosRankSum=-1.047	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,15:20:99:598,0,159
3	53272889	.	G	A	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;ClippingRankSum=1.754;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.54;ReadPosRankSum=-0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:102,0,154
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3	53273192	.	G	C	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=-0.762;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:63:63,0,525
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3	53925849	.	C	T	431.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=-2.240;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.718;QD=22.72;ReadPosRankSum=2.071	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,12:19:99:460,0,236
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3	56454366	.	C	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
3	56597954	.	C	T	80.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=-0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=10.10;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:109,0,192
3	56604047	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
3	56604138	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	56604730	.	A	G	51.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:24:80,0,24
3	56627598	.	A	G	193.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:222,15,0
3	56649759	.	T	C	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
3	56650012	.	G	C	280.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:309,21,0
3	56652058	.	C	A	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:30:81,0,30
3	56654322	.	T	C	131.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=21.96;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:65:160,0,65
3	56654703	.	T	C	276.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.271;ClippingRankSum=0.480;DP=10;FS=8.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.898;QD=27.68;ReadPosRankSum=-0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,8:10:60:305,0,60
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3	57142894	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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3	57565712	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:81,0,33
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3	57613089	.	T	C	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=-1.589;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=4.60;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:65:65,0,226
3	57613113	.	T	C	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=-1.537;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=14.29;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:114,0,215
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3	57879611	.	T	G	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
3	57882294	.	G	A	15.88	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=1.969;DP=29;FS=2.235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.824;QD=0.55;ReadPosRankSum=-1.110	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,3:29:44:44,0,1018
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3	57973920	.	G	A	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
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3	58041900	.	C	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
3	58126436	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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3	58409063	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	58409082	.	A	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
3	58409763	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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3	58413662	.	G	A	635.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=-1.141;DP=31;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.380;QD=20.51;ReadPosRankSum=1.261	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,18:31:99:664,0,463
3	58416538	.	T	C	1125.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1154,81,0
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3	61728339	.	C	A	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.38	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,2:2:60:81,0,60
3	63850298	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	63850299	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	64079930	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
3	64079994	.	C	T	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
3	64133350	.	A	G	115.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:143,12,0
3	65340908	.	C	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
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3	66431269	.	G	A	214.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.753;ClippingRankSum=0.336;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.112;QD=10.23;ReadPosRankSum=0.261	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,7:21:99:243,0,521
3	66433676	.	A	G	121.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.361;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.881;QD=13.53;ReadPosRankSum=0.729	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:150,0,191
3	66434643	.	T	C	61.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.383;DP=22;FS=5.328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.405;QD=2.81;ReadPosRankSum=-0.468	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,4:22:90:90,0,626
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3	67426587	.	C	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
3	67437003	.	C	T	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=14.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:72,0,34
3	67507775	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
3	67802219	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	67805858	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
3	69025629	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
3	69026314	.	G	A	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,78
3	69070399	.	A	C	113.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.421;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=14.22;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:142,0,143
3	69070457	.	G	A	61.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.546;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=6.18;ReadPosRankSum=-1.386	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:90:90,0,266
3	69074930	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	69096614	.	G	A	166.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=-1.500;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.300;QD=6.95;ReadPosRankSum=1.633	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,6:24:99:195,0,719
3	69121957	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
3	69151152	.	C	A	1021.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=2.483;DP=40;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.415;QD=25.54;ReadPosRankSum=-2.483	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,27:40:99:1050,0,451
3	69153854	.	G	T	1384.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,33:33:99:1413,99,0
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3	71241895	.	T	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
3	71241903	.	G	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
3	72426074	.	T	A	38.80	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=4.31;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:21:67,0,21
3	72426577	.	G	C	493.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:522,36,0
3	72426901	.	A	G	405.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:434,30,0
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3	73056498	.	G	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
3	73104377	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
3	73111809	.	A	G	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=20.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:30:112,0,30
3	73111973	.	A	G	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:116,0,33
3	73111998	.	C	T	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
3	73115175	.	A	G	130.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=18.68;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:98:159,0,98
3	73115786	.	T	C	547.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.505;ClippingRankSum=-0.311;DP=26;FS=1.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.208;QD=21.07;ReadPosRankSum=0.208	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,15:26:99:576,0,393
3	73116437	.	C	G	123.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.881;QD=13.75;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:152,0,200
3	73118221	.	C	A	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
3	73130572	.	C	T	286.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:315,21,0
3	73130578	.	T	C	286.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:315,21,0
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3	73159958	.	C	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:87,6,0
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3	73159965	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
3	73159985	.	A	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
3	73159989	.	C	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:83,6,0
3	73159991	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:83,6,0
3	73160095	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	73160099	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	73161028	.	C	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
3	73161030	.	G	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
3	73161037	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
3	75465297	.	T	C	131.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=21.96;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:62:160,0,62
3	75465895	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:37:39,0,37
3	75466085	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
3	75466786	.	G	T	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.69;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:75:75,0,78
3	75469362	.	T	C	92.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:121,0,34
3	75471341	.	G	A	18.82	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=-1.875;DP=13;FS=3.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.099;QD=1.45;ReadPosRankSum=1.678	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:47:47,0,425
3	75472209	.	C	T	62.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=-0.370;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.185;QD=4.83;ReadPosRankSum=-0.185	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,3:12:91:91,0,357
3	75473627	.	C	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
3	75674060	.	T	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
3	75688362	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	75768413	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	75779269	.	A	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
3	75779464	.	G	A	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
3	75781526	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	75784656	.	T	C	10.20	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.10;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:38:38,0,40
3	75785358	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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3	87298183	.	T	C	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
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3	93778196	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,120
3	96068547	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	96068549	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	96069500	.	A	G	194.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:223,15,0
3	96070078	.	T	C	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
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3	96337312	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	97594261	.	G	A	187.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=23.47;ReadPosRankSum=1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:50:216,0,50
3	97595379	.	G	A	92.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:32:121,0,32
3	97660106	.	A	C	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=17.55;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:66:116,0,66
3	97664725	.	C	T	392.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=-0.702;DP=21;FS=1.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.124;QD=18.70;ReadPosRankSum=1.528	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,11:19:99:421,0,288
3	97672312	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	97673268	.	A	C	867.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:896,63,0
3	98225441	.	A	C	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:80,0,35
3	98225660	.	T	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
3	98236941	.	C	T	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
3	98298600	.	C	T	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=5.30;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:60:60,0,163
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3	98532415	.	T	C	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
3	98540982	.	A	G	46.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
3	98541116	.	G	A	1076.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1105,75,0
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3	98563619	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	98620372	.	G	A	391.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:420,30,0
3	99564321	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
3	99860401	.	G	A	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:77,0,36
3	99886662	.	G	A	392.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=1.003;DP=44;FS=12.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.283;QD=8.93;ReadPosRankSum=0.849	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,13:44:99:421,0,1237
3	100042849	.	A	T	485.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:41:514,41,0
3	100043289	.	C	T	726.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:755,54,0
3	100051450	.	T	C	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
3	100082857	.	C	G	972.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:1001,69,0
3	100084020	.	T	A	21.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.107;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.107;QD=1.82;ReadPosRankSum=1.396	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:50:50,0,404
3	100428460	.	G	C	1153.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1182,90,0
3	100448183	.	T	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
3	100452911	.	T	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
3	100453859	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
3	100461442	.	T	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
3	100462527	.	A	C	228.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:257,18,0
3	100463984	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	100465235	.	A	G	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=18.94;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:104,0,34
3	100465609	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
3	100467018	.	T	C	2249.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,52:52:99:2278,157,0
3	100467673	.	G	A	422.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=-1.912;DP=50;FS=4.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.184;QD=8.46;ReadPosRankSum=2.020	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:36,14:50:99:451,0,1401
3	100467676	.	A	T	2029.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,46:46:99:2058,141,0
3	101043488	.	G	A	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
3	101043906	.	G	A	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
3	101049591	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
3	101052878	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
3	101054795	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
3	101055018	.	C	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
3	101085413	.	G	A	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
3	101280710	.	C	T	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
3	101285224	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	101295824	.	C	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
3	101308220	.	C	A	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
3	101311905	.	T	C	966.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:995,69,0
3	101312147	.	A	G	1124.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.387;DP=37;FS=3.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.092;QD=30.40;ReadPosRankSum=-0.203	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,29:37:99:1153,0,248
3	101383533	.	C	T	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=-0.582;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.493;QD=3.89;ReadPosRankSum=-0.313	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,4:21:99:110,0,651
3	101389864	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	101396972	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:41:78,0,41
3	101487526	.	T	A	132.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:160,12,0
3	101500980	.	A	C	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
3	101569726	.	A	C	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
3	101570375	.	A	T	187.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:216,15,0
3	101572635	.	T	G	40.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.906;ClippingRankSum=0.835;DP=25;FS=28.709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.033;QD=1.63;ReadPosRankSum=-0.033	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,7:23:69:69,0,1101
3	101572638	.	A	G	40.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.050;ClippingRankSum=-0.850;DP=21;FS=20.443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.350;QD=1.94;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,4:19:69:69,0,1101
3	101572822	.	C	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
3	101573052	.	C	G	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=-1.067;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.589;QD=4.47;ReadPosRankSum=1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:64:64,0,229
3	101576175	.	T	C	119.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.359;ClippingRankSum=0.130;DP=30;FS=1.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.493;QD=3.99;ReadPosRankSum=-0.441	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,6:30:99:148,0,965
3	101576762	.	G	A	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:65:65,0,157
3	101579158	.	A	G	122.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=-0.313;DP=22;FS=2.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=5.58;ReadPosRankSum=0.235	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,5:22:99:151,0,660
3	102722672	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
3	102722681	.	T	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
3	104221953	.	G	C	27.75	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:55,6,0
3	104221955	.	G	A	27.75	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:55,6,0
3	105092229	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	105111012	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	105121248	.	G	T	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.94;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:120,0,33
3	105252377	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	105252950	.	T	C	52.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:25:81,0,25
3	105260596	.	T	C	1367.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,32:32:96:1396,96,0
3	105266274	.	T	C	851.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.582;ClippingRankSum=-1.118;DP=32;FS=1.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.996;QD=26.62;ReadPosRankSum=-0.630	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,22:32:99:880,0,325
3	105294534	.	A	G	718.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=-2.238;DP=30;FS=4.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.043;QD=23.96;ReadPosRankSum=1.808	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,19:30:99:747,0,395
3	105295461	.	G	A	400.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=-2.277;DP=48;FS=2.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.088;QD=8.35;ReadPosRankSum=3.007	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,19:38:99:429,0,550
3	105295463	.	G	A	18.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=-1.246;DP=49;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.488;QD=0.38;ReadPosRankSum=1.970	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,8:39:83:83,0,1161
3	105374702	.	T	C	127.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=25.56;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:23:156,0,23
3	105375132	.	A	G	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.988;QD=13.29;ReadPosRankSum=-0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:108,0,115
3	105375746	.	A	G	27.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=-0.589;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.118;QD=2.52;ReadPosRankSum=0.354	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:56:56,0,352
3	105376942	.	A	T	369.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:398,27,0
3	105421034	.	C	T	111.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=-0.325;DP=26;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=4.30;ReadPosRankSum=0.455	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,5:26:99:140,0,794
3	105422844	.	C	T	988.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1017,72,0
3	105488247	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	105488254	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:90,6,0
3	105502831	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	105514933	.	T	A	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
3	105516875	.	C	T	47.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
3	105519195	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
3	105527222	.	T	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
3	105541105	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	105565615	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	105681253	.	C	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
3	107526033	.	T	A	362.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:391,30,0
3	107526863	.	A	T	388.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:417,30,0
3	107765249	.	T	C	322.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=-0.322;DP=12;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.752;QD=26.90;ReadPosRankSum=0.107	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,10:12:50:351,0,50
3	107765392	.	G	A	490.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:519,36,0
3	107771093	.	G	C	74.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.684;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.956	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:103,0,197
3	107771578	.	G	A	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=18.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:76:120,0,76
3	107772995	.	T	A	235.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:264,18,0
3	107809798	.	C	T	831.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:860,69,0
3	107884211	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
3	108263156	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
3	108403086	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
3	108410834	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	110611137	.	G	A	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
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3	111454732	.	A	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
3	111468298	.	G	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
3	111492395	.	T	C	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
3	111512041	.	T	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:72,0,36
3	111531730	.	G	A	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
3	111618332	.	G	C	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
3	111661308	.	C	A	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,40
3	111662002	.	A	G	188.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:217,15,0
3	111665575	.	A	G	133.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:161,12,0
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3	111673636	.	T	A	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:113,0,34
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3	111685328	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
3	111690151	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
3	111693554	.	T	C	683.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.307;ClippingRankSum=-2.561;DP=30;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.233;QD=22.79;ReadPosRankSum=2.392	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,18:30:99:712,0,414
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3	111703989	.	G	T	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:72:74,0,72
3	111708058	.	C	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
3	111823089	.	A	G	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
3	111826295	.	A	T	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.19;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:74:77,0,74
3	111828423	.	G	A	239.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:268,21,0
3	111836040	.	C	T	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.134;DP=12;FS=10.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=6.90;ReadPosRankSum=0.929	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,4:12:99:111,0,255
3	111836289	.	T	A	106.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.386;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.003;QD=8.21;ReadPosRankSum=-0.386	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,4:13:99:135,0,353
3	111836512	.	C	G	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.589;QD=4.47;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:64:64,0,243
3	111841303	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	111847684	.	G	A	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:71:71,0,116
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3	111852974	.	A	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
3	112272911	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	112280706	.	C	G	572.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:601,42,0
3	112302861	.	C	T	195.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:224,15,0
3	112340436	.	A	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
3	112359986	.	A	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
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3	112727462	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
3	112731405	.	C	T	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:80,0,37
3	113010466	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
3	113022870	.	T	C	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
3	113146130	.	T	C	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=9.44;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:66:66,0,77
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3	113435931	.	T	C	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:80,0,35
3	113673125	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
3	113679050	.	A	G	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
3	113679725	.	C	T	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
3	113680951	.	A	G	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.19;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:117,0,34
3	113725140	.	A	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
3	113725154	.	G	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
3	113725156	.	C	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
3	113725157	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
3	113804979	.	G	A	512.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.397;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.079;QD=32.05;ReadPosRankSum=-0.556	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,14:16:40:541,0,40
3	113806592	.	A	G	456.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=-0.962;DP=17;FS=2.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.849;QD=26.87;ReadPosRankSum=0.283	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,13:17:99:485,0,123
3	113821728	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	113821729	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	115036892	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
3	116140296	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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3	119225201	.	G	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
3	119228508	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
3	119392101	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	119542124	.	A	T	194.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=-0.839;DP=14;FS=3.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.452;QD=13.91;ReadPosRankSum=0.968	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,6:14:99:223,0,274
3	119542190	.	G	A	13.95	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.350;ClippingRankSum=-1.032;DP=16;FS=9.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.985;QD=0.87;ReadPosRankSum=1.191	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,2:16:42:42,0,553
3	119542778	.	C	A	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.156;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=-0.311	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,3:14:70:70,0,563
3	119813282	.	A	G	356.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:385,27,0
3	120045966	.	T	C	313.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=-0.231;DP=13;FS=5.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.849;QD=24.14;ReadPosRankSum=0.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,9:13:99:342,0,129
3	120048615	.	T	C	196.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.143;DP=12;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.408;QD=16.40;ReadPosRankSum=1.186	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,6:11:99:225,0,191
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3	120219039	.	G	C	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
3	120219042	.	A	C	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
3	120316415	.	G	T	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,114
3	120317469	.	A	G	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=8.95;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:73:73,0,112
3	120406886	.	G	C	109.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:137,12,0
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3	121415720	.	T	C	445.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.452;ClippingRankSum=-0.047;DP=18;FS=9.705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.140;QD=24.76;ReadPosRankSum=-0.796	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,12:18:99:474,0,191
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3	121468794	.	G	C	127.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=25.55;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:156,0,31
3	121469225	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:28:78,0,28
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3	121500699	.	C	T	328.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=-1.879;DP=22;FS=6.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.890;QD=14.94;ReadPosRankSum=2.473	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,10:22:99:357,0,438
3	121526204	.	G	A	180.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.635;DP=25;FS=11.364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.757;QD=7.23;ReadPosRankSum=1.059	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,7:25:99:209,0,721
3	121549966	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
3	121552736	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
3	121616840	.	C	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
3	121660664	.	A	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
3	121710969	.	A	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
3	121712805	.	G	C	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=-0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=9.97;ReadPosRankSum=1.920	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:108,0,196
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3	122082838	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
3	122086960	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	122133830	.	T	G	38.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=7.75;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:67:67,0,105
3	122134889	.	T	A	105.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:133,12,0
3	122139742	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
3	122141135	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
3	122141903	.	C	G	136.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:164,12,0
3	122144952	.	G	T	931.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:960,66,0
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3	122145810	.	T	A	1063.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1092,75,0
3	122186188	.	C	T	1113.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1142,78,0
3	122251838	.	C	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
3	122252204	.	T	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
3	122254769	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
3	122259606	.	T	C	1309.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,31:31:93:1338,93,0
3	122266336	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
3	122274757	.	G	C	156.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=-1.505;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.735;QD=6.82;ReadPosRankSum=1.505	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,6:23:99:185,0,650
3	122275148	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	122288210	.	G	A	750.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:779,54,0
3	122289921	.	T	C	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=22.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:30:117,0,30
3	122290579	.	C	T	369.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.505;ClippingRankSum=-0.517;DP=28;FS=6.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.505;QD=13.21;ReadPosRankSum=0.470	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,11:28:99:398,0,625
3	122291353	.	C	T	919.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:948,66,0
3	122292266	.	A	G	37.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.506;ClippingRankSum=0.502;DP=23;FS=6.788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.320;QD=1.64;ReadPosRankSum=-0.685	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,3:23:66:66,0,783
3	122293209	.	C	T	810.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:839,57,0
3	122418750	.	G	A	915.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:944,66,0
3	122419292	.	A	G	439.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.358;ClippingRankSum=-0.140;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.609;QD=24.43;ReadPosRankSum=0.047	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,12:18:99:468,0,198
3	122427670	.	C	T	141.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:170,15,0
3	122429820	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	122429867	.	A	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
3	122429938	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
3	122430285	.	C	T	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
3	122431789	.	T	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
3	122432171	.	G	A	312.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:341,24,0
3	122437321	.	T	C	1012.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1041,72,0
3	122437901	.	A	G	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=14.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:71,0,36
3	122440049	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
3	122444236	.	A	G	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
3	122445389	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	122445981	.	C	T	192.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=-1.067;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=24.10;ReadPosRankSum=1.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:63:221,0,63
3	122447596	.	C	T	1114.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:78:1143,78,0
3	122447601	.	C	A	623.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=1.664;DP=25;FS=1.828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.514;QD=24.95;ReadPosRankSum=-1.846	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,18:25:99:652,0,240
3	122447911	.	A	G	610.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.503;ClippingRankSum=0.702;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.969;QD=26.56;ReadPosRankSum=-0.167	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,16:23:99:639,0,236
3	122448644	.	A	G	470.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.111;ClippingRankSum=-2.645;DP=27;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.364;QD=17.44;ReadPosRankSum=2.645	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,13:27:99:499,0,518
3	122460194	.	T	A	137.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:165,12,0
3	122513964	.	A	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
3	122598291	.	A	G	354.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=-1.821;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.377;QD=19.71;ReadPosRankSum=1.821	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,10:18:99:383,0,305
3	122606731	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
3	122607800	.	C	T	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
3	122609974	.	C	A	115.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=16.54;ReadPosRankSum=-0.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:144,0,106
3	122853965	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	122864436	.	G	A	507.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=-1.082;DP=26;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=19.53;ReadPosRankSum=0.858	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,14:21:99:536,0,232
3	122990805	.	G	A	707.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:736,51,0
3	122991021	.	A	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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3	124837684	.	T	C	141.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:169,12,0
3	124839470	.	G	A	137.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:165,12,0
3	124896668	.	G	A	96.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=19.35;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:28:125,0,28
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3	124948552	.	G	A	323.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:352,24,0
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3	124965928	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
3	125028649	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
3	125029761	.	C	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
3	125063307	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
3	125081694	.	T	C	89.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:117,9,0
3	125166035	.	G	C	193.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=-0.935;DP=13;FS=11.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.101;QD=14.91;ReadPosRankSum=0.935	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,6:13:99:222,0,264
3	125189486	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
3	125247295	.	T	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
3	125248103	.	A	C	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=16.95;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:68:113,0,68
3	125249340	.	G	A	247.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.788;ClippingRankSum=-0.244;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.309;QD=20.65;ReadPosRankSum=0.135	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,7:12:99:276,0,178
3	125266387	.	G	A	349.98	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.423;ClippingRankSum=1.423;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.474;QD=31.82;ReadPosRankSum=-1.423	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,10:11:13:378,0,13
3	125314016	.	C	T	68.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=-0.573;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.001;QD=7.64;ReadPosRankSum=0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:97:97,0,222
3	125590994	.	A	G	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
3	125627364	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:37:39,0,37
3	125635515	.	C	G	122.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:150,12,0
3	125643847	.	G	A	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=9.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,112
3	125643860	.	G	A	160.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=26.80;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:28:189,0,28
3	125647486	.	A	T	315.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.664;ClippingRankSum=-1.479;DP=12;FS=7.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.479;QD=26.31;ReadPosRankSum=0.740	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,9:12:75:344,0,75
3	125647512	.	T	G	286.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=-1.271;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.898;QD=28.68;ReadPosRankSum=0.898	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,8:10:55:315,0,55
3	125648080	.	G	A	80.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=0.956;DP=8;FS=9.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=10.10;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:109,0,186
3	125648165	.	T	C	92.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=23.19;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:31:121,0,31
3	125648209	.	C	T	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=17.55;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:75:116,0,75
3	125648659	.	A	T	60.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=-1.221;DP=8;FS=7.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.956;QD=7.60;ReadPosRankSum=0.684	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:89:89,0,192
3	125726048	.	G	C	804.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:833,60,0
3	125742108	.	T	A	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
3	125743671	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
3	125744147	.	C	T	47.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.93;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:26:76,0,26
3	125786879	.	T	C	795.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:824,60,0
3	125802961	.	G	A	93.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
3	125804561	.	A	G	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
3	126156660	.	C	G	312.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.077;DP=13;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.237;QD=24.06;ReadPosRankSum=-0.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,9:13:99:341,0,132
3	126159370	.	G	A	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
3	126161438	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
3	126161439	.	A	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
3	126161625	.	T	C	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
3	126164782	.	G	A	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
3	126165359	.	C	T	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=8.95;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:73:73,0,120
3	126169091	.	T	C	66.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:94,9,0
3	126169230	.	C	T	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
3	126169472	.	T	C	224.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:253,18,0
3	126175401	.	G	A	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=5.40;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:66:66,0,205
3	126175410	.	G	C	175.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=-0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=25.11;ReadPosRankSum=1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:58:204,0,58
3	126175627	.	T	C	189.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:218,15,0
3	126176112	.	G	A	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=-1.606;DP=13;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.592;QD=4.06;ReadPosRankSum=0.930	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,3:13:81:81,0,361
3	126176756	.	C	A	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:80,0,37
3	126176885	.	G	A	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
3	126176952	.	T	C	223.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:252,18,0
3	126179492	.	G	A	62.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=-1.109;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.740;QD=5.23;ReadPosRankSum=0.925	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,3:12:91:91,0,345
3	126180047	.	C	G	279.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:308,24,0
3	126180088	.	A	G	78.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=-1.517;DP=8;FS=9.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=9.85;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:107,0,186
3	126194076	.	T	C	69.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=1.580;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.214;QD=6.98;ReadPosRankSum=-1.580	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:98:98,0,262
3	126194357	.	G	C	81.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=20.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:27:110,0,27
3	126310784	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	126329910	.	A	G	449.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:478,33,0
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3	126346584	.	T	G	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
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3	126737268	.	C	A	967.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=-0.557;DP=42;FS=12.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.230;QD=23.04;ReadPosRankSum=0.453	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,26:42:99:996,0,571
3	126739012	.	G	T	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
3	126746335	.	G	A	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
3	126747367	.	T	C	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=8.95;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:73:73,0,105
3	126752969	.	C	A	285.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=-0.190;DP=31;FS=4.192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.866;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.021	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,10:31:99:314,0,750
3	126753566	.	C	T	251.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.263;ClippingRankSum=-1.069;DP=40;FS=1.478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.389;QD=6.29;ReadPosRankSum=2.526	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,9:40:99:280,0,1232
3	126754644	.	G	C	245.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=-0.080;DP=39;FS=1.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.820;QD=6.30;ReadPosRankSum=0.016	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:29,10:39:99:274,0,1114
3	126754746	.	C	T	119.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=-0.941;DP=38;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.380;QD=3.15;ReadPosRankSum=0.861	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:32,6:38:99:148,0,1242
3	126755556	.	C	T	201.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=-0.424;DP=38;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.015;QD=5.31;ReadPosRankSum=0.424	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:29,8:37:99:230,0,1120
3	127292333	.	G	A	946.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.113;ClippingRankSum=-1.246;DP=37;FS=1.484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.047;QD=25.59;ReadPosRankSum=1.080	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,26:37:99:975,0,354
3	127323830	.	C	T	227.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=2.228;DP=11;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.896;QD=20.71;ReadPosRankSum=-2.228	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,7:11:99:256,0,134
3	127393255	.	C	T	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=8.44;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:62:62,0,74
3	127399121	.	C	T	164.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.633;QD=16.48;ReadPosRankSum=0.365	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,6:10:99:193,0,134
3	127408182	.	C	T	689.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.588;ClippingRankSum=-0.887;DP=54;FS=1.092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.439;QD=12.77;ReadPosRankSum=1.944	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:34,20:54:99:718,0,1284
3	127408239	.	G	A	289.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=-1.111;DP=51;FS=2.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.584;QD=5.68;ReadPosRankSum=0.607	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:40,11:51:99:318,0,1628
3	127408909	.	C	T	602.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=-0.232;DP=63;FS=7.728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.580;QD=9.57;ReadPosRankSum=0.082	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:44,19:63:99:631,0,1677
3	127409941	.	T	C	435.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=-0.508;DP=50;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.335;QD=8.72;ReadPosRankSum=0.443	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:36,14:50:99:464,0,1420
3	127410915	.	C	T	213.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=-0.670;DP=34;FS=5.902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.279;QD=6.29;ReadPosRankSum=1.604	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,8:34:99:242,0,987
3	127411436	.	C	T	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.589;QD=4.72;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:66:66,0,230
3	127412065	.	G	T	80.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=16.15;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:76:109,0,76
3	127413583	.	T	G	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:80,0,37
3	127432887	.	T	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
3	127434580	.	G	A	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.55;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:72:76,0,72
3	127439381	.	A	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
3	127542061	.	T	C	26.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.762;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=2.98;ReadPosRankSum=-0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:55:55,0,253
3	127779944	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
3	127780082	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
3	127781027	.	G	A	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
3	127784262	.	C	T	345.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:374,27,0
3	127790059	.	A	G	74.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.604;DP=53;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.754;QD=1.41;ReadPosRankSum=-0.604	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:47,6:53:99:103,0,1821
3	127790249	.	A	G	391.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=-1.220;DP=46;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.488;QD=8.52;ReadPosRankSum=1.293	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:33,13:46:99:420,0,1288
3	127806218	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
3	127983148	.	C	G	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
3	127983495	.	T	C	655.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:684,48,0
3	127991729	.	G	A	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
3	128126969	.	G	A	535.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=1.207;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.362;QD=25.51;ReadPosRankSum=-1.207	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,15:21:99:564,0,199
3	128152993	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	128205860	.	G	C	78.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.537;QD=13.13;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:107,0,111
3	128206618	.	C	A	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=9.19;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:65:65,0,69
3	128215735	.	G	A	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
3	128338953	.	T	C	2012.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,46:46:99:2041,138,0
3	128339057	.	A	T	409.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.028;ClippingRankSum=-3.181;DP=37;FS=1.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.134;QD=11.07;ReadPosRankSum=2.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,20:27:98:438,0,98
3	128339058	.	A	T	56.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=-1.732;DP=39;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.912;QD=1.46;ReadPosRankSum=0.046	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,7:32:85:85,0,596
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3	128483573	.	A	G	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
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3	129106684	.	T	C	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:30:120,0,30
3	129108435	.	G	C	122.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=17.54;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:151,0,108
3	129108915	.	C	T	123.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=24.75;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:30:152,0,30
3	129108935	.	C	T	159.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=26.63;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:28:188,0,28
3	129109377	.	T	G	123.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=-0.937;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=17.68;ReadPosRankSum=0.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:152,0,104
3	129109507	.	A	C	129.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=21.63;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:69:158,0,69
3	129110603	.	C	T	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:116,0,34
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3	129308209	.	G	A	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.19;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:70:77,0,70
3	129324193	.	A	G	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
3	129367024	.	T	A	226.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:255,18,0
3	129368730	.	C	T	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
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3	129510242	.	A	G	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
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3	129807179	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	129807186	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	129808002	.	T	C	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=8.55;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:71:71,0,111
3	129817379	.	C	T	190.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:219,15,0
3	129824844	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	129826002	.	G	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
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3	134093273	.	C	T	834.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:863,63,0
3	134280395	.	T	A	188.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:217,15,0
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3	137254633	.	A	C	186.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:215,15,0
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3	138122122	.	C	T	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=17.75;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:72:117,0,72
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3	138123854	.	C	T	121.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DP=9;FS=6.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=13.53;ReadPosRankSum=0.361	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:150,0,194
3	138124114	.	T	G	127.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:155,12,0
3	138213709	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	138217801	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
3	138244400	.	C	T	365.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.099;ClippingRankSum=-1.268;DP=13;FS=7.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.930;QD=28.14;ReadPosRankSum=0.761	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,10:13:95:394,0,95
3	138255405	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
3	138289221	.	C	T	229.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=1.154;DP=14;FS=5.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.670;QD=16.41;ReadPosRankSum=-1.154	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,7:14:99:258,0,260
3	138327696	.	C	A	24.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=1.532;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.061;QD=2.25;ReadPosRankSum=-1.061	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:53:53,0,331
3	138327951	.	T	C	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
3	138372984	.	G	T	500.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:529,36,0
3	138373330	.	T	A	19.81	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=1.283;DP=13;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.480;QD=1.52;ReadPosRankSum=-0.691	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:48:48,0,938
3	138373336	.	T	A	19.81	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;ClippingRankSum=1.369;DP=14;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.369;QD=1.42;ReadPosRankSum=-2.282	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:48:48,0,938
3	138510243	.	T	C	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:79,0,37
3	139070632	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
3	139075644	.	C	A	91.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:119,9,0
3	139075938	.	C	T	115.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.421;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=14.47;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:144,0,144
3	139107130	.	G	A	92.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=30.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:75:121,0,75
3	139107139	.	T	C	92.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:75:121,0,75
3	139108716	.	T	A	250.85	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=-0.747;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=31.36;ReadPosRankSum=0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:17:279,0,17
3	139213621	.	A	G	41.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:69,6,0
3	139214410	.	T	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
3	139214419	.	G	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
3	139214428	.	A	G	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
3	139238368	.	A	G	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
3	139243460	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
3	139244590	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	139244603	.	G	A	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
3	139258508	.	G	A	1082.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1111,78,0
3	139412260	.	A	T	76.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:104,9,0
3	140660837	.	C	T	199.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=-0.410;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.037;QD=9.51;ReadPosRankSum=0.261	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,7:21:99:228,0,527
3	140695993	.	T	A	1196.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,28:28:84:1225,84,0
3	140696799	.	C	T	870.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:899,66,0
3	140696929	.	C	T	1137.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,28:28:84:1166,84,0
3	140697729	.	C	T	373.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:402,30,0
3	140697941	.	C	A	848.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:877,60,0
3	140984705	.	C	A	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
3	140987278	.	C	T	44.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:72,6,0
3	140990456	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	141003354	.	C	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
3	141161776	.	G	T	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=-0.217;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.505;QD=3.45;ReadPosRankSum=0.072	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,3:15:80:80,0,467
3	141331565	.	T	C	22.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=-0.537;DP=12;FS=3.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.537;QD=1.90;ReadPosRankSum=-0.107	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:51:51,0,374
3	141642650	.	T	G	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
3	141663683	.	C	T	143.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:171,12,0
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3	142745293	.	A	G	497.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:526,36,0
3	142745582	.	A	T	68.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:96,9,0
3	142770314	.	G	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
3	142776151	.	C	T	693.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:722,51,0
3	142777508	.	C	A	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
3	142778355	.	C	T	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=16.55;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:72:111,0,72
3	142778666	.	C	T	186.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:215,15,0
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3	142897192	.	G	T	169.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=24.25;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:99:198,0,106
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3	146230714	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	146234269	.	A	G	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
3	146240470	.	G	A	216.94	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=-0.742;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=30.99;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:14:245,0,14
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3	146243189	.	G	A	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
3	146243898	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	146260889	.	T	C	130.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=26.15;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:159,0,31
3	146260903	.	T	C	90.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:119,0,34
3	148749621	.	T	C	204.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=29.26;ReadPosRankSum=-0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:22:233,0,22
3	148758135	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
3	148766666	.	T	C	395.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=-1.658;DP=17;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.658;QD=23.28;ReadPosRankSum=1.256	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,11:17:99:424,0,170
3	148786108	.	C	T	877.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:906,63,0
3	148847441	.	T	C	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=13.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:68,0,35
3	148881673	.	C	T	103.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=-0.694;DP=13;FS=11.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.849;QD=7.98;ReadPosRankSum=0.694	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,4:13:99:132,0,336
3	148891967	.	T	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
3	149002681	.	C	T	328.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=-1.239;DP=43;FS=10.967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.404;QD=7.65;ReadPosRankSum=1.127	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:32,11:43:99:357,0,1257
3	149002712	.	G	C	1072.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=-1.908;DP=45;FS=1.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.393;QD=23.84;ReadPosRankSum=0.574	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,28:45:99:1101,0,589
3	149002912	.	C	T	540.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=-0.931;DP=54;FS=17.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.093;QD=10.01;ReadPosRankSum=1.192	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:37,17:54:99:569,0,1401
3	149003109	.	C	T	18.82	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=3.14;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:47:47,0,154
3	149006039	.	G	A	42.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:70,6,0
3	149006756	.	C	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
3	149014360	.	G	A	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
3	149014453	.	C	T	47.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
3	149019086	.	G	A	46.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
3	149037352	.	C	G	185.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:214,15,0
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3	150179597	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
3	150181918	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
3	150259942	.	T	C	703.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:732,51,0
3	150259968	.	T	C	506.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=-1.031;DP=20;FS=2.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.196;QD=25.34;ReadPosRankSum=-0.124	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,14:20:99:535,0,187
3	150260853	.	C	T	1270.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.866;ClippingRankSum=-1.269;DP=49;FS=2.587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.203;QD=25.93;ReadPosRankSum=1.375	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,33:49:99:1299,0,545
3	150264003	.	G	C	2141.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=-3.214;DP=68;FS=9.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.999;QD=31.50;ReadPosRankSum=3.181	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,57:68:99:2170,0,254
3	150264136	.	G	A	1571.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=-1.298;DP=62;FS=3.875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.366;QD=25.35;ReadPosRankSum=1.374	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,43:62:99:1600,0,592
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3	150345664	.	A	G	221.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.101;ClippingRankSum=-0.583;DP=40;FS=1.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.101;QD=5.54;ReadPosRankSum=2.041	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,9:40:99:250,0,1217
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3	155660576	.	C	G	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.19;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:77:77,0,78
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3	155660900	.	A	G	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:9:125,9,0
3	155660909	.	A	G	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
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3	156258531	.	T	A	323.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.232;ClippingRankSum=-1.232;DP=21;FS=1.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.106;QD=15.42;ReadPosRankSum=1.444	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,10:21:99:352,0,415
3	156258817	.	T	C	678.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=-0.750;DP=26;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.972;QD=26.11;ReadPosRankSum=0.806	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,18:26:99:707,0,271
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3	156259288	.	T	C	186.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=1.759;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.352;QD=10.38;ReadPosRankSum=-0.553	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,6:17:99:215,0,815
3	156259295	.	T	C	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=-0.085;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.930;QD=6.52;ReadPosRankSum=-1.775	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,3:13:99:113,0,934
3	156259348	.	G	A	58.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=11.75;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:76:87,0,76
3	156259406	.	T	C	455.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=-0.702;DP=18;FS=4.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.515;QD=25.32;ReadPosRankSum=1.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,12:18:99:484,0,214
3	156259407	.	T	C	352.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=0.844;DP=18;FS=4.665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.177;QD=19.60;ReadPosRankSum=1.200	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,10:18:99:381,0,571
3	156259485	.	G	A	937.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=-0.338;DP=38;FS=3.099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.892;QD=24.68;ReadPosRankSum=-0.554	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,25:38:99:966,0,460
3	156260202	.	C	T	137.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=2.044;DP=28;FS=4.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.980;QD=4.92;ReadPosRankSum=-1.260	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,6:28:99:166,0,878
3	156260245	.	G	A	1088.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1117,78,0
3	156266642	.	C	T	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
3	156266880	.	C	T	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:80,0,34
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3	156423811	.	A	G	732.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:761,54,0
3	156465769	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
3	156527410	.	G	T	286.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:315,21,0
3	156868450	.	T	C	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=-0.382;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=6.43;ReadPosRankSum=0.566	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:99:99,0,319
3	156875341	.	G	A	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.15;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:74:74,0,120
3	156876574	.	A	G	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=6.13;ReadPosRankSum=-1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:65:65,0,161
3	156878565	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
3	157071080	.	G	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
3	157071087	.	G	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
3	157921392	.	T	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
3	158289035	.	T	A	222.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=-1.670;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.959;QD=10.13;ReadPosRankSum=1.315	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,9:21:99:251,0,346
3	158362500	.	A	G	35.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=1.722;DP=23;FS=2.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.191;QD=1.56;ReadPosRankSum=0.765	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,3:22:64:64,0,710
3	158366900	.	G	A	39.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=-0.670;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.191;QD=1.81;ReadPosRankSum=0.478	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,3:22:68:68,0,739
3	158416952	.	A	G	120.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.046;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.602;QD=6.36;ReadPosRankSum=2.083	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,5:19:99:149,0,560
3	158416973	.	A	T	813.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:842,60,0
3	158417366	.	T	C	58.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=-0.650;DP=15;FS=6.166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.505;QD=3.92;ReadPosRankSum=0.650	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,3:15:87:87,0,513
3	158417367	.	T	C	15.88	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=1.783;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.613;QD=1.06;ReadPosRankSum=-1.274	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,2:15:44:44,0,584
3	158418720	.	C	T	108.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.933;ClippingRankSum=-1.867;DP=14;FS=10.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.533;QD=7.77;ReadPosRankSum=1.733	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,5:14:99:137,0,343
3	158420476	.	G	A	111.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=1.239;DP=12;FS=2.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.600;QD=9.31;ReadPosRankSum=-1.239	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,4:12:99:140,0,320
3	158421649	.	T	C	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=0.000;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.715;QD=6.43;ReadPosRankSum=0.382	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:99:99,0,306
3	158421809	.	T	G	17.84	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=-0.274;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.734;QD=1.27;ReadPosRankSum=0.456	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:46:46,0,483
3	158422506	.	G	A	146.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=0.529;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.977;QD=12.23;ReadPosRankSum=-0.244	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,5:12:99:175,0,270
3	158423853	.	T	C	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=-1.067;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=4.60;ReadPosRankSum=1.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:65:65,0,233
3	158426185	.	G	C	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.818;ClippingRankSum=-1.214;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.580;QD=7.68;ReadPosRankSum=1.214	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:105,0,276
3	158426566	.	T	C	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:63:63,0,198
3	158427589	.	T	G	65.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=-0.740;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.294;QD=5.48;ReadPosRankSum=0.555	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,3:12:94:94,0,352
3	158429009	.	T	C	18.82	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=-0.762;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=2.09;ReadPosRankSum=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:47:47,0,262
3	158430706	.	A	G	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=4.72;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:66:66,0,241
3	158431870	.	A	G	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.988;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=14.13;ReadPosRankSum=-0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:113,0,107
3	158448276	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
3	158449965	.	T	C	207.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=-0.549;DP=70;FS=1.252;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.065;QD=2.97;ReadPosRankSum=0.339	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:59,11:70:99:236,0,2148
3	158450080	.	T	C	337.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=0.619;DP=75;FS=1.100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.161;QD=4.50;ReadPosRankSum=-0.148	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:59,15:74:99:366,0,2039
3	158450151	.	C	T	298.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.505;ClippingRankSum=-0.149;DP=74;FS=8.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.918;QD=4.04;ReadPosRankSum=0.794	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:65,9:74:99:327,0,6424
3	158450169	.	C	G	298.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.979;DP=62;FS=1.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.718;QD=4.82;ReadPosRankSum=-1.019	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:53,9:62:99:327,0,6424
3	158450178	.	A	G	298.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=0.457;DP=59;FS=6.712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.598;QD=5.06;ReadPosRankSum=0.246	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:52,7:59:99:327,0,6424
3	158450298	.	C	G	190.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=-1.309;DP=12;FS=10.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.461;QD=15.90;ReadPosRankSum=1.309	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,7:12:99:219,0,157
3	158450417	.	T	C	107.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.344;ClippingRankSum=-0.636;DP=14;FS=10.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.495;QD=7.70;ReadPosRankSum=0.636	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,4:14:99:136,0,386
3	158460602	.	C	T	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-1.495;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=5.25;ReadPosRankSum=1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:65:65,0,190
3	159488342	.	C	T	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
3	160131347	.	A	G	28.77	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.046;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.959;QD=1.25;ReadPosRankSum=0.046	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,3:23:57:57,0,813
3	160152076	.	T	C	63.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=-0.761;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.254;QD=4.91;ReadPosRankSum=0.592	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,3:13:92:92,0,402
3	160152299	.	C	A	189.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=-0.194;DP=14;FS=2.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.485;QD=13.55;ReadPosRankSum=0.065	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,6:14:99:218,0,306
3	160154747	.	A	G	41.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=13.93;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:25:70,0,25
3	160213102	.	G	A	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=-0.322;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.221;QD=10.22;ReadPosRankSum=0.684	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:110,0,158
3	160216261	.	T	C	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.550;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=11.97;ReadPosRankSum=-0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:112,0,141
3	160227606	.	A	G	758.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.125;ClippingRankSum=-0.970;DP=46;FS=1.115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.353;QD=16.49;ReadPosRankSum=0.110	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,21:46:99:787,0,947
3	160283126	.	A	C	312.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.858;ClippingRankSum=-1.137;DP=25;FS=4.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.416;QD=12.51;ReadPosRankSum=1.137	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,10:25:99:341,0,459
3	160787502	.	C	T	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
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3	160790870	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:81:81,0,81
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3	160793678	.	C	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
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3	160968914	.	T	C	769.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=-2.510;DP=23;FS=6.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.593;QD=33.47;ReadPosRankSum=2.510	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,20:23:59:798,0,59
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3	161065441	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
3	166579161	.	T	C	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
3	167727270	.	G	A	190.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:219,15,0
3	167727417	.	C	T	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
3	169492101	.	C	T	215.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=-0.342;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.513;QD=12.69;ReadPosRankSum=0.439	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,7:17:99:244,0,391
3	169806691	.	T	C	25.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.762;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=2.86;ReadPosRankSum=-0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:54:54,0,250
3	169806816	.	A	G	232.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:261,18,0
3	169807839	.	G	T	312.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:341,24,0
3	169809810	.	T	C	30.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=-1.067;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=3.85;ReadPosRankSum=1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:59:59,0,228
3	169813340	.	C	T	133.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:161,12,0
3	169833920	.	G	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
3	170022222	.	G	T	92.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=-0.588;DP=15;FS=5.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.501;QD=6.18;ReadPosRankSum=0.196	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,4:15:99:121,0,436
3	170022828	.	T	C	302.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.937;ClippingRankSum=-0.735;DP=22;FS=1.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.534;QD=13.76;ReadPosRankSum=1.202	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,9:22:99:331,0,497
3	170075701	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
3	170075833	.	C	T	128.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=25.76;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:25:157,0,25
3	170076006	.	C	G	159.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:188,15,0
3	170077713	.	A	G	457.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.072;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.072;QD=30.52;ReadPosRankSum=-0.505	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,12:15:90:486,0,90
3	170078232	.	C	T	952.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.110;DP=33;FS=11.716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.343;QD=28.87;ReadPosRankSum=2.092	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,26:33:99:981,0,188
3	170110412	.	C	T	55.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.505;DP=15;FS=11.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.938;QD=3.72;ReadPosRankSum=-0.650	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,3:15:84:84,0,464
3	170110529	.	T	A	670.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:699,48,0
3	170112307	.	T	G	398.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:427,30,0
3	170113481	.	G	A	369.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=-1.055;DP=17;FS=9.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.251;QD=21.75;ReadPosRankSum=0.854	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,11:17:99:398,0,201
3	170113601	.	G	A	486.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=-1.614;DP=16;FS=11.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.807;QD=30.42;ReadPosRankSum=1.345	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,13:16:80:515,0,80
3	170214318	.	C	T	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=1.380;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=5.30;ReadPosRankSum=-1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:60:60,0,150
3	170610368	.	A	G	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
3	170780930	.	A	G	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=8.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:70:70,0,117
3	170825905	.	C	G	232.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:261,18,0
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3	171087469	.	G	A	186.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:215,15,0
3	171178897	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
3	171338237	.	T	G	32.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=4.68;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:61:61,0,188
3	171770992	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
3	171778354	.	C	T	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
3	171795540	.	G	A	26.75	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:54,6,0
3	171853983	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	171864595	.	G	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
3	171873767	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	171911308	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	171916714	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	171920569	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
3	171969077	.	C	G	597.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.741;ClippingRankSum=-1.045;DP=28;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.348;QD=21.35;ReadPosRankSum=1.137	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,16:28:99:626,0,427
3	172046861	.	T	C	323.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.409;ClippingRankSum=-0.849;DP=31;FS=5.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.344;QD=10.44;ReadPosRankSum=-0.252	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,10:29:99:352,0,701
3	172056691	.	A	G	47.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
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3	172099011	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:69:69,0,110
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3	176750426	.	C	T	42.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:23:71,0,23
3	178735842	.	G	A	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
3	178738432	.	T	C	190.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:219,15,0
3	178740218	.	T	G	37.50	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
3	178740893	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
3	178741082	.	A	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.69;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:75:75,0,76
3	178742044	.	T	C	143.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:171,12,0
3	178742671	.	G	A	88.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:116,9,0
3	178742690	.	T	C	228.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:257,18,0
3	178785549	.	G	A	139.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:167,12,0
3	178919193	.	G	A	12.05	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=-2.143;DP=16;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.714;QD=0.75;ReadPosRankSum=2.143	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,2:16:40:40,0,506
3	178952085	.	A	G	565.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=-0.950;DP=19;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.250;QD=29.78;ReadPosRankSum=0.850	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,15:19:99:594,0,111
3	178970010	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	178977111	.	G	T	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
3	178977844	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	178978328	.	C	T	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
3	178978542	.	G	A	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
3	178978689	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	179040643	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	179040651	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	179043023	.	A	G	60.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.516;ClippingRankSum=-0.217;DP=15;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=4.05;ReadPosRankSum=0.072	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,3:15:89:89,0,448
3	179047817	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	179055180	.	A	G	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:80,0,35
3	179056139	.	A	G	187.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:216,15,0
3	179091862	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	179093798	.	G	A	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
3	179096508	.	C	G	1080.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1109,78,0
3	179111144	.	G	A	116.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:144,12,0
3	179115380	.	C	T	608.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:637,45,0
3	179115411	.	T	C	64.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=1.437;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.437;QD=4.98;ReadPosRankSum=-0.085	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,3:13:93:93,0,374
3	179115555	.	T	C	57.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.883;ClippingRankSum=0.942;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.404;QD=3.61;ReadPosRankSum=0.673	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,3:16:86:86,0,482
3	179115571	.	T	C	13.95	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.191;ClippingRankSum=-0.556;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.238;QD=0.87;ReadPosRankSum=-0.397	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,2:16:42:42,0,592
3	179115577	.	T	C	13.95	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.667;ClippingRankSum=-0.238;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.238;QD=0.87;ReadPosRankSum=1.826	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,2:16:42:42,0,578
3	179115621	.	T	C	17.84	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=-0.467;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.713;QD=1.27;ReadPosRankSum=0.778	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,3:14:46:46,0,864
3	179115627	.	T	C	507.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=-1.203;DP=13;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.134;QD=27.04;ReadPosRankSum=-1.737	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,12:13:26:536,0,26
3	179115630	.	T	C	233.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=-0.312;DP=13;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.377;QD=17.98;ReadPosRankSum=-0.660	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,7:13:99:262,0,311
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3	179116120	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
3	179116216	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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3	179116260	.	A	G	269.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:298,21,0
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3	179118689	.	C	T	397.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:426,30,0
3	179137273	.	A	G	367.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:396,27,0
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3	179325722	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
3	179327082	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
3	179371154	.	C	T	217.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=1.179;DP=9;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=24.20;ReadPosRankSum=-1.666	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:65:246,0,65
3	180328027	.	C	G	559.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=-0.237;DP=18;FS=6.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.118;QD=31.10;ReadPosRankSum=-0.118	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,15:18:76:588,0,76
3	180331435	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
3	180332991	.	G	A	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,40
3	180638977	.	G	A	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
3	180691092	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
3	180702240	.	C	T	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=5.25;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:65:65,0,182
3	182511351	.	C	T	182.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=-0.762;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=20.31;ReadPosRankSum=0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:51:211,0,51
3	182658429	.	C	T	45.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:73,6,0
3	182659953	.	T	C	285.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:314,21,0
3	182681740	.	C	T	772.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:801,57,0
3	182737208	.	A	T	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
3	182737509	.	A	G	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
3	182743969	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
3	182744376	.	T	C	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.666;ClippingRankSum=-0.762;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:63:63,0,282
3	182745131	.	A	G	184.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:213,15,0
3	182745757	.	A	T	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
3	182747552	.	A	G	182.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:211,15,0
3	182747818	.	T	C	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
3	182748812	.	T	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
3	182749041	.	T	G	226.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:255,18,0
3	182749656	.	T	C	179.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:208,15,0
3	182749665	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:70:78,0,70
3	182751130	.	A	G	213.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:242,18,0
3	182751411	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
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3	182755209	.	T	G	673.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=-0.452;DP=21;FS=10.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.653;QD=32.08;ReadPosRankSum=0.653	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,18:21:66:702,0,66
3	182790249	.	G	A	651.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:680,48,0
3	182803532	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
3	182850289	.	C	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
3	182869163	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
3	182871962	.	C	T	770.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.407;ClippingRankSum=-1.853;DP=27;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.028;QD=28.55;ReadPosRankSum=1.853	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,20:27:99:799,0,205
3	182991927	.	T	C	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:64:74,0,64
3	183015294	.	A	G	139.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:167,12,0
3	183015434	.	T	C	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
3	183015504	.	A	G	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=7.15;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:64:64,0,119
3	183018541	.	C	G	14.68	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=14.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:41,3,0
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3	183029331	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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3	183400488	.	C	G	97.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.546;DP=16;FS=2.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.546;QD=6.11;ReadPosRankSum=-0.667	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,4:16:99:126,0,460
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3	183460343	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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3	183520112	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
3	183522929	.	C	T	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
3	183528442	.	C	T	686.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.149;ClippingRankSum=0.638;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.298;QD=31.22;ReadPosRankSum=-0.638	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,18:22:99:715,0,104
3	183530978	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
3	183530986	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:89,6,0
3	183533964	.	T	C	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=15.29;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:70:120,0,70
3	183534069	.	G	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:28:78,0,28
3	183534170	.	C	T	167.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=27.96;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:24:196,0,24
3	183534538	.	T	C	172.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:201,15,0
3	183534913	.	A	G	131.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=21.96;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:66:160,0,66
3	183534976	.	G	A	327.88	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.393;ClippingRankSum=1.393;DP=10;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.696;QD=32.79;ReadPosRankSum=-1.393	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,9:10:16:356,0,16
3	183535094	.	C	T	193.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:222,15,0
3	183543291	.	G	A	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
3	183560195	.	A	G	58.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=0.239;DP=27;FS=13.900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.171;QD=2.18;ReadPosRankSum=-0.239	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,4:27:87:87,0,906
3	183594214	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
3	183660585	.	G	A	19.81	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.552;ClippingRankSum=0.091;DP=14;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.822;QD=1.42;ReadPosRankSum=-0.274	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:48:48,0,485
3	183679532	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
3	183685534	.	A	G	734.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:763,54,0
3	183696402	.	A	G	400.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:429,30,0
3	183700928	.	A	G	231.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:260,18,0
3	183701147	.	G	C	186.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:215,15,0
3	183702089	.	A	G	331.98	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.044;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.393;QD=33.20;ReadPosRankSum=-1.741	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,9:10:13:360,0,13
3	183702275	.	A	G	228.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.33	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:257,18,0
3	183704068	.	G	A	235.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:264,18,0
3	183705184	.	G	A	297.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=-1.708;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.566;QD=27.07;ReadPosRankSum=1.708	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,8:11:90:326,0,90
3	183732734	.	T	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
3	183856650	.	A	G	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=18.35;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:75:120,0,75
3	183861243	.	A	G	110.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.560;ClippingRankSum=-1.735;DP=43;FS=1.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.700;QD=2.58;ReadPosRankSum=0.894	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:37,6:43:99:139,0,1459
3	183861750	.	A	C	17.84	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.691;DP=13;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.691;QD=1.37;ReadPosRankSum=-0.888	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:46:46,0,433
3	183885832	.	A	G	1490.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.012;ClippingRankSum=-1.042;DP=49;FS=1.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.049;QD=30.42;ReadPosRankSum=1.402	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,38:49:99:1519,0,339
3	183889337	.	A	T	309.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=-1.599;DP=29;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.047;QD=10.68;ReadPosRankSum=1.317	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,11:28:99:338,0,567
3	183904232	.	T	A	83.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:111,9,0
3	183907879	.	G	A	114.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.754;QD=16.40;ReadPosRankSum=-0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:143,0,106
3	183962572	.	A	G	68.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=13.75;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:68:97,0,68
3	183975365	.	C	T	1667.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,40:40:99:1696,120,0
3	183977194	.	G	A	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
3	184020905	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	184037533	.	A	G	2336.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.553;ClippingRankSum=-1.732;DP=60;FS=4.017;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=31.64;ReadPosRankSum=1.673	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,57:58:99:2365,142,0
3	184039666	.	A	G	3037.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,73:73:99:3066,220,0
3	184047930	.	A	C	45.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:73,6,0
3	184051875	.	C	G	448.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:477,36,0
3	184294935	.	C	T	450.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=1.734;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.822;QD=32.20;ReadPosRankSum=-2.100	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,12:14:47:479,0,47
3	184299124	.	T	C	20.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.963;ClippingRankSum=0.867;DP=23;FS=5.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.137;QD=0.90;ReadPosRankSum=-1.050	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,3:23:49:49,0,787
3	184428903	.	T	G	1053.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.795;DP=31;FS=2.170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.208;QD=33.99;ReadPosRankSum=-1.031	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,27:31:81:1082,0,81
3	184429414	.	C	A	675.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=-1.216;DP=29;FS=3.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.161;QD=23.30;ReadPosRankSum=1.078	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,19:29:99:704,0,324
3	184429718	.	A	G	945.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=-1.687;DP=32;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.821;QD=29.56;ReadPosRankSum=1.641	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,25:32:99:974,0,200
3	184529990	.	C	G	201.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.589;QD=25.22;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:61:230,0,61
3	184550501	.	A	G	169.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=24.25;ReadPosRankSum=-1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:64:198,0,64
3	184567039	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	184573555	.	C	T	415.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=1.480;DP=13;FS=3.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.493;QD=31.98;ReadPosRankSum=-1.875	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,11:13:46:444,0,46
3	184633247	.	A	C	109.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=1.003;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.540;QD=8.44;ReadPosRankSum=-0.077	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,4:13:99:138,0,346
3	184647413	.	T	C	421.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:450,30,0
3	184650653	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	184700426	.	C	T	392.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.251;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.553;QD=23.10;ReadPosRankSum=0.151	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,11:17:99:421,0,201
3	184765576	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
3	184769911	.	C	T	312.03	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=1.044;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.393;QD=31.20;ReadPosRankSum=1.393	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,9:10:12:340,0,12
3	184769941	.	T	C	535.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.508;ClippingRankSum=0.397;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.667;QD=33.49;ReadPosRankSum=-0.556	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,14:16:42:564,0,42
3	184770380	.	C	T	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
3	184922294	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	185001083	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
3	185010296	.	G	A	575.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.434;ClippingRankSum=-1.085;DP=16;FS=3.590;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.085;QD=18.73;ReadPosRankSum=0.868	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,15:16:6:603,6,0
3	185017049	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
3	185051896	.	C	T	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
3	185061176	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
3	185136022	.	T	A	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,49
3	185136026	.	C	T	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,49
3	185136381	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
3	185201338	.	C	T	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=7.95;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:68:68,0,101
3	185331165	.	C	A	184.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.214;ClippingRankSum=-1.850;DP=26;FS=4.328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=7.11;ReadPosRankSum=1.850	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,7:26:99:213,0,726
3	185346714	.	C	A	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:74,0,37
3	185348351	.	T	C	125.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=-0.940;DP=22;FS=5.076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.078;QD=5.72;ReadPosRankSum=1.175	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,5:22:99:154,0,679
3	185355029	.	G	C	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
3	185358721	.	T	C	96.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:124,9,0
3	185359690	.	T	C	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:79,0,36
3	185360097	.	C	T	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=8.94;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:64:64,0,66
3	185645354	.	C	T	105.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=17.63;ReadPosRankSum=-1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:72:134,0,72
3	185646141	.	G	A	146.41	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=24.40;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:8:174,0,8
3	185650066	.	G	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,119
3	185651553	.	T	C	139.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:167,12,0
3	185652184	.	T	C	365.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:394,27,0
3	185654924	.	G	A	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:75,0,37
3	185655454	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
3	185680547	.	G	A	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
3	185688482	.	T	G	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:30:113,0,30
3	185691827	.	C	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
3	185693117	.	T	C	659.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:688,48,0
3	185693581	.	A	G	234.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:263,18,0
3	185695050	.	C	T	269.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:298,21,0
3	185696444	.	C	T	291.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:320,24,0
3	185696854	.	A	G	313.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:342,24,0
3	185697801	.	A	G	658.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:687,48,0
3	185697855	.	C	A	71.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.937;DP=7;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.937;QD=10.25;ReadPosRankSum=0.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:100,0,153
3	185699585	.	T	C	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
3	185699778	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
3	185699784	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:87,6,0
3	185701737	.	A	G	96.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:124,9,0
3	185764463	.	G	A	233.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:262,21,0
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3	186825891	.	C	T	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
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3	187089297	.	C	T	275.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:304,21,0
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3	187454675	.	A	C	324.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:353,24,0
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3	187459497	.	T	C	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
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3	187460099	.	G	A	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
3	187461325	.	A	T	123.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:152,15,0
3	187462296	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
3	187872042	.	T	A	40.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:68,6,0
3	187880887	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
3	187912388	.	G	A	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
3	187944924	.	A	G	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
3	187948972	.	G	A	44.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:72,6,0
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3	188176904	.	T	C	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
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3	188261281	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
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3	188368577	.	T	C	93.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
3	188370583	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
3	188378771	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
3	188590446	.	A	G	839.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.809;ClippingRankSum=1.402;DP=29;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.076;QD=28.96;ReadPosRankSum=1.503	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,22:29:99:868,0,192
3	188594213	.	G	C	456.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:485,33,0
3	188595672	.	G	C	318.88	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.741;ClippingRankSum=1.393;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=31.89;ReadPosRankSum=-1.393	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,9:10:16:347,0,16
3	188596827	.	A	G	513.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=-2.176;DP=19;FS=14.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.602;QD=27.04;ReadPosRankSum=2.083	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,14:19:99:542,0,150
3	188597556	.	A	G	336.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=0.118;DP=11;FS=7.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.825;QD=30.62;ReadPosRankSum=-0.825	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,9:11:55:365,0,55
3	188598685	.	A	G	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=-1.517;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.956;QD=10.35;ReadPosRankSum=1.517	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:111,0,306
3	188598686	.	A	G	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=-1.517;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=10.35;ReadPosRankSum=1.517	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:111,0,306
3	188598699	.	A	G	11.83	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=11.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:38,3,0
3	188599369	.	G	A	442.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.426;ClippingRankSum=-0.634;DP=20;FS=9.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.713;QD=22.14;ReadPosRankSum=0.792	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,13:20:99:471,0,232
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3	188600300	.	G	A	116.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=0.235;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.235;QD=5.31;ReadPosRankSum=-0.157	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,5:22:99:145,0,754
3	188600380	.	G	A	28.77	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=-1.714;DP=25;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.125;QD=1.15;ReadPosRankSum=1.045	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,3:25:57:57,0,880
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3	188602844	.	G	A	782.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.968;DP=24;FS=15.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.813;QD=32.62;ReadPosRankSum=-1.046	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,20:24:99:811,0,105
3	188602952	.	A	G	511.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=-1.443;DP=20;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.371;QD=25.59;ReadPosRankSum=0.124	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,14:20:99:540,0,197
3	188603007	.	C	G	158.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=1.248;DP=26;FS=17.346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.152;QD=6.11;ReadPosRankSum=0.517	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,6:26:99:187,0,797
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3	188605426	.	A	G	771.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.813;ClippingRankSum=-1.588;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=32.16;ReadPosRankSum=1.433	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,20:24:94:800,0,94
3	188606740	.	G	A	569.73	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.377;ClippingRankSum=0.528;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.528;QD=23.74;ReadPosRankSum=-1.432	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,22:23:38:607,38,0
3	189036461	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	189545067	.	T	G	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
3	189604149	.	T	G	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
3	189604160	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
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3	189611522	.	T	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
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3	189614636	.	C	T	1965.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,46:46:99:1994,138,0
3	189827134	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
3	190023552	.	T	C	567.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=-0.474;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.659;QD=31.54;ReadPosRankSum=0.355	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,15:18:79:596,0,79
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3	191097299	.	G	T	93.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=23.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:31:122,0,31
3	191097382	.	T	A	577.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:42:606,42,0
3	191097391	.	G	A	377.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.875;ClippingRankSum=0.691;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.678;QD=29.06;ReadPosRankSum=-0.691	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,11:13:52:406,0,52
3	191097415	.	G	C	444.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:473,36,0
3	191097538	.	A	C	246.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=1.309;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.831;QD=20.56;ReadPosRankSum=0.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,7:12:99:275,0,172
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3	191099510	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
3	191100561	.	C	A	1703.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.083;ClippingRankSum=-1.160;DP=54;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.795;QD=31.55;ReadPosRankSum=3.265	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,43:54:99:1732,0,286
3	191103840	.	A	G	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:74,0,37
3	191112052	.	A	T	32.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=-1.179;DP=9;FS=3.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=3.64;ReadPosRankSum=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:61:61,0,251
3	191112742	.	G	C	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=-0.898;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.271;QD=2.88;ReadPosRankSum=-0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:57:57,0,316
3	191113239	.	T	G	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.762;DP=9;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.179;QD=3.86;ReadPosRankSum=-0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:63:63,0,288
3	191114266	.	T	C	20.80	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=3.47;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:49:49,0,147
3	191291149	.	T	G	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
3	192232771	.	T	C	13.72	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:40,3,0
3	192514893	.	G	A	238.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:267,18,0
3	192515050	.	A	G	193.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:222,15,0
3	192515557	.	G	A	280.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:309,21,0
3	192616329	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:90,6,0
3	192616333	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	192968452	.	G	A	85.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:113,9,0
3	193042776	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
3	193081122	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	193096529	.	C	T	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:75,0,37
3	193333531	.	G	T	188.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.008;ClippingRankSum=-0.071;DP=31;FS=1.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.441;QD=6.09;ReadPosRankSum=-0.260	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,7:31:99:217,0,921
3	193334991	.	G	A	1309.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,31:31:93:1338,93,0
3	193348234	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
3	193372687	.	A	G	1013.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.212;ClippingRankSum=-1.590;DP=30;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.484;QD=33.79;ReadPosRankSum=1.659	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,27:30:27:1042,0,27
3	193374964	.	T	C	1260.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1289,87,0
3	193385047	.	C	T	1023.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=2.009;DP=36;FS=5.930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.621;QD=28.44;ReadPosRankSum=-0.840	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,27:36:99:1052,0,279
3	193399288	.	T	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
3	193412672	.	A	G	31.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=1.232;DP=23;FS=2.291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.141;QD=1.38;ReadPosRankSum=-1.415	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,3:23:60:60,0,794
3	193412949	.	T	C	694.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:723,51,0
3	193413732	.	A	G	570.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:599,42,0
3	193414481	.	C	T	439.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:468,33,0
3	193414733	.	A	G	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.302;ClippingRankSum=0.623;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.283;QD=4.87;ReadPosRankSum=-0.283	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,4:17:99:111,0,491
3	193414780	.	T	C	503.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:532,39,0
3	193414797	.	A	G	445.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.552;ClippingRankSum=-0.639;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.639;QD=31.84;ReadPosRankSum=-0.639	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,12:14:49:474,0,49
3	193566872	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
3	193567207	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	193568108	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:81,0,33
3	193810556	.	C	G	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:77,0,37
3	193836908	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
3	193840676	.	C	T	190.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=27.26;ReadPosRankSum=-0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:23:219,0,23
3	193840907	.	T	G	248.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.067;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.179;QD=27.64;ReadPosRankSum=-0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:62:277,0,62
3	193854961	.	T	C	162.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=-1.517;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=20.35;ReadPosRankSum=1.221	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:99:191,0,104
3	194124421	.	A	G	232.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.704;ClippingRankSum=-0.381;DP=28;FS=1.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.025;QD=8.31;ReadPosRankSum=0.280	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,8:28:99:261,0,722
3	194124624	.	C	T	175.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=-0.593;DP=32;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.410;QD=5.49;ReadPosRankSum=0.684	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,7:32:99:204,0,953
3	194207366	.	A	G	226.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:255,21,0
3	194308275	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
3	194310529	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
3	194310731	.	C	A	140.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:168,12,0
3	194319787	.	G	A	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:9:130,9,0
3	194319793	.	G	C	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
3	194320069	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
3	194335048	.	T	C	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
3	194337901	.	T	C	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
3	194338538	.	A	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
3	194338562	.	A	C	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
3	194338734	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
3	194338859	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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3	195344074	.	T	C	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
3	195344244	.	G	C	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=17.55;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:71:116,0,71
3	195348063	.	C	T	30.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=10.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:59,0,34
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3	195406500	.	A	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
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3	195408523	.	G	A	736.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:765,54,0
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3	195411135	.	C	T	66.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=-0.296;DP=10;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=6.68;ReadPosRankSum=0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:95:95,0,260
3	195411784	.	G	A	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=17.15;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:65:114,0,65
3	195412920	.	C	T	170.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=28.46;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:28:199,0,28
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3	195413037	.	A	C	212.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=29.06;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:99:241,0,110
3	195413047	.	C	A	212.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=-0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=30.40;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:99:241,0,110
3	195413518	.	G	A	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=1.300;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=11.97;ReadPosRankSum=-1.300	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:112,0,159
3	195414495	.	C	G	78.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=9.85;ReadPosRankSum=0.684	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:107,0,165
3	195414557	.	C	T	153.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=-0.466;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.466;QD=13.98;ReadPosRankSum=0.387	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,5:11:99:182,0,212
3	195414927	.	A	T	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,108
3	195415423	.	A	G	353.81	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.393;ClippingRankSum=-1.741;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.696;QD=25.91;ReadPosRankSum=1.393	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,9:10:20:382,20,0
3	195416181	.	A	C	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.94;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:80:80,0,200
3	195416433	.	A	C	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
3	195416501	.	A	G	115.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=-0.876;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.876;QD=12.86;ReadPosRankSum=-1.652	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:144,0,197
3	195416527	.	T	C	120.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=1.380;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=20.13;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:60:149,0,60
3	195416569	.	C	T	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:71:75,0,71
3	195417624	.	T	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:32:75,0,32
3	195418976	.	A	G	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=8.55;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:71:71,0,121
3	195419133	.	C	T	158.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=-0.689;DP=12;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.831;QD=13.23;ReadPosRankSum=0.689	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,5:12:99:187,0,255
3	195419469	.	A	C	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
3	195419543	.	C	T	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
3	195420196	.	A	G	188.80	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=26.97;ReadPosRankSum=-0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:21:217,0,21
3	195421162	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
3	195421392	.	C	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,78
3	195423249	.	C	G	156.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.244;DP=12;FS=2.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.689;QD=13.06;ReadPosRankSum=1.977	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,5:12:99:185,0,267
3	195423411	.	A	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=9.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,109
3	195424099	.	G	A	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=7.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:65:65,0,82
3	195424137	.	A	G	86.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.70;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:25:115,0,25
3	195424367	.	T	C	228.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:257,18,0
3	195424739	.	C	T	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.818;ClippingRankSum=-0.731;DP=10;FS=10.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=7.68;ReadPosRankSum=0.546	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:105,0,274
3	195424780	.	C	G	300.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.795;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.706;QD=16.71;ReadPosRankSum=-0.883	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,9:18:99:329,0,331
3	195424916	.	G	T	368.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.156;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.778;QD=26.34;ReadPosRankSum=0.467	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,11:14:84:397,0,84
3	195424995	.	C	T	74.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=9.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.956;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.684	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:103,0,184
3	195425171	.	G	A	151.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.361;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=16.86;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:180,0,138
3	195425653	.	C	A	236.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:265,18,0
3	195425706	.	T	G	176.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:205,15,0
3	195425765	.	G	C	210.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=30.11;ReadPosRankSum=-0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:25:239,0,25
3	195425993	.	C	G	17.84	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=-0.639;DP=14;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.187;QD=1.27;ReadPosRankSum=0.456	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:46:46,0,476
3	195426490	.	A	G	116.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.365;DP=10;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.365;QD=11.68;ReadPosRankSum=0.365	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:145,0,233
3	195426826	.	G	T	65.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.214;ClippingRankSum=0.731;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.580;QD=6.58;ReadPosRankSum=0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:94:94,0,270
3	195426938	.	G	A	154.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=-1.856;DP=26;FS=4.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.369;QD=5.95;ReadPosRankSum=-0.396	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,6:26:99:183,0,797
3	195427064	.	G	C	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.067;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.067;QD=3.53;ReadPosRankSum=0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:60:60,0,273
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3	195441729	.	A	G	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
3	195441828	.	C	T	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
3	195441859	.	T	C	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:80,0,33
3	195441966	.	T	C	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=14.13;ReadPosRankSum=-0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:113,0,109
3	195442048	.	G	A	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:68:74,0,68
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3	195442674	.	A	C	92.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:26:121,0,26
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3	195444469	.	A	G	185.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.33	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:214,15,0
3	195444714	.	A	G	187.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:216,15,0
3	195444753	.	C	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
3	195448858	.	C	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
3	195449689	.	A	G	283.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:312,24,0
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3	195450043	.	A	G	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
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3	195451881	.	G	A	331.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:360,24,0
3	195452951	.	G	C	383.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.317;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.387;QD=18.27;ReadPosRankSum=-1.091	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,11:21:99:412,0,376
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3	195457058	.	G	A	350.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:379,27,0
3	195457133	.	G	A	130.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=21.79;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:69:159,0,69
3	195458705	.	A	G	315.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:344,27,0
3	195459172	.	C	T	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=16.95;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:73:113,0,73
3	195459238	.	T	C	32.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=4.10;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:61:61,0,641
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3	195459602	.	C	G	99.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.365;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.036;QD=9.98;ReadPosRankSum=0.365	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:128,0,205
3	195459621	.	A	G	160.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=-0.336;DP=10;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.470;QD=16.08;ReadPosRankSum=1.453	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:189,0,188
3	195460236	.	G	A	233.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.284;DP=43;FS=3.390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.075;QD=5.44;ReadPosRankSum=0.045	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:34,9:43:99:262,0,1350
3	195460287	.	G	A	389.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=-2.577;DP=34;FS=5.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.423;QD=11.46;ReadPosRankSum=0.414	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,12:34:99:418,0,853
3	195460550	.	G	A	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.69;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:68:75,0,68
3	195461028	.	A	G	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=5.79;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:63:63,0,251
3	195461029	.	A	G	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=14.29;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:114,0,170
3	195461259	.	A	G	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:38:39,0,38
3	195461750	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.69;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:75:75,0,78
3	195462265	.	C	A	316.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:345,24,0
3	195463099	.	A	G	32.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.731;DP=10;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=3.28;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:61:61,0,262
3	195475020	.	A	G	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
3	195475082	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
3	195475799	.	C	T	316.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:345,24,0
3	195477786	.	C	T	343.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=1.107;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.107;QD=31.25;ReadPosRankSum=-1.423	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,10:11:99:372,0,99
3	195477791	.	G	A	22.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.678;ClippingRankSum=-0.888;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.086;QD=1.75;ReadPosRankSum=-0.099	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:51:51,0,828
3	195479256	.	T	C	354.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:383,27,0
3	195479681	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	195495916	.	G	C	78.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=1.683;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.203;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:107,0,225
3	195497174	.	C	G	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
3	195500758	.	A	G	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:76,0,33
3	195501149	.	C	T	130.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:158,12,0
3	195506414	.	G	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=10.94;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:64:72,0,64
3	195510900	.	G	T	301.03	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.044;ClippingRankSum=1.393;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.696;QD=30.10;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,9:10:12:329,0,12
3	195510943	.	G	T	128.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=25.75;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:157,0,31
3	195511331	.	A	G	431.96	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.58	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,11:11:5:459,0,5
3	195511336	.	G	C	431.96	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.448;ClippingRankSum=-1.738;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.448;QD=24.91;ReadPosRankSum=1.448	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,11:12:5:459,0,5
3	195511638	.	G	A	219.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:248,18,0
3	195511690	.	G	C	225.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:254,18,0
3	195512107	.	T	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
3	195513102	.	A	G	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
3	195513207	.	A	G	289.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=-1.271;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.271;QD=28.98;ReadPosRankSum=1.271	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,8:10:45:318,0,45
3	195513364	.	C	T	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=20.94;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:112,0,34
3	195515017	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	195515025	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	195515594	.	C	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
3	195515617	.	G	C	193.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:222,15,0
3	195516630	.	G	T	175.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:204,15,0
3	195516878	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
3	195517258	.	G	A	177.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:206,15,0
3	195517321	.	G	A	214.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:243,18,0
3	195517553	.	A	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
3	195533332	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
3	195535437	.	G	A	87.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:115,9,0
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3	195535614	.	G	T	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
3	195536040	.	C	T	209.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:238,18,0
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3	195536801	.	C	A	164.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:193,15,0
3	195537400	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
3	195540958	.	T	C	316.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:345,24,0
3	195550320	.	C	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
3	195552513	.	T	C	190.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:219,15,0
3	195553199	.	G	A	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
3	195553259	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	195564946	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
3	195590875	.	A	G	627.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:656,45,0
3	195596636	.	C	T	56.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:84,9,0
3	195631007	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
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3	195701331	.	G	A	55.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=-0.135;DP=16;FS=17.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.538;QD=3.49;ReadPosRankSum=-0.135	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,3:16:84:84,0,518
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3	195771725	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
3	195776240	.	C	T	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.431;ClippingRankSum=1.029;DP=33;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.326;QD=2.63;ReadPosRankSum=-1.080	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,5:33:99:115,0,1115
3	195776976	.	T	C	174.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.719;ClippingRankSum=-1.149;DP=63;FS=1.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.521;QD=2.77;ReadPosRankSum=1.463	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:54,9:63:99:203,0,2141
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3	195788247	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
3	195789414	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
3	195789428	.	C	A	191.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:220,15,0
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3	195790022	.	A	T	59.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:87,9,0
3	195790291	.	T	C	141.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:169,12,0
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3	195797553	.	C	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
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3	195870161	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
3	195871183	.	C	T	393.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:422,33,0
3	195897199	.	G	A	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
3	195897805	.	G	C	130.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:158,12,0
3	195959924	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
3	195960977	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
3	195961685	.	A	G	103.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.202;ClippingRankSum=0.636;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.626;QD=7.41;ReadPosRankSum=-0.778	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,4:14:99:132,0,379
3	195963289	.	A	G	22.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=-0.322;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.752;QD=1.90;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:51:51,0,367
3	195964263	.	A	C	58.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.614;ClippingRankSum=-0.942;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.807;QD=3.67;ReadPosRankSum=0.673	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,3:16:87:87,0,499
3	195964298	.	A	G	676.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:705,51,0
3	195964367	.	C	G	19.81	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.187;ClippingRankSum=-1.004;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.456;QD=1.42;ReadPosRankSum=-0.456	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:48:48,0,446
3	195964687	.	C	T	595.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:624,42,0
3	195965115	.	A	T	985.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:1014,69,0
3	195965318	.	G	A	230.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.331;ClippingRankSum=-2.696;DP=22;FS=4.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.648;QD=10.49;ReadPosRankSum=2.423	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,8:22:99:259,0,559
3	195967315	.	G	A	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
3	195968336	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
3	195970009	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
3	196023723	.	A	C	47.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
3	196025868	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
3	196076226	.	T	C	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=-1.575;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.043;QD=3.85;ReadPosRankSum=1.575	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,4:22:99:113,0,714
3	196076503	.	T	C	216.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.082;ClippingRankSum=-1.753;DP=21;FS=1.949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.336;QD=10.32;ReadPosRankSum=1.753	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,7:21:99:245,0,539
3	196078427	.	C	T	829.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:858,60,0
3	196078436	.	G	A	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=-1.319;DP=22;FS=2.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.298;QD=3.90;ReadPosRankSum=1.149	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,4:22:99:114,0,701
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3	196079621	.	T	C	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=-1.589;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=4.60;ReadPosRankSum=1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:65:65,0,252
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3	196080358	.	C	T	212.79	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:19:268,19,0
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3	196082411	.	C	G	549.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=-0.117;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.117;QD=26.18;ReadPosRankSum=-0.039	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,15:21:99:578,0,186
3	196089370	.	T	C	13.95	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.484;ClippingRankSum=0.000;DP=24;FS=10.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.524;QD=0.58;ReadPosRankSum=-0.436	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,3:24:42:42,0,796
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3	196197804	.	T	G	203.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=1.589;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=25.47;ReadPosRankSum=-1.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:66:232,0,66
3	196198533	.	T	C	485.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:514,36,0
3	196199204	.	G	T	338.88	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=-0.348;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.044;QD=33.89;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,9:10:16:367,0,16
3	196294104	.	C	G	607.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:636,48,0
3	196312951	.	T	C	417.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:446,30,0
3	196314711	.	C	T	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
3	196315284	.	T	C	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
3	196359310	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
3	196439361	.	C	T	127.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:155,12,0
3	196485644	.	A	G	14.68	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=14.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:41,3,0
3	196556483	.	G	A	432.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=-1.813;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.347;QD=21.64;ReadPosRankSum=1.504	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,12:20:99:461,0,286
3	196556809	.	T	C	64.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=-1.046;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.581;QD=2.70;ReadPosRankSum=-1.123	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,4:24:93:93,0,791
3	196559071	.	A	G	72.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=-0.382;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.566;QD=6.62;ReadPosRankSum=0.382	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:99:101,0,312
3	196659891	.	G	T	70.56	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:7:98,7,0
3	196661962	.	G	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
3	196662322	.	G	A	364.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:393,27,0
3	196662521	.	G	A	1636.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,38:38:99:1665,114,0
3	196663321	.	G	T	1845.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,43:43:99:1874,129,0
3	196664890	.	T	A	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
3	196665124	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
3	196665296	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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3	196669912	.	C	T	1593.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,38:38:99:1622,114,0
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3	196742277	.	C	T	64.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=-1.931;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=5.89;ReadPosRankSum=1.931	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:93:93,0,267
3	196743130	.	T	C	211.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:240,18,0
3	196769797	.	A	G	368.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:397,30,0
3	196769982	.	C	G	851.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:880,60,0
3	196771245	.	G	A	1455.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,34:34:99:1484,102,0
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4	759335	.	A	G	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
4	760819	.	C	T	477.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=-0.394;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.690;QD=26.54;ReadPosRankSum=0.493	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,13:18:99:506,0,166
4	762285	.	A	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=7.29;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,114
4	762755	.	G	A	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=4.22;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:62:62,0,229
4	762963	.	A	G	234.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:263,18,0
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4	763630	.	C	T	96.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.265;DP=18;FS=17.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.372;QD=5.38;ReadPosRankSum=-0.478	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,4:18:99:125,0,554
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4	860192	.	A	G	995.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1024,75,0
4	888170	.	G	A	86.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:114,9,0
4	888512	.	T	C	127.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:155,12,0
4	941518	.	C	T	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.19;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:65:73,0,65
4	946226	.	T	C	469.41	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.63	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,13:13:8:497,0,8
4	951791	.	T	C	20.80	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=2.60;ReadPosRankSum=-0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:49:49,0,233
4	953974	.	T	G	790.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:819,57,0
4	954247	.	G	T	133.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.906;DP=16;FS=2.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.793;QD=8.36;ReadPosRankSum=-0.340	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,5:16:99:162,0,420
4	954275	.	T	C	90.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=-0.650;DP=19;FS=2.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.450;QD=4.78;ReadPosRankSum=0.350	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,4:19:99:119,0,588
4	954277	.	T	C	747.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:776,54,0
4	954311	.	C	T	113.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.365;DP=10;FS=11.181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.568;QD=11.38;ReadPosRankSum=0.741	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:142,0,221
4	959491	.	A	G	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
4	960081	.	G	A	191.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:220,15,0
4	961373	.	G	A	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=-1.466;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.003;QD=5.83;ReadPosRankSum=1.157	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,4:13:99:104,0,339
4	980971	.	T	G	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
4	988810	.	A	G	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.19;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:73:73,0,74
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4	995305	.	T	C	156.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.103;DP=10;FS=13.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.676;QD=15.68;ReadPosRankSum=0.103	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:185,0,183
4	995919	.	G	C	301.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=-0.625;DP=17;FS=2.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.144;QD=17.75;ReadPosRankSum=1.203	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,9:17:99:330,0,290
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4	999470	.	C	T	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
4	1006333	.	G	A	146.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=20.97;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:24:175,0,24
4	1019312	.	G	A	441.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=1.734;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.274;QD=31.55;ReadPosRankSum=1.004	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,12:14:46:470,0,46
4	1019672	.	T	C	289.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=-0.715;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.566;QD=26.34;ReadPosRankSum=-1.377	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,8:11:99:318,0,174
4	1020391	.	C	G	169.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-1.495;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=24.25;ReadPosRankSum=1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:68:198,0,68
4	1205667	.	A	C	358.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=-0.527;DP=25;FS=3.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.589;QD=14.35;ReadPosRankSum=-0.093	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,13:23:99:387,0,263
4	1207517	.	T	C	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
4	1216343	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
4	1217055	.	T	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
4	1217056	.	G	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
4	1224926	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	1227469	.	C	T	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
4	1227951	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
4	1235643	.	A	G	457.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:486,33,0
4	1236083	.	C	T	77.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=15.55;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:60:106,0,60
4	1236111	.	G	A	74.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=1.203;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.683;QD=8.31;ReadPosRankSum=-0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:103,0,208
4	1236182	.	A	G	193.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:222,15,0
4	1236502	.	C	G	111.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.754;QD=15.97;ReadPosRankSum=-0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:98:140,0,98
4	1237014	.	T	C	187.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.174;ClippingRankSum=-0.984;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.174;QD=12.52;ReadPosRankSum=1.910	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,7:15:99:216,0,290
4	1237052	.	A	G	268.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:297,21,0
4	1237077	.	T	G	148.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:177,15,0
4	1238256	.	A	T	199.56	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=28.51;ReadPosRankSum=-0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:7:227,0,7
4	1238836	.	G	C	521.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:550,39,0
4	1239312	.	C	T	16.86	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.274;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.274;QD=1.20;ReadPosRankSum=0.091	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:45:45,0,450
4	1239370	.	C	T	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=-0.988;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.537;QD=12.29;ReadPosRankSum=1.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:102,0,102
4	1240091	.	T	C	191.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:220,15,0
4	1240299	.	T	G	27.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=4.63;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:56:56,0,127
4	1240450	.	G	A	364.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:393,27,0
4	1240911	.	G	A	280.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:309,21,0
4	1243573	.	T	C	182.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:211,15,0
4	1243617	.	T	C	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=23.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:28:123,0,28
4	1244416	.	A	G	365.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:394,27,0
4	1245500	.	A	T	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:28:118,0,28
4	1246038	.	A	T	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=15.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:65:105,0,65
4	1317192	.	C	T	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.69;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:72:75,0,72
4	1326743	.	G	C	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:79,0,37
4	1328056	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	1330759	.	T	C	791.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=-0.025;DP=29;FS=11.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.331;QD=27.30;ReadPosRankSum=-0.994	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,22:29:99:820,0,206
4	1330975	.	C	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
4	1331141	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.88	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,2:2:65:78,0,65
4	1331144	.	C	T	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:65:78,0,65
4	1344228	.	C	G	43.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:27:72,0,27
4	1344480	.	A	G	13.72	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:40,3,0
4	1349029	.	G	A	288.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=-0.825;DP=12;FS=7.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.296;QD=24.06;ReadPosRankSum=1.532	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,9:11:51:317,0,51
4	1374695	.	C	A	241.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=-2.228;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.034;QD=21.98;ReadPosRankSum=1.769	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,7:11:99:270,0,128
4	1377615	.	A	G	224.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=-0.545;DP=14;FS=2.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.027;QD=16.05;ReadPosRankSum=0.421	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,7:14:99:253,0,264
4	1377873	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
4	1378196	.	T	G	192.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:221,15,0
4	1380033	.	A	G	204.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.866;ClippingRankSum=-2.072;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.741;QD=20.48;ReadPosRankSum=1.447	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,6:10:99:233,0,126
4	1381798	.	A	G	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:123,0,34
4	1387763	.	C	T	135.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=27.23;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:72:164,0,72
4	1387780	.	A	G	135.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=33.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:72:164,0,72
4	1694809	.	T	C	820.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.065;DP=26;FS=2.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.651;QD=31.57;ReadPosRankSum=0.390	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,21:26:99:849,0,149
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4	1719294	.	T	C	165.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.967;ClippingRankSum=-0.091;DP=25;FS=1.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.514;QD=6.63;ReadPosRankSum=-0.635	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,7:25:99:194,0,714
4	1719572	.	A	G	258.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.480;DP=10;FS=8.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.898;QD=25.88;ReadPosRankSum=-0.898	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,8:10:58:287,0,58
4	1719620	.	T	G	258.03	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=-0.747;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=32.25;ReadPosRankSum=0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:12:286,0,12
4	1720550	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:67:78,0,67
4	1720757	.	A	G	226.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:255,18,0
4	1720824	.	A	G	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
4	1723265	.	A	G	458.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.377;ClippingRankSum=1.106;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=36.77;ReadPosRankSum=-1.531	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,8:11:99:487,0,284
4	1723279	.	T	C	458.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.340;DP=16;FS=5.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.473;QD=28.67;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,11:16:99:487,0,284
4	1737502	.	C	T	842.90	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.351;DP=25;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.853;QD=33.72;ReadPosRankSum=-0.250	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,23:25:15:871,0,15
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4	2841240	.	T	C	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
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4	2841388	.	A	G	176.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=29.47;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:22:205,0,22
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4	2841553	.	A	G	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:71:71,0,140
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4	2841691	.	A	G	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=3.60;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:57:57,0,516
4	2841801	.	A	G	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=-1.517;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=9.97;ReadPosRankSum=1.221	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:108,0,195
4	2841831	.	A	G	168.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=25.74;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:99:197,0,147
4	2841837	.	A	G	168.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.39	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,2:2:99:197,0,147
4	2841845	.	A	G	168.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.75	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,5:5:99:197,0,147
4	2901199	.	G	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
4	2907312	.	C	G	69.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.537;QD=11.63;ReadPosRankSum=-0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:98:98,0,110
4	2921937	.	G	A	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
4	2933271	.	G	A	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
4	2934308	.	G	A	135.96	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=27.19;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,4:5:5:163,5,0
4	2935618	.	C	G	839.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=-0.033;DP=28;FS=2.208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.755;QD=29.99;ReadPosRankSum=-0.427	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,24:28:86:868,0,86
4	2936680	.	T	C	210.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:239,18,0
4	2937485	.	T	G	512.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:541,39,0
4	2939018	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
4	2940026	.	T	C	90.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=-0.495;DP=14;FS=6.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.778;QD=6.48;ReadPosRankSum=0.919	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,4:14:99:119,0,352
4	2940164	.	T	C	74.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.248;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.573;QD=8.31;ReadPosRankSum=-0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:103,0,223
4	2940265	.	T	C	90.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.910;ClippingRankSum=2.486;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.910;QD=5.67;ReadPosRankSum=2.243	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,4:16:99:119,0,467
4	2940347	.	T	C	127.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.017;ClippingRankSum=1.368;DP=8;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=15.97;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:156,0,140
4	2940371	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.94;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:72:72,0,72
4	2940397	.	T	C	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.495;QD=5.82;ReadPosRankSum=-0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,207
4	2940462	.	T	C	514.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=-0.363;DP=22;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.352;QD=23.40;ReadPosRankSum=0.363	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,12:22:99:543,0,360
4	2940485	.	T	C	16.86	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.905;ClippingRankSum=0.106;DP=20;FS=2.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.106;QD=0.84;ReadPosRankSum=0.847	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,3:20:45:45,0,1095
4	2941418	.	G	A	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
4	3219613	.	A	C	424.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:453,33,0
4	3241845	.	C	T	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=-0.597;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.278;QD=7.80;ReadPosRankSum=0.278	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,4:11:99:114,0,231
4	3272118	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	3272378	.	C	G	230.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:259,18,0
4	3273538	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	3318413	.	A	G	390.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:419,30,0
4	3319271	.	C	T	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
4	3380088	.	T	C	90.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:118,9,0
4	3420271	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
4	3430862	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
4	3478323	.	T	C	83.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:111,9,0
4	3486511	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
4	3494826	.	A	C	96.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:124,9,0
4	3494847	.	G	A	90.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=12.97;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:64:119,0,64
4	3494898	.	C	T	130.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=26.15;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:159,0,31
4	3495446	.	C	T	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
4	3495477	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
4	3495941	.	T	C	131.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:159,12,0
4	3496150	.	A	G	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
4	3502913	.	C	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
4	3507248	.	C	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
4	3509097	.	G	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
4	3510514	.	T	C	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
4	3512563	.	C	T	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
4	3512690	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	3513125	.	A	G	192.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:221,15,0
4	3514229	.	T	C	248.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=-0.762;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=27.64;ReadPosRankSum=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:55:277,0,55
4	3514237	.	A	C	455.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:33:484,33,0
4	3514539	.	G	A	1339.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=-1.414;DP=64;FS=2.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.379;QD=20.93;ReadPosRankSum=1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:27,37:64:99:1368,0,986
4	3514695	.	A	G	245.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.076;DP=67;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=3.67;ReadPosRankSum=-0.076	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:56,11:67:99:274,0,2227
4	3516689	.	T	C	176.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:205,15,0
4	3518775	.	A	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
4	3528872	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
4	3765225	.	T	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
4	3769500	.	C	T	399.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=-0.424;DP=16;FS=2.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.667;QD=24.99;ReadPosRankSum=0.303	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,12:16:99:428,0,110
4	3770069	.	G	C	267.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=-1.109;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.965;QD=19.13;ReadPosRankSum=1.109	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,8:14:99:296,0,191
4	3922337	.	T	C	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
4	3923309	.	A	T	272.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:301,21,0
4	3923362	.	G	T	203.79	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:23:232,23,0
4	3923431	.	T	C	570.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:599,42,0
4	3923454	.	A	G	228.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:257,18,0
4	3925942	.	G	A	400.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:429,30,0
4	3935993	.	T	A	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
4	3939591	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,84
4	3939592	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,84
4	3939610	.	G	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
4	3941938	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	3941939	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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4	3942134	.	C	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
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4	6294414	.	T	C	225.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:254,18,0
4	6294517	.	C	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
4	6294607	.	G	A	140.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:168,12,0
4	6294630	.	A	G	189.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:218,15,0
4	6294655	.	T	G	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
4	6294759	.	G	A	281.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:310,21,0
4	6295064	.	A	G	250.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:279,21,0
4	6295087	.	T	A	170.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:199,18,0
4	6295217	.	T	C	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
4	6295322	.	C	G	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
4	6295408	.	G	A	130.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=26.16;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:26:159,0,26
4	6295427	.	C	G	222.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:251,18,0
4	6295451	.	A	G	44.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:72,6,0
4	6295583	.	C	A	115.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:143,12,0
4	6295985	.	G	A	134.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:162,12,0
4	6296343	.	A	G	47.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
4	6302519	.	G	A	1622.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,38:38:99:1651,114,0
4	6302707	.	C	T	1117.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1146,81,0
4	6302889	.	G	A	563.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.434;ClippingRankSum=-0.434;DP=23;FS=3.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.503;QD=24.51;ReadPosRankSum=0.568	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,16:23:99:592,0,215
4	6303022	.	C	T	1009.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1038,72,0
4	6303354	.	G	A	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.303;ClippingRankSum=-1.185;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.474;QD=2.49;ReadPosRankSum=0.948	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,3:18:73:73,0,606
4	6303955	.	G	A	921.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:950,66,0
4	6304087	.	A	G	973.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1002,72,0
4	6304242	.	T	C	1075.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1104,78,0
4	6304286	.	C	T	1060.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1089,78,0
4	6304344	.	G	A	717.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:746,51,0
4	6304799	.	G	C	594.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:623,45,0
4	6304878	.	C	T	478.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:507,36,0
4	6323741	.	A	G	85.89	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.47;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,3:4:2:112,2,0
4	6324228	.	C	T	204.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.398;ClippingRankSum=1.246;DP=11;FS=6.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.678;QD=18.62;ReadPosRankSum=-0.278	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,7:11:99:233,0,140
4	6324246	.	A	G	178.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.060;ClippingRankSum=-1.256;DP=17;FS=2.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.050;QD=10.52;ReadPosRankSum=0.653	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,6:17:99:207,0,442
4	6324785	.	T	C	107.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=1.368;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.421;QD=13.47;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:136,0,137
4	6324803	.	T	C	12.99	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.764;ClippingRankSum=-0.764;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.255;QD=0.87;ReadPosRankSum=0.425	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,2:15:41:41,0,510
4	6325018	.	A	T	130.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.186;ClippingRankSum=0.143;DP=11;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.143;QD=11.89;ReadPosRankSum=0.717	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,5:11:99:159,0,226
4	6325086	.	G	A	105.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.257;ClippingRankSum=0.170;DP=25;FS=8.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.510;QD=4.23;ReadPosRankSum=-1.257	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,5:25:99:134,0,795
4	6442387	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	6594947	.	A	C	481.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.404;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.018;QD=30.11;ReadPosRankSum=-1.076	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,13:16:78:510,0,78
4	6596360	.	G	A	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.650;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.250;QD=4.41;ReadPosRankSum=-0.850	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,4:19:99:112,0,598
4	6600012	.	A	G	256.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=1.943;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.313;QD=16.05;ReadPosRankSum=-1.943	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,8:16:99:285,0,293
4	6606864	.	A	G	795.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.787;ClippingRankSum=-0.087;DP=27;FS=1.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.904;QD=29.47;ReadPosRankSum=-0.029	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,21:27:99:824,0,178
4	6616023	.	G	T	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.850;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.050;QD=4.67;ReadPosRankSum=-0.750	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,4:19:99:117,0,590
4	6619165	.	A	G	708.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:737,51,0
4	6619204	.	G	A	676.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:705,48,0
4	6620602	.	C	G	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
4	6620710	.	A	G	191.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:220,15,0
4	6620991	.	A	G	223.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:252,18,0
4	6621097	.	A	G	195.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:15:224,15,0
4	6621104	.	A	G	195.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:224,15,0
4	6621188	.	G	C	235.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:264,18,0
4	6621928	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
4	6622171	.	C	G	189.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:218,15,0
4	6622308	.	G	C	278.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:307,21,0
4	6622647	.	A	G	326.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:355,24,0
4	6623032	.	G	T	784.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:813,57,0
4	6623332	.	G	A	1101.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1130,81,0
4	6644273	.	C	G	2802.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,66:66:99:2831,198,0
4	6644391	.	G	A	1229.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.33	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1258,87,0
4	6653256	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	6653262	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	6675780	.	T	C	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
4	6677063	.	G	A	171.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.920;ClippingRankSum=-0.140;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.545;QD=9.54;ReadPosRankSum=0.328	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,6:18:99:200,0,486
4	6677118	.	C	G	419.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=-2.420;DP=25;FS=6.239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.082;QD=16.79;ReadPosRankSum=1.278	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,12:25:99:448,0,484
4	6677430	.	A	G	151.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=-0.437;DP=13;FS=23.314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.092;QD=11.67;ReadPosRankSum=0.212	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,5:13:99:180,0,306
4	6696815	.	A	C	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
4	6696936	.	G	A	162.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=-0.684;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=20.35;ReadPosRankSum=0.684	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:97:191,0,97
4	6697356	.	C	T	24.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=-1.666;DP=9;FS=3.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.179;QD=2.75;ReadPosRankSum=1.666	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:53:53,0,286
4	6697517	.	T	C	119.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=19.96;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:69:148,0,69
4	6697554	.	C	G	10.20	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.274;DP=14;FS=3.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.091;QD=0.73;ReadPosRankSum=-0.274	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:38:38,0,451
4	6697766	.	T	G	71.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;ClippingRankSum=1.300;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=10.25;ReadPosRankSum=-0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:100,0,157
4	6697795	.	A	C	69.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=-1.422;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:98:98,0,227
4	6697822	.	C	T	138.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=-0.429;DP=15;FS=2.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.674;QD=9.25;ReadPosRankSum=0.184	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,5:15:99:167,0,377
4	6698667	.	T	C	3888.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,89:89:99:3917,268,0
4	6698706	.	A	C	3780.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,86:86:99:3809,259,0
4	6709493	.	T	C	496.89	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.992;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=33.32;ReadPosRankSum=-1.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,13:14:2:523,0,2
4	6709812	.	C	A	130.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=-0.791;DP=34;FS=7.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.068;QD=3.85;ReadPosRankSum=0.881	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,6:34:99:159,0,1060
4	6710263	.	C	G	464.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.205;ClippingRankSum=-1.262;DP=40;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.383;QD=11.62;ReadPosRankSum=1.375	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,14:40:99:493,0,985
4	6718775	.	G	T	1075.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1104,78,0
4	6765381	.	G	A	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
4	6874834	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
4	6883514	.	A	G	650.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.299;ClippingRankSum=-0.761;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.940;QD=30.99;ReadPosRankSum=0.403	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,17:21:99:679,0,109
4	6884329	.	T	C	619.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:648,45,0
4	6987910	.	T	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
4	6988677	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
4	7002606	.	A	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
4	7031064	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
4	7032180	.	G	A	722.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:751,54,0
4	7033671	.	C	T	391.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.206;DP=19;FS=1.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.041;QD=20.62;ReadPosRankSum=-0.454	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,11:19:99:420,0,261
4	7034028	.	T	A	762.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:791,57,0
4	7047102	.	C	T	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
4	7052078	.	T	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
4	7052115	.	G	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
4	7057037	.	C	G	163.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.729;DP=9;FS=13.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.307;QD=18.20;ReadPosRankSum=0.361	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:192,0,150
4	7058941	.	C	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
4	7060959	.	T	C	227.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=1.034;DP=11;FS=10.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.278;QD=20.71;ReadPosRankSum=-1.034	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,7:11:99:256,0,139
4	7061171	.	C	T	200.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=-0.742;DP=7;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=28.68;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:23:229,0,23
4	7061219	.	T	C	166.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=-0.956;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=20.85;ReadPosRankSum=1.517	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:99:195,0,104
4	7061378	.	G	A	203.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=25.47;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:58:232,0,58
4	7061952	.	T	G	668.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=-1.363;DP=27;FS=6.362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.489;QD=24.77;ReadPosRankSum=1.260	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,18:27:99:697,0,293
4	7066351	.	C	A	45.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:73,6,0
4	7069099	.	C	A	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:78,0,37
4	7069441	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
4	7584328	.	A	G	251.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:280,21,0
4	7714490	.	T	C	192.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:221,15,0
4	7716932	.	T	C	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
4	7733843	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
4	7744435	.	G	T	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=8.44;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:62:62,0,80
4	7761114	.	G	A	428.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.228;ClippingRankSum=0.192;DP=32;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.652;QD=13.40;ReadPosRankSum=-0.230	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,13:32:99:457,0,725
4	7761211	.	C	T	108.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=-0.722;DP=29;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.087;QD=3.75;ReadPosRankSum=2.050	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,5:29:99:137,0,904
4	7761286	.	T	C	157.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.720;ClippingRankSum=1.021;DP=27;FS=4.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.321;QD=5.84;ReadPosRankSum=1.079	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,6:27:99:186,0,797
4	7761567	.	C	G	352.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=-0.897;DP=33;FS=6.034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.210;QD=10.69;ReadPosRankSum=0.707	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,11:33:99:381,0,847
4	7762313	.	C	G	741.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:770,54,0
4	7762356	.	G	A	1234.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1263,87,0
4	7762502	.	A	C	655.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=-1.033;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.833;QD=27.32;ReadPosRankSum=-0.167	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,18:24:99:684,0,192
4	7762551	.	T	C	569.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=-0.568;DP=23;FS=11.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.702;QD=24.77;ReadPosRankSum=0.835	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,16:23:99:598,0,229
4	7762675	.	C	T	250.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.024;ClippingRankSum=0.152;DP=31;FS=1.573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.718;QD=8.09;ReadPosRankSum=-0.152	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,9:31:99:279,0,833
4	7762848	.	G	A	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=-1.009;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.903;QD=5.10;ReadPosRankSum=1.221	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,4:18:99:120,0,543
4	7763047	.	T	C	1218.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1247,90,0
4	7763161	.	T	C	988.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1017,72,0
4	7763405	.	T	C	1264.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,31:31:93:1293,93,0
4	7763584	.	A	G	861.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.755;ClippingRankSum=-0.050;DP=36;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.856;QD=23.94;ReadPosRankSum=-0.520	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,24:36:99:890,0,410
4	7763605	.	T	C	1244.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,31:31:93:1273,93,0
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4	7774064	.	C	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
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4	8031471	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
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4	8228731	.	T	C	790.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:819,57,0
4	8228894	.	T	C	610.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:639,45,0
4	8229218	.	A	G	488.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:517,36,0
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4	8229774	.	C	T	103.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=2.285;DP=15;FS=2.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.718;QD=6.92;ReadPosRankSum=0.979	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,4:15:99:132,0,409
4	8230070	.	T	C	135.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.359;ClippingRankSum=0.227;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.359;QD=8.49;ReadPosRankSum=-0.340	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,5:16:99:164,0,402
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4	8234929	.	A	C	130.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=21.79;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:47:159,0,47
4	8242466	.	A	G	561.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:590,42,0
4	8364361	.	C	T	71.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:99,9,0
4	8365304	.	C	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
4	8367799	.	C	A	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
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4	9922130	.	C	T	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
4	9982330	.	A	G	230.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:259,18,0
4	9987324	.	G	A	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.94;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:71:76,0,71
4	9998493	.	A	G	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
4	10008305	.	G	A	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
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4	10081603	.	T	C	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
4	10084570	.	T	G	27.75	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:55,6,0
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4	10088893	.	T	C	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=8.95;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:73:73,0,114
4	10089121	.	T	C	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:117,0,33
4	10089763	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	10090178	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
4	10093714	.	T	C	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:74,0,36
4	10094133	.	G	C	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:32:74,0,32
4	10095539	.	T	A	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
4	10096134	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
4	10097018	.	A	G	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
4	10099018	.	T	G	11.83	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=11.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:38,3,0
4	10100812	.	A	G	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
4	10101083	.	C	G	116.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=19.46;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:65:145,0,65
4	10101104	.	A	C	206.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=25.85;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:66:235,0,66
4	10101443	.	C	T	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:123,0,34
4	10102593	.	T	A	256.74	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=-0.747;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.747;QD=32.09;ReadPosRankSum=0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:6:284,0,6
4	10102707	.	A	G	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
4	10103890	.	T	C	41.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=13.93;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:27:70,0,27
4	10104103	.	C	G	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=16.55;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:70:111,0,70
4	10104478	.	T	C	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.19;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:31:113,0,31
4	10104872	.	C	T	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=8.95;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:73:73,0,111
4	10110559	.	T	C	40.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:68,6,0
4	10112862	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
4	10116801	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
4	10118377	.	C	G	650.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.310;DP=33;FS=6.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.127;QD=19.72;ReadPosRankSum=-0.055	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,19:33:99:679,0,460
4	10473884	.	G	A	50.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.93;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:22:79,0,22
4	11401087	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,78
4	11430371	.	A	G	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
4	11430482	.	T	G	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
4	11439946	.	T	C	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.988;QD=14.13;ReadPosRankSum=-0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:113,0,113
4	11770411	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
4	12642043	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
4	13416890	.	C	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
4	13594528	.	A	G	63.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:91,9,0
4	13606576	.	A	T	841.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:870,63,0
4	14986749	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	15042566	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	15042568	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	15057952	.	A	G	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
4	15067093	.	A	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
4	15069484	.	T	C	24.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=-1.826;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.322;QD=2.07;ReadPosRankSum=1.396	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:53:53,0,383
4	15482360	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	15607857	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	15608175	.	C	T	77.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=15.55;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:73:106,0,73
4	15613482	.	C	T	131.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=26.35;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:29:160,0,29
4	15640168	.	C	T	256.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.108;ClippingRankSum=-0.742;DP=34;FS=1.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.078;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.507	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,9:34:99:285,0,977
4	15669611	.	C	T	221.81	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.747;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=27.73;ReadPosRankSum=-0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:20:250,0,20
4	15673098	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
4	15674987	.	C	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
4	15684712	.	G	A	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
4	15685805	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	15688903	.	G	A	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
4	15689632	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
4	15690233	.	C	A	446.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:475,33,0
4	15853013	.	C	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
4	15920510	.	A	T	124.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=11.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=20.79;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:66:153,0,66
4	15928083	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	15930014	.	T	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
4	15932217	.	C	G	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
4	15932672	.	G	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
4	15937526	.	G	A	722.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=-0.129;DP=58;FS=5.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.213;QD=12.46;ReadPosRankSum=0.259	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:37,21:58:99:751,0,1405
4	15937731	.	T	C	2456.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,57:57:99:2485,172,0
4	15939915	.	C	G	363.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.119;DP=44;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.277;QD=8.27;ReadPosRankSum=-0.066	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:32,12:44:99:392,0,1242
4	15953127	.	G	C	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
4	15969938	.	T	C	183.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:212,15,0
4	15970201	.	G	C	286.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:315,21,0
4	15977523	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
4	16040617	.	C	T	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
4	16163209	.	T	C	618.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:647,45,0
4	16163265	.	C	G	520.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:549,39,0
4	16163694	.	C	G	408.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:437,33,0
4	16164489	.	G	A	734.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:763,54,0
4	16168581	.	T	C	71.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:99,9,0
4	16170734	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	16242215	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	16258116	.	G	A	71.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=14.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:71:100,0,71
4	16258670	.	C	T	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
4	17063611	.	T	C	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:12:172,12,0
4	17063614	.	T	C	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:12:172,12,0
4	17063617	.	T	G	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:12:172,12,0
4	17063626	.	C	T	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
4	17488064	.	T	C	177.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=29.03;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:28:206,0,28
4	17488072	.	T	C	177.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.49	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,5:5:28:206,0,28
4	17488244	.	G	A	327.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.479;ClippingRankSum=2.219;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.479;QD=27.31;ReadPosRankSum=0.555	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,9:12:91:356,0,91
4	17488286	.	T	G	195.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.246;ClippingRankSum=-0.678;DP=11;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.597;QD=17.80;ReadPosRankSum=-1.246	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,7:11:99:224,0,144
4	17488346	.	G	A	392.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-1.531;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.715;QD=28.48;ReadPosRankSum=0.566	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,8:11:99:421,0,221
4	17488351	.	T	C	392.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=-0.592;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.085;QD=30.21;ReadPosRankSum=-0.930	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,10:13:99:421,0,221
4	17488533	.	C	T	890.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.319;ClippingRankSum=1.857;DP=29;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.019;QD=30.72;ReadPosRankSum=-1.696	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,23:29:99:919,0,483
4	17488534	.	A	G	890.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.814;ClippingRankSum=0.785;DP=30;FS=1.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.588;QD=29.69;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,23:30:99:919,0,483
4	17490340	.	T	G	125.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=20.96;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:68:154,0,68
4	17503433	.	C	T	744.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=-0.891;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.039;QD=31.03;ReadPosRankSum=0.813	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,20:24:99:773,0,105
4	17586657	.	A	C	490.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.010;ClippingRankSum=-0.494;DP=53;FS=4.292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.436;QD=9.26;ReadPosRankSum=0.746	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:37,16:53:99:519,0,1424
4	17586703	.	T	C	103.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.499;ClippingRankSum=-0.409;DP=39;FS=7.889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.070;QD=2.66;ReadPosRankSum=-0.876	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:33,6:39:99:132,0,1340
4	17626174	.	T	A	17.84	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.274;DP=14;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.822;QD=1.27;ReadPosRankSum=0.456	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:46:46,0,969
4	17627856	.	G	A	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:78,0,34
4	17630192	.	G	T	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=-0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=14.79;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:117,0,111
4	17631253	.	T	C	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=6.63;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:68:68,0,159
4	17634213	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
4	17802388	.	C	T	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,80
4	17802979	.	T	C	71.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=1.580;DP=10;FS=2.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=7.18;ReadPosRankSum=-0.546	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:100,0,269
4	17803009	.	T	C	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.589;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=4.22;ReadPosRankSum=1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:62:62,0,220
4	17803019	.	T	C	134.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=26.95;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:29:163,0,29
4	17803604	.	T	C	23.79	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;ClippingRankSum=0.000;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.898;QD=2.38;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:52:52,0,318
4	17804740	.	T	C	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.067;DP=9;FS=10.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=3.75;ReadPosRankSum=0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:62:62,0,269
4	17812615	.	A	C	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
4	17812796	.	C	T	118.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=-0.729;DP=9;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=13.20;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:147,0,195
4	17845470	.	C	T	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:79,0,37
4	20702103	.	G	T	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.19;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:70:73,0,70
4	20754280	.	T	C	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=6.79;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:69:69,0,148
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4	22439914	.	A	C	170.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=28.46;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:28:199,0,28
4	24535056	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	24536158	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
4	24538573	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	24807991	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
4	24808318	.	G	A	205.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:234,18,0
4	24809380	.	T	C	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
4	24809884	.	T	C	392.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:421,30,0
4	25125098	.	G	A	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:81,0,33
4	25236017	.	T	C	130.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:158,12,0
4	25253995	.	C	T	593.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:622,42,0
4	25363901	.	T	A	266.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:295,21,0
4	25367018	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	25368528	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
4	25370962	.	A	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
4	25417109	.	T	A	169.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=-1.307;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=18.86;ReadPosRankSum=0.876	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:198,0,148
4	25419283	.	T	C	100.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.466;ClippingRankSum=-0.386;DP=13;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.077;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,4:13:99:129,0,355
4	25562815	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	25562823	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	25749303	.	C	A	294.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.647;ClippingRankSum=-0.630;DP=32;FS=5.743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.549;QD=9.21;ReadPosRankSum=0.549	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,10:32:99:323,0,860
4	25772459	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	25772477	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
4	26417136	.	T	C	616.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:645,48,0
4	26435156	.	A	G	226.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:255,18,0
4	26673787	.	A	G	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
4	30722232	.	T	A	147.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.881;ClippingRankSum=0.729;DP=9;FS=6.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.729;QD=16.42;ReadPosRankSum=-0.729	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:176,0,145
4	30723020	.	G	A	18.82	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=2.69;ReadPosRankSum=-0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:47:47,0,190
4	30725696	.	G	A	267.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=-0.225;DP=14;FS=2.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.892;QD=19.13;ReadPosRankSum=0.225	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,8:14:99:296,0,210
4	30725987	.	G	A	145.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.400;DP=14;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.667;QD=10.41;ReadPosRankSum=-0.400	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,5:14:99:174,0,333
4	30732274	.	G	T	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
4	30736301	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
4	31145004	.	G	T	191.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:220,15,0
4	31146018	.	A	G	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
4	31146615	.	C	T	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
4	31147272	.	A	C	143.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:171,12,0
4	31147874	.	G	T	320.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:349,24,0
4	31148067	.	G	A	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
4	35266212	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
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4	37595153	.	C	T	193.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:222,15,0
4	37595263	.	C	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
4	37595360	.	T	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
4	37595898	.	A	G	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
4	37596046	.	T	C	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
4	37597501	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
4	37597591	.	C	T	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
4	37600878	.	C	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
4	37612519	.	G	A	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=-1.067;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:66:66,0,231
4	37612526	.	G	A	320.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:349,24,0
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4	37953902	.	T	C	227.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:256,18,0
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4	38689745	.	T	C	231.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:260,18,0
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4	38977237	.	G	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
4	38984825	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	38995374	.	T	C	698.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:727,51,0
4	39010971	.	A	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
4	39030183	.	A	G	399.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:428,30,0
4	39034302	.	T	C	68.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=-1.214;DP=10;FS=2.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.546;QD=6.88;ReadPosRankSum=0.895	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:97:97,0,272
4	39034314	.	T	C	162.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=-0.336;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.268;QD=16.28;ReadPosRankSum=1.453	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:191,0,193
4	39034315	.	T	C	71.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=-0.296;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.895;QD=7.18;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:100,0,503
4	39034356	.	T	C	108.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.289;DP=12;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.835;QD=9.06;ReadPosRankSum=-1.239	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,4:12:99:137,0,310
4	39034374	.	T	C	163.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.876;DP=9;FS=6.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=18.20;ReadPosRankSum=1.881	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:192,0,147
4	39034470	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.94;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:72:72,0,77
4	39034491	.	T	C	111.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=18.63;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:55:140,0,55
4	39034519	.	T	C	80.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=-1.537;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=13.46;ReadPosRankSum=-0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:109,0,101
4	39060591	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	39063377	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
4	39101309	.	C	G	41.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:69,6,0
4	39114929	.	G	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
4	39116206	.	G	C	45.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:73,6,0
4	39116423	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
4	39116911	.	T	C	2000.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,47:47:99:2029,141,0
4	39117235	.	T	A	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:9:133,9,0
4	39117245	.	C	T	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
4	39117401	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
4	39118092	.	G	A	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
4	39118337	.	T	C	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
4	39118342	.	G	A	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:80,6,0
4	39119596	.	G	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
4	39119753	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
4	39120619	.	A	G	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
4	39120883	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
4	39121438	.	T	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
4	39121439	.	G	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
4	39121990	.	C	T	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
4	39122016	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
4	39122206	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	39122577	.	A	G	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
4	39122697	.	C	T	1208.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,28:28:84:1237,84,0
4	39122913	.	T	A	2143.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,50:50:99:2172,150,0
4	39124750	.	C	A	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
4	39124873	.	C	T	230.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:259,18,0
4	39124935	.	C	T	194.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:223,15,0
4	39126016	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
4	39127021	.	T	C	367.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:396,30,0
4	39127747	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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4	39129844	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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4	39456922	.	G	C	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
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4	39528939	.	C	T	1636.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,37:37:99:1665,111,0
4	39528976	.	C	T	1416.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,35:35:99:1445,105,0
4	39529146	.	T	C	496.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:525,36,0
4	39531928	.	G	A	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
4	39533080	.	G	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
4	39533948	.	C	T	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
4	39534022	.	T	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
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4	39534728	.	A	G	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:77,0,37
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4	39549111	.	C	G	742.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:771,54,0
4	39550228	.	C	A	763.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.561;ClippingRankSum=-0.694;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.387;QD=35.50;ReadPosRankSum=0.520	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,19:20:34:792,34,0
4	39550558	.	T	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
4	39550564	.	T	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
4	39550570	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
4	39550571	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
4	39550667	.	T	C	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.57	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,1:1:29:79,0,29
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4	39550757	.	T	C	80.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=-1.300;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.54;ReadPosRankSum=1.754	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:109,0,140
4	39550776	.	T	C	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.19;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:68:77,0,68
4	39551008	.	T	C	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=21.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:99:114,0,143
4	39551018	.	T	C	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=17.15;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:99:114,0,143
4	39551066	.	T	C	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.296;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.214;QD=7.08;ReadPosRankSum=-0.546	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:99,0,313
4	39551179	.	T	C	135.88	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=27.18;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:16:164,0,16
4	39551183	.	T	C	90.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:62:119,0,62
4	39906401	.	A	C	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
4	40103767	.	G	T	237.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:266,18,0
4	40119501	.	T	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
4	40121562	.	G	A	46.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
4	40157213	.	T	C	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
4	40158562	.	C	G	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
4	40427990	.	G	C	1116.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.584;DP=50;FS=13.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.287;QD=22.34;ReadPosRankSum=0.644	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,30:50:99:1145,0,706
4	40428010	.	T	C	1010.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.955;ClippingRankSum=0.450;DP=48;FS=17.321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.805;QD=21.06;ReadPosRankSum=-0.680	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,28:48:99:1039,0,646
4	40428916	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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4	40440215	.	T	C	803.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.831;ClippingRankSum=-0.840;DP=54;FS=3.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.455;QD=14.88;ReadPosRankSum=0.875	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,23:54:99:832,0,1080
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4	40753522	.	G	A	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=22.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:118,0,34
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4	40753933	.	A	G	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=0.956;DP=8;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=9.47;ReadPosRankSum=-0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:104,0,157
4	40753941	.	A	G	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:66:66,0,80
4	40754154	.	C	T	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=5.96;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:64:64,0,139
4	40754332	.	A	G	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=17.75;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:99:117,0,258
4	40754338	.	A	G	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=22.19;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:99:117,0,258
4	40754339	.	A	G	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=22.19;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:99:117,0,258
4	40770293	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
4	40770390	.	A	G	10.20	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.10;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:38:38,0,39
4	40771339	.	T	A	67.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.537;QD=11.29;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:96:96,0,106
4	40775193	.	C	T	133.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=22.29;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:73:162,0,73
4	40776024	.	A	G	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=5.96;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:64:64,0,147
4	40776049	.	A	G	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.95;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:73:73,0,101
4	40778146	.	C	T	123.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=17.68;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:152,0,110
4	40778162	.	T	G	159.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.684;QD=19.97;ReadPosRankSum=-0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:99:188,0,102
4	40810663	.	A	G	485.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.135;DP=16;FS=2.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.538;QD=30.36;ReadPosRankSum=0.673	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,13:16:78:514,0,78
4	40810747	.	A	G	562.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.504;ClippingRankSum=-1.736;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.504;QD=31.72;ReadPosRankSum=1.504	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,14:15:35:591,35,0
4	40812669	.	T	C	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:80,0,37
4	40814442	.	C	T	24.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=-0.825;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.589;QD=2.25;ReadPosRankSum=0.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:53:53,0,361
4	40815268	.	T	G	174.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.495;QD=24.97;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:69:203,0,69
4	40842367	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
4	40938582	.	A	G	135.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:163,12,0
4	40939495	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
4	40940700	.	G	C	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
4	40950506	.	A	G	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
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4	41015899	.	C	T	246.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=-0.950;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.537;QD=12.99;ReadPosRankSum=0.454	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,8:19:99:275,0,415
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4	41992677	.	C	G	884.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:913,66,0
4	42003671	.	A	G	1539.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,36:36:99:1568,108,0
4	42020142	.	A	G	1129.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1158,81,0
4	42022464	.	C	A	1396.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,33:33:99:1425,99,0
4	42024982	.	A	G	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
4	42052916	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
4	42055882	.	T	C	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
4	42058309	.	T	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
4	42060821	.	T	G	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
4	42087232	.	C	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
4	42089177	.	G	A	757.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:786,54,0
4	42091491	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	42099531	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
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4	47887536	.	T	C	856.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:885,60,0
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4	48018529	.	T	C	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=8.94;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:64:64,0,77
4	48038379	.	C	T	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,198
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4	48039670	.	A	G	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=9.15;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:74:74,0,112
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4	48857036	.	G	A	276.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:305,21,0
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4	48887968	.	C	T	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
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4	49298700	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	49298705	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	49298708	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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4	49313670	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	49517540	.	T	C	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
4	52714511	.	C	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
4	52752812	.	A	T	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
4	52753118	.	G	A	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
4	52772429	.	G	A	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
4	52773174	.	G	A	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
4	52780048	.	G	C	572.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:601,42,0
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4	53528723	.	A	G	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,84
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4	54325990	.	T	C	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
4	54339209	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
4	54876132	.	C	A	65.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.322;DP=9;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.684;QD=7.31;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:51:94,0,51
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4	56225353	.	G	A	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:79,0,33
4	56227367	.	G	A	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:76,0,33
4	56236328	.	C	T	116.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=1.666;DP=32;FS=1.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.121;QD=3.65;ReadPosRankSum=-1.714	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,6:32:99:145,0,1008
4	56236579	.	C	T	175.84	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=29.31;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:18:204,0,18
4	56236804	.	G	A	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=2.054;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.573;QD=8.53;ReadPosRankSum=0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:105,0,224
4	56236989	.	A	G	168.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=24.11;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:62:197,0,62
4	56237137	.	C	T	56.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.156;DP=14;FS=2.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.467;QD=4.05;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,3:14:85:85,0,386
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4	56237947	.	A	G	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:28:123,0,28
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4	56276895	.	C	T	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
4	56278396	.	A	G	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=20.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:31:111,0,31
4	56279308	.	A	G	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
4	56279530	.	G	A	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.69;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:71:71,0,76
4	56279552	.	A	G	80.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:108,9,0
4	56279683	.	A	G	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=17.15;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:60:114,0,60
4	56280316	.	A	G	78.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=13.13;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:97:107,0,97
4	56281320	.	A	G	161.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=23.11;ReadPosRankSum=-1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:68:190,0,68
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4	56284631	.	C	T	224.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:253,18,0
4	56286613	.	A	T	235.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:264,18,0
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4	56288125	.	A	C	530.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:559,39,0
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4	56289379	.	C	A	178.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:207,15,0
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4	56290220	.	A	G	325.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:354,24,0
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4	56292101	.	A	T	803.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.271;ClippingRankSum=-0.452;DP=55;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.009;QD=14.61;ReadPosRankSum=0.555	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:32,23:55:99:832,0,1219
4	56294628	.	T	C	378.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.451;ClippingRankSum=-1.099;DP=13;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.930;QD=29.14;ReadPosRankSum=1.437	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,10:13:81:407,0,81
4	56295583	.	A	G	290.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.271;ClippingRankSum=-0.898;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=29.08;ReadPosRankSum=0.898	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,8:10:61:319,0,61
4	56295873	.	C	A	255.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.933;ClippingRankSum=-0.400;DP=18;FS=1.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.111;QD=14.21;ReadPosRankSum=0.222	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,8:18:99:284,0,383
4	56296763	.	T	G	254.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.818;ClippingRankSum=-2.166;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.386;QD=25.48;ReadPosRankSum=2.166	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,7:10:54:283,0,54
4	56296897	.	G	A	371.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.546;DP=10;FS=2.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=29.97;ReadPosRankSum=-0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,7:10:99:400,0,218
4	56296907	.	A	G	371.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.978;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.978;QD=33.80;ReadPosRankSum=-0.715	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,8:11:99:400,0,218
4	56297762	.	C	G	410.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.047;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.140;QD=21.62;ReadPosRankSum=-0.421	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,12:18:99:439,0,207
4	56298194	.	G	A	384.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:413,30,0
4	56298300	.	G	A	139.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=-0.591;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.479;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.493	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,5:18:99:168,0,492
4	56298414	.	C	G	665.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:694,48,0
4	56300209	.	C	A	26.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.762;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.179;QD=2.98;ReadPosRankSum=-0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:55:55,0,286
4	56300685	.	C	T	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.067;DP=9;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.179;QD=3.86;ReadPosRankSum=-0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:63:63,0,292
4	56301277	.	G	T	15.88	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.822;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.456;QD=1.13;ReadPosRankSum=-0.822	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:44:44,0,427
4	56307277	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
4	56309992	.	A	G	983.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:1012,69,0
4	56318772	.	T	C	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
4	56319105	.	C	T	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
4	56332606	.	A	G	38.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:66,6,0
4	56346901	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	56347287	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
4	56355598	.	A	C	197.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=-0.187;DP=21;FS=4.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.261;QD=9.42;ReadPosRankSum=0.112	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,7:21:99:226,0,500
4	56357317	.	G	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
4	56475338	.	G	A	269.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:298,21,0
4	56743276	.	C	T	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:78,0,37
4	56751740	.	C	T	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:74,0,36
4	56756201	.	A	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
4	56820412	.	G	A	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:80,0,35
4	57181632	.	G	C	79.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:107,9,0
4	57190356	.	G	A	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
4	57194329	.	G	T	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
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4	57194525	.	C	G	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:80,0,36
4	57194929	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	57196155	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
4	57215677	.	G	A	245.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DP=11;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.034;QD=22.34;ReadPosRankSum=0.278	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,7:11:99:274,0,136
4	57219592	.	G	A	225.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:254,18,0
4	57237683	.	G	A	251.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.666;ClippingRankSum=-1.179;DP=9;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=27.97;ReadPosRankSum=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:47:280,0,47
4	57260298	.	C	G	360.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.055;ClippingRankSum=1.558;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.362;QD=21.22;ReadPosRankSum=-1.658	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,11:17:99:389,0,209
4	57268328	.	T	C	183.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.053;DP=28;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.584;QD=6.56;ReadPosRankSum=-0.531	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,7:28:99:212,0,826
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4	57311914	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	57326126	.	A	G	186.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.969;ClippingRankSum=-0.100;DP=23;FS=1.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.036;QD=8.12;ReadPosRankSum=-0.167	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,7:23:99:215,0,870
4	57326131	.	A	G	21.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=-1.882;DP=25;FS=2.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.878;QD=0.87;ReadPosRankSum=0.627	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,3:25:50:50,0,1158
4	57326156	.	A	G	36.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=0.076;DP=36;FS=13.936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.327;QD=1.02;ReadPosRankSum=-0.327	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:32,4:36:65:65,0,1479
4	57326159	.	A	G	123.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=1.167;DP=36;FS=1.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.403;QD=3.44;ReadPosRankSum=-0.828	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:30,6:36:99:152,0,1372
4	57326186	.	A	G	135.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=-1.475;DP=31;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.725;QD=4.38;ReadPosRankSum=0.375	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,6:31:99:164,0,1072
4	57326262	.	A	G	373.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.782;ClippingRankSum=-1.477;DP=35;FS=1.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.234;QD=10.68;ReadPosRankSum=-0.226	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,12:35:99:402,0,968
4	57326291	.	A	G	931.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=-0.366;DP=37;FS=1.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.207;QD=25.18;ReadPosRankSum=0.048	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,24:37:99:960,0,433
4	57326313	.	A	G	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.571;ClippingRankSum=0.262;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.135;QD=4.39;ReadPosRankSum=-1.047	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,5:20:99:116,0,1180
4	57326315	.	A	G	176.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.718;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.211;QD=9.30;ReadPosRankSum=-0.803	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,7:19:99:205,0,541
4	57326406	.	G	A	260.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=-2.138;DP=32;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.796;QD=8.15;ReadPosRankSum=1.341	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,9:32:99:289,0,1037
4	57326875	.	A	G	743.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.802;ClippingRankSum=-0.090;DP=33;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.850;QD=22.54;ReadPosRankSum=0.452	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,18:33:99:772,0,503
4	57326879	.	A	G	321.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=-1.479;DP=37;FS=1.410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.748;QD=8.70;ReadPosRankSum=0.183	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,11:37:99:350,0,1575
4	57326917	.	A	G	204.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=-0.417;DP=26;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.583;QD=7.88;ReadPosRankSum=0.250	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,8:26:99:233,0,627
4	57327017	.	A	G	118.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.037;ClippingRankSum=0.000;DP=11;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.80;ReadPosRankSum=1.663	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,4:11:99:147,0,271
4	57327082	.	A	G	113.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.421;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=14.22;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:142,0,145
4	57327087	.	A	G	365.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:394,27,0
4	57327405	.	T	C	65.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.185;DP=12;FS=6.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.370;QD=5.48;ReadPosRankSum=-0.185	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,3:12:94:94,0,341
4	57342635	.	C	A	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=22.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:118,0,34
4	57345776	.	C	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
4	57361553	.	A	G	630.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=0.034;DP=70;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.801;QD=9.01;ReadPosRankSum=1.541	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:48,20:68:99:659,0,1835
4	57361562	.	T	A	630.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.33	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,2:2:99:659,0,1835
4	57362827	.	G	A	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.69;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:74:75,0,74
4	57367430	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	57367431	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	57368469	.	A	G	11.12	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.671;DP=17;FS=3.140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.416;QD=0.65;ReadPosRankSum=-0.820	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,2:17:39:39,0,544
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4	57369630	.	A	G	109.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=-0.849;DP=13;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.083;QD=8.44;ReadPosRankSum=0.386	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,4:13:99:138,0,357
4	57522134	.	C	T	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=-0.956;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.517;QD=9.60;ReadPosRankSum=0.956	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:105,0,170
4	57797414	.	C	T	225.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:254,18,0
4	57798189	.	G	A	581.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:610,42,0
4	57829214	.	C	T	47.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
4	57843320	.	A	G	621.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:650,48,0
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4	57894717	.	G	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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4	69202917	.	C	T	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=1.754;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=13.54;ReadPosRankSum=-1.754	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:123,0,106
4	69203551	.	A	T	1325.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,31:31:93:1354,93,0
4	69214926	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
4	70296734	.	T	C	2187.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,50:50:99:2216,151,0
4	70707440	.	T	C	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:32:118,0,32
4	70719238	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
4	70724996	.	G	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
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4	71697510	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	71704965	.	C	T	217.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:246,18,0
4	71705262	.	A	G	963.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:992,75,0
4	71765423	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	71768079	.	C	G	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
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4	71895260	.	C	T	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
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4	73922743	.	T	C	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=1.067;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=4.72;ReadPosRankSum=-1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:66:66,0,212
4	73922887	.	T	C	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=1.067;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=4.35;ReadPosRankSum=1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:63:63,0,321
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4	73923060	.	T	C	11.12	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.322;DP=12;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.322;QD=0.93;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:39:39,0,373
4	73923414	.	T	C	101.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DP=10;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.133;QD=10.18;ReadPosRankSum=-0.365	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:130,0,211
4	73923449	.	T	C	202.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.568;ClippingRankSum=1.568;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=20.28;ReadPosRankSum=-1.036	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,6:10:99:231,0,127
4	73930552	.	G	A	336.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=-1.464;DP=16;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.705;QD=21.05;ReadPosRankSum=1.139	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,10:16:99:365,0,187
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4	73956736	.	G	A	466.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.521;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.753;QD=19.45;ReadPosRankSum=-0.463	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,13:24:99:495,0,413
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4	74115116	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
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4	74441190	.	A	G	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
4	74441786	.	A	G	122.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=1.159;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.159;QD=13.64;ReadPosRankSum=-0.729	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:151,0,195
4	74486052	.	C	G	315.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:344,24,0
4	74609045	.	A	T	329.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=-1.914;DP=30;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=10.99;ReadPosRankSum=2.222	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,10:30:99:358,0,791
4	74804019	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	74804029	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	74963049	.	C	T	440.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=-0.347;DP=20;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.887;QD=22.04;ReadPosRankSum=0.656	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,12:20:99:469,0,288
4	75027249	.	G	A	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
4	75028871	.	G	A	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
4	75029461	.	T	C	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
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4	75107255	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
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4	75683103	.	T	G	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
4	75719761	.	T	C	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
4	75937971	.	C	T	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
4	75938179	.	G	A	187.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:216,15,0
4	75938236	.	A	G	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
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4	76406846	.	T	C	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=5.40;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:66:66,0,200
4	76429514	.	C	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
4	76435772	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
4	76437692	.	C	T	93.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
4	76447270	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
4	76453850	.	A	C	173.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:202,15,0
4	76454850	.	G	T	352.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:381,30,0
4	76568481	.	A	T	26.78	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=-0.693;DP=20;FS=6.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.819;QD=1.34;ReadPosRankSum=1.323	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,3:17:55:55,0,495
4	76568785	.	A	C	659.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=-0.092;DP=41;FS=2.693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.013;QD=16.09;ReadPosRankSum=0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,19:41:99:688,0,845
4	76569553	.	A	G	177.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=-1.193;DP=34;FS=1.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.639;QD=5.23;ReadPosRankSum=0.852	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:27,7:34:99:206,0,1074
4	76644109	.	A	G	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
4	76649924	.	C	G	96.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.240;DP=28;FS=5.516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.200;QD=3.46;ReadPosRankSum=-0.120	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,5:28:99:125,0,889
4	76717724	.	G	T	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
4	76718826	.	A	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
4	76719384	.	C	T	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
4	76730195	.	A	G	1049.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=-0.842;DP=46;FS=2.678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.705;QD=22.82;ReadPosRankSum=0.159	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,29:46:99:1078,0,585
4	76807218	.	C	G	2301.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,52:52:99:2330,157,0
4	76807270	.	C	T	336.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.404;ClippingRankSum=-0.185;DP=14;FS=6.264;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.370;QD=24.05;ReadPosRankSum=1.849	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:3,9:12:6:364,6,0
4	76807288	.	A	G	270.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.395;ClippingRankSum=-0.529;DP=17;FS=1.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.684;QD=15.93;ReadPosRankSum=0.048	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,8:17:99:299,0,242
4	76807302	.	A	G	453.74	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=-0.751;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=23.27;ReadPosRankSum=0.751	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,8:9:6:481,0,6
4	76807304	.	A	G	453.74	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.76	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,8:8:6:481,0,6
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4	76807325	.	T	A	331.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:15:360,15,0
4	76807334	.	T	C	331.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.041;ClippingRankSum=-0.107;DP=12;FS=3.424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.107;QD=27.66;ReadPosRankSum=1.182	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:2,10:12:15:360,15,0
4	76807362	.	T	G	294.56	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=-0.751;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=32.73;ReadPosRankSum=0.751	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,8:9:7:322,0,7
4	76807367	.	C	G	294.56	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.98	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,5:5:7:322,0,7
4	76807369	.	C	T	294.56	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.60	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,5:5:7:322,0,7
4	76807371	.	G	C	294.56	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.74	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,5:5:7:322,0,7
4	76838739	.	T	C	123.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.652;ClippingRankSum=-0.876;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.729;QD=13.75;ReadPosRankSum=1.307	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:152,0,188
4	76871183	.	A	G	836.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:865,60,0
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4	77041450	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=26.38;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:81:81,0,83
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4	77043450	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
4	77044811	.	A	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
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4	77049803	.	T	A	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
4	77050623	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	77052031	.	A	G	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
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4	77055474	.	A	G	1361.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,32:32:96:1390,96,0
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4	77067133	.	C	T	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
4	77067135	.	C	A	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
4	77067330	.	T	C	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
4	77067368	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
4	77067449	.	T	C	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
4	77067483	.	A	G	179.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:208,15,0
4	77067791	.	A	G	191.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:220,15,0
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4	77069213	.	C	G	177.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:206,15,0
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4	77081837	.	C	A	1186.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1215,81,0
4	77134870	.	G	A	759.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:68:788,68,0
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4	77227676	.	A	C	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:64:74,0,64
4	77231294	.	A	C	497.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:526,36,0
4	77535426	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
4	77550987	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
4	77647782	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
4	77660162	.	G	C	1407.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,33:33:99:1436,99,0
4	77660731	.	C	G	1391.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,33:33:99:1420,99,0
4	77662248	.	G	A	1078.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,28:28:84:1107,84,0
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4	77675505	.	C	T	232.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=-1.781;DP=29;FS=4.476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.366;QD=8.03;ReadPosRankSum=1.635	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,8:29:99:261,0,783
4	77701909	.	G	A	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=-0.480;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.480;QD=3.18;ReadPosRankSum=0.898	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:60:60,0,308
4	77702510	.	G	A	74.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=-0.956;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.956	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:103,0,183
4	77702662	.	C	T	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=0.000;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=4.72;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:66:66,0,242
4	77703161	.	C	G	22.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.073;ClippingRankSum=-0.691;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.888;QD=1.75;ReadPosRankSum=1.283	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:51:51,0,397
4	77815545	.	T	C	238.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:267,18,0
4	77840307	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
4	77842520	.	G	A	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
4	77843427	.	A	G	57.89	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=19.30;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,2:3:2:84,2,0
4	77843429	.	G	T	57.89	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=19.30;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,2:3:2:84,2,0
4	77843564	.	A	G	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=5.79;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:63:63,0,159
4	77843908	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
4	77844082	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
4	77864159	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
4	77864488	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
4	77865764	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
4	77868306	.	G	T	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:76,0,34
4	77868466	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
4	77870739	.	C	T	24.76	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=12.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:52,6,0
4	77871016	.	T	G	599.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:628,45,0
4	77897945	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
4	77911533	.	G	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
4	77911557	.	G	A	10.90	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=10.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:37,3,0
4	77912413	.	G	C	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
4	77913371	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
4	77914535	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
4	77916705	.	A	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
4	77920033	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
4	77979680	.	T	C	157.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=-0.527;DP=38;FS=4.122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=4.15;ReadPosRankSum=-0.941	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,7:38:99:186,0,1234
4	78557492	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	78636187	.	G	A	180.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:209,15,0
4	78636621	.	A	G	391.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:420,30,0
4	78636654	.	G	A	398.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:427,30,0
4	78638491	.	T	C	310.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:339,24,0
4	78638730	.	T	C	140.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:168,12,0
4	79238649	.	T	C	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.517;QD=9.97;ReadPosRankSum=0.684	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:108,0,183
4	79308635	.	T	C	24.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=3.54;ReadPosRankSum=-0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:53:53,0,182
4	79432455	.	A	C	114.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:142,12,0
4	79443850	.	G	A	322.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:351,24,0
4	79455714	.	C	G	228.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:257,18,0
4	79455733	.	C	T	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
4	79464432	.	C	T	459.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:488,33,0
4	79464767	.	T	C	325.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:354,24,0
4	79464978	.	G	A	209.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=29.97;ReadPosRankSum=-0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:25:238,0,25
4	79478405	.	A	T	184.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:213,15,0
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4	79488270	.	G	A	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
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4	79505884	.	T	C	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
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4	79508975	.	C	T	46.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
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4	79519654	.	C	A	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
4	79521428	.	G	A	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=10.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:60,0,37
4	79526046	.	G	A	27.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=6.94;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:56:56,0,75
4	79526517	.	A	G	113.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=18.96;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:63:142,0,63
4	79527009	.	G	A	175.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:204,15,0
4	79527272	.	C	T	319.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:348,24,0
4	79528813	.	G	A	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=-0.684;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.956;QD=9.47;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:104,0,184
4	79528957	.	G	T	121.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DP=8;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=15.22;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:150,0,145
4	79529206	.	G	A	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=5.68;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:68:68,0,206
4	79529630	.	C	T	80.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=16.15;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:65:109,0,65
4	79530732	.	C	T	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,118
4	79531038	.	G	A	243.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.493;ClippingRankSum=-0.555;DP=13;FS=5.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.656;QD=18.75;ReadPosRankSum=0.377	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,7:13:99:272,0,215
4	79531058	.	A	C	156.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.825;DP=11;FS=6.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.717;QD=14.25;ReadPosRankSum=-0.466	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,5:11:99:185,0,236
4	79531186	.	C	T	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,115
4	79531202	.	C	T	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=-1.300;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.300;QD=12.11;ReadPosRankSum=1.754	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:113,0,146
4	79531308	.	C	T	52.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=-0.304;DP=72;FS=6.391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.836;QD=0.73;ReadPosRankSum=-0.684	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:65,7:72:81:81,0,2608
4	79531381	.	T	G	1770.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.495;DP=56;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.114;QD=31.62;ReadPosRankSum=0.928	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,45:56:99:1799,0,319
4	79531553	.	C	A	530.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:559,39,0
4	79786856	.	G	A	80.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=-0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=10.10;ReadPosRankSum=-0.956	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:109,0,184
4	79832509	.	A	C	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=4.72;ReadPosRankSum=-0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:66:66,0,237
4	79832706	.	C	G	114.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.568;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=11.48;ReadPosRankSum=1.133	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:143,0,233
4	79833858	.	C	T	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:123,0,34
4	79834326	.	T	C	165.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=-0.956;DP=8;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=20.72;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:99:194,0,105
4	79835907	.	T	C	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=10.69	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:18:89,0,18
4	79836320	.	C	T	170.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=-0.653;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.151;QD=10.05;ReadPosRankSum=0.452	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,6:17:99:199,0,424
4	79839983	.	A	T	375.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=-1.626;DP=14;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.051;QD=26.84;ReadPosRankSum=1.202	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,10:14:99:404,0,116
4	79840498	.	T	G	181.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.259;DP=12;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.259;QD=15.15;ReadPosRankSum=-0.467	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,6:12:99:210,0,216
4	79840956	.	G	A	100.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=1.568;DP=10;FS=7.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.08;ReadPosRankSum=-1.568	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:129,0,226
4	79841359	.	C	G	573.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:602,42,0
4	79841431	.	C	T	365.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=-0.429;DP=15;FS=4.832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.796;QD=24.38;ReadPosRankSum=-0.306	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,10:15:99:394,0,174
4	79852797	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	79853664	.	C	A	43.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:71,6,0
4	79854117	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
4	79857131	.	C	T	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
4	80826912	.	A	C	106.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.763;ClippingRankSum=-0.196;DP=15;FS=2.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.065;QD=7.12;ReadPosRankSum=0.065	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,4:15:99:135,0,347
4	80827062	.	T	C	406.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:435,30,0
4	80827798	.	A	G	376.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:405,27,0
4	80827799	.	A	C	376.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:405,27,0
4	80828247	.	G	A	64.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=-0.592;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.254;QD=4.98;ReadPosRankSum=0.254	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,3:13:93:93,0,392
4	80905990	.	C	G	390.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:419,30,0
4	80993796	.	G	T	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=13.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:70,0,36
4	80994124	.	C	T	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=-0.361;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=9.42;ReadPosRankSum=1.652	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:113,0,155
4	81951911	.	G	A	42.27	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=6;FS=4.771;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=7.05;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,3:4:1:101,1,0
4	81967188	.	C	T	705.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:734,51,0
4	81974809	.	T	C	249.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=-1.034;DP=11;FS=6.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.278;QD=22.71;ReadPosRankSum=1.034	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,7:11:99:278,0,140
4	81975088	.	G	A	441.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:470,33,0
4	81975504	.	A	C	309.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:338,24,0
4	81975529	.	G	A	189.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:218,15,0
4	81975681	.	G	A	668.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:697,48,0
4	81976873	.	A	G	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
4	81977093	.	C	T	212.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=-0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=30.40;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:25:241,0,25
4	81977730	.	A	T	278.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:307,21,0
4	81978151	.	C	A	210.81	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=-0.742;DP=7;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=30.12;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:20:239,0,20
4	81978711	.	T	G	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
4	82031944	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:80:81,0,80
4	82031950	.	C	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:80:81,0,80
4	82503412	.	G	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
4	82556985	.	C	T	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
4	82557036	.	G	A	164.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:193,15,0
4	82671170	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
4	82688130	.	C	G	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
4	83274634	.	C	T	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,79
4	83344744	.	T	C	33.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.452;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.352;QD=1.61;ReadPosRankSum=1.055	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,3:21:62:62,0,707
4	83344850	.	T	A	238.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.246;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.278;QD=21.71;ReadPosRankSum=1.034	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,7:11:99:267,0,142
4	83350954	.	C	T	348.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=-0.342;DP=17;FS=4.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.708;QD=20.52;ReadPosRankSum=0.342	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,10:17:99:377,0,229
4	83551007	.	G	A	459.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:488,36,0
4	83551119	.	T	C	309.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:338,24,0
4	83551209	.	C	T	750.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:779,54,0
4	83551345	.	C	G	395.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:424,30,0
4	83617701	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
4	83740867	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	83742336	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	83743728	.	C	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
4	83745557	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
4	83754887	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	83754894	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	83755424	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
4	83755431	.	C	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
4	83756162	.	C	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
4	83756463	.	G	A	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
4	83763809	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
4	83774137	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	83788344	.	A	T	1687.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,40:40:99:1716,120,0
4	83795806	.	T	C	1796.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,42:42:99:1825,126,0
4	83815518	.	C	T	2138.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,50:50:99:2167,151,0
4	83816232	.	A	T	307.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:336,24,0
4	83816983	.	T	C	269.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:298,21,0
4	83817693	.	C	T	317.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:346,24,0
4	83817816	.	T	C	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
4	83819464	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
4	83820170	.	G	A	401.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:430,30,0
4	83838217	.	G	A	195.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:224,18,0
4	83838262	.	G	T	178.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:207,15,0
4	83839799	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
4	84008262	.	C	T	43.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:71,6,0
4	84030970	.	C	T	38.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:66,6,0
4	84034675	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
4	84191031	.	A	G	492.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:521,36,0
4	84205008	.	G	A	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
4	84205872	.	C	A	163.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:192,15,0
4	84213924	.	T	C	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.19;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:71:73,0,71
4	84216029	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:36:39,0,36
4	84216037	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=11.12	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,1:1:36:39,0,36
4	84376743	.	A	T	506.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:535,39,0
4	84382550	.	A	G	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:71:74,0,71
4	84382763	.	C	T	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.69;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:64:75,0,64
4	84383275	.	A	G	189.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:218,15,0
4	84388167	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	84526275	.	T	C	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=-1.203;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.573;QD=7.86;ReadPosRankSum=1.422	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:99,0,216
4	84526536	.	C	T	178.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.323;DP=14;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.968;QD=12.77;ReadPosRankSum=0.968	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,6:14:99:207,0,303
4	84526573	.	A	G	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=4.35;ReadPosRankSum=1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:63:63,0,206
4	85559284	.	A	G	138.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:166,12,0
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4	88968876	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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4	95173779	.	T	C	121.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.466;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.717;QD=11.07;ReadPosRankSum=-0.387	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,5:11:99:150,0,231
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4	95212185	.	A	G	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.988;QD=13.96;ReadPosRankSum=-0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:112,0,114
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4	100870375	.	T	G	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=7.55;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:66:66,0,104
4	100871152	.	C	T	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=9.94;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:68:68,0,75
4	101946031	.	A	C	233.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.726;ClippingRankSum=-0.398;DP=27;FS=1.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.611;QD=8.66;ReadPosRankSum=0.504	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,8:27:99:262,0,701
4	103183218	.	G	A	272.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:301,21,0
4	103183531	.	T	C	268.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:297,21,0
4	103183935	.	T	C	342.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:371,27,0
4	103184089	.	A	G	622.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:651,45,0
4	103422827	.	T	C	114.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=-1.300;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.937;QD=16.40;ReadPosRankSum=-0.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:94:143,0,94
4	103422838	.	C	T	131.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=-1.159;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=14.64;ReadPosRankSum=1.652	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:160,0,134
4	103486969	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
4	103514658	.	T	C	474.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:503,39,0
4	103552813	.	C	T	231.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=-1.562;DP=15;FS=5.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.174;QD=15.45;ReadPosRankSum=0.289	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,7:15:99:260,0,302
4	103552830	.	G	A	306.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=-0.533;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.200;QD=21.91;ReadPosRankSum=0.533	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,9:14:99:335,0,177
4	103553053	.	G	A	288.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.444;ClippingRankSum=1.595;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.380;QD=14.44;ReadPosRankSum=-0.836	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,9:20:99:317,0,389
4	103553090	.	A	G	130.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=0.685;DP=17;FS=15.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.001;QD=7.69;ReadPosRankSum=-0.053	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,5:17:99:159,0,481
4	103553327	.	C	T	15.88	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=-0.274;DP=14;FS=3.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.822;QD=1.13;ReadPosRankSum=0.091	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:44:44,0,472
4	103555992	.	A	G	142.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.933;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.20;ReadPosRankSum=-1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,5:14:99:171,0,342
4	103557077	.	G	A	66.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DP=12;FS=7.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.370;QD=5.56;ReadPosRankSum=-0.370	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,3:12:95:95,0,353
4	103611845	.	C	T	121.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.219;ClippingRankSum=-1.159;DP=9;FS=13.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=13.53;ReadPosRankSum=1.307	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:150,0,178
4	103613266	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	103718318	.	T	A	559.73	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.753;ClippingRankSum=-1.993;DP=61;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.411;QD=9.18;ReadPosRankSum=-0.391	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:32,28:60:99:705,0,1079
4	103723993	.	T	C	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
4	103732287	.	T	G	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
4	103738232	.	G	C	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
4	103738243	.	G	A	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
4	103745457	.	A	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
4	103790186	.	G	T	308.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.933;ClippingRankSum=1.022;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.044;QD=17.15;ReadPosRankSum=-1.111	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,10:18:99:337,0,282
4	103802314	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
4	103836665	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
4	105941381	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
4	106155185	.	C	G	116.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=-1.307;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.876;QD=12.97;ReadPosRankSum=0.876	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:145,0,179
4	106196951	.	A	G	118.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=-0.365;DP=10;FS=7.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.133;QD=11.88;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:147,0,239
4	106199505	.	A	T	112.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.365;DP=10;FS=2.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.568;QD=11.28;ReadPosRankSum=-0.365	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:141,0,231
4	106317429	.	C	G	687.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=-2.003;DP=35;FS=3.092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=19.65;ReadPosRankSum=1.176	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,19:35:99:716,0,589
4	106325798	.	A	T	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:80,0,35
4	106357740	.	A	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
4	106392707	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	106393547	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:81,0,35
4	106407416	.	C	T	241.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:270,18,0
4	106407422	.	A	G	241.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:270,18,0
4	106474096	.	T	C	276.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:305,21,0
4	106601989	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:78,0,35
4	106767490	.	T	C	236.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:265,18,0
4	106861730	.	A	G	207.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=-0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=29.68;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:23:236,0,23
4	106891531	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
4	106892210	.	T	G	189.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:218,15,0
4	107090087	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
4	107133919	.	A	G	163.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=23.40;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:59:192,0,59
4	107156462	.	C	T	166.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.684;QD=20.85;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:97:195,0,97
4	107168431	.	G	C	362.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:391,27,0
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4	107238966	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
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4	107269053	.	A	G	137.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=-1.333;DP=14;FS=5.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=9.84;ReadPosRankSum=1.333	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,5:14:99:166,0,349
4	107270027	.	G	A	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.988;QD=14.29;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:114,0,111
4	107924779	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	107924781	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	107924782	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	107924808	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,147
4	107924813	.	A	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,147
4	107924817	.	G	A	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.88	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,2:2:78:78,0,147
4	107924828	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
4	108535335	.	C	T	324.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.293;ClippingRankSum=0.049;DP=17;FS=2.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.025;QD=19.10;ReadPosRankSum=-0.342	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,10:17:99:353,0,253
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4	108575989	.	G	A	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.592;ClippingRankSum=-0.237;DP=18;FS=2.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,3:18:74:74,0,576
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4	108641317	.	G	A	213.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=-1.059;DP=16;FS=3.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.011;QD=13.36;ReadPosRankSum=-0.212	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,7:16:99:242,0,324
4	108919708	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
4	108931039	.	T	C	1801.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,42:42:99:1830,126,0
4	108944821	.	C	T	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
4	108944846	.	A	G	141.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:169,12,0
4	108945070	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	108945631	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
4	108946378	.	T	C	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
4	108947320	.	T	C	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:79,0,33
4	108951874	.	T	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
4	109542003	.	T	C	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
4	109544798	.	A	G	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
4	109547017	.	C	T	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
4	109573623	.	T	A	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
4	109579392	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
4	109585262	.	A	C	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
4	109586178	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	110447390	.	A	G	304.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=-0.598;DP=23;FS=1.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.220;QD=13.25;ReadPosRankSum=1.858	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,9:23:99:333,0,540
4	110581363	.	T	A	197.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.741;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.036;QD=19.78;ReadPosRankSum=-0.633	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,6:10:99:226,0,140
4	110603784	.	T	C	67.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=1.203;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.573;QD=7.53;ReadPosRankSum=-1.203	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:96:96,0,231
4	110610004	.	A	G	130.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.261;ClippingRankSum=0.050;DP=17;FS=2.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.151;QD=7.69;ReadPosRankSum=-0.754	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,6:17:99:159,0,421
4	110610086	.	A	G	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.386;ClippingRankSum=0.731;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.546;QD=7.38;ReadPosRankSum=1.214	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:102,0,257
4	110631621	.	A	G	154.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=-1.098;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.676;QD=15.48;ReadPosRankSum=1.098	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:183,0,192
4	110661937	.	G	A	630.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:659,48,0
4	110675918	.	G	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
4	110681505	.	C	T	626.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=-2.041;DP=36;FS=1.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.459;QD=17.41;ReadPosRankSum=1.724	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,18:36:99:655,0,656
4	110684310	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
4	110737389	.	T	C	299.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=-1.592;DP=30;FS=3.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.430;QD=9.99;ReadPosRankSum=1.764	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,11:30:99:328,0,676
4	110834110	.	A	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
4	110901198	.	G	A	365.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:394,27,0
4	110914427	.	A	T	206.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:235,18,0
4	110971489	.	A	G	160.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.181;ClippingRankSum=0.387;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.186;QD=14.62;ReadPosRankSum=0.143	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,5:11:99:189,0,215
4	111097563	.	A	G	24.76	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=12.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:52,6,0
4	111117789	.	G	A	138.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:166,12,0
4	113066831	.	G	A	439.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:468,39,0
4	113264524	.	G	A	154.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:183,15,0
4	113264577	.	A	C	90.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:118,9,0
4	113279526	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	113279532	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	113279533	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	113279544	.	T	G	43.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:71,6,0
4	113307711	.	C	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
4	113314802	.	C	A	52.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:26:81,0,26
4	113339238	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	113352397	.	G	A	123.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=-1.754;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=17.68;ReadPosRankSum=1.754	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:93:152,0,93
4	113352899	.	G	A	59.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=14.94;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:88,0,33
4	113353285	.	T	C	123.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=-1.300;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.937;QD=17.68;ReadPosRankSum=1.300	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:152,0,108
4	113359703	.	A	G	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=17.75;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:71:117,0,71
4	113362316	.	A	G	26.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=4.46;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:55:55,0,356
4	113362622	.	C	G	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=-0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=12.79;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:105,0,109
4	113486605	.	A	T	177.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=9.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,15:16:28:439,28,0
4	113565195	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
4	113578609	.	C	T	208.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=-1.036;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.133;QD=20.88;ReadPosRankSum=1.036	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,6:10:99:237,0,140
4	114372504	.	C	T	89.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:117,9,0
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4	118280859	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
4	118281101	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
4	118281297	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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4	118289770	.	T	A	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
4	118292314	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
4	118496030	.	C	T	400.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:429,30,0
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4	119200274	.	C	T	1240.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=-1.282;DP=79;FS=0.840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.649;QD=15.71;ReadPosRankSum=0.658	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:45,34:79:99:1269,0,1711
4	119624745	.	G	A	87.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:115,9,0
4	119631629	.	T	C	93.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=-0.929;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.600;QD=7.81;ReadPosRankSum=0.825	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,4:12:99:122,0,288
4	119631992	.	A	T	136.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:164,12,0
4	119632094	.	T	C	282.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:311,24,0
4	119632379	.	A	G	114.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=-1.133;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.133;QD=11.48;ReadPosRankSum=1.133	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:143,0,221
4	119634130	.	T	C	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
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4	119646000	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
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4	120136135	.	G	A	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:81,0,33
4	120138824	.	A	G	186.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.205;ClippingRankSum=-1.252;DP=31;FS=3.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.827;QD=6.02;ReadPosRankSum=0.732	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,7:31:99:215,0,949
4	120141320	.	G	A	32.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=5.46;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:61:61,0,156
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4	120187119	.	T	C	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=12.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:66,0,36
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4	120187868	.	A	T	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:120,0,33
4	120194512	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	120206572	.	A	G	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
4	120210272	.	C	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
4	120210764	.	G	A	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
4	120210865	.	A	T	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=4.80;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:57:57,0,153
4	120215314	.	A	G	364.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=-0.348;DP=24;FS=6.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.637;QD=15.20;ReadPosRankSum=0.811	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,11:24:99:393,0,470
4	120215836	.	C	A	319.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DP=16;FS=5.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.953;QD=19.99;ReadPosRankSum=0.106	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,9:16:99:348,0,255
4	120219534	.	T	C	199.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.718;ClippingRankSum=-0.779;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.779;QD=16.65;ReadPosRankSum=0.869	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,6:12:99:228,0,206
4	120376263	.	C	G	199.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=1.097;DP=14;FS=6.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.452;QD=14.27;ReadPosRankSum=0.581	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,6:14:99:228,0,618
4	120376266	.	C	G	199.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=1.097;DP=14;FS=6.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.710;QD=14.27;ReadPosRankSum=0.968	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,6:14:99:228,0,618
4	120416445	.	C	T	264.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=-1.220;DP=15;FS=5.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.772;QD=17.65;ReadPosRankSum=-0.150	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,8:15:99:293,0,258
4	120416494	.	C	T	387.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=-0.372;DP=19;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.445;QD=20.41;ReadPosRankSum=-0.206	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,11:19:99:416,0,282
4	120424580	.	T	G	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:80,0,33
4	120433982	.	T	C	185.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:214,15,0
4	120434015	.	G	A	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=9.19;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:65:65,0,75
4	120438174	.	G	T	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
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4	120470441	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
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4	120979770	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
4	120980087	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
4	120981214	.	T	C	247.79	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:23:276,23,0
4	122599755	.	T	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
4	122600369	.	A	G	185.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:214,15,0
4	122600664	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
4	122737278	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
4	122742217	.	T	C	572.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:601,42,0
4	122744942	.	G	A	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=17.15;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:73:114,0,73
4	122746325	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,119
4	123145751	.	T	A	78.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=19.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:29:107,0,29
4	123192383	.	T	C	93.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=23.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:122,0,34
4	123229132	.	C	T	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.988;QD=11.79;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:99,0,113
4	123814308	.	C	T	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DP=7;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=11.68;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:110,0,144
4	123838758	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	123843716	.	T	C	184.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:213,15,0
4	124319191	.	A	G	112.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.729;QD=12.53;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:141,0,183
4	124319549	.	A	G	196.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=-1.067;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=24.60;ReadPosRankSum=1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:45:225,0,45
4	125232082	.	T	C	23.79	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=7.93;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:30:52,0,30
4	125247261	.	A	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
4	125298963	.	G	A	164.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.361;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.307;QD=18.31;ReadPosRankSum=-0.361	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:193,0,150
4	125586074	.	C	A	16.86	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.041;ClippingRankSum=0.537;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.752;QD=1.40;ReadPosRankSum=-0.752	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:45:45,0,407
4	125586828	.	A	C	154.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.212;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.092;QD=11.91;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,5:13:99:183,0,311
4	125587561	.	G	T	372.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=-0.391;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.178;QD=17.75;ReadPosRankSum=0.249	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,12:21:99:401,0,297
4	125590478	.	T	C	300.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.315;ClippingRankSum=1.173;DP=21;FS=4.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.462;QD=14.32;ReadPosRankSum=-1.244	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,9:21:99:329,0,444
4	125591687	.	A	G	219.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=-0.029;DP=25;FS=4.099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.262;QD=8.79;ReadPosRankSum=-0.087	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,8:25:99:248,0,655
4	125592065	.	C	A	306.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=-0.456;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.684;QD=15.34;ReadPosRankSum=0.304	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,9:20:99:335,0,428
4	128565000	.	A	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
4	128584580	.	G	A	187.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:216,15,0
4	128607482	.	T	C	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
4	128723042	.	T	C	667.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:696,48,0
4	128759232	.	A	G	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,40
4	128807219	.	T	A	222.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:251,21,0
4	128814964	.	G	T	393.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:422,30,0
4	128960569	.	C	T	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
4	128995640	.	G	A	539.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:568,39,0
4	129000124	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
4	129012638	.	A	G	405.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:434,30,0
4	129028679	.	T	C	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
4	129029540	.	T	A	210.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.098;ClippingRankSum=-0.634;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.537;QD=12.40;ReadPosRankSum=0.342	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,7:17:99:239,0,388
4	129043204	.	C	G	325.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:354,24,0
4	129043286	.	C	T	498.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:527,36,0
4	129043809	.	G	A	187.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:216,15,0
4	129049469	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
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4	129961179	.	A	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
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4	130030652	.	A	G	415.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:444,30,0
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4	134083013	.	C	T	96.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:124,9,0
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4	139090804	.	A	G	446.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=-0.136;DP=25;FS=6.239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.224;QD=17.87;ReadPosRankSum=-0.136	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,13:25:99:475,0,430
4	139092719	.	A	G	229.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=1.043;DP=28;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.076;QD=8.21;ReadPosRankSum=-0.992	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,8:28:99:258,0,788
4	139094202	.	T	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
4	139096299	.	A	C	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
4	139096721	.	A	G	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
4	139099771	.	T	C	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
4	139109752	.	G	A	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
4	139110577	.	A	G	227.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:256,18,0
4	139111107	.	T	C	195.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:224,15,0
4	139111138	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:56:78,0,56
4	139112222	.	A	C	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=-0.956;DP=8;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.684;QD=9.97;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:108,0,200
4	139112254	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:69:78,0,69
4	139112622	.	G	A	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=4.82;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:62:62,0,184
4	139113096	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
4	139113336	.	G	T	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.75;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:75:77,0,75
4	139124289	.	T	C	115.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:143,12,0
4	139127861	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	139129155	.	C	A	175.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:204,15,0
4	139129299	.	C	T	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
4	139135024	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
4	139140388	.	G	A	168.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:197,15,0
4	139163377	.	C	G	374.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=-1.068;DP=25;FS=1.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.684;QD=14.99;ReadPosRankSum=1.177	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,11:25:99:403,0,518
4	139967214	.	C	G	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
4	140222522	.	C	T	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
4	140226748	.	A	G	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=-0.118;DP=18;FS=6.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.355;QD=2.82;ReadPosRankSum=1.185	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,3:18:79:79,0,592
4	140310520	.	T	C	246.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.977;ClippingRankSum=2.141;DP=12;FS=2.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.244;QD=20.56;ReadPosRankSum=-2.141	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,7:12:99:275,0,174
4	140430581	.	G	T	1013.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1042,72,0
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4	140430746	.	T	C	1752.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,41:41:99:1781,123,0
4	140450455	.	G	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
4	140453490	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	140625323	.	A	G	550.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:579,39,0
4	140638963	.	C	T	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:31:74,0,31
4	140639178	.	C	A	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:70:70,0,112
4	140640283	.	G	T	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=9.15;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:74:74,0,116
4	140810637	.	C	T	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=12.79;ReadPosRankSum=1.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:98:105,0,98
4	140810700	.	C	T	161.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=-0.684;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.684;QD=20.22;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:99:190,0,103
4	140903155	.	C	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
4	141029512	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
4	141060094	.	A	G	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.19;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:38:73,0,38
4	141473235	.	G	A	195.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:224,15,0
4	141542490	.	C	G	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
4	141543997	.	G	A	371.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:400,30,0
4	141553500	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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4	144106114	.	C	T	141.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:169,12,0
4	144107187	.	T	C	219.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=0.106;DP=16;FS=2.115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.212;QD=13.74;ReadPosRankSum=-0.318	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,7:16:99:248,0,299
4	144392162	.	A	C	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
4	144442735	.	C	T	1259.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.516;ClippingRankSum=0.000;DP=32;FS=4.260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.191;QD=29.02;ReadPosRankSum=-0.542	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,31:32:67:1288,67,0
4	144457987	.	C	A	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
4	144467104	.	T	C	1066.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1095,75,0
4	146048583	.	T	G	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
4	146056320	.	G	A	120.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.368;ClippingRankSum=0.421;DP=8;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=15.10;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:149,0,155
4	146057606	.	C	G	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=18.35;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:72:120,0,72
4	146065545	.	T	C	92.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.159;DP=18;FS=2.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.053;QD=5.15;ReadPosRankSum=0.053	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,4:18:99:121,0,540
4	146478779	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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4	147138970	.	A	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
4	147176603	.	C	T	104.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:132,12,0
4	147177341	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
4	147177468	.	T	G	133.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=26.75;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:29:162,0,29
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4	148557553	.	G	A	450.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:479,33,0
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4	148593605	.	G	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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4	152588421	.	A	C	180.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:209,15,0
4	152589439	.	G	A	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
4	152592191	.	T	C	444.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:473,33,0
4	152595836	.	C	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
4	152600370	.	C	T	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
4	152623285	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
4	153456994	.	G	C	143.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=-0.729;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.159;QD=15.97;ReadPosRankSum=0.729	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:172,0,117
4	153544201	.	T	C	66.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=11.13;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:95:95,0,179
4	153544206	.	T	C	130.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=21.79;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:65:159,0,65
4	153544912	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:36:39,0,36
4	153544922	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=11.12	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,1:1:36:39,0,36
4	153547453	.	G	T	318.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.589;QD=30.28;ReadPosRankSum=1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:99:347,0,131
4	153547470	.	T	C	318.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=29.39;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:99:347,0,131
4	153547872	.	C	T	164.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=18.31;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:193,0,140
4	153548037	.	A	C	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.988;QD=13.96;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:95:112,0,95
4	153549379	.	T	G	147.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=0.710;DP=14;FS=15.911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.581;QD=10.55;ReadPosRankSum=-0.839	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,6:14:99:176,0,292
4	153565969	.	C	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
4	153686900	.	A	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
4	153832040	.	G	A	491.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:520,36,0
4	153845983	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
4	153845999	.	T	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
4	153846001	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
4	153860134	.	G	T	89.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:117,9,0
4	153864355	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	153890793	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
4	153895545	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	153896765	.	G	C	313.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:342,24,0
4	153898178	.	A	G	226.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:255,18,0
4	153898442	.	G	T	446.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:36:475,36,0
4	153898446	.	A	G	13.95	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=-0.274;DP=14;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.456;QD=1.00;ReadPosRankSum=-0.274	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:42:42,0,879
4	153898454	.	A	G	106.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=-1.626;DP=14;FS=6.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.212;QD=7.63;ReadPosRankSum=1.061	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,4:14:99:135,0,383
4	153898469	.	A	G	191.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=-0.660;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.093;QD=14.75;ReadPosRankSum=0.312	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,6:13:99:220,0,251
4	153898688	.	A	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.75;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:72:72,0,117
4	153899573	.	A	C	622.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:651,45,0
4	153899658	.	C	T	403.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:432,30,0
4	153900025	.	A	G	367.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:396,27,0
4	154144106	.	C	G	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
4	154216710	.	G	A	916.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:945,66,0
4	154244953	.	T	C	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
4	154257510	.	A	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=-0.600;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.536;QD=2.34;ReadPosRankSum=0.825	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,4:12:75:75,0,171
4	154257511	.	C	A	131.73	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.408;ClippingRankSum=0.387;DP=20;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.717;QD=6.59;ReadPosRankSum=0.143	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,8:15:99:181,0,135
4	154258645	.	C	G	154.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.670;ClippingRankSum=-1.670;DP=13;FS=9.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.696;QD=11.91;ReadPosRankSum=1.991	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,5:13:99:183,0,298
4	154259137	.	T	C	65.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.517;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=9.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.684;QD=8.22;ReadPosRankSum=-0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:94:94,0,191
4	154276856	.	A	G	216.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.461;ClippingRankSum=0.831;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.461;QD=18.06;ReadPosRankSum=-1.461	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,7:12:99:245,0,183
4	154291837	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
4	154291846	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
4	154387597	.	G	C	151.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:180,15,0
4	154479430	.	T	C	210.90	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=30.13;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:15:239,0,15
4	154525458	.	C	T	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=13.29;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:108,0,115
4	155350374	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	155350375	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	155350385	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	155350389	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	156264133	.	T	C	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
4	156264942	.	G	A	220.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:249,18,0
4	156265409	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	156265737	.	A	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
4	156266861	.	T	C	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
4	156267309	.	T	C	138.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:166,12,0
4	156267712	.	G	A	183.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:212,15,0
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4	156273768	.	T	C	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
4	156274377	.	T	C	370.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:399,27,0
4	156276289	.	C	T	190.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:219,15,0
4	156297060	.	A	G	191.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:220,15,0
4	156589748	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
4	156589787	.	G	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
4	156632391	.	A	G	654.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:683,48,0
4	156644174	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
4	156645630	.	A	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
4	156652714	.	G	A	359.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:388,27,0
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4	158065038	.	T	C	510.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:539,39,0
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4	158433218	.	T	A	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:28:120,0,28
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4	158442854	.	G	A	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=18.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:68:120,0,68
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4	158554149	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	158561833	.	T	C	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=14.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:73,0,36
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4	158565397	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
4	158565908	.	C	T	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.19;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:64:77,0,64
4	158566063	.	C	G	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
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4	158571733	.	A	G	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=20.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:32:112,0,32
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4	158577252	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:87,6,0
4	158577257	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
4	158580577	.	G	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
4	158584939	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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4	158697324	.	C	T	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
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4	158724823	.	T	C	1050.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1079,75,0
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4	159175840	.	G	A	411.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:440,30,0
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4	159588784	.	T	C	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
4	159588976	.	A	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
4	159601676	.	C	T	194.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:223,15,0
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4	159640428	.	T	C	640.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=-0.941;DP=35;FS=1.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.281;QD=18.31;ReadPosRankSum=1.205	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,18:35:99:669,0,605
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4	164085425	.	T	C	225.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:254,18,0
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4	164440581	.	T	C	810.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=-0.904;DP=27;FS=4.467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.137;QD=30.03;ReadPosRankSum=0.904	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,21:27:99:839,0,182
4	164440743	.	T	A	359.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=-0.184;DP=15;FS=5.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.061;QD=23.98;ReadPosRankSum=0.061	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,10:15:99:388,0,163
4	164446283	.	T	A	128.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=21.46;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:67:157,0,67
4	164447022	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
4	164448049	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	165675522	.	C	T	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=18.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:32:104,0,32
4	165722484	.	A	T	169.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=24.25;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:61:198,0,61
4	165933828	.	C	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
4	165996306	.	T	C	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=20.69;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:99:111,0,164
4	165996315	.	T	C	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=16.55;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:99:111,0,164
4	165996340	.	T	C	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:31:80,0,31
4	165996447	.	A	G	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
4	165997172	.	T	C	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=12.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:66,0,33
4	165998978	.	A	C	33.96	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=11.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:5:61,5,0
4	165998986	.	A	C	26.50	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:63,6,0
4	165999188	.	T	C	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=5.40;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:66:66,0,327
4	165999189	.	T	C	129.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=18.54;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:158,0,104
4	165999305	.	G	A	405.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:434,30,0
4	166000195	.	A	G	605.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:634,45,0
4	166000263	.	C	T	484.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.783;ClippingRankSum=-0.934;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.594;QD=32.32;ReadPosRankSum=0.255	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,13:15:28:513,0,28
4	166264119	.	A	G	187.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:216,15,0
4	166458403	.	T	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
4	166460173	.	A	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
4	166461722	.	C	T	112.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:140,12,0
4	166650718	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
4	166654768	.	G	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
4	166655810	.	G	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
4	166656821	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
4	166657691	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
4	166671834	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
4	166675521	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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4	167063752	.	C	A	140.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:168,12,0
4	167063763	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
4	169278161	.	G	C	169.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=24.25;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:60:198,0,60
4	169278989	.	A	T	445.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:474,33,0
4	169279092	.	C	T	322.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:351,24,0
4	169279170	.	A	G	359.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:388,27,0
4	169280301	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
4	169281998	.	A	G	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
4	169282355	.	T	C	376.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=-2.073;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.678;QD=26.91;ReadPosRankSum=0.099	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,11:13:38:405,0,38
4	169282903	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
4	169283960	.	A	G	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
4	169299528	.	T	C	226.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.762;DP=9;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=25.20;ReadPosRankSum=0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:63:255,0,63
4	169301208	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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4	169302997	.	C	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
4	169304091	.	T	A	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:81,0,36
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4	169315760	.	C	A	401.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:430,30,0
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4	169785081	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	169799448	.	A	G	1004.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1033,75,0
4	169806165	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	169806168	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	169832201	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
4	169849389	.	C	G	1269.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1298,90,0
4	169904199	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
4	169910101	.	C	T	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
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4	169928842	.	G	T	372.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:401,30,0
4	169931268	.	G	A	501.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:36:530,36,0
4	169931274	.	G	A	501.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:36:530,36,0
4	169931288	.	T	C	393.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:422,30,0
4	170015488	.	C	T	331.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:360,24,0
4	170017135	.	G	A	121.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.866;ClippingRankSum=-1.133;DP=10;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.365;QD=12.18;ReadPosRankSum=1.133	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:150,0,221
4	170017508	.	T	C	573.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:602,42,0
4	170037572	.	G	A	689.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.116;DP=26;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.289;QD=26.53;ReadPosRankSum=-0.116	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,19:26:99:718,0,215
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4	170564085	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
4	170581570	.	G	A	514.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:543,39,0
4	170642246	.	A	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,162
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4	170663235	.	C	T	152.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0.223;DP=25;FS=4.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.032;QD=6.11;ReadPosRankSum=0.223	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,6:25:99:181,0,752
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4	170991262	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
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4	172409497	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	174090004	.	G	A	236.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=-0.717;DP=27;FS=6.967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.186;QD=8.77;ReadPosRankSum=0.770	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,8:27:99:265,0,697
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4	174219290	.	A	T	156.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.662;ClippingRankSum=0.262;DP=27;FS=4.467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.437;QD=5.81;ReadPosRankSum=0.904	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,6:27:99:185,0,821
4	175411953	.	A	G	172.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=-1.518;DP=21;FS=5.367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.895;QD=8.23;ReadPosRankSum=1.129	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,6:21:99:201,0,581
4	177249533	.	A	G	237.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.186;ClippingRankSum=-0.929;DP=27;FS=14.835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.407;QD=8.81;ReadPosRankSum=0.186	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,8:27:99:266,0,734
4	177249681	.	A	G	324.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=-0.915;DP=42;FS=2.977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.515;QD=7.73;ReadPosRankSum=0.200	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,11:42:99:353,0,1284
4	177249756	.	A	G	235.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=-0.903;DP=29;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.659;QD=8.13;ReadPosRankSum=1.098	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,8:29:99:264,0,836
4	177250043	.	A	G	167.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=-1.320;DP=34;FS=3.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.128;QD=4.93;ReadPosRankSum=1.150	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:27,7:34:99:196,0,1035
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4	177252238	.	A	G	306.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.768;ClippingRankSum=1.155;DP=29;FS=1.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.448;QD=10.58;ReadPosRankSum=-0.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,9:29:99:335,0,792
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4	183811487	.	G	A	549.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=-0.572;DP=24;FS=2.044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.969;QD=22.91;ReadPosRankSum=0.953	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,17:24:99:578,0,216
4	183811513	.	C	T	215.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.229;ClippingRankSum=0.621;DP=36;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.877;QD=5.99;ReadPosRankSum=-1.388	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:27,9:36:99:244,0,1069
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4	183838025	.	A	G	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
4	184182403	.	G	C	21.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.678;ClippingRankSum=0.296;DP=13;FS=7.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.283;QD=1.68;ReadPosRankSum=-0.493	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:50:50,0,425
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4	184208522	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
4	184236951	.	G	T	218.85	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=-0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=31.26;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:17:247,0,17
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4	184600601	.	A	G	232.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=-1.246;DP=11;FS=6.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.278;QD=21.16;ReadPosRankSum=1.663	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,7:11:99:261,0,140
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4	186347055	.	G	A	68.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=-0.421;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.421;QD=8.60;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:97:97,0,143
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4	190589075	.	C	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
4	190637648	.	A	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
4	190638131	.	T	A	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
4	190638246	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
4	190638279	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
4	190638740	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	190638742	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	190840245	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	190840249	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
4	190862219	.	A	G	28.77	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.042;DP=26;FS=2.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.125;QD=1.11;ReadPosRankSum=1.045	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,3:25:57:57,0,879
4	190874255	.	A	T	36.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.383;ClippingRankSum=-0.957;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.287;QD=1.67;ReadPosRankSum=-2.009	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,3:22:65:65,0,751
4	190876242	.	G	A	108.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.065;DP=26;FS=4.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.911;QD=4.18;ReadPosRankSum=-0.260	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,5:26:99:137,0,817
4	190878580	.	A	G	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
4	190881021	.	C	A	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:79,0,37
4	190883001	.	C	G	22.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=-0.752;DP=12;FS=3.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.396;QD=1.90;ReadPosRankSum=0.752	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:51:51,0,394
4	190883910	.	G	A	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:76,0,34
4	190892440	.	T	C	71.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:99,9,0
5	197150	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
5	197387	.	G	A	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=16.95;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:76:113,0,76
5	200967	.	C	T	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
5	201594	.	T	C	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.55;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:71:71,0,115
5	201812	.	T	C	208.80	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=29.83;ReadPosRankSum=-0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:21:237,0,21
5	202023	.	A	C	228.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:257,18,0
5	202194	.	C	T	123.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DP=7;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.754;QD=17.68;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:152,0,105
5	203668	.	T	C	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=14.13;ReadPosRankSum=-1.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:113,0,108
5	203742	.	C	T	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=7.95;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:68:68,0,115
5	204154	.	G	C	117.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:145,12,0
5	204215	.	A	G	122.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.300;DP=7;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.937;QD=17.54;ReadPosRankSum=-0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:151,0,107
5	204952	.	C	T	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.715;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.566;QD=6.43;ReadPosRankSum=-0.382	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:99:99,0,323
5	205360	.	G	C	870.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.992;ClippingRankSum=-1.718;DP=45;FS=14.215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.330;QD=19.35;ReadPosRankSum=1.740	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,24:45:99:899,0,677
5	205565	.	G	A	683.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=-1.170;DP=37;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.081;QD=18.48;ReadPosRankSum=1.413	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,19:37:99:712,0,664
5	224633	.	A	G	647.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.294;ClippingRankSum=0.398;DP=64;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.313;QD=10.12;ReadPosRankSum=0.855	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:38,19:57:99:676,0,1470
5	228362	.	T	C	690.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.288;ClippingRankSum=-1.683;DP=52;FS=2.443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=13.28;ReadPosRankSum=1.777	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:32,20:52:99:719,0,1239
5	231111	.	T	C	219.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=-0.524;DP=50;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.251;QD=4.40;ReadPosRankSum=-0.233	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:35,9:44:99:248,0,1390
5	233734	.	C	G	982.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.184;ClippingRankSum=1.969;DP=64;FS=0.953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.279;QD=15.36;ReadPosRankSum=-0.792	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:36,28:64:99:1011,0,1371
5	234989	.	C	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:81,0,33
5	235548	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
5	241231	.	T	C	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=7.15;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:64:64,0,111
5	248356	.	C	T	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=14.63;ReadPosRankSum=-0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:116,0,115
5	251541	.	A	G	670.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.088;DP=59;FS=1.020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.360;QD=11.37;ReadPosRankSum=-0.104	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:39,20:59:99:699,0,1484
5	251712	.	C	T	35.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:63,6,0
5	254599	.	A	T	454.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=-0.806;DP=32;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.307;QD=14.21;ReadPosRankSum=0.844	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,13:32:99:483,0,743
5	256472	.	G	A	511.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.305;ClippingRankSum=2.229;DP=57;FS=8.426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.879;QD=8.98;ReadPosRankSum=2.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:41,16:57:99:540,0,1593
5	256509	.	G	A	861.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=1.174;DP=66;FS=11.120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.043;QD=13.06;ReadPosRankSum=2.687	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:39,27:66:99:890,0,1413
5	265536	.	C	A	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
5	265541	.	C	A	97.70	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
5	273539	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	279333	.	G	A	12.77	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=12.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:39,3,0
5	284634	.	G	A	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.19;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:67:77,0,67
5	290198	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
5	297188	.	C	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
5	305595	.	T	C	116.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=-0.365;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.633;QD=11.68;ReadPosRankSum=0.365	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:145,0,228
5	306981	.	C	T	96.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=-0.896;DP=11;FS=6.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.678;QD=8.80;ReadPosRankSum=0.597	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,4:11:99:125,0,277
5	307641	.	C	T	19.81	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.949;ClippingRankSum=-1.371;DP=15;FS=2.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.650;QD=1.32;ReadPosRankSum=1.227	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,3:15:48:48,0,470
5	309060	.	A	C	135.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=-1.467;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.600;QD=9.70;ReadPosRankSum=1.333	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,5:14:99:164,0,341
5	309691	.	C	T	112.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=0.000;DP=10;FS=7.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=11.28;ReadPosRankSum=-0.633	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:141,0,367
5	309710	.	G	A	112.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=18.79;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:99:141,0,367
5	310530	.	G	A	112.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=1.133;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.447;QD=11.28;ReadPosRankSum=-1.133	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:141,0,239
5	311478	.	T	C	545.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=-0.441;DP=80;FS=2.198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.644;QD=6.82;ReadPosRankSum=1.696	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:61,19:80:99:574,0,2360
5	311562	.	G	A	244.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=-1.109;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.386;QD=17.48;ReadPosRankSum=-0.627	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,8:14:99:273,0,213
5	311852	.	A	G	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=-0.992;DP=20;FS=5.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.992;QD=4.49;ReadPosRankSum=-0.142	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,4:20:99:118,0,614
5	312158	.	G	A	29.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.271;QD=2.98;ReadPosRankSum=1.271	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:58:58,0,288
5	312253	.	G	A	115.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.398;ClippingRankSum=0.278;DP=11;FS=6.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.034;QD=10.52;ReadPosRankSum=0.278	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,4:11:99:144,0,235
5	312625	.	G	A	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.895;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=4.08;ReadPosRankSum=-1.386	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:69:69,0,280
5	312804	.	A	G	117.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.922;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=14.72;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:146,0,154
5	313186	.	A	T	97.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=-0.540;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.540;QD=7.52;ReadPosRankSum=0.694	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,4:13:99:126,0,333
5	313762	.	G	A	59.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=-0.761;DP=13;FS=2.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.085;QD=4.60;ReadPosRankSum=-0.085	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,3:13:88:88,0,370
5	314011	.	G	A	146.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.749;ClippingRankSum=-0.143;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.143;QD=13.34;ReadPosRankSum=0.466	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,5:11:99:175,0,238
5	314935	.	T	C	639.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.345;ClippingRankSum=-1.100;DP=72;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.125;QD=8.89;ReadPosRankSum=1.125	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:52,20:72:99:668,0,2015
5	435560	.	C	T	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
5	453567	.	G	A	864.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.170;ClippingRankSum=-0.445;DP=68;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.432;QD=12.72;ReadPosRankSum=0.420	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:43,25:68:99:893,0,1669
5	457955	.	A	G	29.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.762;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=3.31;ReadPosRankSum=-0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:58:58,0,273
5	458999	.	T	C	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=-0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=5.40;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,1:7:66:66,0,400
5	459003	.	G	A	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=6.29;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:66:66,0,400
5	459772	.	A	G	58.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.250;ClippingRankSum=-0.450;DP=19;FS=9.863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.250;QD=3.09;ReadPosRankSum=-0.850	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,4:19:87:87,0,521
5	459793	.	T	C	230.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=1.059;DP=16;FS=7.505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.529;QD=14.42;ReadPosRankSum=1.270	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,7:16:99:259,0,331
5	459943	.	T	C	121.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.437;DP=14;FS=5.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.533;QD=8.70;ReadPosRankSum=-0.533	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,5:13:99:150,0,280
5	460079	.	C	T	36.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.249;DP=26;FS=5.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.604;QD=1.41;ReadPosRankSum=-0.817	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,4:26:65:65,0,860
5	460135	.	A	G	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.313;ClippingRankSum=-1.120;DP=21;FS=2.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.493;QD=3.51;ReadPosRankSum=-0.582	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,4:21:99:102,0,602
5	462556	.	G	A	193.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.757;DP=25;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.393;QD=7.75;ReadPosRankSum=-0.757	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,7:25:99:222,0,685
5	463539	.	G	A	170.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=-0.479;DP=22;FS=1.978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.553;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.553	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,6:22:99:199,0,624
5	464814	.	C	G	245.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=-0.282;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.480;QD=11.17;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,7:22:99:274,0,1120
5	464823	.	T	C	245.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.307;DP=22;FS=1.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.307;QD=11.17;ReadPosRankSum=0.171	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,8:22:99:274,0,1120
5	465510	.	T	C	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:31:76,0,31
5	466258	.	G	T	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.69;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:71:75,0,71
5	468872	.	C	T	185.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:214,15,0
5	469644	.	C	T	106.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.568;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.568;QD=10.68;ReadPosRankSum=-1.568	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:135,0,220
5	469765	.	C	T	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=-0.988;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.988;QD=13.96;ReadPosRankSum=1.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:112,0,107
5	470760	.	G	A	358.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=-0.470;DP=28;FS=1.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.894;QD=12.81;ReadPosRankSum=0.517	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,11:28:99:387,0,674
5	471494	.	T	C	644.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.875;ClippingRankSum=1.543;DP=62;FS=2.212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.309;QD=10.40;ReadPosRankSum=-1.468	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:42,20:62:99:673,0,1659
5	472951	.	T	C	122.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=-0.655;DP=34;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.339;QD=3.61;ReadPosRankSum=0.384	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,6:34:99:151,0,977
5	473368	.	G	A	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:31:76,0,31
5	473797	.	G	C	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.441;ClippingRankSum=0.441;DP=17;FS=5.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.441;QD=2.52;ReadPosRankSum=-0.567	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,3:17:71:71,0,488
5	473957	.	C	A	316.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=-1.644;DP=18;FS=4.359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.489;QD=17.60;ReadPosRankSum=1.733	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,10:18:99:345,0,262
5	475104	.	A	G	187.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=1.270;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.016;QD=7.82;ReadPosRankSum=-1.334	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,7:24:99:216,0,647
5	475346	.	A	T	126.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.246;ClippingRankSum=1.586;DP=16;FS=6.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.113;QD=7.92;ReadPosRankSum=-1.813	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,5:16:99:155,0,431
5	476530	.	C	G	354.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=-1.972;DP=26;FS=1.598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.675;QD=13.64;ReadPosRankSum=2.232	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,11:26:99:383,0,536
5	476848	.	C	T	99.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=-1.371;DP=15;FS=6.286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.979;QD=6.65;ReadPosRankSum=1.110	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,4:15:99:128,0,397
5	476969	.	C	T	65.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.930;DP=13;FS=2.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.592;QD=5.06;ReadPosRankSum=-1.775	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,3:13:94:94,0,384
5	477019	.	T	C	230.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.117;ClippingRankSum=-0.106;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.423;QD=14.42;ReadPosRankSum=0.953	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,7:16:99:259,0,289
5	477175	.	G	T	37.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.212;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.318;QD=1.89;ReadPosRankSum=-0.318	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,3:20:66:66,0,669
5	477253	.	A	G	69.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.893;ClippingRankSum=0.326;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.065;QD=4.65;ReadPosRankSum=-0.718	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,4:15:98:98,0,425
5	478458	.	T	C	487.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:516,36,0
5	478655	.	G	A	23.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.383;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.670;QD=1.08;ReadPosRankSum=-0.096	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,3:22:52:52,0,708
5	479746	.	C	G	41.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.660;ClippingRankSum=0.213;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.298;QD=1.90;ReadPosRankSum=-0.553	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,4:22:70:70,0,714
5	480083	.	G	A	259.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=-0.784;DP=19;FS=1.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.206;QD=13.67;ReadPosRankSum=-0.124	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,8:19:99:288,0,429
5	480509	.	A	G	444.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=-0.636;DP=29;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.592;QD=15.34;ReadPosRankSum=1.162	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,13:29:99:473,0,611
5	614963	.	G	A	180.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:209,15,0
5	615375	.	C	T	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
5	615849	.	T	C	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
5	616528	.	T	C	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
5	616760	.	A	G	283.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:312,21,0
5	616781	.	C	T	364.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:393,27,0
5	616890	.	G	A	105.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:133,12,0
5	617385	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	617432	.	T	G	178.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:207,15,0
5	617708	.	G	A	65.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:93,9,0
5	617750	.	A	G	230.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:259,18,0
5	617992	.	A	T	93.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
5	619333	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
5	622138	.	T	C	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
5	622399	.	A	G	88.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:116,9,0
5	623978	.	G	A	313.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:342,24,0
5	626956	.	A	G	131.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:159,12,0
5	639231	.	C	A	80.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=-0.778;DP=35;FS=4.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.636;QD=2.31;ReadPosRankSum=1.249	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:30,5:35:99:109,0,1155
5	642568	.	C	T	1143.22	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.246;ClippingRankSum=-1.166;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.488;QD=30.47;ReadPosRankSum=1.005	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:2,29:31:4:1170,4,0
5	643028	.	T	G	113.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=-0.718;DP=27;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.780;QD=4.21;ReadPosRankSum=0.531	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,5:27:99:142,0,864
5	649698	.	G	A	23.79	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=-2.003;DP=11;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.354;QD=2.16;ReadPosRankSum=1.768	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:52:52,0,344
5	650091	.	T	C	11.12	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.747;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=1.39;ReadPosRankSum=-0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,1:8:39:39,0,448
5	650104	.	C	T	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=2.22	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,0:5:39:39,0,448
5	652034	.	C	T	17.84	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.271;ClippingRankSum=0.480;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.271;QD=1.78;ReadPosRankSum=-0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:46:46,0,318
5	659437	.	T	C	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=5.30;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:60:60,0,147
5	660491	.	C	T	15.88	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=-0.639;DP=14;FS=7.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.456;QD=1.13;ReadPosRankSum=0.274	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:44:44,0,470
5	660776	.	A	G	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=-1.589;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=-1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:57:57,0,206
5	660804	.	C	T	25.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=-1.666;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.179;QD=2.86;ReadPosRankSum=-0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:54:54,0,252
5	662030	.	G	C	367.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:396,30,0
5	665280	.	T	C	629.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:658,45,0
5	669397	.	C	T	138.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:166,12,0
5	732808	.	T	C	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
5	741736	.	G	T	164.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=23.54;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:64:193,0,64
5	745664	.	C	A	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.33	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:83,6,0
5	745669	.	C	T	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
5	833915	.	G	T	444.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=-1.660;DP=15;FS=16.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.072;QD=29.65;ReadPosRankSum=1.083	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,12:15:84:473,0,84
5	840342	.	A	G	478.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=0.668;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.401;QD=29.31;ReadPosRankSum=-0.401	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,12:13:29:507,29,0
5	840888	.	T	C	131.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:159,12,0
5	840928	.	C	T	228.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:257,18,0
5	841993	.	C	G	564.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.969;ClippingRankSum=-0.969;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.671;QD=33.22;ReadPosRankSum=0.671	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,15:17:35:593,0,35
5	842682	.	T	C	621.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:650,45,0
5	850572	.	A	G	730.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=-0.779;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.659;QD=34.80;ReadPosRankSum=0.659	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,19:21:24:759,0,24
5	851582	.	G	A	567.10	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=-1.735;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.531;QD=33.36;ReadPosRankSum=0.714	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,16:17:11:595,11,0
5	852207	.	A	G	312.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.33	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:341,24,0
5	873097	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:74:78,0,74
5	885161	.	C	T	88.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:116,9,0
5	1038526	.	A	G	179.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:208,15,0
5	1039278	.	C	T	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
5	1040140	.	T	G	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
5	1051571	.	C	T	1539.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=-0.400;DP=39;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.844;QD=28.95;ReadPosRankSum=0.222	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,38:39:76:1568,76,0
5	1052360	.	C	T	1780.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,44:44:99:1809,132,0
5	1054801	.	T	C	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
5	1054811	.	T	C	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
5	1055564	.	C	T	360.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:389,27,0
5	1055879	.	T	G	324.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:353,24,0
5	1057023	.	A	G	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
5	1057615	.	A	G	2106.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,49:49:99:2135,147,0
5	1058557	.	T	C	187.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:216,15,0
5	1059586	.	G	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
5	1059715	.	A	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
5	1059768	.	G	A	138.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:166,12,0
5	1060011	.	C	G	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
5	1060366	.	C	G	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
5	1060400	.	G	A	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
5	1060634	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
5	1060654	.	G	A	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
5	1060685	.	G	A	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
5	1060795	.	G	A	189.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:15:218,15,0
5	1060804	.	C	T	189.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:218,15,0
5	1060831	.	G	A	316.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:345,24,0
5	1061688	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
5	1062345	.	C	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
5	1063187	.	T	C	228.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:257,18,0
5	1063284	.	G	A	91.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:119,9,0
5	1065399	.	C	T	1151.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,28:28:84:1180,84,0
5	1066615	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
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5	1593261	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	1593264	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	1796312	.	T	G	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
5	1796520	.	C	T	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:60:78,0,60
5	1797432	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
5	1797548	.	C	T	131.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:159,12,0
5	1797735	.	A	G	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
5	1798203	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
5	1798410	.	G	A	93.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=23.44;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:78:122,0,78
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5	1809228	.	C	T	331.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=-0.354;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.768;QD=30.16;ReadPosRankSum=0.118	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,9:11:53:360,0,53
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5	1813568	.	C	T	257.84	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=-0.751;DP=9;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=28.65;ReadPosRankSum=0.751	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,8:9:18:286,0,18
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5	1815622	.	G	C	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
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5	2539024	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.69;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:75:75,0,259
5	2539025	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.69;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:75:75,0,259
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5	2562593	.	C	T	194.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:223,15,0
5	2563109	.	G	A	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
5	2563672	.	A	G	193.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:222,18,0
5	2564045	.	A	T	141.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:169,12,0
5	2564145	.	T	C	474.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:503,36,0
5	2564203	.	T	G	233.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:262,18,0
5	2746229	.	C	A	230.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:259,18,0
5	2747127	.	A	G	2124.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,49:49:99:2153,147,0
5	2747436	.	T	A	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=-1.380;DP=10;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=7.08;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:55:99,0,55
5	2755031	.	A	G	322.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:351,24,0
5	2755485	.	C	T	595.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=1.509;DP=19;FS=5.254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.839;QD=31.36;ReadPosRankSum=-1.062	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,16:19:62:624,0,62
5	2755932	.	C	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
5	2756365	.	A	T	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
5	2757920	.	C	A	953.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:982,69,0
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5	14509903	.	C	T	843.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:872,60,0
5	14509966	.	G	A	1224.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,32:32:96:1253,96,0
5	14664821	.	G	A	228.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:257,21,0
5	14693480	.	G	A	668.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:697,51,0
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5	14705665	.	T	C	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
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5	32229677	.	G	A	515.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:544,39,0
5	32263099	.	G	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
5	32352745	.	C	T	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
5	32368200	.	T	C	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
5	32382407	.	T	C	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=5.40;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:66:66,0,198
5	32384427	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
5	32384569	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	32385005	.	T	C	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
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5	32400266	.	A	G	2553.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,59:59:99:2582,178,0
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5	33998883	.	A	G	533.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:562,39,0
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5	34700000	.	A	T	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:76,0,37
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5	34806315	.	C	G	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
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5	34906162	.	T	C	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=7.35;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:65:65,0,119
5	34906587	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.026;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:72:72,0,248
5	34906596	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=1.380;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=6.25;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,248
5	34906622	.	T	C	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,197
5	34906634	.	T	C	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:65:65,0,148
5	34906658	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	34906750	.	T	C	10.20	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.10;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:35:38,0,35
5	34907169	.	G	A	183.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:212,15,0
5	34951150	.	C	A	444.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:473,33,0
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5	36224240	.	T	C	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
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5	36225033	.	A	C	65.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:93,9,0
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5	36686404	.	G	A	196.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.470;DP=27;FS=6.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.190;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.470	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,7:27:99:225,0,788
5	36686886	.	A	C	167.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=-0.525;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.155;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.455	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,6:23:99:196,0,681
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5	36985303	.	A	G	646.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=-0.493;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.851;QD=30.80;ReadPosRankSum=0.313	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,17:21:99:675,0,116
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5	37288535	.	A	G	254.80	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=-0.747;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=31.85;ReadPosRankSum=0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:21:283,0,21
5	37290467	.	T	C	290.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=-0.898;DP=10;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=29.08;ReadPosRankSum=-0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,8:10:49:319,0,49
5	37290492	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=7.79;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,249
5	37290493	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=7.79;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,249
5	37290554	.	T	C	163.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=0.876;DP=9;FS=21.004;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.159;QD=18.20;ReadPosRankSum=0.876	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:192,0,133
5	37290566	.	T	C	133.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=26.75;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:59:162,0,59
5	37290571	.	T	C	133.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=33.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:59:162,0,59
5	37291446	.	T	C	122.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=1.754;DP=7;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=17.54;ReadPosRankSum=-1.754	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:151,0,103
5	37294473	.	T	C	59.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.361;DP=28;FS=2.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.098;QD=2.13;ReadPosRankSum=-0.361	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,4:28:88:88,0,928
5	37333727	.	A	G	680.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.638;DP=22;FS=15.420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.043;QD=30.94;ReadPosRankSum=-1.745	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,18:22:99:709,0,107
5	37364443	.	C	T	1097.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1126,78,0
5	37370908	.	G	A	143.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:171,12,0
5	37392446	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	37683020	.	G	A	84.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:112,9,0
5	38475507	.	G	A	632.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:661,45,0
5	38476027	.	T	C	237.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:266,18,0
5	38477863	.	G	C	369.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:398,30,0
5	38480157	.	T	C	134.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=26.95;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:163,0,31
5	38480227	.	A	C	94.70	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:8:132,8,0
5	38481335	.	C	T	330.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:359,24,0
5	38481804	.	T	A	25.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.480;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.271;QD=2.58;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:54:54,0,658
5	38481808	.	G	C	25.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.271;ClippingRankSum=0.480;DP=10;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=2.58;ReadPosRankSum=-1.271	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:54:54,0,658
5	38813925	.	A	G	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
5	38820695	.	G	A	136.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:164,12,0
5	38822040	.	A	G	267.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:296,21,0
5	38822330	.	T	C	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
5	38822331	.	A	C	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
5	38822624	.	G	A	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
5	38824433	.	G	A	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
5	38827572	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
5	38827996	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
5	38828204	.	C	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
5	38828626	.	T	C	308.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:337,24,0
5	38829217	.	G	C	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
5	38829311	.	C	T	133.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:161,12,0
5	38830335	.	A	G	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
5	38831158	.	T	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
5	38831209	.	C	T	138.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:166,12,0
5	38831449	.	T	C	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
5	38832053	.	A	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
5	38919158	.	G	A	87.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=-0.733;DP=66;FS=3.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.164;QD=1.33;ReadPosRankSum=0.929	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:56,7:63:99:116,0,2236
5	38933749	.	C	T	211.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=-0.813;DP=49;FS=3.281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.607;QD=4.32;ReadPosRankSum=0.813	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:40,9:49:99:240,0,1589
5	38935682	.	C	T	66.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=-2.034;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.370;QD=5.56;ReadPosRankSum=1.664	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,3:12:95:95,0,342
5	38939339	.	G	T	660.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:689,51,0
5	38942090	.	T	C	1054.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1083,75,0
5	38950776	.	G	A	539.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:568,39,0
5	38951829	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
5	38953447	.	T	A	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
5	38956039	.	G	T	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
5	38957048	.	G	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
5	38968724	.	T	C	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
5	38982713	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
5	38983159	.	C	T	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
5	38983454	.	A	T	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
5	38984808	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	38990468	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	39372150	.	A	G	170.82	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=28.47;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:19:199,0,19
5	39373253	.	C	T	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:30:71,0,30
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5	40716153	.	C	A	342.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:371,27,0
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5	40828478	.	T	C	64.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=1.268;DP=13;FS=11.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.085;QD=4.98;ReadPosRankSum=-1.268	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,3:13:93:93,0,383
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5	40833487	.	T	A	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,201
5	40834772	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
5	40852451	.	C	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
5	40854682	.	T	C	184.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:213,15,0
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5	41918457	.	C	T	256.28	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=-0.747;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=32.04;ReadPosRankSum=0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:9:284,0,9
5	41918598	.	T	C	520.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=-0.903;DP=18;FS=2.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.009;QD=28.93;ReadPosRankSum=0.265	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,14:18:99:549,0,117
5	41918947	.	A	G	381.03	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.791;ClippingRankSum=-1.739;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.791;QD=34.64;ReadPosRankSum=1.423	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,10:11:12:409,0,12
5	41921714	.	A	T	34.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:62,6,0
5	41934957	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
5	41935941	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	42917859	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	42917871	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	42917873	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	42998430	.	T	C	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
5	43009529	.	A	G	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
5	43048226	.	G	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
5	43053497	.	A	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
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5	43066774	.	T	C	141.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:169,12,0
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5	43072724	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
5	43073433	.	G	T	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
5	43074291	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	43074414	.	A	T	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:28:71,0,28
5	43074541	.	C	T	34.82	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=11.61;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:19:63,0,19
5	43078218	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	43094029	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
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5	43126528	.	G	A	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
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5	43175873	.	T	C	803.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:832,57,0
5	43175953	.	G	C	853.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:882,60,0
5	43289708	.	G	C	1248.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1277,87,0
5	43290700	.	T	A	1535.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,36:36:99:1564,108,0
5	43292908	.	C	A	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
5	43297144	.	A	G	2078.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,48:48:99:2107,144,0
5	43298557	.	C	T	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
5	43301544	.	C	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
5	43308635	.	T	G	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
5	43313531	.	C	T	829.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:858,63,0
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5	43531147	.	A	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
5	43533963	.	A	G	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:76,0,37
5	43538923	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
5	43556487	.	C	A	89.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:117,9,0
5	44815653	.	A	G	32.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=4.68;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:61:61,0,192
5	44815675	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.15;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:69:69,0,109
5	44815777	.	A	G	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:80,0,36
5	44815839	.	A	G	67.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.546;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=6.78;ReadPosRankSum=-0.895	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:96:96,0,272
5	44816354	.	A	G	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=9.47;ReadPosRankSum=-0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:104,0,175
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5	49943344	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	49963235	.	C	T	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:81,0,33
5	50053015	.	G	A	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.94;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:76:76,0,77
5	50057729	.	G	A	218.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=-0.485;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.410;QD=9.51;ReadPosRankSum=-0.037	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,7:21:99:247,0,559
5	50121623	.	C	T	90.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:118,9,0
5	52084011	.	A	C	274.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:303,21,0
5	52096889	.	C	A	1501.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,36:36:99:1530,108,0
5	52099093	.	G	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
5	52157374	.	T	C	190.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:219,15,0
5	52294429	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
5	52341064	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
5	52347369	.	C	T	861.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:890,63,0
5	52351413	.	G	A	714.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:743,51,0
5	52371370	.	C	T	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
5	52379277	.	C	T	1108.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1137,78,0
5	52383832	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	52387150	.	A	C	818.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:847,60,0
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5	52389369	.	G	A	1208.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,31:31:93:1237,93,0
5	52389428	.	A	G	981.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1010,75,0
5	52389455	.	A	G	972.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1001,72,0
5	52781597	.	A	T	20.53	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=10.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:61,6,0
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5	53814052	.	T	C	568.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:597,45,0
5	53814394	.	T	C	997.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1026,75,0
5	53833598	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	54459961	.	A	G	713.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:742,51,0
5	54529458	.	C	G	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
5	54538003	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	54623569	.	A	G	1136.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1165,81,0
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5	54960687	.	C	T	193.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:222,15,0
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5	60040176	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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5	60240986	.	A	G	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
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5	60628414	.	G	T	286.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:315,21,0
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5	61666489	.	T	C	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
5	61772535	.	G	T	397.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:426,30,0
5	61923328	.	T	C	191.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:220,15,0
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5	64018021	.	G	A	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
5	64018803	.	C	T	243.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:272,21,0
5	64019841	.	C	T	318.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:347,24,0
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5	64863832	.	T	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
5	64864224	.	G	A	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
5	64869624	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
5	64870746	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
5	64873144	.	G	A	44.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:72,6,0
5	64874128	.	T	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
5	64876855	.	C	T	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
5	64877903	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
5	64881936	.	A	G	441.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:470,33,0
5	64885885	.	C	T	93.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
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5	64957718	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
5	64961020	.	A	G	315.88	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.348;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.348;QD=31.59;ReadPosRankSum=-0.696	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,9:10:16:344,0,16
5	64962816	.	A	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
5	64963473	.	G	A	148.98	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:13:177,13,0
5	64964978	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
5	64965757	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
5	64965900	.	T	C	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=38.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
5	65108215	.	A	G	834.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:863,60,0
5	65222207	.	C	G	184.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:213,15,0
5	65317181	.	C	T	644.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:673,48,0
5	65342305	.	C	A	106.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.857;ClippingRankSum=1.006;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.857;QD=4.64;ReadPosRankSum=-0.857	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,5:23:99:135,0,719
5	65349061	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	65349866	.	G	A	25.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=-0.354;DP=11;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.354;QD=2.34;ReadPosRankSum=0.825	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:54:54,0,340
5	66459878	.	G	C	201.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:230,18,0
5	66540443	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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5	71503687	.	C	A	481.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:510,36,0
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5	71519664	.	C	T	772.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:801,57,0
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5	71561937	.	G	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
5	71654855	.	G	C	368.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:397,27,0
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5	72162863	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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5	78073245	.	C	A	135.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:163,12,0
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5	78075653	.	T	C	190.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:219,15,0
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5	78484060	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
5	78494003	.	C	T	46.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
5	78532088	.	A	C	176.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:205,15,0
5	78532658	.	C	T	389.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:418,33,0
5	78616274	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:81,0,34
5	78616315	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,159
5	78616318	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,159
5	78967500	.	A	G	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
5	78981623	.	A	G	29.77	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.871;ClippingRankSum=-0.867;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.411;QD=1.29;ReadPosRankSum=0.776	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,3:23:58:58,0,834
5	79059417	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
5	79273042	.	T	C	612.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:641,45,0
5	79274595	.	T	A	250.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:279,21,0
5	79276149	.	G	C	406.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:435,30,0
5	79276281	.	A	G	568.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:597,42,0
5	79276953	.	G	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
5	79277215	.	A	G	629.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:658,45,0
5	79277817	.	A	C	261.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:290,21,0
5	79278596	.	T	C	448.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:477,33,0
5	79282798	.	G	C	284.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:313,21,0
5	79421401	.	G	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
5	79421403	.	C	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
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5	79950512	.	A	G	132.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:161,15,0
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5	84823933	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
5	84825800	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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5	89769728	.	T	C	343.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:372,30,0
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5	95127029	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	95127119	.	T	C	111.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:139,12,0
5	95129251	.	T	G	1227.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1256,87,0
5	95131292	.	G	A	1099.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1128,81,0
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5	95152313	.	A	G	1058.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1087,75,0
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5	96110543	.	T	C	17.84	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.480;ClippingRankSum=-0.493;DP=13;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.099;QD=1.37;ReadPosRankSum=0.099	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:46:46,0,548
5	96110544	.	T	C	116.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=-0.678;DP=11;FS=6.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.278;QD=10.62;ReadPosRankSum=0.896	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,4:11:99:145,0,329
5	96231000	.	G	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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5	96237326	.	G	A	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
5	96239927	.	T	C	43.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:71,6,0
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5	96244549	.	C	T	47.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
5	96245439	.	C	T	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
5	96332163	.	A	G	228.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:257,18,0
5	96364454	.	C	G	238.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:267,18,0
5	96367408	.	G	A	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
5	96370879	.	G	A	325.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:354,24,0
5	96372165	.	G	A	411.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:440,30,0
5	96372702	.	G	A	446.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:475,33,0
5	96392067	.	T	A	755.73	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:793,78,0
5	97728905	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	98109381	.	G	A	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:12:174,12,0
5	98109389	.	T	C	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
5	98109416	.	T	G	237.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:266,21,0
5	98109838	.	A	C	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
5	98148189	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:88,6,0
5	98148190	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:88,6,0
5	98148194	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
5	98190220	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
5	98236528	.	A	G	13.95	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=-0.255;DP=15;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.104;QD=0.93;ReadPosRankSum=0.085	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,2:15:42:42,0,499
5	98604327	.	T	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
5	99871359	.	G	A	779.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:808,57,0
5	99922081	.	G	A	533.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:562,42,0
5	100145777	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	102092628	.	G	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
5	102201590	.	C	G	328.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:357,27,0
5	102365186	.	G	A	635.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:664,45,0
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5	103465316	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
5	103465723	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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5	103471228	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	103471367	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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5	103478518	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	103478883	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
5	103479729	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
5	103487093	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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5	103515499	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
5	103519127	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	103523369	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
5	103523803	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
5	103544976	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
5	103560347	.	C	T	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
5	103586574	.	G	T	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
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5	103917819	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
5	103937332	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	103937336	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	103946482	.	C	T	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
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5	103962245	.	T	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
5	103971599	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
5	103982988	.	T	C	47.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
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5	106713618	.	A	G	252.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:281,21,0
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5	106853005	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
5	106881723	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	106898276	.	T	A	43.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:71,6,0
5	106899684	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
5	106901882	.	A	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
5	106919379	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
5	106924829	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
5	106925966	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
5	106938267	.	T	A	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
5	106938927	.	G	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
5	106985611	.	G	C	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
5	106998423	.	A	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
5	107006446	.	T	G	405.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:434,30,0
5	107006644	.	G	A	130.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:158,12,0
5	107007001	.	C	T	408.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:437,30,0
5	107061804	.	A	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
5	107194762	.	C	T	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
5	107196976	.	G	A	629.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:658,45,0
5	107216405	.	C	A	25.75	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=12.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:53,6,0
5	107929374	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	107929380	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	107929381	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	107929382	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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5	110088864	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
5	110090309	.	A	C	277.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:306,21,0
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5	110456704	.	A	T	715.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:744,51,0
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5	110462987	.	A	G	309.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:338,24,0
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5	110710983	.	C	A	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
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5	111495381	.	T	C	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
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5	111500427	.	G	T	283.28	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=-1.741;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.348;QD=28.33;ReadPosRankSum=1.393	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,9:10:9:311,0,9
5	111504479	.	C	T	312.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=-0.118;DP=11;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.118;QD=28.43;ReadPosRankSum=-0.118	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,9:11:53:341,0,53
5	111505885	.	T	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
5	111519740	.	T	C	272.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.382;DP=11;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=24.80;ReadPosRankSum=0.715	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,8:11:87:301,0,87
5	111530284	.	A	G	253.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=-0.817;DP=13;FS=2.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.978;QD=19.52;ReadPosRankSum=0.437	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,8:13:99:282,0,170
5	111545670	.	C	G	498.22	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.488;ClippingRankSum=-0.496;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.488;QD=34.69;ReadPosRankSum=-0.496	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,13:14:4:525,4,0
5	111611076	.	A	G	316.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:345,24,0
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5	111754851	.	C	G	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.19;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:64:73,0,64
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5	112200098	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	112201054	.	A	G	122.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=1.754;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=17.54;ReadPosRankSum=-0.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:151,0,99
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5	112203564	.	T	A	102.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=-0.600;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.825;QD=8.56;ReadPosRankSum=0.289	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,4:12:99:131,0,303
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5	112212151	.	G	A	459.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.710;ClippingRankSum=-1.096;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.658;QD=24.20;ReadPosRankSum=1.009	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,13:19:99:488,0,182
5	112212608	.	G	A	276.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=-1.491;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.716;QD=11.53;ReadPosRankSum=1.371	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,9:24:99:305,0,561
5	112213071	.	G	T	436.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.042;ClippingRankSum=-0.634;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.056;QD=22.99;ReadPosRankSum=0.549	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,12:19:99:465,0,251
5	112213805	.	C	G	661.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.273;ClippingRankSum=-0.133;DP=32;FS=1.340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=20.68;ReadPosRankSum=1.007	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,18:32:99:690,0,484
5	112214093	.	C	T	302.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=-1.135;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.200;QD=13.76;ReadPosRankSum=1.002	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,9:22:99:331,0,483
5	112218982	.	A	G	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:79,0,35
5	112225482	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
5	112227799	.	A	G	92.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=23.20;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:24:121,0,24
5	112233048	.	T	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
5	112257242	.	G	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
5	112257251	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:85,6,0
5	112257591	.	C	G	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
5	112257908	.	T	C	1566.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,37:37:99:1595,111,0
5	112312528	.	T	C	154.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.470;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.951;QD=15.48;ReadPosRankSum=-0.470	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:183,0,189
5	112312676	.	T	C	568.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:597,45,0
5	112380060	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	112384802	.	G	A	283.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:312,21,0
5	112406862	.	G	A	133.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=26.75;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:30:162,0,30
5	112439941	.	T	C	401.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:430,30,0
5	112479004	.	T	C	262.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:291,21,0
5	112822889	.	C	T	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
5	112822961	.	G	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
5	112823659	.	A	G	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
5	112849478	.	A	G	223.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=1.000;DP=12;FS=3.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.244;QD=18.65;ReadPosRankSum=-1.134	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,7:12:99:252,0,177
5	112868693	.	C	A	281.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.104;ClippingRankSum=-0.594;DP=25;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.821;QD=11.27;ReadPosRankSum=0.594	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,9:25:99:310,0,547
5	112893271	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
5	112899301	.	G	A	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
5	112899573	.	T	C	310.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=1.299;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.491;QD=18.28;ReadPosRankSum=1.010	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,9:17:99:339,0,281
5	112899702	.	A	G	684.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.135;ClippingRankSum=-1.723;DP=27;FS=1.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.334;QD=25.36;ReadPosRankSum=1.774	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,18:27:99:713,0,265
5	112899876	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
5	112904216	.	A	C	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
5	112910348	.	C	G	47.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
5	112911439	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
5	112911703	.	T	A	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=9.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,120
5	112917278	.	T	G	445.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=-0.099;DP=18;FS=9.294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.099;QD=24.76;ReadPosRankSum=0.099	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,13:18:99:474,0,157
5	112920108	.	C	G	568.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=-0.814;DP=27;FS=1.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.370;QD=21.07;ReadPosRankSum=0.666	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,16:27:99:597,0,395
5	112928865	.	G	T	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=16.95;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:75:113,0,75
5	112929013	.	T	A	1231.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1260,87,0
5	112929694	.	G	A	1250.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1279,90,0
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5	113215794	.	C	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
5	113574571	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
5	113633599	.	T	C	186.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:215,15,0
5	113633874	.	A	G	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
5	113634024	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	113635605	.	A	G	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
5	113637974	.	T	C	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
5	113638599	.	T	G	52.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:26:81,0,26
5	113643828	.	A	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
5	113781834	.	A	G	629.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:658,45,0
5	113782143	.	T	C	236.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:265,18,0
5	114460580	.	C	G	187.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:216,15,0
5	114462355	.	C	T	194.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:223,15,0
5	114541887	.	T	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
5	114541908	.	C	T	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
5	114543899	.	A	C	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
5	114545170	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	114546592	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:72,0,36
5	114546906	.	C	T	496.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:525,36,0
5	114576598	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
5	114828470	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	114850848	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	114858437	.	G	T	583.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:612,45,0
5	114860458	.	C	T	687.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=-0.596;DP=40;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.460;QD=17.19;ReadPosRankSum=1.300	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,19:40:99:716,0,779
5	114860475	.	C	T	591.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=1.077;DP=36;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.254;QD=16.44;ReadPosRankSum=0.792	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,17:36:99:620,0,707
5	114860559	.	C	T	356.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=-0.477;DP=33;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=10.81;ReadPosRankSum=0.668	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,11:33:99:385,0,847
5	114877920	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	114947114	.	T	A	83.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:111,9,0
5	114947180	.	A	C	124.28	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=24.86;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:9:152,0,9
5	114951080	.	T	G	1628.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.490;ClippingRankSum=-0.631;DP=50;FS=3.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.566;QD=32.58;ReadPosRankSum=1.465	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,41:50:99:1657,0,229
5	114951140	.	T	G	1849.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=0.619;DP=57;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.787;QD=32.45;ReadPosRankSum=-1.689	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,47:57:99:1878,0,267
5	114951553	.	A	G	1192.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.017;ClippingRankSum=0.197;DP=41;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.744;QD=29.09;ReadPosRankSum=-0.046	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,31:41:99:1221,0,314
5	115165632	.	T	C	239.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.278;DP=11;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.034;QD=21.80;ReadPosRankSum=-0.278	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,7:11:99:268,0,136
5	115165847	.	A	C	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=9.47;ReadPosRankSum=0.956	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:104,0,196
5	115165913	.	C	A	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.731;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.386;QD=7.38;ReadPosRankSum=0.895	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:102,0,276
5	115166713	.	C	T	477.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=-0.892;DP=33;FS=23.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.548;QD=14.48;ReadPosRankSum=1.002	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,14:33:99:506,0,719
5	115169920	.	G	A	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=9.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=4.35;ReadPosRankSum=-0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:63:63,0,238
5	115171435	.	T	C	103.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-2.017;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=12.97;ReadPosRankSum=2.017	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:132,0,136
5	115172126	.	G	A	124.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.017;ClippingRankSum=-1.638;DP=8;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.421;QD=15.60;ReadPosRankSum=1.638	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:153,0,155
5	115176174	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:81,0,35
5	115237477	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
5	115242142	.	G	A	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:78,0,37
5	115321124	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	115355339	.	T	C	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
5	115355703	.	C	T	353.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:382,27,0
5	115394857	.	A	T	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:9:132,9,0
5	115394859	.	A	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:9:132,9,0
5	115394869	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
5	115394881	.	C	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
5	115394908	.	C	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
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5	115395042	.	G	A	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
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5	115505275	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
5	115509801	.	A	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
5	115510953	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
5	115521523	.	A	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
5	115571151	.	G	C	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:76,0,37
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5	115592918	.	A	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:31:81,0,31
5	115597025	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	115629695	.	G	A	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:73,0,34
5	115952513	.	C	G	140.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:168,12,0
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5	115961482	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
5	115971016	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
5	116852688	.	A	G	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
5	116874821	.	A	G	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=4.72;ReadPosRankSum=-0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:66:66,0,225
5	118175674	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
5	118583487	.	G	A	541.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:570,39,0
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5	118691693	.	C	A	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
5	118730271	.	C	T	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
5	118731067	.	A	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
5	118731247	.	T	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
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5	118735107	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
5	121355961	.	G	A	674.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:49:703,49,0
5	121399537	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
5	122362136	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
5	122364683	.	C	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
5	122371940	.	G	A	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
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5	122884414	.	A	G	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
5	122943182	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	122943413	.	C	T	27.75	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:55,6,0
5	122950911	.	G	A	1002.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1031,72,0
5	122990803	.	T	C	1095.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.609;ClippingRankSum=0.495;DP=29;FS=3.332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.495;QD=33.08;ReadPosRankSum=1.362	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,27:28:53:1124,53,0
5	122990814	.	T	C	1231.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,28:28:84:1260,84,0
5	122990816	.	A	G	1231.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,28:28:84:1260,84,0
5	123739047	.	T	A	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
5	123984763	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
5	125824819	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
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5	125961011	.	A	G	66.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.296;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.386;QD=6.68;ReadPosRankSum=0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:95:95,0,261
5	125961433	.	A	G	30.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=-0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:59:59,0,214
5	125961447	.	A	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.94;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:72:72,0,76
5	125961468	.	A	G	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=8.35;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:70:70,0,122
5	125961648	.	A	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,264
5	125961649	.	A	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,264
5	125961798	.	C	G	482.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:511,36,0
5	125962030	.	A	G	113.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=-0.278;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.034;QD=10.34;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,4:11:99:142,0,258
5	125962756	.	A	T	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
5	126171999	.	T	C	1099.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1128,78,0
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5	126887706	.	C	T	531.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:560,39,0
5	127302466	.	A	G	684.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:713,51,0
5	127316801	.	A	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
5	127334255	.	C	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
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5	127524018	.	T	C	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
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5	128437699	.	A	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
5	128449644	.	G	A	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
5	130325624	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	130325626	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	130325633	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	130495683	.	T	C	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:74:74,0,77
5	130496139	.	C	G	277.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:306,21,0
5	130536754	.	A	G	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=17.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:73:115,0,73
5	130537531	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:67:78,0,67
5	130537652	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	130537654	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	130537656	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:90,6,0
5	130537661	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:90,6,0
5	130537666	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:90,6,0
5	130538066	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.88	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,2:2:78:78,0,125
5	130538067	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.88	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,2:2:78:78,0,125
5	130538072	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:78:78,0,125
5	130538093	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	130538137	.	A	G	93.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
5	130538237	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.69;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:75:75,0,79
5	130538268	.	A	G	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=10.44;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:70:70,0,75
5	130538274	.	A	G	83.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=20.95;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:25:112,0,25
5	130538338	.	A	G	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:74,0,35
5	130539816	.	A	G	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:31:79,0,31
5	130729521	.	T	G	19.81	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=-0.676;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.453;QD=1.65;ReadPosRankSum=1.098	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:48:48,0,97
5	130761470	.	G	A	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.33	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
5	130766662	.	T	C	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
5	130802970	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	130828296	.	T	C	148.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:177,15,0
5	131039407	.	C	T	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
5	131066725	.	C	A	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
5	131411460	.	T	C	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
5	131526190	.	A	G	189.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:218,15,0
5	131530441	.	A	G	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
5	131682933	.	C	G	225.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:254,18,0
5	131696308	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:78,0,35
5	131699100	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	131701493	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
5	131705458	.	C	G	198.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:227,21,0
5	131705923	.	G	C	72.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;ClippingRankSum=0.937;DP=7;FS=15.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=10.40;ReadPosRankSum=-0.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:101,0,258
5	131705926	.	A	C	72.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=1.537;DP=6;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.988;QD=12.13;ReadPosRankSum=-1.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:101,0,258
5	131706791	.	T	C	164.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:193,15,0
5	131706914	.	C	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
5	131707892	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
5	131710399	.	A	C	183.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:212,15,0
5	131713472	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
5	131715011	.	A	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
5	131715565	.	G	C	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
5	131715570	.	G	A	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:15:225,15,0
5	131716602	.	A	T	11.83	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=11.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:38,3,0
5	131716902	.	C	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
5	131717859	.	C	A	45.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:73,6,0
5	131718206	.	G	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
5	131719228	.	C	A	276.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:305,21,0
5	131719450	.	T	C	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
5	131719999	.	A	G	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
5	131721174	.	A	G	548.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:577,42,0
5	131724950	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
5	131725832	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	131730807	.	T	C	675.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:704,48,0
5	131760418	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	131786608	.	G	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
5	131787137	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
5	131788814	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	131788815	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	131789516	.	C	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
5	131790073	.	A	T	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
5	131791846	.	C	T	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
5	131795229	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	131796067	.	G	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
5	131796573	.	T	C	134.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:162,12,0
5	131796609	.	C	T	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
5	131797578	.	T	C	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
5	131799012	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
5	131799013	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
5	131801726	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	131801947	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	131804347	.	C	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
5	131805591	.	G	T	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
5	131805735	.	C	T	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
5	131808869	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
5	131892979	.	G	A	753.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:782,57,0
5	132098242	.	A	G	1197.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1226,90,0
5	132158395	.	A	G	451.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:480,33,0
5	132159134	.	C	T	644.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:673,48,0
5	132159520	.	T	A	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
5	132160057	.	C	T	620.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:649,45,0
5	132161294	.	G	A	291.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:320,24,0
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5	132437531	.	C	T	1965.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,46:46:99:1994,138,0
5	132438358	.	C	T	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
5	132440285	.	C	G	372.98	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=0.474;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.474;QD=33.91;ReadPosRankSum=-0.791	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,10:11:13:401,0,13
5	132441302	.	A	G	530.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:559,39,0
5	132473505	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	132473511	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	133717191	.	A	G	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:77,0,35
5	133738270	.	T	C	179.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=-1.031;DP=20;FS=4.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.113;QD=8.99;ReadPosRankSum=0.949	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,6:20:99:208,0,529
5	133860101	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
5	133956668	.	G	A	1597.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,37:37:99:1626,111,0
5	133984614	.	G	A	197.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:226,18,0
5	134107892	.	A	G	91.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:119,9,0
5	134124658	.	G	T	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
5	134245195	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
5	134245202	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
5	134259693	.	C	T	432.53	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=30.95;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:3:459,0,3
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5	134259712	.	A	G	432.53	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.99	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,11:11:3:459,0,3
5	134260358	.	T	C	116.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=19.46;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:57:145,0,57
5	134361020	.	G	A	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
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5	134364266	.	C	T	248.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.110;ClippingRankSum=1.622;DP=41;FS=38.577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.803;QD=6.07;ReadPosRankSum=-2.473	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:32,9:41:99:277,0,1759
5	134364518	.	C	G	1440.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,36:36:99:1469,108,0
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5	134664107	.	A	G	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
5	134677264	.	C	T	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
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5	134694611	.	T	C	22.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=-2.256;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.537;QD=1.90;ReadPosRankSum=2.041	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:51:51,0,381
5	135399452	.	T	G	769.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:798,54,0
5	137269949	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
5	137275115	.	G	A	359.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:388,27,0
5	137275199	.	T	C	231.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:260,18,0
5	137347498	.	G	A	229.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:258,18,0
5	137493528	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
5	137514853	.	A	G	136.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:164,12,0
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5	137684121	.	G	T	755.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:784,54,0
5	137708434	.	C	T	717.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:746,51,0
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5	137754695	.	T	C	827.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:856,60,0
5	137761823	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
5	137771747	.	A	G	870.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:899,63,0
5	137772334	.	A	G	1156.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1185,81,0
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5	137879658	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
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5	140067470	.	T	C	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=5.79;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:63:63,0,160
5	140071047	.	C	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
5	140236950	.	C	G	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
5	140237387	.	T	G	90.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:118,9,0
5	140237548	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
5	140677572	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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5	140677588	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
5	140698156	.	T	C	1036.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1065,72,0
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5	141099657	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	141103117	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
5	141105420	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:90,6,0
5	141105425	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	141107382	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
5	141143711	.	C	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
5	141149655	.	G	A	38.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:66,6,0
5	141153269	.	G	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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5	143538589	.	G	C	230.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:259,18,0
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5	145393364	.	C	T	1123.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1152,81,0
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5	148877936	.	T	C	273.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:302,21,0
5	148879318	.	A	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
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5	150647012	.	A	G	1237.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1266,90,0
5	150647956	.	T	C	462.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:491,36,0
5	150648457	.	G	A	901.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:68:930,68,0
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5	150649006	.	A	G	183.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:212,15,0
5	150651584	.	T	C	125.80	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=25.16;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:21:154,0,21
5	150651775	.	A	G	364.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:393,27,0
5	150652985	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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5	154283664	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	154291409	.	C	T	494.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:523,36,0
5	154300940	.	A	C	394.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:423,33,0
5	154306972	.	T	C	357.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:386,27,0
5	154669928	.	T	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
5	156560581	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
5	156565725	.	G	A	11.12	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.099;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=0.86;ReadPosRankSum=-1.086	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:39:39,0,652
5	156904831	.	T	C	573.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.277;ClippingRankSum=1.184;DP=28;FS=1.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.395;QD=20.49;ReadPosRankSum=0.952	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,16:28:99:602,0,441
5	156904853	.	T	C	183.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=-0.796;DP=28;FS=4.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.159;QD=6.56;ReadPosRankSum=-0.371	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,7:28:99:212,0,819
5	156904922	.	T	C	398.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.445;ClippingRankSum=-0.826;DP=31;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.969;QD=12.86;ReadPosRankSum=-0.614	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,12:30:99:427,0,770
5	156904965	.	T	C	139.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.364;ClippingRankSum=-1.290;DP=22;FS=1.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.700;QD=6.35;ReadPosRankSum=0.627	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,6:22:99:168,0,614
5	156905396	.	T	C	525.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.399;ClippingRankSum=-2.423;DP=22;FS=1.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.263;QD=23.90;ReadPosRankSum=0.580	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,14:22:99:554,0,261
5	156905397	.	T	C	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=0.213;DP=23;FS=2.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.213;QD=3.60;ReadPosRankSum=1.319	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,4:22:99:111,0,1607
5	156905398	.	T	C	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.383;DP=23;FS=2.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.341;QD=3.60;ReadPosRankSum=0.809	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,4:22:99:111,0,1607
5	156905507	.	T	C	38.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.383;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.287;QD=1.76;ReadPosRankSum=1.339	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,3:22:67:67,0,716
5	156905556	.	T	C	147.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=1.381;DP=13;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.533;QD=11.37;ReadPosRankSum=0.817	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,5:13:99:176,0,682
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5	156905560	.	T	C	375.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.747;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=26.13;ReadPosRankSum=0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:99:404,0,130
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5	159842912	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
5	159844175	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	159845925	.	C	A	165.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:194,15,0
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5	167689078	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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5	169021610	.	C	T	587.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:616,42,0
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5	171471045	.	T	C	861.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:890,63,0
5	171533782	.	T	C	920.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:949,66,0
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5	172360730	.	A	G	185.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:214,15,0
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5	172462330	.	T	G	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
5	172626201	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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5	172626212	.	T	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
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5	173038038	.	T	C	310.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:339,24,0
5	173038072	.	A	G	272.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:301,21,0
5	173038116	.	C	G	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
5	173038159	.	T	G	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
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5	173038546	.	A	C	48.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=12.20	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:16:85,0,16
5	173038580	.	C	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
5	173041234	.	T	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
5	173133137	.	T	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
5	173136387	.	G	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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5	173149570	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
5	173194025	.	A	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
5	173941513	.	G	A	12.77	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=12.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:39,3,0
5	174157096	.	A	G	374.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:403,27,0
5	174157762	.	G	C	91.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:119,9,0
5	174541773	.	T	C	309.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:24:338,24,0
5	174541783	.	A	G	140.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.103;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.098;QD=14.08;ReadPosRankSum=-0.851	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:169,0,155
5	174541795	.	G	T	484.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.556;ClippingRankSum=-0.807;DP=17;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.404;QD=28.52;ReadPosRankSum=1.883	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,13:16:0:510,0,0
5	174541820	.	A	G	505.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=2.177;DP=18;FS=2.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.372;QD=28.10;ReadPosRankSum=1.752	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,14:18:52:534,0,52
5	174541836	.	A	G	230.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=-0.546;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.386;QD=23.08;ReadPosRankSum=1.386	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,7:10:29:259,0,29
5	174918780	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
5	174918801	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	174955015	.	C	T	178.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:207,15,0
5	174955746	.	G	C	459.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:488,33,0
5	175386586	.	A	G	270.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:299,21,0
5	175717216	.	C	T	453.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:482,36,0
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5	176498566	.	A	G	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=7.55;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:66:66,0,121
5	176499589	.	A	G	22.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.396;ClippingRankSum=-1.611;DP=12;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.752;QD=1.90;ReadPosRankSum=1.182	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:51:51,0,368
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5	176500374	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,113
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5	176501550	.	A	G	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.537;QD=14.79;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:117,0,109
5	176502710	.	A	G	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=8.55;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:71:71,0,107
5	176503044	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,114
5	176503563	.	A	G	277.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:306,21,0
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5	176509193	.	C	T	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
5	176510259	.	A	G	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
5	176513247	.	C	G	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
5	176515816	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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5	177030744	.	G	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
5	177031348	.	T	C	796.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:825,60,0
5	177035964	.	T	C	874.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:903,63,0
5	177038786	.	T	C	141.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.33	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:169,12,0
5	177038828	.	C	T	180.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:209,15,0
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5	179238794	.	G	A	89.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:117,9,0
5	179248774	.	A	C	328.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:357,24,0
5	179249099	.	T	A	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
5	179262006	.	G	A	189.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:218,15,0
5	179334857	.	A	G	207.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:236,18,0
5	179434091	.	G	A	421.28	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=-0.869;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.869;QD=34.45;ReadPosRankSum=-0.579	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,11:12:9:449,0,9
5	179434129	.	G	A	249.81	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=-0.747;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.747;QD=31.23;ReadPosRankSum=0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:20:278,0,20
5	179435118	.	T	C	289.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:318,24,0
5	179438920	.	T	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
5	179439345	.	A	G	188.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:217,15,0
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5	179675052	.	C	A	143.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:171,12,0
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5	179683634	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
5	179684427	.	C	T	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
5	179684868	.	A	T	231.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:260,18,0
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5	179729625	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
5	179740827	.	T	C	123.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=1.380;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=20.63;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:69:152,0,69
5	179741374	.	C	A	58.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=14.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:87,0,33
5	179741411	.	A	C	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.94;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:76:76,0,76
5	179870953	.	C	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
5	179870955	.	C	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
5	179870964	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
5	179870965	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
5	179870969	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
5	179870994	.	A	G	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
5	179985333	.	T	C	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:28:79,0,28
5	180000090	.	A	G	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:70:70,0,119
5	180218668	.	A	G	1549.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.594;ClippingRankSum=0.570;DP=55;FS=2.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.130;QD=28.18;ReadPosRankSum=-0.918	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,41:55:99:1578,0,405
5	180219304	.	C	T	1942.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.082;ClippingRankSum=-0.209;DP=61;FS=9.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.408;QD=31.85;ReadPosRankSum=0.136	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,49:61:99:1971,0,336
5	180221751	.	T	C	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
5	180222229	.	A	G	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
5	180222439	.	G	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
5	180222472	.	A	G	130.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=21.79;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:49:159,0,49
5	180222789	.	C	A	322.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.929;ClippingRankSum=-1.620;DP=13;FS=6.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.003;QD=24.83;ReadPosRankSum=0.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,9:13:99:351,0,136
5	180222846	.	G	A	163.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.729;DP=9;FS=13.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.876;QD=18.20;ReadPosRankSum=-0.729	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:192,0,146
5	180222999	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	180230104	.	G	T	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.19;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:73:73,0,80
5	180236243	.	G	T	18.82	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=-0.107;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=1.57;ReadPosRankSum=-0.107	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:47:47,0,387
5	180236449	.	G	C	303.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.664;ClippingRankSum=-0.740;DP=12;FS=2.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.185;QD=25.31;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,9:12:98:332,0,98
5	180237084	.	G	C	120.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=24.15;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:30:149,0,30
5	180237123	.	T	C	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
5	180237653	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:70:81,0,70
5	180237662	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:70:81,0,70
5	180238039	.	T	C	13.72	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:40,3,0
5	180258933	.	T	C	315.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:344,24,0
5	180262080	.	A	G	694.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.323;ClippingRankSum=0.315;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.197;QD=34.74;ReadPosRankSum=1.449	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,18:20:24:723,0,24
5	180262372	.	A	G	310.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.926;ClippingRankSum=0.286;DP=30;FS=1.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.726;QD=10.36;ReadPosRankSum=-0.286	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,10:30:99:339,0,1333
5	180262373	.	A	G	601.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=-0.603;DP=30;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.852;QD=20.06;ReadPosRankSum=0.769	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,16:30:99:630,0,490
5	180271599	.	A	G	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
5	180272681	.	C	T	273.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:302,21,0
5	180272935	.	A	G	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
5	180273460	.	A	G	315.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:344,24,0
5	180274402	.	C	G	140.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:168,12,0
5	180274553	.	A	C	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
5	180274565	.	G	A	139.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:167,12,0
5	180276402	.	C	T	1113.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1142,78,0
5	180278393	.	C	G	1405.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,33:33:99:1434,99,0
5	180280901	.	A	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
5	180285901	.	C	T	26.75	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:54,6,0
5	180285977	.	A	T	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
5	180287567	.	G	A	720.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:749,57,0
5	180287632	.	A	G	370.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:399,30,0
5	180287893	.	T	G	389.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:418,30,0
5	180288239	.	G	A	467.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:496,36,0
5	180288455	.	G	C	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
5	180367206	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	180367207	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	180483222	.	A	G	240.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:269,18,0
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5	180488075	.	T	C	1708.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,40:40:99:1737,120,0
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5	180597660	.	G	A	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
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5	180599636	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
5	180624917	.	G	A	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=5.25;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:65:65,0,188
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5	180671029	.	A	C	188.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:217,15,0
5	180671189	.	G	T	78.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=19.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:30:107,0,30
5	180673228	.	A	G	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.94;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:31:116,0,31
5	180673942	.	T	C	657.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=-0.186;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.559;QD=28.60;ReadPosRankSum=0.186	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,18:23:99:686,0,140
5	180674978	.	T	G	556.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.896;ClippingRankSum=0.118;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.237;QD=30.93;ReadPosRankSum=-0.237	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,15:18:81:585,0,81
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5	180685949	.	C	T	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:113,0,34
5	180686374	.	A	T	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
5	180689509	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
5	180690937	.	G	A	507.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=-0.037;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.529;QD=24.18;ReadPosRankSum=-0.261	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,14:21:99:536,0,226
5	180691200	.	C	G	496.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.990;ClippingRankSum=-0.034;DP=22;FS=11.290;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.580;QD=22.58;ReadPosRankSum=-0.034	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,14:22:99:525,0,291
5	180711115	.	C	T	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:28:80,0,28
5	180716762	.	A	G	13.72	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:40,3,0
6	349166	.	T	C	274.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:303,21,0
6	350829	.	G	A	868.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:897,63,0
6	354108	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	355441	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	485586	.	C	T	14.91	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.822;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.639;QD=1.06;ReadPosRankSum=-1.004	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:43:43,0,474
6	485896	.	C	G	569.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:598,42,0
6	486193	.	G	A	634.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:663,45,0
6	486599	.	C	T	164.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=-0.956;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=20.60;ReadPosRankSum=1.221	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:99:193,0,112
6	599209	.	T	C	674.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:703,48,0
6	656143	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	1312744	.	G	A	1350.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,31:31:93:1379,93,0
6	1312745	.	C	T	880.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.174;ClippingRankSum=-1.299;DP=32;FS=18.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.713;QD=27.52;ReadPosRankSum=2.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,23:32:99:909,0,292
6	1312756	.	G	A	1352.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,32:32:96:1381,96,0
6	1313117	.	A	C	414.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:30:443,30,0
6	1313121	.	A	C	414.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:443,30,0
6	1313470	.	C	T	27.77	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.615;DP=19;FS=6.767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.280;QD=1.46;ReadPosRankSum=-0.950	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,3:19:56:56,0,576
6	1610379	.	G	T	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=4.60;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:65:65,0,234
6	1613529	.	A	T	320.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:349,24,0
6	1613686	.	A	G	322.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:351,24,0
6	1625445	.	C	A	26.75	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:54,6,0
6	1625852	.	C	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
6	1632118	.	G	A	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
6	1634695	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
6	1644677	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
6	1679651	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
6	1679715	.	G	A	45.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:73,6,0
6	1683287	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
6	1689456	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
6	1690341	.	G	A	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
6	1690698	.	T	C	128.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:156,12,0
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6	1705317	.	G	A	45.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:73,6,0
6	1717787	.	A	G	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
6	1724111	.	C	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
6	1738560	.	T	C	138.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:166,12,0
6	1848148	.	A	G	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
6	1888004	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
6	2071474	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	2072157	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
6	2072578	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
6	2078191	.	T	C	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
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6	2841040	.	T	C	141.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:169,12,0
6	2841556	.	C	T	323.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.33	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:352,27,0
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6	2960410	.	G	C	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=5.25;ReadPosRankSum=-0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:65:65,0,180
6	2969045	.	T	C	212.84	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=30.41;ReadPosRankSum=-0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:18:241,0,18
6	2970941	.	G	C	80.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=11.54;ReadPosRankSum=-0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:109,0,162
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6	2990373	.	C	T	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.19;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:69:69,0,75
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6	3003915	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	3003917	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	3010390	.	C	T	1418.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,33:33:99:1447,99,0
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6	3020689	.	C	T	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
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6	3020836	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,1:3:72:72,0,239
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6	3021466	.	T	C	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=-0.988;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.537;QD=14.79;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:117,0,242
6	3021492	.	A	G	191.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:220,15,0
6	3021866	.	C	T	189.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:218,15,0
6	3022458	.	T	C	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.95;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:72:73,0,72
6	3022511	.	T	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
6	3022708	.	T	C	71.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=10.25;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:100,0,149
6	3023339	.	C	T	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
6	3023956	.	C	A	263.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:292,21,0
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6	3024586	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	3027226	.	C	T	46.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
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6	3267710	.	T	C	275.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:304,21,0
6	3268242	.	G	A	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
6	3268457	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	3268577	.	C	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
6	3268719	.	C	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
6	3269147	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
6	3270006	.	A	G	646.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:675,51,0
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6	3270064	.	T	C	926.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:955,69,0
6	3270105	.	C	T	828.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:857,63,0
6	3270121	.	T	C	894.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:923,63,0
6	3270510	.	G	C	757.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:786,54,0
6	3271788	.	C	G	426.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:455,33,0
6	3281392	.	C	T	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
6	3286134	.	G	A	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
6	3287118	.	T	C	272.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:301,21,0
6	3303717	.	G	A	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
6	3304983	.	T	C	48.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:26:77,0,26
6	3305408	.	A	C	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
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6	3307422	.	C	T	123.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.937;QD=17.68;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:94:152,0,94
6	3307624	.	T	C	90.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:118,9,0
6	3307863	.	G	A	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:81,0,36
6	3308243	.	A	G	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:79,0,34
6	3316481	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
6	3723332	.	C	A	582.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=-1.033;DP=34;FS=1.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.378;QD=17.14;ReadPosRankSum=-1.240	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,17:34:99:611,0,573
6	3727811	.	C	G	258.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.128;ClippingRankSum=-1.007;DP=50;FS=3.184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.031;QD=5.18;ReadPosRankSum=0.303	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:40,10:50:99:287,0,1576
6	3728024	.	A	T	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
6	3729051	.	A	G	86.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:114,9,0
6	3733441	.	C	G	190.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:219,15,0
6	3738062	.	A	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
6	3738378	.	C	T	1878.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.593;DP=57;FS=1.615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.038;QD=32.96;ReadPosRankSum=1.225	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,48:55:99:1907,0,134
6	3739193	.	T	C	139.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:167,12,0
6	3739559	.	T	G	139.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:167,12,0
6	3739871	.	C	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
6	3739943	.	C	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
6	3740061	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	3740307	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
6	3741312	.	T	G	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:116,0,34
6	3900147	.	G	A	46.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
6	3903020	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
6	3914243	.	T	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
6	4021601	.	C	G	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
6	4031998	.	A	G	179.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=-2.796;DP=33;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.374;QD=5.45;ReadPosRankSum=2.488	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,7:33:99:208,0,1032
6	4032573	.	G	A	23.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=-0.733;DP=27;FS=6.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.270;QD=0.88;ReadPosRankSum=0.733	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,3:27:52:52,0,921
6	4059379	.	A	G	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.19;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:75:77,0,75
6	4063681	.	G	A	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=0.546;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=7.58;ReadPosRankSum=-0.546	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:104,0,269
6	4889923	.	T	C	87.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:115,9,0
6	4914190	.	G	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
6	4918701	.	A	T	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
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6	4950564	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
6	4952150	.	A	G	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
6	4952971	.	C	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,194
6	4952972	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=9.35;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,194
6	4953076	.	A	G	92.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=23.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:30:121,0,30
6	4954710	.	A	G	49.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=2.729;DP=41;FS=4.417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.255;QD=1.21;ReadPosRankSum=-2.729	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:36,5:41:78:78,0,1369
6	4995464	.	C	T	816.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=1.047;DP=24;FS=10.052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.262;QD=34.03;ReadPosRankSum=-0.960	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,21:24:61:845,0,61
6	4995715	.	T	C	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
6	4998416	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
6	4998963	.	A	G	629.96	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=1.123;DP=17;FS=6.284;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.531;QD=34.83;ReadPosRankSum=-1.327	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,16:17:5:657,5,0
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6	5043326	.	G	A	133.80	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.45	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,4:4:21:162,0,21
6	5043336	.	A	G	133.80	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=33.45;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:21:162,0,21
6	5045402	.	C	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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6	5109119	.	T	C	908.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:937,66,0
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6	7251725	.	T	G	114.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:142,12,0
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6	7282523	.	A	G	189.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=23.72;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:62:218,0,62
6	7282979	.	C	G	78.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=-1.537;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.988;QD=13.13;ReadPosRankSum=1.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:107,0,111
6	7287513	.	C	T	318.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:347,24,0
6	7287579	.	T	G	175.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=29.30;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:24:204,0,24
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6	7288613	.	T	C	1076.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.753;ClippingRankSum=-1.217;DP=35;FS=3.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.845;QD=30.76;ReadPosRankSum=1.175	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,28:35:99:1105,0,191
6	7393452	.	C	T	680.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:709,51,0
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6	11186131	.	T	A	399.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:428,33,0
6	11186225	.	A	G	405.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:434,30,0
6	11186825	.	C	A	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=5.63;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:62:62,0,159
6	11187474	.	T	C	129.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:157,12,0
6	11187997	.	T	G	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
6	11188012	.	C	T	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
6	11188153	.	T	C	276.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:305,21,0
6	11189618	.	G	A	190.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:219,15,0
6	11190626	.	A	G	2617.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,63:63:99:2646,189,0
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6	11220417	.	A	G	194.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:223,15,0
6	11224082	.	C	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
6	11224748	.	A	C	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
6	11227385	.	T	C	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
6	11227969	.	A	G	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
6	11227987	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
6	11228108	.	A	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
6	11228163	.	A	G	93.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
6	11228185	.	C	G	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
6	11228299	.	G	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
6	11228302	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
6	11228993	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
6	11230402	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
6	11576130	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
6	11579093	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
6	11582632	.	A	T	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
6	12122645	.	A	G	369.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:398,27,0
6	12122773	.	T	C	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=-0.623;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.311;QD=3.48;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,3:14:77:77,0,403
6	12124587	.	C	G	367.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.254;DP=13;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.268;QD=28.29;ReadPosRankSum=-0.254	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,10:13:93:396,0,93
6	12290906	.	G	T	133.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.484;ClippingRankSum=-2.536;DP=41;FS=56.289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.158;QD=3.26;ReadPosRankSum=1.160	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:29,12:41:99:162,0,1060
6	12292528	.	G	A	208.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:237,18,0
6	12293533	.	C	G	190.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:219,15,0
6	12294258	.	A	G	2747.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,64:64:99:2776,193,0
6	12295219	.	G	T	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
6	12295461	.	G	A	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
6	12295876	.	A	G	357.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:386,27,0
6	12297028	.	T	C	1515.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,36:36:99:1544,108,0
6	12297853	.	T	C	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
6	12301966	.	C	T	177.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:206,15,0
6	12320341	.	A	G	271.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:300,21,0
6	12320352	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
6	13358705	.	T	C	657.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:686,48,0
6	13361088	.	A	G	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=-0.118;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.118;QD=2.62;ReadPosRankSum=-0.118	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:57:57,0,350
6	13364549	.	T	A	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.752;ClippingRankSum=-1.646;DP=18;FS=2.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.372;QD=5.10;ReadPosRankSum=1.327	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,4:18:99:120,0,515
6	13462095	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
6	13487631	.	T	C	441.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:470,33,0
6	13572686	.	C	T	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
6	13574935	.	C	T	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
6	13579828	.	A	C	644.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.329;ClippingRankSum=0.212;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.635;QD=32.24;ReadPosRankSum=1.588	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,17:20:53:673,0,53
6	13608292	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
6	13613796	.	A	G	71.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=14.35;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:75:100,0,75
6	13616712	.	A	T	1359.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=-0.698;DP=44;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.658;QD=30.90;ReadPosRankSum=0.553	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,35:44:99:1388,0,233
6	13711279	.	A	G	52.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.781;ClippingRankSum=1.002;DP=30;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.167;QD=1.76;ReadPosRankSum=-1.057	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,5:30:81:81,0,845
6	13787316	.	T	C	533.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:562,39,0
6	13787578	.	G	A	108.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.070;ClippingRankSum=-0.099;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.099;QD=6.04;ReadPosRankSum=-0.690	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,5:18:99:137,0,483
6	13788252	.	T	C	166.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=23.82;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:67:195,0,67
6	13788407	.	A	G	192.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:221,15,0
6	13789586	.	T	C	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:69:69,0,154
6	13789694	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.829;DP=18;FS=2.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.237;QD=2.43;ReadPosRankSum=-0.948	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,3:18:72:72,0,525
6	13789901	.	T	C	18.82	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.091;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.456;QD=1.34;ReadPosRankSum=-0.274	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:47:47,0,471
6	13790302	.	T	G	706.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:735,51,0
6	13790393	.	C	G	366.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.283;ClippingRankSum=1.283;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.691;QD=28.21;ReadPosRankSum=-1.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,11:13:53:395,0,53
6	13814340	.	T	C	279.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.867;ClippingRankSum=1.600;DP=14;FS=5.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.933;QD=19.98;ReadPosRankSum=-1.733	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,9:14:99:308,0,173
6	15231197	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
6	15244249	.	C	T	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
6	15246651	.	T	G	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.945;ClippingRankSum=-0.315;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.189;QD=2.69;ReadPosRankSum=0.315	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,3:17:74:74,0,563
6	15292403	.	T	A	14.68	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=14.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:41,3,0
6	15513482	.	G	A	440.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:469,33,0
6	15573003	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	15573011	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	15573015	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	16145325	.	A	G	616.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.454;DP=21;FS=1.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.454;QD=29.37;ReadPosRankSum=-0.289	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,16:21:99:645,0,155
6	16290761	.	T	A	195.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=27.97;ReadPosRankSum=-0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:22:224,0,22
6	16300824	.	A	C	21.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.752;ClippingRankSum=0.537;DP=12;FS=2.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.967;QD=1.82;ReadPosRankSum=-0.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:50:50,0,414
6	16306202	.	A	G	118.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.484;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.484;QD=5.16;ReadPosRankSum=0.112	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,5:23:99:147,0,646
6	16306204	.	C	T	596.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-1.585;DP=22;FS=1.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.774;QD=27.13;ReadPosRankSum=1.732	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,16:22:99:625,0,189
6	16317062	.	G	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
6	16327330	.	T	C	730.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.142;DP=24;FS=4.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.498;QD=30.45;ReadPosRankSum=-0.355	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,19:24:99:759,0,149
6	16327615	.	A	G	676.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:705,51,0
6	16358679	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	16366343	.	T	C	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
6	16421663	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
6	16425403	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	16434127	.	C	T	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:80,0,36
6	16434244	.	A	G	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
6	16434488	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
6	16715917	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
6	16716847	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
6	16724555	.	C	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
6	16736497	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
6	16744099	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	16744169	.	T	C	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.94;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:32:116,0,32
6	16745530	.	G	A	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
6	16750011	.	G	T	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
6	16755769	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	16763639	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
6	17523312	.	G	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
6	17543946	.	T	G	46.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
6	17629616	.	G	A	897.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:926,63,0
6	17633061	.	C	T	1235.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1264,87,0
6	17650320	.	C	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
6	17657033	.	C	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
6	17688798	.	G	A	803.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:832,60,0
6	17759737	.	C	G	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=-1.179;DP=9;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=3.86;ReadPosRankSum=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:63:63,0,274
6	17760132	.	G	A	479.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:508,36,0
6	17760152	.	G	T	509.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:538,39,0
6	17760365	.	A	G	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=-1.273;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.061;QD=5.92;ReadPosRankSum=1.152	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,4:16:99:123,0,453
6	17764530	.	C	T	198.94	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=-0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=28.42;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:14:227,0,14
6	17794494	.	G	A	512.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.191;ClippingRankSum=-0.397;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.508;QD=32.05;ReadPosRankSum=0.238	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,14:16:41:541,0,41
6	17815716	.	C	T	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
6	17863278	.	C	T	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
6	18121168	.	G	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=9.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,109
6	18130727	.	A	T	380.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=-1.182;DP=12;FS=10.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.396;QD=31.73;ReadPosRankSum=0.967	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,10:12:47:409,0,47
6	18188091	.	T	C	363.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:392,27,0
6	18213988	.	C	T	115.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=1.368;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=14.47;ReadPosRankSum=-2.017	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:144,0,141
6	18215303	.	T	C	189.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:218,15,0
6	18225173	.	C	T	1561.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.764;ClippingRankSum=0.036;DP=50;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.400;QD=31.24;ReadPosRankSum=0.012	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,40:50:99:1590,0,294
6	18237661	.	C	T	1767.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.165;ClippingRankSum=-2.022;DP=59;FS=6.334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.829;QD=29.96;ReadPosRankSum=1.915	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,45:59:99:1796,0,416
6	18239787	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
6	18249048	.	A	G	133.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:161,12,0
6	18264210	.	G	A	1304.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.417;DP=48;FS=8.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.464;QD=27.18;ReadPosRankSum=0.488	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,36:48:99:1333,0,354
6	18264357	.	G	A	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.000;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=3.60;ReadPosRankSum=-1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:57:57,0,231
6	18264658	.	G	A	844.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=-0.664;DP=34;FS=1.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.796;QD=24.85;ReadPosRankSum=0.859	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,25:34:99:873,0,266
6	18399750	.	T	C	1523.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,36:36:99:1552,108,0
6	18448903	.	T	C	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
6	18454327	.	T	G	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:79,0,33
6	18455045	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
6	18455841	.	C	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
6	18463823	.	A	G	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
6	18465710	.	G	A	1302.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,32:32:96:1331,96,0
6	18466408	.	G	A	13.95	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.826;ClippingRankSum=1.191;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.238;QD=0.87;ReadPosRankSum=-1.350	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,2:16:42:42,0,516
6	18466677	.	A	T	929.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:958,66,0
6	18467456	.	T	C	1545.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,36:36:99:1574,108,0
6	18467534	.	G	T	812.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.234;ClippingRankSum=-1.661;DP=33;FS=1.423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.318;QD=24.63;ReadPosRankSum=1.318	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,22:33:99:841,0,391
6	18467582	.	A	G	1026.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1055,72,0
6	18467884	.	A	T	678.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:48:707,48,0
6	18468369	.	G	T	1060.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=-0.912;DP=38;FS=5.711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.276;QD=27.91;ReadPosRankSum=0.812	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,28:38:99:1089,0,312
6	18468464	.	C	T	1324.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,31:31:93:1353,93,0
6	19830310	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
6	19837111	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
6	19840492	.	A	G	767.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=-2.218;DP=30;FS=9.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.407;QD=25.59;ReadPosRankSum=2.218	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,21:30:99:796,0,275
6	19841966	.	C	T	92.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=23.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:31:121,0,31
6	20152960	.	G	T	245.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.731;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=24.58;ReadPosRankSum=-0.895	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,7:10:99:274,0,102
6	20447293	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
6	20485898	.	C	T	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
6	20487577	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	20492995	.	T	C	253.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.228;ClippingRankSum=-0.678;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.520;QD=23.07;ReadPosRankSum=0.896	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,7:11:99:282,0,130
6	20805526	.	A	G	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
6	20967985	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
6	21201493	.	G	A	125.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.273;ClippingRankSum=-0.932;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.634;QD=5.47;ReadPosRankSum=1.453	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,5:23:99:154,0,680
6	21232615	.	A	G	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
6	21594356	.	G	A	55.73	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.384;ClippingRankSum=0.883;DP=43;FS=29.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=1.30;ReadPosRankSum=-0.353	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,11:36:93:93,0,852
6	21603341	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
6	21603343	.	A	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
6	21603350	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
6	21603352	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
6	24403411	.	T	C	114.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=-1.975;DP=23;FS=4.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.410;QD=4.99;ReadPosRankSum=1.677	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,5:23:99:143,0,678
6	24418348	.	G	A	1079.41	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.208;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.790;QD=28.01;ReadPosRankSum=-0.042	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:2,28:30:8:1107,8,0
6	24425214	.	C	G	348.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:377,27,0
6	24427565	.	A	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
6	24499845	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:38:39,0,38
6	24650671	.	C	T	681.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:710,48,0
6	24650731	.	T	G	679.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:708,48,0
6	24650761	.	A	G	500.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=1.526;DP=20;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.619;QD=25.04;ReadPosRankSum=0.784	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,14:20:99:529,0,173
6	24653273	.	G	C	97.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.010;ClippingRankSum=-1.357;DP=29;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.126;QD=3.37;ReadPosRankSum=1.299	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,5:29:99:126,0,939
6	24653376	.	G	A	608.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:637,45,0
6	24653382	.	C	A	608.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:45:637,45,0
6	24659482	.	T	C	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
6	24661511	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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6	26095028	.	A	G	192.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=-0.573;DP=9;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=21.42;ReadPosRankSum=1.001	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:98:221,0,98
6	26113542	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
6	26124430	.	C	T	90.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=-1.650;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.750;QD=4.78;ReadPosRankSum=1.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,4:19:99:119,0,573
6	26124634	.	C	T	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=-1.459;DP=34;FS=7.846;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.070;QD=2.23;ReadPosRankSum=1.459	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:29,5:34:99:104,0,1051
6	26157481	.	A	T	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:75,0,33
6	26172678	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=10.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,1:4:69:69,0,225
6	26172688	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=8.15;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:69:69,0,225
6	26174014	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.69;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:65:75,0,65
6	26174625	.	A	G	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=0.000;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=11.68;ReadPosRankSum=1.754	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:110,0,142
6	26196045	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,40
6	26226032	.	C	G	322.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:351,24,0
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6	26282322	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
6	26285560	.	A	G	321.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=1.532;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.061;QD=29.25;ReadPosRankSum=-1.768	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,9:11:54:350,0,54
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6	26466389	.	G	A	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
6	26466392	.	G	A	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
6	26545632	.	G	A	136.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=-0.893;DP=32;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.797;QD=4.27;ReadPosRankSum=0.459	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,6:32:99:165,0,1032
6	26545696	.	G	A	839.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=-0.339;DP=31;FS=1.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.113;QD=27.09;ReadPosRankSum=0.158	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,23:31:99:868,0,247
6	26546048	.	C	T	1121.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1150,81,0
6	26546808	.	T	C	72.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=-0.111;DP=25;FS=5.849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.185;QD=2.91;ReadPosRankSum=0.037	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,4:25:99:101,0,842
6	26597333	.	A	G	846.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:875,66,0
6	26597893	.	A	T	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.94;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:76:76,0,76
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6	27014668	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
6	27090656	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:81,0,33
6	27090666	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.38	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,2:2:33:81,0,33
6	27091154	.	G	T	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=11.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:63,0,34
6	27162938	.	A	C	138.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:166,12,0
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6	27220890	.	A	G	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
6	27223242	.	C	T	214.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=1.067;DP=8;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.589;QD=26.85;ReadPosRankSum=-1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:67:243,0,67
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6	27366862	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
6	27369873	.	C	T	236.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:265,18,0
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6	27370046	.	T	G	230.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:259,18,0
6	27370473	.	T	C	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
6	27371011	.	C	T	227.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:256,18,0
6	27371193	.	G	A	265.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:294,21,0
6	27425185	.	C	A	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
6	27440542	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
6	27440545	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
6	27792221	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	27792228	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	28060398	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
6	28096280	.	A	G	160.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=26.80;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:27:189,0,27
6	28185726	.	C	T	47.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
6	28193786	.	T	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
6	28198281	.	A	G	297.82	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=-0.751;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=33.09;ReadPosRankSum=0.751	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,8:9:19:326,0,19
6	28198828	.	C	T	112.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=18.79;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:62:141,0,62
6	28199336	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=10.19;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:69:69,0,79
6	28199866	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
6	28200029	.	A	G	133.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=22.29;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:99:162,0,114
6	28200030	.	A	G	133.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=26.75;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:99:162,0,114
6	28201138	.	A	G	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
6	28212748	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	28239681	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
6	28241263	.	A	T	93.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
6	28243972	.	G	A	246.82	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.747;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.747;QD=30.85;ReadPosRankSum=0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:19:275,0,19
6	28247221	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	28268497	.	C	T	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
6	28277771	.	C	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
6	28292706	.	T	C	513.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:542,39,0
6	28294550	.	T	C	579.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:608,42,0
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6	28303464	.	C	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
6	28308285	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
6	28308747	.	A	T	138.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:166,12,0
6	28309569	.	T	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
6	28309590	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
6	28320674	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	28320677	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	28321544	.	G	T	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
6	28331127	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	28331128	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	28339540	.	A	G	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
6	28340872	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
6	28346910	.	T	C	143.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:171,12,0
6	28542424	.	G	A	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
6	28542520	.	C	T	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
6	28554543	.	G	T	188.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:217,15,0
6	28870975	.	C	T	195.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.115;ClippingRankSum=-0.775;DP=22;FS=1.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.621;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.775	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,7:22:99:224,0,584
6	28872630	.	T	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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6	28872796	.	T	C	18.82	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=-0.118;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.354;QD=1.71;ReadPosRankSum=-1.061	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:47:47,0,439
6	28872805	.	T	C	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=4.35;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:63:63,0,321
6	28873060	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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6	28876509	.	G	A	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
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6	28877773	.	A	G	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
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6	28881660	.	T	C	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
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6	28891458	.	T	C	862.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.446;ClippingRankSum=0.062;DP=38;FS=7.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.431;QD=22.70;ReadPosRankSum=-1.415	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,25:38:99:891,0,425
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6	29294876	.	T	C	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.95;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:73:73,0,116
6	29521319	.	C	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
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6	29523676	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	29523859	.	G	C	143.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:171,12,0
6	29523872	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	29524003	.	A	G	90.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=22.69;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:119,0,33
6	29570841	.	A	G	492.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.764;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.783;QD=32.85;ReadPosRankSum=-0.594	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,13:15:43:521,0,43
6	29575456	.	C	T	91.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:119,9,0
6	29575858	.	A	G	89.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.45;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:23:118,0,23
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6	29576198	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:78,0,33
6	29576393	.	A	G	243.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=-1.666;DP=9;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.179;QD=27.09;ReadPosRankSum=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:56:272,0,56
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6	29581110	.	A	G	369.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=-0.254;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.099;QD=28.44;ReadPosRankSum=2.113	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,10:13:99:398,0,233
6	29581113	.	A	G	369.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=-1.768;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.636;QD=26.41;ReadPosRankSum=2.475	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,10:14:99:398,0,233
6	29593478	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
6	29598092	.	A	C	213.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.580;ClippingRankSum=-0.731;DP=10;FS=2.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.546;QD=21.38;ReadPosRankSum=0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,7:10:99:242,0,105
6	29598119	.	G	A	291.18	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.751;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=32.35;ReadPosRankSum=0.751	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,8:9:10:319,0,10
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6	29693333	.	G	C	391.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.622;ClippingRankSum=-4.113;DP=24;FS=4.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.275;QD=16.32;ReadPosRankSum=3.766	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,11:24:99:420,0,1058
6	29693341	.	G	A	391.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,10:10:99:420,0,1058
6	29693345	.	G	A	391.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.75	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,8:8:99:420,0,1058
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6	29698708	.	T	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
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6	29698714	.	C	T	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
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6	29709540	.	T	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
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6	29723637	.	C	T	137.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:12:165,12,0
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6	29857353	.	T	G	280.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.500;ClippingRankSum=-1.217;DP=25;FS=3.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.594;QD=11.23;ReadPosRankSum=1.104	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,9:25:99:309,0,3108
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6	29894283	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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6	29911056	.	A	C	4400.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,78:78:99:4429,301,0
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6	29912656	.	C	T	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:9:132,9,0
6	29912713	.	C	T	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
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6	29913542	.	T	G	1459.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,34:34:99:1488,102,0
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6	29954968	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	29955516	.	G	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
6	29955535	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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6	30039098	.	T	C	192.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=1.067;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=24.10;ReadPosRankSum=-1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:57:221,0,57
6	30039240	.	G	T	370.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=-0.718;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.024;QD=24.72;ReadPosRankSum=0.588	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,11:15:99:399,0,116
6	30039641	.	A	G	133.84	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=26.77;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:18:162,0,18
6	30039662	.	G	T	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
6	30039767	.	G	C	208.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=29.83;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:25:237,0,25
6	30039845	.	G	A	229.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:258,18,0
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6	30168202	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
6	30168829	.	C	T	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=-0.426;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.271;QD=3.07;ReadPosRankSum=1.046	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,4:24:99:102,0,792
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6	30171881	.	C	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
6	30172513	.	A	C	609.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=-0.619;DP=21;FS=4.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.454;QD=29.04;ReadPosRankSum=1.115	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,16:21:99:638,0,135
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6	30179164	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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6	30227450	.	C	G	184.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:15:213,15,0
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6	30259305	.	T	C	149.10	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:11:177,11,0
6	30259356	.	A	G	278.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=-1.377;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.715;QD=25.34;ReadPosRankSum=0.382	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,8:11:99:307,0,102
6	30259657	.	G	T	973.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:1002,69,0
6	30260019	.	G	C	592.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:621,42,0
6	30262512	.	A	G	823.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=-0.436;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.571;QD=34.32;ReadPosRankSum=0.262	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,21:24:52:852,0,52
6	30267748	.	G	A	174.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:203,15,0
6	30267807	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
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6	30297529	.	T	C	738.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:767,54,0
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6	30618300	.	G	A	186.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:215,15,0
6	30640609	.	G	C	669.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.563;ClippingRankSum=-2.563;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.854;QD=31.89;ReadPosRankSum=2.563	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,18:21:33:698,0,33
6	30651587	.	A	C	188.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:217,15,0
6	30652872	.	G	A	2130.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,50:50:99:2159,150,0
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6	30700497	.	A	G	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
6	30711805	.	C	G	3478.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,81:81:99:3507,244,0
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6	30782659	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	30782672	.	C	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
6	30782923	.	C	T	99.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:127,12,0
6	30782979	.	T	C	179.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:208,15,0
6	30783099	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
6	30783205	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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6	30887988	.	C	T	227.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.278;DP=11;FS=6.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.278;QD=20.71;ReadPosRankSum=0.678	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,7:11:99:256,0,379
6	30888161	.	T	C	435.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=-0.589;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.589;QD=26.50;ReadPosRankSum=-0.354	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,9:11:99:464,0,134
6	30888169	.	G	A	435.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=-0.296;DP=13;FS=7.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=33.52;ReadPosRankSum=0.493	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,11:13:99:464,0,134
6	30892322	.	C	T	577.85	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.519;ClippingRankSum=-0.217;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.519;QD=29.24;ReadPosRankSum=1.519	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,15:16:17:606,17,0
6	30893428	.	G	A	232.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.678;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.246;QD=21.16;ReadPosRankSum=-0.678	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,7:11:99:261,0,123
6	30893728	.	C	T	372.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-1.182;DP=12;FS=8.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.752;QD=31.06;ReadPosRankSum=0.967	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,10:12:47:401,0,47
6	30895293	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	30895725	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
6	30954245	.	T	C	131.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:159,12,0
6	30954873	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
6	31083286	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
6	31107187	.	G	A	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
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6	31130502	.	T	C	260.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:289,21,0
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6	31197143	.	A	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
6	31236567	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
6	31236599	.	G	C	363.98	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.739;ClippingRankSum=1.107;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.423;QD=33.09;ReadPosRankSum=-1.739	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,10:11:13:392,0,13
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6	31237233	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	31237237	.	G	A	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
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6	31237333	.	T	A	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
6	31237353	.	T	C	178.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:207,15,0
6	31237405	.	C	T	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
6	31237437	.	T	C	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
6	31237449	.	T	C	183.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:212,15,0
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6	31237664	.	C	T	193.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:15:222,15,0
6	31237767	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,67
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6	31237802	.	A	G	1273.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1302,90,0
6	31237833	.	T	C	3241.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,61:61:99:3270,297,0
6	31238135	.	G	A	1539.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,36:36:99:1568,108,0
6	31238138	.	C	T	1539.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:99:1568,108,0
6	31238155	.	G	A	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
6	31238230	.	G	C	1553.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,31:31:79:1582,79,0
6	31238234	.	G	A	1553.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.459;ClippingRankSum=-1.733;DP=38;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.182;QD=30.40;ReadPosRankSum=1.641	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,37:38:79:1582,79,0
6	31238259	.	G	T	2593.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.373;ClippingRankSum=-0.907;DP=64;FS=3.080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.293;QD=26.61;ReadPosRankSum=0.830	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:2,62:64:99:2622,173,0
6	31238297	.	C	T	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
6	31238308	.	G	C	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
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6	31238945	.	C	T	432.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.838;ClippingRankSum=1.523;DP=17;FS=9.249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.053;QD=25.46;ReadPosRankSum=-0.473	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,8:16:99:461,0,609
6	31238992	.	G	C	296.94	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=-0.751;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=32.99;ReadPosRankSum=0.751	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,8:9:14:325,0,14
6	31239006	.	G	T	435.56	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=-1.737;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.470;QD=33.50;ReadPosRankSum=-0.401	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,12:13:7:463,0,7
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6	31239050	.	G	A	2091.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.316;ClippingRankSum=-1.210;DP=47;FS=3.811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.270;QD=30.13;ReadPosRankSum=2.405	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,40:47:99:2120,0,2221
6	31239057	.	C	T	1446.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.032;ClippingRankSum=-1.542;DP=63;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.201;QD=22.96;ReadPosRankSum=2.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:35,28:63:99:1475,0,5507
6	31239060	.	A	G	1272.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.617;ClippingRankSum=1.306;DP=64;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.386;QD=19.89;ReadPosRankSum=0.913	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,36:64:99:1301,0,3855
6	31239082	.	G	C	315.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.772;ClippingRankSum=0.263;DP=86;FS=1.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.234;QD=3.67;ReadPosRankSum=-0.614	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:72,14:86:99:344,0,10539
6	31239101	.	G	A,T	3597.29	PASS	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=80;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/2:0,36,44:80:99:5093,1969,3739,1713,0,1944
6	31239114	.	G	T	690.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=-4.775;DP=74;FS=6.726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.017;QD=9.33;ReadPosRankSum=0.837	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:50,24:74:99:719,0,9570
6	31239116	.	G	A	690.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=-4.992;DP=75;FS=8.484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.176;QD=9.21;ReadPosRankSum=-0.119	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:51,24:75:99:719,0,9570
6	31239205	.	C	T	234.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:263,18,0
6	31239227	.	C	T	368.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:397,30,0
6	31239296	.	G	C	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=17.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:28:99,0,28
6	31239306	.	T	G	349.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:378,27,0
6	31239407	.	G	T	2844.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,48:48:99:2873,199,0
6	31239417	.	C	T	2844.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,56:56:99:2873,199,0
6	31239430	.	C	T	1409.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.028;ClippingRankSum=-1.189;DP=66;FS=3.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.633;QD=21.36;ReadPosRankSum=0.116	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:29,37:66:99:1438,0,1060
6	31239449	.	C	G	2158.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.123;ClippingRankSum=0.256;DP=88;FS=5.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.115;QD=24.53;ReadPosRankSum=1.609	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:32,56:88:99:2187,0,1129
6	31239501	.	G	T	646.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=-1.254;DP=84;FS=2.039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.605;QD=7.70;ReadPosRankSum=1.886	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:61,23:84:99:675,0,2320
6	31239518	.	C	T	3208.76	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,77:77:99:3237,232,0
6	31239577	.	A	C	2814.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,56:56:99:2843,193,0
6	31239585	.	C	T	2814.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,64:64:99:2843,193,0
6	31239614	.	G	A	2883.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,52:52:99:2912,202,0
6	31239622	.	C	A	2883.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,53:53:99:2912,202,0
6	31239722	.	A	C	197.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:226,18,0
6	31239752	.	C	T	186.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:215,15,0
6	31239802	.	C	G	1633.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,39:39:99:1662,117,0
6	31239821	.	G	T	229.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.738;ClippingRankSum=-1.287;DP=31;FS=2.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.655;QD=7.41;ReadPosRankSum=3.318	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,8:31:99:258,0,914
6	31239827	.	C	T	967.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=-1.595;DP=25;FS=10.969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.179;QD=26.29;ReadPosRankSum=1.595	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,24:25:37:996,37,0
6	31239855	.	C	G	1035.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1064,72,0
6	31239868	.	G	C	866.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:895,60,0
6	31239869	.	T	C	461.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=-1.189;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.268;QD=23.09;ReadPosRankSum=-1.189	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,13:20:99:490,0,249
6	31321685	.	A	C	166.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=1.016;DP=31;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.732;QD=5.38;ReadPosRankSum=-0.591	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,7:31:99:195,0,1187
6	31321686	.	A	C	243.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.054;ClippingRankSum=2.263;DP=32;FS=3.099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=7.62;ReadPosRankSum=-2.138	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,9:32:99:272,0,1128
6	31321752	.	T	G	123.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.602;ClippingRankSum=-0.872;DP=69;FS=16.258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.415;QD=1.79;ReadPosRankSum=-0.628	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:61,8:69:99:152,0,2491
6	31321803	.	G	A	1122.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.229;DP=78;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.411;QD=14.39;ReadPosRankSum=3.561	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:46,32:78:99:1151,0,3586
6	31321807	.	G	A	1583.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=-2.597;DP=80;FS=0.846;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.092;QD=19.80;ReadPosRankSum=-1.411	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:38,42:80:99:1612,0,2811
6	31321856	.	A	G	1919.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=-0.845;DP=65;FS=4.008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.033;QD=29.53;ReadPosRankSum=0.251	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,49:65:99:1948,0,511
6	31321915	.	A	G	2041.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,46:46:99:2070,138,0
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6	31322513	.	A	C	236.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:21:265,21,0
6	31322559	.	G	A	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
6	31322662	.	G	A	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=8.55;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:71:71,0,111
6	31322688	.	T	C	127.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-0.922;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=15.97;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:156,0,117
6	31322704	.	A	G	194.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:223,15,0
6	31322742	.	G	T	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:81,0,34
6	31322782	.	C	G	180.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:209,15,0
6	31322888	.	A	G	1517.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,31:31:99:1546,108,0
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6	31322996	.	C	T	756.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=-0.368;DP=94;FS=19.828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.309;QD=8.05;ReadPosRankSum=1.145	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:68,26:94:99:785,0,7376
6	31323233	.	A	G	222.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=-1.050;DP=90;FS=9.087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.967;QD=2.48;ReadPosRankSum=0.148	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:78,12:90:99:251,0,3167
6	31323409	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
6	31323838	.	C	G	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
6	31324024	.	C	A	1889.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.058;ClippingRankSum=-0.837;DP=53;FS=7.173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.445;QD=25.02;ReadPosRankSum=1.993	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,48:53:32:1918,0,32
6	31324036	.	T	A	722.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=-0.902;DP=75;FS=3.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.017;QD=9.64;ReadPosRankSum=-3.108	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:52,23:75:99:751,0,1943
6	31324104	.	G	A	75.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=1.411;DP=63;FS=9.822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.711;QD=1.20;ReadPosRankSum=0.776	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:56,7:63:99:104,0,2791
6	31324110	.	G	T	440.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.849;ClippingRankSum=-3.591;DP=63;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.928;QD=7.00;ReadPosRankSum=2.429	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:48,15:63:99:469,0,2042
6	31324143	.	G	T	1272.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.034;ClippingRankSum=-1.852;DP=80;FS=4.346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.998;QD=15.91;ReadPosRankSum=6.934	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:45,35:80:99:1301,0,4795
6	31324144	.	T	A	1272.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.326;ClippingRankSum=-2.055;DP=81;FS=5.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.682;QD=15.71;ReadPosRankSum=6.860	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:46,35:81:99:1301,0,4795
6	31324151	.	C	T	1405.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.115;ClippingRankSum=0.558;DP=75;FS=4.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.589;QD=18.74;ReadPosRankSum=-2.331	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:35,40:75:99:1434,0,4028
6	31324194	.	G	A	1896.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,31:31:99:1925,132,0
6	31324200	.	G	C	1896.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:99:1925,132,0
6	31324201	.	C	G	41.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.863;ClippingRankSum=-3.448;DP=26;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.390;QD=1.61;ReadPosRankSum=-2.147	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,5:26:70:70,0,3084
6	31324208	.	G	T	997.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.62	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,26:26:99:1026,0,656
6	31324210	.	G	A	997.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.024;ClippingRankSum=-5.502;DP=43;FS=4.325;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.708;QD=23.20;ReadPosRankSum=5.477	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,26:43:99:1026,0,656
6	31324496	.	G	T	693.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=1.201;DP=76;FS=3.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.430;QD=9.13;ReadPosRankSum=-1.592	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:52,24:76:99:722,0,11246
6	31324506	.	C	T	693.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.570;ClippingRankSum=0.512;DP=58;FS=2.410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.683;QD=11.96;ReadPosRankSum=-3.348	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:41,17:58:99:722,0,11246
6	31324509	.	T	A	693.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.165;ClippingRankSum=-0.877;DP=51;FS=1.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.011;QD=13.60;ReadPosRankSum=-2.165	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:39,12:51:99:722,0,11246
6	31324516	.	C	A	1890.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.130;ClippingRankSum=0.086;DP=38;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.943;QD=30.88;ReadPosRankSum=-0.648	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,33:38:99:1919,0,2816
6	31324530	.	G	C	825.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=-0.553;DP=21;FS=2.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.151;QD=26.53;ReadPosRankSum=0.955	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,3:21:99:854,0,4253
6	31324531	.	C	T,G	3074.29	PASS	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/2:0,18,3:21:99:3378,1083,2792,2076,0,4252
6	31324536	.	T	A	539.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.174;ClippingRankSum=0.168;DP=23;FS=6.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.615;QD=23.47;ReadPosRankSum=2.292	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,16:19:99:568,0,2916
6	31324547	.	G	C	111.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=-1.130;DP=39;FS=6.292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.852;QD=2.87;ReadPosRankSum=-0.122	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,8:39:99:140,0,5076
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6	31324615	.	C	T	1125.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.564;ClippingRankSum=-1.059;DP=50;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.426;QD=22.52;ReadPosRankSum=4.228	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,30:50:99:1154,0,678
6	31324641	.	T	A	409.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=-1.582;DP=60;FS=2.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.683;QD=6.83;ReadPosRankSum=-2.228	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:46,14:60:99:438,0,3702
6	31324643	.	G	C	409.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=-1.038;DP=61;FS=2.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.055;QD=6.72;ReadPosRankSum=-3.181	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:47,14:61:99:438,0,3702
6	31324666	.	A	C	1338.81	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:2,33:35:29:1367,29,0
6	31324711	.	A	G	1836.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=-1.598;DP=53;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.320;QD=34.66;ReadPosRankSum=1.963	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,48:53:99:1865,0,266
6	31324887	.	G	C	688.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.742;ClippingRankSum=-2.839;DP=17;FS=6.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.529;QD=36.45;ReadPosRankSum=-0.144	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,8:17:99:717,0,1031
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6	31349730	.	G	T	550.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:579,39,0
6	31349743	.	A	G	308.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:337,24,0
6	31362225	.	G	A	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.537;QD=14.79;ReadPosRankSum=0.988	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:117,0,115
6	31362241	.	G	A	90.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=18.15;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:68:119,0,68
6	31365869	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	31367882	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
6	31371430	.	T	C	766.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:795,57,0
6	31373260	.	G	C	141.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:169,12,0
6	31374502	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	31376798	.	A	G	167.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:196,15,0
6	31376989	.	A	G	129.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=25.95;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:158,0,31
6	31377719	.	T	C	282.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:311,21,0
6	31378022	.	T	C	227.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:256,18,0
6	31378334	.	C	T	763.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:792,54,0
6	31378768	.	A	G	263.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:292,21,0
6	31378977	.	G	A	46.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=-0.158;DP=29;FS=4.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.791;QD=1.61;ReadPosRankSum=0.032	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,4:29:75:75,0,1007
6	31379109	.	G	A	71.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=-1.665;DP=24;FS=2.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.658;QD=2.99;ReadPosRankSum=1.588	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,4:24:99:100,0,774
6	31380194	.	T	C	28.77	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.582;ClippingRankSum=-1.146;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.146;QD=1.25;ReadPosRankSum=1.146	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,2:23:57:57,0,1730
6	31380198	.	C	T	28.77	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.125;DP=25;FS=2.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.042;QD=1.15;ReadPosRankSum=0.786	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,3:25:57:57,0,1730
6	31382911	.	A	G	541.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:570,42,0
6	31382932	.	G	A	142.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=-0.157;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.992;QD=5.95;ReadPosRankSum=2.037	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,2:24:99:171,0,2444
6	31382938	.	A	G	142.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.257;ClippingRankSum=-0.713;DP=25;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.238;QD=5.71;ReadPosRankSum=-0.645	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,5:25:99:171,0,2444
6	31382942	.	G	C	142.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=1.113;DP=25;FS=2.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.095;QD=5.71;ReadPosRankSum=-1.623	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,6:25:99:171,0,2444
6	31382964	.	A	G	147.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.188;DP=29;FS=5.698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.104;QD=5.10;ReadPosRankSum=2.827	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,6:29:99:176,0,915
6	31382994	.	C	A	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.948;ClippingRankSum=-0.237;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.829;QD=2.49;ReadPosRankSum=0.829	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,3:18:73:73,0,603
6	31383158	.	A	G	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
6	31387157	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
6	31387967	.	G	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
6	31431820	.	C	T	131.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.436;ClippingRankSum=0.000;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.833;QD=6.59;ReadPosRankSum=-0.087	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,5:20:99:160,0,617
6	31432125	.	C	T	457.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DP=18;FS=5.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.099;QD=25.43;ReadPosRankSum=0.099	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,13:18:99:486,0,149
6	31434267	.	C	G	215.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:244,18,0
6	31434802	.	G	A	140.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:168,12,0
6	31436411	.	T	C	61.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=15.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:30:90,0,30
6	31437158	.	T	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,199
6	31437492	.	C	G	180.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:209,15,0
6	31438390	.	A	G	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=6.96;ReadPosRankSum=-1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:70:70,0,147
6	31438432	.	G	A	96.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:124,9,0
6	31443738	.	G	A	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=11.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:64,0,37
6	31449327	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
6	31457303	.	A	C	43.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:71,6,0
6	31462093	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
6	31472807	.	G	A	115.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:143,12,0
6	31472821	.	T	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
6	31472823	.	A	G	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
6	31474884	.	G	A	181.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:210,15,0
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6	31498497	.	C	A	185.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:214,15,0
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6	31507883	.	G	A	130.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:158,12,0
6	31508761	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
6	31509355	.	G	A	240.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:269,18,0
6	31509372	.	G	A	136.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:164,12,0
6	31509432	.	G	A	90.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:118,9,0
6	31509967	.	G	T	47.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
6	31510105	.	A	G	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
6	31525448	.	C	T	671.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.750;ClippingRankSum=0.139;DP=26;FS=1.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.528;QD=25.84;ReadPosRankSum=-0.250	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,18:26:99:700,0,273
6	31525912	.	C	T	1163.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1192,87,0
6	31594628	.	T	A	1985.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,48:48:99:2014,144,0
6	31595487	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
6	31595882	.	C	A	2921.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,67:67:99:2950,202,0
6	31597456	.	A	C	37.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.814;ClippingRankSum=0.032;DP=29;FS=28.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.411;QD=1.30;ReadPosRankSum=0.601	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,4:29:66:66,0,1482
6	31597462	.	G	C	37.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.331;ClippingRankSum=0.307;DP=27;FS=42.443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.444;QD=1.40;ReadPosRankSum=-1.263	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,4:27:66:66,0,1482
6	31599905	.	G	A	628.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.029;DP=51;FS=8.143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.179;QD=12.33;ReadPosRankSum=-0.185	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:32,19:51:99:657,0,1214
6	31601344	.	T	C	2302.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,56:56:99:2331,168,0
6	31603591	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
6	31604010	.	C	G	2163.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.604;ClippingRankSum=-1.732;DP=54;FS=3.345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.192;QD=22.67;ReadPosRankSum=1.668	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,53:54:99:2192,138,0
6	31604044	.	T	G	2156.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,50:50:99:2185,151,0
6	31605199	.	G	C	227.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:256,18,0
6	31607050	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	31610529	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
6	31610686	.	A	G	1512.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,37:37:99:1541,111,0
6	31619652	.	T	A	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
6	31626809	.	A	G	478.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.434;ClippingRankSum=1.221;DP=18;FS=9.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.752;QD=26.60;ReadPosRankSum=-1.327	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,14:18:99:507,0,106
6	31627523	.	C	T	898.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.583;ClippingRankSum=0.980;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.377;QD=26.04;ReadPosRankSum=-1.734	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,22:23:31:927,31,0
6	31634758	.	G	A	68.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:96,9,0
6	31637734	.	A	T	2160.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,50:50:99:2189,151,0
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6	31640882	.	A	G	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=11.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:63,0,35
6	31641139	.	A	G	352.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:381,27,0
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6	31718441	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	31723359	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
6	31747555	.	C	T	491.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=-0.176;DP=55;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.102;QD=8.94;ReadPosRankSum=0.491	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:39,16:55:99:520,0,1493
6	31762843	.	G	C	961.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:990,66,0
6	31762844	.	G	T	961.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:990,66,0
6	31778272	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
6	31785228	.	G	C	1420.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,33:33:99:1449,99,0
6	31847636	.	G	A	511.53	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=-1.273;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.273;QD=34.10;ReadPosRankSum=1.273	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,14:15:3:538,3,0
6	31860337	.	T	C	732.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:49:761,49,0
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6	32487174	.	C	G	163.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=-2.415;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.595;QD=7.12;ReadPosRankSum=1.645	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,6:23:99:192,0,675
6	32487241	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
6	32487242	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
6	32487309	.	T	C	918.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:947,66,0
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6	32489933	.	T	A	693.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.568;ClippingRankSum=2.372;DP=23;FS=4.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.637;QD=30.16;ReadPosRankSum=1.370	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,16:23:99:722,0,909
6	32489940	.	G	C	693.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=2.014;DP=18;FS=6.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.540;QD=32.86;ReadPosRankSum=1.777	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,15:18:99:722,0,909
6	32497961	.	T	A	646.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:675,45,0
6	32497962	.	T	C	646.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:675,45,0
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6	32518251	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
6	32520338	.	A	G	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
6	32520785	.	T	G	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
6	32520816	.	G	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
6	32522561	.	G	A	169.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.652;ClippingRankSum=-0.361;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.652;QD=18.86;ReadPosRankSum=-0.729	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:198,0,312
6	32522562	.	G	A	169.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=0.361;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.307;QD=18.86;ReadPosRankSum=-0.876	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:198,0,312
6	32522576	.	A	G	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=-0.956;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.684;QD=9.97;ReadPosRankSum=-1.920	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:108,0,192
6	32522740	.	T	C	130.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=-1.754;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=18.68;ReadPosRankSum=1.754	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:159,0,146
6	32522746	.	G	A	130.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=26.15;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:99:159,0,146
6	32525727	.	C	T	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
6	32551948	.	G	T	307.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.775;ClippingRankSum=0.279;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.031;QD=13.38;ReadPosRankSum=-0.279	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,10:23:99:336,0,3199
6	32551957	.	G	C	307.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.586;DP=30;FS=3.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.211;QD=10.26;ReadPosRankSum=0.305	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,8:30:99:336,0,3199
6	32551958	.	C	T	307.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=-0.258;DP=30;FS=3.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.806;QD=10.26;ReadPosRankSum=0.399	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,8:30:99:336,0,3199
6	32551970	.	T	G	307.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=-0.297;DP=28;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.074;QD=10.99;ReadPosRankSum=1.634	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,3:28:99:336,0,3199
6	32552112	.	A	G	10.20	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=-2.674;DP=44;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.000;QD=0.23;ReadPosRankSum=-0.102	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:40,4:44:38:38,0,1573
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6	32609312	.	A	C	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
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6	32632783	.	A	C	511.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:540,36,0
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6	32793770	.	T	G	575.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=-0.643;DP=24;FS=4.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.072;QD=23.99;ReadPosRankSum=0.704	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,16:24:99:604,0,269
6	32793981	.	A	C	993.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.026;ClippingRankSum=0.204;DP=38;FS=3.180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.146;QD=26.15;ReadPosRankSum=-0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,26:38:99:1022,0,355
6	32796793	.	G	A	840.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.921;ClippingRankSum=-1.443;DP=59;FS=5.303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.563;QD=14.25;ReadPosRankSum=1.551	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:35,24:59:99:869,0,1312
6	32799516	.	G	A	74.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=14.95;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:71:103,0,71
6	32806121	.	T	C	98.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=19.75;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:30:127,0,30
6	32806391	.	C	T	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
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6	32829320	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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6	32862398	.	G	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.69;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:65:75,0,65
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6	32862704	.	G	A	164.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=-2.219;DP=9;FS=6.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.729;QD=18.31;ReadPosRankSum=2.219	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:193,0,150
6	32862711	.	A	G	164.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.95	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,5:5:99:193,0,150
6	32868985	.	A	G	203.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=-1.422;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.573;QD=22.64;ReadPosRankSum=1.422	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:92:232,0,92
6	32869409	.	G	A	67.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=-0.370;DP=12;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.740;QD=5.65;ReadPosRankSum=0.185	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,3:12:96:96,0,342
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6	32869915	.	A	G	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=10.44;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:62:70,0,62
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6	32870783	.	G	A	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=6.75;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:62:62,0,82
6	32870841	.	A	G	170.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=28.46;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:24:199,0,24
6	32871025	.	G	C	119.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.447;ClippingRankSum=0.741;DP=10;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.133;QD=11.98;ReadPosRankSum=-0.741	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:148,0,229
6	32871317	.	A	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,39
6	32917857	.	A	G	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
6	32919677	.	C	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
6	32931536	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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6	32937901	.	T	C	93.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
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6	32948804	.	C	T	2156.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,50:50:99:2185,150,0
6	32949962	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	33032968	.	G	A	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,251
6	33032975	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,251
6	33033022	.	A	G	84.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:112,9,0
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6	33651129	.	C	T	1361.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=1.823;DP=49;FS=15.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.394;QD=27.79;ReadPosRankSum=-1.674	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,39:49:99:1390,0,259
6	33652880	.	G	A	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
6	33653111	.	T	C	96.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:124,9,0
6	33653448	.	C	T	1483.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,36:36:99:1512,108,0
6	33654378	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
6	33654897	.	T	C	34.71	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.35	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,2:2:6:71,0,6
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6	33689520	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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6	33690797	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
6	33714548	.	G	A	190.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:219,15,0
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6	34213296	.	T	C	1389.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,32:32:96:1418,96,0
6	34214322	.	C	G	729.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:758,54,0
6	34237747	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	34253877	.	A	G	212.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=1.067;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=26.60;ReadPosRankSum=-1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:66:241,0,66
6	34255476	.	T	C	337.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=-0.044;DP=18;FS=8.193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.111;QD=18.76;ReadPosRankSum=0.044	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,10:18:99:366,0,291
6	34385517	.	A	T	327.98	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=0.696;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.741;QD=32.80;ReadPosRankSum=-1.044	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,9:10:13:356,0,13
6	34387938	.	T	C	158.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=-0.304;DP=42;FS=1.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.810;QD=3.78;ReadPosRankSum=0.911	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:35,7:42:99:187,0,1383
6	34387975	.	T	C	128.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=-0.671;DP=51;FS=1.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.315;QD=2.52;ReadPosRankSum=0.561	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:44,7:51:99:157,0,1773
6	34388191	.	T	C	143.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=0.027;DP=29;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=4.96;ReadPosRankSum=0.511	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,6:29:99:172,0,863
6	34388199	.	T	C	168.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=-0.895;DP=21;FS=12.155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.817;QD=8.04;ReadPosRankSum=0.350	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,6:21:99:197,0,580
6	34388527	.	T	C	47.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=1.296;DP=33;FS=2.210;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.634;QD=1.45;ReadPosRankSum=-1.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:29,4:33:76:76,0,1140
6	34388540	.	T	C	59.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=-1.907;DP=31;FS=8.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.349;QD=1.93;ReadPosRankSum=0.510	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,5:31:88:88,0,1246
6	34388549	.	T	C	339.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.176;ClippingRankSum=-0.246;DP=21;FS=1.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.951;QD=16.18;ReadPosRankSum=-0.176	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,10:21:99:368,0,455
6	34388594	.	T	C	131.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=26.36;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:25:160,0,25
6	34388619	.	T	C	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.762;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=3.20;ReadPosRankSum=0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:57:57,0,231
6	34388673	.	T	C	23.79	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=-0.898;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=2.38;ReadPosRankSum=-0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:52:52,0,299
6	34388781	.	T	C	90.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=-2.365;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.303;QD=5.67;ReadPosRankSum=2.001	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,4:16:99:119,0,403
6	34388956	.	T	C	309.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=-0.759;DP=44;FS=1.413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.298;QD=7.04;ReadPosRankSum=0.244	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:33,11:44:99:338,0,1449
6	34389010	.	T	C	62.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.105;DP=39;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.483;QD=1.61;ReadPosRankSum=2.205	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:34,5:39:91:91,0,1503
6	34389066	.	T	C	49.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=-0.088;DP=31;FS=2.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.383;QD=1.61;ReadPosRankSum=0.737	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:27,4:31:78:78,0,1139
6	34389089	.	T	C	28.77	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DP=18;FS=6.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.237;QD=1.60;ReadPosRankSum=-1.422	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,3:18:57:57,0,715
6	34389099	.	T	C	67.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.064;ClippingRankSum=0.809;DP=22;FS=2.205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.830;QD=3.08;ReadPosRankSum=-1.234	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,4:22:96:96,0,813
6	34389260	.	T	C	778.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=-0.313;DP=40;FS=6.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.122;QD=19.47;ReadPosRankSum=0.775	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,22:40:99:807,0,660
6	34389502	.	C	G	2092.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=1.050;DP=53;FS=3.093;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.750;QD=30.73;ReadPosRankSum=-1.470	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:2,51:53:71:2121,71,0
6	34390200	.	T	C	22.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=-1.273;DP=27;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.042;QD=0.84;ReadPosRankSum=0.270	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,3:27:51:51,0,1039
6	34390439	.	T	C	174.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.536;DP=20;FS=2.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.536;QD=8.74;ReadPosRankSum=0.371	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,6:20:99:203,0,531
6	34390486	.	T	C	61.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=-1.557;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.156;QD=4.41;ReadPosRankSum=-2.180	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,3:14:90:90,0,445
6	34390503	.	T	C	119.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=-0.421;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=14.97;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:148,0,218
6	34390515	.	T	C	23.79	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=4.76;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:52:52,0,287
6	34390589	.	T	C	651.88	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=-1.203;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.668;QD=35.62;ReadPosRankSum=0.401	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,12:13:16:680,16,0
6	34390596	.	T	C	373.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.927;ClippingRankSum=0.342;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.025;QD=21.99;ReadPosRankSum=-0.830	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,10:17:99:402,0,281
6	34390614	.	T	C	31.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.441;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.441;QD=1.87;ReadPosRankSum=-1.575	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,3:17:60:60,0,771
6	34390666	.	T	C	56.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.749;ClippingRankSum=-0.538;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.807;QD=3.55;ReadPosRankSum=0.269	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,3:16:85:85,0,491
6	34390746	.	T	C	153.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=-1.500;DP=24;FS=1.973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.433;QD=6.41;ReadPosRankSum=0.567	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,6:24:99:182,0,807
6	34393845	.	G	A	262.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=-1.171;DP=34;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.483;QD=7.73;ReadPosRankSum=1.600	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,9:34:99:291,0,928
6	34501529	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	34557246	.	C	T	453.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.369;DP=28;FS=12.541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.152;QD=16.21;ReadPosRankSum=-0.507	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,13:28:99:482,0,555
6	34557374	.	A	G	1292.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,31:31:93:1321,93,0
6	34759881	.	A	G	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=1.296;DP=11;FS=4.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.061;QD=2.62;ReadPosRankSum=1.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:57:57,0,710
6	34759884	.	G	C	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=1.296;DP=11;FS=4.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.061;QD=2.62;ReadPosRankSum=0.825	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:57:57,0,710
6	34759954	.	A	G	62.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=-1.646;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.071;QD=3.30;ReadPosRankSum=1.858	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,4:18:91:91,0,466
6	34760162	.	G	C	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
6	34803947	.	C	T	61.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=-0.604;DP=26;FS=5.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.102;QD=2.38;ReadPosRankSum=0.320	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,4:26:90:90,0,792
6	34824636	.	A	G	122.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=-0.540;DP=38;FS=7.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.060;QD=3.23;ReadPosRankSum=0.460	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:32,6:38:99:151,0,1234
6	34825535	.	T	C	525.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.323;ClippingRankSum=-0.819;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.063;QD=30.93;ReadPosRankSum=0.567	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,14:17:73:554,0,73
6	34825662	.	T	C	118.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=-0.548;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.862;QD=5.40;ReadPosRankSum=-0.157	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,5:22:99:147,0,662
6	34827085	.	A	T	32.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=-0.367;DP=37;FS=9.275;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.003;QD=0.89;ReadPosRankSum=0.269	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:33,4:37:61:61,0,1299
6	34831866	.	G	A	402.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.893;ClippingRankSum=-1.763;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.979;QD=26.85;ReadPosRankSum=1.632	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,11:15:99:431,0,109
6	34949607	.	C	T	364.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:393,27,0
6	34977375	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
6	35050506	.	G	A	311.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:340,24,0
6	35056443	.	A	G	470.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:499,36,0
6	35057331	.	G	A	193.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=-1.186;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.186;QD=17.62;ReadPosRankSum=1.186	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,6:11:99:222,0,177
6	35058117	.	A	G	712.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:741,51,0
6	35259646	.	G	C	91.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:119,9,0
6	35260503	.	C	T	690.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:719,51,0
6	35260530	.	C	T	723.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:752,57,0
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6	39157781	.	A	C	60.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.085;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.085;QD=4.67;ReadPosRankSum=-0.423	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,3:13:89:89,0,392
6	39158301	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=1.495;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,200
6	39158339	.	A	G	14.91	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=1.086;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.888;QD=1.15;ReadPosRankSum=-0.691	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:43:43,0,412
6	39158514	.	A	G	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.003;ClippingRankSum=-0.354;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.589;QD=2.62;ReadPosRankSum=-0.354	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:57:57,0,343
6	39873309	.	G	C	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
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6	39926529	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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6	39926559	.	C	T	25.75	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=12.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:53,6,0
6	41034858	.	T	C	118.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.719;ClippingRankSum=-0.361;DP=36;FS=1.902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.191;QD=3.30;ReadPosRankSum=0.149	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:30,6:36:99:147,0,1172
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6	41514372	.	A	G	13.95	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=-0.099;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=1.07;ReadPosRankSum=-0.099	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:42:42,0,375
6	41533573	.	G	A	231.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.052;ClippingRankSum=-0.560;DP=21;FS=9.223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.037;QD=11.04;ReadPosRankSum=-0.261	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,7:21:99:260,0,1338
6	41533579	.	C	A	231.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=-1.619;DP=26;FS=1.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=8.91;ReadPosRankSum=1.850	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,7:26:99:260,0,1338
6	41568064	.	G	A	151.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=1.021;DP=27;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.729;QD=5.62;ReadPosRankSum=-1.021	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,6:27:99:180,0,800
6	41604959	.	G	T	107.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.868;ClippingRankSum=-1.325;DP=25;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.849;QD=4.31;ReadPosRankSum=1.053	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,5:25:99:136,0,700
6	41617626	.	G	C	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
6	41618053	.	A	G	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
6	41618655	.	G	T	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
6	41619050	.	T	C	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
6	41619689	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:81,0,36
6	41619877	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	41620095	.	G	A	181.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.33	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:210,15,0
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6	42046079	.	G	A	315.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:344,24,0
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6	42053778	.	G	A	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
6	42060827	.	A	G	588.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:617,42,0
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6	42062422	.	T	C	234.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:263,21,0
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6	42065090	.	A	G	126.94	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:13:175,13,0
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6	42065992	.	T	C	23.79	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.000;DP=8;FS=9.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=2.97;ReadPosRankSum=-1.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:52:52,0,232
6	42066236	.	C	T	558.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:587,45,0
6	42067287	.	G	A	493.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:522,39,0
6	42068033	.	T	C	24.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=1.611;DP=12;FS=8.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.182;QD=2.07;ReadPosRankSum=-0.967	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:53:53,0,392
6	42068171	.	G	A	556.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:585,42,0
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6	42068646	.	T	C	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=-1.001;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.573;QD=8.53;ReadPosRankSum=0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:105,0,231
6	42068799	.	T	C	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=-1.067;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=3.97;ReadPosRankSum=1.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:60:60,0,376
6	42068806	.	T	C	162.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.881;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.219;QD=18.09;ReadPosRankSum=1.881	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:191,0,145
6	42068975	.	C	T	694.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:723,51,0
6	42070093	.	T	C	12.99	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.508;ClippingRankSum=-2.143;DP=16;FS=3.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.238;QD=0.81;ReadPosRankSum=1.826	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,2:16:41:41,0,544
6	42070425	.	T	C	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=4.54;ReadPosRankSum=-0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:60:60,0,181
6	42072989	.	G	A	1191.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1220,90,0
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6	42074106	.	A	G	1407.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,33:33:99:1436,99,0
6	42075069	.	A	G	445.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:474,33,0
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6	42094139	.	T	G	93.88	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=18.78;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:16:122,0,16
6	42094243	.	C	T	232.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:261,18,0
6	42110263	.	T	C	518.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:547,39,0
6	42173454	.	C	T	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
6	42195768	.	T	A	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
6	42532102	.	C	T	490.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:519,36,0
6	42600319	.	A	G	406.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:435,30,0
6	42627430	.	C	T	814.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:57:843,57,0
6	42627434	.	G	A	814.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:57:843,57,0
6	42643096	.	A	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
6	42659532	.	T	C	24.76	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=6.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:52,6,0
6	42659533	.	C	T	16.29	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=4.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:53,6,0
6	42659979	.	T	G	261.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:290,21,0
6	42660655	.	G	A	132.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:161,15,0
6	42660822	.	G	C	362.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:391,27,0
6	42713618	.	A	G	1625.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,40:40:99:1654,120,0
6	42751374	.	G	T	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
6	42751775	.	C	T	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:32:39,0,32
6	42751778	.	C	T	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=11.12	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,1:1:32:39,0,32
6	42754029	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
6	42754525	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
6	42756442	.	G	A	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
6	42756472	.	A	G	84.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:112,9,0
6	42756974	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
6	42758850	.	T	C	177.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:206,15,0
6	42797702	.	G	A	29.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=-1.589;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=1.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:58:58,0,237
6	42818738	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
6	42818751	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	42818752	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	42850919	.	G	T	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
6	42855398	.	T	C	866.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:895,63,0
6	42855954	.	A	G	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=0.000;DP=14;FS=7.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.557;QD=3.48;ReadPosRankSum=0.156	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,3:14:77:77,0,795
6	42855962	.	A	G	227.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.485;ClippingRankSum=-0.839;DP=14;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.226;QD=16.27;ReadPosRankSum=-1.356	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,6:14:99:256,0,316
6	42856029	.	A	G	1088.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.095;DP=25;FS=8.888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.368;QD=32.43;ReadPosRankSum=1.368	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,19:25:99:1117,0,159
6	42856055	.	A	G	49.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.630;DP=26;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.556;QD=1.91;ReadPosRankSum=-0.111	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,4:25:78:78,0,1190
6	42856100	.	A	G	221.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=-0.529;DP=16;FS=5.193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.423;QD=13.86;ReadPosRankSum=1.694	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,7:16:99:250,0,323
6	42856110	.	A	G	123.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=20.63;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:71:152,0,71
6	42856176	.	A	G	668.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=1.387;DP=33;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.919;QD=20.27;ReadPosRankSum=-1.243	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,17:33:99:697,0,562
6	42856330	.	A	G	204.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.874;ClippingRankSum=-0.248;DP=31;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=6.61;ReadPosRankSum=0.113	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,8:31:99:233,0,916
6	42856905	.	A	G	118.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.422;ClippingRankSum=-0.340;DP=38;FS=4.039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.981;QD=3.13;ReadPosRankSum=2.062	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:32,6:38:99:147,0,1545
6	42856917	.	A	G	932.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=-0.147;DP=33;FS=1.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.609;QD=28.27;ReadPosRankSum=-0.273	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,25:33:99:961,0,242
6	42857021	.	A	G	22.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.486;ClippingRankSum=-1.114;DP=29;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.297;QD=0.79;ReadPosRankSum=0.223	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,3:28:51:51,0,1942
6	42857023	.	A	G	150.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=-1.092;DP=28;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.155;QD=5.38;ReadPosRankSum=1.280	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,5:27:99:179,0,1357
6	42857026	.	A	G	19.81	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=-0.964;DP=28;FS=2.607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.501;QD=0.71;ReadPosRankSum=0.501	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,3:27:48:48,0,1559
6	42857031	.	A	G	591.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.986;DP=26;FS=3.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.104;QD=22.76;ReadPosRankSum=0.623	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,15:26:99:620,0,391
6	42857136	.	A	G	227.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.249;DP=27;FS=4.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.079;QD=8.44;ReadPosRankSum=-0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,7:27:99:256,0,753
6	42857206	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
6	42897074	.	T	C	264.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:293,21,0
6	42904948	.	G	A	121.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=24.35;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:30:150,0,30
6	42906384	.	G	T	207.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=-0.379;DP=50;FS=5.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.354;QD=4.16;ReadPosRankSum=0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:41,9:50:99:236,0,1586
6	42932200	.	G	T	331.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:360,24,0
6	42932202	.	C	T	331.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:360,24,0
6	42946490	.	C	A	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=10.19;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:69:69,0,71
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6	42992808	.	T	C	1497.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.264;ClippingRankSum=0.515;DP=37;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.234;QD=35.77;ReadPosRankSum=1.171	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,36:37:70:1526,70,0
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6	42995216	.	G	C	1159.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.76	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,8:8:99:1188,0,268
6	42997387	.	A	G	67.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=8.47;ReadPosRankSum=-0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:96:96,0,182
6	42997493	.	A	G	230.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=-0.299;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.663;QD=16.48;ReadPosRankSum=2.840	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,7:14:99:259,0,230
6	42997538	.	A	G	259.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.067;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.179;QD=28.86;ReadPosRankSum=0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:96:288,0,96
6	42997541	.	A	G	112.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=-0.361;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.729;QD=12.53;ReadPosRankSum=-0.876	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:141,0,314
6	42997547	.	A	G	259.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=27.06;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:96:288,0,96
6	42997578	.	A	G	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.33	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
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6	42998304	.	G	C	136.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=27.35;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:33:165,0,33
6	42998961	.	A	G	80.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.537;QD=13.46;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:109,0,110
6	42999832	.	C	G	128.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=25.75;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:157,0,31
6	43000027	.	A	G	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=-0.382;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.708;QD=6.43;ReadPosRankSum=0.715	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:99:99,0,393
6	43000052	.	A	G	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=17.69;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:99:99,0,393
6	43000107	.	A	G	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=7.15;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:64:64,0,246
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6	43008298	.	C	T	337.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=2.051;DP=14;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.061;QD=24.13;ReadPosRankSum=-1.909	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,10:14:99:366,0,134
6	43013662	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
6	43014298	.	T	C	511.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:540,36,0
6	43014299	.	T	C	511.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:540,36,0
6	43019666	.	C	T	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
6	43020188	.	G	A	588.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=-1.115;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.454;QD=28.04;ReadPosRankSum=1.362	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,16:21:99:617,0,149
6	43021519	.	G	A	171.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.678;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.896;QD=15.62;ReadPosRankSum=-1.034	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,7:11:99:200,0,121
6	43022525	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	43044957	.	G	A	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
6	43102107	.	A	G	52.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:25:81,0,25
6	43109751	.	G	A	217.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.071;ClippingRankSum=-1.625;DP=49;FS=3.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.335;QD=4.44;ReadPosRankSum=1.774	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:39,10:49:99:246,0,1491
6	43110003	.	C	T	167.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=-1.200;DP=40;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.558;QD=4.19;ReadPosRankSum=0.592	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:32,8:40:99:196,0,1222
6	43110055	.	T	G	85.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.45;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:23:114,0,23
6	43128852	.	T	C	1285.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=2.028;DP=49;FS=2.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.315;QD=26.24;ReadPosRankSum=-1.746	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,34:49:99:1314,0,467
6	43144618	.	G	A	90.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=18.15;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:67:119,0,67
6	43146387	.	A	G	30.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=-0.898;DP=10;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.898;QD=3.08;ReadPosRankSum=0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:59:59,0,280
6	43148430	.	C	T	1241.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.118;ClippingRankSum=-0.709;DP=41;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.929;QD=30.29;ReadPosRankSum=0.425	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,32:41:99:1270,0,256
6	43148987	.	G	C	1655.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.900;ClippingRankSum=-1.614;DP=49;FS=14.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.671;QD=33.79;ReadPosRankSum=1.557	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,42:49:99:1684,0,148
6	43152573	.	A	G	393.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:422,30,0
6	43154091	.	C	G	608.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:637,45,0
6	43184132	.	A	C	267.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:296,21,0
6	43188940	.	C	T	311.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:340,24,0
6	43189375	.	A	G	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
6	43193877	.	G	A	108.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.088;DP=71;FS=1.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.206;QD=1.53;ReadPosRankSum=-0.756	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:58,8:66:99:137,0,2246
6	43304007	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	43306346	.	A	G	476.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:505,36,0
6	43336771	.	C	T	42.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:70,6,0
6	43398571	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	43418691	.	G	A	25.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=-0.118;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.118;QD=2.34;ReadPosRankSum=-0.354	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:54:54,0,345
6	43494319	.	A	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
6	43583669	.	A	G	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=11.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:64,0,35
6	43583683	.	A	G	46.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
6	43608386	.	C	T	323.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.693;DP=35;FS=1.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.368;QD=9.25;ReadPosRankSum=-0.764	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,11:35:99:352,0,932
6	43639631	.	G	A	1555.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.505;DP=55;FS=4.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.446;QD=28.29;ReadPosRankSum=0.565	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,42:55:99:1584,0,375
6	43739989	.	C	T	141.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:169,12,0
6	43742527	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
6	43742626	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
6	43745577	.	C	T	1506.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,35:35:99:1535,105,0
6	43746169	.	C	T	1225.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1254,90,0
6	43747248	.	C	T	1567.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,38:38:99:1596,114,0
6	43747496	.	G	A	473.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.278;DP=39;FS=2.859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.132;QD=12.15;ReadPosRankSum=-0.161	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,14:39:99:502,0,954
6	43748357	.	G	A	22.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=-0.634;DP=33;FS=2.210;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.020;QD=0.69;ReadPosRankSum=0.469	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:29,4:33:51:51,0,1127
6	43748643	.	T	C	766.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:795,57,0
6	43749163	.	T	C	375.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=-0.967;DP=12;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.752;QD=31.31;ReadPosRankSum=1.826	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,10:12:51:404,0,51
6	43749230	.	C	T	137.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:165,12,0
6	43750551	.	C	G	242.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=-1.309;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.689;QD=20.23;ReadPosRankSum=1.309	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,7:12:99:271,0,184
6	43751037	.	T	C	357.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=-0.254;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.254;QD=27.52;ReadPosRankSum=0.423	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,10:13:85:386,0,85
6	43751359	.	C	T	234.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=-0.731;DP=10;FS=7.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=23.48;ReadPosRankSum=0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,7:10:88:263,0,88
6	43751669	.	G	C	200.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=-1.589;DP=8;FS=9.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=25.10;ReadPosRankSum=1.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:62:229,0,62
6	43753212	.	A	G	2362.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.262;ClippingRankSum=-0.234;DP=72;FS=4.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.219;QD=32.82;ReadPosRankSum=0.174	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,60:72:99:2391,0,304
6	43904780	.	C	T	270.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:299,21,0
6	43904901	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
6	43905037	.	T	C	138.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:166,12,0
6	43905506	.	G	C	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
6	43905816	.	G	C	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:28:79,0,28
6	43963795	.	T	C	214.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=9.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=26.85;ReadPosRankSum=-0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:66:243,0,66
6	43964440	.	A	G	201.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:230,18,0
6	43966826	.	G	A	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=9.15;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:74:74,0,108
6	43979071	.	C	T	85.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:113,9,0
6	44002077	.	C	T	143.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:171,12,0
6	44012721	.	T	C	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=17.75;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:72:117,0,72
6	44057219	.	T	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
6	44062899	.	G	C	36.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:64,6,0
6	44064064	.	A	T	82.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:110,9,0
6	44081718	.	G	A	1640.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.802;DP=55;FS=1.201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.020;QD=29.83;ReadPosRankSum=-0.802	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,42:55:99:1669,0,403
6	44093742	.	C	T	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
6	44101276	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	44101544	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	44104306	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
6	44104881	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
6	44215784	.	A	T	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,217
6	44215785	.	G	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,217
6	44215786	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,217
6	44215960	.	T	C	189.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:218,15,0
6	44217836	.	T	G	15.88	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.877;ClippingRankSum=2.838;DP=36;FS=60.185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.200;QD=0.44;ReadPosRankSum=-2.998	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:29,7:36:44:44,0,1134
6	44218120	.	A	G	178.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.954;ClippingRankSum=-2.455;DP=79;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.246;QD=2.26;ReadPosRankSum=2.809	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:69,10:79:99:207,0,2700
6	44223010	.	G	T	136.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.652;ClippingRankSum=-0.476;DP=28;FS=7.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.316;QD=4.88;ReadPosRankSum=0.308	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,6:28:99:165,0,851
6	44267943	.	C	T	54.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.664;ClippingRankSum=0.370;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.555;QD=4.56;ReadPosRankSum=-0.555	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,3:12:83:83,0,342
6	44268135	.	C	T	149.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.368;ClippingRankSum=0.159;DP=25;FS=7.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.050;QD=5.99;ReadPosRankSum=-0.095	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,6:25:99:178,0,746
6	44268371	.	T	C	119.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.436;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.698;QD=5.99;ReadPosRankSum=-0.436	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,5:20:99:148,0,555
6	44269193	.	C	T	38.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.156;ClippingRankSum=0.452;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.050;QD=1.85;ReadPosRankSum=0.553	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,3:21:67:67,0,682
6	44275011	.	T	C	120.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.143;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.717;QD=10.98;ReadPosRankSum=-0.143	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,5:11:99:149,0,190
6	44276128	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:81,0,36
6	44417136	.	A	G	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,77
6	44417137	.	A	G	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,77
6	45273877	.	C	A	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
6	45419922	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
6	46107312	.	G	A	67.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.546;DP=10;FS=14.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.895;QD=6.78;ReadPosRankSum=0.895	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:96:96,0,257
6	46107752	.	C	G	188.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:217,15,0
6	46109576	.	G	T	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
6	46112372	.	T	C	238.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:267,18,0
6	46112389	.	A	G	280.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:309,21,0
6	46112424	.	T	A	210.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=9.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=26.35;ReadPosRankSum=-1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:64:239,0,64
6	46113552	.	T	G	156.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:185,15,0
6	46127626	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
6	46127807	.	T	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
6	46127836	.	T	A	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
6	46128269	.	A	G	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
6	46128572	.	C	T	191.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=27.40;ReadPosRankSum=-0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:24:220,0,24
6	46128688	.	G	C	238.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:267,18,0
6	46128745	.	C	T	260.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:289,21,0
6	46128794	.	C	T	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=5.40;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:66:66,0,184
6	46129345	.	G	A	272.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:301,21,0
6	46135489	.	T	C	447.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:476,33,0
6	46135984	.	G	T	315.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:344,24,0
6	46563817	.	A	T	43.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:71,6,0
6	46620252	.	C	G	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=14.46;ReadPosRankSum=-0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:115,0,102
6	46623698	.	T	C	343.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:372,27,0
6	46624656	.	A	T	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
6	46624665	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.19;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:69:69,0,72
6	46626353	.	A	G	213.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:242,18,0
6	46644875	.	C	T	44.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:72,6,0
6	46966784	.	G	A	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=-0.280;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=2.25;ReadPosRankSum=0.280	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,3:19:71:71,0,639
6	46967541	.	C	G	122.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.219;ClippingRankSum=-0.876;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=13.64;ReadPosRankSum=0.729	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:151,0,169
6	46970484	.	A	T	68.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.573;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=7.64;ReadPosRankSum=0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:97:97,0,228
6	46975396	.	C	T	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
6	46976812	.	T	C	176.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.457;ClippingRankSum=-0.208;DP=42;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.400;QD=4.21;ReadPosRankSum=-0.721	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:34,8:42:99:205,0,1323
6	46976830	.	C	T	185.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.591;DP=38;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.340;QD=4.89;ReadPosRankSum=0.841	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:30,8:38:99:214,0,1157
6	46977254	.	G	A	190.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.591;ClippingRankSum=-0.059;DP=35;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.216;QD=5.45;ReadPosRankSum=0.216	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:27,8:35:99:219,0,1064
6	46977458	.	T	C	203.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.707;ClippingRankSum=-2.226;DP=42;FS=6.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.529;QD=4.85;ReadPosRankSum=2.290	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:34,8:42:99:232,0,1334
6	46980115	.	G	A	143.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:171,12,0
6	46980358	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
6	46996750	.	G	A	45.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=-2.593;DP=32;FS=5.487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.769;QD=1.43;ReadPosRankSum=-0.598	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,4:32:74:74,0,1137
6	46996818	.	G	A	136.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=-0.303;DP=33;FS=1.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.023;QD=4.14;ReadPosRankSum=-0.350	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:27,6:33:99:165,0,1091
6	47277569	.	G	A	687.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=-0.284;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.777;QD=28.66;ReadPosRankSum=0.355	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,19:24:99:716,0,139
6	47374173	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	47374182	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	47445789	.	A	C	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.919;ClippingRankSum=0.354;DP=14;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.212;QD=6.55;ReadPosRankSum=-0.354	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,4:14:99:120,0,390
6	47445927	.	T	A	520.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:549,39,0
6	47521752	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	47544327	.	G	C	12.05	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=-0.714;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.714;QD=0.75;ReadPosRankSum=-1.667	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,2:16:40:40,0,562
6	47563692	.	C	T	580.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:609,42,0
6	47594002	.	T	C	327.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=-0.231;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.774;QD=25.21;ReadPosRankSum=0.386	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,9:13:99:356,0,131
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6	52551010	.	G	A	165.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=-1.668;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.103;QD=16.58;ReadPosRankSum=1.098	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:194,0,191
6	52617731	.	C	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:60:78,0,60
6	52842781	.	T	C	109.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=21.96;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:25:138,0,25
6	52843131	.	G	T	241.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.369;ClippingRankSum=-2.627;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.660;QD=18.60;ReadPosRankSum=2.627	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,7:13:99:270,0,209
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6	56895591	.	A	G	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
6	56895601	.	T	G	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
6	56895615	.	A	G	138.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=19.82;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:66:167,0,66
6	56895644	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.33	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
6	56895648	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
6	56917538	.	G	A	326.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:355,24,0
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6	57000936	.	A	G	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:73,0,37
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6	63921658	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	63922500	.	A	T	119.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:147,12,0
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6	64292687	.	T	C	113.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.155;ClippingRankSum=0.218;DP=27;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.217;QD=4.21;ReadPosRankSum=0.156	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,5:27:99:142,0,857
6	68272559	.	C	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
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6	71298614	.	A	G	11.12	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.537;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.322;QD=0.93;ReadPosRankSum=0.752	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:39:39,0,922
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6	71298642	.	A	G	302.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.747;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=38.57;ReadPosRankSum=0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:99:331,0,108
6	71298643	.	A	G	302.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.747;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=26.59;ReadPosRankSum=0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:99:331,0,108
6	71298644	.	A	G	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=0.684;DP=8;FS=9.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=10.35;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:111,0,302
6	71298748	.	A	G	74.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=-0.937;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.68;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:103,0,208
6	71298753	.	A	G	74.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=12.46;ReadPosRankSum=-1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:99:103,0,208
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6	71298929	.	A	G	181.81	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=-0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=25.97;ReadPosRankSum=-0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:20:210,0,20
6	71299008	.	A	G	122.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=0.000;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=15.35;ReadPosRankSum=1.368	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:151,0,143
6	71546702	.	C	T	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=-1.588;DP=20;FS=2.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.423;QD=2.04;ReadPosRankSum=0.212	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,3:20:69:69,0,642
6	71570880	.	T	A	277.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:306,21,0
6	71592129	.	G	A	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
6	71975854	.	T	A	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
6	72458915	.	T	C	241.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:270,18,0
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6	74226318	.	T	A	59.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:87,9,0
6	74228006	.	A	G	252.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:281,21,0
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6	74229258	.	G	T	239.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:268,18,0
6	74229405	.	C	A	133.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=26.76;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:24:162,0,24
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6	75808119	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	75808120	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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6	76356861	.	T	C	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
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6	76376552	.	G	A	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.556;ClippingRankSum=1.167;DP=34;FS=4.683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.438;QD=2.61;ReadPosRankSum=-1.216	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:29,5:34:99:117,0,1181
6	76388989	.	T	G	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
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6	80018664	.	A	C	138.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:166,12,0
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6	80228673	.	T	C	356.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:385,27,0
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6	80284216	.	T	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
6	80292289	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
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6	80410876	.	G	A	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=-1.067;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:66:66,0,233
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6	80411511	.	T	G	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=-0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=12.79;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:105,0,116
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6	80743183	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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6	80751942	.	G	A	112.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=1.279;DP=24;FS=2.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.066;QD=4.70;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,5:24:99:141,0,695
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6	82933309	.	C	T	797.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:826,57,0
6	83073446	.	A	G	115.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.365;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.58;ReadPosRankSum=-0.633	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:144,0,226
6	83075914	.	G	A	579.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=-0.328;DP=58;FS=2.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.555;QD=10.00;ReadPosRankSum=0.496	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:40,18:58:99:608,0,1552
6	83149923	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
6	83154451	.	G	A	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
6	83160603	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	83602353	.	A	G	177.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:206,15,0
6	83602583	.	C	T	178.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:207,15,0
6	83743398	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
6	83875744	.	G	A	54.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.227;ClippingRankSum=-0.794;DP=15;FS=11.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.505;QD=3.65;ReadPosRankSum=0.650	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,3:15:83:83,0,479
6	83876990	.	C	T	12.99	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=-1.783;DP=15;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.764;QD=0.87;ReadPosRankSum=-0.425	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,2:15:41:41,0,510
6	83877068	.	C	T	63.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=-0.592;DP=13;FS=18.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.099;QD=4.91;ReadPosRankSum=0.930	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,3:13:92:92,0,393
6	83920884	.	A	G	1517.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,36:36:99:1546,108,0
6	83924402	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
6	83939446	.	G	A	26.75	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:54,6,0
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6	84105138	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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6	91249351	.	C	T	141.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:169,12,0
6	91249584	.	A	G	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
6	91253586	.	A	G	47.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
6	91255370	.	G	A	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
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6	96054935	.	C	A	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
6	96055915	.	G	C	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
6	96056006	.	C	T	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:81,0,35
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6	96987884	.	T	G	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
6	96999725	.	C	T	852.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:881,63,0
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6	97338341	.	T	G	68.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.517;QD=8.60;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:97:97,0,177
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6	99774442	.	C	T	93.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
6	99817601	.	A	G	283.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:312,21,0
6	99819379	.	T	C	273.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:302,21,0
6	99825348	.	T	C	275.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:304,21,0
6	99847260	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	99850730	.	C	T	526.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:555,39,0
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6	105173726	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	105225810	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	105225815	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	105237089	.	C	T	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
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6	106959999	.	C	G	181.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:210,15,0
6	106960447	.	G	A	132.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.250;ClippingRankSum=-0.417;DP=19;FS=2.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.417;QD=6.99;ReadPosRankSum=0.324	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,5:19:99:161,0,491
6	106967185	.	A	C	480.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=-0.346;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.472;QD=20.90;ReadPosRankSum=0.283	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,14:23:99:509,0,319
6	106981222	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
6	106981285	.	C	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
6	106981439	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
6	106981767	.	A	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
6	106983359	.	C	T	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=8.94;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:64:64,0,76
6	106983465	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	106984436	.	G	A	80.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=20.19;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:109,0,34
6	106984467	.	G	C	24.76	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=12.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:52,6,0
6	106985886	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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6	106986323	.	T	C	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=20.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:32:112,0,32
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6	107004512	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	107009119	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	107010166	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	107010934	.	A	T	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
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6	107386793	.	C	T	212.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.054;ClippingRankSum=-2.054;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.422;QD=23.64;ReadPosRankSum=2.054	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:92:241,0,92
6	107388504	.	C	T	391.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:420,30,0
6	107391213	.	C	T	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
6	107474604	.	T	C	155.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.788;ClippingRankSum=0.135;DP=12;FS=5.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.135;QD=12.98;ReadPosRankSum=0.135	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,5:12:99:184,0,245
6	107474994	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=9.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,112
6	108189328	.	C	T	188.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:217,15,0
6	108189477	.	T	G	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
6	108189515	.	G	A	90.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:118,9,0
6	108190246	.	C	T	501.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:530,36,0
6	108191007	.	T	C	140.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:168,12,0
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6	108191382	.	A	G	235.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:264,18,0
6	108208235	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
6	108215361	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
6	108231555	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
6	108232187	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	108232188	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	108270185	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	108279290	.	G	A	693.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:722,51,0
6	108363102	.	C	T	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:75,0,37
6	108363371	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:81:81,0,82
6	108363376	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:81:81,0,82
6	108363889	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=8.75;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,1:5:72:72,0,485
6	108363895	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,485
6	108363897	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,485
6	108372377	.	G	T	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=4.35;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:63:63,0,226
6	108992811	.	A	G	90.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:118,9,0
6	109002042	.	C	T	621.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.455;ClippingRankSum=-1.078;DP=26;FS=1.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.186;QD=23.91;ReadPosRankSum=-0.269	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,17:26:99:650,0,318
6	109003321	.	T	C	432.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=2.276;DP=20;FS=1.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.350;QD=21.64;ReadPosRankSum=-2.353	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,12:20:99:461,0,298
6	109688114	.	A	G	947.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=1.156;DP=39;FS=17.644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.981;QD=24.30;ReadPosRankSum=-1.156	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,25:39:99:976,0,509
6	109688538	.	A	C	683.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.820;ClippingRankSum=-3.259;DP=29;FS=6.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.966;QD=23.58;ReadPosRankSum=3.483	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,18:29:99:712,0,369
6	109688731	.	C	A	1164.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.072;ClippingRankSum=-1.100;DP=42;FS=18.243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.459;QD=27.73;ReadPosRankSum=0.961	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,30:42:99:1193,0,407
6	109689431	.	A	G	1408.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.514;ClippingRankSum=-1.881;DP=54;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.009;QD=26.09;ReadPosRankSum=1.734	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,36:54:99:1437,0,624
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6	109690554	.	G	T	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
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6	109775436	.	T	C	167.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=23.97;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:66:196,0,66
6	109776058	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	109783941	.	A	G	168.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=28.13;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:28:197,0,28
6	109785214	.	C	T	133.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=26.75;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:162,0,31
6	109785946	.	T	C	77.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=-1.517;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=9.72;ReadPosRankSum=1.920	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:106,0,191
6	109786003	.	T	C	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.762;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.179;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:63:63,0,275
6	109786432	.	C	T	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=7;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=12.11;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:113,0,147
6	109786980	.	T	C	80.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=20.20;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:23:109,0,23
6	110146303	.	G	A	296.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=-0.480;DP=10;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.898;QD=29.68;ReadPosRankSum=1.733	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,8:10:57:325,0,57
6	110146588	.	C	T	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:81,0,33
6	110421361	.	C	T	503.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:532,36,0
6	111197466	.	A	G	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
6	111210420	.	C	T	91.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:119,9,0
6	111288941	.	T	C	689.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:718,51,0
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6	111317111	.	T	G	226.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:255,18,0
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6	111696257	.	G	A	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
6	111696852	.	T	C	276.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:305,21,0
6	111718132	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
6	111878765	.	T	C	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
6	111891391	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	111894990	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	111895860	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
6	111895914	.	C	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
6	111897648	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	111898073	.	T	A	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
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6	113972799	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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6	116574455	.	G	A	407.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:436,30,0
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6	117853264	.	C	G	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
6	117861923	.	A	G	724.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.407;ClippingRankSum=-1.195;DP=27;FS=14.835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.239;QD=26.84;ReadPosRankSum=1.301	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,19:27:99:753,0,265
6	117863943	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
6	117865275	.	A	G	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.69;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:70:71,0,70
6	117867335	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
6	117869491	.	G	A	1600.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,41:41:99:1629,122,0
6	117869530	.	G	A	1205.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=-1.253;DP=46;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.561;QD=26.21;ReadPosRankSum=0.155	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,32:46:99:1234,0,467
6	117869850	.	C	T	244.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.805;ClippingRankSum=-0.331;DP=28;FS=6.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.585;QD=8.74;ReadPosRankSum=0.585	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,8:28:99:273,0,802
6	117876956	.	C	A	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
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6	119215402	.	A	C	206.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=-0.211;DP=22;FS=8.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.564;QD=9.40;ReadPosRankSum=0.141	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,7:22:99:235,0,558
6	119229520	.	G	A	326.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.951;ClippingRankSum=1.232;DP=21;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.035;QD=15.56;ReadPosRankSum=-1.373	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,10:21:99:355,0,431
6	119229562	.	C	T	878.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:907,63,0
6	119265260	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	119499566	.	G	C	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.480;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=2.88;ReadPosRankSum=-0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:57:57,0,309
6	119500239	.	G	A	63.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=-0.370;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.294;QD=5.31;ReadPosRankSum=0.185	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,3:12:92:92,0,331
6	119510941	.	C	A	56.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=-0.555;DP=12;FS=6.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=4.73;ReadPosRankSum=0.370	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,3:12:85:85,0,314
6	119533069	.	C	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
6	119558620	.	T	C	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:12:174,12,0
6	119558623	.	T	G	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
6	119558655	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
6	119558663	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
6	119670662	.	A	G	121.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:149,12,0
6	120065608	.	T	C	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
6	120085945	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
6	120198711	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	120309893	.	A	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
6	120381129	.	C	T	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:30:80,0,30
6	120583498	.	G	A	336.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.083;ClippingRankSum=0.077;DP=14;FS=6.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.849;QD=24.05;ReadPosRankSum=-0.077	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,9:13:49:365,0,49
6	120583501	.	T	G	600.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:629,42,0
6	120583509	.	A	G	188.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=-2.074;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.101;QD=14.52;ReadPosRankSum=2.074	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,6:13:99:217,0,224
6	120583521	.	A	T	77.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=15.55;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:65:106,0,65
6	121027677	.	A	T	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
6	122720806	.	G	A	85.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:113,9,0
6	122758898	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	122761206	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
6	122761486	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
6	122763739	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	122763767	.	T	C	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
6	122765026	.	T	C	1060.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1089,75,0
6	122765754	.	T	A	811.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=1.137;DP=27;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.546;QD=30.07;ReadPosRankSum=0.554	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,21:27:99:840,0,174
6	122765777	.	T	C	885.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.700;DP=31;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.009;QD=28.57;ReadPosRankSum=-1.241	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,23:31:99:914,0,248
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6	122765948	.	A	G	1109.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1138,78,0
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6	122772530	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
6	123046832	.	G	A	503.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.974;ClippingRankSum=-1.762;DP=22;FS=4.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.634;QD=22.90;ReadPosRankSum=1.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,15:22:99:532,0,245
6	123046922	.	A	G	147.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=-0.429;DP=15;FS=6.008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.266;QD=9.85;ReadPosRankSum=-0.429	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,5:15:99:176,0,406
6	123047016	.	T	C	155.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=-0.876;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.729;QD=17.31;ReadPosRankSum=0.361	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:184,0,140
6	123109325	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
6	123130436	.	C	T	321.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:350,24,0
6	123933636	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	123933639	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	125284457	.	T	C	856.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:885,63,0
6	125285123	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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6	125344296	.	T	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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6	125583672	.	A	G	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=-0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.684;QD=10.22;ReadPosRankSum=0.684	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:110,0,183
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6	126242004	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	126242005	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	126243591	.	C	G	86.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:114,9,0
6	126244682	.	T	C	187.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:216,15,0
6	126247406	.	T	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
6	126248374	.	T	C	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
6	126248596	.	G	A	325.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:354,24,0
6	126249961	.	G	A	1240.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.232;ClippingRankSum=-1.033;DP=56;FS=1.039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.182;QD=22.16;ReadPosRankSum=0.683	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,33:56:99:1269,0,854
6	126250396	.	T	A	95.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=-0.922;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=9.58;ReadPosRankSum=1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:99:124,0,228
6	126250397	.	T	A	95.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=9;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=10.64;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:99:124,0,228
6	126250398	.	T	A	152.73	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.97	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,9:9:99:234,0,192
6	126252633	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
6	126278230	.	G	C	686.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=-0.971;DP=34;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.734;QD=20.20;ReadPosRankSum=1.110	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,19:34:99:715,0,541
6	126299264	.	A	T	244.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.977;ClippingRankSum=-1.977;DP=12;FS=6.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.135;QD=20.40;ReadPosRankSum=1.977	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,7:12:99:273,0,181
6	126300270	.	G	A	499.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=-2.898;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.673;QD=20.82;ReadPosRankSum=2.723	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,14:24:99:528,0,348
6	126300967	.	A	G	301.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=-0.337;DP=17;FS=2.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.818;QD=17.75;ReadPosRankSum=0.241	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,9:17:99:330,0,300
6	126331988	.	C	T	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:78,0,37
6	126965433	.	A	G	124.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:152,12,0
6	128324241	.	T	C	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
6	128378555	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	128385048	.	G	C	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
6	128385299	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
6	128385341	.	G	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
6	128397007	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
6	128403745	.	A	G	173.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=-0.524;DP=37;FS=13.742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.058;QD=4.70;ReadPosRankSum=0.562	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:30,7:37:99:202,0,1160
6	128496557	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	130031215	.	T	C	216.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:245,18,0
6	131160876	.	G	T	182.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:211,15,0
6	131258363	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
6	131265794	.	A	G	12.77	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=12.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:39,3,0
6	131931605	.	C	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
6	132271952	.	G	C	3328.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,68:68:99:3357,232,0
6	132271959	.	T	G	3328.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,67:67:99:3357,232,0
6	132271980	.	T	G	2560.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,61:61:99:2589,184,0
6	132779878	.	T	C	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.44;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:31:118,0,31
6	132779924	.	A	G	262.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:291,24,0
6	132780167	.	G	A	224.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.068;DP=14;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.780;QD=16.05;ReadPosRankSum=-0.201	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,7:14:99:253,0,247
6	132780404	.	C	G	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=1.754;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.300;QD=10.97;ReadPosRankSum=-1.754	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:105,0,160
6	132780768	.	G	A	621.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:650,45,0
6	132781339	.	C	T	153.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.387;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.143;QD=13.98;ReadPosRankSum=-0.387	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,5:11:99:182,0,222
6	132781472	.	G	T	268.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=1.092;DP=13;FS=5.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.437;QD=20.67;ReadPosRankSum=0.212	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,8:13:99:297,0,175
6	132781520	.	A	G	258.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=-1.208;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.788;QD=16.17;ReadPosRankSum=-0.158	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,8:16:99:287,0,275
6	133008190	.	T	A	90.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:118,9,0
6	133100128	.	C	T	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
6	133135741	.	C	T	284.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.205;ClippingRankSum=-2.281;DP=32;FS=29.588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.086;QD=8.90;ReadPosRankSum=-1.291	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,11:30:99:313,0,702
6	133135886	.	A	G	767.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.720;ClippingRankSum=0.864;DP=56;FS=11.305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.502;QD=13.71;ReadPosRankSum=1.233	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:34,22:56:99:796,0,1291
6	133138010	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.75;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:72:72,0,116
6	133138249	.	T	C	366.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=-1.041;DP=15;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.184;QD=24.45;ReadPosRankSum=1.041	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,10:15:99:395,0,174
6	133593959	.	T	C	97.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.44	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,4:4:99:126,0,2704
6	133593960	.	T	C	97.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.44	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,4:4:99:126,0,2704
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6	133594123	.	A	G	469.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,9:9:99:498,0,3828
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6	134310874	.	A	G	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
6	134311630	.	T	C	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
6	134495980	.	C	A	162.81	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=27.14;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:20:191,0,20
6	134992858	.	A	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
6	134992860	.	C	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
6	134992865	.	G	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
6	135287533	.	A	G	1190.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,28:28:84:1219,84,0
6	135354088	.	T	A	73.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:101,9,0
6	135356216	.	G	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
6	135358567	.	T	G	185.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:214,15,0
6	135591590	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
6	135606755	.	C	G	20.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=-0.752;DP=12;FS=2.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=1.73;ReadPosRankSum=0.967	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:49:49,0,391
6	135622819	.	T	G	123.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=20.63;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:63:152,0,63
6	135623005	.	A	G	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.537;QD=13.63;ReadPosRankSum=-0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:110,0,109
6	135624811	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
6	135627674	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
6	136658140	.	A	T	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
6	136658402	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
6	136663008	.	T	C	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
6	136663682	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	136663948	.	A	C	400.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:429,33,0
6	136666703	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:28:75,0,28
6	136682172	.	G	A	1280.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,33:33:98:1309,98,0
6	136687065	.	C	T	1072.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.473;ClippingRankSum=-0.299;DP=41;FS=5.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.882;QD=26.17;ReadPosRankSum=0.331	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,32:41:99:1101,0,174
6	136689430	.	A	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
6	136882518	.	T	C	83.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:111,9,0
6	137026266	.	T	G	35.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=-1.531;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.531;QD=1.63;ReadPosRankSum=2.392	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,3:22:64:64,0,734
6	137234970	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	137321402	.	G	C	132.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=26.55;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:161,0,31
6	137322195	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	137323213	.	G	A	624.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.458;ClippingRankSum=-0.706;DP=28;FS=6.054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.753;QD=22.31;ReadPosRankSum=0.894	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,17:28:99:653,0,357
6	137325847	.	C	T	579.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:608,42,0
6	137519028	.	C	T	406.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=-0.129;DP=44;FS=1.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.129;QD=9.24;ReadPosRankSum=-0.051	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,13:44:99:435,0,1243
6	137539126	.	T	C	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
6	137540520	.	A	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=-0.761;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.085;QD=3.37;ReadPosRankSum=0.761	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,3:13:72:72,0,315
6	137993232	.	A	G	132.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=26.55;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:28:161,0,28
6	137994980	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
6	138027104	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	138027107	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	138027123	.	C	G	93.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
6	138145552	.	G	T	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
6	138196066	.	T	G	157.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=-0.668;DP=25;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.368;QD=6.31;ReadPosRankSum=0.541	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,6:25:99:186,0,732
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6	143411972	.	T	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
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6	143656958	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
6	143657423	.	C	T	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
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6	143749295	.	G	T	118.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=1.246;DP=11;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.278;QD=10.80;ReadPosRankSum=-1.398	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,4:11:99:147,0,277
6	143798320	.	C	G	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
6	143806276	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
6	143816123	.	A	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
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6	144692247	.	A	C	93.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
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6	145167978	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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6	146007332	.	C	T	191.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:220,15,0
6	146058315	.	A	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
6	146120065	.	G	A	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.294;ClippingRankSum=-0.555;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.294;QD=3.98;ReadPosRankSum=0.185	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,3:12:76:76,0,362
6	146125793	.	A	T	65.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=-0.085;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.423;QD=5.06;ReadPosRankSum=-0.085	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,3:13:94:94,0,372
6	146126419	.	C	T	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=-0.895;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=7.38;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:102,0,236
6	146136125	.	G	T	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
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6	147635413	.	A	G	325.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:354,24,0
6	147670086	.	T	C	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
6	147680359	.	A	G	383.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:412,30,0
6	147729629	.	G	T	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
6	148841011	.	C	T	206.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=1.067;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=25.85;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:56:235,0,56
6	148865257	.	A	G	578.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:607,42,0
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6	148871389	.	A	G	250.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=-1.666;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=27.86;ReadPosRankSum=1.666	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:58:279,0,58
6	149655613	.	G	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
6	149702948	.	A	T	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
6	149731791	.	G	T	931.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.515;DP=34;FS=3.323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.663;QD=27.40;ReadPosRankSum=-0.847	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,23:34:99:960,0,860
6	149731794	.	A	T	931.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.640;ClippingRankSum=-0.018;DP=34;FS=1.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.739;QD=27.40;ReadPosRankSum=0.342	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,22:34:99:960,0,860
6	149816904	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	149816906	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	149825264	.	C	T	89.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:117,9,0
6	149953981	.	C	T	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=-0.047;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.047;QD=4.09;ReadPosRankSum=0.614	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,4:20:99:110,0,645
6	149980453	.	A	C	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=-0.546;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.546;QD=7.38;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:102,0,281
6	149980727	.	A	G	163.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=-0.361;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.729;QD=18.20;ReadPosRankSum=0.729	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:192,0,149
6	149981459	.	A	G	124.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=-0.340;DP=16;FS=2.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.906;QD=7.80;ReadPosRankSum=0.680	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,5:16:99:153,0,398
6	149983216	.	G	A	210.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.635;ClippingRankSum=0.689;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.689;QD=17.56;ReadPosRankSum=-0.689	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,7:12:99:239,0,183
6	150023348	.	C	G	111.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=-0.278;DP=11;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.034;QD=10.16;ReadPosRankSum=0.278	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,4:11:99:140,0,266
6	150045928	.	T	C	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.988;QD=13.79;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:111,0,106
6	150045951	.	T	C	200.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.336;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.103;QD=20.08;ReadPosRankSum=-0.676	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:229,0,189
6	150045957	.	T	C	19.81	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=-0.099;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.099;QD=1.52;ReadPosRankSum=-0.888	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:48:48,0,658
6	150045989	.	T	C	38.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.847;DP=20;FS=2.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.635;QD=1.94;ReadPosRankSum=1.482	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,3:20:67:67,0,1018
6	150045997	.	T	C	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=-0.809;DP=22;FS=5.328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.894;QD=3.81;ReadPosRankSum=0.553	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,4:22:99:112,0,1049
6	150045998	.	T	C	657.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=1.802;DP=22;FS=8.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.783;QD=29.90;ReadPosRankSum=-2.899	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,17:22:99:686,0,145
6	150046020	.	T	C	136.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=-2.182;DP=20;FS=5.379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.087;QD=6.84;ReadPosRankSum=1.833	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,5:20:99:165,0,579
6	150046432	.	T	C	358.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.371;ClippingRankSum=0.457;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.065;QD=23.92;ReadPosRankSum=-0.979	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,11:15:99:387,0,218
6	150046545	.	T	C	168.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=24.11;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:58:197,0,58
6	150046673	.	T	C	209.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=-1.067;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=26.22;ReadPosRankSum=1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:59:238,0,59
6	150046686	.	T	C	114.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.365;DP=10;FS=2.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.133;QD=11.48;ReadPosRankSum=-1.447	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:143,0,240
6	150046734	.	T	C	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=-1.109;DP=12;FS=7.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.555;QD=5.90;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,3:12:99:99,0,695
6	150046736	.	T	C	424.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=-0.107;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.537;QD=31.23;ReadPosRankSum=1.826	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,10:12:46:453,0,46
6	150046741	.	T	C	246.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=-0.143;DP=11;FS=2.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.143;QD=22.43;ReadPosRankSum=-0.717	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,6:11:99:275,0,300
6	150047418	.	T	C	15.88	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.425;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.274;QD=1.06;ReadPosRankSum=-0.425	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,2:15:44:44,0,519
6	150050676	.	C	A	133.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=26.75;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:30:162,0,30
6	150114745	.	G	A	256.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=-1.724;DP=49;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.881;QD=5.24;ReadPosRankSum=1.724	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:39,10:49:99:285,0,1541
6	150132092	.	A	G	187.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.839;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.710;QD=13.41;ReadPosRankSum=-0.710	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,6:14:99:216,0,303
6	150132319	.	A	T	116.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=-0.782;DP=24;FS=2.007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.498;QD=4.87;ReadPosRankSum=0.782	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,5:24:99:145,0,734
6	150140810	.	C	T	69.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.408;DP=25;FS=4.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.037;QD=2.79;ReadPosRankSum=-0.185	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,4:25:98:98,0,814
6	150140906	.	G	T	230.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.861;DP=26;FS=1.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.306;QD=8.88;ReadPosRankSum=-0.472	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,8:26:99:259,0,693
6	150143568	.	T	C	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:69:69,0,158
6	150145738	.	T	C	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=10.19;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:69:69,0,78
6	150145960	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
6	150146621	.	C	G	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.296;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=7.58;ReadPosRankSum=0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:104,0,277
6	150179559	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:72:78,0,72
6	150263186	.	A	C	391.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:420,30,0
6	150382573	.	A	G	313.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:342,24,0
6	150382788	.	G	C	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
6	150383213	.	T	C	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
6	150383307	.	C	G	232.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:261,18,0
6	150383321	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
6	150383897	.	G	A	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=4.47;ReadPosRankSum=-0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:64:64,0,230
6	150390313	.	G	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
6	150464356	.	A	G	322.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.354;DP=11;FS=12.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.768;QD=29.34;ReadPosRankSum=-0.118	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,9:11:53:351,0,53
6	150570776	.	G	A	331.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.431;ClippingRankSum=-0.728;DP=27;FS=3.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.080;QD=12.29;ReadPosRankSum=0.628	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,10:27:99:360,0,627
6	150571265	.	A	C	479.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.281;ClippingRankSum=0.493;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.577;QD=26.65;ReadPosRankSum=-0.690	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,13:18:99:508,0,153
6	150722187	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	150722210	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
6	150977939	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
6	150984172	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	151003840	.	C	T	27.75	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:55,6,0
6	151121915	.	G	A	252.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.050;ClippingRankSum=-0.760;DP=21;FS=6.923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.036;QD=12.04;ReadPosRankSum=1.050	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,8:21:99:281,0,505
6	151129652	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
6	151187349	.	C	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
6	151279661	.	A	G	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
6	151281567	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
6	151294238	.	C	A	66.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:94,9,0
6	151303036	.	A	G	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,1:3:74:74,0,149
6	151303040	.	A	G	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:74:74,0,149
6	151310274	.	G	A	229.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:258,18,0
6	151318696	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
6	151318842	.	A	G	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:77,0,33
6	151324714	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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6	152441239	.	C	T	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
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6	152446057	.	T	C	84.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:112,9,0
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6	152447321	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
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6	153603817	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	154726694	.	C	G	23.79	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=-0.762;DP=9;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=2.64;ReadPosRankSum=0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:52:52,0,280
6	154727408	.	T	C	209.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.910;ClippingRankSum=0.068;DP=14;FS=9.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.299;QD=14.98;ReadPosRankSum=0.201	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,7:14:99:238,0,255
6	154763401	.	G	A	200.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=-0.143;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.717;QD=18.25;ReadPosRankSum=-2.181	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,6:11:99:229,0,191
6	154771277	.	A	G	353.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:382,27,0
6	154831572	.	C	G	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=19.94;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:108,0,34
6	154831643	.	G	C	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:28:116,0,28
6	154898090	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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6	155174082	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	155174083	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	155216072	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
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6	155575431	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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6	157799571	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
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6	158094511	.	T	C	133.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=26.76;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:26:162,0,26
6	158330765	.	G	A	1270.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1299,90,0
6	158360495	.	G	A	91.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:119,9,0
6	158363147	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
6	158363647	.	T	C	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
6	158364714	.	A	G	1024.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.667;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.933;QD=33.63;ReadPosRankSum=-0.533	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,25:26:33:1053,33,0
6	158364760	.	A	G	1641.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,39:39:99:1670,117,0
6	158365035	.	C	T	1017.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1046,75,0
6	158497717	.	T	C	19.81	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=-1.061;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.354;QD=1.80;ReadPosRankSum=0.825	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:48:48,0,354
6	158499302	.	G	T	64.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=-1.109;DP=12;FS=6.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.185;QD=5.40;ReadPosRankSum=-1.849	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,3:12:93:93,0,352
6	158502527	.	C	T	286.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=-1.599;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=23.90;ReadPosRankSum=0.536	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,8:12:99:315,0,134
6	158505088	.	A	G	652.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:681,48,0
6	158507981	.	G	A	68.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;ClippingRankSum=-0.937;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.300;QD=9.82;ReadPosRankSum=0.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:97:97,0,100
6	158509750	.	A	G	513.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:542,39,0
6	158517451	.	A	G	25.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.118;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.354;QD=2.34;ReadPosRankSum=-0.118	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:54:54,0,359
6	158519008	.	T	C	503.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:532,39,0
6	158519189	.	C	G	24.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=-0.322;DP=12;FS=8.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.826;QD=2.07;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:53:53,0,399
6	158532187	.	A	G	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=17.15;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:68:114,0,68
6	158571501	.	G	A	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
6	158615926	.	A	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
6	158733310	.	A	G	188.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:217,15,0
6	158733562	.	C	T	227.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:256,18,0
6	158733717	.	C	T	24.20	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=8.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:62,6,0
6	158733772	.	T	C	416.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:445,30,0
6	158733887	.	T	G	476.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:505,36,0
6	158734275	.	C	T	124.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:152,12,0
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6	158734914	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	158734915	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	158735087	.	C	T	331.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:360,24,0
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6	158930744	.	A	G	224.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:253,18,0
6	158987803	.	A	G	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
6	158989987	.	G	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
6	159031727	.	C	T	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
6	159032554	.	G	A	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,121
6	159032670	.	C	A	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
6	159033317	.	G	C	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:80,0,36
6	159038442	.	C	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
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6	159054534	.	G	A	690.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.208;ClippingRankSum=-1.137;DP=24;FS=2.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.995;QD=28.78;ReadPosRankSum=0.924	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,19:24:99:719,0,148
6	159065758	.	C	G	374.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.739;ClippingRankSum=-2.923;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.462;QD=16.29;ReadPosRankSum=2.677	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,11:23:99:403,0,412
6	159178345	.	C	T	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:77,0,37
6	159187331	.	A	C	41.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=-0.460;DP=51;FS=1.726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.609;QD=0.82;ReadPosRankSum=4.023	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:37,8:45:70:70,0,1255
6	159187347	.	A	T	103.73	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=-1.214;DP=54;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.061;QD=1.92;ReadPosRankSum=0.789	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,15:46:99:579,0,2865
6	159187355	.	A	T	552.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=-1.762;DP=47;FS=1.234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.101;QD=11.76;ReadPosRankSum=3.626	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,16:47:99:581,0,2792
6	159192919	.	G	T	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,110
6	159193604	.	G	A	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:74,0,36
6	159194354	.	G	C	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.19;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:68:73,0,68
6	159197006	.	C	G	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.19;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:73:73,0,78
6	159209453	.	T	C	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=1.537;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=12.63;ReadPosRankSum=-1.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:97:104,0,97
6	159394754	.	C	T	88.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:26:117,0,26
6	159396403	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
6	159398633	.	T	C	193.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=24.22;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:61:222,0,61
6	159398700	.	C	T	320.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.109;ClippingRankSum=0.925;DP=12;FS=6.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.555;QD=26.73;ReadPosRankSum=-1.109	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,9:12:94:349,0,94
6	159398764	.	G	A	247.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=-0.762;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=27.53;ReadPosRankSum=-0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:63:276,0,63
6	159399348	.	A	G	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=18.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:71:120,0,71
6	159407446	.	C	T	161.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=1.221;DP=8;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.221;QD=20.22;ReadPosRankSum=-0.684	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:99:190,0,99
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6	159420574	.	T	C	109.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.421;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=13.72;ReadPosRankSum=-0.421	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:138,0,142
6	160100926	.	T	C	22.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.967;DP=12;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.752;QD=1.90;ReadPosRankSum=-1.182	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:51:51,0,1309
6	160100931	.	T	C	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.185;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.849;QD=5.90;ReadPosRankSum=-1.109	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,3:12:99:99,0,401
6	160100932	.	T	C	22.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=1.086;DP=13;FS=3.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.888;QD=1.75;ReadPosRankSum=0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:51:51,0,1309
6	160101532	.	T	G	509.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:538,39,0
6	160101677	.	G	A	38.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:67:67,0,184
6	160103084	.	C	T	757.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:786,54,0
6	160114311	.	G	C	534.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:563,42,0
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6	160201677	.	G	A	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
6	160201895	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	160206716	.	T	C	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
6	160211039	.	C	T	234.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:263,18,0
6	160211259	.	G	A	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
6	160211339	.	C	A	87.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:115,9,0
6	160211421	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	160211424	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	160211441	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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6	166911033	.	C	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
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6	170068606	.	G	A	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,186
6	170070135	.	A	T	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:79,0,37
6	170070278	.	A	G	128.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=25.75;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:157,0,31
6	170070291	.	G	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:81,0,36
6	170070723	.	A	G	525.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:554,39,0
6	170071218	.	A	C	185.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:214,15,0
6	170094905	.	T	C	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
6	170101841	.	T	C	119.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=1.380;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=19.96;ReadPosRankSum=-1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:69:148,0,69
6	170101996	.	C	G	185.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:214,15,0
6	170102267	.	A	G	429.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:458,33,0
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6	170107702	.	C	T	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:80,0,35
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6	170166290	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	170170649	.	C	T	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=14.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:73,0,37
6	170176647	.	C	T	553.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=-1.667;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.667;QD=34.61;ReadPosRankSum=1.667	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,14:16:99:582,0,101
6	170176648	.	A	G	553.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=-1.826;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.873;QD=34.61;ReadPosRankSum=1.191	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,14:16:99:582,0,101
6	170462727	.	C	T	164.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=27.46;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:25:193,0,25
6	170462892	.	C	T	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
6	170462985	.	C	T	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
6	170463338	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
6	170463374	.	C	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
6	170463757	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
6	170463840	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
6	170463973	.	G	T	277.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:306,21,0
6	170464015	.	A	G	180.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:209,15,0
6	170464126	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
6	170464138	.	A	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
6	170464145	.	C	T	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
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6	170466300	.	A	G	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
6	170466858	.	G	A	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
6	170467163	.	A	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
6	170467451	.	G	A	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
6	170467938	.	C	T	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:116,0,34
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6	170471263	.	G	A	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=7.95;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:68:68,0,102
6	170474874	.	T	C	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
6	170475042	.	A	C	91.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:119,9,0
6	170475212	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
6	170475413	.	T	C	291.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.532;ClippingRankSum=1.061;DP=11;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.118;QD=26.52;ReadPosRankSum=-0.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,9:11:59:320,0,59
6	170475495	.	A	G	294.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:323,24,0
6	170475611	.	G	A	166.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.450;ClippingRankSum=-0.470;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.336;QD=16.68;ReadPosRankSum=0.470	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:195,0,161
6	170591923	.	T	G	123.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=20.63;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:72:152,0,72
6	170592386	.	G	A	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.94;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:69:72,0,69
6	170626943	.	T	C	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=17.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:70:115,0,70
6	170627586	.	G	T	239.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.831;ClippingRankSum=-0.689;DP=12;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.141;QD=19.98;ReadPosRankSum=1.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,7:12:99:268,0,186
6	170627739	.	G	C	30.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=-0.171;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.199;QD=1.40;ReadPosRankSum=0.057	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,2:22:59:59,0,785
6	170627761	.	A	G	309.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.978;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.531;QD=28.16;ReadPosRankSum=-0.566	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,8:11:93:338,0,93
6	170628009	.	T	G	276.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.106;ClippingRankSum=0.978;DP=11;FS=6.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=25.16;ReadPosRankSum=-1.106	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,8:11:99:305,0,103
6	170669893	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
6	170679355	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
6	170687560	.	C	A	138.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:166,12,0
6	170697025	.	A	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
6	170697199	.	G	T	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
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7	147802	.	G	T	137.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:165,12,0
7	148439	.	C	T	114.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:142,12,0
7	149765	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
7	153580	.	C	T	439.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:468,36,0
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7	552046	.	A	G	514.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=-0.858;DP=21;FS=7.605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.112;QD=24.51;ReadPosRankSum=0.709	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,14:21:99:543,0,241
7	588958	.	T	C	240.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.036;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.173;QD=10.94;ReadPosRankSum=0.178	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,9:21:99:269,0,367
7	589066	.	A	G	233.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.178;ClippingRankSum=-0.127;DP=28;FS=3.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.534;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.229	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,8:28:99:262,0,769
7	589354	.	C	T	444.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.619;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.289;QD=22.24;ReadPosRankSum=-0.536	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,14:20:99:473,0,178
7	612099	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
7	616816	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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7	773851	.	C	T	161.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:190,15,0
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7	888885	.	C	A	74.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=14.95;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:99:103,0,141
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7	897496	.	G	A	753.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.630;ClippingRankSum=0.350;DP=37;FS=7.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.229;QD=20.37;ReadPosRankSum=-0.777	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,20:37:99:782,0,1357
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7	912755	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
7	916678	.	T	C	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
7	917226	.	G	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,213
7	917228	.	C	T	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,213
7	917828	.	G	A	96.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:124,9,0
7	918504	.	C	A	87.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:27:116,0,27
7	919933	.	A	G	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:30:76,0,30
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7	920477	.	C	T	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.69;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:74:75,0,74
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7	925949	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
7	930689	.	C	T	731.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.327;ClippingRankSum=0.017;DP=34;FS=3.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.347;QD=21.52;ReadPosRankSum=1.837	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,20:34:99:760,0,440
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7	949115	.	A	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
7	1005436	.	A	G	129.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=21.63;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:69:158,0,69
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7	1006856	.	G	C	161.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.453;ClippingRankSum=0.470;DP=10;FS=10.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.103;QD=16.18;ReadPosRankSum=-0.470	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:190,0,176
7	1007383	.	A	G	156.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.493;ClippingRankSum=-0.811;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.660;QD=12.06;ReadPosRankSum=0.660	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,6:13:99:185,0,249
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7	1199632	.	T	C	641.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.007;ClippingRankSum=0.986;DP=43;FS=2.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.657;QD=14.92;ReadPosRankSum=-0.809	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,19:42:99:670,0,753
7	1199787	.	C	A	540.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.991;ClippingRankSum=-0.830;DP=30;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.830;QD=18.03;ReadPosRankSum=0.332	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,15:30:99:569,0,1539
7	1199790	.	G	C	540.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.768;ClippingRankSum=-1.169;DP=25;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.082;QD=21.63;ReadPosRankSum=0.626	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,12:25:99:569,0,1539
7	1199791	.	G	C	540.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.387;ClippingRankSum=-0.897;DP=25;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.354;QD=21.63;ReadPosRankSum=0.680	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,12:25:99:569,0,1539
7	1199804	.	C	T	394.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.140;ClippingRankSum=-0.760;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.456;QD=19.74;ReadPosRankSum=-0.152	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,11:20:99:423,0,322
7	1201192	.	A	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
7	1201208	.	C	T	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
7	1201345	.	T	C	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=14.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:73,0,33
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7	1202360	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=-1.380;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=6.25;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,153
7	1202386	.	T	C	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=9.15;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:74:74,0,115
7	1202693	.	A	C	127.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=21.29;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:63:156,0,63
7	1202705	.	G	A	72.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=12.13;ReadPosRankSum=-0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:101,0,108
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7	1203631	.	T	G	51.50	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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7	1203889	.	C	G	125.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.017;ClippingRankSum=-1.368;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=15.72;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:154,0,134
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7	1204226	.	A	G	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=-1.300;DP=7;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=12.25;ReadPosRankSum=1.754	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:114,0,327
7	1204354	.	T	A	172.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=28.80;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:26:201,0,26
7	1204368	.	G	A	165.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=-0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=23.68;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:70:194,0,70
7	1204442	.	C	T	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=-0.762;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=3.75;ReadPosRankSum=-0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:62:62,0,276
7	1204504	.	G	A	30.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=3.85;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:59:59,0,225
7	1204599	.	A	C	118.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=16.97;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:147,0,114
7	1204647	.	T	A	120.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=17.25;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:149,0,112
7	1204700	.	C	T	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=1.537;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=14.29;ReadPosRankSum=1.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:94:114,0,94
7	1204894	.	A	G	169.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:198,15,0
7	1204926	.	C	G	182.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:15:211,15,0
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7	1504976	.	C	T	165.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=23.68;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:62:194,0,62
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7	1574564	.	A	G	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=1.495;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=4.82;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:62:62,0,177
7	1574593	.	A	G	74.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.573;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=8.31;ReadPosRankSum=-0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:103,0,436
7	1574598	.	A	G	74.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.386;ClippingRankSum=0.296;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=7.48;ReadPosRankSum=0.546	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:103,0,436
7	1574642	.	A	G	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=4.72;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:66:66,0,228
7	1574645	.	A	G	235.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:264,18,0
7	1574767	.	A	G	65.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=1.422;DP=9;FS=6.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.573;QD=7.31;ReadPosRankSum=-1.422	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:94:94,0,232
7	1574829	.	A	G	27.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.354;DP=11;FS=7.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.118;QD=2.52;ReadPosRankSum=-0.354	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:56:56,0,348
7	1575100	.	A	G	281.85	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.751;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=31.32;ReadPosRankSum=0.751	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,8:9:17:310,0,17
7	1575144	.	C	A	202.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=-1.186;DP=11;FS=7.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.387;QD=18.43;ReadPosRankSum=1.932	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,6:11:99:231,0,170
7	1575706	.	C	T	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=-0.198;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=5.25;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:65:65,0,203
7	1581400	.	C	T	739.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=-1.125;DP=62;FS=3.722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.170;QD=11.93;ReadPosRankSum=0.846	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:40,22:62:99:768,0,1448
7	1581609	.	G	A	584.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.286;ClippingRankSum=-1.493;DP=73;FS=2.155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.432;QD=8.01;ReadPosRankSum=1.505	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:52,21:73:99:613,0,1946
7	1583973	.	G	C	1458.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,34:34:99:1487,102,0
7	1620592	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
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7	2278103	.	C	G	128.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=25.75;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:29:157,0,29
7	2278183	.	C	T	275.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.365;ClippingRankSum=-2.177;DP=14;FS=10.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.365;QD=19.70;ReadPosRankSum=1.109	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,8:14:99:304,0,202
7	2278399	.	A	G	230.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:259,18,0
7	2282612	.	T	C	431.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:460,33,0
7	2289586	.	G	A	588.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=-2.023;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.537;QD=28.04;ReadPosRankSum=1.858	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,16:21:99:617,0,156
7	2289865	.	A	C	41.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:69,6,0
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7	2293509	.	G	A	71.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.894;DP=22;FS=9.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.979;QD=3.26;ReadPosRankSum=-1.234	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,4:22:99:100,0,669
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7	2653792	.	C	A	663.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:692,54,0
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7	2688869	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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7	4823971	.	C	T	408.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.171;ClippingRankSum=0.140;DP=18;FS=2.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.047;QD=22.71;ReadPosRankSum=0.234	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,12:18:99:437,0,205
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7	4825314	.	C	T	308.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=-0.368;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.158;QD=19.30;ReadPosRankSum=1.838	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,8:16:99:337,0,730
7	4825317	.	T	G	308.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.65	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,3:3:99:337,0,730
7	4827330	.	C	T	696.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=-0.460;DP=32;FS=1.427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.077;QD=21.77;ReadPosRankSum=0.230	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,19:32:99:725,0,463
7	4827480	.	T	C	89.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=22.45;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:25:118,0,25
7	5013688	.	A	G	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:77,0,33
7	5036720	.	C	T	106.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.638;ClippingRankSum=0.421;DP=8;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=13.35;ReadPosRankSum=-0.421	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:135,0,148
7	5036758	.	A	C	23.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.849;ClippingRankSum=0.555;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.370;QD=1.98;ReadPosRankSum=0.740	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,3:12:52:52,0,349
7	5037260	.	T	C	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=5.40;ReadPosRankSum=-0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:66:66,0,178
7	5037459	.	C	G	20.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=1.086;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=1.60;ReadPosRankSum=-1.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:49:49,0,430
7	5105552	.	G	T	109.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=-0.365;DP=10;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.568;QD=10.98;ReadPosRankSum=0.365	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:138,0,180
7	5106222	.	T	C	53.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.491;ClippingRankSum=0.000;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.156;QD=3.84;ReadPosRankSum=-0.156	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,3:14:82:82,0,455
7	5106686	.	C	T	145.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=-0.796;DP=15;FS=6.008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.184;QD=9.72;ReadPosRankSum=0.796	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,5:15:99:174,0,380
7	5107713	.	G	A	142.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.271;QD=10.98;ReadPosRankSum=-1.092	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,5:13:99:171,0,307
7	5107777	.	G	A	138.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.417;DP=19;FS=5.180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.602;QD=7.30;ReadPosRankSum=0.324	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,5:19:99:167,0,542
7	5107872	.	A	G	247.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.893;ClippingRankSum=-0.501;DP=20;FS=7.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.582;QD=12.39;ReadPosRankSum=0.501	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,8:20:99:276,0,468
7	5108628	.	G	A	111.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.083;ClippingRankSum=-2.083;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.849;QD=8.60;ReadPosRankSum=1.774	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,4:13:99:140,0,356
7	5108724	.	T	C	65.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-1.106;DP=11;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=5.98;ReadPosRankSum=0.978	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:94:94,0,304
7	5234362	.	G	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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7	5352659	.	G	T	119.22	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:4:146,4,0
7	5352949	.	G	C	840.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:68:869,68,0
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7	5367385	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
7	5371368	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
7	5410706	.	C	T	783.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.077;ClippingRankSum=0.712;DP=36;FS=1.476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.881;QD=21.77;ReadPosRankSum=-0.931	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,25:35:99:812,0,288
7	5427517	.	G	A	748.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.331;DP=35;FS=3.382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.037;QD=21.39;ReadPosRankSum=-0.331	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,23:34:99:777,0,328
7	5427652	.	G	A	252.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=-0.636;DP=29;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.684;QD=8.72;ReadPosRankSum=1.344	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,9:29:99:281,0,735
7	5427720	.	A	G	1089.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1118,81,0
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7	5473441	.	G	A	46.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
7	5475409	.	T	C	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
7	5476684	.	A	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
7	5483042	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
7	5483442	.	G	A	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
7	5515624	.	T	G	262.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:291,21,0
7	5515669	.	C	T	508.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:537,39,0
7	5516079	.	C	A	580.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:609,45,0
7	5516367	.	T	C	25.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=-1.589;DP=8;FS=9.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=3.22;ReadPosRankSum=1.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:54:54,0,233
7	5516630	.	T	C	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.44;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:114,0,33
7	5516928	.	G	A	300.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:329,24,0
7	5517083	.	T	C	12.05	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;ClippingRankSum=0.898;DP=10;FS=2.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.898;QD=1.20;ReadPosRankSum=-0.898	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:40:40,0,322
7	5517151	.	T	C	71.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=1.422;DP=9;FS=6.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.573;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:100,0,235
7	5517176	.	T	C	20.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.691;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.086;QD=1.60;ReadPosRankSum=0.888	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:49:49,0,420
7	5517205	.	T	C	26.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.480;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.898;QD=2.68;ReadPosRankSum=-1.271	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:55:55,0,265
7	5517221	.	T	C	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=19.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:32:108,0,32
7	5517285	.	T	C	186.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:215,15,0
7	5518268	.	T	A	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
7	5518331	.	A	G	440.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:469,33,0
7	5519542	.	A	G	318.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:347,24,0
7	5520850	.	G	A	365.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:394,27,0
7	5521219	.	T	C	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
7	5521468	.	G	A	359.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:388,27,0
7	5530954	.	G	A	126.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=-0.937;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=18.11;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:155,0,106
7	5540769	.	A	C	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
7	5541009	.	C	A	402.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:431,30,0
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7	6844574	.	C	G	1313.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,31:31:93:1342,93,0
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7	7646687	.	A	G	193.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=-1.846;DP=25;FS=1.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.272;QD=7.75;ReadPosRankSum=-0.514	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,7:25:99:222,0,681
7	7647005	.	A	T	147.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=-0.336;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.676;QD=14.78;ReadPosRankSum=0.103	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:176,0,164
7	7648608	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
7	7655026	.	C	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
7	7677809	.	C	T	26.75	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:54,6,0
7	7841338	.	C	G	313.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.511;ClippingRankSum=0.939;DP=19;FS=4.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.122;QD=16.51;ReadPosRankSum=-0.612	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,9:19:99:342,0,363
7	7918051	.	G	C	534.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:563,39,0
7	7918285	.	G	A	146.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=-1.453;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.851;QD=14.68;ReadPosRankSum=1.268	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:175,0,177
7	7918516	.	T	A	155.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=25.96;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:27:184,0,27
7	7918592	.	C	T	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=12.11;ReadPosRankSum=1.754	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:113,0,148
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7	7918642	.	G	A	233.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=1.977;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.135;QD=19.48;ReadPosRankSum=1.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,7:12:99:262,0,402
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7	8126194	.	A	G	317.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:346,24,0
7	8127710	.	G	A	240.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=-0.895;DP=10;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.386;QD=24.08;ReadPosRankSum=0.895	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,7:10:82:269,0,82
7	8154183	.	G	C	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=16.55;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:76:111,0,76
7	8154661	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
7	8156375	.	A	G	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:73,0,35
7	8160668	.	A	G	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:31:80,0,31
7	8165121	.	C	T	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:79,0,33
7	8196988	.	A	T	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
7	8196998	.	G	C	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:12:177,12,0
7	8197858	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
7	8197968	.	C	T	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=24.38;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:77:77,0,120
7	8197977	.	A	G	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.19;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:77:77,0,120
7	8198226	.	A	C	493.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=0.488;DP=33;FS=7.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.018;QD=14.96;ReadPosRankSum=1.428	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,15:33:99:522,0,673
7	8301762	.	C	T	198.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=-2.054;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.203;QD=22.09;ReadPosRankSum=2.054	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:83:227,0,83
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7	11057710	.	T	A	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
7	11058006	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
7	11144371	.	C	G	77.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.550;DP=7;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=11.11;ReadPosRankSum=-0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:106,0,157
7	11581121	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
7	12269417	.	C	G	1184.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,28:28:84:1213,84,0
7	12271997	.	G	A	439.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:468,33,0
7	12272026	.	A	G	315.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.589;ClippingRankSum=0.925;DP=12;FS=2.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.294;QD=26.31;ReadPosRankSum=-1.294	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,9:12:99:344,0,101
7	12272116	.	C	G	680.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:709,48,0
7	12272568	.	A	T	177.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=29.63;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:24:206,0,24
7	12272865	.	T	G	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=19.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:46:105,0,46
7	12272877	.	G	T	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=25.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,1:3:46:105,0,46
7	12273152	.	A	G	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=17.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:75:115,0,75
7	12273413	.	C	T	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
7	12273496	.	G	A	237.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:266,18,0
7	12274220	.	A	G	153.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.387;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.466;QD=13.98;ReadPosRankSum=-0.143	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,5:11:99:182,0,218
7	12275508	.	T	C	432.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:461,33,0
7	12275675	.	A	C	406.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:435,30,0
7	12275818	.	A	G	535.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:564,39,0
7	12276011	.	G	A	274.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:303,21,0
7	12276034	.	T	A	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=17.75;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:73:117,0,73
7	12276045	.	G	C	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
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7	12370657	.	A	G	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=-0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=13.79;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:111,0,111
7	12370794	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
7	12376792	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
7	12392897	.	T	C	93.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
7	12392986	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
7	12395813	.	T	C	166.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.684;QD=20.85;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:99:195,0,103
7	12400837	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
7	12409522	.	A	G	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
7	12409535	.	A	G	93.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
7	12410112	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
7	12414725	.	G	A	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
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7	12601096	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
7	12687998	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
7	12727826	.	G	C	319.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:348,24,0
7	12728489	.	A	G	120.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.365;DP=10;FS=2.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.133;QD=12.08;ReadPosRankSum=-0.365	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:149,0,240
7	12728977	.	G	A	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:73,0,37
7	13978809	.	T	C	171.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=24.54;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:70:200,0,70
7	16640197	.	T	C	24.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=0.107;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.967;QD=2.07;ReadPosRankSum=-0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:53:53,0,394
7	16640300	.	A	G	134.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=-0.729;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.729;QD=14.97;ReadPosRankSum=-1.881	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:163,0,141
7	16640358	.	T	C	235.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=0.101;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.660;QD=18.14;ReadPosRankSum=0.101	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,7:13:99:264,0,224
7	16655387	.	C	T	71.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=0.382;DP=11;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=6.52;ReadPosRankSum=1.106	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:99:100,0,295
7	16656546	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
7	16685870	.	C	T	710.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=-0.117;DP=38;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.117;QD=18.70;ReadPosRankSum=0.206	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,21:38:99:739,0,611
7	16723930	.	A	C	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
7	16793504	.	A	G	643.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=-0.617;DP=42;FS=1.317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.441;QD=15.33;ReadPosRankSum=-0.290	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,20:42:99:672,0,797
7	16816000	.	T	C	562.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=1.341;DP=34;FS=2.038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.180;QD=16.55;ReadPosRankSum=0.901	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,18:31:99:591,0,479
7	16823095	.	G	A	2215.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,53:53:99:2244,159,0
7	16823978	.	T	G	1493.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,35:35:99:1522,105,0
7	16834597	.	A	G	2387.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,55:55:99:2416,166,0
7	16844663	.	T	C	186.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:215,15,0
7	16844681	.	T	C	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.988;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.537;QD=14.13;ReadPosRankSum=-0.988	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:113,0,116
7	17338430	.	A	G	932.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:961,69,0
7	17368085	.	G	A	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
7	17384354	.	A	G	126.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=21.13;ReadPosRankSum=-1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:73:155,0,73
7	17384474	.	A	G	39.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=-1.055;DP=21;FS=6.410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.050;QD=1.89;ReadPosRankSum=-0.854	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,3:21:68:68,0,736
7	17384514	.	A	G	282.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.817;DP=13;FS=2.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.212;QD=21.75;ReadPosRankSum=1.256	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,8:13:99:311,0,182
7	17384515	.	A	G	148.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=0.533;DP=13;FS=5.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.212;QD=11.44;ReadPosRankSum=-1.381	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,5:13:99:177,0,313
7	17384527	.	A	G	158.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.717;DP=11;FS=6.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.387;QD=14.43;ReadPosRankSum=-1.031	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,5:11:99:187,0,227
7	17384650	.	A	G	19.81	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.891;DP=28;FS=6.300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.149;QD=0.71;ReadPosRankSum=0.594	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,3:28:48:48,0,964
7	17384685	.	A	G	150.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=-0.142;DP=40;FS=4.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.498;QD=3.77;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:33,7:40:99:179,0,1257
7	17384686	.	A	G	451.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.553;DP=40;FS=1.333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.354;QD=11.29;ReadPosRankSum=0.695	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,14:40:99:480,0,997
7	17384730	.	A	G	432.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.910;ClippingRankSum=-1.152;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.273;QD=27.05;ReadPosRankSum=-0.910	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,12:16:99:461,0,128
7	17384740	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.555;DP=12;FS=2.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.370;QD=4.40;ReadPosRankSum=0.185	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,3:12:81:81,0,490
7	17384832	.	A	G	286.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=-2.285;DP=14;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=20.48;ReadPosRankSum=-0.193	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,8:14:99:315,0,212
7	17384841	.	A	G	11.12	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=-1.985;DP=16;FS=3.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.238;QD=0.69;ReadPosRankSum=0.873	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,2:16:39:39,0,791
7	17384845	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.957;ClippingRankSum=-1.062;DP=19;FS=6.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.509;QD=2.62;ReadPosRankSum=1.174	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,3:19:78:78,0,629
7	17384880	.	A	G	284.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.017;ClippingRankSum=0.725;DP=33;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.999;QD=8.63;ReadPosRankSum=0.020	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,10:33:99:313,0,1299
7	17384882	.	A	G	521.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=-1.320;DP=33;FS=1.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.633;QD=15.81;ReadPosRankSum=0.163	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,15:33:99:550,0,668
7	17384887	.	A	G	964.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=1.561;DP=35;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.078;QD=27.56;ReadPosRankSum=-1.132	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,25:34:99:993,0,290
7	17825991	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
7	17831806	.	C	T	233.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:262,18,0
7	17834689	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
7	17854532	.	G	T	1148.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,28:28:84:1177,84,0
7	17867595	.	A	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
7	17873165	.	C	T	222.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:251,18,0
7	17879484	.	T	C	306.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=-0.888;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.320;QD=14.61;ReadPosRankSum=0.391	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,9:21:99:335,0,460
7	18656741	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
7	18701690	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
7	19735766	.	C	A	461.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.238;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.238;QD=23.09;ReadPosRankSum=-0.713	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,13:20:99:490,0,244
7	19736280	.	T	C	132.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=26.55;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:29:161,0,29
7	19737742	.	T	G	230.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=-0.067;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=25.64;ReadPosRankSum=0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:53:259,0,53
7	19739947	.	C	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
7	19740900	.	G	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
7	19744417	.	T	C	229.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=-0.545;DP=14;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.910;QD=16.41;ReadPosRankSum=1.670	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,7:14:99:258,0,233
7	20175500	.	A	G	230.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=-0.762;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.179;QD=25.64;ReadPosRankSum=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:63:259,0,63
7	20177519	.	T	C	23.79	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;ClippingRankSum=-0.898;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.480;QD=2.38;ReadPosRankSum=0.898	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:52:52,0,319
7	20177525	.	T	C	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=22.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:118,0,34
7	20177603	.	T	C	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=-0.311;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.311;QD=2.63;ReadPosRankSum=-0.467	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,3:14:65:65,0,762
7	20177619	.	T	C	156.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=-0.665;DP=23;FS=8.828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.575;QD=6.82;ReadPosRankSum=0.385	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,6:23:99:185,0,827
7	20177664	.	T	C	19.81	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.322;DP=12;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.396;QD=1.65;ReadPosRankSum=-0.107	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:48:48,0,806
7	20177668	.	T	C	19.81	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=-0.322;DP=12;FS=4.973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=1.65;ReadPosRankSum=0.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:48:48,0,806
7	20178175	.	C	T	183.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=-1.356;DP=14;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.517;QD=13.13;ReadPosRankSum=1.226	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,6:14:99:212,0,286
7	20178562	.	T	C	212.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=-0.475;DP=20;FS=18.340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.158;QD=10.64;ReadPosRankSum=0.238	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,7:20:99:241,0,486
7	20180717	.	C	G	408.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=-1.244;DP=27;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.122;QD=15.14;ReadPosRankSum=1.293	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,12:27:99:437,0,563
7	20195560	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
7	20206186	.	G	A	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=12.19;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:77,0,34
7	20207357	.	T	C	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:79,0,37
7	20213664	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
7	20216065	.	T	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
7	20216678	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
7	20217104	.	A	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
7	20218044	.	T	G	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:76,0,37
7	20218520	.	G	A	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=14.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:71,0,33
7	20219342	.	A	T	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=14.75;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:76:102,0,76
7	20222140	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
7	20222253	.	C	T	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:75,0,37
7	20225480	.	G	A	38.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=9.69;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:67:67,0,78
7	20225747	.	T	C	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
7	20228202	.	C	T	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=14.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:71,0,33
7	20248514	.	T	A	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:75,0,35
7	20252547	.	T	G	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
7	20371395	.	T	C	214.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:243,18,0
7	20388432	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
7	20451427	.	G	A	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
7	20451833	.	C	A	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
7	20452728	.	G	A	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
7	20453788	.	T	C	318.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:347,24,0
7	20453875	.	C	T	281.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:310,21,0
7	21641218	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
7	21940960	.	A	G	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=0.396;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.962;QD=5.40;ReadPosRankSum=-0.510	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,4:17:99:120,0,500
7	21941061	.	C	G	425.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=-0.274;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.822;QD=30.41;ReadPosRankSum=0.091	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,12:14:46:454,0,46
7	21941439	.	A	G	21.80	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.271;ClippingRankSum=0.000;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.480;QD=2.18;ReadPosRankSum=-0.898	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:50:50,0,321
7	21941669	.	A	C	131.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=1.739;DP=17;FS=2.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.053;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.369	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,5:17:99:160,0,468
7	21956405	.	G	A	553.18	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.434;QD=34.57;ReadPosRankSum=1.519	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,15:16:10:581,10,0
7	22158977	.	T	C	117.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.361;DP=9;FS=13.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=13.09;ReadPosRankSum=-0.729	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:146,0,193
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7	22163039	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
7	22164858	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
7	22197707	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
7	22202117	.	G	A	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
7	22551681	.	G	A	52.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.60;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:22:81,0,22
7	22551683	.	T	C	52.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.40	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,2:2:22:81,0,22
7	22852643	.	T	A	223.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.225;ClippingRankSum=-0.718;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.465;QD=11.78;ReadPosRankSum=0.803	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,7:19:99:252,0,458
7	22854760	.	T	C	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
7	22861550	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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7	23564625	.	A	G	86.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:27:115,0,27
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7	26793350	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
7	27135314	.	C	T	180.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:209,15,0
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7	27236958	.	C	T	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
7	27281157	.	T	C	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
7	27336745	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
7	27336812	.	G	A	170.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:199,15,0
7	27337046	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
7	27565161	.	A	G	449.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:478,33,0
7	27565206	.	A	T	792.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:821,60,0
7	27571093	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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7	28996220	.	G	A	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,200
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7	29549919	.	G	C	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
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7	30604981	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:71:78,0,71
7	30608903	.	A	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
7	30612447	.	T	C	136.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:164,12,0
7	30614508	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
7	30616247	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
7	30617474	.	T	C	398.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:427,30,0
7	30617532	.	T	C	693.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:722,51,0
7	30617800	.	T	G	85.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.45;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:22:114,0,22
7	30625161	.	A	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
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7	30627518	.	G	T	135.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=27.15;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:30:164,0,30
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7	30667433	.	A	G	191.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:220,15,0
7	31855578	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
7	32526066	.	G	A	93.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:30:122,0,30
7	32526181	.	C	T	147.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.831;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.380;QD=12.31;ReadPosRankSum=-1.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,5:12:99:176,0,254
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7	32530198	.	A	T	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=7.29;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,325
7	32530199	.	A	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=7.29;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,325
7	32531796	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
7	32535202	.	C	G	306.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=-0.088;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.971;QD=17.04;ReadPosRankSum=0.353	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,9:18:99:335,0,296
7	32560253	.	G	T	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
7	32586790	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
7	32598630	.	T	A	400.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=-1.293;DP=27;FS=1.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.415;QD=14.84;ReadPosRankSum=-0.512	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,12:27:99:429,0,590
7	32598656	.	C	T	711.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.359;ClippingRankSum=-0.629;DP=31;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.507;QD=22.96;ReadPosRankSum=2.656	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,19:31:99:740,0,437
7	32613020	.	A	G	360.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.289;ClippingRankSum=1.163;DP=46;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.463;QD=7.84;ReadPosRankSum=0.238	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:34,12:46:99:389,0,1191
7	32615553	.	C	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
7	32618737	.	C	T	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
7	32619577	.	T	C	80.70	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:118,9,0
7	32623477	.	C	G	1074.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.436;ClippingRankSum=-1.164;DP=44;FS=2.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.966;QD=24.43;ReadPosRankSum=0.569	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,29:44:99:1103,0,497
7	32623796	.	C	T	475.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:504,36,0
7	32624811	.	C	T	414.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.606;DP=24;FS=3.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.433;QD=17.28;ReadPosRankSum=-0.548	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,12:24:99:443,0,441
7	32624954	.	T	C	926.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:955,66,0
7	32625099	.	C	T	496.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.115;ClippingRankSum=0.574;DP=28;FS=13.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.391;QD=17.74;ReadPosRankSum=-0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,14:28:99:525,0,522
7	32625431	.	G	A	1005.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1034,72,0
7	32625526	.	T	G	884.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.883;ClippingRankSum=-1.716;DP=30;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.147;QD=29.49;ReadPosRankSum=1.618	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,23:30:99:913,0,211
7	32625825	.	G	A	132.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.281;ClippingRankSum=-0.493;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.577;QD=7.38;ReadPosRankSum=1.084	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,5:18:99:161,0,491
7	32625917	.	A	G	242.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.840;ClippingRankSum=0.201;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.068;QD=17.34;ReadPosRankSum=-0.201	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,7:14:99:271,0,234
7	32626006	.	A	G	1052.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1081,75,0
7	32626084	.	C	A	188.73	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.831;ClippingRankSum=-0.689;DP=26;FS=5.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.380;QD=7.26;ReadPosRankSum=1.461	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,12:22:99:446,0,608
7	32626662	.	G	A	485.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.260;ClippingRankSum=-0.489;DP=26;FS=8.852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.180;QD=18.68;ReadPosRankSum=0.386	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,14:26:99:514,0,418
7	32626781	.	C	T	364.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.434;ClippingRankSum=-0.747;DP=35;FS=1.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.295;QD=10.42;ReadPosRankSum=0.678	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,12:35:99:393,0,892
7	32767779	.	C	T	62.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=15.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:91,0,33
7	32767795	.	G	A	135.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=19.40;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:58:164,0,58
7	32768371	.	C	T	67.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=22.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:28:96,0,28
7	32768379	.	T	C	27.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=9.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:56:56,0,71
7	32768476	.	T	C	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.15;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:74:74,0,99
7	32768526	.	G	A	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.75;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:72:72,0,107
7	32792933	.	C	T	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=7.94;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:60:60,0,155
7	32792934	.	G	A	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.44;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:70:70,0,139
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7	33075573	.	A	G	905.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=-1.501;DP=32;FS=3.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.196;QD=28.31;ReadPosRankSum=-0.152	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,24:32:99:934,0,253
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7	34968744	.	G	A	193.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:222,18,0
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7	35677521	.	G	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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7	35907941	.	G	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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7	44046763	.	C	G	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:76,0,37
7	44084292	.	C	G	87.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=21.95;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:22:116,0,22
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7	44099664	.	T	C	517.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=-0.573;DP=31;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.099;QD=16.70;ReadPosRankSum=0.850	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,15:31:99:546,0,589
7	44103255	.	G	C	64.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.382;DP=11;FS=6.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.531;QD=5.89;ReadPosRankSum=0.566	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:93:93,0,301
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7	44837322	.	C	A	317.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.555;DP=12;FS=2.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.555;QD=26.48;ReadPosRankSum=-0.555	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,9:12:94:346,0,94
7	44837916	.	G	A	90.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:118,9,0
7	44839616	.	C	T	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=5.79;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:63:63,0,148
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7	44868102	.	A	G	159.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=-0.825;DP=11;FS=18.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.932;QD=14.52;ReadPosRankSum=1.749	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,5:11:99:188,0,218
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7	44868447	.	T	C	586.18	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=1.085;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.868;QD=29.82;ReadPosRankSum=1.519	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,15:16:10:614,10,0
7	44868971	.	G	A	409.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=-1.528;DP=17;FS=5.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.053;QD=24.10;ReadPosRankSum=1.739	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,12:17:99:438,0,160
7	44869276	.	A	G	745.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:774,54,0
7	44869537	.	C	T	65.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=2.054;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.683;QD=7.31;ReadPosRankSum=-2.054	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:94:94,0,234
7	44870813	.	G	A	129.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=21.63;ReadPosRankSum=-1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:69:158,0,69
7	44871882	.	T	C	11.12	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.224;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.118;QD=0.65;ReadPosRankSum=0.522	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,2:17:39:39,0,509
7	44871948	.	G	A	452.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=-0.546;DP=16;FS=2.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.546;QD=28.30;ReadPosRankSum=0.546	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,12:16:99:481,0,126
7	44872266	.	C	G	80.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=20.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:26:109,0,26
7	44872676	.	A	G	242.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.580;ClippingRankSum=0.296;DP=10;FS=7.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.386;QD=24.28;ReadPosRankSum=0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,7:10:69:271,0,69
7	44872689	.	T	C	29.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=4.96;ReadPosRankSum=-1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:58:58,0,237
7	44872827	.	T	C	179.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=1.709;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.059;QD=11.98;ReadPosRankSum=-0.295	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,6:15:99:208,0,338
7	44872899	.	T	C	133.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=26.75;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:162,0,31
7	44872900	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:72:72,0,162
7	44873052	.	T	C	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
7	44873177	.	T	C	65.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=-0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=8.22;ReadPosRankSum=1.221	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:94:94,0,188
7	44873222	.	T	C	105.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=-0.849;DP=13;FS=5.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.077;QD=8.14;ReadPosRankSum=-0.386	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,4:13:99:134,0,352
7	44873374	.	C	T	149.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=-0.271;DP=13;FS=2.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.696;QD=11.52;ReadPosRankSum=-0.212	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,5:13:99:178,0,299
7	44873444	.	C	G	366.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.107;DP=12;FS=8.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.967;QD=30.56;ReadPosRankSum=1.396	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,10:12:45:395,0,45
7	44873800	.	T	C	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.573;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.573;QD=8.86;ReadPosRankSum=-0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:108,0,238
7	44918206	.	C	T	194.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DP=10;FS=23.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.133;QD=19.48;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,6:10:99:223,0,138
7	44919014	.	C	T	25.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=1.589;DP=8;FS=14.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.589;QD=3.22;ReadPosRankSum=-0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:54:54,0,302
7	44919021	.	C	T	25.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=1.380;DP=6;FS=11.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=4.30;ReadPosRankSum=-1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:54:54,0,302
7	44919200	.	G	A	368.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.951;ClippingRankSum=1.655;DP=21;FS=7.025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.317;QD=17.56;ReadPosRankSum=-1.725	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,11:21:99:397,0,378
7	44920639	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.355;DP=18;FS=2.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.659;QD=2.76;ReadPosRankSum=1.185	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,3:18:78:78,0,599
7	44920707	.	T	A	348.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.643;DP=20;FS=1.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.643;QD=17.44;ReadPosRankSum=1.096	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,10:20:99:377,0,377
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7	44924627	.	A	C	282.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.119;ClippingRankSum=0.795;DP=18;FS=1.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.060;QD=15.71;ReadPosRankSum=-0.795	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,9:18:99:311,0,331
7	45023100	.	T	C	176.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=-1.743;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.710;QD=12.63;ReadPosRankSum=1.356	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,6:14:99:205,0,282
7	45023195	.	C	A	239.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.762;DP=9;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.067;QD=26.64;ReadPosRankSum=-0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:64:268,0,64
7	45023302	.	T	C	504.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:533,36,0
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7	45024876	.	A	G	186.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:215,18,0
7	45025720	.	G	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
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7	45138700	.	T	C	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
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7	47403567	.	A	G	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
7	47408029	.	A	G	854.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.528;DP=23;FS=3.203;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.583;QD=25.98;ReadPosRankSum=-0.678	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,22:23:27:883,27,0
7	47408974	.	T	A	1040.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1069,75,0
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7	47510204	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
7	47510217	.	G	A	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:73,0,37
7	47510229	.	A	G	57.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=14.44;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:31:86,0,31
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7	55258033	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
7	55268916	.	C	T	860.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=1.213;DP=42;FS=4.566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.011;QD=20.49;ReadPosRankSum=-0.986	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,23:42:99:889,0,708
7	55274084	.	T	C	215.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=-0.756;DP=29;FS=3.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.024;QD=7.44;ReadPosRankSum=0.561	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,8:29:99:244,0,805
7	55275482	.	G	A	497.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.412;ClippingRankSum=-0.385;DP=36;FS=5.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.893;QD=13.83;ReadPosRankSum=0.225	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,15:36:99:526,0,794
7	55276010	.	A	G	1409.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,33:33:99:1438,99,0
7	55276094	.	A	G	753.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.927;ClippingRankSum=-0.507;DP=34;FS=5.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=22.17;ReadPosRankSum=-1.872	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,20:34:99:782,0,504
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7	55540707	.	G	A	202.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.717;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.186;QD=18.43;ReadPosRankSum=-0.143	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,6:11:99:231,0,190
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7	55811444	.	A	C	217.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=1.589;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=27.22;ReadPosRankSum=-1.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:99:246,0,158
7	55841188	.	C	T	766.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.561;ClippingRankSum=-0.520;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.561;QD=33.08;ReadPosRankSum=0.173	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,19:20:25:795,25,0
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7	56023164	.	T	A	116.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.421;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=14.60;ReadPosRankSum=-0.421	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:145,0,138
7	56023486	.	T	C	74.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=-0.684;DP=8;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.956;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:103,0,178
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7	56143081	.	A	G	113.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=-0.922;DP=8;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=14.22;ReadPosRankSum=0.421	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:142,0,153
7	56143470	.	A	G	30.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=-0.762;DP=9;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=3.42;ReadPosRankSum=0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:59:59,0,253
7	56143695	.	A	G	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=9.94;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:68:68,0,74
7	56146707	.	A	G	118.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.741;DP=10;FS=2.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.133;QD=11.88;ReadPosRankSum=-0.365	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:147,0,222
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7	56169419	.	C	T	292.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.279;ClippingRankSum=1.230;DP=64;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.559;QD=4.57;ReadPosRankSum=-1.195	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:52,12:64:99:321,0,2100
7	56174140	.	G	T	112.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=-0.129;DP=41;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.203;QD=2.75;ReadPosRankSum=0.018	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:35,6:41:99:141,0,1390
7	56183733	.	A	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
7	56183734	.	T	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
7	56183736	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
7	56183737	.	T	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
7	56183741	.	A	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
7	56771082	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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7	63894598	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
7	63976580	.	T	C	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:79,0,35
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7	64023437	.	A	G	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:28:80,0,28
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7	64438403	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
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7	64439613	.	T	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:28:81,0,28
7	64450711	.	A	T	43.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:71,6,0
7	64451656	.	G	A	127.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=25.55;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:30:156,0,30
7	64451963	.	T	C	134.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:162,12,0
7	64452830	.	C	T	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.19;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:65:77,0,65
7	64453615	.	T	C	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
7	64454557	.	A	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
7	64461068	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
7	64529798	.	A	T	40.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=13.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:27:69,0,27
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7	64865881	.	G	C	128.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=-0.937;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=18.40;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:157,0,99
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7	65565028	.	G	A	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
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7	65618591	.	A	G	14.91	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.752;ClippingRankSum=0.179;DP=29;FS=2.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.609;QD=0.51;ReadPosRankSum=0.251	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,3:29:43:43,0,1048
7	65618674	.	G	A	1638.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,40:40:99:1667,120,0
7	65618980	.	A	G	30.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=0.654;DP=40;FS=4.491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.195;QD=0.77;ReadPosRankSum=0.473	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:36,4:40:59:59,0,1346
7	65619104	.	G	A	1297.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,31:31:93:1326,93,0
7	65619205	.	T	C	751.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=-1.156;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.193;QD=29.26;ReadPosRankSum=-0.964	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,17:18:15:780,15,0
7	65619242	.	A	G	383.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=-0.465;DP=25;FS=3.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.232;QD=15.35;ReadPosRankSum=2.108	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,11:25:99:412,0,613
7	65619243	.	A	G	243.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.583;DP=26;FS=6.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.250;QD=9.38;ReadPosRankSum=1.694	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,8:26:99:272,0,1289
7	65619292	.	A	G	584.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=-0.285;DP=29;FS=5.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.250;QD=20.16;ReadPosRankSum=0.241	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,16:29:99:613,0,467
7	65619347	.	A	G	169.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.051;ClippingRankSum=0.895;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.428;QD=8.08;ReadPosRankSum=-0.817	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,6:21:99:198,0,680
7	65619366	.	A	G	353.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=1.281;DP=29;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.202;QD=12.20;ReadPosRankSum=-0.787	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,11:29:99:382,0,783
7	65620624	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:78,0,33
7	65621004	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
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7	65623129	.	A	G	218.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:247,18,0
7	65623506	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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7	65625751	.	C	G	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
7	65859546	.	A	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
7	65957117	.	T	C	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
7	65996397	.	C	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
7	66018941	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
7	66019190	.	G	A	517.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:546,39,0
7	66019649	.	T	C	371.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=-0.354;DP=14;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.071;QD=26.55;ReadPosRankSum=0.212	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,10:14:99:400,0,133
7	66038472	.	G	A	278.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:307,21,0
7	66105163	.	C	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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7	66106875	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
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7	66128132	.	C	A	82.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=20.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:26:111,0,26
7	66131996	.	A	C	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
7	66132512	.	T	C	309.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:338,24,0
7	66135457	.	G	A	52.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:27:81,0,27
7	66135576	.	A	G	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.19;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:75:77,0,75
7	66146518	.	T	C	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=18.94;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:104,0,33
7	66147149	.	A	G	188.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:217,15,0
7	66147178	.	C	T	15.88	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;ClippingRankSum=-0.480;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.271;QD=1.59;ReadPosRankSum=0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:44:44,0,298
7	66147656	.	G	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:30:81,0,30
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7	66421446	.	T	G	150.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=1.186;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.387;QD=13.71;ReadPosRankSum=-1.186	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,5:11:99:179,0,228
7	66459256	.	T	C	1731.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,40:40:99:1760,120,0
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7	66609580	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
7	66739112	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:81,0,34
7	68509380	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
7	68509384	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
7	68509386	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
7	68509394	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
7	68527397	.	A	G	88.89	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=22.22;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,3:4:2:115,2,0
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7	70237299	.	A	G	44.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:72,6,0
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7	72228389	.	T	G	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
7	72300921	.	G	A	78.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=19.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:31:107,0,31
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7	73108924	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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7	73111504	.	A	C	522.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:551,39,0
7	73121347	.	A	G	262.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:291,21,0
7	73121591	.	A	G	141.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:169,12,0
7	73121713	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
7	73122923	.	A	G	476.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:505,36,0
7	73151644	.	A	G	593.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.791;ClippingRankSum=-0.851;DP=38;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.088;QD=15.63;ReadPosRankSum=0.793	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,17:38:99:622,0,772
7	73171593	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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7	73581180	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
7	73604721	.	C	T	68.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=-0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.537;QD=11.46;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:94:97,0,94
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7	73820024	.	C	G	509.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:538,39,0
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7	75614953	.	T	C	648.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=-0.134;DP=46;FS=10.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.379;QD=14.10;ReadPosRankSum=0.223	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:27,19:46:99:677,0,1005
7	75615287	.	G	A	1134.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=-0.508;DP=49;FS=6.290;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.089;QD=23.16;ReadPosRankSum=0.487	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,31:49:99:1163,0,589
7	75621827	.	A	G	1002.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1031,72,0
7	75628122	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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7	75659815	.	T	C	1213.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.352;DP=55;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.142;QD=22.07;ReadPosRankSum=0.765	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,33:55:99:1242,0,784
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7	75702719	.	C	T	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=8.94;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:64:64,0,65
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7	75844840	.	C	A	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
7	75844858	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
7	75957644	.	C	A	955.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=-1.363;DP=52;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.759;QD=18.38;ReadPosRankSum=0.302	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,26:52:99:984,0,979
7	76065553	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
7	76112060	.	C	T	603.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=-0.678;DP=27;FS=3.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.531;QD=22.36;ReadPosRankSum=0.728	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,17:27:99:632,0,346
7	76131061	.	C	T	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:29:72,0,29
7	76131695	.	A	G	1283.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1312,90,0
7	76132898	.	T	C	492.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.879;ClippingRankSum=0.017;DP=37;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.320;QD=13.32;ReadPosRankSum=2.138	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,14:35:99:521,0,797
7	76135134	.	G	A	436.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=-0.395;DP=36;FS=1.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.428;QD=12.13;ReadPosRankSum=0.395	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,13:36:99:465,0,897
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7	76608143	.	C	T	269.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:298,21,0
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7	76630843	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
7	76631515	.	G	A	604.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-1.122;DP=40;FS=4.717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.423;QD=15.12;ReadPosRankSum=1.642	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,17:40:99:633,0,890
7	76635003	.	A	T	126.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:154,12,0
7	76635006	.	C	T	126.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:154,12,0
7	76720582	.	A	G	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
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7	76891485	.	A	G	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=4.82;ReadPosRankSum=-0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:62:62,0,192
7	76916819	.	G	A	124.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=24.95;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:29:153,0,29
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7	77175979	.	G	A	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
7	77213628	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
7	77247821	.	G	A	1804.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,42:42:99:1833,126,0
7	77253473	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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7	77288397	.	C	T	50.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.93;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:27:79,0,27
7	77290550	.	C	T	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
7	77314644	.	G	A	737.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:766,57,0
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7	82603505	.	C	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
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7	82603509	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
7	82603510	.	C	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
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7	82995006	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
7	83076752	.	G	T	56.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=14.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:85,0,34
7	83100636	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
7	83226044	.	G	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
7	83587915	.	C	T	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:59:78,0,59
7	83590226	.	G	A	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
7	83590852	.	T	C	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=17.55;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:60:116,0,60
7	83634713	.	A	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:72:72,0,121
7	83824208	.	A	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
7	86789426	.	C	T	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
7	86789843	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
7	86790671	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
7	86799661	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
7	86799726	.	C	T	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
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7	91719168	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
7	91721581	.	A	G	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=23.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:123,0,34
7	91726927	.	A	C	243.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=-0.935;DP=13;FS=11.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.200;QD=18.75;ReadPosRankSum=0.935	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,7:13:99:272,0,222
7	91742187	.	A	G	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:65:65,0,135
7	91742602	.	A	G	432.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.501;DP=20;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.193;QD=21.64;ReadPosRankSum=-0.579	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,12:20:99:461,0,283
7	91742728	.	C	G	467.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=-2.305;DP=27;FS=12.443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.121;QD=17.32;ReadPosRankSum=2.208	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,13:27:99:496,0,533
7	91743150	.	A	G	794.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.131;DP=35;FS=5.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.206;QD=22.71;ReadPosRankSum=2.302	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,21:33:99:823,0,428
7	91840724	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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7	94186010	.	C	T	546.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:575,39,0
7	94186064	.	A	C	195.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:224,15,0
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7	94224870	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
7	94224874	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
7	94224877	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
7	94224878	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
7	94294682	.	C	A	654.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:683,48,0
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7	96328466	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
7	96810729	.	G	A	228.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.019;ClippingRankSum=-1.078;DP=25;FS=4.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.311;QD=9.15;ReadPosRankSum=0.903	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,8:25:99:257,0,656
7	97488569	.	A	T	3049.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,71:71:99:3078,214,0
7	97488733	.	T	C	184.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:213,15,0
7	97489026	.	A	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
7	97489563	.	A	T	272.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:301,21,0
7	97490022	.	C	T	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
7	97492104	.	T	C	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:29:79,0,29
7	97492143	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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7	97911020	.	C	T	65.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=16.45;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:24:94,0,24
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7	99006578	.	A	T	295.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=-1.107;DP=17;FS=2.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.433;QD=17.40;ReadPosRankSum=1.107	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,9:17:99:324,0,286
7	99015882	.	G	A	90.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:119,0,33
7	99032458	.	C	T	348.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.512;ClippingRankSum=-2.140;DP=23;FS=6.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.155;QD=15.16;ReadPosRankSum=1.830	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,10:23:99:377,0,453
7	99047978	.	T	C	397.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.670;ClippingRankSum=-0.909;DP=40;FS=1.329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.849;QD=9.94;ReadPosRankSum=-1.177	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,13:39:99:426,0,997
7	99048432	.	T	C	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:32:76,0,32
7	99049957	.	C	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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7	99500899	.	T	C	174.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=-0.912;DP=32;FS=6.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.228;QD=5.46;ReadPosRankSum=0.866	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,7:32:99:203,0,981
7	99500911	.	A	G	998.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1027,72,0
7	99567455	.	C	T	181.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:210,15,0
7	99568015	.	T	C	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
7	99633733	.	G	A	249.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=-0.226;DP=23;FS=25.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.646;QD=10.86;ReadPosRankSum=-0.097	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,8:23:99:278,0,580
7	99635369	.	C	A	22.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.875;ClippingRankSum=-0.296;DP=13;FS=3.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.888;QD=1.75;ReadPosRankSum=0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:51:51,0,411
7	99636947	.	A	G	45.73	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=9;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=5.08;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:104,0,242
7	99637242	.	G	A	345.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=1.200;DP=18;FS=1.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.400;QD=19.21;ReadPosRankSum=-1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,10:18:99:374,0,292
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7	99660416	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
7	99660626	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
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7	99671737	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:72,0,35
7	99674520	.	T	C	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.15;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:74:74,0,105
7	99675659	.	T	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
7	99678622	.	A	C	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
7	99693337	.	T	C	140.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:168,12,0
7	99696797	.	T	C	745.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.429;ClippingRankSum=-1.295;DP=47;FS=2.509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.118;QD=15.87;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,21:47:99:774,0,956
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7	99758136	.	T	G	40.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=13.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:25:69,0,25
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7	99807265	.	G	A	76.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=19.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:26:105,0,26
7	99807344	.	G	A	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.300;QD=11.68;ReadPosRankSum=0.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:110,0,142
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7	99948073	.	C	T	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=23.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:123,0,33
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7	100266081	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
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7	100454211	.	A	G	77.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.248;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.683;QD=8.64;ReadPosRankSum=-1.001	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:106,0,242
7	100456163	.	G	A	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
7	100458795	.	T	C	613.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:642,45,0
7	100466441	.	G	A	2889.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,67:67:99:2918,202,0
7	100468284	.	A	G	2168.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,51:51:99:2197,154,0
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7	100482026	.	T	C	865.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:894,63,0
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7	100697352	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
7	100697356	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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7	100734758	.	A	G	132.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.099;DP=18;FS=4.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.986;QD=7.38;ReadPosRankSum=-0.197	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,5:18:99:161,0,511
7	100735080	.	G	C	441.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:470,33,0
7	100735418	.	A	G	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=-1.540;DP=18;FS=6.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=1.185	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,3:18:71:71,0,529
7	100735511	.	T	C	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
7	100735957	.	A	G	127.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:155,12,0
7	100738405	.	A	G	21.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=-1.631;DP=25;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.631;QD=0.87;ReadPosRankSum=1.463	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,3:25:50:50,0,877
7	100739147	.	C	T	929.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:958,66,0
7	100739682	.	C	T	527.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:556,39,0
7	100740785	.	G	A	1016.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1045,72,0
7	100781084	.	T	C	111.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=1.898;DP=15;FS=2.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.061;QD=7.45;ReadPosRankSum=-2.021	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,5:15:99:140,0,346
7	100781445	.	T	G	255.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=-0.193;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.865;QD=18.27;ReadPosRankSum=0.225	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,8:14:99:284,0,210
7	100798728	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
7	100803178	.	T	C	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:76,0,36
7	100803242	.	C	T	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=13.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:28:70,0,28
7	100804430	.	C	T	194.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.532;ClippingRankSum=0.143;DP=11;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.825;QD=17.71;ReadPosRankSum=0.143	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,6:11:99:223,0,190
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7	101897227	.	C	G	66.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.268;ClippingRankSum=-1.268;DP=13;FS=3.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.761;QD=5.14;ReadPosRankSum=1.099	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,3:13:95:95,0,392
7	101897945	.	G	T	411.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:440,33,0
7	101900110	.	G	C	312.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:341,24,0
7	101900122	.	T	C	607.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:636,45,0
7	101900294	.	G	A	319.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=-1.467;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=22.84;ReadPosRankSum=1.333	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,9:14:99:348,0,161
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7	102040551	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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7	102065055	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
7	102066539	.	A	G	925.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:954,66,0
7	102087202	.	T	C	358.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:387,27,0
7	102088402	.	A	G	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
7	102091564	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
7	102091735	.	T	C	212.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:241,18,0
7	102091770	.	T	G	230.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:259,18,0
7	102097555	.	T	C	177.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:206,15,0
7	102111176	.	C	T	89.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:117,9,0
7	102111980	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
7	102113909	.	C	T	347.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:376,27,0
7	102114087	.	C	T	2697.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,63:63:99:2726,190,0
7	102180473	.	C	T	1499.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,39:39:99:1528,116,0
7	102185936	.	T	C	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:70:70,0,185
7	102185937	.	T	C	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.15;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:74:74,0,172
7	102206437	.	T	A	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,107
7	102449418	.	C	A	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=13.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:70,0,36
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7	102719400	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
7	102722747	.	G	A	111.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:139,12,0
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7	102735800	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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7	102741093	.	G	A	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
7	102742144	.	C	T	191.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:220,15,0
7	102742218	.	G	A	278.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:307,21,0
7	102742802	.	A	G	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:74:74,0,79
7	102758084	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
7	102760774	.	A	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
7	102778564	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
7	102782042	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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7	104635597	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
7	104636940	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
7	104647933	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:78,0,33
7	104717517	.	C	T	676.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:705,48,0
7	104752798	.	G	A	343.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=-0.528;DP=21;FS=4.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.669;QD=16.37;ReadPosRankSum=0.106	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,10:21:99:372,0,419
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7	104753246	.	A	C	22.79	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=4.56;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,1:5:51:51,0,213
7	104782648	.	T	C	508.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=-0.034;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.877;QD=23.13;ReadPosRankSum=-0.034	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,14:22:99:537,0,265
7	104929267	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
7	104966321	.	A	G	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
7	104966328	.	C	T	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
7	104966329	.	A	G	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
7	104966333	.	T	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
7	104995233	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
7	105097953	.	G	A	172.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=-2.060;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.352;QD=10.16;ReadPosRankSum=2.161	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,6:17:99:201,0,426
7	105106557	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
7	105246821	.	C	T	321.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:350,24,0
7	105254671	.	T	C	297.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=-1.532;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.003;QD=27.07;ReadPosRankSum=1.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,9:11:55:326,0,55
7	105395015	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
7	105395016	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
7	105733037	.	T	C	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
7	105752691	.	G	A	595.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.883;ClippingRankSum=-2.875;DP=39;FS=2.439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.354;QD=15.28;ReadPosRankSum=2.705	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,17:39:99:624,0,809
7	105889771	.	A	G	225.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=-0.507;DP=34;FS=1.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.183;QD=6.64;ReadPosRankSum=0.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,8:34:99:254,0,1043
7	105897694	.	A	G	72.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.422;ClippingRankSum=-0.573;DP=9;FS=13.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.573;QD=8.09;ReadPosRankSum=0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:101,0,237
7	105900140	.	T	C	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=-0.589;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.296;QD=2.62;ReadPosRankSum=0.825	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:57:57,0,749
7	105900141	.	T	C	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=-1.296;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.118;QD=2.62;ReadPosRankSum=1.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:57:57,0,749
7	105901302	.	C	T	69.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=-0.956;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=8.72;ReadPosRankSum=0.956	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:98:98,0,190
7	105911141	.	A	G	313.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:342,24,0
7	105916616	.	G	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
7	105921577	.	G	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
7	105926331	.	C	A	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
7	106063353	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
7	106063531	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
7	106063532	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
7	106077845	.	C	T	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
7	106081138	.	C	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
7	106081259	.	G	A	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
7	106083057	.	C	T	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:79,0,36
7	106086355	.	T	C	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.44;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:74:74,0,79
7	106087718	.	T	C	92.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=23.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:121,0,34
7	106088686	.	T	A	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.69;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:63:75,0,63
7	106091339	.	A	G	105.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=21.15;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:29:134,0,29
7	106095981	.	A	G	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:120,0,34
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7	106844281	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,116
7	106844694	.	C	T	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:80,0,37
7	106845099	.	T	C	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
7	106845482	.	C	T	161.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.221;QD=20.22;ReadPosRankSum=-0.684	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:99:190,0,108
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7	106848325	.	T	C	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=17.35;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:68:115,0,68
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7	106849185	.	G	C	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=17.75;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:99:117,0,186
7	106849393	.	C	T	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.19;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:73:73,0,79
7	106850755	.	T	G	122.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=15.35;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:151,0,145
7	106897237	.	A	C	744.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.176;ClippingRankSum=-1.207;DP=46;FS=1.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.277;QD=16.19;ReadPosRankSum=-0.478	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,21:42:99:773,0,761
7	106924928	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
7	107002504	.	T	C	627.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.737;ClippingRankSum=0.264;DP=32;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.038;QD=19.62;ReadPosRankSum=-1.133	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,17:32:99:656,0,552
7	107002806	.	A	G	1410.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,33:33:99:1439,99,0
7	107105365	.	C	T	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
7	107149552	.	G	A	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:75,0,37
7	107207695	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:78,0,37
7	107217020	.	G	A	241.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.929;ClippingRankSum=-0.876;DP=27;FS=1.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.929;QD=8.95;ReadPosRankSum=1.142	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,8:27:99:270,0,737
7	107218387	.	T	C	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.988;QD=13.79;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:111,0,108
7	107235902	.	A	G	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=20.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:111,0,33
7	107258197	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
7	107259721	.	T	C	242.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.762;DP=9;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=26.97;ReadPosRankSum=-0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:59:271,0,59
7	107260178	.	A	C	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.573;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=8.86;ReadPosRankSum=-0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:108,0,242
7	107260778	.	G	A	694.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:723,51,0
7	107260856	.	A	G	133.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=22.29;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:52:162,0,52
7	107261556	.	C	T	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.95;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:73:73,0,106
7	107262558	.	T	A	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:32:116,0,32
7	107383744	.	C	G	188.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:217,15,0
7	107384455	.	A	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
7	107401429	.	A	G	875.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:904,63,0
7	107544208	.	C	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
7	107559722	.	A	T	767.73	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:64:853,64,0
7	107559911	.	G	A	926.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:955,66,0
7	107560191	.	C	T	786.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:815,57,0
7	107560682	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
7	107561155	.	T	C	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
7	107561392	.	G	A	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
7	107564366	.	T	G	717.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:746,54,0
7	107573268	.	C	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
7	107575557	.	G	A	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
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7	112100217	.	A	G	129.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:157,12,0
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7	116140275	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
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7	116146711	.	A	G	1422.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,33:33:99:1451,99,0
7	116147908	.	C	G	305.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=-0.532;DP=20;FS=4.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.456;QD=15.29;ReadPosRankSum=0.532	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,9:20:99:334,0,424
7	116148370	.	T	G	144.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.759;ClippingRankSum=-0.955;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.352;QD=8.52;ReadPosRankSum=-0.050	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,6:17:99:173,0,432
7	116179956	.	G	C	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
7	116180735	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
7	116187690	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
7	116189183	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
7	116191301	.	C	A	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
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7	117825549	.	T	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
7	117825681	.	A	G	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:74,0,36
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7	117834049	.	A	G	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
7	117834763	.	G	T	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
7	117834770	.	G	A	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
7	117834974	.	A	C	278.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:307,21,0
7	117837852	.	T	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
7	117838163	.	G	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
7	117838672	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
7	120428799	.	C	A	153.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.920;ClippingRankSum=-0.322;DP=8;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=19.22;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:99:182,0,113
7	121008891	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=9.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,120
7	123188822	.	C	T	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:31:81,0,31
7	123322716	.	T	A	310.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:32:339,32,0
7	123325391	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
7	123388732	.	G	A	1154.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,28:28:84:1183,84,0
7	123390058	.	A	G	224.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:253,18,0
7	123390143	.	G	A	139.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:167,12,0
7	124385252	.	C	A	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
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7	124795901	.	A	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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7	124815932	.	T	C	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.988;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=12.79;ReadPosRankSum=-0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:105,0,118
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7	124816209	.	A	C	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
7	124816550	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.69;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:62:75,0,62
7	124816599	.	T	C	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=-0.684;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=9.97;ReadPosRankSum=-0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:108,0,194
7	124816619	.	T	C	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:71:74,0,71
7	124817371	.	T	C	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.19;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:73:73,0,75
7	124817441	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,109
7	124817442	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,109
7	124817443	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,109
7	124817581	.	T	C	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.44;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:72:74,0,72
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7	128000091	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
7	128034629	.	C	T	539.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.394;ClippingRankSum=0.616;DP=43;FS=2.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.992;QD=12.55;ReadPosRankSum=1.369	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:27,16:43:99:568,0,1004
7	128048194	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
7	128097846	.	A	G	205.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.462;DP=26;FS=4.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.405;QD=7.91;ReadPosRankSum=0.173	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,7:26:99:234,0,1622
7	128097851	.	A	G	205.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.249;DP=27;FS=4.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.415;QD=7.62;ReadPosRankSum=-0.526	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,7:27:99:234,0,1622
7	128101609	.	G	A	156.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.684;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=19.60;ReadPosRankSum=-0.684	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:99:185,0,108
7	128141865	.	T	C	397.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:426,30,0
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7	128296052	.	T	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:75:78,0,75
7	128299407	.	C	T	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
7	128299411	.	A	G	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:9:125,9,0
7	128300762	.	T	C	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=1.422;DP=9;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=7.86;ReadPosRankSum=-1.422	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:99,0,222
7	128301245	.	C	T	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=13.79;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:111,0,107
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7	128317658	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
7	128388648	.	G	A	633.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=-0.856;DP=40;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.095;QD=15.84;ReadPosRankSum=0.612	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,18:40:99:662,0,833
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7	128807786	.	G	A	212.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:241,18,0
7	128808061	.	G	C	260.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:289,21,0
7	128870325	.	G	A	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
7	129067053	.	T	C	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=13.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:70,0,37
7	129068147	.	A	G	150.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=-2.524;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.855;QD=11.60;ReadPosRankSum=2.313	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,5:13:99:179,0,313
7	129127865	.	A	G	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
7	129244665	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
7	129244793	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
7	129248638	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
7	129249773	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
7	129251021	.	A	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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7	129297332	.	T	G	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=-0.546;DP=16;FS=9.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.182;QD=5.61;ReadPosRankSum=0.303	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,4:16:99:118,0,450
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7	131190696	.	T	C	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=-0.937;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.82;ReadPosRankSum=0.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:104,0,130
7	131193739	.	C	T	80.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=10.10;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:109,0,180
7	131195712	.	G	A	350.56	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.393;ClippingRankSum=1.393;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.044;QD=32.68;ReadPosRankSum=-1.741	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,9:10:7:378,7,0
7	131195959	.	C	T	121.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.670;ClippingRankSum=-2.163;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.817;QD=9.37;ReadPosRankSum=2.680	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,5:13:99:150,0,278
7	132795929	.	G	A	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
7	132795948	.	A	G	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
7	133079340	.	T	C	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
7	133417709	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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7	134859236	.	T	C	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
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7	134861602	.	G	A	294.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:323,24,0
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7	135394680	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
7	135396031	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
7	137560697	.	C	G	527.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=-0.041;DP=30;FS=1.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.249;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.083	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,15:30:99:556,0,565
7	137563434	.	T	C	373.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=-0.339;DP=23;FS=1.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.462;QD=16.25;ReadPosRankSum=0.400	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,11:23:99:402,0,431
7	137564501	.	C	G	410.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=-0.220;DP=27;FS=9.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.293;QD=15.21;ReadPosRankSum=0.366	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,12:27:99:439,0,561
7	137600690	.	C	T	263.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.937;DP=34;FS=3.353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.351;QD=7.76;ReadPosRankSum=-0.859	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,9:34:99:292,0,953
7	137669111	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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7	140421027	.	T	C	232.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:261,18,0
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7	149513846	.	A	G	84.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:112,9,0
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7	149528262	.	C	T	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
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7	149576818	.	A	G	877.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:906,66,0
7	149577161	.	T	C	537.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:566,39,0
7	149577420	.	C	T	653.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:682,48,0
7	149577591	.	A	C	747.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:776,54,0
7	149895081	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,84
7	149895082	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,84
7	149981856	.	G	A	132.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:160,12,0
7	150066008	.	T	C	641.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:670,51,0
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7	151055558	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
7	151057934	.	A	G	369.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:398,27,0
7	151057993	.	T	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
7	151058623	.	A	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
7	151064064	.	C	T	1579.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,37:37:99:1608,111,0
7	151069694	.	A	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
7	151070531	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
7	151071839	.	T	A	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
7	151071926	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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7	151213212	.	T	C	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
7	151253226	.	C	T	134.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:162,12,0
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7	151255176	.	C	T	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
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7	151255552	.	T	C	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
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7	151256132	.	C	T	132.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:160,12,0
7	151256303	.	T	C	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
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7	152337177	.	A	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
7	152341917	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
7	152342146	.	A	C	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=20.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:30:110,0,30
7	152343217	.	T	C	232.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=1.666;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.666;QD=25.86;ReadPosRankSum=-1.666	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:56:261,0,56
7	152343829	.	T	C	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:71:71,0,154
7	152345228	.	G	A	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-1.495;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=5.11;ReadPosRankSum=1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:64:64,0,188
7	152501825	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
7	152540119	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
7	152549107	.	C	T	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
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7	156762446	.	G	T	275.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=-0.993;DP=15;FS=2.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.652;QD=18.38;ReadPosRankSum=1.096	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,8:15:99:304,0,252
7	156762883	.	A	G	68.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=-1.683;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.573;QD=7.64;ReadPosRankSum=1.683	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:97:97,0,230
7	156763126	.	A	G	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=-1.495;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=5.11;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:64:64,0,199
7	156763172	.	A	G	38.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=12.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:67:67,0,82
7	156763182	.	A	G	38.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=19.38;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:67:67,0,82
7	156763203	.	A	G	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:38:39,0,38
7	156763372	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
7	156763467	.	A	G	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DP=8;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.589;QD=4.47;ReadPosRankSum=-1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:64:64,0,229
7	156763550	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:73:78,0,73
7	156763588	.	C	T	259.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.666;ClippingRankSum=0.762;DP=9;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.179;QD=28.86;ReadPosRankSum=-1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:99:288,0,154
7	156763589	.	A	T	259.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.666;ClippingRankSum=0.762;DP=9;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=28.86;ReadPosRankSum=-0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:99:288,0,154
7	156764039	.	T	C	168.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=2.219;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.729;QD=18.75;ReadPosRankSum=0.361	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:197,0,142
7	156764072	.	T	C	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=8.15;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:69:69,0,110
7	156764180	.	A	G	69.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.296;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:98:98,0,270
7	156764279	.	A	G	117.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.922;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=14.72;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:146,0,282
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7	156765243	.	A	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:72,0,33
7	156797982	.	C	T	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:113,0,33
7	156799081	.	T	C	208.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=26.10;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:57:237,0,57
7	156808853	.	T	C	490.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=-1.443;DP=20;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.454;QD=24.54;ReadPosRankSum=0.454	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,14:20:99:519,0,175
7	156808884	.	C	T	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.181;ClippingRankSum=-0.142;DP=20;FS=2.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.047;QD=4.29;ReadPosRankSum=0.142	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,4:20:99:114,0,609
7	156809635	.	C	T	78.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=19.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:30:107,0,30
7	156810003	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
7	156931674	.	C	T	299.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=-1.003;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.694;QD=23.06;ReadPosRankSum=1.157	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,9:13:99:328,0,109
7	156931907	.	G	T	182.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.741;QD=18.28;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,6:10:99:211,0,125
7	157000176	.	T	C	1717.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,40:40:99:1746,120,0
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7	158530244	.	A	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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7	158543624	.	C	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
7	158546543	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
7	158549952	.	A	G	177.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:206,15,0
7	158549998	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
7	158551985	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
7	158583110	.	G	A	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
7	158583984	.	T	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=39.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
7	158613503	.	A	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
7	158672476	.	C	G	275.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:304,21,0
7	158697365	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
7	158715219	.	A	G	139.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:167,12,0
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8	425881	.	A	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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8	592274	.	C	A	93.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
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8	1730200	.	A	G	21.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=-0.589;DP=11;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.296;QD=1.98;ReadPosRankSum=0.354	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:50:50,0,355
8	1732580	.	C	G	96.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:124,9,0
8	1732756	.	C	A	190.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:219,15,0
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8	1734452	.	C	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
8	1818019	.	A	T	47.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
8	1818077	.	C	A	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
8	1818189	.	A	G	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
8	1882105	.	A	G	131.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:159,12,0
8	1905728	.	G	A	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
8	1906630	.	G	T	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
8	5432643	.	T	A	42.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:70,6,0
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8	6263083	.	G	T	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
8	6263136	.	T	G	143.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:171,12,0
8	6263306	.	T	G	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
8	6263307	.	T	A	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
8	6263326	.	C	T	84.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:112,9,0
8	6263465	.	G	T	185.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:214,15,0
8	6263807	.	T	C	238.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:18:267,18,0
8	6263816	.	G	C	238.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.33	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:267,18,0
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8	6263947	.	C	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
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8	6303511	.	T	A	133.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:161,12,0
8	6303614	.	A	C	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
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8	8559588	.	A	G	320.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:24:349,24,0
8	8559663	.	A	T	392.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:421,30,0
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8	8561552	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
8	8641145	.	C	T	543.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:572,42,0
8	8642480	.	G	A	407.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:436,30,0
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8	8643387	.	G	A	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
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8	8860620	.	T	C	261.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:290,21,0
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8	8890098	.	C	T	320.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:349,24,0
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8	9577940	.	T	C	488.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:517,36,0
8	9628358	.	A	C	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
8	9630145	.	A	C	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
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8	9634874	.	T	C	155.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:184,15,0
8	9634944	.	A	G	394.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:423,30,0
8	9638308	.	C	T	140.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:168,12,0
8	9639316	.	C	G	336.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:365,27,0
8	10286042	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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8	11701392	.	T	C	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=-0.922;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.85;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:115,0,193
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8	11701441	.	T	C	110.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.929;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.289;QD=9.23;ReadPosRankSum=-0.825	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,4:12:99:139,0,321
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8	11702006	.	A	T	2364.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,55:55:99:2393,166,0
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8	11703652	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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8	11706581	.	T	G	2872.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,67:67:99:2901,202,0
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8	12045999	.	G	C	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=21.94;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:116,0,33
8	12295028	.	C	G	164.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:193,15,0
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8	12580049	.	G	A	455.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:484,33,0
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8	23007140	.	A	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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8	23021504	.	T	A	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
8	23021509	.	T	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
8	23021519	.	C	G	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
8	23045957	.	T	C	369.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:26:398,26,0
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8	23045964	.	T	C	116.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.368;ClippingRankSum=1.638;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.421;QD=14.60;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:145,0,196
8	23046021	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:75:75,0,93
8	23046079	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:38:39,0,38
8	23046131	.	T	C	113.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=-1.652;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.729;QD=12.64;ReadPosRankSum=1.881	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:142,0,169
8	23046151	.	T	C	285.03	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.733;ClippingRankSum=0.000;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.480;QD=28.50;ReadPosRankSum=-0.898	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,8:10:12:313,0,12
8	23046154	.	T	C	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=0.296;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=7.58;ReadPosRankSum=0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:104,0,278
8	23046251	.	T	C	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.898;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.271;QD=2.88;ReadPosRankSum=0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:57:57,0,327
8	23046258	.	T	C	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=-1.532;DP=11;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.532;QD=2.62;ReadPosRankSum=1.532	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:57:57,0,341
8	23046275	.	T	C	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,200
8	23046405	.	T	C	16.86	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=-0.594;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.953;QD=1.12;ReadPosRankSum=0.255	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,2:15:45:45,0,501
8	23046473	.	T	C	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=-0.937;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=12.25;ReadPosRankSum=-0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:114,0,146
8	23046559	.	T	C	124.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=-0.922;DP=8;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=15.60;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:153,0,131
8	23046622	.	T	C	17.84	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.274;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.822;QD=1.27;ReadPosRankSum=2.100	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:46:46,0,447
8	23049292	.	C	T	747.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:776,54,0
8	23060256	.	T	C	975.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:1004,69,0
8	23075488	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
8	23079204	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
8	23082796	.	C	A	352.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:381,27,0
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8	26515458	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
8	27141452	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
8	27277537	.	G	A	362.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:391,27,0
8	27293865	.	C	T	390.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:419,33,0
8	27294606	.	G	C	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
8	27303015	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
8	27309339	.	T	C	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
8	27311703	.	T	C	811.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:840,60,0
8	27315876	.	A	G	608.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:637,48,0
8	27315900	.	A	G	800.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:829,57,0
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8	29927300	.	C	G	1928.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,45:45:99:1957,135,0
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8	30415984	.	G	A	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
8	30420597	.	T	C	190.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:219,15,0
8	30424915	.	A	G	44.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:72,6,0
8	30535861	.	T	C	15.88	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=1.552;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.822;QD=1.13;ReadPosRankSum=-1.734	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:44:44,0,463
8	30535953	.	T	C	903.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.904;DP=27;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.904;QD=33.47;ReadPosRankSum=1.429	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,21:27:99:932,0,171
8	30535975	.	T	C	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=-0.975;DP=31;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.575;QD=2.96;ReadPosRankSum=-0.975	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,6:31:99:120,0,1245
8	30535980	.	T	C	64.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.814;ClippingRankSum=-0.791;DP=29;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.221;QD=2.23;ReadPosRankSum=0.221	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,4:29:93:93,0,947
8	30536015	.	T	C	174.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=-1.512;DP=32;FS=6.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.384;QD=5.46;ReadPosRankSum=0.564	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,8:31:99:203,0,2061
8	30536016	.	T	C	610.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=-0.779;DP=33;FS=1.397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.247;QD=18.51;ReadPosRankSum=-0.779	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,18:32:99:639,0,1141
8	30536078	.	T	C	2124.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=-1.629;DP=48;FS=1.191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.383;QD=30.41;ReadPosRankSum=1.104	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,32:48:99:2153,0,483
8	30536151	.	T	C	565.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=-0.589;DP=37;FS=3.069;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.493;QD=15.29;ReadPosRankSum=0.653	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,16:36:99:594,0,781
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8	30932615	.	C	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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8	30994861	.	T	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
8	30999280	.	G	T	327.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:356,27,0
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8	33228162	.	A	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
8	33246538	.	A	G	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
8	33246591	.	G	C	182.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:211,15,0
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8	33330612	.	T	C	226.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:255,18,0
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8	33416189	.	G	A	277.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:306,21,0
8	33416222	.	C	T	226.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:255,18,0
8	33424546	.	T	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
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8	37699195	.	C	G	100.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:128,12,0
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8	37717121	.	C	A	1220.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1249,87,0
8	37718468	.	C	T	1550.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,36:36:99:1579,108,0
8	37723366	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
8	37728017	.	A	G	1411.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,32:32:96:1440,96,0
8	37728019	.	T	G	1411.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,32:32:96:1440,96,0
8	37938148	.	A	G	52.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:25:81,0,25
8	37938153	.	A	G	52.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.39	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,2:2:25:81,0,25
8	37954153	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
8	37954154	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
8	37985897	.	A	G	565.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:594,45,0
8	37997592	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
8	38280652	.	C	T	126.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:154,12,0
8	38326046	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
8	38829748	.	C	A	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,1:6:69:69,0,371
8	38829754	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=6.79;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:69:69,0,371
8	38829775	.	A	G	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=-0.546;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.895;QD=7.08;ReadPosRankSum=0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:99,0,259
8	38829839	.	A	G	92.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.19;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:121,0,34
8	38830477	.	A	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=1.380;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=7.29;ReadPosRankSum=-1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,334
8	38830478	.	A	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.380;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=7.29;ReadPosRankSum=-1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,334
8	38847959	.	G	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
8	38848850	.	C	T	828.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:857,60,0
8	38864694	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
8	38873008	.	T	A	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
8	38877088	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
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8	38960070	.	G	A	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
8	38961550	.	G	T	1770.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,42:42:99:1799,126,0
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8	41401325	.	A	G	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.937;QD=11.82;ReadPosRankSum=-0.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:111,0,339
8	41401342	.	A	G	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.922;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=9.60;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:99:105,0,443
8	41401351	.	A	G	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=0.322;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.956;QD=8.53;ReadPosRankSum=0.684	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:105,0,443
8	41401354	.	A	G	199.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.573;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.001;QD=22.20;ReadPosRankSum=1.683	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:96:228,0,96
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8	41401436	.	A	G	124.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.219;ClippingRankSum=-0.729;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=13.86;ReadPosRankSum=1.881	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:153,0,193
8	41401488	.	A	G	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.573;DP=9;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.573;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:108,0,224
8	41477792	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
8	41553928	.	C	G	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
8	41792346	.	C	T	30.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.544;DP=25;FS=2.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.042;QD=1.23;ReadPosRankSum=-0.544	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,3:25:59:59,0,889
8	41811348	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
8	41814574	.	G	A	184.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:213,15,0
8	41870427	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
8	41906694	.	A	T	765.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:794,54,0
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8	42183934	.	C	A	250.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:279,21,0
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8	42388724	.	T	C	125.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=-1.362;DP=21;FS=2.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.528;QD=5.99;ReadPosRankSum=-0.702	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,5:21:99:154,0,644
8	42388843	.	C	T	140.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:168,12,0
8	42388966	.	T	C	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.94;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:76:76,0,78
8	42389086	.	T	C	207.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.269;ClippingRankSum=0.415;DP=30;FS=3.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.366;QD=6.93;ReadPosRankSum=1.049	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,8:29:99:236,0,776
8	42389184	.	T	C	842.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:871,60,0
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8	42883441	.	A	G	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=0.988;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.988;QD=13.63;ReadPosRankSum=-0.988	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:110,0,119
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8	42930832	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
8	42933483	.	T	G	413.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:33:504,33,0
8	42936731	.	A	G	166.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=23.82;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:54:195,0,54
8	42936819	.	A	G	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=4.47;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:64:64,0,231
8	42936845	.	A	G	26.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=-0.118;DP=11;FS=9.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.589;QD=2.43;ReadPosRankSum=-1.061	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:55:55,0,343
8	42936880	.	A	G	226.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:255,18,0
8	42937608	.	C	T	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
8	42939160	.	A	G	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=15.95;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:73:108,0,73
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8	51841426	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
8	52730521	.	C	T	631.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:660,45,0
8	52730864	.	T	C	470.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:499,36,0
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8	53586654	.	G	A	661.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:690,48,0
8	53586706	.	A	G	1027.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1056,75,0
8	54404955	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
8	54424503	.	A	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
8	54424629	.	G	A	218.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:247,18,0
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8	56676535	.	C	G	1011.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1040,72,0
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8	56686035	.	C	T	275.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:304,21,0
8	56686224	.	T	C	713.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:742,51,0
8	56690127	.	C	T	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
8	56755063	.	G	A	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=9.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,126
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8	56755242	.	T	C	98.89	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:2:125,2,0
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8	56755282	.	C	G	2393.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:99:2422,163,0
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8	56755291	.	C	T	2393.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,33:33:99:2422,163,0
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8	56755323	.	A	G	136.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=27.35;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:72:165,0,72
8	56755325	.	C	T	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=18.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:99:120,0,118
8	56755326	.	T	C	136.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=27.35;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:72:165,0,72
8	56755332	.	T	C	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.98	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,2:2:99:120,0,118
8	56922480	.	C	T	1271.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.130;DP=38;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.166;QD=33.47;ReadPosRankSum=0.648	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,33:38:99:1300,0,102
8	56987065	.	G	A	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=10.69;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:43:71,0,43
8	57870847	.	T	C	851.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:880,63,0
8	57871462	.	G	A	240.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.839;DP=28;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.381;QD=8.60;ReadPosRankSum=-0.432	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,8:28:99:269,0,794
8	57872143	.	C	T	32.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=-0.067;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=3.64;ReadPosRankSum=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:61:61,0,282
8	57872679	.	T	C	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.299;ClippingRankSum=-0.672;DP=21;FS=5.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.493;QD=4.13;ReadPosRankSum=0.582	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,4:21:99:115,0,662
8	57874064	.	C	T	19.81	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=-2.100;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.822;QD=1.42;ReadPosRankSum=1.734	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:48:48,0,496
8	57875588	.	G	A	328.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=-0.341;DP=23;FS=6.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.899;QD=14.29;ReadPosRankSum=0.341	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,10:23:99:357,0,469
8	59496416	.	C	T	640.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=-1.270;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.334;QD=26.70;ReadPosRankSum=1.016	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,17:24:99:669,0,223
8	59496490	.	A	G	702.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.701;ClippingRankSum=1.323;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.693;QD=28.99;ReadPosRankSum=0.945	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,18:20:31:731,0,31
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8	62540586	.	T	C	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
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8	62626404	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
8	62626962	.	C	T	2195.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,56:56:99:2224,168,0
8	62627004	.	A	G	1535.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,41:41:99:1564,123,0
8	63936547	.	T	C	959.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=-0.845;DP=32;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.748;QD=29.99;ReadPosRankSum=-0.217	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,26:32:99:988,0,164
8	63951237	.	C	T	106.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=-0.130;DP=26;FS=1.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.106;QD=4.11;ReadPosRankSum=-0.651	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,5:26:99:135,0,820
8	64080833	.	A	G	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=9.19;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:65:65,0,69
8	64124956	.	G	A	71.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=-1.377;DP=11;FS=12.175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.978;QD=6.52;ReadPosRankSum=1.708	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:99:100,0,301
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8	71550058	.	G	C	816.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:845,60,0
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8	72965973	.	G	A	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
8	73921170	.	G	A	18.82	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=-1.182;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.537;QD=1.57;ReadPosRankSum=0.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:47:47,0,384
8	73940332	.	G	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
8	73940350	.	G	A	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
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8	82630140	.	C	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
8	82632694	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
8	82671273	.	G	C	154.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:183,15,0
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8	90733686	.	T	A	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
8	90735268	.	C	T	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
8	90735889	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
8	90742781	.	T	C	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
8	90754948	.	C	T	38.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:66,6,0
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8	92084911	.	C	T	133.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:161,12,0
8	92096009	.	C	G	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
8	92105466	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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8	92117936	.	G	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
8	92119197	.	T	A	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
8	92119198	.	T	A	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
8	92123030	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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8	92921651	.	A	T	87.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:115,9,0
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8	94729211	.	C	G	214.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:243,18,0
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8	94734851	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:81,0,35
8	94735840	.	T	C	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:80,0,36
8	94736239	.	T	C	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=-1.733;DP=10;FS=4.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=3.18;ReadPosRankSum=1.733	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:60:60,0,314
8	94736410	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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8	94933623	.	T	C	214.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=30.68;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:23:243,0,23
8	94936532	.	G	C	1616.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=0.999;DP=56;FS=8.747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.462;QD=28.87;ReadPosRankSum=-0.888	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,41:56:99:1645,0,491
8	94944579	.	G	A	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:79,0,36
8	95181246	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
8	95261693	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:81,0,35
8	95399551	.	A	T	34.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:62,6,0
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8	95651239	.	T	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
8	95653945	.	G	A	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=4.82;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:62:62,0,180
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8	95676894	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
8	95679178	.	G	C	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
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8	95681037	.	T	G	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=20.94;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:99:112,0,148
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8	95681940	.	A	G	132.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:160,12,0
8	95682296	.	G	A	361.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:390,27,0
8	95682754	.	G	C	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=-0.762;DP=9;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.179;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:63:63,0,285
8	95683524	.	C	T	155.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=-0.696;DP=13;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.212;QD=11.98;ReadPosRankSum=0.696	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,5:13:99:184,0,309
8	95684748	.	A	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
8	95685147	.	A	C	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:79,0,36
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8	95686279	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
8	95686850	.	A	G	315.03	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.044;DP=10;FS=5.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.393;QD=31.50;ReadPosRankSum=0.696	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,9:10:12:343,0,12
8	95687335	.	C	T	783.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:812,57,0
8	95687480	.	A	C	421.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:450,30,0
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8	95714276	.	A	G	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.988;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=13.63;ReadPosRankSum=-0.988	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:110,0,105
8	95716052	.	T	C	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=16.55;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:111,0,31
8	95716122	.	T	A	109.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=18.29;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:57:138,0,57
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8	95716292	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
8	95716732	.	T	C	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
8	95716770	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
8	95717165	.	A	G	40.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:68,6,0
8	95717908	.	T	C	183.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:212,15,0
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8	95718533	.	T	C	1797.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=-0.273;DP=71;FS=2.104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.635;QD=25.32;ReadPosRankSum=-0.638	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,47:71:99:1826,0,867
8	95718733	.	A	T	1453.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=-1.693;DP=58;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.710;QD=25.06;ReadPosRankSum=1.971	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,38:58:99:1482,0,689
8	95719327	.	A	C	2078.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.835;ClippingRankSum=0.985;DP=67;FS=1.167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.790;QD=31.03;ReadPosRankSum=0.338	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,52:67:99:2107,0,440
8	95719387	.	A	T	1322.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.235;ClippingRankSum=-0.743;DP=68;FS=18.478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.223;QD=19.45;ReadPosRankSum=2.402	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:32,36:68:99:1351,0,1162
8	95720662	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
8	95786054	.	A	G	13.72	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:40,3,0
8	95795266	.	G	A	38.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=12.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:29:67,0,29
8	95804469	.	A	G	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=8.95;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:73:73,0,119
8	95804490	.	A	G	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=17.95;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:70:118,0,70
8	95804750	.	A	G	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
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8	95804969	.	A	G	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=-0.715;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.715;QD=6.71;ReadPosRankSum=0.382	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:99:102,0,809
8	95804973	.	A	G	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=6.71;ReadPosRankSum=0.566	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:99:102,0,809
8	95805038	.	A	G	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=7.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:65:65,0,111
8	95836127	.	G	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
8	95836140	.	C	T	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
8	95872763	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
8	95875513	.	G	A	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
8	95876963	.	T	G	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:30:79,0,30
8	95877787	.	T	C	691.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.634;ClippingRankSum=0.336;DP=49;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.498;QD=14.12;ReadPosRankSum=-0.214	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:29,20:49:99:720,0,1059
8	95878253	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
8	95879035	.	C	T	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=-0.988;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=14.13;ReadPosRankSum=1.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:94:113,0,94
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8	96097829	.	A	G	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.19;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:29:113,0,29
8	96117240	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
8	96119707	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
8	96129154	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
8	96545719	.	A	T	72.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:100,9,0
8	97242849	.	C	T	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.937;DP=7;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=10.97;ReadPosRankSum=-0.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:105,0,153
8	97243720	.	G	A	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=5.11;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:64:64,0,198
8	97245832	.	A	G	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
8	97263418	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
8	97273513	.	C	T	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=10.19;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:69:69,0,75
8	97273543	.	G	A	165.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=27.63;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:28:194,0,28
8	97339512	.	A	T	93.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:31:122,0,31
8	97340443	.	C	A	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=11.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:64,0,34
8	98657091	.	G	C	1469.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.539;ClippingRankSum=-1.248;DP=55;FS=1.185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.337;QD=26.72;ReadPosRankSum=1.521	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,38:55:99:1498,0,585
8	98657557	.	G	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
8	98708415	.	G	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
8	98737749	.	C	T	1517.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,35:35:99:1546,105,0
8	98737909	.	A	G	1722.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,40:40:99:1751,120,0
8	98738361	.	T	C	2675.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,62:62:99:2704,187,0
8	98739209	.	A	G	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=-0.203;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.771;QD=3.34;ReadPosRankSum=0.365	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,4:23:99:105,0,754
8	98739473	.	A	G	53.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=-0.693;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.315;QD=3.16;ReadPosRankSum=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,3:17:82:82,0,630
8	98739594	.	A	G	99.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=2.024;DP=15;FS=2.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.196;QD=6.65;ReadPosRankSum=-0.849	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,4:15:99:128,0,433
8	98739607	.	A	G	16.86	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.123;ClippingRankSum=0.594;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.764;QD=1.12;ReadPosRankSum=-0.764	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,2:15:45:45,0,1074
8	98739608	.	A	G	16.86	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.783;ClippingRankSum=0.594;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.425;QD=1.12;ReadPosRankSum=-0.934	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,2:15:45:45,0,1074
8	98740419	.	A	G	888.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:917,63,0
8	98740446	.	C	T	668.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:697,48,0
8	98740723	.	G	A	571.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:600,42,0
8	98740895	.	A	G	151.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=-0.529;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.831;QD=12.65;ReadPosRankSum=-0.689	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,5:12:99:180,0,347
8	98740900	.	A	G	19.81	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=-0.888;DP=13;FS=3.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.086;QD=1.52;ReadPosRankSum=1.283	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:48:48,0,660
8	98740940	.	A	G	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.422;ClippingRankSum=-1.480;DP=16;FS=2.933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=2.17;ReadPosRankSum=-0.404	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,3:16:63:63,0,559
8	98741134	.	A	G	137.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:165,12,0
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8	98741259	.	A	G	337.03	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.751;DP=9;FS=9.542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=33.35;ReadPosRankSum=0.751	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,8:9:12:365,0,12
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8	98741972	.	A	G	179.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.473;ClippingRankSum=-0.648;DP=15;FS=9.249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.059;QD=11.98;ReadPosRankSum=-1.120	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,6:15:99:208,0,350
8	98741993	.	A	G	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.937;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=11.68;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:110,0,153
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8	98840074	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
8	98841651	.	T	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
8	98844597	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
8	98848366	.	A	C	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
8	98848709	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
8	98848970	.	G	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
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8	98943446	.	T	C	1064.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1093,75,0
8	98991221	.	A	G	55.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.426;DP=24;FS=2.291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.194;QD=2.32;ReadPosRankSum=1.356	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,4:24:84:84,0,790
8	99016723	.	T	C	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
8	99030280	.	T	C	233.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.602;ClippingRankSum=0.437;DP=25;FS=3.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.379;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.728	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,8:25:99:262,0,674
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8	99044528	.	C	T	110.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.645;DP=25;FS=4.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.645;QD=4.43;ReadPosRankSum=0.034	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,5:25:99:139,0,788
8	99048329	.	C	T	115.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.278;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.597;QD=10.52;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,4:11:99:144,0,265
8	99052895	.	T	C	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
8	99055335	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=-1.449;DP=17;FS=3.328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.315;QD=2.75;ReadPosRankSum=1.323	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,3:17:75:75,0,534
8	99055911	.	T	C	361.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.119;ClippingRankSum=-0.530;DP=18;FS=1.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.296;QD=20.10;ReadPosRankSum=0.706	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,9:18:99:390,0,762
8	99055914	.	T	C	361.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=-1.021;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.189;QD=18.09;ReadPosRankSum=1.096	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,10:20:99:390,0,762
8	99055939	.	A	T	170.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=-0.234;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.328;QD=9.49;ReadPosRankSum=0.983	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,6:18:99:199,0,459
8	99056051	.	A	G	97.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.929;ClippingRankSum=-0.694;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.077;QD=7.52;ReadPosRankSum=0.386	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,4:13:99:126,0,271
8	99056338	.	T	C	19.81	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=-0.099;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.493;QD=1.52;ReadPosRankSum=-0.099	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:48:48,0,435
8	99057774	.	A	C	49.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.793;ClippingRankSum=2.013;DP=33;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.028;QD=1.51;ReadPosRankSum=-2.344	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:29,4:33:78:78,0,2405
8	99057776	.	A	G	49.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.630;ClippingRankSum=1.898;DP=34;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.523;QD=1.46;ReadPosRankSum=-2.379	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:30,4:34:78:78,0,2405
8	99114768	.	G	A	486.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=-2.852;DP=34;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.682;QD=14.32;ReadPosRankSum=2.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,14:34:99:515,0,772
8	99114970	.	A	C	458.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.108;ClippingRankSum=-1.197;DP=32;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.197;QD=14.34;ReadPosRankSum=1.197	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,14:32:99:487,0,658
8	99115082	.	C	T	646.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=-1.304;DP=35;FS=4.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.050;QD=18.48;ReadPosRankSum=1.238	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,18:35:99:675,0,607
8	99118654	.	C	T	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
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8	100220326	.	A	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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8	101303936	.	C	T	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
8	101306966	.	A	G	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
8	101312845	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:50:81,0,50
8	101312847	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:50:81,0,50
8	101316281	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:29:78,0,29
8	101316475	.	T	C	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=15.15;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:99:104,0,248
8	101316481	.	T	C	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=15.15;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:99:104,0,248
8	101317715	.	A	G	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
8	101317952	.	A	G	230.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:259,18,0
8	101359086	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
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8	101360424	.	G	T	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
8	101361083	.	G	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
8	101361588	.	G	A	26.75	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:54,6,0
8	101393896	.	A	G	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=10.69;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:71:71,0,77
8	101393929	.	G	C	129.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:157,12,0
8	101533868	.	A	G	284.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=-0.200;DP=22;FS=1.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.334;QD=12.94;ReadPosRankSum=0.200	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,9:22:99:313,0,479
8	101534649	.	T	A	230.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=-0.830;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.634;QD=13.57;ReadPosRankSum=1.025	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,7:17:99:259,0,376
8	101560023	.	T	C	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
8	101713499	.	C	G	15.89	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=7.95;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:0:41,0,0
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8	101722092	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,159
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8	102504541	.	C	T	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=13.96;ReadPosRankSum=-0.988	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:93:112,0,93
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8	102599384	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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8	102600608	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
8	102633313	.	C	A	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:81,0,35
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8	102679322	.	C	T	591.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=-0.337;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.051;QD=24.66;ReadPosRankSum=0.459	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,16:24:99:620,0,261
8	102679909	.	G	A	110.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.260;ClippingRankSum=0.060;DP=28;FS=1.946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.900;QD=3.96;ReadPosRankSum=0.060	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,5:28:99:139,0,917
8	102680405	.	T	C	259.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=-1.314;DP=33;FS=1.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.141;QD=7.87;ReadPosRankSum=1.233	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,9:33:99:288,0,915
8	102681337	.	C	T	683.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=-0.637;DP=33;FS=5.170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.200;QD=20.72;ReadPosRankSum=0.528	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,19:33:99:712,0,511
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8	103847399	.	A	C	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
8	103848263	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
8	103851052	.	T	C	2947.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,68:68:99:2976,205,0
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8	103854874	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
8	103855011	.	C	G	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
8	103856775	.	C	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
8	103858114	.	A	T	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
8	103858488	.	C	T	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
8	103861040	.	T	G	82.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:110,9,0
8	103864473	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
8	103870469	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
8	103873661	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
8	103875613	.	A	G	45.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:73,6,0
8	103876183	.	G	A	2080.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.490;ClippingRankSum=-2.874;DP=70;FS=2.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.455;QD=29.73;ReadPosRankSum=3.056	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,54:70:99:2109,0,421
8	103876325	.	G	A	1141.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=-0.542;DP=46;FS=6.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.049;QD=24.82;ReadPosRankSum=0.888	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,30:46:99:1170,0,535
8	103876780	.	C	T	352.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=-0.184;DP=15;FS=9.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.061;QD=23.52;ReadPosRankSum=0.061	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,10:15:99:381,0,168
8	103880307	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
8	104004825	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
8	104081085	.	G	C	1242.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1271,87,0
8	104081226	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.660;ClippingRankSum=0.072;DP=16;FS=16.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.650;QD=3.30;ReadPosRankSum=-0.217	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,3:15:81:81,0,469
8	104081996	.	C	T	59.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.920;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.684;QD=7.47;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:88:88,0,195
8	104083651	.	C	T	29.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=1.179;DP=9;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.067;QD=3.31;ReadPosRankSum=-1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:58:58,0,271
8	104083888	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,189
8	104083993	.	T	C	125.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=1.380;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=20.96;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:70:154,0,70
8	104084137	.	G	A	55.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=-0.807;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.538;QD=3.49;ReadPosRankSum=0.807	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,3:16:84:84,0,503
8	104312341	.	A	G	149.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.135;DP=29;FS=12.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.242;QD=5.16;ReadPosRankSum=0.027	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,6:29:99:178,0,912
8	104312432	.	A	G	1116.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=-0.408;DP=42;FS=1.321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.245;QD=26.59;ReadPosRankSum=-0.136	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,29:42:99:1145,0,437
8	104314488	.	A	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
8	104314709	.	C	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
8	104315351	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
8	104320928	.	G	A	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
8	104322247	.	G	T	51.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:79,9,0
8	104323026	.	C	A	184.41	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=30.73;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,5:6:8:212,8,0
8	104324662	.	G	A	113.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:141,12,0
8	104326200	.	C	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:81,0,35
8	104326223	.	A	G	172.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:201,15,0
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8	104326658	.	G	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
8	104326806	.	T	C	195.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:224,15,0
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8	104412517	.	A	T	995.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=-0.589;DP=34;FS=9.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.426;QD=29.29;ReadPosRankSum=2.456	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,26:34:99:1024,0,228
8	104412830	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
8	104427359	.	A	C	308.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.386;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.231;QD=23.75;ReadPosRankSum=-0.540	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,9:13:99:337,0,118
8	104441043	.	C	T	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=-1.300;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=7.25;ReadPosRankSum=1.300	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:79:79,0,110
8	104445360	.	A	G	89.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:117,9,0
8	104450482	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
8	105377795	.	G	A	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
8	105510794	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,83
8	105510798	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,83
8	106087176	.	T	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
8	106087179	.	T	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
8	106087182	.	T	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
8	106087185	.	T	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
8	107284296	.	C	T	202.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.813;ClippingRankSum=-0.583;DP=12;FS=2.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.259;QD=16.90;ReadPosRankSum=0.583	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,6:12:99:231,0,214
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8	107938072	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
8	107955418	.	G	T	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
8	107957800	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
8	107960588	.	C	T	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
8	107963195	.	A	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
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8	107999103	.	T	G	184.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:213,15,0
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8	109244742	.	G	T	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=6.63;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:68:68,0,147
8	109244852	.	T	C	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-0.198;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=5.40;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:66:66,0,198
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8	109254475	.	C	T	55.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=-0.331;DP=20;FS=2.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.803;QD=2.79;ReadPosRankSum=0.236	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,4:20:84:84,0,620
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8	109254842	.	A	G	104.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.231;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.540;QD=8.06;ReadPosRankSum=-0.540	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,4:13:99:133,0,362
8	109255032	.	C	A	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.300;ClippingRankSum=0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.300;QD=11.68;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:110,0,161
8	109255989	.	A	G	38.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:67:67,0,207
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8	109258333	.	T	C	156.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=-1.532;DP=11;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.717;QD=14.25;ReadPosRankSum=1.749	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,5:11:99:185,0,210
8	109258376	.	C	T	351.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=-0.592;DP=13;FS=2.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.761;QD=27.06;ReadPosRankSum=1.099	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,10:13:80:380,0,80
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8	109469072	.	C	T	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:116,0,34
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8	109485946	.	A	G	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
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8	109492570	.	A	G	187.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:216,15,0
8	109493378	.	C	T	271.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:300,21,0
8	109494655	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
8	109494967	.	C	T	274.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:303,21,0
8	109495618	.	A	G	120.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.550;DP=7;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=17.25;ReadPosRankSum=-0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:149,0,113
8	109495879	.	A	G	170.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=1.495;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=24.40;ReadPosRankSum=-1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:67:199,0,67
8	109496174	.	G	T	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
8	109496280	.	G	T	268.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:297,21,0
8	109497561	.	A	C	309.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:338,24,0
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8	117656781	.	T	C	244.82	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=-0.747;DP=8;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=30.60;ReadPosRankSum=0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:19:273,0,19
8	117663998	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
8	117666463	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
8	117666469	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
8	117669343	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
8	117676559	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
8	117678652	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
8	117680269	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
8	117680364	.	C	T	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
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8	117711144	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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8	118724002	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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8	118725318	.	A	G	188.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:217,15,0
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8	118802719	.	T	C	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
8	118808550	.	C	T	214.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:243,18,0
8	118808566	.	T	C	133.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:161,12,0
8	118809612	.	T	C	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=-1.768;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.061;QD=2.62;ReadPosRankSum=1.532	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:57:57,0,343
8	118809805	.	G	T	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
8	118819578	.	C	T	467.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.163;DP=64;FS=1.125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.078;QD=7.31;ReadPosRankSum=-0.116	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:48,16:64:99:496,0,1829
8	118827839	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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8	119020442	.	G	A	172.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=34.55;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:99:201,0,105
8	119020449	.	G	A	172.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-1.495;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=24.68;ReadPosRankSum=1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:99:201,0,105
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8	119037683	.	T	C	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:118,0,34
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8	119045044	.	T	C	10.21	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.11;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:26:38,0,26
8	119048686	.	C	T	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:71:71,0,122
8	119051357	.	A	G	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=7.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:65:65,0,114
8	119058807	.	T	C	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=-1.067;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=4.72;ReadPosRankSum=1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:66:66,0,227
8	119062067	.	G	T	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=19.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:105,0,33
8	119062126	.	G	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
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8	119068276	.	A	G	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=-0.937;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=12.25;ReadPosRankSum=0.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:114,0,152
8	119101193	.	T	C	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
8	119102754	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
8	119103081	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
8	119104103	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
8	119104321	.	G	A	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
8	119104373	.	A	C	225.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:254,18,0
8	119104646	.	T	C	184.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:213,15,0
8	119106346	.	C	T	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
8	119106765	.	A	T	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
8	119106844	.	A	T	187.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:216,15,0
8	119108205	.	G	A	226.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:255,18,0
8	119108789	.	G	A	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
8	119109651	.	A	G	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
8	119110539	.	G	A	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
8	119111236	.	C	T	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
8	119111527	.	T	C	315.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:344,24,0
8	119113078	.	A	G	132.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:160,12,0
8	119113236	.	A	G	143.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:171,12,0
8	119113307	.	G	A	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
8	119115467	.	C	T	167.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:196,15,0
8	119116250	.	A	G	191.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:220,15,0
8	119116870	.	C	T	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
8	119117808	.	G	T	174.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:203,15,0
8	119120079	.	C	T	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
8	119121535	.	A	C	141.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:169,12,0
8	119122037	.	T	C	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
8	119203946	.	A	G	629.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:658,45,0
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8	119209975	.	C	T	295.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=-1.239;DP=12;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.929;QD=24.65;ReadPosRankSum=-2.637	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,8:12:99:324,0,323
8	119212358	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
8	119214945	.	C	T	81.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:109,9,0
8	119214984	.	C	T	93.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
8	119215564	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
8	119215876	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
8	119221503	.	C	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
8	119224468	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
8	119225259	.	A	G	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
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8	119501453	.	C	T	125.85	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=25.17;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:17:154,0,17
8	119501768	.	C	A	154.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=1.532;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.143;QD=14.07;ReadPosRankSum=0.143	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,5:11:99:183,0,230
8	119501827	.	C	A	170.85	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=28.48;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:17:199,0,17
8	119502269	.	T	C	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=17.15;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:66:114,0,66
8	119502871	.	G	A	212.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=-1.589;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=26.60;ReadPosRankSum=1.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:56:241,0,56
8	119504076	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
8	119508498	.	A	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
8	119511864	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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8	120845035	.	G	A	299.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.279;ClippingRankSum=0.304;DP=20;FS=3.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.988;QD=14.99;ReadPosRankSum=-0.228	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,9:20:99:328,0,430
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8	120851405	.	C	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
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8	121530190	.	A	G	357.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.821;ClippingRankSum=-1.910;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.555;QD=19.88;ReadPosRankSum=2.088	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,10:18:99:386,0,278
8	122152407	.	T	C	96.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=1.371;DP=15;FS=5.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.588;QD=6.45;ReadPosRankSum=-1.501	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,4:15:99:125,0,441
8	123793984	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
8	123796334	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
8	123800935	.	T	A	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
8	123806240	.	G	A	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
8	123830208	.	A	G	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
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8	124114560	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
8	124121798	.	A	G	120.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.361;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=13.42;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:149,0,195
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8	124332426	.	C	T	522.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.694;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.880;QD=27.51;ReadPosRankSum=-0.694	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,14:19:99:551,0,163
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8	124513978	.	C	G	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
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8	124514716	.	T	C	100.94	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:14:129,14,0
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8	124780824	.	C	A	1306.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,31:31:93:1335,93,0
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8	125486767	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
8	125488327	.	C	A	84.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:112,9,0
8	125498547	.	C	T	1068.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.555;ClippingRankSum=-1.583;DP=41;FS=4.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.695;QD=26.07;ReadPosRankSum=1.499	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,28:41:99:1097,0,420
8	125499363	.	G	A	1212.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=-1.515;DP=45;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.989;QD=26.95;ReadPosRankSum=1.515	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,32:45:99:1241,0,412
8	125501889	.	T	C	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
8	125504522	.	T	C	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
8	125504839	.	A	G	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=0;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=0.00;MQ0=0	GT:GQ:PL	1/1:3:42,3,0
8	125504848	.	A	G	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
8	125508855	.	C	T	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=-0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=12.79;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:105,0,115
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8	125561511	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
8	125703560	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
8	125859817	.	C	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
8	125861374	.	C	T	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
8	125863657	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
8	125869320	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
8	125873537	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
8	125889387	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
8	125889495	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
8	125900381	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
8	125900387	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
8	125909469	.	C	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
8	125956662	.	T	C	537.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:566,39,0
8	125960649	.	T	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
8	126016021	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
8	126024314	.	C	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
8	126024466	.	A	G	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
8	126031454	.	A	T	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
8	126032110	.	C	A	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
8	126033096	.	T	C	832.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=1.197;DP=31;FS=3.407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.022;QD=26.86;ReadPosRankSum=0.849	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,22:31:99:861,0,282
8	126034052	.	C	T	1129.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.013;ClippingRankSum=-2.966;DP=42;FS=4.948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.571;QD=26.90;ReadPosRankSum=3.102	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,29:42:99:1158,0,397
8	126034375	.	A	G	605.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.848;DP=22;FS=7.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.405;QD=27.53;ReadPosRankSum=-0.700	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,16:22:99:634,0,182
8	126044264	.	A	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
8	126052350	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
8	126054357	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:81,0,33
8	126091094	.	T	C	840.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=-0.401;DP=33;FS=12.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.356;QD=25.48;ReadPosRankSum=0.019	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,22:33:99:869,0,365
8	126108385	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
8	126202126	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
8	126224719	.	G	A	29.75	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=14.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:57,6,0
8	126244428	.	T	C	133.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:161,12,0
8	126276729	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
8	126377384	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
8	126442726	.	C	T	1041.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=-1.707;DP=46;FS=1.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.205;QD=22.65;ReadPosRankSum=1.684	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,29:46:99:1070,0,556
8	126442934	.	T	C	2277.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,55:55:99:2306,166,0
8	126443348	.	C	T	1363.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,37:37:99:1392,110,0
8	126447308	.	C	T	305.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:334,24,0
8	126447473	.	G	A	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=-1.001;DP=9;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=8.53;ReadPosRankSum=1.001	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:105,0,217
8	126447684	.	A	T	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
8	126447840	.	C	G	133.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=22.29;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:99:162,0,146
8	126447844	.	C	G	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=5.96;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:64:64,0,344
8	126448089	.	G	C	232.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:261,18,0
8	126448789	.	G	A	1022.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=-1.131;DP=60;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.427;QD=17.05;ReadPosRankSum=1.013	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:30,30:60:99:1051,0,1142
8	126449406	.	C	T	1389.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.308;ClippingRankSum=-1.609;DP=59;FS=2.272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.298;QD=23.56;ReadPosRankSum=1.842	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,36:59:99:1418,0,810
8	127437986	.	A	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
8	127565184	.	A	G	633.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.171;DP=41;FS=1.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.092;QD=15.46;ReadPosRankSum=-0.460	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,18:41:99:662,0,864
8	127570688	.	G	A	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=16.55;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:60:111,0,60
8	127604574	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
8	127725787	.	A	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
8	127997217	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
8	127999912	.	T	C	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
8	128000491	.	G	A	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
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8	128063016	.	C	A	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
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8	128067300	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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8	128070847	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
8	128080500	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
8	128084539	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
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8	128090666	.	T	C	314.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:343,24,0
8	128092455	.	C	T	86.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:114,9,0
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8	128906788	.	C	T	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:63:81,0,63
8	128909539	.	C	T	128.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=25.75;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:157,0,31
8	128928064	.	T	C	136.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=27.35;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:165,0,31
8	128930708	.	T	C	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
8	128931474	.	T	C	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
8	128939295	.	G	A	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
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8	129059110	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
8	129083584	.	G	A	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=7.94;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:60:60,0,72
8	129090402	.	T	C	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.95;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:73:73,0,116
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8	130351103	.	C	T	806.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:835,57,0
8	130351489	.	C	T	672.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:701,48,0
8	130352075	.	G	T	809.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:838,57,0
8	130370414	.	C	T	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
8	130701417	.	C	T	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
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8	130705311	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
8	130708705	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
8	130709863	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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8	131407542	.	G	A	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
8	131456156	.	C	G	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.19;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:60:73,0,60
8	131881657	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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8	132302365	.	C	T	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
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8	132328154	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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8	132383441	.	T	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
8	132916459	.	T	C	943.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:972,69,0
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8	133001977	.	G	A	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
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8	133005854	.	G	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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8	133008823	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
8	133009542	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
8	133010362	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
8	133011174	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
8	133012216	.	G	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
8	133012761	.	T	A	177.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:206,15,0
8	133013341	.	G	A	190.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:219,15,0
8	133015953	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
8	133020357	.	C	T	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:79,0,37
8	133023163	.	G	C	1456.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,34:34:99:1485,102,0
8	133023595	.	A	G	1057.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1086,75,0
8	133024838	.	A	T	660.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:689,48,0
8	133025213	.	A	G	29.77	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=-0.499;DP=38;FS=2.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.499;QD=0.78;ReadPosRankSum=0.880	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:34,4:38:58:58,0,1369
8	133025671	.	C	G	327.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=-1.776;DP=20;FS=3.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.718;QD=16.39;ReadPosRankSum=1.625	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,10:20:99:356,0,349
8	133808415	.	A	G	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
8	133809975	.	T	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
8	133812994	.	A	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
8	133815726	.	G	A	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:28:78,0,28
8	133818087	.	C	T	129.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:157,12,0
8	133818143	.	C	T	182.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:211,15,0
8	133818217	.	C	T	189.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:218,15,0
8	134250165	.	A	G	304.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:333,24,0
8	134251057	.	G	A	15.88	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=1.733;DP=10;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.480;QD=1.59;ReadPosRankSum=-1.733	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:44:44,0,314
8	134471426	.	C	T	1231.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1260,87,0
8	134474148	.	C	T	1048.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1077,75,0
8	134503825	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
8	134531658	.	C	A	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
8	134582497	.	C	T	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
8	134585018	.	G	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
8	134585189	.	C	G	312.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:341,24,0
8	134590311	.	T	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
8	135602581	.	A	G	458.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:487,33,0
8	135612745	.	A	G	322.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:351,24,0
8	135614705	.	A	G	272.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:301,21,0
8	135614972	.	A	G	192.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:221,15,0
8	135796966	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
8	135798224	.	A	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
8	135800095	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
8	135800534	.	G	A	46.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
8	135800970	.	G	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
8	135801331	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
8	136786044	.	T	C	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
8	136786048	.	T	C	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
8	136786054	.	T	C	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
8	136786061	.	T	C	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:9:127,9,0
8	140475147	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
8	140475150	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
8	140475163	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
8	140827453	.	G	T	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
8	141203504	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
8	141521151	.	G	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
8	141525465	.	T	C	829.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:858,60,0
8	141526038	.	T	C	611.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:640,45,0
8	141526231	.	C	T	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
8	141526985	.	G	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
8	141531032	.	A	T	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
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8	141533828	.	C	T	872.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:901,63,0
8	141534198	.	A	G	395.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:424,30,0
8	141536017	.	T	A	315.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:344,24,0
8	141537406	.	T	C	143.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:171,12,0
8	141538846	.	T	C	234.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:263,18,0
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8	141539848	.	T	G	455.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:33:484,33,0
8	141539854	.	T	G	455.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:33:484,33,0
8	141539923	.	C	G	186.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:215,15,0
8	141540187	.	T	A	171.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:16:214,16,0
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8	141566311	.	C	T	466.22	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=-1.737;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.935;QD=25.29;ReadPosRankSum=1.470	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,12:13:4:493,4,0
8	141568622	.	G	A	535.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:564,42,0
8	141755310	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
8	141756010	.	T	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
8	142146708	.	T	C	227.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:256,18,0
8	142200467	.	G	A	173.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:202,15,0
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8	142205132	.	G	A	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
8	142205237	.	A	G	237.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:266,18,0
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8	142221414	.	G	A	232.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:261,18,0
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8	142228909	.	G	A	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
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8	143852964	.	C	G	176.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:205,15,0
8	143854600	.	A	G	256.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:285,21,0
8	143855749	.	A	C	673.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:48:702,48,0
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8	143859181	.	A	C	343.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:372,27,0
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8	144341171	.	G	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
8	144341204	.	A	G	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
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8	144351394	.	A	G	231.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:260,18,0
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8	144553486	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
8	144620183	.	T	C	759.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:788,54,0
8	144639576	.	C	A	37.89	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.95	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,2:2:2:64,0,2
8	144642178	.	T	C	315.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:344,24,0
8	144642626	.	A	G	152.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:181,15,0
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8	144644405	.	G	A	1099.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1128,78,0
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8	144677536	.	A	G	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
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8	144737651	.	A	G	216.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=1.067;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=27.10;ReadPosRankSum=1.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:67:245,0,67
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8	144771114	.	G	A	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
8	144776109	.	A	G	306.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:335,24,0
8	144777073	.	C	T	628.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:657,48,0
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8	144826522	.	A	G	671.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:700,51,0
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8	144827479	.	A	G	318.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:347,24,0
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8	146034649	.	T	C	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:69:69,0,119
8	146051445	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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8	146063418	.	G	A	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
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8	146099851	.	A	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
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9	214706	.	G	C	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
9	214804	.	A	G	46.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
9	227554	.	C	G	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
9	286593	.	C	A	395.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:424,30,0
9	429719	.	T	C	225.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:254,18,0
9	441952	.	G	A	234.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:263,18,0
9	449874	.	G	C	400.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:429,30,0
9	464331	.	T	C	233.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:262,21,0
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9	513148	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:87,6,0
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9	735089	.	G	A	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
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9	2039983	.	A	C	172.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.495;QD=24.68;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:69:201,0,69
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9	2043051	.	T	C	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
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9	2172726	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
9	2177423	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	2183663	.	C	T	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
9	2185033	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	2191309	.	C	G	1423.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.859;ClippingRankSum=-2.404;DP=48;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.613;QD=29.66;ReadPosRankSum=2.355	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,37:48:99:1452,0,338
9	2191725	.	C	T	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
9	2191976	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
9	2424322	.	T	C	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:80,0,36
9	2425428	.	C	A	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
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9	2790307	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	2790935	.	G	A	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
9	2791753	.	A	T	135.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:163,12,0
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9	2793659	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
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9	2811505	.	G	A	3102.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,71:71:99:3131,214,0
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9	2821498	.	A	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
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9	2825965	.	T	G	184.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:213,15,0
9	2826283	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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9	2826674	.	C	T	360.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:389,27,0
9	2827752	.	T	C	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
9	2828060	.	A	G	188.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:217,15,0
9	2828765	.	C	G	2832.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,65:65:99:2861,196,0
9	2835181	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
9	2841700	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
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9	3224519	.	A	G	450.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:479,33,0
9	3234152	.	C	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
9	3235537	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	3238401	.	G	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
9	3238729	.	G	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
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9	3264848	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	3530199	.	C	A	22.79	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=-0.747;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=2.85;ReadPosRankSum=0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,1:8:51:51,0,431
9	3530206	.	C	T	22.79	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=3.26;ReadPosRankSum=-0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:51:51,0,431
9	3573137	.	G	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
9	3574730	.	C	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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9	3667908	.	G	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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9	4489724	.	T	C	185.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:214,15,0
9	4490013	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	4490018	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	4497069	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
9	4506357	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
9	4506655	.	G	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
9	4516255	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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9	4854472	.	C	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
9	4854586	.	C	T	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
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9	4860943	.	A	G	610.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:639,45,0
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9	4863470	.	A	T	20.53	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=10.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:62,6,0
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9	4889208	.	A	G	82.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:110,9,0
9	4891055	.	G	A	47.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
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9	4988761	.	C	T	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
9	5020529	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
9	5067298	.	C	T	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:31:80,0,31
9	5327154	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
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9	5362699	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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9	5387279	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
9	5393536	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
9	5405689	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
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9	5429721	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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9	5435448	.	A	G	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
9	5435709	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	5436461	.	C	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
9	5450953	.	C	T	93.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
9	5451557	.	C	T	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
9	5453260	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	5466085	.	A	G	227.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:256,18,0
9	5467955	.	G	A	1726.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,43:43:99:1755,129,0
9	5468363	.	G	A	307.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=-1.474;DP=30;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.374;QD=10.26;ReadPosRankSum=1.650	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,10:30:99:336,0,710
9	5557672	.	T	C	624.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:653,45,0
9	5592969	.	C	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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9	5612756	.	G	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
9	5625118	.	A	G	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
9	5625758	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:81,0,33
9	5629133	.	G	A	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:78,0,35
9	5639823	.	A	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
9	5665086	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,168
9	5665087	.	G	A	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,168
9	5677627	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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9	5814424	.	T	G	26.75	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:54,6,0
9	5815352	.	A	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
9	5815358	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:85,6,0
9	5824205	.	T	C	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:32:123,0,32
9	5832728	.	G	C	2008.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=1.060;DP=62;FS=12.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.220;QD=32.40;ReadPosRankSum=-1.039	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,54:62:99:2037,0,152
9	5841438	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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9	6671204	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:85,6,0
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9	7796848	.	G	A	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
9	7798435	.	C	T	455.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:484,33,0
9	7798518	.	G	C	3259.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,75:75:99:3288,226,0
9	7799606	.	C	A	2761.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.627;ClippingRankSum=1.102;DP=66;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.155;QD=30.06;ReadPosRankSum=1.680	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,65:66:99:2790,163,0
9	7799653	.	G	T	2649.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,68:68:99:2678,204,0
9	7852939	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
9	10971711	.	T	C	10.20	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.10;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:38:38,0,40
9	10978031	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	10985211	.	C	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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9	11017859	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
9	11021730	.	C	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
9	11022581	.	C	T	82.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:110,9,0
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9	11025849	.	C	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
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9	11031790	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	11033228	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	11035307	.	G	A	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
9	11035580	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	11035583	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	11037312	.	T	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
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9	11039910	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
9	11040112	.	C	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
9	11040180	.	A	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
9	11041338	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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9	11045908	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
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9	11059995	.	G	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
9	11562754	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
9	11562766	.	C	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
9	12340857	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	12776121	.	G	A	248.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:277,24,0
9	12783350	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
9	12785073	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	12809882	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=8.75;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:72:72,0,116
9	12816938	.	G	C	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=11.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:63,0,37
9	12822458	.	G	A	101.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.546;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.788;QD=6.36;ReadPosRankSum=-0.788	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,4:16:99:130,0,478
9	12822678	.	T	C	20.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=1.283;DP=14;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.099;QD=1.49;ReadPosRankSum=-1.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:49:49,0,449
9	12826390	.	A	G	96.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:124,9,0
9	12831669	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	12834676	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	12835968	.	T	C	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
9	12879096	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	12887448	.	A	G	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
9	12932660	.	A	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
9	12941508	.	T	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
9	12941576	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
9	12961752	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
9	12972593	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
9	13105959	.	T	G	529.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:558,39,0
9	13106255	.	C	T	279.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:308,24,0
9	13106441	.	A	T	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=13.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=5.40;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:66:66,0,189
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9	14220918	.	C	A	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:73,0,37
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9	14227748	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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9	14596528	.	G	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
9	14604927	.	A	G	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
9	14605344	.	C	T	312.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:341,24,0
9	14605628	.	C	A	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.19;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:72:77,0,72
9	14607103	.	C	T	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
9	14607664	.	A	G	80.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:108,9,0
9	14608986	.	C	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
9	14609567	.	G	A	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.69;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:115,0,34
9	14610591	.	T	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
9	14610866	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
9	14611366	.	A	T	953.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:982,69,0
9	14611648	.	G	A	40.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=-0.151;DP=21;FS=7.347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.955;QD=1.94;ReadPosRankSum=-0.151	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,3:21:69:69,0,727
9	14611757	.	C	T	660.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:689,48,0
9	14612188	.	T	G	563.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=-1.267;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.671;QD=33.16;ReadPosRankSum=0.522	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,15:17:36:592,0,36
9	14612466	.	T	C	528.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.945;ClippingRankSum=0.441;DP=17;FS=2.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.189;QD=31.10;ReadPosRankSum=-0.819	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,14:17:84:557,0,84
9	14612732	.	A	C	615.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=-1.335;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.632;QD=34.21;ReadPosRankSum=1.194	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,16:18:31:644,0,31
9	14612922	.	C	T	328.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.849;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.294;QD=27.40;ReadPosRankSum=-1.664	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,9:12:95:357,0,95
9	14613104	.	A	G	124.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=20.79;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:68:153,0,68
9	14613118	.	A	T	123.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=20.63;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:65:152,0,65
9	14614837	.	G	A	131.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=21.96;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:72:160,0,72
9	14615350	.	C	T	371.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=-0.930;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.775;QD=28.60;ReadPosRankSum=0.761	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,10:13:93:400,0,93
9	14615737	.	T	C	532.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.115;ClippingRankSum=-0.159;DP=18;FS=6.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.584;QD=29.60;ReadPosRankSum=0.053	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,14:18:99:561,0,117
9	14615935	.	T	C	779.85	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.073;ClippingRankSum=-1.404;DP=21;FS=3.680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.404;QD=31.63;ReadPosRankSum=1.404	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,20:21:17:808,17,0
9	14616590	.	T	C	588.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.434;DP=23;FS=11.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.238;QD=25.60;ReadPosRankSum=-0.702	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,16:23:99:617,0,237
9	14616757	.	T	C	194.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.718;ClippingRankSum=-1.378;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.583;QD=16.23;ReadPosRankSum=2.588	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,6:12:99:223,0,213
9	14616829	.	G	T	29.77	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=-0.867;DP=23;FS=15.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.228;QD=1.29;ReadPosRankSum=0.959	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,3:23:58:58,0,807
9	14617254	.	G	A	493.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.642;ClippingRankSum=-1.868;DP=17;FS=2.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.623;QD=29.05;ReadPosRankSum=1.302	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,13:17:99:522,0,115
9	14617477	.	A	T	569.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.182;ClippingRankSum=-2.880;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.786;QD=28.49;ReadPosRankSum=2.706	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,15:20:99:598,0,128
9	14618316	.	G	C	36.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.754;DP=21;FS=2.318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.754;QD=1.75;ReadPosRankSum=-0.653	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,3:21:65:65,0,667
9	14618856	.	C	T	783.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=-0.586;DP=26;FS=4.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.846;QD=30.14;ReadPosRankSum=-0.260	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,21:26:99:812,0,133
9	14619168	.	A	G	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
9	14620925	.	G	C	88.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:116,9,0
9	14621599	.	T	C	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
9	14640055	.	C	T	184.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:213,15,0
9	14641029	.	G	C	132.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=26.56;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:27:161,0,27
9	14641623	.	A	G	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=17.95;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:73:118,0,73
9	14642665	.	G	C	254.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-1.214;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.546;QD=25.48;ReadPosRankSum=1.214	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,7:10:92:283,0,92
9	14643651	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.69;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:73:75,0,73
9	14643874	.	G	A	451.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:480,33,0
9	14644402	.	G	T	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
9	14644506	.	T	G	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=5.63;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:62:62,0,139
9	14644524	.	G	A	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=17.35;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:35:115,0,35
9	14645586	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:81,0,34
9	14646278	.	C	T	235.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:264,18,0
9	14646622	.	A	C	280.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:309,21,0
9	14646920	.	C	G	195.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:224,15,0
9	14647373	.	A	G	92.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:121,0,33
9	14647431	.	A	G	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=8.95;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:73:73,0,100
9	14647751	.	A	G	230.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:259,18,0
9	14648130	.	G	A	129.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=21.63;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:26:158,0,26
9	14649846	.	C	T	203.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=-0.633;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.133;QD=20.38;ReadPosRankSum=0.365	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,6:10:99:232,0,143
9	14650493	.	C	A	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:118,0,34
9	14651382	.	T	C	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=8.69;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:58:63,0,58
9	14651407	.	C	A	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
9	14651802	.	A	C	222.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:251,18,0
9	14654281	.	T	C	232.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:261,18,0
9	14654819	.	G	A	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=22.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:117,0,34
9	14655280	.	G	A	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=11.82;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:111,0,152
9	14655330	.	G	C	343.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:372,27,0
9	14655662	.	G	A	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
9	14657139	.	A	C	230.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:259,18,0
9	14657819	.	T	C	189.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:218,15,0
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9	15167687	.	T	C	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:28:118,0,28
9	15168496	.	T	C	403.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:432,30,0
9	15168569	.	T	C	749.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:778,54,0
9	15168766	.	C	T	227.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:256,21,0
9	15168963	.	T	G	550.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:579,42,0
9	15169151	.	C	T	897.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:926,63,0
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9	15186789	.	G	A	141.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:169,12,0
9	15188106	.	T	C	1545.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,36:36:99:1574,108,0
9	15191599	.	C	T	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
9	15193713	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
9	15196902	.	T	C	27.75	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:55,6,0
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9	15198631	.	C	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
9	15233288	.	A	C	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
9	15250598	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
9	15259432	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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9	15293427	.	G	A	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
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9	15299791	.	C	T	128.80	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=25.76;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:21:157,0,21
9	15300116	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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9	15305811	.	A	G	310.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=-1.768;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.061;QD=28.25;ReadPosRankSum=1.532	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,9:11:54:339,0,54
9	15443658	.	C	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
9	15460002	.	G	C	563.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:592,42,0
9	15460445	.	G	A	239.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:268,18,0
9	15460518	.	A	G	16.86	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.123;ClippingRankSum=-1.274;DP=15;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.085;QD=1.12;ReadPosRankSum=0.255	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,2:15:45:45,0,517
9	15461506	.	T	C	589.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:618,42,0
9	15461853	.	G	C	817.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=38.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:846,60,0
9	15464898	.	C	A	1245.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1274,87,0
9	15468480	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
9	15469733	.	T	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
9	15471782	.	G	A	279.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:308,24,0
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9	17447764	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
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9	21407189	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
9	21455209	.	T	C	400.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.152;ClippingRankSum=0.227;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.133;QD=25.05;ReadPosRankSum=-0.227	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,11:16:99:429,0,179
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9	21491171	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
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9	21497120	.	T	G	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
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9	32114540	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	32424353	.	G	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:89,6,0
9	32424362	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
9	32425270	.	G	A	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:74,0,36
9	32425910	.	A	G	521.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.645;ClippingRankSum=-0.322;DP=28;FS=1.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.783;QD=18.63;ReadPosRankSum=0.138	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,15:28:99:550,0,466
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9	32432974	.	G	A	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
9	32434088	.	C	T	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:113,0,33
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9	32456316	.	T	C	371.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:400,27,0
9	32456318	.	T	C	111.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.741;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.741;QD=11.18;ReadPosRankSum=-0.365	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:140,0,229
9	32456365	.	T	C	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.945;ClippingRankSum=1.953;DP=17;FS=2.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.701;QD=2.05;ReadPosRankSum=-0.567	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,3:17:63:63,0,585
9	32456368	.	T	C	10.20	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=-0.522;DP=17;FS=3.140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.075;QD=0.60;ReadPosRankSum=0.820	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,2:17:38:38,0,647
9	32456380	.	T	C	322.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=-1.467;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.533;QD=23.05;ReadPosRankSum=0.533	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,9:14:99:351,0,177
9	32456480	.	T	C	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=5.11;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:64:64,0,198
9	32456486	.	T	C	128.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=25.76;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:23:157,0,23
9	32873872	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	32946852	.	G	C	96.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:124,9,0
9	32967267	.	G	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
9	32983835	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	32995936	.	T	C	91.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:119,9,0
9	33012465	.	C	T	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
9	33025251	.	G	C	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=13.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:70,0,37
9	33025324	.	C	T	740.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=-0.739;DP=34;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.018;QD=21.79;ReadPosRankSum=0.018	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,22:34:99:769,0,355
9	33026572	.	T	C	286.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.521;ClippingRankSum=-1.728;DP=42;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.281;QD=6.83;ReadPosRankSum=1.757	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:32,10:42:99:315,0,1255
9	33042186	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
9	33043905	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
9	33043912	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
9	33043915	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
9	33045147	.	A	G	274.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=1.324;DP=15;FS=2.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.428;QD=18.32;ReadPosRankSum=-1.220	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,8:15:99:303,0,258
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9	33102316	.	C	T	41.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:69,6,0
9	33110693	.	A	C	389.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.954;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.154;QD=16.95;ReadPosRankSum=-0.769	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,11:23:99:418,0,473
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9	33260384	.	C	T	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:80,0,35
9	33264540	.	C	G	918.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:947,66,0
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9	33289239	.	C	T	1050.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1079,75,0
9	33289271	.	A	C	459.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:488,33,0
9	33289283	.	C	T	144.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:173,15,0
9	33290532	.	A	G	125.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-1.638;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=15.72;ReadPosRankSum=1.638	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:154,0,148
9	33441826	.	C	A	801.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.168;ClippingRankSum=-1.641;DP=38;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.310;QD=21.10;ReadPosRankSum=1.523	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,22:38:99:830,0,564
9	33442952	.	G	A	1375.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,33:33:99:1404,99,0
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9	33462471	.	C	T	331.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.439;DP=17;FS=4.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.439;QD=19.52;ReadPosRankSum=-0.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,10:17:99:360,0,244
9	33817617	.	T	C	734.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:763,63,0
9	33844755	.	A	G	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
9	33917498	.	T	C	1219.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1248,90,0
9	33921977	.	G	C	759.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:788,54,0
9	33927899	.	G	A	496.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:41:525,41,0
9	33935073	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	33935736	.	A	G	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.33	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
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9	34372783	.	G	C	196.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:225,18,0
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9	34652330	.	A	G	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:31:80,0,31
9	34682111	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:85,6,0
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9	35690310	.	C	T	211.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.119;ClippingRankSum=-2.737;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.265;QD=11.76;ReadPosRankSum=2.737	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,9:18:99:240,0,299
9	35697470	.	C	T	1590.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,38:38:99:1619,114,0
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9	35743283	.	T	C	127.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=25.55;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:29:156,0,29
9	35748806	.	G	T	397.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.395;ClippingRankSum=-0.634;DP=19;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=20.94;ReadPosRankSum=0.465	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,12:19:99:426,0,249
9	35749014	.	G	A	110.81	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=18.47;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:20:139,0,20
9	35754500	.	G	A	432.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.493;ClippingRankSum=-1.262;DP=23;FS=7.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.446;QD=18.82;ReadPosRankSum=0.954	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,12:23:99:461,0,375
9	35755790	.	G	T	16.86	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.783;ClippingRankSum=0.085;DP=15;FS=12.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.104;QD=1.12;ReadPosRankSum=-0.764	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,2:15:45:45,0,528
9	35757075	.	A	G	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:65:65,0,107
9	35757193	.	T	C	186.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.954;ClippingRankSum=-0.660;DP=13;FS=5.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.811;QD=14.37;ReadPosRankSum=0.811	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,7:13:99:215,0,223
9	35757362	.	T	A	387.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.473;ClippingRankSum=0.793;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.793;QD=24.24;ReadPosRankSum=-1.359	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,11:16:99:416,0,160
9	35972043	.	C	A	34.31	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=11.44;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:1:60,0,1
9	35972050	.	T	A	34.31	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.31	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,1:1:1:60,0,1
9	36105264	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
9	36163563	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	36191004	.	C	T	799.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=-0.469;DP=36;FS=8.870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.338;QD=22.22;ReadPosRankSum=0.365	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,23:36:99:828,0,424
9	36191149	.	T	C	596.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.609;ClippingRankSum=-0.339;DP=47;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.427;QD=12.70;ReadPosRankSum=0.536	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:29,18:47:99:625,0,1046
9	36207127	.	G	T	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
9	36207549	.	C	T	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
9	36214971	.	G	A	255.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.296;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=25.58;ReadPosRankSum=0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,7:10:99:284,0,107
9	36215211	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
9	36215298	.	T	C	277.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:306,21,0
9	36216025	.	T	C	30.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=-1.271;DP=10;FS=4.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:59:59,0,401
9	36216026	.	T	C	65.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.422;ClippingRankSum=-1.422;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=7.31;ReadPosRankSum=1.001	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:94:94,0,296
9	36216854	.	T	C	38.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=6.46;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:67:67,0,142
9	36338022	.	A	G	449.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:478,33,0
9	36338955	.	C	T	174.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:203,15,0
9	36342886	.	G	C	12.77	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=12.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:39,3,0
9	36674842	.	C	T	1072.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1101,75,0
9	37081270	.	G	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
9	37081301	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	37082786	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	37086996	.	A	G	1091.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1120,78,0
9	37087064	.	A	G	901.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:930,63,0
9	37087233	.	T	G	343.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=-0.794;DP=20;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.945;QD=17.19;ReadPosRankSum=0.643	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,10:20:99:372,0,376
9	37088167	.	C	T	908.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:937,63,0
9	37088475	.	G	A	80.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=-1.517;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.322;QD=10.10;ReadPosRankSum=1.517	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:109,0,184
9	37089150	.	A	G	1240.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1269,87,0
9	37089799	.	T	C	321.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=1.611;DP=12;FS=4.973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.537;QD=26.81;ReadPosRankSum=0.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,10:12:33:350,0,33
9	37089873	.	C	T	501.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:530,36,0
9	37203948	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
9	37209396	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
9	37428366	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	37429401	.	C	T	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
9	37429497	.	C	T	232.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:261,18,0
9	37429814	.	A	G	2099.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,50:50:99:2128,150,0
9	37431399	.	A	G	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
9	37433556	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
9	37436755	.	G	A	1094.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=-2.051;DP=45;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.913;QD=24.33;ReadPosRankSum=1.790	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,29:45:99:1123,0,547
9	37438526	.	C	T	12.05	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.274;ClippingRankSum=1.274;DP=15;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.764;QD=0.80;ReadPosRankSum=-1.444	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,2:15:40:40,0,530
9	37441808	.	A	G	629.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:658,45,0
9	37444991	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	37444994	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	37464106	.	C	T	112.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:140,12,0
9	37503124	.	G	A	993.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1022,75,0
9	37503392	.	A	G	52.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.095;DP=29;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.474;QD=1.82;ReadPosRankSum=0.474	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,4:29:81:81,0,1064
9	37503472	.	G	T	297.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=-0.684;DP=20;FS=4.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.228;QD=14.89;ReadPosRankSum=-0.532	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,9:20:99:326,0,393
9	37506966	.	G	A	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=-0.988;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=12.79;ReadPosRankSum=1.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:105,0,112
9	37516211	.	T	G	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
9	37537557	.	G	A	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
9	37589732	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
9	37589737	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
9	37589738	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
9	37767389	.	A	G	45.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:73,6,0
9	37772121	.	G	A	84.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:112,9,0
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9	66692749	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
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9	66793826	.	G	T	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,112
9	66793836	.	A	T	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,112
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9	77597362	.	A	C	151.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=21.68;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:65:180,0,65
9	77610077	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
9	77676285	.	T	G	559.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=-0.195;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.117;QD=26.66;ReadPosRankSum=0.117	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,15:21:99:588,0,194
9	77680379	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
9	77682806	.	A	G	40.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:68,6,0
9	77683052	.	T	A	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.19;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:64:77,0,64
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9	86513786	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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9	86920236	.	T	C	89.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:117,9,0
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9	94815594	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	94815768	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
9	94831511	.	T	C	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
9	94837832	.	C	A	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
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9	95476441	.	C	G	358.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:387,27,0
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9	95738781	.	C	A	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=-0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=13.79;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:98:111,0,98
9	95768448	.	G	A	322.96	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=-1.044;DP=10;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.696;QD=32.30;ReadPosRankSum=-1.741	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,9:10:5:350,0,5
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9	95780465	.	A	G	313.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:342,24,0
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9	95797719	.	T	C	13.95	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=1.369;DP=14;FS=7.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.822;QD=1.00;ReadPosRankSum=-1.734	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:42:42,0,416
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9	95875556	.	G	A	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
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9	95884501	.	A	G	350.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=-0.858;DP=63;FS=1.173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.501;QD=5.57;ReadPosRankSum=1.673	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:50,13:63:99:379,0,1975
9	95887320	.	G	T	173.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=0.254;DP=73;FS=2.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.224;QD=2.38;ReadPosRankSum=0.162	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:62,11:73:99:202,0,2454
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9	95893465	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
9	95902269	.	T	G	134.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:162,12,0
9	95961346	.	C	T	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
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9	96068757	.	C	T	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
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9	96935458	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
9	96937680	.	G	A	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:81,0,36
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9	96944266	.	G	A	52.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:26:81,0,26
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9	97050508	.	C	T	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=13.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:56:70,0,56
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9	97056069	.	G	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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9	97215532	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	97221463	.	G	A	1061.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.344;ClippingRankSum=-1.351;DP=33;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.076;QD=32.17;ReadPosRankSum=0.910	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,29:33:28:1090,0,28
9	97222047	.	G	A	956.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.000;ClippingRankSum=-1.465;DP=41;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.465;QD=23.34;ReadPosRankSum=1.339	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,32:41:99:985,0,261
9	97225122	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
9	97285117	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	97314323	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
9	97316950	.	C	T	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
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9	97331187	.	T	C	171.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:200,15,0
9	97331267	.	G	C	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=-1.300;DP=7;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=12.25;ReadPosRankSum=-0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:114,0,303
9	97331272	.	A	T	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=14.29;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:99:114,0,303
9	97331834	.	A	T	32.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=-1.179;DP=9;FS=3.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.179;QD=3.64;ReadPosRankSum=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:61:61,0,237
9	97332907	.	G	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:81,0,33
9	97334160	.	G	A	68.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=-0.406;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=11.46;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:97:97,0,114
9	97334705	.	C	T	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
9	97335920	.	A	C	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
9	97336531	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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9	97876284	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:81:81,0,81
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9	98734269	.	C	G	403.18	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.579;DP=12;FS=3.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.290;QD=33.60;ReadPosRankSum=-0.579	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,11:12:10:431,0,10
9	98734670	.	C	T	113.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:141,12,0
9	98739613	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
9	98742682	.	T	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
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9	99658651	.	G	A	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:79,0,36
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9	99795125	.	A	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:31:81,0,31
9	100366953	.	A	G	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
9	100388197	.	C	T	548.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:577,39,0
9	100394039	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
9	100394040	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
9	100394044	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
9	100436595	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
9	100459578	.	T	C	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
9	100684719	.	A	C	59.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=8.54;ReadPosRankSum=1.754	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:88:88,0,138
9	100684757	.	A	G	124.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.017;ClippingRankSum=0.421;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.421;QD=15.60;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:153,0,132
9	100767530	.	C	T	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
9	100768291	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	100771440	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	100777164	.	A	G	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=8.55;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:71:71,0,119
9	100819070	.	T	G	1437.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,36:36:99:1466,108,0
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9	100823084	.	T	C	2930.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,68:68:99:2959,205,0
9	100843417	.	A	G	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
9	100845007	.	A	G	409.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:438,30,0
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9	100849500	.	G	T	1656.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,39:39:99:1685,117,0
9	100851147	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
9	100880653	.	T	C	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:31:80,0,31
9	100884564	.	C	A	101.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.262;ClippingRankSum=-0.940;DP=31;FS=17.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.316;QD=3.28;ReadPosRankSum=0.510	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,5:31:99:130,0,985
9	100884896	.	A	G	95.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.654;ClippingRankSum=0.967;DP=27;FS=4.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.343;QD=3.55;ReadPosRankSum=-1.030	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,5:27:99:124,0,889
9	100885783	.	T	G	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.683;ClippingRankSum=-0.573;DP=9;FS=13.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=5.09;ReadPosRankSum=-0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:74:74,0,223
9	100907070	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	100969348	.	G	A	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:75,0,35
9	100971348	.	T	C	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=1.669;DP=37;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.062;QD=2.29;ReadPosRankSum=-1.669	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,6:37:99:113,0,1243
9	100974923	.	G	A	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:78:81,0,78
9	100974925	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:78:81,0,78
9	100974933	.	G	A	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.38	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,2:2:78:81,0,78
9	100974937	.	C	T	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.38	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,2:2:78:81,0,78
9	100977457	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
9	100978294	.	A	C	273.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:302,21,0
9	100979343	.	T	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
9	100979345	.	T	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
9	100991430	.	C	A	105.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=-2.091;DP=31;FS=13.278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.593;QD=3.41;ReadPosRankSum=1.779	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,5:27:99:134,0,712
9	100995721	.	A	G	55.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=-1.373;DP=30;FS=5.371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.702;QD=1.86;ReadPosRankSum=0.458	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,4:30:84:84,0,1032
9	100995758	.	G	T	199.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.381;DP=24;FS=8.980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=8.32;ReadPosRankSum=-0.635	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,7:24:99:228,0,585
9	101370223	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
9	101533220	.	C	T	203.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:232,18,0
9	101543780	.	C	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
9	101875789	.	A	C	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
9	101882967	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
9	101890227	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	101912471	.	A	G	536.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:565,39,0
9	101913685	.	T	G	20.80	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=1.754;DP=7;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=2.97;ReadPosRankSum=-0.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:49:49,0,379
9	101913699	.	G	T	247.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.747;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=30.97;ReadPosRankSum=-0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:99:276,0,166
9	101914387	.	G	A	764.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.736;DP=24;FS=2.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=31.87;ReadPosRankSum=-0.503	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,20:24:99:793,0,104
9	101914812	.	G	A	506.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.063;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.945;QD=29.81;ReadPosRankSum=-0.189	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,14:17:69:535,0,69
9	102713591	.	T	C	10.21	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.10;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:32:38,0,32
9	102733261	.	T	C	301.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.286;DP=19;FS=17.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.857;QD=15.88;ReadPosRankSum=-0.286	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,9:19:99:330,0,327
9	102735805	.	C	T	59.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.683;ClippingRankSum=-1.422;DP=9;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=6.64;ReadPosRankSum=1.422	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:88:88,0,237
9	102793769	.	T	C	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
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9	102793799	.	A	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
9	102793801	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
9	102861613	.	T	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=8.75;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:72:72,0,106
9	103063645	.	G	A	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
9	103063826	.	G	T	178.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:207,15,0
9	103064153	.	A	G	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.33	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
9	103064530	.	G	A	835.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:864,60,0
9	103065265	.	G	A	45.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:73,6,0
9	103068905	.	T	C	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
9	103103347	.	G	C	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
9	103109167	.	G	A	1073.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=-0.826;DP=32;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.313;QD=33.56;ReadPosRankSum=0.769	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,28:32:80:1102,0,80
9	103115528	.	A	G	163.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:192,15,0
9	103213947	.	A	G	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
9	103217387	.	T	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
9	104152730	.	G	C	157.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=-0.712;DP=40;FS=1.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.605;QD=3.94;ReadPosRankSum=0.570	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:33,7:40:99:186,0,1296
9	104297693	.	T	A	38.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=-0.318;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.212;QD=1.94;ReadPosRankSum=0.212	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,3:20:67:67,0,676
9	104302625	.	A	G	104.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=-0.180;DP=28;FS=1.946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.260;QD=3.74;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,5:28:99:133,0,894
9	104309445	.	T	C	760.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=1.189;DP=25;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.577;QD=30.43;ReadPosRankSum=-1.461	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,20:25:99:789,0,139
9	105967015	.	A	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
9	107515214	.	G	A	226.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=-0.635;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.212;QD=14.17;ReadPosRankSum=0.529	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,7:16:99:255,0,348
9	107521723	.	T	G	195.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.036;DP=10;FS=2.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.036;QD=19.58;ReadPosRankSum=1.036	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,6:10:99:224,0,142
9	108024304	.	A	C	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
9	108152199	.	G	A	1095.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=-1.733;DP=28;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.124;QD=34.29;ReadPosRankSum=1.609	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,27:28:50:1124,50,0
9	108155346	.	C	A	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
9	108156700	.	A	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
9	108159288	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
9	108398331	.	T	G	38.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:67:67,0,196
9	108456888	.	A	C	135.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:163,12,0
9	109687288	.	T	C	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:79,0,37
9	110052789	.	G	C	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
9	110054068	.	C	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
9	110055279	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
9	110251610	.	T	A	178.73	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=-0.751;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=13.75;ReadPosRankSum=0.751	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,8:12:99:217,0,103
9	110251697	.	G	C	683.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.176;ClippingRankSum=0.446;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=29.73;ReadPosRankSum=-0.365	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,19:23:64:712,0,64
9	110251860	.	A	G	178.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:207,15,0
9	111389466	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	111389480	.	G	A	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
9	111680865	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:78,0,35
9	111724432	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	111727670	.	C	G	147.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=-0.584;DP=53;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.360;QD=2.79;ReadPosRankSum=-1.950	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:45,8:53:99:176,0,1797
9	111754702	.	T	G	241.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:270,18,0
9	111754705	.	A	G	241.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:270,18,0
9	111754724	.	A	G	241.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:270,18,0
9	111754730	.	A	G	241.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:270,18,0
9	111775767	.	C	T	398.74	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.470;ClippingRankSum=-1.737;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.668;QD=30.67;ReadPosRankSum=0.668	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,12:13:6:426,0,6
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9	112899361	.	A	C	1007.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:73:1036,73,0
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9	112963504	.	A	G	662.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:691,48,0
9	112970172	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
9	112987955	.	G	A	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
9	113007751	.	A	T	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
9	113016885	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:28:75,0,28
9	113018755	.	T	C	1797.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=-0.980;DP=67;FS=10.152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.131;QD=26.83;ReadPosRankSum=0.884	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,47:67:99:1826,0,677
9	113018972	.	G	A	238.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:267,18,0
9	113018982	.	A	C	238.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:18:267,18,0
9	113019002	.	T	A	84.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:112,9,0
9	113792997	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
9	114145541	.	G	A	1583.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=-0.757;DP=49;FS=27.022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.643;QD=32.32;ReadPosRankSum=0.643	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,42:49:99:1612,0,145
9	114152636	.	C	T	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
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9	114353327	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,79
9	114395586	.	A	G	280.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:309,21,0
9	114397252	.	G	T	187.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:216,15,0
9	114397537	.	G	A	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=18.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:28:102,0,28
9	114398615	.	A	T	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
9	114398867	.	T	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
9	114399831	.	C	T	88.81	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.20;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:20:117,0,20
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9	114982463	.	T	C	1204.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1233,87,0
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9	114982798	.	T	G	910.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:939,66,0
9	114984266	.	G	A	560.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:589,42,0
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9	114993790	.	G	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
9	115003986	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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9	115141833	.	A	G	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
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9	115218388	.	T	C	93.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
9	115218874	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
9	115224550	.	C	T	25.75	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=12.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:53,6,0
9	115234611	.	G	A	255.84	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=-0.747;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=31.98;ReadPosRankSum=0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:18:284,0,18
9	115248932	.	A	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
9	115385360	.	G	A	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
9	115386964	.	T	A	64.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:92,9,0
9	115388251	.	A	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
9	115446426	.	C	T	126.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=25.35;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:155,0,31
9	115446559	.	T	C	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=1.300;DP=7;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=10.97;ReadPosRankSum=-1.300	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:105,0,154
9	115446633	.	T	C	17.84	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=-0.752;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.537;QD=1.49;ReadPosRankSum=-0.967	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:46:46,0,382
9	115446711	.	T	C	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:70:70,0,112
9	115446721	.	T	C	157.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=1.221;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.684;QD=19.72;ReadPosRankSum=-0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:99:186,0,103
9	115446725	.	T	C	239.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=-0.296;DP=10;FS=3.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=23.98;ReadPosRankSum=-1.386	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,7:10:91:268,0,91
9	115446747	.	T	C	202.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=-0.713;DP=20;FS=11.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.060;QD=10.14;ReadPosRankSum=-0.238	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,7:20:99:231,0,517
9	115446785	.	T	C	454.56	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.470;ClippingRankSum=-1.737;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.401;QD=34.97;ReadPosRankSum=1.470	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,12:13:7:482,0,7
9	115446965	.	A	T	244.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=-0.597;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.278;QD=22.25;ReadPosRankSum=0.597	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,7:11:99:273,0,144
9	115447479	.	T	C	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=-1.495;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=5.40;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:66:66,0,179
9	115447518	.	T	C	113.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:141,12,0
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9	115635252	.	A	T	549.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:578,45,0
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9	115920913	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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9	115929100	.	G	A	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
9	115949523	.	C	A	89.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:117,9,0
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9	116027956	.	G	A	216.84	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=-0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=30.98;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:18:245,0,18
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9	116816816	.	G	A	485.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:514,36,0
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9	116852797	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
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9	117098650	.	C	T	570.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:599,42,0
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9	117101245	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
9	117103973	.	A	G	369.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.212;DP=14;FS=6.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.061;QD=26.41;ReadPosRankSum=-0.071	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,10:14:99:398,0,134
9	117124731	.	G	A	63.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=-0.592;DP=13;FS=3.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.254;QD=4.91;ReadPosRankSum=0.423	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,3:13:92:92,0,364
9	117166206	.	G	T	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=-0.480;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=-0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:57:57,0,324
9	117166246	.	A	G	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.666;ClippingRankSum=-1.666;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.067;QD=3.53;ReadPosRankSum=0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:60:60,0,204
9	117166311	.	G	A	159.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=22.82;ReadPosRankSum=-0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:66:188,0,66
9	117166338	.	G	C	143.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:171,12,0
9	117182478	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	117186677	.	A	G	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
9	117188566	.	C	T	160.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:189,15,0
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9	123618150	.	G	A	186.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:215,15,0
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9	125848482	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
9	125848900	.	C	A	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
9	125854315	.	G	A	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
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9	125875541	.	A	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
9	125881541	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
9	125920376	.	G	A	1207.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1236,90,0
9	126028395	.	C	G	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
9	126144746	.	T	C	586.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:615,45,0
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9	126220114	.	C	T	80.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.901;ClippingRankSum=-1.379;DP=23;FS=8.966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.559;QD=3.51;ReadPosRankSum=1.379	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,5:23:99:109,0,677
9	126309585	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	126309594	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	127020828	.	A	G	27.75	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:55,6,0
9	127049237	.	G	A	43.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:71,6,0
9	127093990	.	A	G	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
9	127101924	.	C	T	2004.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,47:47:99:2033,141,0
9	127113660	.	A	G	110.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.120;DP=28;FS=7.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.600;QD=3.96;ReadPosRankSum=-0.180	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,5:28:99:139,0,915
9	127113732	.	C	T	846.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.529;ClippingRankSum=0.406;DP=27;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.156;QD=31.36;ReadPosRankSum=-1.342	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,22:27:99:875,0,146
9	127114489	.	A	G	606.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=2.178;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.211;QD=33.71;ReadPosRankSum=-2.318	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,16:18:23:635,0,23
9	127115453	.	G	A	859.18	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.753;ClippingRankSum=-0.952;DP=25;FS=3.188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.050;QD=34.37;ReadPosRankSum=0.751	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:2,23:25:10:887,10,0
9	127116169	.	A	G	745.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.052;ClippingRankSum=-0.765;DP=22;FS=2.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.052;QD=33.90;ReadPosRankSum=0.765	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,19:22:66:774,0,66
9	127116942	.	C	T	10.20	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.798;ClippingRankSum=-1.798;DP=25;FS=2.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.376;QD=0.41;ReadPosRankSum=1.631	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,3:25:38:38,0,803
9	127118227	.	A	G	695.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=-0.653;DP=21;FS=11.996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.060;QD=33.13;ReadPosRankSum=0.553	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,18:21:70:724,0,70
9	127118386	.	T	C	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.022;DP=37;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=2.05;ReadPosRankSum=0.111	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:32,5:37:99:104,0,1253
9	127118550	.	G	A	26.78	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.262;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.175;QD=1.12;ReadPosRankSum=-0.436	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,3:24:55:55,0,844
9	127119356	.	T	G	966.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:995,69,0
9	127127810	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	127128274	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
9	127280143	.	A	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
9	127281348	.	G	C	143.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:171,12,0
9	127282601	.	A	G	338.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=-0.348;DP=10;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.741;QD=33.88;ReadPosRankSum=0.348	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,9:10:46:367,0,46
9	127282609	.	T	G	338.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=-0.747;DP=8;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=30.27;ReadPosRankSum=0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:46:367,0,46
9	127283335	.	C	G	162.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=1.495;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=23.25;ReadPosRankSum=-1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:65:191,0,65
9	127285032	.	G	A	237.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:266,18,0
9	127300473	.	T	G	225.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:254,18,0
9	127421580	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
9	127425606	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	127428533	.	C	T	47.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
9	127439200	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
9	127527405	.	G	A	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
9	127561726	.	G	A	66.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:94,9,0
9	127576096	.	A	G	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
9	127621374	.	C	T	373.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=1.437;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.423;QD=28.75;ReadPosRankSum=-2.282	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,10:13:97:402,0,97
9	127621644	.	G	A	432.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=-2.282;DP=14;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.274;QD=30.91;ReadPosRankSum=2.100	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,12:14:39:461,0,39
9	127622005	.	A	C	608.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:637,48,0
9	127622073	.	G	A	27.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.768;ClippingRankSum=1.296;DP=11;FS=7.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.354;QD=2.52;ReadPosRankSum=-0.825	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:56:56,0,323
9	127622544	.	C	A	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=5.82;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,583
9	127622545	.	T	A	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=5.82;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,583
9	127622547	.	C	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=5.82;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,583
9	127622997	.	G	T	163.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=23.40;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:65:192,0,65
9	127623432	.	T	A	131.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=21.96;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:55:160,0,55
9	127632067	.	G	C	125.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=25.15;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:30:154,0,30
9	127634429	.	G	T	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
9	127635406	.	T	C	118.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=23.75;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:147,0,31
9	127635713	.	A	G	204.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.067;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=25.60;ReadPosRankSum=1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:63:233,0,63
9	127637215	.	T	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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9	127641764	.	G	A	484.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.211;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.538;QD=30.30;ReadPosRankSum=1.211	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,13:16:85:513,0,85
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9	127984193	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	127984194	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	127996046	.	A	G	247.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=-0.683;DP=39;FS=1.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.950;QD=6.35;ReadPosRankSum=0.717	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:30,9:39:99:276,0,1149
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9	128074807	.	T	C	1053.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1082,75,0
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9	128728459	.	A	G	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:74:74,0,74
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9	129265742	.	A	G	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=-1.537;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=12.79;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:105,0,118
9	129266141	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:75,0,36
9	129266221	.	G	A	208.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=-0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=29.83;ReadPosRankSum=-0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:24:237,0,24
9	129268065	.	C	T	119.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=-0.729;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.729;QD=13.31;ReadPosRankSum=0.729	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:148,0,134
9	129268204	.	T	G	233.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=-1.580;DP=10;FS=3.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.166;QD=23.38;ReadPosRankSum=1.580	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,7:10:93:262,0,93
9	129453229	.	A	G	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
9	129455587	.	G	C	184.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:213,15,0
9	129459438	.	G	A	233.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:262,18,0
9	129459478	.	C	T	74.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=18.69;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:31:103,0,31
9	129459662	.	G	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
9	129460312	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	129461123	.	T	C	310.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.33	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:339,24,0
9	129461714	.	C	T	438.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:467,33,0
9	129461912	.	A	G	202.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=28.97;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:24:231,0,24
9	129462072	.	T	C	220.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=-0.742;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=31.54;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:62:249,0,62
9	129462076	.	G	A	220.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=-0.742;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=31.54;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:62:249,0,62
9	129462501	.	G	T	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
9	129462563	.	A	G	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
9	129462594	.	T	C	137.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:165,12,0
9	129462687	.	C	A	359.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:388,27,0
9	129462901	.	T	C	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
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9	129595895	.	T	C	278.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:307,21,0
9	129740736	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	130115593	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
9	130132546	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	130148614	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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9	130163953	.	A	T	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
9	130166382	.	C	G	70.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:98,9,0
9	130168867	.	G	A	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
9	130169874	.	A	G	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=-1.370;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.425;QD=4.29;ReadPosRankSum=0.992	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,4:20:99:114,0,619
9	130172986	.	T	A	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=8.94;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:64:64,0,65
9	130238778	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	130267777	.	C	G	1951.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=-0.374;DP=59;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.798;QD=33.08;ReadPosRankSum=0.414	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,49:59:99:1980,0,252
9	130341253	.	A	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
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9	130555897	.	T	C	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=1.380;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=6.13;ReadPosRankSum=-1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:65:65,0,157
9	130556308	.	A	G	10.20	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.10;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:36:38,0,36
9	130557274	.	G	A	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.19;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:113,0,33
9	130565267	.	A	G	778.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:807,60,0
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9	130582987	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:75,0,35
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9	130630639	.	A	G	2202.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,51:51:99:2231,154,0
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9	130648519	.	G	C	523.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:552,39,0
9	130648680	.	G	A	643.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:672,48,0
9	130653314	.	G	C	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.426;DP=25;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.813;QD=3.03;ReadPosRankSum=-0.581	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,4:24:99:104,0,762
9	130659406	.	G	A	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
9	130661121	.	A	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
9	130670532	.	C	T	83.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:111,9,0
9	130698029	.	G	C	167.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=-0.723;DP=52;FS=1.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.976;QD=3.23;ReadPosRankSum=0.875	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:44,8:52:99:196,0,1736
9	130698043	.	A	G	114.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=-0.080;DP=52;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.563;QD=2.21;ReadPosRankSum=-1.582	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:45,7:52:99:143,0,1765
9	130699917	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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9	130700960	.	T	C	27.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=5.55;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:56:56,0,119
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9	130707081	.	A	G	189.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.683;DP=37;FS=9.848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.055;QD=5.13;ReadPosRankSum=-1.015	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:29,8:37:99:218,0,1138
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9	130991553	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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9	131068061	.	T	C	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:80,0,37
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9	131071114	.	T	C	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.44;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:118,0,34
9	131071533	.	T	C	158.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=-2.219;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.506;QD=7.56;ReadPosRankSum=2.141	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,6:21:99:187,0,547
9	131085373	.	G	C	1848.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,48:48:99:1877,144,0
9	131088464	.	C	T	409.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:438,30,0
9	131089068	.	A	G	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=4.82;ReadPosRankSum=-0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:62:62,0,201
9	131089950	.	A	G	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:67:123,0,67
9	131089952	.	A	G	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:67:123,0,67
9	131090044	.	A	G	77.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=-1.517;DP=8;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.684;QD=9.72;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:106,0,178
9	131092400	.	A	G	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.762;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=3.75;ReadPosRankSum=-0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:62:62,0,276
9	131092596	.	A	G	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
9	131092951	.	A	G	69.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.065;DP=15;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.457;QD=4.65;ReadPosRankSum=-0.457	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,4:15:98:98,0,428
9	131093909	.	A	G	229.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.927;ClippingRankSum=-0.830;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.244;QD=13.52;ReadPosRankSum=1.415	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,7:17:99:258,0,381
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9	131093965	.	A	G	204.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.365;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.036;QD=20.48;ReadPosRankSum=0.633	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,6:10:99:233,0,146
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9	131426070	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:78,0,37
9	131427211	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	131437159	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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9	131465702	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
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9	131570274	.	C	T	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=-1.076;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.942;QD=2.99;ReadPosRankSum=1.211	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,3:16:76:76,0,499
9	131571756	.	G	A	330.74	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=0.696;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.348;QD=33.07;ReadPosRankSum=-1.741	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,9:10:6:358,0,6
9	131572027	.	G	A	334.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.664;ClippingRankSum=-0.740;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.370;QD=27.90;ReadPosRankSum=0.185	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,9:12:93:363,0,93
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9	131583170	.	T	C	157.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=26.30;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:24:186,0,24
9	131584245	.	A	G	315.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=-0.925;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.925;QD=26.31;ReadPosRankSum=0.740	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,9:12:98:344,0,98
9	131585069	.	A	G	1218.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.235;ClippingRankSum=-0.778;DP=36;FS=1.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.915;QD=33.85;ReadPosRankSum=0.961	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,31:36:99:1247,0,100
9	131586374	.	G	A	37.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.989;ClippingRankSum=-0.080;DP=34;FS=5.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.241;QD=1.11;ReadPosRankSum=-1.096	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:30,4:34:66:66,0,1191
9	131586632	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
9	131588652	.	T	C	136.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:164,12,0
9	131588888	.	G	C	116.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=-1.830;DP=34;FS=1.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.068;QD=3.43;ReadPosRankSum=1.333	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,6:34:99:145,0,1107
9	131670457	.	T	C	1601.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,39:39:99:1630,117,0
9	131670919	.	T	C	926.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=-1.155;DP=33;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.163;QD=28.08;ReadPosRankSum=1.281	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,25:33:99:955,0,229
9	131670952	.	C	T	942.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.249;ClippingRankSum=-1.444;DP=34;FS=1.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.664;QD=27.73;ReadPosRankSum=1.015	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,25:34:99:971,0,296
9	131672558	.	G	A	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
9	131679892	.	C	T	1157.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=-0.829;DP=34;FS=5.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.347;QD=34.05;ReadPosRankSum=0.722	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,30:34:62:1186,0,62
9	131679897	.	A	G	1611.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,33:33:99:1640,111,0
9	131710847	.	A	G	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
9	131761899	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:30:78,0,30
9	131767668	.	A	C	817.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=-1.708;DP=28;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.316;QD=29.21;ReadPosRankSum=1.764	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,22:28:99:846,0,175
9	131771505	.	C	T	1014.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.823;ClippingRankSum=0.478;DP=37;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.566;QD=27.43;ReadPosRankSum=-0.088	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,28:37:99:1043,0,283
9	131790531	.	C	T	93.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
9	131857630	.	C	T	342.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.113;DP=20;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.625;QD=17.14;ReadPosRankSum=-0.340	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,10:20:99:371,0,379
9	131860901	.	G	T	655.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:684,48,0
9	131871144	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
9	131872975	.	A	C	199.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:228,18,0
9	131873638	.	T	G	323.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:352,24,0
9	131903923	.	G	T	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,110
9	131904608	.	C	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
9	131905177	.	T	G	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
9	131905814	.	T	C	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
9	131907510	.	T	C	176.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:205,15,0
9	131909085	.	G	C	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
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9	131910227	.	G	C	1806.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,42:42:99:1835,126,0
9	131910414	.	C	T	2899.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,67:67:99:2928,202,0
9	131910644	.	G	A	325.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.044;DP=72;FS=8.794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=4.52;ReadPosRankSum=-0.015	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:59,13:72:99:354,0,2372
9	131910805	.	A	T	288.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.113;ClippingRankSum=0.482;DP=81;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.032;QD=3.57;ReadPosRankSum=-0.354	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:68,13:81:99:317,0,2732
9	131911135	.	G	C	1964.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,47:47:99:1993,141,0
9	131927092	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
9	131931277	.	T	C	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
9	131938913	.	T	C	378.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.537;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.611;QD=31.56;ReadPosRankSum=-0.752	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,10:12:53:407,0,53
9	131940019	.	G	A	1177.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.274;ClippingRankSum=-2.274;DP=37;FS=21.252;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.318;QD=31.83;ReadPosRankSum=2.323	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,33:37:24:1206,0,24
9	132032637	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
9	132109628	.	G	A	593.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.503;ClippingRankSum=1.236;DP=23;FS=2.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.635;QD=25.82;ReadPosRankSum=-1.370	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,16:23:99:622,0,235
9	132119760	.	C	T	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
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9	132265679	.	G	A	781.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:810,57,0
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9	132270020	.	G	A	232.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:261,18,0
9	132270469	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:81,0,34
9	132271882	.	C	T	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
9	132272567	.	C	G	55.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:83,9,0
9	132272897	.	A	G	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:80,0,37
9	132273046	.	A	G	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:32:116,0,32
9	132273314	.	T	C	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
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9	132494224	.	A	G	86.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:114,9,0
9	132496617	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
9	132496739	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
9	132499069	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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9	132575837	.	C	A	558.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:587,42,0
9	132576060	.	C	A	1580.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,38:38:99:1609,114,0
9	132578228	.	T	C	189.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:218,15,0
9	132578526	.	C	T	140.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:168,12,0
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9	132579111	.	T	G	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
9	132580686	.	G	C	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
9	132585058	.	G	A	1675.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,39:39:99:1704,117,0
9	132586468	.	C	T	127.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:155,12,0
9	132589606	.	T	C	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
9	132589633	.	T	A	22.95	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=5.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:140,12,0
9	132590069	.	T	C	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.159;ClippingRankSum=-1.159;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.729;QD=4.42;ReadPosRankSum=-0.729	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:99,0,124
9	132590070	.	T	C	21.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.296;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=1.36;ReadPosRankSum=-0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:50:50,0,155
9	132590083	.	T	C	484.53	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.83	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,12:12:3:511,0,3
9	132590159	.	T	C	446.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:475,33,0
9	132590352	.	A	G	331.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:360,24,0
9	132590353	.	G	T	331.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:360,24,0
9	132590431	.	C	G	1514.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,36:36:99:1543,108,0
9	132591509	.	A	G	1816.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,44:44:99:1845,132,0
9	132597021	.	C	T	1841.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,43:43:99:1870,129,0
9	132597774	.	T	C	409.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:438,36,0
9	132599101	.	A	G	87.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:115,9,0
9	132620364	.	T	C	645.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:674,48,0
9	132623293	.	C	T	821.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:850,60,0
9	132623868	.	T	C	471.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:500,36,0
9	132631680	.	T	C	546.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:575,39,0
9	132632367	.	A	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
9	132632471	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	132633911	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	132637712	.	G	A	771.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:800,57,0
9	132643595	.	A	G	1006.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1035,72,0
9	132649662	.	A	G	581.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:610,42,0
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9	132658044	.	T	C	497.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:526,36,0
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9	132675515	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
9	132675694	.	C	T	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=10.94;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:64:72,0,64
9	132678502	.	G	A	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
9	132679571	.	T	C	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:77,0,35
9	132684007	.	G	A	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:29:79,0,29
9	132685903	.	T	C	47.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
9	132686186	.	A	G	1321.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,31:31:93:1350,93,0
9	132838016	.	C	T	90.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=-1.782;DP=33;FS=1.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.326;QD=2.75;ReadPosRankSum=1.983	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,5:33:99:119,0,1117
9	132841048	.	G	T	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
9	132872686	.	A	G	615.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:644,45,0
9	132880370	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	132883912	.	C	T	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
9	132893758	.	T	C	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
9	132898193	.	G	A	268.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=-1.318;DP=46;FS=3.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.120;QD=5.84;ReadPosRankSum=0.999	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:36,10:46:99:297,0,1381
9	132900885	.	A	G	60.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=-0.740;DP=44;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.444;QD=1.38;ReadPosRankSum=0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:39,5:44:89:89,0,1569
9	132995768	.	G	A	695.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=-1.851;DP=30;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.162;QD=23.19;ReadPosRankSum=1.764	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,19:30:99:724,0,366
9	132996647	.	G	T	669.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=-2.312;DP=23;FS=10.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.852;QD=29.12;ReadPosRankSum=2.149	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,19:23:97:698,0,97
9	132998359	.	T	C	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=-1.021;DP=34;FS=12.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.340;QD=2.64;ReadPosRankSum=0.875	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:29,5:34:99:118,0,1118
9	133320449	.	A	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.988;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.537;QD=8.79;ReadPosRankSum=-1.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:81:81,0,98
9	133321535	.	T	C	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
9	133325472	.	T	C	270.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:299,21,0
9	133326213	.	A	G	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
9	133326313	.	G	C	16.86	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=2.81;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:45:45,0,152
9	133327439	.	T	C	96.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:124,9,0
9	133331226	.	A	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
9	133332316	.	T	A	274.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:303,21,0
9	133335895	.	C	T	90.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:118,9,0
9	133347080	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
9	133348187	.	G	A	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
9	133350082	.	A	G	52.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:27:81,0,27
9	133350608	.	G	A	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:79,0,37
9	133351106	.	A	G	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
9	133355965	.	C	G	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
9	133359482	.	T	C	232.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:261,18,0
9	133360892	.	G	A	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
9	133361345	.	A	G	134.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:162,12,0
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9	133372773	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
9	133377200	.	C	T	491.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=-1.345;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.211;QD=30.74;ReadPosRankSum=1.211	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,13:16:77:520,0,77
9	133454317	.	C	T	38.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:67:67,0,207
9	133482427	.	A	G	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
9	133509791	.	C	T	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=21.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:114,0,34
9	133580502	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:73:78,0,73
9	133581402	.	A	G	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=5.68;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:68:68,0,199
9	133581494	.	A	G	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
9	133581545	.	A	G	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=4.72;ReadPosRankSum=-1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:66:66,0,239
9	133582267	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:77:78,0,77
9	133710804	.	T	C	261.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:290,21,0
9	133761001	.	A	G	119.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=-0.227;DP=37;FS=4.339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.021;QD=3.24;ReadPosRankSum=0.309	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,6:37:99:148,0,1208
9	133761883	.	T	C	117.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=-0.928;DP=40;FS=1.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.776;QD=2.94;ReadPosRankSum=0.966	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:34,6:40:99:146,0,1323
9	133761992	.	G	C	12.99	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.033;DP=31;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.303;QD=0.42;ReadPosRankSum=-0.167	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,3:31:41:41,0,1149
9	133762433	.	G	A	15.88	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.371;DP=28;FS=6.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.154;QD=0.57;ReadPosRankSum=-0.371	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,3:28:44:44,0,956
9	133776543	.	A	G	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.517;ClippingRankSum=0.684;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=8.85;ReadPosRankSum=-0.684	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:99,0,192
9	133777093	.	C	T	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=-1.061;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.589;QD=2.62;ReadPosRankSum=0.825	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:57:57,0,360
9	133777588	.	C	A	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=7.95;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:68:68,0,91
9	133779448	.	A	G	56.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-1.044;DP=29;FS=2.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.411;QD=1.96;ReadPosRankSum=1.233	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,4:29:85:85,0,976
9	133782050	.	G	A	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.19;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:75:77,0,75
9	133787225	.	A	G	210.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.427;ClippingRankSum=-1.199;DP=36;FS=9.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.285;QD=5.85;ReadPosRankSum=1.313	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,8:36:99:239,0,1029
9	133808080	.	G	A	304.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:333,24,0
9	133808499	.	G	A	112.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=18.79;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:66:141,0,66
9	133808656	.	C	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.75;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:72:72,0,121
9	133809894	.	A	G	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
9	133810122	.	C	T	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.95;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:73:73,0,113
9	133810848	.	A	G	124.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=24.96;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:25:153,0,25
9	133811244	.	A	G	169.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=28.30;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:26:198,0,26
9	133928345	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
9	133936571	.	C	G	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
9	133987060	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
9	133995959	.	C	T	1333.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.529;ClippingRankSum=1.631;DP=34;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.204;QD=27.51;ReadPosRankSum=-1.121	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,33:34:92:1362,92,0
9	133996111	.	C	G	185.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=-0.496;DP=42;FS=1.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.881;QD=4.42;ReadPosRankSum=1.201	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:34,8:42:99:214,0,1304
9	133996184	.	C	T	1410.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,33:33:99:1439,99,0
9	133996460	.	T	G	1183.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1212,87,0
9	133996503	.	T	A	1491.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,36:36:99:1520,108,0
9	133997877	.	A	G	72.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=-0.866;DP=38;FS=4.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.733;QD=1.91;ReadPosRankSum=0.555	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:32,5:37:99:101,0,1329
9	133997961	.	C	G	1612.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,38:38:99:1641,114,0
9	134020092	.	C	T	534.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.484;ClippingRankSum=0.698;DP=20;FS=5.180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.524;QD=26.74;ReadPosRankSum=-0.524	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,15:20:99:563,0,138
9	134133723	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	134136515	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
9	134151863	.	G	T	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
9	134214792	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
9	134214799	.	A	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
9	134336602	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
9	134346315	.	T	C	1853.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,44:44:99:1882,132,0
9	134349593	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	134350458	.	C	T	16.86	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=-1.066;DP=43;FS=4.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.272;QD=0.39;ReadPosRankSum=0.857	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:39,4:43:45:45,0,1541
9	134350647	.	T	C	1417.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,33:33:99:1446,99,0
9	134351065	.	G	T	1084.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1113,81,0
9	134351343	.	C	T	1031.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=-0.934;DP=32;FS=1.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.104;QD=32.24;ReadPosRankSum=0.986	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,27:32:99:1060,0,109
9	134351770	.	G	A	917.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=0.700;DP=30;FS=1.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.078;QD=30.59;ReadPosRankSum=-0.700	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,24:30:99:946,0,169
9	134362304	.	T	C	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
9	134365795	.	C	G	140.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:168,12,0
9	134366240	.	C	G	231.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:260,18,0
9	134371980	.	G	A	796.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=-0.671;DP=32;FS=8.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.224;QD=24.90;ReadPosRankSum=0.183	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,22:32:99:825,0,323
9	134372232	.	C	T	311.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=-0.563;DP=49;FS=3.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.875;QD=6.36;ReadPosRankSum=0.012	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:38,11:49:99:340,0,1467
9	134372290	.	A	G	1277.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=1.839;DP=42;FS=6.379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.429;QD=30.42;ReadPosRankSum=-0.490	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,33:42:99:1306,0,265
9	134373770	.	G	C	1161.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1190,81,0
9	134374601	.	C	G	1444.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,34:34:99:1473,102,0
9	134374882	.	T	C	1191.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.021;DP=37;FS=1.742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.216;QD=32.21;ReadPosRankSum=-0.021	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,31:37:99:1220,0,149
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9	134452681	.	G	A	142.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=-0.644;DP=28;FS=1.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.140;QD=5.10;ReadPosRankSum=0.588	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,6:28:99:171,0,849
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9	134735580	.	T	C	217.81	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=-0.742;DP=7;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=31.12;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:20:246,0,20
9	134739856	.	A	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
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9	135196398	.	G	A	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
9	135199208	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
9	135199879	.	G	A	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
9	135202829	.	T	C	577.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:606,45,0
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9	135216186	.	G	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
9	135251241	.	T	C	184.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:213,15,0
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9	135263573	.	G	T	268.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:297,21,0
9	135273607	.	C	G	624.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:653,45,0
9	135282055	.	C	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
9	135282188	.	G	A	243.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:272,21,0
9	135470176	.	C	G	493.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:522,39,0
9	135470414	.	T	C	1010.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1039,75,0
9	135554566	.	G	A	156.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.290;ClippingRankSum=-0.184;DP=22;FS=9.185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.774;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.184	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,6:22:99:185,0,631
9	135564946	.	A	G	66.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.959;DP=26;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.462;QD=2.57;ReadPosRankSum=-0.462	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,4:26:95:95,0,874
9	135566373	.	A	G	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.606;ClippingRankSum=0.592;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.085;QD=3.98;ReadPosRankSum=-0.592	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,3:13:80:80,0,393
9	135566518	.	G	A	35.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=-0.191;DP=22;FS=6.435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.670;QD=1.63;ReadPosRankSum=0.096	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,3:22:64:64,0,757
9	135567064	.	G	A	33.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.540;ClippingRankSum=1.164;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.529;QD=1.69;ReadPosRankSum=-1.270	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,3:20:62:62,0,705
9	135567388	.	T	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.056;DP=19;FS=2.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.168;QD=2.15;ReadPosRankSum=-0.056	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,3:19:69:69,0,602
9	135567850	.	C	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.474;DP=18;FS=2.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.066;QD=2.43;ReadPosRankSum=-0.592	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,3:18:72:72,0,596
9	135568632	.	C	A	691.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:720,51,0
9	135569543	.	C	T	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.803;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.425;QD=3.84;ReadPosRankSum=1.559	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,4:20:99:105,0,591
9	135606026	.	C	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
9	135606031	.	G	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
9	135606033	.	G	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
9	135767943	.	C	T	335.22	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.393;ClippingRankSum=-1.741;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.393;QD=33.52;ReadPosRankSum=1.393	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,9:10:4:362,0,4
9	135769688	.	T	C	157.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=-1.268;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.103;QD=15.78;ReadPosRankSum=1.268	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:186,0,182
9	135770115	.	C	T	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
9	135770134	.	G	A	138.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:166,12,0
9	135770300	.	G	A	179.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.717;DP=11;FS=7.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.532;QD=16.34;ReadPosRankSum=1.408	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,6:11:99:208,0,169
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9	135974100	.	G	A	14.91	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.590;ClippingRankSum=-0.760;DP=30;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.659;QD=0.50;ReadPosRankSum=-0.138	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:27,3:30:43:43,0,1050
9	135975356	.	A	C	38.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=5.54;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:67:67,0,182
9	135976552	.	A	G	314.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:343,24,0
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9	135980521	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
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9	136197971	.	T	G	810.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=-0.259;DP=25;FS=4.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.334;QD=32.43;ReadPosRankSum=-0.037	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,21:25:99:839,0,103
9	136200810	.	G	A	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
9	136203228	.	A	T	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
9	136205775	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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9	136284450	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
9	136324239	.	C	A	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:78,0,34
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9	136898627	.	A	G	1158.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1187,81,0
9	136907005	.	G	A	1022.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1051,75,0
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9	136912626	.	C	T	137.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:165,12,0
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9	137597998	.	C	T	46.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
9	137598115	.	T	C	227.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:256,18,0
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9	137611095	.	G	A	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
9	137611180	.	G	A	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
9	137611886	.	A	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
9	137612791	.	T	C	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
9	137619195	.	C	T	1088.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1117,81,0
9	137670002	.	C	T	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
9	137690318	.	A	T	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
9	137690713	.	A	G	190.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:219,15,0
9	137690877	.	T	C	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
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9	138898893	.	C	G	352.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:381,27,0
9	138899462	.	A	T	774.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:803,54,0
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9	139243334	.	T	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
9	139243790	.	A	C	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
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9	139245649	.	T	C	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
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9	139289450	.	T	C	178.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:207,15,0
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9	139397707	.	G	A	315.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=-0.118;DP=11;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.768;QD=28.71;ReadPosRankSum=-0.118	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,9:11:55:344,0,55
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9	139568047	.	G	A	2235.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,54:54:99:2264,162,0
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9	139613930	.	A	G	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
9	139614066	.	A	C	88.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:116,9,0
9	139615343	.	A	G	161.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=26.96;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:24:190,0,24
9	139615386	.	A	G	129.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=21.63;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:53:158,0,53
9	139615549	.	G	A	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
9	139615948	.	T	C	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
9	139616742	.	A	G	366.28	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=-1.423;DP=11;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.107;QD=33.30;ReadPosRankSum=0.791	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,10:11:9:394,0,9
9	139617379	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
9	139617626	.	G	A	188.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:217,15,0
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9	139744807	.	A	G	1179.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,28:28:84:1208,84,0
9	139746992	.	G	A	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
9	139749067	.	C	T	138.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:166,12,0
9	139752899	.	T	G	47.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
9	139783292	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	139790102	.	A	G	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,79
9	139790103	.	A	G	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,79
9	139790974	.	T	A	42.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:70,6,0
9	139813131	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
9	139820217	.	A	T	162.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.432;ClippingRankSum=-0.859;DP=25;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.032;QD=6.51;ReadPosRankSum=0.923	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,6:25:99:191,0,719
9	139820421	.	G	A	667.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:696,51,0
9	139823622	.	A	G	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
9	139836362	.	G	A	434.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:463,33,0
9	139837990	.	G	C	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
9	139838690	.	T	C	153.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:182,15,0
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9	139901891	.	A	G	939.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:968,69,0
9	139902214	.	A	G	1050.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1079,78,0
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9	139913239	.	T	G	744.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:773,54,0
9	139935853	.	C	T	107.94	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:14:136,14,0
9	139937795	.	T	C	1158.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:81:1187,81,0
9	139937799	.	G	A	1158.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:81:1187,81,0
9	139937954	.	G	A	1182.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=-1.216;DP=37;FS=1.742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.474;QD=31.97;ReadPosRankSum=1.133	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,31:37:99:1211,0,139
9	139938606	.	T	C	1443.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,35:35:99:1472,105,0
9	139939197	.	T	C	1167.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,28:28:84:1196,84,0
9	139940193	.	C	G	221.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:250,21,0
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9	140470119	.	A	G	57.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=-0.650;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=3.85;ReadPosRankSum=0.650	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,3:15:86:86,0,435
9	140505476	.	T	C	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.94;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:75:76,0,75
9	140505895	.	T	C	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=15.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:76:105,0,76
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10	3156939	.	C	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:86,6,0
10	3156941	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:86,6,0
10	3156949	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
10	3158848	.	C	T	13.72	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:40,3,0
10	3158979	.	C	T	794.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=-1.714;DP=45;FS=2.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.397;QD=17.66;ReadPosRankSum=1.056	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,22:45:99:823,0,843
10	3163428	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
10	3163452	.	T	C	27.75	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:55,6,0
10	3163509	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	3163512	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	3163521	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	3164194	.	C	T	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
10	3164274	.	C	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
10	3164304	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
10	3164425	.	C	T	177.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:206,15,0
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10	5035677	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	5035678	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	5036233	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
10	5038464	.	A	G	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=12.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:32:65,0,32
10	5038481	.	A	T	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:29:80,0,29
10	5039516	.	C	T	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
10	5039564	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
10	5040518	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	5041950	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:81,0,35
10	5045804	.	C	A	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:81,0,34
10	5046368	.	C	T	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
10	5051871	.	C	T	88.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:116,9,0
10	5136651	.	C	G	1479.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,34:34:99:1508,102,0
10	5139685	.	G	A	2441.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,56:56:99:2470,169,0
10	5140259	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
10	5144037	.	T	G	70.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:98,9,0
10	5495218	.	T	C	1966.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,46:46:99:1995,138,0
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10	5552475	.	T	C	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
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10	5554141	.	T	G	222.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:251,18,0
10	5554293	.	T	C	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
10	5554422	.	T	C	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
10	5554663	.	T	C	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:76,0,37
10	5554958	.	C	T	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:79,0,34
10	5555701	.	G	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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10	5680884	.	G	A	358.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:387,27,0
10	5681032	.	G	A	258.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.733;ClippingRankSum=-1.200;DP=18;FS=4.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.288;QD=14.38;ReadPosRankSum=1.200	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,8:18:99:287,0,335
10	5681348	.	T	C	599.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:628,45,0
10	5681390	.	A	G	442.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:471,33,0
10	5681830	.	A	C	343.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.204;DP=19;FS=1.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.612;QD=18.09;ReadPosRankSum=-0.204	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,10:19:99:372,0,319
10	5682070	.	C	T	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.529;ClippingRankSum=-0.396;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=4.93;ReadPosRankSum=0.396	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,4:17:99:112,0,513
10	5682641	.	C	T	710.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:739,54,0
10	5694612	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
10	5726837	.	G	A	464.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:493,36,0
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10	5749449	.	G	A	38.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=9.69;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:67:67,0,77
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10	5920121	.	T	C	359.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:388,27,0
10	5925971	.	C	A	404.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:433,30,0
10	5933336	.	A	G	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
10	5944022	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
10	5955038	.	C	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
10	5958072	.	A	G	92.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=23.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:31:121,0,31
10	5960630	.	G	A	71.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:99,9,0
10	5966190	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	5966192	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	5966854	.	G	A	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=10.94;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:72:72,0,79
10	5993617	.	T	C	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
10	5994694	.	A	C	745.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.317;DP=29;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.756;QD=25.72;ReadPosRankSum=-0.268	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,21:29:99:774,0,257
10	6008172	.	C	T	628.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.018;DP=22;FS=8.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.157;QD=28.58;ReadPosRankSum=0.940	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,17:22:99:657,0,146
10	6008613	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	6131627	.	T	C	45.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:73,6,0
10	6133371	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
10	6155806	.	T	C	52.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:26:81,0,26
10	6155847	.	A	G	93.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
10	6205875	.	A	G	83.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=20.95;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:24:112,0,24
10	6244919	.	A	G	506.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:535,39,0
10	6254656	.	C	T	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
10	6259239	.	G	A	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
10	6259285	.	G	A	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:74,0,35
10	6260070	.	G	A	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
10	6260107	.	G	C	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
10	6264110	.	T	C	87.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:115,9,0
10	6268422	.	A	G	137.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:165,12,0
10	6269855	.	T	C	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
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10	6271462	.	C	A	103.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:131,12,0
10	6271556	.	T	C	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
10	6271597	.	G	A	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
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10	6273724	.	G	A	186.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:215,15,0
10	6273752	.	G	A	186.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:215,15,0
10	6274511	.	T	G	208.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:237,18,0
10	6275223	.	G	A	1604.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,38:38:99:1633,114,0
10	6275776	.	T	C	959.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=-0.503;DP=37;FS=11.146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.957;QD=25.94;ReadPosRankSum=2.482	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,25:37:99:988,0,398
10	6276574	.	T	C	304.73	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=-0.142;DP=35;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.020;QD=8.71;ReadPosRankSum=1.199	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,11:35:99:342,0,868
10	6390450	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
10	6779575	.	A	G	752.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:781,54,0
10	6781607	.	C	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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10	6831747	.	A	C	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
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10	7847441	.	G	T	190.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:219,15,0
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10	7847802	.	C	T	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
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10	8097368	.	G	A	484.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=0.029;DP=24;FS=1.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.556;QD=20.20;ReadPosRankSum=-0.146	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,14:24:99:513,0,350
10	8106459	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	8106747	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	8116598	.	G	A	998.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1027,72,0
10	8178033	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
10	8609311	.	G	A	27.75	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:55,6,0
10	8614349	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
10	8615079	.	C	G	163.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=-0.322;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.684;QD=20.47;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:97:192,0,97
10	10826500	.	C	T	139.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.158;DP=17;FS=12.797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.107;QD=8.22;ReadPosRankSum=-0.264	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,5:17:99:168,0,416
10	10827682	.	A	G	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=12.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:66,0,35
10	10828656	.	C	T	523.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=-0.995;DP=36;FS=3.014;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=14.55;ReadPosRankSum=1.251	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,15:36:99:552,0,812
10	10834439	.	C	G	255.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=-1.425;DP=36;FS=8.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=7.10;ReadPosRankSum=1.461	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:27,9:36:99:284,0,1063
10	10836706	.	A	G	580.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.160;ClippingRankSum=-0.123;DP=27;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.173;QD=21.51;ReadPosRankSum=0.074	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,16:27:99:609,0,388
10	11504313	.	C	T	799.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:828,57,0
10	11505127	.	G	C	281.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=-1.239;DP=12;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=23.48;ReadPosRankSum=0.929	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,8:12:99:310,0,135
10	11505175	.	A	G	423.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.733;DP=20;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.582;QD=21.19;ReadPosRankSum=-0.733	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,12:20:99:452,0,285
10	11531579	.	C	T	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
10	11606295	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
10	11784633	.	C	T	174.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:203,15,0
10	11789382	.	G	A	559.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:588,42,0
10	11789405	.	G	A	830.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:859,60,0
10	11797436	.	T	C	576.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:605,45,0
10	11797467	.	G	A	338.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:367,27,0
10	11797758	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
10	11797865	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
10	11798668	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	11798669	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	11802630	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
10	11805249	.	T	C	839.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:868,60,0
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10	11805357	.	G	A	903.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:63:932,63,0
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10	11894657	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	11895097	.	T	C	131.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=1.380;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=21.96;ReadPosRankSum=-1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:99:160,0,145
10	11895099	.	G	A	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=5.96;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:64:64,0,341
10	11895925	.	C	T	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.69;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:66:75,0,66
10	11898367	.	A	G	139.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:167,12,0
10	11898472	.	G	A	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:81,0,36
10	11898502	.	G	T	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
10	11898995	.	C	T	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:29:73,0,29
10	11901240	.	C	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
10	11901778	.	T	C	134.80	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=26.96;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:21:163,0,21
10	11902091	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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10	11902698	.	C	G	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
10	11902827	.	A	G	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
10	11903399	.	A	G	185.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:214,15,0
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10	11907982	.	T	C	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
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10	11913348	.	A	C	1196.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,28:28:84:1225,84,0
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10	11914162	.	A	G	702.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:731,51,0
10	11915592	.	T	G	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
10	12071262	.	G	A	135.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.000;ClippingRankSum=-0.533;DP=14;FS=10.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.267;QD=9.70;ReadPosRankSum=0.667	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,5:14:99:164,0,352
10	12111090	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
10	12131081	.	T	G	321.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:350,24,0
10	12143105	.	C	G	455.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:484,33,0
10	12148259	.	A	C	494.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:523,36,0
10	12148286	.	T	C	557.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:586,42,0
10	12149939	.	C	T	355.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:384,27,0
10	12163741	.	A	T	489.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:518,36,0
10	12171740	.	G	A	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
10	12193644	.	C	G	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
10	12194978	.	A	G	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:80,0,36
10	12205291	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
10	12206193	.	G	T	115.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:143,12,0
10	12210341	.	G	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
10	12212186	.	T	A	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
10	12214260	.	C	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
10	12222556	.	C	T	72.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:100,9,0
10	12227580	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
10	12282828	.	A	G	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
10	12285735	.	A	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
10	12292344	.	A	G	1544.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,37:37:99:1573,111,0
10	12292454	.	A	G	871.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:900,63,0
10	12479655	.	T	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
10	12867598	.	C	G	362.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:391,27,0
10	12871167	.	C	T	77.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.000;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.300;QD=11.11;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:106,0,144
10	12871169	.	C	G	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=7.95;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:68:68,0,107
10	12872560	.	C	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
10	12872880	.	A	G	120.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=24.15;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:149,0,31
10	12873352	.	G	A	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=14.63;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:116,0,115
10	12873463	.	A	G	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=13.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:70,0,37
10	12874119	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
10	12874283	.	T	C	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
10	12874421	.	A	G	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:30:79,0,30
10	12874715	.	T	G	143.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:171,12,0
10	12875263	.	G	A	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:81,0,34
10	12875285	.	G	A	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=17.55;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:71:116,0,71
10	12875491	.	A	G	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
10	12876247	.	T	C	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
10	12877007	.	G	A	324.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:353,24,0
10	12877510	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	13142153	.	T	C	258.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.382;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=23.52;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,8:11:94:287,0,94
10	13151224	.	G	A	863.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=-0.176;DP=33;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.861;QD=26.17;ReadPosRankSum=0.098	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,23:33:99:892,0,325
10	13166076	.	A	G	1007.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1036,72,0
10	13239651	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.69;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:75:75,0,78
10	13251973	.	T	G	40.50	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
10	13337588	.	G	A	663.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:692,48,0
10	13365377	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
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10	13484200	.	G	A	93.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=23.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:122,0,34
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10	13534851	.	A	G	319.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:348,24,0
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10	13670971	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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10	13679708	.	A	G	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
10	13680726	.	G	A	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
10	13680807	.	C	G	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=9.19;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:65:65,0,73
10	13687171	.	T	C	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.19;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:71:77,0,71
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10	14561500	.	G	A	1289.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1318,90,0
10	14561957	.	C	T	484.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.647;ClippingRankSum=0.942;DP=52;FS=6.403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.338;QD=9.32;ReadPosRankSum=-1.081	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:36,16:52:99:513,0,1426
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10	14562793	.	C	T	1245.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=-1.733;DP=31;FS=4.500;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.286;QD=31.94;ReadPosRankSum=1.509	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,30:31:50:1274,50,0
10	14562980	.	G	A	1024.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=-0.949;DP=41;FS=1.283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.344;QD=24.99;ReadPosRankSum=1.003	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,27:41:99:1053,0,481
10	14563097	.	A	G	1721.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,41:41:99:1750,123,0
10	14569422	.	A	G	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
10	14610085	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
10	14610101	.	C	G	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
10	14618113	.	T	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
10	14625316	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
10	14625694	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	14920102	.	T	G	50.31	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.77;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:1:76,0,1
10	14950279	.	T	C	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.55;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:71:71,0,110
10	14950592	.	C	T	294.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.733;ClippingRankSum=0.898;DP=10;FS=11.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=29.48;ReadPosRankSum=-0.898	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,8:10:53:323,0,53
10	15008493	.	A	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
10	15119090	.	T	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
10	15148927	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,39
10	15626050	.	C	T	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
10	16479385	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=8.15;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:69:69,0,111
10	16553355	.	A	G	90.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:118,9,0
10	16554254	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	16555862	.	T	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
10	16635100	.	A	G	262.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.365;QD=18.77;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,8:14:99:291,0,206
10	16762215	.	G	A	27.75	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:55,6,0
10	16794623	.	C	T	170.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=-0.834;DP=31;FS=1.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.147;QD=5.51;ReadPosRankSum=0.883	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,7:30:99:199,0,903
10	16796919	.	C	A	502.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.015;ClippingRankSum=0.508;DP=38;FS=4.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=13.23;ReadPosRankSum=-0.597	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,15:38:99:531,0,888
10	17189772	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
10	17192712	.	A	C	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
10	17271400	.	G	C	1144.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.970;ClippingRankSum=-0.362;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.523;QD=29.68;ReadPosRankSum=0.201	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:2,29:31:26:1173,26,0
10	17279562	.	G	T	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
10	17428971	.	T	A	231.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=-0.868;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.637;QD=15.45;ReadPosRankSum=0.868	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,7:15:99:260,0,300
10	17451425	.	A	G	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=9.15;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:74:74,0,107
10	17659131	.	C	A	509.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:538,45,0
10	17659149	.	C	T	544.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:573,42,0
10	17756596	.	T	C	133.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=-0.949;DP=20;FS=2.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.041;QD=6.69;ReadPosRankSum=0.949	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,6:20:99:162,0,455
10	17758311	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	17758312	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	17758321	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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10	21108247	.	C	T	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
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10	22170858	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	22619439	.	G	A	398.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:427,30,0
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10	23198606	.	A	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
10	23198609	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
10	23273110	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
10	23400191	.	T	C	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
10	23408278	.	C	T	1339.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.516;DP=57;FS=7.359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.762;QD=23.50;ReadPosRankSum=-0.402	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,35:57:99:1368,0,778
10	23427386	.	T	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
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10	23703718	.	C	T	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
10	24565956	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
10	24595889	.	C	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
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10	24822219	.	C	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
10	24832283	.	C	G	306.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=-1.107;DP=17;FS=12.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.010;QD=18.05;ReadPosRankSum=1.107	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,9:17:99:335,0,290
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10	24833137	.	C	T	584.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=-0.592;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.237;QD=32.49;ReadPosRankSum=0.592	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,15:18:64:613,0,64
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10	27400661	.	C	T	194.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.387;ClippingRankSum=0.520;DP=26;FS=7.204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.214;QD=7.49;ReadPosRankSum=-0.636	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,7:26:99:223,0,722
10	27400861	.	G	A	1493.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,35:35:99:1522,105,0
10	27419203	.	C	A	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:80,0,33
10	27434483	.	G	A	427.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.889;DP=36;FS=10.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.757;QD=11.88;ReadPosRankSum=-0.790	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,13:36:99:456,0,890
10	27437964	.	T	C	353.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=-0.718;DP=44;FS=5.050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.068;QD=8.04;ReadPosRankSum=0.230	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,12:43:99:382,0,1232
10	27444303	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
10	27444328	.	C	A	421.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:450,30,0
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10	28370003	.	C	T	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
10	28373857	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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10	28678458	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	28678460	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	28810126	.	T	C	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.537;QD=13.79;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:111,0,108
10	28810360	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.33	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
10	28810747	.	A	C	351.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:380,27,0
10	28811115	.	C	T	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:77,0,35
10	28811129	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	28811131	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	28812473	.	C	T	915.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.372;ClippingRankSum=-1.501;DP=32;FS=1.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.371;QD=28.62;ReadPosRankSum=3.547	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,24:32:99:944,0,216
10	28812596	.	T	C	53.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=-0.673;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.883;QD=3.36;ReadPosRankSum=0.135	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,3:16:82:82,0,513
10	28813672	.	G	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
10	28814292	.	A	G	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
10	28814615	.	T	C	277.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:306,21,0
10	28814692	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:75,0,37
10	28818701	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	28821089	.	G	A	90.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:118,9,0
10	28822373	.	A	C	902.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:931,69,0
10	28842474	.	C	T	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
10	28849040	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
10	28858979	.	A	T	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
10	28874226	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	29217907	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	29707662	.	C	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
10	29710788	.	C	T	176.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=29.46;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:25:205,0,25
10	29714004	.	A	G	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
10	29715292	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
10	29747977	.	A	G	164.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.517;QD=20.60;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:99:193,0,104
10	29749755	.	A	G	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=8.69;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:63:63,0,74
10	29754132	.	T	C	132.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:160,12,0
10	29779936	.	G	A	162.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=27.13;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:24:191,0,24
10	29783885	.	A	G	250.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=-0.489;DP=18;FS=1.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.288;QD=13.93;ReadPosRankSum=0.222	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,8:18:99:279,0,362
10	29800484	.	A	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
10	29812422	.	C	A	67.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.296;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=6.78;ReadPosRankSum=-0.546	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:96:96,0,269
10	29812602	.	G	T	759.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=38.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:788,57,0
10	29839597	.	G	A	606.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=-2.032;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.087;QD=30.34;ReadPosRankSum=1.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,16:20:99:635,0,108
10	29839798	.	A	G	477.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.783;ClippingRankSum=0.594;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.085;QD=31.85;ReadPosRankSum=-1.444	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,13:15:46:506,0,46
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10	30725337	.	C	A	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
10	30727084	.	G	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
10	30728101	.	T	C	1025.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1054,72,0
10	30728250	.	A	G	355.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:384,27,0
10	30728489	.	C	T	152.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:181,15,0
10	30749895	.	G	A	264.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:293,21,0
10	31607215	.	A	G	121.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=20.29;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:62:150,0,62
10	31607231	.	T	G	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=16.75;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:65:112,0,65
10	31607361	.	G	C	160.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=26.80;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:28:189,0,28
10	32095249	.	T	G	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=17.55;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:65:116,0,65
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10	32103077	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
10	32120678	.	C	T	163.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=-0.206;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.268;QD=8.19;ReadPosRankSum=1.856	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,6:20:99:192,0,478
10	32121203	.	A	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
10	32128611	.	A	G	17.84	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=-1.182;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.537;QD=1.49;ReadPosRankSum=0.107	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:46:46,0,397
10	32141460	.	T	C	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.434;ClippingRankSum=-0.796;DP=18;FS=5.614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.265;QD=5.26;ReadPosRankSum=0.478	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,4:18:99:123,0,535
10	32217722	.	C	A	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=5.11;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:64:64,0,194
10	32563164	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
10	32635834	.	G	A	202.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.248;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=22.53;ReadPosRankSum=0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:96:231,0,96
10	33188453	.	A	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
10	33191270	.	T	A	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
10	33192069	.	G	T	223.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:252,18,0
10	33194851	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
10	33195169	.	G	A	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
10	33196317	.	G	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
10	33207497	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
10	33209266	.	G	T	2407.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,55:55:99:2436,166,0
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10	33227787	.	G	T	47.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
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10	33243751	.	G	A	180.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:209,15,0
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10	33510663	.	G	A	153.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=-2.000;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.467;QD=10.98;ReadPosRankSum=2.400	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,5:14:99:182,0,352
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10	33552695	.	C	T	412.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=-0.515;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.890;QD=22.93;ReadPosRankSum=1.171	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,12:18:99:441,0,216
10	33552696	.	A	G	774.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:803,54,0
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10	33624433	.	C	A	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:32:74,0,32
10	34620220	.	C	T	553.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=-0.513;DP=35;FS=7.420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=15.82;ReadPosRankSum=0.613	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,16:35:99:582,0,726
10	34688287	.	G	A	1274.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1303,90,0
10	35104026	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
10	35302705	.	C	T	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.391;DP=26;FS=2.287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.604;QD=2.72;ReadPosRankSum=-1.102	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,4:26:99:99,0,872
10	35430285	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
10	35620459	.	A	T	25.75	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=12.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:53,6,0
10	35622558	.	G	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
10	35772402	.	G	A	1095.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=1.144;DP=40;FS=5.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.011;QD=27.39;ReadPosRankSum=1.575	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,28:38:99:1124,0,297
10	35858665	.	T	C	624.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=1.136;DP=25;FS=3.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.495;QD=24.99;ReadPosRankSum=-1.078	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,17:25:99:653,0,268
10	36362935	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	36372143	.	C	T	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
10	36372827	.	G	A	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
10	38120099	.	A	G	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=17.95;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:75:118,0,75
10	38246460	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
10	38316404	.	G	A	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
10	38407519	.	A	G	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
10	38645343	.	C	T	76.81	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=19.20;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:20:105,0,20
10	38653777	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
10	38653780	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
10	38714778	.	G	A	121.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=-0.421;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=15.22;ReadPosRankSum=0.421	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:150,0,155
10	38740546	.	G	T	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:81,0,35
10	42361928	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	42361929	.	A	G	53.50	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	42361933	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	42361945	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	42380277	.	T	A	24.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=-0.107;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.107;QD=2.07;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:53:53,0,681
10	42381740	.	T	A	21.26	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:4:48,4,0
10	42384737	.	C	T	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:78,0,36
10	42385191	.	A	G	90.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:118,9,0
10	42385236	.	A	T	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:79,0,33
10	42398726	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	42398739	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	42399403	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	42399418	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	42399426	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	42399427	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	42399432	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	42400230	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	42400235	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	42400244	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	42400249	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	42529383	.	T	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
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10	42535475	.	A	C	10.90	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=0;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=0.00;MQ0=0	GT:GQ:PL	1/1:3:37,3,0
10	42535480	.	T	C	10.90	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=0;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=0.00;MQ0=0	GT:GQ:PL	1/1:3:37,3,0
10	42535486	.	T	A	10.90	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=10.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:37,3,0
10	42600181	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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10	42794377	.	G	A	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
10	42796985	.	A	G	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
10	42799501	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
10	42801843	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
10	42802585	.	C	T	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
10	42803352	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
10	42803570	.	C	T	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:30:81,0,30
10	42810322	.	C	T	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
10	42813846	.	T	C	90.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:9:118,9,0
10	42813871	.	G	A	90.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:9:118,9,0
10	42814379	.	C	T	93.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
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10	43679800	.	T	G	286.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:315,21,0
10	43690189	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
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10	43902389	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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10	43916493	.	T	C	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
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10	44053013	.	G	C	222.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:251,18,0
10	44053585	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
10	44111806	.	G	A	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.762;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=3.75;ReadPosRankSum=-0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:62:62,0,288
10	45472045	.	A	G	671.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:700,48,0
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10	45499799	.	T	C	184.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:213,15,0
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10	46970050	.	A	G	716.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:51:745,51,0
10	46970055	.	G	A	447.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.211;ClippingRankSum=-0.269;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.942;QD=27.99;ReadPosRankSum=0.135	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,13:16:82:476,0,82
10	46970654	.	C	A	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=1.537;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=12.63;ReadPosRankSum=-0.988	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:63:104,0,63
10	46970792	.	G	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
10	46971008	.	C	G	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=20.94;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:32:112,0,32
10	46971188	.	A	T	408.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:437,30,0
10	46971280	.	G	A	66.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=-1.106;DP=11;FS=6.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.531;QD=6.07;ReadPosRankSum=1.377	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:95:95,0,307
10	46971738	.	G	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,162
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10	46999198	.	G	T	371.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:27:400,27,0
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10	46999604	.	A	G	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=-0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.988;QD=13.63;ReadPosRankSum=1.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:94:110,0,94
10	46999747	.	T	C	88.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:116,9,0
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10	47000366	.	C	G	235.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:264,18,0
10	47000374	.	T	C	235.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:18:264,18,0
10	47000381	.	T	C	235.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:18:264,18,0
10	47000426	.	T	C	180.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:209,15,0
10	47000487	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
10	47000547	.	G	T	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
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10	47000873	.	T	A	217.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:18:246,18,0
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10	47001543	.	C	T	349.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:378,27,0
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10	47001954	.	C	T	183.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:212,15,0
10	47001984	.	G	A	134.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:162,12,0
10	47002079	.	T	C	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
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10	47002792	.	T	C	159.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=22.83;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:23:188,0,23
10	47003115	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
10	47003177	.	A	G	230.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:259,18,0
10	47003215	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
10	47003615	.	C	T	230.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:259,18,0
10	47003896	.	C	T	267.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:296,21,0
10	47004068	.	T	C	272.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:301,21,0
10	47004182	.	G	A	112.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:140,12,0
10	47004217	.	T	C	321.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:350,24,0
10	47004463	.	G	A	294.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:323,24,0
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10	47004634	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	47004702	.	A	G	123.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:151,12,0
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10	47094400	.	T	C	44.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:72,6,0
10	47096431	.	G	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:84,6,0
10	47096441	.	G	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
10	47121157	.	C	T	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
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10	47123095	.	T	C	93.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
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10	47124187	.	G	A	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
10	47124204	.	A	G	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:12:180,12,0
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10	47125664	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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10	47133375	.	C	T	299.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:328,24,0
10	47133818	.	G	A	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
10	47134007	.	A	C	182.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:211,15,0
10	47134136	.	G	A	408.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:437,30,0
10	47134373	.	A	G	319.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:348,24,0
10	47134679	.	A	T	295.90	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=-0.751;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=32.88;ReadPosRankSum=0.751	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,8:9:15:324,0,15
10	47134753	.	T	C	408.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:437,30,0
10	47134880	.	A	T	421.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:450,30,0
10	47134881	.	A	C	421.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:450,30,0
10	47134998	.	T	C	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.495;QD=5.11;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:64:64,0,185
10	47135389	.	T	A	317.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:346,24,0
10	47135459	.	G	A	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
10	47135827	.	G	T	266.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:295,21,0
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10	47136270	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
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10	47144905	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
10	47150879	.	T	G	85.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.45;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:24:114,0,24
10	47151288	.	A	G	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
10	48370595	.	G	A	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:77,0,36
10	48373576	.	T	C	129.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=1.380;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=21.63;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:71:158,0,71
10	49239650	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
10	49239657	.	C	G	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
10	49241498	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	49321810	.	G	A	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
10	49643570	.	T	G	63.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=-0.761;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.930;QD=4.91;ReadPosRankSum=0.592	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,3:13:92:92,0,375
10	49644416	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
10	50645068	.	A	G	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
10	50649753	.	A	T	44.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:72,6,0
10	50667105	.	T	C	194.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=-1.683;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.573;QD=21.64;ReadPosRankSum=1.422	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:97:223,0,97
10	50678369	.	T	C	132.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=26.55;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:161,0,31
10	50678717	.	T	C	128.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=25.76;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:25:157,0,25
10	50681033	.	G	A	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=6.79;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:69:69,0,157
10	50723684	.	G	A	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
10	50728327	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	50740876	.	G	C	186.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:215,15,0
10	50911130	.	G	A	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
10	51026705	.	C	G	462.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:491,36,0
10	51532449	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
10	51532461	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	51591678	.	T	C	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.19;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:74:77,0,74
10	51733164	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-1.495;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,423
10	51733165	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-1.495;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,423
10	51733234	.	A	G	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.589;DP=8;FS=9.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=-0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:62:62,0,237
10	51733254	.	A	G	77.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=11.11;ReadPosRankSum=-1.300	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:106,0,153
10	52065890	.	T	C	238.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:267,18,0
10	52102649	.	C	G	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
10	52103707	.	A	G	272.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=-0.533;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.817;QD=20.98;ReadPosRankSum=0.271	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,8:13:99:301,0,178
10	52422334	.	G	A	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
10	52515956	.	C	A	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=20.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:111,0,33
10	52516665	.	C	T	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=8.95;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:73:73,0,121
10	52516765	.	C	T	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=4.35;ReadPosRankSum=-0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:63:63,0,242
10	53455923	.	T	A	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:74,0,37
10	53457124	.	G	A	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.82;ReadPosRankSum=0.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:111,0,156
10	54074757	.	A	G	595.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:624,48,0
10	54075127	.	T	C	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
10	54207465	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
10	54209868	.	G	C	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
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10	54210641	.	A	G	175.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=29.30;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:28:204,0,28
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10	56281855	.	A	G	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
10	56281857	.	A	C	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
10	56281864	.	A	C	105.90	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=21.18;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:15:134,0,15
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10	60129964	.	A	G	47.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
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10	60156574	.	G	A	25.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=-0.825;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.118;QD=2.34;ReadPosRankSum=1.532	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:54:54,0,666
10	60156584	.	G	A	25.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=-0.067;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=2.86;ReadPosRankSum=-0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:54:54,0,666
10	60157611	.	C	T	25.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.589;ClippingRankSum=1.589;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.589;QD=3.22;ReadPosRankSum=-1.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:54:54,0,243
10	60577393	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
10	60590203	.	C	T	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
10	60953902	.	T	C	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
10	60953903	.	G	T	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
10	61411692	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	61550057	.	C	T	1013.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1042,72,0
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10	61789272	.	G	A	217.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=-1.231;DP=21;FS=10.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.336;QD=10.37;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,7:21:99:246,0,554
10	61802726	.	A	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
10	61820489	.	A	G	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
10	61820514	.	A	G	27.75	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:55,6,0
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10	61900356	.	A	C	65.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:93,9,0
10	61965009	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
10	62545777	.	G	A	236.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:265,18,0
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10	62547569	.	G	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
10	62553763	.	A	G	393.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:422,30,0
10	62554474	.	T	G	743.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:772,54,0
10	62671305	.	G	A	367.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:396,27,0
10	63668161	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
10	63669310	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
10	63688347	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
10	63815866	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
10	63848656	.	C	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
10	63852965	.	C	G	117.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.365;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.78;ReadPosRankSum=-0.365	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:146,0,238
10	63854959	.	G	A	10.20	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.768;ClippingRankSum=1.532;DP=11;FS=7.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.589;QD=0.93;ReadPosRankSum=-1.768	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:38:38,0,356
10	63956100	.	C	T	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
10	63958112	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	63995983	.	C	T	84.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:112,9,0
10	63998526	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	63998527	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	64564533	.	A	T	260.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.480;QD=26.08;ReadPosRankSum=0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,8:10:51:289,0,51
10	64564892	.	G	T	126.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.355;ClippingRankSum=0.412;DP=15;FS=5.426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.295;QD=8.45;ReadPosRankSum=0.530	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,6:15:99:155,0,308
10	64564934	.	C	G	95.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=-0.113;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.719;QD=5.99;ReadPosRankSum=0.906	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,5:16:99:124,0,361
10	64566572	.	T	C	257.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=-0.998;DP=16;FS=2.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.578;QD=16.11;ReadPosRankSum=0.998	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,8:16:99:286,0,270
10	64567364	.	C	T	281.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=-0.600;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.825;QD=23.48;ReadPosRankSum=0.289	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,8:12:99:310,0,137
10	64567938	.	C	T	158.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=26.46;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:26:187,0,26
10	64914372	.	G	C	135.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.652;ClippingRankSum=0.876;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.652;QD=15.09;ReadPosRankSum=-0.729	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:164,0,151
10	64927823	.	C	G	268.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=-1.813;DP=20;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.501;QD=13.44;ReadPosRankSum=1.659	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,8:20:99:297,0,458
10	64936985	.	C	A	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
10	64941664	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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10	67113513	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	69510133	.	T	C	601.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:630,42,0
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10	69793816	.	T	G	145.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-1.531;DP=15;FS=13.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.531;QD=9.72;ReadPosRankSum=1.408	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,5:15:99:174,0,382
10	69825979	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
10	69829397	.	C	T	51.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:25:80,0,25
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10	69848298	.	G	A	85.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:113,9,0
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10	69926334	.	C	G	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.937;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=10.82;ReadPosRankSum=-0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:104,0,114
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10	69935573	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	69935579	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	69948844	.	T	C	282.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:311,21,0
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10	69971332	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:81,0,36
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10	70241049	.	C	T	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
10	70242513	.	T	C	232.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:261,18,0
10	70242628	.	C	T	139.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:167,12,0
10	70242946	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
10	70392470	.	G	A	52.50	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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10	70518902	.	A	G	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:28:79,0,28
10	70518989	.	A	G	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
10	70519603	.	A	T	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
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10	71905569	.	C	A	591.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:620,45,0
10	71906150	.	T	C	277.03	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=-0.751;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=30.78;ReadPosRankSum=0.751	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,8:9:12:305,0,12
10	71910888	.	C	T	573.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:602,42,0
10	71923964	.	C	T	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
10	71923999	.	G	A	175.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=13.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=25.11;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:99:204,0,130
10	71924005	.	C	T	175.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=-0.198;DP=7;FS=13.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=25.11;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:99:204,0,130
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10	73993821	.	A	G	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=10.69;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:71:71,0,78
10	73994130	.	A	G	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.067;DP=9;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.179;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:63:63,0,270
10	73994170	.	A	G	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=17.95;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:75:118,0,75
10	73994635	.	A	G	136.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=27.35;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:68:165,0,68
10	73994637	.	A	G	136.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=27.35;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:68:165,0,68
10	73995138	.	A	G	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:70:70,0,106
10	73995151	.	A	G	29.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=-1.495;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=4.25;ReadPosRankSum=-0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:58:58,0,196
10	73995193	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:70:78,0,70
10	74035041	.	T	A	745.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=-0.850;DP=83;FS=0.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.531;QD=8.99;ReadPosRankSum=0.687	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:60,23:83:99:774,0,2392
10	74035297	.	C	T	1533.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=-0.793;DP=75;FS=1.942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.591;QD=20.45;ReadPosRankSum=0.569	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:34,41:75:99:1562,0,1265
10	74094665	.	T	C	361.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:390,27,0
10	74127853	.	G	A	80.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=16.15;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:73:109,0,73
10	74522959	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
10	74767335	.	A	G	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.067;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.179;QD=3.20;ReadPosRankSum=1.666	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:57:57,0,332
10	74767695	.	C	T	111.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.694;DP=13;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.231;QD=8.60;ReadPosRankSum=-0.849	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,4:13:99:140,0,359
10	74856576	.	C	G	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=5.68;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:68:68,0,196
10	74894375	.	T	C	136.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=-1.739;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.474;QD=8.05;ReadPosRankSum=1.739	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,5:17:99:165,0,413
10	74896664	.	T	C	233.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.601;ClippingRankSum=0.537;DP=19;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.619;QD=12.30;ReadPosRankSum=-1.940	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,8:19:99:262,0,437
10	74897816	.	C	T	229.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;ClippingRankSum=0.381;DP=28;FS=6.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.687;QD=8.21;ReadPosRankSum=0.076	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,8:28:99:258,0,791
10	74899134	.	C	G	291.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=-0.031;DP=23;FS=6.415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.283;QD=12.69;ReadPosRankSum=1.291	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,9:23:99:320,0,539
10	74913408	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
10	74913409	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.33	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
10	74913413	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
10	74916173	.	T	A	185.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.163;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.163;QD=11.61;ReadPosRankSum=0.163	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,6:16:99:214,0,378
10	74923562	.	C	T	211.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.826;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.508;QD=8.82;ReadPosRankSum=-0.953	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,7:24:99:240,0,648
10	74995086	.	C	T	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=20.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:112,0,33
10	75000937	.	A	G	240.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.377;DP=13;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.200;QD=18.52;ReadPosRankSum=-0.377	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,7:13:99:269,0,229
10	75003093	.	C	T	232.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=-1.149;DP=30;FS=18.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.305;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.961	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,8:30:99:261,0,839
10	75007939	.	T	C	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=6.96;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:70:70,0,145
10	75008731	.	T	C	227.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.919;ClippingRankSum=-0.061;DP=15;FS=5.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.061;QD=15.18;ReadPosRankSum=-0.184	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,5:15:99:256,0,385
10	75008753	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.480;QD=2.74;ReadPosRankSum=1.076	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,3:16:72:72,0,941
10	75008792	.	T	C	36.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=-0.046;DP=23;FS=2.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.137;QD=1.60;ReadPosRankSum=-0.593	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,3:23:65:65,0,796
10	75008876	.	T	C	201.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=-1.370;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.367;QD=8.77;ReadPosRankSum=0.902	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,7:23:99:230,0,640
10	75008955	.	T	C	308.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=-0.382;DP=11;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=28.07;ReadPosRankSum=0.978	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,8:11:82:337,0,82
10	75008965	.	T	C	56.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.217;DP=15;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.650;QD=3.78;ReadPosRankSum=-0.650	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,3:15:85:85,0,590
10	75009107	.	T	A	369.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.328;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.051;QD=16.81;ReadPosRankSum=0.328	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,11:22:99:398,0,381
10	75009842	.	T	C	247.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=-0.689;DP=12;FS=6.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.529;QD=20.65;ReadPosRankSum=0.135	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,7:12:99:276,0,186
10	75009844	.	T	C	157.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.309;ClippingRankSum=-1.461;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.831;QD=13.15;ReadPosRankSum=-1.788	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,5:12:99:186,0,272
10	75009915	.	T	C	18.82	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=-0.274;DP=14;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.822;QD=1.34;ReadPosRankSum=-1.004	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:47:47,0,490
10	75010010	.	T	C	58.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=-0.778;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.467;QD=4.20;ReadPosRankSum=2.180	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,3:14:87:87,0,359
10	75010081	.	T	C	190.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.295;DP=15;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.002;QD=12.72;ReadPosRankSum=0.295	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,6:15:99:219,0,341
10	75135446	.	C	T	987.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1016,75,0
10	75148116	.	A	G	463.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=-0.142;DP=55;FS=2.591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.142;QD=8.43;ReadPosRankSum=0.161	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:40,15:55:99:492,0,1602
10	75246678	.	T	C	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
10	75257547	.	C	A	201.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=25.22;ReadPosRankSum=-0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:63:230,0,63
10	75361303	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
10	75389867	.	A	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
10	75478824	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.69;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:72:75,0,72
10	75483331	.	C	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
10	75490217	.	T	C	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
10	75496130	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
10	75503692	.	T	C	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.876;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=9.53;ReadPosRankSum=-0.361	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:114,0,193
10	75504029	.	T	A	269.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:298,21,0
10	75506674	.	T	C	535.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.243;DP=39;FS=6.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.557;QD=13.74;ReadPosRankSum=-0.214	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,16:39:99:564,0,827
10	75527708	.	A	G	165.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.105;ClippingRankSum=-1.645;DP=23;FS=11.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.525;QD=7.21;ReadPosRankSum=1.155	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,6:23:99:194,0,626
10	75530962	.	C	T	127.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.203;DP=34;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.694;QD=3.76;ReadPosRankSum=-0.113	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,6:34:99:156,0,1107
10	75558867	.	G	A	453.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:482,33,0
10	75559077	.	G	A	124.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=17.82;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:153,0,99
10	75562161	.	C	A	144.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=20.68;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:67:173,0,67
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10	79793551	.	A	G	409.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:438,30,0
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10	79796223	.	C	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
10	79798313	.	A	T	10.30	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=1.29;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:16:38,0,16
10	79798533	.	G	A	492.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:521,36,0
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10	81443886	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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10	81448225	.	G	A	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:81,0,36
10	81524324	.	T	C	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:31:116,0,31
10	81525836	.	C	T	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
10	81525873	.	G	C	299.90	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=-0.751;DP=9;FS=6.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=33.32;ReadPosRankSum=-0.751	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,8:9:15:328,0,15
10	81568535	.	A	G	140.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=-0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.322;QD=17.60;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:99:169,0,110
10	81586078	.	C	G	109.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=18.30;ReadPosRankSum=-1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:30:138,0,30
10	81591985	.	A	G	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
10	81806878	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
10	81807931	.	C	A	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
10	81841692	.	G	T	670.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:699,48,0
10	81846734	.	G	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
10	81849824	.	A	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
10	81851731	.	T	C	760.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:789,54,0
10	81852059	.	G	A	203.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:232,18,0
10	81912179	.	T	C	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
10	81912846	.	T	C	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
10	81913561	.	C	T	131.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:159,12,0
10	81915136	.	T	C	343.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:372,27,0
10	81915966	.	T	C	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
10	81931441	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	81940917	.	C	A	323.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:352,24,0
10	81941007	.	C	G	235.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:264,18,0
10	81961021	.	C	T	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
10	82192125	.	A	G	320.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=-0.533;DP=14;FS=5.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.133;QD=22.91;ReadPosRankSum=0.400	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,9:14:99:349,0,151
10	82195358	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,278
10	82195359	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,278
10	82195363	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.69;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:75:75,0,278
10	82195412	.	A	G	139.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:167,12,0
10	82196010	.	A	G	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:28:80,0,28
10	82196082	.	A	G	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.94;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:66:76,0,66
10	82269611	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	82279246	.	G	A	824.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.996;DP=29;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.242;QD=28.44;ReadPosRankSum=-1.696	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,23:29:99:853,0,135
10	82279927	.	C	T	471.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:500,36,0
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10	82280137	.	T	G	502.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:36:531,36,0
10	82280140	.	C	T	502.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:36:531,36,0
10	82281890	.	G	A	291.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=-0.600;DP=12;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.599;QD=24.31;ReadPosRankSum=0.825	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,8:12:99:320,0,128
10	82281978	.	T	C	659.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:688,48,0
10	85912606	.	A	C	1091.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=-2.162;DP=50;FS=4.122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.079;QD=21.84;ReadPosRankSum=2.359	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,29:50:99:1120,0,759
10	86131059	.	A	G	495.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=-0.785;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.331;QD=22.53;ReadPosRankSum=0.853	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,14:22:99:524,0,293
10	86136002	.	G	A	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
10	86152265	.	C	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
10	86191613	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
10	86273249	.	T	C	327.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=-1.317;DP=17;FS=1.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.830;QD=19.28;ReadPosRankSum=1.220	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,10:17:99:356,0,238
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10	86276556	.	C	T	132.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=26.55;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:161,0,31
10	86276956	.	C	T	255.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.747;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=31.97;ReadPosRankSum=-0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:22:284,0,22
10	88195650	.	C	T	174.84	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=29.14;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:18:203,0,18
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10	88278611	.	C	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
10	88281346	.	A	G	620.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:649,48,0
10	88493858	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
10	88511303	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
10	88687556	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	88702350	.	G	C	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
10	88718436	.	A	C	509.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=-1.089;DP=54;FS=1.170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.241;QD=9.44;ReadPosRankSum=1.032	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:38,16:54:99:538,0,1491
10	88730312	.	T	C	315.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=-0.263;DP=24;FS=4.675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.025;QD=13.16;ReadPosRankSum=-1.142	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,10:24:99:344,0,680
10	88730374	.	C	T	135.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.696;QD=10.44;ReadPosRankSum=1.991	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,5:13:99:164,0,286
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10	88911841	.	A	G	66.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=-1.268;DP=13;FS=11.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.268;QD=5.14;ReadPosRankSum=0.930	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,3:13:95:95,0,389
10	88930249	.	A	T	265.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=-0.772;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.340;QD=17.72;ReadPosRankSum=-0.209	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,8:15:99:294,0,250
10	88939898	.	C	T	164.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.426;ClippingRankSum=0.259;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.467;QD=13.73;ReadPosRankSum=-0.259	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,6:12:99:193,0,229
10	88949406	.	C	T	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
10	88966937	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	88968059	.	T	C	117.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=-2.017;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=14.72;ReadPosRankSum=2.017	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:146,0,144
10	88968166	.	C	T	66.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.546;DP=10;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=6.68;ReadPosRankSum=-0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:95:95,0,268
10	88975783	.	C	T	67.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=-1.920;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=8.47;ReadPosRankSum=1.920	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:96:96,0,197
10	89000979	.	T	C	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
10	89005913	.	T	C	16.86	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.274;ClippingRankSum=-1.613;DP=15;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.085;QD=1.12;ReadPosRankSum=1.444	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,2:15:45:45,0,1044
10	89005915	.	T	C	16.86	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=-1.613;DP=15;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.934;QD=1.12;ReadPosRankSum=1.444	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,2:15:45:45,0,1044
10	89086421	.	C	T	313.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=-1.694;DP=16;FS=9.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.106;QD=19.61;ReadPosRankSum=2.329	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,9:16:99:342,0,243
10	89476910	.	T	G	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:77,0,36
10	89479250	.	C	T	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:77,0,34
10	89507288	.	C	A	54.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.638;ClippingRankSum=0.000;DP=9;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=6.09;ReadPosRankSum=0.421	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:83:83,0,98
10	89513118	.	G	A	330.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=-0.297;DP=22;FS=1.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.231;QD=15.03;ReadPosRankSum=0.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,10:22:99:359,0,451
10	89623901	.	G	C	135.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:163,12,0
10	89708872	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
10	89726745	.	T	C	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
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10	90683124	.	T	C	259.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:288,21,0
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10	91007360	.	T	G	262.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.377;ClippingRankSum=-2.621;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.133;QD=14.60;ReadPosRankSum=2.532	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,8:18:99:291,0,352
10	91066460	.	T	A	1746.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.654;ClippingRankSum=0.630;DP=44;FS=3.424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.866;QD=29.69;ReadPosRankSum=-0.787	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,43:44:99:1775,122,0
10	91066769	.	C	A	1225.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1254,87,0
10	91067438	.	T	C	822.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:851,60,0
10	91067595	.	C	G	1203.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,28:28:84:1232,84,0
10	91099943	.	C	G	1885.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,45:45:99:1914,135,0
10	91100068	.	C	A	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
10	91100258	.	T	A	970.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:999,69,0
10	91159323	.	G	T	67.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:95,9,0
10	91162497	.	A	G	940.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=1.445;DP=24;FS=3.388;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.589;QD=33.65;ReadPosRankSum=-0.722	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,23:24:62:969,62,0
10	91162677	.	C	T	1050.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1079,78,0
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10	91498254	.	A	G	61.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=-0.731;DP=10;FS=3.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=6.18;ReadPosRankSum=-2.166	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:90:90,0,245
10	91498318	.	A	G	136.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=27.36;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:27:165,0,27
10	91503660	.	A	G	211.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=26.47;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:51:240,0,51
10	93038530	.	G	A	168.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=24.11;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:64:197,0,64
10	93066789	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	93588683	.	C	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
10	93602605	.	G	A	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
10	93624017	.	C	G	422.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.281;ClippingRankSum=-1.703;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.722;QD=17.62;ReadPosRankSum=1.357	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,12:24:99:451,0,423
10	93789267	.	T	C	160.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.307;ClippingRankSum=1.159;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.159;QD=17.86;ReadPosRankSum=-1.307	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:189,0,155
10	93841227	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
10	93999562	.	T	A	70.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:98,9,0
10	94110217	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	94414263	.	A	C	295.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:324,24,0
10	94414567	.	A	T	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
10	94415078	.	A	C	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
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10	95072906	.	T	C	2165.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,50:50:99:2194,151,0
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10	95093897	.	C	T	236.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:265,18,0
10	95096861	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
10	95097537	.	T	C	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
10	95100248	.	A	G	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=7.94;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:60:60,0,76
10	95100310	.	G	C	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=17.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:72:115,0,72
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10	95101312	.	G	T	66.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:94,9,0
10	95102202	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
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10	95150259	.	A	G	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=14.13;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:92:113,0,92
10	95150827	.	A	G	267.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:296,21,0
10	95151839	.	C	T	188.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:217,15,0
10	95162056	.	G	C	1003.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=-0.699;DP=44;FS=6.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.410;QD=22.81;ReadPosRankSum=1.856	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,27:44:99:1032,0,581
10	95162113	.	G	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
10	95168634	.	A	G	1175.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.650;ClippingRankSum=-1.621;DP=44;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.283;QD=26.72;ReadPosRankSum=1.492	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,31:44:99:1204,0,371
10	95172731	.	G	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
10	95211206	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
10	95239251	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	95241999	.	A	C	1066.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1095,78,0
10	95259979	.	C	G	16.86	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.074;DP=28;FS=2.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.223;QD=0.60;ReadPosRankSum=0.371	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,3:28:45:45,0,971
10	95262981	.	A	G	1081.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.605;ClippingRankSum=-1.733;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.348;QD=32.00;ReadPosRankSum=1.605	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,26:27:47:1110,47,0
10	95279506	.	A	T	1266.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1295,90,0
10	95430878	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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10	96066341	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.69;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:44:75,0,44
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10	96093632	.	C	G	98.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=-0.196;DP=15;FS=6.286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.979;QD=6.58;ReadPosRankSum=-0.065	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,4:15:99:127,0,411
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10	96114640	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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10	96163039	.	C	G	132.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:160,12,0
10	96293504	.	A	G	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=-1.300;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=10.11;ReadPosRankSum=1.300	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:99,0,149
10	96294851	.	T	C	154.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=25.80;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:28:183,0,28
10	96367277	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
10	96370263	.	A	G	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
10	96370426	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
10	96372562	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:81,0,33
10	96372572	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.38	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,2:2:33:81,0,33
10	96372903	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
10	97072318	.	C	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
10	97074287	.	G	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
10	97447373	.	A	T	164.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=1.097;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.065;QD=11.77;ReadPosRankSum=-0.452	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,6:14:99:193,0,297
10	97630523	.	C	T	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:81,0,34
10	97633021	.	C	T	155.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=22.25;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:68:184,0,68
10	97658718	.	C	A	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
10	97906187	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
10	97912913	.	G	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
10	97915182	.	C	T	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
10	97925125	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:78,0,37
10	97925438	.	T	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
10	97926690	.	T	C	141.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:169,12,0
10	97990583	.	A	G	188.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:217,15,0
10	98280601	.	G	C	40.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.478;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.191;QD=1.85;ReadPosRankSum=0.574	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,3:22:69:69,0,786
10	98280620	.	C	T	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=1.286;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=2.51;ReadPosRankSum=0.056	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,3:19:76:76,0,646
10	98283258	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	98287261	.	G	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:78,0,37
10	98312891	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
10	98561415	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	98561425	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	98561430	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	98721602	.	C	T	71.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=1.300;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=10.25;ReadPosRankSum=-1.300	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:100,0,154
10	98742021	.	C	T	126.80	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=25.36;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:21:155,0,21
10	98742605	.	C	T	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:80,0,37
10	98982749	.	G	A	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=17.75;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:69:117,0,69
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10	100144782	.	C	T	262.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:28:291,28,0
10	100147060	.	A	G	158.82	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=26.47;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:19:187,0,19
10	100147813	.	G	T	190.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:219,15,0
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10	100151661	.	C	T	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.19;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:73:73,0,73
10	100151844	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
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10	100154551	.	G	A	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:12:178,12,0
10	100154565	.	A	G	83.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=20.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:26:112,0,26
10	100154605	.	T	G	172.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=28.80;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:28:201,0,28
10	100163120	.	A	C	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
10	100164441	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	100164442	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	100164571	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
10	100167396	.	G	A	229.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:258,18,0
10	100168499	.	C	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
10	100169021	.	T	C	43.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:24:72,0,24
10	100169983	.	A	G	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
10	100170037	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	100170209	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
10	100171104	.	C	G	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
10	100171371	.	G	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
10	100171571	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
10	100175218	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	100176154	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	100176339	.	A	G	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
10	100176366	.	T	C	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
10	100176869	.	C	T	126.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=25.36;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:27:155,0,27
10	100176997	.	A	G	411.41	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=1.448;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.448;QD=34.28;ReadPosRankSum=1.159	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,11:12:8:439,0,8
10	100177049	.	G	A	238.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:267,18,0
10	100189076	.	G	C	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=5.30;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:60:60,0,158
10	100189138	.	A	G	354.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:383,27,0
10	100190920	.	G	A	323.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.267;DP=14;FS=10.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=23.13;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,9:14:99:352,0,161
10	100205107	.	G	T	219.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.156;ClippingRankSum=-0.560;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.560;QD=10.47;ReadPosRankSum=0.410	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,7:21:99:248,0,528
10	101159704	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
10	101165134	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	101166544	.	C	T	1082.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=-0.695;DP=57;FS=1.012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.487;QD=19.00;ReadPosRankSum=0.919	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:27,30:57:99:1111,0,967
10	101372043	.	G	A	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
10	101372411	.	T	C	278.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:307,21,0
10	101375581	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
10	101375819	.	A	C	72.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:100,9,0
10	101378923	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.69;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:75:75,0,76
10	101451194	.	A	C	149.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.956;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.684;QD=18.72;ReadPosRankSum=-0.956	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:99:178,0,106
10	101455131	.	T	C	30.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=-1.067;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=3.85;ReadPosRankSum=1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:59:59,0,226
10	101459040	.	G	T	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
10	101465708	.	T	C	18.82	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.589;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=2.35;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:47:47,0,234
10	101465780	.	G	A	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
10	101466606	.	G	T	139.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:167,12,0
10	101466620	.	C	T	153.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:182,15,0
10	101469605	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	101473218	.	A	G	577.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:606,42,0
10	101473692	.	T	C	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.733;ClippingRankSum=1.271;DP=10;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.898;QD=3.18;ReadPosRankSum=-1.271	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:60:60,0,286
10	101475215	.	A	G	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
10	101478721	.	G	A	127.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=21.29;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:57:156,0,57
10	101502946	.	C	T	102.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=-0.510;DP=25;FS=2.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.461;QD=4.11;ReadPosRankSum=0.306	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,5:25:99:131,0,770
10	101502968	.	A	G	539.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=-1.729;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.716;QD=22.49;ReadPosRankSum=1.431	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,15:24:99:568,0,305
10	101512094	.	A	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
10	101544447	.	A	T	235.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:264,18,0
10	101563815	.	G	A	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:78,0,34
10	101576960	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
10	101604207	.	C	T	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=16.95;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:75:113,0,75
10	101635461	.	T	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
10	101636163	.	C	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
10	101639682	.	G	A	78.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=-1.203;DP=9;FS=13.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.573;QD=8.75;ReadPosRankSum=1.203	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:107,0,235
10	101639796	.	G	A	121.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:149,12,0
10	101639877	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	101645498	.	T	C	191.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:220,15,0
10	101645534	.	G	A	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=14.46;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:94:115,0,94
10	101910498	.	C	T	196.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=-1.688;DP=27;FS=1.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.577;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.802	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,7:27:99:225,0,780
10	101911142	.	A	G	299.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=-0.787;DP=23;FS=3.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.346;QD=13.03;ReadPosRankSum=0.598	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,9:23:99:328,0,514
10	101911517	.	T	G	287.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=-1.269;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.135;QD=13.08;ReadPosRankSum=1.202	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,9:22:99:316,0,486
10	101977883	.	C	T	170.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.195;DP=23;FS=8.280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.362;QD=7.42;ReadPosRankSum=0.195	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,6:21:99:199,0,601
10	101992194	.	T	C	170.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.322;QD=21.35;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:99:199,0,111
10	101992307	.	T	C	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.59	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,3:3:33:123,0,33
10	101992308	.	T	C	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.59	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,3:3:33:123,0,33
10	101992314	.	T	C	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=23.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:123,0,33
10	101992683	.	T	C	100.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=-0.853;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=-1.066	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,5:24:99:129,0,917
10	101992783	.	T	C	435.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=-0.718;DP=15;FS=2.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.240;QD=29.05;ReadPosRankSum=-1.110	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,11:15:99:464,0,118
10	101992793	.	T	C	149.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=-1.256;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.092;QD=11.52;ReadPosRankSum=1.991	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,5:13:99:178,0,309
10	101992810	.	T	C	93.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=1.240;DP=15;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.979;QD=6.25;ReadPosRankSum=-0.326	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,4:15:99:122,0,514
10	101992878	.	T	C	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.733;ClippingRankSum=-0.480;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.898;QD=3.18;ReadPosRankSum=-0.898	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:60:60,0,301
10	101992898	.	T	C	127.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.421;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.368;QD=15.97;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:156,0,322
10	101992899	.	T	C	127.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.421;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=15.97;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:156,0,322
10	102005620	.	C	T	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=-0.424;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.303;QD=5.92;ReadPosRankSum=0.182	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,4:16:99:123,0,414
10	102016044	.	C	T	33.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=-1.509;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.174;QD=1.78;ReadPosRankSum=-0.391	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,3:19:62:62,0,620
10	102107251	.	C	G	490.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=-1.403;DP=64;FS=1.071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.829;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.954	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:48,16:64:99:519,0,1930
10	102115007	.	G	A	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
10	102116311	.	A	C	856.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.930;ClippingRankSum=-0.469;DP=84;FS=6.257;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.050;QD=10.20;ReadPosRankSum=1.911	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:58,26:84:99:885,0,2282
10	102118946	.	C	T	187.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:15:216,15,0
10	102118954	.	T	C	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=17.55;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:72:116,0,72
10	102120255	.	C	G	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
10	102121579	.	A	G	571.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.457;DP=62;FS=8.402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.528;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.473	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:44,18:62:99:600,0,1718
10	102121601	.	A	G	1330.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=-1.385;DP=52;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.936;QD=25.59;ReadPosRankSum=-0.020	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,35:52:99:1359,0,595
10	102121840	.	G	A	11.12	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=-0.674;DP=75;FS=1.618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.088;QD=0.15;ReadPosRankSum=1.006	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:69,6:75:39:39,0,2812
10	102122187	.	C	G	1700.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.919;ClippingRankSum=-1.688;DP=68;FS=3.426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.160;QD=25.01;ReadPosRankSum=1.880	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,44:68:99:1729,0,816
10	102122603	.	T	C	1695.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.516;ClippingRankSum=-1.050;DP=81;FS=1.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.841;QD=20.94;ReadPosRankSum=0.737	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:36,45:81:99:1724,0,1316
10	102123504	.	C	T	981.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.363;ClippingRankSum=-0.511;DP=62;FS=4.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.511;QD=15.83;ReadPosRankSum=0.383	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:35,27:62:99:1010,0,1346
10	102139578	.	C	T	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
10	102140155	.	T	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
10	102140495	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
10	102284339	.	A	G	134.81	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=26.96;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:20:163,0,20
10	102295836	.	C	G	368.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=-0.553;DP=17;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.251;QD=21.69;ReadPosRankSum=0.754	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,11:17:99:397,0,201
10	102314707	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
10	102673063	.	G	T	116.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:144,12,0
10	102674348	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
10	102684299	.	A	G	277.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.109;ClippingRankSum=-0.386;DP=14;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.177;QD=19.84;ReadPosRankSum=0.627	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,8:14:99:306,0,227
10	102684380	.	C	A	283.41	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.751;DP=9;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=31.49;ReadPosRankSum=0.751	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,8:9:8:311,0,8
10	102703133	.	G	T	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
10	102719902	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
10	102744331	.	A	T	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
10	102746231	.	C	T	1082.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1111,78,0
10	102748187	.	G	T	12.99	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=1.004;DP=14;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.091;QD=0.93;ReadPosRankSum=-1.369	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:41:41,0,476
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10	102758990	.	T	G	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
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10	102763726	.	G	C	393.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=-0.421;DP=29;FS=6.004;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.022;QD=13.58;ReadPosRankSum=0.465	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,12:29:99:422,0,588
10	102764239	.	A	G	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=1.179;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=3.53;ReadPosRankSum=-0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:60:60,0,620
10	102764245	.	A	G	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.898;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.898;QD=3.18;ReadPosRankSum=-0.898	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:60:60,0,620
10	102764511	.	G	A	188.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:217,15,0
10	102764785	.	A	G	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=1.537;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=13.79;ReadPosRankSum=-1.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:111,0,119
10	102764890	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,164
10	102764904	.	G	T	242.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.762;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=26.97;ReadPosRankSum=0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:55:271,0,55
10	102765391	.	C	T	857.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=-1.695;DP=36;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.621;QD=23.83;ReadPosRankSum=1.795	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,24:36:99:886,0,358
10	102791902	.	A	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
10	102792230	.	G	T	108.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=-1.835;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=9.06;ReadPosRankSum=-0.289	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,4:12:99:137,0,292
10	102799682	.	C	A	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.11;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:99,0,146
10	103124604	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	103124606	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	103313599	.	C	T	190.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=-1.186;DP=11;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.143;QD=17.34;ReadPosRankSum=-0.387	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,6:11:99:219,0,175
10	103313620	.	A	G	163.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=23.40;ReadPosRankSum=1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:58:192,0,58
10	103315801	.	C	T	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
10	103340056	.	G	A	127.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=-1.775;DP=21;FS=8.280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.041;QD=6.08;ReadPosRankSum=1.197	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,5:21:99:156,0,618
10	103340144	.	A	G	104.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=1.202;DP=14;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.202;QD=7.48;ReadPosRankSum=-0.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,4:14:99:133,0,389
10	103345860	.	G	A	527.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.435;ClippingRankSum=-1.528;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.361;QD=27.78;ReadPosRankSum=1.528	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,14:19:99:556,0,121
10	103361088	.	C	T	109.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=-1.975;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.335;QD=4.57;ReadPosRankSum=-0.857	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,5:23:99:138,0,719
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10	103454402	.	A	T	103.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.447;ClippingRankSum=1.568;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.365;QD=10.38;ReadPosRankSum=-1.568	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:132,0,164
10	103545077	.	A	G	1485.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,35:35:99:1514,105,0
10	103555471	.	C	T	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
10	103555910	.	A	G	85.81	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.45;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:20:114,0,20
10	103558701	.	G	A	954.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=-0.932;DP=43;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.081;QD=22.20;ReadPosRankSum=0.460	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,26:43:99:983,0,619
10	103570615	.	T	C	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=30.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:120,0,33
10	103570619	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=14.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,1:3:72:72,0,430
10	103570620	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,1:3:72:72,0,430
10	103570621	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=10.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,1:4:72:72,0,430
10	103570626	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=8.75;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:72:72,0,430
10	103570643	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:75,0,35
10	103577726	.	G	A	632.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=-0.231;DP=27;FS=13.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.414;QD=23.44;ReadPosRankSum=-0.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,18:27:99:661,0,304
10	103581114	.	T	C	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
10	103605426	.	A	G	427.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=-0.369;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.423;QD=25.16;ReadPosRankSum=-0.158	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,12:17:99:456,0,166
10	103874337	.	T	A	128.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:156,12,0
10	103905779	.	A	G	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
10	103908080	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
10	104005386	.	G	A	185.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.466;DP=11;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.717;QD=16.89;ReadPosRankSum=-1.031	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,6:11:99:214,0,179
10	104136469	.	T	C	769.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:798,54,0
10	104159196	.	A	G	1575.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,40:40:99:1604,120,0
10	104159696	.	G	A	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DP=7;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=11.82;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:111,0,157
10	104160434	.	A	G	1648.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,38:38:99:1677,114,0
10	104181366	.	G	C	191.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=-0.365;DP=10;FS=8.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.633;QD=19.18;ReadPosRankSum=0.365	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,6:10:99:220,0,132
10	104184081	.	G	A	402.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=-1.179;DP=33;FS=3.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.617;QD=12.21;ReadPosRankSum=1.366	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,12:33:99:431,0,821
10	104188235	.	A	G	44.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:72,6,0
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10	104574642	.	T	A	429.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:35:458,35,0
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10	104702470	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	104702474	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	104860395	.	T	G	192.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:221,15,0
10	104866438	.	G	A	822.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.632;ClippingRankSum=-0.427;DP=35;FS=14.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.154;QD=23.51;ReadPosRankSum=-0.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,22:35:99:851,0,456
10	104936409	.	T	C	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.19;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:65:77,0,65
10	104938060	.	T	C	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.69;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:71:71,0,71
10	104938136	.	T	C	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=5.75;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:57:57,0,121
10	104938465	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:38:39,0,38
10	104938946	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
10	104953007	.	C	G	329.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=-0.830;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.244;QD=19.40;ReadPosRankSum=0.830	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,10:17:99:358,0,229
10	105128134	.	T	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
10	105177645	.	G	T	371.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.323;ClippingRankSum=-1.184;DP=28;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.673;QD=13.28;ReadPosRankSum=1.184	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,12:28:99:400,0,603
10	105207505	.	C	T	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
10	105208708	.	A	G	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:32:79,0,32
10	105354982	.	T	C	247.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.682;ClippingRankSum=0.209;DP=15;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.791;QD=16.52;ReadPosRankSum=-0.340	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,8:15:99:276,0,257
10	105357181	.	G	A	158.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=-0.876;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=17.64;ReadPosRankSum=1.307	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:187,0,128
10	105357976	.	G	A	204.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=-0.467;DP=12;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.259;QD=17.06;ReadPosRankSum=0.467	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,6:12:99:233,0,228
10	105357987	.	T	C	126.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-0.922;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=15.85;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:155,0,151
10	105361816	.	T	G	281.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.883;ClippingRankSum=-1.678;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.501;QD=15.65;ReadPosRankSum=1.854	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,9:18:99:310,0,301
10	105362104	.	G	A	231.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.635;ClippingRankSum=0.380;DP=12;FS=5.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.689;QD=19.31;ReadPosRankSum=-0.529	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,7:12:99:260,0,159
10	105362209	.	T	C	239.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=0.597;DP=11;FS=7.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.278;QD=21.80;ReadPosRankSum=-0.597	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,7:11:99:268,0,146
10	105482700	.	G	A	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
10	105609034	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
10	105639514	.	T	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
10	105657363	.	C	G	53.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=-1.197;DP=17;FS=6.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.189;QD=3.16;ReadPosRankSum=0.945	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,3:17:82:82,0,503
10	105658088	.	C	T	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:74,0,35
10	105728280	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
10	105758670	.	A	G	281.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.179;DP=24;FS=4.100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=11.74;ReadPosRankSum=1.014	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,9:24:99:310,0,570
10	105763026	.	C	T	175.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.123;ClippingRankSum=-0.330;DP=33;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.815;QD=5.33;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,7:33:99:204,0,1031
10	105768158	.	A	T	66.10	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:11:94,11,0
10	105768271	.	C	A	175.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:204,15,0
10	105768415	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
10	105768818	.	G	A	38.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=12.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:67,0,37
10	105786298	.	C	T	545.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:574,39,0
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10	105788746	.	C	T	163.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=27.30;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:24:192,0,24
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10	106022789	.	C	A	983.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=-1.692;DP=41;FS=2.883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.122;QD=23.99;ReadPosRankSum=1.962	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,26:41:99:1012,0,520
10	106025258	.	G	T	141.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:169,12,0
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10	106028157	.	G	T	94.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:27:123,0,27
10	106039185	.	A	G	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
10	106071001	.	A	G	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:73,0,33
10	106072527	.	T	C	1016.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.959;DP=39;FS=1.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.502;QD=26.07;ReadPosRankSum=-0.898	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,27:39:99:1045,0,401
10	106073566	.	T	C	204.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.768;ClippingRankSum=-0.301;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.570;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.100	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,7:23:99:233,0,628
10	106073568	.	T	C	905.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:934,63,0
10	111633984	.	G	A	96.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:124,9,0
10	111916043	.	A	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
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10	111967555	.	C	T	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=-1.300;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.937;QD=10.54;ReadPosRankSum=1.300	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:102,0,128
10	111987960	.	C	T	55.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=-0.979;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.660;QD=2.53;ReadPosRankSum=-1.319	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,4:22:84:84,0,676
10	112045142	.	A	G	92.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-1.981;DP=17;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.283;QD=5.46;ReadPosRankSum=1.529	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,4:17:99:121,0,465
10	112045172	.	G	A	148.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=-0.470;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.336;QD=14.88;ReadPosRankSum=0.103	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:177,0,189
10	112046150	.	T	C	228.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.421;DP=14;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.792;QD=16.34;ReadPosRankSum=0.545	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,7:14:99:257,0,243
10	112046200	.	G	T	239.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.762;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.067;QD=26.64;ReadPosRankSum=0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:42:268,0,42
10	112051600	.	G	A	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
10	112053599	.	C	T	374.22	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=-1.739;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.791;QD=34.02;ReadPosRankSum=1.423	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,10:11:4:401,0,4
10	112058426	.	T	C	309.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.508;DP=32;FS=1.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.281;QD=9.68;ReadPosRankSum=0.915	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,10:32:99:338,0,864
10	112060356	.	C	T	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,115
10	112258425	.	C	T	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
10	112260304	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	112263030	.	C	T	452.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:481,33,0
10	112263513	.	T	C	284.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:313,21,0
10	112265135	.	G	T	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
10	112265722	.	G	A	86.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:114,9,0
10	112266822	.	G	A	2806.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,63:63:99:2835,190,0
10	112266823	.	C	T	2806.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,63:63:99:2835,190,0
10	112267806	.	G	A	186.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:215,15,0
10	112269400	.	A	G	257.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:286,21,0
10	112269486	.	G	C	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
10	112270675	.	A	C	2720.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,65:65:99:2749,196,0
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10	112289063	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	112361870	.	A	G	680.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:709,48,0
10	112641053	.	A	G	719.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:748,54,0
10	112643417	.	C	T	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
10	112658964	.	G	T	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=0.988;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=12.29;ReadPosRankSum=-0.988	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:102,0,119
10	112659761	.	T	C	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=5.75;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:57:57,0,110
10	112771740	.	T	A	48.73	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.550;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=6.09;ReadPosRankSum=-0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:109,0,157
10	113910721	.	A	G	191.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:220,15,0
10	113912997	.	A	C	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=5.96;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:64:64,0,153
10	113913193	.	T	C	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=17.15;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:71:114,0,71
10	113913222	.	T	C	191.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:220,15,0
10	113935379	.	T	C	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=-0.988;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=13.29;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:108,0,116
10	113940329	.	T	C	315.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:344,24,0
10	114187787	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
10	114209390	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
10	114436559	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	114578875	.	C	T	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:79,0,36
10	114582639	.	C	T	69.81	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=17.45;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:20:98,0,20
10	114585015	.	C	T	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:30:72,0,30
10	114586018	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
10	114586109	.	A	G	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
10	114908982	.	G	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
10	115489650	.	T	G	114.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.362;ClippingRankSum=0.537;DP=21;FS=5.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.537;QD=5.47;ReadPosRankSum=-0.206	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,5:21:99:143,0,629
10	115490060	.	G	A	476.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=-0.674;DP=33;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.455;QD=14.45;ReadPosRankSum=0.565	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,14:33:99:505,0,716
10	115515120	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
10	115540901	.	T	A	533.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:562,39,0
10	115609915	.	C	G	184.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:213,15,0
10	115613611	.	A	G	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
10	115644040	.	G	A	273.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.533;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.256;QD=21.06;ReadPosRankSum=0.437	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,8:13:99:302,0,182
10	115675025	.	G	A	264.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:293,21,0
10	115990567	.	A	G	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=14.13;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:113,0,110
10	115990593	.	A	C	172.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:201,15,0
10	116032519	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
10	116050008	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
10	116052362	.	G	A	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=12.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:65,0,33
10	116052467	.	G	A	93.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.44;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:122,0,34
10	116053000	.	C	T	175.88	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=29.31;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:16:204,0,16
10	116053689	.	A	T	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
10	116191174	.	A	G	298.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.946;ClippingRankSum=0.770;DP=30;FS=3.654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.562;QD=9.96;ReadPosRankSum=-0.638	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,10:30:99:327,0,744
10	116191959	.	G	T	1202.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,28:28:84:1231,84,0
10	116192120	.	T	C	779.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.936;ClippingRankSum=-0.960;DP=35;FS=1.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.556;QD=22.28;ReadPosRankSum=0.859	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,21:35:99:808,0,494
10	116192626	.	T	C	653.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.332;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.598;QD=34.41;ReadPosRankSum=1.395	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,17:19:24:682,0,24
10	116192831	.	T	G	1141.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1170,81,0
10	116193687	.	C	G	999.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1028,72,0
10	116193917	.	A	G	858.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=-2.557;DP=32;FS=3.526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.551;QD=26.84;ReadPosRankSum=2.347	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,23:32:99:887,0,290
10	116194780	.	C	G	582.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.555;ClippingRankSum=-1.462;DP=28;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.812;QD=20.81;ReadPosRankSum=1.323	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,16:28:99:611,0,419
10	116195155	.	T	C	694.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=-0.427;DP=29;FS=1.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.157;QD=23.96;ReadPosRankSum=0.157	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,18:29:99:723,0,839
10	116195156	.	G	A	694.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.326;ClippingRankSum=-0.337;DP=29;FS=1.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.876;QD=23.96;ReadPosRankSum=0.562	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,18:29:99:723,0,839
10	116195599	.	T	A	423.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=-1.569;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.585;QD=18.42;ReadPosRankSum=1.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,12:23:99:452,0,414
10	116195776	.	C	G	793.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=-0.317;DP=30;FS=6.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.317;QD=26.46;ReadPosRankSum=-0.136	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,21:30:99:822,0,298
10	116211246	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	116251753	.	G	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
10	116307504	.	A	G	451.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:480,33,0
10	116335246	.	G	A	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.404;ClippingRankSum=-1.109;DP=12;FS=7.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.294;QD=5.90;ReadPosRankSum=0.740	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,3:12:99:99,0,335
10	116615045	.	T	C	106.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.326;DP=15;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.240;QD=7.12;ReadPosRankSum=-0.196	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,4:15:99:135,0,447
10	116622339	.	A	G	217.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=-0.927;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.146;QD=12.81;ReadPosRankSum=0.732	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,7:17:99:246,0,368
10	116623059	.	G	C	77.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=-1.001;DP=9;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.001;QD=8.64;ReadPosRankSum=1.422	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:106,0,240
10	116624067	.	C	T	161.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.796;DP=18;FS=8.193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.983;QD=8.99;ReadPosRankSum=-0.609	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,6:18:99:190,0,470
10	116719543	.	G	A	38.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.574;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.096;QD=1.76;ReadPosRankSum=-0.574	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,3:22:67:67,0,728
10	118433169	.	A	G	90.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:118,9,0
10	118452044	.	G	T	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
10	118453986	.	T	C	136.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:164,12,0
10	118456210	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	118456262	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
10	118456282	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	118643670	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
10	118646129	.	G	C	193.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:222,15,0
10	118651011	.	C	G	319.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:348,24,0
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10	120808619	.	A	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
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10	120864868	.	T	C	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
10	120864893	.	A	G	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=13.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:29:70,0,29
10	120892542	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
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10	120927544	.	T	G	2035.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,47:47:99:2064,141,0
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10	121357276	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
10	121429633	.	T	C	224.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.583;DP=39;FS=1.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.483;QD=5.76;ReadPosRankSum=-0.117	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:30,9:39:99:253,0,1122
10	121434052	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
10	121436362	.	A	G	2060.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,49:49:99:2089,147,0
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10	121586827	.	A	G	125.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.937;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.754;QD=17.97;ReadPosRankSum=-0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:154,0,108
10	121588038	.	A	C	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.15;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:69:69,0,111
10	121588201	.	T	C	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=5.11;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:64:64,0,197
10	121589402	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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10	121679013	.	A	G	630.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:659,48,0
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10	121700418	.	A	T	161.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.956;QD=20.22;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:99:190,0,102
10	122663585	.	G	A	468.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.403;DP=23;FS=1.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.217;QD=20.38;ReadPosRankSum=-0.031	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,13:23:99:497,0,349
10	122664967	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
10	122669004	.	C	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
10	123501170	.	C	G	974.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:1003,69,0
10	123501732	.	T	C	454.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:483,33,0
10	123501935	.	A	C	831.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:860,60,0
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10	124001794	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
10	124004551	.	T	A	136.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:164,12,0
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10	124183732	.	T	C	855.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:884,60,0
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10	124403107	.	T	C	447.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:476,33,0
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10	124654127	.	T	C	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:76,0,36
10	124694410	.	C	A	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
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10	125711399	.	C	G	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
10	125768032	.	C	T	518.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=-0.478;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.053;QD=28.82;ReadPosRankSum=0.478	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,14:18:99:547,0,123
10	125772916	.	T	C	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:80,0,37
10	125776423	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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10	125780360	.	A	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
10	125780460	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
10	125849177	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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10	126094472	.	G	A	389.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:418,30,0
10	126095366	.	T	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
10	126096381	.	C	T	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
10	126100850	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
10	126104022	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	126134256	.	G	T	328.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=-0.533;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=23.48;ReadPosRankSum=0.400	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,9:14:99:357,0,168
10	126135177	.	G	A	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
10	126308683	.	A	G	301.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=-1.600;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=21.55;ReadPosRankSum=1.467	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,9:14:99:330,0,167
10	126517989	.	G	A	472.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=-1.076;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.807;QD=29.55;ReadPosRankSum=-0.135	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,13:16:74:501,0,74
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10	126623542	.	A	C	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
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10	127482137	.	C	T	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=13.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:30:69,0,30
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10	127482764	.	T	C	81.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=20.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:27:110,0,27
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10	127525072	.	A	C	225.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=1.200;DP=13;FS=5.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.493;QD=17.37;ReadPosRankSum=-1.093	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,7:13:99:254,0,213
10	127530325	.	T	C	981.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=-0.857;DP=43;FS=2.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.882;QD=22.83;ReadPosRankSum=0.112	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,26:43:99:1010,0,609
10	127535996	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	127680543	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	127680550	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	127772435	.	C	T	13.72	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:40,3,0
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10	128595403	.	A	C	92.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:32:121,0,32
10	128595687	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
10	128595694	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
10	128596046	.	G	C	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
10	128597586	.	A	G	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:120,0,34
10	128597733	.	G	A	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:32:77,0,32
10	128598504	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
10	128599168	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
10	128599968	.	C	G	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
10	128602631	.	T	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
10	128603743	.	T	A	187.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:216,15,0
10	128608469	.	A	T	88.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:116,9,0
10	128609049	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
10	128609960	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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10	128610878	.	G	A	44.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:72,6,0
10	128611628	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:78,0,37
10	128612635	.	G	T	87.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=21.95;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:24:116,0,24
10	128613842	.	T	C	143.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:171,12,0
10	128614598	.	G	T	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:66:78,0,66
10	128615215	.	A	G	154.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=29.59;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,1:4:99:183,0,449
10	128615219	.	A	G	154.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=30.95;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,1:5:99:183,0,449
10	128615227	.	G	C	154.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=0.729;DP=9;FS=6.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.652;QD=17.20;ReadPosRankSum=-2.219	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:183,0,449
10	128615243	.	C	G	163.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=1.668;DP=10;FS=6.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.336;QD=16.38;ReadPosRankSum=1.453	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:192,0,421
10	128615246	.	G	A	163.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=1.408;DP=11;FS=6.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.031;QD=14.89;ReadPosRankSum=2.637	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,5:11:99:192,0,421
10	128615272	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=5.82;ReadPosRankSum=-1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,416
10	128615274	.	G	A	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-1.495;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=5.82;ReadPosRankSum=-1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,416
10	128615289	.	A	T	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=1.380;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:69:69,0,161
10	128767442	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
10	128767911	.	G	A	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=22.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:117,0,34
10	128768852	.	C	T	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
10	128926013	.	A	G	277.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:306,21,0
10	128926539	.	T	C	87.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:115,9,0
10	128930784	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	128931208	.	A	G	87.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:115,9,0
10	129216658	.	T	C	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.271;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.480;QD=2.88;ReadPosRankSum=1.733	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:57:57,0,318
10	129245684	.	G	A	160.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=-1.920;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.221;QD=20.10;ReadPosRankSum=0.956	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:99:189,0,101
10	129249662	.	G	A	663.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:692,48,0
10	129249676	.	C	T	497.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:526,36,0
10	129249693	.	G	A	689.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:48:718,48,0
10	129249701	.	C	G	689.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:48:718,48,0
10	129249914	.	T	C	441.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:470,33,0
10	129249925	.	T	C	429.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:458,33,0
10	129250075	.	A	G	66.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:94,9,0
10	129250497	.	C	T	325.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:354,24,0
10	129250603	.	G	C	281.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:310,21,0
10	129838503	.	A	G	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
10	129896232	.	A	G	447.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:476,33,0
10	129904560	.	C	T	644.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=-1.735;DP=17;FS=3.274;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.102;QD=29.69;ReadPosRankSum=1.531	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,16:17:15:673,15,0
10	129905058	.	C	A	219.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=-1.902;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.543;QD=12.21;ReadPosRankSum=1.902	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,7:18:99:248,0,409
10	129917560	.	T	C	388.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:417,30,0
10	131412157	.	G	A	45.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:73,6,0
10	131565163	.	T	C	398.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:427,30,0
10	131878091	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
10	131934747	.	G	C	1457.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,35:35:99:1486,105,0
10	131953745	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	131959150	.	C	T	1701.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,40:40:99:1730,120,0
10	131965590	.	A	C	93.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
10	131975096	.	G	C	85.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:113,9,0
10	131979478	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
10	133749294	.	G	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
10	133761285	.	G	A	450.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.109;ClippingRankSum=1.823;DP=20;FS=2.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.238;QD=22.54;ReadPosRankSum=-0.475	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,13:20:99:479,0,242
10	134021118	.	C	A	190.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:219,15,0
10	134021149	.	T	C	245.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.520;ClippingRankSum=0.896;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.896;QD=22.34;ReadPosRankSum=1.769	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,7:11:99:274,0,130
10	134036193	.	A	G	34.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=-0.383;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.765;QD=1.58;ReadPosRankSum=0.478	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,3:22:63:63,0,703
10	134137627	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
10	134143942	.	C	T	604.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:633,48,0
10	134143985	.	G	T	684.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:713,48,0
10	134143986	.	C	T	684.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:713,48,0
10	134144005	.	T	C	148.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=24.80;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:23:177,0,23
10	134144122	.	T	C	46.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:24:75,0,24
10	134145136	.	A	G	286.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:315,21,0
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10	134226240	.	C	T	46.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
10	134228278	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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10	134832782	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
10	134982255	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:31:81,0,31
10	134999602	.	G	C	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=13.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:70,0,35
10	135000148	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:78,0,36
10	135076523	.	C	A	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
10	135077020	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
10	135079788	.	T	C	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
10	135079862	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
10	135081684	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	135081754	.	G	C	91.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:119,9,0
10	135082810	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
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10	135087521	.	G	A	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
10	135091159	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
10	135091240	.	G	C	34.50	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:71,6,0
10	135091396	.	G	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
10	135092100	.	A	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
10	135092590	.	G	C	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
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10	135176853	.	G	A	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
10	135178087	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
10	135180430	.	A	G	2457.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,56:56:99:2486,169,0
10	135184126	.	G	A	1859.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,44:44:99:1888,132,0
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10	135213867	.	T	C	43.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:71,6,0
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10	135233541	.	A	G	1058.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1087,78,0
10	135234078	.	A	G	237.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:266,18,0
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11	205198	.	C	A	311.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=-1.078;DP=31;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.486;QD=10.06;ReadPosRankSum=1.331	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,10:31:99:340,0,810
11	208235	.	G	A	106.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=-0.825;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.929;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.600	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,4:12:99:135,0,298
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11	216290	.	G	A	149.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.696;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.52;ReadPosRankSum=-0.696	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,5:13:99:178,0,270
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11	237087	.	A	G	1573.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,39:39:99:1602,117,0
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11	243211	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	243672	.	G	A	132.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:160,12,0
11	244167	.	C	T	1847.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,32:32:99:1876,105,0
11	244171	.	T	C	1847.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,31:31:99:1876,105,0
11	244197	.	T	C	1526.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,36:36:99:1555,108,0
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11	295527	.	T	C	541.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:570,39,0
11	308290	.	T	C	1803.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,43:43:99:1832,129,0
11	308363	.	G	C	237.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:266,18,0
11	309127	.	A	G	203.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=-1.201;DP=41;FS=3.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.411;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.674	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:33,8:41:99:232,0,1306
11	314207	.	C	G	2893.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,71:71:99:2922,213,0
11	316349	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
11	320237	.	C	G	569.89	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.651;ClippingRankSum=-0.217;DP=16;FS=3.590;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.651;QD=30.99;ReadPosRankSum=-1.085	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,15:16:2:596,2,0
11	375700	.	G	A	115.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.614;ClippingRankSum=-0.323;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.065;QD=8.27;ReadPosRankSum=0.194	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,6:14:99:144,0,270
11	395343	.	T	C	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
11	396406	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	396473	.	T	C	79.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:107,9,0
11	396915	.	C	T	1291.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,31:31:93:1320,93,0
11	397732	.	T	G	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
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11	493739	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
11	493867	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
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11	499583	.	G	A	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=6.96;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:70:70,0,157
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11	535463	.	G	A	240.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=-2.003;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.296;QD=21.89;ReadPosRankSum=1.768	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,9:11:45:269,0,45
11	554166	.	C	G	92.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:121,0,34
11	554299	.	C	G	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:70:70,0,76
11	556521	.	C	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:81,0,35
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11	559016	.	C	T	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=14.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:73,0,35
11	566393	.	C	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
11	567189	.	G	A	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
11	567391	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	610277	.	T	C	647.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:676,51,0
11	614864	.	C	T	1179.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1208,87,0
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11	659490	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
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11	862652	.	T	C	1928.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,46:46:99:1957,138,0
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11	866794	.	A	G	1244.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1273,90,0
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11	1857112	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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11	1861760	.	T	C	1730.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,41:41:99:1759,123,0
11	1862168	.	C	T	111.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.637;ClippingRankSum=1.408;DP=11;FS=6.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.143;QD=10.16;ReadPosRankSum=0.387	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,6:11:99:140,0,167
11	1975106	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
11	1976988	.	A	G	163.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:192,15,0
11	1993975	.	C	A	233.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:262,18,0
11	1995223	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
11	1998171	.	C	G	137.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:165,12,0
11	1998602	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
11	2001828	.	A	G	113.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=16.25;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:142,0,110
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11	2005102	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
11	2011296	.	A	C	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
11	2016619	.	A	G	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.19;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:74:77,0,74
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11	2016662	.	T	C	214.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.054;ClippingRankSum=0.248;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=23.86;ReadPosRankSum=0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:99:243,0,243
11	2016908	.	G	A	95.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=-0.896;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.278;QD=8.71;ReadPosRankSum=1.663	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,4:11:99:124,0,258
11	2016924	.	A	G	151.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.461;ClippingRankSum=-1.000;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.529;QD=12.65;ReadPosRankSum=1.788	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,5:12:99:180,0,240
11	2017110	.	C	G	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.937;DP=11;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=6.89	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:104,0,538
11	2018168	.	C	T	342.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:371,27,0
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11	2018449	.	A	G	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=14.46;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:69:115,0,69
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11	2019618	.	G	C	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
11	2290196	.	C	G	25.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=-0.354;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.532;QD=2.34;ReadPosRankSum=0.118	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:54:54,0,336
11	2404602	.	C	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
11	2410901	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	2410902	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	2424684	.	A	C	1213.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1242,87,0
11	2706327	.	G	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
11	2713649	.	C	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
11	2717828	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
11	2797237	.	G	A	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=6.29;ReadPosRankSum=-1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:66:66,0,156
11	2923767	.	A	G	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
11	2924610	.	G	A	994.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1023,75,0
11	2929552	.	A	G	770.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:799,57,0
11	2936657	.	G	A	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
11	2937420	.	A	T	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:31:77,0,31
11	2949861	.	C	T	763.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=-0.519;DP=54;FS=5.785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.537;QD=14.14;ReadPosRankSum=0.907	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:32,22:54:99:792,0,1198
11	2966293	.	C	G	409.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.109;ClippingRankSum=-0.253;DP=21;FS=1.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.978;QD=19.51;ReadPosRankSum=-1.195	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,13:21:99:438,0,226
11	2967167	.	C	G	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
11	2973740	.	A	G	137.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:165,12,0
11	2973880	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
11	2979798	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	2983400	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
11	3024139	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	3026010	.	T	C	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
11	3028140	.	G	A	1734.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.827;ClippingRankSum=-0.310;DP=56;FS=4.717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.148;QD=30.98;ReadPosRankSum=0.250	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,44:56:99:1763,0,339
11	3030524	.	A	G	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
11	3034709	.	A	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
11	3047184	.	A	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
11	3049096	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
11	3049984	.	G	T	166.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=-1.159;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.652;QD=18.53;ReadPosRankSum=1.159	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:195,0,143
11	3050210	.	A	G	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:79,0,33
11	3075348	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
11	3109279	.	G	A	144.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=28.95;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,4:5:6:172,6,0
11	3109403	.	A	G	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:12:179,12,0
11	3109408	.	C	T	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
11	3109426	.	T	C	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
11	3111866	.	C	T	110.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=-0.831;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.135;QD=9.23;ReadPosRankSum=0.689	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,5:12:99:139,0,246
11	3141744	.	C	T	161.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.453;ClippingRankSum=-0.470;DP=10;FS=6.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.676;QD=16.18;ReadPosRankSum=0.851	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:190,0,176
11	3379478	.	A	G	93.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
11	3379996	.	T	G	216.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:245,18,0
11	3382069	.	C	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
11	3384550	.	A	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
11	3384965	.	T	C	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.55;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:71:71,0,112
11	3385468	.	G	A	67.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:95,9,0
11	3385876	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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11	5718517	.	G	A	351.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=0.066;DP=22;FS=4.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.182;QD=15.99;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,11:22:99:380,0,403
11	5718712	.	C	T	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:72:74,0,72
11	5718817	.	G	A	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:116,0,34
11	5719251	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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11	6618434	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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11	7686493	.	G	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
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11	7694002	.	G	A	118.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.550;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.754;QD=16.97;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:147,0,108
11	7854876	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
11	7874775	.	T	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
11	7888652	.	C	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
11	7901248	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	7901249	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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11	8639325	.	G	A	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=6.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:60:60,0,114
11	8685281	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
11	8706628	.	G	A	100.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.368;ClippingRankSum=-0.421;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=12.60;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:129,0,147
11	8707083	.	G	A	172.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:201,15,0
11	8708989	.	G	T	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:81,0,33
11	8723563	.	G	A	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:38:39,0,38
11	8751640	.	G	C	352.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.919;ClippingRankSum=-0.212;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.212;QD=25.20;ReadPosRankSum=0.071	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,10:14:99:381,0,138
11	8852239	.	C	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
11	8853177	.	G	C	173.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=24.82;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:65:202,0,65
11	8932733	.	A	G	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
11	8969309	.	T	C	1000.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1029,72,0
11	8977830	.	A	G	747.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:776,54,0
11	8982368	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
11	8982370	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
11	8991936	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
11	8991937	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
11	8991942	.	T	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
11	8993309	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	8994715	.	C	T	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
11	8994967	.	G	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
11	8995240	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
11	8995266	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
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11	9004060	.	T	C	41.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:69,6,0
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11	9501048	.	A	G	156.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.453;ClippingRankSum=1.268;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.951;QD=15.68;ReadPosRankSum=0.103	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:185,0,195
11	9537904	.	G	C	318.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:347,24,0
11	9599943	.	A	G	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=5.11;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:64:64,0,203
11	9601762	.	C	T	90.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:119,0,33
11	9754221	.	C	T	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.218;ClippingRankSum=-0.375;DP=27;FS=2.049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.444;QD=2.62;ReadPosRankSum=0.444	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,4:27:99:99,0,899
11	9762274	.	T	C	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.94;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:69:76,0,69
11	9769562	.	C	G	158.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=-2.343;DP=26;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.882;QD=6.11;ReadPosRankSum=2.160	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,6:26:99:187,0,772
11	9773517	.	C	A	32.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=1.380;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=5.46;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:61:61,0,146
11	9773568	.	T	C	60.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.849;ClippingRankSum=1.109;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.185;QD=5.06;ReadPosRankSum=-0.185	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,3:12:89:89,0,363
11	9801925	.	T	G	12.99	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=1.032;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.714;QD=0.81;ReadPosRankSum=-1.032	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,2:16:41:41,0,555
11	9805523	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
11	9840369	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
11	9985398	.	G	T	205.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.135;DP=12;FS=5.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.831;QD=17.15;ReadPosRankSum=0.831	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,7:12:99:234,0,170
11	10318287	.	T	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
11	10320608	.	A	G	126.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=25.36;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:27:155,0,27
11	10321348	.	A	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
11	10325325	.	C	A	93.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.44;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:122,0,33
11	10518917	.	A	G	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
11	10521764	.	T	C	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=10.19;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:69:69,0,78
11	10528483	.	A	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
11	10528521	.	A	G	276.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:305,21,0
11	10533952	.	T	C	22.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.073;ClippingRankSum=-1.086;DP=13;FS=3.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.493;QD=1.75;ReadPosRankSum=0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:51:51,0,435
11	10534555	.	A	C	373.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.930;ClippingRankSum=-2.282;DP=13;FS=2.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.930;QD=28.75;ReadPosRankSum=2.113	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,10:13:90:402,0,90
11	10536116	.	A	G	288.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=-1.733;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=28.88;ReadPosRankSum=1.733	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,8:10:43:317,0,43
11	10536298	.	T	C	326.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=-0.540;DP=13;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.003;QD=25.14;ReadPosRankSum=0.386	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,9:13:99:355,0,141
11	10544852	.	C	T	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
11	10786142	.	C	T	574.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:603,42,0
11	10788284	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
11	10800749	.	T	A	18.82	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=-0.888;DP=13;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.888;QD=1.45;ReadPosRankSum=0.888	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:47:47,0,439
11	10820384	.	A	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
11	10821055	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
11	10822350	.	C	T	3339.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.647;ClippingRankSum=-1.732;DP=81;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.476;QD=26.36;ReadPosRankSum=1.689	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,80:81:99:3368,208,0
11	10823079	.	T	C	90.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:118,9,0
11	10830106	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
11	10848601	.	T	C	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
11	10877121	.	T	C	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=-0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,198
11	10877693	.	G	A	57.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=-0.650;DP=17;FS=6.166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.505;QD=3.40;ReadPosRankSum=1.227	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,3:15:86:86,0,485
11	11292700	.	G	C	182.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:211,15,0
11	11348669	.	G	A	352.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=-1.739;DP=11;FS=4.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.739;QD=32.07;ReadPosRankSum=1.423	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,10:11:0:378,0,0
11	11354346	.	T	C	582.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:611,42,0
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11	12894400	.	C	G	78.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.26	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,3:3:26:107,0,26
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11	12959684	.	C	T	161.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=-0.684;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.322;QD=20.22;ReadPosRankSum=0.684	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:99:190,0,107
11	12962725	.	G	A	290.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=-0.916;DP=26;FS=14.418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.216;QD=11.18;ReadPosRankSum=0.916	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,9:26:99:319,0,650
11	13724805	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
11	13739556	.	T	C	275.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:304,21,0
11	13739833	.	A	G	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:120,0,34
11	13740795	.	T	G	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
11	13742804	.	G	C	278.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:307,21,0
11	13751505	.	A	G	725.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:754,51,0
11	14300892	.	G	C	505.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=-0.690;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.265;QD=28.10;ReadPosRankSum=0.584	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,14:18:99:534,0,116
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11	16777943	.	A	G	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:9:123,9,0
11	16777946	.	A	G	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:9:123,9,0
11	16777956	.	A	G	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
11	16777982	.	A	G	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=7.15;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:64:64,0,148
11	16777998	.	A	G	127.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=25.55;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:30:156,0,30
11	16778194	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:38:81,0,38
11	16778787	.	C	T	258.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:287,21,0
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11	16821166	.	G	A	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=10.94;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:72:72,0,76
11	16827720	.	A	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
11	16837788	.	G	A	316.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.664;ClippingRankSum=0.555;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.370;QD=26.40;ReadPosRankSum=-1.109	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,9:12:77:345,0,77
11	16947094	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
11	16995350	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
11	17022246	.	A	G	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
11	17027805	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
11	17035718	.	A	G	451.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:480,33,0
11	17096059	.	A	G	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:77,0,37
11	17097695	.	G	T	243.28	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.751;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=27.03;ReadPosRankSum=-0.751	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,8:9:9:271,0,9
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11	17172133	.	T	C	680.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:709,48,0
11	17191019	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.355;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.592;QD=2.93;ReadPosRankSum=1.896	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,3:18:81:81,0,591
11	17259673	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	17259677	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	17259688	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
11	17298365	.	G	C	201.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.016;ClippingRankSum=0.101;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.660;QD=15.52;ReadPosRankSum=3.016	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,6:13:99:230,0,233
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11	17981047	.	C	T	127.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=25.55;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:156,0,31
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11	18267471	.	A	G	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
11	18291321	.	T	C	65.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=-1.683;DP=9;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.573;QD=7.31;ReadPosRankSum=1.683	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:94:94,0,239
11	18300954	.	G	A	174.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=29.13;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:28:203,0,28
11	18300965	.	G	T	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=1.067;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.589;QD=4.22;ReadPosRankSum=-1.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:62:62,0,237
11	18301129	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.33	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
11	18301130	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.33	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
11	18309531	.	C	T	80.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=16.15;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:59:109,0,59
11	18319180	.	G	T	161.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.159;ClippingRankSum=0.361;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=17.97;ReadPosRankSum=-0.361	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:190,0,153
11	18343694	.	G	T	52.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:27:81,0,27
11	18343822	.	C	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
11	18357180	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	18365850	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
11	18551512	.	G	A	379.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.311;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.246;QD=27.13;ReadPosRankSum=-0.778	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,11:14:91:408,0,91
11	18553139	.	T	C	405.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:434,30,0
11	18555901	.	C	G	121.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DP=8;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=15.22;ReadPosRankSum=0.421	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:150,0,146
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11	19970579	.	C	T	277.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:306,21,0
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11	19998589	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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11	20088452	.	A	T	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:78,0,36
11	20096563	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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11	20100158	.	G	C	47.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
11	20100545	.	G	C	188.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:217,15,0
11	20101425	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
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11	20101429	.	G	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
11	20101704	.	C	T	1394.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,33:33:99:1423,99,0
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11	20101769	.	C	T	1367.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:99:1396,99,0
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11	20102089	.	T	G	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
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11	20120357	.	T	C	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
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11	20121592	.	T	C	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
11	20122392	.	C	A	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
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11	20124914	.	A	C	166.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=-0.494;DP=39;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.311;QD=4.28;ReadPosRankSum=0.274	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:32,7:39:99:195,0,1281
11	20126021	.	T	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
11	20131200	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	20131201	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	20133818	.	T	C	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
11	20140387	.	A	G	1347.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,32:32:96:1376,96,0
11	20140471	.	A	G	1475.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,35:35:99:1504,105,0
11	20141414	.	A	G	845.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:874,63,0
11	20404613	.	T	G	1987.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,46:46:99:2016,138,0
11	20404757	.	T	C	1387.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,33:33:99:1416,99,0
11	20409169	.	G	C	139.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:167,12,0
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11	20425184	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
11	20516840	.	A	G	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
11	20521372	.	G	A	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
11	20527778	.	A	T	135.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:163,12,0
11	20529886	.	G	A	1160.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,28:28:84:1189,84,0
11	20531949	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	20531956	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:90,6,0
11	22646025	.	G	A	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=-0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=14.29;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:114,0,118
11	27077118	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
11	27360180	.	A	G	364.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:393,27,0
11	27388504	.	G	A	500.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:529,36,0
11	27390089	.	T	C	675.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:704,48,0
11	27494096	.	C	G	176.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:205,15,0
11	27516717	.	T	C	112.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=-0.365;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.741;QD=11.28;ReadPosRankSum=0.365	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:141,0,235
11	27517409	.	T	C	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.300;QD=10.82;ReadPosRankSum=0.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:104,0,140
11	27517670	.	T	C	324.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:353,24,0
11	27910470	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	27910471	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	27910475	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	27910477	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	27910803	.	C	T	39.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=13.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:27:68,0,27
11	30358475	.	A	T	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
11	30359558	.	T	A	126.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-1.368;DP=8;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=15.85;ReadPosRankSum=1.368	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:155,0,154
11	31452571	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
11	31452636	.	A	G	89.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:27:118,0,27
11	31459254	.	T	A	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
11	31465295	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
11	31531100	.	A	G	362.53	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=-1.423;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.423;QD=32.96;ReadPosRankSum=1.423	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,10:11:3:389,0,3
11	32118925	.	A	G	90.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:118,9,0
11	32123510	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	32406141	.	A	G	26.75	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:54,6,0
11	32410002	.	T	C	258.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:287,21,0
11	32410337	.	C	G	211.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:240,18,0
11	32417945	.	T	C	274.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:303,21,0
11	32457138	.	A	G	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
11	32457774	.	G	A	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
11	32458507	.	G	A	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
11	32459228	.	G	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
11	32460227	.	C	T	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
11	32461220	.	C	G	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:32:116,0,32
11	32462206	.	G	C	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
11	32463376	.	A	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
11	32463860	.	G	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
11	32473807	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	32852172	.	G	A	127.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=2.008;DP=23;FS=9.631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.135;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,5:20:99:156,0,568
11	32874919	.	C	A	442.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=-0.474;DP=17;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.791;QD=26.05;ReadPosRankSum=0.474	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,12:17:99:471,0,127
11	32877862	.	C	T	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.95;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:73:73,0,119
11	32878309	.	C	T	491.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:520,36,0
11	32878615	.	G	C	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=-1.495;DP=7;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=5.82;ReadPosRankSum=1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,178
11	32878850	.	G	C	136.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:164,12,0
11	32879174	.	G	A	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=1.179;DP=9;FS=3.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=3.86;ReadPosRankSum=-1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:63:63,0,275
11	32954344	.	G	A	758.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:787,54,0
11	32956244	.	A	G	718.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:747,51,0
11	32956620	.	A	G	441.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:470,33,0
11	33028624	.	T	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
11	33028629	.	T	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
11	33096274	.	A	G	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.19;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:76:77,0,76
11	33096285	.	A	G	127.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=25.55;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:99:156,0,148
11	33096294	.	A	G	127.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=25.55;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:99:156,0,148
11	33148694	.	T	G	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
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11	43365275	.	T	C	243.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.599;ClippingRankSum=0.600;DP=12;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.134;QD=20.31;ReadPosRankSum=-0.600	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,8:12:99:272,0,135
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11	43852491	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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11	43878526	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	43878530	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	43878534	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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11	43879141	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	43879149	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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11	43881803	.	A	G	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=9.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,1:4:66:66,0,340
11	43881807	.	A	G	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:66:66,0,340
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11	43882450	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:88,6,0
11	43882764	.	T	G	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
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11	43883721	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
11	43884515	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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11	43884884	.	A	G	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
11	43885163	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	43885863	.	G	T	143.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:171,12,0
11	43886365	.	T	C	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
11	43911365	.	T	C	1268.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1297,90,0
11	43926677	.	C	T	47.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
11	43940644	.	G	T	549.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:578,45,0
11	44089352	.	G	A	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:77,0,36
11	44098985	.	G	A	106.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=21.36;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:25:135,0,25
11	44100021	.	T	C	172.80	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=28.80;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:21:201,0,21
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11	44170062	.	T	C	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
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11	45827350	.	A	G	376.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.231;DP=26;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.540;QD=14.49;ReadPosRankSum=-0.591	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,12:26:99:405,0,467
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11	45904477	.	T	C	353.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:382,27,0
11	45934697	.	T	G	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
11	45935384	.	A	G	982.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1011,72,0
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11	45952311	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	45984194	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
11	46223383	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
11	46398916	.	T	C	90.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:118,9,0
11	46399538	.	T	C	140.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:168,12,0
11	46427240	.	T	C	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
11	46450167	.	A	G	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
11	46513249	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	46624218	.	T	G	45.19	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
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11	46695414	.	T	C	1019.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1048,75,0
11	46695483	.	G	A	1001.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1030,72,0
11	46699227	.	T	C	619.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:648,48,0
11	46699559	.	T	C	54.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=-1.681;DP=32;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.712;QD=1.71;ReadPosRankSum=1.852	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,4:32:83:83,0,1140
11	46702920	.	T	C	1133.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1162,81,0
11	46776176	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	47177431	.	A	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
11	47186561	.	T	G	1063.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=1.129;DP=49;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.071;QD=21.71;ReadPosRankSum=0.275	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,29:49:99:1092,0,720
11	47188411	.	C	T	804.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=-1.362;DP=46;FS=8.212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.330;QD=17.49;ReadPosRankSum=1.604	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,23:46:99:833,0,850
11	47191972	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
11	47200402	.	G	C	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=13.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:70,0,34
11	47203155	.	G	A	89.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:117,9,0
11	47204981	.	G	C	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.44;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:74:74,0,74
11	47206082	.	G	C	289.18	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=-0.751;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=32.13;ReadPosRankSum=0.751	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,8:9:10:317,0,10
11	47206594	.	C	A	51.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:25:80,0,25
11	47207362	.	G	A	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=10.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:70:70,0,76
11	47237359	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	47238522	.	T	C	729.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:758,51,0
11	47243927	.	A	G	27.75	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:55,6,0
11	47246542	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
11	47260272	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:81,0,36
11	47261043	.	T	C	592.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:621,45,0
11	47261260	.	G	A	373.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=-2.295;DP=27;FS=6.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.173;QD=13.84;ReadPosRankSum=2.245	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,11:27:99:402,0,595
11	47270255	.	C	T	278.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=-0.391;DP=21;FS=16.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.107;QD=13.27;ReadPosRankSum=-0.036	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,9:21:99:307,0,420
11	47290984	.	T	G	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:79,0,35
11	47298360	.	G	A	99.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=-0.077;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.540;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.386	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,4:13:99:128,0,335
11	47306515	.	G	A	200.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=1.134;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.831;QD=16.73;ReadPosRankSum=0.244	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,7:12:99:229,0,172
11	47306628	.	G	A	226.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:255,21,0
11	47331116	.	T	C	730.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:759,54,0
11	47348702	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:78,0,33
11	47351288	.	C	A	133.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=-0.400;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.800;QD=9.55;ReadPosRankSum=1.200	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,5:14:99:162,0,341
11	47351320	.	T	C	745.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:774,54,0
11	47431703	.	A	G	125.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.453;ClippingRankSum=-1.098;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.336;QD=12.58;ReadPosRankSum=1.951	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:154,0,144
11	47431728	.	A	G	390.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:419,30,0
11	47434986	.	G	A	222.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.688;ClippingRankSum=-0.978;DP=21;FS=4.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.123;QD=10.61;ReadPosRankSum=0.760	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,8:21:99:251,0,449
11	47436531	.	G	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
11	47437202	.	C	T	728.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:757,54,0
11	47447955	.	C	G	316.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=-0.674;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.796;QD=21.12;ReadPosRankSum=0.674	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,10:15:99:345,0,159
11	47478808	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	47478817	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	47487740	.	G	A	1144.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1173,81,0
11	47500400	.	C	T	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=10.69;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:71:71,0,76
11	47501888	.	C	T	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
11	47581907	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
11	47593945	.	A	C	317.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:346,24,0
11	47603084	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
11	47639525	.	T	G	180.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:209,15,0
11	47641175	.	T	C	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
11	47660287	.	T	C	41.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=0.961;DP=49;FS=1.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.351;QD=0.85;ReadPosRankSum=0.595	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:43,6:49:70:70,0,7517
11	47660294	.	C	T	41.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.676;ClippingRankSum=0.341;DP=52;FS=4.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.341;QD=0.80;ReadPosRankSum=-0.279	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:47,5:52:70:70,0,7517
11	47660295	.	A	G	41.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.335;ClippingRankSum=0.372;DP=52;FS=4.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.180;QD=0.80;ReadPosRankSum=-0.652	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:47,5:52:70:70,0,7517
11	47660301	.	T	A	41.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.290;ClippingRankSum=-1.097;DP=53;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.520;QD=0.79;ReadPosRankSum=-0.751	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:50,3:53:70:70,0,7517
11	47663948	.	C	T	168.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=-0.149;DP=49;FS=4.125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.281;QD=3.44;ReadPosRankSum=-0.644	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:44,5:49:99:197,0,8145
11	47663951	.	A	G	168.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=-0.409;DP=46;FS=1.947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.838;QD=3.67;ReadPosRankSum=0.448	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:42,4:46:99:197,0,8145
11	47663958	.	C	T	168.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=-0.741;DP=46;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.729;QD=3.67;ReadPosRankSum=0.388	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:41,5:46:99:197,0,8145
11	47663959	.	G	C	168.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.679;ClippingRankSum=-1.318;DP=45;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.018;QD=3.75;ReadPosRankSum=0.451	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:40,5:45:99:197,0,8145
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11	48188872	.	G	A	44.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:72,6,0
11	48189606	.	T	C	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
11	48190383	.	A	T	228.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:257,18,0
11	48190527	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
11	48190777	.	G	T	157.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=9;FS=13.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=17.53;ReadPosRankSum=0.361	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:186,0,141
11	48191303	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	48191675	.	A	G	267.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:296,21,0
11	49455514	.	T	C	112.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:140,12,0
11	49837837	.	G	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
11	57071243	.	C	T	17.84	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=-1.734;DP=14;FS=7.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.274;QD=1.27;ReadPosRankSum=1.552	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:46:46,0,454
11	57078954	.	C	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
11	57081197	.	G	C	2135.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.664;ClippingRankSum=-0.645;DP=51;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.374;QD=31.03;ReadPosRankSum=0.577	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,50:51:99:2164,144,0
11	57193795	.	C	G	719.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:748,51,0
11	57252328	.	G	A	504.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:533,36,0
11	57283046	.	A	G	32.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=-1.666;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.067;QD=3.64;ReadPosRankSum=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:61:61,0,369
11	57283056	.	G	C	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=13.96;ReadPosRankSum=-0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:112,0,202
11	57319339	.	T	C	1454.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.744;DP=58;FS=1.063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.515;QD=25.08;ReadPosRankSum=-0.663	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,38:58:99:1483,0,708
11	57324308	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	57381989	.	G	A	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
11	57463500	.	T	C	1778.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,42:42:99:1807,126,0
11	57468129	.	T	C	2079.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,50:50:99:2108,150,0
11	57507983	.	C	T	281.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=-0.289;DP=12;FS=6.818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=23.48;ReadPosRankSum=0.289	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,8:12:99:310,0,132
11	57516602	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
11	57543988	.	A	G	207.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=25.97;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:61:236,0,61
11	57547000	.	T	C	132.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=11.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=22.13;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:72:161,0,72
11	57547579	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,241
11	57547581	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,241
11	57548881	.	T	A	96.89	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=24.22;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,3:4:2:123,2,0
11	57551416	.	A	G	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,40
11	57551485	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:81,0,34
11	57551668	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	57551757	.	A	G	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:30:74,0,30
11	57551760	.	A	G	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
11	57551761	.	A	G	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
11	57553022	.	G	T	37.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=12.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:65,6,0
11	57560452	.	A	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:77:78,0,77
11	57560486	.	A	G	294.85	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=-0.751;DP=9;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=32.76;ReadPosRankSum=0.751	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,8:9:17:323,0,17
11	57565983	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	57571232	.	C	T	2499.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,58:58:99:2528,175,0
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11	57585662	.	C	T	1657.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=-0.161;DP=51;FS=8.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.309;QD=32.51;ReadPosRankSum=0.136	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,42:51:99:1686,0,249
11	58008907	.	T	A	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
11	58298490	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
11	58346153	.	T	C	494.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.211;ClippingRankSum=-1.211;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.614;QD=30.92;ReadPosRankSum=0.942	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,13:16:80:523,0,80
11	58385752	.	T	C	21.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.119;ClippingRankSum=-2.199;DP=27;FS=6.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.501;QD=0.81;ReadPosRankSum=1.967	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,3:27:50:50,0,842
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11	58386650	.	A	G	796.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=-1.153;DP=31;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.457;QD=25.70;ReadPosRankSum=1.284	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,22:31:99:825,0,295
11	58395191	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
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11	58602311	.	C	T	110.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.27	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,2:2:99:139,0,109
11	58605778	.	C	A	448.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.516;ClippingRankSum=0.910;DP=16;FS=6.317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.152;QD=28.05;ReadPosRankSum=-1.031	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,12:16:99:477,0,116
11	58608226	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
11	58611949	.	G	C	345.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.939;ClippingRankSum=-0.776;DP=19;FS=7.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.204;QD=18.20;ReadPosRankSum=-0.041	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,10:19:99:374,0,336
11	58611994	.	C	T	152.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=-0.267;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=10.91;ReadPosRankSum=-1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,5:14:99:181,0,357
11	58612059	.	G	C	407.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=-0.274;DP=14;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.917;QD=29.13;ReadPosRankSum=-1.552	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,12:14:44:436,0,44
11	58612151	.	A	G	231.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:260,18,0
11	58939811	.	A	G	178.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.908;ClippingRankSum=1.619;DP=26;FS=12.063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.809;QD=6.88;ReadPosRankSum=-1.619	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,7:26:99:207,0,742
11	58962196	.	A	G	370.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:399,27,0
11	58965209	.	G	A	201.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:230,18,0
11	58971777	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
11	58973731	.	A	G	1513.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,35:35:99:1542,105,0
11	59029287	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	59029485	.	T	C	272.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:301,21,0
11	59029526	.	G	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
11	59030285	.	C	T	169.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:198,15,0
11	59035459	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	59404387	.	G	A	145.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=0.861;DP=45;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.300;QD=3.24;ReadPosRankSum=-0.830	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:38,7:45:99:174,0,1545
11	59499201	.	A	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
11	59623433	.	G	A	682.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=-1.065;DP=26;FS=1.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.430;QD=26.26;ReadPosRankSum=1.004	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,20:26:99:711,0,176
11	59666919	.	A	G	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
11	59666928	.	T	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
11	60618269	.	G	A	832.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:861,60,0
11	60673868	.	T	C	191.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=-0.906;DP=47;FS=5.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.014;QD=4.08;ReadPosRankSum=0.635	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:38,9:47:99:220,0,1433
11	60689445	.	T	C	27.77	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.048;DP=51;FS=12.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.713;QD=0.54;ReadPosRankSum=-0.174	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:46,5:51:56:56,0,1818
11	60695301	.	C	A	351.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.088;ClippingRankSum=-0.371;DP=48;FS=7.270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.650;QD=7.33;ReadPosRankSum=0.696	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:35,13:48:99:380,0,1329
11	60698054	.	G	A	233.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=1.035;DP=54;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.835;QD=4.33;ReadPosRankSum=-1.303	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:44,10:54:99:262,0,1738
11	60701136	.	C	G	298.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=0.669;DP=53;FS=4.861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.009;QD=5.64;ReadPosRankSum=-0.627	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:41,12:53:99:327,0,1541
11	60701987	.	G	A	406.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=-0.748;DP=45;FS=1.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.135;QD=9.04;ReadPosRankSum=0.355	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,14:45:99:435,0,1151
11	60704213	.	C	T	116.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=-0.419;DP=50;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.230;QD=2.34;ReadPosRankSum=0.336	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:43,7:50:99:145,0,1687
11	60782926	.	C	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
11	60782932	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
11	60897912	.	A	G	976.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:1005,69,0
11	60899767	.	A	G	877.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:906,63,0
11	60922055	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
11	60923692	.	C	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
11	61106892	.	G	C	329.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=1.162;DP=21;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.725;QD=15.70;ReadPosRankSum=-0.246	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,10:21:99:358,0,394
11	61108974	.	G	A	872.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.373;ClippingRankSum=0.490;DP=30;FS=1.937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.147;QD=29.09;ReadPosRankSum=-0.490	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,23:30:99:901,0,175
11	61112802	.	C	T	568.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.522;ClippingRankSum=0.415;DP=31;FS=8.272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=18.35;ReadPosRankSum=-0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,16:31:99:597,0,516
11	61114616	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
11	61116345	.	T	C	622.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:651,45,0
11	61134532	.	T	C	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:29:117,0,29
11	61134636	.	A	G	141.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:169,12,0
11	61135129	.	A	G	195.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:224,15,0
11	61165280	.	G	A	841.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=-1.988;DP=28;FS=4.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.092;QD=30.06;ReadPosRankSum=2.659	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,22:28:99:870,0,173
11	61173336	.	C	T	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.69;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:32:123,0,32
11	61173614	.	T	C	46.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
11	61179285	.	G	A	1322.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.050;ClippingRankSum=0.658;DP=44;FS=1.407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.434;QD=30.06;ReadPosRankSum=-0.434	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,34:44:99:1351,0,311
11	61204361	.	A	C	298.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=-2.239;DP=11;FS=9.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.061;QD=27.16;ReadPosRankSum=2.003	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,9:11:40:327,0,40
11	61207830	.	G	C	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
11	61213920	.	T	C	997.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.257;ClippingRankSum=-0.230;DP=37;FS=3.504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.513;QD=26.97;ReadPosRankSum=0.018	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,28:37:99:1026,0,223
11	61249383	.	C	A	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.69;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:75:75,0,76
11	61253200	.	G	A	11.83	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=11.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:38,3,0
11	61277775	.	A	G	93.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.44;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:122,0,34
11	61277885	.	G	A	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
11	61281287	.	G	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:78,0,35
11	61281373	.	C	T	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=18.35;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:74:120,0,74
11	61281533	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	61281763	.	C	G	91.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:119,9,0
11	61282820	.	C	G	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.94;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:69:76,0,69
11	61303610	.	T	C	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.19;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:66:73,0,66
11	61307238	.	T	C	90.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:32:119,0,32
11	61316134	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
11	61505168	.	G	A	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
11	61641211	.	A	G	2592.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,65:65:99:2621,196,0
11	61644708	.	A	G	659.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:688,48,0
11	61649030	.	G	C	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
11	61658800	.	C	T	220.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=0.146;DP=46;FS=1.411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.679;QD=4.80;ReadPosRankSum=-0.226	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:36,10:46:99:249,0,1238
11	61664992	.	T	C	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=-0.355;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.118;QD=2.54;ReadPosRankSum=0.237	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,3:18:74:74,0,554
11	61665122	.	A	G	92.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.849;DP=15;FS=9.859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.326;QD=6.18;ReadPosRankSum=-0.849	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,4:15:99:121,0,432
11	61672265	.	T	C	15.88	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=-1.783;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.934;QD=1.06;ReadPosRankSum=1.104	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,2:15:44:44,0,517
11	61684969	.	G	A	134.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:162,12,0
11	61726097	.	T	G	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
11	61726489	.	G	A	93.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
11	61730183	.	C	T	169.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.589;ClippingRankSum=1.067;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=21.22;ReadPosRankSum=-0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:66:198,0,66
11	61730234	.	T	C	366.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:395,27,0
11	61730439	.	C	A	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
11	61730553	.	T	C	93.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:28:122,0,28
11	61731534	.	G	T	136.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:164,12,0
11	61731977	.	G	A	219.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=-2.340;DP=36;FS=4.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.095;QD=6.10;ReadPosRankSum=2.074	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,8:36:99:248,0,1038
11	61733600	.	G	C	240.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:269,18,0
11	61734028	.	C	T	357.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:386,27,0
11	61736060	.	G	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
11	61895741	.	A	G	313.03	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.348;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.696;QD=31.30;ReadPosRankSum=-0.696	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,9:10:12:341,0,12
11	61897359	.	C	T	195.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=-0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=27.97;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:25:224,0,25
11	61897486	.	T	C	322.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=-0.077;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.620;QD=24.83;ReadPosRankSum=-0.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,9:13:99:351,0,132
11	61906374	.	T	C	396.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.326;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.196;QD=26.45;ReadPosRankSum=-0.065	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,11:15:99:425,0,131
11	61913196	.	G	T	512.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=-1.773;DP=20;FS=2.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.289;QD=25.64;ReadPosRankSum=1.443	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,14:20:99:541,0,192
11	61919515	.	C	G	162.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.307;ClippingRankSum=0.876;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.729;QD=18.09;ReadPosRankSum=-1.159	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:191,0,151
11	62105441	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	62140413	.	A	C	47.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
11	62292882	.	G	T	1694.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,40:40:99:1723,120,0
11	62293948	.	G	A	1639.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,40:40:99:1668,120,0
11	62297527	.	T	C	1201.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.052;ClippingRankSum=0.274;DP=36;FS=1.747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.503;QD=33.38;ReadPosRankSum=-0.366	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,31:36:99:1230,0,114
11	62312318	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
11	62365665	.	G	A	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.15;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:69:69,0,111
11	62368557	.	G	C	190.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:219,15,0
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11	62369881	.	G	A	368.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=1.268;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.437;QD=28.37;ReadPosRankSum=-1.775	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,10:13:99:397,0,193
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11	62439569	.	G	A	2474.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,61:61:99:2503,184,0
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11	62482088	.	A	G	397.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.039;ClippingRankSum=-1.133;DP=16;FS=14.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.793;QD=24.86;ReadPosRankSum=0.906	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,11:16:99:426,0,149
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11	62506990	.	A	G	162.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.668;ClippingRankSum=0.103;DP=10;FS=10.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.103;QD=16.28;ReadPosRankSum=-1.098	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:191,0,150
11	62555242	.	A	G	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
11	62558613	.	C	A	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.69;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:75:75,0,78
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11	63308798	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.69;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:74:75,0,74
11	63313644	.	T	C	2976.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,69:69:99:3005,208,0
11	63332054	.	T	C	38.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.495;QD=5.54;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:67:67,0,177
11	63339201	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	63339209	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	63340111	.	T	A	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=8.75;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:72:72,0,112
11	63340830	.	A	G	80.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.937;QD=11.54;ReadPosRankSum=-0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:109,0,157
11	63341096	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	63381847	.	A	C	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
11	63381877	.	G	T	553.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:582,42,0
11	63395540	.	T	C	16.86	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=-1.783;DP=15;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.425;QD=1.12;ReadPosRankSum=0.934	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,2:15:45:45,0,538
11	63433196	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	63433199	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	63433205	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	63433207	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	63585804	.	C	A	287.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.146;ClippingRankSum=-1.761;DP=37;FS=3.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.393;QD=7.78;ReadPosRankSum=1.488	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:27,10:37:99:316,0,1004
11	63592621	.	C	T	120.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=24.15;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:28:149,0,28
11	63593387	.	C	T	93.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
11	63595072	.	C	A	202.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.213;ClippingRankSum=0.664;DP=27;FS=8.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.239;QD=7.51;ReadPosRankSum=-0.664	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,8:27:99:231,0,751
11	63604210	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
11	63604215	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
11	63604219	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
11	63607014	.	C	G	686.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=-2.000;DP=22;FS=2.318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.638;QD=31.22;ReadPosRankSum=0.128	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,18:22:99:715,0,103
11	63674926	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
11	63676896	.	A	C	693.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.190;ClippingRankSum=-2.241;DP=27;FS=27.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.296;QD=25.70	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,20:27:99:722,0,1243
11	63679369	.	T	C	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
11	63681513	.	T	C	306.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:335,24,0
11	63720151	.	T	C	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
11	63722448	.	C	T	431.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=-0.091;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.456;QD=30.84;ReadPosRankSum=-0.456	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,12:14:46:460,0,46
11	63723238	.	A	G	358.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.296;DP=13;FS=2.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.283;QD=27.60;ReadPosRankSum=-1.086	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,11:13:44:387,0,44
11	63723281	.	G	A	16.86	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.532;ClippingRankSum=-0.589;DP=11;FS=7.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.589;QD=1.53;ReadPosRankSum=-0.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:45:45,0,354
11	63723945	.	A	G	551.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:580,42,0
11	63724175	.	G	A	249.94	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=-0.747;DP=8;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=31.24;ReadPosRankSum=0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:14:278,0,14
11	63724300	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
11	63727847	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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11	64595940	.	G	T	344.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:373,27,0
11	64595968	.	A	G	297.84	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=-0.751;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=33.09;ReadPosRankSum=0.751	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,8:9:18:326,0,18
11	64596174	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
11	64597205	.	G	T	593.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=-0.492;DP=18;FS=3.214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.335;QD=32.99;ReadPosRankSum=0.211	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,16:18:27:622,0,27
11	64601933	.	T	C	272.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.468;ClippingRankSum=1.468;DP=14;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.193;QD=19.48;ReadPosRankSum=-1.365	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,8:14:99:301,0,200
11	64618768	.	T	C	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
11	64620518	.	G	A	159.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.995;ClippingRankSum=-1.911;DP=33;FS=1.554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.147;QD=4.84;ReadPosRankSum=1.995	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,8:33:99:188,0,930
11	64621470	.	G	A	262.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=-0.098;DP=45;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.350;QD=5.84;ReadPosRankSum=0.098	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:34,10:44:99:291,0,1295
11	64621856	.	A	G	1953.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,48:48:99:1982,144,0
11	64622869	.	G	C	102.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=1.026;DP=58;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.334;QD=1.77;ReadPosRankSum=-0.692	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:51,7:58:99:131,0,2047
11	64625934	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
11	64626420	.	A	G	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
11	64645871	.	A	G	258.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=-0.715;DP=50;FS=5.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.449;QD=5.18;ReadPosRankSum=0.715	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:40,10:50:99:287,0,1548
11	64646034	.	G	C	610.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.595;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.315;QD=26.56;ReadPosRankSum=-0.805	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,17:23:99:639,0,179
11	64663227	.	C	T	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=21.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:30:115,0,30
11	64677293	.	G	C	596.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:625,45,0
11	64678920	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
11	64680819	.	G	A	13.95	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.283;ClippingRankSum=0.099;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=1.07;ReadPosRankSum=0.099	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:42:42,0,439
11	64691765	.	G	C	91.84	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.96;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:18:120,0,18
11	64694691	.	C	T	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
11	64807294	.	G	A	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=-0.188;DP=31;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.403;QD=2.38;ReadPosRankSum=0.188	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,5:31:99:102,0,979
11	64807447	.	A	C	746.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:775,54,0
11	64807541	.	G	A	17.84	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=-2.256;DP=29;FS=2.235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.465;QD=0.62;ReadPosRankSum=2.399	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,3:29:46:46,0,1043
11	64809044	.	C	T	430.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.880;ClippingRankSum=0.546;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.303;QD=26.92;ReadPosRankSum=0.667	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,12:16:98:459,0,98
11	64809090	.	T	G	484.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:513,36,0
11	64809133	.	T	G	280.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:309,21,0
11	64809167	.	A	G	586.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:615,48,0
11	64811900	.	C	T	292.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=-0.085;DP=37;FS=3.182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.120;QD=7.91;ReadPosRankSum=0.256	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:27,10:37:99:321,0,1040
11	64867334	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
11	64872843	.	G	A	43.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:71,6,0
11	64880090	.	G	C	543.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:572,42,0
11	64884052	.	G	A	399.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:428,30,0
11	64889416	.	G	C	163.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:192,15,0
11	64893230	.	C	T	298.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.132;ClippingRankSum=-1.461;DP=61;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.191;QD=4.90;ReadPosRankSum=0.771	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:49,12:61:99:327,0,1970
11	64895202	.	A	G	764.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=0.083;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.083;QD=25.34;ReadPosRankSum=-0.083	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,20:21:39:793,39,0
11	64946858	.	T	C	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=20.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:112,0,33
11	64960147	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	64972286	.	G	C	647.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=-0.929;DP=72;FS=20.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.127;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.917	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:51,21:72:99:676,0,1875
11	64981472	.	G	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
11	64983278	.	C	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
11	64984785	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	64987128	.	G	A	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
11	65000244	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	65004301	.	G	T	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
11	65008917	.	A	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
11	65089792	.	G	C	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
11	65114885	.	T	C	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
11	65118971	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
11	65120391	.	T	C	402.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:431,30,0
11	65139844	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
11	65144075	.	T	C	277.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:306,21,0
11	65144318	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
11	65157094	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
11	65168281	.	C	T	559.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.422;ClippingRankSum=0.474;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.540;QD=31.10;ReadPosRankSum=-0.711	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,15:18:82:588,0,82
11	65177439	.	G	A	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:80,0,34
11	65179055	.	C	G	665.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:694,51,0
11	65180883	.	A	G	221.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:250,18,0
11	65190379	.	G	T	1672.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,42:42:99:1701,125,0
11	65191208	.	C	G	340.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=-0.681;DP=65;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.631;QD=5.24;ReadPosRankSum=0.582	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:52,13:65:99:369,0,2089
11	65196884	.	C	G	67.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.185;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.740;QD=5.65;ReadPosRankSum=0.185	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,3:12:96:96,0,359
11	65196931	.	T	A	104.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.678;DP=11;FS=6.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.769;QD=9.52;ReadPosRankSum=-1.034	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,4:11:99:133,0,268
11	65197393	.	G	A	166.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=-1.920;DP=8;FS=17.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.322;QD=20.85;ReadPosRankSum=1.920	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:99:195,0,99
11	65199599	.	A	G	231.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:260,18,0
11	65206017	.	C	T	120.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.550;DP=7;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=17.25;ReadPosRankSum=-0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:149,0,110
11	65206917	.	A	G	249.82	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.747;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=31.23;ReadPosRankSum=-0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:19:278,0,19
11	65207469	.	T	C	276.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:305,21,0
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11	65347636	.	G	C	999.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1028,72,0
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11	65349756	.	T	G	380.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.041;ClippingRankSum=-1.826;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.107;QD=31.73;ReadPosRankSum=1.611	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,10:12:47:409,0,47
11	65349849	.	A	T	325.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:354,27,0
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11	65385606	.	A	G	773.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:802,60,0
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11	65423930	.	C	T	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
11	65424061	.	T	C	40.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:68,6,0
11	65484882	.	C	G	125.82	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=25.16;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:19:154,0,19
11	65540353	.	T	C	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:80,0,36
11	65542045	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	65544381	.	T	C	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=-1.001;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=8.86;ReadPosRankSum=1.001	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:108,0,494
11	65544382	.	T	C	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=-1.001;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=8.86;ReadPosRankSum=1.001	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:108,0,494
11	65544490	.	T	C	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.762;DP=9;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.666;QD=7.86;ReadPosRankSum=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:99:99,0,626
11	65544503	.	T	C	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.566;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=6.43;ReadPosRankSum=-1.377	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:99:99,0,626
11	65544567	.	T	C	321.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=-0.540;DP=13;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.774;QD=24.75;ReadPosRankSum=-0.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,9:13:99:350,0,128
11	65544575	.	T	C	16.86	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=-1.734;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.639;QD=1.20;ReadPosRankSum=-1.187	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:45:45,0,624
11	65548108	.	C	T	338.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:367,30,0
11	65560620	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
11	65560880	.	C	T	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
11	65561369	.	G	A	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
11	65562852	.	G	C	479.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:508,36,0
11	65623519	.	G	A	1413.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=-0.111;DP=92;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.166;QD=15.37;ReadPosRankSum=-0.016	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:53,39:92:99:1442,0,2004
11	65624490	.	A	G	137.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:165,12,0
11	65625237	.	C	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=13.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:69,0,37
11	65628334	.	G	A	218.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=-0.153;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.337;QD=9.12;ReadPosRankSum=-0.521	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,8:24:99:247,0,540
11	65629932	.	T	C	196.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=1.084;DP=45;FS=1.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.638;QD=4.37;ReadPosRankSum=1.766	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:37,8:45:99:225,0,2792
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11	65631167	.	C	T	117.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.698;DP=51;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.698;QD=2.31;ReadPosRankSum=0.397	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:44,7:51:99:146,0,1746
11	65632262	.	G	T	339.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=-1.012;DP=48;FS=13.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.274;QD=7.08;ReadPosRankSum=1.226	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:36,12:48:99:368,0,1330
11	65640562	.	G	A	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
11	65661977	.	A	G	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
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11	66135614	.	A	G	178.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:207,15,0
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11	66247696	.	G	T	204.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=29.26;ReadPosRankSum=-0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:22:233,0,22
11	66262806	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
11	66272142	.	A	G	156.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=-0.802;DP=27;FS=4.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.138;QD=5.81;ReadPosRankSum=0.858	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,7:27:99:185,0,714
11	66291656	.	T	C	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=9.19;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:65:65,0,70
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11	66451984	.	T	C	23.79	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=-0.354;DP=11;FS=7.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.825;QD=2.16;ReadPosRankSum=0.118	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:52:52,0,443
11	66451994	.	T	C	121.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.421;DP=8;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.017;QD=15.22;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:150,0,154
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11	66490833	.	T	C	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
11	66490843	.	T	C	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:76,6,0
11	66490898	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	66492277	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
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11	66562248	.	T	C	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
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11	66816507	.	T	C	1307.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,31:31:93:1336,93,0
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11	66834252	.	C	T	1533.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=1.743;DP=49;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.994;QD=31.30;ReadPosRankSum=-1.640	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,40:49:99:1562,0,244
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11	67263767	.	A	G	1019.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1048,78,0
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11	67375162	.	T	C	311.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:340,24,0
11	67378229	.	T	G	310.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:339,24,0
11	67395634	.	C	T	272.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.354;DP=29;FS=3.654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.684;QD=9.41;ReadPosRankSum=0.919	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,9:29:99:301,0,757
11	67395714	.	C	T	104.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=0.406;DP=27;FS=1.882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.967;QD=3.88;ReadPosRankSum=1.654	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,5:27:99:133,0,874
11	67430264	.	A	G	699.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:728,51,0
11	67430396	.	T	C	746.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:775,54,0
11	67430482	.	T	C	604.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:633,45,0
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11	67944080	.	G	A	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
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11	67957518	.	A	T	1289.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1318,90,0
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11	68032639	.	G	A	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
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11	68044804	.	C	T	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
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11	68050036	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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11	68142742	.	G	A	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
11	68143256	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	68160303	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
11	68171013	.	T	C	1623.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,39:39:99:1652,117,0
11	68192690	.	G	A	1120.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,28:28:84:1149,84,0
11	68209477	.	A	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:62:81,0,62
11	68209478	.	C	A	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:62:81,0,62
11	68458470	.	T	C	148.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=1.381;DP=13;FS=5.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.533;QD=11.44;ReadPosRankSum=-1.381	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,5:13:99:177,0,311
11	68504474	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,111
11	68505064	.	A	G	32.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=8.19;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:61:61,0,78
11	68511691	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
11	68512145	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	68512853	.	G	A	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=20.69;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:32:111,0,32
11	68523195	.	G	T	36.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.976;ClippingRankSum=-1.843;DP=20;FS=36.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.898;QD=1.84;ReadPosRankSum=-2.221	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,4:20:65:65,0,974
11	68523197	.	C	T	36.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.663;ClippingRankSum=-1.457;DP=21;FS=25.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.452;QD=1.75;ReadPosRankSum=-1.859	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,3:21:65:65,0,974
11	68523325	.	T	C	151.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.825;DP=11;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.143;QD=13.80;ReadPosRankSum=-0.825	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,5:11:99:180,0,218
11	68523468	.	T	C	287.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=-0.289;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.600;QD=22.14;ReadPosRankSum=0.825	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,8:12:99:316,0,258
11	68523471	.	T	C	15.88	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.099;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=1.22;ReadPosRankSum=-0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:44:44,0,680
11	68523472	.	T	C	287.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.546;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=26.16;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,7:10:99:316,0,258
11	68523534	.	T	C	120.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=-0.937;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=17.25;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:149,0,107
11	68523910	.	T	C	230.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=-1.449;DP=28;FS=1.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.246;QD=8.24;ReadPosRankSum=1.297	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,8:28:99:259,0,785
11	68524053	.	G	A	510.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.710;ClippingRankSum=-0.699;DP=50;FS=1.193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.191;QD=10.22;ReadPosRankSum=1.016	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:35,15:50:99:539,0,1248
11	68524809	.	T	C	21.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=-0.417;DP=41;FS=2.147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.164;QD=0.53;ReadPosRankSum=0.373	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:37,4:41:50:50,0,1442
11	68532388	.	G	A	43.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:71,6,0
11	68536608	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
11	68549340	.	A	G	1559.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,36:36:99:1588,108,0
11	68560299	.	T	C	45.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:73,6,0
11	68671285	.	A	C	69.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.580;ClippingRankSum=-0.296;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:98:98,0,248
11	68678962	.	T	C	63.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=-1.090;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.311;QD=4.55;ReadPosRankSum=1.401	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,3:14:92:92,0,430
11	68703959	.	A	G	24.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=-0.107;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.826;QD=2.07;ReadPosRankSum=0.107	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:53:53,0,371
11	68704264	.	C	T	111.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.237;ClippingRankSum=-2.700;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.077;QD=8.60;ReadPosRankSum=2.546	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,4:13:99:140,0,321
11	68707454	.	T	C	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.350;ClippingRankSum=0.850;DP=19;FS=9.863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.050;QD=4.67;ReadPosRankSum=-1.150	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,4:19:99:117,0,536
11	68822739	.	T	C	251.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:280,21,0
11	68840155	.	C	T	131.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=26.35;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:99:160,0,114
11	68840160	.	A	G	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=8;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=4.35;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:63:63,0,413
11	68846399	.	A	T	250.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:279,21,0
11	68847138	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
11	68854012	.	A	G	254.80	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.747;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=31.85;ReadPosRankSum=-0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:21:283,0,21
11	68855483	.	G	A	518.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:547,42,0
11	68857038	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	68859030	.	G	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
11	68881150	.	A	G	46.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
11	68926593	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
11	69061959	.	A	G	34.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=1.473;DP=76;FS=3.724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.557;QD=0.46;ReadPosRankSum=-1.419	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:69,7:76:63:63,0,2737
11	69063136	.	C	T	651.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=-0.027;DP=79;FS=11.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.016;QD=8.25;ReadPosRankSum=0.071	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:57,22:79:99:680,0,2157
11	69063510	.	G	A	327.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.306;DP=87;FS=2.483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.045;QD=3.77;ReadPosRankSum=-0.410	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:73,14:87:99:356,0,2880
11	69063728	.	G	C	804.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.497;ClippingRankSum=-0.111;DP=90;FS=0.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.441;QD=8.94;ReadPosRankSum=1.714	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:64,26:90:99:833,0,2433
11	69063767	.	C	A	64.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=-0.564;DP=87;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.383;QD=0.74;ReadPosRankSum=-0.913	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:78,9:87:93:93,0,2961
11	69066861	.	A	G	112.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=-0.289;DP=12;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=9.40;ReadPosRankSum=0.289	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,4:12:99:141,0,313
11	69067087	.	A	T	191.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:220,15,0
11	69068664	.	C	T	247.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=-0.700;DP=28;FS=1.882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.252;QD=8.85;ReadPosRankSum=-0.028	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,6:28:99:276,0,1703
11	69068692	.	C	T	247.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=-0.517;DP=26;FS=4.374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.578;QD=9.53;ReadPosRankSum=0.700	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,6:26:99:276,0,1703
11	69073647	.	A	G	671.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:700,48,0
11	69073807	.	A	G	525.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:554,39,0
11	69074090	.	G	A	17.84	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.639;DP=14;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.004;QD=1.27;ReadPosRankSum=-0.822	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:46:46,0,472
11	69075185	.	A	G	273.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:302,24,0
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11	69075718	.	G	A	732.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:761,54,0
11	69076475	.	G	T	61.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.422;ClippingRankSum=0.248;DP=9;FS=6.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=6.86;ReadPosRankSum=-0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:90:90,0,232
11	69077580	.	T	G	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.237;ClippingRankSum=1.371;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.794;QD=3.05;ReadPosRankSum=-1.371	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,3:15:74:74,0,474
11	69077993	.	T	C	19.81	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.369;ClippingRankSum=0.091;DP=14;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.004;QD=1.42;ReadPosRankSum=-0.274	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:48:48,0,461
11	69078571	.	C	G	574.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=-0.868;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.519;QD=31.42;ReadPosRankSum=0.651	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,15:16:6:602,6,0
11	69078912	.	T	C	451.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:480,33,0
11	69079744	.	G	A	418.96	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=-0.935;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.134;QD=32.23;ReadPosRankSum=0.401	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,12:13:5:446,0,5
11	69082592	.	A	G	59.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.761;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.930;QD=4.60;ReadPosRankSum=-0.254	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,3:13:88:88,0,391
11	69088554	.	C	T	1179.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1208,87,0
11	69089552	.	C	G	1307.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,31:31:93:1336,93,0
11	69139893	.	T	G	1277.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,31:31:93:1306,93,0
11	69139986	.	A	G	1064.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1093,78,0
11	69140328	.	A	T	1186.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1215,90,0
11	69141143	.	A	G	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=1.179;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=3.86;ReadPosRankSum=-1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:63:63,0,276
11	69141238	.	G	T	525.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:554,39,0
11	69141279	.	A	G	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=3.97;ReadPosRankSum=-0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:60:60,0,230
11	69143284	.	A	G	567.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:596,45,0
11	69143747	.	A	G	217.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.564;ClippingRankSum=-1.141;DP=19;FS=4.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.972;QD=11.46;ReadPosRankSum=0.887	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,7:19:99:246,0,442
11	69145708	.	T	A	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
11	69146973	.	A	G	232.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:261,18,0
11	69147060	.	A	G	12.99	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.556;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.714;QD=0.81;ReadPosRankSum=-0.873	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,2:16:41:41,0,570
11	69147619	.	A	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
11	69147621	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
11	69148572	.	G	A	601.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:630,45,0
11	69152913	.	A	G	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.480;DP=10;FS=8.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:60:60,0,317
11	69163792	.	G	A	185.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=26.54;ReadPosRankSum=-0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:25:214,0,25
11	69173618	.	C	T	20.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.118;DP=11;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.354;QD=1.89;ReadPosRankSum=-0.354	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:49:49,0,353
11	69181968	.	C	T	289.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.480;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.898;QD=28.98;ReadPosRankSum=1.271	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,8:10:51:318,0,51
11	69183833	.	G	T	1816.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,42:42:99:1845,126,0
11	69186986	.	G	A	924.96	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=-0.880;DP=27;FS=2.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.231;QD=34.26;ReadPosRankSum=0.787	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,25:27:5:952,0,5
11	69189873	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
11	69193532	.	G	C	93.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
11	69194986	.	A	G	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
11	69195097	.	T	C	140.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:168,12,0
11	69195368	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
11	69196992	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
11	69196996	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
11	69197496	.	A	G	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:74,0,37
11	69197514	.	T	A	47.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
11	69197584	.	A	G	187.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:216,15,0
11	69198289	.	A	G	185.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:214,15,0
11	69198698	.	A	G	367.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:27:396,27,0
11	69198708	.	A	G	367.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:27:396,27,0
11	69198963	.	C	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
11	69199380	.	G	A	340.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:369,30,0
11	69199785	.	G	A	387.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:416,30,0
11	69199923	.	C	A	400.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:429,30,0
11	69199974	.	C	T	226.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:255,18,0
11	69200347	.	A	G	89.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:117,9,0
11	69200525	.	C	T	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
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11	69486244	.	A	G	274.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:303,21,0
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11	69954929	.	G	A	71.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=14.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:53:100,0,53
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11	69955558	.	T	A	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:78,0,35
11	69957008	.	G	A	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
11	69964074	.	T	C	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
11	69964525	.	G	T	274.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:303,21,0
11	69966083	.	A	G	134.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=26.96;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:26:163,0,26
11	69966131	.	C	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:54:81,0,54
11	69966132	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:54:81,0,54
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11	70015951	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	70027984	.	G	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
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11	70032828	.	G	A	120.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.550;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.300;QD=17.25;ReadPosRankSum=-0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:78:149,0,78
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11	70033330	.	C	T	164.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:193,15,0
11	70033583	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	70034454	.	G	C	2935.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,68:68:99:2964,204,0
11	70049523	.	A	G	270.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=-0.623;DP=54;FS=3.231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.611;QD=5.01;ReadPosRankSum=0.644	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:43,11:54:99:299,0,1494
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11	70211574	.	A	G	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
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11	70224599	.	T	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
11	70225234	.	C	G	88.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:26:117,0,26
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11	70254890	.	G	A	153.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=-0.380;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.529;QD=12.81;ReadPosRankSum=0.529	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,5:12:99:182,0,254
11	70257019	.	A	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
11	70257669	.	A	G	45.80	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.27;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:21:74,0,21
11	70262379	.	T	G	138.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=13;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.696;QD=10.67;ReadPosRankSum=0.212	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,5:13:99:167,0,310
11	70266246	.	G	A	343.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.373;ClippingRankSum=-0.387;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.669;QD=16.37;ReadPosRankSum=0.387	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,10:21:99:372,0,423
11	70268910	.	C	T	300.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=-1.173;DP=21;FS=7.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.888;QD=14.32;ReadPosRankSum=0.888	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,9:21:99:329,0,458
11	70271927	.	G	A	16.86	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=0.537;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.107;QD=1.40;ReadPosRankSum=-0.752	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:45:45,0,397
11	70272042	.	A	G	38.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=5.54;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:67:67,0,197
11	70274191	.	G	T	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:71:71,0,161
11	70274742	.	A	T	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=7.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=4.47;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:64:64,0,169
11	70274979	.	T	C	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:71:71,0,99
11	70279927	.	G	A	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.380;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=7.13;ReadPosRankSum=-1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:71:71,0,154
11	70314597	.	T	A	211.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:240,18,0
11	70318714	.	A	G	629.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:658,48,0
11	70320069	.	G	T	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:75,0,34
11	70331077	.	C	T	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:78,0,33
11	70341456	.	G	C	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
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11	71237111	.	C	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
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11	71237306	.	C	G	456.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:485,33,0
11	71237318	.	C	G	323.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=39.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:352,24,0
11	71237348	.	A	G	363.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:392,27,0
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11	71255841	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
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11	71272361	.	T	C	283.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:312,21,0
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11	71274130	.	T	G	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
11	71274146	.	C	T	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
11	71274150	.	T	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
11	71274181	.	G	A	283.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:21:312,21,0
11	71274191	.	C	T	283.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:312,21,0
11	71274218	.	G	T	586.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:615,42,0
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11	71274633	.	C	T	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:12:175,12,0
11	71274634	.	C	T	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:12:175,12,0
11	71274655	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:90,6,0
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11	71274671	.	T	C	188.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:217,15,0
11	71274684	.	T	C	456.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:33:485,33,0
11	71274693	.	T	C	456.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:33:485,33,0
11	71274728	.	C	T	404.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:433,30,0
11	71274758	.	G	A	396.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:425,30,0
11	71274850	.	A	G	277.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:306,21,0
11	71274861	.	T	C	283.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:312,21,0
11	71274865	.	A	G	283.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:21:312,21,0
11	71274873	.	G	A	283.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:21:312,21,0
11	71274937	.	G	C	330.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.33	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:24:359,24,0
11	71274947	.	T	G	330.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:359,24,0
11	71274975	.	A	C	230.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:259,18,0
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11	71274992	.	G	A	230.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:18:259,18,0
11	71275090	.	G	A	346.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:375,27,0
11	71275104	.	C	G	507.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:36:536,36,0
11	71275106	.	C	T	507.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:36:536,36,0
11	71275111	.	C	G	507.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:36:536,36,0
11	71275115	.	G	T	507.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:36:536,36,0
11	71275124	.	T	G	192.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:221,15,0
11	71275136	.	G	T	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
11	71275176	.	T	A	140.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:168,12,0
11	71275226	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	71275336	.	A	G	272.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:301,21,0
11	71275341	.	G	C	272.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:21:301,21,0
11	71275350	.	G	C	272.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:21:301,21,0
11	71275689	.	A	G	213.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=-0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=30.54;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:23:242,0,23
11	71275752	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
11	71517342	.	G	T	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
11	71579281	.	A	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
11	71581325	.	G	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
11	71581938	.	G	A	234.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:263,18,0
11	71583865	.	T	G	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=6.75;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:62:62,0,118
11	71588331	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	71594888	.	G	C	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
11	71600736	.	T	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
11	71601365	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	71602222	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
11	71708013	.	G	A	41.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=-1.256;DP=21;FS=10.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.050;QD=1.99;ReadPosRankSum=1.156	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,3:21:70:70,0,712
11	71708528	.	G	T	204.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=29.26;ReadPosRankSum=-0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:22:233,0,22
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11	72521668	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	72529793	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
11	72530196	.	C	T	44.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:72,6,0
11	72531472	.	T	C	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
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11	72532708	.	C	T	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
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11	73498933	.	T	G	143.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=-0.336;DP=10;FS=6.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.470;QD=14.38;ReadPosRankSum=0.336	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:172,0,191
11	73581543	.	T	C	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:80,0,33
11	73581672	.	T	C	44.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=14.93;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:27:73,0,27
11	73582071	.	T	C	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.19;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:62:73,0,62
11	73585173	.	A	T	194.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=27.83;ReadPosRankSum=-0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:25:223,0,25
11	73586112	.	C	G	205.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=-0.742;DP=7;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=29.40;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:23:234,0,23
11	73586550	.	G	A	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:31:80,0,31
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11	74563077	.	G	A	146.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.717;ClippingRankSum=0.825;DP=11;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.143;QD=13.34;ReadPosRankSum=-0.717	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,5:11:99:175,0,228
11	74660292	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
11	74678202	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	74678203	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	74681409	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
11	74685069	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	74687341	.	A	C	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
11	74705696	.	T	C	308.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:337,24,0
11	74716874	.	A	G	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.988;DP=6;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.537;QD=13.63;ReadPosRankSum=-0.988	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:110,0,109
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11	74720593	.	G	T	62.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=1.246;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.934;QD=4.48;ReadPosRankSum=0.311	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,3:14:91:91,0,403
11	74721673	.	G	A	127.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=-1.754;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.937;QD=18.25;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:156,0,108
11	74721702	.	C	G	308.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:337,24,0
11	74978732	.	G	C	17.84	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=-2.014;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.592;QD=0.99;ReadPosRankSum=0.948	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,3:18:46:46,0,578
11	75116487	.	C	G	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=-1.495;DP=7;FS=13.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=5.40;ReadPosRankSum=1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:66:66,0,164
11	75116732	.	C	A	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.589;DP=11;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.118;QD=2.62;ReadPosRankSum=-0.354	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:57:57,0,571
11	75116734	.	C	A	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.589;DP=8;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=-1.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:57:57,0,571
11	75145952	.	A	G	347.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:376,27,0
11	75146384	.	A	G	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
11	75236333	.	A	G	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:77,0,33
11	75236422	.	C	G	38.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=6.46;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:67:67,0,141
11	75277628	.	A	G	479.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:508,36,0
11	75277757	.	C	G	1169.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1198,87,0
11	75279073	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:81,0,36
11	75279846	.	C	T	1398.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,33:33:99:1427,99,0
11	75282882	.	G	A	1889.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,44:44:99:1918,132,0
11	75283653	.	C	A	1230.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1259,87,0
11	75620447	.	C	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
11	75620460	.	T	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
11	75852533	.	G	A	310.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=-0.847;DP=16;FS=2.115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.741;QD=19.42;ReadPosRankSum=0.106	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,9:16:99:339,0,237
11	75853425	.	T	C	264.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=-0.382;DP=11;FS=7.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=24.07;ReadPosRankSum=0.566	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,8:11:98:293,0,98
11	75853930	.	T	A	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=21.69;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:31:115,0,31
11	76180668	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
11	76252130	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
11	76252203	.	G	C	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
11	76252631	.	A	G	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:80,0,37
11	76261533	.	A	G	233.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:262,18,0
11	76262128	.	A	G	124.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.421;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=15.60;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:153,0,154
11	76262652	.	G	T	230.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:259,18,0
11	76370004	.	C	T	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=8.15;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:69:69,0,97
11	76421533	.	T	G	90.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.69;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:119,0,33
11	76473138	.	A	C	90.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=18.15;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:71:119,0,71
11	76474537	.	T	C	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
11	76474827	.	G	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
11	76476429	.	C	T	32.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=4.10;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:61:61,0,226
11	76477867	.	C	T	90.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:119,0,34
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11	76513389	.	A	G	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:71:71,0,156
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11	76732949	.	T	C	244.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=-0.895;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=24.48;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,7:10:99:273,0,101
11	76733024	.	A	G	189.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.555;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.493;QD=14.60;ReadPosRankSum=-0.555	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,6:13:99:218,0,264
11	76734005	.	C	T	123.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=20.63;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:64:152,0,64
11	76734251	.	A	G	161.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.951;ClippingRankSum=-0.676;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.268;QD=16.18;ReadPosRankSum=0.851	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:190,0,177
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11	76737245	.	A	G	214.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.248;DP=9;FS=6.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.573;QD=23.86;ReadPosRankSum=0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:99:243,0,103
11	76737327	.	A	G	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=-0.198;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=5.11;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:64:64,0,201
11	76930178	.	C	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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11	77373414	.	T	G	156.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.573;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.203;QD=17.42;ReadPosRankSum=-1.001	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:92:185,0,92
11	77373471	.	C	A	319.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:348,24,0
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11	77377751	.	A	G	21.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.099;DP=13;FS=7.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.086;QD=1.68;ReadPosRankSum=-0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:50:50,0,431
11	77378388	.	T	C	622.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.100;DP=31;FS=3.477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.821;QD=20.09;ReadPosRankSum=-0.180	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,18:31:99:651,0,424
11	77378505	.	A	G	216.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.887;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.465;QD=11.41;ReadPosRankSum=-0.211	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,7:19:99:245,0,460
11	77409568	.	T	C	559.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=23.32;ReadPosRankSum=0.060	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,15:24:99:588,0,332
11	77524722	.	T	G	232.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.068;DP=14;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.201;QD=16.63;ReadPosRankSum=0.299	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,7:14:99:261,0,254
11	77528161	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	77553638	.	T	C	220.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.564;ClippingRankSum=0.211;DP=19;FS=4.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.465;QD=11.62;ReadPosRankSum=0.042	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,7:19:99:249,0,368
11	77583266	.	G	A	289.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.976;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.724;QD=12.60;ReadPosRankSum=-0.724	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,9:23:99:318,0,553
11	77597501	.	T	C	826.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:855,57,0
11	77597504	.	C	G	826.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:855,57,0
11	77597755	.	G	C	176.80	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=6;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=29.47;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:21:205,0,21
11	77780010	.	T	C	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=5.96;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:64:64,0,152
11	77790653	.	T	C	2156.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,52:52:99:2185,157,0
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11	77813941	.	T	C	170.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=21.35;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:99:199,0,109
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11	77823732	.	A	G	557.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DP=26;FS=1.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.297;QD=21.45;ReadPosRankSum=-0.208	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,15:26:99:586,0,405
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11	77829296	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	77839277	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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11	77882393	.	T	C	81.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=20.45;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:22:110,0,22
11	77883478	.	G	A	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=9.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,109
11	77883988	.	G	A	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
11	77907961	.	G	A	112.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=22.55;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:28:141,0,28
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11	77925520	.	T	C	185.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:214,15,0
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11	78277277	.	A	G	926.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:955,66,0
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11	82802325	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,116
11	82802520	.	A	G	75.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=18.95;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:24:104,0,24
11	82924358	.	T	C	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.988;QD=13.29;ReadPosRankSum=-0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:108,0,110
11	82925958	.	A	G	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=0.406;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.988;QD=12.68;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:117,0,108
11	82968418	.	G	A	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
11	82972097	.	A	G	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.19;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:68:77,0,68
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11	82974910	.	A	G	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
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11	85692181	.	A	C	713.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=-1.332;DP=44;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.601;QD=16.22;ReadPosRankSum=1.544	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,20:44:99:742,0,924
11	85696670	.	G	A	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:32:77,0,32
11	85707054	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
11	85725937	.	C	T	449.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.688;ClippingRankSum=-0.805;DP=39;FS=4.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.571;QD=11.53;ReadPosRankSum=1.156	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,14:39:99:478,0,948
11	85756884	.	T	A	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
11	85780073	.	G	T	1378.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,34:34:99:1407,102,0
11	85968623	.	C	T	788.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:817,57,0
11	86055901	.	T	C	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=21.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:28:115,0,28
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11	88045583	.	A	G	2113.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,49:49:99:2142,147,0
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11	89939448	.	G	A	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
11	89939569	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:75,0,33
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11	89945358	.	C	A	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=16.55;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:75:111,0,75
11	89945381	.	A	G	233.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:262,18,0
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11	89945668	.	C	T	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
11	92895920	.	T	C	142.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.717;ClippingRankSum=1.031;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.466;QD=12.98;ReadPosRankSum=-1.031	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,5:11:99:171,0,220
11	93211764	.	A	G	494.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:523,36,0
11	93212161	.	A	G	725.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:754,54,0
11	93212254	.	C	T	795.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:824,63,0
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11	93425159	.	C	A	141.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:169,12,0
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11	93464429	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	93464996	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
11	93466866	.	G	T	432.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:461,33,0
11	93466874	.	T	C	27.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=-0.067;DP=9;FS=6.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=3.09;ReadPosRankSum=0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:56:56,0,257
11	93468592	.	T	C	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=-0.185;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=5.90;ReadPosRankSum=0.555	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,3:12:99:99,0,350
11	93468796	.	T	C	491.22	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.736;ClippingRankSum=0.496;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.992;QD=26.82;ReadPosRankSum=-0.744	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,13:14:4:518,0,4
11	93474791	.	G	T	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
11	93474827	.	T	C	223.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:252,18,0
11	93476766	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
11	93488436	.	G	T	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=-0.628;DP=33;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.828;QD=2.63;ReadPosRankSum=0.678	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,5:33:99:115,0,1079
11	93494978	.	A	G	115.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.447;ClippingRankSum=0.365;DP=10;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=11.58;ReadPosRankSum=0.365	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:144,0,229
11	93494980	.	A	G	12.99	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;ClippingRankSum=0.480;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.898;QD=1.30;ReadPosRankSum=0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:41:41,0,564
11	93495975	.	A	G	424.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.020;DP=32;FS=3.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.781;QD=13.27;ReadPosRankSum=0.140	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,13:31:99:453,0,670
11	93529655	.	G	A	457.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-1.068;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.469;QD=20.81;ReadPosRankSum=0.668	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,13:22:99:486,0,315
11	93537083	.	C	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
11	93797619	.	A	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
11	93800300	.	A	G	185.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:214,15,0
11	93820847	.	T	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
11	93862493	.	A	C	371.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=-0.739;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.232;QD=17.70;ReadPosRankSum=0.669	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,11:21:99:400,0,360
11	93913036	.	A	G	371.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.892;ClippingRankSum=0.277;DP=23;FS=7.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.769;QD=16.16;ReadPosRankSum=-0.215	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,11:23:99:400,0,453
11	93914451	.	G	A	161.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.098;ClippingRankSum=-0.851;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.148;QD=16.18;ReadPosRankSum=1.098	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:190,0,177
11	93914709	.	T	C	62.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=1.090;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.934;QD=4.48;ReadPosRankSum=-1.090	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,3:14:91:91,0,411
11	93914956	.	A	G	873.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:902,63,0
11	93917068	.	A	G	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=1.495;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.495;QD=5.68;ReadPosRankSum=-1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:68:68,0,202
11	93918350	.	T	C	217.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:246,18,0
11	94150033	.	C	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
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11	94150124	.	A	G	494.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:523,36,0
11	94150140	.	T	G	215.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:244,18,0
11	94150790	.	T	C	266.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:295,21,0
11	94205747	.	C	T	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
11	94207483	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
11	94231257	.	C	G	914.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=-1.110;DP=32;FS=3.848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.501;QD=28.59;ReadPosRankSum=0.239	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,24:32:99:943,0,252
11	94232883	.	C	T	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
11	94234387	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	94292419	.	C	T	184.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:213,15,0
11	94315290	.	C	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
11	94315307	.	C	A	79.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:107,9,0
11	94320237	.	T	C	134.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:162,12,0
11	94335077	.	C	T	288.90	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=-0.751;DP=9;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=32.10;ReadPosRankSum=0.751	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,8:9:15:317,0,15
11	94483900	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	94504880	.	C	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
11	94511743	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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11	94826200	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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11	94863186	.	C	A	105.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=0.170;DP=25;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.510;QD=4.23;ReadPosRankSum=-0.374	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,5:25:99:134,0,760
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11	94865454	.	T	G	230.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.594;ClippingRankSum=-0.123;DP=42;FS=15.714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.613;QD=5.49;ReadPosRankSum=0.490	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:33,9:42:99:259,0,1244
11	94867080	.	A	G	179.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:208,15,0
11	95512060	.	A	G	138.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.053;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.950;QD=8.16;ReadPosRankSum=-0.158	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,5:17:99:167,0,476
11	95556182	.	G	A	193.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.424;ClippingRankSum=-1.791;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.312;QD=14.91;ReadPosRankSum=2.777	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,6:13:99:222,0,241
11	95557354	.	A	G	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=7.15;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:64:64,0,108
11	95560695	.	A	G	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.94;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:31:120,0,31
11	95565288	.	A	G	139.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=-0.680;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.453;QD=8.74;ReadPosRankSum=0.453	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,5:16:99:168,0,424
11	95825424	.	G	T	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.450;ClippingRankSum=2.450;DP=19;FS=5.815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.050;QD=4.41;ReadPosRankSum=-2.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,4:19:99:112,0,591
11	95933123	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
11	95936071	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
11	95937204	.	T	C	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
11	95964480	.	G	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
11	95985630	.	A	G	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=6.96;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:70:70,0,153
11	95999287	.	G	A	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.19;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:73:73,0,78
11	96011065	.	A	T	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
11	96019480	.	T	G	85.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.45;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:25:114,0,25
11	96033138	.	T	G	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
11	96076289	.	G	C	318.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=-0.133;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.800;QD=22.77;ReadPosRankSum=-0.133	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,9:14:99:347,0,153
11	96115328	.	T	C	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
11	97038140	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
11	97038716	.	T	C	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
11	98625032	.	T	C	10.21	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.10;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:30:38,0,30
11	98917586	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
11	101981277	.	T	C	135.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.204;DP=45;FS=1.621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.705;QD=3.02;ReadPosRankSum=-0.266	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:38,7:45:99:164,0,1453
11	101981463	.	G	T	21.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=-2.117;DP=20;FS=3.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.799;QD=1.09;ReadPosRankSum=1.799	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,3:20:50:50,0,609
11	101984411	.	A	T	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
11	101989718	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
11	102020234	.	G	A	41.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:69,6,0
11	102037816	.	A	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
11	102041261	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
11	102044321	.	G	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
11	102045367	.	G	T	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
11	102058225	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	102099606	.	C	A	69.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.937;QD=9.97;ReadPosRankSum=-0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:98:98,0,151
11	102201848	.	G	A	459.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.583;ClippingRankSum=-1.423;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.685;QD=27.05;ReadPosRankSum=1.528	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,12:17:99:488,0,151
11	102207851	.	G	A	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
11	102208400	.	G	A	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=16.35;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:75:110,0,75
11	102209172	.	C	G	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
11	102209737	.	A	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
11	102248852	.	C	T	923.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=-1.010;DP=39;FS=2.886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.893;QD=23.69;ReadPosRankSum=0.776	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,25:39:99:952,0,495
11	102298002	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
11	102331334	.	G	T	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.69;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:71:71,0,76
11	102931514	.	G	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
11	102934391	.	G	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
11	102937679	.	C	T	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
11	102940905	.	T	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
11	102946337	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
11	102949755	.	T	C	143.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:171,12,0
11	102949802	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
11	102949969	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
11	102951612	.	A	G	447.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:476,33,0
11	102952976	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
11	102961004	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
11	102962832	.	G	C	2005.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,47:47:99:2034,141,0
11	104813887	.	C	T	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
11	104814286	.	T	C	263.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:292,21,0
11	104814301	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
11	104818461	.	G	A	68.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:96,9,0
11	104819327	.	T	C	1894.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,44:44:99:1923,132,0
11	104820163	.	A	C	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
11	105947285	.	C	T	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:75,0,36
11	106044942	.	G	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
11	106695514	.	A	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
11	107189124	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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11	108093833	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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11	111597442	.	A	G	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
11	111598325	.	A	G	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
11	111601295	.	C	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
11	111754574	.	A	C	175.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.452;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.485;QD=12.55;ReadPosRankSum=-0.323	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,6:14:99:204,0,305
11	111871030	.	C	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
11	111871031	.	A	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
11	111909994	.	G	A	158.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.346;ClippingRankSum=0.638;DP=31;FS=6.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.449;QD=5.12;ReadPosRankSum=-0.213	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,7:31:99:187,0,928
11	111955483	.	G	A	733.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:762,54,0
11	111956989	.	C	A	1350.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,32:32:96:1379,96,0
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11	117788879	.	A	T	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
11	117800083	.	T	C	694.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:723,51,0
11	117967476	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
11	117973363	.	A	G	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
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11	117976568	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=-1.495;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,177
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11	117982289	.	G	T	121.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.368;ClippingRankSum=1.638;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.421;QD=15.22;ReadPosRankSum=0.421	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:150,0,155
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11	117988784	.	A	G	1438.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=-0.513;DP=53;FS=9.028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=27.15;ReadPosRankSum=0.513	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,37:53:99:1467,0,535
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11	117990403	.	T	G	177.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=29.63;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:26:206,0,26
11	118098041	.	A	G	498.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:527,36,0
11	118099617	.	G	A	260.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:289,21,0
11	118100411	.	G	C	220.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:249,18,0
11	118100508	.	T	C	226.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.910;ClippingRankSum=0.421;DP=14;FS=5.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.663;QD=16.20;ReadPosRankSum=-0.201	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,7:14:99:255,0,272
11	118107805	.	A	G	521.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:550,39,0
11	118110977	.	T	C	540.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:569,39,0
11	118125077	.	T	C	1017.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1046,72,0
11	118125625	.	T	C	1310.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,31:31:93:1339,93,0
11	118125672	.	G	A	946.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:975,69,0
11	118126394	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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11	118126675	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
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11	118131813	.	A	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
11	118134597	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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11	118137383	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
11	118268613	.	A	G	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=8.69;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:63:63,0,67
11	118375175	.	A	G	356.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.733;ClippingRankSum=-1.022;DP=18;FS=1.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.044;QD=19.82;ReadPosRankSum=1.466	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,10:18:99:385,0,282
11	118393396	.	A	G	277.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:306,21,0
11	118404804	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
11	118405343	.	G	A	223.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:252,18,0
11	118468037	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
11	118509668	.	A	G	234.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:263,18,0
11	118514625	.	C	T	238.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=-0.762;DP=9;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.067;QD=26.53;ReadPosRankSum=0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:59:267,0,59
11	118514644	.	A	G	23.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=-0.322;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.107;QD=1.98;ReadPosRankSum=0.107	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:52:52,0,397
11	118528424	.	C	T	444.53	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=-1.470;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.668;QD=34.19;ReadPosRankSum=1.203	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,12:13:3:471,0,3
11	118618620	.	C	G	145.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=-0.956;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=18.22;ReadPosRankSum=1.517	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:86:174,0,86
11	118618776	.	A	T	317.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=-0.395;DP=26;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-3.241;QD=12.22;ReadPosRankSum=0.343	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,10:26:99:346,0,553
11	118618837	.	A	C	491.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:520,36,0
11	118619047	.	T	G	691.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=-0.223;DP=31;FS=6.872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.020;QD=22.32;ReadPosRankSum=0.588	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,19:31:99:720,0,416
11	118619253	.	C	T	259.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=-0.444;DP=22;FS=7.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.194;QD=11.81;ReadPosRankSum=0.444	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,8:22:99:288,0,533
11	118619352	.	T	C	13.95	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=-0.397;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.873;QD=0.87;ReadPosRankSum=-0.556	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,2:16:42:42,0,583
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11	118619960	.	C	T	204.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=-0.741;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.133;QD=20.48;ReadPosRankSum=0.741	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,6:10:99:233,0,149
11	118620697	.	T	C	98.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=1.031;DP=16;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.788;QD=6.17;ReadPosRankSum=1.273	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,4:16:99:127,0,453
11	118621495	.	G	C	222.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.664;ClippingRankSum=-1.347;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.585;QD=11.14;ReadPosRankSum=1.268	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,7:20:99:251,0,498
11	118621699	.	T	C	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=-0.280;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.839;QD=2.57;ReadPosRankSum=-0.056	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,3:19:77:77,0,650
11	118622245	.	G	A	667.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:696,48,0
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11	118796182	.	C	T	640.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:669,51,0
11	118796361	.	A	G	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
11	118796365	.	C	G	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
11	118796415	.	T	G	508.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:537,42,0
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11	118870004	.	T	C	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=14.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:73,0,35
11	118875689	.	A	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
11	118880600	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
11	118880668	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:75,0,37
11	118884708	.	G	A	92.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.19;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:121,0,33
11	118884726	.	T	C	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=22.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:31:120,0,31
11	118886117	.	C	T	156.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=22.40;ReadPosRankSum=-0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:58:185,0,58
11	118886656	.	G	A	91.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:119,9,0
11	118887887	.	G	T	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,163
11	118887888	.	C	T	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,163
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11	118895202	.	A	G	357.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=-1.513;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.732;QD=21.05;ReadPosRankSum=1.415	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,10:17:99:386,0,174
11	118895495	.	C	G	456.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=-0.307;DP=19;FS=2.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.833;QD=24.04;ReadPosRankSum=0.395	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,13:19:99:485,0,194
11	118895686	.	C	T	407.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.246;DP=16;FS=5.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.453;QD=25.49;ReadPosRankSum=1.586	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,11:16:99:436,0,170
11	118900410	.	T	G	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
11	118901166	.	C	G	174.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:203,15,0
11	118915944	.	A	G	1938.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,46:46:99:1967,138,0
11	118919206	.	T	C	1852.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,44:44:99:1881,132,0
11	118925341	.	G	A	2178.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,51:51:99:2207,154,0
11	118926720	.	A	C	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
11	118927907	.	C	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
11	118947634	.	C	T	503.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:532,36,0
11	118955679	.	C	T	897.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:926,69,0
11	118956867	.	A	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
11	118962230	.	G	T	535.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=-0.614;DP=47;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.797;QD=11.40;ReadPosRankSum=1.183	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:29,17:46:99:564,0,1039
11	118965048	.	G	A	92.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.837;DP=29;FS=4.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.837;QD=3.20;ReadPosRankSum=0.779	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,5:29:99:121,0,918
11	118965338	.	T	A	31.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.357;ClippingRankSum=0.262;DP=20;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.309;QD=1.59;ReadPosRankSum=-0.524	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,5:20:60:60,0,465
11	118965479	.	G	A	197.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.306;ClippingRankSum=0.361;DP=26;FS=7.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=7.61;ReadPosRankSum=-0.472	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,8:26:99:226,0,665
11	118967291	.	A	G	175.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=-0.380;DP=16;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=10.99;ReadPosRankSum=0.271	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,6:16:99:204,0,390
11	118967524	.	C	T	1380.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,33:33:99:1409,99,0
11	118967758	.	T	C	994.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1023,72,0
11	118978319	.	C	T	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.573;DP=9;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=5.53;ReadPosRankSum=-0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:78:78,0,199
11	118980039	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
11	118983434	.	C	T	61.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=10.29;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:86:90,0,86
11	118986972	.	C	T	203.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.068;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.201;QD=14.55;ReadPosRankSum=0.068	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,7:14:99:232,0,258
11	118994357	.	T	A	125.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:153,12,0
11	119005088	.	C	T	585.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:614,42,0
11	119005132	.	C	T	521.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:550,39,0
11	119005485	.	C	T	467.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:496,36,0
11	119006300	.	C	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
11	119043656	.	C	T	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=1.537;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.537;QD=8.63;ReadPosRankSum=-1.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:80:80,0,96
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11	119052826	.	C	A	61.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.804;ClippingRankSum=-0.938;DP=15;FS=2.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.217;QD=4.12;ReadPosRankSum=1.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,3:15:90:90,0,432
11	119054488	.	C	T	119.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=-2.219;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=13.31;ReadPosRankSum=2.219	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:148,0,179
11	119076863	.	C	G	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
11	119172536	.	A	G	165.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.869;DP=12;FS=7.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.191;QD=13.81;ReadPosRankSum=1.378	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,6:12:99:194,0,222
11	119175075	.	C	A	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=-0.573;DP=9;FS=6.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=8.20;ReadPosRankSum=0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:102,0,239
11	119175422	.	T	C	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
11	119177938	.	A	G	30.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=-1.271;DP=10;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.898;QD=3.08;ReadPosRankSum=0.898	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:59:59,0,309
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11	119179679	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	119181170	.	T	C	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:30:117,0,30
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11	119997599	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	119999191	.	A	G	1724.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,40:40:99:1753,120,0
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11	120094400	.	T	C	78.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=19.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:30:107,0,30
11	120099658	.	A	G	24.78	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=-1.047;DP=24;FS=2.395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.349;QD=1.03;ReadPosRankSum=1.397	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,3:24:53:53,0,723
11	120099679	.	G	A	138.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=-0.476;DP=28;FS=4.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.084;QD=4.96;ReadPosRankSum=0.700	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,6:28:99:167,0,838
11	120100520	.	C	G	12.05	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=1.004;DP=14;FS=11.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.274;QD=0.86;ReadPosRankSum=-0.456	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:40:40,0,454
11	120100597	.	G	A	25.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=-0.354;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.354;QD=2.34;ReadPosRankSum=-0.354	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:54:54,0,362
11	120191828	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
11	120252828	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
11	120806577	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	121178296	.	A	C	404.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=-0.457;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.849;QD=26.98;ReadPosRankSum=0.196	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,11:15:99:433,0,120
11	121178302	.	A	C	766.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:54:795,54,0
11	121179847	.	A	T	127.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=25.56;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:27:156,0,27
11	121181848	.	A	G	122.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=20.46;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:68:151,0,68
11	121183145	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
11	121323277	.	G	A	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=9.47;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:104,0,176
11	121367626	.	T	C	366.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:395,27,0
11	121403229	.	T	C	582.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:611,42,0
11	121437819	.	C	G	627.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:656,45,0
11	121448090	.	T	G	128.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=-1.435;DP=19;FS=4.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.435;QD=6.78;ReadPosRankSum=0.417	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,5:19:99:157,0,561
11	121456962	.	C	T	106.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=0.071;DP=14;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.919;QD=7.63;ReadPosRankSum=0.778	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,4:14:99:135,0,387
11	121475922	.	T	A	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.354;DP=11;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.296;QD=2.62;ReadPosRankSum=-0.118	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:57:57,0,358
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11	121501406	.	T	C	486.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:515,36,0
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11	121502745	.	C	G	310.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:339,24,0
11	121502768	.	A	G	400.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:429,30,0
11	121502894	.	T	C	504.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:533,36,0
11	122526501	.	A	C	97.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=10.86;ReadPosRankSum=0.729	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:126,0,173
11	122526601	.	C	T	121.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=-0.922;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=15.22;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:150,0,140
11	122646967	.	G	A	253.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=-1.022;DP=18;FS=13.667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.755;QD=14.10;ReadPosRankSum=0.755	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,8:18:99:282,0,382
11	122680599	.	C	T	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.214;ClippingRankSum=-1.580;DP=10;FS=2.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=5.18;ReadPosRankSum=1.214	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:80:80,0,274
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11	122682156	.	A	G	261.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.381;ClippingRankSum=0.000;DP=13;FS=2.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.212;QD=20.14;ReadPosRankSum=-0.437	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,8:13:99:290,0,172
11	122683382	.	A	T	197.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.408;ClippingRankSum=-0.143;DP=11;FS=2.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.466;QD=17.98;ReadPosRankSum=0.387	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,6:11:99:226,0,161
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11	122928622	.	A	G	724.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=-1.810;DP=60;FS=1.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.927;QD=12.08;ReadPosRankSum=0.580	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:34,21:55:99:753,0,1340
11	122933527	.	A	G	93.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:32:122,0,32
11	122933750	.	C	G	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=8.69;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:63:63,0,66
11	123477352	.	G	A	176.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:205,15,0
11	123493853	.	A	G	12.77	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=12.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:39,3,0
11	123494841	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
11	123495847	.	C	G	47.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
11	123596055	.	C	T	202.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=25.35;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:65:231,0,65
11	123596703	.	A	C	197.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=1.568;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.072;QD=19.78;ReadPosRankSum=-1.568	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,6:10:99:226,0,147
11	123600475	.	A	G	319.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:348,24,0
11	123601916	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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11	123609168	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
11	123609299	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
11	124007890	.	G	A	165.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=23.68;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:63:194,0,63
11	124016058	.	C	T	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=7.15;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:64:64,0,111
11	124493199	.	C	A	178.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=25.54;ReadPosRankSum=-0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:25:207,0,25
11	124955032	.	T	C	271.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:300,21,0
11	124957657	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
11	124958122	.	A	G	80.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:108,9,0
11	124958397	.	T	C	137.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:165,12,0
11	124958459	.	C	T	250.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:279,21,0
11	124958576	.	G	A	84.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:112,9,0
11	124958709	.	T	C	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
11	124958844	.	A	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
11	124958914	.	T	C	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
11	124958973	.	A	G	271.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:300,21,0
11	124959175	.	C	T	36.41	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=12.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:8:64,8,0
11	124964757	.	C	G	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
11	124967487	.	T	A	650.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:679,48,0
11	124972208	.	A	G	639.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:668,48,0
11	124972691	.	T	C	880.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:909,66,0
11	125439423	.	T	C	1027.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1056,78,0
11	125461709	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
11	125462162	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
11	125480565	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	125480697	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.19;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:69:69,0,72
11	125495264	.	C	T	46.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
11	125525195	.	A	G	176.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:205,15,0
11	125526161	.	G	A	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:80,0,35
11	125763746	.	C	G	182.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:211,15,0
11	125766044	.	C	A	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
11	125766173	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	125766204	.	G	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
11	125766207	.	C	T	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
11	125769354	.	T	C	529.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:558,39,0
11	125828007	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
11	125830697	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
11	125830970	.	A	T	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
11	125831701	.	G	A	88.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:116,9,0
11	125848261	.	C	T	96.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:124,9,0
11	126072688	.	C	T	386.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:415,30,0
11	126074192	.	A	G	66.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.573;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.001;QD=7.42;ReadPosRankSum=-0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:95:95,0,216
11	126081403	.	T	C	174.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=1.457;DP=17;FS=1.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.050;QD=10.28;ReadPosRankSum=-1.457	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,6:17:99:203,0,402
11	126133182	.	C	A	1269.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.483;ClippingRankSum=0.467;DP=57;FS=7.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.713;QD=22.28;ReadPosRankSum=0.451	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,35:57:99:1298,0,776
11	126133208	.	C	A	617.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.151;ClippingRankSum=-0.540;DP=55;FS=5.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.133;QD=11.23;ReadPosRankSum=-1.159	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:36,19:55:99:646,0,1428
11	126133641	.	G	A	1440.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.479;ClippingRankSum=0.068;DP=61;FS=11.646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.353;QD=23.62;ReadPosRankSum=-0.338	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,39:61:99:1469,0,795
11	126139100	.	T	C	1026.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1055,72,0
11	126140354	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
11	126140468	.	A	G	134.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:162,12,0
11	126147697	.	G	A	575.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.010;ClippingRankSum=-0.521;DP=24;FS=28.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.806;QD=23.99;ReadPosRankSum=0.704	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,16:24:99:604,0,230
11	126147713	.	C	G	170.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=-1.239;DP=36;FS=11.198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.040;QD=4.74;ReadPosRankSum=0.360	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:29,7:36:99:199,0,1139
11	126163612	.	T	G	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
11	126163691	.	A	G	319.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:348,24,0
11	126164349	.	T	C	178.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:207,15,0
11	126165566	.	G	A	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:74,0,36
11	126166577	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
11	126176578	.	G	A	1276.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1305,90,0
11	126201403	.	T	C	672.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=-0.583;DP=26;FS=6.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=25.88;ReadPosRankSum=0.583	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,18:26:99:701,0,260
11	126211727	.	T	C	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:120,0,33
11	126212022	.	G	A	67.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.731;DP=10;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=6.78;ReadPosRankSum=-0.546	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:96:96,0,260
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11	126266650	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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11	128770473	.	C	T	133.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=22.29;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:99:162,0,126
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11	128835758	.	C	T	612.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:641,45,0
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11	129724986	.	C	T	249.80	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.747;DP=8;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.747;QD=31.23;ReadPosRankSum=-0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:21:278,0,21
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11	130079234	.	G	C	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=-0.988;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=14.79;ReadPosRankSum=0.988	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:117,0,113
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11	130099496	.	A	G	72.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=14.55;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:75:101,0,75
11	130102075	.	A	C	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=5.11;ReadPosRankSum=-0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:64:64,0,188
11	130741027	.	C	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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12	80572	.	C	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=8.75;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:72:72,0,426
12	81148	.	T	G	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=-0.573;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.001;QD=7.86;ReadPosRankSum=1.203	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:99,0,229
12	82811	.	G	A	124.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=1.380;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=20.79;ReadPosRankSum=-1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:71:153,0,71
12	83011	.	T	C	169.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=1.159;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.876;QD=18.86;ReadPosRankSum=-1.159	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:198,0,242
12	83012	.	C	G	169.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.652;ClippingRankSum=0.876;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=18.86;ReadPosRankSum=-1.159	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:198,0,242
12	83263	.	C	T	277.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=-0.715;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.566;QD=25.25;ReadPosRankSum=0.715	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,8:11:94:306,0,94
12	83360	.	G	A	77.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=-0.322;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.322;QD=9.72;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:106,0,199
12	83508	.	T	G	158.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=22.68;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:64:187,0,64
12	83560	.	G	T	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:65:65,0,140
12	83603	.	A	G	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=22.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:30:117,0,30
12	83757	.	G	C	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.632;ClippingRankSum=1.110;DP=15;FS=6.286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.979;QD=4.72;ReadPosRankSum=-1.371	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,4:15:99:99,0,596
12	83765	.	C	T	99.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.678;DP=11;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.398;QD=9.07;ReadPosRankSum=0.678	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,4:11:99:128,0,399
12	83801	.	T	A	19.81	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=-1.086;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.086;QD=1.52;ReadPosRankSum=0.888	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:48:48,0,950
12	83802	.	G	A	19.81	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=-1.004;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.004;QD=1.42;ReadPosRankSum=1.187	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:48:48,0,950
12	83979	.	T	C	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.931;ClippingRankSum=-0.382;DP=11;FS=12.175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.566;QD=6.43;ReadPosRankSum=0.382	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:99:99,0,279
12	84000	.	C	G	118.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=1.159;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=13.20;ReadPosRankSum=0.361	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:147,0,190
12	84096	.	C	G	103.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=-0.289;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.134;QD=8.65;ReadPosRankSum=0.289	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,4:12:99:132,0,315
12	84205	.	C	T	100.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.887;ClippingRankSum=-0.849;DP=17;FS=2.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.849;QD=5.93;ReadPosRankSum=1.189	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,4:17:99:129,0,494
12	84243	.	C	T	54.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.449;ClippingRankSum=0.315;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.567;QD=3.22;ReadPosRankSum=1.449	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,3:17:83:83,0,557
12	84284	.	G	T	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.344;ClippingRankSum=-0.212;DP=14;FS=5.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.354;QD=6.20;ReadPosRankSum=-0.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,4:14:99:115,0,825
12	84286	.	G	T	232.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=-0.429;DP=15;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.061;QD=15.52;ReadPosRankSum=0.551	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,5:15:99:261,0,858
12	84296	.	G	C	232.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.694;ClippingRankSum=-0.741;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.905;QD=14.55;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,7:16:99:261,0,858
12	84343	.	T	C	113.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.398;ClippingRankSum=0.278;DP=11;FS=6.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.034;QD=10.34;ReadPosRankSum=1.246	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,4:11:99:142,0,255
12	84588	.	C	T	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=4.11;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:57:57,0,809
12	84590	.	A	G	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=4.11;ReadPosRankSum=1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:57:57,0,809
12	84598	.	T	G	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=3.60;ReadPosRankSum=1.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:57:57,0,809
12	84650	.	G	A	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.893;ClippingRankSum=-0.196;DP=15;FS=11.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.501;QD=5.58;ReadPosRankSum=-0.849	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,4:15:99:112,0,432
12	84668	.	T	C	16.86	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=1.061;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.061;QD=1.53;ReadPosRankSum=0.118	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:45:45,0,1022
12	84674	.	T	C	16.86	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.532;ClippingRankSum=-1.532;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.061;QD=1.53;ReadPosRankSum=0.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:45:45,0,1022
12	84676	.	T	C	310.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=-0.825;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.118;QD=28.25;ReadPosRankSum=-1.061	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,9:11:99:339,0,197
12	84716	.	G	A	55.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.804;ClippingRankSum=-1.083;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.072;QD=3.72;ReadPosRankSum=1.371	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,3:15:84:84,0,555
12	84755	.	T	A	55.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.526;ClippingRankSum=-2.093;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.660;QD=3.72;ReadPosRankSum=1.083	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,3:15:84:84,0,524
12	84772	.	T	A	59.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=-1.099;DP=13;FS=3.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.606;QD=4.60;ReadPosRankSum=-0.592	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,3:13:88:88,0,421
12	84856	.	G	T	111.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=1.133;DP=10;FS=7.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.365;QD=11.18;ReadPosRankSum=-1.568	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:140,0,190
12	84871	.	G	C	69.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=-0.185;DP=12;FS=6.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.185;QD=5.81;ReadPosRankSum=1.294	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,3:12:98:98,0,331
12	85105	.	G	A	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=-1.537;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.537;QD=14.46;ReadPosRankSum=1.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:115,0,116
12	86381	.	C	G	205.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.054;ClippingRankSum=-0.573;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=22.86;ReadPosRankSum=0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:234,0,505
12	86386	.	C	T	205.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=1.073;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.191;QD=17.15;ReadPosRankSum=-1.378	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,6:12:99:234,0,505
12	90914	.	C	T	550.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.509;ClippingRankSum=-0.168;DP=37;FS=5.015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.076;QD=14.89;ReadPosRankSum=0.442	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,17:37:99:579,0,705
12	547683	.	T	C	255.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.747;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.747;QD=31.97;ReadPosRankSum=-0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:22:284,0,22
12	551295	.	C	T	279.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:308,21,0
12	569429	.	A	G	78.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.988;QD=13.13;ReadPosRankSum=-0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:107,0,112
12	571202	.	G	A	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:76,0,37
12	662448	.	T	C	345.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=-0.646;DP=30;FS=3.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.937;QD=11.53;ReadPosRankSum=0.818	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,11:30:99:374,0,726
12	664782	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
12	670871	.	G	A	326.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=-1.454;DP=40;FS=1.406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.151;QD=8.17;ReadPosRankSum=1.939	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:29,11:40:99:355,0,1108
12	670893	.	G	A	329.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=-0.116;DP=37;FS=3.231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.980;QD=8.91;ReadPosRankSum=-0.515	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,11:37:99:358,0,1021
12	670975	.	G	A	212.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=-0.945;DP=33;FS=1.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.945;QD=6.45;ReadPosRankSum=-0.609	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,8:33:99:241,0,988
12	671178	.	G	A	352.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=-0.172;DP=30;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.172;QD=11.76;ReadPosRankSum=0.387	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,11:30:99:381,0,738
12	671600	.	T	G	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=-0.271;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.503;QD=3.16;ReadPosRankSum=0.194	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,4:24:99:104,0,800
12	672351	.	C	A	301.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=-0.094;DP=34;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.266;QD=8.88;ReadPosRankSum=-0.661	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,10:34:99:330,0,935
12	672372	.	G	A	383.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.825;ClippingRankSum=0.191;DP=35;FS=5.391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.330;QD=10.96;ReadPosRankSum=1.546	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,12:35:99:412,0,824
12	862989	.	T	C	1233.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1262,87,0
12	939302	.	A	G	1353.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,32:32:96:1382,96,0
12	982518	.	A	G	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.19;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:73:73,0,79
12	987482	.	G	A	1845.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,44:44:99:1874,132,0
12	990912	.	A	C	1606.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,38:38:99:1635,114,0
12	993930	.	C	T	958.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=-1.160;DP=46;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.584;QD=20.84;ReadPosRankSum=1.071	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,27:46:99:987,0,680
12	994487	.	G	C	1261.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1290,90,0
12	998365	.	G	T	592.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.591;ClippingRankSum=-1.036;DP=44;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.795;QD=13.47;ReadPosRankSum=0.627	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:27,17:44:99:621,0,1034
12	1017197	.	C	T	1849.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,43:43:99:1878,129,0
12	1019944	.	G	A	1001.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1030,72,0
12	1020660	.	C	T	191.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:220,15,0
12	1021159	.	C	T	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:34:39,0,34
12	1021572	.	A	G	126.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=25.35;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:30:155,0,30
12	1022115	.	G	A	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:71:71,0,111
12	1022184	.	T	C	208.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.248;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=23.20;ReadPosRankSum=0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:99:237,0,102
12	1022352	.	A	G	63.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.606;ClippingRankSum=0.423;DP=13;FS=6.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.761;QD=4.91;ReadPosRankSum=-0.592	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,3:13:92:92,0,376
12	1026781	.	A	G	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
12	1036626	.	C	T	24.76	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=12.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:52,6,0
12	1085905	.	G	A	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
12	1086062	.	G	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
12	1100450	.	T	C	175.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:204,15,0
12	1100461	.	A	G	179.94	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:14:208,14,0
12	1598223	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	1600231	.	T	C	315.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:344,24,0
12	1600767	.	T	G	330.79	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:23:359,23,0
12	1601561	.	G	A	319.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:348,24,0
12	1601722	.	C	G	607.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:636,45,0
12	1601896	.	C	T	453.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:482,33,0
12	1602602	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
12	1602652	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
12	1604490	.	A	C	708.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=38.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:737,51,0
12	1604516	.	T	C	671.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:700,48,0
12	1604651	.	G	A	666.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:695,51,0
12	1672024	.	C	T	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
12	1755654	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
12	1842237	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	1895372	.	G	A	640.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.370;ClippingRankSum=-1.073;DP=35;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.040;QD=18.31;ReadPosRankSum=1.139	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,18:35:99:669,0,605
12	1895373	.	T	G	1444.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,34:34:99:1473,102,0
12	1896880	.	C	T	294.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.726;ClippingRankSum=-1.424;DP=40;FS=1.406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.030;QD=7.37;ReadPosRankSum=-1.272	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:29,11:40:99:323,0,1108
12	1896956	.	C	T	673.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=1.929;DP=27;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.437;QD=24.95;ReadPosRankSum=0.180	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,18:27:99:702,0,293
12	2905888	.	A	G	127.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.017;ClippingRankSum=-2.017;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=15.97;ReadPosRankSum=1.638	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:156,0,146
12	2937013	.	G	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:81,0,34
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12	3937459	.	A	G	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=18.95;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:66:123,0,66
12	3937460	.	A	G	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=18.95;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:66:123,0,66
12	3937532	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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12	4766798	.	T	C	238.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:267,18,0
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12	6091000	.	A	G	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
12	6143984	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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12	6457347	.	C	G	603.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.470;ClippingRankSum=-1.180;DP=64;FS=1.040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.702;QD=9.43;ReadPosRankSum=1.195	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:44,20:64:99:632,0,1699
12	6458084	.	C	T	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
12	6464581	.	C	T	1969.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.301;ClippingRankSum=-0.966;DP=72;FS=9.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.202;QD=27.36;ReadPosRankSum=2.131	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,51:72:99:1998,0,687
12	6464784	.	G	A	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:32:114,0,32
12	6465727	.	T	C	516.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=-1.604;DP=21;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.529;QD=24.61;ReadPosRankSum=1.529	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,14:21:99:545,0,226
12	6465970	.	A	G	1218.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1247,87,0
12	6466081	.	A	G	734.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=1.122;DP=30;FS=1.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.418;QD=24.49;ReadPosRankSum=-0.638	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,20:30:99:763,0,337
12	6466371	.	T	C	319.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.966;ClippingRankSum=0.439;DP=24;FS=1.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=13.32;ReadPosRankSum=0.439	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,10:24:99:348,0,526
12	6466632	.	C	T	113.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.835;ClippingRankSum=1.239;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.289;QD=9.48;ReadPosRankSum=0.825	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,4:12:99:142,0,288
12	6466688	.	T	C	24.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.271;ClippingRankSum=-0.898;DP=10;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.271;QD=2.48;ReadPosRankSum=-0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:53:53,0,320
12	6467122	.	C	A	288.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.898;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=28.88;ReadPosRankSum=-0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,8:10:59:317,0,59
12	6467151	.	T	C	13.95	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.274;DP=14;FS=7.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.456;QD=1.00;ReadPosRankSum=0.274	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:42:42,0,454
12	6467446	.	C	A	462.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:491,33,0
12	6467693	.	T	C	360.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:389,27,0
12	6467961	.	A	G	489.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:518,36,0
12	6468018	.	C	T	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:72:72,0,98
12	6468205	.	C	T	364.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=-1.041;DP=15;FS=6.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.286;QD=24.32;ReadPosRankSum=0.919	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,10:15:99:393,0,165
12	6468303	.	T	C	539.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.189;DP=17;FS=6.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.567;QD=31.75;ReadPosRankSum=-0.189	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,14:17:82:568,0,82
12	6468440	.	A	T	165.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=-1.881;DP=9;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=18.42;ReadPosRankSum=-0.876	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:194,0,150
12	6468455	.	G	A	237.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=-2.520;DP=11;FS=7.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.278;QD=21.62;ReadPosRankSum=1.398	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,7:11:99:266,0,147
12	6468515	.	T	C	645.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:674,51,0
12	6469210	.	T	C	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:80,0,36
12	6469671	.	G	T	1008.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1037,75,0
12	6469897	.	G	C	420.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=-0.158;DP=17;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.896;QD=24.75;ReadPosRankSum=0.474	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,12:17:99:449,0,168
12	6470260	.	A	G	11.12	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.714;ClippingRankSum=-1.863;DP=17;FS=2.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.373;QD=0.65;ReadPosRankSum=2.012	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,2:17:39:39,0,595
12	6470743	.	T	C	12.99	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=-0.764;DP=15;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.444;QD=0.87;ReadPosRankSum=0.594	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,2:15:41:41,0,521
12	6477401	.	C	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
12	6484709	.	T	C	98.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=-0.077;DP=13;FS=5.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.540;QD=7.60;ReadPosRankSum=-1.003	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,4:13:99:127,0,341
12	6493351	.	A	G	507.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:536,39,0
12	6495275	.	C	A	2953.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,70:70:99:2982,210,0
12	6497260	.	A	G	520.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:549,39,0
12	6498734	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
12	6500105	.	T	G	2651.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,61:61:99:2680,184,0
12	6503786	.	T	C	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
12	6504098	.	G	A	140.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:168,12,0
12	6506878	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
12	6511996	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	6519170	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
12	6519175	.	G	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
12	6552743	.	C	G	135.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:12:163,12,0
12	6552751	.	A	G	61.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:89,9,0
12	6562285	.	C	T	485.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=-1.902;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.872;QD=24.29;ReadPosRankSum=2.140	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,13:20:99:514,0,483
12	6562293	.	C	T	485.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=-2.014;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.796;QD=26.99;ReadPosRankSum=0.890	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,12:18:99:514,0,483
12	6562753	.	A	G	831.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:860,60,0
12	6562810	.	A	G	682.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:711,51,0
12	6562823	.	C	T	672.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.853;ClippingRankSum=1.066;DP=24;FS=2.007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.351;QD=28.03;ReadPosRankSum=-0.995	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,19:24:99:701,0,138
12	6562836	.	G	A	641.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=0.783;DP=22;FS=2.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=29.17;ReadPosRankSum=1.724	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,17:22:99:670,0,142
12	6566820	.	G	A	264.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=-0.372;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.784;QD=13.94;ReadPosRankSum=0.206	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,8:19:99:293,0,377
12	6568572	.	T	C	47.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
12	6569983	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
12	6572048	.	A	G	91.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:119,9,0
12	6572191	.	T	C	140.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:168,12,0
12	6572587	.	G	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
12	6573146	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
12	6573749	.	C	T	121.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=-0.922;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=15.22;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:150,0,150
12	6573856	.	G	T	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
12	6575044	.	G	T	132.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=22.13;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:62:161,0,62
12	6579757	.	T	C	111.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:139,12,0
12	6619284	.	C	G	294.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=1.186;DP=26;FS=2.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.237;QD=11.34;ReadPosRankSum=-2.345	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,10:26:99:323,0,632
12	6631169	.	C	A	358.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=-0.357;DP=32;FS=3.325;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.833;QD=11.21;ReadPosRankSum=0.436	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,11:32:99:387,0,785
12	6639088	.	A	G	218.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.352;DP=30;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.852;QD=7.29;ReadPosRankSum=1.383	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,8:30:99:247,0,856
12	6640976	.	A	T	143.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=-1.068;DP=23;FS=11.290;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.134;QD=6.25;ReadPosRankSum=2.003	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,9:22:99:172,0,465
12	6643991	.	C	G	818.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=-1.106;DP=92;FS=0.956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.984;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.707	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:66,26:92:99:847,0,2555
12	6644256	.	T	A	67.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.296;DP=10;FS=7.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=6.78;ReadPosRankSum=-0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:96:96,0,256
12	6644696	.	T	G	281.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.468;ClippingRankSum=-1.239;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.835;QD=23.48;ReadPosRankSum=0.536	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,8:12:99:310,0,124
12	6644722	.	A	G	210.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=-1.422;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.573;QD=23.42;ReadPosRankSum=0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:99:239,0,108
12	6645565	.	T	C	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=-0.573;DP=9;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=8.42;ReadPosRankSum=0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:104,0,223
12	6646320	.	T	C	126.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=-0.489;DP=65;FS=12.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.449;QD=1.95;ReadPosRankSum=0.749	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:57,8:65:99:155,0,2374
12	6711147	.	C	A	28.77	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=-0.648;DP=40;FS=8.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.648;QD=0.72;ReadPosRankSum=2.774	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,4:35:57:57,0,1179
12	6770148	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
12	6770158	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
12	6775967	.	A	G	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=-1.067;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:63:63,0,236
12	6836852	.	A	G	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
12	6840121	.	C	T	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
12	6840209	.	G	A	1823.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,43:43:99:1852,129,0
12	6840371	.	G	T	1653.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,42:42:99:1682,125,0
12	6847102	.	A	G	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
12	7046077	.	G	A	504.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.808;ClippingRankSum=-0.479;DP=53;FS=4.265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.347;QD=9.52;ReadPosRankSum=0.197	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:35,18:53:99:533,0,1330
12	7047143	.	C	A	611.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=-0.928;DP=41;FS=1.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.216;QD=14.92;ReadPosRankSum=0.850	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,19:41:99:640,0,723
12	7053022	.	C	T	341.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.931;ClippingRankSum=-0.372;DP=19;FS=3.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.784;QD=17.99;ReadPosRankSum=-0.702	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,11:19:99:370,0,299
12	7053085	.	A	G	481.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=-1.774;DP=18;FS=14.443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.197;QD=26.76;ReadPosRankSum=0.099	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,13:18:99:510,0,161
12	7053149	.	A	C	762.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.187;ClippingRankSum=0.904;DP=27;FS=4.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.729;QD=28.25;ReadPosRankSum=-0.437	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,21:27:99:791,0,186
12	7054859	.	G	A	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
12	7055860	.	T	C	155.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=-1.031;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.717;QD=14.16;ReadPosRankSum=0.717	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,5:11:99:184,0,225
12	7057437	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	7065635	.	T	C	526.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:555,42,0
12	7079215	.	T	G	170.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:199,15,0
12	7080212	.	T	C	1353.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,31:31:92:1382,92,0
12	7089764	.	A	G	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=10.44;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:70:70,0,80
12	7105963	.	C	A	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=10.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:60,0,33
12	7249971	.	T	C	129.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=21.63;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:73:158,0,73
12	7259929	.	T	C	178.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=29.79;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:99:207,0,116
12	7259938	.	A	T	178.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=29.79;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:99:207,0,116
12	7259939	.	A	G	178.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=29.79;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:99:207,0,116
12	7282464	.	G	A	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=9.44;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:66:66,0,67
12	7284301	.	C	T	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.19;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:68:73,0,68
12	7284484	.	A	C	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
12	7287914	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
12	7288432	.	A	G	255.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.489;DP=18;FS=2.003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=14.21;ReadPosRankSum=-0.400	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,8:18:99:284,0,370
12	7306843	.	A	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
12	7310774	.	G	C	272.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.975;ClippingRankSum=1.140;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.152;QD=13.64;ReadPosRankSum=-0.988	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,9:20:99:301,0,424
12	7342343	.	C	G	251.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=-0.566;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.708;QD=19.37;ReadPosRankSum=-0.978	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,8:11:72:280,0,72
12	7363447	.	G	A	521.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.738;ClippingRankSum=-0.642;DP=36;FS=5.085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=14.49;ReadPosRankSum=0.513	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,15:36:99:550,0,809
12	7363574	.	C	G	526.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=-0.194;DP=25;FS=4.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.193;QD=21.07;ReadPosRankSum=0.028	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,15:25:99:555,0,356
12	7507657	.	T	C	322.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.927;ClippingRankSum=-0.439;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.220;QD=18.99;ReadPosRankSum=0.049	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,10:17:99:351,0,269
12	7592194	.	T	C	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
12	8185853	.	A	C	205.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.143;DP=11;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.717;QD=18.71;ReadPosRankSum=0.143	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,6:11:99:234,0,172
12	8206167	.	A	G	285.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=-0.367;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.041;QD=15.04;ReadPosRankSum=0.286	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,9:19:99:314,0,362
12	8386857	.	G	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
12	8386863	.	T	G	13.72	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:40,3,0
12	8391761	.	C	T	159.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:188,15,0
12	8926011	.	T	C	756.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:785,54,0
12	9009820	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
12	9020489	.	A	G	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
12	9086898	.	A	G	156.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=-0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=19.60;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:90:185,0,90
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12	9466099	.	C	T	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
12	9573724	.	A	C	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
12	9574002	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
12	9574042	.	C	A	185.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:214,15,0
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12	9659353	.	T	G	84.73	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=12.10	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:9:170,0,9
12	9801373	.	A	G	433.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:462,33,0
12	9809178	.	C	T	316.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:345,24,0
12	9809197	.	G	A	404.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:433,30,0
12	9809721	.	G	T	462.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:491,33,0
12	9810451	.	A	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
12	9811308	.	A	G	29.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=9.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:58,0,33
12	9811948	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	9814019	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
12	9814782	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	9820619	.	C	T	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
12	9828427	.	T	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
12	9830607	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	9830609	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	9848883	.	A	G	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
12	9849275	.	C	T	276.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:305,21,0
12	9851023	.	T	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
12	10312328	.	T	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
12	10313448	.	C	G	622.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:651,45,0
12	10365574	.	C	G	1285.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,33:33:99:1314,99,0
12	10366515	.	C	A	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
12	10373324	.	T	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
12	10532326	.	T	C	443.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:472,33,0
12	10532434	.	A	G	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
12	10542515	.	C	A	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
12	10660582	.	G	C	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
12	10733918	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
12	10758703	.	A	G	280.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:309,21,0
12	10763236	.	G	C	682.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:711,51,0
12	10782115	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	10852106	.	T	C	1683.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,39:39:99:1712,117,0
12	10864204	.	C	T	286.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:315,21,0
12	10864754	.	A	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
12	10875895	.	T	G	350.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:379,27,0
12	11046703	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
12	11093703	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
12	11171201	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	11171221	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	11171228	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	11199734	.	T	C	260.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:289,21,0
12	11223844	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	11223849	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	11236974	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	11236987	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
12	11261589	.	T	C	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
12	11323939	.	G	C	605.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=-0.313;DP=21;FS=5.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.851;QD=28.85;ReadPosRankSum=-0.313	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,17:21:93:634,0,93
12	11323994	.	G	A	395.56	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=0.935;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.737;QD=30.43;ReadPosRankSum=-1.737	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,12:13:7:423,0,7
12	11324027	.	C	T	12.99	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.350;ClippingRankSum=1.582;DP=28;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.270;QD=0.46;ReadPosRankSum=-1.350	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,3:27:41:41,0,1684
12	11324029	.	G	C	12.99	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=1.540;DP=29;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.537;QD=0.45;ReadPosRankSum=-1.182	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,3:29:41:41,0,1684
12	11324176	.	C	A	630.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:659,45,0
12	11324344	.	C	T	928.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:957,69,0
12	11324355	.	G	A	1158.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:81:1187,81,0
12	11324363	.	T	C	1158.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:81:1187,81,0
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12	14688644	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
12	14720583	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
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12	16512800	.	A	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
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12	16515062	.	T	C	139.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:167,12,0
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12	19606213	.	A	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
12	19795921	.	A	C	286.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:315,21,0
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12	19795931	.	C	T	286.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:315,21,0
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12	22354467	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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12	22870538	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	22870539	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	25360138	.	T	C	726.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:755,54,0
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12	26225059	.	T	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
12	26490155	.	C	T	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
12	26491838	.	G	A	111.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:139,12,0
12	26784850	.	G	A	93.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.44;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:31:122,0,31
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12	27064232	.	C	T	491.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:520,36,0
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12	27118613	.	C	A	188.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:217,15,0
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12	27183304	.	G	A	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
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12	27476545	.	A	G	1670.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,39:39:99:1699,117,0
12	27553566	.	A	G	273.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:302,21,0
12	27573633	.	C	T	239.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:268,18,0
12	27574070	.	A	G	13.72	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:40,3,0
12	27574201	.	A	G	190.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:219,15,0
12	27574317	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
12	27574425	.	A	G	74.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=14.95;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:99:103,0,233
12	27574427	.	A	G	169.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=33.95;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:99:198,0,106
12	27574433	.	A	G	169.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=29.55;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:99:198,0,106
12	27574434	.	A	G	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=8.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,1:4:64:64,0,269
12	27576438	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:81:81,0,104
12	27576444	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:81:81,0,104
12	27576447	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:81:81,0,104
12	27577439	.	A	G	235.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:264,18,0
12	27800746	.	G	T	140.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:168,12,0
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12	29546119	.	A	G	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
12	29546158	.	A	C	82.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:110,9,0
12	30415820	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	30415824	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	30696505	.	G	T	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
12	30696514	.	C	A	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
12	30906875	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	31237978	.	C	T	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=-0.956;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=5.47;ReadPosRankSum=0.956	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:72:72,0,196
12	31242420	.	G	A	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=1.495;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,379
12	31242421	.	C	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=1.495;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,379
12	31242423	.	C	A	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=6.79;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:69:69,0,379
12	31537690	.	G	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
12	31539122	.	A	G	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
12	31648826	.	C	T	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
12	31825120	.	G	C	200.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:229,18,0
12	32138448	.	A	G	183.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:212,15,0
12	32626299	.	G	C	229.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:258,18,0
12	32626366	.	C	G	91.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:119,9,0
12	32798458	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
12	32944414	.	G	T	213.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:242,18,0
12	33047498	.	A	G	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
12	34372624	.	A	C	1712.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=43;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.50	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,43:43:99:1741,0,270
12	34372673	.	T	C	238.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=9.55	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,11:11:99:267,0,1778
12	34372675	.	G	A	238.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=9.55	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,11:11:99:267,0,1778
12	34836507	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
12	34836509	.	T	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
12	37991955	.	A	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
12	38001897	.	T	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
12	38038003	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	38038004	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	38038017	.	G	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
12	38493568	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
12	38493571	.	C	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
12	38493573	.	T	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
12	38493578	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
12	38493587	.	G	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
12	38715965	.	T	G	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
12	38718323	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:78,0,35
12	38721324	.	A	T	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:78,0,37
12	38721462	.	A	T	30.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:58,6,0
12	38722460	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	39687754	.	T	C	491.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:520,36,0
12	39687989	.	T	C	407.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:436,30,0
12	39715446	.	T	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
12	41123083	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
12	41464003	.	G	A	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
12	42478413	.	G	T	235.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:264,18,0
12	42481663	.	T	C	912.98	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.010;ClippingRankSum=0.818;DP=26;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.048;QD=30.74;ReadPosRankSum=-1.299	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,24:26:13:941,0,13
12	42481732	.	G	A	1099.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1128,78,0
12	42489613	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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12	42598176	.	G	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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12	42740031	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
12	42749072	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
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12	42750854	.	G	A	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
12	42750877	.	A	T	177.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:206,15,0
12	42751087	.	A	G	234.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:263,18,0
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12	42754893	.	A	G	185.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:214,15,0
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12	42772935	.	A	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
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12	42812130	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	42812946	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
12	42837131	.	T	A	67.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:95,9,0
12	42838240	.	A	G	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
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12	42853520	.	A	G	1281.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1310,90,0
12	42876597	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
12	42887533	.	G	A	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
12	42930468	.	T	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
12	42935092	.	G	A	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
12	42944249	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
12	42955991	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,39
12	42969595	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	42979231	.	T	A	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
12	42979646	.	A	G	136.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:164,12,0
12	43110456	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
12	43110457	.	C	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
12	43394267	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
12	44120380	.	T	C	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=7.13;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:71:71,0,156
12	44165081	.	T	C	18.82	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=1.611;DP=12;FS=10.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.752;QD=1.57;ReadPosRankSum=-1.826	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:47:47,0,381
12	44181605	.	A	G	12.05	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.714;DP=16;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.714;QD=0.75;ReadPosRankSum=-0.238	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,2:16:40:40,0,545
12	44181739	.	A	G	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=-0.480;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.271;QD=2.88;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:57:57,0,690
12	44181749	.	A	G	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=-0.589;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.825;QD=2.62;ReadPosRankSum=-0.825	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:57:57,0,690
12	44189129	.	G	C	1584.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.572;ClippingRankSum=1.082;DP=44;FS=2.169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.061;QD=26.66;ReadPosRankSum=-1.164	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,40:44:51:1613,0,51
12	44190630	.	T	C	88.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=22.19;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:27:117,0,27
12	44191475	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
12	44194265	.	A	G	1820.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.471;ClippingRankSum=0.866;DP=56;FS=1.374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.808;QD=32.51;ReadPosRankSum=-0.417	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,46:56:99:1849,0,289
12	44195765	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
12	44195782	.	G	A	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
12	44196953	.	T	C	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
12	45424625	.	A	G	227.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:256,18,0
12	45427985	.	G	A	138.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:166,12,0
12	45431078	.	G	C	231.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:260,18,0
12	45434068	.	G	A	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
12	45434136	.	C	T	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
12	45435923	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
12	45436305	.	A	G	177.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:206,15,0
12	45436434	.	C	G	318.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:347,24,0
12	45436729	.	T	C	177.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:206,15,0
12	45437144	.	G	A	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
12	45437870	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	45438058	.	G	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
12	45439181	.	T	C	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
12	45569225	.	G	T	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
12	45569375	.	A	C	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
12	45655064	.	A	C	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
12	45655246	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
12	45675892	.	G	T	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
12	45678032	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	45678953	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
12	45681235	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	45702424	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
12	45707127	.	G	A	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
12	45707511	.	G	A	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
12	45707943	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
12	45723205	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
12	45764128	.	A	G	176.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:205,15,0
12	45823660	.	G	A	131.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.372;DP=21;FS=2.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=6.27;ReadPosRankSum=-0.289	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,5:21:99:160,0,638
12	45825318	.	G	A	497.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:526,42,0
12	46289104	.	T	C	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:77,0,36
12	46289948	.	G	A	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
12	46315438	.	C	T	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
12	46321732	.	T	C	208.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=-0.634;DP=20;FS=4.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.792;QD=10.44;ReadPosRankSum=0.634	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,7:20:99:237,0,491
12	46346155	.	A	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=14.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:72,0,36
12	46346441	.	A	T	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
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12	46348489	.	G	C	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:80,0,36
12	46577071	.	G	A	484.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=-1.898;DP=43;FS=12.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.542;QD=11.27;ReadPosRankSum=1.898	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,15:43:99:513,0,1099
12	46577741	.	A	G	1537.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,36:36:99:1566,108,0
12	46577921	.	G	T	803.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=-2.259;DP=45;FS=4.376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.238;QD=17.86;ReadPosRankSum=2.055	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,22:45:99:832,0,864
12	46578155	.	A	C	1991.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,48:48:99:2020,144,0
12	46578702	.	T	C	1602.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,38:38:99:1631,114,0
12	46579388	.	A	G	1778.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,41:41:99:1807,123,0
12	46579590	.	A	G	1684.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,40:40:99:1713,120,0
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12	47502046	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
12	47503654	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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12	47545276	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
12	47621217	.	A	G	18.82	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.271;ClippingRankSum=-0.898;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.271;QD=1.88;ReadPosRankSum=0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:47:47,0,320
12	47621537	.	A	G	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=13.79;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:111,0,148
12	47622935	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,101
12	47623076	.	A	G	52.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:27:81,0,27
12	47624986	.	G	A	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=16.95;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:75:113,0,75
12	47627085	.	C	T	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=5.79;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:63:63,0,155
12	48124535	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
12	48127015	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
12	48130578	.	C	T	47.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
12	48138366	.	C	T	266.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:295,21,0
12	48139602	.	G	A	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
12	48144925	.	T	C	400.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:429,30,0
12	48152995	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	48169526	.	A	G	235.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:264,18,0
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12	48175604	.	A	G	616.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:645,45,0
12	48175791	.	T	C	445.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:474,33,0
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12	48176792	.	C	T	1426.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,34:34:99:1455,102,0
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12	48438290	.	T	A	399.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:428,30,0
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12	48951576	.	T	C	601.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:630,42,0
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12	49048738	.	G	T	790.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.457;ClippingRankSum=0.141;DP=44;FS=1.184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.470;QD=17.97;ReadPosRankSum=-0.940	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,23:44:99:819,0,789
12	49052758	.	G	A	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
12	49052795	.	C	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:73:78,0,73
12	49075811	.	T	G	234.81	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.747;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.747;QD=29.35;ReadPosRankSum=0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:20:263,0,20
12	49083394	.	G	T	180.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=-0.452;DP=14;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.968;QD=12.91;ReadPosRankSum=0.323	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,6:14:99:209,0,300
12	49084434	.	G	A	181.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.839;ClippingRankSum=1.614;DP=14;FS=5.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.581;QD=12.98;ReadPosRankSum=-1.743	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,6:14:99:210,0,307
12	49086963	.	G	A	143.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=-1.467;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.400;QD=10.27;ReadPosRankSum=1.333	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,5:14:99:172,0,344
12	49087578	.	C	T	227.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.868;ClippingRankSum=0.752;DP=15;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.215;QD=15.18;ReadPosRankSum=-0.868	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,7:15:99:256,0,303
12	49177113	.	T	G	27.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=-1.179;DP=9;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.179;QD=3.09;ReadPosRankSum=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:56:56,0,245
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12	49259194	.	T	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
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12	49318546	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
12	49319036	.	A	C	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
12	49319270	.	C	T	668.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:697,48,0
12	49319484	.	C	T	234.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:263,18,0
12	49319699	.	C	T	167.80	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=27.97;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:21:196,0,21
12	49320728	.	G	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
12	49320733	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
12	49324179	.	C	G	138.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:166,12,0
12	49325142	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	49326440	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	49326687	.	T	C	170.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:199,15,0
12	49328739	.	C	T	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
12	49332012	.	A	G	1778.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,42:42:99:1807,126,0
12	49332092	.	G	A	1756.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,41:41:99:1785,123,0
12	49332366	.	C	T	2313.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,54:54:99:2342,163,0
12	49334762	.	G	C	2150.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,50:50:99:2179,151,0
12	49359587	.	T	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
12	49402299	.	G	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:78,0,37
12	49402393	.	G	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.69;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:75:75,0,77
12	49419308	.	T	C	49.81	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.60;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:20:78,0,20
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12	49427652	.	C	T	300.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.265;DP=18;FS=4.598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.442;QD=16.71;ReadPosRankSum=-0.088	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,9:18:99:329,0,330
12	49434074	.	C	A	301.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=-1.023;DP=23;FS=3.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.527;QD=13.12;ReadPosRankSum=0.713	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,10:23:99:330,0,437
12	49444545	.	G	A	265.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.468;ClippingRankSum=2.177;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.193;QD=18.98;ReadPosRankSum=-1.625	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,8:14:99:294,0,221
12	49453787	.	C	G	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=7.13;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:71:71,0,150
12	49498130	.	G	T	51.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:27:80,0,27
12	49500398	.	G	A	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:79,0,34
12	49500509	.	C	T	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:75:78,0,75
12	49521672	.	G	A	1983.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,46:46:99:2012,138,0
12	49522605	.	C	T	577.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:606,42,0
12	49523713	.	A	G	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
12	49525008	.	G	C	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
12	49667103	.	A	T	275.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:304,21,0
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12	49718012	.	A	G	61.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.423;DP=13;FS=3.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.254;QD=4.75;ReadPosRankSum=-1.099	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,3:13:90:90,0,390
12	49721015	.	C	T	159.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=1.031;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.387;QD=14.52;ReadPosRankSum=0.387	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,5:11:99:188,0,230
12	49721122	.	C	T	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
12	49722793	.	C	T	352.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.163;DP=16;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.813;QD=22.05;ReadPosRankSum=-0.597	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,10:16:99:381,0,221
12	49723581	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
12	49723963	.	A	G	136.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=-0.933;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=9.77;ReadPosRankSum=0.933	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,5:14:99:165,0,329
12	50135756	.	C	A	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=17.15;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:75:114,0,75
12	50164713	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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12	52647540	.	C	T	78.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=19.69;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:32:107,0,32
12	52666920	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
12	52679937	.	C	G	3966.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,90:90:99:3995,271,0
12	52680008	.	T	C	4185.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,95:95:99:4214,286,0
12	52681282	.	T	C	2662.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,62:62:99:2691,187,0
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12	52710787	.	G	C	220.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=31.54;ReadPosRankSum=-0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:70:249,0,70
12	52710790	.	T	C	220.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=31.54;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:70:249,0,70
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12	52756658	.	T	C	59.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=8.54;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:88:88,0,272
12	52757051	.	A	G	187.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:216,15,0
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12	53200584	.	T	C	1145.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1174,81,0
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12	53202380	.	T	C	47.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.93;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:26:76,0,26
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12	53207606	.	G	A	194.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.429;ClippingRankSum=3.645;DP=27;FS=11.146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.954;QD=7.21;ReadPosRankSum=-3.353	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,6:27:99:223,0,1546
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12	53295063	.	T	C	178.84	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.85	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,5:5:18:207,0,18
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12	53295184	.	C	T	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=9.15;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:74:74,0,114
12	53295360	.	C	T	236.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=-0.380;DP=12;FS=6.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.461;QD=19.73;ReadPosRankSum=1.635	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,7:12:99:265,0,176
12	53295394	.	T	C	207.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.589;QD=25.97;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:65:236,0,65
12	53295551	.	T	G	209.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.589;QD=26.22;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:60:238,0,60
12	53295917	.	A	G	100.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.365;DP=10;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.741;QD=10.08;ReadPosRankSum=-0.365	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:129,0,212
12	53296852	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	53297320	.	G	A	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:72:72,0,104
12	53298215	.	A	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.75;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:72:72,0,103
12	53298835	.	T	G	99.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=0.896;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.896;QD=9.07;ReadPosRankSum=-0.678	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,4:11:99:128,0,277
12	53343493	.	G	A	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:65:65,0,141
12	53416251	.	C	T	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
12	53418213	.	G	A	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:79,0,37
12	53418232	.	C	T	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
12	53419790	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
12	53430867	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
12	53432936	.	A	G	285.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:314,21,0
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12	53572000	.	T	C	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:77,0,37
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12	53583667	.	A	G	340.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=0.692;DP=22;FS=1.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.220;QD=15.49;ReadPosRankSum=-0.429	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,10:22:99:369,0,438
12	53605545	.	G	A	1842.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,43:43:99:1871,129,0
12	53609992	.	T	C	262.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:291,21,0
12	53611791	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
12	53618769	.	A	G	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=20.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:110,0,34
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12	53714509	.	T	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
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12	53841072	.	A	G	10.20	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.10;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:38:38,0,39
12	53842472	.	T	C	13.72	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:40,3,0
12	53873844	.	G	C	273.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.733;ClippingRankSum=0.053;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.368;QD=17.11;ReadPosRankSum=0.158	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,8:16:99:302,0,285
12	53907825	.	G	C	135.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=0.831;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.831;QD=11.31;ReadPosRankSum=-1.309	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,5:12:99:164,0,265
12	53926656	.	T	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
12	53993563	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	54061378	.	T	C	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=6.63;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:68:68,0,151
12	54329975	.	T	C	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=-0.762;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.179;QD=3.75;ReadPosRankSum=0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:62:62,0,259
12	54337083	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
12	54339052	.	C	A	579.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=-3.133;DP=22;FS=1.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.553;QD=26.35;ReadPosRankSum=2.838	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,16:22:99:608,0,181
12	54340077	.	G	A	382.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=2.431;DP=23;FS=1.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.016;QD=16.64;ReadPosRankSum=-2.493	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,11:23:99:411,0,470
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12	55248357	.	G	T	534.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=-0.717;DP=32;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.982;QD=16.71;ReadPosRankSum=0.113	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,15:32:99:563,0,649
12	55249002	.	A	G	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
12	55250612	.	A	G	2616.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,62:62:99:2645,187,0
12	56115785	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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12	56123365	.	G	A	117.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=-0.421;DP=8;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=14.72;ReadPosRankSum=0.421	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:146,0,154
12	56124332	.	C	T	115.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.741;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=11.58;ReadPosRankSum=-0.633	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:144,0,227
12	56125354	.	A	G	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:30:74,0,30
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12	56224732	.	G	C	273.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=-1.468;DP=14;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.222;QD=19.55;ReadPosRankSum=1.468	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,8:14:99:302,0,223
12	56228248	.	A	G	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=8.69;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:63:63,0,77
12	56295734	.	A	G	1902.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,44:44:99:1931,132,0
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12	56367966	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
12	56398454	.	G	C	625.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:654,45,0
12	56401085	.	G	A	37.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:65,6,0
12	56435929	.	C	G	1134.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1163,81,0
12	56436472	.	T	G	186.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:215,15,0
12	56556182	.	G	A	17.84	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=4.46;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:46:46,0,55
12	56565392	.	T	G	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
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12	56825311	.	C	T	1136.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,28:28:84:1165,84,0
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12	56987179	.	A	G	267.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:296,21,0
12	56988342	.	C	A	459.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:488,36,0
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12	57036023	.	G	A	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=10.19;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:69:69,0,71
12	57058149	.	A	G	866.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=-1.744;DP=42;FS=1.234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.152;QD=20.64;ReadPosRankSum=1.542	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,23:42:99:895,0,714
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12	57081990	.	G	A	504.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=-0.707;DP=34;FS=6.026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.707;QD=14.85;ReadPosRankSum=0.224	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,16:34:99:533,0,682
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12	57114100	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
12	57125246	.	T	C	133.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=22.29;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:99:162,0,142
12	57125247	.	T	C	133.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=22.29;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:99:162,0,142
12	57125315	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:73:78,0,73
12	57133140	.	T	G	163.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.684;DP=9;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.684;QD=18.20;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:99:192,0,109
12	57363485	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:90,6,0
12	57363493	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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12	57363518	.	G	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
12	57449610	.	T	G	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:123,0,33
12	57449705	.	T	C	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=7.13;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:71:71,0,158
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12	57452647	.	A	C	310.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.429;ClippingRankSum=-1.674;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.449;QD=16.36;ReadPosRankSum=1.592	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,9:19:99:339,0,368
12	57600641	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
12	57600647	.	T	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
12	57619362	.	G	A	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=17.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:67:115,0,67
12	57627074	.	G	T	1834.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.942;ClippingRankSum=0.159;DP=81;FS=9.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.130;QD=22.65;ReadPosRankSum=-0.488	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:32,49:81:99:1863,0,1151
12	57630137	.	C	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
12	57859431	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
12	57891804	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
12	57978740	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
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12	58215707	.	T	C	1521.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,37:37:99:1550,111,0
12	58216234	.	A	C	520.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=-1.259;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.146;QD=21.70;ReadPosRankSum=1.025	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,14:24:99:549,0,362
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12	58278987	.	G	C	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
12	58355168	.	A	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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12	62926398	.	G	A	676.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:705,48,0
12	62950235	.	T	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
12	62950556	.	G	C	96.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:124,9,0
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12	63040555	.	T	C	125.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=17.97;ReadPosRankSum=1.754	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:154,0,218
12	63040610	.	C	T	107.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.246;DP=11;FS=6.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.678;QD=9.80;ReadPosRankSum=-0.278	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,4:11:99:136,0,260
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12	64519806	.	T	C	596.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:625,45,0
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12	64587633	.	C	A	276.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:305,21,0
12	64609562	.	C	T	309.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:338,24,0
12	64621693	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
12	64800417	.	T	C	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
12	64801001	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	64801003	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	64802697	.	C	T	90.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:119,0,33
12	64830566	.	C	G	141.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:169,12,0
12	64830924	.	A	G	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
12	64831326	.	A	G	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=11.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:63,0,34
12	64833249	.	A	G	138.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:166,12,0
12	64842832	.	A	G	21.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=-0.296;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.678;QD=1.68;ReadPosRankSum=-1.086	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:50:50,0,402
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12	64842855	.	A	G	32.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=6.55;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:61:61,0,192
12	64843168	.	G	A	25.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.826;ClippingRankSum=-1.826;DP=12;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.752;QD=2.15;ReadPosRankSum=1.396	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:54:54,0,398
12	64844061	.	A	G	80.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.920;QD=10.10;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:109,0,239
12	64844071	.	A	G	219.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=25.32;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:23:248,0,23
12	64844149	.	A	G	113.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.180;ClippingRankSum=0.289;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.468;QD=9.48;ReadPosRankSum=-0.289	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,4:12:99:142,0,300
12	64844167	.	A	G	11.12	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=-0.373;DP=17;FS=6.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.969;QD=0.65;ReadPosRankSum=0.522	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,2:17:39:39,0,599
12	64875787	.	T	A	487.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:516,36,0
12	65004520	.	A	G	533.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:562,39,0
12	65089285	.	T	C	637.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.260;DP=31;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.340;QD=20.57;ReadPosRankSum=-0.180	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,18:31:99:666,0,451
12	65108160	.	G	C	248.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.036;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.905;QD=11.85;ReadPosRankSum=0.036	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,8:21:99:277,0,497
12	65110141	.	G	A	193.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=-1.079;DP=27;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.190;QD=7.18;ReadPosRankSum=0.968	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,7:27:99:222,0,804
12	65110252	.	G	A	114.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=-1.034;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.278;QD=10.43;ReadPosRankSum=1.034	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,4:11:99:143,0,255
12	65146532	.	C	T	201.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=-0.815;DP=20;FS=2.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.174;QD=10.09;ReadPosRankSum=0.453	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,7:18:99:230,0,401
12	65270258	.	G	A	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=1.537;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.988;QD=13.96;ReadPosRankSum=-0.988	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:92:112,0,92
12	65270436	.	A	G	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=11.40;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:108,0,150
12	66531149	.	T	C	191.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:220,15,0
12	66531694	.	A	G	476.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:505,36,0
12	66533329	.	A	G	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.550;DP=7;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=11.97;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:112,0,154
12	66546100	.	A	G	670.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.120;DP=28;FS=3.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.599;QD=23.96;ReadPosRankSum=-0.168	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,18:28:99:699,0,345
12	66554776	.	C	T	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=23.69;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:32:123,0,32
12	66725160	.	C	T	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
12	66725202	.	C	T	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
12	66732488	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
12	66733904	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
12	66735644	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	66737518	.	C	T	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
12	66739158	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
12	66742183	.	A	G	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
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12	67286727	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	67658426	.	A	G	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
12	67663208	.	C	T	382.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.446;ClippingRankSum=-1.569;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.462;QD=16.64;ReadPosRankSum=1.816	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,11:23:99:411,0,440
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12	67684435	.	T	C	44.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:72,6,0
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12	68074952	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
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12	68720627	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
12	68724951	.	G	T	189.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:218,15,0
12	69040055	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
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12	69156721	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
12	69157749	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
12	69160102	.	A	G	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
12	69202164	.	A	G	344.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=-0.705;DP=16;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.488;QD=21.55;ReadPosRankSum=0.813	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,10:16:99:373,0,192
12	69235406	.	G	A	218.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.219;ClippingRankSum=-0.951;DP=20;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.238;QD=10.94;ReadPosRankSum=0.634	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,7:20:99:247,0,478
12	69237004	.	A	G	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=4.54;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:60:60,0,723
12	69237010	.	A	G	253.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.054;ClippingRankSum=0.573;DP=9;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.001;QD=28.20;ReadPosRankSum=1.422	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:99:282,0,202
12	69237013	.	A	G	253.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=1.001;DP=9;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=28.20;ReadPosRankSum=1.203	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:99:282,0,202
12	69237014	.	A	G	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.067;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.666;QD=3.53;ReadPosRankSum=0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:60:60,0,723
12	69237020	.	A	G	27.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.589;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=3.47;ReadPosRankSum=-0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:56:56,0,636
12	69237043	.	A	G	77.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=-1.422;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=8.64;ReadPosRankSum=1.203	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:106,0,223
12	69237056	.	A	G	56.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.650;DP=15;FS=2.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.650;QD=3.78;ReadPosRankSum=-1.227	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,3:15:85:85,0,459
12	69237073	.	A	G	54.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=-1.660;DP=15;FS=2.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=3.65;ReadPosRankSum=0.505	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,3:15:83:83,0,470
12	69237509	.	A	G	173.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=-1.361;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.691;QD=8.69;ReadPosRankSum=-1.031	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,6:20:99:202,0,543
12	69237519	.	A	G	142.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.395;ClippingRankSum=0.910;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.788;QD=8.40;ReadPosRankSum=1.371	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,4:16:99:171,0,520
12	69237529	.	A	G	14.91	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.107;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.752;QD=1.24;ReadPosRankSum=0.967	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:43:43,0,641
12	69237558	.	A	G	191.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.412;DP=15;FS=2.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.180;QD=12.78;ReadPosRankSum=0.766	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,6:15:99:220,0,354
12	69249739	.	A	G	140.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:168,12,0
12	69637847	.	T	C	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
12	69646914	.	G	A	274.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=-0.498;DP=30;FS=3.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.086;QD=9.16;ReadPosRankSum=-0.407	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,9:30:99:303,0,811
12	69657145	.	G	A	222.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:251,18,0
12	69658330	.	T	C	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:65:65,0,143
12	69661131	.	A	G	235.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:264,18,0
12	69662929	.	A	T	194.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:223,15,0
12	69667075	.	T	A	266.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:295,21,0
12	69753530	.	C	A	125.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=25.15;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:154,0,31
12	69753568	.	A	T	388.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=1.449;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.815;QD=21.60;ReadPosRankSum=-0.362	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,11:18:99:417,0,234
12	69753595	.	C	T	261.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.821;ClippingRankSum=0.133;DP=18;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.666;QD=14.54;ReadPosRankSum=1.644	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,8:18:99:290,0,386
12	69888884	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
12	69967862	.	G	A	191.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=-2.586;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.025;QD=11.28;ReadPosRankSum=2.489	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,7:17:99:220,0,370
12	69968737	.	C	T	355.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.437;ClippingRankSum=-0.423;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.099;QD=27.37;ReadPosRankSum=0.085	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,10:13:94:384,0,94
12	69971474	.	G	A	267.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=-0.872;DP=15;FS=5.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.652;QD=17.85;ReadPosRankSum=1.682	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,8:15:99:296,0,262
12	69971500	.	C	T	190.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.791;ClippingRankSum=-0.312;DP=13;FS=7.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.312;QD=14.67;ReadPosRankSum=-1.093	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,6:13:99:219,0,271
12	69971713	.	C	T	394.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=-1.086;DP=13;FS=7.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.875;QD=30.37;ReadPosRankSum=0.691	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,11:13:44:423,0,44
12	69972381	.	G	A	372.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:401,27,0
12	69982129	.	G	C	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
12	69989899	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
12	69993501	.	A	G	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
12	70210842	.	G	A	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
12	70213775	.	G	C	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
12	70728264	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.69;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:75:75,0,78
12	70736113	.	A	G	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=17.55;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:71:116,0,71
12	70737506	.	T	G	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:74,0,37
12	70928724	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
12	72009462	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
12	72009882	.	T	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
12	72009990	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	72065988	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	72071045	.	A	G	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
12	72094959	.	T	C	90.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=18.15;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:66:119,0,66
12	72164395	.	C	T	677.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=-0.117;DP=38;FS=5.297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.234;QD=17.84;ReadPosRankSum=0.029	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,19:38:99:706,0,673
12	72180172	.	G	T	703.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:732,51,0
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12	79946942	.	G	A	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:80,0,36
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12	79985874	.	A	C	769.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.150;ClippingRankSum=0.706;DP=36;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.931;QD=21.38;ReadPosRankSum=-0.931	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,21:36:99:798,0,569
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12	79994266	.	G	A	71.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=-0.988;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.537;QD=11.96;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:76:100,0,76
12	79994364	.	T	C	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.44;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:114,0,33
12	79995227	.	T	C	67.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.422;ClippingRankSum=1.422;DP=9;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=7.53;ReadPosRankSum=-1.203	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:96:96,0,237
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12	79996856	.	T	C	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.573;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.573;QD=7.98;ReadPosRankSum=1.203	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:108,0,225
12	79996880	.	T	C	80.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=-0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=10.10;ReadPosRankSum=1.221	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:109,0,273
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12	79996940	.	T	C	133.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=-0.922;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.017;QD=16.72;ReadPosRankSum=2.017	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:162,0,142
12	79996949	.	T	C	20.80	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.937;QD=2.97;ReadPosRankSum=-0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:49:49,0,527
12	79996952	.	T	C	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=6.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:60:60,0,526
12	79996953	.	T	C	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=6.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:60:60,0,526
12	79996973	.	T	C	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=10.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,1:3:60:60,0,526
12	79996978	.	T	C	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=10.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,1:3:60:60,0,526
12	80010169	.	A	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
12	80014907	.	A	T	2529.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.617;ClippingRankSum=1.213;DP=60;FS=3.310;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.404;QD=24.25;ReadPosRankSum=-1.155	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,59:60:99:2558,142,0
12	80168660	.	G	A	261.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=-0.501;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.893;QD=13.09;ReadPosRankSum=0.579	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,8:20:99:290,0,463
12	80172697	.	G	A	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
12	80190650	.	C	G	305.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.102;ClippingRankSum=-1.021;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.367;QD=16.09;ReadPosRankSum=0.857	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,9:19:99:334,0,383
12	80328847	.	G	A	224.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.660;DP=13;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.555;QD=17.29;ReadPosRankSum=-0.660	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,7:13:99:253,0,210
12	80497119	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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12	82746380	.	T	C	218.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:247,18,0
12	82749301	.	T	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
12	83526911	.	T	A	189.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.766;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.295;QD=12.65;ReadPosRankSum=-0.884	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,6:15:99:218,0,360
12	83527465	.	A	G	202.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=-2.181;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.466;QD=18.43;ReadPosRankSum=2.181	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,6:11:99:231,0,168
12	83527548	.	C	T	273.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.524;ClippingRankSum=-0.271;DP=13;FS=2.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.696;QD=21.06;ReadPosRankSum=0.817	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,8:13:99:302,0,190
12	83528215	.	T	C	121.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=17.40;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:150,0,107
12	85562725	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	85562733	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	86196046	.	A	T	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=14.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:72,0,33
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12	89914142	.	T	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
12	89915549	.	C	G	193.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:222,15,0
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12	93252383	.	G	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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12	93258665	.	A	G	489.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:518,36,0
12	93269613	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
12	93290717	.	A	G	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
12	93390067	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	93477455	.	A	G	261.84	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=-0.747;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=32.73;ReadPosRankSum=0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:18:290,0,18
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12	95439776	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
12	95449854	.	T	C	129.81	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=25.96;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:20:158,0,20
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12	95471330	.	G	A	215.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=0.000;DP=18;FS=13.030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.453;QD=11.99;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,7:18:99:244,0,410
12	95471859	.	T	C	16.86	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=-1.678;DP=13;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=1.30;ReadPosRankSum=1.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:45:45,0,421
12	95473571	.	A	G	78.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=1.001;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=8.75;ReadPosRankSum=-1.001	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:107,0,237
12	95473866	.	T	C	24.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.322;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=2.07;ReadPosRankSum=-0.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:53:53,0,667
12	95473876	.	T	C	24.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=-0.747;DP=8;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=3.10;ReadPosRankSum=0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,1:8:53:53,0,667
12	95536950	.	C	T	42.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:70,6,0
12	95573040	.	G	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
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12	95656551	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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12	96051418	.	A	G	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
12	96051883	.	A	G	1045.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=-1.525;DP=49;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.677;QD=21.34;ReadPosRankSum=1.202	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,28:49:99:1074,0,751
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12	96161817	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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12	98921533	.	G	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
12	98928646	.	A	G	579.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.509;ClippingRankSum=0.627;DP=28;FS=8.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.116;QD=20.71;ReadPosRankSum=0.116	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,16:28:99:608,0,446
12	98933834	.	T	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
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12	98999100	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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12	99252272	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	100733804	.	A	T	192.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.248;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.573;QD=21.42;ReadPosRankSum=-0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:99:221,0,102
12	101018014	.	T	C	132.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=26.56;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:24:161,0,24
12	101019778	.	G	C	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=17.75;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:71:117,0,71
12	101021238	.	A	G	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:76,0,36
12	101683929	.	C	T	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
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12	101798357	.	T	C	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:31:114,0,31
12	101798746	.	T	C	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=14.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:73,0,35
12	102108345	.	T	C	236.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=-0.896;DP=11;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.278;QD=21.52;ReadPosRankSum=-0.678	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,7:11:99:265,0,187
12	102117589	.	C	T	502.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:531,36,0
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12	102120364	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
12	102139747	.	T	G	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.537;QD=12.63;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:104,0,106
12	102158763	.	T	C	323.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:352,24,0
12	102315592	.	G	A	240.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.731;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.214;QD=24.08;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,7:10:99:269,0,100
12	102315746	.	G	T	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=18.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:73:120,0,73
12	102317141	.	C	T	237.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=-0.896;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.678;QD=21.62;ReadPosRankSum=1.246	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,7:11:99:266,0,140
12	102408124	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:78,0,36
12	102409017	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:37:39,0,37
12	102517753	.	T	C	122.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.638;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.421;QD=15.35;ReadPosRankSum=1.638	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:151,0,143
12	103836146	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	103843052	.	T	C	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
12	104157502	.	G	A	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
12	104163183	.	T	C	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.94;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:67:76,0,67
12	104167382	.	G	A	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
12	104167404	.	A	G	90.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:30:119,0,30
12	104168087	.	A	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
12	104168982	.	T	C	156.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:185,15,0
12	104169828	.	T	C	193.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:222,15,0
12	104170351	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	104170925	.	C	T	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=16.95;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:72:113,0,72
12	104171271	.	C	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
12	104171742	.	C	T	93.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
12	104186995	.	G	A	162.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=1.495;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=23.25;ReadPosRankSum=-1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:33:191,0,33
12	104325725	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
12	104325871	.	T	C	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
12	104327979	.	C	T	1128.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.959;ClippingRankSum=-0.337;DP=63;FS=0.962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.227;QD=17.92;ReadPosRankSum=0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:32,31:63:99:1157,0,1252
12	104329541	.	C	A	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:81,0,33
12	104329551	.	C	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.38	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,2:2:33:81,0,33
12	104343079	.	C	G	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
12	104345056	.	G	A	304.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=-0.144;DP=17;FS=3.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.144;QD=17.93;ReadPosRankSum=0.337	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,9:17:99:333,0,283
12	104348446	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	104348482	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
12	104359144	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
12	104359647	.	G	A	316.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:345,24,0
12	104374276	.	A	G	93.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:31:122,0,31
12	104376268	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
12	104434783	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	104434788	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	104674198	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
12	104680782	.	C	G	160.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:189,15,0
12	104686646	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
12	104689459	.	T	C	143.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:171,12,0
12	104690163	.	T	G	90.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:118,9,0
12	104690218	.	T	C	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
12	104694861	.	C	T	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
12	104695569	.	A	T	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
12	104698525	.	A	G	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.94;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:76:76,0,79
12	104698582	.	A	G	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
12	104707180	.	A	T	143.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:171,12,0
12	104709891	.	G	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
12	104715709	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
12	104728530	.	G	A	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
12	104730364	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	104734679	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
12	104735928	.	G	A	186.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:215,15,0
12	104737231	.	T	C	326.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:355,24,0
12	104739469	.	A	G	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
12	104741525	.	C	G	178.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:207,15,0
12	104742177	.	T	C	18.82	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.516;ClippingRankSum=-0.693;DP=73;FS=3.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.733;QD=0.26;ReadPosRankSum=0.834	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:67,6:73:47:47,0,2638
12	104748803	.	C	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
12	104851112	.	T	C	188.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=-0.717;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.825;QD=17.16;ReadPosRankSum=0.717	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,6:11:99:217,0,131
12	104851127	.	C	G	90.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=-0.429;DP=15;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.286;QD=6.05;ReadPosRankSum=1.041	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,5:15:99:119,0,259
12	105196755	.	T	C	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:77,0,37
12	105199038	.	G	A	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=-0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=14.29;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:114,0,110
12	105282893	.	T	C	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.988;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=13.63;ReadPosRankSum=-0.988	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:110,0,106
12	105352061	.	A	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
12	105371405	.	A	C	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
12	105380152	.	A	C	503.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=-0.903;DP=25;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.246;QD=20.15;ReadPosRankSum=0.903	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,14:25:99:532,0,392
12	105397550	.	A	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
12	105417287	.	G	A	172.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=28.80;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:24:201,0,24
12	105421660	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
12	105433523	.	T	A	435.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:464,33,0
12	105434467	.	C	T	88.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:116,9,0
12	105451994	.	C	T	230.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:259,18,0
12	105478327	.	C	T	46.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
12	105541931	.	A	G	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
12	105542585	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
12	105546172	.	G	A	766.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:795,54,0
12	105561664	.	C	T	525.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:554,39,0
12	105562038	.	T	C	1285.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1314,90,0
12	105567572	.	A	G	747.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:776,54,0
12	105567611	.	A	G	439.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:468,33,0
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12	105571547	.	A	G	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
12	105581255	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	105582245	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
12	105585666	.	A	T	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
12	105628572	.	G	A	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
12	105629376	.	C	A	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
12	106135942	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
12	106459902	.	T	C	275.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=-0.872;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.340;QD=18.38;ReadPosRankSum=1.682	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,8:15:99:304,0,254
12	106460001	.	G	A	574.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=-0.376;DP=31;FS=3.192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.850;QD=18.54;ReadPosRankSum=0.415	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,16:31:99:603,0,561
12	106460091	.	G	A	225.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.839;ClippingRankSum=0.687;DP=28;FS=1.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.246;QD=8.06;ReadPosRankSum=-1.246	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,8:28:99:254,0,776
12	106460158	.	A	G	457.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=-0.412;DP=27;FS=1.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.704;QD=16.95;ReadPosRankSum=2.790	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,13:27:99:486,0,526
12	106460938	.	G	C	721.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.032;ClippingRankSum=2.589;DP=32;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.849;QD=22.56;ReadPosRankSum=-2.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,20:32:99:750,0,431
12	106469171	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
12	106477164	.	C	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:81,0,33
12	106632131	.	G	C	949.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.550;DP=60;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.892;QD=15.83;ReadPosRankSum=-0.713	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:33,27:60:99:978,0,1272
12	106632438	.	A	C	30.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.449;ClippingRankSum=-0.593;DP=26;FS=26.177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.755;QD=1.18;ReadPosRankSum=2.910	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,9:26:59:59,0,583
12	106641297	.	G	A	446.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=-0.801;DP=22;FS=4.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.467;QD=20.31;ReadPosRankSum=0.735	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,13:22:99:475,0,296
12	106704974	.	G	A	686.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:715,51,0
12	106740540	.	A	G	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
12	106741331	.	C	T	350.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:379,27,0
12	106741992	.	G	A	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=-1.221;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=9.97;ReadPosRankSum=1.221	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:108,0,186
12	107348625	.	T	A	37.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:65,6,0
12	107367224	.	T	C	466.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:495,33,0
12	107367225	.	T	C	466.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:495,33,0
12	107380905	.	G	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
12	107385610	.	C	A	210.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:239,18,0
12	107395106	.	A	G	929.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:958,66,0
12	107486912	.	C	T	447.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:476,36,0
12	107487069	.	C	T	548.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:577,48,0
12	108035903	.	T	C	119.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=-0.421;DP=8;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=14.97;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:148,0,139
12	108091609	.	A	G	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
12	108091613	.	A	G	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
12	108092850	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
12	108276439	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
12	108276710	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	108914253	.	G	A	169.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=28.30;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:28:198,0,28
12	108914419	.	G	A	321.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:350,24,0
12	108916677	.	T	G	776.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:805,57,0
12	108918146	.	C	T	1190.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1219,87,0
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12	108923950	.	A	G	1362.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,33:33:99:1391,99,0
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12	108936516	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	108936519	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	108937929	.	C	T	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
12	108954823	.	C	T	1084.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1113,81,0
12	108956417	.	T	G	1141.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1170,78,0
12	108956418	.	T	G	1141.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1170,78,0
12	108956433	.	C	T	232.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=11.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:42:321,42,0
12	108956610	.	C	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
12	108960586	.	G	C	43.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:71,6,0
12	108961293	.	C	T	181.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:210,15,0
12	108961354	.	T	C	190.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:219,15,0
12	108961383	.	A	G	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
12	108962398	.	C	G	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
12	109039794	.	A	C	1468.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,35:35:99:1497,105,0
12	109039869	.	T	C	1333.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,32:32:96:1362,96,0
12	109091089	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	109178808	.	C	T	277.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=-0.684;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.444;QD=13.89;ReadPosRankSum=0.684	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,9:20:99:306,0,405
12	109180424	.	T	C	14.91	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.123;ClippingRankSum=0.425;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.425;QD=0.99;ReadPosRankSum=-0.425	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,2:15:43:43,0,490
12	109180787	.	C	T	321.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.295;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.766;QD=21.45;ReadPosRankSum=-0.530	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,9:15:99:350,0,211
12	109181179	.	G	A	364.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=-1.354;DP=39;FS=1.294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.502;QD=9.35;ReadPosRankSum=1.324	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:27,12:39:99:393,0,1004
12	109182049	.	T	C	400.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=2.205;DP=28;FS=1.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.673;QD=14.31;ReadPosRankSum=-2.205	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,12:28:99:429,0,587
12	109208902	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	109209194	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	109511256	.	T	C	253.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:282,21,0
12	109520769	.	A	G	207.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=25.97;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:47:236,0,47
12	109523613	.	C	T	80.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=-1.300;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.754;QD=11.54;ReadPosRankSum=0.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:109,0,150
12	109528662	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
12	109617865	.	T	C	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
12	109693982	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
12	109704325	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
12	109905421	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
12	109946380	.	T	C	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.69;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:71:71,0,71
12	110289501	.	T	G	687.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:716,51,0
12	110292513	.	G	A	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
12	110318261	.	G	C	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
12	110368201	.	G	A	361.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:390,27,0
12	110475221	.	C	T	375.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.843;ClippingRankSum=-2.119;DP=29;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.829;QD=12.96;ReadPosRankSum=2.119	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,15:28:99:404,0,405
12	110723245	.	C	T	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
12	110780107	.	G	A	1545.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=-1.562;DP=73;FS=1.966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.828;QD=21.17;ReadPosRankSum=1.718	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:32,41:73:99:1574,0,1188
12	110787359	.	C	T	451.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=-1.519;DP=23;FS=6.550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.457;QD=19.64;ReadPosRankSum=1.395	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,13:23:99:480,0,362
12	110787798	.	C	T	434.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=1.741;DP=21;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.533;QD=20.70;ReadPosRankSum=-2.096	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,12:21:99:463,0,302
12	110816870	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:38:39,0,38
12	110834524	.	T	C	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
12	110868141	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=13.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:69,0,33
12	110868154	.	G	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
12	110868166	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
12	110877450	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
12	110930637	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
12	110935798	.	T	C	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:30:80,0,30
12	110936052	.	T	C	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.532;ClippingRankSum=-0.354;DP=11;FS=9.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.354;QD=2.62;ReadPosRankSum=0.354	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:57:57,0,349
12	110939421	.	T	C	324.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:353,24,0
12	110974890	.	T	C	593.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:622,42,0
12	111798553	.	A	G	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.69;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:32:115,0,32
12	111799681	.	T	C	69.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=9.97;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:98:98,0,130
12	111800059	.	T	C	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.683;ClippingRankSum=-0.248;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:108,0,234
12	111884608	.	T	C	143.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:171,12,0
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12	111895272	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
12	111897379	.	G	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
12	111904703	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	112036929	.	G	A	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=10.55;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:71:81,0,71
12	112037000	.	G	C	49.73	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.29;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:63:88,0,63
12	112081291	.	T	C	409.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:438,30,0
12	112168050	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
12	112278025	.	A	G	149.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=1.134;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.309;QD=12.48;ReadPosRankSum=-1.309	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,5:12:99:178,0,268
12	112305390	.	G	A	505.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.575;DP=25;FS=1.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.451;QD=20.23;ReadPosRankSum=-0.849	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,14:25:99:534,0,411
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12	112557570	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	112580071	.	C	T	425.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.273;ClippingRankSum=1.936;DP=35;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.017;QD=12.16;ReadPosRankSum=-1.195	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,14:35:99:454,0,812
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12	112843884	.	T	A	168.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=1.221;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.684;QD=21.10;ReadPosRankSum=-1.221	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:99:197,0,110
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12	112845843	.	A	T	218.90	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=-0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=31.27;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:15:247,0,15
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12	113352159	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	113357193	.	G	A	1054.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1083,75,0
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12	113357237	.	G	C	932.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:961,66,0
12	113357442	.	G	A	1223.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1252,87,0
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12	113376388	.	G	A	950.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:979,69,0
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12	113380008	.	G	A	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
12	113386950	.	T	C	1577.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,37:37:99:1606,111,0
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12	113401199	.	G	A	474.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.483;ClippingRankSum=-0.617;DP=35;FS=5.138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.417;QD=13.56;ReadPosRankSum=0.617	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,15:35:99:503,0,775
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12	113406892	.	A	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
12	113406945	.	T	A	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
12	113408208	.	G	C	1704.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,40:40:99:1733,120,0
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12	113414330	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
12	113414335	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
12	113425154	.	C	G	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
12	113425493	.	T	C	231.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:260,18,0
12	113425679	.	T	C	307.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:336,24,0
12	113426180	.	G	A	498.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:527,36,0
12	113433587	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
12	113435450	.	A	T	1235.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1264,90,0
12	113447103	.	A	G	543.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.513;ClippingRankSum=-0.944;DP=35;FS=1.309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.215;QD=15.54;ReadPosRankSum=0.679	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,16:35:99:572,0,718
12	113447572	.	C	T	708.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:737,51,0
12	113448288	.	A	G	810.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:839,57,0
12	113448652	.	C	A	544.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.296;DP=31;FS=5.391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.008;QD=17.57;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,16:31:99:573,0,550
12	113449116	.	G	C	637.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:666,48,0
12	113595692	.	G	A	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:77:78,0,77
12	113596041	.	C	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
12	113596736	.	G	A	712.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.944;ClippingRankSum=0.717;DP=45;FS=2.594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.398;QD=15.84;ReadPosRankSum=-0.808	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,24:45:99:741,0,692
12	113623241	.	C	G	558.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=-0.236;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.087;QD=27.94;ReadPosRankSum=-0.236	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,16:20:71:587,0,71
12	113623559	.	A	T	232.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.117;ClippingRankSum=0.000;DP=16;FS=2.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.529;QD=14.55;ReadPosRankSum=-0.106	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,7:16:99:261,0,330
12	113629949	.	C	T	167.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:196,15,0
12	113635424	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:32:81,0,32
12	113718583	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
12	113721422	.	T	C	96.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:124,9,0
12	113721873	.	A	G	155.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=-0.876;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=17.31;ReadPosRankSum=0.729	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:184,0,127
12	113725608	.	C	T	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=16.55;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:65:111,0,65
12	113735742	.	G	C	251.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=-1.395;DP=17;FS=8.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.069;QD=14.81;ReadPosRankSum=1.299	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,8:17:99:280,0,337
12	113736116	.	C	T	402.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.355;ClippingRankSum=-1.902;DP=18;FS=2.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.543;QD=22.38;ReadPosRankSum=1.992	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,11:18:99:431,0,487
12	113736121	.	A	G	168.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;ClippingRankSum=1.077;DP=18;FS=9.425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.609;QD=9.38;ReadPosRankSum=-0.796	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,6:18:99:197,0,974
12	113736863	.	G	T	193.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=0.101;DP=13;FS=9.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.791;QD=14.91;ReadPosRankSum=-0.101	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,6:13:99:222,0,255
12	113737574	.	G	T	241.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=-1.034;DP=11;FS=4.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.246;QD=21.98;ReadPosRankSum=1.034	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,7:11:99:270,0,134
12	113758166	.	G	A	103.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=-0.849;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.849;QD=7.98;ReadPosRankSum=1.157	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,4:13:99:132,0,341
12	113796566	.	A	C	125.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:153,12,0
12	113826535	.	C	T	315.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=-0.241;DP=17;FS=13.030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.529;QD=18.57;ReadPosRankSum=0.433	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,9:17:99:344,0,298
12	113827306	.	C	G	367.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.610;ClippingRankSum=-2.518;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.702;QD=19.36;ReadPosRankSum=2.436	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,11:19:99:396,0,296
12	113827615	.	G	A	59.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.154;ClippingRankSum=1.371;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.326;QD=3.98;ReadPosRankSum=-1.501	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,4:15:88:88,0,439
12	113827638	.	A	G	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.262;ClippingRankSum=0.382;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=6.71;ReadPosRankSum=0.382	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:99:102,0,308
12	113827651	.	A	G	103.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.278;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.678;QD=9.43;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,4:11:99:132,0,272
12	113827794	.	A	C	90.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.246;ClippingRankSum=-0.896;DP=11;FS=9.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.896;QD=8.25;ReadPosRankSum=0.896	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,4:11:99:119,0,263
12	113827892	.	A	G	41.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.452;DP=21;FS=15.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.151;QD=1.99;ReadPosRankSum=0.251	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,3:21:70:70,0,718
12	113827916	.	A	G	236.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.405;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.521;QD=15.78;ReadPosRankSum=1.447	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,7:15:99:265,0,301
12	113827926	.	A	G	12.05	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=-1.104;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.425;QD=0.80;ReadPosRankSum=0.594	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,2:15:40:40,0,854
12	113827947	.	A	G	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=1.271;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.898;QD=3.18;ReadPosRankSum=0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:60:60,0,296
12	113828092	.	C	G	557.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.474;DP=18;FS=2.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.355;QD=30.99;ReadPosRankSum=-1.066	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,15:18:72:586,0,72
12	113828914	.	A	G	10.20	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=-1.565;DP=17;FS=3.140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.224;QD=0.60;ReadPosRankSum=1.714	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,2:17:38:38,0,577
12	113828925	.	A	G	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=-0.546;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.546;QD=7.58;ReadPosRankSum=0.895	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:104,0,272
12	113829129	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=-1.071;DP=17;FS=10.843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.189;QD=3.10;ReadPosRankSum=0.945	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,3:17:81:81,0,504
12	114245580	.	C	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
12	114254860	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
12	114254995	.	T	C	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
12	114255320	.	C	T	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
12	114256945	.	C	T	43.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:71,6,0
12	114256994	.	A	G	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:76,0,36
12	114257635	.	T	C	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
12	114282496	.	C	T	32.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-0.198;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=4.68;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:61:61,0,182
12	114377885	.	G	C	312.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:341,24,0
12	114377899	.	G	C	323.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:352,24,0
12	114383707	.	A	G	268.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.849;ClippingRankSum=0.000;DP=12;FS=2.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.294;QD=22.40;ReadPosRankSum=-1.849	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,9:12:99:297,0,99
12	115108136	.	T	C	30.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=5.13;ReadPosRankSum=-1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:59:59,0,163
12	115108361	.	T	C	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.768;ClippingRankSum=-1.296;DP=11;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.589;QD=2.62;ReadPosRankSum=1.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:57:57,0,301
12	115108899	.	C	T	241.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.398;ClippingRankSum=-0.678;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.278;QD=21.98;ReadPosRankSum=0.597	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,7:11:99:270,0,149
12	115109223	.	C	G	24.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.898;DP=10;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.898;QD=2.48;ReadPosRankSum=-0.898	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:53:53,0,313
12	116398626	.	A	C	71.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=-0.546;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.386;QD=7.18;ReadPosRankSum=0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:100,0,260
12	116831609	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
12	117014156	.	T	G	141.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:169,12,0
12	117014174	.	G	A	17.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=-0.296;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=1.78;ReadPosRankSum=0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:55:55,0,280
12	117014187	.	A	G	104.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=-1.159;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=11.64;ReadPosRankSum=0.361	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:133,0,189
12	117153263	.	A	G	342.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=-2.266;DP=15;FS=2.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.898;QD=22.85;ReadPosRankSum=2.143	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,10:15:99:371,0,154
12	117297573	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	117349014	.	C	G	93.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
12	117383320	.	G	A	426.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=-2.215;DP=29;FS=3.427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.680;QD=14.72;ReadPosRankSum=1.250	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,13:29:99:455,0,566
12	117402755	.	T	C	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
12	117435016	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
12	117447544	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
12	117465981	.	T	C	187.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.827;ClippingRankSum=1.120;DP=15;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.062;QD=12.52;ReadPosRankSum=-1.120	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,6:15:99:216,0,308
12	117466271	.	C	T	344.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.933;ClippingRankSum=0.222;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.400;QD=19.15;ReadPosRankSum=-0.133	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,10:18:99:373,0,298
12	117467125	.	G	A	166.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.361;DP=9;FS=13.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=18.53;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:195,0,155
12	117467314	.	A	G	38.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=6.46;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:67:67,0,151
12	117467372	.	G	A	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=-1.300;DP=7;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=12.25;ReadPosRankSum=1.754	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:114,0,143
12	117467580	.	A	G	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=-0.988;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.988;QD=14.63;ReadPosRankSum=-1.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:116,0,118
12	117467598	.	A	G	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=-0.988;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=14.63;ReadPosRankSum=0.988	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:116,0,118
12	117468556	.	T	G	243.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=-2.141;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.244;QD=20.31;ReadPosRankSum=2.367	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,7:12:99:272,0,146
12	117468873	.	A	G	120.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.300;ClippingRankSum=1.754;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.937;QD=17.25;ReadPosRankSum=-1.754	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:149,0,114
12	117469263	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	117469264	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	117469408	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
12	118363033	.	G	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
12	118363035	.	C	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
12	118501565	.	T	C	275.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:304,21,0
12	118501598	.	G	A	188.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:217,15,0
12	118502467	.	A	G	63.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.937;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=9.11;ReadPosRankSum=-0.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:92:92,0,154
12	118502675	.	A	G	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=22.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:120,0,34
12	118503725	.	T	C	122.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=0.361;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=13.64;ReadPosRankSum=-0.361	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:151,0,179
12	118509191	.	G	A	120.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;ClippingRankSum=0.000;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.754;QD=17.25;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:149,0,116
12	118520170	.	G	A	156.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=-0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.920;QD=19.60;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:99:185,0,100
12	118555306	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:78,0,37
12	118563982	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	118575234	.	A	G	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.19;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:73:77,0,73
12	118582967	.	G	A	74.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=-0.271;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.116;QD=3.12;ReadPosRankSum=1.588	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,4:24:99:103,0,805
12	118583232	.	T	C	472.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.947;DP=47;FS=4.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.194;QD=10.06;ReadPosRankSum=-0.901	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:32,15:47:99:501,0,1220
12	118682751	.	C	T	335.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=-1.766;DP=26;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.343;QD=12.91;ReadPosRankSum=0.395	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,10:26:99:364,0,630
12	118683920	.	A	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,93
12	118854804	.	A	G	106.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.154;ClippingRankSum=1.501;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.979;QD=7.12;ReadPosRankSum=-1.632	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,4:15:99:135,0,432
12	118855405	.	A	G	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=-0.684;DP=8;FS=7.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.684;QD=10.35;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:111,0,190
12	118855432	.	G	A	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=-1.666;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.179;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:63:63,0,277
12	119632307	.	A	G	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:71:71,0,105
12	120125240	.	C	T	71.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.25;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:100,0,136
12	120189879	.	A	G	211.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=30.25;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:99:240,0,201
12	120189888	.	T	C	211.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;ClippingRankSum=0.000;DP=7;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=30.25;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:240,0,201
12	120531332	.	A	G	16.86	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.783;ClippingRankSum=-0.255;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.934;QD=1.12;ReadPosRankSum=0.085	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,2:15:45:45,0,502
12	120540290	.	A	C	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
12	120565188	.	G	A	1347.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,32:32:96:1376,96,0
12	120575549	.	A	C	1454.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,35:35:99:1483,105,0
12	120581186	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	120581189	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	120589160	.	A	G	1558.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,36:36:99:1587,108,0
12	120606163	.	T	C	198.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:227,18,0
12	120637199	.	G	A	2464.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.948;ClippingRankSum=-1.461;DP=79;FS=2.286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.340;QD=31.20;ReadPosRankSum=1.676	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,62:79:99:2493,0,525
12	120637474	.	C	T	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=15.95;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:76:108,0,76
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12	120882217	.	G	T	384.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=-0.348;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.290;QD=16.03;ReadPosRankSum=0.579	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,11:24:99:413,0,495
12	120884328	.	C	T	230.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=-1.216;DP=20;FS=5.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.228;QD=11.54;ReadPosRankSum=1.064	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,9:20:99:259,0,351
12	120898046	.	C	T	343.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.329;DP=28;FS=1.542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.376;QD=12.28;ReadPosRankSum=-0.517	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,11:28:99:372,0,615
12	120898553	.	A	G	211.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.000;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.589;QD=26.47;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:66:240,0,66
12	120898554	.	A	G	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=-0.684;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.322;QD=9.60;ReadPosRankSum=0.684	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:105,0,267
12	120898631	.	A	G	38.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=-1.270;DP=20;FS=2.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.106;QD=1.94;ReadPosRankSum=2.011	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,3:20:67:67,0,580
12	120898661	.	A	G	138.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=2.055;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.369;QD=8.16;ReadPosRankSum=-0.685	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,5:17:99:167,0,476
12	120898943	.	A	G	563.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.194;ClippingRankSum=-0.521;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.643;QD=23.49;ReadPosRankSum=-1.562	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,16:24:99:592,0,280
12	120898999	.	A	G	179.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:208,15,0
12	120899075	.	A	G	644.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=-0.199;DP=19;FS=3.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=33.94;ReadPosRankSum=0.598	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,17:19:28:673,0,28
12	120899079	.	A	G	123.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.445;ClippingRankSum=-0.289;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.445;QD=5.89;ReadPosRankSum=0.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,5:21:99:152,0,675
12	120900274	.	C	T	477.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.495;ClippingRankSum=-1.826;DP=26;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.157;QD=18.38;ReadPosRankSum=1.363	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,14:26:99:506,0,396
12	120900554	.	T	G	249.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.123;ClippingRankSum=-1.992;DP=21;FS=7.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.109;QD=11.89;ReadPosRankSum=1.847	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,8:21:99:278,0,470
12	120900954	.	A	G	290.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.869;ClippingRankSum=-0.295;DP=28;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.049;QD=10.38;ReadPosRankSum=0.197	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,9:28:99:319,0,724
12	120901266	.	C	T	296.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.303;ClippingRankSum=0.669;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.035;QD=14.13;ReadPosRankSum=-1.444	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,10:21:99:325,0,410
12	120902007	.	T	C	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
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12	120903157	.	A	G	328.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=-0.740;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.109;QD=27.40;ReadPosRankSum=0.370	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,9:12:94:357,0,94
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12	120903329	.	T	C	183.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:212,15,0
12	120907271	.	G	T	1146.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=-1.548;DP=60;FS=9.266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.037;QD=19.11;ReadPosRankSum=1.623	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,32:60:99:1175,0,953
12	120921992	.	C	T	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=15.95;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:76:108,0,76
12	120924638	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
12	120925963	.	A	G	126.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:154,12,0
12	120926319	.	C	G	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
12	120926448	.	T	C	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
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12	120934978	.	G	A	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.988;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.988;QD=14.29;ReadPosRankSum=-0.988	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:114,0,111
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12	121017171	.	A	G	1750.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,41:41:99:1779,123,0
12	121017439	.	A	G	83.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:111,9,0
12	121115016	.	A	G	72.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:100,9,0
12	121115019	.	T	C	72.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:100,9,0
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12	121209540	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
12	121220031	.	G	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
12	121341762	.	C	T	529.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:558,39,0
12	121341849	.	A	G	87.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:115,9,0
12	121341933	.	C	G	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
12	121354852	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
12	121373098	.	A	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
12	121438844	.	T	C	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
12	121439192	.	G	T	74.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=1.537;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=12.46;ReadPosRankSum=-1.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:103,0,110
12	121440731	.	C	T	119.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=-0.365;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.741;QD=11.98;ReadPosRankSum=-0.365	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:148,0,232
12	121441461	.	G	T	245.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.196;ClippingRankSum=-1.427;DP=20;FS=7.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.579;QD=12.29;ReadPosRankSum=1.504	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,8:20:99:274,0,443
12	121454257	.	T	A	200.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.813;ClippingRankSum=-0.583;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.259;QD=16.73;ReadPosRankSum=-0.259	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,6:12:99:229,0,224
12	121458138	.	G	A	157.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.517;ClippingRankSum=0.684;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.956;QD=19.72;ReadPosRankSum=-0.684	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:99:186,0,108
12	121458400	.	C	T	391.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.810;ClippingRankSum=-0.035;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.091;QD=18.66;ReadPosRankSum=0.035	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,11:21:99:420,0,383
12	121471337	.	G	A	164.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=-1.159;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.876;QD=18.31;ReadPosRankSum=1.159	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:193,0,146
12	121653340	.	A	G	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
12	121653347	.	A	G	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:81,6,0
12	121660787	.	T	C	677.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DP=30;FS=1.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.473;QD=22.59;ReadPosRankSum=0.172	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,19:30:99:706,0,379
12	121671133	.	T	A	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
12	121677314	.	G	C	388.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.854;ClippingRankSum=-1.506;DP=24;FS=1.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.348;QD=16.20;ReadPosRankSum=1.448	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,11:24:99:417,0,477
12	121681687	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
12	121682051	.	T	C	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
12	121683920	.	C	T	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
12	121685188	.	T	A	220.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:249,18,0
12	121686078	.	C	T	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:79,0,37
12	121712077	.	T	A	289.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.237;ClippingRankSum=-0.231;DP=14;FS=6.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.003;QD=20.70;ReadPosRankSum=-0.077	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,9:13:46:318,0,46
12	121769729	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.69;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:68:75,0,68
12	121770321	.	T	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
12	121876558	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
12	121878659	.	C	T	407.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=-0.311;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.156;QD=29.13;ReadPosRankSum=0.467	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,11:14:90:436,0,90
12	121880520	.	G	A	248.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=-2.261;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.529;QD=14.63;ReadPosRankSum=2.069	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,8:17:99:277,0,295
12	121881848	.	G	A	240.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=-0.643;DP=24;FS=4.084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.153;QD=10.03;ReadPosRankSum=0.276	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,8:24:99:269,0,606
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12	122079518	.	A	G	95.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.016;DP=45;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.548;QD=2.13;ReadPosRankSum=0.172	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:38,7:45:99:124,0,1321
12	122103419	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	122186268	.	C	T	443.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.409;ClippingRankSum=0.803;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.634;QD=23.36;ReadPosRankSum=2.071	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,12:19:99:472,0,236
12	122186317	.	G	A	171.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.065;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.226;QD=12.27;ReadPosRankSum=-0.323	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,6:14:99:200,0,304
12	122200419	.	C	G	46.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
12	122211808	.	A	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
12	122214836	.	A	G	60.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DP=7;FS=15.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=8.68;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:89:89,0,145
12	122215023	.	G	A	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=7.29;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,102
12	122215150	.	A	G	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.19;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:77:77,0,78
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12	122233375	.	C	T	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=13.96;ReadPosRankSum=-0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:96:112,0,96
12	122233495	.	G	C	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
12	122234089	.	T	A	253.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:282,21,0
12	122234676	.	G	A	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
12	122236427	.	C	A	189.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:218,15,0
12	122237115	.	A	G	275.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:304,21,0
12	122239074	.	C	A	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
12	122239608	.	A	G	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
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12	122261456	.	G	A	233.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=0.289;DP=15;FS=8.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.521;QD=15.58;ReadPosRankSum=0.058	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,7:15:99:262,0,291
12	122261996	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
12	122267218	.	T	C	125.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:153,12,0
12	122269182	.	G	A	170.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.356;ClippingRankSum=-1.743;DP=14;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.356;QD=12.20;ReadPosRankSum=1.485	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,6:14:99:199,0,308
12	122326812	.	T	C	1308.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,33:33:99:1337,99,0
12	122350333	.	G	A	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=13.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:68,0,36
12	122355716	.	C	T	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
12	122359842	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	122359843	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	122392038	.	C	T	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
12	122458637	.	C	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
12	122498332	.	G	T	254.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=-0.209;DP=15;FS=2.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.209;QD=16.98;ReadPosRankSum=0.209	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,8:15:99:283,0,397
12	122498336	.	C	T	123.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=-0.529;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.788;QD=10.31;ReadPosRankSum=0.135	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,5:12:99:152,0,576
12	122617989	.	A	G	312.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=-0.589;DP=11;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.061;QD=28.43;ReadPosRankSum=0.354	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,9:11:50:341,0,50
12	122623000	.	T	C	218.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=1.449;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.630;QD=12.15;ReadPosRankSum=-0.725	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,7:18:99:247,0,418
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12	122630285	.	G	A	196.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=-1.628;DP=16;FS=1.822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.683;QD=12.30;ReadPosRankSum=1.628	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,8:16:99:225,0,267
12	122630909	.	G	A	1249.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:80:1278,80,0
12	122630915	.	C	T	1249.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.605;ClippingRankSum=-1.348;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.605;QD=32.67;ReadPosRankSum=0.963	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,26:27:80:1278,80,0
12	122631208	.	G	T	525.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:554,39,0
12	122631752	.	T	C	304.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.933;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.467;QD=21.77;ReadPosRankSum=-0.933	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,9:14:99:333,0,160
12	122691738	.	C	A	183.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:212,15,0
12	122692820	.	T	C	942.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.190;ClippingRankSum=0.390;DP=54;FS=7.625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.130;QD=17.46;ReadPosRankSum=0.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,26:54:99:971,0,1018
12	122716068	.	G	A	115.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.421;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=14.47;ReadPosRankSum=-0.421	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:144,0,141
12	122716447	.	T	C	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=-1.537;DP=6;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=12.29;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:102,0,117
12	122756184	.	A	T	456.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=-2.260;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.927;QD=19.03;ReadPosRankSum=2.144	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,13:24:99:485,0,385
12	122756342	.	G	A	568.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:597,42,0
12	122756438	.	A	G	208.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.604;ClippingRankSum=-0.393;DP=25;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.635;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.393	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,7:25:99:237,0,693
12	122759884	.	G	A	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
12	122761253	.	C	T	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=10.69;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:71:71,0,79
12	122761710	.	G	T	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:69:78,0,69
12	122765554	.	G	A	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
12	122802567	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
12	122807369	.	A	C	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=14.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:71,0,34
12	122812503	.	G	C	418.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.985;ClippingRankSum=2.246;DP=39;FS=1.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.062;QD=10.74;ReadPosRankSum=-0.308	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,13:38:99:447,0,971
12	122812693	.	G	T	113.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.089;ClippingRankSum=-1.504;DP=37;FS=63.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.681;QD=3.07;ReadPosRankSum=-1.327	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,9:37:99:142,0,2283
12	122812697	.	C	T	113.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.476;ClippingRankSum=-1.784;DP=36;FS=38.281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.549;QD=3.16;ReadPosRankSum=-0.366	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,5:36:99:142,0,2283
12	122826085	.	G	A	100.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=-1.692;DP=31;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.403;QD=3.25;ReadPosRankSum=1.692	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,5:31:99:129,0,1055
12	122970156	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
12	122973666	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	122989412	.	G	A	365.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:394,27,0
12	122991279	.	C	T	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=8.94;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:64:64,0,77
12	123199410	.	G	A	49.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:27:78,0,27
12	123200099	.	T	C	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
12	123200693	.	A	G	229.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:258,18,0
12	123200768	.	T	G	319.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:348,24,0
12	123200937	.	T	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
12	123210757	.	C	T	115.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.159;ClippingRankSum=-0.876;DP=9;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.729;QD=12.86;ReadPosRankSum=0.361	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:144,0,191
12	123211195	.	T	C	20.80	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;ClippingRankSum=1.733;DP=10;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.271;QD=2.08;ReadPosRankSum=-0.898	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:49:49,0,311
12	123211216	.	T	C	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=11.68;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:110,0,156
12	123211270	.	T	C	153.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=21.97;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:64:182,0,64
12	123211401	.	A	G	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.19;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:41:77,0,41
12	123211627	.	T	C	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=14.29;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:114,0,115
12	123211702	.	T	C	38.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=5.54;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:67:67,0,197
12	123211817	.	A	G	574.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:603,42,0
12	123212087	.	T	C	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.898;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=2.88;ReadPosRankSum=-0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:57:57,0,304
12	123212108	.	C	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:74:78,0,74
12	123212291	.	T	C	162.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.684;QD=20.35;ReadPosRankSum=0.956	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:86:191,0,86
12	123212740	.	A	G	242.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.546;DP=10;FS=3.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.546;QD=24.28;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,7:10:99:271,0,106
12	123213236	.	A	G	226.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:255,18,0
12	123213251	.	C	T	125.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=25.15;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:154,0,31
12	123213508	.	T	C	21.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.296;DP=13;FS=3.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=1.68;ReadPosRankSum=-0.691	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:50:50,0,429
12	123243687	.	G	A	140.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:168,12,0
12	123244984	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	123249072	.	G	A	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
12	123254699	.	C	A	1140.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1169,81,0
12	123255058	.	A	G	389.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.084;DP=36;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.554;QD=10.83;ReadPosRankSum=-0.151	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,12:36:99:418,0,953
12	123255733	.	A	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
12	123333065	.	C	T	943.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:972,66,0
12	123336789	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	123341833	.	G	C	186.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:215,15,0
12	123341863	.	G	C	264.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:293,21,0
12	123346971	.	G	A	925.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:954,66,0
12	123350204	.	C	T	1553.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,36:36:99:1582,108,0
12	123354545	.	C	G	137.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:165,12,0
12	123363562	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
12	123363825	.	C	T	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
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12	123641200	.	C	T	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=6.79;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:69:69,0,153
12	123645803	.	G	A	192.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=-0.869;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.869;QD=16.06;ReadPosRankSum=0.869	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,6:12:99:221,0,231
12	123650335	.	C	T	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=13.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:68,0,33
12	123654812	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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12	123741776	.	T	C	451.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:480,33,0
12	123742061	.	G	A	543.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:572,42,0
12	123742093	.	T	G	757.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:59:786,59,0
12	123742563	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
12	123743445	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
12	123743447	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
12	123743674	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
12	123746027	.	T	C	1297.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.484;ClippingRankSum=-1.454;DP=60;FS=7.080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.690;QD=21.63;ReadPosRankSum=2.099	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,35:60:99:1326,0,857
12	123774940	.	G	C	200.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=-1.001;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.203;QD=22.31;ReadPosRankSum=0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:99:229,0,100
12	123776650	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
12	123776749	.	T	C	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,191
12	123779489	.	G	A	220.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.564;ClippingRankSum=-0.549;DP=19;FS=2.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.578;QD=11.62;ReadPosRankSum=0.634	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,7:19:99:249,0,460
12	123798209	.	T	C	445.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=-0.328;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.609;QD=24.76;ReadPosRankSum=0.609	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,12:18:99:474,0,204
12	123799974	.	A	G	356.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.641;ClippingRankSum=0.106;DP=21;FS=7.025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.035;QD=16.99;ReadPosRankSum=1.514	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,10:21:99:385,0,408
12	123810873	.	G	A	69.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=1.214;DP=10;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.546;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.546	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:98:98,0,267
12	123849272	.	C	G	671.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:700,51,0
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12	123849774	.	C	A	108.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:136,12,0
12	123849921	.	T	C	47.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
12	123850168	.	A	G	213.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:242,18,0
12	123850197	.	A	C	128.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:156,12,0
12	123870832	.	A	G	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:74,0,35
12	123870863	.	A	G	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:80,0,37
12	123871717	.	T	C	164.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=-0.322;DP=8;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.956;QD=20.60;ReadPosRankSum=1.517	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:99:193,0,107
12	123872037	.	A	G	117.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.922;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.368;QD=14.72;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:146,0,117
12	123873242	.	C	T	38.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=9.69;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:67:67,0,72
12	123893322	.	C	T	663.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.811;ClippingRankSum=-2.329;DP=35;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.811;QD=18.96;ReadPosRankSum=2.294	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,18:34:99:692,0,584
12	123943536	.	A	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:72:72,0,110
12	123943973	.	A	G	12.77	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=12.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:39,3,0
12	123954822	.	T	C	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
12	123956749	.	A	G	27.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.067;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=3.09;ReadPosRankSum=-0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:56:56,0,265
12	123958937	.	C	T	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.44;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:28:118,0,28
12	123962437	.	A	G	93.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:30:122,0,30
12	123962482	.	C	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
12	124000529	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
12	124002932	.	T	C	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:76:76,0,82
12	124002942	.	T	C	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=23.88;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:76:76,0,82
12	124002978	.	T	C	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=-1.067;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=4.72;ReadPosRankSum=1.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:66:66,0,234
12	124004843	.	C	T	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=20.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:30:110,0,30
12	124004918	.	C	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
12	124005104	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:72:78,0,72
12	124006444	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
12	124006448	.	T	C	11.13	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=3.71;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:24:39,0,24
12	124006841	.	C	T	236.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:265,18,0
12	124006842	.	C	T	236.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:265,18,0
12	124007268	.	T	C	78.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=19.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:107,0,33
12	124007339	.	T	C	172.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=28.80;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:28:201,0,28
12	124007762	.	C	T	358.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:387,27,0
12	124008073	.	A	G	1666.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,39:39:99:1695,117,0
12	124009190	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	124010185	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	124011285	.	C	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
12	124011429	.	T	C	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
12	124013264	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
12	124013306	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
12	124013406	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
12	124016464	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
12	124068504	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	124069213	.	T	C	2124.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,50:50:99:2153,150,0
12	124082240	.	C	A	2375.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,56:56:99:2404,169,0
12	124082863	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
12	124088366	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
12	124088532	.	T	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
12	124089793	.	T	C	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
12	124090453	.	A	G	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
12	124105848	.	A	G	1250.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1279,87,0
12	124107833	.	T	C	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:74,0,37
12	124109884	.	T	C	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:74,0,33
12	124109944	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.69;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:74:75,0,74
12	124146067	.	A	G	30.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.000;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=3.08;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:59:59,0,302
12	124146122	.	A	G	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.589;QD=4.22;ReadPosRankSum=-0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:62:62,0,234
12	124146137	.	A	G	62.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=-1.090;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.778;QD=4.48;ReadPosRankSum=2.335	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,3:14:91:91,0,423
12	124146396	.	A	G	69.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.116;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.665;QD=2.91;ReadPosRankSum=1.278	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,4:24:98:98,0,778
12	124146409	.	A	G	31.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.478;DP=22;FS=6.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.383;QD=1.44;ReadPosRankSum=-0.765	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,3:22:60:60,0,750
12	124146417	.	A	G	245.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.013;ClippingRankSum=-0.444;DP=22;FS=3.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.512;QD=11.17;ReadPosRankSum=0.648	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,8:22:99:274,0,640
12	124209332	.	T	C	717.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:746,51,0
12	124210782	.	T	C	499.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:528,36,0
12	124243707	.	T	C	319.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:348,24,0
12	124244272	.	C	G	217.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:246,18,0
12	124246004	.	G	A	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
12	124410536	.	T	C	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:79,0,37
12	124417184	.	A	G	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
12	124429746	.	G	A	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
12	124430014	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
12	124449951	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
12	124457144	.	G	C	173.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=-1.001;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.001;QD=19.31;ReadPosRankSum=0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:89:202,0,89
12	124463485	.	G	A	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
12	124498969	.	G	A	682.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.458;ClippingRankSum=-0.254;DP=36;FS=1.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.141;QD=18.97;ReadPosRankSum=0.095	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,19:36:99:711,0,640
12	124499882	.	C	T	97.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=-1.076;DP=17;FS=12.797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.623;QD=5.75;ReadPosRankSum=0.962	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,4:17:99:126,0,522
12	124809879	.	T	C	434.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=-0.460;DP=29;FS=17.926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.767;QD=14.99;ReadPosRankSum=-0.767	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,13:29:99:463,0,559
12	124810028	.	C	T	507.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.603;DP=30;FS=3.155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.603;QD=16.93;ReadPosRankSum=-0.769	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,16:30:99:536,0,440
12	124815439	.	T	C	550.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.557;DP=39;FS=7.558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.366;QD=14.12;ReadPosRankSum=-0.907	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,16:36:99:579,0,747
12	124817789	.	A	G	410.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=-0.092;DP=33;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.866;QD=12.45;ReadPosRankSum=0.424	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,13:33:99:439,0,705
12	124821696	.	C	T	779.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=-0.041;DP=40;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.258;QD=19.49;ReadPosRankSum=-0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,22:40:99:808,0,606
12	124829234	.	C	T	949.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:978,69,0
12	124829255	.	A	G	668.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:697,54,0
12	124829303	.	C	T	614.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.347;ClippingRankSum=-1.294;DP=26;FS=9.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.132;QD=23.64;ReadPosRankSum=2.102	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,17:26:99:643,0,285
12	124841675	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
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12	125269692	.	G	C	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.69;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:71:71,0,73
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12	125398733	.	C	T	47.81	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.94;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:20:76,0,20
12	125399167	.	T	C	201.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.387;ClippingRankSum=-1.850;DP=26;FS=3.244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.272;QD=7.76;ReadPosRankSum=1.850	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,7:26:99:230,0,731
12	125431990	.	C	T	568.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:597,42,0
12	125434580	.	C	T	676.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:705,48,0
12	125437019	.	T	C	546.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:575,42,0
12	125437967	.	C	T	191.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:220,15,0
12	125437974	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
12	125438039	.	T	C	129.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:157,12,0
12	125438140	.	C	T	65.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:93,9,0
12	125438516	.	T	C	729.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:51:758,51,0
12	125438523	.	C	T	729.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:51:758,51,0
12	125467158	.	C	T	645.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:674,48,0
12	125511226	.	A	G	27.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.480;DP=10;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=2.78;ReadPosRankSum=0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:56:56,0,311
12	125511571	.	A	G	25.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.107;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=2.15;ReadPosRankSum=0.107	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:54:54,0,390
12	125512289	.	A	G	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.19;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:72:73,0,72
12	125512534	.	A	G	172.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=28.80;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:27:201,0,27
12	125512540	.	A	G	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=-0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=12.63;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:104,0,160
12	125554520	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	126339498	.	C	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
12	127650538	.	A	G	1442.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,33:33:99:1471,99,0
12	127650583	.	T	G	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
12	127650599	.	A	G	85.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:113,9,0
12	127650616	.	G	A	255.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=-0.746;DP=27;FS=7.156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.694;QD=9.47;ReadPosRankSum=0.797	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,9:27:99:284,0,638
12	127650639	.	A	G	1415.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,34:34:99:1444,102,0
12	127650662	.	T	C	586.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:615,42,0
12	127650669	.	A	G	586.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:42:615,42,0
12	127650675	.	G	C	586.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:42:615,42,0
12	129278310	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=-1.083;DP=15;FS=2.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=3.32;ReadPosRankSum=-1.949	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,3:15:78:78,0,442
12	129278864	.	A	G	187.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=-1.059;DP=25;FS=1.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.212;QD=7.51;ReadPosRankSum=1.120	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,7:25:99:216,0,673
12	129281690	.	C	T	46.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
12	129283711	.	G	A	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
12	129287220	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	129293346	.	C	T	426.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.271;ClippingRankSum=-1.023;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.023;QD=18.56;ReadPosRankSum=-0.403	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,13:23:99:455,0,374
12	129296893	.	G	A	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
12	129298735	.	C	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
12	129299385	.	G	A	125.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=1.699;DP=16;FS=5.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.246;QD=7.86;ReadPosRankSum=-1.359	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,5:16:99:154,0,422
12	129299446	.	A	G	184.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.198;ClippingRankSum=0.916;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.057;QD=8.40;ReadPosRankSum=0.211	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,7:22:99:213,0,586
12	130631294	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	130631431	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
12	130636511	.	C	T	85.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:113,9,0
12	130636777	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	130637610	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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12	132383375	.	C	A	89.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:117,9,0
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12	132405523	.	T	C	127.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:155,12,0
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12	132423893	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
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12	132472361	.	C	T	122.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-0.421;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=15.35;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:151,0,148
12	132490820	.	G	A	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=-0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.920;QD=9.97;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:108,0,190
12	132491322	.	A	G	67.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.533;ClippingRankSum=-0.267;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.867;QD=4.84;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,5:14:96:96,0,334
12	132497672	.	G	A	335.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.705;ClippingRankSum=-0.837;DP=23;FS=6.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.589;QD=14.60;ReadPosRankSum=1.085	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,10:23:99:364,0,459
12	132508389	.	A	G	131.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=-0.369;DP=17;FS=4.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.950;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.474	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,5:17:99:160,0,459
12	132512594	.	G	A	142.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=1.098;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.453;QD=14.28;ReadPosRankSum=-1.098	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:171,0,184
12	132527986	.	G	A	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=1.110;DP=15;FS=2.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.979;QD=6.12;ReadPosRankSum=-0.979	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,4:15:99:120,0,406
12	132547438	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	132562126	.	G	A	188.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.278;DP=11;FS=6.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.037;QD=17.16;ReadPosRankSum=-0.597	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,7:11:99:217,0,119
12	132616071	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
12	132621624	.	G	A	251.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.666;ClippingRankSum=-0.762;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=27.97;ReadPosRankSum=0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:52:280,0,52
12	132621754	.	G	A	165.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-1.495;DP=7;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=23.68;ReadPosRankSum=1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:58:194,0,58
12	132623186	.	C	T	16.86	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=4.21;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:45:45,0,66
12	132623473	.	T	C	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=5.11;ReadPosRankSum=-0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:64:64,0,194
12	132624434	.	T	C	307.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=-1.164;DP=16;FS=4.467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.106;QD=19.24;ReadPosRankSum=0.212	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,9:16:99:336,0,246
12	132626425	.	G	A	379.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=-0.228;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.228;QD=18.99;ReadPosRankSum=-0.152	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,11:20:99:408,0,289
12	132632910	.	T	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
12	132671737	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	133019964	.	A	C	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
12	133136791	.	G	T	145.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.657;ClippingRankSum=0.163;DP=16;FS=2.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.813;QD=9.11;ReadPosRankSum=-1.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,6:16:99:174,0,383
12	133139130	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:28:78,0,28
12	133142352	.	G	T	90.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:119,0,34
12	133142376	.	G	A	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:80,0,35
12	133142411	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	133142686	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
12	133142687	.	G	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
12	133148259	.	A	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:9:132,9,0
12	133148266	.	T	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
12	133149471	.	G	A	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.88	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,2:2:36:78,0,36
12	133149478	.	C	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=24.88;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:36:78,0,36
12	133150210	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
12	133153281	.	A	T	132.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:160,12,0
12	133154186	.	C	G	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:31:77,0,31
12	133156187	.	G	A	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
12	133159155	.	A	G	135.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:163,12,0
12	133159330	.	A	T	251.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:280,21,0
12	133159353	.	T	G	262.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:291,21,0
12	133159733	.	C	T	589.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.265;ClippingRankSum=-2.434;DP=30;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.953;QD=19.66;ReadPosRankSum=2.265	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,18:30:99:618,0,349
12	133160238	.	G	C	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:70:70,0,104
12	133161346	.	T	C	165.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=23.68;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:69:194,0,69
12	133200748	.	T	C	355.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:384,27,0
12	133201947	.	T	C	183.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:212,15,0
12	133202004	.	C	T	47.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
12	133208979	.	T	C	186.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:215,15,0
12	133219831	.	T	C	228.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:257,18,0
12	133236000	.	C	T	488.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:517,36,0
12	133257232	.	C	T	155.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=-1.532;DP=11;FS=7.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.143;QD=14.16;ReadPosRankSum=0.717	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,5:11:99:184,0,220
12	133295501	.	T	C	187.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:216,15,0
12	133297904	.	A	G	603.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=-0.251;DP=30;FS=3.372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.214;QD=20.13;ReadPosRankSum=-0.419	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,17:30:99:632,0,470
12	133297921	.	T	C	1035.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1064,75,0
12	133297956	.	A	G	260.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.680;ClippingRankSum=-0.283;DP=35;FS=1.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.132;QD=7.45;ReadPosRankSum=0.547	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,9:35:99:289,0,1496
12	133297966	.	A	G	1052.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=1.501;DP=37;FS=12.225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.265;QD=28.45;ReadPosRankSum=-2.631	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,26:36:99:1081,0,330
12	133297974	.	A	G	215.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=1.155;DP=34;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.113;QD=6.35;ReadPosRankSum=1.197	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,8:33:99:244,0,1418
12	133298016	.	A	G	10.20	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=1.598;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.046;QD=0.44;ReadPosRankSum=-0.502	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,3:23:38:38,0,1268
12	133298019	.	A	G	11.12	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.284;ClippingRankSum=-1.364;DP=26;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.161;QD=0.43;ReadPosRankSum=0.803	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,3:26:39:39,0,1299
12	133298069	.	A	G	121.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.175;ClippingRankSum=-0.875;DP=31;FS=4.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.575;QD=3.93;ReadPosRankSum=-0.525	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,6:31:99:150,0,1274
12	133298095	.	A	G	381.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.380;DP=31;FS=3.180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.100;QD=12.32;ReadPosRankSum=3.143	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,13:31:99:410,0,681
12	133298121	.	A	G	634.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.904;ClippingRankSum=-0.635;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.568;QD=27.60;ReadPosRankSum=1.570	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,16:23:99:663,0,204
12	133298125	.	A	G	25.78	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=-1.059;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.106;QD=1.29;ReadPosRankSum=-0.212	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,3:20:54:54,0,864
12	133298339	.	A	G	701.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=-1.084;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.493;QD=28.49;ReadPosRankSum=0.789	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,13:18:99:730,0,146
12	133298340	.	A	G	74.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.142;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.047;QD=3.74;ReadPosRankSum=-0.709	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,4:20:99:103,0,1392
12	133298349	.	A	G	506.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.286;ClippingRankSum=1.140;DP=28;FS=3.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.073;QD=18.10;ReadPosRankSum=0.510	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,14:27:99:535,0,702
12	133298417	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.237;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=0.948	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,3:18:78:78,0,951
12	133298423	.	A	G	255.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=-0.818;DP=17;FS=2.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.107;QD=15.05;ReadPosRankSum=-0.818	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,8:17:99:284,0,323
12	133298465	.	A	G	34.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.992;ClippingRankSum=1.297;DP=29;FS=4.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.158;QD=1.20;ReadPosRankSum=-0.348	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,4:29:63:63,0,954
12	133298773	.	A	G	1308.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,31:31:93:1337,93,0
12	133298840	.	G	T	43.73	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=-0.550;DP=12;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=3.64;ReadPosRankSum=1.754	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:81:81,0,83
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12	133337805	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
12	133346212	.	A	G	1274.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1303,90,0
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12	133347502	.	T	C	32.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=-0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=4.68;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:61:61,0,192
12	133349175	.	G	A	526.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:555,39,0
12	133349620	.	C	G	411.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:440,30,0
12	133357412	.	T	C	1012.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1041,72,0
12	133359610	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:73:81,0,73
12	133359616	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:73:81,0,73
12	133359834	.	A	C	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
12	133360530	.	T	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
12	133363006	.	G	A	858.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:887,63,0
12	133398165	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	133404828	.	G	A	40.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:68,6,0
12	133417362	.	C	T	368.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:35:397,35,0
12	133417425	.	C	T	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.437;ClippingRankSum=-1.775;DP=13;FS=3.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.268;QD=3.29;ReadPosRankSum=-2.113	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,3:13:71:71,0,331
12	133417789	.	A	G	620.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:649,45,0
12	133430596	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
12	133433173	.	T	C	519.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:548,39,0
12	133498496	.	C	T	316.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:345,24,0
12	133498521	.	G	A	279.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:308,21,0
12	133498857	.	T	C	282.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:311,21,0
12	133519214	.	C	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
12	133563254	.	T	C	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
12	133563333	.	C	G	221.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:250,18,0
12	133565236	.	T	C	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
12	133614339	.	C	T	40.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:68,6,0
12	133614816	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
12	133615863	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	133616966	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
12	133617038	.	A	G	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.44;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:114,0,33
12	133617991	.	G	A	153.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.103;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.336;QD=15.38;ReadPosRankSum=0.676	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:182,0,184
12	133618022	.	G	A	149.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.851;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.336;QD=14.98;ReadPosRankSum=-1.668	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:178,0,193
12	133618038	.	C	T	203.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.568;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=20.38;ReadPosRankSum=-1.866	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,6:10:99:232,0,138
12	133630373	.	C	T	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
12	133634450	.	A	C	487.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:516,36,0
12	133635613	.	T	C	385.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:414,30,0
12	133635970	.	G	C	358.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:387,27,0
12	133636590	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
12	133637875	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
12	133639605	.	T	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
12	133657553	.	T	C	167.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=27.96;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:25:196,0,25
12	133662063	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
12	133671973	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
12	133682655	.	A	G	630.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:659,45,0
12	133683261	.	T	C	483.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:512,36,0
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12	133683628	.	A	T	398.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:427,30,0
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13	19272286	.	C	G	297.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:326,24,0
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13	20246963	.	A	G	68.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.978;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.708;QD=6.25;ReadPosRankSum=-0.566	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:97:97,0,315
13	20247023	.	A	G	122.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=-0.421;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.638;QD=13.64;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:151,0,157
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13	20254252	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
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13	20600095	.	A	G	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
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13	20612236	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
13	20654610	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
13	20761763	.	A	G	238.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:267,18,0
13	20761888	.	C	T	279.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:308,21,0
13	20761973	.	C	A	461.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:490,33,0
13	20762956	.	A	G	710.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:739,51,0
13	20763264	.	C	T	334.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=1.573;DP=16;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.681;QD=20.92;ReadPosRankSum=0.271	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,10:16:99:363,0,204
13	20763341	.	C	T	119.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.787;ClippingRankSum=-0.694;DP=19;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.231;QD=6.30;ReadPosRankSum=0.880	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,5:19:99:148,0,523
13	20764074	.	G	T	177.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:206,15,0
13	20978006	.	A	G	709.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:738,54,0
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13	21728134	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
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13	21732094	.	C	T	184.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:213,15,0
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13	22000905	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
13	22066934	.	G	A	204.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=25.60;ReadPosRankSum=-0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:66:233,0,66
13	22067072	.	T	C	391.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.064;ClippingRankSum=-0.380;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.519;QD=19.59;ReadPosRankSum=0.076	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,11:20:99:420,0,349
13	22067236	.	A	C	249.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=-0.067;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=27.75;ReadPosRankSum=0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:56:278,0,56
13	22071749	.	T	C	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:76,0,37
13	22073227	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
13	22163295	.	T	C	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
13	23411680	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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13	25006525	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
13	25006527	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
13	25008139	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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13	25008588	.	A	G	1226.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1255,87,0
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13	25457207	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
13	25458853	.	T	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
13	25460428	.	A	G	231.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:260,18,0
13	25464075	.	A	G	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
13	25466955	.	T	C	198.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.467;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.583;QD=16.56;ReadPosRankSum=-0.467	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,6:12:99:227,0,227
13	25502309	.	T	C	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
13	25512384	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
13	25515451	.	C	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
13	25516132	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
13	25670851	.	A	G	12.77	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=12.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:39,3,0
13	25671214	.	T	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
13	25671215	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
13	25671755	.	G	A	93.89	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=23.47;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,3:4:2:120,2,0
13	25693242	.	G	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
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13	26795463	.	C	A	1096.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,28:28:83:1125,83,0
13	26857475	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
13	26871757	.	A	G	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
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13	27641693	.	T	C	479.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:508,36,0
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13	27825902	.	T	C	249.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:278,21,0
13	27827447	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
13	27829310	.	G	A	345.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:374,27,0
13	27998769	.	T	C	340.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:369,27,0
13	27999506	.	A	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
13	28002048	.	T	C	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
13	28003362	.	C	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
13	28007750	.	T	C	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
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13	28007891	.	A	G	143.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:171,12,0
13	28009920	.	G	C	888.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:917,63,0
13	28013245	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
13	28015387	.	C	G	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
13	28121707	.	G	A	306.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.267;ClippingRankSum=-0.533;DP=14;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.800;QD=21.91;ReadPosRankSum=0.667	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,9:14:99:335,0,185
13	28143229	.	A	G	491.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:520,36,0
13	28235239	.	G	A	70.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=17.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:27:99,0,27
13	28235252	.	T	C	12.05	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=3.01;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:36:40,0,36
13	28240828	.	A	G	123.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.777;ClippingRankSum=-1.208;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.853;QD=5.16;ReadPosRankSum=1.208	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,5:24:99:152,0,742
13	28519461	.	T	C	90.85	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.71;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:17:119,0,17
13	28519639	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
13	28712743	.	T	C	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.19;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:32:117,0,32
13	28728687	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
13	28769773	.	A	G	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:31:80,0,31
13	28867010	.	T	C	262.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:291,21,0
13	28867180	.	C	T	541.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:570,39,0
13	28867258	.	C	G	279.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.468;ClippingRankSum=-0.965;DP=14;FS=2.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.627;QD=19.98;ReadPosRankSum=-1.365	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,8:14:99:308,0,472
13	28867268	.	C	T	185.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=-0.194;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.226;QD=13.27;ReadPosRankSum=1.097	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,6:14:99:214,0,648
13	29274345	.	C	T	180.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=0.101;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.377;QD=13.91;ReadPosRankSum=-0.101	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,6:13:99:209,0,231
13	29274632	.	T	C	402.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:431,30,0
13	29274633	.	T	C	223.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=-0.278;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.896;QD=20.34;ReadPosRankSum=1.246	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,7:11:99:252,0,130
13	29274654	.	G	C	126.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=1.754;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=18.11;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:155,0,111
13	29275102	.	T	C	298.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:327,24,0
13	29275129	.	C	T	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:78,0,37
13	29275380	.	T	C	241.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=-1.200;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.811;QD=18.60;ReadPosRankSum=1.200	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,7:13:99:270,0,209
13	29291886	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
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13	30090404	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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13	30093042	.	G	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:12:180,12,0
13	30097076	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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13	30154546	.	G	C	89.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:117,9,0
13	30155493	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
13	30162353	.	G	A	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
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13	30340094	.	G	A	496.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:525,36,0
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13	30782099	.	G	T	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
13	30797736	.	G	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
13	31031504	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
13	31031510	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
13	31032074	.	C	G	132.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:160,12,0
13	31036681	.	A	G	372.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:401,27,0
13	31039986	.	T	C	331.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:360,24,0
13	31145516	.	C	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
13	31145518	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
13	31231806	.	T	C	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=9.15;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:74:74,0,108
13	31232966	.	G	A	14.91	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.396;ClippingRankSum=-0.537;DP=12;FS=2.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.322;QD=1.24;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:43:43,0,350
13	31233063	.	G	A	115.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=-0.741;DP=10;FS=2.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.365;QD=11.58;ReadPosRankSum=1.133	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:144,0,216
13	31483536	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
13	31483540	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
13	31483549	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
13	31735759	.	G	A	1034.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,28:28:84:1063,84,0
13	31905641	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
13	32913055	.	A	G	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
13	32915005	.	G	C	172.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:201,15,0
13	32929387	.	T	C	96.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:124,9,0
13	32973439	.	A	G	124.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=20.79;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:62:153,0,62
13	32974022	.	C	A	213.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:242,18,0
13	32974062	.	A	G	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:79,0,35
13	32974288	.	T	A	190.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:219,15,0
13	33017043	.	T	C	139.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:167,12,0
13	33091253	.	C	G	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=17.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:67:115,0,67
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13	36423167	.	T	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
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13	37414468	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
13	37414470	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
13	37414471	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
13	37414473	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
13	37414476	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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13	37583831	.	G	A	529.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=-2.119;DP=28;FS=11.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.013;QD=18.92;ReadPosRankSum=2.441	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,15:28:99:558,0,474
13	37598113	.	A	G	182.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:211,15,0
13	38923994	.	C	T	187.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.191;ClippingRankSum=0.259;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.467;QD=15.65;ReadPosRankSum=-0.583	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,6:12:99:216,0,195
13	38932648	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
13	38932949	.	A	G	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
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13	39585178	.	C	T	418.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.954;ClippingRankSum=-0.708;DP=23;FS=1.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.215;QD=18.21;ReadPosRankSum=0.523	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,12:23:99:447,0,406
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13	40229957	.	T	A	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.000;ClippingRankSum=-1.333;DP=14;FS=5.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.267;QD=6.27;ReadPosRankSum=-0.800	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,5:14:99:116,0,332
13	40257420	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
13	40325310	.	C	T	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=7.55;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:66:66,0,98
13	40326282	.	A	G	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=-0.937;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.25;ReadPosRankSum=1.754	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:114,0,145
13	41030595	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
13	41133080	.	A	G	71.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=17.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:31:100,0,31
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13	41384156	.	A	G	274.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.533;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.991;QD=21.14;ReadPosRankSum=0.533	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,8:13:99:303,0,168
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13	41950643	.	A	C	468.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:497,36,0
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13	42814315	.	G	A	273.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:302,21,0
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13	42816718	.	G	T	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:68:68,0,152
13	42893784	.	A	G	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-1.580;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.895;QD=7.68;ReadPosRankSum=1.386	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:105,0,242
13	43635730	.	A	G	175.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:204,15,0
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13	45605029	.	A	G	10.20	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.10;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:38:38,0,38
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13	49883314	.	A	G	96.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:124,9,0
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13	49884442	.	C	G	30.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=5.13;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:59:59,0,154
13	49951142	.	T	C	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=6.63;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:68:68,0,161
13	49951193	.	T	C	161.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.159;ClippingRankSum=-0.361;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=17.97;ReadPosRankSum=-1.159	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:190,0,152
13	50018860	.	A	G	229.80	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.747;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.747;QD=28.73;ReadPosRankSum=-0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:21:258,0,21
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13	50080847	.	A	G	395.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:424,30,0
13	50097979	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:81,0,33
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13	50107918	.	T	A	144.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.135;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.689;QD=12.06;ReadPosRankSum=0.244	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,5:12:99:173,0,265
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13	50134150	.	A	G	203.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=-0.717;DP=11;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.143;QD=18.52;ReadPosRankSum=-0.143	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,6:11:99:232,0,182
13	50141345	.	G	A	105.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.300;ClippingRankSum=0.937;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=15.11;ReadPosRankSum=-0.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:134,0,115
13	50141362	.	G	A	186.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=-0.452;DP=14;FS=5.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.065;QD=13.34;ReadPosRankSum=-0.839	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,6:14:99:215,0,297
13	50240565	.	A	G	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
13	50273970	.	C	T	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=-1.221;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.322;QD=10.35;ReadPosRankSum=1.221	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:111,0,195
13	50275349	.	T	A	10.17	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.026;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=1.45;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:99:125,0,111
13	50283819	.	T	C	936.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.441;DP=30;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.233;QD=31.23;ReadPosRankSum=-0.441	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,24:30:99:965,0,173
13	50296115	.	C	T	734.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:763,57,0
13	50487313	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
13	50487444	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
13	50488855	.	C	A	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
13	50568374	.	T	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
13	50570046	.	C	T	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
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13	52340750	.	A	G	495.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:524,36,0
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13	52359769	.	T	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
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13	52605675	.	A	G	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.19;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:71:73,0,71
13	52707240	.	C	G	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=4.47;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:64:64,0,224
13	52709938	.	A	C	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=-0.988;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=14.13;ReadPosRankSum=0.988	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:113,0,110
13	52712881	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
13	52712892	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
13	52987477	.	G	C	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
13	52989863	.	C	T	105.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=-0.849;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.620;QD=8.14;ReadPosRankSum=0.849	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,4:13:99:134,0,338
13	53035783	.	T	C	902.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:931,66,0
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13	53217270	.	A	G	90.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=18.15;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:75:119,0,75
13	53226444	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
13	53262175	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
13	53266210	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
13	53273570	.	C	T	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
13	53274627	.	T	C	25.75	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=12.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:53,6,0
13	55761771	.	T	C	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
13	55803817	.	A	G	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
13	55866472	.	G	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
13	55927523	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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13	73282735	.	T	C	319.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:348,24,0
13	73283057	.	G	C	187.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:216,15,0
13	73283184	.	A	G	405.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:434,30,0
13	73284411	.	A	T	328.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=-1.701;DP=20;FS=1.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.945;QD=16.44;ReadPosRankSum=1.852	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,10:20:99:357,0,358
13	73301728	.	T	C	577.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:606,42,0
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13	75860804	.	C	A	326.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:355,24,0
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13	75936519	.	C	G	708.88	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=-1.387;DP=20;FS=5.229;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.173;QD=27.81;ReadPosRankSum=1.561	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,19:20:16:737,16,0
13	76055602	.	G	A	104.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.638;ClippingRankSum=0.000;DP=8;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=13.10;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:133,0,150
13	76056165	.	T	C	183.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:212,15,0
13	76101080	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
13	76101135	.	C	T	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
13	76111921	.	C	T	209.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=-2.187;DP=46;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.083;QD=4.56;ReadPosRankSum=0.637	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:37,9:46:99:238,0,1433
13	76172434	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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13	76334882	.	G	A	71.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.300;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=10.25;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:100,0,157
13	76360597	.	A	G	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
13	76378459	.	T	C	1104.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1133,78,0
13	76383408	.	A	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
13	76391057	.	T	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
13	76409436	.	A	G	414.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.926;ClippingRankSum=-0.906;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.680;QD=25.92;ReadPosRankSum=1.133	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,11:16:99:443,0,170
13	76423248	.	T	C	1164.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,28:28:84:1193,84,0
13	77454481	.	A	G	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:30:118,0,30
13	77456096	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:68:78,0,68
13	77456126	.	T	A	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.19;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:68:73,0,68
13	77456963	.	G	A	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
13	77579863	.	C	T	552.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:39:581,39,0
13	77579867	.	C	T	552.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:39:581,39,0
13	77579878	.	A	T	241.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:270,18,0
13	77579879	.	A	T	241.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:270,18,0
13	77579894	.	C	T	236.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:265,18,0
13	77579932	.	C	T	537.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:566,39,0
13	77579996	.	C	A	527.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:556,39,0
13	77580016	.	T	A	421.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:450,30,0
13	77580017	.	T	A	421.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:450,30,0
13	77580018	.	T	A	421.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:450,30,0
13	77738664	.	A	G	189.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:218,15,0
13	78146301	.	C	T	499.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:528,39,0
13	78216873	.	A	G	282.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.193;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.965;QD=20.20;ReadPosRankSum=-0.193	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,8:14:99:311,0,219
13	79188534	.	T	A	231.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:260,18,0
13	79208414	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
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13	95673518	.	T	C	220.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:249,18,0
13	95673791	.	A	C	182.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:211,15,0
13	95713067	.	C	T	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
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13	95726541	.	A	G	185.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:214,15,0
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13	97996002	.	C	G	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
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13	98002508	.	G	A	84.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:112,9,0
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13	98675641	.	C	A	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:72:72,0,111
13	98675951	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:81,0,36
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13	100147082	.	G	T	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
13	100172347	.	A	C	777.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.629;ClippingRankSum=-2.275;DP=40;FS=1.278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.108;QD=19.44;ReadPosRankSum=2.167	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,21:40:99:806,0,662
13	100212614	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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13	100721727	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
13	100727921	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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13	101179012	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
13	101256563	.	T	A	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=17.95;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:75:118,0,75
13	101287340	.	C	T	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.956;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.517;QD=5.85;ReadPosRankSum=0.684	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:75:75,0,182
13	101287365	.	T	C	339.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:368,27,0
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13	101318136	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
13	101322622	.	G	C	201.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=-0.387;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.466;QD=18.34;ReadPosRankSum=2.637	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,6:11:99:230,0,177
13	101323548	.	G	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
13	101326050	.	C	T	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
13	102368056	.	G	T	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
13	103247624	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
13	103275386	.	T	C	573.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:602,42,0
13	103301537	.	G	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
13	103306987	.	C	T	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
13	103307218	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
13	103308126	.	G	A	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
13	103326313	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
13	103330718	.	G	A	268.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:297,21,0
13	103443665	.	T	C	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
13	103473070	.	A	G	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
13	103493180	.	A	G	274.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:303,21,0
13	103493487	.	T	C	192.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:221,15,0
13	103493825	.	C	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
13	103504517	.	T	C	541.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:570,39,0
13	103509668	.	A	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
13	103527849	.	G	C	659.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:688,48,0
13	103527930	.	G	C	692.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:721,51,0
13	103528337	.	G	A	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
13	106008978	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
13	106617233	.	C	A	34.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=11.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:26:63,0,26
13	106617290	.	A	T	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
13	106636981	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
13	106637090	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
13	106638210	.	C	A	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
13	106644450	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
13	106650685	.	C	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
13	106655274	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
13	106698923	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
13	106699643	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
13	106711250	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
13	106740243	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
13	106842969	.	C	A	140.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:168,12,0
13	106866218	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
13	107144320	.	G	A	451.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:480,33,0
13	107145463	.	G	C	232.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:261,18,0
13	107210841	.	T	C	312.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=-0.264;DP=28;FS=1.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.168;QD=11.17;ReadPosRankSum=0.216	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,10:28:99:341,0,658
13	108261496	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
13	108882748	.	A	G	38.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:66,6,0
13	109917855	.	T	C	487.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:516,36,0
13	109917882	.	G	A	368.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:397,30,0
13	109918215	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
13	109920048	.	G	A	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
13	109921329	.	G	T	241.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:270,18,0
13	109921748	.	G	T	708.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:737,51,0
13	109922427	.	C	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
13	109922574	.	T	C	286.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:315,21,0
13	109922641	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
13	109922970	.	A	G	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
13	109925021	.	C	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
13	110407815	.	C	A	283.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:312,21,0
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13	110440288	.	G	A	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
13	110850842	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,116
13	111154058	.	T	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
13	111154061	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
13	111164955	.	C	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
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13	111165265	.	G	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
13	111166307	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
13	111176393	.	A	G	1085.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1114,78,0
13	111177672	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
13	111181695	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
13	111193470	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
13	111221681	.	C	T	43.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=14.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:27:72,0,27
13	111279817	.	A	G	467.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=-0.326;DP=21;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.905;QD=22.27;ReadPosRankSum=-0.181	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,13:21:99:496,0,293
13	111298392	.	A	G	68.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=-1.294;DP=12;FS=6.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.370;QD=5.73;ReadPosRankSum=0.740	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,3:12:97:97,0,343
13	111300799	.	A	G	96.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:124,9,0
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13	111303200	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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13	111315489	.	A	G	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
13	111315506	.	A	C	223.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:252,18,0
13	111316043	.	G	C	140.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:168,12,0
13	111316061	.	C	T	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
13	111316590	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
13	111318160	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
13	111319754	.	T	C	511.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:540,36,0
13	111328728	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
13	111330500	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
13	111340101	.	T	A	12.05	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=0.397;DP=16;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.238;QD=0.75;ReadPosRankSum=-0.397	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,2:16:40:40,0,530
13	111372392	.	T	A	563.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:592,42,0
13	111517703	.	A	G	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
13	111517761	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
13	111518397	.	T	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
13	111520359	.	A	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
13	111531264	.	C	T	541.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.382;ClippingRankSum=0.046;DP=28;FS=3.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.138;QD=19.35;ReadPosRankSum=0.184	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,15:28:99:570,0,485
13	111531483	.	G	A	315.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.291;ClippingRankSum=-0.290;DP=26;FS=20.225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.186;QD=12.14;ReadPosRankSum=0.343	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,10:26:99:344,0,615
13	111531742	.	A	G	739.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=-0.950;DP=35;FS=3.084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.683;QD=21.14;ReadPosRankSum=1.183	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,20:35:99:768,0,555
13	111531885	.	C	A	137.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.713;ClippingRankSum=-0.324;DP=19;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.139;QD=7.25;ReadPosRankSum=0.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,5:19:99:166,0,537
13	111532673	.	G	A	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
13	111533338	.	A	G	238.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:267,18,0
13	111540560	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.75;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:72:72,0,85
13	111547130	.	T	C	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:69:69,0,151
13	111547210	.	T	C	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=17.55;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:76:116,0,76
13	111548261	.	C	T	219.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=-0.238;DP=20;FS=8.022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.634;QD=10.99;ReadPosRankSum=-0.079	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,7:20:99:248,0,514
13	111549458	.	T	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,202
13	111549545	.	T	C	22.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=1.086;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.493;QD=1.75;ReadPosRankSum=-1.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:51:51,0,424
13	111549730	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
13	111549790	.	C	T	66.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.221;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:95:95,0,183
13	111550791	.	C	T	207.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.610;ClippingRankSum=0.146;DP=17;FS=1.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.830;QD=12.22;ReadPosRankSum=-0.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,7:17:99:236,0,400
13	111551920	.	T	C	127.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.017;ClippingRankSum=-0.421;DP=8;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.638;QD=15.97;ReadPosRankSum=0.421	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:156,0,149
13	111551995	.	C	T	220.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.33	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:249,18,0
13	111552119	.	G	A	194.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=-0.583;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.073;QD=16.23;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,6:12:99:223,0,220
13	111552341	.	T	C	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=17.95;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:73:118,0,73
13	111553839	.	A	T	125.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:153,12,0
13	111553865	.	C	G	165.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=23.68;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:60:194,0,60
13	111554225	.	T	A	185.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:214,15,0
13	111554496	.	A	T	123.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=20.63;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:67:152,0,67
13	111555363	.	C	A	220.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.568;ClippingRankSum=-0.365;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.633;QD=22.08;ReadPosRankSum=1.447	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:249,0,422
13	111555372	.	A	G	220.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.825;DP=11;FS=2.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.143;QD=20.07;ReadPosRankSum=-1.532	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,6:11:99:249,0,422
13	111555592	.	G	A	220.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.164;ClippingRankSum=-1.588;DP=16;FS=14.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.741;QD=13.80;ReadPosRankSum=1.694	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,7:16:99:249,0,350
13	111556343	.	A	T	150.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=-0.922;DP=16;FS=4.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.380;QD=9.42;ReadPosRankSum=1.139	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,6:16:99:179,0,373
13	111557167	.	C	T	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
13	111557169	.	G	A	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
13	111557399	.	G	A	143.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=0.133;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.533;QD=10.27;ReadPosRankSum=-0.133	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,5:14:99:172,0,354
13	111557849	.	A	C	184.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:213,15,0
13	111567385	.	T	C	72.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=-0.937;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.40;ReadPosRankSum=0.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:101,0,147
13	111620931	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
13	111626572	.	A	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
13	111632810	.	G	T	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:74,0,37
13	111633149	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
13	111729614	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
13	111729615	.	G	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
13	111729620	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
13	111806245	.	A	G	81.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:109,9,0
13	111858103	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
13	111858432	.	G	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
13	111860080	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
13	111870037	.	T	C	1013.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1042,75,0
13	111900740	.	C	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
13	111933098	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
13	111934624	.	A	G	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
13	111934888	.	T	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
13	111955465	.	T	C	454.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:483,33,0
13	111955907	.	T	C	362.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:391,27,0
13	111956103	.	A	G	434.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:463,33,0
13	111957869	.	G	A	612.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:641,48,0
13	111997654	.	T	C	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
13	113139568	.	G	A	576.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:605,42,0
13	113479813	.	G	A	145.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.473;ClippingRankSum=0.000;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.020;QD=9.11;ReadPosRankSum=0.566	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,5:16:99:174,0,346
13	113479820	.	A	G	611.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:640,45,0
13	113508839	.	G	C	166.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=1.307;DP=13;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.876;QD=12.83;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:195,0,141
13	113530199	.	G	A	325.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=-1.120;DP=15;FS=5.426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.648;QD=21.72;ReadPosRankSum=0.884	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,9:15:99:354,0,221
13	113532076	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
13	113533113	.	G	A	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
13	113534043	.	C	T	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
13	113534613	.	G	A	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=7.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:65:65,0,72
13	113535630	.	T	C	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
13	113535742	.	A	G	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
13	113536467	.	G	A	140.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.676;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.470;QD=14.08;ReadPosRankSum=-0.676	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:169,0,182
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13	113735566	.	C	T	166.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=27.80;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:26:195,0,26
13	113751275	.	C	G	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
13	113751776	.	G	C	138.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:166,12,0
13	113752057	.	A	T	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=17.55;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:70:116,0,70
13	113830781	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
13	113837871	.	C	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
13	113838015	.	A	G	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
13	113842232	.	G	A	184.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=-0.825;DP=11;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.825;QD=16.80;ReadPosRankSum=0.825	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,6:11:99:213,0,162
13	113845059	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
13	113858321	.	G	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
13	113878182	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
13	113887032	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
13	113887173	.	C	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
13	113889474	.	C	T	184.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:213,15,0
13	113905158	.	T	C	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
13	113907190	.	T	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
13	113910857	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
13	113913829	.	G	T	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
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13	113977566	.	A	T	1370.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,32:32:96:1399,96,0
13	113978969	.	G	A	356.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:34:447,34,0
13	113980587	.	G	A	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:74,0,36
13	113990845	.	G	A	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:76,6,0
13	113990849	.	G	A	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:76,6,0
13	113990859	.	G	A	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
13	113991282	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
13	113996931	.	C	T	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
13	114005529	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
13	114006285	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
13	114007722	.	C	T	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
13	114007996	.	T	C	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
13	114013120	.	T	C	136.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:164,12,0
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13	114083316	.	C	T	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=8.69;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:59:63,0,59
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13	114184695	.	A	C	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:79,0,37
13	114188114	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
13	114292538	.	C	G	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
13	114502416	.	T	C	89.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:117,9,0
13	114515105	.	T	C	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
13	114524944	.	A	G	220.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.212;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.635;QD=13.80;ReadPosRankSum=1.059	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,7:16:99:249,0,330
13	114530114	.	G	A	219.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=-2.264;DP=18;FS=1.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.177;QD=12.21;ReadPosRankSum=0.906	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,7:18:99:248,0,430
13	114531565	.	C	G	295.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=-0.228;DP=20;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.140;QD=14.79;ReadPosRankSum=0.228	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,9:20:99:324,0,402
13	114553134	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
13	114562533	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
13	114565714	.	C	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
13	114748139	.	A	G	150.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=-0.470;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.103;QD=15.08;ReadPosRankSum=1.098	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:179,0,178
13	114762917	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
13	114780764	.	A	G	203.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=29.11;ReadPosRankSum=-0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:25:232,0,25
13	115010254	.	C	T	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
13	115049758	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
14	19045283	.	G	T	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:32:39,0,32
14	19045285	.	G	A	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=11.12	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,1:1:32:39,0,32
14	19047344	.	A	G	96.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:124,9,0
14	19886608	.	C	A	352.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:381,27,0
14	19887086	.	T	C	22.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=-0.493;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.099;QD=1.75;ReadPosRankSum=0.099	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:51:51,0,419
14	19888186	.	C	T	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=5.40;ReadPosRankSum=1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:66:66,0,197
14	19890214	.	T	C	355.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=-1.099;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.606;QD=27.37;ReadPosRankSum=0.930	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,10:13:77:384,0,77
14	19891073	.	A	G	61.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.794;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.217;QD=4.12;ReadPosRankSum=-0.072	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,3:15:90:90,0,1238
14	19891083	.	C	T	61.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=1.708;DP=11;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=5.62;ReadPosRankSum=-2.262	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:90:90,0,1238
14	19892774	.	T	G	181.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:210,15,0
14	20738066	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	20755342	.	G	A	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
14	20756887	.	T	C	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
14	20757804	.	C	A	766.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=0.694;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.347;QD=32.17;ReadPosRankSum=-1.561	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,19:20:18:795,18,0
14	20783473	.	T	C	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
14	20787961	.	A	G	13.72	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:40,3,0
14	20796878	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
14	20797836	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
14	20823534	.	A	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
14	20824181	.	T	C	785.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=-0.780;DP=34;FS=8.544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.673;QD=23.11;ReadPosRankSum=0.496	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,21:34:99:814,0,443
14	20825013	.	C	T	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
14	20825362	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
14	20825965	.	A	C	966.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:995,69,0
14	20834425	.	T	C	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=1.300;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=12.54;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:116,0,103
14	20834436	.	T	C	286.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:315,21,0
14	20834437	.	T	C	286.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=38.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:315,21,0
14	20834461	.	T	C	66.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=8.35;ReadPosRankSum=-0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:95:95,0,312
14	20834467	.	T	C	357.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:27:386,27,0
14	20834471	.	T	C	65.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=-0.546;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.546;QD=6.58;ReadPosRankSum=0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:94:94,0,366
14	20834492	.	T	C	69.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DP=12;FS=6.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.925;QD=5.81;ReadPosRankSum=1.109	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,3:12:98:98,0,348
14	20834548	.	A	G	446.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:475,33,0
14	20834809	.	A	G	589.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:42:618,42,0
14	20834817	.	T	C	589.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:42:618,42,0
14	20835096	.	T	C	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.322;QD=9.97;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:108,0,223
14	20835121	.	T	C	13.95	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.532;ClippingRankSum=0.825;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.118;QD=1.27;ReadPosRankSum=0.118	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:42:42,0,621
14	20835139	.	T	C	20.80	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.589;QD=2.60;ReadPosRankSum=-0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:49:49,0,451
14	20835167	.	T	C	25.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=4.30;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:54:54,0,283
14	20835178	.	T	C	68.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=9.82;ReadPosRankSum=-0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:97:97,0,284
14	20835186	.	T	C	74.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=-0.573;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.573;QD=8.31;ReadPosRankSum=0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:103,0,227
14	20835190	.	T	C	156.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.453;ClippingRankSum=0.470;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.098;QD=15.68;ReadPosRankSum=0.103	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:185,0,308
14	20835340	.	T	C	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.573;DP=9;FS=13.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=8.53;ReadPosRankSum=1.683	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:105,0,235
14	20835357	.	T	C	58.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.479;ClippingRankSum=2.034;DP=12;FS=2.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.109;QD=4.90;ReadPosRankSum=-1.294	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,3:12:87:87,0,355
14	20835387	.	T	C	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=17.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:59:115,0,59
14	20836035	.	T	C	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:79,6,0
14	20836040	.	T	C	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
14	20836041	.	T	C	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
14	20852029	.	A	G	351.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:380,27,0
14	20852817	.	G	A	747.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:776,54,0
14	20854734	.	A	G	402.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:431,30,0
14	20863677	.	C	A	652.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:681,48,0
14	20872881	.	G	T	234.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.529;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.309;QD=19.56;ReadPosRankSum=-0.689	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,7:12:99:263,0,184
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14	21229498	.	A	G	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
14	21229802	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
14	21485506	.	T	C	279.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.943;ClippingRankSum=-1.313;DP=16;FS=1.822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.473;QD=17.49;ReadPosRankSum=0.893	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,8:16:99:308,0,301
14	21510975	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	21511458	.	G	C	405.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:434,30,0
14	21511497	.	C	T	450.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:479,36,0
14	21511789	.	G	A	211.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:240,18,0
14	21513536	.	A	C	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
14	21549893	.	G	C	455.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:484,36,0
14	21551058	.	G	A	690.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:719,51,0
14	21551069	.	T	C	720.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:749,51,0
14	21554243	.	A	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
14	21558558	.	G	C	701.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:730,51,0
14	21564434	.	T	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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14	21669922	.	G	A	214.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:243,18,0
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14	21673784	.	T	C	70.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:98,9,0
14	21675738	.	A	G	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
14	21677694	.	T	C	408.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.536;ClippingRankSum=0.091;DP=18;FS=4.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.906;QD=22.71;ReadPosRankSum=-0.272	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,11:18:99:437,0,245
14	21681419	.	C	T	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
14	21703464	.	A	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
14	21704661	.	A	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
14	21733457	.	A	G	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:31:76,0,31
14	21819061	.	G	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
14	21820029	.	A	C	1825.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,43:43:99:1854,129,0
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14	21871653	.	C	T	601.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:630,45,0
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14	21928945	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=9.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,121
14	21938784	.	G	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
14	21940730	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	21955930	.	G	A	175.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:204,15,0
14	21960816	.	T	C	1482.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,35:35:99:1511,105,0
14	21960969	.	G	A	1905.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,45:45:99:1934,135,0
14	21969672	.	A	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
14	21970410	.	A	G	128.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:156,12,0
14	21975049	.	T	C	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
14	21976052	.	C	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:31:81,0,31
14	21977497	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	23044002	.	G	T	2773.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,64:64:99:2802,193,0
14	23052377	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
14	23058084	.	A	G	1806.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,43:43:99:1835,129,0
14	23067931	.	C	T	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
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14	23071623	.	G	A	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:81,0,35
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14	23075116	.	C	T	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
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14	23079730	.	A	G	25.75	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=12.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:53,6,0
14	23080679	.	A	G	2177.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,51:51:99:2206,154,0
14	23081223	.	T	C	359.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:388,27,0
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14	23081528	.	G	A	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.69;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:71:75,0,71
14	23236511	.	C	T	611.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.050;ClippingRankSum=0.897;DP=46;FS=2.612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.183;QD=13.30;ReadPosRankSum=-1.252	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,20:46:99:640,0,939
14	23236524	.	C	T	1844.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,44:44:99:1873,132,0
14	23237593	.	G	A	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=14.29;ReadPosRankSum=-0.988	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:114,0,113
14	23237661	.	G	C	125.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=20.96;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:70:154,0,70
14	23237835	.	C	T	129.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:157,12,0
14	23238381	.	C	T	225.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.33	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:254,18,0
14	23239512	.	A	G	228.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=-0.529;DP=12;FS=6.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.000;QD=19.06;ReadPosRankSum=0.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,7:12:99:257,0,179
14	23239880	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
14	23240328	.	T	A	974.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=1.473;DP=63;FS=19.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.362;QD=15.47;ReadPosRankSum=-0.450	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:35,28:63:99:1003,0,1332
14	23241027	.	C	G	391.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:420,30,0
14	23241426	.	C	T	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
14	23299135	.	G	T	472.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.631;ClippingRankSum=-0.610;DP=36;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.123;QD=13.13;ReadPosRankSum=1.348	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,15:36:99:501,0,794
14	23299286	.	T	C	916.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.390;ClippingRankSum=0.275;DP=65;FS=1.101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.395;QD=14.10;ReadPosRankSum=-0.716	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:39,26:65:99:945,0,1501
14	23303641	.	A	C	461.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=-0.713;DP=23;FS=10.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.837;QD=20.08;ReadPosRankSum=0.713	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,13:23:99:490,0,353
14	23304094	.	G	A	352.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.796;DP=15;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.143;QD=23.52;ReadPosRankSum=-0.796	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,10:15:99:381,0,164
14	23304416	.	A	C	44.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.93;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:26:73,0,26
14	23315331	.	T	C	896.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:925,69,0
14	23347628	.	A	T	1361.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,32:32:96:1390,96,0
14	23347793	.	G	A	896.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:925,66,0
14	23359609	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
14	23365274	.	T	C	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
14	23371055	.	G	C	556.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.137;DP=37;FS=7.143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.716;QD=15.05;ReadPosRankSum=1.204	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,17:37:99:585,0,711
14	23372913	.	G	A	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
14	23374435	.	G	A	1485.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,35:35:99:1514,105,0
14	23374862	.	C	T	876.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:905,63,0
14	23388326	.	A	C	879.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:908,66,0
14	23419036	.	C	T	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
14	23426182	.	C	A	688.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:717,54,0
14	23438852	.	T	C	12.05	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=-2.282;DP=14;FS=4.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.639;QD=0.86;ReadPosRankSum=0.274	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:40:40,0,486
14	23438855	.	T	C	12.99	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=-0.091;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.274;QD=0.93;ReadPosRankSum=1.187	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:41:41,0,524
14	23439092	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:34:39,0,34
14	23439100	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=11.12	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,1:1:34:39,0,34
14	23439389	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,220
14	23439390	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,220
14	23439772	.	T	C	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.988;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=13.96;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:98:112,0,98
14	23439784	.	T	C	131.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=21.96;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:66:160,0,66
14	23439785	.	T	C	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=7.13;ReadPosRankSum=-1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:71:71,0,237
14	23440735	.	T	C	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=-0.043;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.894;QD=3.35;ReadPosRankSum=-0.128	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,4:22:99:102,0,712
14	23440750	.	T	C	339.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.414;ClippingRankSum=-0.194;DP=25;FS=1.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.250;QD=13.59;ReadPosRankSum=1.914	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,10:25:99:368,0,564
14	23441376	.	T	C	161.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=-0.439;DP=60;FS=1.232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.344;QD=2.70;ReadPosRankSum=-1.318	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:49,11:60:99:190,0,3637
14	23441379	.	T	C	141.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=-1.003;DP=59;FS=1.476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.214;QD=2.40;ReadPosRankSum=0.552	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:50,8:58:99:170,0,2493
14	23441380	.	T	C	211.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.982;ClippingRankSum=-0.010;DP=60;FS=1.353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.625;QD=3.53;ReadPosRankSum=-1.319	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:50,10:60:99:240,0,2162
14	23441395	.	T	C	357.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=-0.148;DP=54;FS=4.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.839;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.069	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:40,14:54:99:386,0,2573
14	23441437	.	T	C	59.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.342;ClippingRankSum=-0.072;DP=58;FS=3.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.215;QD=1.03;ReadPosRankSum=0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:51,7:58:88:88,0,5832
14	23441439	.	T	C	792.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.205;ClippingRankSum=0.893;DP=58;FS=5.372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.041;QD=13.67;ReadPosRankSum=1.729	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:35,22:57:99:821,0,1848
14	23441442	.	T	C	282.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.557;ClippingRankSum=-2.374;DP=56;FS=2.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.785;QD=5.05;ReadPosRankSum=2.333	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:43,12:55:99:311,0,3935
14	23441443	.	T	C	691.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.286;ClippingRankSum=-1.822;DP=58;FS=13.095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.033;QD=11.93;ReadPosRankSum=2.021	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:39,19:58:99:720,0,1419
14	23441476	.	T	C	3857.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=-0.955;DP=57;FS=1.396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.248;QD=29.25;ReadPosRankSum=-0.283	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,47:57:99:3886,0,121
14	23441485	.	T	C	13.95	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.467;ClippingRankSum=-0.113;DP=60;FS=1.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.063;QD=0.23;ReadPosRankSum=-0.564	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:53,6:59:42:42,0,3006
14	23442028	.	T	C	729.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=2.222;DP=65;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.768;QD=11.23;ReadPosRankSum=-0.578	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:41,24:65:99:758,0,2212
14	23442051	.	T	C	295.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=-0.499;DP=53;FS=9.559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.096;QD=5.58;ReadPosRankSum=0.818	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:41,12:53:99:324,0,2131
14	23442114	.	T	C	1965.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.375;ClippingRankSum=-0.749;DP=47;FS=6.895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.271;QD=28.16;ReadPosRankSum=1.706	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,41:47:99:1994,0,300
14	23442115	.	T	C	1965.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.823;ClippingRankSum=-0.953;DP=46;FS=4.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.071;QD=33.38;ReadPosRankSum=1.165	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,41:46:99:1994,0,300
14	23442116	.	T	C	162.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=0.066;DP=51;FS=17.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.093;QD=3.19;ReadPosRankSum=0.648	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:42,8:50:99:191,0,2485
14	23442122	.	T	C	551.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.887;ClippingRankSum=0.428;DP=56;FS=1.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=9.85;ReadPosRankSum=0.499	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:39,17:56:99:580,0,1994
14	23442135	.	T	C	32.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=-1.023;DP=60;FS=4.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=0.55;ReadPosRankSum=0.653	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:54,6:60:61:61,0,3016
14	23442141	.	T	C	498.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=2.469;DP=61;FS=1.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.764;QD=8.18;ReadPosRankSum=-1.408	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:44,17:61:99:527,0,2726
14	23442148	.	T	C	754.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.788;ClippingRankSum=0.818;DP=50;FS=6.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.182;QD=15.10;ReadPosRankSum=0.939	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,21:49:99:783,0,2184
14	23442149	.	T	C	1435.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=-0.607;DP=48;FS=7.711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.202;QD=29.91;ReadPosRankSum=0.798	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,36:48:99:1464,0,389
14	23442150	.	T	C	1325.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.870;ClippingRankSum=0.623;DP=49;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.886;QD=27.06;ReadPosRankSum=0.929	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,32:48:99:1354,0,861
14	23443215	.	T	G	124.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=20.79;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:72:153,0,72
14	23443882	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
14	23446348	.	C	T	38.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:66,6,0
14	23504238	.	G	A	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
14	23516435	.	A	G	242.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.656;ClippingRankSum=-1.093;DP=13;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.660;QD=18.67;ReadPosRankSum=1.093	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,7:13:99:271,0,215
14	23520137	.	A	G	240.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.747;DP=8;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=30.10;ReadPosRankSum=-0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:22:269,0,22
14	23532399	.	A	T	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=22.94;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:120,0,34
14	23549319	.	A	G	537.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=-0.268;DP=27;FS=3.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.000;QD=19.92;ReadPosRankSum=0.659	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,15:27:99:566,0,447
14	23549379	.	C	G	916.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:945,66,0
14	23549785	.	T	C	538.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.471;ClippingRankSum=-1.285;DP=31;FS=1.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.285;QD=17.38;ReadPosRankSum=1.324	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,15:31:99:567,0,583
14	23565012	.	C	T	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:117,0,33
14	23565034	.	G	A	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=11.68;ReadPosRankSum=0.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:110,0,146
14	23567369	.	C	T	995.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.764;DP=51;FS=2.371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.481;QD=19.52;ReadPosRankSum=0.745	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,27:51:99:1024,0,878
14	23567443	.	C	T	371.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.990;ClippingRankSum=-0.665;DP=37;FS=1.337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.081;QD=10.05;ReadPosRankSum=-0.211	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,12:37:99:400,0,959
14	23567774	.	T	A	133.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=-1.092;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.545;QD=10.29;ReadPosRankSum=1.092	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,5:13:99:162,0,283
14	23660556	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	23660557	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	23744094	.	G	A	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=7.35;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:65:65,0,118
14	23766591	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
14	23768869	.	G	A	139.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:167,12,0
14	23769357	.	A	G	235.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:264,18,0
14	23777099	.	G	A	1672.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,40:40:99:1701,120,0
14	23777374	.	A	G	1748.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,41:41:99:1777,123,0
14	23778698	.	A	G	1792.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,42:42:99:1821,126,0
14	23779634	.	C	G	1594.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,37:37:99:1623,111,0
14	23785605	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
14	23791222	.	T	G	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
14	23795130	.	C	T	261.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=-1.051;DP=45;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.242;QD=5.82;ReadPosRankSum=1.570	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:35,10:45:99:290,0,1350
14	23944505	.	G	A	985.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=-0.807;DP=41;FS=1.259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.331;QD=24.04;ReadPosRankSum=1.839	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,24:41:99:1014,0,1310
14	23944514	.	C	A	985.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=-0.939;DP=44;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.411;QD=22.40;ReadPosRankSum=1.262	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,21:38:99:1014,0,1310
14	24028414	.	G	A	338.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=-0.215;DP=23;FS=1.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.646;QD=14.73;ReadPosRankSum=0.031	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,11:23:99:367,0,405
14	24029817	.	C	T	124.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=17.82;ReadPosRankSum=-0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:55:153,0,55
14	24031857	.	A	G	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:63:63,0,188
14	24032069	.	G	C	240.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.309;ClippingRankSum=0.135;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.135;QD=20.06;ReadPosRankSum=0.135	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,7:12:99:269,0,182
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14	24639110	.	A	G	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=6.96;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:70:70,0,150
14	24640200	.	A	G	30.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=4.40;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:59:59,0,185
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14	24660406	.	C	G	172.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:201,15,0
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14	24671444	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
14	24681887	.	C	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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14	24775846	.	C	T	760.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:789,54,0
14	24776219	.	T	C	96.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.071;DP=14;FS=13.877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.636;QD=6.91;ReadPosRankSum=-0.212	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,4:14:99:125,0,401
14	24776344	.	T	C	998.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1027,72,0
14	24776401	.	C	A	985.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1014,72,0
14	24777411	.	A	C	489.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:518,36,0
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14	24780659	.	C	T	164.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=-0.553;DP=17;FS=2.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.658;QD=9.69;ReadPosRankSum=0.251	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,6:17:99:193,0,424
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14	24909072	.	T	C	1015.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=-0.364;DP=43;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.746;QD=23.62;ReadPosRankSum=0.465	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,27:43:99:1044,0,575
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14	24911852	.	C	G	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=18.35;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:72:120,0,72
14	24913933	.	A	G	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
14	24913967	.	A	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
14	24914008	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
14	24914227	.	G	C	131.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=21.96;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:66:160,0,66
14	24914431	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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14	24914730	.	T	G	176.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=29.20;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:99:205,0,105
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14	27615208	.	T	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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14	27973666	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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14	31188833	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	31393779	.	T	C	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
14	31468839	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	31494988	.	G	A	212.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=1.678;DP=17;FS=2.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.405;QD=12.52;ReadPosRankSum=1.099	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,7:15:99:241,0,289
14	31495346	.	C	T	133.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=-2.181;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.143;QD=12.16;ReadPosRankSum=1.408	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,5:11:99:162,0,211
14	31562792	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:77:78,0,77
14	31563038	.	A	G	47.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
14	31563194	.	A	G	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=-0.898;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=2.88;ReadPosRankSum=0.898	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:57:57,0,303
14	31563711	.	A	G	30.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.067;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=3.85;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:59:59,0,216
14	31563750	.	A	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,163
14	31563783	.	A	G	43.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:71,6,0
14	31564341	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:32:81,0,32
14	31564650	.	A	G	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=16.95;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:69:113,0,69
14	31564762	.	A	G	135.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=33.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:61:164,0,61
14	31564772	.	A	G	135.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=33.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:61:164,0,61
14	31564886	.	A	G	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=5.68;ReadPosRankSum=-0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:68:68,0,234
14	31564887	.	A	G	178.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=29.80;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:27:207,0,27
14	31578762	.	C	T	606.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.703;ClippingRankSum=-1.820;DP=38;FS=12.329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.147;QD=15.97;ReadPosRankSum=1.644	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,17:38:99:635,0,804
14	31582380	.	A	G	1351.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,32:32:96:1380,96,0
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14	31647241	.	G	A	545.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.298;DP=24;FS=1.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.060;QD=22.74;ReadPosRankSum=0.119	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,15:24:99:574,0,310
14	31761906	.	G	A	114.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=1.866;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.741;QD=11.48;ReadPosRankSum=-2.072	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:143,0,196
14	31774139	.	G	A	279.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=1.468;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.835;QD=23.31;ReadPosRankSum=-0.289	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,8:12:99:308,0,140
14	31807374	.	C	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
14	31819047	.	C	T	613.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:642,45,0
14	31819913	.	A	G	574.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:603,42,0
14	31824362	.	G	A	135.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:163,12,0
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14	34394467	.	G	A	524.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:553,42,0
14	34394886	.	G	A	805.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:834,57,0
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14	34928249	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,83
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14	35452257	.	T	C	379.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.385;ClippingRankSum=0.795;DP=37;FS=4.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.087;QD=10.26;ReadPosRankSum=-0.925	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,12:37:99:408,0,908
14	35495187	.	A	G	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
14	35495699	.	T	C	134.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:162,12,0
14	35496717	.	A	C	274.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:303,21,0
14	35514957	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	35516099	.	C	G	149.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.684;DP=8;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.920;QD=18.72;ReadPosRankSum=-0.684	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:99:178,0,99
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14	35519367	.	C	T	307.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=0.106;DP=21;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.035;QD=14.66;ReadPosRankSum=-0.176	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,10:21:99:336,0,413
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14	36502195	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
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14	37047819	.	T	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
14	37051634	.	G	C	499.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:528,39,0
14	37135752	.	C	T	602.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.819;ClippingRankSum=-0.332;DP=29;FS=1.449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.996;QD=20.79;ReadPosRankSum=0.775	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,17:29:99:631,0,947
14	37135753	.	G	C	404.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.249;ClippingRankSum=-0.233;DP=30;FS=1.484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.529;QD=13.49;ReadPosRankSum=0.275	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,12:30:99:433,0,1397
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14	37139786	.	G	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
14	37147341	.	G	C	38.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=5.54;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:67:67,0,189
14	37148385	.	T	A	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.589;ClippingRankSum=-1.067;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.589;QD=4.35;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:63:63,0,457
14	37148386	.	T	C	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=-1.179;DP=9;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.179;QD=3.86;ReadPosRankSum=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:63:63,0,457
14	37327783	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
14	37641850	.	C	T	113.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=-0.361;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=12.64;ReadPosRankSum=0.361	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:142,0,176
14	37850363	.	G	A	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
14	37850755	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
14	38092414	.	T	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
14	38092415	.	C	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
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14	39514231	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	39556185	.	G	C	1237.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1266,87,0
14	39601190	.	G	T	23.79	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.637;ClippingRankSum=0.143;DP=11;FS=18.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.031;QD=2.16;ReadPosRankSum=0.387	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,5:11:52:52,0,236
14	39617809	.	T	G	149.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.846;DP=27;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.671;QD=5.55;ReadPosRankSum=-1.079	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,6:27:99:178,0,817
14	39618686	.	A	T	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=1.654;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.331;QD=3.99;ReadPosRankSum=-1.843	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,4:20:99:108,0,645
14	39618832	.	C	T	508.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.827;ClippingRankSum=-0.945;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.315;QD=29.93;ReadPosRankSum=1.449	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,14:17:68:537,0,68
14	39619004	.	A	G	266.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:295,21,0
14	39639530	.	T	G	456.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:485,36,0
14	39648629	.	C	T	275.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.403;ClippingRankSum=-0.724;DP=42;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.605;QD=6.57;ReadPosRankSum=0.753	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:32,10:42:99:304,0,1242
14	39650234	.	A	T	1362.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,33:33:99:1391,99,0
14	39736680	.	T	C	306.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.474;ClippingRankSum=-0.022;DP=30;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.022;QD=10.23;ReadPosRankSum=-0.066	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,10:30:99:335,0,740
14	39794385	.	A	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
14	40463671	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
14	45395151	.	G	T	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:75,0,37
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14	45396011	.	T	G	72.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=18.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:101,0,34
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14	45490911	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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14	45644589	.	G	T	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
14	45675481	.	A	G	143.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:171,12,0
14	45675707	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
14	45675772	.	T	G	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.19;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:73:77,0,73
14	45676778	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
14	45676794	.	T	C	51.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:27:80,0,27
14	45676816	.	T	C	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:76,0,35
14	45696037	.	T	G	200.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=-1.186;DP=11;FS=7.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.387;QD=18.25;ReadPosRankSum=2.181	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,6:11:99:229,0,189
14	45711594	.	T	C	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.988;QD=13.63;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:110,0,105
14	47670212	.	T	C	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
14	48195717	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	48235620	.	G	A	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
14	48242149	.	A	T	46.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
14	48247047	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
14	48250671	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	48251282	.	C	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:78,0,33
14	48252682	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
14	48257926	.	T	C	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
14	48302690	.	A	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
14	48309156	.	G	A	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
14	48316706	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
14	48334708	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	48369843	.	C	G	229.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:258,18,0
14	50067416	.	G	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
14	50092134	.	A	T	23.79	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=7.93;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:52,0,37
14	50247290	.	G	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
14	50251369	.	A	G	606.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:635,45,0
14	50252496	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	50252861	.	G	A	179.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:208,15,0
14	50254090	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	50255622	.	T	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
14	50273905	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	50298962	.	T	A	1083.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.605;ClippingRankSum=1.348;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.193;QD=29.37;ReadPosRankSum=-1.348	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,26:27:53:1112,53,0
14	50319499	.	G	T	438.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:467,33,0
14	50457212	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	50479164	.	T	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
14	50498044	.	T	C	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
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14	50577310	.	A	G	193.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:222,15,0
14	50577617	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	50580135	.	C	T	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
14	50580213	.	T	A	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
14	50583083	.	G	T	270.82	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.751;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=30.09;ReadPosRankSum=-0.751	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,8:9:19:299,0,19
14	50585865	.	A	G	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
14	50613432	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
14	50616878	.	G	A	120.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.453;ClippingRankSum=-0.484;DP=23;FS=4.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.932;QD=5.25;ReadPosRankSum=0.335	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,5:23:99:149,0,665
14	50712569	.	A	G	489.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:518,36,0
14	50712797	.	T	C	93.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
14	50712852	.	T	A	106.41	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:8:134,8,0
14	50713015	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
14	50713679	.	T	G	195.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:224,15,0
14	50769717	.	G	A	294.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=-0.382;DP=11;FS=6.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=26.80;ReadPosRankSum=-0.566	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,8:11:99:323,0,103
14	50778816	.	A	C	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=12.68;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:94:117,0,94
14	50788213	.	C	T	315.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=-0.533;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.200;QD=22.55;ReadPosRankSum=0.133	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,9:14:99:344,0,172
14	50792676	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
14	50792773	.	A	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=8.75;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:72:72,0,119
14	50793577	.	A	G	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=-1.589;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=4.22;ReadPosRankSum=1.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:62:62,0,231
14	50793814	.	G	A	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
14	50793968	.	A	G	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.19;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:70:73,0,70
14	50793991	.	T	C	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=13.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=5.82;ReadPosRankSum=-0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,297
14	50793996	.	T	C	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=11.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=6.79;ReadPosRankSum=-1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:69:69,0,297
14	50794392	.	A	G	38.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=12.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:67,0,34
14	50905685	.	T	C	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
14	50919371	.	T	C	14.68	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=14.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:41,3,0
14	50927960	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
14	50979369	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
14	50999181	.	C	T	116.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.652;ClippingRankSum=0.876;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.729;QD=12.97;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:145,0,160
14	51101514	.	G	A	448.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:477,33,0
14	51101641	.	G	A	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=0.467;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.156;QD=3.41;ReadPosRankSum=-0.623	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,3:14:76:76,0,430
14	51131283	.	C	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:81,0,33
14	51204996	.	C	T	232.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.318;DP=16;FS=4.467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.847;QD=14.55;ReadPosRankSum=1.588	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,7:16:99:261,0,342
14	51219398	.	A	G	22.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=-1.678;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.480;QD=1.75;ReadPosRankSum=0.888	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:51:51,0,431
14	51223789	.	C	T	90.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:118,9,0
14	51224374	.	T	G	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
14	51226730	.	G	A	218.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=-0.635;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.482;QD=13.67;ReadPosRankSum=0.847	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,7:16:99:247,0,327
14	51237701	.	A	G	613.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:642,48,0
14	51239067	.	C	G	404.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=39.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:433,30,0
14	51382753	.	C	A	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
14	51389758	.	T	C	129.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:157,12,0
14	51389908	.	T	C	222.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:251,18,0
14	51716467	.	G	A	367.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=-0.871;DP=40;FS=1.376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.103;QD=9.19;ReadPosRankSum=1.166	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,12:40:99:396,0,1089
14	51722127	.	C	T	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=1.589;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=4.60;ReadPosRankSum=-1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:65:65,0,192
14	51722349	.	T	C	302.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.532;ClippingRankSum=-0.118;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.589;QD=27.52;ReadPosRankSum=-0.118	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,9:11:59:331,0,59
14	51722690	.	T	C	248.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.747;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.747;QD=31.10;ReadPosRankSum=-0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:22:277,0,22
14	52127837	.	A	G	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
14	52469647	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
14	52474721	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
14	52898667	.	G	T	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:74,0,37
14	52907353	.	C	T	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:78,0,37
14	52937255	.	C	T	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=17.15;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:60:114,0,60
14	53107085	.	T	C	149.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=-1.312;DP=27;FS=1.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.196;QD=5.55;ReadPosRankSum=1.312	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,6:27:99:178,0,819
14	53109678	.	T	C	26.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.589;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.296;QD=2.43;ReadPosRankSum=0.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:55:55,0,370
14	53109716	.	T	G	105.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.421;QD=13.22;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:134,0,126
14	53109732	.	T	C	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=12.79;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:105,0,111
14	53109810	.	T	C	210.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=-1.034;DP=11;FS=10.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.278;QD=19.16;ReadPosRankSum=-0.278	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,7:11:99:239,0,140
14	53109823	.	T	C	114.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=-0.741;DP=10;FS=2.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.741;QD=11.48;ReadPosRankSum=0.365	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:143,0,216
14	53178746	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	53189731	.	A	C	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
14	53197042	.	G	C	646.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:675,48,0
14	53239029	.	T	C	13.95	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=-1.086;DP=13;FS=7.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=1.07;ReadPosRankSum=-1.283	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:42:42,0,416
14	53242354	.	T	C	614.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.819;DP=29;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.332;QD=21.20;ReadPosRankSum=0.111	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,17:29:99:643,0,414
14	53242417	.	T	C	593.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=-0.054;DP=33;FS=5.188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.850;QD=17.99;ReadPosRankSum=-1.898	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,15:33:99:622,0,679
14	53242425	.	T	C	392.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.303;ClippingRankSum=0.365;DP=36;FS=1.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.330;QD=10.91;ReadPosRankSum=1.651	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,12:35:99:421,0,870
14	53242430	.	T	C	36.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.524;DP=34;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.745;QD=1.08;ReadPosRankSum=0.303	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:29,4:33:65:65,0,2749
14	53242478	.	T	C	464.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.338;ClippingRankSum=-1.415;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.664;QD=19.37;ReadPosRankSum=-0.433	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,12:24:99:493,0,418
14	53242488	.	T	C	104.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.645;ClippingRankSum=0.034;DP=25;FS=2.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.917;QD=4.19;ReadPosRankSum=0.170	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,5:25:99:133,0,1263
14	53242518	.	T	C	240.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.731;DP=36;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.169;QD=6.69;ReadPosRankSum=1.242	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:27,9:36:99:269,0,1188
14	53242568	.	T	C	56.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=-1.567;DP=21;FS=5.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.030;QD=2.70;ReadPosRankSum=-1.299	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,4:21:85:85,0,1011
14	53242639	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=-0.107;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.537;QD=4.40;ReadPosRankSum=0.752	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:81:81,0,1353
14	53242651	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.557;ClippingRankSum=0.156;DP=14;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.467;QD=3.77;ReadPosRankSum=-1.090	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,3:14:81:81,0,1353
14	53242652	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.480;ClippingRankSum=-0.269;DP=16;FS=6.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=3.30;ReadPosRankSum=-0.538	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,3:16:81:81,0,1353
14	53242746	.	T	C	117.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.569;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.426;QD=4.91;ReadPosRankSum=-1.351	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,5:24:99:146,0,721
14	53242859	.	T	C	318.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=-2.120;DP=33;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.019;QD=9.66;ReadPosRankSum=0.936	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,11:33:99:347,0,837
14	53243545	.	T	C	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=6.29;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:66:66,0,238
14	53243546	.	T	C	256.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=28.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:65:285,0,65
14	53243554	.	T	C	256.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.747;DP=8;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.747;QD=32.10;ReadPosRankSum=0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:65:285,0,65
14	53324891	.	A	C	697.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:726,51,0
14	53325090	.	C	T	413.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:442,30,0
14	53329303	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
14	53333616	.	C	A	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
14	53334546	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
14	53345378	.	G	A	655.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:684,48,0
14	53503793	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
14	53505135	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
14	53505283	.	T	C	182.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:211,15,0
14	53505873	.	A	T	132.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=22.13;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:62:161,0,62
14	53505891	.	G	T	186.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:215,15,0
14	53506409	.	T	C	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
14	53507634	.	C	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
14	53550846	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	53619463	.	G	A	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
14	53619544	.	G	A	188.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:217,15,0
14	53619985	.	C	T	70.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:98,9,0
14	53677135	.	G	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
14	53677139	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
14	54152188	.	G	A	233.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:262,18,0
14	54153070	.	G	C	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
14	54172683	.	G	A	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
14	54206527	.	G	A	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
14	54216769	.	T	G	403.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:432,30,0
14	54316607	.	G	A	531.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:560,42,0
14	54890352	.	C	T	142.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.589;ClippingRankSum=-1.067;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=17.85;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:60:171,0,60
14	54891021	.	G	A	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=-1.517;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.684;QD=10.35;ReadPosRankSum=1.517	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:111,0,186
14	54891618	.	T	C	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=16.95;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:73:113,0,73
14	54891899	.	C	T	207.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=-1.031;DP=11;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.143;QD=18.89;ReadPosRankSum=0.825	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,6:11:99:236,0,167
14	54892761	.	T	C	311.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=-0.077;DP=13;FS=2.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.540;QD=23.98;ReadPosRankSum=-0.077	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,9:13:99:340,0,129
14	54895923	.	A	G	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
14	54942451	.	C	A	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=-1.173;DP=26;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.036;QD=2.84;ReadPosRankSum=0.320	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,4:26:99:102,0,901
14	54942493	.	C	A	723.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.765;QD=32.90;ReadPosRankSum=-0.765	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,19:22:52:752,0,52
14	55050963	.	C	T	93.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
14	55086759	.	T	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
14	55125699	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
14	55136368	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
14	55182159	.	A	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
14	55233418	.	C	A	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
14	55244270	.	G	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
14	55249230	.	A	G	32.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=8.19;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:61:61,0,78
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14	55259203	.	T	G	346.82	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=1.826;DP=12;FS=3.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.967;QD=28.90;ReadPosRankSum=-1.826	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,10:12:19:375,0,19
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14	55523832	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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14	55527374	.	T	C	136.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=27.36;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:25:165,0,25
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14	55534370	.	C	T	178.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=29.80;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:27:207,0,27
14	55534466	.	A	G	127.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=25.55;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:29:156,0,29
14	55537718	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	55597371	.	G	T	258.82	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.747;DP=8;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=32.35;ReadPosRankSum=0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:19:287,0,19
14	55597646	.	T	A	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=1.380;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=6.29;ReadPosRankSum=-1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:66:66,0,156
14	55598030	.	T	C	123.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=20.63;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:61:152,0,61
14	55600282	.	A	T	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=19.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:30:108,0,30
14	55600405	.	C	T	251.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=1.179;DP=9;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.179;QD=27.97;ReadPosRankSum=-0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:61:280,0,61
14	55603002	.	T	G	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
14	55603061	.	C	G	169.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:198,15,0
14	55604935	.	C	A	1828.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.331;ClippingRankSum=0.815;DP=63;FS=2.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.605;QD=29.03;ReadPosRankSum=-0.863	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,48:63:99:1857,0,473
14	55605036	.	A	C	2016.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.007;ClippingRankSum=-0.578;DP=76;FS=3.483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.598;QD=26.54;ReadPosRankSum=0.578	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,54:76:99:2045,0,546
14	55609955	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	55738165	.	T	C	239.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.480;QD=23.98;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,8:10:49:268,0,49
14	55817708	.	T	C	361.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.380;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.488;QD=22.61;ReadPosRankSum=-0.597	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,10:16:99:390,0,206
14	55818517	.	T	A	349.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=-0.311;DP=18;FS=1.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.578;QD=19.43;ReadPosRankSum=0.933	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,10:18:99:378,0,272
14	55818706	.	T	C	441.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=-0.667;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.303;QD=27.61;ReadPosRankSum=0.424	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,12:16:99:470,0,116
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14	55833874	.	T	A	108.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=21.75;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:137,0,31
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14	55835227	.	T	C	13.72	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=0;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=0.00;MQ0=0	GT:GQ:PL	1/1:3:40,3,0
14	55835233	.	T	C	13.72	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:40,3,0
14	55864130	.	A	G	242.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=0.296;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=24.28;ReadPosRankSum=1.386	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,7:10:81:271,0,81
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14	56026136	.	T	C	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
14	56128866	.	A	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
14	56133054	.	C	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
14	56133183	.	G	T	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
14	56136959	.	C	T	93.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:122,0,34
14	56138800	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	56423793	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	56669640	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
14	56674274	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
14	56702189	.	G	A	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
14	56765746	.	A	G	497.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:526,36,0
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14	57103986	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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14	58733845	.	G	A	196.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=-0.387;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.825;QD=17.89;ReadPosRankSum=0.466	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,6:11:99:225,0,150
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14	58761203	.	T	C	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
14	58762197	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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14	58821164	.	G	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
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14	58953746	.	C	G	189.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:218,15,0
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14	59837828	.	A	C	11.12	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=-1.203;DP=11;FS=6.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.573;QD=1.01;ReadPosRankSum=1.203	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:39:39,0,165
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14	59920039	.	T	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
14	59920191	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:81,0,34
14	59920784	.	T	A	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=4.82;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:62:62,0,189
14	59922320	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
14	59931931	.	T	G	119.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:147,12,0
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14	59939727	.	T	C	276.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:305,21,0
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14	59952947	.	A	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
14	59969000	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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14	59970057	.	C	T	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
14	59971168	.	T	G	743.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:772,54,0
14	59971334	.	T	C	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=18.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:65:120,0,65
14	59971611	.	A	G	320.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:349,24,0
14	59971638	.	A	T	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
14	60581935	.	C	T	129.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=-0.361;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.652;QD=14.42;ReadPosRankSum=0.361	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:158,0,152
14	60585131	.	A	G	135.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=-0.956;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.956;QD=16.97;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:99:164,0,110
14	60585307	.	A	C	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-0.198;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=5.40;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:66:66,0,193
14	60591829	.	T	C	178.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=29.80;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:25:207,0,25
14	60591887	.	G	A	243.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=-1.179;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=27.09;ReadPosRankSum=-0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:59:272,0,59
14	60601219	.	C	T	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=6.96;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:70:70,0,161
14	60601308	.	G	A	207.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=-0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=29.68;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:24:236,0,24
14	60611528	.	T	C	195.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:224,15,0
14	60611585	.	T	C	409.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=-0.815;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.181;QD=22.76;ReadPosRankSum=1.087	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,11:18:99:438,0,261
14	60611648	.	C	T	810.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.005;ClippingRankSum=-1.318;DP=33;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.172;QD=24.57;ReadPosRankSum=1.012	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,22:33:99:839,0,359
14	60611675	.	G	A	694.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=-0.718;DP=33;FS=3.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.018;QD=21.05;ReadPosRankSum=1.124	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,20:33:99:723,0,439
14	61112667	.	G	C	166.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:195,15,0
14	61176485	.	T	C	1188.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,28:28:84:1217,84,0
14	61177674	.	A	G	505.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=38.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:534,36,0
14	61177779	.	G	A	229.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:258,18,0
14	61178027	.	C	A	327.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:356,24,0
14	61178909	.	G	T	189.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:218,15,0
14	61179434	.	T	G	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:12:180,12,0
14	61179437	.	A	T	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
14	61180657	.	T	G	763.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:792,54,0
14	61184558	.	T	C	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=-1.067;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=4.60;ReadPosRankSum=1.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:65:65,0,217
14	61186690	.	C	T	56.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.983;ClippingRankSum=-1.130;DP=33;FS=1.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.377;QD=1.72;ReadPosRankSum=0.778	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,5:33:85:85,0,1138
14	61347275	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
14	61367528	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
14	61368094	.	A	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
14	61443754	.	A	T	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.550;DP=7;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=4.97;ReadPosRankSum=-0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:63:63,0,131
14	61445967	.	A	G	988.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:1017,69,0
14	61446394	.	T	C	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=1.174;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.957;QD=2.51;ReadPosRankSum=-1.398	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,3:19:76:76,0,637
14	61497285	.	T	C	91.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:119,9,0
14	61509924	.	T	C	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=9.94;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:68,0,35
14	61745292	.	G	A	1043.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1072,75,0
14	61747644	.	A	G	611.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:640,51,0
14	61789318	.	C	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
14	61789505	.	A	C	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
14	61803123	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
14	61987739	.	C	T	47.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
14	61997226	.	C	T	350.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:379,27,0
14	62002300	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	62006887	.	C	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
14	62014550	.	C	T	313.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.177;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.442;QD=17.43;ReadPosRankSum=-0.177	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,9:18:99:342,0,339
14	62017135	.	G	A	215.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=-1.589;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=26.97;ReadPosRankSum=1.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:62:244,0,62
14	62017643	.	A	G	161.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=-0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=23.11;ReadPosRankSum=-0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:67:190,0,67
14	62167546	.	T	C	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
14	62180485	.	A	G	135.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:163,12,0
14	62204295	.	C	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
14	62206548	.	C	A	239.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:268,18,0
14	62209094	.	C	T	38.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:66,6,0
14	62209342	.	C	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
14	62209658	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
14	62211111	.	C	T	46.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
14	62213848	.	T	C	1970.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,46:46:99:1999,138,0
14	62262612	.	A	G	82.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:110,9,0
14	62463214	.	C	T	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
14	62571089	.	C	G	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:29:123,0,29
14	62572345	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
14	63842790	.	C	T	35.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=-1.149;DP=34;FS=2.208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.347;QD=1.05;ReadPosRankSum=0.668	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:30,4:34:64:64,0,1164
14	64152514	.	T	C	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.94;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:120,0,34
14	64447776	.	T	C	223.84	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=-0.747;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=27.98;ReadPosRankSum=0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:18:252,0,18
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14	64656855	.	T	C	572.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=-0.671;DP=17;FS=8.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.820;QD=33.69;ReadPosRankSum=0.671	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,15:17:37:601,0,37
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14	64912028	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
14	65008138	.	T	A	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:72,0,37
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14	66480159	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.69;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:66:75,0,66
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14	67937892	.	A	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:75,0,36
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14	68053977	.	A	C	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
14	68056390	.	G	A	65.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.803;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.087;QD=3.29;ReadPosRankSum=-0.898	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,4:20:94:94,0,603
14	68066979	.	C	T	134.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:162,12,0
14	68141512	.	G	A	178.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=25.54;ReadPosRankSum=-0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:25:207,0,25
14	68148677	.	C	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
14	68159269	.	C	T	1611.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=-2.798;DP=54;FS=1.263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.967;QD=29.85;ReadPosRankSum=2.965	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,42:54:99:1640,0,305
14	68213571	.	C	T	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
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14	68214788	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=8.75;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:72:72,0,111
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14	68234539	.	T	C	320.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:349,24,0
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14	68264867	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:64:78,0,64
14	68594616	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	69079178	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
14	69255644	.	A	C	1672.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.150;ClippingRankSum=0.038;DP=33;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.113;QD=28.58;ReadPosRankSum=1.245	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,31:33:99:1701,0,370
14	69255652	.	G	T	994.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.045;ClippingRankSum=1.119;DP=29;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.273;QD=34.30;ReadPosRankSum=0.733	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,24:27:99:1023,0,463
14	69255660	.	G	C	994.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.073;ClippingRankSum=1.642;DP=29;FS=1.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.350;QD=34.30;ReadPosRankSum=1.265	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,23:29:99:1023,0,463
14	69258841	.	C	G	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
14	69259461	.	G	C	135.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=27.16;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:22:164,0,22
14	69259662	.	C	A	592.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=-0.958;DP=61;FS=3.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.444;QD=9.72;ReadPosRankSum=0.646	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:42,19:61:99:621,0,1614
14	69261472	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
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14	69405840	.	G	T	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
14	69441006	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
14	69442848	.	C	T	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
14	69552357	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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14	69708241	.	G	A	413.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:31:442,31,0
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14	69709929	.	C	T	189.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:218,15,0
14	70153789	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	70170755	.	G	T	47.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
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14	70178770	.	C	G	30.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=-2.095;DP=24;FS=2.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.349;QD=1.28;ReadPosRankSum=2.706	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,3:24:59:59,0,828
14	70178981	.	G	A	697.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:726,51,0
14	70180778	.	C	G	455.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:484,33,0
14	70352157	.	C	T	17.84	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=3.57;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:46:46,0,97
14	70793004	.	A	G	833.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:862,60,0
14	70794929	.	T	C	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:32:117,0,32
14	70826292	.	C	A	241.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=-1.313;DP=47;FS=3.375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.039;QD=5.14;ReadPosRankSum=1.053	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:37,10:47:99:270,0,1474
14	70833594	.	G	A	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=14.79;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:117,0,104
14	70833768	.	G	T	216.80	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=30.97;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:21:245,0,21
14	70835964	.	A	C	153.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=21.97;ReadPosRankSum=-0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:62:182,0,62
14	70838268	.	T	C	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.067;DP=9;FS=3.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.179;QD=3.86;ReadPosRankSum=-0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:63:63,0,508
14	70838273	.	T	C	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:63:63,0,508
14	70839389	.	A	C	264.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:293,21,0
14	71049388	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
14	71050892	.	A	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
14	71051088	.	A	G	241.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.067;DP=9;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.067;QD=26.86;ReadPosRankSum=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:54:270,0,54
14	71054992	.	G	A	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
14	71109153	.	C	G	186.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=-0.070;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.057;QD=8.49;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,7:22:99:215,0,499
14	71137844	.	G	T	1075.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=-0.858;DP=39;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.827;QD=27.58;ReadPosRankSum=0.609	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,28:39:99:1104,0,357
14	71139279	.	G	T	322.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.742;ClippingRankSum=-0.625;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.337;QD=18.99;ReadPosRankSum=0.625	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,9:17:99:351,0,298
14	71178861	.	T	C	393.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:422,30,0
14	71179711	.	G	A	267.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:296,21,0
14	71180069	.	C	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
14	71189916	.	A	G	638.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:667,45,0
14	71191423	.	C	T	302.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:331,24,0
14	71193303	.	A	G	653.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:682,48,0
14	71194153	.	C	T	305.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.370;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.185;QD=25.48;ReadPosRankSum=-0.370	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,9:12:83:334,0,83
14	71194774	.	C	T	190.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:219,15,0
14	71201804	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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14	71204369	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
14	71278703	.	C	A	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=22.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:32:120,0,32
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14	74184889	.	G	C	90.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=1.134;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=7.56;ReadPosRankSum=-0.825	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,4:12:99:119,0,304
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14	74205878	.	C	T	238.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=1.666;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.179;QD=26.53;ReadPosRankSum=-1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:64:267,0,64
14	74206481	.	T	C	107.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.768;ClippingRankSum=-0.778;DP=14;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.071;QD=7.70;ReadPosRankSum=0.636	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,4:14:99:136,0,382
14	74206658	.	G	A	14.91	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=-0.898;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.733;QD=1.49;ReadPosRankSum=0.898	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:43:43,0,303
14	74206847	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=-0.118;DP=18;FS=2.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.237;QD=2.60;ReadPosRankSum=-0.118	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,3:18:75:75,0,581
14	74269694	.	T	C	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
14	74318673	.	G	A	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
14	74318786	.	C	G	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
14	74328156	.	G	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
14	74329567	.	C	T	46.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
14	74340797	.	A	T	219.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:248,21,0
14	74348819	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
14	74351109	.	G	A	172.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:201,15,0
14	74351564	.	A	G	236.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:265,18,0
14	74351973	.	C	T	237.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:266,18,0
14	74355233	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
14	74359417	.	G	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
14	74361980	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
14	74389218	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	74399291	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
14	74399422	.	C	G	119.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:147,12,0
14	74400492	.	A	G	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
14	74428000	.	A	T	620.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:649,48,0
14	74432169	.	T	C	22.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=-0.888;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.283;QD=1.75;ReadPosRankSum=1.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:51:51,0,419
14	74432234	.	T	C	74.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=-0.296;DP=10;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.214;QD=7.48;ReadPosRankSum=0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:103,0,273
14	74433138	.	C	T	306.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:335,24,0
14	74485592	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
14	74523869	.	A	G	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
14	74525411	.	A	G	216.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:245,18,0
14	74526942	.	A	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
14	74526976	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
14	74527190	.	A	G	404.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:433,30,0
14	74527203	.	G	A	413.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:442,30,0
14	74581887	.	T	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
14	74584758	.	C	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
14	74666225	.	T	C	357.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:386,27,0
14	74752902	.	A	C	248.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=-0.067;DP=9;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=27.64;ReadPosRankSum=0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:60:277,0,60
14	74753278	.	T	C	66.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:94,9,0
14	74764401	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
14	74900136	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	74900145	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	74900149	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	74950391	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	74961352	.	C	T	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
14	74965769	.	G	A	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
14	74991855	.	A	G	228.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:257,18,0
14	74992800	.	A	G	264.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:293,21,0
14	75128161	.	C	T	201.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:230,18,0
14	75159007	.	G	A	266.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:295,21,0
14	75179734	.	C	G	666.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:695,48,0
14	75202312	.	A	G	12.05	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.036;DP=29;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.752;QD=0.42;ReadPosRankSum=0.107	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,3:29:40:40,0,958
14	75202372	.	A	G	556.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=-0.950;DP=19;FS=5.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.062;QD=29.30;ReadPosRankSum=0.839	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,16:19:72:585,0,72
14	75202373	.	A	G	737.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:52:766,52,0
14	75202377	.	A	G	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=-0.057;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.283;QD=4.88;ReadPosRankSum=-1.189	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,4:17:99:116,0,584
14	75202402	.	A	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
14	75202475	.	A	G	135.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=-1.079;DP=27;FS=8.101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.254;QD=5.03;ReadPosRankSum=0.846	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,6:27:99:164,0,748
14	75202631	.	A	G	22.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.107;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.322;QD=1.90;ReadPosRankSum=0.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:51:51,0,389
14	75202734	.	A	G	199.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.858;DP=21;FS=7.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.933;QD=9.51;ReadPosRankSum=-1.007	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,7:21:99:228,0,528
14	75202856	.	A	G	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=14.79;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:117,0,185
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14	75202964	.	A	G	65.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.715;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.715;QD=5.98;ReadPosRankSum=0.382	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:94:94,0,311
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14	75912847	.	A	G	80.52	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:151,12,0
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14	77579273	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	77579274	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	77579282	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	77581042	.	A	G	275.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:304,21,0
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14	77582362	.	C	T	359.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:388,27,0
14	77582483	.	G	T	193.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:222,15,0
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14	77722148	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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14	77723505	.	C	T	131.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:159,12,0
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14	77741745	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
14	77741752	.	G	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
14	77741977	.	C	T	203.90	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=-0.742;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=29.13;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:15:232,0,15
14	77742218	.	C	T	276.82	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.751;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=30.76;ReadPosRankSum=-0.751	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,8:9:19:305,0,19
14	77742582	.	C	T	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.94;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:116,0,34
14	77742929	.	C	T	132.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=26.55;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:161,0,31
14	77745193	.	A	C	286.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.536;DP=12;FS=10.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=23.90;ReadPosRankSum=-1.835	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,8:12:99:315,0,138
14	77751925	.	C	T	439.89	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.935;DP=13;FS=4.150;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.668;QD=33.84;ReadPosRankSum=-1.737	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,12:13:2:466,2,0
14	77794283	.	T	C	728.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=-0.788;DP=28;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.737;QD=26.03;ReadPosRankSum=1.195	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,20:28:99:757,0,247
14	77803552	.	T	C	141.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:169,12,0
14	77803615	.	C	G	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.248;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.573;QD=8.53;ReadPosRankSum=-0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:105,0,219
14	77804842	.	C	T	154.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=1.652;DP=9;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.876;QD=17.20;ReadPosRankSum=-1.652	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:183,0,151
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14	77843363	.	A	G	123.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=24.76;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:23:152,0,23
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14	81902771	.	A	C	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
14	81942059	.	C	T	25.78	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.383;ClippingRankSum=0.191;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.096;QD=1.17;ReadPosRankSum=-0.478	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,3:22:54:54,0,735
14	82627660	.	A	G	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:12:176,12,0
14	82627665	.	G	T	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:12:176,12,0
14	82627666	.	A	T	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:12:176,12,0
14	82627674	.	T	C	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
14	88237656	.	G	A	89.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:117,9,0
14	88237677	.	T	C	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
14	88237684	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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14	88414211	.	G	A	571.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:600,45,0
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14	88862529	.	G	A	514.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:543,39,0
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14	92249126	.	G	A	879.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:908,63,0
14	92251363	.	C	T	450.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:479,33,0
14	92268615	.	T	G	1400.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,33:33:99:1429,99,0
14	92278844	.	T	C	532.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=-1.026;DP=29;FS=5.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.065;QD=18.37;ReadPosRankSum=0.895	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,15:29:99:561,0,522
14	92302561	.	A	G	258.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:287,21,0
14	92435065	.	T	A	137.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:165,12,0
14	92435587	.	T	C	125.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=25.15;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:30:154,0,30
14	92441066	.	C	T	332.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.312;ClippingRankSum=-0.231;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.077;QD=25.60;ReadPosRankSum=0.694	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,9:13:99:361,0,131
14	92447839	.	T	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
14	92473943	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:81,0,35
14	92514370	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	92526240	.	A	C	162.74	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=27.12;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:26:200,0,26
14	92527977	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,78
14	92528429	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
14	92530282	.	C	A	237.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=-0.896;DP=11;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.037;QD=21.62;ReadPosRankSum=0.678	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,7:11:99:266,0,144
14	92530513	.	C	T	261.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:290,21,0
14	92532620	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
14	92537354	.	C	G	292.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.044;ClippingRankSum=0.348;DP=10;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.044;QD=29.28;ReadPosRankSum=-1.393	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,9:10:99:321,0,553
14	92537379	.	T	C	292.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=-2.709;DP=17;FS=6.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.693;QD=17.22;ReadPosRankSum=-0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,3:17:99:321,0,553
14	92548785	.	C	T	914.94	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.050;DP=25;FS=7.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.351;QD=30.57;ReadPosRankSum=-1.252	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,23:25:14:943,0,14
14	92549586	.	G	A	481.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.099;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.099;QD=26.76;ReadPosRankSum=-0.591	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,13:18:99:510,0,166
14	92584179	.	T	C	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=-0.198;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=5.82;ReadPosRankSum=1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,188
14	92584215	.	G	A	131.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=26.35;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:160,0,31
14	92584513	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	92584760	.	T	C	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=5.96;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:64:64,0,156
14	92585205	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:78,0,36
14	92585459	.	T	C	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=17.75;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:56:117,0,56
14	92585534	.	T	C	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.15;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:74:74,0,119
14	92585620	.	T	C	17.84	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=5.95;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:46,0,33
14	92585838	.	C	G	71.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=1.537;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=11.96;ReadPosRankSum=-1.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:100,0,112
14	92586126	.	T	A	16.03	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=4.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:133,12,0
14	92586247	.	G	A	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
14	92586540	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
14	92587076	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=11.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,1:4:75:75,0,199
14	92587082	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.69;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:75:75,0,199
14	92587588	.	G	A	286.84	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.751;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=31.87;ReadPosRankSum=0.751	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,8:9:18:315,0,18
14	92587733	.	G	C	159.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=-0.361;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.219;QD=17.75;ReadPosRankSum=-1.307	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:188,0,148
14	92587804	.	A	C	207.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=25.97;ReadPosRankSum=1.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:52:236,0,52
14	92588002	.	T	G	703.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=-0.039;DP=42;FS=7.361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.117;QD=16.76;ReadPosRankSum=-1.891	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,20:41:99:732,0,784
14	92588219	.	G	A	100.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=20.15;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:129,0,31
14	92628596	.	A	G	736.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.466;ClippingRankSum=-1.245;DP=27;FS=4.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.130;QD=27.29;ReadPosRankSum=-1.632	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,20:27:99:765,0,233
14	92628952	.	T	G	789.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=-0.415;DP=29;FS=3.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.122;QD=27.23;ReadPosRankSum=0.610	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,21:29:99:818,0,255
14	92638442	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
14	93178191	.	A	G	1117.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1146,78,0
14	93185644	.	G	C	54.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=13.69;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:62:83,0,62
14	93185646	.	C	G	54.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=27.38;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:62:83,0,62
14	93199080	.	C	T	1487.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.216;DP=50;FS=4.936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.557;QD=29.76;ReadPosRankSum=-0.170	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,38:50:99:1516,0,371
14	93263982	.	C	G	872.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=2.501;DP=30;FS=4.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.441;QD=29.09;ReadPosRankSum=-2.403	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,23:30:99:901,0,226
14	93275841	.	A	G	1155.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=-0.397;DP=41;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.368;QD=28.19;ReadPosRankSum=1.839	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,30:41:99:1184,0,346
14	93276654	.	T	C	921.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.020;DP=33;FS=5.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.829;QD=27.93;ReadPosRankSum=0.020	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,24:33:99:950,0,283
14	93298757	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	93298767	.	G	T	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
14	93301340	.	A	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
14	93302881	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
14	93406702	.	A	G	122.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.759;DP=48;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.409;QD=2.56;ReadPosRankSum=-0.935	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:41,7:48:99:151,0,1579
14	93406789	.	G	T	95.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=-0.824;DP=54;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.155;QD=1.77;ReadPosRankSum=0.927	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:47,7:54:99:124,0,1832
14	93407062	.	A	G	402.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=-0.178;DP=47;FS=2.838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.012;QD=8.57;ReadPosRankSum=0.202	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:34,13:47:99:431,0,1339
14	93407248	.	A	G	179.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.171;DP=55;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.284;QD=3.27;ReadPosRankSum=0.239	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:46,9:55:99:208,0,1718
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14	93599634	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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14	93656583	.	G	A	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
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14	93684563	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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14	93800138	.	C	A	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
14	94522004	.	C	T	274.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:303,21,0
14	94578162	.	G	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
14	94581285	.	G	A	174.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:203,15,0
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14	94595004	.	C	T	121.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=-2.346;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.213;QD=5.07;ReadPosRankSum=-0.569	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,5:24:99:150,0,1955
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14	95053890	.	G	A	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
14	95054087	.	G	A	115.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=-0.729;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=12.86;ReadPosRankSum=0.876	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:144,0,154
14	95054176	.	T	C	406.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:435,30,0
14	95058631	.	A	T	324.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:353,24,0
14	95058813	.	A	G	120.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=17.25;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:149,0,104
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14	95646020	.	G	T	72.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=-0.922;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=9.10;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:101,0,128
14	95648424	.	T	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,111
14	95648657	.	C	A	59.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.371;ClippingRankSum=-1.516;DP=15;FS=2.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=3.98;ReadPosRankSum=1.516	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,3:15:88:88,0,476
14	95648783	.	G	A	61.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.660;ClippingRankSum=1.083;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=4.12;ReadPosRankSum=-1.227	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,3:15:90:90,0,428
14	95649790	.	C	T	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=13.96;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:112,0,109
14	95651047	.	T	C	71.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.296;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=7.18;ReadPosRankSum=0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:100,0,257
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14	95923670	.	A	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
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14	95999414	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	96001383	.	A	C	190.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:219,15,0
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14	96682378	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
14	96704361	.	G	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
14	96705152	.	C	G	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:32:39,0,32
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14	96708667	.	T	C	392.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=-1.480;DP=13;FS=2.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.493;QD=30.21;ReadPosRankSum=1.283	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,11:13:48:421,0,48
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14	96714960	.	A	G	115.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=19.29;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:70:144,0,70
14	96721850	.	G	C	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:73,0,37
14	96730142	.	A	G	535.53	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=-1.504;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.042;QD=28.76;ReadPosRankSum=1.042	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,14:15:3:562,3,0
14	96747986	.	T	C	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
14	96748288	.	T	G	182.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:211,15,0
14	96748610	.	T	C	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
14	96748876	.	T	C	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
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14	96853454	.	C	T	633.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:662,45,0
14	96957100	.	A	G	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
14	97299853	.	A	G	72.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=1.744;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.608;QD=3.16;ReadPosRankSum=-1.744	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,4:23:99:101,0,762
14	97321689	.	C	T	789.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.111;DP=27;FS=2.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.037;QD=29.25;ReadPosRankSum=-0.037	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,21:25:95:818,0,95
14	98203727	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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14	99868661	.	T	C	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
14	99967996	.	G	A	192.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:221,15,0
14	99971280	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
14	99972375	.	A	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
14	99977002	.	A	G	13.95	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=-0.537;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.967;QD=1.16;ReadPosRankSum=0.107	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:42:42,0,384
14	99979155	.	T	C	1264.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1293,90,0
14	99992700	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
14	100069742	.	G	A	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
14	100607360	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
14	100640543	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	100640553	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	100747202	.	T	C	397.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:426,30,0
14	100748192	.	G	A	958.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:987,72,0
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14	100764839	.	T	C	370.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:399,30,0
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14	100766836	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	100766848	.	T	C	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
14	100767044	.	C	G	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
14	100767618	.	T	C	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:77,0,35
14	100767958	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
14	100768764	.	T	C	49.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.60;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:23:78,0,23
14	100769163	.	C	T	80.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=13.46;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:109,0,111
14	100769367	.	C	A	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:68:68,0,161
14	100771483	.	T	C	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.550;DP=7;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.937;QD=12.25;ReadPosRankSum=1.300	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:114,0,143
14	100771572	.	C	T	119.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=19.96;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:73:148,0,73
14	100772672	.	G	C	415.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=-0.896;DP=17;FS=15.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.739;QD=24.46;ReadPosRankSum=0.896	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,12:17:99:444,0,156
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14	100803655	.	C	A	88.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:116,9,0
14	100803682	.	T	C	141.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:169,12,0
14	100804315	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	100804544	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
14	100808756	.	C	T	703.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.067;ClippingRankSum=0.497;DP=82;FS=0.950;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.068;QD=8.58;ReadPosRankSum=-0.602	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:60,22:82:99:732,0,2376
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14	100815146	.	A	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
14	100820536	.	A	G	124.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:152,12,0
14	100831835	.	C	T	175.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:204,15,0
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14	100832282	.	C	G	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
14	100832391	.	T	C	168.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:197,15,0
14	100836409	.	C	A	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
14	100837230	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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14	100847523	.	T	C	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
14	100847707	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,80
14	100847930	.	A	G	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=5.68;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:68:68,0,193
14	100996312	.	T	C	162.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.361;DP=9;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=18.09;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:191,0,116
14	101033288	.	A	G	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
14	101933364	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	101933372	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	101934952	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
14	101938382	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	101938807	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	101940021	.	C	T	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:78,0,37
14	102198596	.	C	T	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,40
14	102232150	.	G	C	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=12.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:29:65,0,29
14	102296083	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	102303428	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
14	102351449	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:84,6,0
14	102351456	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
14	102446161	.	G	A	1200.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0.740;DP=32;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.662;QD=29.66;ReadPosRankSum=-0.973	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:2,30:32:9:1228,9,0
14	102547218	.	G	A	280.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:309,21,0
14	102548224	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
14	102549231	.	C	T	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
14	102549262	.	A	G	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
14	102550803	.	G	A	1454.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,34:34:99:1483,102,0
14	102568296	.	G	A	353.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:382,27,0
14	102568367	.	T	A	280.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:309,21,0
14	102682774	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=13.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:69,0,37
14	102790760	.	A	G	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:71:71,0,150
14	102791434	.	A	G	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:68:68,0,150
14	102791615	.	A	G	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:29:76,0,29
14	102792109	.	A	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,162
14	102808330	.	C	T	358.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=1.025;DP=17;FS=4.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.830;QD=21.10;ReadPosRankSum=-1.513	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,10:17:99:387,0,251
14	102808655	.	G	C	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.94;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:65:76,0,65
14	102812062	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	102812839	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
14	102814698	.	A	G	962.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:991,69,0
14	102814945	.	G	A	795.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=-1.177;DP=30;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.358;QD=26.53;ReadPosRankSum=1.312	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,21:30:99:824,0,281
14	102970581	.	C	G	29.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=-1.067;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=3.72;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:58:58,0,243
14	102971016	.	T	C	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.296;DP=10;FS=10.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=7.38;ReadPosRankSum=0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:102,0,271
14	102971050	.	T	G	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=1.495;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=5.68;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:68:68,0,203
14	102972170	.	T	C	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.495;QD=4.82;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:62:62,0,189
14	102974999	.	T	C	210.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=1.621;DP=22;FS=6.727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.775;QD=9.58;ReadPosRankSum=-0.352	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,7:22:99:239,0,599
14	102975265	.	A	G	25.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=-0.537;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.107;QD=2.15;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:54:54,0,644
14	102975266	.	G	A	25.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=-0.537;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.107;QD=2.15;ReadPosRankSum=0.107	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:54:54,0,644
14	102975552	.	T	A	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.480;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.898;QD=2.88;ReadPosRankSum=-0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:57:57,0,303
14	102975572	.	C	T	95.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.246;DP=11;FS=9.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.896;QD=8.71;ReadPosRankSum=-0.278	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,4:11:99:124,0,231
14	103059220	.	G	A	86.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:114,9,0
14	103171806	.	A	G	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
14	103190362	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
14	103193028	.	G	A	651.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=-2.906;DP=27;FS=6.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.952;QD=24.14;ReadPosRankSum=2.906	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,18:27:99:680,0,297
14	103195365	.	G	C	166.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=-1.097;DP=14;FS=6.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.581;QD=11.91;ReadPosRankSum=0.968	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,6:14:99:195,0,280
14	103243946	.	C	T	259.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:288,21,0
14	103375594	.	T	A	525.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:554,39,0
14	103398891	.	C	T	1029.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,28:28:83:1058,83,0
14	103399448	.	T	C	786.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:815,57,0
14	103404159	.	A	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
14	103408619	.	G	A	169.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:198,15,0
14	103408900	.	A	G	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
14	103412268	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	103422511	.	A	G	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
14	103440473	.	G	C	1541.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,36:36:99:1570,108,0
14	103568614	.	T	A	85.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:113,9,0
14	103587435	.	T	C	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
14	103590772	.	G	A	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
14	103593950	.	C	G	964.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.459;ClippingRankSum=0.655;DP=45;FS=4.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.770;QD=21.44;ReadPosRankSum=0.471	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,26:45:99:993,0,673
14	103595997	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	103596129	.	G	A	358.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.883;ClippingRankSum=-0.224;DP=58;FS=2.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.951;QD=6.19;ReadPosRankSum=1.137	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:45,13:58:99:387,0,1678
14	103598736	.	C	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
14	103599938	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	103600756	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
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14	103603569	.	C	T	2002.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,48:48:99:2031,144,0
14	103800071	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
14	103807969	.	T	C	1670.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,39:39:99:1699,117,0
14	103810913	.	A	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
14	103930032	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
14	103934488	.	T	C	1681.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,42:42:99:1710,126,0
14	103951830	.	A	G	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
14	103952656	.	G	C	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
14	103954727	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
14	103955495	.	A	G	191.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:220,15,0
14	103968862	.	G	C	90.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:118,9,0
14	103969799	.	T	C	800.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:829,60,0
14	103986255	.	C	T	1682.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,39:39:99:1711,117,0
14	103988180	.	G	T	791.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:820,60,0
14	103993060	.	A	G	232.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:261,18,0
14	103996396	.	G	A	881.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:910,63,0
14	103997525	.	T	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
14	104000183	.	C	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
14	104001517	.	G	A	508.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:537,39,0
14	104004311	.	C	A	223.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:252,18,0
14	104139570	.	G	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
14	104147861	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,120
14	104148339	.	C	T	93.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
14	104148767	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:69:69,0,120
14	104149569	.	C	T	484.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:513,39,0
14	104150352	.	G	A	186.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:15:215,15,0
14	104150360	.	C	T	186.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:15:215,15,0
14	104154882	.	C	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
14	104155640	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.33	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
14	104158222	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
14	104162376	.	C	T	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
14	104162377	.	A	G	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
14	104162723	.	G	A	613.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:642,45,0
14	104162810	.	C	G	227.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:256,18,0
14	104162994	.	G	A	900.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:929,66,0
14	104163901	.	T	C	195.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:224,15,0
14	104166783	.	A	G	177.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:206,15,0
14	104179267	.	T	C	313.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:342,24,0
14	104179314	.	T	C	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
14	104194196	.	C	G	1368.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,33:33:99:1397,99,0
14	104199356	.	C	T	1112.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.245;DP=42;FS=5.030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.095;QD=26.49;ReadPosRankSum=-0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,29:42:99:1141,0,435
14	104378852	.	G	A	886.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.828;ClippingRankSum=-0.655;DP=31;FS=1.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.332;QD=28.61;ReadPosRankSum=0.655	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,23:31:99:915,0,243
14	104379912	.	C	T	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:77,0,34
14	105167807	.	C	T	1459.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,35:35:99:1488,105,0
14	105176781	.	G	A	47.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
14	105179194	.	T	C	1923.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,45:45:99:1952,135,0
14	105180484	.	C	T	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
14	105180565	.	T	C	1303.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,32:32:96:1332,96,0
14	105180706	.	A	C	1843.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,45:45:99:1872,135,0
14	105181848	.	A	G	277.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:306,21,0
14	105181851	.	C	T	277.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:21:306,21,0
14	105183749	.	A	G	398.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:427,33,0
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14	105267579	.	A	G	187.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:216,15,0
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14	105306664	.	C	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
14	105306816	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	105310498	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
14	105310677	.	T	G	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
14	105314262	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
14	105315682	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	105316232	.	T	C	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:29:74,0,29
14	105316247	.	T	C	40.81	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=13.60;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:20:69,0,20
14	105323654	.	C	G	194.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:223,15,0
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14	105335049	.	C	T	128.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=21.46;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:65:157,0,65
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14	105336751	.	G	A	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
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14	105337803	.	C	T	191.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:220,15,0
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14	105338701	.	T	C	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=8.44	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,0:4:62:62,0,854
14	105339284	.	T	C	189.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.589;QD=23.72;ReadPosRankSum=-1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:64:218,0,64
14	105339968	.	T	C	360.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:389,27,0
14	105340130	.	C	T	323.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:352,24,0
14	105340571	.	C	T	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.55;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:71:71,0,105
14	105340643	.	C	T	398.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:427,30,0
14	105342875	.	T	C	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=5.68;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:68:68,0,130
14	105343593	.	A	G	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:30:120,0,30
14	105344111	.	G	A	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=12.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:66,0,33
14	105344157	.	G	A	167.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=27.97;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:22:196,0,22
14	105344293	.	C	T	1294.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=-0.071;DP=40;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.036;QD=32.37;ReadPosRankSum=-0.925	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,33:40:99:1323,0,189
14	105344318	.	G	A	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
14	105344347	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	105344568	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
14	105349388	.	A	C	784.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=-0.272;DP=30;FS=1.607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.996;QD=26.16;ReadPosRankSum=-1.086	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,21:30:99:813,0,310
14	105350235	.	T	C	126.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=-1.328;DP=32;FS=1.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.314;QD=3.96;ReadPosRankSum=1.328	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,6:32:99:155,0,1017
14	105350355	.	A	G	929.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.743;ClippingRankSum=-1.807;DP=35;FS=11.477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.931;QD=26.56;ReadPosRankSum=2.027	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,25:35:99:958,0,256
14	105350439	.	C	T	194.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=-2.375;DP=36;FS=9.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=5.41;ReadPosRankSum=0.037	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:27,9:36:99:223,0,1005
14	105350799	.	C	T	1007.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=-2.404;DP=33;FS=10.683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.630;QD=30.54;ReadPosRankSum=1.750	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,27:33:99:1036,0,149
14	105350868	.	C	T	928.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=-0.083;DP=37;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.977;QD=25.10;ReadPosRankSum=1.445	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,26:37:99:957,0,344
14	105351637	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
14	105351673	.	C	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
14	105352255	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	105354293	.	A	G	820.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=-0.166;DP=38;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.257;QD=21.60;ReadPosRankSum=0.469	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,24:38:99:849,0,464
14	105354545	.	A	G	90.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:32:119,0,32
14	105355072	.	G	A	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
14	105355109	.	T	G	169.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:198,15,0
14	105356137	.	G	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
14	105358315	.	T	C	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
14	105359827	.	T	C	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
14	105361934	.	T	C	1233.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.246;ClippingRankSum=0.289;DP=48;FS=2.747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.734;QD=25.70;ReadPosRankSum=-0.378	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,33:48:99:1262,0,510
14	105415352	.	G	C	141.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:169,12,0
14	105415946	.	C	T	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.19;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:68:77,0,68
14	105417251	.	C	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
14	105417894	.	C	G	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.386;ClippingRankSum=0.296;DP=10;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.546;QD=7.58;ReadPosRankSum=-0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:104,0,269
14	105455839	.	C	T	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=5.68;ReadPosRankSum=-0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:68:68,0,201
14	105455877	.	C	G	138.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:166,12,0
14	105457771	.	A	G	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
14	105460359	.	C	T	129.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:157,12,0
14	105461067	.	C	T	576.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:605,42,0
14	105461832	.	C	T	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
14	105475991	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	105476065	.	T	C	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
14	105476658	.	T	C	366.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:395,27,0
14	105476853	.	C	T	999.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1028,75,0
14	105477180	.	A	G	305.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:334,24,0
14	105477349	.	G	C	1263.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,31:31:93:1292,93,0
14	105477507	.	G	A	1168.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,28:28:84:1197,84,0
14	105477613	.	T	C	814.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:843,63,0
14	105482373	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	105484284	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
14	105486513	.	C	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
14	105500158	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
14	105500415	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
14	105500760	.	T	A	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
14	105506249	.	A	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
14	105508139	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
14	105513691	.	G	C	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:74,0,37
14	105538843	.	A	G	570.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:47:599,47,0
14	105540026	.	C	T	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:79,0,37
14	105541197	.	G	A	491.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:520,36,0
14	105543785	.	A	T	358.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.060;ClippingRankSum=-2.060;DP=17;FS=5.167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.653;QD=21.10;ReadPosRankSum=0.352	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,11:17:99:387,0,391
14	105545105	.	C	G	134.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:162,12,0
14	105548415	.	A	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
14	105553392	.	G	A	133.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:161,12,0
14	105553662	.	T	C	140.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:168,12,0
14	105553763	.	C	T	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
14	105554527	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
14	105555223	.	C	T	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
14	105555261	.	T	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
14	105556710	.	T	C	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
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14	105558360	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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14	105623512	.	T	C	252.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:281,21,0
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14	105628978	.	C	T	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=5.40;ReadPosRankSum=-1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:66:66,0,447
14	105640076	.	G	A	230.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:259,18,0
14	105640460	.	G	A	25.75	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=12.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:53,6,0
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14	105676048	.	G	C	153.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=-1.435;DP=23;FS=1.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.035;QD=6.69;ReadPosRankSum=1.365	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,6:23:99:182,0,659
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14	105691104	.	T	C	12.77	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=12.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:39,3,0
14	105691474	.	T	C	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
14	105715237	.	C	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
14	105715370	.	A	C	195.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=24.47;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:57:224,0,57
14	105715515	.	C	T	372.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=-1.086;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.888;QD=28.67;ReadPosRankSum=-0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,11:13:46:401,0,46
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14	105833679	.	A	G	183.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.158;ClippingRankSum=-0.260;DP=31;FS=10.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.449;QD=5.93;ReadPosRankSum=-0.165	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,7:31:99:212,0,897
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14	105855224	.	G	C	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.937;QD=7.25;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:79:79,0,149
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14	105935041	.	A	G	934.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:963,69,0
14	105935123	.	A	G	597.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:626,45,0
14	105935721	.	A	G	366.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:395,27,0
14	105935824	.	G	A	2396.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,58:58:99:2425,175,0
14	105936064	.	A	G	207.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:236,18,0
14	105943679	.	G	A	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
14	105948884	.	T	C	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:80,0,36
14	105949093	.	T	C	80.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=20.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:31:109,0,31
14	105953595	.	T	C	122.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:150,12,0
14	105954682	.	C	G	118.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=-1.133;DP=10;FS=11.181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.88;ReadPosRankSum=1.133	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:147,0,233
14	105960242	.	T	C	57.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=-0.248;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.001;QD=6.42;ReadPosRankSum=1.203	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:86:86,0,230
14	105962057	.	G	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
14	105962234	.	T	C	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
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15	20001775	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	20018755	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	20018758	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	20020724	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	20020733	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	20557655	.	C	G	14.68	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=14.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:41,3,0
15	20558546	.	A	G	86.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:114,9,0
15	20562002	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
15	20566165	.	C	T	137.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:165,12,0
15	20566378	.	T	C	51.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:26:80,0,26
15	20566945	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
15	20567165	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,57
15	20567167	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,57
15	20567171	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,57
15	20567174	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,57
15	20567296	.	C	T	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
15	20571466	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
15	20572074	.	T	C	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.19;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:72:77,0,72
15	20575650	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
15	20578320	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
15	20579508	.	T	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
15	20580164	.	G	A	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
15	20592329	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
15	20593964	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	20595308	.	G	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
15	20596435	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
15	20596572	.	C	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
15	20596744	.	G	A	80.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=13.46;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:109,0,113
15	20600662	.	C	T	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
15	20600866	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
15	20600878	.	G	A	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
15	20601567	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
15	20603822	.	T	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
15	20605859	.	G	A	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
15	20608318	.	T	C	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:74,0,34
15	20610834	.	T	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
15	20613415	.	T	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
15	20617855	.	T	G	42.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:70,6,0
15	20626717	.	G	C	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:74,0,35
15	20785209	.	A	G	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
15	20850522	.	G	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
15	20851090	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	20851734	.	G	C	188.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:217,15,0
15	21916327	.	A	T	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
15	21932911	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
15	21934967	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	21935006	.	T	C	96.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:124,9,0
15	21935479	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	22514462	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	22514464	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	22514476	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	22540895	.	A	C	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=23.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:123,0,33
15	22541053	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	22541781	.	T	C	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
15	22543390	.	A	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
15	22543969	.	G	A	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:78,0,37
15	22546441	.	G	C	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
15	22546658	.	G	A	195.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=-2.181;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.637;QD=17.80;ReadPosRankSum=2.181	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,6:11:99:224,0,175
15	22576190	.	G	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
15	22579116	.	C	A	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
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15	22925851	.	C	T	610.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=-0.369;DP=42;FS=1.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.419;QD=14.54;ReadPosRankSum=0.470	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,18:42:99:639,0,870
15	22939192	.	G	A	1324.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,32:32:96:1353,96,0
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15	22999457	.	G	A	660.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.592;ClippingRankSum=-0.806;DP=44;FS=4.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.308;QD=15.02;ReadPosRankSum=0.663	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,19:44:99:689,0,952
15	23000272	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
15	23000921	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	23003463	.	C	G	310.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=-0.599;DP=28;FS=16.911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.503;QD=11.10;ReadPosRankSum=0.216	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,10:28:99:339,0,696
15	23004893	.	A	C	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:116,0,34
15	23005202	.	G	A	69.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=9.97;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:98:98,0,146
15	23034002	.	C	T	194.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:223,15,0
15	23043896	.	G	A	113.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=-1.239;DP=12;FS=6.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.289;QD=9.48;ReadPosRankSum=1.239	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,4:12:99:142,0,318
15	23045127	.	G	A	138.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=1.256;DP=13;FS=5.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.533;QD=10.67;ReadPosRankSum=-1.256	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,5:13:99:167,0,301
15	23046314	.	C	G	116.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=-0.365;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.633;QD=11.68;ReadPosRankSum=0.365	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:145,0,233
15	23046848	.	T	C	638.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:45:667,45,0
15	23046855	.	G	T	638.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:45:667,45,0
15	23046902	.	T	C	148.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.529;DP=12;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.244;QD=12.40;ReadPosRankSum=-0.831	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,5:12:99:177,0,274
15	23047266	.	G	A	243.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.791;ClippingRankSum=0.312;DP=13;FS=5.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.377;QD=18.75;ReadPosRankSum=-0.377	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,7:13:99:272,0,211
15	23047702	.	G	C	143.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=-0.825;DP=11;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.532;QD=13.07;ReadPosRankSum=1.031	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,5:11:99:172,0,222
15	23047857	.	G	A	673.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:702,48,0
15	23048542	.	A	G	275.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.437;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.092;QD=21.21;ReadPosRankSum=-0.437	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,8:13:99:304,0,169
15	23052632	.	T	C	231.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:260,18,0
15	23299705	.	G	A	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.208;ClippingRankSum=-1.047;DP=31;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.188;QD=2.64;ReadPosRankSum=1.155	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,5:31:99:110,0,999
15	23811328	.	G	A	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.988;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.988;QD=12.29;ReadPosRankSum=-0.988	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:102,0,109
15	23814666	.	C	T	46.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
15	23816185	.	C	T	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
15	23820159	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
15	23822908	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	25579816	.	C	A	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
15	25584029	.	G	A	369.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=1.115;DP=19;FS=4.242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.619;QD=19.46;ReadPosRankSum=-1.280	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,11:19:99:398,0,292
15	25670690	.	A	G	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
15	26890684	.	C	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
15	26890755	.	T	C	91.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:119,9,0
15	26891086	.	A	G	59.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:87,9,0
15	27091391	.	G	T	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:79,0,37
15	28356349	.	G	A	343.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:372,27,0
15	28422609	.	C	T	261.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=-0.340;DP=15;FS=5.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.209;QD=17.45;ReadPosRankSum=0.340	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,8:15:99:290,0,224
15	28517436	.	T	C	15.88	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=-1.734;DP=14;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.822;QD=1.13;ReadPosRankSum=1.734	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:44:44,0,415
15	28518179	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
15	28518184	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:87,6,0
15	28518217	.	C	G	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
15	28863388	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	28930149	.	T	C	188.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:217,15,0
15	29995315	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
15	29997079	.	A	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
15	30008856	.	C	A	788.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=1.239;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.743;QD=31.09;ReadPosRankSum=1.569	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,20:21:25:817,25,0
15	30008889	.	G	A	1249.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1278,90,0
15	30019055	.	A	C	524.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=-0.982;DP=32;FS=5.121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.284;QD=16.40;ReadPosRankSum=0.906	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,15:32:99:553,0,645
15	30023300	.	T	A	58.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=11.75;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:49:87,0,49
15	30023301	.	T	A	51.73	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=10.35	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:49:97,0,49
15	30057625	.	A	G	90.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:118,9,0
15	30147996	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	31059346	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
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15	31233220	.	C	T	177.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:206,15,0
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15	31234932	.	C	T	408.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:437,33,0
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15	31619607	.	G	A	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
15	31665443	.	C	T	504.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:533,39,0
15	31667358	.	G	A	197.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.903;ClippingRankSum=1.903;DP=17;FS=4.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.342;QD=11.63;ReadPosRankSum=-1.805	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,7:17:99:226,0,399
15	31667796	.	C	T	443.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:472,33,0
15	31668694	.	A	G	344.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=0.041;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.041;QD=18.15;ReadPosRankSum=-0.122	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,10:19:99:373,0,339
15	32810081	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	32907712	.	C	T	81.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=20.45;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:24:110,0,24
15	33058588	.	C	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,117
15	33058963	.	C	A	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=1.537;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.537;QD=13.96;ReadPosRankSum=-1.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:112,0,108
15	33061723	.	A	G	25.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=5.16;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:54:54,0,111
15	33062886	.	C	T	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.19;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:41:73,0,41
15	33063140	.	C	T	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=17.55;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:61:116,0,61
15	33063226	.	A	C	238.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:267,18,0
15	33063813	.	T	C	223.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:252,18,0
15	33064461	.	C	T	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=17.75;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:99:117,0,194
15	33064465	.	C	G	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:99:117,0,194
15	33064474	.	G	C	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=22.19;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:99:117,0,194
15	33065632	.	C	T	135.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=19.40;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:60:164,0,60
15	33065810	.	T	G	38.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=6.46;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:67:67,0,153
15	33107259	.	T	C	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
15	33117280	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
15	33136109	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
15	33261232	.	G	A	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
15	34146886	.	T	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
15	34146922	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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15	34151519	.	T	C	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:29:79,0,29
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15	34155239	.	T	A	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
15	34156284	.	C	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
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15	34276895	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	34276899	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	34281733	.	C	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
15	34398918	.	C	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
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15	34435894	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
15	34437863	.	A	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
15	34438576	.	C	G	234.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:263,18,0
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15	34525588	.	T	C	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
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15	34610964	.	G	C	218.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:247,18,0
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15	34671438	.	G	T	541.53	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=-1.736;DP=15;FS=3.979;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.579;QD=28.71;ReadPosRankSum=1.273	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,14:15:3:568,3,0
15	34671583	.	A	G	359.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:388,27,0
15	34672761	.	T	C	581.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:610,42,0
15	34672806	.	C	T	626.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:655,45,0
15	34673722	.	C	T	361.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.103;DP=31;FS=1.440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.351;QD=11.67;ReadPosRankSum=0.021	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,11:31:99:390,0,768
15	34729610	.	G	A	186.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=2.166;DP=10;FS=2.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.818;QD=18.68;ReadPosRankSum=1.580	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,7:10:82:215,0,82
15	34729660	.	G	C	167.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=27.96;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:66:196,0,66
15	34729664	.	C	A	167.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=33.55;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:66:196,0,66
15	34729951	.	C	T	121.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:149,12,0
15	34729987	.	G	A	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
15	34817507	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
15	34817765	.	C	T	231.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:260,18,0
15	34818262	.	C	T	282.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:21:311,21,0
15	34818270	.	G	A	282.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:311,21,0
15	34818982	.	C	T	863.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:892,63,0
15	34819027	.	C	T	889.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:918,63,0
15	35146140	.	T	A	132.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=22.13;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:69:161,0,69
15	35147345	.	A	G	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=6.96;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:70:70,0,156
15	35149008	.	C	T	935.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:964,66,0
15	35272234	.	C	G	611.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:640,45,0
15	35272702	.	G	A	446.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.716;ClippingRankSum=-1.800;DP=30;FS=1.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.339;QD=14.89;ReadPosRankSum=1.674	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,13:30:99:475,0,600
15	35273620	.	C	T	370.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.298;DP=38;FS=1.397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.335;QD=9.76;ReadPosRankSum=-0.016	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,12:38:99:399,0,997
15	35274389	.	C	T	38.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=-1.198;DP=37;FS=9.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.073;QD=1.05;ReadPosRankSum=1.101	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:33,4:37:67:67,0,1290
15	36983962	.	T	C	126.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.421;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=15.85;ReadPosRankSum=1.368	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:155,0,157
15	37101763	.	G	A	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
15	37292780	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
15	37297251	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
15	37391817	.	A	G	24.79	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=8.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:31:53,0,31
15	37547106	.	A	G	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
15	37547125	.	T	C	194.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:223,15,0
15	38544590	.	A	G	170.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:199,18,0
15	38557407	.	C	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
15	38614525	.	G	A	456.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:485,33,0
15	38631840	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
15	38631930	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	38643574	.	T	C	971.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:1000,69,0
15	38647811	.	G	A	274.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:303,21,0
15	38649656	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	38777833	.	A	C	242.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.524;ClippingRankSum=-1.524;DP=14;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.299;QD=17.34;ReadPosRankSum=1.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,7:14:99:271,0,247
15	38953475	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
15	39873321	.	T	C	343.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.669;ClippingRankSum=-0.849;DP=24;FS=3.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.556;QD=14.32;ReadPosRankSum=0.263	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,10:24:99:372,0,536
15	39879309	.	G	A	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=6.13;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:65:65,0,159
15	39879717	.	G	A	1003.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=-1.401;DP=54;FS=1.096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.642;QD=18.59;ReadPosRankSum=1.635	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,27:50:99:1032,0,875
15	39879722	.	G	T	1003.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.51	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,7:7:99:1032,0,875
15	39879726	.	G	A	1003.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=32.90;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:99:1032,0,875
15	39880358	.	C	T	1171.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=-2.731;DP=59;FS=2.175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.768;QD=19.86;ReadPosRankSum=2.533	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:27,32:59:99:1200,0,971
15	39880822	.	A	G	1340.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=-0.368;DP=56;FS=2.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.171;QD=23.94;ReadPosRankSum=0.624	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,36:56:99:1369,0,658
15	39887848	.	G	A	591.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=-2.577;DP=46;FS=1.177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.169;QD=12.86;ReadPosRankSum=2.330	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,18:46:99:620,0,1070
15	39891439	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	39910052	.	C	G	292.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=-1.733;DP=10;FS=2.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.898;QD=29.28;ReadPosRankSum=1.733	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,8:10:55:321,0,55
15	39910174	.	G	A	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.532;ClippingRankSum=-1.532;DP=11;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.768;QD=2.62;ReadPosRankSum=1.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:57:57,0,345
15	39910404	.	G	A	116.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.937;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.300;QD=16.68;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:145,0,104
15	40092835	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:81,0,34
15	40226495	.	T	C	840.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:869,60,0
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15	40837598	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	40842185	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
15	40845597	.	A	G	120.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:148,12,0
15	40954865	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
15	40955517	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	40985001	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	40985591	.	T	C	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
15	40986355	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	41024094	.	G	A	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
15	41024200	.	A	G	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=6.75;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:62:62,0,118
15	41059785	.	G	A	394.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:423,33,0
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15	41106485	.	A	C	484.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.510;DP=37;FS=4.743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.541;QD=13.10;ReadPosRankSum=-0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,15:37:99:513,0,823
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15	41148163	.	C	T	2148.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.896;ClippingRankSum=-0.767;DP=78;FS=0.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.548;QD=27.55;ReadPosRankSum=3.408	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,55:78:99:2177,0,720
15	41148199	.	C	T	1115.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=-0.794;DP=71;FS=3.214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.087;QD=15.72;ReadPosRankSum=-0.551	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:40,31:71:99:1144,0,1541
15	41148250	.	C	T	1225.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.394;ClippingRankSum=1.806;DP=74;FS=3.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.763;QD=16.56;ReadPosRankSum=2.934	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:40,34:74:99:1254,0,1531
15	41149161	.	G	C	1216.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.644;ClippingRankSum=-1.551;DP=83;FS=43.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.745;QD=14.66;ReadPosRankSum=1.746	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:49,34:83:99:1245,0,1866
15	41149502	.	T	C	917.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.157;ClippingRankSum=0.445;DP=76;FS=24.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.282;QD=12.08;ReadPosRankSum=-0.543	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:49,27:76:99:946,0,1682
15	41149717	.	C	T	990.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.045;DP=66;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.123;QD=15.01;ReadPosRankSum=2.407	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:38,28:66:99:1019,0,1437
15	41149765	.	A	G	453.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.401;DP=49;FS=1.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.269;QD=9.26;ReadPosRankSum=0.575	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:34,15:49:99:482,0,1276
15	41151104	.	C	T	404.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=-1.501;DP=15;FS=5.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.065;QD=26.98;ReadPosRankSum=0.979	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,11:15:99:433,0,129
15	41152797	.	A	G	329.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:358,24,0
15	41166528	.	T	C	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:30:80,0,30
15	41186990	.	C	T	60.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.775;ClippingRankSum=-1.099;DP=13;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.930;QD=4.67;ReadPosRankSum=1.099	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,3:13:89:89,0,359
15	41192558	.	T	C	398.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=-0.680;DP=16;FS=5.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.113;QD=24.92;ReadPosRankSum=0.566	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,11:16:99:427,0,163
15	41196518	.	A	G	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=6.63;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:68:68,0,156
15	41196529	.	A	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,309
15	41196537	.	A	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,309
15	41197319	.	A	G	27.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=3.97;ReadPosRankSum=-0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:56:56,0,201
15	41197329	.	A	G	74.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=1.537;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.537;QD=12.46;ReadPosRankSum=-0.988	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:103,0,111
15	41199503	.	C	G	194.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=-0.248;DP=9;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.573;QD=21.64;ReadPosRankSum=0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:94:223,0,94
15	41245329	.	T	C	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
15	41247383	.	G	A	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
15	41249273	.	C	T	205.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=-0.296;DP=10;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.166;QD=20.58;ReadPosRankSum=0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,7:10:99:234,0,105
15	41249448	.	A	G	265.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:294,21,0
15	41249468	.	C	G	230.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:259,18,0
15	41271447	.	A	T	486.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:515,36,0
15	41271718	.	C	T	1129.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1158,81,0
15	41377762	.	C	T	77.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=-2.001;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.424;QD=4.86;ReadPosRankSum=0.061	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,4:16:99:106,0,429
15	41564393	.	A	G	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
15	41564776	.	A	G	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
15	41572702	.	A	G	484.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:513,36,0
15	41573612	.	C	A	1735.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,40:40:99:1764,120,0
15	41576241	.	C	T	1133.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1162,81,0
15	41578807	.	G	C	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
15	41589943	.	A	G	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=14.29;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:114,0,107
15	41590972	.	A	G	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.411;DP=24;FS=2.291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.137;QD=3.20;ReadPosRankSum=0.867	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,3:23:99:105,0,1468
15	41590973	.	A	G	297.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.969;ClippingRankSum=0.742;DP=24;FS=10.488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.098;QD=12.41;ReadPosRankSum=1.775	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,8:23:99:326,0,857
15	41590978	.	A	G	503.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=2.091;DP=28;FS=1.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.023;QD=17.99;ReadPosRankSum=0.207	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,14:28:99:532,0,517
15	41590999	.	A	G	93.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.441;ClippingRankSum=-0.567;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.441;QD=4.69;ReadPosRankSum=-1.575	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,2:20:99:122,0,2104
15	41591334	.	A	G	43.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=-0.509;DP=29;FS=2.876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.509;QD=1.51;ReadPosRankSum=0.787	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,4:29:72:72,0,1368
15	41591342	.	A	G	609.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=-0.236;DP=20;FS=18.402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.898;QD=30.49;ReadPosRankSum=0.520	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,16:20:99:638,0,115
15	41591397	.	A	G	108.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.375;DP=30;FS=5.280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.068;QD=3.63;ReadPosRankSum=-0.029	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,5:29:99:137,0,960
15	41591417	.	A	G	210.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=-0.365;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.568;QD=17.56;ReadPosRankSum=0.365	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,6:10:99:239,0,253
15	41591418	.	A	G	210.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=1.447;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.365;QD=17.56;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,6:10:99:239,0,253
15	41591451	.	A	G	104.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.307;ClippingRankSum=-0.361;DP=10;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=10.48;ReadPosRankSum=-0.729	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:133,0,280
15	41591457	.	A	G	25.78	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=-0.537;DP=13;FS=8.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.752;QD=1.98;ReadPosRankSum=-0.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:54:54,0,566
15	41591859	.	G	A	1555.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,37:37:99:1584,111,0
15	41592706	.	A	G	704.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.552;ClippingRankSum=-0.274;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.639;QD=28.22;ReadPosRankSum=0.639	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,18:19:25:733,25,0
15	41594303	.	A	C	876.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:905,63,0
15	41594652	.	A	G	290.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.194;ClippingRankSum=0.444;DP=22;FS=11.290;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.444;QD=13.22;ReadPosRankSum=-0.444	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,8:22:99:319,0,539
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15	41809530	.	T	C	745.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:774,54,0
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15	42131965	.	A	G	202.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=-1.001;DP=9;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.573;QD=22.53;ReadPosRankSum=0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:94:231,0,94
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15	42134839	.	T	C	115.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:143,12,0
15	42135541	.	G	T	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:77:78,0,77
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15	42188591	.	G	A	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
15	42201702	.	T	C	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
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15	42621001	.	G	A	93.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
15	42704105	.	C	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
15	42820451	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
15	42831329	.	T	C	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.94;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:74:76,0,74
15	42835617	.	T	C	11.12	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=-1.863;DP=17;FS=6.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.224;QD=0.65;ReadPosRankSum=1.863	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,2:17:39:39,0,578
15	42859235	.	T	G	516.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:545,39,0
15	42859470	.	A	G	31.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=-0.711;DP=18;FS=6.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.592;QD=1.77;ReadPosRankSum=0.237	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,3:18:60:60,0,672
15	42859987	.	A	G	15.88	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=-2.270;DP=13;FS=3.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.493;QD=1.22;ReadPosRankSum=-0.493	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:44:44,0,429
15	42860058	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=-0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=5.82;ReadPosRankSum=1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,564
15	42860063	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.495;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,564
15	42860067	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:69:69,0,564
15	42861529	.	A	G	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=-0.684;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.517;QD=10.35;ReadPosRankSum=1.221	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:111,0,148
15	42861579	.	A	G	120.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.365;QD=12.08;ReadPosRankSum=-1.133	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:149,0,320
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15	43691150	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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15	43700427	.	G	A	193.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=-1.562;DP=15;FS=2.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.405;QD=12.92;ReadPosRankSum=1.099	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,7:15:99:222,0,305
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15	43713634	.	A	C	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.19;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:75:77,0,75
15	43724646	.	T	G	424.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.810;ClippingRankSum=1.659;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.193;QD=21.24;ReadPosRankSum=-1.813	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,12:20:99:453,0,295
15	43748304	.	A	G	264.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=1.280;DP=19;FS=1.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.032;QD=13.94;ReadPosRankSum=-1.280	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,8:19:99:293,0,430
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15	45349567	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	45366822	.	C	T	296.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=-1.954;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.030;QD=14.13;ReadPosRankSum=0.320	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,9:21:99:325,0,467
15	45367566	.	C	T	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=13.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:69,0,37
15	45694579	.	C	T	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=17.15;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:68:114,0,68
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15	49281762	.	G	A	277.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.386;DP=14;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.739;QD=19.84;ReadPosRankSum=-0.471	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,8:14:99:306,0,225
15	49282165	.	T	G	277.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.682;ClippingRankSum=-1.791;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.340;QD=18.52;ReadPosRankSum=1.682	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,8:15:99:306,0,251
15	49284065	.	T	C	124.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=17.82;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:153,0,112
15	49285001	.	G	C	321.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.377;ClippingRankSum=1.288;DP=18;FS=1.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.111;QD=17.88;ReadPosRankSum=-1.377	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,10:18:99:350,0,298
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15	49310300	.	G	A	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:78,0,37
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15	49418856	.	T	C	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.354;DP=11;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.825;QD=2.62;ReadPosRankSum=-0.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:57:57,0,352
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15	50659159	.	A	G	183.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:212,15,0
15	50659435	.	A	G	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=4.35;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:63:63,0,239
15	50660163	.	T	C	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=-1.537;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=14.13;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:113,0,114
15	50660201	.	A	G	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=4.35;ReadPosRankSum=1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:63:63,0,235
15	50660307	.	A	G	38.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=5.54;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:67:67,0,318
15	50660311	.	A	G	126.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.937;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=18.11;ReadPosRankSum=-0.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:155,0,101
15	50660377	.	G	C	121.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=-0.421;DP=8;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=15.22;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:150,0,149
15	50661449	.	A	G	120.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=-0.876;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=13.42;ReadPosRankSum=0.876	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:149,0,189
15	50661858	.	A	G	55.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=-0.135;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.135;QD=3.49;ReadPosRankSum=-0.135	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,3:16:84:84,0,488
15	50661984	.	A	G	29.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=-0.067;DP=9;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=3.31;ReadPosRankSum=0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:58:58,0,277
15	50662097	.	A	G	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=1.001;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.001;QD=8.42;ReadPosRankSum=0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:104,0,235
15	50662104	.	A	G	409.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:438,30,0
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15	50662164	.	A	G	19.81	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.822;DP=14;FS=7.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.456;QD=1.42;ReadPosRankSum=0.456	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:48:48,0,555
15	50662169	.	A	G	16.86	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.594;DP=15;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.594;QD=1.12;ReadPosRankSum=1.613	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,2:15:45:45,0,1124
15	50662235	.	A	G	22.79	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.898;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.898;QD=2.28;ReadPosRankSum=-0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:51:51,0,290
15	50662311	.	A	C	200.80	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=-0.742;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=28.69;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:21:229,0,21
15	50663030	.	A	G	427.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=-0.465;DP=19;FS=5.161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.887;QD=22.51;ReadPosRankSum=0.549	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,12:19:99:456,0,250
15	50716633	.	G	C	356.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:385,27,0
15	50773755	.	G	A	822.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:851,60,0
15	50850558	.	A	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
15	50850562	.	T	A	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:9:132,9,0
15	50853015	.	G	A	299.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.239;DP=24;FS=6.739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.954;QD=12.49;ReadPosRankSum=-0.298	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,9:24:99:328,0,574
15	50853571	.	A	G	734.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:763,54,0
15	50867082	.	G	A	570.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:599,42,0
15	50967723	.	T	C	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
15	50995132	.	A	C	101.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.365;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.741;QD=10.18;ReadPosRankSum=-0.365	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:130,0,237
15	50995355	.	T	C	22.79	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=-1.296;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.061;QD=2.07;ReadPosRankSum=1.061	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:51:51,0,334
15	50995362	.	A	C	147.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=-0.851;DP=10;FS=13.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.676;QD=14.78;ReadPosRankSum=0.676	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:176,0,181
15	50995681	.	T	C	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=9.15;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:74:74,0,175
15	50995724	.	T	C	10.20	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.10;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:36:38,0,36
15	50995847	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
15	50996377	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:77:78,0,77
15	50997266	.	G	A	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=20.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:30:112,0,30
15	50997349	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	50997358	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	50997505	.	C	G	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:65:65,0,154
15	50998144	.	A	T	312.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.694;ClippingRankSum=-2.646;DP=16;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=19.55;ReadPosRankSum=2.540	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,9:16:99:341,0,248
15	50999258	.	G	T	90.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=18.15;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:73:119,0,73
15	50999299	.	C	T	116.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.769;ClippingRankSum=-0.597;DP=11;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.597;QD=10.62;ReadPosRankSum=0.896	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,4:11:99:145,0,261
15	51000968	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	51011078	.	T	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
15	51057868	.	C	A	196.82	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=-0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=28.12;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:19:225,0,19
15	51217361	.	T	C	283.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:312,21,0
15	51294995	.	G	A	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
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15	51296407	.	T	C	411.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:440,30,0
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15	51689772	.	G	A	127.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.937;QD=18.25;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:97:156,0,97
15	51692619	.	A	G	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=5.25;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:65:65,0,196
15	51698525	.	G	A	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:78,0,33
15	51773357	.	G	A	112.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=-0.365;DP=10;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.133;QD=11.28;ReadPosRankSum=0.633	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:141,0,230
15	51914778	.	T	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
15	52017273	.	T	C	243.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=-1.672;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.512;QD=11.08;ReadPosRankSum=1.399	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,8:22:99:272,0,554
15	52101594	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	52107123	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
15	52127230	.	T	C	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:74,0,35
15	52196153	.	C	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
15	52202980	.	T	G	391.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=-0.466;DP=31;FS=1.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.912;QD=12.64;ReadPosRankSum=-1.521	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,12:31:99:420,0,731
15	52203664	.	A	C	368.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=-1.377;DP=30;FS=8.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.387;QD=12.29;ReadPosRankSum=1.420	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,11:30:99:397,0,699
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15	52504965	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
15	52505997	.	A	G	178.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:207,15,0
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15	52531941	.	A	G	478.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=1.050;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.398;QD=22.80;ReadPosRankSum=-1.195	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,13:21:99:507,0,284
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15	52541796	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	52541903	.	T	C	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:80,0,35
15	52542004	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
15	52543181	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
15	52543209	.	C	T	136.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:164,12,0
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15	52603363	.	G	A	347.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:376,27,0
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15	52673250	.	A	G	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
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15	52885187	.	T	C	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=21.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:115,0,34
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15	52901284	.	T	C	601.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:630,42,0
15	52901914	.	T	C	584.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:613,42,0
15	52948357	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	53807399	.	C	T	137.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:165,12,0
15	53807964	.	A	C	416.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:445,30,0
15	53807998	.	C	T	448.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:477,33,0
15	53808842	.	G	A	250.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:279,21,0
15	53811633	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	53830230	.	C	T	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
15	55473192	.	C	T	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:72:72,0,106
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15	55489065	.	G	A	827.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.898;ClippingRankSum=0.827;DP=36;FS=2.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.606;QD=22.99;ReadPosRankSum=1.379	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,22:36:99:856,0,495
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15	55726505	.	G	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
15	55759193	.	T	C	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
15	55852509	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	56119559	.	G	C	925.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:954,66,0
15	56121060	.	A	C	279.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:308,21,0
15	56121139	.	T	C	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=10.22;ReadPosRankSum=-0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:110,0,199
15	56123668	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	56136321	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
15	56136537	.	G	A	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
15	56140180	.	A	T	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
15	56152729	.	T	C	1504.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,36:36:99:1533,108,0
15	56152872	.	C	T	1876.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,44:44:99:1905,132,0
15	56169233	.	A	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
15	56286313	.	C	A	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
15	56364956	.	G	A	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
15	56364959	.	T	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:12:180,12,0
15	56365179	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	56365185	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	56365947	.	G	T	980.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:1009,69,0
15	56384639	.	G	A	293.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:322,24,0
15	56386577	.	T	G	490.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:519,36,0
15	56387931	.	C	T	665.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:694,48,0
15	56721264	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
15	56923536	.	A	G	210.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.248;DP=9;FS=6.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=23.42;ReadPosRankSum=-0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:99:239,0,104
15	56923714	.	G	A	398.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:427,30,0
15	56929224	.	G	A	132.81	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=26.56;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:20:161,0,20
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15	56931766	.	A	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:29:72,0,29
15	56931797	.	C	T	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
15	56934542	.	T	C	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
15	56938334	.	A	C	143.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:171,12,0
15	56945448	.	A	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
15	56957160	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
15	56959028	.	C	T	56.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=-0.956;DP=8;FS=9.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.684;QD=7.10;ReadPosRankSum=0.956	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:85:85,0,198
15	57210810	.	C	T	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
15	57580940	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,150
15	57581311	.	G	A	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:28:77,0,28
15	57939316	.	T	C	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
15	57967219	.	T	C	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
15	57976907	.	A	G	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=16.75;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:66:112,0,66
15	58000981	.	C	T	571.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=-2.290;DP=38;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.881;QD=15.05;ReadPosRankSum=2.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,17:38:99:600,0,796
15	58008925	.	T	C	246.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.627;ClippingRankSum=-1.093;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.101;QD=18.98;ReadPosRankSum=1.093	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,7:13:99:275,0,191
15	58536395	.	C	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
15	58536970	.	T	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
15	58552101	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
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15	59174282	.	T	C	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:123,0,34
15	59192593	.	A	G	168.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:197,15,0
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15	59323048	.	C	G	310.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.665;ClippingRankSum=-0.959;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.533;QD=14.80;ReadPosRankSum=0.746	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,9:21:99:339,0,447
15	59371663	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	59375103	.	T	C	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:29:79,0,29
15	59415268	.	C	T	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=17.95;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:74:118,0,74
15	59429160	.	G	A	256.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.806;ClippingRankSum=-1.317;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.092;QD=10.70;ReadPosRankSum=1.133	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,8:24:99:285,0,623
15	59457005	.	G	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
15	59510189	.	G	A	1658.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,39:39:99:1687,117,0
15	59549761	.	C	T	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
15	59618422	.	C	T	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:80,0,35
15	59626398	.	T	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
15	59657732	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
15	59664963	.	G	C	791.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:820,60,0
15	59672242	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
15	59736724	.	C	T	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
15	59911217	.	C	G	261.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=-0.454;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.124;QD=13.78;ReadPosRankSum=0.206	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,8:19:99:290,0,408
15	59911892	.	G	T	384.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=-2.152;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.906;QD=24.05;ReadPosRankSum=-0.113	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,11:16:99:413,0,163
15	59911970	.	A	C	250.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=0.036;DP=21;FS=4.359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.905;QD=11.94;ReadPosRankSum=-0.978	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,8:21:99:279,0,509
15	59912253	.	A	C	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:120,0,34
15	59921672	.	T	C	90.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:118,9,0
15	59921702	.	T	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
15	59921704	.	A	G	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
15	59921710	.	T	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:12:180,12,0
15	59931556	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	59932470	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	59946919	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	59949178	.	T	C	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
15	59949350	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
15	59951547	.	C	A	232.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:261,18,0
15	59952216	.	T	C	451.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:480,33,0
15	59952382	.	A	G	502.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:531,36,0
15	59952905	.	A	G	366.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:395,27,0
15	59953314	.	C	T	416.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:445,30,0
15	59953631	.	C	G	339.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:368,27,0
15	59954552	.	C	A	413.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:442,30,0
15	59954569	.	T	A	400.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:429,30,0
15	59954853	.	G	A	364.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:393,27,0
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15	60681139	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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15	60687844	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	60688052	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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15	63347876	.	G	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
15	63347997	.	A	G	226.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:255,18,0
15	63348087	.	A	G	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
15	63349096	.	G	A	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
15	63349564	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	63350422	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	63351840	.	C	A	3150.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,72:72:99:3179,217,0
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15	63450485	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
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15	63865946	.	C	A	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=15.35;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:68:105,0,68
15	63886593	.	C	T	154.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=22.11;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:64:183,0,64
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15	64202887	.	C	A	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
15	64202984	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=11.12	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,1:1:39:39,0,70
15	64202989	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,70
15	64202990	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,70
15	64203318	.	T	C	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:80,0,35
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15	64872537	.	A	G	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
15	64915106	.	C	T	895.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:924,63,0
15	64975763	.	C	G	529.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=-0.369;DP=28;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.553;QD=18.92;ReadPosRankSum=0.369	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,15:28:99:558,0,473
15	65236875	.	T	C	56.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:84,9,0
15	65237805	.	A	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
15	65245936	.	C	T	262.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:291,21,0
15	65246320	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	65248061	.	T	C	197.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.589;QD=24.72;ReadPosRankSum=-0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:62:226,0,62
15	65248784	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,112
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15	65442523	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
15	65442562	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
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15	65822823	.	C	G	480.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:509,36,0
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15	65869272	.	C	T	598.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=-1.933;DP=36;FS=10.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.127;QD=16.63;ReadPosRankSum=2.028	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,17:36:99:627,0,718
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15	65994733	.	C	T	124.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.421;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=15.60;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:153,0,156
15	66618342	.	A	G	414.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=-1.352;DP=22;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.297;QD=18.85;ReadPosRankSum=1.418	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,12:22:99:443,0,361
15	66629403	.	C	A	327.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.387;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.317;QD=15.61;ReadPosRankSum=-0.317	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,10:21:99:356,0,400
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15	66672116	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:35:78,0,35
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15	66791601	.	A	G	111.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.159;ClippingRankSum=0.876;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.876;QD=12.42;ReadPosRankSum=-0.876	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:140,0,193
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15	66793677	.	G	C	291.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.675;ClippingRankSum=-0.391;DP=21;FS=4.359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.670;QD=13.89;ReadPosRankSum=0.391	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,9:21:99:320,0,458
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15	67464443	.	C	A	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:78,0,37
15	67464545	.	C	T	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=13.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:69,0,35
15	67465320	.	G	T	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=-0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=14.79;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:117,0,116
15	67466725	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
15	67467297	.	C	T	127.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=25.55;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:156,0,31
15	67467507	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.94;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:72:72,0,74
15	67467541	.	T	C	130.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=26.16;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:27:159,0,27
15	67467928	.	C	G	90.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:118,9,0
15	67468525	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,106
15	67468995	.	C	T	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,101
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15	67469568	.	A	G	217.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=1.589;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=27.22;ReadPosRankSum=-1.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:99:246,0,108
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15	67667566	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
15	67673411	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
15	67692502	.	T	C	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
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15	67811407	.	G	A	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.19;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:73:73,0,78
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15	67951612	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	67952922	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
15	68036173	.	A	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
15	68482966	.	G	T	115.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=-2.219;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.729;QD=12.86;ReadPosRankSum=2.219	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:144,0,173
15	68486097	.	C	T	66.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.300;ClippingRankSum=0.550;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=9.54;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:95:95,0,155
15	68498268	.	T	G	180.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:209,15,0
15	68506157	.	A	C	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
15	68506978	.	T	G	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
15	68507295	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
15	68564976	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
15	68570989	.	C	T	523.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=-0.610;DP=36;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.128;QD=14.55;ReadPosRankSum=1.091	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,15:36:99:552,0,822
15	68583175	.	T	C	2142.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,50:50:99:2171,150,0
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15	69073151	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
15	69086812	.	T	C	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
15	69097949	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
15	69101123	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
15	69106129	.	G	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
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15	69561518	.	G	A	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:70:78,0,70
15	69564343	.	C	T	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.19;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:77:77,0,77
15	69696249	.	T	C	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
15	69696370	.	T	C	191.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:220,15,0
15	69697499	.	A	T	175.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:204,15,0
15	69698480	.	T	C	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
15	69699539	.	A	G	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,63
15	69699540	.	A	G	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,63
15	69699770	.	C	G	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
15	69702705	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	69728949	.	A	G	1315.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=38.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,31:31:93:1344,93,0
15	69732736	.	C	T	1453.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,34:34:99:1482,102,0
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15	72536695	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:75,0,34
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15	72557955	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
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15	73051219	.	G	A	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
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15	73067234	.	T	C	959.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:988,69,0
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15	73710407	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	74032783	.	A	G	131.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=-1.041;DP=15;FS=9.249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.919;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.551	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,5:15:99:160,0,355
15	74043523	.	A	G	169.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:198,15,0
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15	75643759	.	G	T	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=13.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:70,0,35
15	75645621	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:73:78,0,73
15	75645696	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,227
15	75645702	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=9.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,227
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15	75971505	.	T	C	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.988;QD=12.29;ReadPosRankSum=-0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:95:102,0,95
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15	76181522	.	A	C	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
15	76181734	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
15	76188703	.	G	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
15	76188704	.	A	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
15	76189108	.	G	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
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15	77235586	.	A	G	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:73,0,37
15	77241568	.	T	C	1061.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=1.062;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.286;QD=34.25;ReadPosRankSum=-1.174	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,30:31:69:1090,69,0
15	77241751	.	T	C	1422.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,33:33:99:1451,99,0
15	77338784	.	G	C	677.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=-0.839;DP=51;FS=1.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.071;QD=13.29;ReadPosRankSum=0.820	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,20:51:99:706,0,1172
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15	78287476	.	T	C	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=4.47;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:64:64,0,227
15	78287666	.	A	G	280.82	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.751;DP=9;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=31.20;ReadPosRankSum=-0.751	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,8:9:19:309,0,19
15	78293128	.	C	T	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
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15	78581892	.	C	T	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
15	78585106	.	C	T	619.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.151;ClippingRankSum=-1.483;DP=49;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=12.65;ReadPosRankSum=2.458	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,18:49:99:648,0,1204
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15	78832792	.	G	T	232.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=1.134;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.689;QD=19.40;ReadPosRankSum=-0.529	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,7:12:99:261,0,174
15	78833223	.	A	C	143.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:171,12,0
15	78841220	.	T	C	1200.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.154;ClippingRankSum=-0.883;DP=76;FS=4.486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.517;QD=15.80;ReadPosRankSum=0.789	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:42,34:76:99:1229,0,1621
15	78843564	.	C	T	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:31:79,0,31
15	78857939	.	T	G	27.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=5.55;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:56:56,0,112
15	78882925	.	G	A	119.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=1.300;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=17.11;ReadPosRankSum=-1.300	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:148,0,101
15	79047359	.	C	T	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
15	79058013	.	C	T	93.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
15	79058572	.	T	G	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
15	79064080	.	G	A	124.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=20.79;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:64:153,0,64
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15	80478645	.	T	C	150.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=-0.361;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=16.75;ReadPosRankSum=0.361	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:179,0,139
15	80987812	.	T	C	349.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:378,27,0
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15	81270420	.	G	T	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:71,0,34
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15	83512080	.	T	C	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=27.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,1:3:69:110,0,69
15	83674161	.	T	C	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:32:76,0,32
15	83685440	.	A	G	69.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=-1.209;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.030;QD=3.32;ReadPosRankSum=1.120	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,4:21:98:98,0,675
15	83685773	.	A	G	452.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=-1.231;DP=26;FS=8.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.205;QD=17.41;ReadPosRankSum=0.974	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,13:26:99:481,0,492
15	83686105	.	G	A	521.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.147;ClippingRankSum=0.659;DP=27;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.635;QD=19.32;ReadPosRankSum=-0.610	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,15:27:99:550,0,430
15	83686759	.	T	C	159.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=-2.061;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.745;QD=8.41;ReadPosRankSum=1.973	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,6:19:99:188,0,506
15	84084953	.	A	C	55.31	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=18.44;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:1:81,0,1
15	84084961	.	C	T	55.31	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.65	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,2:2:1:81,0,1
15	84951415	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
15	85165303	.	T	A	21.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=-0.354;DP=11;FS=7.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.296;QD=1.98;ReadPosRankSum=-0.118	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:50:50,0,355
15	85174755	.	C	T	123.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:151,12,0
15	85175102	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
15	85183805	.	T	C	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=1.067;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=3.60;ReadPosRankSum=-1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:57:57,0,234
15	85185045	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.94;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:72:72,0,75
15	85185433	.	T	C	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=5.25;ReadPosRankSum=-0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:65:65,0,203
15	85185862	.	T	C	19.81	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=-1.396;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.182;QD=1.65;ReadPosRankSum=1.182	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:48:48,0,386
15	85186637	.	G	C	197.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=-0.101;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.377;QD=15.21;ReadPosRankSum=0.377	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,6:13:99:226,0,267
15	85188994	.	T	C	150.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.267;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.200;QD=10.77;ReadPosRankSum=0.533	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,5:14:99:179,0,340
15	85190470	.	G	T	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=8.95;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:73:73,0,77
15	85191274	.	C	G	132.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=22.13;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:59:161,0,59
15	85333953	.	A	G	115.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.359;ClippingRankSum=-1.239;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.468;QD=9.65;ReadPosRankSum=0.600	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,4:12:99:144,0,282
15	85341859	.	G	A	206.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=1.493;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.377;QD=15.91;ReadPosRankSum=-1.656	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,7:13:99:235,0,216
15	85424885	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
15	85473008	.	A	G	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
15	85627955	.	G	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
15	85648441	.	G	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
15	85718812	.	G	T	44.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:72,6,0
15	85724217	.	T	C	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
15	85944612	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
15	86077552	.	C	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
15	86122654	.	T	C	549.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:578,39,0
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15	86122916	.	T	C	545.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:574,42,0
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15	86123833	.	T	C	568.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:597,42,0
15	86123924	.	C	T	654.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:683,48,0
15	86123988	.	G	A	324.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:353,27,0
15	86124419	.	C	T	485.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:514,36,0
15	86124483	.	C	G	439.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:468,33,0
15	86124555	.	G	A	518.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:547,39,0
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15	86170563	.	T	C	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
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15	89175426	.	T	C	600.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:629,45,0
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15	89864716	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	89877527	.	G	A	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
15	90210257	.	G	A	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:81:81,0,83
15	90210263	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:81:81,0,83
15	90226947	.	C	A	336.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=-0.361;DP=25;FS=10.594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.305;QD=13.47;ReadPosRankSum=0.139	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,10:25:99:365,0,555
15	90328551	.	G	C	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=13.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:68,0,34
15	90334240	.	A	G	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:76,0,35
15	90373873	.	T	C	182.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:211,15,0
15	90374257	.	C	A	624.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:653,48,0
15	90375494	.	T	C	371.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.751;DP=9;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=32.50;ReadPosRankSum=-0.751	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,8:9:88:400,0,88
15	90375513	.	T	C	371.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=30.72;ReadPosRankSum=-0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:88:400,0,88
15	90375568	.	T	C	194.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:223,15,0
15	90375859	.	T	C	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=21.69;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:31:115,0,31
15	90376800	.	G	A	312.10	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.044;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.696;QD=28.37;ReadPosRankSum=-0.348	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,9:10:11:340,0,11
15	90381278	.	C	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
15	90410297	.	C	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
15	90410302	.	G	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
15	90435178	.	T	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
15	90437301	.	C	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
15	90439960	.	G	A	101.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.386;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.157;QD=7.83;ReadPosRankSum=-0.540	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,4:13:99:130,0,357
15	90440487	.	A	C	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=-1.495;DP=7;FS=13.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=5.82;ReadPosRankSum=1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,344
15	90440489	.	T	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=11.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=6.79;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:69:69,0,344
15	90440843	.	T	C	20.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.396;ClippingRankSum=-0.537;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.752;QD=1.73;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:49:49,0,393
15	90441008	.	T	C	222.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.296;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.214;QD=22.28;ReadPosRankSum=-0.546	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,7:10:99:251,0,101
15	90441208	.	T	C	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.067;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=4.22;ReadPosRankSum=-1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:62:62,0,218
15	90441221	.	T	C	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=7.95;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:68:68,0,119
15	90441568	.	A	G	166.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.159;DP=9;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.729;QD=18.53;ReadPosRankSum=-0.361	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:195,0,301
15	90441569	.	C	A	166.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.336;DP=10;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.103;QD=16.68;ReadPosRankSum=0.470	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:195,0,301
15	90441597	.	T	C	234.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.067;ClippingRankSum=0.663;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.299;QD=16.77;ReadPosRankSum=0.663	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,7:14:99:263,0,251
15	90441711	.	T	G	204.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=-1.203;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=22.75;ReadPosRankSum=1.203	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:99:233,0,104
15	90441806	.	T	G	150.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=1.867;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.800;QD=10.77;ReadPosRankSum=-1.467	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,5:14:99:179,0,349
15	90441870	.	A	G	573.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:602,42,0
15	90442454	.	T	C	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=18.94;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:79:104,0,79
15	90442464	.	T	C	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=34.39;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:79:104,0,79
15	90442590	.	T	C	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.895;DP=10;FS=10.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=7.38;ReadPosRankSum=-1.580	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:102,0,274
15	90442606	.	T	C	161.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=-0.336;DP=10;FS=10.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.336;QD=16.18;ReadPosRankSum=0.851	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:190,0,154
15	90442662	.	T	C	93.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=-0.584;DP=18;FS=2.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.434;QD=5.21;ReadPosRankSum=0.690	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,4:18:99:122,0,561
15	90443140	.	T	C	336.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=-1.111;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.288;QD=18.71;ReadPosRankSum=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,10:18:99:365,0,280
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15	90443720	.	T	G	278.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=-0.993;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.150;QD=18.58;ReadPosRankSum=0.556	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,8:15:99:307,0,270
15	90443747	.	A	G	543.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:572,39,0
15	90443779	.	G	C	219.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.049;ClippingRankSum=-1.025;DP=17;FS=5.167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.025;QD=12.93;ReadPosRankSum=0.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,7:17:99:248,0,365
15	90444639	.	A	G	522.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:551,39,0
15	90444681	.	G	T	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
15	90445446	.	A	G	52.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.60;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:23:81,0,23
15	90546090	.	G	A	80.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=20.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:109,0,33
15	90570069	.	C	T	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
15	90744960	.	G	A	302.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=-0.286;DP=34;FS=1.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.127;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.936	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,11:33:99:331,0,827
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15	90763961	.	G	A	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
15	90768271	.	C	T	624.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=-0.537;DP=44;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.919;QD=14.20;ReadPosRankSum=1.277	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,18:44:99:653,0,975
15	90768320	.	C	T	899.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.619;ClippingRankSum=-0.076;DP=38;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.620;QD=23.68;ReadPosRankSum=0.651	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,24:38:99:928,0,478
15	90771750	.	T	G	437.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=-0.108;DP=45;FS=4.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.445;QD=9.73;ReadPosRankSum=0.205	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:30,15:45:99:466,0,1081
15	90772200	.	G	A	826.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=-1.714;DP=46;FS=1.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.879;QD=17.97;ReadPosRankSum=1.670	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,23:46:99:855,0,838
15	90772831	.	C	T	105.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.202;ClippingRankSum=0.919;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.919;QD=7.55;ReadPosRankSum=-1.202	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,4:14:99:134,0,398
15	90774259	.	G	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:77:78,0,77
15	90775913	.	C	T	174.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=36.37;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:30:203,0,30
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15	91185994	.	C	T	168.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.627;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.995;QD=7.67;ReadPosRankSum=-0.700	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,6:22:99:197,0,617
15	91186461	.	G	A	117.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;ClippingRankSum=-1.200;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.933;QD=8.41;ReadPosRankSum=1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,5:14:99:146,0,333
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15	91463842	.	G	A	154.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.826;ClippingRankSum=2.201;DP=18;FS=8.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.515;QD=8.60;ReadPosRankSum=-2.482	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,6:18:99:183,0,441
15	91493059	.	T	C	168.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=24.11;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:62:197,0,62
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15	91499986	.	G	T	141.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.684;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.956;QD=17.72;ReadPosRankSum=-0.684	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:96:170,0,96
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15	91509592	.	T	C	590.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=-0.469;DP=27;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.123;QD=21.88;ReadPosRankSum=0.666	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,16:27:99:619,0,410
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15	92293913	.	G	A	100.53	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:3:127,3,0
15	92293916	.	G	T	100.53	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:3:127,3,0
15	92638193	.	G	A	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
15	92647645	.	G	C	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
15	93143798	.	A	G	46.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
15	93181495	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
15	93195802	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
15	93198671	.	A	G	240.79	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:23:269,23,0
15	93198784	.	A	G	673.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:702,54,0
15	93255062	.	G	A	47.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
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15	100207774	.	C	T	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:28:81,0,28
15	100207850	.	G	A	132.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:160,12,0
15	100220441	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	100222791	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
15	100240724	.	C	A	78.70	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
15	100245296	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	100252805	.	G	T	272.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=-0.416;DP=25;FS=1.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.638;QD=10.91;ReadPosRankSum=0.527	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,10:25:99:301,0,496
15	100254444	.	G	A	517.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:546,39,0
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15	100258034	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
15	100261042	.	G	A	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:80,0,34
15	100265370	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
15	100267097	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
15	100267197	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	100267863	.	T	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
15	100268584	.	T	C	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:65:65,0,148
15	100269309	.	T	G	187.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:216,15,0
15	100269680	.	G	C	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=9.15;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:74:74,0,108
15	100269796	.	A	G	190.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:219,15,0
15	100270400	.	C	T	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
15	100270772	.	A	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
15	100271253	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
15	100272414	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
15	101098922	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
15	101109677	.	C	A	151.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:180,15,0
15	101109794	.	C	G	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=22.94;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:120,0,34
15	101109818	.	G	A	121.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.922;DP=8;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.421;QD=15.22;ReadPosRankSum=1.368	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:150,0,150
15	101109893	.	C	A	80.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=16.15;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:76:109,0,76
15	101110302	.	C	G	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=-0.956;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.322;QD=9.60;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:105,0,188
15	101113139	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
15	101113862	.	C	T	235.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:264,18,0
15	101120963	.	T	C	121.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.922;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.368;QD=15.22;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:150,0,147
15	101169841	.	G	C	153.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=-0.533;DP=13;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.437;QD=11.83;ReadPosRankSum=0.696	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,5:13:99:182,0,307
15	101189896	.	C	T	635.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:664,45,0
15	101390035	.	T	G	378.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:407,30,0
15	101390066	.	A	G	777.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:806,57,0
15	101390587	.	G	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
15	101390674	.	G	A	358.81	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=-0.747;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=25.31;ReadPosRankSum=0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,7:8:20:387,20,0
15	101390681	.	A	T	358.81	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:20:387,20,0
15	101394503	.	C	T	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
15	101395103	.	A	G	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
15	101395530	.	C	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
15	101395541	.	G	A	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:12:177,12,0
15	101395545	.	G	A	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
15	101395724	.	G	T	183.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:212,15,0
15	101401592	.	G	A	87.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:115,9,0
15	101401784	.	G	A	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:31:118,0,31
15	101402096	.	A	G	187.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:216,15,0
15	101429112	.	C	G	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
15	101435106	.	G	C	182.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:211,15,0
15	101437358	.	A	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
15	101438862	.	A	C	227.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:256,18,0
15	101439353	.	T	C	695.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:724,51,0
15	101440988	.	A	C	172.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:201,15,0
15	101441055	.	T	C	269.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:298,21,0
15	101443984	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
15	101446199	.	A	C	405.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:434,30,0
15	101446270	.	G	A	368.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:397,27,0
15	101447974	.	G	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
15	101448783	.	G	A	600.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:629,51,0
15	101449047	.	C	T	864.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=1.320;DP=28;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.300;QD=30.88;ReadPosRankSum=-1.260	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,23:28:99:893,0,120
15	101449627	.	C	G	309.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=-1.203;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.107;QD=18.22;ReadPosRankSum=0.914	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,9:17:99:338,0,294
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15	101450566	.	C	G	864.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:893,63,0
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15	101717065	.	A	G	532.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:561,39,0
15	101717680	.	G	T	352.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:381,27,0
15	101718097	.	C	G	191.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.101;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.660;QD=14.75;ReadPosRankSum=-0.101	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,6:13:99:220,0,257
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15	101791359	.	C	G	130.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=-1.098;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.268;QD=13.08;ReadPosRankSum=0.470	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:159,0,192
15	101823790	.	A	C	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=7.95;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:68:68,0,108
15	102098080	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
15	102098094	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
15	102192540	.	T	G	138.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=0.817;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.212;QD=10.67;ReadPosRankSum=-0.437	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,5:13:99:167,0,300
15	102192548	.	A	C	528.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:39:557,39,0
15	102212431	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
15	102264304	.	G	C	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=10.44;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:67:70,0,67
15	102516734	.	C	T	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.762;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=3.86;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:63:63,0,262
16	67058	.	A	G	130.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=26.15;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:159,0,31
16	103517	.	A	C	1014.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1043,75,0
16	103923	.	C	G	434.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:463,33,0
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16	110165	.	T	C	336.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.33	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:365,27,0
16	110925	.	T	C	404.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:433,30,0
16	111247	.	C	T	277.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=-1.038;DP=26;FS=3.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=10.68;ReadPosRankSum=1.297	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,11:26:99:306,0,489
16	112376	.	T	C	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
16	114535	.	A	G	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
16	115072	.	A	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
16	133946	.	G	A	185.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:214,15,0
16	134441	.	C	A	138.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:166,12,0
16	134457	.	A	G	276.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:305,21,0
16	134745	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
16	136142	.	C	T	688.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:717,51,0
16	136258	.	A	G	1135.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,28:28:84:1164,84,0
16	138019	.	C	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
16	188606	.	G	T	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=14.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:72,0,36
16	247888	.	A	G	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
16	262892	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=10.94;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:65:72,0,65
16	262931	.	T	C	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:80,0,35
16	262955	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
16	266250	.	C	T	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=10.94;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:67:72,0,67
16	277458	.	G	A	328.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.694;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.849;QD=25.29;ReadPosRankSum=-0.540	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,9:13:99:357,0,139
16	284833	.	T	G	226.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:255,18,0
16	337691	.	C	T	607.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=0.795;DP=30;FS=8.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.042;QD=20.26;ReadPosRankSum=1.549	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,17:30:99:636,0,459
16	337750	.	C	G	1017.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1046,72,0
16	342771	.	C	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
16	354493	.	C	T	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:30:74,0,30
16	355457	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
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16	544865	.	G	T	74.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=1.495;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=10.68;ReadPosRankSum=-1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:99:103,0,653
16	544868	.	G	T	74.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=12.46;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,1:6:99:103,0,653
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16	548653	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	548658	.	A	G	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
16	570557	.	T	C	841.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:870,63,0
16	587354	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	588054	.	C	G	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:36:39,0,36
16	589867	.	G	A	32.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=8.19;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:61:61,0,70
16	596090	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
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16	705844	.	T	C	48.80	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.27;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:21:77,0,21
16	709001	.	C	A	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:81,0,33
16	711712	.	C	T	55.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=-0.421;DP=8;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=6.97;ReadPosRankSum=0.421	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:84:84,0,121
16	711905	.	A	G	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=1.683;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.203;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:99,0,209
16	712127	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
16	713836	.	T	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
16	714126	.	A	G	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:80,0,37
16	714155	.	T	C	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=15.15;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:70:104,0,70
16	716273	.	T	C	113.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.421;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.421;QD=14.22;ReadPosRankSum=-0.421	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:142,0,130
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16	1359217	.	A	G	130.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:158,12,0
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16	1367610	.	C	A	136.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:164,12,0
16	1367650	.	C	A	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
16	1368517	.	C	T	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
16	1368982	.	C	A	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
16	1369073	.	C	G	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
16	1369730	.	A	G	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
16	1369926	.	T	C	132.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:160,12,0
16	1370630	.	A	G	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
16	1370716	.	C	T	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=13.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:70,0,37
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16	1376386	.	G	C	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
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16	1394507	.	A	C	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
16	1398818	.	G	C	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
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16	1415331	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	1416910	.	A	G	52.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.39	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,2:2:27:81,0,27
16	1416913	.	C	A	52.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:27:81,0,27
16	1418241	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
16	1419321	.	G	A	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
16	1421858	.	A	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
16	1426727	.	T	C	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
16	1488141	.	C	T	93.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
16	1495243	.	T	G	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
16	1495745	.	G	A	1006.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:1035,69,0
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16	1503879	.	T	A	255.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=-2.628;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.648;QD=11.63;ReadPosRankSum=1.263	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,8:22:99:284,0,541
16	1509123	.	G	A	323.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=-1.083;DP=24;FS=1.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.381;QD=13.49;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,10:24:99:352,0,542
16	1510132	.	G	A	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
16	1510284	.	A	G	91.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:119,9,0
16	1510567	.	T	G	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
16	1524850	.	A	G	709.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=0.173;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.041;QD=26.05;ReadPosRankSum=-1.214	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,19:20:25:738,25,0
16	1543568	.	C	G	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=-0.988;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=12.79;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:96:105,0,96
16	1544301	.	G	C	301.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=-0.898;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.898;QD=30.18;ReadPosRankSum=0.898	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,8:10:92:330,0,92
16	1544302	.	A	G	301.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=-0.898;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=30.18;ReadPosRankSum=0.898	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,8:10:92:330,0,92
16	1545448	.	A	G	437.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:466,33,0
16	1546443	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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16	1549846	.	C	T	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
16	1555589	.	A	G	557.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:586,42,0
16	1560886	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:69:69,0,155
16	1608082	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.69;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:75:75,0,76
16	1664931	.	T	C	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=-0.988;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.988;QD=14.13;ReadPosRankSum=0.988	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:113,0,103
16	1724693	.	G	T	274.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.289;DP=12;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.289;QD=22.90;ReadPosRankSum=0.289	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,8:12:99:303,0,143
16	1734963	.	T	A	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
16	1795459	.	G	A	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:81,0,33
16	1814440	.	A	G	479.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:508,36,0
16	1818503	.	G	C	491.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:520,36,0
16	1819020	.	A	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
16	1819021	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
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16	1820341	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
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16	1839023	.	G	A	612.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=-1.435;DP=32;FS=3.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.340;QD=19.15;ReadPosRankSum=1.133	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,17:32:99:641,0,551
16	1839134	.	T	C	500.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.644;ClippingRankSum=-0.855;DP=29;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.724;QD=17.27;ReadPosRankSum=0.636	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,16:29:99:529,0,480
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16	1859342	.	A	G	377.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.318;ClippingRankSum=-2.048;DP=31;FS=20.387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.547;QD=12.19;ReadPosRankSum=2.251	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,12:31:99:406,0,623
16	1870641	.	G	T	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:81,0,35
16	1870765	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
16	1871230	.	A	T	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=13.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:69,0,33
16	1877494	.	T	C	423.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.380;DP=19;FS=8.318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.141;QD=22.30;ReadPosRankSum=-0.634	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,12:19:99:452,0,240
16	1877558	.	G	A	655.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.112;DP=29;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.056;QD=22.61;ReadPosRankSum=0.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,18:29:99:684,0,375
16	1878031	.	G	A	64.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.713;ClippingRankSum=0.778;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.090;QD=4.63;ReadPosRankSum=0.934	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,3:14:93:93,0,781
16	1878032	.	C	T	64.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=0.778;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.156;QD=4.63;ReadPosRankSum=0.623	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,3:14:93:93,0,781
16	1878067	.	C	G	17.84	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=1.678;DP=13;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.493;QD=1.37;ReadPosRankSum=-0.691	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:46:46,0,372
16	1878492	.	G	A	701.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=-0.197;DP=28;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.574;QD=25.06;ReadPosRankSum=0.639	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,19:28:99:730,0,289
16	1878521	.	C	G	521.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.371;DP=20;FS=4.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.124;QD=26.09;ReadPosRankSum=-0.536	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,14:20:99:550,0,196
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16	1878641	.	A	C	382.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.858;ClippingRankSum=0.289;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.693;QD=20.15;ReadPosRankSum=0.289	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,11:19:99:411,0,283
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16	1986481	.	T	C	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
16	1986980	.	C	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
16	1987058	.	A	G	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
16	2011126	.	A	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
16	2013314	.	T	C	461.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:490,33,0
16	2013316	.	A	C	282.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=-0.382;DP=11;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=25.71;ReadPosRankSum=0.382	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,8:11:96:311,0,96
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16	2013756	.	T	C	579.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.592;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.474;QD=32.21;ReadPosRankSum=0.829	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,15:18:78:608,0,78
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16	2014125	.	C	T	568.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.484;ClippingRankSum=-1.135;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.262;QD=28.44;ReadPosRankSum=1.135	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,15:20:99:597,0,143
16	2014283	.	A	G	313.98	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=-1.741;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.348;QD=31.40;ReadPosRankSum=1.393	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,9:10:13:342,0,13
16	2014424	.	C	G	196.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:225,18,0
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16	2055110	.	C	T	159.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=22.82;ReadPosRankSum=1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:41:188,0,41
16	2055200	.	G	A	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
16	2055342	.	C	T	123.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=20.63;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:72:152,0,72
16	2055644	.	G	A	136.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:164,12,0
16	2055820	.	G	A	112.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=-1.300;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.754;QD=16.11;ReadPosRankSum=-0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:141,0,114
16	2055853	.	G	A	114.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=22.95;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:29:143,0,29
16	2056080	.	A	G	149.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.361;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=16.64;ReadPosRankSum=-0.361	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:178,0,147
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16	2057123	.	T	C	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=17.55;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:75:116,0,75
16	2058040	.	T	A	52.31	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.44;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:1:78,0,1
16	2058518	.	A	T	135.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=27.15;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:164,0,31
16	2059347	.	C	A	47.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
16	2059674	.	T	C	610.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:639,48,0
16	2059698	.	T	G	360.79	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:23:389,23,0
16	2059708	.	T	G	423.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:35:452,35,0
16	2059710	.	T	G	423.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:35:452,35,0
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16	2065878	.	T	C	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
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16	2290766	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:81:81,0,134
16	2290770	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:81:81,0,134
16	2292564	.	C	A	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:68:78,0,68
16	2296927	.	G	A	1180.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=-0.846;DP=63;FS=5.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.120;QD=18.74;ReadPosRankSum=0.846	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,32:63:99:1209,0,1164
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16	2317777	.	C	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=5.82;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,387
16	2317778	.	T	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=5.82;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,387
16	2331430	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	2367336	.	G	A	115.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=19.29;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:62:144,0,62
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16	2694706	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,78
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16	2823139	.	C	T	130.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:158,12,0
16	2823266	.	C	T	171.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:200,15,0
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16	2903081	.	G	A	524.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=-1.185;DP=31;FS=3.333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.390;QD=16.93;ReadPosRankSum=1.143	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,16:30:99:553,0,475
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16	2933280	.	G	C	155.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.141;ClippingRankSum=-1.461;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.244;QD=12.98;ReadPosRankSum=1.461	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,5:12:99:184,0,238
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16	2948706	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
16	2950833	.	T	C	52.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.39	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,2:2:27:81,0,27
16	2950834	.	G	A	52.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:27:81,0,27
16	2962038	.	C	G	215.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.910;ClippingRankSum=0.421;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.299;QD=15.41;ReadPosRankSum=-0.545	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,7:14:99:244,0,254
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16	2962102	.	C	T	437.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.249;DP=21;FS=2.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.462;QD=20.85;ReadPosRankSum=-0.391	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,12:21:99:466,0,648
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16	2962129	.	G	C	660.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:689,51,0
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16	2979640	.	T	C	694.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=-0.934;DP=38;FS=2.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.993;QD=18.28;ReadPosRankSum=1.927	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,19:38:99:723,0,698
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16	2984448	.	C	T	225.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.831;ClippingRankSum=0.244;DP=12;FS=5.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.135;QD=18.81;ReadPosRankSum=-0.244	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,7:12:99:254,0,172
16	2984868	.	T	C	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.296;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.546;QD=7.68;ReadPosRankSum=-0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:105,0,285
16	2985358	.	T	C	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=5.25;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:65:65,0,186
16	2985684	.	G	A	380.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=-0.788;DP=22;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.263;QD=17.31;ReadPosRankSum=0.788	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,11:22:99:409,0,374
16	2985971	.	C	T	16.86	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.067;DP=9;FS=10.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=1.87;ReadPosRankSum=-0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:45:45,0,271
16	2986233	.	G	T	113.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.468;ClippingRankSum=-0.825;DP=12;FS=2.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.600;QD=9.48;ReadPosRankSum=-0.536	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,4:12:99:142,0,316
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16	2986323	.	T	C	544.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:573,39,0
16	2986431	.	T	C	173.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.378;ClippingRankSum=0.583;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.259;QD=14.48;ReadPosRankSum=-0.259	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,6:12:99:202,0,213
16	2986840	.	G	C	390.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=-2.868;DP=22;FS=1.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.495;QD=17.76;ReadPosRankSum=2.670	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,12:22:99:419,0,314
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16	2989632	.	C	T	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:72:74,0,72
16	2990791	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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16	2998938	.	G	A	852.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.619;ClippingRankSum=0.560;DP=38;FS=3.003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.195;QD=22.44;ReadPosRankSum=0.832	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,24:38:99:881,0,492
16	2999218	.	C	T	1365.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,33:33:99:1394,99,0
16	2999298	.	T	C	1395.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,33:33:99:1424,99,0
16	3020860	.	C	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
16	3022261	.	C	T	631.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=-1.431;DP=27;FS=1.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.176;QD=23.40;ReadPosRankSum=1.632	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,17:27:99:660,0,358
16	3048386	.	T	C	25.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=-0.067;DP=9;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.179;QD=2.86;ReadPosRankSum=1.666	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:54:54,0,277
16	3049424	.	A	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
16	3050133	.	G	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
16	3050597	.	T	C	173.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:202,15,0
16	3052758	.	G	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
16	3054551	.	T	C	90.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:118,9,0
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16	3054812	.	A	C	608.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:45:637,45,0
16	3054826	.	T	C	608.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:45:637,45,0
16	3054828	.	T	C	608.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:45:637,45,0
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16	3056584	.	G	T	457.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:486,33,0
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16	3057884	.	G	C	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
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16	3062553	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
16	3070788	.	G	C	460.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=-1.007;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=21.94;ReadPosRankSum=0.634	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,14:21:99:489,0,219
16	3071420	.	T	A	139.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:167,12,0
16	3071964	.	T	C	1075.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.346;DP=87;FS=0.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.293;QD=12.37;ReadPosRankSum=0.774	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:54,33:87:99:1104,0,2053
16	3077867	.	G	C	472.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:501,36,0
16	3078165	.	A	G	147.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.753;ClippingRankSum=-1.156;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.709;QD=7.04;ReadPosRankSum=1.082	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,7:21:99:176,0,491
16	3079685	.	T	C	600.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=-1.469;DP=35;FS=1.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.776;QD=17.16;ReadPosRankSum=1.007	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,18:35:99:629,0,604
16	3081318	.	A	G	129.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=21.63;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:64:158,0,64
16	3082157	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	3082208	.	T	C	66.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.573;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.203;QD=7.42;ReadPosRankSum=0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:95:95,0,226
16	3082327	.	C	T	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=5.25;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:65:65,0,183
16	3082339	.	A	G	106.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.876;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.876;QD=11.86;ReadPosRankSum=-0.729	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:135,0,164
16	3082478	.	T	C	650.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:679,48,0
16	3083634	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
16	3083686	.	T	C	123.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=24.75;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:152,0,31
16	3083703	.	T	C	175.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=-0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=25.11;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:47:204,0,47
16	3083704	.	T	C	123.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.550;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.300;QD=17.68;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:152,0,153
16	3083734	.	T	C	198.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=-0.573;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=22.09;ReadPosRankSum=0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:99:227,0,109
16	3083974	.	A	T	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=17.55;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:69:116,0,69
16	3084029	.	A	G	634.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.269;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.135;QD=32.25;ReadPosRankSum=-1.614	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,13:16:99:663,0,270
16	3084053	.	A	C	634.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.429;DP=15;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.531;QD=27.09;ReadPosRankSum=1.653	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,10:15:99:663,0,270
16	3084055	.	G	T	921.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:66:950,66,0
16	3084109	.	G	A	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=6.95;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:63:63,0,107
16	3084382	.	T	C	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=10.19;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:69:69,0,72
16	3084556	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,1:3:75:75,0,108
16	3084562	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:75:75,0,108
16	3084744	.	T	C	118.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=19.79;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:64:147,0,64
16	3085085	.	G	C	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
16	3085335	.	G	C	456.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=1.425;DP=32;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.019;QD=14.27;ReadPosRankSum=0.893	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,14:32:99:485,0,689
16	3085375	.	G	A	241.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=-0.591;DP=27;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.026;QD=8.95;ReadPosRankSum=1.106	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,9:27:99:270,0,619
16	3085924	.	G	A	174.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:203,15,0
16	3086447	.	C	G	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=1.067;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=4.22;ReadPosRankSum=-1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:62:62,0,230
16	3100095	.	C	T	27.75	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:55,6,0
16	3102176	.	A	C	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
16	3103011	.	C	T	136.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:164,12,0
16	3104300	.	T	C	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=-0.566;DP=11;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.715;QD=6.71;ReadPosRankSum=-0.382	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:99:102,0,576
16	3104303	.	A	G	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=-0.296;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=7.38;ReadPosRankSum=0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:102,0,576
16	3104329	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=6.79;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:69:69,0,134
16	3106994	.	A	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
16	3115628	.	A	C	127.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:155,12,0
16	3163138	.	G	A	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:78,0,37
16	3165425	.	A	G	330.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.612;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.041;QD=17.41;ReadPosRankSum=-0.776	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,10:19:99:359,0,304
16	3181963	.	T	C	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.94;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:120,0,34
16	3181996	.	G	A	133.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=26.75;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:29:162,0,29
16	3183409	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	3191356	.	G	A	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=17.55;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:76:116,0,76
16	3192364	.	A	C	11.12	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.953;ClippingRankSum=2.123;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.255;QD=0.74;ReadPosRankSum=-1.613	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,2:15:39:39,0,1096
16	3192368	.	G	A	11.12	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=2.162;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.522;QD=0.65;ReadPosRankSum=-1.714	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,2:17:39:39,0,1096
16	3192520	.	T	C	37.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=2.516;DP=19;FS=6.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.056;QD=1.99;ReadPosRankSum=-2.068	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,3:19:66:66,0,594
16	3192651	.	T	C	71.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=1.214;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.895;QD=7.18;ReadPosRankSum=0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:100,0,257
16	3192741	.	C	G	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=-0.988;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=13.96;ReadPosRankSum=-0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:112,0,119
16	3263104	.	A	G	10.20	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.10;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:38:38,0,40
16	3278869	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
16	3278879	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
16	3333367	.	C	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
16	3339427	.	G	A	307.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.599;ClippingRankSum=0.107;DP=21;FS=4.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.675;QD=14.66;ReadPosRankSum=-0.391	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,9:21:99:336,0,456
16	3432216	.	T	C	128.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=25.76;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:27:157,0,27
16	3432413	.	C	T	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
16	3443460	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
16	3444660	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
16	3447282	.	C	G	119.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.365;DP=10;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=11.98;ReadPosRankSum=-0.633	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:148,0,230
16	3451881	.	C	T	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=8.15;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:69:69,0,112
16	3452193	.	T	G	367.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:396,30,0
16	3485306	.	G	C	114.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:142,12,0
16	3485415	.	C	T	280.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:309,21,0
16	3533577	.	C	G	695.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:724,51,0
16	3534892	.	G	A	532.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.647;ClippingRankSum=-2.076;DP=26;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.104;QD=20.49;ReadPosRankSum=1.972	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,15:26:99:561,0,318
16	3535116	.	T	C	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
16	3535540	.	G	A	388.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.101;ClippingRankSum=-2.430;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.263;QD=17.67;ReadPosRankSum=2.430	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,11:22:99:417,0,379
16	3536444	.	C	T	483.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.647;ClippingRankSum=2.439;DP=26;FS=6.085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=18.61;ReadPosRankSum=-2.491	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,15:26:99:512,0,400
16	3536752	.	G	C	262.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.489;DP=18;FS=1.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.400;QD=14.60;ReadPosRankSum=-0.400	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,8:18:99:291,0,387
16	3536872	.	G	A	351.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:380,27,0
16	3586230	.	C	T	192.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=-1.369;DP=13;FS=5.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.935;QD=14.83;ReadPosRankSum=0.377	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,6:13:99:221,0,250
16	3709801	.	A	G	47.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=23.89;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:26:76,0,26
16	3709805	.	A	G	47.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.89	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,2:2:26:76,0,26
16	3710537	.	C	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
16	3710804	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
16	3710805	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
16	3711656	.	G	A	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.94;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:74:76,0,74
16	3719344	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
16	3721773	.	G	C	848.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=-0.251;DP=57;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.091;QD=14.89;ReadPosRankSum=3.499	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:33,24:57:99:877,0,1260
16	3724465	.	G	C	1192.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.602;ClippingRankSum=0.447;DP=63;FS=0.956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.227;QD=18.93;ReadPosRankSum=1.120	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,32:63:99:1221,0,1161
16	3728517	.	C	T	251.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:280,21,0
16	3728584	.	C	T	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=10.69;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:71:71,0,74
16	3730578	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
16	3775717	.	C	T	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
16	3805301	.	G	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
16	4014013	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
16	4014118	.	C	T	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
16	4014978	.	T	C	262.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:291,21,0
16	4164364	.	C	T	474.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:503,36,0
16	4165432	.	T	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
16	4307404	.	C	G	287.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.271;ClippingRankSum=1.271;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=28.78;ReadPosRankSum=-1.271	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,8:10:61:316,0,61
16	4307646	.	A	G	367.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:396,27,0
16	4308032	.	G	T	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.804;ClippingRankSum=0.794;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=2.45;ReadPosRankSum=-0.938	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,3:15:65:65,0,466
16	4310468	.	C	G	633.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:662,48,0
16	4349478	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	4356121	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
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16	4512357	.	T	C	92.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:121,0,34
16	4512545	.	A	G	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=20.69;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:31:111,0,31
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16	4740477	.	T	C	794.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:823,60,0
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16	4815608	.	A	G	371.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:400,27,0
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16	4846854	.	C	G	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:76,0,36
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16	4944518	.	C	G	1030.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1059,78,0
16	4944581	.	C	G	168.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.443;ClippingRankSum=0.041;DP=20;FS=8.512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.938;QD=8.44;ReadPosRankSum=0.124	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,6:20:99:197,0,515
16	4949815	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
16	4951463	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	5075226	.	G	A	23.79	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=2.97;ReadPosRankSum=1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:52:52,0,217
16	5075246	.	C	G	323.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:352,24,0
16	5075248	.	G	A	68.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.684;QD=8.60;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:97:97,0,186
16	5075542	.	G	A	64.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=12.95;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:61:93,0,61
16	5075633	.	G	A	66.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=-0.731;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.546;QD=6.68;ReadPosRankSum=1.386	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:95:95,0,273
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16	8734353	.	G	A	135.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:163,12,0
16	8735200	.	G	A	188.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:217,15,0
16	8735212	.	T	C	181.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:210,15,0
16	8735245	.	C	T	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
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16	8887931	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
16	8889628	.	T	C	184.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=-1.247;DP=16;FS=2.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.464;QD=11.55;ReadPosRankSum=1.139	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,6:16:99:213,0,353
16	8901240	.	C	A	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
16	8901283	.	G	A	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:76,0,37
16	8902411	.	A	G	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.19;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:73:73,0,77
16	8920524	.	A	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
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16	8954081	.	A	G	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
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16	9199036	.	T	A	190.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=-1.369;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.369;QD=14.67;ReadPosRankSum=-0.312	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,6:13:99:219,0,245
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16	9203871	.	A	G	62.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=-1.683;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.203;QD=6.97;ReadPosRankSum=-1.203	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:91:91,0,239
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16	10543673	.	A	G	52.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:26:81,0,26
16	10556105	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	10569970	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
16	10575824	.	C	A	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
16	10623304	.	G	A	1531.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,36:36:99:1560,108,0
16	10623332	.	C	T	1303.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,32:32:96:1332,96,0
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16	10623544	.	T	C	189.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=-0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=27.11;ReadPosRankSum=-0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:99:218,0,559
16	10624442	.	T	C	1223.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1252,90,0
16	10624549	.	C	T	1653.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,39:39:99:1682,117,0
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16	10624579	.	G	A	1366.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,31:31:93:1395,93,0
16	10624908	.	G	A	536.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:565,39,0
16	10624989	.	G	T	647.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:676,48,0
16	10625175	.	G	A	874.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:903,63,0
16	10625459	.	T	C	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=-0.118;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.354;QD=2.62;ReadPosRankSum=0.118	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:57:57,0,735
16	10625460	.	T	C	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=-0.354;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.589;QD=2.62;ReadPosRankSum=0.118	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:57:57,0,735
16	10625997	.	G	A	771.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:800,54,0
16	10626189	.	G	A	1016.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.600;ClippingRankSum=-0.800;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.200;QD=23.64;ReadPosRankSum=0.800	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,25:26:43:1045,43,0
16	10626631	.	T	C	74.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=12.46;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:60:103,0,60
16	10631912	.	C	T	1752.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,42:42:99:1781,126,0
16	10639030	.	C	G	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,40
16	10640898	.	T	G	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:80,0,34
16	10641087	.	G	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:81,0,36
16	10660914	.	A	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
16	10715449	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
16	10715468	.	C	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
16	10862964	.	A	G	614.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.218;ClippingRankSum=0.099;DP=31;FS=8.080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.099;QD=19.83;ReadPosRankSum=-0.060	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,17:31:99:643,0,523
16	11035888	.	C	A	150.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.935;DP=13;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.312;QD=11.60;ReadPosRankSum=-0.935	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,6:13:99:179,0,246
16	11056378	.	C	T	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=7.29;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,148
16	11147466	.	G	A	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,40
16	11147471	.	G	T	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=11.12	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,1:1:39:39,0,40
16	11147474	.	C	A	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=11.12	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,1:1:39:39,0,40
16	11260522	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	11265121	.	A	G	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
16	11307024	.	C	T	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:81,0,34
16	11444716	.	A	G	243.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.788;ClippingRankSum=1.788;DP=12;FS=5.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.529;QD=20.31;ReadPosRankSum=-1.788	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,7:12:99:272,0,165
16	11445040	.	G	A	235.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.493;ClippingRankSum=-1.954;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.791;QD=18.14;ReadPosRankSum=1.954	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,7:13:99:264,0,199
16	11445404	.	A	G	178.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.177;DP=15;FS=2.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.530;QD=11.92;ReadPosRankSum=-0.295	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,6:15:99:207,0,326
16	11445552	.	T	C	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=10.22;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:110,0,198
16	11508311	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
16	11518081	.	C	G	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
16	11540712	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
16	11556121	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
16	11561356	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
16	11561373	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
16	11642242	.	T	C	1166.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=-0.259;DP=60;FS=3.460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.422;QD=19.45;ReadPosRankSum=0.585	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,32:60:99:1195,0,1053
16	11647492	.	T	C	1022.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=-0.726;DP=63;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.989;QD=16.23;ReadPosRankSum=0.491	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:35,28:63:99:1051,0,1361
16	11649454	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
16	11650325	.	G	A	143.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:171,12,0
16	11672402	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	11678178	.	T	C	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:29:77,0,29
16	11769948	.	C	T	360.74	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=0.668;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.470;QD=27.75;ReadPosRankSum=-0.134	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,12:13:6:388,0,6
16	11769963	.	C	T	362.18	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.474;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.423;QD=32.93;ReadPosRankSum=-1.107	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,10:11:10:390,0,10
16	11770777	.	A	G	228.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:257,18,0
16	11771094	.	C	G	576.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:605,42,0
16	11771353	.	C	A	268.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:297,21,0
16	11771471	.	T	C	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=16.75;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:63:112,0,63
16	11771706	.	C	T	204.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.741;DP=16;FS=2.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.482;QD=12.80;ReadPosRankSum=-0.529	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,7:16:99:233,0,310
16	11773662	.	C	G	930.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:959,69,0
16	11774950	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	11844655	.	C	A	140.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:168,12,0
16	11928473	.	C	T	743.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:772,54,0
16	11928725	.	T	C	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=4.35;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:63:63,0,224
16	11928736	.	T	C	77.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.248;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:106,0,200
16	11928846	.	T	C	234.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.461;ClippingRankSum=-0.529;DP=12;FS=5.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.135;QD=19.56;ReadPosRankSum=-0.529	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,7:12:99:263,0,330
16	11928859	.	T	C	14.91	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=-1.004;DP=14;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.552;QD=1.06;ReadPosRankSum=-0.822	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:43:43,0,646
16	11928886	.	T	C	54.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=-0.807;DP=16;FS=2.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.538;QD=3.42;ReadPosRankSum=1.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,3:16:83:83,0,531
16	11928924	.	T	C	37.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.062;ClippingRankSum=-0.950;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.391;QD=1.99;ReadPosRankSum=-0.056	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,3:19:66:66,0,881
16	11928951	.	T	C	441.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.868;ClippingRankSum=1.557;DP=14;FS=4.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.778;QD=31.55;ReadPosRankSum=0.934	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,11:14:74:470,0,74
16	11929818	.	A	G	191.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:220,15,0
16	11930010	.	T	C	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.684;QD=9.60;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:105,0,199
16	11930337	.	C	A	294.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.612;ClippingRankSum=-1.429;DP=19;FS=7.474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.612;QD=15.51;ReadPosRankSum=1.429	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,9:19:99:323,0,374
16	11940390	.	T	C	2000.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,47:47:99:2029,141,0
16	11965390	.	C	G	120.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=-1.133;DP=10;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.633;QD=12.08;ReadPosRankSum=1.133	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:149,0,228
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16	12664506	.	C	T	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
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16	12664698	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
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16	12666389	.	G	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
16	12666525	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
16	12666984	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	12667076	.	A	G	115.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:143,12,0
16	12667136	.	A	G	143.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:171,12,0
16	12667393	.	G	A	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
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16	12758246	.	G	C	1065.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1094,75,0
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16	14041958	.	T	C	115.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=-1.652;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.307;QD=12.86;ReadPosRankSum=1.652	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:144,0,178
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16	14042549	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
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16	14043014	.	G	A	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=17.15;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:75:114,0,75
16	14043175	.	C	G	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=6.96;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:70:70,0,159
16	14044717	.	C	A	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
16	14044781	.	C	A	154.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.495;QD=22.11;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:92:183,0,92
16	14045399	.	G	A	207.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=-1.203;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.573;QD=23.09;ReadPosRankSum=1.422	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:99:236,0,100
16	14421023	.	A	G	13.72	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:40,3,0
16	14421055	.	A	G	71.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:99,9,0
16	14422589	.	C	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
16	14427785	.	G	T	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:74:74,0,80
16	14720991	.	G	A	218.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.588;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.106;QD=13.67;ReadPosRankSum=1.482	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,7:16:99:247,0,305
16	14742400	.	T	G	376.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=-1.199;DP=35;FS=3.110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.990;QD=10.76;ReadPosRankSum=1.199	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,12:35:99:405,0,838
16	14743923	.	G	C	130.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=11.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=21.79;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:66:159,0,66
16	14761858	.	C	T	364.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=-0.400;DP=23;FS=1.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.462;QD=15.86;ReadPosRankSum=0.277	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,11:23:99:393,0,451
16	15120914	.	A	G	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:65:74,0,65
16	15122195	.	A	G	91.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:26:120,0,26
16	15129092	.	C	T	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
16	15129158	.	A	G	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:12:174,12,0
16	15129162	.	A	G	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
16	15129940	.	C	T	1632.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.646;ClippingRankSum=-1.733;DP=40;FS=3.233;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.559;QD=28.36;ReadPosRankSum=1.646	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,39:40:91:1661,91,0
16	15141939	.	G	A	17.84	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=-1.271;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.898;QD=1.78;ReadPosRankSum=-0.898	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:46:46,0,327
16	15166891	.	T	C	1497.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,35:35:99:1526,105,0
16	15170452	.	C	A	1679.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,39:39:99:1708,117,0
16	15177112	.	T	C	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
16	15181527	.	T	C	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
16	15221957	.	T	C	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
16	15767997	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
16	15785749	.	A	T	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
16	15794324	.	A	G	105.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.849;DP=13;FS=3.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.849;QD=8.14;ReadPosRankSum=-1.003	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,4:13:99:134,0,351
16	15795472	.	T	C	576.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:605,42,0
16	15800188	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
16	15811023	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
16	15813945	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
16	15818141	.	A	C	441.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=-1.641;DP=26;FS=6.239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.282;QD=16.99;ReadPosRankSum=1.538	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,13:26:99:470,0,464
16	15818310	.	G	A	837.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=-0.065;DP=31;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.109;QD=27.02;ReadPosRankSum=0.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,22:31:99:866,0,302
16	15821097	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
16	15960226	.	T	C	488.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=-0.022;DP=29;FS=1.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.633;QD=16.85;ReadPosRankSum=0.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,14:29:99:517,0,549
16	15961084	.	C	T	344.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.088;ClippingRankSum=-1.879;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.165;QD=15.67;ReadPosRankSum=0.297	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,10:22:99:373,0,443
16	15963623	.	A	G	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=8.69;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:63:63,0,74
16	16198604	.	C	T	19.82	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=6.61;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:31:48,0,31
16	16198834	.	C	G	175.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:204,15,0
16	16199255	.	A	G	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.19;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:117,0,33
16	16235681	.	C	T	839.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:868,63,0
16	16235939	.	G	C	176.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:205,15,0
16	16236523	.	T	G	632.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:661,45,0
16	16271357	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	16272670	.	T	C	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
16	17200425	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:81,0,35
16	17200673	.	A	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=10.94;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:72:72,0,78
16	17200685	.	C	T	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=8.95;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:73:73,0,108
16	17228368	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
16	17704540	.	T	C	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
16	18429353	.	G	A	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
16	18795438	.	G	A	180.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:209,15,0
16	18795755	.	C	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
16	18816600	.	A	G	617.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:646,45,0
16	18817510	.	A	T	18.82	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=1.043;DP=26;FS=6.486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.562;QD=0.72;ReadPosRankSum=-1.766	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,3:26:47:47,0,907
16	18821880	.	T	C	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
16	18823379	.	T	C	1135.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1164,81,0
16	18831588	.	T	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
16	18839362	.	T	C	974.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1003,72,0
16	18861335	.	A	G	959.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:988,69,0
16	18937508	.	G	A	355.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:27:384,27,0
16	19066524	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	19067933	.	G	A	151.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=-1.855;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.545;QD=11.67;ReadPosRankSum=2.163	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,5:13:99:180,0,307
16	19074660	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,321
16	19074661	.	A	G	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=18.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:68:120,0,68
16	19074665	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=9.35;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,321
16	19074820	.	T	A	121.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=-1.300;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.937;QD=17.40;ReadPosRankSum=1.300	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:90:150,0,90
16	19076604	.	G	A	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
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16	19122981	.	A	G	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
16	19125143	.	T	C	77.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:105,9,0
16	19179588	.	C	T	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=15.35;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:66:105,0,66
16	19179680	.	T	G	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.988;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=5.63;ReadPosRankSum=-0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:62:62,0,75
16	19278625	.	G	A	190.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:219,15,0
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16	19279464	.	T	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
16	19365911	.	G	T	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
16	19366090	.	C	T	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
16	19421858	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
16	19429241	.	C	T	240.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=-0.311;DP=18;FS=14.443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.288;QD=13.38;ReadPosRankSum=0.400	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,8:18:99:269,0,353
16	19473265	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:75,0,37
16	19475099	.	C	A	470.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=-1.674;DP=31;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.315;QD=15.19;ReadPosRankSum=-0.849	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,14:27:99:499,0,460
16	19484076	.	G	A	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
16	19508573	.	A	G	281.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:21:310,21,0
16	19508583	.	C	G	281.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:21:310,21,0
16	19508824	.	C	T	183.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:212,15,0
16	19509333	.	C	T	1111.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1140,78,0
16	19509600	.	G	A	707.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=-1.734;DP=20;FS=5.798;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.091;QD=29.12;ReadPosRankSum=1.552	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,18:19:18:736,18,0
16	19510182	.	A	G	22.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=-0.537;DP=12;FS=3.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.752;QD=1.90;ReadPosRankSum=-0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:51:51,0,366
16	19510249	.	G	A	210.80	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=-0.747;DP=8;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=26.35;ReadPosRankSum=0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:21:239,0,21
16	19512389	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
16	19512572	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	19512577	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	19512962	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
16	19514141	.	A	G	1207.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1236,87,0
16	19514483	.	C	T	1470.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,36:36:99:1499,107,0
16	19516903	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
16	19547747	.	C	G	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=5.68;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:68:68,0,198
16	19548461	.	C	T	30.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=-1.067;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=3.85;ReadPosRankSum=1.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:59:59,0,200
16	19548740	.	A	G	164.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=-0.956;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.322;QD=20.60;ReadPosRankSum=0.956	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:99:193,0,107
16	19680546	.	T	C	238.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:267,18,0
16	19697537	.	C	G	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
16	19707731	.	G	C	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
16	19708196	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	19709105	.	G	C	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
16	19709751	.	C	T	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=-1.537;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.537;QD=13.29;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:108,0,107
16	19709779	.	T	C	125.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=25.15;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:28:154,0,28
16	19713404	.	T	C	90.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.69;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:119,0,33
16	19713577	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
16	19713882	.	A	G	249.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=1.179;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=27.75;ReadPosRankSum=-0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:60:278,0,60
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16	19715518	.	T	C	80.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=20.20;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:23:109,0,23
16	19715542	.	T	C	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:71:71,0,136
16	19716505	.	A	G	237.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:266,18,0
16	19717017	.	T	C	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.69;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:71:71,0,72
16	19717029	.	T	C	134.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=26.95;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:28:163,0,28
16	19717485	.	T	C	222.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:251,18,0
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16	19720162	.	G	T	243.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.747;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=30.47;ReadPosRankSum=-0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:22:272,0,22
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16	19721731	.	A	G	190.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=23.85;ReadPosRankSum=-1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:62:219,0,62
16	19721755	.	C	T	229.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:258,18,0
16	19721806	.	C	T	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
16	19723112	.	C	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
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16	19868687	.	G	C	180.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:209,15,0
16	19869391	.	C	A	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
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16	20745277	.	C	T	369.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:398,27,0
16	20745451	.	T	C	238.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:267,18,0
16	20746321	.	T	C	582.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:611,42,0
16	20746451	.	C	T	236.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.545;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.780;QD=16.91;ReadPosRankSum=-1.027	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,7:14:99:265,0,267
16	20750044	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
16	20810067	.	T	C	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
16	20811681	.	C	T	440.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:469,33,0
16	20816783	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
16	20873767	.	T	G	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
16	21184379	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
16	21188649	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
16	21190853	.	A	C	1241.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1270,87,0
16	21191611	.	T	C	440.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:469,33,0
16	21192098	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	21416252	.	C	T	270.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:299,21,0
16	21531609	.	C	T	181.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.073;ClippingRankSum=0.259;DP=12;FS=2.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.583;QD=15.15;ReadPosRankSum=-0.259	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,6:12:99:210,0,201
16	21876411	.	T	C	45.73	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.24	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:81,0,36
16	21879705	.	T	C	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:69:69,0,152
16	21974135	.	G	A	599.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=-2.312;DP=49;FS=1.155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.819;QD=12.24;ReadPosRankSum=2.292	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,18:49:99:628,0,1188
16	21989878	.	C	A	152.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=-1.600;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.200;QD=10.91;ReadPosRankSum=1.600	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,5:14:99:181,0,337
16	21990760	.	T	C	129.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=21.63;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:68:158,0,68
16	22269867	.	A	G	354.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:383,27,0
16	22296486	.	C	A	162.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.453;ClippingRankSum=-1.453;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.268;QD=16.28;ReadPosRankSum=1.098	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:191,0,178
16	22296860	.	A	G	186.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.589;QD=23.35;ReadPosRankSum=-0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:49:215,0,49
16	22296891	.	A	G	14.91	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.274;DP=14;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.091;QD=1.06;ReadPosRankSum=-0.091	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:43:43,0,457
16	22296930	.	A	G	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.589;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=4.97;ReadPosRankSum=-1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:68:68,0,390
16	22296938	.	A	G	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=5.68;ReadPosRankSum=-0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:68:68,0,390
16	22299780	.	A	G	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:73,0,37
16	22319517	.	T	G	511.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=-1.165;DP=38;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.762;QD=13.47;ReadPosRankSum=0.149	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,15:38:99:540,0,884
16	22339756	.	C	T	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=7.95;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:68:68,0,114
16	22341464	.	A	G	90.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:29:119,0,29
16	22345191	.	G	A	548.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=-1.675;DP=33;FS=3.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.018;QD=16.63;ReadPosRankSum=1.891	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,16:33:99:577,0,623
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16	23073531	.	C	G	243.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=1.214;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.214;QD=24.38;ReadPosRankSum=-0.895	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,7:10:99:272,0,103
16	23074431	.	T	C	152.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=-1.668;DP=10;FS=2.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.676;QD=15.28;ReadPosRankSum=1.668	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:181,0,189
16	23075259	.	C	G	129.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=21.63;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:62:158,0,62
16	23075369	.	G	A	195.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=-0.259;DP=12;FS=7.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.467;QD=16.31;ReadPosRankSum=0.259	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,6:12:99:224,0,232
16	23076292	.	C	A	350.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=-0.044;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.489;QD=19.49;ReadPosRankSum=-0.133	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,10:18:99:379,0,303
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16	24583406	.	A	G	216.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=-0.181;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.906;QD=12.04;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,7:18:99:245,0,429
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16	27145454	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	27145457	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	27278333	.	C	A	234.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:263,18,0
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16	27278365	.	T	C	328.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:24:357,24,0
16	27325023	.	G	A	381.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:410,30,0
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16	27339145	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
16	27356203	.	A	G	1390.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,34:34:99:1419,102,0
16	27364200	.	A	C	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
16	27364806	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
16	27366030	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
16	27370454	.	A	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
16	27371158	.	C	T	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
16	27371571	.	G	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
16	27371949	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	27772901	.	G	A	157.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:186,15,0
16	28111214	.	A	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
16	28111877	.	G	A	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
16	28112455	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	28112474	.	G	A	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
16	28177342	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	28178408	.	C	T	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
16	28179752	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
16	28179753	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
16	28180486	.	C	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
16	28198445	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
16	28223074	.	C	G	498.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:527,39,0
16	28488943	.	T	C	260.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=1.509;DP=26;FS=9.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.593;QD=10.03;ReadPosRankSum=1.563	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,9:26:99:289,0,634
16	28614472	.	A	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
16	28618708	.	C	T	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
16	28621311	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
16	28626966	.	T	C	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
16	28627063	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
16	28700131	.	C	T	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=9.15;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:74:74,0,88
16	28834421	.	C	T	128.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:156,12,0
16	28835900	.	G	A	346.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:375,27,0
16	28839646	.	A	G	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
16	28839760	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
16	28842311	.	A	G	2248.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,53:53:99:2277,160,0
16	28842702	.	A	G	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:70:70,0,101
16	28844068	.	T	A	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
16	28871966	.	T	C	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
16	28888409	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
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16	28966400	.	A	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:72:72,0,99
16	28966627	.	A	G	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=7.13;ReadPosRankSum=-1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:71:71,0,156
16	28966678	.	A	G	78.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.956;QD=9.85;ReadPosRankSum=1.517	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:107,0,177
16	28966989	.	A	G	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
16	28968919	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:69:69,0,151
16	28977020	.	G	A	183.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.073;ClippingRankSum=0.259;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.517;QD=15.31;ReadPosRankSum=-0.467	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,6:12:99:212,0,173
16	28995757	.	C	A	201.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.387;DP=11;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.717;QD=18.34;ReadPosRankSum=0.143	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,6:11:99:230,0,183
16	28997997	.	G	A	168.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=28.13;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:24:197,0,24
16	29267825	.	G	A	124.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=-1.300;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=17.82;ReadPosRankSum=0.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:153,0,107
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16	29420370	.	T	C	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
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16	29624931	.	G	A	17.84	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=3.57;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:46:46,0,94
16	29706444	.	C	T	291.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=-0.222;DP=18;FS=1.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.044;QD=16.21;ReadPosRankSum=0.666	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,10:18:99:320,0,242
16	29707246	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	29707593	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
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16	29708350	.	A	G	946.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:975,72,0
16	29709727	.	A	G	21.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.691;DP=13;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=1.68;ReadPosRankSum=-0.888	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:50:50,0,435
16	29790864	.	G	A	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
16	29791561	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	29811319	.	C	T	2195.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,51:51:99:2224,154,0
16	29812996	.	T	C	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
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16	29817853	.	T	C	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
16	29817998	.	C	T	541.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:570,45,0
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16	29829846	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
16	29832873	.	A	G	189.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:218,15,0
16	29908433	.	C	G	557.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=0.864;DP=27;FS=1.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.025;QD=20.66;ReadPosRankSum=-0.271	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,16:27:99:586,0,377
16	29923510	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
16	29924422	.	A	T	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
16	29927647	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	29928115	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
16	29929728	.	C	T	143.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:171,12,0
16	29931065	.	T	C	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
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16	29932691	.	T	C	43.81	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=14.60;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:20:72,0,20
16	29974167	.	G	A	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
16	29984070	.	C	G	131.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:159,12,0
16	29994922	.	C	T	647.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:676,54,0
16	29995880	.	G	A	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
16	29998200	.	A	G	278.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:307,21,0
16	30000901	.	G	A	178.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:207,15,0
16	30003076	.	G	A	495.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:524,39,0
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16	30013674	.	C	G	320.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:349,24,0
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16	30016022	.	C	T	171.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:200,15,0
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16	30022564	.	A	G	46.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
16	30023245	.	T	C	35.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:63,6,0
16	30023786	.	C	G	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
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16	30024903	.	T	C	11.83	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=11.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:38,3,0
16	30089908	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
16	30089911	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.33	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
16	30107285	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	30198151	.	A	G	27.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=-1.666;DP=9;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=3.09;ReadPosRankSum=0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:56:56,0,258
16	30257158	.	G	A	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=16.95;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:71:113,0,71
16	30294629	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	30294639	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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16	30752203	.	A	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
16	30755912	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
16	30756349	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	30762640	.	C	T	131.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:159,12,0
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16	30783977	.	G	A	185.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:214,15,0
16	30791463	.	T	C	701.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:730,51,0
16	30792445	.	T	C	706.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:735,51,0
16	30829839	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
16	30831366	.	T	C	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
16	30835394	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
16	30836920	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	30871515	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
16	30931756	.	T	C	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
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16	30964940	.	A	G	973.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1002,75,0
16	30995528	.	A	G	362.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:391,30,0
16	30995669	.	T	C	292.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:321,24,0
16	30996871	.	C	G	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
16	30996872	.	G	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
16	30999142	.	A	G	354.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:383,27,0
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16	31091209	.	T	C	111.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=-0.597;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.597;QD=10.16;ReadPosRankSum=0.896	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,4:11:99:140,0,282
16	31092075	.	G	A	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,78
16	31093892	.	A	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
16	31097574	.	G	C	138.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:166,12,0
16	31102321	.	C	T	574.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=-0.501;DP=23;FS=12.411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.969;QD=24.99;ReadPosRankSum=-0.301	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,16:23:99:603,0,216
16	31121793	.	G	A	517.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=-0.756;DP=27;FS=1.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.561;QD=19.18;ReadPosRankSum=0.659	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,15:27:99:546,0,417
16	31132250	.	A	G	78.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=1.537;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.537;QD=13.13;ReadPosRankSum=-1.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:107,0,117
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16	33512933	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	33512934	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	33874091	.	G	C	84.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:112,9,0
16	33953141	.	T	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
16	33953160	.	A	G	187.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:216,15,0
16	33953190	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:78,0,33
16	33953380	.	G	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
16	33959491	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	33959494	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	33959542	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
16	33959923	.	C	A	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
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16	33963106	.	T	C	1334.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,31:31:93:1363,93,0
16	33963108	.	A	G	1334.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,31:31:93:1363,93,0
16	33963175	.	C	G	3430.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,79:79:99:3459,241,0
16	33963202	.	A	G	6627.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,74:74:99:6656,458,0
16	33963210	.	A	G	6627.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,67:67:99:6656,458,0
16	33963211	.	T	C	6627.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,67:67:99:6656,458,0
16	33963224	.	T	C	2938.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,75:75:99:2967,226,0
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16	33963289	.	A	G	3989.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,52:52:99:4018,269,0
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16	33965481	.	T	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
16	33965487	.	C	T	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
16	33965554	.	A	G	826.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:57:855,57,0
16	33965560	.	T	A	826.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:855,57,0
16	33965561	.	T	C	826.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:855,57,0
16	33965589	.	G	A	1501.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,34:34:99:1530,102,0
16	33965591	.	A	C	1501.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,34:34:99:1530,102,0
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16	33965626	.	A	G	1581.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,36:36:99:1610,108,0
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16	34320461	.	G	C	237.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:266,18,0
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16	46655210	.	A	G	538.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:567,42,0
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16	46692836	.	T	C	173.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:202,15,0
16	46693345	.	G	A	331.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:360,27,0
16	46693540	.	A	T	68.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:96,9,0
16	46694103	.	G	T	456.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:43:485,43,0
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16	46729271	.	T	C	229.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:258,18,0
16	46741045	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	46831455	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
16	46832780	.	G	A	118.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:146,12,0
16	46918908	.	T	C	118.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=23.76;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:25:147,0,25
16	46946318	.	C	A	201.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=-1.067;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=25.22;ReadPosRankSum=1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:59:230,0,59
16	46948513	.	G	A	68.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=0.988;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.988;QD=11.46;ReadPosRankSum=-0.988	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:97:97,0,115
16	46949058	.	A	G	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=6.75;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:62:62,0,95
16	46957578	.	A	G	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=12.63;ReadPosRankSum=-0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:104,0,111
16	46990483	.	C	T	22.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.228;ClippingRankSum=-1.634;DP=28;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.594;QD=0.81;ReadPosRankSum=1.560	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,3:28:51:51,0,986
16	47116184	.	T	G	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:71:71,0,115
16	47116679	.	T	C	200.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=-0.742;DP=7;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=28.68;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:23:229,0,23
16	47301334	.	T	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
16	47325247	.	C	T	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:34:39,0,34
16	47328358	.	A	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
16	47331654	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
16	47538691	.	T	G	91.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:9:119,9,0
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16	47538714	.	A	G	547.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.280;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.391;QD=28.83;ReadPosRankSum=-0.168	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,16:19:71:576,0,71
16	47538719	.	A	G	2076.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:99:2105,147,0
16	47538723	.	C	G	2076.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:99:2105,147,0
16	47538725	.	T	C	2076.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,31:31:99:2105,147,0
16	47538729	.	T	C	2076.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,47:47:99:2105,147,0
16	47538759	.	C	G	2041.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,46:46:99:2070,138,0
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16	47538767	.	T	C	2041.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,38:38:99:2070,138,0
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16	47538816	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	47538819	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	47538835	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
16	47539121	.	T	C	117.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.45	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,4:4:22:146,0,22
16	47539141	.	T	C	427.89	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.61	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,10:10:2:454,0,2
16	47539142	.	A	G	427.89	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.86	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,10:10:2:454,0,2
16	47539150	.	T	C	187.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=-0.467;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.779;QD=15.65;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,6:12:99:216,0,203
16	47539167	.	G	A	1023.28	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.146;ClippingRankSum=-1.473;DP=23;FS=6.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.364;QD=26.96;ReadPosRankSum=-0.273	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,21:23:9:1051,0,9
16	47539171	.	C	T	1023.28	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.064;DP=27;FS=3.900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=29.52;ReadPosRankSum=-1.605	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,26:27:9:1051,0,9
16	47539183	.	C	A	1423.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.036;ClippingRankSum=-0.036;DP=35;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.173;QD=33.13;ReadPosRankSum=1.741	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:2,33:35:28:1452,28,0
16	47539189	.	T	G	1248.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.838;ClippingRankSum=-0.727;DP=40;FS=1.559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.626;QD=31.22;ReadPosRankSum=2.485	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,32:40:99:1277,0,181
16	47539207	.	T	C	1075.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=2.350;DP=30;FS=5.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.207;QD=37.78;ReadPosRankSum=0.691	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,27:30:99:1104,0,112
16	47539213	.	A	G	1075.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.419;ClippingRankSum=1.419;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.788;QD=27.70;ReadPosRankSum=-1.576	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,21:22:99:1104,0,112
16	47539220	.	T	C	325.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.761;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.085;QD=25.06;ReadPosRankSum=-1.268	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,10:13:99:354,0,275
16	47539225	.	A	G	274.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.468;ClippingRankSum=1.599;DP=12;FS=6.818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.600;QD=22.90;ReadPosRankSum=0.289	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,8:12:99:303,0,135
16	47539233	.	C	G	274.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.04	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,2:2:99:303,0,135
16	47539236	.	A	G	274.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.30	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,1:1:99:303,0,135
16	47697618	.	A	G	759.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=-0.178;DP=28;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.331;QD=27.13;ReadPosRankSum=0.483	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,20:28:99:788,0,266
16	47735030	.	G	A	528.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:557,39,0
16	48386295	.	A	G	38.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=-0.390;DP=26;FS=4.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.236;QD=1.49;ReadPosRankSum=0.130	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,5:26:67:67,0,753
16	48387153	.	A	G	25.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.589;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.589;QD=2.34;ReadPosRankSum=1.532	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:54:54,0,357
16	48387175	.	A	G	153.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.361;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.876;QD=17.09;ReadPosRankSum=-1.159	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:182,0,146
16	48387201	.	A	G	115.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=-1.159;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=12.86;ReadPosRankSum=2.219	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:144,0,195
16	48387215	.	A	G	26.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=-0.480;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=2.68;ReadPosRankSum=-0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:55:55,0,305
16	48387296	.	A	G	68.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=1.580;DP=10;FS=3.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=6.88;ReadPosRankSum=-1.214	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:97:97,0,284
16	48387346	.	A	G	25.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=-0.751;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=2.86;ReadPosRankSum=0.751	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,1:9:54:54,0,857
16	48387354	.	A	G	154.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.470;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.103;QD=15.48;ReadPosRankSum=-0.676	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:183,0,188
16	48387355	.	A	G	25.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=-0.118;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.061;QD=2.34;ReadPosRankSum=-0.354	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:54:54,0,857
16	48388380	.	A	G	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=6.29;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:66:66,0,471
16	48388381	.	A	G	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=6.29;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:66:66,0,471
16	48388383	.	A	G	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=5.40;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:66:66,0,471
16	48388394	.	A	G	120.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=20.13;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:149,0,105
16	48388403	.	A	G	23.79	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.762;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=2.64;ReadPosRankSum=-0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:52:52,0,363
16	48573428	.	A	G	203.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.506;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.109;QD=10.19;ReadPosRankSum=1.426	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,7:20:99:232,0,488
16	48574040	.	T	G	161.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.050;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.553;QD=9.52;ReadPosRankSum=-0.050	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,6:17:99:190,0,387
16	48574259	.	G	C	336.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.768;ClippingRankSum=-1.532;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.061;QD=30.62;ReadPosRankSum=1.061	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,9:11:39:365,0,39
16	48574637	.	A	C	30.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=3.85;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:59:59,0,216
16	48574869	.	C	T	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.495;QD=5.82;ReadPosRankSum=-0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,154
16	48575878	.	G	A	163.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=-0.729;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.307;QD=18.20;ReadPosRankSum=0.361	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:192,0,153
16	50059279	.	C	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
16	50064320	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
16	50069772	.	A	G	577.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:606,42,0
16	50106594	.	T	C	206.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.241;ClippingRankSum=-1.967;DP=25;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.757;QD=8.27;ReadPosRankSum=2.149	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,7:25:99:235,0,668
16	50139137	.	A	G	253.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=2.037;DP=11;FS=6.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.678;QD=23.07;ReadPosRankSum=-1.246	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,7:11:99:282,0,306
16	50139139	.	A	G	253.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=2.037;DP=11;FS=6.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.278;QD=23.07;ReadPosRankSum=-1.769	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,7:11:99:282,0,306
16	50139140	.	A	G	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.532;ClippingRankSum=0.589;DP=11;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.118;QD=2.62;ReadPosRankSum=-0.825	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:57:57,0,692
16	50139262	.	A	G	39.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=-0.423;DP=20;FS=2.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.270;QD=1.99;ReadPosRankSum=-1.482	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,3:20:68:68,0,735
16	50139294	.	A	G	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.589;QD=3.97;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:60:60,0,298
16	50139483	.	A	G	266.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=-0.158;DP=16;FS=2.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.158;QD=16.67;ReadPosRankSum=0.368	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,8:16:99:295,0,304
16	50139515	.	A	G	258.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=-0.263;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.368;QD=16.17;ReadPosRankSum=0.788	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,8:16:99:287,0,374
16	50139562	.	A	G	78.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.683;ClippingRankSum=-1.001;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.054;QD=7.88;ReadPosRankSum=2.054	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:107,0,286
16	50139563	.	A	G	209.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=-0.572;DP=9;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=23.31;ReadPosRankSum=1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:57:238,0,57
16	50139580	.	A	G	146.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=20.97;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:70:175,0,70
16	50139592	.	A	G	125.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=20.96;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:67:154,0,67
16	50139679	.	A	G	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-1.495;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=4.54;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:60:60,0,178
16	50139799	.	T	C	174.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.545;ClippingRankSum=0.421;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.545;QD=9.71;ReadPosRankSum=0.140	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,6:18:99:203,0,448
16	50140135	.	C	G	767.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:796,54,0
16	50263762	.	G	A	274.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:303,21,0
16	50326661	.	A	G	244.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:273,21,0
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16	53524308	.	G	C	185.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.299;ClippingRankSum=0.118;DP=31;FS=7.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.260;QD=5.99;ReadPosRankSum=-0.024	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,7:31:99:214,0,950
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16	54009501	.	G	A	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
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16	54464154	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
16	54948857	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
16	54967096	.	C	A	208.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:237,21,0
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16	54967959	.	A	C	283.82	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:19:312,19,0
16	54968239	.	A	G	275.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:304,21,0
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16	55575055	.	C	T	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
16	55601388	.	A	G	192.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=-1.573;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.813;QD=12.05;ReadPosRankSum=1.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,6:16:99:221,0,390
16	55602343	.	A	C	13.50	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:1:39,1,0
16	55618451	.	A	G	115.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=-0.421;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.368;QD=14.47;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:144,0,141
16	55736527	.	C	T	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:65:65,0,154
16	55736675	.	T	A	94.41	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:8:122,8,0
16	55737109	.	T	A	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=4.35;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:63:63,0,237
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16	56975105	.	A	G	182.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:211,15,0
16	56975277	.	A	C	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=7.13;ReadPosRankSum=-1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:71:71,0,160
16	56977952	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	57116514	.	T	A	231.81	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=-0.747;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=28.98;ReadPosRankSum=0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:20:260,0,20
16	57157206	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
16	57172629	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
16	57173629	.	T	C	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
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16	57685990	.	A	G	77.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=-0.573;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:106,0,233
16	57686303	.	T	C	478.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:507,36,0
16	57686759	.	A	G	318.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:347,24,0
16	57688936	.	A	C	178.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:207,15,0
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16	58030401	.	T	C	427.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:456,33,0
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16	58080009	.	C	T	433.56	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.737;ClippingRankSum=0.668;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.134;QD=33.35;ReadPosRankSum=-1.203	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,12:13:7:461,0,7
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16	58196965	.	T	G	979.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.600;ClippingRankSum=-1.733;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.533;QD=28.92;ReadPosRankSum=1.600	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,25:26:35:1008,35,0
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16	58205005	.	T	C	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:9:129,9,0
16	58205015	.	T	G	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
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16	58210887	.	G	A	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
16	58305580	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
16	58311108	.	C	T	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
16	58311752	.	C	T	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
16	58313806	.	C	A	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
16	58313948	.	G	A	29.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=-0.480;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.898;QD=2.98;ReadPosRankSum=0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:58:58,0,312
16	58314433	.	T	C	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.988;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=12.63;ReadPosRankSum=-1.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:104,0,110
16	58314598	.	C	T	122.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=-0.937;DP=7;FS=15.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=17.54;ReadPosRankSum=0.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:151,0,99
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16	58315125	.	T	C	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
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16	58552921	.	G	A	354.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:383,27,0
16	58552959	.	A	G	116.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.741;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.741;QD=11.68;ReadPosRankSum=-1.866	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:145,0,233
16	58553164	.	A	C	233.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:262,18,0
16	58553348	.	T	C	273.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:302,21,0
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16	58554141	.	G	T	845.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.583;ClippingRankSum=0.226;DP=24;FS=4.586;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.281;QD=29.94;ReadPosRankSum=-0.377	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,22:23:59:874,59,0
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16	58577421	.	C	T	267.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:296,21,0
16	58587737	.	C	T	529.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.165;ClippingRankSum=-0.288;DP=46;FS=4.517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.035;QD=11.52;ReadPosRankSum=1.326	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:30,16:46:99:558,0,1186
16	58616997	.	C	T	1451.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.392;DP=48;FS=4.962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.545;QD=30.25;ReadPosRankSum=0.221	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,37:48:99:1480,0,339
16	58699690	.	C	G	365.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:394,27,0
16	58699834	.	G	A	481.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:510,36,0
16	58700352	.	A	G	190.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:219,15,0
16	58741367	.	A	G	628.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=0.700;DP=62;FS=9.857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.453;QD=10.14;ReadPosRankSum=-0.640	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:42,20:62:99:657,0,1653
16	58743454	.	A	C	405.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.128;DP=67;FS=11.125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.008;QD=6.06;ReadPosRankSum=0.940	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:52,15:67:99:434,0,1986
16	58753977	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
16	58757668	.	A	C	503.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.120;ClippingRankSum=-0.188;DP=52;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.347;QD=9.69;ReadPosRankSum=1.299	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:36,16:52:99:532,0,1380
16	58757683	.	A	G	239.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=-0.590;DP=54;FS=1.409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.078;QD=4.44;ReadPosRankSum=1.481	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:44,10:54:99:268,0,1762
16	58868715	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	58868717	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	66276115	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	66279451	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
16	66437131	.	A	T	112.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=-1.246;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.034;QD=10.25;ReadPosRankSum=1.246	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,4:11:99:141,0,267
16	66515120	.	G	A	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=16.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:66:110,0,66
16	66543650	.	A	G	454.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.109;ClippingRankSum=0.238;DP=20;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.634;QD=22.74;ReadPosRankSum=-0.396	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,13:20:99:483,0,251
16	66544146	.	C	G	27.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=4.63;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:56:56,0,141
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16	66583994	.	G	C	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.937;QD=12.25;ReadPosRankSum=0.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:114,0,324
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16	66923369	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,229
16	66923384	.	A	G	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=14.46;ReadPosRankSum=-0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:115,0,107
16	66923601	.	A	G	22.79	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=-0.762;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=2.53;ReadPosRankSum=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:51:51,0,309
16	66923766	.	A	G	67.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=-0.555;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.370;QD=5.65;ReadPosRankSum=0.370	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,3:12:96:96,0,352
16	66923933	.	A	G	15.88	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=-0.274;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.456;QD=1.13;ReadPosRankSum=0.274	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:44:44,0,456
16	66966558	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:81,0,33
16	67111953	.	T	C	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
16	67112744	.	A	G	85.81	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.45;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:20:114,0,20
16	67181999	.	A	G	154.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.589;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=19.35;ReadPosRankSum=-0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:68:183,0,68
16	67307354	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
16	67575652	.	G	A	74.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.201;ClippingRankSum=-0.349;DP=24;FS=2.291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.426;QD=3.12;ReadPosRankSum=0.968	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,4:24:99:103,0,735
16	67625872	.	T	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
16	67710128	.	T	C	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=23.69;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:30:123,0,30
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16	68869449	.	A	G	326.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:355,24,0
16	68869510	.	C	G	186.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:215,15,0
16	68870362	.	G	A	189.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:218,15,0
16	68870372	.	A	G	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=4.11;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:57:57,0,198
16	68870450	.	A	G	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.94;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:66:76,0,66
16	68870478	.	A	G	175.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=29.30;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:26:204,0,26
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16	69143577	.	A	G	1601.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,39:39:99:1630,117,0
16	69145476	.	A	C	178.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:207,15,0
16	69157031	.	C	G	32.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=6.55;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:61:61,0,115
16	69191499	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
16	69354963	.	A	G	372.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.442;DP=49;FS=4.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.532;QD=7.61;ReadPosRankSum=-0.306	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:36,13:49:99:401,0,1375
16	69355877	.	A	G	30.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=5.13;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:59:59,0,142
16	69355960	.	T	C	108.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.083;ClippingRankSum=-1.312;DP=13;FS=6.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.694;QD=8.37;ReadPosRankSum=0.849	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,4:13:99:137,0,329
16	69356888	.	T	C	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.684;QD=10.35;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:111,0,358
16	69356889	.	T	C	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.517;QD=10.35;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:111,0,358
16	69357218	.	T	C	67.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=-1.517;DP=8;FS=7.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=8.47;ReadPosRankSum=1.517	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:96:96,0,177
16	69357326	.	T	C	30.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=1.179;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=3.42;ReadPosRankSum=-0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:59:59,0,258
16	69359492	.	C	T	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:74:78,0,74
16	69359720	.	G	A	63.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=1.001;DP=9;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=7.09;ReadPosRankSum=-1.001	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:92:92,0,215
16	69361671	.	T	C	18.82	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.296;ClippingRankSum=-0.825;DP=11;FS=12.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.061;QD=1.71;ReadPosRankSum=1.768	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:47:47,0,359
16	69361755	.	T	C	27.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=1.179;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=3.09;ReadPosRankSum=0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:56:56,0,279
16	69362452	.	C	G	66.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=0.250;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.050;QD=3.51;ReadPosRankSum=-0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,4:19:95:95,0,564
16	69362777	.	T	A	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.252;ClippingRankSum=-0.605;DP=38;FS=1.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.345;QD=2.02;ReadPosRankSum=0.605	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:33,5:38:99:105,0,2661
16	69362779	.	C	A	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.030;ClippingRankSum=-0.605;DP=38;FS=1.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.086;QD=2.02;ReadPosRankSum=0.389	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:33,5:38:99:105,0,2661
16	69373414	.	T	C	198.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=-1.817;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.127;QD=10.46;ReadPosRankSum=1.817	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,7:19:99:227,0,446
16	69375658	.	G	A	327.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=-1.484;DP=40;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.666;QD=8.19;ReadPosRankSum=1.393	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:29,11:40:99:356,0,1115
16	69375841	.	C	T	265.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=-1.042;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.273;QD=13.29;ReadPosRankSum=1.042	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,8:20:99:294,0,455
16	69376686	.	C	T	162.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=-1.216;DP=22;FS=2.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.700;QD=7.40;ReadPosRankSum=1.438	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,6:22:99:191,0,621
16	69397420	.	G	A	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
16	69399960	.	G	T	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.94;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:116,0,34
16	69497248	.	T	G	497.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.669;ClippingRankSum=-0.876;DP=40;FS=4.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.724;QD=12.44;ReadPosRankSum=0.684	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,17:40:99:526,0,749
16	69619388	.	T	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
16	69718972	.	C	T	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:30:113,0,30
16	69723505	.	A	G	10.20	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.10;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:38:38,0,38
16	69730426	.	A	G	317.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=-1.333;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.533;QD=22.70;ReadPosRankSum=1.200	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,9:14:99:346,0,167
16	69730555	.	A	G	379.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=-0.967;DP=12;FS=2.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.967;QD=31.65;ReadPosRankSum=-0.107	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,10:12:43:408,0,43
16	69733009	.	G	A	370.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=-1.898;DP=15;FS=2.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.306;QD=24.72;ReadPosRankSum=1.776	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,10:15:99:399,0,168
16	69733460	.	G	A	319.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.239;ClippingRankSum=1.296;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.532;QD=29.07;ReadPosRankSum=-1.061	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,9:11:58:348,0,58
16	69733665	.	T	G	313.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=-0.449;DP=19;FS=7.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.204;QD=16.51;ReadPosRankSum=0.204	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,10:19:99:342,0,316
16	69735271	.	T	A	122.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=-1.368;DP=8;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=15.35;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:151,0,158
16	69743760	.	A	G	382.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=-0.664;DP=50;FS=1.191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.553;QD=7.66;ReadPosRankSum=0.420	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:37,13:50:99:411,0,1472
16	69746720	.	T	C	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:63:63,0,203
16	69746769	.	T	C	119.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.652;ClippingRankSum=0.361;DP=9;FS=13.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.876;QD=13.31;ReadPosRankSum=0.361	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:148,0,170
16	69747459	.	T	G	237.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=-1.769;DP=11;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.520;QD=21.62;ReadPosRankSum=1.769	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,7:11:99:266,0,132
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16	71319986	.	C	T	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
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16	71422334	.	C	G	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
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16	71680002	.	C	T	618.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:647,45,0
16	71681515	.	A	G	577.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:606,45,0
16	71681582	.	C	G	357.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:386,27,0
16	71682796	.	T	C	68.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=-0.370;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.370;QD=5.73;ReadPosRankSum=0.185	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,3:12:97:97,0,337
16	71712786	.	A	G	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=-1.920;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.684;QD=9.60;ReadPosRankSum=1.920	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:105,0,179
16	71748505	.	A	G	228.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=-0.244;DP=12;FS=2.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.793;QD=19.06;ReadPosRankSum=0.135	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,7:12:99:257,0,172
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16	74340431	.	C	A	143.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:171,12,0
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16	74485529	.	T	C	163.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.684;QD=20.47;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:99:192,0,104
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16	74486189	.	T	C	285.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=-1.409;DP=38;FS=12.073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.282;QD=7.52;ReadPosRankSum=1.243	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,10:38:99:314,0,1109
16	74498628	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
16	74501229	.	C	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
16	74506765	.	G	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:81,0,36
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16	74537591	.	C	T	1197.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.178;ClippingRankSum=-1.151;DP=43;FS=5.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.259;QD=27.86;ReadPosRankSum=1.124	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,31:43:99:1226,0,393
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16	74941843	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	74944240	.	G	C	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
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16	75142857	.	T	C	437.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:466,33,0
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16	75270721	.	C	A	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=7.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:65:65,0,119
16	75272029	.	G	A	27.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=5.55;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:56:56,0,102
16	75272512	.	A	G	244.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:273,21,0
16	75273330	.	T	G	447.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:476,33,0
16	75273345	.	G	C	158.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.309;ClippingRankSum=-1.000;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.380;QD=13.23;ReadPosRankSum=1.309	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,5:12:99:187,0,256
16	75273384	.	G	A	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:60:78,0,60
16	75273829	.	C	G	167.88	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=27.98;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:16:196,0,16
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16	75327916	.	A	G	394.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.346;ClippingRankSum=-0.650;DP=48;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.580;QD=8.22;ReadPosRankSum=1.601	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:35,13:48:99:423,0,1378
16	75427940	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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16	75479153	.	T	C	231.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=1.099;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.289;QD=15.45;ReadPosRankSum=-1.099	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,7:15:99:260,0,291
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16	75479470	.	T	C	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.59	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,3:3:34:123,0,34
16	75479474	.	T	C	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=23.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:123,0,34
16	75479907	.	T	C	126.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=18.11;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:155,0,114
16	75479973	.	T	C	32.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.067;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=3.64;ReadPosRankSum=-1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:61:61,0,274
16	75480010	.	T	C	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=-0.762;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=3.20;ReadPosRankSum=-1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:57:57,0,268
16	75480066	.	C	A	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=8.63;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:80:80,0,109
16	75481185	.	G	C	200.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.743;ClippingRankSum=-0.872;DP=20;FS=1.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.634;QD=10.04;ReadPosRankSum=-1.347	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,7:20:99:229,0,521
16	75481215	.	C	T	721.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:750,51,0
16	75483443	.	T	C	52.81	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.60;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:20:81,0,20
16	75483450	.	T	C	52.81	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.60;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:20:81,0,20
16	75498253	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	75510205	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
16	75602884	.	C	T	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=15.95;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:68:108,0,68
16	75603925	.	T	G	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=-0.988;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=14.29;ReadPosRankSum=0.988	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:95:114,0,95
16	75634014	.	A	G	227.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.164;ClippingRankSum=0.953;DP=16;FS=4.467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.529;QD=14.24;ReadPosRankSum=-1.164	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,7:16:99:256,0,349
16	75635852	.	C	T	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=14.75;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:69:102,0,69
16	75636185	.	C	T	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=20.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:29:111,0,29
16	75646685	.	G	T	115.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=-0.741;DP=10;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.133;QD=11.58;ReadPosRankSum=1.036	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:144,0,221
16	75689916	.	C	T	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:72,0,33
16	76519198	.	G	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
16	76519202	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
16	76668039	.	C	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
16	77224889	.	G	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
16	77227831	.	G	T	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
16	77227884	.	C	G	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
16	77227942	.	T	C	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
16	77227965	.	G	A	147.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=1.453;DP=10;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.103;QD=14.78;ReadPosRankSum=0.103	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:176,0,189
16	77228629	.	A	G	944.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.317;ClippingRankSum=-1.733;DP=25;FS=3.565;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.208;QD=31.49;ReadPosRankSum=1.595	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,24:25:40:973,40,0
16	77228866	.	T	C	1063.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1092,78,0
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16	77232746	.	A	C	201.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=-0.987;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.211;QD=9.17;ReadPosRankSum=0.846	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,7:22:99:230,0,567
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16	81064440	.	A	G	280.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:309,21,0
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16	81128360	.	A	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
16	81204066	.	A	T	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
16	81204069	.	A	C	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:12:174,12,0
16	81204081	.	T	C	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
16	81205345	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	81365974	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	81411448	.	G	A	192.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:221,15,0
16	81411673	.	C	G	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
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16	81415061	.	A	T	182.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:211,15,0
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16	81557195	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
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16	81733867	.	C	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,143
16	81733868	.	G	A	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,143
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16	81734070	.	C	G	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=18.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:99:120,0,162
16	81734314	.	G	A	107.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.729;QD=11.97;ReadPosRankSum=-0.361	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:136,0,169
16	81734603	.	T	C	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=8.95;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:73:73,0,118
16	81740829	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=14.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:72,0,34
16	81740951	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
16	81741241	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=13.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:69,0,37
16	81743138	.	G	T	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:63:63,0,98
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16	81819768	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
16	81929488	.	C	T	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.19;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:73:73,0,78
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16	82185112	.	T	C	601.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=1.722;DP=37;FS=9.838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.691;QD=16.26;ReadPosRankSum=0.290	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,17:37:99:630,0,754
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16	82186719	.	C	G	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
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16	82191447	.	T	G	44.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:72,6,0
16	82194190	.	G	A	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=14.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:72,0,35
16	82196676	.	T	C	47.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
16	82203742	.	T	C	1335.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,31:31:93:1364,93,0
16	82203758	.	C	T	1487.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:99:1516,105,0
16	82203768	.	G	T	1487.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:99:1516,105,0
16	83846198	.	G	A	338.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:367,27,0
16	83949554	.	A	C	195.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.259;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.467;QD=16.31;ReadPosRankSum=0.259	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,6:12:99:224,0,223
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16	83979601	.	G	T	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
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16	84213866	.	C	T	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.388;ClippingRankSum=-0.940;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.045;QD=3.80;ReadPosRankSum=0.851	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,4:21:99:108,0,616
16	84213965	.	G	A	285.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:314,21,0
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16	84456044	.	C	T	122.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=-0.611;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.658;QD=6.14;ReadPosRankSum=0.698	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,5:20:99:151,0,593
16	84460493	.	A	G	27.75	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:55,6,0
16	84461440	.	C	T	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
16	84463130	.	G	T	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:81,0,36
16	84463189	.	G	T	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=17.15;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:73:114,0,73
16	84463525	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:78,0,37
16	84463971	.	G	A	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=-1.754;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=10.11;ReadPosRankSum=1.754	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:99,0,155
16	84464820	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
16	84465358	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	84466143	.	T	A	88.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:116,9,0
16	84467049	.	A	G	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:116,0,34
16	84469069	.	C	A	160.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:189,15,0
16	84471559	.	C	A	158.80	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=26.47;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:21:187,0,21
16	84472243	.	C	G	185.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:214,15,0
16	84484762	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
16	84484826	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	84485573	.	C	A	1093.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,28:28:84:1122,84,0
16	84486471	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	84486784	.	G	A	122.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=-1.571;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.047;QD=6.14;ReadPosRankSum=0.262	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,5:20:99:151,0,537
16	84487545	.	T	C	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
16	84488930	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	84492254	.	C	T	135.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=27.15;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:28:164,0,28
16	84492559	.	C	A	151.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.933;DP=14;FS=5.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.933;QD=10.84;ReadPosRankSum=-0.933	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,5:14:99:180,0,341
16	84492683	.	A	C	14.91	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.691;DP=13;FS=3.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.283;QD=1.15;ReadPosRankSum=-0.888	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:43:43,0,372
16	84493144	.	C	G	647.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:676,48,0
16	84493216	.	T	C	96.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=-2.024;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.196;QD=6.45;ReadPosRankSum=-0.196	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,4:15:99:125,0,410
16	84493515	.	C	T	482.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:36:511,36,0
16	84493523	.	C	G	145.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.470;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.098;QD=14.58;ReadPosRankSum=0.103	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:174,0,171
16	84493675	.	T	C	369.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:398,27,0
16	84493927	.	G	A	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=17.75;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:73:117,0,73
16	84494020	.	G	T	517.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:546,39,0
16	84494168	.	A	T	60.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=10;FS=11.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=6.08;ReadPosRankSum=-0.546	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:89:89,0,277
16	84494275	.	C	T	466.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=-1.449;DP=31;FS=1.402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.615;QD=15.06;ReadPosRankSum=0.576	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,14:31:99:495,0,592
16	84494450	.	G	A	128.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=1.164;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.551;QD=8.58;ReadPosRankSum=-1.164	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,5:15:99:157,0,378
16	84495224	.	A	G	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=17.55;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:76:116,0,76
16	84495509	.	G	A	32.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=5.46;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:61:61,0,142
16	84495761	.	G	C	191.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:220,15,0
16	84495825	.	G	A	126.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=21.13;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:66:155,0,66
16	84495841	.	A	G	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=4.72;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:66:66,0,221
16	84496054	.	T	G	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=11.68;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:110,0,150
16	84496113	.	G	C	21.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=-0.322;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.752;QD=1.82;ReadPosRankSum=0.967	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:50:50,0,406
16	84496140	.	G	A	118.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.937;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.754;QD=16.97;ReadPosRankSum=-0.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:147,0,107
16	84496489	.	T	C	132.94	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=26.59;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:14:161,0,14
16	84496922	.	A	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
16	84497186	.	C	T	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
16	84497872	.	G	T	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.988;QD=11.79;ReadPosRankSum=1.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:96:99,0,96
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16	84498304	.	G	C	291.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.733;ClippingRankSum=-0.480;DP=10;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.898;QD=29.18;ReadPosRankSum=0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,8:10:43:320,0,43
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16	84501181	.	C	A	38.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=6.46;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:67:67,0,148
16	84501275	.	T	G	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=14.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=-0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:66:66,0,507
16	84501279	.	G	T	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=14.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=4.72;ReadPosRankSum=1.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:66:66,0,507
16	84501394	.	C	T	157.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=26.30;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:22:186,0,22
16	84502033	.	T	C	80.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=16.15;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:68:109,0,68
16	84502783	.	A	T	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=4.60;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:65:65,0,239
16	84504691	.	T	C	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.95;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:73:73,0,112
16	84505136	.	A	G	269.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:298,21,0
16	84505372	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	84505401	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
16	84505709	.	G	C	135.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:163,12,0
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16	84507448	.	G	A	141.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:169,12,0
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16	84511325	.	G	C	778.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:807,57,0
16	84511388	.	G	A	1024.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:72:1053,72,0
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16	84513397	.	A	T	595.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.072;ClippingRankSum=0.152;DP=55;FS=1.115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.583;QD=10.83;ReadPosRankSum=0.547	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:37,18:55:99:624,0,1442
16	84513463	.	T	G	1096.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=1.539;DP=49;FS=2.552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.295;QD=22.38;ReadPosRankSum=0.021	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,29:48:99:1125,0,681
16	84514341	.	A	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
16	84515852	.	G	A	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:29:77,0,29
16	84516090	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
16	84516309	.	G	A	1026.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=-0.917;DP=66;FS=2.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.247;QD=15.56;ReadPosRankSum=1.023	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:36,29:65:99:1055,0,1379
16	84517263	.	G	A	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=10.69;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:71:71,0,79
16	84517576	.	C	T	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=13.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:70,0,36
16	84517644	.	C	T	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
16	84517720	.	G	A	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
16	84518954	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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16	84528235	.	T	C	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
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16	84532302	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	84533553	.	G	C	86.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:114,9,0
16	84534796	.	G	T	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=8.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:62:62,0,68
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16	84535790	.	C	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:28:78,0,28
16	84537013	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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16	84539723	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
16	84542835	.	T	C	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
16	84543451	.	A	C	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
16	84543882	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	84545158	.	G	T	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
16	84545164	.	C	G	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:12:177,12,0
16	84545238	.	C	T	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
16	84599530	.	A	G	681.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.563;DP=79;FS=3.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.051;QD=8.63;ReadPosRankSum=-0.563	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:57,22:79:99:710,0,2273
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16	84600271	.	A	G	632.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.189;DP=81;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.005;QD=7.81;ReadPosRankSum=-0.038	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:60,21:81:99:661,0,2338
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16	84607566	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:81,0,35
16	84608201	.	G	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
16	84608490	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	84608491	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	84608584	.	C	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
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16	84651556	.	G	A	450.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.572;ClippingRankSum=-0.492;DP=41;FS=20.321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.328;QD=10.99;ReadPosRankSum=0.711	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,17:40:99:479,0,777
16	84651656	.	A	G	227.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:256,18,0
16	84682712	.	C	T	57.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=14.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:86,0,34
16	84694718	.	T	C	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
16	84696385	.	A	G	148.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.717;ClippingRankSum=0.143;DP=11;FS=2.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.387;QD=13.52;ReadPosRankSum=-0.143	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,5:11:99:177,0,232
16	84697584	.	G	A	172.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=-1.051;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.584;QD=8.23;ReadPosRankSum=1.051	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,6:21:99:201,0,1207
16	84697589	.	A	G	172.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=-1.528;DP=19;FS=2.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.324;QD=9.09;ReadPosRankSum=1.620	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,5:19:99:201,0,1207
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16	85738235	.	G	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
16	85738269	.	T	A	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
16	85738597	.	T	G	114.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:142,12,0
16	85744220	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
16	85746354	.	C	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
16	85746645	.	C	T	93.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
16	85747193	.	T	C	185.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:214,15,0
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16	85749186	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
16	85760770	.	C	G	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
16	85766627	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
16	85769112	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	85812955	.	T	A	73.06	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=7.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:29:299,29,0
16	85813231	.	A	C	672.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-1.504;DP=37;FS=1.289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.562;QD=18.18;ReadPosRankSum=1.686	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,19:37:99:701,0,666
16	85813963	.	C	T	110.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:138,12,0
16	85814995	.	A	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
16	85815074	.	C	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
16	85816058	.	G	C	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=10.69;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:61:71,0,61
16	85817250	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.75;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:72:72,0,111
16	85835818	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	85836083	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
16	85836112	.	A	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
16	85836149	.	G	C	61.56	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:7:89,7,0
16	85836291	.	C	G	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
16	85836490	.	G	A	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
16	85836510	.	C	T	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
16	85836610	.	G	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
16	85836744	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
16	85836851	.	T	C	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
16	85837022	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
16	85837118	.	A	G	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
16	85837218	.	T	C	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
16	85837334	.	C	T	88.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:116,9,0
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16	85837512	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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16	85837939	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
16	85837986	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	85838503	.	T	C	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
16	85838532	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
16	85838653	.	T	C	3759.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,86:86:99:3788,259,0
16	85839140	.	T	C	572.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:601,42,0
16	85839186	.	C	T	190.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:219,15,0
16	85839543	.	C	G	265.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:294,21,0
16	85839708	.	T	C	202.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:231,18,0
16	85839772	.	G	A	410.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:439,30,0
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16	86566549	.	A	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
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16	86568330	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	86568564	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	86568571	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	86568805	.	A	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
16	86568824	.	A	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
16	86569051	.	T	C	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
16	86569258	.	A	C	131.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=26.35;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:160,0,31
16	86569399	.	C	G	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
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16	86570713	.	A	T	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
16	86575737	.	C	T	330.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.488;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.163;QD=20.67;ReadPosRankSum=-0.271	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,10:16:99:359,0,201
16	86575992	.	G	T	90.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=18.15;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:64:119,0,64
16	86576331	.	A	G	163.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=-0.684;DP=8;FS=7.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.684;QD=20.47;ReadPosRankSum=0.684	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:99:192,0,109
16	86576473	.	G	A	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=-0.988;DP=6;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.988;QD=13.29;ReadPosRankSum=0.988	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:108,0,105
16	86577257	.	G	A	213.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:242,18,0
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16	86577563	.	G	A	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=17.15;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:62:114,0,62
16	86579223	.	C	A	273.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:302,21,0
16	86579287	.	C	T	106.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=21.35;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:135,0,31
16	86579457	.	G	A	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:72:72,0,108
16	86579627	.	G	A	213.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.054;ClippingRankSum=-0.573;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.001;QD=23.75;ReadPosRankSum=0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:97:242,0,97
16	86581366	.	G	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
16	86690930	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	86690935	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	87350773	.	C	A	131.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=21.96;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:66:160,0,66
16	87356657	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
16	87360500	.	G	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
16	87378001	.	C	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
16	87394386	.	A	G	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
16	87396399	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
16	87397080	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	87426028	.	T	C	1188.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1217,90,0
16	87435204	.	C	T	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
16	87436223	.	A	G	231.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:260,18,0
16	87436764	.	A	G	996.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.850;ClippingRankSum=1.575;DP=52;FS=2.402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.494;QD=19.17;ReadPosRankSum=-1.190	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,27:52:99:1025,0,941
16	87437098	.	A	G	1297.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,32:32:96:1326,96,0
16	87445270	.	T	C	90.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.495;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.071;QD=6.48;ReadPosRankSum=-0.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,4:14:99:119,0,364
16	87447028	.	G	A	14.68	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=14.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:41,3,0
16	87731878	.	G	A	24.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=3.10;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:53:53,0,216
16	87732340	.	C	G	152.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:181,15,0
16	87734747	.	C	G	82.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=20.70;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:22:111,0,22
16	87735837	.	C	T	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.15;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:74:74,0,122
16	87736272	.	A	G	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:76,0,37
16	87736397	.	C	T	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=5.96;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:64:64,0,157
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16	87771137	.	T	C	93.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=15.63;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:70:122,0,70
16	87771273	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:78,0,36
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16	87776374	.	G	A	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:69:69,0,116
16	87776550	.	G	A	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=22.44;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:118,0,33
16	87776849	.	T	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
16	87776850	.	T	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
16	87776897	.	T	C	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
16	87777089	.	T	C	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
16	87779932	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
16	87872718	.	G	C	208.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=26.10;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:63:237,0,63
16	87873946	.	C	T	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.69;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:75:75,0,78
16	87882124	.	T	C	166.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=23.82;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:69:195,0,69
16	87882209	.	A	G	158.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.495;QD=22.68;ReadPosRankSum=-1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:68:187,0,68
16	87882509	.	C	T	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:75,0,37
16	87883721	.	A	C	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.19;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:40:77,0,40
16	87884547	.	A	G	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:70:70,0,106
16	87889562	.	C	T	69.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=-0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.537;QD=11.63;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:98:98,0,101
16	87901309	.	G	C	49.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:27:78,0,27
16	87903082	.	G	C	339.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.347;ClippingRankSum=0.286;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.367;QD=17.88;ReadPosRankSum=-0.367	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,10:19:99:368,0,317
16	88052161	.	C	A	683.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:712,51,0
16	88104083	.	G	A	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
16	88105725	.	G	A	691.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:720,51,0
16	88110299	.	G	T	304.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.011;ClippingRankSum=2.011;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.588;QD=19.05;ReadPosRankSum=-1.905	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,9:16:99:333,0,226
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16	88263216	.	T	C	143.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:171,12,0
16	88263328	.	G	A	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:72:72,0,120
16	88266311	.	T	C	48.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:22:77,0,22
16	88267312	.	G	A	49.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:25:78,0,25
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16	88497031	.	T	C	185.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:214,15,0
16	88497400	.	G	A	93.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
16	88497446	.	A	G	133.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:161,12,0
16	88498297	.	T	G	150.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:179,15,0
16	88500430	.	G	T	183.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:212,15,0
16	88501386	.	C	A	139.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:167,12,0
16	88502482	.	C	T	132.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:160,12,0
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16	88695376	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
16	88696485	.	C	G	40.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:68,6,0
16	88718552	.	G	A	1010.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1039,72,0
16	88719877	.	C	G	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
16	88721012	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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16	88723233	.	G	A	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:78,0,37
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16	88742206	.	A	C	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
16	88762943	.	A	T	27.75	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:55,6,0
16	88763561	.	T	C	1217.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:87:1246,87,0
16	88763567	.	C	G	592.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.749;ClippingRankSum=-0.332;DP=29;FS=3.352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.546;QD=20.44;ReadPosRankSum=0.332	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,17:29:99:621,0,377
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16	88781125	.	T	C	1143.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1172,87,0
16	88781419	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
16	88781614	.	G	C	377.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.610;DP=27;FS=3.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.317;QD=13.99;ReadPosRankSum=0.903	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,12:27:99:406,0,563
16	88782676	.	A	G	1964.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,47:47:99:1993,141,0
16	88783100	.	T	C	619.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=1.030;DP=47;FS=4.488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.054;QD=13.19;ReadPosRankSum=-0.921	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,19:47:99:648,0,1084
16	88783374	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
16	88783449	.	C	G	2156.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,52:52:99:2185,156,0
16	88783521	.	T	C	1931.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,48:48:99:1960,144,0
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16	89167954	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	89180883	.	G	A	414.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=-0.339;DP=23;FS=1.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.339;QD=18.03;ReadPosRankSum=0.277	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,12:23:99:443,0,402
16	89199651	.	G	A	116.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.365;DP=10;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=11.68;ReadPosRankSum=-0.633	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:145,0,227
16	89214002	.	T	G	52.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.60;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:23:81,0,23
16	89214753	.	C	A	32.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=-1.495;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=4.68;ReadPosRankSum=1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:61:61,0,194
16	89214972	.	A	G	153.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=25.63;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:25:182,0,25
16	89216194	.	G	A	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=9.35;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,118
16	89217119	.	C	T	135.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:163,12,0
16	89217754	.	A	G	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
16	89218292	.	A	G	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=6.96;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:70:70,0,146
16	89219591	.	T	A	80.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=16.15;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:65:109,0,65
16	89219957	.	G	A	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=8.95;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:73:73,0,108
16	89221287	.	G	C	169.80	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=28.30;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:21:198,0,21
16	89265101	.	C	T	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
16	89265466	.	A	G	26.75	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:54,6,0
16	89282645	.	C	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
16	89283785	.	A	G	135.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:163,12,0
16	89283809	.	A	G	90.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:118,9,0
16	89287238	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
16	89287247	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:89,6,0
16	89289912	.	G	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
16	89289963	.	C	G	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
16	89290330	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	89290332	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	89293271	.	A	C	236.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=1.656;DP=13;FS=5.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.312;QD=18.21;ReadPosRankSum=-1.791	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,7:13:99:265,0,227
16	89293614	.	A	G	559.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:588,42,0
16	89293730	.	C	T	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=-0.118;DP=11;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.354;QD=2.62;ReadPosRankSum=-0.118	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:57:57,0,359
16	89294184	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
16	89294381	.	T	C	201.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=0.741;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=20.18;ReadPosRankSum=0.365	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,6:10:99:230,0,141
16	89294439	.	G	T	192.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=-0.365;DP=10;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.365;QD=19.28;ReadPosRankSum=0.741	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,6:10:99:221,0,134
16	89294511	.	C	T	86.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:114,9,0
16	89294697	.	C	T	309.94	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=-0.348;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.393;QD=30.99;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,9:10:14:338,0,14
16	89298293	.	A	G	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.19;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:77:77,0,77
16	89299200	.	C	A	169.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=24.25;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:56:198,0,56
16	89299227	.	C	T	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=7.29;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,152
16	89299442	.	G	A	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.15;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:74:74,0,120
16	89301780	.	G	T	133.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=26.76;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:22:162,0,22
16	89304263	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	89306790	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
16	89310031	.	C	T	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=5.30;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:60:60,0,156
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16	89329223	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
16	89332421	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	89344431	.	A	G	119.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=-0.876;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.876;QD=13.31;ReadPosRankSum=0.876	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:148,0,186
16	89346774	.	G	T	208.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.296;ClippingRankSum=-2.145;DP=29;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.872;QD=7.20;ReadPosRankSum=2.003	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,9:29:99:237,0,730
16	89348038	.	G	C	547.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.304;ClippingRankSum=-0.236;DP=43;FS=6.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.236;QD=12.74;ReadPosRankSum=-0.385	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,17:43:99:576,0,976
16	89350484	.	C	G	621.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=1.172;DP=30;FS=1.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.209;QD=20.73;ReadPosRankSum=-0.879	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,17:30:99:650,0,493
16	89364961	.	T	A	64.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=16.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:31:93,0,31
16	89365082	.	G	C	116.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=-0.922;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=14.60;ReadPosRankSum=0.421	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:145,0,141
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16	89368243	.	A	G	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=4.60;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:65:65,0,222
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16	89608702	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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16	89647705	.	C	T	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
16	89661807	.	C	T	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
16	89662990	.	T	C	162.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=27.13;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:22:191,0,22
16	89663072	.	G	A	87.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:115,9,0
16	89708224	.	T	G	195.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:224,15,0
16	89708680	.	T	G	123.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=24.76;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:23:152,0,23
16	89709019	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
16	89710378	.	G	A	89.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:27:118,0,27
16	89711120	.	C	T	982.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=-0.269;DP=47;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.840;QD=20.91;ReadPosRankSum=0.334	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,27:47:99:1011,0,712
16	89713938	.	T	C	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.44;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:69:70,0,69
16	89715036	.	C	T	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
16	89717397	.	A	G	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=9.19;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:65:65,0,77
16	89718621	.	A	G	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
16	89724572	.	T	C	300.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:329,24,0
16	89727595	.	C	T	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
16	89735923	.	G	C	268.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:297,21,0
16	89736301	.	A	G	166.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:195,15,0
16	89753474	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
16	89753971	.	T	C	218.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:247,18,0
16	89754023	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=1.001;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.573;QD=4.53;ReadPosRankSum=1.422	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:69:69,0,226
16	89754046	.	A	G	265.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.898;DP=10;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.480;QD=26.58;ReadPosRankSum=0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,8:10:36:294,0,36
16	89754057	.	A	G	22.79	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=-0.825;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.061;QD=2.07;ReadPosRankSum=-0.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:51:51,0,312
16	89754255	.	T	G	188.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:217,15,0
16	89754444	.	G	T	270.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:299,21,0
16	89754697	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
16	89755216	.	A	G	41.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:69,6,0
16	89755388	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
16	89755397	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:85,6,0
16	89755903	.	A	G	269.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:298,21,0
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16	89763045	.	C	T	712.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:741,57,0
16	89763214	.	T	C	764.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:793,60,0
16	89763359	.	G	C	605.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:634,45,0
16	89763619	.	A	T	481.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:510,36,0
16	89763852	.	G	A	381.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.453;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.020;QD=23.86;ReadPosRankSum=-0.566	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,11:16:99:410,0,167
16	89773676	.	T	C	528.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:557,42,0
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16	89782055	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,122
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16	89786855	.	C	T	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
16	89787340	.	C	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
16	89788768	.	T	A	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:73,0,36
16	89789898	.	T	C	529.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.499;ClippingRankSum=-0.366;DP=36;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.271;QD=14.72;ReadPosRankSum=0.334	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,16:36:99:558,0,766
16	89796010	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
16	89797265	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
16	89797337	.	C	G	240.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:269,18,0
16	89797627	.	C	T	32.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=8.19;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:61:61,0,65
16	89798098	.	C	G	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:79,0,36
16	89798667	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
16	89800058	.	C	T	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=6.29;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:66:66,0,147
16	89801127	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:83,6,0
16	89801133	.	A	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
16	89801455	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
16	89801459	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
16	89804855	.	C	T	262.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.659;ClippingRankSum=0.501;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.116;QD=13.14;ReadPosRankSum=-0.579	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,8:20:99:291,0,457
16	89805261	.	A	G	702.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:731,51,0
16	89805672	.	C	T	393.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=-1.713;DP=25;FS=3.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.061;QD=15.75;ReadPosRankSum=1.822	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,12:25:99:422,0,468
16	89805977	.	G	A	435.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=-0.752;DP=27;FS=3.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.558;QD=16.14;ReadPosRankSum=0.752	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,13:27:99:464,0,525
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16	89836323	.	C	T	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.296;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=7.58;ReadPosRankSum=0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:104,0,287
16	89849480	.	C	T	389.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:418,30,0
16	89863110	.	A	G	48.31	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.10;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:1:74,0,1
16	89865242	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:78,0,37
16	89883507	.	A	G	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
16	89884502	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
16	89915350	.	C	T	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
16	89925556	.	G	A	35.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:63,6,0
16	89927151	.	C	T	538.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=-0.085;DP=25;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=21.55;ReadPosRankSum=-0.255	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,16:25:99:567,0,291
16	89940232	.	A	C	844.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.882;DP=53;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.045;QD=15.94;ReadPosRankSum=-1.719	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,25:53:99:873,0,988
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16	89967217	.	T	C	169.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=0.000;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=18.86;ReadPosRankSum=0.361	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:198,0,282
16	89967223	.	G	A	169.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=1.221;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.956;QD=21.22;ReadPosRankSum=-0.684	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:99:198,0,282
16	89967308	.	T	C	166.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=20.85;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:70:195,0,70
16	89967397	.	A	C	118.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=19.79;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:61:147,0,61
16	89967434	.	G	A	65.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.684;QD=8.22;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:94:94,0,190
16	89967759	.	T	C	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.988;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=13.79;ReadPosRankSum=-0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:111,0,112
16	89969510	.	G	T	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=17.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:39:115,0,39
16	89969593	.	T	C	361.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:390,27,0
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16	89987201	.	A	G	229.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=-0.377;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.312;QD=17.67;ReadPosRankSum=0.811	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,7:13:99:258,0,214
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16	90002290	.	T	C	1521.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,36:36:99:1550,108,0
16	90018072	.	C	T	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:80,0,35
16	90018625	.	A	C	156.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=26.13;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:28:185,0,28
16	90018784	.	A	G	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
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16	90020346	.	A	C	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=15.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:99:105,0,357
16	90024206	.	A	G	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:32:71,0,32
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16	90032862	.	G	T	359.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:388,27,0
16	90037828	.	G	A	274.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:303,21,0
16	90038786	.	C	A	169.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:198,15,0
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16	90104453	.	G	A	117.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.754;QD=16.82;ReadPosRankSum=-0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:146,0,106
16	90105740	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:72:78,0,72
16	90106525	.	T	C	122.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.937;QD=17.54;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:151,0,107
16	90109372	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
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17	50982	.	T	G	229.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:258,18,0
17	51088	.	C	T	232.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:261,18,0
17	51166	.	A	G	346.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:375,27,0
17	52368	.	C	T	222.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:251,18,0
17	52467	.	G	C	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
17	53011	.	T	C	93.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
17	53206	.	G	A	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
17	55497	.	C	A	174.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:203,15,0
17	58980	.	C	T	188.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:217,15,0
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17	63117	.	T	C	185.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:214,15,0
17	65351	.	C	T	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
17	72487	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
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17	177355	.	G	C	339.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:368,30,0
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17	420467	.	T	C	275.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:304,21,0
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17	421887	.	T	C	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=5.79;ReadPosRankSum=-1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:63:63,0,161
17	465775	.	G	A	675.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:704,51,0
17	641642	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
17	648186	.	G	A	723.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:752,54,0
17	648498	.	C	T	535.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:564,39,0
17	649232	.	C	T	763.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:792,54,0
17	649547	.	G	C	359.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:388,27,0
17	649935	.	G	C	496.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:525,36,0
17	652847	.	C	T	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
17	652936	.	C	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
17	673895	.	C	G	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
17	685640	.	G	T	853.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:882,63,0
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17	692639	.	G	A	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=9.15;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:74:74,0,108
17	712453	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
17	715782	.	G	A	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
17	718919	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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17	756111	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
17	775051	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	840729	.	G	A	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
17	907315	.	C	T	745.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:774,57,0
17	908529	.	A	G	531.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:560,39,0
17	909451	.	A	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
17	912768	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
17	915368	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	956848	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	970413	.	C	T	869.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:898,63,0
17	1372008	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
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17	1522048	.	G	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
17	1531973	.	C	T	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
17	1538546	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
17	1552093	.	C	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
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17	1607766	.	T	G	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
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17	1618262	.	C	T	140.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:168,12,0
17	1630992	.	G	A	170.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:199,15,0
17	1637302	.	A	G	187.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:216,15,0
17	1637458	.	G	A	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
17	1639458	.	A	G	138.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:166,12,0
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17	1733092	.	T	A	45.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:73,6,0
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17	1800849	.	C	G	1172.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1201,87,0
17	1800886	.	G	A	1385.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,33:33:99:1414,99,0
17	1800932	.	T	C	924.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:953,66,0
17	1800949	.	C	G	1057.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.33	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1086,75,0
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17	1838107	.	G	A	336.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:365,27,0
17	1838352	.	C	T	655.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:684,48,0
17	1839272	.	A	G	434.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:463,33,0
17	1917474	.	T	C	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
17	1928217	.	A	G	389.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:418,30,0
17	1940713	.	T	C	120.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:148,12,0
17	1941048	.	A	G	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
17	1941375	.	A	G	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,39
17	1941498	.	A	G	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=7.13;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:71:71,0,157
17	1941512	.	A	G	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=16.95;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:69:113,0,69
17	1941539	.	A	G	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=14.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:71,0,33
17	1941768	.	A	C	143.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:171,12,0
17	1943888	.	T	C	1089.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1118,78,0
17	1945621	.	G	T	181.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:210,15,0
17	1948601	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	1963961	.	G	A	582.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:611,45,0
17	1964018	.	G	A	600.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:629,45,0
17	1964397	.	A	T	401.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:430,30,0
17	1966920	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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17	2091765	.	C	T	430.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:459,33,0
17	2180968	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
17	2186100	.	C	T	282.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:311,21,0
17	2203348	.	T	C	137.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:165,12,0
17	2207393	.	C	A	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
17	2209379	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=23.38;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:75:75,0,109
17	2209387	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.69;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:75:75,0,109
17	2220958	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,74
17	2220964	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,74
17	2276432	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
17	2276940	.	T	C	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
17	2278609	.	C	T	129.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:157,12,0
17	2278644	.	C	T	175.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:204,15,0
17	2280934	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
17	2284005	.	A	G	969.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:998,69,0
17	2292883	.	C	T	175.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:204,15,0
17	2298615	.	T	C	135.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:163,12,0
17	2320645	.	T	C	58.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.370;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.740;QD=4.90;ReadPosRankSum=-1.109	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,3:12:87:87,0,361
17	2320651	.	T	C	446.53	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.134;ClippingRankSum=-1.737;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.470;QD=34.35;ReadPosRankSum=0.935	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,12:13:3:473,0,3
17	2321606	.	T	C	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=1.106;DP=11;FS=16.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=6.43;ReadPosRankSum=-0.978	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:99:99,0,277
17	2555273	.	C	T	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
17	2573652	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
17	2576435	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
17	2578035	.	C	T	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
17	2580265	.	G	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
17	2586229	.	A	G	657.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:686,48,0
17	2593600	.	C	G	1213.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,32:32:96:1242,96,0
17	2595964	.	G	A	1759.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,42:42:99:1788,126,0
17	2597457	.	G	A	443.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.113;DP=44;FS=1.238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.895;QD=10.09;ReadPosRankSum=-0.214	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:30,14:44:99:472,0,1161
17	2599134	.	A	G	184.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:213,15,0
17	2868935	.	T	C	574.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:603,42,0
17	2883588	.	C	A	1132.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1161,81,0
17	2907175	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	2938412	.	T	C	375.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:404,27,0
17	2938533	.	T	C	1095.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1124,78,0
17	2938625	.	C	T	833.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:862,60,0
17	2938715	.	C	G	924.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:953,66,0
17	2938864	.	A	G	848.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:877,60,0
17	2939439	.	A	G	923.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:952,66,0
17	2939582	.	G	A	1104.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1133,78,0
17	2939782	.	T	C	918.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:947,66,0
17	2940583	.	G	A	959.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.600;ClippingRankSum=-1.733;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.667;QD=28.93;ReadPosRankSum=-0.133	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,25:26:68:988,68,0
17	3355677	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	3355682	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	3493200	.	C	G	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
17	3514028	.	G	C	669.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:698,48,0
17	3551616	.	T	C	26.75	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:54,6,0
17	3553526	.	A	G	186.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:215,15,0
17	3555817	.	C	T	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
17	3555986	.	T	C	116.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:144,12,0
17	3557382	.	A	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
17	3557499	.	C	T	233.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:262,18,0
17	3557537	.	C	T	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
17	3557594	.	A	G	136.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:164,12,0
17	3558417	.	C	G	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
17	3558698	.	G	A	11.83	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=11.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:38,3,0
17	3561396	.	C	T	494.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:523,39,0
17	3561595	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
17	3561711	.	C	G	241.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:270,18,0
17	3561712	.	A	G	241.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:270,18,0
17	3562182	.	G	A	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
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17	4455500	.	T	C	1358.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,32:32:96:1387,96,0
17	4463023	.	G	A	782.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:811,63,0
17	4534834	.	A	G	360.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:389,27,0
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17	4929640	.	C	A	450.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:479,33,0
17	4929924	.	A	G	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=1.434;DP=18;FS=2.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.053;QD=5.26;ReadPosRankSum=1.221	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,4:18:99:123,0,522
17	4929949	.	A	G	71.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=1.179;DP=11;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.179;QD=6.52;ReadPosRankSum=1.666	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:99:100,0,514
17	4929954	.	A	G	71.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.386;ClippingRankSum=1.214;DP=12;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.546;QD=5.98;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:100,0,514
17	4930105	.	A	G	237.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.248;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.001;QD=26.42;ReadPosRankSum=0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:99:266,0,99
17	4930109	.	A	G	78.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=11.25;ReadPosRankSum=1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:99:107,0,511
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17	4930121	.	A	G	26.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=3.83;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:55:55,0,707
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17	4997787	.	A	G	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
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17	4998852	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	5014416	.	G	A	169.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:198,15,0
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17	5185664	.	T	C	352.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:381,30,0
17	5272580	.	C	A	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
17	5280440	.	T	C	1089.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1118,78,0
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17	5283252	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
17	5284698	.	A	G	658.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:687,48,0
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17	5284770	.	G	A	931.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:960,66,0
17	5285222	.	C	T	93.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
17	5286692	.	T	C	883.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:912,63,0
17	5287946	.	C	G	845.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:874,60,0
17	5288018	.	G	A	359.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:388,27,0
17	5288073	.	A	G	442.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:471,33,0
17	5288179	.	A	T	747.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:776,54,0
17	5288203	.	C	T	453.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:482,33,0
17	5288760	.	A	G	550.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:40:579,40,0
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17	5288983	.	T	C	664.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:693,48,0
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17	5290033	.	T	C	1099.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1128,78,0
17	5290414	.	G	A	1118.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1147,78,0
17	5291588	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
17	5294976	.	T	A	1290.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1319,90,0
17	5303215	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	5304763	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	5311143	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	5311742	.	C	T	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
17	5323206	.	T	G	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
17	5323269	.	C	T	278.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:307,21,0
17	5326145	.	C	G	1139.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1168,81,0
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17	5327622	.	A	T	140.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:168,12,0
17	5328661	.	T	C	45.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:73,6,0
17	5329199	.	C	T	293.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:322,24,0
17	5330186	.	A	G	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
17	5330959	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	5331896	.	A	G	193.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:222,15,0
17	5335035	.	T	C	228.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:257,18,0
17	5425077	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	5436263	.	C	T	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
17	5485367	.	A	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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17	6275128	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	6355206	.	G	C	194.94	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:14:223,14,0
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17	6942111	.	G	T	303.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:332,24,0
17	6943959	.	G	A	317.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:346,24,0
17	6944370	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
17	7195309	.	C	T	536.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:565,42,0
17	7213694	.	C	A	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
17	7213835	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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17	7606722	.	C	G	103.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=20.76;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:25:132,0,25
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17	12907128	.	A	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
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17	12908247	.	T	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
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17	12915009	.	G	A	1706.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,40:40:99:1735,120,0
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17	14107579	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
17	14110827	.	G	A	661.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:690,51,0
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17	15379635	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
17	15410363	.	T	C	182.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:211,15,0
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17	15421291	.	T	C	10.20	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.10;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:38:38,0,40
17	15422423	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
17	15427968	.	G	A	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
17	15497218	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
17	15498181	.	A	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
17	15621553	.	C	T	133.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:161,12,0
17	15623071	.	T	C	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
17	15688728	.	C	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
17	15689939	.	A	G	488.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:517,36,0
17	15893135	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
17	15922019	.	A	G	71.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=1.300;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=10.25;ReadPosRankSum=-1.300	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:100,0,140
17	15922527	.	A	G	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:30:74,0,30
17	15928222	.	T	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
17	15934324	.	A	C	80.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=1.754;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=11.54;ReadPosRankSum=-1.300	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:109,0,157
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17	16248906	.	C	T	85.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:113,9,0
17	16250238	.	T	C	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
17	16251859	.	A	G	222.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:251,18,0
17	16252856	.	T	C	363.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:392,27,0
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17	16355388	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
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17	16374566	.	A	G	398.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=-1.741;DP=28;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.023;QD=14.24;ReadPosRankSum=1.834	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,12:28:99:427,0,577
17	16374567	.	A	G	442.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=-0.607;DP=27;FS=4.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.208;QD=16.40;ReadPosRankSum=0.364	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,13:27:99:471,0,519
17	16375112	.	A	C	1035.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1064,75,0
17	16378439	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	16378969	.	A	G	38.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=9.69;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:67:67,0,68
17	16984222	.	G	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
17	17000201	.	A	G	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
17	17041476	.	G	A	1538.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,37:37:99:1567,111,0
17	17043014	.	C	T	78.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:106,9,0
17	17043330	.	A	G	141.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:169,12,0
17	17044155	.	C	A	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
17	17045559	.	G	C	143.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:171,12,0
17	17051974	.	T	C	274.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:303,21,0
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17	17071862	.	G	T	73.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:101,9,0
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17	17131869	.	T	C	189.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:218,15,0
17	17132333	.	C	G	171.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:200,15,0
17	17168164	.	G	A	1499.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,36:36:99:1528,108,0
17	17206716	.	C	G	165.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:194,15,0
17	17207201	.	C	G	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
17	17286850	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:44:78,0,44
17	17286858	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:44:78,0,44
17	17287323	.	T	C	77.88	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=19.47;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:16:106,0,16
17	17349149	.	T	A	276.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:305,21,0
17	17384500	.	A	C	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
17	17397818	.	G	C	213.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:242,18,0
17	17397982	.	T	C	1126.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1155,81,0
17	17398278	.	G	A	1483.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,36:36:99:1512,108,0
17	17401736	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	17409560	.	C	T	1171.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,28:28:84:1200,84,0
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17	17411211	.	C	T	146.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:175,15,0
17	17412032	.	G	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
17	17696531	.	G	C	699.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:728,51,0
17	17696755	.	C	A	1184.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1213,90,0
17	17697099	.	G	A	101.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=-0.771;DP=25;FS=10.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.608;QD=4.07;ReadPosRankSum=0.446	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,4:23:99:130,0,918
17	17697102	.	G	A	12.05	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=-1.853;DP=25;FS=3.188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.952;QD=0.48;ReadPosRankSum=-0.250	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,2:25:40:40,0,1763
17	17697105	.	G	A	12.05	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.411;ClippingRankSum=-1.708;DP=28;FS=6.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.371;QD=0.43;ReadPosRankSum=-1.411	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,3:28:40:40,0,1763
17	17701970	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
17	17715101	.	G	A	415.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:444,33,0
17	17725081	.	C	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
17	17726469	.	T	C	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
17	17737343	.	G	C	43.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=14.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:71,6,0
17	17737679	.	T	C	10.20	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.10;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:38:38,0,40
17	17762970	.	A	G	116.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:144,12,0
17	17924868	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
17	17999357	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
17	17999673	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
17	18008289	.	T	C	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
17	18011140	.	C	T	832.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:861,60,0
17	18112845	.	G	A	946.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:975,69,0
17	18137141	.	A	G	531.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:560,39,0
17	18175396	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:33:39,0,33
17	18175539	.	T	C	27.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=-1.733;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:56:56,0,310
17	18175562	.	T	C	194.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.741;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.741;QD=19.48;ReadPosRankSum=-1.133	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,6:10:99:223,0,148
17	18554918	.	G	A	1446.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-1.733;DP=36;FS=4.102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.193;QD=29.27;ReadPosRankSum=0.770	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,35:36:62:1475,62,0
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17	18629897	.	A	G	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
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17	18882446	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	19320058	.	T	C	176.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:205,15,0
17	19320122	.	A	G	12.77	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=12.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:39,3,0
17	19355634	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
17	19355676	.	A	G	12.48	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=6.24;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:4:39,0,4
17	19355688	.	A	C	417.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:446,30,0
17	19555976	.	T	C	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
17	19556801	.	G	A	264.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:293,21,0
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17	19559468	.	A	G	193.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:222,15,0
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17	19580494	.	A	G	1621.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,38:38:99:1650,114,0
17	19608773	.	G	A	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
17	19617236	.	G	T	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
17	19642952	.	G	C	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
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17	19771223	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
17	19896589	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
17	20107773	.	T	C	1375.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,33:33:99:1404,99,0
17	20108239	.	A	T	443.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:472,33,0
17	20109189	.	C	T	753.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:782,54,0
17	20163529	.	A	G	959.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:988,69,0
17	20209943	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
17	20210809	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
17	20215905	.	G	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
17	20216095	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
17	20216565	.	G	A	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
17	20216928	.	T	C	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
17	20217819	.	A	G	34.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.046;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.228;QD=1.51;ReadPosRankSum=1.506	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,3:23:63:63,0,784
17	20217833	.	A	G	58.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.412;ClippingRankSum=0.558;DP=28;FS=5.071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.230;QD=2.10;ReadPosRankSum=-0.821	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,4:28:87:87,0,965
17	20419247	.	G	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
17	20419259	.	T	C	43.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:71,6,0
17	20428659	.	C	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
17	20642291	.	T	A	107	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:145,15,0
17	20688288	.	A	G	38.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:66,6,0
17	20691261	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	20897584	.	T	C	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
17	20903068	.	C	A	455.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:484,33,0
17	20903080	.	C	A	527.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:556,39,0
17	20903776	.	T	C	2230.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,52:52:99:2259,157,0
17	20904231	.	T	C	340.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:369,27,0
17	20904292	.	G	A	1417.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,34:34:99:1446,102,0
17	20904451	.	A	G	1799.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,43:43:99:1828,129,0
17	20904669	.	A	G	1401.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,34:34:99:1430,102,0
17	20905084	.	C	A	1969.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,46:46:99:1998,138,0
17	20905344	.	C	G	427.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=2.073;DP=13;FS=7.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.099;QD=32.91;ReadPosRankSum=-2.270	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,11:13:99:456,0,116
17	20905346	.	G	A	427.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=2.073;DP=13;FS=7.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.283;QD=32.91;ReadPosRankSum=-2.270	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,11:13:99:456,0,116
17	20906251	.	C	T	1200.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:87:1229,87,0
17	20906257	.	A	G	1200.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:87:1229,87,0
17	20908325	.	T	C	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
17	20909210	.	A	G	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
17	20911511	.	T	A	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
17	20919334	.	T	G	143.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:12:171,12,0
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17	21198405	.	T	C	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
17	21204266	.	T	C	1990.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,47:47:99:2019,141,0
17	21205160	.	C	A	303.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:332,24,0
17	21213782	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
17	21214616	.	A	G	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
17	21215204	.	C	T	43.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:71,6,0
17	21436581	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
17	21438205	.	A	C	19.82	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=6.61;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:29:48,0,29
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17	22020741	.	T	C	1625.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,32:32:99:1654,111,0
17	22020752	.	T	C	729.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:758,51,0
17	22020755	.	G	C	729.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:51:758,51,0
17	22023866	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	22023870	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	25621352	.	C	T	322.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=-0.322;DP=24;FS=4.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.439;QD=13.45;ReadPosRankSum=0.556	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,10:24:99:351,0,531
17	25625187	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	25628820	.	T	C	817.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=-0.250;DP=52;FS=11.330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.871;QD=15.73;ReadPosRankSum=-0.431	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,23:49:99:846,0,965
17	25636485	.	T	G	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:80,0,37
17	25641557	.	A	G	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
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17	25669146	.	A	G	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
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17	25673111	.	T	C	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=11.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:29:62,0,29
17	25673888	.	T	C	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:30:116,0,30
17	25677143	.	T	C	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:79,0,36
17	25678317	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
17	25678318	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
17	25783681	.	A	G	80.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.988;QD=13.46;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:98:109,0,98
17	25909850	.	G	T	341.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:32:370,32,0
17	25913034	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	25913760	.	G	A	69.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=17.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:32:98,0,32
17	25913789	.	C	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
17	25952803	.	G	A	251.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=-0.762;DP=9;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=27.97;ReadPosRankSum=0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:60:280,0,60
17	25976070	.	C	T	233.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=1.134;DP=12;FS=6.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.000;QD=19.48;ReadPosRankSum=-1.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,7:12:99:262,0,177
17	25976518	.	C	T	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=1.067;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=-1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:63:63,0,214
17	26206414	.	C	A	654.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:683,48,0
17	26216786	.	A	G	180.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:209,15,0
17	26294042	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
17	26294051	.	C	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
17	26684394	.	T	G	2093.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,50:50:99:2122,149,0
17	26684449	.	G	C	1815.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,45:45:99:1844,135,0
17	26689641	.	A	G	222.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:251,18,0
17	26723733	.	A	G	721.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:750,54,0
17	26723822	.	C	T	1299.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,31:31:93:1328,93,0
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17	26935448	.	T	C	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.19;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:73:73,0,76
17	26936907	.	T	C	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
17	26936949	.	T	C	116.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.278;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.597;QD=10.62;ReadPosRankSum=0.278	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,4:11:99:145,0,272
17	26936971	.	T	C	113.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.468;ClippingRankSum=-0.600;DP=12;FS=6.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.468;QD=9.48;ReadPosRankSum=0.825	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,4:12:99:142,0,309
17	26941011	.	A	C	190.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:219,15,0
17	27000391	.	A	G	788.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.33	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:817,57,0
17	27051058	.	A	C	24.78	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.620;ClippingRankSum=-0.930;DP=14;FS=18.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.099;QD=1.77;ReadPosRankSum=-0.930	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,3:13:53:53,0,851
17	27051063	.	A	C	24.78	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.938;ClippingRankSum=-0.326;DP=16;FS=24.362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.588;QD=1.55;ReadPosRankSum=0.718	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,4:15:53:53,0,851
17	27053568	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
17	27074489	.	G	T	448.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:477,33,0
17	27074565	.	G	C	519.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:548,42,0
17	27084409	.	G	A	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=4.47;ReadPosRankSum=-0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:64:64,0,208
17	27185827	.	C	T	1893.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,44:44:99:1922,132,0
17	27187636	.	G	T	1947.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,45:45:99:1976,135,0
17	27187789	.	C	T	1781.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,41:41:99:1810,123,0
17	27207453	.	G	A	2005.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,48:48:99:2034,144,0
17	27209821	.	G	A	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
17	27222988	.	G	T	136.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:164,12,0
17	27225422	.	A	G	367.84	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.396;ClippingRankSum=0.322;DP=12;FS=8.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.611;QD=30.65;ReadPosRankSum=-0.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,10:12:18:396,0,18
17	27348411	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:31:81,0,31
17	27391100	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
17	27391102	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
17	27391109	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
17	27391111	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
17	27401511	.	A	G	1281.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=1.149;DP=37;FS=1.988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.101;QD=34.64;ReadPosRankSum=-1.101	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,33:37:60:1310,0,60
17	27409654	.	A	G	32.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=-0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:61:61,0,225
17	27410001	.	G	A	102.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=14.68;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:53:131,0,53
17	27411144	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	27411515	.	A	G	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=-1.067;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=4.60;ReadPosRankSum=1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:65:65,0,232
17	27422053	.	C	T	50.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=-0.742;DP=47;FS=8.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.293;QD=1.08;ReadPosRankSum=0.190	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:42,5:47:79:79,0,1671
17	27424316	.	G	A	231.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.149;ClippingRankSum=-1.092;DP=45;FS=1.413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.206;QD=5.15;ReadPosRankSum=0.979	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:36,9:45:99:260,0,1402
17	27438469	.	G	A	74.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.900;ClippingRankSum=0.216;DP=38;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.814;QD=1.97;ReadPosRankSum=-0.734	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:33,5:38:99:103,0,1203
17	27441077	.	C	G	1183.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,28:28:84:1212,84,0
17	27442561	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
17	27442710	.	G	C	1239.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=-0.091;DP=39;FS=10.387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.555;QD=31.79;ReadPosRankSum=0.274	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,32:39:99:1268,0,189
17	27444030	.	T	C	653.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:682,48,0
17	27444353	.	C	T	237.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.296;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.546;QD=21.62;ReadPosRankSum=0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,7:10:99:266,0,105
17	27444872	.	G	A	563.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:592,42,0
17	27455736	.	A	G	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
17	27455746	.	C	T	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:12:180,12,0
17	27460259	.	C	G	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
17	27498835	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
17	27586597	.	A	G	272.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=-1.920;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.421;QD=12.40;ReadPosRankSum=1.639	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,12:18:99:301,0,175
17	27591325	.	T	A	666.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=-1.388;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.030;QD=31.75;ReadPosRankSum=0.313	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,17:21:99:695,0,103
17	27594687	.	A	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
17	27595775	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
17	27618627	.	C	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
17	27618637	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:9:135,9,0
17	27876805	.	C	G	40.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.009;ClippingRankSum=-1.626;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.096;QD=1.85;ReadPosRankSum=1.626	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,3:22:69:69,0,685
17	27889986	.	T	C	225.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:254,18,0
17	27895528	.	T	C	267.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:296,21,0
17	27897585	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
17	27955540	.	C	T	331.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:360,27,0
17	27955761	.	G	A	123.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:151,12,0
17	28576076	.	T	C	675.18	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.193;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.964;QD=22.80;ReadPosRankSum=-0.193	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,17:18:10:703,10,0
17	28612448	.	G	C	672.88	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=-0.274;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.004;QD=29.42;ReadPosRankSum=0.091	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,18:19:16:701,16,0
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17	30549791	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
17	30554808	.	A	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
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17	30688355	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
17	30689814	.	G	A	90.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:118,9,0
17	30694164	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	30695964	.	T	C	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:28:79,0,28
17	30696292	.	C	T	327.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=-0.386;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.849;QD=25.21;ReadPosRankSum=-0.540	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,9:13:99:356,0,135
17	30701210	.	C	T	122.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=24.56;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:24:151,0,24
17	30711186	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
17	30740988	.	C	T	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:81:81,0,124
17	30740992	.	T	A	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:81:81,0,124
17	30740993	.	A	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:81:81,0,124
17	30740995	.	A	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:81:81,0,124
17	30772577	.	C	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
17	30808838	.	T	A	1530.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.473;ClippingRankSum=-1.040;DP=40;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.693;QD=31.56;ReadPosRankSum=-0.433	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,39:40:76:1559,76,0
17	30809455	.	G	A	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
17	30820176	.	T	C	1013.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=-0.251;DP=29;FS=5.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.752;QD=34.96;ReadPosRankSum=0.036	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,26:29:43:1042,0,43
17	30820506	.	T	G	1026.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.215;ClippingRankSum=-1.704;DP=34;FS=7.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.894;QD=30.20;ReadPosRankSum=1.746	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,27:34:99:1055,0,175
17	30821384	.	T	C	858.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.798;ClippingRankSum=0.125;DP=25;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.460;QD=34.35;ReadPosRankSum=-0.293	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,22:25:49:887,0,49
17	30889107	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
17	30893489	.	C	G	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
17	31183633	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	31204172	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
17	32366889	.	C	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
17	32583269	.	T	C	627.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=-2.350;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.175;QD=28.53;ReadPosRankSum=1.959	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,17:22:99:656,0,146
17	33288882	.	T	G	634.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:663,48,0
17	33307586	.	G	A	234.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.239;ClippingRankSum=1.296;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.118;QD=21.34;ReadPosRankSum=-1.768	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,9:11:58:263,0,58
17	33316847	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
17	33322322	.	A	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
17	33331575	.	C	T	644.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=-0.847;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.529;QD=32.24;ReadPosRankSum=0.741	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,17:20:68:673,0,68
17	33332629	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
17	33336249	.	T	C	127.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.975;ClippingRankSum=0.186;DP=23;FS=2.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.559;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.186	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,5:23:99:156,0,701
17	33336914	.	T	G	566.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=-1.302;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.735;QD=27.57;ReadPosRankSum=1.085	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,15:16:6:594,6,0
17	33337565	.	G	T	534.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=-1.071;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.189;QD=31.46;ReadPosRankSum=0.315	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,14:17:80:563,0,80
17	33383030	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
17	33456008	.	G	A	232.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:261,18,0
17	33464864	.	C	T	574.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:603,42,0
17	33478128	.	T	G	1171.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,32:32:96:1200,96,0
17	33478140	.	A	G	2192.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,55:55:99:2221,166,0
17	33478187	.	A	G	3803.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.187;ClippingRankSum=-1.615;DP=89;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.798;QD=30.58;ReadPosRankSum=1.693	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,88:89:99:3832,228,0
17	33478216	.	T	C	1539.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=-0.613;DP=58;FS=5.914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.815;QD=26.55;ReadPosRankSum=0.193	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,40:58:99:1568,0,601
17	33478229	.	A	T	3022.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,52:52:99:3051,208,0
17	33568271	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
17	33569114	.	T	C	61.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:89,9,0
17	33569308	.	G	A	141.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:169,12,0
17	33570441	.	C	A	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
17	33571546	.	G	A	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
17	33572025	.	C	G	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
17	33572545	.	C	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
17	33577350	.	T	C	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
17	33589122	.	A	G	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
17	33590259	.	C	T	135.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:163,12,0
17	33591973	.	T	G	14.91	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.422;ClippingRankSum=0.248;DP=9;FS=13.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.573;QD=1.66;ReadPosRankSum=1.422	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:43:43,0,201
17	33591987	.	T	G	402.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:431,33,0
17	33592591	.	C	T	1609.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.618;DP=45;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.897;QD=29.48;ReadPosRankSum=-0.698	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,41:45:37:1638,0,37
17	33593379	.	C	G	2487.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,46:46:99:2516,172,0
17	33593387	.	T	G	2487.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,52:52:99:2516,172,0
17	33594320	.	A	C	1158.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.149;DP=36;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.658;QD=32.19;ReadPosRankSum=-0.446	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,30:36:99:1187,0,161
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17	33595842	.	T	G	1926.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,45:45:99:1955,135,0
17	33595898	.	G	A	25.78	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.335;ClippingRankSum=0.466;DP=52;FS=7.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.148;QD=0.50;ReadPosRankSum=-0.993	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:47,5:52:54:54,0,1908
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17	33597344	.	C	T	159.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=-1.435;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.365;QD=6.95;ReadPosRankSum=1.225	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,6:23:99:188,0,657
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17	33598172	.	A	G	58.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=-1.211;DP=16;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.269;QD=3.67;ReadPosRankSum=1.211	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,3:16:87:87,0,937
17	33598176	.	A	G	236.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=-1.164;DP=16;FS=19.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.059;QD=14.80;ReadPosRankSum=0.847	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,7:16:99:265,0,354
17	33895309	.	T	C	521.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:550,39,0
17	33901965	.	C	G	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
17	33905468	.	A	G	307.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:336,24,0
17	34023546	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
17	34050697	.	C	T	1709.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.089;DP=52;FS=5.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.143;QD=32.88;ReadPosRankSum=-0.089	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,44:52:99:1738,0,199
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17	34052513	.	C	T	1412.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,33:33:99:1441,99,0
17	34140649	.	G	A	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
17	34142362	.	G	A	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:78,0,34
17	34152000	.	T	C	357.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.107;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.041;QD=29.81;ReadPosRankSum=-1.396	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,10:12:49:386,0,49
17	34152096	.	C	G	132.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=26.55;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:161,0,31
17	34153383	.	G	A	218.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:247,18,0
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17	34154265	.	A	G	82.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=20.70;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:22:111,0,22
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17	34885772	.	T	C	12.77	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=12.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:39,3,0
17	34900836	.	G	C	567.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.474;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.474;QD=31.54;ReadPosRankSum=-1.659	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,15:18:80:596,0,80
17	34900847	.	A	C	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.509;ClippingRankSum=-0.727;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.503;QD=2.20;ReadPosRankSum=-0.503	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,3:19:70:70,0,539
17	34931766	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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17	34965349	.	T	C	124.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=20.79;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:66:153,0,66
17	35104557	.	C	G	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
17	35104707	.	T	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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17	35297198	.	C	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
17	35297370	.	C	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
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17	35447268	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	35447313	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	35451857	.	A	G	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
17	35478362	.	T	C	1147.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1176,81,0
17	35550448	.	C	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
17	35567962	.	C	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
17	35609866	.	C	T	996.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.595;ClippingRankSum=-1.733;DP=25;FS=4.949;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.347;QD=27.96;ReadPosRankSum=1.595	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,24:25:40:1025,40,0
17	35610131	.	A	G	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
17	35662972	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
17	35683839	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
17	35696804	.	G	A	854.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:883,60,0
17	35771468	.	C	T	472.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:501,36,0
17	35813491	.	T	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
17	35837589	.	A	G	30.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=6.15;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:59:59,0,116
17	35837752	.	A	G	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.44;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:28:118,0,28
17	35838015	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=1.495;DP=7;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,184
17	35838061	.	A	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,148
17	35839021	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
17	35877106	.	T	C	127.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=25.56;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:22:156,0,22
17	35877144	.	C	T	85.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.45;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:22:114,0,22
17	35877304	.	T	C	29.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=7.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:58:58,0,59
17	35896123	.	T	C	12.05	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=-0.764;DP=15;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.594;QD=0.80;ReadPosRankSum=0.594	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,2:15:40:40,0,505
17	35943220	.	C	T	25.75	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=12.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:53,6,0
17	35970749	.	C	T	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
17	35971548	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
17	35971923	.	T	C	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=5.40;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:66:66,0,199
17	35971949	.	T	C	108.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.307;ClippingRankSum=0.361;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.729;QD=12.09;ReadPosRankSum=0.729	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:137,0,190
17	35972246	.	T	C	189.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=0.000;DP=8;FS=14.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=23.72;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:35:218,0,35
17	35975176	.	G	A	192.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:221,15,0
17	35982314	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
17	35984410	.	T	C	1480.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,35:35:99:1509,105,0
17	35988672	.	C	T	1443.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,34:34:99:1472,102,0
17	36349241	.	A	G	135.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=27.15;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:164,0,31
17	36350511	.	T	C	241.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:270,18,0
17	36350517	.	T	A	241.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:270,18,0
17	36350763	.	G	A	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=18.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:68:120,0,68
17	36351340	.	T	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:73:78,0,73
17	36358847	.	T	A	627.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:656,45,0
17	36360550	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	36362124	.	G	A	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
17	36365080	.	C	G	30.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=-1.179;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=3.42;ReadPosRankSum=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:59:59,0,276
17	36474601	.	A	G	145.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=-1.318;DP=38;FS=6.832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.544;QD=3.84;ReadPosRankSum=-0.151	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,7:38:99:174,0,1209
17	36557538	.	C	T	398.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:427,30,0
17	36558137	.	G	A	751.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:780,57,0
17	36558251	.	C	T	349.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:378,27,0
17	36558609	.	A	G	357.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:386,27,0
17	36646386	.	A	G	395.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:424,30,0
17	36662940	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	36666551	.	T	C	221.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:250,21,0
17	36689220	.	A	G	249.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.956;QD=31.22;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:99:278,0,253
17	36689228	.	T	C	249.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=33.36;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:99:278,0,253
17	36689232	.	A	G	249.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=27.95;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:99:278,0,253
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17	36882595	.	T	A	1040.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,28:28:83:1069,83,0
17	36889559	.	C	T	1655.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=-1.873;DP=50;FS=6.221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.615;QD=33.12;ReadPosRankSum=1.370	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,43:50:99:1684,0,141
17	36890949	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.663;ClippingRankSum=-0.251;DP=21;FS=2.318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.653;QD=2.08;ReadPosRankSum=0.854	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,3:21:72:72,0,662
17	36891019	.	G	A	967.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:996,69,0
17	36897782	.	T	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
17	36899713	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
17	36900437	.	A	G	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
17	36909061	.	A	G	1218.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=-0.724;DP=42;FS=2.542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.664;QD=29.02;ReadPosRankSum=-0.015	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,32:42:99:1247,0,295
17	36909499	.	A	T	2371.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=-1.382;DP=79;FS=1.008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.832;QD=30.02;ReadPosRankSum=1.256	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,60:79:99:2400,0,576
17	36916599	.	G	A	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
17	36922510	.	G	A	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=-0.550;DP=19;FS=5.815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.850;QD=4.83;ReadPosRankSum=0.450	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,4:19:99:120,0,585
17	36924339	.	G	A	355.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.085;DP=13;FS=2.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.423;QD=27.37;ReadPosRankSum=-0.085	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,10:13:92:384,0,92
17	36925388	.	C	T	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.777;ClippingRankSum=0.000;DP=18;FS=6.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.829;QD=2.93;ReadPosRankSum=-0.118	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,3:18:81:81,0,601
17	36925483	.	C	T	37.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.052;ClippingRankSum=-1.148;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.574;QD=1.72;ReadPosRankSum=1.052	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,3:22:66:66,0,744
17	36926731	.	T	G	129.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.996;ClippingRankSum=1.115;DP=30;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.389;QD=4.33;ReadPosRankSum=-0.959	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,6:30:99:158,0,953
17	36926742	.	G	C	27.77	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=2.531;DP=24;FS=6.214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.611;QD=1.16;ReadPosRankSum=-2.269	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,3:24:56:56,0,741
17	36947344	.	C	A	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
17	36952422	.	G	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
17	36966701	.	G	T	170.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=1.495;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=24.40;ReadPosRankSum=-1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:58:199,0,58
17	36966833	.	C	T	26.78	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=-2.328;DP=23;FS=2.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.137;QD=1.16;ReadPosRankSum=0.685	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,3:23:55:55,0,769
17	37005493	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
17	37007003	.	A	T	223.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:252,18,0
17	37008550	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
17	37067839	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
17	37070658	.	A	G	2353.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=-0.316;DP=78;FS=7.681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.514;QD=30.18;ReadPosRankSum=0.130	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,62:78:99:2382,0,426
17	37075506	.	G	A	1848.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,43:43:99:1877,129,0
17	37075758	.	G	A	233.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=-0.313;DP=59;FS=2.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.798;QD=3.96;ReadPosRankSum=0.293	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:49,10:59:99:262,0,1939
17	37076331	.	G	A	1846.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,44:44:99:1875,132,0
17	37082081	.	A	C	268.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:297,21,0
17	37245462	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
17	37248284	.	C	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
17	37248301	.	A	G	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
17	37250175	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
17	37250308	.	T	C	68.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:96,9,0
17	37251035	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
17	37252761	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	37252775	.	C	T	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
17	37253316	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
17	37255108	.	C	G	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
17	37264755	.	A	G	46.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
17	37411326	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
17	37417575	.	C	G	11.12	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=-0.397;DP=16;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.238;QD=0.69;ReadPosRankSum=0.238	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,2:16:39:39,0,517
17	37442612	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
17	37442614	.	A	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
17	37561613	.	A	G	815.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:844,60,0
17	37563567	.	G	A	19.81	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=-1.086;DP=13;FS=5.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.691;QD=1.52;ReadPosRankSum=0.691	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:48:48,0,437
17	37683548	.	A	T	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=10.44;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:69:70,0,69
17	37687968	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=-1.437;DP=13;FS=2.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.592;QD=3.83;ReadPosRankSum=1.268	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,3:13:78:78,0,324
17	37698194	.	G	T	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.69;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:74:75,0,74
17	37715426	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
17	37779007	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
17	37789998	.	T	C	192.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:221,15,0
17	37790371	.	G	A	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
17	37790939	.	C	T	173.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:202,15,0
17	37791487	.	A	C	65.70	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
17	37794351	.	T	A	231.03	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=-0.747;DP=8;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=28.88;ReadPosRankSum=0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:12:259,0,12
17	37801062	.	C	A	319.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:348,24,0
17	37803282	.	A	G	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.95;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:73:73,0,112
17	37806797	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=-1.495;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=5.82;ReadPosRankSum=1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,168
17	37806987	.	A	G	14.91	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=-0.752;DP=12;FS=2.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.537;QD=1.24;ReadPosRankSum=1.182	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:43:43,0,506
17	37806995	.	A	G	65.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.296;DP=10;FS=3.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=6.58;ReadPosRankSum=1.386	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:94:94,0,338
17	37807698	.	A	C	194.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:223,15,0
17	37808027	.	A	G	154.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.529;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.788;QD=12.90;ReadPosRankSum=0.689	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,5:12:99:183,0,254
17	37810218	.	C	G	1215.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1244,87,0
17	37810604	.	A	G	747.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=-0.805;DP=31;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.062;QD=24.12;ReadPosRankSum=-0.805	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,20:31:99:776,0,392
17	37810771	.	A	C	110.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.648;ClippingRankSum=-0.098;DP=32;FS=37.902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.079;QD=3.46;ReadPosRankSum=0.049	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,7:30:99:139,0,1397
17	37810777	.	A	C	110.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.820;ClippingRankSum=-0.028;DP=30;FS=32.538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.252;QD=3.69;ReadPosRankSum=-1.372	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,6:28:99:139,0,1397
17	37811475	.	A	G	27.77	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=-1.631;DP=25;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.209;QD=1.11;ReadPosRankSum=-0.125	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,3:25:56:56,0,850
17	37811487	.	A	G	143.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=1.020;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.680;QD=8.99;ReadPosRankSum=-0.793	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,5:16:99:172,0,431
17	37811508	.	A	G	877.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:906,63,0
17	37811532	.	A	G	529.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=-2.331;DP=37;FS=1.288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.015;QD=14.32;ReadPosRankSum=-0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,17:37:99:558,0,768
17	37813856	.	G	C	259.80	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.747;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=32.48;ReadPosRankSum=-0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:21:288,0,21
17	37814080	.	G	A	4228.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,97:97:99:4257,292,0
17	37815899	.	G	A	1244.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,31:31:93:1273,93,0
17	37817482	.	T	C	467.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:496,36,0
17	37821435	.	G	T	1191.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1220,87,0
17	37822311	.	A	C	1045.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.797;ClippingRankSum=-0.346;DP=30;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.968;QD=34.86;ReadPosRankSum=0.069	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,27:30:30:1074,0,30
17	37825089	.	A	G	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
17	37827163	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
17	37828072	.	C	T	3139.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=-1.137;DP=77;FS=6.918;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.016;QD=30.23;ReadPosRankSum=1.137	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:2,75:77:99:3168,144,0
17	37828496	.	T	C	3221.92	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=-1.504;DP=76;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.003;QD=27.03;ReadPosRankSum=1.550	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,75:76:99:3250,183,0
17	37828745	.	A	G	2724.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.092;DP=67;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.492;QD=28.73;ReadPosRankSum=-1.713	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:2,65:67:99:2753,113,0
17	37828787	.	G	A	3015.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.117;ClippingRankSum=0.150;DP=74;FS=6.322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.117;QD=31.27;ReadPosRankSum=-1.017	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:2,72:74:99:3044,132,0
17	37829129	.	A	G	68.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:96,9,0
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17	37829571	.	C	A	916.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:945,63,0
17	37829604	.	C	T	856.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:885,63,0
17	37830447	.	T	A	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
17	37830900	.	A	G	3233.06	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=-2.088;DP=81;FS=2.107;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.413;QD=36.88;ReadPosRankSum=0.788	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:3,78:81:99:3261,114,0
17	37831035	.	A	G	284.82	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=-0.751;DP=9;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=31.65;ReadPosRankSum=0.751	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,8:9:19:313,0,19
17	37831304	.	C	G	229.81	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:20:258,20,0
17	37831613	.	G	A	565.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:47:594,47,0
17	37832093	.	T	C	479.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:36:508,36,0
17	37832103	.	C	A	479.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:508,36,0
17	37832279	.	C	T	445.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:474,33,0
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17	37832704	.	A	G	886.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:915,66,0
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17	37835479	.	T	C	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=8.15;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:69:69,0,120
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17	37838716	.	G	A	295.82	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=-0.751;DP=9;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=32.87;ReadPosRankSum=-0.751	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,8:9:19:324,0,19
17	37838751	.	G	A	137.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:165,12,0
17	37839493	.	T	C	448.74	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=-1.737;DP=13;FS=5.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.668;QD=34.52;ReadPosRankSum=1.470	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,12:13:6:476,0,6
17	37841211	.	G	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
17	37843859	.	G	A	135.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:163,12,0
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17	37853097	.	C	T	166.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=27.80;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:28:195,0,28
17	37853118	.	A	G	202.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=28.97;ReadPosRankSum=-0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:22:231,0,22
17	37854507	.	G	T	128.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:156,12,0
17	37855834	.	C	A	1034.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1063,75,0
17	37858678	.	A	G	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
17	37866005	.	C	T	261.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:290,21,0
17	37866146	.	G	T	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=4.72;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:66:66,0,478
17	37866149	.	G	C	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=4.72;ReadPosRankSum=-0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:66:66,0,478
17	37868715	.	C	T	293.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:322,24,0
17	37869420	.	A	G	33.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=2.237;DP=23;FS=6.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.324;QD=1.47;ReadPosRankSum=0.137	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,3:23:62:62,0,789
17	37869841	.	T	C	122.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=17.54;ReadPosRankSum=-0.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:151,0,149
17	37869850	.	T	C	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=4.60;ReadPosRankSum=-1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:65:65,0,440
17	37869895	.	A	G	66.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.185;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.740;QD=5.56;ReadPosRankSum=1.109	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,3:12:95:95,0,331
17	37870262	.	A	G	21.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=-1.532;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.354;QD=1.98;ReadPosRankSum=0.354	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:50:50,0,350
17	37870378	.	G	A	566.96	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.735;ClippingRankSum=-0.102;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.714;QD=33.35;ReadPosRankSum=0.510	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,16:17:5:594,5,0
17	37871081	.	A	G	115.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=1.133;DP=10;FS=7.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.133;QD=11.58;ReadPosRankSum=-0.633	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:144,0,218
17	37871087	.	A	G	25.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=1.733;DP=10;FS=8.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.480;QD=2.58;ReadPosRankSum=-1.733	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:54:54,0,523
17	37871152	.	A	G	20.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.322;DP=12;FS=2.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.322;QD=1.73;ReadPosRankSum=1.396	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:49:49,0,397
17	37874146	.	A	G	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=5.30;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:60:60,0,136
17	37876835	.	A	G	841.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:870,63,0
17	37877412	.	G	A	319.88	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.044;ClippingRankSum=0.348;DP=10;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.044;QD=31.99;ReadPosRankSum=-1.393	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,9:10:16:348,0,16
17	37877447	.	C	G	530.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=-1.323;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.701;QD=31.22;ReadPosRankSum=2.205	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,14:17:82:559,0,82
17	37878311	.	A	G	32.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.067;DP=9;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=3.64;ReadPosRankSum=0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:61:61,0,225
17	37878371	.	A	G	187.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=-0.452;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.581;QD=13.41;ReadPosRankSum=0.323	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,6:14:99:216,0,308
17	37878376	.	A	G	11.12	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.012;ClippingRankSum=-0.373;DP=17;FS=3.140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.075;QD=0.65;ReadPosRankSum=0.671	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,2:17:39:39,0,944
17	37878574	.	A	G	688.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=-0.638;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.298;QD=31.31;ReadPosRankSum=0.724	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,18:22:99:717,0,115
17	37878635	.	A	G	527.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DP=28;FS=1.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.290;QD=18.85;ReadPosRankSum=0.461	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,15:28:99:556,0,478
17	37878696	.	A	G	28.77	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=-1.141;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.502;QD=1.25;ReadPosRankSum=1.415	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,3:23:57:57,0,781
17	37879030	.	A	G	972.89	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=-1.991;DP=27;FS=3.174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.046;QD=31.27;ReadPosRankSum=1.898	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:2,25:27:2:999,2,0
17	37879178	.	A	G	25.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=1.666;DP=9;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=2.86;ReadPosRankSum=-1.666	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:54:54,0,267
17	37879762	.	G	A	101.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.590;ClippingRankSum=-0.913;DP=107;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.546;QD=0.95	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:91,16:107:99:130,0,13660
17	37884037	.	C	G	3748.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.519;ClippingRankSum=1.766;DP=90;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.205;QD=34.29;ReadPosRankSum=-1.629	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:2,88:90:99:3777,179,0
17	37885332	.	G	A	659.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:688,48,0
17	37888200	.	T	C	27.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.666;ClippingRankSum=1.179;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=3.09;ReadPosRankSum=-1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:56:56,0,288
17	37889346	.	T	C	30.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=-0.067;DP=9;FS=10.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=3.42;ReadPosRankSum=0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:59:59,0,259
17	37892370	.	T	C	601.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:630,45,0
17	37893235	.	G	T	400.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:429,30,0
17	37893484	.	C	T	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
17	37896852	.	A	G	219.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.270;DP=45;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.121;QD=4.88;ReadPosRankSum=-1.036	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:36,9:45:99:248,0,1449
17	37896856	.	C	T	1974.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,44:44:99:2003,138,0
17	37898543	.	T	C	4264.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,97:97:99:4293,292,0
17	37898722	.	G	A	375.03	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=-1.739;DP=11;FS=5.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.474;QD=34.09;ReadPosRankSum=1.107	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,10:11:12:403,0,12
17	37899724	.	G	C	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.602;ClippingRankSum=2.177;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.903;QD=4.88;ReadPosRankSum=-2.283	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,4:18:99:116,0,1078
17	37899727	.	G	C	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=1.540;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.132;QD=4.88;ReadPosRankSum=-1.896	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,3:18:99:116,0,1078
17	37903731	.	G	A	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
17	37910368	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
17	37920205	.	T	C	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
17	37920374	.	T	C	10.20	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.10;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:38:38,0,39
17	37921194	.	T	C	259.94	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=-0.747;DP=8;FS=4.260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.747;QD=32.49;ReadPosRankSum=0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,7:8:14:288,14,0
17	37921742	.	C	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
17	37921899	.	C	T	235.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:264,18,0
17	38020421	.	G	A	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
17	38057640	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,268
17	38057643	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:72:72,0,268
17	38058398	.	T	C	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.19;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:77:77,0,80
17	38059406	.	T	C	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=5.82;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,195
17	38059532	.	T	C	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.69;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:71:71,0,77
17	38060461	.	T	C	112.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.392;ClippingRankSum=-1.003;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.849;QD=8.67;ReadPosRankSum=0.694	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,4:13:99:141,0,331
17	38063753	.	T	C	429.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=-0.834;DP=51;FS=1.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.285;QD=8.43;ReadPosRankSum=0.517	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:37,14:51:99:458,0,1435
17	38065747	.	T	C	13.95	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=-1.917;DP=14;FS=7.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.274;QD=1.00;ReadPosRankSum=-0.091	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:42:42,0,471
17	38065779	.	T	C	13.95	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.508;ClippingRankSum=0.397;DP=16;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.191;QD=0.87;ReadPosRankSum=0.238	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,2:16:42:42,0,556
17	38068043	.	T	C	1244.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1273,90,0
17	38068382	.	A	C	939.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:968,69,0
17	38068514	.	T	C	585.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:614,45,0
17	38069076	.	G	A	1106.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1135,78,0
17	38069232	.	T	C	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=-0.879;DP=33;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.527;QD=2.63;ReadPosRankSum=1.632	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,5:33:99:115,0,1113
17	38069274	.	C	T	153.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:182,15,0
17	38069809	.	C	T	794.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:823,57,0
17	38069949	.	C	T	1362.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,32:32:96:1391,96,0
17	38070071	.	C	T	1909.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,45:45:99:1938,135,0
17	38070770	.	T	C	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.19;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:69:77,0,69
17	38071160	.	T	C	58.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=-1.083;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.505;QD=3.92;ReadPosRankSum=-0.072	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,3:15:87:87,0,456
17	38071186	.	T	C	59.22	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=19.74;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,2:3:4:86,4,0
17	38071187	.	T	C	59.22	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=19.74;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,2:3:4:86,4,0
17	38072173	.	G	T	1741.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,41:41:99:1770,123,0
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17	38072247	.	T	G	1141.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1170,78,0
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17	38149724	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	38149727	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	38150236	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
17	38150613	.	C	A	130.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:158,12,0
17	38151960	.	A	G	191.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:220,15,0
17	38153473	.	C	T	90.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:26:119,0,26
17	38175462	.	C	T	409.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:438,30,0
17	38176256	.	A	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
17	38179492	.	A	G	796.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:825,57,0
17	38182229	.	G	T	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
17	38189793	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	38246286	.	A	G	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:68:68,0,159
17	38291038	.	T	A	856.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.310;ClippingRankSum=-0.817;DP=26;FS=2.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.746;QD=32.95;ReadPosRankSum=1.173	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,22:26:79:885,0,79
17	38439688	.	A	G	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
17	38461821	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
17	38486158	.	A	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
17	38525783	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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17	38629215	.	C	T	254.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:283,21,0
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17	38639842	.	C	T	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
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17	38654792	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
17	38656219	.	C	T	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
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17	38797409	.	C	T	182.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:211,15,0
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17	39038698	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	39071669	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	39081713	.	A	G	336.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=-1.014;DP=68;FS=6.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.107;QD=4.95;ReadPosRankSum=1.216	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:55,13:68:99:365,0,2218
17	39083534	.	T	C	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=5.82;ReadPosRankSum=1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,189
17	39083591	.	C	T	170.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=28.46;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:26:199,0,26
17	39084504	.	T	C	615.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=1.156;DP=79;FS=2.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.197;QD=7.79;ReadPosRankSum=1.246	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:59,20:79:99:644,0,2306
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17	39093573	.	G	A	45.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:73,6,0
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17	39917440	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
17	39917757	.	C	T	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
17	39918864	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
17	39920257	.	A	G	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
17	39923960	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
17	39925925	.	A	G	3227.04	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,74:74:99:3255,223,0
17	39925932	.	G	T	3227.04	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:99:3255,223,0
17	39938469	.	C	T	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
17	39942919	.	T	C	1464.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,35:35:99:1493,105,0
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17	40008535	.	T	C	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=5.40;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,1:7:66:66,0,525
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17	40008542	.	T	C	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=5.40;ReadPosRankSum=-1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:66:66,0,525
17	40009690	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
17	40010979	.	G	A	368.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:397,27,0
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17	40556247	.	G	A	2548.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,59:59:99:2577,178,0
17	40556515	.	T	C	1858.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,46:46:99:1887,138,0
17	40674092	.	A	T	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=-0.322;DP=8;FS=9.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=9.97;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:108,0,199
17	40685527	.	G	C	127.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=21.29;ReadPosRankSum=-1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:70:156,0,70
17	40689455	.	T	C	1059.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1088,75,0
17	40690118	.	G	C	194.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:223,15,0
17	40693344	.	C	T	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
17	40696233	.	C	G	1088.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.362;ClippingRankSum=-1.733;DP=28;FS=4.058;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.743;QD=28.82;ReadPosRankSum=1.609	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,27:28:53:1117,53,0
17	40697793	.	C	T	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
17	40698530	.	G	A	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
17	40698542	.	A	G	193.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:222,15,0
17	40699291	.	G	A	136.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:164,12,0
17	40699332	.	T	C	226.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:255,18,0
17	40700448	.	C	G	179.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:208,15,0
17	40700885	.	A	G	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:71:71,0,157
17	40701379	.	C	T	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
17	40703144	.	C	T	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
17	40703230	.	T	C	30.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=-0.898;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.480;QD=3.08;ReadPosRankSum=1.271	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:59:59,0,299
17	40703318	.	T	C	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:76,0,37
17	40703353	.	T	C	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=4.97;ReadPosRankSum=-0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:63:63,0,201
17	40703535	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	40708178	.	C	T	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
17	40710312	.	A	G	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
17	40711769	.	C	T	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
17	40722162	.	G	A	1795.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=-1.571;DP=54;FS=3.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.084;QD=33.25;ReadPosRankSum=1.765	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,46:54:99:1824,0,185
17	40724276	.	C	T	1780.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,42:42:99:1809,126,0
17	40730114	.	C	A	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
17	40732087	.	G	C	760.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=1.047;DP=24;FS=6.214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.262;QD=31.70;ReadPosRankSum=-1.309	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,21:24:59:789,0,59
17	40732609	.	T	C	33.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=-0.553;DP=21;FS=6.410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.256;QD=1.61;ReadPosRankSum=0.653	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,3:21:62:62,0,723
17	40732698	.	A	G	1017.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1046,75,0
17	40738610	.	T	C	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
17	40744320	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
17	40813865	.	T	C	227.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:256,18,0
17	40814207	.	A	T	194.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:223,15,0
17	40817990	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
17	40822308	.	C	A	861.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:890,66,0
17	40822678	.	C	T	36.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=-1.485;DP=36;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.076;QD=1.02;ReadPosRankSum=1.535	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:32,4:36:65:65,0,1247
17	40828206	.	T	C	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
17	40852841	.	G	A	603.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=-0.520;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.032;QD=30.19;ReadPosRankSum=0.331	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,16:20:99:632,0,109
17	40926674	.	T	C	434.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=-1.163;DP=66;FS=2.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.505;QD=6.59;ReadPosRankSum=-0.015	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:51,15:66:99:463,0,2046
17	40931054	.	T	C	118.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=-1.402;DP=55;FS=10.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.745;QD=2.16;ReadPosRankSum=1.351	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:48,7:55:99:147,0,1946
17	40931243	.	C	T	248.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=0.074;DP=62;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.700;QD=4.01;ReadPosRankSum=-0.074	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:51,11:62:99:277,0,2040
17	40999303	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	41104112	.	G	A	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
17	41104750	.	C	A	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
17	41106085	.	T	C	184.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:213,15,0
17	41106504	.	T	G	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
17	41111547	.	C	T	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
17	41116234	.	G	A	843.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:872,60,0
17	41132578	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
17	41133071	.	T	C	565.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:594,42,0
17	41133242	.	G	A	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
17	41144547	.	T	C	143.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:171,12,0
17	41144892	.	T	C	721.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:750,51,0
17	41145296	.	G	A	855.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:884,63,0
17	41145634	.	T	C	131.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:159,12,0
17	41146821	.	A	G	137.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:165,12,0
17	41150471	.	G	C	467.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:34:496,34,0
17	41150521	.	C	T	440.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:469,33,0
17	41150949	.	G	A	440.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:469,33,0
17	41150983	.	T	C	349.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:378,27,0
17	41151743	.	G	A	263.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:292,21,0
17	41154600	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
17	41154969	.	G	A	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=1.708;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=4.43;ReadPosRankSum=-1.708	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:77:77,0,228
17	41165878	.	C	T	1242.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1271,90,0
17	41167957	.	C	A	2560.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,63:63:99:2589,189,0
17	41170898	.	T	C	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
17	41286679	.	T	C	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
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17	41382120	.	G	A	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:29:80,0,29
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17	41382215	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:75,0,33
17	41382227	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:78,0,35
17	41382281	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	41382301	.	G	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
17	41382336	.	G	A	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=10.94;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:72:72,0,77
17	41400371	.	G	T	89.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:117,9,0
17	41400462	.	T	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
17	41400511	.	C	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
17	41401194	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
17	41428901	.	A	T	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
17	41428905	.	T	G	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
17	41428919	.	G	A	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
17	41428927	.	A	G	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
17	41463818	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:9:135,9,0
17	41463820	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:9:135,9,0
17	41463830	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:9:135,9,0
17	41463832	.	A	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:9:135,9,0
17	41463838	.	A	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
17	41463846	.	A	C	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
17	41465877	.	A	C	85.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:113,9,0
17	41465893	.	C	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
17	41465894	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
17	41466073	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:72:78,0,72
17	41466096	.	A	G	126.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=18.11;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:155,0,106
17	41466108	.	G	C	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.988;QD=14.29;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:114,0,104
17	41466224	.	A	C	376.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:405,27,0
17	41466230	.	T	C	376.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:405,27,0
17	41466239	.	T	C	376.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:405,27,0
17	41466257	.	A	C	96.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:124,9,0
17	41466274	.	A	G	325.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=-0.742;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=27.73;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:98:354,0,98
17	41466280	.	T	G	325.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=-0.747;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=35.62;ReadPosRankSum=0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:98:354,0,98
17	41466288	.	G	A	325.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=-0.751;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=35.21;ReadPosRankSum=0.751	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,8:9:98:354,0,98
17	41466321	.	C	G	165.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.16	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,5:5:27:194,0,27
17	41466338	.	A	G	220.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=-0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=31.54;ReadPosRankSum=-0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:99:249,0,116
17	41466340	.	T	C	220.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=-0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=31.54;ReadPosRankSum=-0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:99:249,0,116
17	41466358	.	A	G	284.82	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=-0.751;DP=9;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=31.65;ReadPosRankSum=0.751	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,8:9:19:313,0,19
17	41466371	.	T	C	403.28	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.738;ClippingRankSum=0.869;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.448;QD=33.61;ReadPosRankSum=1.448	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,11:12:9:431,0,9
17	41466399	.	A	C	273.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=28.48;ReadPosRankSum=-0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:99:302,0,208
17	41466402	.	T	C	273.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=32.20;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:99:302,0,208
17	41466417	.	A	G	256.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.747;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=32.10;ReadPosRankSum=-0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:99:285,0,195
17	41466419	.	T	C	256.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.747;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.747;QD=32.10;ReadPosRankSum=-0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:99:285,0,195
17	41466421	.	C	T	256.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.747;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=32.10;ReadPosRankSum=0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:99:285,0,195
17	41466445	.	G	A	343.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.50	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,9:9:57:372,0,57
17	41466446	.	T	C	343.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.75	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,9:9:57:372,0,57
17	41466459	.	C	G	323.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.04	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,9:9:57:352,0,57
17	41466471	.	G	C	165.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=27.63;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:99:194,0,106
17	41466587	.	G	C	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=23.69;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:66:123,0,66
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17	41467109	.	A	G	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
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17	41554696	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
17	41562962	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
17	41589363	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	41602518	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
17	41845031	.	T	C	1154.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1183,81,0
17	41846964	.	T	C	1073.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1102,78,0
17	41885158	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	41885160	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	41894786	.	T	C	17.84	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=-0.493;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.099;QD=1.37;ReadPosRankSum=0.493	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:46:46,0,424
17	41896175	.	T	A	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
17	41953212	.	G	A	224.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:253,18,0
17	41953998	.	T	C	186.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:215,15,0
17	41955158	.	A	G	217.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:246,18,0
17	41959808	.	T	C	298.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:327,24,0
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17	42031331	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
17	42085972	.	C	T	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
17	42086180	.	C	T	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
17	42088853	.	G	A	865.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:894,63,0
17	42154470	.	A	G	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
17	42155408	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
17	42155507	.	G	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
17	42158310	.	T	G	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
17	42164885	.	G	C	428.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:457,33,0
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17	42264962	.	A	G	194.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:223,15,0
17	42266224	.	G	C	274.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:303,21,0
17	42268274	.	C	T	542.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:571,39,0
17	42271191	.	G	A	1126.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1155,81,0
17	42378720	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
17	42475983	.	G	C	680.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:709,51,0
17	42827673	.	G	A	239.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:268,18,0
17	42833395	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	42833399	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	42833407	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	42876340	.	G	C	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
17	42876376	.	T	C	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.19;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:66:73,0,66
17	42877116	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,154
17	42877204	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:38:39,0,38
17	42877227	.	T	C	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=12.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,1:3:66:66,0,603
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17	42877235	.	T	C	132.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=33.20;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:23:161,0,23
17	42877240	.	T	C	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,1:5:66:66,0,603
17	42877243	.	T	C	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=5.40;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:66:66,0,603
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17	42880753	.	C	T	311.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:340,24,0
17	42951680	.	T	C	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
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17	43318779	.	C	G	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
17	43320366	.	A	G	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
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17	43544592	.	T	C	54.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:82,9,0
17	43651550	.	G	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
17	43651556	.	C	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:87,6,0
17	43654610	.	C	T	44.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:72,6,0
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17	43662196	.	G	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
17	43662349	.	G	A	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
17	43670399	.	C	A	309.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:338,24,0
17	43670409	.	G	A	309.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:24:338,24,0
17	43670410	.	T	A	309.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:24:338,24,0
17	43707899	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
17	43717398	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:69:69,0,153
17	43717424	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:81,0,36
17	43718228	.	A	G	175.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=21.09;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:99:204,0,113
17	43718233	.	A	G	175.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=31.53;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:99:204,0,113
17	43718238	.	A	G	175.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=29.29;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:99:204,0,113
17	43718609	.	A	G	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:74,0,35
17	43718824	.	A	G	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:66:66,0,120
17	43719954	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	43719956	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	43728376	.	G	A	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
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17	46052162	.	T	C	188.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:217,15,0
17	46056995	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
17	46059071	.	T	C	500.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:529,36,0
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17	46139209	.	T	G	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
17	46140251	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=24.89;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:30:78,0,30
17	46140256	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.89	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,2:2:30:78,0,30
17	46178674	.	G	A	1111.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1140,87,0
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17	46699516	.	G	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
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17	46944704	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	46950496	.	C	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
17	46951099	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
17	46969665	.	A	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
17	46970259	.	T	C	985.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1014,72,0
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17	46986679	.	A	G	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
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17	46989354	.	A	G	91.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:119,9,0
17	46991556	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
17	46991752	.	G	A	129.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:157,12,0
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17	47373417	.	T	C	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
17	47393605	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	47416849	.	T	C	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
17	47588000	.	C	T	320.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:349,27,0
17	47678578	.	A	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
17	47888852	.	A	G	1323.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,31:31:93:1352,93,0
17	48051664	.	T	C	81.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:109,9,0
17	48051772	.	C	T	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
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17	48143462	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:30:78,0,30
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17	48159455	.	A	G	234.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.637;DP=16;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.289;QD=14.67;ReadPosRankSum=-0.752	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,7:15:99:263,0,638
17	48159491	.	A	G	11.12	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.143;ClippingRankSum=0.556;DP=16;FS=3.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.397;QD=0.69;ReadPosRankSum=2.143	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,2:16:39:39,0,615
17	48159501	.	A	G	12.05	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.255;DP=15;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.934;QD=0.80;ReadPosRankSum=-1.104	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,2:15:40:40,0,594
17	48159622	.	A	G	353.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:382,30,0
17	48159856	.	A	G	19.81	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=-0.091;DP=14;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.639;QD=1.42;ReadPosRankSum=1.369	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:48:48,0,628
17	48159859	.	A	G	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=-0.354;DP=14;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.919;QD=6.77;ReadPosRankSum=-0.071	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,4:14:99:123,0,466
17	48159911	.	A	G	181.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-2.180;DP=33;FS=4.220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.022;QD=5.51;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,7:33:99:210,0,987
17	48160854	.	A	G	67.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.630;DP=25;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.927;QD=2.71;ReadPosRankSum=1.520	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,4:25:96:96,0,896
17	48160941	.	A	G	160.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.361;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=17.86;ReadPosRankSum=-0.361	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:189,0,146
17	48161756	.	A	C	777.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:806,57,0
17	48162055	.	A	G	58.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.053;ClippingRankSum=0.968;DP=24;FS=5.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.349;QD=2.45;ReadPosRankSum=-1.898	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,4:24:87:87,0,785
17	48162908	.	A	G	13.95	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=-0.873;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.714;QD=0.87;ReadPosRankSum=-0.397	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,2:16:42:42,0,574
17	48162934	.	A	G	124.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.017;ClippingRankSum=-0.421;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=15.60;ReadPosRankSum=0.421	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:153,0,129
17	48165064	.	T	C	1423.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,34:34:99:1452,102,0
17	48165370	.	A	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
17	48167298	.	A	G	3540.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,81:81:99:3569,244,0
17	48168125	.	T	C	134.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:162,12,0
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17	48168630	.	A	G	138.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:166,12,0
17	48170081	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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17	48359928	.	C	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
17	48360997	.	C	T	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
17	48361524	.	T	C	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
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17	54967528	.	A	G	1217.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1246,87,0
17	55027850	.	T	C	255.84	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.747;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=31.98;ReadPosRankSum=-0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:18:284,0,18
17	55029591	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:78:78,0,130
17	55029592	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:78:78,0,130
17	55029594	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:78:78,0,130
17	55029602	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:78:78,0,130
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17	55183203	.	T	C	1312.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,32:32:96:1341,96,0
17	55183716	.	T	C	1306.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,33:33:99:1335,99,0
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17	55752858	.	C	A	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
17	55754573	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
17	55756196	.	C	T	88.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:116,9,0
17	55756866	.	T	C	169.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:198,15,0
17	55757381	.	A	C	931.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:960,66,0
17	55758646	.	A	G	810.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:839,57,0
17	55761312	.	A	G	19.81	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.369;ClippingRankSum=-1.917;DP=14;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.369;QD=1.42;ReadPosRankSum=1.734	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:48:48,0,467
17	55868724	.	A	G	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=11.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:64,0,36
17	55912509	.	C	T	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
17	55913569	.	A	G	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
17	55915940	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	55963079	.	A	G	627.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:656,48,0
17	55963223	.	T	C	708.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:737,54,0
17	56049824	.	T	C	41.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=-0.426;DP=24;FS=2.291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.588;QD=1.74;ReadPosRankSum=0.194	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,4:24:70:70,0,780
17	56049829	.	T	C	451.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=-2.760;DP=23;FS=6.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.341;QD=19.64;ReadPosRankSum=2.698	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,13:23:99:480,0,342
17	56060215	.	T	C	703.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:732,51,0
17	56060793	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
17	56063135	.	C	T	229.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:258,18,0
17	56065089	.	C	G	91.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:119,9,0
17	56068164	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	56068165	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	56069848	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
17	56069850	.	A	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
17	56069926	.	C	T	217.81	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=31.12;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:20:246,0,20
17	56071497	.	A	G	231.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:260,18,0
17	56074128	.	G	A	297.22	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=-0.751;DP=9;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=33.02;ReadPosRankSum=0.751	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,8:9:4:324,0,4
17	56074750	.	A	G	277.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:306,21,0
17	56075152	.	C	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
17	56078738	.	C	T	324.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:353,24,0
17	56079037	.	G	C	466.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:495,36,0
17	56079820	.	A	G	655.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:684,48,0
17	56080455	.	A	T	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
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17	56082093	.	A	G	2211.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,49:49:99:2240,151,0
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17	56174911	.	A	T	185.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:214,15,0
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17	56283026	.	G	A	303.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:332,24,0
17	56283365	.	G	A	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
17	56388303	.	T	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
17	56423114	.	C	T	812.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:841,57,0
17	56423201	.	G	C	1227.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1256,87,0
17	56427142	.	A	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
17	56431453	.	A	G	971.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:1000,69,0
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17	57282571	.	G	A	577.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:606,42,0
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17	57351456	.	A	G	132.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.18	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,3:3:27:161,0,27
17	57351465	.	A	G	132.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=33.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:27:161,0,27
17	57351504	.	A	G	190.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:15:219,15,0
17	57351509	.	A	G	190.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:15:219,15,0
17	57351517	.	A	G	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:70:70,0,103
17	57351727	.	A	G	22.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=-1.086;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.691;QD=1.75;ReadPosRankSum=0.493	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:51:51,0,507
17	57351743	.	A	G	11.12	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=-0.639;DP=14;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.004;QD=0.79;ReadPosRankSum=-0.274	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:39:39,0,450
17	57351783	.	A	G	19.81	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=-0.752;DP=12;FS=8.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.537;QD=1.65;ReadPosRankSum=-0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:48:48,0,396
17	57352464	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
17	57352900	.	C	T	489.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:518,36,0
17	57474667	.	C	T	266.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:295,21,0
17	57475896	.	G	A	238.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:267,21,0
17	57476653	.	T	C	140.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:168,12,0
17	57476888	.	A	C	188.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:217,15,0
17	57477235	.	T	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
17	57477616	.	G	A	280.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:309,21,0
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17	58024275	.	A	G	1057.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1086,75,0
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17	59477903	.	C	A	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
17	59760174	.	G	A	200.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:229,18,0
17	59760499	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
17	59760996	.	A	G	432.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:461,33,0
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17	61896487	.	C	T	248.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=-1.809;DP=22;FS=2.205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.239;QD=11.31;ReadPosRankSum=-0.717	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,8:22:99:277,0,544
17	61896814	.	C	T	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=22.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:30:120,0,30
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17	62120843	.	C	T	807.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:836,60,0
17	62121480	.	T	C	536.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.352;DP=22;FS=1.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.564;QD=24.40;ReadPosRankSum=-0.634	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,15:22:99:565,0,220
17	62121882	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
17	62122677	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
17	62125272	.	A	G	1276.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,31:31:93:1305,93,0
17	62127506	.	G	A	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
17	62141455	.	A	G	1116.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1145,78,0
17	62143892	.	A	G	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
17	62144552	.	A	C	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
17	62158012	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
17	62206438	.	G	A	215.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.154;ClippingRankSum=0.068;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.299;QD=15.41;ReadPosRankSum=0.068	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,7:14:99:244,0,260
17	62235843	.	C	T	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
17	62398900	.	T	C	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.15;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:74:74,0,109
17	62399872	.	C	T	80.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:108,9,0
17	62400000	.	G	A	1028.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1057,75,0
17	62400575	.	G	C	1983.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,46:46:99:2012,138,0
17	62400710	.	G	C	1476.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,35:35:99:1505,105,0
17	62401118	.	T	C	1785.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,42:42:99:1814,126,0
17	62404441	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	62404452	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
17	62405369	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
17	62405810	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
17	62406694	.	A	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
17	62406971	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
17	62464464	.	A	G	238.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.398;ClippingRankSum=-1.398;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.278;QD=21.71;ReadPosRankSum=0.597	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,7:11:99:267,0,145
17	62464535	.	A	G	19.81	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=-1.678;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=1.52;ReadPosRankSum=-0.099	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:48:48,0,416
17	62465527	.	G	T	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=7.95;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:68:68,0,122
17	62465576	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.15;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:69:69,0,112
17	62466058	.	G	A	66.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=-1.109;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.185;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.925	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,3:12:95:95,0,339
17	62466284	.	C	T	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=17.95;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:74:118,0,74
17	62466487	.	A	G	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.067;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=4.60;ReadPosRankSum=1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:65:65,0,241
17	62467050	.	A	G	139.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=-0.789;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.197;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.493	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,5:18:99:168,0,476
17	62467811	.	A	G	410.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=0.151;DP=17;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.151;QD=24.16;ReadPosRankSum=-1.759	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,11:17:99:439,0,186
17	62467813	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=-1.323;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.693;QD=3.10;ReadPosRankSum=-0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,3:17:81:81,0,842
17	62467867	.	A	G	22.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.678;ClippingRankSum=0.691;DP=13;FS=5.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.691;QD=1.75;ReadPosRankSum=1.086	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:51:51,0,425
17	62468419	.	A	G	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=7.95;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:68:68,0,114
17	62468927	.	T	C	145.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=-1.092;DP=13;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.545;QD=11.21;ReadPosRankSum=0.533	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,5:13:99:174,0,303
17	62469552	.	C	G	188.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DP=28;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.433;QD=6.74;ReadPosRankSum=-0.053	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,7:28:99:217,0,779
17	62476375	.	A	C	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
17	62479520	.	T	C	26.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=3.83;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:55:55,0,185
17	62480087	.	T	C	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.19;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:63:77,0,63
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17	65069655	.	C	T	203.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=-1.067;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.589;QD=25.47;ReadPosRankSum=1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:57:232,0,57
17	65070304	.	T	C	247.28	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=-0.747;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=30.91;ReadPosRankSum=0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:9:275,0,9
17	65104666	.	T	G	769.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:798,57,0
17	65104743	.	G	A	964.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:993,69,0
17	65334725	.	T	C	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=-0.067;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.067;QD=3.86;ReadPosRankSum=1.666	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:63:63,0,536
17	65334726	.	T	C	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=4.35;ReadPosRankSum=1.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:63:63,0,536
17	65334802	.	T	C	213.94	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=-0.742;DP=7;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=30.56;ReadPosRankSum=-0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:14:242,0,14
17	65334867	.	T	C	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=8.55;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:71:71,0,107
17	65334885	.	T	C	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.818;ClippingRankSum=0.296;DP=10;FS=10.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.546;QD=7.68;ReadPosRankSum=1.818	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:105,0,460
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17	66244578	.	T	C	245.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.270;DP=20;FS=7.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.193;QD=12.29;ReadPosRankSum=-0.656	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,8:20:99:274,0,444
17	66246416	.	A	G	1777.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,42:42:99:1806,126,0
17	66253095	.	T	A	812.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=1.514;DP=44;FS=2.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.035;QD=18.47;ReadPosRankSum=-1.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,22:44:99:841,0,843
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17	66374388	.	G	A	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
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17	70417863	.	C	T	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=14.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:73,0,37
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17	70422622	.	A	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:72,0,36
17	70423543	.	G	A	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:58:81,0,58
17	70423546	.	G	A	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:58:81,0,58
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17	70642742	.	T	C	504.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.488;ClippingRankSum=0.000;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=32.33;ReadPosRankSum=0.744	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,13:14:34:533,0,34
17	70642923	.	A	C	576.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=-0.118;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.251;QD=32.04;ReadPosRankSum=0.592	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,15:18:81:605,0,81
17	70721707	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
17	70721716	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:9:135,9,0
17	70721782	.	C	A	91.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:119,9,0
17	70815411	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
17	70943990	.	T	C	1269.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,31:31:93:1298,93,0
17	70953956	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	70953957	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	71027808	.	C	T	12.05	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.683;ClippingRankSum=0.537;DP=29;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.468;QD=0.42;ReadPosRankSum=-0.680	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,3:29:40:40,0,1036
17	71027833	.	A	G	31.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=1.658;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.352;QD=1.51;ReadPosRankSum=0.050	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,3:21:60:60,0,670
17	71088652	.	T	C	199.88	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.747;DP=8;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=24.98;ReadPosRankSum=0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:16:228,0,16
17	71232687	.	T	C	449.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.093;ClippingRankSum=-0.072;DP=15;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.650;QD=29.98;ReadPosRankSum=-0.072	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,12:15:80:478,0,80
17	71232804	.	C	A	812.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:57:841,57,0
17	71232807	.	T	C	575.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=1.194;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.492;QD=31.99;ReadPosRankSum=-1.054	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,16:18:30:604,0,30
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17	71238433	.	G	A	281.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.898;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.898;QD=28.18;ReadPosRankSum=-1.271	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,8:10:51:310,0,51
17	71244166	.	C	G	212.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=-1.683;DP=9;FS=6.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=23.64;ReadPosRankSum=1.683	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:99:241,0,104
17	71244630	.	C	T	521.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.189;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.693;QD=30.69;ReadPosRankSum=-0.315	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,14:17:81:550,0,81
17	71273637	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	71279839	.	T	C	233.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:262,18,0
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17	73089852	.	T	C	459.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:488,33,0
17	73101204	.	C	A	186.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:215,15,0
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17	73125173	.	A	G	35.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.871;ClippingRankSum=-0.776;DP=23;FS=2.291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.502;QD=1.56;ReadPosRankSum=0.959	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,3:23:64:64,0,774
17	73127024	.	C	G	295.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.600;ClippingRankSum=-3.067;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=21.13	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,9:14:99:324,0,189
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17	73139367	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	73142106	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
17	73177444	.	C	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
17	73220087	.	C	T	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
17	73221439	.	C	T	1005.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1034,81,0
17	73224639	.	G	C	309.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:338,24,0
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17	73230856	.	C	T	2154.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,50:50:99:2183,151,0
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17	73563413	.	T	C	93.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.44;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:30:122,0,30
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17	73570756	.	G	T	178.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=25.54;ReadPosRankSum=-0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:25:207,0,25
17	73570774	.	G	A	198.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.067;DP=8;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.589;QD=24.85;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:63:227,0,63
17	73571030	.	A	G	1043.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.545;ClippingRankSum=-2.575;DP=39;FS=1.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.300;QD=26.76;ReadPosRankSum=2.506	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,29:38:99:1072,0,215
17	73587784	.	A	G	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
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17	73816937	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
17	73849307	.	A	G	52.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.60;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:23:81,0,23
17	73885939	.	T	C	425.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.304;DP=20;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.836;QD=21.29;ReadPosRankSum=0.228	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,11:20:99:454,0,328
17	73939141	.	T	C	238.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=1.309;DP=12;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.529;QD=19.90;ReadPosRankSum=1.134	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,7:12:99:267,0,172
17	73939179	.	T	C	162.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=1.517;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.684;QD=20.35;ReadPosRankSum=0.684	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:40:191,0,40
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17	73939270	.	T	C	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=-1.920;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=10.35;ReadPosRankSum=1.920	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:111,0,353
17	73940187	.	T	C	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
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17	73940875	.	T	C	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:74,0,37
17	73940888	.	T	C	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=6.96;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:70:70,0,145
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17	74012859	.	T	C	83.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:111,9,0
17	74014468	.	C	A	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
17	74014628	.	G	A	437.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:466,33,0
17	74014668	.	T	C	720.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:749,51,0
17	74035543	.	T	C	1760.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.118;DP=56;FS=7.907;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.995;QD=31.44;ReadPosRankSum=-0.332	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,46:56:99:1789,0,243
17	74037715	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	74037772	.	T	C	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
17	74038590	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
17	74039867	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	74056413	.	C	T	1848.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=-1.420;DP=55;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.492;QD=33.61;ReadPosRankSum=1.707	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,47:55:99:1877,0,187
17	74067099	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
17	74077497	.	G	C	46.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.150;ClippingRankSum=1.555;DP=36;FS=2.019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.091;QD=1.30;ReadPosRankSum=-1.464	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,5:36:75:75,0,1247
17	74261677	.	T	C	630.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.250;ClippingRankSum=2.361;DP=26;FS=4.178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.250;QD=24.26;ReadPosRankSum=-1.083	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,18:26:99:659,0,251
17	74262032	.	C	A	98.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=-2.273;DP=57;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.207;QD=1.73;ReadPosRankSum=1.617	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:50,7:57:99:127,0,1920
17	74265531	.	C	T	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=16.35;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:71:110,0,71
17	74267010	.	T	C	1653.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=-2.368;DP=50;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.225;QD=33.08;ReadPosRankSum=2.448	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,42:50:99:1682,0,192
17	74326553	.	G	A	241.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:270,18,0
17	74326556	.	A	T	241.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:270,18,0
17	74381567	.	G	A	823.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.432;ClippingRankSum=-0.678;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.678;QD=34.67;ReadPosRankSum=1.583	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,22:23:59:852,59,0
17	74387284	.	C	T	824.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:853,60,0
17	74389890	.	T	C	83.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:111,9,0
17	74475024	.	G	A	599.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.403;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.313;QD=28.56;ReadPosRankSum=-0.582	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,17:21:99:628,0,105
17	74477034	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
17	74477620	.	C	T	799.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.836;ClippingRankSum=0.111;DP=30;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.501;QD=26.66;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,25:30:99:828,0,123
17	74479889	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	74480715	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	74480891	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
17	74482126	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
17	74484101	.	C	T	189.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:218,15,0
17	74484171	.	T	C	295.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:324,24,0
17	74493242	.	T	C	179.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:208,15,0
17	74494990	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
17	74496832	.	C	T	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
17	74547776	.	A	G	46.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
17	74557681	.	A	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
17	74561213	.	A	G	1273.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1302,90,0
17	74581945	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	74581946	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	74621298	.	C	T	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
17	74674299	.	A	C	40.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:68,6,0
17	74724140	.	A	G	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.19;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:73:73,0,73
17	74726511	.	G	C	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
17	74728082	.	C	T	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
17	74728938	.	C	T	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
17	74730843	.	T	C	2049.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,48:48:99:2078,144,0
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17	76165104	.	G	A	77.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:105,9,0
17	76165548	.	G	A	278.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:307,21,0
17	76165863	.	C	T	132.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:160,12,0
17	76166196	.	A	G	283.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:312,24,0
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17	76178748	.	T	C	1250.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=1.448;DP=43;FS=1.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=29.09;ReadPosRankSum=0.612	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,34:43:99:1279,0,242
17	76194489	.	G	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
17	76203600	.	T	C	266.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:295,21,0
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17	76219591	.	G	A	1499.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,37:37:99:1528,111,0
17	76353793	.	A	G	810.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.833;ClippingRankSum=-1.047;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.135;QD=33.78;ReadPosRankSum=0.960	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,21:24:48:839,0,48
17	76353910	.	T	C	1179.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,28:28:84:1208,84,0
17	76417516	.	A	G	233.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:262,18,0
17	76417883	.	T	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
17	76418603	.	A	G	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.589;QD=3.97;ReadPosRankSum=-0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:60:60,0,238
17	76418720	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=7.79;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,245
17	76418724	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=7.79;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,245
17	76418790	.	A	G	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:66:66,0,237
17	76418839	.	A	G	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=14.13;ReadPosRankSum=-0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:113,0,108
17	76419882	.	G	A	17.84	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.296;ClippingRankSum=0.825;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.825;QD=1.62;ReadPosRankSum=-1.061	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:46:46,0,347
17	76420373	.	G	A	572.53	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=-1.519;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=29.28;ReadPosRankSum=1.085	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,15:16:3:599,3,0
17	76420437	.	T	A	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=-1.376;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.423;QD=2.04;ReadPosRankSum=0.212	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,3:20:69:69,0,681
17	76671629	.	C	T	943.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.223;DP=30;FS=2.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.946;QD=31.46;ReadPosRankSum=-0.278	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,25:30:99:972,0,122
17	76672700	.	T	A	15.88	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.797;ClippingRankSum=-0.207;DP=30;FS=6.429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.553;QD=0.53;ReadPosRankSum=1.106	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:27,3:30:44:44,0,1005
17	76672889	.	C	T	649.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:678,51,0
17	76674418	.	C	T	587.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:616,42,0
17	76675661	.	G	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.435;ClippingRankSum=-1.376;DP=20;FS=2.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.529;QD=2.34;ReadPosRankSum=1.270	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,3:20:75:75,0,684
17	76728720	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
17	76792179	.	G	A	17.84	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.878;ClippingRankSum=1.296;DP=25;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.129;QD=0.71;ReadPosRankSum=-1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,3:25:46:46,0,875
17	76793600	.	G	A	155.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.767;DP=24;FS=1.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.233;QD=6.49;ReadPosRankSum=-0.633	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,6:24:99:184,0,688
17	76793825	.	G	A	128.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.521;ClippingRankSum=-0.652;DP=32;FS=1.763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.845;QD=4.02;ReadPosRankSum=0.555	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,6:32:99:157,0,1034
17	76793885	.	G	A	58.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=-1.030;DP=26;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.107;QD=2.26;ReadPosRankSum=-0.462	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,4:26:87:87,0,861
17	76820580	.	T	C	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
17	76833916	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
17	76836528	.	A	G	79.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:107,9,0
17	76970879	.	A	G	2637.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,61:61:99:2666,184,0
17	76975558	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
17	77002763	.	G	A	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
17	77071002	.	C	G	45.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:73,6,0
17	77073566	.	G	A	212.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=26.60;ReadPosRankSum=1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:62:241,0,62
17	77075667	.	T	C	178.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=29.79;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:99:207,0,100
17	77075670	.	C	T	178.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=29.79;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:99:207,0,100
17	77075673	.	A	G	178.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=29.79;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:99:207,0,100
17	77076440	.	G	T	178.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:207,15,0
17	77078109	.	A	G	366.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.113;ClippingRankSum=0.423;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.606;QD=28.21;ReadPosRankSum=-0.423	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,10:13:73:395,0,73
17	77078451	.	C	T	164.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=23.54;ReadPosRankSum=-0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:25:193,0,25
17	77078535	.	C	T	271.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.898;DP=10;FS=8.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.271;QD=27.18;ReadPosRankSum=-0.898	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,8:10:45:300,0,45
17	77083153	.	G	C	525.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.397;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.397;QD=32.86;ReadPosRankSum=-0.397	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,14:16:37:554,0,37
17	77083180	.	C	G	522.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=-0.441;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.945;QD=30.75;ReadPosRankSum=1.071	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,14:17:72:551,0,72
17	77083619	.	T	C	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:76,0,37
17	77084274	.	C	T	395.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:424,30,0
17	77084654	.	G	T	233.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:262,18,0
17	77725831	.	T	C	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.19;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:72:77,0,72
17	77728931	.	T	C	107.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=-1.466;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.386;QD=8.29;ReadPosRankSum=0.849	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,4:13:99:136,0,358
17	77729022	.	T	C	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=10.35;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:111,0,524
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17	77730512	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:72:72,0,395
17	77730513	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,395
17	77751983	.	C	G	238.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.85	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,8:8:99:267,0,209
17	77752006	.	C	G	238.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.545;ClippingRankSum=-1.092;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.092;QD=18.37;ReadPosRankSum=-0.533	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,5:13:99:267,0,209
17	77754073	.	C	A	213.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:242,18,0
17	77756364	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:81,0,33
17	77759691	.	A	G	861.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=-1.119;DP=27;FS=6.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.116;QD=31.92;ReadPosRankSum=0.964	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,24:27:49:890,0,49
17	77760226	.	G	A	661.41	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.578;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.578;QD=34.86;ReadPosRankSum=-0.771	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,17:18:8:689,8,0
17	77768068	.	G	C	93.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
17	77768654	.	C	A	336.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:32:365,32,0
17	77769837	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
17	77800743	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
17	77808961	.	G	A	310.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.954;ClippingRankSum=-1.934;DP=63;FS=2.711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.901;QD=4.93;ReadPosRankSum=1.707	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:51,12:63:99:339,0,1978
17	77809666	.	C	A	217.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:246,18,0
17	77809998	.	C	T	643.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:672,48,0
17	77810143	.	C	G	433.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:462,33,0
17	77810444	.	A	G	468.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:497,36,0
17	77810623	.	C	T	772.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:801,57,0
17	77862003	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
17	77862004	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
17	77897502	.	C	T	12.77	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=12.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:39,3,0
17	77907037	.	T	C	32.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.008;ClippingRankSum=-0.349;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.611;QD=1.37;ReadPosRankSum=0.524	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,3:24:61:61,0,726
17	77908532	.	C	T	67.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=-1.433;DP=24;FS=5.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.658;QD=2.82;ReadPosRankSum=1.046	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,4:24:96:96,0,749
17	77909085	.	C	T	24.78	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.213;ClippingRankSum=1.045;DP=25;FS=5.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.544;QD=0.99;ReadPosRankSum=-0.962	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,3:25:53:53,0,886
17	77909339	.	A	G	265.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:26:294,26,0
17	77909438	.	T	C	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=-0.711;DP=18;FS=2.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.592;QD=2.54;ReadPosRankSum=0.592	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,3:18:74:74,0,540
17	77910046	.	G	A	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.485;ClippingRankSum=-1.061;DP=16;FS=10.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.212;QD=5.92;ReadPosRankSum=1.061	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,4:14:99:123,0,351
17	77910156	.	C	T	23.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.544;DP=25;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.627;QD=0.95;ReadPosRankSum=0.878	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,3:25:52:52,0,874
17	77910257	.	A	C	191.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=-0.894;DP=22;FS=10.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.809;QD=8.72;ReadPosRankSum=-0.724	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,4:22:99:220,0,1533
17	77910262	.	C	G	191.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.360;DP=27;FS=3.891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.636;QD=7.10;ReadPosRankSum=-1.300	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,7:27:99:220,0,1533
17	77910297	.	A	G	214.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.457;DP=32;FS=1.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.370;QD=6.71;ReadPosRankSum=0.413	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,8:32:99:243,0,935
17	77910313	.	T	C	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=0.493;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.851;QD=3.94;ReadPosRankSum=1.120	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,4:21:99:111,0,601
17	77911282	.	T	A	630.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:659,45,0
17	77911605	.	T	C	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=-1.575;DP=17;FS=10.843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.315;QD=2.87;ReadPosRankSum=1.197	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,3:17:77:77,0,532
17	77912051	.	C	G	1168.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,28:28:84:1197,84,0
17	77984141	.	C	T	17.84	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=-1.086;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.493;QD=1.37;ReadPosRankSum=0.888	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:46:46,0,425
17	77987239	.	C	T	658.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.857;ClippingRankSum=-0.112;DP=23;FS=8.966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.497;QD=28.64;ReadPosRankSum=-0.186	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,18:23:99:687,0,147
17	77998317	.	G	A	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
17	77998319	.	A	G	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
17	77998504	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	78013724	.	G	C	220.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:249,18,0
17	78021529	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
17	78021819	.	C	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
17	78022245	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
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17	78081661	.	A	T	1178.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.761;DP=40;FS=9.429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.423;QD=29.47;ReadPosRankSum=0.355	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,32:40:99:1207,0,195
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17	78084418	.	G	A	194.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:223,15,0
17	78084507	.	G	C	367.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:396,27,0
17	78084769	.	G	A	332.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=-0.349;DP=56;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.170;QD=5.94;ReadPosRankSum=0.988	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:44,12:56:99:361,0,1766
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17	78085214	.	A	G	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
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17	78185527	.	T	G	571.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:600,42,0
17	78185556	.	G	A	454.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:483,33,0
17	78185642	.	G	A	517.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:546,39,0
17	78187954	.	A	G	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
17	78190078	.	C	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
17	78192571	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
17	78219100	.	C	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
17	78224805	.	C	T	91.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:119,9,0
17	78272294	.	C	T	642.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=-0.493;DP=21;FS=2.092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.836;QD=30.61;ReadPosRankSum=-0.493	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,17:21:99:671,0,102
17	78287450	.	G	C	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:69:123,0,69
17	78287462	.	A	G	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=23.69;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:69:123,0,69
17	78290185	.	T	A	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
17	78290310	.	G	A	223.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:252,18,0
17	78291701	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
17	78292945	.	G	A	79.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:107,9,0
17	78294774	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:75,0,35
17	78298938	.	A	G	827.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:856,60,0
17	78302157	.	C	A	31.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.262;ClippingRankSum=-0.611;DP=24;FS=2.395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.436;QD=1.32;ReadPosRankSum=0.436	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,3:24:60:60,0,856
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17	78974674	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	78975480	.	A	G	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.19;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:60:73,0,60
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17	79166384	.	C	T	162.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=27.13;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:28:191,0,28
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17	79174221	.	T	C	265.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:294,21,0
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17	79202465	.	A	G	539.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:568,39,0
17	79202956	.	T	C	20.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=-0.888;DP=13;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.888;QD=1.60;ReadPosRankSum=0.888	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:49:49,0,441
17	79208604	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
17	79213141	.	C	T	232.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:261,18,0
17	79220016	.	T	C	1058.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=0.704;DP=36;FS=3.726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=29.41;ReadPosRankSum=1.617	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,28:36:99:1087,0,234
17	79220224	.	G	C	126.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.993;ClippingRankSum=0.071;DP=40;FS=6.030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.498;QD=3.17;ReadPosRankSum=-0.178	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:33,7:40:99:155,0,1264
17	79222331	.	A	G	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=14.13;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:113,0,110
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17	79287063	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	79287079	.	C	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
17	79297036	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	79297037	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	79297038	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	79314491	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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17	79487089	.	C	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
17	79500622	.	T	C	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
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17	79527649	.	C	T	162.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:191,15,0
17	79527953	.	A	T	299.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:328,24,0
17	79528746	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=9.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,240
17	79528748	.	T	C	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=18.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:99:120,0,161
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17	79529554	.	G	C	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
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17	79530018	.	T	C	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=5.40;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:66:66,0,230
17	79530031	.	T	C	355.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:384,27,0
17	79530967	.	T	G	360.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:389,27,0
17	79531020	.	T	C	72.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.683;ClippingRankSum=-1.683;DP=9;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=8.09;ReadPosRankSum=1.001	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:101,0,190
17	79531055	.	T	C	29.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=7.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:58:58,0,74
17	79531207	.	T	C	182.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:211,15,0
17	79531888	.	A	G	72.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:100,9,0
17	79532109	.	C	G	237.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:266,18,0
17	79540598	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
17	79571637	.	C	G	1678.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,39:39:99:1707,117,0
17	79589242	.	G	A	1225.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1254,87,0
17	79596811	.	C	T	1027.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1056,72,0
17	79598728	.	G	C	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
17	79604908	.	T	C	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
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17	79612333	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
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17	80079582	.	C	T	11.83	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=11.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:38,3,0
17	80084844	.	C	T	44.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:72,6,0
17	80102279	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	80109778	.	A	G	219.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:248,18,0
17	80109806	.	C	T	315.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:344,24,0
17	80110255	.	T	C	175.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:204,15,0
17	80110394	.	C	A	376.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:405,27,0
17	80110396	.	C	A	376.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:405,27,0
17	80110750	.	C	T	533.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:562,39,0
17	80110867	.	G	A	239.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:268,21,0
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17	80159566	.	T	C	535.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=-0.693;DP=25;FS=3.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.971;QD=21.43;ReadPosRankSum=0.749	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,15:25:99:564,0,335
17	80165908	.	G	C	316.94	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=-0.348;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.393;QD=31.69;ReadPosRankSum=-0.696	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,9:10:14:345,0,14
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17	80218800	.	G	A	148.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=-0.133;DP=15;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.800;QD=9.92;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,5:14:99:177,0,341
17	80218950	.	C	T	29.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=-0.898;DP=10;FS=11.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.480;QD=2.98;ReadPosRankSum=0.898	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:58:58,0,329
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17	80338093	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	80341563	.	T	C	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
17	80342256	.	C	T	91.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:119,9,0
17	80342514	.	A	G	144.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:173,15,0
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17	80346638	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
17	80347063	.	A	G	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=-0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.988;QD=13.63;ReadPosRankSum=-0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:110,0,110
17	80347494	.	T	C	145.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=-1.159;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=16.20;ReadPosRankSum=1.159	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:174,0,144
17	80348594	.	G	A	173.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=-0.839;DP=14;FS=2.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.194;QD=12.41;ReadPosRankSum=0.839	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,6:14:99:202,0,282
17	80348938	.	A	G	208.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.270;ClippingRankSum=1.482;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.529;QD=13.05;ReadPosRankSum=-1.482	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,7:16:99:237,0,338
17	80349625	.	T	C	440.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:469,33,0
17	80349932	.	G	A	220.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=0.582;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.459;QD=9.20;ReadPosRankSum=-0.398	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,8:24:99:249,0,582
17	80350331	.	G	A	524.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=-0.415;DP=30;FS=3.352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=17.49;ReadPosRankSum=0.415	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,15:29:99:553,0,497
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17	80411207	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	80411352	.	G	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
17	80411716	.	C	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
17	80415914	.	A	G	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
17	80416069	.	C	T	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
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17	80442103	.	A	G	158.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.219;ClippingRankSum=-0.361;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=17.64;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:187,0,126
17	80442722	.	T	C	265.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=-0.829;DP=33;FS=5.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.586;QD=8.05;ReadPosRankSum=0.829	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,9:33:99:294,0,904
17	80498972	.	C	T	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
17	80498997	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
17	80499065	.	G	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
17	80529972	.	A	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
17	80530134	.	A	G	277.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:306,21,0
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17	80532170	.	T	C	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
17	80532532	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
17	80533547	.	T	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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17	80543010	.	C	T	90.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:31:119,0,31
17	80544069	.	A	G	581.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=-2.961;DP=51;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.435;QD=11.41;ReadPosRankSum=-1.081	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:32,18:50:99:610,0,1257
17	80545156	.	A	G	270.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:299,21,0
17	80545327	.	T	C	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
17	80551319	.	T	G	186.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:215,15,0
17	80551587	.	G	A	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=7.95;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:68:68,0,258
17	80551591	.	C	T	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=18.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:99:120,0,142
17	80551820	.	C	T	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=21.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:30:114,0,30
17	80552569	.	G	A	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=20.69;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:29:111,0,29
17	80553002	.	G	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
17	80553220	.	C	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.19;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:69:69,0,76
17	80554038	.	C	G	160.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=-0.361;DP=9;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.729;QD=17.86;ReadPosRankSum=0.361	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:189,0,131
17	80554346	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	80554388	.	C	T	121.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=-0.937;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=17.40;ReadPosRankSum=0.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:150,0,103
17	80554788	.	C	A	311.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:340,24,0
17	80556072	.	T	C	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=13.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:70,0,37
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17	80560421	.	T	C	1378.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,33:33:99:1407,99,0
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17	80561325	.	G	A	500.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.127;ClippingRankSum=-2.115;DP=33;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.103;QD=15.17;ReadPosRankSum=1.790	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,15:33:99:529,0,698
17	80561616	.	C	T	385.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:414,33,0
17	80561707	.	A	G	160.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.553;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=7.31;ReadPosRankSum=-0.553	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,6:22:99:189,0,600
17	80562219	.	T	A	511.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.117;ClippingRankSum=-0.633;DP=29;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.240;QD=17.65;ReadPosRankSum=0.938	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,14:29:99:540,0,1056
17	80562220	.	C	T	511.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=-0.811;DP=30;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.229;QD=17.06;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,14:30:99:540,0,1056
17	80563999	.	G	T	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
17	80572628	.	A	G	1386.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=-1.230;DP=53;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.843;QD=26.17;ReadPosRankSum=1.288	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,37:53:99:1415,0,531
17	80573272	.	A	G	3056.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,72:72:99:3085,217,0
17	80574082	.	T	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
17	80574090	.	T	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:87,6,0
17	80577813	.	C	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
17	80580843	.	T	C	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=14.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:32:73,0,32
17	80583711	.	G	A	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.300;ClippingRankSum=0.937;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.300;QD=11.68;ReadPosRankSum=-0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:110,0,158
17	80584240	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
17	80584244	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
17	80584246	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
17	80584249	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
17	80584627	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
17	80585033	.	T	A	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
17	80585094	.	C	T	58.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.193;ClippingRankSum=1.572;DP=43;FS=1.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.246;QD=1.37;ReadPosRankSum=-1.080	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:38,5:43:87:87,0,1539
17	80585936	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:75,0,35
17	80585989	.	T	C	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:80,0,35
17	80588528	.	C	T	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
17	80588575	.	C	A	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:78,0,35
17	80600457	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
17	80600458	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
17	80615040	.	A	C	279.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:308,21,0
17	80615290	.	C	T	106.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=-1.881;DP=9;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.876;QD=11.86;ReadPosRankSum=1.881	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:135,0,162
17	80615643	.	G	A	116.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=-1.133;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.036;QD=11.68;ReadPosRankSum=0.365	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:145,0,223
17	80674643	.	C	G	458.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:487,36,0
17	80675105	.	G	C	286.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:315,21,0
17	80676167	.	T	C	229.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:258,18,0
17	80676200	.	C	T	287.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.33	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:316,21,0
17	80676971	.	C	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
17	80677005	.	T	C	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
17	80683519	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
17	80685126	.	T	C	1240.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1269,90,0
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17	80685426	.	A	G	865.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:894,63,0
17	80685511	.	C	T	786.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:815,57,0
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17	80696410	.	A	C	321.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:350,24,0
17	80707188	.	C	T	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
17	80710097	.	G	T	439.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:44:468,44,0
17	80785898	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	80863857	.	T	C	911.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:940,66,0
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17	80866729	.	G	C	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
17	80872028	.	G	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
17	80872394	.	T	C	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
17	80874709	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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17	80895933	.	A	G	932.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:961,66,0
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17	80902741	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	80905351	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
17	80909967	.	G	A	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
17	80914429	.	C	T	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
17	80916293	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
17	80919387	.	A	G	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
17	80947189	.	G	A	157.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:186,15,0
17	80947198	.	A	T	157.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:15:186,15,0
17	81043039	.	A	G	1226.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1255,90,0
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18	166819	.	T	C	218.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=-2.248;DP=41;FS=1.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.230;QD=5.34;ReadPosRankSum=0.832	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,9:37:99:247,0,1018
18	166821	.	T	G	218.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.82	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,3:3:99:247,0,1018
18	193162	.	C	T	190.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:219,15,0
18	195637	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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18	264431	.	T	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
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18	441825	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
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18	613263	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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18	685447	.	A	G	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:79,0,37
18	685574	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
18	685797	.	C	T	93.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.44;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:122,0,33
18	686370	.	A	G	306.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=-1.200;DP=14;FS=6.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.133;QD=21.91;ReadPosRankSum=1.200	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,9:14:99:335,0,168
18	686662	.	C	T	291.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=26.52;ReadPosRankSum=-0.382	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,8:11:99:320,0,101
18	686782	.	C	T	238.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=1.398;DP=11;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.663;QD=21.71;ReadPosRankSum=-0.278	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,7:11:99:267,0,121
18	686807	.	C	T	90.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.380;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=15.13;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:66:119,0,66
18	687119	.	G	T	298.90	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.751;DP=9;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=33.21;ReadPosRankSum=0.751	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,8:9:15:327,0,15
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18	2803926	.	A	C	370.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:399,27,0
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18	2919606	.	A	T	56.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=0.794;DP=15;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.650;QD=3.78;ReadPosRankSum=-0.938	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,3:15:85:85,0,448
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18	3247256	.	A	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
18	3248159	.	C	T	169.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=1.495;DP=7;FS=13.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=24.25;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:69:198,0,69
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18	3248888	.	T	C	122.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.922;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.368;QD=15.35;ReadPosRankSum=-0.421	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:151,0,153
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18	3251313	.	T	A	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
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18	3251861	.	T	C	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.580;ClippingRankSum=-1.580;DP=10;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=7.68;ReadPosRankSum=2.166	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:105,0,580
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18	3252130	.	T	C	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.377;ClippingRankSum=-1.377;DP=11;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=6.71;ReadPosRankSum=1.377	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:99:102,0,315
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18	3252899	.	A	G	154.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:183,15,0
18	3252924	.	A	G	166.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=-1.495;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=23.82;ReadPosRankSum=1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:57:195,0,57
18	3253048	.	T	C	451.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:480,33,0
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18	3254232	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
18	3254460	.	T	A	141.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:169,12,0
18	3254658	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
18	3254795	.	G	A	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
18	3256112	.	A	G	916.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.987;ClippingRankSum=-1.367;DP=70;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.735;QD=13.10;ReadPosRankSum=1.477	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:44,26:70:99:945,0,1715
18	3258373	.	C	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
18	3262193	.	T	C	2076.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,48:48:99:2105,144,0
18	3262472	.	G	C	127.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:155,12,0
18	3262490	.	A	C	178.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:207,15,0
18	3262766	.	A	G	268.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:297,21,0
18	3263186	.	G	C	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:9:130,9,0
18	3263192	.	C	G	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
18	3263391	.	G	A	186.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:215,15,0
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18	3269889	.	A	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
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18	3271359	.	A	C	46.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:74,9,0
18	3271434	.	C	A	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
18	3272744	.	A	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
18	3272798	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
18	3272799	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
18	3273709	.	G	A	90.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:118,9,0
18	3273970	.	T	A	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
18	3273993	.	C	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
18	3274312	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
18	3275132	.	A	G	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
18	3275615	.	G	C	89.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:117,9,0
18	3275780	.	A	C	34.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:62,6,0
18	3275820	.	A	G	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
18	3276081	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
18	3277466	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
18	3277467	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
18	3277691	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
18	3287105	.	G	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
18	3330062	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
18	3330884	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
18	3330889	.	C	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
18	3347813	.	G	A	323.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:352,24,0
18	3347901	.	T	C	476.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:505,36,0
18	3348254	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
18	3348267	.	G	A	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
18	3348714	.	G	A	87.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:115,9,0
18	3348985	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
18	3349521	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
18	3350554	.	C	T	222.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:251,18,0
18	3350988	.	G	A	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=6.95;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:63:63,0,110
18	3351059	.	C	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
18	3351720	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
18	3354648	.	G	A	259.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:288,21,0
18	3354822	.	C	A	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:71:71,0,156
18	3355470	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:77:81,0,77
18	3355473	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:77:81,0,77
18	3355476	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,123
18	3355559	.	T	C	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=5.96;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:64:64,0,163
18	3356365	.	T	C	543.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.895;DP=21;FS=2.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.362;QD=25.89;ReadPosRankSum=1.440	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,15:21:99:572,0,201
18	3356405	.	C	T	1021.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=1.609;DP=38;FS=1.403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.322;QD=26.89;ReadPosRankSum=-0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,27:38:99:1050,0,365
18	3356590	.	G	C	761.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=1.190;DP=27;FS=1.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.411;QD=28.21;ReadPosRankSum=-1.190	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,20:27:99:790,0,232
18	3356863	.	G	A	431.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.867;ClippingRankSum=-0.360;DP=42;FS=2.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.013;QD=10.28;ReadPosRankSum=0.680	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,14:42:99:460,0,1058
18	3357120	.	A	G	764.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:793,54,0
18	3358315	.	C	G	178.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.351;ClippingRankSum=0.994;DP=29;FS=10.965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.076;QD=6.16;ReadPosRankSum=-1.096	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,7:29:99:207,0,868
18	3359186	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
18	3359380	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
18	3361914	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
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18	3604788	.	A	C	188.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:217,15,0
18	3604828	.	T	G	278.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:307,21,0
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18	3607746	.	C	T	58.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.614;ClippingRankSum=-1.883;DP=16;FS=2.933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.269;QD=3.67;ReadPosRankSum=-0.673	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,3:16:87:87,0,496
18	3607778	.	A	G	345.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=-1.356;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.163;QD=21.61;ReadPosRankSum=1.790	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,10:16:99:374,0,210
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18	8825128	.	C	T	317.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=-1.109;DP=12;FS=2.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.109;QD=26.48;ReadPosRankSum=1.109	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,9:12:92:346,0,92
18	8825192	.	A	G	573.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:602,42,0
18	8826083	.	G	C	518.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:547,39,0
18	8827166	.	G	A	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:81,0,34
18	8827712	.	C	T	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
18	8832073	.	G	C	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
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18	9103321	.	C	T	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
18	9103979	.	G	A	80.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=16.15;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:73:109,0,73
18	9105108	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
18	9109484	.	T	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
18	9110530	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
18	9114096	.	T	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
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18	9115699	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
18	9117562	.	C	T	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:75,0,36
18	9117867	.	T	C	1198.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.302;ClippingRankSum=-0.551;DP=53;FS=4.308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.496;QD=22.62;ReadPosRankSum=2.554	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,31:53:99:1227,0,811
18	9121883	.	A	T	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
18	9255982	.	A	G	161.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=26.96;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:26:190,0,26
18	9399821	.	G	A	19.81	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=-1.480;DP=13;FS=7.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.099;QD=1.52;ReadPosRankSum=0.691	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:48:48,0,436
18	9399830	.	C	T	587.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:616,42,0
18	9400422	.	T	C	184.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.356;ClippingRankSum=-0.858;DP=27;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.466;QD=6.84;ReadPosRankSum=0.636	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,7:27:99:213,0,782
18	9400575	.	T	A	762.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:791,57,0
18	9400701	.	G	A	53.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.945;ClippingRankSum=-0.819;DP=17;FS=6.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.323;QD=3.16;ReadPosRankSum=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,3:17:82:82,0,552
18	9401746	.	C	A	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=-0.903;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.796;QD=4.82;ReadPosRankSum=0.903	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,4:18:99:115,0,562
18	9402174	.	A	G	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=-0.303;DP=16;FS=2.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.182;QD=4.99;ReadPosRankSum=0.303	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,4:16:99:108,0,457
18	9518126	.	G	A	39.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:67,6,0
18	9536315	.	C	A	201.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:230,18,0
18	9537835	.	G	C	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,198
18	9562042	.	C	T	718.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.307;ClippingRankSum=-1.700;DP=39;FS=6.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.379;QD=18.43;ReadPosRankSum=1.588	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,20:39:99:747,0,713
18	9567482	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:72,0,37
18	9591934	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
18	9594877	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
18	9614266	.	G	A	101.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.530;ClippingRankSum=-1.357;DP=29;FS=8.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.837;QD=3.51;ReadPosRankSum=1.645	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,5:29:99:130,0,867
18	9618969	.	C	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
18	9679320	.	A	T	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:81,0,36
18	9679325	.	C	A	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.38	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,2:2:36:81,0,36
18	9714143	.	C	T	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
18	9729285	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
18	9729290	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
18	9734946	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
18	9734947	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
18	9734949	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
18	9816271	.	A	G	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
18	9817211	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
18	9817583	.	A	T	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
18	9818822	.	C	T	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
18	9865650	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
18	9955849	.	T	C	1104.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1133,78,0
18	9955960	.	A	G	178.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.050;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.352;QD=10.52;ReadPosRankSum=0.452	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,6:17:99:207,0,417
18	9956219	.	A	G	152.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=-0.825;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.717;QD=13.89;ReadPosRankSum=1.031	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,5:11:99:181,0,213
18	10544075	.	A	G	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=13.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:70,0,37
18	10551099	.	T	A	416.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.382;ClippingRankSum=-0.505;DP=15;FS=2.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.083;QD=27.78;ReadPosRankSum=0.650	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,12:15:79:445,0,79
18	10551964	.	A	G	238.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.670;ClippingRankSum=-0.663;DP=14;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.545;QD=17.05;ReadPosRankSum=0.663	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,7:14:99:267,0,257
18	10552472	.	T	C	464.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.543;DP=21;FS=4.359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.050;QD=22.13;ReadPosRankSum=-0.543	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,13:21:99:493,0,287
18	11831761	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
18	11838030	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
18	11851480	.	C	A	328.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=-0.451;DP=38;FS=2.486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.513;QD=8.65;ReadPosRankSum=0.451	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:27,11:38:99:357,0,1007
18	11853053	.	A	G	926.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:955,66,0
18	11853731	.	A	G	1233.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1262,87,0
18	11858389	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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18	12308245	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
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18	12348285	.	T	C	2078.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,49:49:99:2107,147,0
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18	12431342	.	C	A	332.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.377;ClippingRankSum=-2.710;DP=18;FS=8.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.200;QD=18.49;ReadPosRankSum=-0.933	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,10:18:99:361,0,265
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18	12448430	.	C	A	208.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.969;DP=23;FS=8.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.102;QD=9.08;ReadPosRankSum=-0.301	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,7:23:99:237,0,632
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18	12620338	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
18	12621659	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
18	12622836	.	A	C	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
18	12633489	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
18	12633490	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
18	12633492	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
18	12672512	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
18	12725104	.	G	A	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:123,0,34
18	12786217	.	C	G	281.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:310,21,0
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18	12822332	.	G	A	96.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:124,9,0
18	12822702	.	G	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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18	12832919	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:78:81,0,78
18	12888519	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
18	12970262	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
18	12976467	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
18	12977288	.	C	T	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:78,0,36
18	12984144	.	C	A	626.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=-0.952;DP=29;FS=1.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.288;QD=21.61;ReadPosRankSum=0.775	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,17:29:99:655,0,440
18	12986000	.	G	A	447.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=-1.187;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.822;QD=31.98;ReadPosRankSum=1.004	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,12:14:46:476,0,46
18	12986440	.	T	C	319.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=-0.423;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.164;QD=19.99;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,9:16:99:348,0,259
18	12991393	.	T	C	77.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=-0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.537;QD=12.96;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:106,0,100
18	12993195	.	A	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:81,0,36
18	12994468	.	G	A	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:30:81,0,30
18	12996535	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
18	13036424	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
18	13056682	.	G	A	393.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=-0.680;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.813;QD=24.61;ReadPosRankSum=-0.113	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,11:16:99:422,0,149
18	13068109	.	G	A	161.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=-1.268;DP=10;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.336;QD=16.18;ReadPosRankSum=0.851	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:190,0,180
18	13068132	.	T	C	235.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=-1.309;DP=12;FS=3.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.380;QD=19.65;ReadPosRankSum=1.977	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,7:12:99:264,0,186
18	13069782	.	C	T	450.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.763;ClippingRankSum=-0.234;DP=18;FS=2.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.328;QD=25.04;ReadPosRankSum=0.328	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,12:18:99:479,0,194
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18	13757116	.	C	A	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
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18	14186989	.	C	T	41.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:69,6,0
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18	14360789	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
18	14360793	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
18	14360817	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
18	14360819	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
18	14360821	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
18	15407993	.	A	G	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:77,0,33
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18	18520283	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:85,6,0
18	18520287	.	C	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:85,6,0
18	18520288	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:85,6,0
18	18520292	.	C	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
18	18529872	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:75:75,0,165
18	18529880	.	G	A	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=9.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,165
18	18691559	.	A	T	146.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=-1.732;DP=22;FS=7.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.438;QD=6.67;ReadPosRankSum=1.880	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,6:22:99:175,0,592
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18	18848794	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
18	19150329	.	G	A	38.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:66,6,0
18	19153494	.	C	T	586.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:615,42,0
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18	19245432	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
18	19321247	.	G	A	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
18	19448174	.	G	A	876.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:905,63,0
18	19449678	.	C	G	434.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.264;DP=17;FS=5.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.264;QD=25.57;ReadPosRankSum=-0.369	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,12:17:99:463,0,167
18	19450386	.	T	C	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
18	19778928	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
18	19780858	.	G	A	363.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=-1.444;DP=20;FS=15.513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.228;QD=18.19;ReadPosRankSum=1.064	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,11:20:99:392,0,315
18	20032854	.	A	C	126.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-0.421;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.368;QD=15.85;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:155,0,141
18	20513432	.	C	T	433.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=-2.556;DP=16;FS=6.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.883;QD=27.11;ReadPosRankSum=2.422	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,13:16:65:462,0,65
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18	21180363	.	A	G	193.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:222,15,0
18	21181236	.	C	T	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=-1.589;DP=8;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=4.47;ReadPosRankSum=1.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:64:64,0,245
18	21228647	.	G	T	93.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:122,0,34
18	21413869	.	T	C	88.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:116,9,0
18	21437931	.	G	C	317.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=1.768;DP=11;FS=7.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.532;QD=28.89;ReadPosRankSum=0.118	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,9:11:51:346,0,51
18	21441717	.	C	T	279.10	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=-0.751;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=31.01;ReadPosRankSum=0.751	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,8:9:11:307,0,11
18	21511089	.	A	G	613.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:642,45,0
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18	21534703	.	C	T	292.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.533;QD=22.52;ReadPosRankSum=-0.212	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,8:13:99:321,0,354
18	21594458	.	G	A	45.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:73,6,0
18	21710321	.	C	T	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
18	21714791	.	C	A	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
18	21714934	.	C	T	128.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=21.46;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:60:157,0,60
18	21736933	.	T	G	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:32:117,0,32
18	21740878	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
18	21743491	.	C	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
18	22020543	.	C	G	634.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:663,45,0
18	22033261	.	G	A	730.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:759,54,0
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18	23661850	.	T	C	52.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:27:81,0,27
18	23873463	.	T	C	180.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:209,15,0
18	23970580	.	G	A	200.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=-1.589;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=25.10;ReadPosRankSum=1.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:50:229,0,50
18	23970947	.	G	T	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=20.44;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:110,0,33
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18	24119079	.	T	A	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
18	25032551	.	A	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
18	25032562	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
18	25032568	.	A	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
18	29104714	.	A	G	893.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=1.029;DP=42;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.521;QD=21.28;ReadPosRankSum=-0.775	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,24:42:99:922,0,678
18	29426868	.	A	T	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
18	29432624	.	T	C	475.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:504,36,0
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18	29652079	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:76:78,0,76
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18	29847496	.	C	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
18	29862459	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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18	32432682	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
18	32446297	.	C	T	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=-0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.988;QD=14.79;ReadPosRankSum=0.988	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:117,0,200
18	32446299	.	A	G	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=17.75;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:99:117,0,200
18	32446435	.	C	T	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
18	32720359	.	C	T	201.90	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=-0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=28.84;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:15:230,0,15
18	32720542	.	G	A	117.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-0.922;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=14.72;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:146,0,138
18	32721078	.	C	T	50.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.93;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:24:79,0,24
18	32721402	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
18	32825741	.	A	G	29.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=-0.762;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=3.31;ReadPosRankSum=0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:58:58,0,281
18	32826088	.	A	G	63.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.282;ClippingRankSum=-0.423;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.423;QD=4.91;ReadPosRankSum=0.085	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,3:13:92:92,0,417
18	32827221	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=8.15;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:69:69,0,108
18	32828603	.	A	G	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.762;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=3.86;ReadPosRankSum=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:63:63,0,278
18	32833263	.	A	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,78
18	32913951	.	T	G	202.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.330;ClippingRankSum=-1.503;DP=26;FS=10.243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.058;QD=7.80;ReadPosRankSum=1.330	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,7:26:99:231,0,741
18	32916162	.	T	C	472.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=-0.118;DP=35;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.488;QD=13.51;ReadPosRankSum=-0.118	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,14:35:99:501,0,806
18	32917644	.	T	C	293.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=-1.725;DP=26;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.048;QD=11.30;ReadPosRankSum=2.048	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,9:26:99:322,0,655
18	32918639	.	G	C	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.988;QD=14.46;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:115,0,104
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18	33260446	.	T	C	44.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:72,6,0
18	33291393	.	A	G	550.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=-1.517;DP=23;FS=1.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.065;QD=23.95;ReadPosRankSum=1.452	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,15:23:99:579,0,286
18	33553809	.	C	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
18	33557466	.	A	G	1013.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=0.426;DP=34;FS=9.999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.076;QD=29.82;ReadPosRankSum=-0.345	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,26:34:99:1042,0,242
18	33570611	.	G	A	508.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=-1.177;DP=25;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.108;QD=20.35;ReadPosRankSum=0.903	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,14:25:99:537,0,395
18	33571268	.	G	A	482.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=2.153;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.153;QD=30.17;ReadPosRankSum=-2.556	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,13:16:88:511,0,88
18	33573525	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
18	33573856	.	C	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
18	33587036	.	C	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
18	33588244	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
18	33604691	.	T	C	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
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18	33749871	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
18	33755573	.	A	G	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
18	33767479	.	G	A	91.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:119,9,0
18	33774950	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
18	33779821	.	C	A	797.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:826,57,0
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18	36060702	.	C	T	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
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18	36060707	.	C	G	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
18	39601988	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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18	43608878	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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18	44038557	.	C	T	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.54;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:97:116,0,97
18	44041150	.	A	G	23.79	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=3.40;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:52:52,0,196
18	44041967	.	T	G	207.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=-2.054;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.573;QD=23.09;ReadPosRankSum=2.054	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:97:236,0,97
18	44635048	.	C	T	523.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:552,39,0
18	44666952	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:78,0,37
18	44667324	.	T	C	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
18	45359664	.	T	A	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
18	45360991	.	A	G	195.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:224,15,0
18	45362194	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
18	45363214	.	A	T	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
18	45367484	.	A	G	320.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:349,24,0
18	46087936	.	G	T	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
18	46284587	.	T	C	852.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:881,63,0
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18	47918818	.	A	G	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.000;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:57:57,0,654
18	47919605	.	A	G	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:80,0,37
18	48473753	.	G	A	1243.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.103;ClippingRankSum=-0.578;DP=33;FS=3.144;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.998;QD=26.25;ReadPosRankSum=0.473	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,32:33:54:1272,54,0
18	48480238	.	T	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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18	48723217	.	C	T	482.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:511,36,0
18	50843406	.	G	A	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
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18	51698781	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
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18	56418253	.	G	A	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=11.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:63,0,37
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18	56996942	.	T	C	125.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=-0.639;DP=26;FS=7.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.369;QD=4.84;ReadPosRankSum=0.396	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,6:26:99:154,0,794
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18	59072128	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
18	59072135	.	A	T	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:76:81,0,76
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18	72182037	.	G	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.69;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:72:75,0,72
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18	72186059	.	G	A	126.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:154,12,0
18	72187612	.	C	T	1857.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,43:43:99:1886,129,0
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18	72188251	.	C	T	1227.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,28:28:84:1256,84,0
18	72188252	.	A	G	1227.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,28:28:84:1256,84,0
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18	72914280	.	G	A	360.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=-1.564;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.986;QD=18.99;ReadPosRankSum=1.310	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,12:19:99:389,0,244
18	72998004	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
18	72998526	.	G	A	141.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:169,12,0
18	74611127	.	A	G	143.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:171,12,0
18	74680653	.	T	G	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
18	74680756	.	C	T	133.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:161,12,0
18	74690979	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
18	74691189	.	G	T	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
18	74725069	.	T	C	646.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:675,48,0
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18	74757060	.	T	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
18	74809328	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
18	74844698	.	G	C	137.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.633;ClippingRankSum=-0.429;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.796;QD=9.18;ReadPosRankSum=0.674	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,5:15:99:166,0,403
18	77437805	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
18	77437993	.	A	G	89.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:117,12,0
18	77439001	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
18	77439239	.	G	C	140.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:168,12,0
18	77439258	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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18	77733128	.	C	T	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=18.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:66:120,0,66
18	77733273	.	C	T	38.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=12.93;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:26:67,0,26
18	77736365	.	T	A	44.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:72,6,0
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18	77745640	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
18	77746623	.	T	C	234.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:263,18,0
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19	289547	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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19	290470	.	C	G	185.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:214,15,0
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19	540749	.	T	C	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
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19	579100	.	C	T	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
19	579157	.	T	C	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
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19	633533	.	A	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
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19	804642	.	C	T	2658.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,63:63:99:2687,189,0
19	805398	.	C	T	149.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:178,15,0
19	806673	.	T	C	138.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:166,12,0
19	807075	.	C	G	296.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:325,24,0
19	807442	.	G	C	275.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:304,21,0
19	808586	.	C	G	3403.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,79:79:99:3432,238,0
19	808742	.	G	T	2777.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.577;ClippingRankSum=0.078;DP=67;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.543;QD=27.40;ReadPosRankSum=1.681	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,66:67:99:2806,167,0
19	810494	.	C	T	89.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:117,9,0
19	863388	.	C	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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19	1088285	.	T	C	1996.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,47:47:99:2025,141,0
19	1088318	.	C	T	2138.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.617;ClippingRankSum=-1.675;DP=60;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.520;QD=28.68;ReadPosRankSum=1.501	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,59:60:99:2167,170,0
19	1094004	.	G	A	2351.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,57:57:99:2380,172,0
19	1095336	.	C	T	966.73	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:70:1035,70,0
19	1104078	.	G	A	1326.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,33:33:99:1355,99,0
19	1106615	.	T	C	3768.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,87:87:99:3797,262,0
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19	1119963	.	A	G	1320.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,32:32:96:1349,96,0
19	1121780	.	G	C	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
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19	1127615	.	G	C	2143.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,51:51:99:2172,154,0
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19	1167158	.	A	G	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
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19	1272040	.	T	C	3033.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,72:72:99:3062,223,0
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19	1274601	.	C	T	140.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.33	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:168,12,0
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19	1277275	.	G	C	1648.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,40:40:99:1677,120,0
19	1357082	.	T	C	280.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:309,21,0
19	1357830	.	T	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
19	1360575	.	G	A	493.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:522,39,0
19	1366994	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	1372121	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
19	1372132	.	C	T	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
19	1374429	.	G	A	13.72	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:40,3,0
19	1374450	.	G	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
19	1374584	.	G	T	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
19	1375107	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:90,6,0
19	1375115	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	1375271	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	1376723	.	G	A	515.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:544,39,0
19	1377173	.	A	G	332.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:361,27,0
19	1377364	.	G	A	231.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:260,18,0
19	1389203	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	1392636	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
19	1413078	.	A	G	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
19	1457875	.	G	A	163.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:192,15,0
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19	1458697	.	T	C	32.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=1.067;DP=8;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=4.10;ReadPosRankSum=-1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:61:61,0,244
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19	1461769	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,291
19	1481481	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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19	1535291	.	G	A	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
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19	1556351	.	G	A	190.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=-0.553;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.251;QD=11.22;ReadPosRankSum=0.754	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,6:17:99:219,0,818
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19	1577609	.	T	C	1013.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1042,72,0
19	1586217	.	G	A	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
19	1586274	.	C	T	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
19	1586610	.	T	C	21.80	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=-0.067;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.067;QD=2.42;ReadPosRankSum=1.666	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:50:50,0,257
19	1586624	.	T	C	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,193
19	1587506	.	T	C	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=6.75;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:62:62,0,117
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19	1590429	.	T	C	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=9.15;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:74:74,0,111
19	1600035	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
19	1616644	.	G	A	90.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:118,9,0
19	1622116	.	G	A	1484.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,37:37:99:1513,111,0
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19	1818403	.	A	G	191.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:220,15,0
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19	2226772	.	G	C	1159.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,28:28:84:1188,84,0
19	2232083	.	G	T	219.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:248,18,0
19	2232220	.	A	C	331.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:360,24,0
19	2232221	.	A	G	331.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:360,24,0
19	2232281	.	C	T	370.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:399,27,0
19	2241143	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
19	2242829	.	A	C	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
19	2246403	.	G	A	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
19	2248020	.	G	A	649.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:59:678,59,0
19	2248152	.	T	C	947.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:976,72,0
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19	2327421	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.39	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,2:2:30:81,0,30
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19	2341060	.	T	C	137.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:165,12,0
19	2341577	.	G	A	619.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:648,48,0
19	2343142	.	G	A	264.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:293,21,0
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19	2420674	.	T	C	140.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:168,12,0
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19	2423277	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	2423279	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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19	2814181	.	C	T	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
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19	2836477	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	2836483	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	2836660	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	2853566	.	A	G	267.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:296,21,0
19	2856491	.	C	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
19	2861859	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
19	2863952	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
19	2864175	.	C	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
19	2879973	.	A	G	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=9.44;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:66:66,0,73
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19	2917612	.	T	C	319.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:348,27,0
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19	3104629	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
19	3105577	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
19	3118064	.	C	T	88.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:116,9,0
19	3118638	.	C	T	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
19	3121289	.	G	A	801.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:830,66,0
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19	3123945	.	T	C	276.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:305,21,0
19	3124849	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
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19	3150238	.	A	G	581.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:610,45,0
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19	3208827	.	A	G	1145.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1174,81,0
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19	3466307	.	A	G	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=-0.938;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.660;QD=3.38;ReadPosRankSum=-0.505	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,3:15:79:79,0,464
19	3467024	.	G	A	494.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:523,36,0
19	3469002	.	T	C	137.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:165,12,0
19	3539444	.	T	G	436.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:465,33,0
19	3540255	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=7.29;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,154
19	3540270	.	T	C	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=-0.198;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.495;QD=5.10;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,298
19	3540271	.	T	C	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-0.922;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=5.10;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,298
19	3540316	.	T	C	30.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.067;DP=9;FS=6.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=3.42;ReadPosRankSum=0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:59:59,0,277
19	3540352	.	T	C	18.82	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=3.14;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:47:47,0,145
19	3541627	.	T	C	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=5.68;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:68:68,0,182
19	3542753	.	T	C	16.86	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.532;ClippingRankSum=-0.354;DP=11;FS=7.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.354;QD=1.53;ReadPosRankSum=0.354	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:45:45,0,323
19	3611428	.	C	T	348.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:377,27,0
19	3611765	.	A	G	265.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:294,21,0
19	3612914	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
19	3614538	.	C	T	592.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:621,42,0
19	3615434	.	G	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
19	3615465	.	A	G	47.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
19	3618067	.	C	G	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
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19	3964252	.	C	T	589.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=0.174;DP=45;FS=6.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.263;QD=13.11;ReadPosRankSum=0.359	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:27,18:45:99:618,0,1021
19	3965755	.	T	C	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=9.44;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:66:66,0,69
19	3965801	.	T	C	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=17.15;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:70:114,0,70
19	3967983	.	A	T	33.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:61,6,0
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19	3980367	.	G	T	183.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:212,15,0
19	3980945	.	G	A	3610.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,83:83:99:3639,250,0
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19	4442999	.	T	G	474.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:503,36,0
19	4443046	.	T	C	444.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:473,33,0
19	4445073	.	A	G	809.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:838,57,0
19	4445156	.	A	G	1149.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,28:28:84:1178,84,0
19	4446995	.	C	T	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
19	4449808	.	G	A	70.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:98,9,0
19	4451560	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	4457650	.	C	T	924.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:953,66,0
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19	4653370	.	C	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
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19	5903936	.	T	C	74.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:102,9,0
19	5909721	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=13.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:69,0,37
19	5909780	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:86,6,0
19	5909783	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
19	5910934	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
19	5912840	.	A	G	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=9.19;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:54:65,0,54
19	6211876	.	C	T	975.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1004,78,0
19	6212282	.	T	G	775.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:804,57,0
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19	6214295	.	C	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
19	6214725	.	T	C	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
19	6223295	.	C	T	46.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
19	6414451	.	G	A	1806.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,43:43:99:1835,129,0
19	6414646	.	A	G	1341.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,33:33:99:1370,99,0
19	6415443	.	T	C	1744.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,42:42:99:1773,126,0
19	6433629	.	G	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
19	6454621	.	G	A	992.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:80:1021,80,0
19	6454651	.	T	C	1045.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1074,75,0
19	6468331	.	T	C	678.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:707,51,0
19	6469053	.	T	G	445.73	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:43:619,43,0
19	6535080	.	T	C	262.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:291,21,0
19	6535498	.	T	C	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
19	6608135	.	T	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
19	6702157	.	C	G	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
19	6731057	.	T	C	268.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=-0.759;DP=46;FS=1.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.132;QD=5.84;ReadPosRankSum=0.280	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:36,10:46:99:297,0,1396
19	6737509	.	G	A	40.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.744;ClippingRankSum=-1.338;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.041;QD=1.77;ReadPosRankSum=1.582	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,4:23:69:69,0,720
19	6745105	.	T	C	142.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;ClippingRankSum=0.533;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.133;QD=10.20;ReadPosRankSum=-1.333	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,5:14:99:171,0,356
19	6745138	.	G	A	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=-0.673;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=0.942	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,3:16:66:66,0,503
19	6763718	.	A	G	152.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=0.742;DP=42;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.506;QD=3.64;ReadPosRankSum=0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:35,7:42:99:181,0,1383
19	7076418	.	C	A	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=16.35;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:67:110,0,67
19	7083761	.	A	G	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.44;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:118,0,34
19	7084083	.	G	C	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
19	7084307	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:32:78,0,32
19	7085983	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
19	7092380	.	C	T	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
19	7112593	.	G	A	133.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:161,12,0
19	7115057	.	C	T	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
19	7116283	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	7116963	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
19	7163140	.	T	G	140.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:168,12,0
19	7163154	.	G	A	135.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:163,12,0
19	7166388	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	7184518	.	G	A	227.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:256,18,0
19	7293898	.	G	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
19	7486109	.	G	A	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
19	7524846	.	C	T	682.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=-0.796;DP=18;FS=14.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.609;QD=31.59;ReadPosRankSum=0.515	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,12:18:99:711,0,427
19	7524855	.	C	T	682.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.945;ClippingRankSum=0.105;DP=23;FS=7.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.945;QD=29.69;ReadPosRankSum=-0.385	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,17:23:99:711,0,427
19	7528734	.	A	G	809.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:838,60,0
19	7532252	.	G	C	301.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=-0.118;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.296;QD=27.43;ReadPosRankSum=-0.118	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,9:11:47:330,0,47
19	7533767	.	T	G	404.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:433,30,0
19	7533850	.	A	G	556.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:585,45,0
19	7535249	.	C	A	460.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.095;ClippingRankSum=0.736;DP=17;FS=2.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.661;QD=27.10;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,13:17:99:489,0,126
19	7542118	.	G	A	126.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=21.13;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:63:155,0,63
19	7543113	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:81,0,36
19	7547074	.	A	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
19	7550844	.	G	A	192.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:221,15,0
19	7553852	.	C	T	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=-0.248;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=8.42;ReadPosRankSum=0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:104,0,232
19	7605566	.	C	T	571.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=-1.118;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.671;QD=33.63;ReadPosRankSum=1.118	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,15:17:34:600,0,34
19	7622831	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	7622835	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	7686077	.	C	T	96.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.635;ClippingRankSum=0.924;DP=24;FS=1.815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.569;QD=4.03;ReadPosRankSum=-1.208	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,5:24:99:125,0,748
19	7692239	.	G	A	46.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.423;ClippingRankSum=0.921;DP=27;FS=2.182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.058;QD=1.73;ReadPosRankSum=-1.058	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,4:27:75:75,0,919
19	7693231	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
19	7694662	.	T	C	237.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:266,18,0
19	7701666	.	C	A	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
19	7710210	.	A	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
19	7710603	.	C	G	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
19	7710854	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
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19	8323911	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	8323919	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	8326067	.	C	T	190.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:219,15,0
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19	8326999	.	C	T	295.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.286;ClippingRankSum=0.429;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.164;QD=19.72;ReadPosRankSum=1.408	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,10:15:99:324,0,156
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19	8483308	.	C	T	141.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:169,12,0
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19	8503574	.	A	G	887.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:916,63,0
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19	8550107	.	G	C	181.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:210,15,0
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19	8553630	.	C	T	2181.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,54:54:99:2210,163,0
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19	8920984	.	T	C	758.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:787,54,0
19	8921033	.	C	T	821.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:850,63,0
19	8921486	.	T	C	571.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:600,42,0
19	8932388	.	G	A	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
19	8934829	.	T	C	331.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:360,24,0
19	8934831	.	G	A	331.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:360,24,0
19	8934907	.	C	T	615.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:644,45,0
19	8942045	.	C	T	347.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:376,30,0
19	8961981	.	C	G	818.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:847,63,0
19	8984511	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
19	8989274	.	C	T	44.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:72,6,0
19	8993443	.	C	T	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=-0.573;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.203;QD=8.53;ReadPosRankSum=0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:105,0,858
19	8993449	.	C	G	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.248;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=8.53;ReadPosRankSum=1.203	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:105,0,858
19	8993450	.	A	C	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.248;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.573;QD=8.53;ReadPosRankSum=1.683	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:105,0,858
19	8993452	.	A	G	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.248;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=8.53;ReadPosRankSum=1.683	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:105,0,858
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19	9003608	.	G	A	19.81	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=-1.611;DP=12;FS=3.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.611;QD=1.65;ReadPosRankSum=1.182	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:48:48,0,926
19	9003615	.	C	T	112.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.237;ClippingRankSum=-2.546;DP=13;FS=11.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.849;QD=8.67;ReadPosRankSum=2.237	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,4:13:99:141,0,595
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19	9005719	.	A	G	421.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:450,33,0
19	9006657	.	A	C	11.12	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=1.678;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.099;QD=0.86;ReadPosRankSum=0.691	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:39:39,0,991
19	9006667	.	A	G	11.12	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=2.143;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.397;QD=0.69;ReadPosRankSum=-1.667	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,2:16:39:39,0,991
19	9011419	.	G	C	159.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.749;ClippingRankSum=1.031;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.532;QD=14.52;ReadPosRankSum=-0.387	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,5:11:99:188,0,210
19	9011433	.	T	G	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=-0.354;DP=11;FS=7.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.768;QD=2.62;ReadPosRankSum=-1.061	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:57:57,0,620
19	9011434	.	G	A	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.768;ClippingRankSum=-0.589;DP=11;FS=7.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.589;QD=2.62;ReadPosRankSum=-1.768	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:57:57,0,620
19	9016675	.	G	C	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.221;QD=9.60;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:105,0,354
19	9016678	.	A	G	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.054;ClippingRankSum=1.422;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.001;QD=8.53;ReadPosRankSum=0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:105,0,354
19	9018476	.	G	A	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=-1.733;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.271;QD=3.18;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:60:60,0,534
19	9018479	.	G	T	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=-1.666;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=3.53;ReadPosRankSum=-0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:60:60,0,534
19	9018508	.	T	G	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=-1.614;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.942;QD=2.80;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,3:16:73:73,0,507
19	9021141	.	G	A	80.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.300;QD=11.54;ReadPosRankSum=-0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:109,0,153
19	9021161	.	C	T	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=-1.214;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=7.08;ReadPosRankSum=1.214	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:99,0,840
19	9021164	.	G	A	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=-1.580;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.546;QD=7.08;ReadPosRankSum=0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:99,0,840
19	9021172	.	C	A	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.666;ClippingRankSum=-1.666;DP=9;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=7.86;ReadPosRankSum=-1.666	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:99:99,0,840
19	9024473	.	A	G	16.86	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.678;ClippingRankSum=-0.296;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.888;QD=1.30;ReadPosRankSum=-0.691	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:45:45,0,904
19	9024481	.	C	T	16.86	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=-0.594;DP=15;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.594;QD=1.12;ReadPosRankSum=1.444	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,2:15:45:45,0,904
19	9033661	.	C	A	26.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=-0.898;DP=10;FS=11.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=2.68;ReadPosRankSum=1.733	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:55:55,0,310
19	9033676	.	G	A	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=-0.762;DP=9;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=3.75;ReadPosRankSum=-0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:62:62,0,279
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19	9059808	.	A	G	185.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:214,15,0
19	9060059	.	A	C	119.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=23.95;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:28:148,0,28
19	9060085	.	C	T	20.80	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.762;DP=9;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=2.31;ReadPosRankSum=0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:49:49,0,266
19	9060125	.	G	A	273.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:302,24,0
19	9060541	.	C	T	64.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.930;ClippingRankSum=-0.761;DP=13;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.592;QD=4.98;ReadPosRankSum=0.761	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,3:13:93:93,0,365
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19	9060812	.	T	C	357.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:386,27,0
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19	9070837	.	G	A	230.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:259,18,0
19	9071562	.	C	T	98.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=19.75;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:30:127,0,30
19	9071763	.	T	A	188.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:217,15,0
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19	9074265	.	G	A	141.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:169,12,0
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19	9086123	.	A	C	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
19	9090531	.	T	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
19	9096252	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
19	9096304	.	T	C	191.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:220,15,0
19	9129592	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	9275436	.	T	C	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
19	9443740	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
19	9443759	.	A	G	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:37:39,0,37
19	9443776	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
19	9554230	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	9671231	.	G	A	727.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:756,51,0
19	9671279	.	C	A	660.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:689,48,0
19	9672127	.	A	T	519.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:548,39,0
19	9672415	.	G	C	542.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:571,39,0
19	9672507	.	G	C	633.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:662,45,0
19	9673107	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=1.748;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.087;QD=2.64;ReadPosRankSum=-1.748	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,4:20:81:81,0,637
19	9673395	.	G	A	13.95	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.369;ClippingRankSum=0.456;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.822;QD=1.00;ReadPosRankSum=-0.822	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:42:42,0,493
19	9673672	.	T	C	17.84	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.639;DP=14;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.456;QD=1.27;ReadPosRankSum=-1.004	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:46:46,0,488
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19	9678535	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
19	9695008	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
19	9718587	.	T	C	193.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:222,18,0
19	9719628	.	C	T	524.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:553,39,0
19	9721401	.	A	T	683.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:712,48,0
19	9731850	.	A	G	166.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.362;ClippingRankSum=1.440;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.662;QD=7.58;ReadPosRankSum=-0.272	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,6:21:99:195,0,544
19	9761462	.	T	C	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=-0.898;DP=10;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.898;QD=3.18;ReadPosRankSum=1.271	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:60:60,0,305
19	9922223	.	G	A	221.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=-1.664;DP=20;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.158;QD=11.09;ReadPosRankSum=1.743	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,7:20:99:250,0,485
19	9951170	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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19	10218534	.	A	C	812.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=0;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=0.00;MQ0=0	GT:GQ:PL	1/1:59:841,59,0
19	10218536	.	A	T	812.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=0;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=0.00;MQ0=0	GT:GQ:PL	1/1:59:841,59,0
19	10218538	.	G	A	812.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=0;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=0.00;MQ0=0	GT:GQ:PL	1/1:59:841,59,0
19	10218539	.	G	T	812.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=0;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=0.00;MQ0=0	GT:GQ:PL	1/1:59:841,59,0
19	10221151	.	C	G	184.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:213,15,0
19	10222195	.	A	G	631.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:660,45,0
19	10222558	.	G	T	133.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:161,12,0
19	10222835	.	T	A	471.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.591;DP=18;FS=2.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.479;QD=26.21;ReadPosRankSum=-0.591	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,13:18:99:500,0,162
19	10222862	.	G	A	168.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=-0.428;DP=21;FS=1.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.662;QD=8.04;ReadPosRankSum=1.752	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,6:21:99:197,0,575
19	10223296	.	G	A	212.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=-0.317;DP=20;FS=4.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.317;QD=10.64;ReadPosRankSum=0.158	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,7:20:99:241,0,472
19	10223427	.	A	G	279.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.382;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=25.43;ReadPosRankSum=-0.382	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,8:11:88:308,0,88
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19	10227124	.	A	G	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=-1.271;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.898;QD=3.18;ReadPosRankSum=0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:60:60,0,299
19	10227149	.	C	T	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=-0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=4.82;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:62:62,0,196
19	10265312	.	T	C	1231.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1260,90,0
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19	10275231	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
19	10332988	.	C	T	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,108
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19	10490402	.	A	G	65.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.675;ClippingRankSum=0.107;DP=26;FS=4.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.178;QD=2.53;ReadPosRankSum=0.107	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,4:26:94:94,0,881
19	10506101	.	C	T	215.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.317;ClippingRankSum=0.827;DP=24;FS=3.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.398;QD=8.99;ReadPosRankSum=-0.031	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,8:24:99:244,0,606
19	10625067	.	A	C	188.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:217,15,0
19	10664632	.	A	G	329.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=-0.740;DP=12;FS=6.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.925;QD=27.48;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,9:12:83:358,0,83
19	10670184	.	C	G	434.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=-0.267;DP=22;FS=7.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.868;QD=19.76;ReadPosRankSum=0.534	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,13:22:99:463,0,319
19	10672493	.	C	T	146.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.761;DP=26;FS=4.374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.213;QD=5.64;ReadPosRankSum=-0.396	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,6:26:99:175,0,792
19	10676423	.	G	A	851.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:880,60,0
19	10679240	.	C	G	287.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:316,24,0
19	10683477	.	A	G	890.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:919,63,0
19	10691103	.	T	C	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
19	10738639	.	C	T	2571.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,60:60:99:2600,181,0
19	10742170	.	A	G	3045.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,70:70:99:3074,211,0
19	10750738	.	T	G	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
19	10754400	.	A	G	2959.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,69:69:99:2988,208,0
19	10754905	.	G	T	2471.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,57:57:99:2500,172,0
19	10755103	.	T	C	2163.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,52:52:99:2192,156,0
19	10764203	.	G	T	570.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:599,48,0
19	10793749	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
19	10794630	.	G	T	2753.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,64:64:99:2782,193,0
19	10794793	.	C	T	136.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:164,12,0
19	10795774	.	T	G	158.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.766;ClippingRankSum=2.436;DP=19;FS=24.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.454;QD=8.36;ReadPosRankSum=-2.518	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,8:19:99:187,0,388
19	10797763	.	C	T	133.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=22.29;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:70:162,0,70
19	10801185	.	G	A	1329.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,31:31:93:1358,93,0
19	10802792	.	A	G	1357.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,32:32:96:1386,96,0
19	10923032	.	G	A	581.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.591;ClippingRankSum=0.276;DP=64;FS=2.355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.307;QD=9.09;ReadPosRankSum=1.755	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:46,18:64:99:610,0,1773
19	10933129	.	A	G	50.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.93;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:24:79,0,24
19	10935797	.	T	G	34.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.661;ClippingRankSum=1.897;DP=48;FS=50.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.766;QD=0.72;ReadPosRankSum=-1.872	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:36,11:47:63:63,0,1274
19	11029314	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.69;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:75:75,0,78
19	11033147	.	G	C	98.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=-0.674;DP=15;FS=26.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.796;QD=6.58;ReadPosRankSum=0.551	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,5:15:99:127,0,315
19	11105608	.	T	C	148.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=-0.012;DP=55;FS=8.841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.015;QD=2.70;ReadPosRankSum=-0.084	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:47,8:55:99:177,0,1859
19	11146338	.	T	C	38.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:67:67,0,108
19	11147615	.	G	A	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:78,0,35
19	11170839	.	T	C	282.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.954;ClippingRankSum=-2.204;DP=53;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.129;QD=5.34;ReadPosRankSum=2.094	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:42,11:53:99:311,0,1629
19	11224265	.	A	G	303.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.180;DP=49;FS=2.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.018;QD=6.20;ReadPosRankSum=-0.252	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:38,11:49:99:332,0,1478
19	11226800	.	C	T	861.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.546;ClippingRankSum=-1.224;DP=53;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.313;QD=16.26;ReadPosRankSum=2.385	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:29,24:53:99:890,0,1073
19	11233941	.	A	G	419.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.931;ClippingRankSum=-0.644;DP=51;FS=4.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.369;QD=8.23;ReadPosRankSum=0.623	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:37,14:51:99:448,0,1327
19	11256689	.	T	C	22.79	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=-0.198;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.495;QD=3.26;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:51:51,0,198
19	11256982	.	G	A	314.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:343,24,0
19	11257237	.	G	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
19	11257502	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,384
19	11257508	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,384
19	11257509	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,384
19	11275139	.	A	C	181.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=-1.096;DP=19;FS=4.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.359;QD=9.57;ReadPosRankSum=1.359	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,6:19:99:210,0,506
19	11275842	.	G	A	13.95	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.143;ClippingRankSum=0.397;DP=16;FS=3.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.191;QD=0.87;ReadPosRankSum=0.238	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,2:16:42:42,0,556
19	11276254	.	C	T	22.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=-0.888;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.086;QD=1.75;ReadPosRankSum=0.888	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:51:51,0,418
19	11276744	.	G	A	58.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=-2.024;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.311;QD=4.20;ReadPosRankSum=1.868	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,3:14:87:87,0,420
19	11277232	.	G	A	201.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=-0.079;DP=20;FS=1.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.189;QD=10.09;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,7:20:99:230,0,491
19	11306265	.	G	A	66.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.422;ClippingRankSum=-0.573;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=7.42;ReadPosRankSum=0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:95:95,0,233
19	11317482	.	G	A	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
19	11319491	.	G	A	439.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=-1.371;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.650;QD=29.32;ReadPosRankSum=0.361	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,12:15:84:468,0,84
19	11324965	.	C	T	242.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=-0.696;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.381;QD=18.67;ReadPosRankSum=-1.256	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,8:13:99:271,0,179
19	11326119	.	A	G	566.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.436;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.349;QD=28.34;ReadPosRankSum=-0.611	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,15:20:99:595,0,409
19	11326125	.	C	T	566.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=-0.380;DP=16;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.573;QD=32.53;ReadPosRankSum=0.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,10:16:99:595,0,409
19	11327608	.	T	C	271.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.209;DP=15;FS=8.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.220;QD=18.12;ReadPosRankSum=-0.872	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,8:15:99:300,0,251
19	11327626	.	A	G	270.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=-2.556;DP=15;FS=13.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.340;QD=18.05;ReadPosRankSum=1.682	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,8:15:99:299,0,248
19	11356377	.	G	A	152.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=1.381;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.524;QD=11.75;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,5:13:99:181,0,307
19	11358799	.	G	A	565.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:594,42,0
19	11473415	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
19	11560427	.	A	G	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.300;ClippingRankSum=0.000;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=10.11;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:99,0,156
19	11560716	.	A	G	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=5.63;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:62:62,0,161
19	11560866	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
19	11561032	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
19	11561101	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,85
19	11561102	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,85
19	11561241	.	A	G	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
19	11561299	.	A	T	38.73	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=5.53;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:130,0,117
19	11561383	.	A	G	10.20	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.552;ClippingRankSum=-1.734;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.456;QD=0.73;ReadPosRankSum=0.091	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:38:38,0,466
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19	11708361	.	C	T	14.91	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.283;ClippingRankSum=1.086;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.086;QD=1.15;ReadPosRankSum=-1.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:43:43,0,431
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19	11729705	.	A	G	109.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.333;ClippingRankSum=-0.071;DP=14;FS=2.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.061;QD=7.84;ReadPosRankSum=0.071	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,4:14:99:138,0,381
19	11766722	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	11891003	.	G	A	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
19	11943697	.	G	A	255.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:284,21,0
19	11945216	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
19	12038861	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
19	12132168	.	T	C	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
19	12189707	.	T	C	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
19	12190239	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,162
19	12190240	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,162
19	12253327	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
19	12256912	.	C	T	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
19	12384580	.	T	C	209.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=29.97;ReadPosRankSum=-0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:24:238,0,24
19	12405552	.	T	C	275.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:304,21,0
19	12537025	.	T	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
19	12541214	.	G	T	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
19	12541795	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	12542355	.	A	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
19	12542653	.	T	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
19	12542654	.	T	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
19	12551789	.	A	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
19	12689741	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	12741432	.	T	A	249.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=-1.179;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=27.75;ReadPosRankSum=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:55:278,0,55
19	12744132	.	G	A	171.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=28.63;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:24:200,0,24
19	12767448	.	C	T	1128.56	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.150;ClippingRankSum=1.169;DP=33;FS=6.435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.264;QD=34.20;ReadPosRankSum=-1.396	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:2,31:33:7:1156,7,0
19	12768948	.	T	C	453.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=1.774;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.253;QD=19.73;ReadPosRankSum=0.978	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,13:21:99:482,0,259
19	12780204	.	T	C	425.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=-0.185;DP=38;FS=2.255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.431;QD=11.20;ReadPosRankSum=0.215	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,13:38:99:454,0,967
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19	12811379	.	T	C	114.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=-1.627;DP=26;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.586;QD=4.41;ReadPosRankSum=1.171	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,5:26:99:143,0,815
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19	12911340	.	A	G	179.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:208,15,0
19	12917472	.	T	C	386.73	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=-1.371;DP=17;FS=3.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.718;QD=22.75;ReadPosRankSum=0.326	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,11:16:99:424,0,141
19	13005306	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
19	13010643	.	G	T	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=-0.956;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.322;QD=10.35;ReadPosRankSum=0.684	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:111,0,188
19	13054781	.	G	T	1210.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.381;ClippingRankSum=1.540;DP=47;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.335;QD=25.76;ReadPosRankSum=-1.677	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,32:47:99:1239,0,515
19	13062829	.	T	C	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
19	13207778	.	C	A	26.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.221;QD=3.35;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:55:55,0,102
19	13208737	.	A	T	380.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:409,30,0
19	13248856	.	T	C	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=4.47;ReadPosRankSum=-0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:64:64,0,217
19	13249244	.	A	G	1239.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=-0.872;DP=54;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.339;QD=22.96;ReadPosRankSum=0.817	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,36:54:99:1268,0,580
19	13250340	.	T	A	1306.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.009;ClippingRankSum=-1.700;DP=50;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.283;QD=26.14;ReadPosRankSum=1.442	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,35:46:99:1335,0,312
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19	13871236	.	G	A	224.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:253,18,0
19	13871554	.	T	C	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:68:68,0,159
19	13872049	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
19	13872240	.	G	A	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=4.54;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:60:60,0,191
19	13879344	.	G	A	16.86	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.396;ClippingRankSum=-0.322;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.752;QD=1.40;ReadPosRankSum=-0.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:45:45,0,401
19	13883099	.	A	G	1199.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.226;ClippingRankSum=-0.421;DP=39;FS=1.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.336;QD=30.76;ReadPosRankSum=0.787	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,32:39:99:1228,0,154
19	13883381	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	13883431	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,78
19	13883855	.	A	G	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.589;QD=8.85;ReadPosRankSum=1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:99:99,0,224
19	13883892	.	A	G	411.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.340;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.340;QD=25.74;ReadPosRankSum=0.680	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,11:16:99:440,0,163
19	13883902	.	A	G	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=-1.614;DP=16;FS=2.933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.673;QD=3.17;ReadPosRankSum=2.018	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,3:16:79:79,0,682
19	13883923	.	A	G	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.898;DP=10;FS=2.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=3.18;ReadPosRankSum=-0.898	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:60:60,0,578
19	13883927	.	A	G	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=1.179;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.179;QD=3.53;ReadPosRankSum=-1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:60:60,0,578
19	13884074	.	A	G	74.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=0.406;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=10.68;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:103,0,555
19	13884082	.	A	G	74.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=-0.762;DP=9;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.179;QD=8.31;ReadPosRankSum=1.666	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:99:103,0,555
19	13884083	.	A	G	254.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.054;ClippingRankSum=-0.573;DP=9;FS=6.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.573;QD=28.31;ReadPosRankSum=0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:99:283,0,182
19	13884084	.	A	G	254.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=-0.573;DP=9;FS=6.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=28.31;ReadPosRankSum=0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:99:283,0,182
19	13884096	.	A	G	158.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=-0.322;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.684;QD=19.85;ReadPosRankSum=0.956	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:97:187,0,97
19	13884190	.	A	G	16.86	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=-1.736;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=1.20;ReadPosRankSum=0.992	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,1:14:45:45,0,871
19	13884199	.	A	G	16.86	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.479;ClippingRankSum=1.849;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.370;QD=1.40;ReadPosRankSum=-0.740	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,3:12:45:45,0,871
19	13884259	.	A	G	259.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=-2.165;DP=17;FS=4.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.107;QD=15.28;ReadPosRankSum=-0.241	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,8:17:99:288,0,329
19	13884339	.	A	G	92.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=-0.159;DP=18;FS=2.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.690;QD=5.15;ReadPosRankSum=-0.053	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,4:18:99:121,0,598
19	13884346	.	A	G	546.31	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.488;ClippingRankSum=-0.248;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.488;QD=30.54;ReadPosRankSum=-1.240	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,13:14:1:572,0,1
19	13884408	.	A	G	318.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=0.133;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.800;QD=22.77;ReadPosRankSum=0.533	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,9:14:99:347,0,213
19	13884418	.	A	G	514.31	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.423;ClippingRankSum=-1.739;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.739;QD=29.91;ReadPosRankSum=-1.423	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,10:11:1:540,0,1
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19	13884422	.	A	G	16.86	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=-0.099;DP=13;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=1.30;ReadPosRankSum=0.888	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:45:45,0,701
19	13884515	.	A	G	56.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.300;ClippingRankSum=0.000;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=8.11;ReadPosRankSum=1.754	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:85:85,0,139
19	13884611	.	A	G	142.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=-0.696;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.817;QD=10.98;ReadPosRankSum=0.212	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,5:13:99:171,0,311
19	13884669	.	A	G	358.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=-1.775;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.099;QD=27.60;ReadPosRankSum=1.099	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,10:13:86:387,0,86
19	13946886	.	T	C	748.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:777,54,0
19	13948354	.	A	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
19	14000400	.	A	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
19	14000870	.	C	T	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:77,0,37
19	14030689	.	T	C	603.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=-0.699;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.064;QD=25.16;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,17:24:99:632,0,151
19	14038102	.	G	A	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:81,0,33
19	14069083	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
19	14072734	.	G	A	233.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:262,18,0
19	14142616	.	C	G	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
19	14182084	.	A	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
19	14185226	.	T	C	256.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:285,21,0
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19	14512489	.	G	A	539.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.477;DP=24;FS=1.973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.716;QD=22.49;ReadPosRankSum=-0.119	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,15:24:99:568,0,315
19	14520829	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
19	14561722	.	A	G	1803.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,44:44:99:1832,132,0
19	14582468	.	G	A	1605.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=-0.778;DP=51;FS=1.460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.309;QD=31.49;ReadPosRankSum=1.001	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,42:51:99:1634,0,226
19	14590236	.	C	T	1652.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=-0.931;DP=72;FS=8.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.500;QD=22.96;ReadPosRankSum=0.803	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:27,45:72:99:1681,0,933
19	14591994	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
19	14592194	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:81:81,0,82
19	14592196	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:81:81,0,82
19	14593150	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:81,0,36
19	14593341	.	G	A	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
19	14594025	.	C	T	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=22.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:118,0,34
19	14594075	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:78,0,37
19	14594138	.	T	C	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
19	14594194	.	A	G	128.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=21.46;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:65:157,0,65
19	14594254	.	T	C	32.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=4.10;ReadPosRankSum=-1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:61:61,0,240
19	14595780	.	T	C	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=5.68;ReadPosRankSum=-0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:68:68,0,189
19	14596133	.	T	C	24.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.898;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.480;QD=2.48;ReadPosRankSum=-0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:53:53,0,299
19	14596171	.	A	T	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=1.754;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:102,0,151
19	14597095	.	G	A	11.12	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=-0.594;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.934;QD=0.74;ReadPosRankSum=0.594	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,2:15:39:39,0,491
19	14598692	.	T	C	63.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.731;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=6.38;ReadPosRankSum=-1.214	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:92:92,0,257
19	14598752	.	T	C	66.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=-1.106;DP=11;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.377;QD=6.07;ReadPosRankSum=0.978	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:95:95,0,319
19	14599060	.	T	C	12.99	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.238;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.079;QD=0.81;ReadPosRankSum=-0.556	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,2:16:41:41,0,554
19	14599071	.	T	C	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.733;ClippingRankSum=-0.480;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:60:60,0,487
19	14599076	.	T	C	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=1.380;DP=6;FS=11.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=5.79;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:63:63,0,495
19	14599080	.	T	C	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=1.589;DP=8;FS=14.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=-1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:63:63,0,495
19	14599151	.	T	C	78.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.684;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.684;QD=9.85;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:107,0,192
19	14599918	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=0.566;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.566;QD=3.98;ReadPosRankSum=1.377	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:72:72,0,335
19	14600021	.	T	C	38.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=7.75;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:67:67,0,106
19	14601134	.	T	C	54.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.731;DP=10;FS=3.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=5.48;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:83:83,0,265
19	14601437	.	T	C	38.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:67:67,0,194
19	14601455	.	C	T	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:74,0,34
19	14601848	.	A	G	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=16.95;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:69:113,0,69
19	14603849	.	G	T	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.94;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:69:72,0,69
19	14627050	.	G	A	310.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:339,24,0
19	14628524	.	C	T	20.80	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:49:49,0,215
19	14629150	.	G	A	1861.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,45:45:99:1890,135,0
19	14634964	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
19	14680495	.	A	C	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=16.75;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:61:112,0,61
19	14681494	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.69;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:75:75,0,75
19	14681918	.	T	C	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=7.94;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:60:60,0,64
19	14681932	.	T	C	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.94;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:31:116,0,31
19	14682804	.	G	C	933.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.475;ClippingRankSum=0.690;DP=41;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.961;QD=22.77;ReadPosRankSum=-0.934	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,26:41:99:962,0,542
19	14811377	.	T	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
19	14822337	.	A	G	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:76,0,36
19	14822559	.	T	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
19	14827827	.	A	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
19	14830568	.	G	T	112.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:140,12,0
19	14846897	.	T	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
19	14887656	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
19	15062110	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	15062111	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	15062115	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	15167660	.	A	G	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.19;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:73:73,0,79
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19	15455404	.	A	G	46.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
19	15464920	.	G	C	398.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:427,30,0
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19	15508362	.	G	C	1771.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,42:42:99:1800,126,0
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19	15512844	.	A	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
19	15512931	.	G	A	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
19	15533821	.	A	G	1405.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.33	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,34:34:99:1434,102,0
19	15539439	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
19	15695427	.	G	T	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
19	15695617	.	T	C	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
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19	15762603	.	T	C	29.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=5.95;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:58:58,0,121
19	15763248	.	A	T	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
19	15763270	.	C	G	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
19	15763721	.	G	A	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=10.94;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:72:72,0,72
19	15770752	.	G	A	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=13.96;ReadPosRankSum=-0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:112,0,114
19	15771250	.	T	G	115.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.929;DP=12;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.536;QD=9.65;ReadPosRankSum=-1.134	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,4:12:99:144,0,987
19	15771253	.	G	C	115.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.929;DP=12;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.600;QD=9.65;ReadPosRankSum=-0.929	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,4:12:99:144,0,987
19	15771257	.	T	C	115.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=1.134;DP=12;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.134;QD=9.65;ReadPosRankSum=-1.468	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,4:12:99:144,0,987
19	15771952	.	A	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:9:132,9,0
19	15771961	.	A	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
19	15771978	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	15772233	.	T	G	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=-0.988;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.988;QD=13.79;ReadPosRankSum=0.988	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:111,0,105
19	15772377	.	T	A	149.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=-1.159;DP=9;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.652;QD=16.64;ReadPosRankSum=1.307	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:178,0,151
19	15772414	.	G	A	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.94;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:73:76,0,73
19	15772499	.	T	A	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=4.47;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:64:64,0,216
19	15772521	.	T	C	132.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=26.56;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:27:161,0,27
19	15772716	.	T	C	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=17.55;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:99:116,0,142
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19	15807884	.	A	G	185.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:214,15,0
19	15940226	.	G	C	134.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=26.95;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:163,0,31
19	15942920	.	C	T	183.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:212,15,0
19	15945614	.	T	A	2391.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,56:56:99:2420,169,0
19	15946629	.	C	T	581.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.927;ClippingRankSum=0.302;DP=28;FS=3.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.137;QD=20.78;ReadPosRankSum=-0.209	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,16:28:99:610,0,444
19	15948386	.	T	C	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
19	15948413	.	A	G	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=10.35;ReadPosRankSum=1.920	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:111,0,192
19	15948546	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
19	15948907	.	A	G	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.94;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:116,0,33
19	15948926	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-0.198;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=5.10;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,235
19	15948932	.	A	G	213.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.922;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=26.72;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:29:242,0,29
19	15948942	.	A	G	69.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=-0.361;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.361	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:98:98,0,201
19	15948966	.	A	G	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=6.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:60:60,0,112
19	15949003	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:78:78,0,112
19	15949006	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,112
19	15949030	.	T	C	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
19	15949037	.	A	G	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:74:74,0,76
19	15949132	.	A	G	93.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:26:122,0,26
19	15949158	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
19	15949161	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
19	15950409	.	T	C	157.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:186,15,0
19	15950434	.	C	T	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
19	16019408	.	C	A	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
19	16020376	.	C	T	194.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:223,15,0
19	16020530	.	G	A	141.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:169,12,0
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19	16024538	.	A	G	467.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.412;ClippingRankSum=-0.978;DP=21;FS=1.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.833;QD=22.27;ReadPosRankSum=1.050	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,13:21:99:496,0,234
19	16024662	.	G	C	782.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:811,57,0
19	16025176	.	C	T	674.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=1.082;DP=28;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.541;QD=24.10;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,19:28:99:703,0,318
19	16033379	.	G	T	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:80,0,33
19	16034714	.	A	G	746.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:775,54,0
19	16037252	.	T	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
19	16037253	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
19	16037359	.	A	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
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19	16039473	.	A	C	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
19	16039632	.	A	G	96.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:124,9,0
19	16039996	.	C	T	129.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=-0.937;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=18.54;ReadPosRankSum=0.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:158,0,103
19	16040292	.	A	G	624.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.334;DP=24;FS=22.283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.889;QD=26.03;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,17:24:99:653,0,218
19	16045141	.	T	C	523.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:552,39,0
19	16045491	.	G	C	224.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:253,18,0
19	16184506	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	16187854	.	G	A	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
19	16189243	.	A	T	17.84	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=-0.752;DP=12;FS=2.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.967;QD=1.49;ReadPosRankSum=-0.107	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:46:46,0,404
19	16189320	.	A	G	148.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.103;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.470;QD=14.88;ReadPosRankSum=0.103	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:177,0,183
19	16190215	.	G	T	108.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.929;ClippingRankSum=-0.289;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.239;QD=9.06;ReadPosRankSum=0.536	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,4:12:99:137,0,293
19	16191338	.	C	T	30.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=-0.762;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.666;QD=3.42;ReadPosRankSum=0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:59:59,0,284
19	16191501	.	A	G	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=5.40;ReadPosRankSum=-0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:66:66,0,197
19	16191564	.	A	G	25.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.000;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=2.58;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:54:54,0,647
19	16191574	.	A	G	25.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=-0.747;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=3.22;ReadPosRankSum=0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,1:8:54:54,0,647
19	16191579	.	A	G	22.79	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=-1.179;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=2.53;ReadPosRankSum=0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:51:51,0,381
19	16223852	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
19	16238279	.	C	T	933.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=-0.776;DP=39;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.425;QD=23.94;ReadPosRankSum=0.688	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,25:39:99:962,0,493
19	16242733	.	C	T	80.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=16.15;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:71:109,0,71
19	16243416	.	C	T	800.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=-1.197;DP=31;FS=9.420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.283;QD=25.83;ReadPosRankSum=1.240	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,22:31:99:829,0,283
19	16243590	.	A	C	1221.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.209;ClippingRankSum=-1.517;DP=43;FS=3.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.237;QD=28.41;ReadPosRankSum=1.378	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,32:43:99:1250,0,319
19	16243795	.	T	C	795.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=-2.235;DP=31;FS=6.200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.009;QD=25.67;ReadPosRankSum=2.235	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,23:31:99:824,0,236
19	16244056	.	C	A	1198.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.476;ClippingRankSum=-2.613;DP=43;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.203;QD=27.88;ReadPosRankSum=2.586	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,31:43:99:1227,0,392
19	16244226	.	G	A	640.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=2.571;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.261;QD=27.86;ReadPosRankSum=0.261	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,18:23:99:669,0,143
19	16244326	.	G	C	278.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.158;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.893;QD=17.42;ReadPosRankSum=-0.893	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,8:16:99:307,0,309
19	16244817	.	A	G	99.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=16.63;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:64:128,0,64
19	16339715	.	C	T	903.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:932,66,0
19	16343847	.	T	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
19	16345822	.	G	A	601.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:630,45,0
19	16466159	.	T	C	114.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:142,12,0
19	16467759	.	A	G	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:79,0,35
19	16512019	.	G	A	188.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=0.573;DP=9;FS=10.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=20.97;ReadPosRankSum=-0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:99:217,0,108
19	16512835	.	C	T	310.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:339,24,0
19	16611978	.	T	C	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
19	16612011	.	T	C	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
19	16628850	.	G	A	536.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:565,39,0
19	16629189	.	A	G	1024.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1053,75,0
19	16631776	.	G	C	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
19	16633950	.	T	C	1012.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1041,78,0
19	16654394	.	G	C	140.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:168,12,0
19	16660143	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:32:39,0,32
19	16661461	.	T	C	159.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=0.466;DP=11;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.825;QD=14.52;ReadPosRankSum=1.749	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,5:11:99:188,0,208
19	16661486	.	T	C	243.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=-0.950;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.610;QD=12.83;ReadPosRankSum=-0.950	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,8:19:99:272,0,431
19	16661491	.	T	C	220.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=-0.272;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.725;QD=12.26;ReadPosRankSum=0.725	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,7:18:99:249,0,418
19	16661541	.	T	C	115.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.342;ClippingRankSum=-0.602;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.342;QD=6.09;ReadPosRankSum=0.139	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,5:19:99:144,0,518
19	16662671	.	T	C	11.12	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=-1.508;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.397;QD=0.69;ReadPosRankSum=1.032	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,2:16:39:39,0,502
19	16663270	.	T	C	41.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=-1.131;DP=33;FS=5.598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.689;QD=1.27;ReadPosRankSum=1.903	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:29,4:33:70:70,0,1157
19	16663423	.	T	C	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=5.70	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,0:13:99:108,0,1234
19	16663433	.	T	C	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.588;ClippingRankSum=1.905;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.270;QD=3.80;ReadPosRankSum=-2.011	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,3:20:99:108,0,1234
19	16663439	.	T	C	16.86	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=1.114;DP=28;FS=2.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.040;QD=0.60;ReadPosRankSum=-0.594	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,3:28:45:45,0,2301
19	16670660	.	G	A	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
19	16673617	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:81,0,33
19	16741745	.	T	C	623.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:652,45,0
19	16743209	.	G	C	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
19	16745915	.	A	G	90.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:118,9,0
19	16748956	.	T	C	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.19;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:71:77,0,71
19	16749026	.	T	C	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
19	16751009	.	T	C	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:69:69,0,158
19	16754780	.	A	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:72:72,0,109
19	16757156	.	T	C	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.510;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.415;QD=5.16;ReadPosRankSum=-0.849	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,4:17:99:116,0,483
19	16757909	.	C	T	403.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.694;ClippingRankSum=2.204;DP=51;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.183;QD=7.92;ReadPosRankSum=-2.390	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:35,13:48:99:432,0,1246
19	16794348	.	A	G	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
19	16798927	.	T	C	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
19	16799326	.	T	C	559.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:588,42,0
19	16799493	.	G	C	656.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:685,48,0
19	16800452	.	T	G	615.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:644,48,0
19	16899838	.	A	T	45.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:73,6,0
19	16914679	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	16914685	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	16966484	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
19	16966487	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
19	16967635	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	16976286	.	A	G	1336.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,32:32:96:1365,96,0
19	16990307	.	G	A	221.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.196;ClippingRankSum=-1.899;DP=30;FS=1.664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.868;QD=7.39;ReadPosRankSum=1.806	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,8:30:99:250,0,810
19	16990687	.	A	G	69.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=-1.166;DP=38;FS=1.986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.475;QD=1.84;ReadPosRankSum=0.907	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:33,5:38:98:98,0,1279
19	16990795	.	T	C	321.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.414;ClippingRankSum=-0.695;DP=28;FS=1.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.024;QD=11.49;ReadPosRankSum=0.455	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,10:28:99:350,0,663
19	17004049	.	T	C	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:66:66,0,240
19	17025292	.	G	A	192.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:221,15,0
19	17166229	.	G	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
19	17170885	.	C	T	317.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:346,24,0
19	17273893	.	G	T	705.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:734,51,0
19	17294954	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
19	17305440	.	T	C	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.478;ClippingRankSum=-0.134;DP=21;FS=5.651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.030;QD=3.89;ReadPosRankSum=-0.313	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,4:21:99:110,0,630
19	17306031	.	T	C	126.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=-0.227;DP=16;FS=14.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.340;QD=7.92;ReadPosRankSum=0.340	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,5:16:99:155,0,400
19	17306052	.	C	T	340.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=-0.813;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.271;QD=21.30;ReadPosRankSum=-1.356	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,10:16:99:369,0,216
19	17312992	.	C	T	66.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.520;DP=20;FS=2.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.992;QD=3.34;ReadPosRankSum=-0.709	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,4:20:95:95,0,615
19	17316782	.	T	C	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.217;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=3.18;ReadPosRankSum=-0.505	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,3:15:76:76,0,469
19	17317955	.	A	G	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=-1.559;DP=20;FS=9.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.898;QD=4.24;ReadPosRankSum=1.276	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,4:20:99:113,0,532
19	17323720	.	A	G	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=-0.106;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.423;QD=2.24;ReadPosRankSum=-0.106	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,3:20:73:73,0,655
19	17330060	.	T	C	1336.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,32:32:96:1365,96,0
19	17345427	.	G	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
19	17347596	.	A	G	77.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=19.45;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:25:106,0,25
19	17347616	.	T	C	263.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:292,21,0
19	17348323	.	T	C	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
19	17379534	.	G	A	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=14.15;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:74:99,0,74
19	17388606	.	A	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
19	17388615	.	A	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:82,6,0
19	17396956	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
19	17434587	.	T	G	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=5.40;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:66:66,0,186
19	17435884	.	T	C	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=1.185;DP=18;FS=13.676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.185;QD=2.38;ReadPosRankSum=-1.303	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,3:18:71:71,0,569
19	17438642	.	A	G	177.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.196;ClippingRankSum=-0.206;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.124;QD=8.47;ReadPosRankSum=0.371	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,6:20:99:206,0,545
19	17440542	.	C	G	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=9.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:57,0,36
19	17451599	.	T	C	136.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:164,12,0
19	17451981	.	G	A	222.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=-0.320;DP=25;FS=1.677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.660;QD=8.91;ReadPosRankSum=0.728	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,8:25:99:251,0,633
19	17498416	.	T	C	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:80,0,35
19	17498444	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,107
19	17499680	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=8.75;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:72:72,0,120
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19	17505073	.	G	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
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19	17922795	.	G	A	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=1.020;DP=16;FS=2.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.340;QD=5.74;ReadPosRankSum=-1.133	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,5:16:99:120,0,363
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19	18307468	.	G	A	421.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.024;ClippingRankSum=-1.246;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.467;QD=30.13;ReadPosRankSum=1.090	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,11:14:89:450,0,89
19	18417154	.	G	A	168.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:197,15,0
19	18417378	.	T	C	106.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:134,12,0
19	18418044	.	T	C	2958.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,70:70:99:2987,210,0
19	18423027	.	C	T	143.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:171,12,0
19	18423402	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
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19	18475303	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
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19	19039298	.	T	C	589.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.108;DP=26;FS=10.588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.593;QD=22.68;ReadPosRankSum=-0.162	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,17:26:99:618,0,295
19	19040312	.	G	C	1959.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,46:46:99:1988,138,0
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19	19049198	.	G	A	1886.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.299;DP=61;FS=2.811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.025;QD=30.93;ReadPosRankSum=0.172	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,49:61:99:1915,0,311
19	19051898	.	T	C	739.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.431;ClippingRankSum=-1.301;DP=26;FS=15.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.431;QD=28.45;ReadPosRankSum=1.236	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,21:26:84:768,0,84
19	19102626	.	G	T	11.12	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=-0.425;DP=15;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.104;QD=0.74;ReadPosRankSum=0.255	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,2:15:39:39,0,484
19	19103687	.	C	T	296.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.370;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.740;QD=24.73;ReadPosRankSum=-0.555	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,9:12:90:325,0,90
19	19105131	.	G	A	198.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=2.054;DP=9;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.203;QD=22.09;ReadPosRankSum=-1.683	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:99:227,0,110
19	19105259	.	G	A	538.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=-0.417;DP=24;FS=3.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.060;QD=22.45;ReadPosRankSum=1.312	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,15:24:99:567,0,305
19	19118019	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	19136099	.	G	C	128.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.235;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.332;QD=5.85;ReadPosRankSum=-0.392	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,5:22:99:157,0,677
19	19166890	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
19	19168732	.	C	T	603.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.509;ClippingRankSum=-0.615;DP=19;FS=2.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.168;QD=31.78;ReadPosRankSum=0.503	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,16:19:59:632,0,59
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19	19619317	.	T	C	400.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:429,30,0
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19	19623698	.	T	C	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.19;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:72:73,0,72
19	19624634	.	T	C	120.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=20.13;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:61:149,0,61
19	19625547	.	A	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
19	19640524	.	T	C	133.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:161,12,0
19	19643028	.	C	A	294.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:323,24,0
19	19643907	.	C	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
19	19735257	.	G	T	669.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:698,51,0
19	19740381	.	C	T	238.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.380;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.977;QD=19.90;ReadPosRankSum=-0.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,7:12:99:267,0,182
19	19793875	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:81:81,0,81
19	19793876	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:81:81,0,81
19	19821825	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
19	19868086	.	T	C	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
19	19868623	.	C	T	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:78,0,37
19	19887174	.	C	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.75;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:72:72,0,118
19	19892072	.	A	G	193.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:15:222,15,0
19	19892074	.	A	C	193.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:15:222,15,0
19	19892078	.	C	T	193.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:15:222,15,0
19	19892079	.	C	T	193.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:15:222,15,0
19	19892083	.	G	T	193.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:222,15,0
19	19892111	.	T	C	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
19	19976701	.	A	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
19	20044041	.	G	T	131.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=21.96;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:72:160,0,72
19	20046147	.	G	A	78.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=-1.221;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=9.85;ReadPosRankSum=1.221	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:107,0,174
19	20140483	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	20150175	.	G	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
19	20155283	.	A	G	228.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:257,18,0
19	20157502	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	20158096	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	20158098	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	20158121	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	20158124	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	20158128	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	20309702	.	T	C	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
19	20310134	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	20332155	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	20372649	.	A	T	20.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.085;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.592;QD=1.60;ReadPosRankSum=-0.085	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,3:13:49:49,0,431
19	20959141	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	21009201	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
19	21125710	.	T	A	161.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:190,15,0
19	21203552	.	C	T	141.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:169,12,0
19	21236114	.	C	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
19	21241537	.	T	A	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
19	21249429	.	G	A	45.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:73,6,0
19	21300462	.	A	G	408.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:437,33,0
19	21301211	.	C	T	187.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:216,15,0
19	21302864	.	A	G	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:37:39,0,37
19	21302906	.	A	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
19	21302948	.	G	A	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
19	21303010	.	A	G	21.26	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=10.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:4:48,4,0
19	21303017	.	A	G	21.26	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=10.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:4:48,4,0
19	21303743	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
19	21305560	.	G	A	85.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:113,9,0
19	21305863	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
19	21306913	.	T	C	134.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:162,12,0
19	21307318	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	21307713	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
19	21308048	.	C	G	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
19	21308179	.	C	T	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
19	21308410	.	C	T	236.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:265,18,0
19	21308601	.	G	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
19	21309188	.	A	C	84.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:112,9,0
19	21329836	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	21331225	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
19	21368295	.	A	G	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.44;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:65:74,0,65
19	21370333	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	21370826	.	C	T	138.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:166,12,0
19	21372861	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:69:69,0,140
19	21373559	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	21374133	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=24.88;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:78:78,0,117
19	21374135	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=24.88;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:78:78,0,117
19	21374136	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=24.88;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:78:78,0,117
19	21374145	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:78:78,0,117
19	21467479	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
19	21467764	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	21467792	.	C	A	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
19	21468905	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
19	21472444	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	21472565	.	C	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
19	21474131	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	21475420	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
19	21477431	.	T	C	189.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:218,15,0
19	21492062	.	G	A	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
19	21560456	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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19	23481328	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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19	23869941	.	A	G	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
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19	24009893	.	G	A	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
19	24009894	.	C	T	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
19	24014844	.	C	T	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
19	24015071	.	G	T	186.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:215,15,0
19	24015170	.	C	T	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
19	24016193	.	C	A	213.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=30.54;ReadPosRankSum=-0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:25:242,0,25
19	24016735	.	C	A	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
19	24016837	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	24016956	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
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19	24047884	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	24048324	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
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19	24051719	.	G	A	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
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19	24053135	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
19	24053292	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
19	24106877	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:70:78,0,70
19	24106926	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:30:81,0,30
19	24109101	.	A	G	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=25.38;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:69:79,0,69
19	24109107	.	A	G	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:69:79,0,69
19	24110325	.	A	G	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=11.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:64,0,35
19	24182417	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	24182422	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	24182431	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	24182438	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	24183677	.	T	C	1921.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,44:44:99:1950,132,0
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19	24184114	.	A	G	2609.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,59:59:99:2638,178,0
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19	24184166	.	A	G	736.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:51:765,51,0
19	24184481	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:9:135,9,0
19	24184486	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
19	24184487	.	G	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
19	24184508	.	T	G	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
19	24184597	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
19	24184603	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
19	24184605	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
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19	24184670	.	C	A	98.89	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:2:125,2,0
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19	24184679	.	T	G	98.89	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:2:125,2,0
19	24184683	.	A	G	98.89	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:2:125,2,0
19	24184716	.	G	C	427.81	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.516;ClippingRankSum=1.227;DP=15;FS=2.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.650;QD=28.52;ReadPosRankSum=-0.361	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,12:15:20:456,0,20
19	24184728	.	T	C	515.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.266;ClippingRankSum=0.113;DP=17;FS=5.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.113;QD=30.34;ReadPosRankSum=-0.227	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,11:16:51:544,0,51
19	24184743	.	A	G	1961.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.595;ClippingRankSum=1.040;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.040;QD=29.37;ReadPosRankSum=1.595	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,24:25:99:1990,131,0
19	24184746	.	A	G	1961.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:99:1990,131,0
19	24184749	.	T	C	1961.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:99:1990,131,0
19	24184772	.	A	G	865.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.320;DP=26;FS=2.120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.812;QD=33.30;ReadPosRankSum=-0.462	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,22:26:56:894,0,56
19	24184777	.	A	G	1044.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:81:1073,81,0
19	24184782	.	C	T	373.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.868;ClippingRankSum=-0.311;DP=14;FS=5.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.467;QD=26.70;ReadPosRankSum=1.401	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,11:14:50:402,0,50
19	24184783	.	C	T	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.934;DP=14;FS=5.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.934;QD=3.41;ReadPosRankSum=-0.156	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,3:14:76:76,0,465
19	24184800	.	C	G	658.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:51:687,51,0
19	24184825	.	T	C	453.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:38:482,38,0
19	24184827	.	T	C	453.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:38:482,38,0
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19	24185810	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	24185811	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	24185812	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	24186005	.	A	G	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
19	27732042	.	G	A	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=4.35;ReadPosRankSum=1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:63:63,0,693
19	27732050	.	T	C	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.666;ClippingRankSum=-0.762;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:63:63,0,607
19	27732051	.	T	C	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=-0.762;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:63:63,0,693
19	27732052	.	T	C	124.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.754;QD=17.82;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:153,0,369
19	27732058	.	A	C	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=4.72;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:66:66,0,419
19	27732230	.	A	G	759.18	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=-0.063;DP=20;FS=2.831;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.189;QD=32.64;ReadPosRankSum=2.079	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:2,18:20:10:787,10,0
19	27732255	.	C	A	136.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.787;DP=19;FS=9.745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.157;QD=7.20;ReadPosRankSum=-0.139	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,5:19:99:165,0,670
19	27732257	.	G	C	542.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=0.159;DP=19;FS=2.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.752;QD=28.57;ReadPosRankSum=-0.690	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,14:18:99:571,0,124
19	27732294	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
19	27732679	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:90,6,0
19	27732682	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	27732689	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	27732734	.	A	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
19	27732739	.	G	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
19	27733268	.	T	C	896.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:925,63,0
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19	27733280	.	T	G	896.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:63:925,63,0
19	27733428	.	A	G	92.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.19;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:121,0,34
19	27733891	.	G	A	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=1.300;DP=7;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=11.40;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:108,0,307
19	27733893	.	C	T	169.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.361;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.159;QD=18.86;ReadPosRankSum=2.219	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:198,0,131
19	27733915	.	T	G	167.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.652;ClippingRankSum=0.876;DP=9;FS=6.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.219;QD=18.64;ReadPosRankSum=0.876	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:196,0,240
19	27733919	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-1.495;DP=7;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,430
19	27737504	.	T	C	126.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=-0.922;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=15.85;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:155,0,156
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19	27738465	.	T	A	898.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:63:927,63,0
19	27738469	.	T	A	898.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:927,63,0
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19	28201678	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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19	28206557	.	G	T	225.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:254,18,0
19	28212698	.	T	C	231.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:260,18,0
19	28212839	.	G	A	290.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:319,24,0
19	28213271	.	G	A	141.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:169,12,0
19	28213394	.	A	C	184.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:213,15,0
19	28213862	.	A	T	358.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:387,27,0
19	28216353	.	T	C	62.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:90,9,0
19	28216494	.	G	A	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=-1.537;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=13.79;ReadPosRankSum=1.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:111,0,110
19	28217125	.	T	C	90.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:118,9,0
19	28220337	.	G	T	134.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:162,12,0
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19	28299445	.	C	T	323.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:352,24,0
19	28300479	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	28301241	.	A	G	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=11.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:31:62,0,31
19	28301362	.	C	T	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
19	28301479	.	A	G	46.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
19	28301548	.	A	G	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=7.95;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:68:68,0,111
19	28301583	.	A	G	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:36:39,0,36
19	28301585	.	A	G	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=11.12	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,1:1:36:39,0,36
19	28301586	.	A	G	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=11.12	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,1:1:36:39,0,36
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19	30478896	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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19	33105340	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
19	33105743	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	33106621	.	C	T	1568.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,37:37:99:1597,111,0
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19	33117666	.	T	C	384.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=-0.889;DP=36;FS=1.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.956;QD=10.69;ReadPosRankSum=0.822	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,12:36:99:413,0,919
19	33127000	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
19	33182320	.	G	A	135.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:163,12,0
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19	33486051	.	T	C	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
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19	33697546	.	C	T	606.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.654;ClippingRankSum=-1.559;DP=20;FS=2.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.142;QD=30.34;ReadPosRankSum=1.181	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,16:20:99:635,0,106
19	33698291	.	T	C	684.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:713,51,0
19	33699535	.	A	G	191.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:220,15,0
19	33864918	.	C	G	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
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19	33865323	.	G	T	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=5.68;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:68:68,0,180
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19	34305494	.	T	G	929.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.570;ClippingRankSum=1.565;DP=45;FS=4.288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.994;QD=20.66;ReadPosRankSum=-1.702	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,25:45:99:958,0,672
19	34398539	.	C	T	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=12.25;ReadPosRankSum=0.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:114,0,140
19	34754797	.	G	A	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
19	34842488	.	T	C	212.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=1.082;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.336;QD=10.13;ReadPosRankSum=-0.410	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,7:21:99:241,0,488
19	34843761	.	C	A	486.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.898;ClippingRankSum=-1.805;DP=19;FS=8.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.046;QD=25.62;ReadPosRankSum=1.713	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,14:19:99:515,0,125
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19	34935502	.	A	G	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:80,0,37
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19	34946195	.	G	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
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19	35434512	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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19	35617639	.	C	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
19	35626349	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
19	35626373	.	G	A	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
19	35627514	.	G	C	136.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:164,12,0
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19	35645727	.	T	C	409.22	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=-1.448;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.869;QD=34.10;ReadPosRankSum=1.159	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,11:12:4:436,0,4
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19	35649281	.	A	G	546.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.577;DP=84;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.721;QD=6.51;ReadPosRankSum=-1.005	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:65,19:84:99:575,0,2552
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19	35653642	.	A	G	164.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.307;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.307;QD=18.31;ReadPosRankSum=1.307	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:193,0,148
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19	35658380	.	T	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
19	35658622	.	C	G	174.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=34.96;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:25:203,0,25
19	35658628	.	T	C	127.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=25.55;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:72:156,0,72
19	35658759	.	C	T	128.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=25.75;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:30:157,0,30
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19	35659087	.	T	A	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
19	35659379	.	T	C	65.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=13.15;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:59:94,0,59
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19	35754073	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:75,0,34
19	35754511	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	35763363	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	35764559	.	C	T	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
19	35767884	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	35768949	.	A	G	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=13.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:70,0,33
19	35769518	.	T	C	118.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=-0.361;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=13.20;ReadPosRankSum=1.159	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:147,0,184
19	35769561	.	T	G	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.40;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:108,0,154
19	35770064	.	C	T	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=5.11;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:64:64,0,186
19	35770174	.	A	G	604.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=0.388;DP=46;FS=22.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.316;QD=13.15;ReadPosRankSum=-0.432	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,20:46:99:633,0,863
19	35770292	.	C	T	1307.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.178;ClippingRankSum=0.366;DP=53;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.704;QD=24.67;ReadPosRankSum=-0.385	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,35:53:99:1336,0,613
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19	35838135	.	A	G	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
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19	35989972	.	T	A	190.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:219,15,0
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19	35991442	.	T	G	2577.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,53:53:99:2606,227,0
19	35996380	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
19	35997363	.	C	T	265.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:294,21,0
19	35997644	.	C	G	87.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:115,9,0
19	35998213	.	A	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
19	35998362	.	T	G	2191.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,51:51:99:2220,154,0
19	35999491	.	A	C	131.96	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=26.39;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,4:5:5:159,5,0
19	36032301	.	A	G	393.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:422,30,0
19	36033460	.	C	T	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=15.95;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:71:108,0,71
19	36038390	.	A	G	1154.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=-1.733;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.494;QD=27.00;ReadPosRankSum=1.614	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,28:29:48:1183,48,0
19	36066570	.	A	G	1597.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,38:38:71:1626,71,0
19	36066577	.	A	G	1597.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.898;ClippingRankSum=-2.268;DP=27;FS=7.258;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.509;QD=34.29;ReadPosRankSum=1.805	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:2,25:27:71:1626,71,0
19	36066634	.	A	G	1134.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.740;ClippingRankSum=-2.364;DP=28;FS=2.965;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.223;QD=35.98;ReadPosRankSum=2.275	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:2,26:28:35:1163,35,0
19	36066642	.	A	G	1134.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:35:1163,35,0
19	36066645	.	A	G	1134.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:35:1163,35,0
19	36066661	.	A	G	175.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=-1.568;DP=10;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=17.58;ReadPosRankSum=-2.383	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,6:10:99:204,0,339
19	36066667	.	A	G	115.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.94	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,4:4:99:144,0,255
19	36066744	.	C	T	1994.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,46:46:99:2023,138,0
19	36066754	.	A	G	1994.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:99:2023,138,0
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19	36123403	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
19	36123491	.	A	G	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
19	36218478	.	C	T	96.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.922;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.421;QD=12.10;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:125,0,147
19	36222023	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
19	36224705	.	A	G	336.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=-0.961;DP=23;FS=3.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.209;QD=14.64;ReadPosRankSum=0.837	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,10:23:99:365,0,472
19	36233470	.	G	A	57.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=-0.794;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=3.85;ReadPosRankSum=0.650	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,3:15:86:86,0,463
19	36243089	.	T	C	1146.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1175,81,0
19	36250259	.	C	T	38.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-1.495;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=5.54;ReadPosRankSum=1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:67:67,0,178
19	36260470	.	A	G	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:76,0,35
19	36260924	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
19	36261373	.	C	T	245.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.895;DP=10;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.546;QD=24.58;ReadPosRankSum=-1.214	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,7:10:96:274,0,96
19	36261524	.	A	G	22.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=2.041;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.537;QD=1.90;ReadPosRankSum=-0.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:51:51,0,375
19	36261570	.	A	G	80.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=16.15;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:63:109,0,63
19	36261579	.	A	G	80.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.58	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,2:2:63:109,0,63
19	36261657	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
19	36261658	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
19	36435079	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	36486445	.	G	C	1220.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,32:32:95:1249,95,0
19	36497358	.	C	G	1677.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,40:40:99:1706,120,0
19	36511020	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
19	36558854	.	C	T	147.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=18.47;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:99:176,0,104
19	36590329	.	T	C	119.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=19.96;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:68:148,0,68
19	36609372	.	A	G	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=0.000;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.480;QD=3.18;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:60:60,0,292
19	36609377	.	A	G	26.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.480;DP=10;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.271;QD=2.68;ReadPosRankSum=-0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:55:55,0,270
19	36640769	.	T	C	3629.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,83:83:99:3658,250,0
19	36643695	.	T	G	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
19	36674305	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.69;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:75:75,0,75
19	36706732	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	36713621	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
19	36719896	.	C	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:81,0,34
19	36719946	.	T	C	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
19	36727365	.	G	A	877.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.195;ClippingRankSum=-1.922;DP=45;FS=17.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.011;QD=19.51;ReadPosRankSum=1.854	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,24:45:99:906,0,735
19	36728290	.	A	G	840.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.883;ClippingRankSum=-0.521;DP=47;FS=1.157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.649;QD=17.89;ReadPosRankSum=0.500	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,23:47:99:869,0,912
19	36739067	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
19	36756273	.	G	C	227.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:256,18,0
19	36757055	.	G	C	258.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:287,21,0
19	36757447	.	C	G	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
19	36763047	.	G	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
19	36763048	.	G	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
19	36829612	.	A	G	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:32:79,0,32
19	36936556	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
19	36937373	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
19	36938594	.	T	A	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:78:78,0,78
19	36940760	.	G	T	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=11.40;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:108,0,156
19	36989005	.	C	T	43.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:71,6,0
19	37002529	.	G	T	72.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:101,0,172
19	37003607	.	A	T	185.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.382;DP=11;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=16.89;ReadPosRankSum=-0.715	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,8:11:99:214,0,105
19	37004737	.	T	A	15.88	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=-0.107;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.752;QD=1.32;ReadPosRankSum=-0.107	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:44:44,0,381
19	37004938	.	T	C	284.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=-2.180;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=23.73;ReadPosRankSum=2.180	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,8:12:99:313,0,137
19	37035923	.	C	T	116.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.421;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.368;QD=14.60;ReadPosRankSum=-0.421	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:145,0,144
19	37036345	.	C	T	150.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:179,15,0
19	37036578	.	T	C	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=4.60;ReadPosRankSum=-0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:65:65,0,242
19	37036994	.	T	C	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.94;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:69:76,0,69
19	37037181	.	T	C	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=6.95;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:63:63,0,119
19	37038092	.	T	C	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.067;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.179;QD=3.53;ReadPosRankSum=0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:60:60,0,263
19	37039069	.	A	C	325.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:354,24,0
19	37040013	.	C	A	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
19	37068081	.	G	C	229.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:258,18,0
19	37068235	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
19	37070243	.	G	A	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
19	37085469	.	A	G	146.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:175,15,0
19	37128489	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:81,0,34
19	37139000	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	37174603	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
19	37210529	.	A	G	212.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=-1.422;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=23.64;ReadPosRankSum=1.422	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:91:241,0,91
19	37310344	.	T	C	216.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:245,18,0
19	37379900	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:76:78,0,76
19	37382235	.	T	A	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.69;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:115,0,33
19	37441365	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,160
19	37442451	.	C	A	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.55;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:71:71,0,120
19	37677748	.	T	A	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:32:123,0,32
19	37733771	.	A	C	192.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=-0.259;DP=12;FS=2.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.259;QD=16.06;ReadPosRankSum=0.259	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,6:12:99:221,0,222
19	37736649	.	A	G	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:79,0,35
19	37737630	.	A	G	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:80,0,36
19	37815816	.	A	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,159
19	37854580	.	C	T	1038.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.728;DP=33;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.632;QD=31.48;ReadPosRankSum=-0.778	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,28:33:99:1067,0,104
19	37976824	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,101
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19	39330058	.	A	G	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
19	39330645	.	G	A	58.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=11.75;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:59:87,0,59
19	39331296	.	C	A	913.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:942,66,0
19	39334336	.	G	A	360.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.592;ClippingRankSum=0.085;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.423;QD=27.75;ReadPosRankSum=-0.592	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,10:13:88:389,0,88
19	39334811	.	T	A	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:71:78,0,71
19	39334830	.	C	T	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=8.69;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:63:63,0,152
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19	39925482	.	A	T	45.73	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=-0.421;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.421;QD=3.81;ReadPosRankSum=-0.421	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:121,0,165
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19	39981706	.	A	G	153.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=25.63;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:26:182,0,26
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19	39982409	.	A	G	143.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=-0.067;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=14.38;ReadPosRankSum=0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:99:172,0,617
19	39982545	.	A	G	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=6.29;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:66:66,0,387
19	39982555	.	A	G	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=1.067;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=4.72;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:66:66,0,387
19	39982591	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,179
19	39982592	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,179
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19	40743225	.	A	G	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.95;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:73:73,0,84
19	40743269	.	A	C	128.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=25.75;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:157,0,31
19	40773310	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:78,0,36
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19	40785505	.	T	A	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
19	40788241	.	G	T	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=9.15;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:74:74,0,113
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19	40823284	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,86
19	40823290	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,86
19	40823468	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:37:39,0,37
19	40823587	.	T	G	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=22.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:30:118,0,30
19	40825716	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
19	40860502	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:29:81,0,29
19	40862281	.	T	G	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
19	40865858	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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19	40871801	.	T	A	1208.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.733;DP=48;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.520;QD=25.18;ReadPosRankSum=-1.411	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,32:48:99:1237,0,564
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19	40901614	.	A	G	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=18.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:99:120,0,155
19	40928944	.	A	G	380.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=-3.261;DP=34;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.883;QD=11.20;ReadPosRankSum=3.009	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,12:34:99:409,0,870
19	40929363	.	T	C	377.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.155;DP=46;FS=15.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.919;QD=8.21;ReadPosRankSum=-0.203	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:32,14:46:99:406,0,1140
19	40931865	.	T	C	761.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:790,57,0
19	40946961	.	C	G	275.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=-3.410;DP=30;FS=3.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.902;QD=9.19;ReadPosRankSum=3.102	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,10:30:99:304,0,702
19	40947305	.	A	T	214.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=-1.153;DP=32;FS=1.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.022;QD=6.71;ReadPosRankSum=-0.239	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,8:32:99:243,0,957
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19	40965478	.	A	G	77.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=11.11;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:106,0,154
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19	41164965	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
19	41164966	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
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19	41257176	.	G	C	945.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:974,69,0
19	41257816	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	41269076	.	T	C	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:76,0,37
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19	41292404	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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19	41309211	.	T	C	156.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=1.001;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.573;QD=17.42;ReadPosRankSum=-0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:99:185,0,101
19	41310571	.	A	G	163.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.221;QD=20.47;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:99:192,0,101
19	41310609	.	A	G	206.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=25.85;ReadPosRankSum=1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:64:235,0,64
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19	41333474	.	A	G	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:80,0,34
19	41333504	.	A	G	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,82
19	41333509	.	A	G	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,82
19	41334505	.	A	G	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
19	41336165	.	A	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.94;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:72:72,0,75
19	41336176	.	A	G	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=16.35;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:63:110,0,63
19	41336203	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:78,0,35
19	41336219	.	A	G	121.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=24.35;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:29:150,0,29
19	41336245	.	A	G	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.988;QD=14.46;ReadPosRankSum=0.988	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:115,0,117
19	41337083	.	A	G	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=-1.589;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=1.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:66:66,0,211
19	41339896	.	T	C	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=17.75;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:72:117,0,72
19	41340573	.	G	C	128.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=25.76;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:27:157,0,27
19	41340983	.	T	C	118.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=23.75;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:30:147,0,30
19	41341229	.	A	G	50.73	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=12.68	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:29:86,0,29
19	41343698	.	G	A	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
19	41344368	.	G	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
19	41397806	.	C	A	137.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:165,12,0
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19	41743861	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
19	41811730	.	T	C	1057.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.812;ClippingRankSum=-0.362;DP=55;FS=2.299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.194;QD=19.23;ReadPosRankSum=0.598	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,29:55:99:1086,0,872
19	41828971	.	A	G	17.84	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.926;ClippingRankSum=-1.546;DP=38;FS=2.045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.880;QD=0.47;ReadPosRankSum=1.498	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:34,4:38:46:46,0,1333
19	41833167	.	T	C	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
19	41858921	.	G	A	632.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=1.449;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.189;QD=31.64;ReadPosRankSum=-2.079	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,18:20:22:661,0,22
19	41869392	.	T	C	258.80	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.747;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.747;QD=32.35;ReadPosRankSum=0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:21:287,0,21
19	41870893	.	A	G	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
19	41870920	.	A	G	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,40
19	41874125	.	A	G	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:70:70,0,76
19	41879134	.	C	T	86.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.69;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:27:115,0,27
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19	41880526	.	T	C	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:31:71,0,31
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19	42373893	.	C	T	190.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:219,15,0
19	42374836	.	T	G	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
19	42375244	.	C	T	268.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:297,21,0
19	42375540	.	A	G	227.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.212;DP=16;FS=2.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.212;QD=14.24;ReadPosRankSum=0.847	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,7:16:99:256,0,285
19	42375584	.	A	G	318.98	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.348;DP=10;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.696;QD=31.90;ReadPosRankSum=1.393	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,9:10:13:347,0,13
19	42375624	.	A	G	206.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=1.754;DP=7;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.937;QD=29.54;ReadPosRankSum=-0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:235,0,235
19	42375627	.	A	G	206.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=1.203;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=22.97;ReadPosRankSum=-0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:99:235,0,235
19	42376675	.	A	G	16.86	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.594;DP=28;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.966;QD=0.60;ReadPosRankSum=-0.669	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,3:28:45:45,0,1005
19	42376688	.	A	G	16.86	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=-0.251;DP=29;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.537;QD=0.58;ReadPosRankSum=0.824	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,3:29:45:45,0,1035
19	42376692	.	A	G	15.88	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=-0.817;DP=28;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.149;QD=0.57;ReadPosRankSum=0.074	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,3:28:44:44,0,1851
19	42376694	.	A	G	223.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.907;ClippingRankSum=1.297;DP=28;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.025;QD=7.99;ReadPosRankSum=-0.941	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,8:28:99:252,0,1226
19	42376702	.	A	G	419.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.775;ClippingRankSum=-1.395;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.527;QD=18.25;ReadPosRankSum=-0.837	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,10:23:99:448,0,1158
19	42376710	.	A	G	653.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.298;ClippingRankSum=-0.555;DP=20;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.109;QD=32.69;ReadPosRankSum=-1.981	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,13:20:99:682,0,240
19	42376711	.	A	G	419.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.119;ClippingRankSum=0.193;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.193;QD=20.99;ReadPosRankSum=-1.350	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,8:20:99:448,0,1158
19	42376842	.	A	G	124.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.876;DP=9;FS=13.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.159;QD=13.86;ReadPosRankSum=0.876	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:153,0,347
19	42376843	.	A	G	124.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.876;DP=9;FS=13.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.729;QD=13.86;ReadPosRankSum=0.729	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:153,0,347
19	42376872	.	A	G	71.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.573;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.001;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:100,0,328
19	42376884	.	A	G	27.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.003;ClippingRankSum=1.061;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.589;QD=2.52;ReadPosRankSum=0.118	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:56:56,0,454
19	42392310	.	C	T	453.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.680;ClippingRankSum=-0.753;DP=24;FS=1.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.174;QD=18.91;ReadPosRankSum=1.680	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,13:24:99:482,0,376
19	42399629	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	42399634	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	42461454	.	G	A	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:31:76,0,31
19	42463447	.	C	T	243.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=-0.784;DP=53;FS=5.431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.398;QD=4.60;ReadPosRankSum=0.716	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:43,10:53:99:272,0,1721
19	42735369	.	A	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.94;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:72:72,0,77
19	42736267	.	A	G	1996.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,47:47:99:2025,141,0
19	42745923	.	G	C	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
19	42758239	.	A	G	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
19	42773466	.	C	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,201
19	42773471	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,201
19	42882645	.	G	A	347.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.546;ClippingRankSum=-0.129;DP=26;FS=1.540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.180;QD=13.38;ReadPosRankSum=-0.283	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,12:26:99:376,0,518
19	43018630	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	43018639	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:90,6,0
19	43678382	.	G	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
19	43680051	.	C	T	193.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:222,15,0
19	43686328	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	43689004	.	G	A	149.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=-1.453;DP=10;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.851;QD=14.98;ReadPosRankSum=1.453	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:178,0,180
19	43716151	.	G	T	135.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:163,12,0
19	43725945	.	C	A	45.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:73,6,0
19	43780805	.	C	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
19	43949608	.	G	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
19	43949609	.	C	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
19	43949614	.	G	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
19	43965029	.	G	A	401.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.156;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=28.70;ReadPosRankSum=-0.311	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,11:14:75:430,0,75
19	43979589	.	G	T	339.03	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=1.044;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.696;QD=33.90;ReadPosRankSum=-1.741	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,9:10:12:367,0,12
19	43983740	.	T	C	140.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:168,12,0
19	44008355	.	C	A	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
19	44008848	.	G	C	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=8.44;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:62:62,0,78
19	44013260	.	G	A	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
19	44016602	.	G	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
19	44031370	.	C	T	279.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=0.382;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.531;QD=25.43;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,8:11:88:308,0,88
19	44047550	.	T	C	545.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:574,42,0
19	44047826	.	T	A	1338.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,32:32:96:1367,96,0
19	44057574	.	G	A	827.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.707;ClippingRankSum=-0.229;DP=29;FS=8.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.535;QD=28.54;ReadPosRankSum=1.096	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,22:29:99:856,0,203
19	44079687	.	G	A	376.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:405,30,0
19	44088818	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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19	44126991	.	C	T	13.95	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.067;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=1.55;ReadPosRankSum=0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:42:42,0,224
19	44163061	.	T	C	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:123,0,34
19	44164560	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
19	44235517	.	A	G	445.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=-0.044;DP=39;FS=21.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.834;QD=11.43;ReadPosRankSum=-2.152	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,14:39:99:474,0,926
19	44235535	.	G	A	516.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.590;DP=34;FS=3.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.798;QD=15.20;ReadPosRankSum=1.283	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,15:34:99:545,0,719
19	44240177	.	A	G	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
19	44257674	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
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19	44257682	.	A	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
19	44257686	.	G	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
19	44259077	.	C	T	136.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=1.000;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.135;QD=11.40;ReadPosRankSum=-1.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,5:12:99:165,0,263
19	44270925	.	G	A	206.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=-1.393;DP=54;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.764;QD=3.83;ReadPosRankSum=1.857	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:45,9:54:99:235,0,1861
19	44276513	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	44276587	.	G	A	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
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19	44282718	.	T	G	133.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=26.75;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:29:162,0,29
19	44284089	.	G	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
19	44343278	.	G	T	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:72:72,0,108
19	44343682	.	C	G	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
19	44347499	.	A	C	24.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=8.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:53,0,37
19	44349763	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
19	44351107	.	G	A	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
19	44351694	.	C	T	189.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:218,15,0
19	44352532	.	T	C	121.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=-0.937;DP=7;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=17.40;ReadPosRankSum=0.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:150,0,101
19	44353131	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:72:78,0,72
19	44354295	.	A	T	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=13.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:69,0,35
19	44354692	.	A	G	185.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:214,15,0
19	44359564	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	44399306	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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19	44418693	.	T	C	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=13.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:69,0,33
19	44418776	.	G	A	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=10.35;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:59:80,0,59
19	44419030	.	A	G	237.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:266,18,0
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19	44515074	.	C	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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19	44564981	.	G	A	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
19	44567608	.	C	G	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
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19	44591554	.	G	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
19	44598868	.	T	G	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
19	44599615	.	C	T	232.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:261,18,0
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19	44610798	.	A	T	242.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:271,21,0
19	44611066	.	T	C	109.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.289;DP=12;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.825;QD=9.15;ReadPosRankSum=-0.289	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,4:12:99:138,0,318
19	44611420	.	A	G	117.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.421;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=14.72;ReadPosRankSum=-0.421	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:146,0,157
19	44611957	.	T	C	116.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=1.368;DP=8;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.421;QD=14.60;ReadPosRankSum=-1.368	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:145,0,141
19	44612231	.	A	G	243.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.524;ClippingRankSum=-0.545;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.663;QD=17.41;ReadPosRankSum=0.545	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,7:14:99:272,0,270
19	44613119	.	C	T	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
19	44613661	.	A	C	159.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=22.82;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:68:188,0,68
19	44663518	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	44663519	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	44663805	.	G	A	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:81,0,35
19	44677233	.	A	G	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
19	44732827	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=7.29;ReadPosRankSum=-1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,158
19	44739303	.	T	C	487.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:516,36,0
19	44739399	.	T	C	185.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:214,15,0
19	44742278	.	A	G	40.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:68,6,0
19	44792701	.	T	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
19	44792969	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
19	44832684	.	T	G	176.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:205,15,0
19	44833506	.	C	T	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
19	44833851	.	G	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
19	44840789	.	T	C	187.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:216,15,0
19	44915645	.	G	T	134.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=26.95;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:28:163,0,28
19	44919248	.	C	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:75,0,33
19	44919269	.	C	G	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:76,0,37
19	44930803	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
19	44959567	.	A	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:72:81,0,72
19	44959568	.	G	A	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:72:81,0,72
19	44959578	.	A	T	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.38	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,2:2:72:81,0,72
19	44959583	.	A	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.38	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,2:2:72:81,0,72
19	45113000	.	A	G	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
19	45162038	.	A	G	2876.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,66:66:99:2905,199,0
19	45165571	.	A	G	93.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.585;ClippingRankSum=-0.019;DP=74;FS=3.676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.426;QD=1.27;ReadPosRankSum=1.140	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:65,7:72:99:122,0,5307
19	45165576	.	A	G	93.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.064;ClippingRankSum=0.482;DP=72;FS=5.678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.755;QD=1.30;ReadPosRankSum=-0.282	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:63,8:71:99:122,0,5307
19	45166466	.	G	A	1957.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=1.177;DP=70;FS=2.213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.865;QD=27.97;ReadPosRankSum=-1.749	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,50:70:99:1986,0,676
19	45167078	.	A	G	237.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=1.684;DP=24;FS=1.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.643;QD=9.91;ReadPosRankSum=-0.092	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,8:24:99:266,0,591
19	45167091	.	A	G	143.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=-0.906;DP=16;FS=2.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.340;QD=8.99;ReadPosRankSum=0.113	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,5:16:99:172,0,439
19	45167121	.	A	G	228.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=1.817;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.127;QD=11.44;ReadPosRankSum=1.395	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,7:19:99:257,0,860
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19	45167531	.	G	A	435.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:464,33,0
19	45167593	.	A	G	23.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=-0.883;DP=26;FS=2.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.161;QD=0.91;ReadPosRankSum=0.080	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,3:26:52:52,0,1075
19	45167662	.	A	G	77.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=-1.276;DP=20;FS=5.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.709;QD=3.89;ReadPosRankSum=0.236	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,4:20:99:106,0,642
19	45167741	.	A	G	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.929;DP=33;FS=4.746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.276;QD=2.30;ReadPosRankSum=-0.075	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,5:33:99:104,0,3728
19	45167742	.	A	G	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=-0.075;DP=33;FS=4.746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.029;QD=2.30;ReadPosRankSum=-0.226	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,5:33:99:104,0,3728
19	45167748	.	A	G	539.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=-1.034;DP=28;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.482;QD=19.28;ReadPosRankSum=-0.758	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,14:28:99:568,0,522
19	45167754	.	A	G	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.901;ClippingRankSum=1.595;DP=25;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.901;QD=3.03;ReadPosRankSum=1.595	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,1:25:99:104,0,3728
19	45168081	.	A	G	153.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=-1.320;DP=34;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.383;QD=4.52;ReadPosRankSum=-0.894	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:27,7:34:99:182,0,1010
19	45168400	.	C	A	787.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:816,57,0
19	45168497	.	A	G	1184.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,28:28:84:1213,84,0
19	45168642	.	A	G	25.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=0.322;DP=12;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.537;QD=2.15;ReadPosRankSum=1.611	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:54:54,0,374
19	45168780	.	A	G	133.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=19.11;ReadPosRankSum=-1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:68:162,0,68
19	45168781	.	A	G	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=4.11;ReadPosRankSum=-0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:57:57,0,275
19	45168821	.	A	G	58.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=1.302;DP=19;FS=5.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.510;QD=3.09;ReadPosRankSum=-1.076	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,4:17:87:87,0,1042
19	45168822	.	A	G	58.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=0.849;DP=19;FS=5.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.057;QD=3.09;ReadPosRankSum=-1.076	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,4:17:87:87,0,1042
19	45168846	.	A	G	26.78	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.905;ClippingRankSum=0.212;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.212;QD=1.34;ReadPosRankSum=-2.117	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,3:20:55:55,0,1810
19	45168850	.	A	G	161.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.817;DP=21;FS=1.999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.506;QD=7.70;ReadPosRankSum=0.350	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,6:21:99:190,0,702
19	45168853	.	A	G	168.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.362;ClippingRankSum=-0.372;DP=21;FS=2.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.280;QD=8.04;ReadPosRankSum=0.041	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,5:21:99:197,0,590
19	45172257	.	A	G	58.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=-0.467;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=0.311	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,3:14:87:87,0,422
19	45172423	.	A	G	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.567;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.063;QD=2.21;ReadPosRankSum=-0.567	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,3:17:68:68,0,525
19	45172579	.	A	G	22.79	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=-0.118;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.118;QD=2.07;ReadPosRankSum=1.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:51:51,0,562
19	45172580	.	A	G	207.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=-2.181;DP=11;FS=2.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.532;QD=18.89;ReadPosRankSum=0.717	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,6:11:99:236,0,185
19	45172624	.	A	G	625.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:654,45,0
19	45172631	.	A	G	92.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.646;ClippingRankSum=-0.053;DP=18;FS=2.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.053;QD=5.15;ReadPosRankSum=1.221	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,4:18:99:121,0,530
19	45173360	.	A	G	162.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=2.764;DP=21;FS=1.999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.117;QD=7.75;ReadPosRankSum=-1.985	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,6:21:99:191,0,590
19	45173384	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=1.071;DP=17;FS=11.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.449;QD=3.10;ReadPosRankSum=-0.315	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,3:17:81:81,0,541
19	45173461	.	A	G	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=0.056;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.503;QD=2.57;ReadPosRankSum=1.398	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,3:19:77:77,0,578
19	45173689	.	A	G	209.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=1.799;DP=16;FS=3.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.164;QD=13.11;ReadPosRankSum=1.164	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,7:16:99:238,0,338
19	45174533	.	A	G	69.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=-0.382;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=6.34;ReadPosRankSum=0.715	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:98:98,0,294
19	45174635	.	A	G	20.80	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=1.067;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.589;QD=2.60;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:49:49,0,208
19	45253582	.	G	A	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:71,0,37
19	45308248	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
19	45308841	.	A	G	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=9.44;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:66:66,0,74
19	45312721	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
19	45324361	.	A	G	79.80	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=19.95;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:21:108,0,21
19	45375157	.	G	C	1560.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.513;ClippingRankSum=-0.899;DP=61;FS=1.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-3.004;QD=25.59;ReadPosRankSum=0.791	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,41:61:99:1589,0,673
19	45379060	.	A	C	115.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=19.29;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:34:144,0,34
19	45379336	.	C	T	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=20.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:32:111,0,32
19	45379516	.	G	A	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.19;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:73:73,0,76
19	45379638	.	C	T	23.79	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=5.95;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:52:52,0,79
19	45379682	.	A	C	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=17.75;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:70:117,0,70
19	45380126	.	G	C	121.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=1.380;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=20.29;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:66:150,0,66
19	45381917	.	C	T	950.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=-2.450;DP=57;FS=3.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.455;QD=16.68;ReadPosRankSum=2.578	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,29:57:99:979,0,960
19	45382034	.	A	G	765.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=0.644;DP=55;FS=3.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.057;QD=13.92;ReadPosRankSum=-0.593	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:33,22:55:99:794,0,1244
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19	45493133	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	45496303	.	T	C	2151.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,51:51:99:2180,154,0
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19	45548255	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
19	45561063	.	A	G	1634.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.646;ClippingRankSum=0.433;DP=40;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.260;QD=31.10;ReadPosRankSum=-0.520	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,39:40:99:1663,110,0
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19	45596281	.	A	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:72:72,0,108
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19	45683448	.	T	A	222.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=-0.058;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.521;QD=14.85;ReadPosRankSum=-0.637	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,7:15:99:251,0,300
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19	45855262	.	G	T	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
19	45855524	.	G	A	1344.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,32:32:96:1373,96,0
19	45857049	.	T	C	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
19	45857867	.	A	G	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
19	45862449	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
19	45864032	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	45865002	.	C	A	48.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:27:77,0,27
19	45867259	.	C	T	695.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.439;ClippingRankSum=-0.820;DP=33;FS=3.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.492;QD=21.08;ReadPosRankSum=1.585	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,19:33:99:724,0,486
19	45868309	.	T	G	824.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=1.197;DP=31;FS=3.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.371;QD=26.61;ReadPosRankSum=0.283	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,22:31:99:853,0,287
19	45883141	.	G	C	1674.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.011;ClippingRankSum=-0.303;DP=70;FS=5.065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.452;QD=23.93;ReadPosRankSum=0.204	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,46:70:99:1703,0,837
19	45887928	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	45893476	.	G	T	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
19	45894381	.	G	A	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=-0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.537;QD=14.29;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:114,0,101
19	45894768	.	T	C	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=17.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:68:115,0,68
19	45896180	.	T	C	23.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=-0.322;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.752;QD=1.98;ReadPosRankSum=0.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:52:52,0,405
19	45896361	.	T	C	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=0.937;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.11;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:113,0,146
19	45896438	.	T	C	100.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DP=12;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=8.40;ReadPosRankSum=-0.600	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,4:12:99:129,0,289
19	45896443	.	T	C	197.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=-1.378;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.467;QD=16.48;ReadPosRankSum=1.517	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,6:12:99:226,0,225
19	45896686	.	T	C	19.81	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=1.187;DP=14;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.004;QD=1.42;ReadPosRankSum=-1.369	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:48:48,0,467
19	45896798	.	T	C	124.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=0.470;DP=22;FS=4.904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.235;QD=5.67;ReadPosRankSum=0.627	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,5:22:99:153,0,686
19	45896816	.	T	C	182.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.515;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.047;QD=10.15;ReadPosRankSum=-0.328	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,6:18:99:211,0,455
19	45896837	.	T	C	134.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.479;ClippingRankSum=-0.690;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.971;QD=7.49;ReadPosRankSum=0.099	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,5:18:99:163,0,460
19	45897165	.	T	C	95.73	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=-0.361;DP=13;FS=6.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.729;QD=7.36;ReadPosRankSum=1.159	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,4:13:99:133,0,345
19	45897487	.	T	C	214.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.054;ClippingRankSum=0.573;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.573;QD=23.86;ReadPosRankSum=2.054	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:99:243,0,203
19	45897488	.	T	C	214.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=0.248;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=23.86;ReadPosRankSum=2.054	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:99:243,0,203
19	45897528	.	T	C	17.84	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=1.733;DP=10;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=1.78;ReadPosRankSum=-0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:46:46,0,314
19	45897541	.	T	C	160.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=-1.221;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.956;QD=20.10;ReadPosRankSum=-1.221	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:91:189,0,91
19	45897620	.	T	C	148.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.606;ClippingRankSum=0.113;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.793;QD=9.30;ReadPosRankSum=-0.340	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,5:16:99:177,0,417
19	45897777	.	T	C	192.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=1.422;DP=25;FS=15.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.817;QD=7.71;ReadPosRankSum=0.393	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,7:25:99:221,0,692
19	45904759	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
19	45910672	.	A	G	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=22.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:117,0,33
19	45912736	.	C	A	1373.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.085;ClippingRankSum=-1.653;DP=50;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.270;QD=27.48;ReadPosRankSum=1.588	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,36:50:99:1402,0,412
19	45913093	.	T	C	395.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-2.152;DP=16;FS=2.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.566;QD=24.74;ReadPosRankSum=1.359	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,11:16:99:424,0,174
19	45913737	.	T	G	527.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=-0.967;DP=28;FS=3.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.553;QD=18.85;ReadPosRankSum=0.875	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,15:28:99:556,0,474
19	45916441	.	T	G	126.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=25.35;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:155,0,31
19	45923653	.	A	G	1142.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=-0.796;DP=46;FS=4.386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.334;QD=24.84;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,30:46:99:1171,0,549
19	45971961	.	C	G	152.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=-1.517;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.684;QD=19.10;ReadPosRankSum=0.956	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:96:181,0,96
19	45972039	.	A	C	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:32:116,0,32
19	45986890	.	A	G	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=17.15;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:76:114,0,76
19	46023914	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	46029981	.	T	C	352.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=-1.150;DP=51;FS=1.357;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.053;QD=6.92;ReadPosRankSum=1.277	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:37,14:51:99:381,0,1337
19	46030154	.	G	A	99.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=-0.213;DP=24;FS=2.456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.498;QD=4.16;ReadPosRankSum=0.284	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,5:24:99:128,0,730
19	46031606	.	T	C	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
19	46032124	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
19	46050760	.	T	C	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
19	46052454	.	A	G	200.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=-0.573;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.573;QD=22.31;ReadPosRankSum=0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:97:229,0,97
19	46052911	.	T	C	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=8.55;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:71:71,0,113
19	46052975	.	T	C	146.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=-0.113;DP=16;FS=2.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.359;QD=9.17;ReadPosRankSum=0.227	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,5:16:99:175,0,433
19	46053050	.	C	T	302.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=-1.482;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.318;QD=18.92;ReadPosRankSum=0.741	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,9:16:99:331,0,252
19	46053232	.	T	C	80.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=-0.937;DP=7;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.54;ReadPosRankSum=-0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:109,0,151
19	46053267	.	T	C	30.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=5.13;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:59:59,0,158
19	46053304	.	T	C	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.898;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.898;QD=3.18;ReadPosRankSum=-0.898	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:60:60,0,328
19	46053316	.	T	C	72.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.106;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=6.62;ReadPosRankSum=0.382	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:99:101,0,327
19	46053340	.	T	C	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:116,0,34
19	46053359	.	T	C	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=-0.354;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.825;QD=2.62;ReadPosRankSum=-0.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:57:57,0,344
19	46053385	.	C	T	233.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=-0.312;DP=13;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.377;QD=17.98;ReadPosRankSum=-0.660	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,7:13:99:262,0,222
19	46054287	.	C	T	213.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=-0.421;DP=14;FS=5.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.299;QD=15.27;ReadPosRankSum=0.545	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,7:14:99:242,0,237
19	46054822	.	C	T	71.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.382;DP=11;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=6.52;ReadPosRankSum=-0.382	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:99:100,0,280
19	46055819	.	T	C	60.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=-0.925;DP=12;FS=2.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.555;QD=5.06;ReadPosRankSum=0.740	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,3:12:89:89,0,333
19	46056206	.	T	C	22.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=-1.086;DP=13;FS=7.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.493;QD=1.75;ReadPosRankSum=-0.888	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:51:51,0,871
19	46056207	.	T	C	22.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=-1.480;DP=13;FS=7.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=1.75;ReadPosRankSum=-1.086	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:51:51,0,871
19	46057081	.	A	G	471.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.921;DP=19;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.886;QD=24.83;ReadPosRankSum=-1.009	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,13:19:99:500,0,193
19	46118127	.	C	T	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
19	46122802	.	T	C	16.86	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=-0.639;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.274;QD=1.20;ReadPosRankSum=0.091	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:45:45,0,483
19	46122816	.	T	C	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=-1.061;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.354;QD=2.62;ReadPosRankSum=-0.825	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:57:57,0,365
19	46123197	.	T	C	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.589;ClippingRankSum=1.067;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=3.97;ReadPosRankSum=-1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:60:60,0,247
19	46130191	.	T	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
19	46133251	.	C	T	424.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=0.424;DP=54;FS=9.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.345;QD=7.87;ReadPosRankSum=0.128	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:40,14:54:99:453,0,3345
19	46133256	.	G	A	424.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=-0.691;DP=53;FS=6.950;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.180;QD=8.01;ReadPosRankSum=0.393	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:41,12:53:99:453,0,3345
19	46141677	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	46141845	.	T	C	407.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=-0.880;DP=71;FS=4.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.261;QD=5.74;ReadPosRankSum=0.866	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:56,15:71:99:436,0,2201
19	46142053	.	C	T	91.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:119,9,0
19	46191845	.	C	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=14.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:72,0,35
19	46204938	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
19	46205050	.	T	C	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
19	46206262	.	G	A	628.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.037;ClippingRankSum=2.350;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.567;QD=28.58;ReadPosRankSum=-2.429	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,17:22:99:657,0,158
19	46206425	.	T	C	180.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=-1.798;DP=19;FS=2.185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.570;QD=9.51;ReadPosRankSum=1.886	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,6:19:99:209,0,507
19	46206848	.	A	G	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=14.79;ReadPosRankSum=1.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:117,0,197
19	46206849	.	A	G	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=-0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=14.79;ReadPosRankSum=1.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:117,0,197
19	46206861	.	A	G	125.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=20.96;ReadPosRankSum=-1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:70:154,0,70
19	46206955	.	A	G	90.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=18.15;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:41:119,0,41
19	46206991	.	A	G	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.067;DP=9;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=3.86;ReadPosRankSum=-0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:63:63,0,249
19	46207001	.	A	G	20.80	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.751;DP=9;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=2.31;ReadPosRankSum=-0.751	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,1:9:49:49,0,604
19	46214244	.	A	G	244.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.351;DP=34;FS=1.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.429;QD=7.20;ReadPosRankSum=0.234	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,9:34:99:273,0,976
19	46214291	.	G	T	498.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:527,39,0
19	46214297	.	C	T	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.246;ClippingRankSum=-0.778;DP=14;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.246;QD=3.55;ReadPosRankSum=-0.311	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,3:14:78:78,0,427
19	46219145	.	G	C	298.10	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=-0.751;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=33.12;ReadPosRankSum=0.751	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,8:9:11:326,0,11
19	46268902	.	C	T	718.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.832;ClippingRankSum=-1.089;DP=27;FS=6.852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.717;QD=26.62;ReadPosRankSum=0.823	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,19:27:99:747,0,251
19	46269313	.	G	C	776.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=-0.136;DP=30;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.312;QD=25.89;ReadPosRankSum=0.317	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,21:30:99:805,0,295
19	46284947	.	T	C	191.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=-0.573;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=21.31;ReadPosRankSum=0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:68:220,0,68
19	46289392	.	G	C	482.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=-0.694;DP=34;FS=16.826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.624;QD=14.20;ReadPosRankSum=0.139	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,15:34:99:511,0,665
19	46289503	.	C	T	1016.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=-0.165;DP=39;FS=3.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.336;QD=26.07;ReadPosRankSum=0.274	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,32:39:99:1045,0,132
19	46290822	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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19	46319415	.	G	C	856.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=-2.022;DP=34;FS=3.157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.775;QD=25.20;ReadPosRankSum=1.569	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,24:34:99:885,0,320
19	46321539	.	G	C	76.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:104,9,0
19	46323942	.	G	T	265.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:294,21,0
19	46324023	.	T	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
19	46328057	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	46328058	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	46331302	.	C	G	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
19	46333787	.	C	T	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
19	46354558	.	G	A	41.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:69,6,0
19	46358425	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
19	46389326	.	C	T	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
19	46404579	.	A	G	460.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:489,36,0
19	46500358	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
19	46500359	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
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19	47287939	.	T	C	137.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=-1.531;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.306;QD=9.18;ReadPosRankSum=1.164	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,5:15:99:166,0,368
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19	47488891	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	47494945	.	T	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
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19	47739875	.	T	C	186.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=-0.633;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=18.68;ReadPosRankSum=1.133	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,6:10:99:215,0,137
19	47740491	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
19	47740773	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:78,0,35
19	47741293	.	A	T	80.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=16.15;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:68:109,0,68
19	47742055	.	T	C	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=5.68;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:68:68,0,178
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19	48705325	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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19	48715153	.	T	C	281.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.696;DP=13;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.437;QD=21.67;ReadPosRankSum=0.212	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,8:13:99:310,0,165
19	48720439	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
19	48722180	.	C	T	116.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.365;DP=10;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.365;QD=11.68;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:145,0,230
19	48737706	.	A	T	109.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.278;DP=11;FS=6.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.678;QD=9.98;ReadPosRankSum=-0.597	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,4:11:99:138,0,262
19	48737764	.	A	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,144
19	48753096	.	T	C	18.82	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=1.283;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.888;QD=1.34;ReadPosRankSum=-0.099	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:47:47,0,402
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19	48759091	.	T	G	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.365;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.365;QD=7.08;ReadPosRankSum=-0.365	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:99,0,442
19	48759136	.	T	G	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=7.55;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:66:66,0,100
19	48825102	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	48825103	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	48828241	.	C	G	47.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.93;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:22:76,0,22
19	48836231	.	G	T	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
19	48888797	.	C	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
19	48895957	.	A	G	96.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:124,9,0
19	48897512	.	A	G	165.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:194,15,0
19	48899297	.	T	C	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
19	48899434	.	G	A	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
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19	48900651	.	T	C	179.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=38.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:208,15,0
19	48949286	.	G	T	495.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=-0.109;DP=29;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.458;QD=17.10;ReadPosRankSum=0.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,15:29:99:524,0,497
19	48962921	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
19	48963165	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:77:81,0,77
19	48963166	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:77:81,0,77
19	48969879	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:78,0,34
19	48972539	.	A	C	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=6.79;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:69:69,0,139
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19	49141532	.	T	C	156.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:185,15,0
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19	49206462	.	C	T	274.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:303,21,0
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19	49252576	.	A	T	141.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=-0.851;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.470;QD=14.18;ReadPosRankSum=2.450	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:170,0,152
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19	49312779	.	C	T	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
19	49368843	.	T	C	163.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.956;QD=20.47;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:89:192,0,89
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19	49375900	.	T	C	922.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=-0.618;DP=72;FS=12.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.006;QD=12.82;ReadPosRankSum=1.194	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:43,28:71:99:951,0,1562
19	49376582	.	G	A	1532.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.025;ClippingRankSum=-0.313;DP=63;FS=21.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.392;QD=24.33;ReadPosRankSum=0.226	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,42:63:99:1561,0,738
19	49377086	.	T	C	1169.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=-1.017;DP=76;FS=4.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.660;QD=15.39;ReadPosRankSum=1.090	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:43,33:76:99:1198,0,1631
19	49377242	.	G	C	1121.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.633;ClippingRankSum=-0.108;DP=61;FS=6.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.190;QD=18.39;ReadPosRankSum=1.652	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,30:61:99:1150,0,1145
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19	49377436	.	G	C	1239.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.229;ClippingRankSum=-1.849;DP=74;FS=6.034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.949;QD=16.75;ReadPosRankSum=2.001	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:40,34:74:99:1268,0,1494
19	49378408	.	A	G	60.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.566;DP=11;FS=6.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.566;QD=5.52;ReadPosRankSum=-0.566	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:89:89,0,311
19	49378994	.	A	G	1112.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.086;ClippingRankSum=-0.529;DP=63;FS=4.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.945;QD=17.66;ReadPosRankSum=1.038	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:32,31:63:99:1141,0,1023
19	49379167	.	C	T	1554.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=-3.829;DP=54;FS=8.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.664;QD=28.79;ReadPosRankSum=2.262	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,32:54:99:1583,0,1513
19	49379182	.	G	C	1554.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.105;ClippingRankSum=-2.958;DP=53;FS=2.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.083;QD=29.34;ReadPosRankSum=2.884	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,34:53:99:1583,0,1513
19	49379902	.	C	T	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=10.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:60,0,35
19	49403565	.	A	C	24.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=4.96;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:53:53,0,108
19	49403677	.	G	C	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.44;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:74:74,0,77
19	49424217	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
19	49425772	.	T	C	1857.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,44:44:99:1886,132,0
19	49425838	.	G	A	1219.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.828;DP=66;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.854;QD=18.48;ReadPosRankSum=0.391	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:32,34:66:99:1248,0,1179
19	49426099	.	G	A	1059.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.279;ClippingRankSum=0.869;DP=56;FS=9.230;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.328;QD=18.92;ReadPosRankSum=-0.967	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:27,29:56:99:1088,0,1004
19	49427106	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
19	49427350	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	49427351	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	49427407	.	A	G	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.537;QD=13.96;ReadPosRankSum=-1.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:112,0,113
19	49427421	.	A	G	90.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=18.15;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:63:119,0,63
19	49442933	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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19	49562738	.	C	G	232.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:261,18,0
19	49563139	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
19	49563184	.	T	C	134.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=26.95;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:163,0,31
19	49563546	.	G	A	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.95;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:73:73,0,108
19	49563753	.	T	C	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=23.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:30:123,0,30
19	49563809	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:66:81,0,66
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19	49567400	.	C	T	186.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=-1.369;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.101;QD=13.34;ReadPosRankSum=1.493	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,6:13:99:215,0,256
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19	49621964	.	T	C	159.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.103;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.336;QD=15.98;ReadPosRankSum=0.103	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:188,0,185
19	49632079	.	C	A	483.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:512,36,0
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19	49654006	.	T	G	301.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.825;DP=11;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.354;QD=27.43;ReadPosRankSum=-1.061	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,9:11:38:330,0,38
19	49663073	.	C	T	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
19	49669561	.	C	G	14.68	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=14.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:41,3,0
19	49669577	.	A	G	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
19	49669931	.	G	C	180.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:209,15,0
19	49671151	.	G	A	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=9.19;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:65:65,0,71
19	49671207	.	G	A	408.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.730;ClippingRankSum=0.157;DP=29;FS=6.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.697;QD=14.10;ReadPosRankSum=-1.056	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,11:29:99:437,0,1481
19	49671212	.	T	G	408.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.630;ClippingRankSum=0.783;DP=30;FS=1.477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.318;QD=13.63;ReadPosRankSum=-1.545	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,12:30:99:437,0,1481
19	49671980	.	G	A	953.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=1.048;DP=32;FS=19.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.684;QD=29.81;ReadPosRankSum=0.775	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,25:32:99:982,0,203
19	49681281	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
19	49697634	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
19	49834455	.	C	T	233.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:262,18,0
19	49834734	.	T	C	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=6.29;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:66:66,0,150
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19	50093876	.	T	C	400.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.813;ClippingRankSum=0.680;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.227;QD=25.05;ReadPosRankSum=-0.680	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,11:16:99:429,0,152
19	50094186	.	C	G	74.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=-1.580;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=7.48;ReadPosRankSum=1.386	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:103,0,280
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19	50128905	.	C	T	304.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.466;ClippingRankSum=0.540;DP=13;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.312;QD=23.44;ReadPosRankSum=-1.157	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,9:13:99:333,0,138
19	50140092	.	G	A	1039.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.737;DP=72;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.188;QD=14.44;ReadPosRankSum=1.856	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:42,30:72:99:1068,0,1616
19	50149269	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
19	50154904	.	A	C	941.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:970,72,0
19	50156896	.	T	C	1337.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,33:33:99:1366,99,0
19	50161732	.	T	C	19.81	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.194;ClippingRankSum=1.097;DP=22;FS=8.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.175;QD=0.90;ReadPosRankSum=-0.940	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,5:22:48:48,0,548
19	50162909	.	C	G	793.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:822,60,0
19	50164390	.	T	C	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
19	50164810	.	C	G	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=4.72;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:66:66,0,237
19	50167726	.	C	G	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:77,0,36
19	50168927	.	A	C	262.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.808;ClippingRankSum=0.196;DP=31;FS=3.794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.805;QD=8.48;ReadPosRankSum=-0.413	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,9:31:99:291,0,681
19	50169020	.	T	C	307.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.635;ClippingRankSum=2.152;DP=30;FS=3.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.033;QD=10.26;ReadPosRankSum=-2.281	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,11:30:99:336,0,744
19	50176686	.	A	G	72.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=10.40;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:101,0,150
19	50192640	.	C	T	261.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:290,21,0
19	50294150	.	G	A	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:74,0,37
19	50303613	.	G	C	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
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19	50342111	.	G	A	74.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.573;DP=9;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=8.31;ReadPosRankSum=-0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:103,0,225
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19	50709368	.	C	T	140.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=23.46;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:28:169,0,28
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19	50726570	.	G	A	1642.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,40:40:99:1671,120,0
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19	50774581	.	G	A	123.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:151,12,0
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19	50816813	.	A	G	486.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:515,36,0
19	50818776	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=-0.198;DP=7;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,182
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19	50821325	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.69;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:72:75,0,72
19	50822142	.	T	C	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.19;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:66:69,0,66
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19	50822736	.	T	A	38.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:67:67,0,96
19	50878102	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	50983930	.	C	T	1337.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.283;ClippingRankSum=-2.323;DP=73;FS=1.926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.491;QD=18.33;ReadPosRankSum=2.676	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:36,37:73:99:1366,0,1238
19	50986074	.	G	A	454.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=-1.101;DP=42;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.790;QD=10.83;ReadPosRankSum=-0.427	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,16:42:99:483,0,954
19	50986092	.	C	T	825.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.926;DP=47;FS=4.201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.394;QD=17.57;ReadPosRankSum=-0.223	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,24:47:99:854,0,824
19	50987694	.	A	G	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:77,0,34
19	51009320	.	C	T	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=-0.676;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.268;QD=7.89;ReadPosRankSum=0.470	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:115,0,168
19	51214654	.	G	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
19	51214655	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
19	51228746	.	C	T	149.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=1.134;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.380;QD=12.48;ReadPosRankSum=0.529	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,5:12:99:178,0,260
19	51228802	.	T	G	246.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=-0.144;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.203;QD=14.52;ReadPosRankSum=-0.337	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,8:17:99:275,0,296
19	51306948	.	T	C	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=5.96;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:64:64,0,150
19	51430436	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
19	51445723	.	G	A	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
19	51445927	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:31:39,0,31
19	51446077	.	C	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
19	51446530	.	A	G	183.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:212,15,0
19	51447065	.	T	C	220.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:249,18,0
19	51447353	.	G	A	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
19	51447939	.	G	A	272.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:301,21,0
19	51447954	.	T	C	235.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:264,18,0
19	51448182	.	T	C	133.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:161,12,0
19	51449566	.	G	A	253.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:282,21,0
19	51450678	.	A	G	275.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:304,21,0
19	51451593	.	A	G	121.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=-0.937;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=17.40;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:150,0,114
19	51452250	.	T	C	3494.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,81:81:99:3523,244,0
19	51471983	.	A	C	62.73	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.874;DP=59;FS=8.042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.931;QD=1.06;ReadPosRankSum=0.072	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:51,7:58:99:100,0,1825
19	51480103	.	T	C	162.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=23.25;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:67:191,0,67
19	51485194	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
19	51485622	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
19	51487175	.	T	G	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
19	51492776	.	T	C	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:31:71,0,31
19	51519364	.	T	G	20.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.107;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.107;QD=1.73;ReadPosRankSum=-0.107	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:49:49,0,358
19	51584916	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	51593929	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	51595560	.	G	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
19	51595623	.	T	A	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:32:77,0,32
19	51841417	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
19	51845371	.	T	G	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
19	51867402	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	52090100	.	T	C	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:74,0,37
19	52204942	.	G	A	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=4.60;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:65:65,0,243
19	52212399	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
19	52213184	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	52213743	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
19	52529201	.	C	A	57.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.296;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=5.78;ReadPosRankSum=0.546	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:86:86,0,270
19	52535151	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
19	52535980	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:75:78,0,75
19	52646462	.	A	G	235.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:264,21,0
19	52659991	.	A	G	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:114,0,33
19	52660783	.	A	G	52.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:25:81,0,25
19	52704961	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
19	52794632	.	C	T	227.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=-1.670;DP=14;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.299;QD=16.27;ReadPosRankSum=1.792	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,7:14:99:256,0,265
19	52825235	.	A	G	258.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:287,21,0
19	52828640	.	A	C	223.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:252,18,0
19	53059235	.	T	G	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:76,0,37
19	53064940	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	53090157	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
19	53099608	.	T	G	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=22.44;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:118,0,33
19	53115785	.	T	A	144.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.306;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.061;QD=9.65;ReadPosRankSum=1.286	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,5:15:99:173,0,365
19	53115842	.	C	T	113.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.368;ClippingRankSum=0.922;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=14.22;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:142,0,153
19	53116060	.	G	A	369.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:398,27,0
19	53117531	.	C	T	515.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:544,39,0
19	53117809	.	C	A	268.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:297,21,0
19	53120249	.	T	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
19	53120393	.	C	T	221.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:250,18,0
19	53120559	.	C	T	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
19	53121171	.	A	G	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.988;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=14.13;ReadPosRankSum=-0.988	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:113,0,116
19	53121193	.	C	T	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
19	53121375	.	T	C	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.937;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.82;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:104,0,142
19	53121405	.	T	C	30.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=-0.898;DP=10;FS=11.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=3.08;ReadPosRankSum=1.271	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:59:59,0,274
19	53121441	.	T	C	121.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=0.000;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=13.53;ReadPosRankSum=0.421	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:150,0,225
19	53121442	.	T	C	208.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=-1.589;DP=9;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=23.20;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:57:237,0,57
19	53121455	.	T	C	244.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.296;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.386;QD=24.48;ReadPosRankSum=-1.580	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,7:10:98:273,0,98
19	53121470	.	T	C	15.88	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=-0.589;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.296;QD=1.44;ReadPosRankSum=-0.118	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:44:44,0,359
19	53121502	.	G	A	71.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=11.96;ReadPosRankSum=1.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:98:100,0,98
19	53121899	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
19	53122030	.	G	C	93.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
19	53145451	.	T	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
19	53147892	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
19	53149527	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
19	53150962	.	G	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
19	53152034	.	C	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
19	53152533	.	A	T	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
19	53152923	.	T	C	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
19	53153235	.	C	T	40.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:68,6,0
19	53154530	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
19	53155051	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:81,0,35
19	53158924	.	C	T	240.88	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.747;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=30.11;ReadPosRankSum=0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:16:269,0,16
19	53164088	.	A	G	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=15.95;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:71:108,0,71
19	53207182	.	C	T	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
19	53223528	.	G	A	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
19	53233196	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
19	53274795	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
19	53289975	.	A	G	192.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=-1.749;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.717;QD=17.52;ReadPosRankSum=1.532	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,6:11:99:221,0,177
19	53300984	.	C	T	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
19	53301187	.	A	T	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=10.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,1:4:70:70,0,158
19	53301194	.	C	T	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=13.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:70:70,0,158
19	53301245	.	T	C	59.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=1.001;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=6.64;ReadPosRankSum=-0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:88:88,0,217
19	53301677	.	A	G	247.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=-1.663;DP=11;FS=7.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=22.52;ReadPosRankSum=1.398	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,7:11:99:276,0,138
19	53302057	.	C	A	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=12.79;ReadPosRankSum=-0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:93:105,0,93
19	53302453	.	A	G	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.19;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:73:73,0,73
19	53302481	.	A	G	128.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=21.46;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:73:157,0,73
19	53302622	.	C	T	274.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=-2.007;DP=14;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.471;QD=19.63;ReadPosRankSum=2.007	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,8:14:99:303,0,213
19	53302737	.	T	C	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=-0.988;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.988;QD=14.63;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:116,0,110
19	53303527	.	A	G	216.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=-0.742;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=30.97;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:23:245,0,23
19	53342262	.	T	C	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=-0.937;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.82;ReadPosRankSum=0.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:111,0,150
19	53357172	.	C	T	179.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:208,15,0
19	53381429	.	G	T	270.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:299,21,0
19	53382381	.	T	C	141.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:169,12,0
19	53384185	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
19	53408069	.	A	G	238.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:267,18,0
19	53408165	.	G	C	182.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:211,15,0
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19	53940608	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	53943153	.	G	A	164.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:193,15,0
19	53943878	.	A	G	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
19	53944163	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	53944843	.	T	G	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
19	53945215	.	G	A	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
19	53945504	.	C	T	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
19	53945679	.	T	G	175.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:204,15,0
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19	53947818	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
19	53948386	.	A	G	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
19	53958126	.	T	G	255.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.747;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.747;QD=31.97;ReadPosRankSum=-0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:22:284,0,22
19	53958263	.	G	A	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
19	53959343	.	G	A	298.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.678;ClippingRankSum=-2.914;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.795;QD=16.60;ReadPosRankSum=2.737	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,9:18:99:327,0,320
19	53960224	.	T	C	121.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=-0.825;DP=11;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.031;QD=11.07;ReadPosRankSum=0.825	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,5:11:99:150,0,228
19	53960338	.	A	G	200.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=-2.383;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.133;QD=20.08;ReadPosRankSum=2.383	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,6:10:99:229,0,143
19	54024304	.	C	G	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:28:113,0,28
19	54024979	.	C	T	652.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:681,48,0
19	54025053	.	G	A	502.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:531,39,0
19	54025194	.	C	G	67.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.296;DP=10;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=6.78;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:96:96,0,254
19	54025201	.	A	G	447.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:476,33,0
19	54025288	.	C	G	153.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.267;ClippingRankSum=-1.200;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.533;QD=10.98;ReadPosRankSum=1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,5:14:99:182,0,317
19	54025918	.	T	C	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=4.60;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:65:65,0,239
19	54080144	.	A	G	546.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:575,42,0
19	54081898	.	G	A	267.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:296,24,0
19	54081915	.	A	G	268.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:297,21,0
19	54371907	.	T	G	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:76,0,37
19	54373879	.	A	G	192.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:221,15,0
19	54375793	.	A	G	30.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=10.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:59,0,34
19	54375864	.	A	G	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:76,0,35
19	54378029	.	T	C	64.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=1.448;DP=26;FS=9.249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.555;QD=2.49;ReadPosRankSum=1.791	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,8:15:93:93,0,116
19	54378030	.	T	C	31.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.511;ClippingRankSum=-2.388;DP=26;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.184;QD=1.22;ReadPosRankSum=-0.551	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,5:15:60:60,0,156
19	54378082	.	T	C	556.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=-2.235;DP=24;FS=6.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.521;QD=23.20;ReadPosRankSum=0.521	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,16:24:99:585,0,261
19	54378627	.	T	A	1221.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1250,87,0
19	54378789	.	C	G	1052.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1081,81,0
19	54379048	.	A	G	130.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.300;DP=49;FS=3.828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.157;QD=2.67;ReadPosRankSum=-1.729	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:42,7:49:99:159,0,1667
19	54379573	.	C	T	385.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:414,30,0
19	54486811	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
19	54492973	.	C	T	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
19	54614270	.	A	G	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=-0.762;DP=9;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.179;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:63:63,0,205
19	54614590	.	A	G	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=5.40;ReadPosRankSum=-0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:66:66,0,200
19	54614988	.	A	G	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:73,0,33
19	54631097	.	G	A	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
19	54631911	.	A	G	38.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=12.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:55:67,0,55
19	54631936	.	G	A	53.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=10.75;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:52:82,0,52
19	54632352	.	C	G	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
19	54632423	.	T	C	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.19;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:67:73,0,67
19	54634830	.	C	T	798.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=-1.798;DP=39;FS=16.435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.496;QD=20.48;ReadPosRankSum=1.657	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,22:39:99:827,0,570
19	54636724	.	C	T	79.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:107,9,0
19	54643387	.	C	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
19	54644288	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
19	54644494	.	T	C	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
19	54644550	.	C	G	132.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:160,12,0
19	54644879	.	G	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
19	54645821	.	A	G	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
19	54649671	.	T	C	1669.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,40:40:99:1698,120,0
19	54652203	.	T	C	1301.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=-0.446;DP=35;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=28.67;ReadPosRankSum=0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,34:35:62:1330,62,0
19	54662191	.	T	C	784.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.585;ClippingRankSum=-0.951;DP=31;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.035;QD=25.32;ReadPosRankSum=0.106	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,21:31:99:813,0,312
19	54664752	.	A	C	1568.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,38:38:99:1597,114,0
19	54676763	.	C	T	1002.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1031,78,0
19	54677167	.	G	T	1017.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1046,72,0
19	54677189	.	C	T	918.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:74:947,74,0
19	54677759	.	T	C	1662.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,40:40:99:1691,120,0
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19	54706772	.	A	C	130.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=26.15;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:159,0,31
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19	54708430	.	A	G	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=14.75;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:67:102,0,67
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19	54711258	.	T	G	400.89	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=-1.448;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.290;QD=33.41;ReadPosRankSum=1.448	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,11:12:2:427,0,2
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19	54955017	.	A	G	43.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:71,6,0
19	54956254	.	A	C	84.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:112,9,0
19	54956415	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	54956421	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	54957289	.	C	G	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
19	54958778	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	54959349	.	G	A	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
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19	54962463	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	54962467	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	54966579	.	C	G	1487.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,36:36:99:1516,108,0
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19	55553127	.	G	C	173.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=-1.186;DP=11;FS=6.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.717;QD=15.80;ReadPosRankSum=-0.466	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,6:11:99:202,0,146
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19	55553823	.	T	C	16.86	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.296;ClippingRankSum=0.589;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.354;QD=1.53;ReadPosRankSum=-0.825	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:45:45,0,339
19	55554232	.	A	G	224.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:253,18,0
19	55554550	.	A	C	234.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:263,18,0
19	55554711	.	C	T	270.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:299,21,0
19	55557497	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:33:39,0,33
19	55558259	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
19	55558922	.	C	T	140.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:168,12,0
19	55561405	.	G	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
19	55565310	.	A	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
19	55570574	.	A	G	752.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:781,57,0
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19	55574468	.	G	A	168.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=28.13;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:28:197,0,28
19	55590771	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
19	55598724	.	A	G	721.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.017;DP=36;FS=1.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.450;QD=20.05;ReadPosRankSum=0.217	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,20:35:99:750,0,535
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19	55644325	.	A	C	1346.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,32:32:96:1375,96,0
19	55655312	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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19	55671374	.	C	T	333.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:362,27,0
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19	55995710	.	A	G	117.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DP=10;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.78;ReadPosRankSum=0.365	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:146,0,207
19	55998863	.	C	T	316.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:345,24,0
19	56089353	.	C	T	339.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=-0.400;DP=23;FS=1.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.154;QD=14.77;ReadPosRankSum=0.092	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,11:23:99:368,0,443
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19	56113021	.	C	A	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
19	56114045	.	C	T	369.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.964;ClippingRankSum=-0.039;DP=20;FS=1.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.116;QD=18.49;ReadPosRankSum=0.116	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,12:20:99:398,0,269
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19	56150729	.	A	G	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
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19	56168524	.	C	T	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
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19	56171778	.	A	C	181.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:210,15,0
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19	56180968	.	C	T	2567.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,62:62:99:2596,186,0
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19	56185763	.	T	A	2515.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.33	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,62:62:99:2544,186,0
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19	56204365	.	G	A	889.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.705;ClippingRankSum=-1.027;DP=51;FS=2.371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.669;QD=17.45;ReadPosRankSum=0.876	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,25:51:99:918,0,922
19	56209583	.	T	A	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
19	56595551	.	T	A	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
19	56595733	.	T	C	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
19	56596459	.	T	C	14.68	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=14.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:41,3,0
19	56599405	.	C	G	393.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:422,30,0
19	56624656	.	G	C	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
19	56624712	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
19	56624818	.	C	T	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
19	56626448	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	56627348	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
19	56630092	.	C	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
19	56631317	.	G	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
19	56665179	.	G	A	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
19	56665891	.	C	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
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19	56671656	.	T	C	319.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.355;ClippingRankSum=-0.059;DP=15;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.120;QD=21.32;ReadPosRankSum=-0.059	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,9:15:99:348,0,198
19	56671692	.	G	A	285.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.910;ClippingRankSum=0.933;DP=18;FS=23.955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.755;QD=15.88;ReadPosRankSum=-0.933	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,10:18:99:314,0,287
19	56671981	.	C	T	501.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.208;DP=26;FS=1.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.363;QD=19.30;ReadPosRankSum=0.156	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,15:26:99:530,0,379
19	57068039	.	C	T	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
19	57134257	.	G	T	117.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=19.63;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:70:146,0,70
19	57135195	.	G	A	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
19	57765432	.	A	G	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=8.35;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:70:70,0,111
19	57773447	.	T	G	204.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.589;ClippingRankSum=1.067;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.589;QD=25.60;ReadPosRankSum=-1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:67:233,0,67
19	57806937	.	G	T	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
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19	57865082	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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19	57909297	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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19	57934340	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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19	57999182	.	A	G	221.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.656;ClippingRankSum=0.101;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.312;QD=17.06;ReadPosRankSum=-0.101	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,7:13:99:250,0,221
19	58001512	.	T	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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19	58005668	.	C	A	373.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=-1.898;DP=15;FS=17.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.531;QD=24.92;ReadPosRankSum=1.776	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,10:15:99:402,0,370
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19	58029668	.	T	C	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
19	58058246	.	T	C	395.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:424,30,0
19	58058536	.	A	G	439.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:468,33,0
19	58058739	.	T	C	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=14.13;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:113,0,111
19	58125712	.	C	T	29.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.733;ClippingRankSum=-0.898;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=2.98;ReadPosRankSum=1.271	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:58:58,0,280
19	58131576	.	T	C	101.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=1.157;DP=13;FS=6.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.231;QD=7.83;ReadPosRankSum=-1.157	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,4:13:99:130,0,343
19	58132106	.	A	C	381.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=1.323;DP=23;FS=6.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.385;QD=16.60;ReadPosRankSum=-1.077	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,11:23:99:410,0,461
19	58134272	.	G	A	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.248;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.001;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:99,0,214
19	58146539	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	58146545	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	58146549	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	58152361	.	T	A	196.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.741;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.036;QD=19.68;ReadPosRankSum=-0.633	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,6:10:99:225,0,145
19	58153000	.	T	C	307.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=-0.206;DP=19;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.124;QD=16.20;ReadPosRankSum=0.206	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,8:19:99:336,0,747
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19	58355748	.	A	G	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.19;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:117,0,33
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19	58356540	.	A	G	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=6.29;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:66:66,0,140
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19	58357271	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
19	58371741	.	A	G	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=14.75;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,1:5:99:102,0,355
19	58371749	.	A	G	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=1.001;DP=9;FS=6.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=8.20;ReadPosRankSum=-1.422	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:102,0,355
19	58372048	.	A	G	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
19	58372069	.	A	G	256.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.666;ClippingRankSum=-1.179;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=28.53;ReadPosRankSum=0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:57:285,0,57
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19	58372720	.	A	G	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.825;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.118;QD=2.62;ReadPosRankSum=1.061	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:57:57,0,865
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19	58372747	.	A	G	30.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=-1.179;DP=9;FS=3.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.067;QD=3.42;ReadPosRankSum=0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:59:59,0,286
19	58373322	.	A	G	38.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=11.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=6.46;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:67:67,0,155
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19	58374953	.	T	C	321.88	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.044;ClippingRankSum=0.696;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=32.19;ReadPosRankSum=-1.044	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,9:10:16:350,0,16
19	58375149	.	A	G	22.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=-0.099;DP=13;FS=3.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.888;QD=1.75;ReadPosRankSum=-0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:51:51,0,819
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19	58375158	.	A	G	166.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=-0.421;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.368;QD=20.85;ReadPosRankSum=0.421	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:195,0,364
19	58375321	.	A	G	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
19	58375761	.	A	G	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=-0.762;DP=9;FS=3.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.179;QD=3.75;ReadPosRankSum=0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:62:62,0,263
19	58375774	.	A	G	30.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=-1.589;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.589;QD=3.85;ReadPosRankSum=-0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:59:59,0,230
19	58376937	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:75,0,37
19	58377354	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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19	58377528	.	A	G	67.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.537;QD=11.29;ReadPosRankSum=-0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:96:96,0,113
19	58377908	.	A	G	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=7.13;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:71:71,0,143
19	58378285	.	A	G	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=-0.572;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:66:66,0,493
19	58378286	.	A	G	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.589;QD=3.78;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:66:66,0,493
19	58378326	.	A	G	27.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=-1.532;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.118;QD=2.52;ReadPosRankSum=-0.118	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:56:56,0,355
19	58378337	.	A	G	146.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=-1.186;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.143;QD=13.34;ReadPosRankSum=-0.143	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,5:11:99:175,0,220
19	58378349	.	A	G	116.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.036;DP=10;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.568;QD=11.68;ReadPosRankSum=0.365	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:145,0,232
19	58378516	.	A	G	219.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=-0.742;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=31.40;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:23:248,0,23
19	58379032	.	A	G	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=-0.988;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=14.29;ReadPosRankSum=0.988	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:114,0,119
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19	58383921	.	C	T	93.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
19	58384399	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
19	58455381	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
19	58638399	.	G	A	675.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:704,48,0
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19	58718269	.	G	A	203.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=-0.493;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.775;QD=9.26;ReadPosRankSum=0.141	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,7:22:99:232,0,586
19	58806606	.	C	T	12.99	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.532;ClippingRankSum=0.589;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.118;QD=1.18;ReadPosRankSum=-0.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:41:41,0,356
19	58807802	.	A	G	44.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=14.93;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:27:73,0,27
19	58807860	.	A	G	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:76,0,35
19	58809154	.	T	G	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
19	58812530	.	C	T	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.988;QD=11.79;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:99,0,105
19	58812657	.	C	T	174.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=0.365;DP=10;FS=13.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.741;QD=17.48;ReadPosRankSum=-0.365	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,6:10:99:203,0,146
19	58813720	.	C	A	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=9.94;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:66:68,0,66
19	58813932	.	C	T	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
19	58817370	.	T	A	93.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=23.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:122,0,34
19	58819113	.	A	G	84.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:27:113,0,27
19	58820450	.	A	G	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:30:123,0,30
19	58821088	.	T	C	176.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=29.46;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:26:205,0,26
19	58826534	.	A	G	199.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.839;ClippingRankSum=0.452;DP=14;FS=2.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.323;QD=14.27;ReadPosRankSum=-0.323	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,6:14:99:228,0,587
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19	58858676	.	A	G	47.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
19	58866434	.	G	A	88.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:26:117,0,26
19	58872853	.	G	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
19	58879965	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
19	58879976	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
19	58896384	.	G	C	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
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19	58929305	.	G	C	487.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:516,36,0
19	58982384	.	A	G	307.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:336,24,0
19	58986561	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
19	58987301	.	C	T	71.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:99,9,0
19	59010593	.	A	G	231.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:260,18,0
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19	59029306	.	G	A	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
19	59031473	.	G	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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19	59073871	.	G	A	229.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.223;ClippingRankSum=-1.799;DP=16;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.635;QD=14.36;ReadPosRankSum=1.694	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,7:16:99:258,0,317
19	59078073	.	A	G	90.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:118,9,0
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19	59093760	.	A	G	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.25;ReadPosRankSum=0.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:114,0,144
19	59094453	.	A	C	249.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.067;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.067;QD=27.75;ReadPosRankSum=-0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:59:278,0,59
19	59094709	.	C	G	200.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.398;ClippingRankSum=-0.896;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.663;QD=18.25;ReadPosRankSum=0.678	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,7:11:99:229,0,143
19	59095126	.	G	T	211.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.589;QD=26.47;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:63:240,0,63
19	59095482	.	A	G	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.19;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:113,0,34
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20	463995	.	T	C	372.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.463;ClippingRankSum=-0.909;DP=44;FS=1.337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=8.47;ReadPosRankSum=0.988	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:32,12:44:99:401,0,1263
20	473846	.	A	T	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
20	627414	.	A	G	1013.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=-0.184;DP=42;FS=4.873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.102;QD=24.14;ReadPosRankSum=-0.105	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,27:42:99:1042,0,524
20	628890	.	T	C	323.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.268;ClippingRankSum=-0.709;DP=56;FS=10.374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.709;QD=5.78;ReadPosRankSum=0.909	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:44,12:56:99:352,0,1786
20	629213	.	T	C	415.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=1.108;DP=51;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.910;QD=8.15;ReadPosRankSum=-1.045	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:37,14:51:99:444,0,1474
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20	837800	.	T	C	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
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20	1147775	.	G	A	474.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=-0.570;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.272;QD=24.99;ReadPosRankSum=0.482	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,13:19:99:503,0,191
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20	1350508	.	A	G	220.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:249,18,0
20	1350672	.	T	C	854.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.523;ClippingRankSum=-0.073;DP=75;FS=1.977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.084;QD=11.40;ReadPosRankSum=-1.017	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:50,25:75:99:883,0,2005
20	1350709	.	T	C	1825.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.496;ClippingRankSum=0.945;DP=44;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.236;QD=30.81;ReadPosRankSum=0.945	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,43:44:92:1854,92,0
20	1350801	.	G	A	60.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=-0.546;DP=10;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=6.08;ReadPosRankSum=0.546	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:89:89,0,264
20	1355774	.	G	A	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:78,0,37
20	1356261	.	G	C	138.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:166,12,0
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20	1430550	.	T	C	272.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:301,21,0
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20	1436329	.	C	T	129.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=25.95;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:158,0,31
20	1438230	.	C	T	143.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.103;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.470;QD=14.38;ReadPosRankSum=0.103	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:172,0,180
20	1440945	.	G	A	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:78,0,36
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20	1592312	.	T	C	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
20	1610201	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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20	1894335	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
20	1895889	.	G	C	546.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:575,42,0
20	1895963	.	A	G	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
20	1895965	.	C	A	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
20	1910212	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
20	1918187	.	C	T	251.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.471;DP=21;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.195;QD=11.99;ReadPosRankSum=-0.471	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,8:21:99:280,0,475
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20	2097688	.	T	C	672.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=-0.323;DP=32;FS=1.340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.095;QD=21.02;ReadPosRankSum=0.285	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,18:32:99:701,0,500
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20	2124604	.	C	T	137.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=1.307;DP=9;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.876;QD=15.31;ReadPosRankSum=-1.307	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:166,0,141
20	2125104	.	A	G	604.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.304;ClippingRankSum=-2.030;DP=35;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.578;QD=17.28;ReadPosRankSum=2.129	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,17:35:99:633,0,670
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20	2125837	.	A	G	447.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.425;ClippingRankSum=-0.811;DP=29;FS=15.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.197;QD=15.44;ReadPosRankSum=0.811	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,13:29:99:476,0,597
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20	2127930	.	C	T	440.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.667;DP=26;FS=8.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.051;QD=16.95;ReadPosRankSum=-0.821	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,13:26:99:469,0,461
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20	2443441	.	G	A	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
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20	2624150	.	A	G	179.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:208,15,0
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20	3158821	.	A	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
20	3158907	.	A	G	140.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:169,15,0
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20	3159498	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,128
20	3159504	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,128
20	3161010	.	C	T	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
20	3164686	.	T	C	137.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:165,12,0
20	3165887	.	C	G	61.96	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:5:89,5,0
20	3165888	.	A	G	61.96	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:5:89,5,0
20	3165965	.	G	A	96.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:124,9,0
20	3166537	.	G	T	46.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
20	3168405	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:60:78,0,60
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20	3201391	.	A	G	23.79	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=1.589;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=2.97;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:52:52,0,228
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20	3201860	.	C	T	131	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:13:169,13,0
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20	3202129	.	T	C	651.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:680,48,0
20	3202189	.	T	C	393.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:422,30,0
20	3202764	.	T	A	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
20	3204084	.	G	A	2743.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,63:63:99:2772,190,0
20	3214819	.	T	G	284.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.358;DP=24;FS=10.488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.477;QD=11.87;ReadPosRankSum=0.119	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,9:24:99:313,0,548
20	3218563	.	T	C	171.84	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=28.64;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:18:200,0,18
20	3221383	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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20	3231340	.	C	G	121.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.300;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=17.40;ReadPosRankSum=-0.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:150,0,105
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20	3232031	.	C	T	142.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=1.000;DP=12;FS=2.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.134;QD=11.90;ReadPosRankSum=0.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,5:12:99:171,0,273
20	3232099	.	C	A	329.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.733;ClippingRankSum=-0.667;DP=14;FS=5.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=23.55;ReadPosRankSum=1.733	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,9:14:99:358,0,168
20	3244105	.	G	T	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=17.15;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:72:114,0,72
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20	3285140	.	T	C	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
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20	3515951	.	C	T	463.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.601;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.202;QD=21.08;ReadPosRankSum=0.534	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,13:22:99:492,0,318
20	3564672	.	C	T	447.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=-1.001;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.685;QD=26.34;ReadPosRankSum=0.896	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,12:17:99:476,0,163
20	3603837	.	C	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
20	3628918	.	T	C	490.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:519,39,0
20	3629701	.	G	A	274.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.817;DP=13;FS=9.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=21.14;ReadPosRankSum=-0.817	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,8:13:99:303,0,169
20	3630249	.	T	C	909.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:938,66,0
20	3630563	.	A	G	755.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:784,54,0
20	3631558	.	C	T	759.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:788,54,0
20	3767149	.	C	A	109.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=21.95;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:30:138,0,30
20	3787569	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
20	3787570	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
20	3788974	.	G	A	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
20	3788985	.	G	T	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
20	3805458	.	A	G	22.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.888;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.493;QD=1.75;ReadPosRankSum=0.888	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:51:51,0,750
20	3805459	.	A	G	112.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=1.620;DP=13;FS=2.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.540;QD=8.67;ReadPosRankSum=1.466	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,4:13:99:141,0,344
20	3805472	.	A	G	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.606;ClippingRankSum=1.437;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.085;QD=3.67;ReadPosRankSum=-1.268	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,3:13:76:76,0,387
20	3838441	.	C	G	517.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.645;ClippingRankSum=0.138;DP=28;FS=11.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.046;QD=18.49;ReadPosRankSum=-1.704	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,15:28:99:546,0,459
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20	3845860	.	G	A	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
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20	3848102	.	A	G	196.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=-1.378;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.583;QD=16.40;ReadPosRankSum=1.191	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,6:12:99:225,0,218
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20	3848158	.	A	G	325.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=-0.555;DP=20;FS=1.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.792;QD=16.29;ReadPosRankSum=-0.713	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,7:20:99:354,0,514
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20	3848168	.	A	G	116.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=-1.755;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.302;QD=6.49;ReadPosRankSum=0.849	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,4:17:99:145,0,1766
20	3848225	.	A	G	152.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.438;ClippingRankSum=0.332;DP=22;FS=1.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.511;QD=6.94;ReadPosRankSum=-0.184	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,6:22:99:181,0,616
20	3848416	.	A	C	1041.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.054;ClippingRankSum=-0.093;DP=42;FS=2.878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.414;QD=24.80;ReadPosRankSum=0.147	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,28:42:99:1070,0,489
20	3849010	.	A	G	135.80	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=27.16;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:21:164,0,21
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20	3849026	.	A	G	135.80	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.54	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,3:3:21:164,0,21
20	3849027	.	A	G	135.80	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.84	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,3:3:21:164,0,21
20	3849263	.	A	G	140.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.061;DP=15;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.919;QD=9.38;ReadPosRankSum=1.041	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,5:15:99:169,0,379
20	3849357	.	A	G	176.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.050;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.151;QD=10.40;ReadPosRankSum=0.854	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,6:17:99:205,0,403
20	3849401	.	A	G	113.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.633;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.036;QD=10.34;ReadPosRankSum=1.568	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:142,0,476
20	3849403	.	A	G	331.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.386;ClippingRankSum=0.296;DP=11;FS=7.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.895;QD=30.16;ReadPosRankSum=1.386	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,7:10:99:360,0,124
20	3849413	.	A	G	142.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=1.134;DP=13;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.825;QD=10.98;ReadPosRankSum=0.929	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,4:12:99:171,0,519
20	3849448	.	A	G	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=-2.239;DP=11;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.354;QD=2.62;ReadPosRankSum=-1.061	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:57:57,0,311
20	3849714	.	A	G	103.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.157;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.783;QD=4.72;ReadPosRankSum=1.724	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,5:22:99:132,0,740
20	3849736	.	C	T	28.77	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.212;DP=20;FS=6.607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.011;QD=1.44;ReadPosRankSum=1.482	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,3:20:57:57,0,943
20	3849774	.	A	G	271.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.610;ClippingRankSum=-2.023;DP=19;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.619;QD=14.30;ReadPosRankSum=1.445	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,8:19:99:300,0,614
20	3849777	.	A	G	578.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.435;ClippingRankSum=-1.065;DP=19;FS=8.512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.231;QD=30.46;ReadPosRankSum=2.176	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,14:19:99:607,0,143
20	3849937	.	A	G	78.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.754;QD=11.25;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:107,0,151
20	3850002	.	A	G	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=-2.166;DP=10;FS=2.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.546;QD=7.68;ReadPosRankSum=1.580	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:105,0,305
20	3850027	.	A	G	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=25.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:99:105,0,305
20	3850191	.	A	G	502.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=1.317;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.244;QD=29.57;ReadPosRankSum=0.927	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,10:17:99:531,0,603
20	3850201	.	A	G	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.269;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.538;QD=3.24;ReadPosRankSum=2.018	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,3:16:80:80,0,1167
20	3850213	.	A	G	502.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.395;ClippingRankSum=-2.165;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.337;QD=29.57;ReadPosRankSum=-1.395	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,8:17:99:531,0,603
20	3850273	.	A	G	56.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.934;DP=14;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.467;QD=4.05;ReadPosRankSum=0.467	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,3:14:85:85,0,348
20	3850391	.	A	G	235.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.296;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=23.58;ReadPosRankSum=0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,7:10:99:264,0,104
20	3850432	.	A	G	108.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.909;ClippingRankSum=-1.626;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.061;QD=7.77;ReadPosRankSum=0.919	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,4:14:99:137,0,363
20	3850435	.	A	G	116.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.533;DP=13;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.437;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.437	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,5:13:99:145,0,288
20	3850487	.	A	G	26.78	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=0.482;DP=26;FS=2.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.043;QD=1.03;ReadPosRankSum=-0.642	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,3:26:55:55,0,929
20	3850513	.	A	G	136.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=-1.746;DP=20;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.873;QD=6.84;ReadPosRankSum=0.524	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,5:20:99:165,0,1185
20	3850514	.	A	G	136.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=-2.268;DP=19;FS=4.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.157;QD=7.20;ReadPosRankSum=0.139	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,5:19:99:165,0,1185
20	3850968	.	T	C	701.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.298;DP=29;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.354;QD=24.20;ReadPosRankSum=-0.436	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,19:29:99:730,0,348
20	3851191	.	A	G	214.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=1.422;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=23.86;ReadPosRankSum=0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:99:243,0,234
20	3851192	.	A	G	214.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=1.422;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.573;QD=23.86;ReadPosRankSum=-0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:99:243,0,234
20	3851209	.	A	G	369.98	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=-1.107;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.423;QD=33.63;ReadPosRankSum=0.474	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,10:11:13:398,0,13
20	3851551	.	A	G	382.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=1.368;DP=20;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.292;QD=19.14;ReadPosRankSum=-1.292	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,11:20:99:411,0,331
20	3851657	.	A	G	32.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=4.10;ReadPosRankSum=-0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:61:61,0,217
20	3851693	.	A	G	27.77	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.544;DP=25;FS=8.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.209;QD=1.11;ReadPosRankSum=-1.045	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,3:25:56:56,0,923
20	3851713	.	A	G	37.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.780;ClippingRankSum=-0.046;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.050;QD=1.64;ReadPosRankSum=-0.046	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,3:23:66:66,0,789
20	3851737	.	A	G	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=5.25;ReadPosRankSum=1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:65:65,0,186
20	3852829	.	A	G	180.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=1.184;DP=19;FS=2.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.921;QD=9.51;ReadPosRankSum=-0.132	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,6:19:99:209,0,516
20	3852858	.	A	G	343.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.021;ClippingRankSum=-0.176;DP=21;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.091;QD=16.37;ReadPosRankSum=-0.317	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,10:21:99:372,0,370
20	3853067	.	A	G	124.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=-2.346;DP=24;FS=9.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.498;QD=5.20;ReadPosRankSum=2.843	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,5:24:99:153,0,721
20	3853420	.	T	C	479.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=-0.332;DP=34;FS=5.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.087;QD=14.11;ReadPosRankSum=0.402	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,14:34:99:508,0,762
20	3853551	.	G	A	452.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=-0.829;DP=28;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.060;QD=16.17;ReadPosRankSum=0.691	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,13:28:99:481,0,561
20	3853774	.	A	G	651.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.235;ClippingRankSum=-0.209;DP=32;FS=3.254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.956;QD=20.37;ReadPosRankSum=0.095	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,18:32:99:680,0,499
20	3853956	.	A	G	113.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=-0.531;DP=36;FS=4.357;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.064;QD=3.16;ReadPosRankSum=0.191	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:30,6:36:99:142,0,1175
20	3853967	.	A	G	217.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.449;ClippingRankSum=-0.987;DP=33;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.147;QD=6.60;ReadPosRankSum=0.819	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,8:33:99:246,0,978
20	3854060	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.621;ClippingRankSum=0.615;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.391;QD=2.15;ReadPosRankSum=-0.056	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,3:19:69:69,0,1334
20	3854061	.	A	G	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=1.087;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.276;QD=4.59;ReadPosRankSum=0.425	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,4:20:99:120,0,637
20	3854644	.	A	C	795.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=-1.246;DP=35;FS=1.387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.905;QD=22.74;ReadPosRankSum=0.700	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,22:35:99:824,0,444
20	3855398	.	C	T	284.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=1.795;DP=23;FS=11.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.094;QD=12.38;ReadPosRankSum=-1.228	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,9:23:99:313,0,522
20	3855427	.	T	C	299.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=1.148;DP=18;FS=2.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.265;QD=16.65;ReadPosRankSum=1.501	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,9:18:99:328,0,323
20	3855942	.	A	G	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=-0.581;DP=24;FS=5.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=3.16;ReadPosRankSum=1.356	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,4:24:99:104,0,872
20	3862208	.	C	T	137.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:165,12,0
20	3870124	.	G	C	188.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=-1.406;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.910;QD=13.48;ReadPosRankSum=1.524	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,7:14:99:217,0,216
20	3888898	.	G	A	177.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=-0.922;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=11.11;ReadPosRankSum=0.163	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,6:16:99:206,0,391
20	3905907	.	A	G	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:70:70,0,116
20	3907425	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
20	3907469	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
20	3907470	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
20	3907475	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
20	3909309	.	G	A	399.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:428,30,0
20	3909319	.	T	C	115.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=-1.307;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=12.86;ReadPosRankSum=0.361	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:144,0,183
20	3909568	.	T	C	21.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=-1.061;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.118;QD=1.98;ReadPosRankSum=2.003	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:50:50,0,368
20	3909578	.	T	C	198.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=-0.143;DP=12;FS=6.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.143;QD=16.56;ReadPosRankSum=-0.825	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,5:11:99:227,0,265
20	3909581	.	T	C	111.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.180;ClippingRankSum=-1.239;DP=13;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.536;QD=8.60;ReadPosRankSum=-0.929	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,4:12:99:140,0,601
20	3909607	.	T	C	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=-0.573;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.054;QD=8.20;ReadPosRankSum=1.001	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:102,0,277
20	3909674	.	T	C	61.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.371;ClippingRankSum=-1.227;DP=15;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.650;QD=4.12;ReadPosRankSum=0.794	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,3:15:90:90,0,482
20	3909939	.	T	C	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.948;ClippingRankSum=0.829;DP=18;FS=6.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.066;QD=2.10;ReadPosRankSum=0.237	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,3:18:66:66,0,754
20	3909964	.	T	C	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.490;ClippingRankSum=-0.298;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.468;QD=3.49;ReadPosRankSum=0.809	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,4:22:99:105,0,804
20	3910024	.	T	C	109.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=-0.417;DP=19;FS=5.180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.602;QD=5.78;ReadPosRankSum=-0.324	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,5:19:99:138,0,957
20	3910035	.	T	C	388.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=-0.449;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.021;QD=20.46;ReadPosRankSum=2.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,9:19:99:417,0,368
20	3911270	.	T	G	822.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:851,60,0
20	3911290	.	A	T	979.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1008,72,0
20	3912359	.	C	T	1219.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1248,87,0
20	3912426	.	G	A	857.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:886,60,0
20	3912637	.	G	T	916.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:945,63,0
20	3912638	.	C	G	916.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:945,63,0
20	3913123	.	G	T	842.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:871,60,0
20	3916592	.	T	C	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
20	4004691	.	C	T	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
20	4086582	.	A	T	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
20	4137627	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
20	4147075	.	G	T	190.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:219,15,0
20	4162411	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
20	4163302	.	A	G	973.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.873;ClippingRankSum=0.639;DP=58;FS=11.980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.169;QD=16.79;ReadPosRankSum=-0.452	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,27:58:99:1002,0,1157
20	4164283	.	A	G	911.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.688;ClippingRankSum=-0.130;DP=64;FS=2.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.116;QD=14.25;ReadPosRankSum=0.772	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:38,26:64:99:940,0,1448
20	4201984	.	C	T	78.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=-0.988;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=13.13;ReadPosRankSum=1.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:107,0,110
20	4444161	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
20	4669534	.	G	A	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:78,0,37
20	4671225	.	T	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
20	4675980	.	G	A	208.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=29.83;ReadPosRankSum=-0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:25:237,0,25
20	4677092	.	G	A	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=0.550;DP=7;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.97;ReadPosRankSum=-0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:112,0,150
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20	4677369	.	A	G	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.94;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:116,0,34
20	4680251	.	A	G	950.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.945;ClippingRankSum=-2.677;DP=73;FS=1.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.110;QD=13.02;ReadPosRankSum=0.558	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:44,29:73:99:979,0,1647
20	4833623	.	G	C	225.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.876;ClippingRankSum=1.299;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.722;QD=13.28;ReadPosRankSum=-1.107	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,8:17:99:254,0,353
20	4834338	.	C	T	343.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.007;ClippingRankSum=0.488;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.705;QD=21.49;ReadPosRankSum=-0.271	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,10:16:99:372,0,219
20	4834894	.	G	A	334.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=-1.247;DP=16;FS=8.383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.030;QD=20.92;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,10:16:99:363,0,206
20	4835338	.	C	A	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=-0.762;DP=9;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=3.53;ReadPosRankSum=0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:60:60,0,257
20	4836440	.	C	T	231.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.445;ClippingRankSum=-0.906;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.540;QD=12.88;ReadPosRankSum=0.634	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,7:18:99:260,0,405
20	4836744	.	G	A	96.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=-0.065;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.196;QD=6.45;ReadPosRankSum=-0.065	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,4:15:99:125,0,430
20	4837063	.	A	G	109.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.246;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=9.98;ReadPosRankSum=1.246	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,4:11:99:138,0,265
20	4837321	.	G	C	214.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=0.439;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.317;QD=12.63;ReadPosRankSum=-0.439	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,7:17:99:243,0,389
20	4843609	.	G	A	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:43:78,0,43
20	4843887	.	C	T	147.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=-1.000;DP=12;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.635;QD=12.31;ReadPosRankSum=1.461	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,5:12:99:176,0,403
20	4843892	.	A	G	147.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.922;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.368;QD=18.47;ReadPosRankSum=0.421	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:176,0,403
20	4844291	.	C	T	66.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=-0.731;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.386;QD=6.68;ReadPosRankSum=0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:95:95,0,270
20	4847201	.	C	T	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=20.88;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:70:70,0,114
20	4847211	.	C	G	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:70:70,0,114
20	4851901	.	A	G	170.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:199,15,0
20	4854682	.	A	G	388.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.206;DP=19;FS=16.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.372;QD=20.46;ReadPosRankSum=-0.454	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,11:19:99:417,0,296
20	5076575	.	A	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
20	5080740	.	G	A	299.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0.549;DP=32;FS=6.127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.224;QD=9.37;ReadPosRankSum=-0.630	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,10:32:99:328,0,861
20	5081049	.	T	C	1333.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,31:31:93:1362,93,0
20	5099636	.	G	A	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
20	5166418	.	G	A	625.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.381;ClippingRankSum=0.460;DP=30;FS=1.723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.423;QD=20.86;ReadPosRankSum=0.711	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,17:30:99:654,0,438
20	5171165	.	A	G	143.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=1.256;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.271;QD=11.06;ReadPosRankSum=-1.256	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,5:13:99:172,0,311
20	5172034	.	C	T	120.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.652;ClippingRankSum=-1.159;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=13.42;ReadPosRankSum=1.159	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:149,0,175
20	5172751	.	C	T	396.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:425,30,0
20	5174039	.	C	T	276.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:305,21,0
20	5174600	.	G	A	77.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.988;QD=12.96;ReadPosRankSum=-0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:106,0,111
20	5175237	.	C	T	38.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=5.54;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:67:67,0,197
20	5175523	.	A	G	17.84	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=2.23;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:46:46,0,222
20	5175539	.	A	G	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=-0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=14.79;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:117,0,114
20	5175546	.	A	G	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=5.25;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:65:65,0,332
20	5175804	.	A	G	69.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.895;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=6.98;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:98:98,0,261
20	5176626	.	G	T	159.80	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=26.63;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:21:188,0,21
20	5176667	.	T	A	138.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:166,12,0
20	5177675	.	C	T	117.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=-0.633;DP=10;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.365;QD=11.78;ReadPosRankSum=0.365	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:146,0,238
20	5525355	.	C	T	41.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=-1.398;DP=42;FS=4.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.592;QD=0.99;ReadPosRankSum=1.709	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:37,5:42:70:70,0,1404
20	5525607	.	A	C	629.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=-1.742;DP=34;FS=5.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.190;QD=18.52;ReadPosRankSum=0.017	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,18:34:99:658,0,582
20	5525635	.	T	C	285.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=-0.553;DP=26;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=10.99;ReadPosRankSum=-0.553	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,10:26:99:314,0,579
20	5525986	.	T	C	1227.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1256,87,0
20	5526032	.	A	G	1221.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1250,87,0
20	5526113	.	A	G	1037.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.383;DP=34;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.959;QD=30.52;ReadPosRankSum=0.469	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,27:34:99:1066,0,209
20	5526767	.	C	T	331.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.230;ClippingRankSum=1.180;DP=27;FS=13.955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.176;QD=12.29;ReadPosRankSum=-1.180	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,10:27:99:360,0,669
20	5531867	.	T	C	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:29:79,0,29
20	5534933	.	C	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
20	5542546	.	C	T	188.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:217,15,0
20	5542683	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
20	5544391	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
20	5550451	.	G	A	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:63:78,0,63
20	5550618	.	A	T	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
20	5552076	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
20	5555632	.	C	T	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.19;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:73:73,0,79
20	5565495	.	C	T	441.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=-0.544;DP=30;FS=3.325;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.963;QD=14.73;ReadPosRankSum=0.628	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,13:30:99:470,0,630
20	5566109	.	C	T	637.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:666,45,0
20	5568064	.	A	G	181.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:210,15,0
20	5568106	.	T	C	68.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.382;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.566;QD=6.25;ReadPosRankSum=0.978	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:97:97,0,278
20	5568129	.	T	C	24.78	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=0.107;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.396;QD=1.91;ReadPosRankSum=1.182	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:53:53,0,461
20	5568138	.	T	C	24.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=-0.589;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.532;QD=2.07;ReadPosRankSum=-0.825	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:53:53,0,432
20	5568284	.	T	C	102.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=-1.036;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.741;QD=10.28;ReadPosRankSum=0.365	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:131,0,229
20	5568291	.	T	C	111.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=2.017;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=13.97;ReadPosRankSum=-1.638	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:140,0,134
20	5569051	.	T	C	17.84	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.817;DP=28;FS=2.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.223;QD=0.64;ReadPosRankSum=-0.966	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,3:28:46:46,0,1009
20	5569822	.	G	C	747.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:776,54,0
20	5570092	.	T	C	206.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=1.447;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.365;QD=20.68;ReadPosRankSum=1.866	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,6:10:99:235,0,145
20	5570095	.	T	C	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=1.214;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=7.38;ReadPosRankSum=0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:102,0,457
20	5570144	.	A	G	312.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:341,24,0
20	5571034	.	T	C	201.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.378;ClippingRankSum=-0.583;DP=12;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.779;QD=16.81;ReadPosRankSum=0.259	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,6:12:99:230,0,219
20	5571089	.	T	C	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=-1.067;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=4.72;ReadPosRankSum=-1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:66:66,0,206
20	5571964	.	A	G	659.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:688,48,0
20	5572941	.	T	C	189.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=1.191;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.259;QD=15.81;ReadPosRankSum=-1.191	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,6:12:99:218,0,222
20	5573659	.	A	G	483.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:512,36,0
20	5577000	.	C	T	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
20	5577425	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
20	5582457	.	G	T	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
20	5582598	.	G	T	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
20	5589808	.	C	T	42.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:70,6,0
20	5590057	.	G	A	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
20	5636945	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
20	5729285	.	G	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
20	5729288	.	C	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:9:132,9,0
20	5729290	.	A	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:9:132,9,0
20	5753579	.	C	T	313.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.928;ClippingRankSum=-0.718;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.172;QD=15.69;ReadPosRankSum=0.416	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,10:20:99:342,0,374
20	5795483	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
20	5799408	.	C	T	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
20	5843812	.	T	C	400.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.558;ClippingRankSum=-1.055;DP=17;FS=7.911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.658;QD=23.57;ReadPosRankSum=1.055	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,11:17:99:429,0,191
20	5844121	.	C	T	514.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.807;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.388;QD=22.38;ReadPosRankSum=-1.065	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,15:23:99:543,0,266
20	5844122	.	A	G	949.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:978,66,0
20	5918693	.	G	A	580.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=-1.028;DP=26;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.290;QD=22.34;ReadPosRankSum=1.186	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,16:26:99:609,0,353
20	5922821	.	T	C	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:77,0,35
20	5923203	.	T	C	628.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=-2.884;DP=36;FS=5.002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.349;QD=17.47;ReadPosRankSum=3.042	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,17:36:99:657,0,1424
20	5923204	.	T	C	628.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=-2.979;DP=36;FS=5.002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.236;QD=17.47;ReadPosRankSum=2.662	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,17:36:99:657,0,1424
20	5928245	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
20	5931473	.	G	A	236.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.380;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.380;QD=19.73;ReadPosRankSum=-0.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,7:12:99:265,0,172
20	5933108	.	C	A	398.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=-0.362;DP=18;FS=4.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.634;QD=22.15;ReadPosRankSum=0.453	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,11:18:99:427,0,254
20	5951674	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
20	5963742	.	C	T	266.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=0.253;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.543;QD=12.70;ReadPosRankSum=-0.181	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,8:21:99:295,0,498
20	5986749	.	T	C	176.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:205,15,0
20	6011882	.	G	T	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
20	6047987	.	T	G	141.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:169,12,0
20	6048153	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
20	6048331	.	T	C	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
20	6050142	.	T	C	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
20	6050478	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
20	6050977	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
20	6051034	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
20	6051076	.	G	A	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
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20	6056356	.	G	A	830.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:859,60,0
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20	6064710	.	A	G	595.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=-0.503;DP=37;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.107;QD=16.10;ReadPosRankSum=-0.503	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,17:37:99:624,0,763
20	6065729	.	C	T	400.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=1.326;DP=36;FS=3.164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.117;QD=11.13;ReadPosRankSum=-0.117	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,12:36:99:429,0,1641
20	6065731	.	T	C	400.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.621;ClippingRankSum=1.628;DP=36;FS=2.951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.453;QD=11.13;ReadPosRankSum=-0.453	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,12:36:99:429,0,1641
20	6100088	.	A	G	677.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.021;DP=30;FS=1.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.334;QD=22.59;ReadPosRankSum=0.360	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,18:30:99:706,0,453
20	6100230	.	A	C	236.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:265,18,0
20	6100241	.	A	G	236.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:265,18,0
20	6100367	.	T	C	233.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:262,18,0
20	6103507	.	G	C	228.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.368;DP=16;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.263;QD=14.30;ReadPosRankSum=1.313	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,8:16:99:257,0,265
20	6103587	.	T	C	282.84	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.751;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=31.43;ReadPosRankSum=-0.751	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,8:9:18:311,0,18
20	6104048	.	C	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.69;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:73:75,0,73
20	6104068	.	C	T	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
20	7961007	.	T	C	207.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.248;DP=9;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.573;QD=23.09;ReadPosRankSum=-0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:97:236,0,97
20	7961715	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
20	7967980	.	G	C	229.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=-1.093;DP=13;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.377;QD=17.67;ReadPosRankSum=1.369	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,7:13:99:258,0,220
20	7980390	.	C	T	542.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:571,42,0
20	8000386	.	A	G	137.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:165,12,0
20	8403772	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
20	8633433	.	T	C	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.44;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:118,0,34
20	8755243	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
20	8865006	.	C	T	79.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:107,9,0
20	9339432	.	T	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
20	9339434	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
20	9339440	.	T	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
20	10036845	.	A	G	212.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=-0.248;DP=9;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.573;QD=23.64;ReadPosRankSum=0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:99:241,0,105
20	10036846	.	A	G	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=-0.898;DP=10;FS=4.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:57:57,0,442
20	10036966	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
20	10036970	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:85,6,0
20	10037034	.	A	G	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=15.95;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:99:108,0,290
20	10037041	.	A	G	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=11.40;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:99:108,0,290
20	10576470	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
20	10600436	.	A	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
20	10603750	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
20	10604466	.	G	A	213.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:242,18,0
20	10604841	.	G	A	242.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:271,21,0
20	10618574	.	T	C	1658.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,39:39:99:1687,117,0
20	10620386	.	A	G	2968.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,68:68:99:2997,205,0
20	10621305	.	A	C	238.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:267,18,0
20	10622834	.	G	T	185.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:214,15,0
20	10622862	.	C	T	138.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:166,12,0
20	10623019	.	T	C	189.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:218,15,0
20	10624190	.	A	G	452.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:481,33,0
20	10627228	.	C	G	247.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:276,21,0
20	10633237	.	G	A	2469.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,58:58:99:2498,136,0
20	10633250	.	G	C	2469.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=33.27;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,2:3:99:2498,136,0
20	10633313	.	T	C	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
20	10636083	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
20	10638846	.	G	T	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
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20	10639923	.	A	G	141.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:169,12,0
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20	18296072	.	T	A	627.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:656,45,0
20	18296076	.	G	A	184.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.839;ClippingRankSum=0.194;DP=14;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.001;QD=13.20;ReadPosRankSum=0.065	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,6:14:99:213,0,303
20	18448079	.	C	A	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=5.40;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:66:66,0,204
20	18448098	.	C	G	171.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=28.63;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:22:200,0,22
20	18462421	.	A	G	343.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:372,27,0
20	18464673	.	G	T	245.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:274,21,0
20	18465001	.	C	A	421.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:450,30,0
20	18465004	.	C	G	421.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:450,30,0
20	18465244	.	T	C	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
20	18468339	.	T	C	92.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=23.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:30:121,0,30
20	18468351	.	T	C	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=6.13;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:65:65,0,142
20	18468511	.	T	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
20	18468512	.	T	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
20	18468843	.	G	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
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20	18485381	.	C	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
20	18485632	.	G	T	42.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:70,6,0
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20	20372082	.	C	G	411.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:440,30,0
20	20493222	.	G	A	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=17.95;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:66:118,0,66
20	21142813	.	T	C	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:32:74,0,32
20	21329780	.	T	C	37.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:65,6,0
20	21363866	.	A	G	46.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
20	21366260	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
20	23332297	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
20	23350790	.	C	T	209.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=-0.573;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=23.31;ReadPosRankSum=0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:99:238,0,107
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20	25282944	.	A	G	404.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.791;ClippingRankSum=-0.892;DP=35;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.094;QD=11.56;ReadPosRankSum=1.027	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,14:35:99:433,0,784
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20	25428294	.	A	G	129.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=25.95;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:30:158,0,30
20	25428786	.	T	C	165.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=-1.159;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=18.42;ReadPosRankSum=1.159	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:194,0,146
20	25594783	.	A	T	124.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=1.380;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=20.79;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:73:153,0,73
20	25595466	.	C	A	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:67:78,0,67
20	25595868	.	G	A	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=7.15;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:64:64,0,116
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20	26188930	.	A	G	199.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.97	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,8:8:99:228,0,405
20	26188934	.	C	A	199.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.06	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,3:3:99:228,0,405
20	26188936	.	T	C	199.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.73	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,3:3:99:228,0,405
20	26189108	.	A	C	490.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:41:519,41,0
20	26189153	.	A	C	329.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:358,27,0
20	26189171	.	T	C	395.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:424,30,0
20	26189308	.	C	G	357.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:27:386,27,0
20	26189311	.	C	A	16.86	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.369;ClippingRankSum=0.639;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.456;QD=1.20;ReadPosRankSum=0.091	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:45:45,0,433
20	26189332	.	G	A	821.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=-0.733;DP=27;FS=2.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.733;QD=30.44;ReadPosRankSum=-0.193	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,24:27:44:850,0,44
20	26189453	.	A	G	601.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:630,42,0
20	26189454	.	G	C	601.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:630,42,0
20	26189470	.	A	G	601.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:630,42,0
20	26189472	.	G	C	601.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:630,42,0
20	26189824	.	T	C	1596.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,39:39:99:1625,117,0
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20	26190491	.	A	C	1017.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:72:1046,72,0
20	26190501	.	T	C	1017.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:72:1046,72,0
20	26190505	.	A	G	1017.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:72:1046,72,0
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20	29631725	.	T	G	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
20	29632707	.	G	A	20.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.493;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.493;QD=1.60;ReadPosRankSum=0.888	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:49:49,0,411
20	29633221	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=26.38;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:71:81,0,71
20	29633225	.	T	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:71:81,0,71
20	29636271	.	G	A	48.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
20	29640402	.	C	T	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,143
20	30115059	.	T	C	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
20	30133818	.	A	G	96.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:124,9,0
20	30151715	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
20	30750464	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
20	30753270	.	T	C	456.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=-0.412;DP=27;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.510;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.218	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,14:27:99:485,0,469
20	30782113	.	A	G	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
20	30795819	.	T	C	515.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=-2.824;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.787;QD=27.15;ReadPosRankSum=2.639	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,14:19:99:544,0,151
20	30822686	.	C	T	108.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.853;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.426;QD=4.53;ReadPosRankSum=-0.924	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,5:24:99:137,0,711
20	30823675	.	G	A	308.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.585;ClippingRankSum=2.176;DP=31;FS=8.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.275;QD=9.96;ReadPosRankSum=-2.219	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,10:31:99:337,0,767
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20	30920947	.	A	C	203.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=29.11;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:24:232,0,24
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20	31019024	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
20	31022959	.	T	C	782.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:811,57,0
20	31291161	.	C	T	1720.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,41:41:99:1749,123,0
20	31291483	.	C	A	191.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:220,15,0
20	31331330	.	A	G	183.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:212,18,0
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20	31386347	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
20	31392366	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
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20	31427576	.	G	A	364.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=-1.065;DP=53;FS=1.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.044;QD=6.88;ReadPosRankSum=2.057	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:40,13:53:99:393,0,1587
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20	31891003	.	C	T	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=11.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:30:63,0,30
20	31895467	.	C	G	46.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
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20	31897554	.	G	C	2697.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,62:62:99:2726,187,0
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20	31981849	.	T	C	788.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.846;ClippingRankSum=0.325;DP=26;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.976;QD=30.34;ReadPosRankSum=2.017	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,21:26:99:817,0,141
20	31995970	.	C	T	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.248;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.573;QD=8.53;ReadPosRankSum=-0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:105,0,182
20	32187011	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
20	32212690	.	C	T	64.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.423;DP=13;FS=9.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.085;QD=4.98;ReadPosRankSum=-0.592	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,3:13:93:93,0,376
20	32233809	.	G	T	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=1.495;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=5.82;ReadPosRankSum=1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,232
20	32233817	.	G	T	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=8.15;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:69:69,0,232
20	32233828	.	A	G	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:73,0,33
20	32234314	.	A	G	19.81	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.369;ClippingRankSum=-0.274;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.091;QD=1.42;ReadPosRankSum=0.639	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:48:48,0,469
20	32234574	.	A	G	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,40
20	32245546	.	T	C	563.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:592,42,0
20	32246950	.	C	T	96.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:124,9,0
20	32251396	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
20	32399200	.	C	G	199.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.380;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.972;QD=9.99;ReadPosRankSum=-0.465	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,7:19:99:228,0,447
20	32573811	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
20	32577327	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
20	32579945	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
20	32665614	.	G	T	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
20	32667291	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:90,6,0
20	32667298	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
20	32667607	.	C	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
20	32674967	.	C	T	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
20	32683565	.	C	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
20	32684309	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
20	32686644	.	T	A	85.25	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:127,12,0
20	32686658	.	G	A	165.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=27.63;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:24:194,0,24
20	32687611	.	T	C	229.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:258,18,0
20	32688294	.	A	C	88.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:116,9,0
20	32789513	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
20	32860961	.	C	T	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=13.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:70,0,33
20	32861007	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
20	32861556	.	T	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
20	32876446	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
20	32880738	.	G	A	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
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20	32881023	.	A	C	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
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20	33095891	.	G	A	941.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:66:970,66,0
20	33337751	.	T	C	747.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:776,54,0
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20	34183479	.	C	T	124.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=20.79;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:71:153,0,71
20	34186953	.	T	C	204.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=1.067;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=25.60;ReadPosRankSum=-0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:64:233,0,64
20	34187552	.	C	T	119.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=19.96;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:71:148,0,71
20	34187728	.	T	G	155.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=22.25;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:60:184,0,60
20	34190077	.	G	A	167.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=-0.573;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.573;QD=18.64;ReadPosRankSum=0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,6:9:91:196,0,91
20	34190970	.	C	T	226.03	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=-0.747;DP=8;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=28.25;ReadPosRankSum=0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:12:254,0,12
20	34201626	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
20	34201636	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:85,6,0
20	34201640	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:85,6,0
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20	34298191	.	T	C	189.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:218,15,0
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20	34319118	.	A	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
20	34319343	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
20	34319765	.	A	C	451.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.33	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:480,33,0
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20	34324456	.	A	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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20	34820647	.	C	T	230.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:259,18,0
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20	34820813	.	T	C	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
20	35156746	.	G	C	132.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=-0.099;DP=18;FS=13.244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.479;QD=7.38;ReadPosRankSum=-0.099	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,5:18:99:161,0,497
20	35221158	.	G	A	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=-1.754;DP=7;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.300;QD=12.25;ReadPosRankSum=1.754	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:114,0,142
20	35234192	.	C	T	242.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.533;QD=18.67;ReadPosRankSum=-0.271	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,8:13:99:271,0,163
20	35409887	.	T	C	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=22.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:117,0,34
20	35410314	.	T	C	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=6.96;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:70:70,0,152
20	35865054	.	C	T	385.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=-1.169;DP=66;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.086;QD=5.84;ReadPosRankSum=1.561	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:52,14:66:99:414,0,2079
20	35869342	.	A	G	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.19;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:72:73,0,72
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20	35945104	.	G	A	1089.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.362;ClippingRankSum=1.362;DP=28;FS=4.472;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.867;QD=36.24;ReadPosRankSum=1.114	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,27:28:39:1118,39,0
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20	36142210	.	C	T	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:77:78,0,77
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20	36143954	.	C	T	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
20	36146148	.	T	C	1796.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,42:42:99:1825,126,0
20	36147572	.	T	C	191.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.662;ClippingRankSum=0.161;DP=38;FS=1.495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.949;QD=5.05;ReadPosRankSum=0.161	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:30,8:38:99:220,0,1159
20	36148080	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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20	36154004	.	T	C	35.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=4.47;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:64:64,0,223
20	36566643	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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20	36611664	.	C	T	130.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=21.79;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:73:159,0,73
20	36627636	.	T	C	408.53	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=-1.203;DP=13;FS=5.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.935;QD=31.43;ReadPosRankSum=0.935	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,12:13:3:435,0,3
20	36714835	.	G	A	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
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20	37005536	.	T	C	659.41	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.542;ClippingRankSum=0.578;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.193;QD=32.95;ReadPosRankSum=-0.771	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,17:18:8:687,8,0
20	37049878	.	T	C	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
20	37050753	.	A	G	1608.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,38:38:99:1637,114,0
20	37050817	.	T	C	1444.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,34:34:99:1473,102,0
20	37050959	.	A	C	280.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:309,21,0
20	37051007	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
20	37053583	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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20	37079237	.	T	C	895.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:68:924,68,0
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20	39969513	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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20	42802761	.	C	T	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
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20	42933577	.	G	A	75.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.937;QD=10.82;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:104,0,150
20	42933720	.	A	C	240.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.654;ClippingRankSum=-1.670;DP=14;FS=7.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=17.20;ReadPosRankSum=1.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,7:14:99:269,0,256
20	42933814	.	T	C	54.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=-0.546;DP=10;FS=10.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=5.48;ReadPosRankSum=0.546	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:83:83,0,268
20	42934554	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
20	42934763	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:81,0,35
20	42934768	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:81,0,35
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20	44462475	.	C	T	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=9.94;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:67:68,0,67
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20	44702120	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
20	44983063	.	T	C	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
20	44984224	.	T	C	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
20	44985307	.	T	G	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
20	44985865	.	T	C	178.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:207,15,0
20	44988054	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
20	44996182	.	A	G	706.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:735,51,0
20	45187241	.	A	G	233.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:262,18,0
20	45187505	.	C	A	233.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=-0.896;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.246;QD=21.25;ReadPosRankSum=0.896	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,7:11:99:262,0,127
20	45196344	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
20	45204266	.	G	A	135.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:163,12,0
20	45237115	.	A	C	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:80,0,34
20	45237143	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
20	45318042	.	G	A	726.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.182;ClippingRankSum=-1.865;DP=32;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.555;QD=22.71;ReadPosRankSum=3.412	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,21:32:99:755,0,298
20	45318069	.	C	G	219.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=-1.678;DP=15;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.174;QD=14.65;ReadPosRankSum=-2.488	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,7:15:99:248,0,284
20	45354291	.	G	A	352.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=-0.636;DP=14;FS=6.008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.636;QD=25.20;ReadPosRankSum=0.636	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,10:14:99:381,0,133
20	45717954	.	C	T	309.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=-0.222;DP=18;FS=1.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.578;QD=17.21;ReadPosRankSum=0.222	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,10:18:99:338,0,287
20	45840108	.	C	G	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=18.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:99:120,0,161
20	45853037	.	A	G	433.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.796;DP=18;FS=8.193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.733;QD=24.10;ReadPosRankSum=-0.702	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,12:18:99:462,0,198
20	45864263	.	A	G	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
20	45867852	.	A	G	97.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.365;ClippingRankSum=0.182;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.061;QD=6.11;ReadPosRankSum=0.788	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,4:16:99:126,0,380
20	46078925	.	A	C	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
20	46078931	.	T	C	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:12:179,12,0
20	46078933	.	T	C	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:12:179,12,0
20	46130666	.	A	G	271.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:300,21,0
20	46283383	.	A	G	317.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.501;DP=26;FS=17.346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.079;QD=12.22;ReadPosRankSum=-0.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,10:26:99:346,0,614
20	46284588	.	C	T	226.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=-1.805;DP=17;FS=4.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.732;QD=13.34;ReadPosRankSum=1.805	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,7:17:99:255,0,339
20	46287012	.	C	G	2007.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,46:46:99:2036,138,0
20	46290250	.	T	C	237.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:266,21,0
20	46303731	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
20	46315097	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
20	46411490	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
20	46415268	.	G	A	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.19;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:70:73,0,70
20	47246077	.	C	G	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:28:116,0,28
20	47246127	.	G	A	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:77,0,36
20	47249170	.	G	A	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,89
20	47261017	.	T	C	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
20	47351095	.	G	A	73.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=18.45;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:23:102,0,23
20	47538400	.	G	A	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=15.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:68:105,0,68
20	47570148	.	T	C	38.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=1.722;DP=22;FS=2.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.670;QD=1.76;ReadPosRankSum=-1.722	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,3:22:67:67,0,757
20	47713063	.	C	T	1474.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=38.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,34:34:99:1503,102,0
20	47731158	.	T	C	2271.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,53:53:99:2300,160,0
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20	49577553	.	A	G	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=4.97;ReadPosRankSum=-0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:63:63,0,321
20	49577558	.	C	T	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=-1.754;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=11.40;ReadPosRankSum=1.754	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:108,0,234
20	49620271	.	T	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
20	49620783	.	G	T	978.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1007,72,0
20	49621149	.	T	C	606.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:635,45,0
20	49622761	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
20	49623622	.	T	C	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
20	49624241	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
20	49624422	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
20	49624423	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
20	49625330	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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20	51105162	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
20	51105163	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
20	52184384	.	T	A	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=-0.191;DP=27;FS=4.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.413;QD=3.25;ReadPosRankSum=0.445	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,7:24:99:116,0,588
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20	52772285	.	A	G	80.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:108,9,0
20	52775528	.	C	T	201.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.378;ClippingRankSum=-0.259;DP=12;FS=6.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.869;QD=16.81;ReadPosRankSum=0.583	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,6:12:99:230,0,214
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20	52784612	.	T	C	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
20	52786219	.	G	A	166.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.729;DP=9;FS=6.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=18.53;ReadPosRankSum=-0.876	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:195,0,150
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20	54945783	.	A	G	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.44;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:114,0,34
20	54947143	.	G	C	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
20	54961463	.	T	C	1845.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,43:43:99:1874,129,0
20	54961541	.	A	T	1344.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.571;ClippingRankSum=0.640;DP=44;FS=1.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.407;QD=30.56;ReadPosRankSum=0.436	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,35:44:99:1373,0,230
20	54963756	.	T	C	13.95	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.667;ClippingRankSum=-0.556;DP=16;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.667;QD=0.87;ReadPosRankSum=0.238	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,2:16:42:42,0,519
20	54964361	.	G	A	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
20	54967565	.	A	G	365.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:394,27,0
20	54967893	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
20	54970250	.	A	G	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,40
20	54972119	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
20	54974708	.	A	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
20	55070268	.	A	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
20	55088404	.	A	G	2962.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,69:69:99:2991,207,0
20	55093901	.	A	G	833.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:862,60,0
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20	55744412	.	T	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
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20	55959347	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
20	55969270	.	A	G	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
20	55969276	.	G	A	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
20	55969492	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
20	55969697	.	C	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
20	55970139	.	A	G	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
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20	55971377	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
20	55971491	.	C	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
20	55971501	.	T	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
20	55972765	.	G	A	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
20	55973784	.	G	C	107.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:135,12,0
20	55980715	.	T	C	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
20	56009123	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
20	56064157	.	C	T	49.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:27:78,0,27
20	56223606	.	C	T	358.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=-1.124;DP=43;FS=3.089;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.357;QD=8.34;ReadPosRankSum=0.886	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:30,13:43:99:387,0,1011
20	56225442	.	G	T	1351.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=-0.206;DP=55;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.283;QD=24.58;ReadPosRankSum=0.135	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,37:55:99:1380,0,572
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20	56232583	.	C	A	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
20	56237041	.	C	T	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
20	56242035	.	T	C	32.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=1.179;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.179;QD=3.64;ReadPosRankSum=-1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:61:61,0,250
20	56243101	.	C	T	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=9.94;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:54:68,0,54
20	56243256	.	C	A	88.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:116,9,0
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20	56248688	.	A	G	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=1.537;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=13.63;ReadPosRankSum=-1.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:110,0,111
20	56258905	.	T	C	38.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=9.69;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:36:67,0,36
20	56259574	.	T	C	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:76,0,36
20	56263620	.	T	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.38	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:0,2:2:65:75,0,65
20	56263624	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=23.38;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:65:75,0,65
20	56263625	.	C	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=23.38;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:65:75,0,65
20	56266771	.	A	G	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=17.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:73:115,0,73
20	56270586	.	C	T	49.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:27:78,0,27
20	56273172	.	G	A	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=13.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:32:70,0,32
20	56276578	.	G	A	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=16.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:33:110,0,33
20	56287219	.	A	G	74.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.248;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=8.31;ReadPosRankSum=-0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:103,0,202
20	56287403	.	G	A	12.05	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.425;DP=15;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.444;QD=0.80;ReadPosRankSum=-0.764	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,2:15:40:40,0,521
20	56290691	.	A	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:78,0,36
20	56302388	.	C	G	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
20	56888641	.	T	C	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
20	56893955	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
20	56897096	.	C	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
20	56915183	.	G	A	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
20	56918507	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
20	56928207	.	G	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
20	56936747	.	T	C	366.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:395,27,0
20	56936871	.	C	A	439.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:468,33,0
20	56940153	.	A	C	649.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:678,48,0
20	56940668	.	A	G	636.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:665,45,0
20	56941276	.	C	T	420.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=-1.423;DP=17;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.053;QD=24.75;ReadPosRankSum=1.212	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,12:17:99:449,0,160
20	56941644	.	G	A	343.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=-1.826;DP=12;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=28.65;ReadPosRankSum=1.611	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,10:12:27:372,0,27
20	57020573	.	A	G	219.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.127;ClippingRankSum=-0.380;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.887;QD=11.57;ReadPosRankSum=0.042	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,7:19:99:248,0,421
20	57024541	.	T	C	127.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=-0.960;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.222;QD=6.39;ReadPosRankSum=0.698	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,5:20:99:156,0,596
20	57025317	.	A	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=-0.212;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.318;QD=2.19;ReadPosRankSum=0.423	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,3:20:72:72,0,681
20	57025473	.	C	T	524.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.231;DP=19;FS=23.173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.972;QD=27.62;ReadPosRankSum=-0.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,14:19:99:553,0,161
20	57226713	.	C	A	386.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=-0.918;DP=65;FS=2.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.598;QD=5.95;ReadPosRankSum=0.902	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:51,14:65:99:415,0,1965
20	57236522	.	T	G	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
20	57240449	.	A	T	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=17.15;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:72:114,0,72
20	57240842	.	C	T	122.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=24.55;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:29:151,0,29
20	57244493	.	G	A	2603.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.247;DP=72;FS=9.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.342;QD=28.45;ReadPosRankSum=-0.988	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,65:72:97:2632,0,97
20	57245425	.	G	A	139.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:167,12,0
20	57245894	.	G	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
20	57250764	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
20	57250784	.	T	C	129.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=25.96;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:25:158,0,25
20	57250986	.	G	C	305.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:334,24,0
20	57253132	.	A	G	2372.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=-0.802;DP=71;FS=4.877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.628;QD=33.42;ReadPosRankSum=0.977	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,60:71:99:2401,0,265
20	57253246	.	C	T	1688.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=-1.307;DP=53;FS=5.427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.080;QD=31.86;ReadPosRankSum=0.102	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,43:53:99:1717,0,287
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20	57253296	.	A	G	1821.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.08	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,43:43:99:1850,129,0
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20	57260920	.	C	T	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
20	57261098	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
20	57267942	.	T	C	780.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.404;ClippingRankSum=-1.217;DP=27;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.905;QD=28.92;ReadPosRankSum=1.092	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,22:27:92:809,0,92
20	57268569	.	G	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
20	57269935	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:66:78,0,66
20	57271812	.	G	A	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=10.19;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:58:69,0,58
20	57272617	.	T	C	137.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:165,12,0
20	57272722	.	A	G	189.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:218,15,0
20	57274766	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
20	57275949	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
20	57276979	.	A	G	44.80	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.93;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:21:73,0,21
20	57278244	.	C	T	776.10	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=-0.927;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.600;QD=33.74;ReadPosRankSum=1.473	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,21:23:11:804,0,11
20	57278450	.	G	A	614.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=-0.862;DP=22;FS=2.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.940;QD=27.94;ReadPosRankSum=0.940	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,17:22:99:643,0,156
20	57279854	.	C	T	555.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.012;ClippingRankSum=0.075;DP=17;FS=3.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.373;QD=32.69;ReadPosRankSum=-0.224	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,15:17:40:584,0,40
20	57280212	.	T	A	125.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:153,12,0
20	57280575	.	T	C	275.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:304,21,0
20	57281092	.	A	C	38.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=12.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:67,0,34
20	57281809	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
20	57282381	.	T	C	134.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=26.95;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:28:163,0,28
20	57282521	.	G	A	178.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:207,15,0
20	57282713	.	G	T	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
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20	60132196	.	G	A	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
20	60135353	.	G	A	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
20	60136084	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
20	60136126	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
20	60136663	.	C	T	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
20	60137178	.	C	T	26.75	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:54,6,0
20	60137620	.	G	A	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
20	60137695	.	T	C	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
20	60138674	.	C	T	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
20	60138847	.	G	A	127.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:155,12,0
20	60139869	.	C	T	241.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:270,18,0
20	60139870	.	A	G	241.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:270,18,0
20	60140117	.	C	T	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
20	60140207	.	A	T	386.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:415,33,0
20	60140234	.	G	A	457.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:486,39,0
20	60140369	.	G	A	32.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=1.589;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=2.73;ReadPosRankSum=-1.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:61:61,0,483
20	60140373	.	C	T	32.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.589;ClippingRankSum=1.589;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=3.64;ReadPosRankSum=-1.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:61:61,0,483
20	60140558	.	T	C	305.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:334,24,0
20	60140623	.	A	G	281.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:310,21,0
20	60140715	.	C	T	465.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:494,36,0
20	60153419	.	G	C	394.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:423,30,0
20	60154440	.	T	C	90.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:30:119,0,30
20	60155490	.	T	C	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=13.79;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:111,0,101
20	60502926	.	C	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
20	60572663	.	C	A	497.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.723;ClippingRankSum=-1.401;DP=28;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.069;QD=17.78;ReadPosRankSum=1.631	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,14:28:99:526,0,508
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20	60704185	.	T	C	230.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:259,18,0
20	60707965	.	T	C	234.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:263,18,0
20	60710093	.	A	G	458.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=-0.680;DP=29;FS=6.467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.074;QD=15.82;ReadPosRankSum=0.329	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,13:29:99:487,0,613
20	60712778	.	G	A	72.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:100,9,0
20	60713332	.	A	G	951.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.729;ClippingRankSum=0.409;DP=81;FS=0.876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.357;QD=11.75;ReadPosRankSum=-1.226	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:52,28:80:99:980,0,1960
20	60727525	.	G	A	46.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
20	60735098	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
20	60736300	.	C	A	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=18.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:57:120,0,57
20	60736449	.	G	A	89.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=17.95;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:73:118,0,73
20	60737908	.	G	A	187.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=-0.106;DP=16;FS=3.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.953;QD=11.74;ReadPosRankSum=-0.212	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,7:16:99:216,0,303
20	60738566	.	C	T	330.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=1.408;DP=15;FS=4.832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.306;QD=22.05;ReadPosRankSum=-0.306	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,10:15:99:359,0,158
20	60741632	.	C	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
20	60744637	.	C	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
20	60745925	.	C	T	46.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
20	60747573	.	G	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
20	60755133	.	A	T	160.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.876;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=17.86;ReadPosRankSum=-0.876	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:189,0,152
20	60755649	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,121
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20	60760072	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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20	60867509	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
20	60867510	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
20	60869680	.	C	T	388.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.693;ClippingRankSum=-0.646;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.631;QD=16.90;ReadPosRankSum=-0.031	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,11:23:99:417,0,433
20	60870166	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
20	60873292	.	C	G	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
20	60880653	.	G	A	288.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=1.271;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.898;QD=28.88;ReadPosRankSum=-1.271	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,8:10:55:317,0,55
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20	60882277	.	C	T	263.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:292,24,0
20	60882888	.	A	G	184.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:213,15,0
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20	60883919	.	T	C	240.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:269,18,0
20	60884073	.	T	C	274.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:303,21,0
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20	60968547	.	A	G	317.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.354;DP=11;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.118;QD=28.89;ReadPosRankSum=-0.354	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,9:11:52:346,0,52
20	60969603	.	T	C	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
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20	60985721	.	T	C	183.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:212,15,0
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20	61196280	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
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20	61472596	.	G	A	240.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.135;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.689;QD=20.06;ReadPosRankSum=0.135	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,7:12:99:269,0,185
20	61472808	.	G	C	155.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=-1.670;DP=13;FS=5.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.696;QD=11.98;ReadPosRankSum=1.670	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,5:13:99:184,0,290
20	61472938	.	T	A	211.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=-0.633;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=21.18;ReadPosRankSum=0.633	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,6:10:99:240,0,253
20	61472939	.	A	T	211.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=-0.365;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.365;QD=21.18;ReadPosRankSum=0.633	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,6:10:99:240,0,253
20	61475563	.	T	C	63.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=10.63;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:92:92,0,96
20	61475661	.	G	A	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:32:116,0,32
20	61483299	.	T	C	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=1.179;DP=9;FS=10.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.179;QD=3.20;ReadPosRankSum=-1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:57:57,0,280
20	61483723	.	T	C	38.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=5.54;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:67:67,0,173
20	61488785	.	T	C	321.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.359;ClippingRankSum=0.804;DP=25;FS=10.578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.083;QD=12.87;ReadPosRankSum=-0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,10:25:99:350,0,585
20	61491494	.	T	C	203.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.365;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.036;QD=20.38;ReadPosRankSum=-0.633	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,6:10:99:232,0,145
20	61512606	.	T	C	416.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:445,33,0
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20	61519232	.	C	T	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:75,0,36
20	61519866	.	C	T	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:70:78,0,70
20	61519988	.	A	G	162.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=1.067;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.589;QD=20.35;ReadPosRankSum=-1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:66:191,0,66
20	61520794	.	C	T	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=17.55;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:61:116,0,61
20	61522019	.	T	C	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=-0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=14.13;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:97:113,0,97
20	61528074	.	T	C	29.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.067;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=3.31;ReadPosRankSum=0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:58:58,0,252
20	61528306	.	A	G	289.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=-0.533;DP=21;FS=1.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.178;QD=13.80;ReadPosRankSum=0.604	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,9:21:99:318,0,449
20	61536938	.	G	A	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=9.15;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:74:74,0,105
20	61569523	.	G	C	151.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=0.135;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.831;QD=12.65;ReadPosRankSum=0.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,5:12:99:180,0,240
20	61577515	.	C	T	148.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.831;DP=12;FS=8.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.135;QD=12.40;ReadPosRankSum=-0.831	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,5:12:99:177,0,264
20	61801476	.	G	T	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:80,0,34
20	61846539	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
20	61909041	.	A	G	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=14.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:73,0,37
20	61912715	.	T	C	289.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=-0.480;DP=10;FS=2.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=28.98;ReadPosRankSum=0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,8:10:49:318,0,49
20	61914465	.	A	G	141.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=-1.855;DP=13;FS=9.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.212;QD=10.91;ReadPosRankSum=1.855	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,5:13:99:170,0,314
20	61915375	.	G	T	248.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=-0.386;DP=14;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.468;QD=17.77;ReadPosRankSum=0.225	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,8:14:99:277,0,185
20	61917241	.	A	G	438.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:467,33,0
20	62117887	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
20	62118964	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
20	62119121	.	A	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
20	62119559	.	C	G	264.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:293,21,0
20	62121314	.	C	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
20	62123744	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
20	62125402	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
20	62126185	.	A	G	421.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.473;ClippingRankSum=-0.102;DP=80;FS=2.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.583;QD=5.27;ReadPosRankSum=-0.186	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:64,16:80:99:450,0,2422
20	62127521	.	G	A	194.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=27.83;ReadPosRankSum=-0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:24:223,0,24
20	62128433	.	A	G	183.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:212,15,0
20	62128621	.	T	C	115.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=19.29;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:66:144,0,66
20	62129808	.	G	A	82.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:110,9,0
20	62152519	.	C	G	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=13.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:68,0,37
20	62154594	.	A	G	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
20	62154924	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
20	62155111	.	C	T	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:81,0,35
20	62156651	.	G	T	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:76,0,33
20	62159496	.	A	T	91.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:119,9,0
20	62171556	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
20	62190345	.	G	A	263.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.455;ClippingRankSum=-1.186;DP=26;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.647;QD=10.14;ReadPosRankSum=1.509	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,9:26:99:292,0,654
20	62190402	.	T	C	126.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.635;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.106;QD=6.34;ReadPosRankSum=0.953	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,3:20:99:155,0,1375
20	62190412	.	G	A	126.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=-0.582;DP=21;FS=2.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.567;QD=6.04;ReadPosRankSum=-1.120	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,4:21:99:155,0,1375
20	62190459	.	C	G	121.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=-1.754;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.937;QD=17.40;ReadPosRankSum=1.754	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:91:150,0,91
20	62191321	.	A	G	623.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=-0.431;DP=26;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.132;QD=23.99;ReadPosRankSum=-0.108	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,17:26:99:652,0,299
20	62191937	.	G	A	167.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=1.035;DP=33;FS=1.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.035;QD=5.08;ReadPosRankSum=-1.035	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,7:33:99:196,0,1033
20	62192206	.	C	A	430.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.725;DP=36;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.021;QD=11.97;ReadPosRankSum=-1.054	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,13:36:99:459,0,875
20	62194030	.	G	C	181.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=-1.030;DP=16;FS=14.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.163;QD=11.36;ReadPosRankSum=-0.705	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,6:16:99:210,0,379
20	62194103	.	A	G	342.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.407;ClippingRankSum=-0.626;DP=22;FS=1.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.022;QD=15.58;ReadPosRankSum=1.220	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,10:22:99:371,0,419
20	62194128	.	G	A	258.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=-0.263;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.158;QD=16.17;ReadPosRankSum=-0.368	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,8:16:99:287,0,291
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20	62195666	.	G	A	142.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.954;ClippingRankSum=0.811;DP=13;FS=9.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.935;QD=10.98;ReadPosRankSum=-0.660	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,6:13:99:171,0,259
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20	62367377	.	A	G	497.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:526,39,0
20	62368606	.	T	C	416.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:445,33,0
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20	62541418	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
20	62573064	.	T	C	318.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:347,27,0
20	62573697	.	A	G	83.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=16.75;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:112,0,31
20	62579209	.	G	A	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.44;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:31:114,0,31
20	62585553	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
20	62586807	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:78,0,37
20	62589377	.	G	A	92.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.529;ClippingRankSum=-0.283;DP=17;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=5.46;ReadPosRankSum=0.170	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,4:17:99:121,0,496
20	62591140	.	T	G	17.84	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.951;ClippingRankSum=-1.668;DP=10;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.453;QD=1.78;ReadPosRankSum=1.668	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:46:46,0,128
20	62595169	.	A	G	641.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:670,48,0
20	62595547	.	C	T	490.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.485;ClippingRankSum=-0.420;DP=23;FS=1.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.452;QD=21.34;ReadPosRankSum=0.032	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,15:23:99:519,0,265
20	62595990	.	T	C	321.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=1.002;DP=15;FS=2.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.412;QD=21.45;ReadPosRankSum=-1.120	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,9:15:99:350,0,222
20	62597666	.	C	T	340.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=0.578;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.933;QD=18.93;ReadPosRankSum=-0.400	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,10:18:99:369,0,298
20	62597694	.	T	G	727.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:756,54,0
20	62598815	.	C	T	795.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:824,60,0
20	62599471	.	G	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
20	62599612	.	C	T	143.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:171,12,0
20	62606617	.	G	A	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:74,0,37
20	62614338	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
20	62695128	.	C	T	137.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=0.143;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.717;QD=12.52;ReadPosRankSum=-0.387	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,5:11:99:166,0,216
20	62695634	.	T	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
20	62695878	.	C	A	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
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20	62697000	.	C	A	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
20	62697751	.	T	C	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
20	62703579	.	G	A	323.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.728;DP=27;FS=3.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.828;QD=11.99;ReadPosRankSum=-0.628	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,10:27:99:352,0,615
20	62705140	.	A	C	166.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=-1.359;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.044;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.921	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,6:19:99:195,0,500
20	62887339	.	T	G	177.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:206,15,0
20	62888802	.	G	T	193.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:222,15,0
20	62889991	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
20	62891803	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
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20	62896665	.	G	A	357.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.612;ClippingRankSum=-0.694;DP=19;FS=17.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.102;QD=18.83;ReadPosRankSum=0.449	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,10:19:99:386,0,342
20	62900380	.	T	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
20	62905851	.	C	A	375.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.140;ClippingRankSum=0.456;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.228;QD=18.79;ReadPosRankSum=-0.228	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,11:20:99:404,0,332
20	62906433	.	T	C	311.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=-0.667;DP=14;FS=10.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.133;QD=22.27;ReadPosRankSum=-1.200	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,9:14:99:340,0,235
20	62906514	.	G	A	243.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.715;DP=14;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.471;QD=17.41;ReadPosRankSum=0.225	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,8:14:99:272,0,224
21	9648795	.	T	C	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
21	9648809	.	G	A	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
21	9663776	.	G	A	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
21	9663794	.	A	G	90.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:118,9,0
21	9825467	.	C	T	96.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=2.072;DP=25;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.781;QD=3.87;ReadPosRankSum=0.170	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,5:25:99:125,0,745
21	9825496	.	G	A	57.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=1.325;DP=48;FS=1.872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.982;QD=1.20;ReadPosRankSum=-0.171	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:42,6:48:86:86,0,1608
21	9825531	.	A	G	2217.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,56:56:99:2246,168,0
21	9825735	.	T	C	357.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:30:386,30,0
21	9825779	.	C	T	61.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.491;ClippingRankSum=1.090;DP=14;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=1.090	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,3:14:90:90,0,822
21	9825781	.	G	A	61.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.093;ClippingRankSum=1.949;DP=15;FS=2.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=4.12;ReadPosRankSum=1.083	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,3:15:90:90,0,822
21	9825966	.	A	C	132.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.701;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.454;QD=6.64;ReadPosRankSum=0.289	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,6:20:99:161,0,587
21	9825990	.	C	T	13.95	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=-2.113;DP=13;FS=6.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.099;QD=1.07;ReadPosRankSum=-0.254	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,3:13:42:42,0,479
21	9826133	.	G	T	111.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.304;ClippingRankSum=0.037;DP=23;FS=2.143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.752;QD=4.86;ReadPosRankSum=-0.484	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,5:23:99:140,0,739
21	9826301	.	T	C	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=19.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:31:108,0,31
21	9826356	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
21	9826358	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
21	9826806	.	G	A	136.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=27.35;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:63:165,0,63
21	9826814	.	G	A	136.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=27.35;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:63:165,0,63
21	9827251	.	C	T	348.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.419;ClippingRankSum=2.417;DP=89;FS=10.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.027;QD=3.92;ReadPosRankSum=1.978	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:74,15:89:99:377,0,2859
21	9827315	.	T	C	3541.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.967;DP=86;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.282;QD=26.38;ReadPosRankSum=-1.571	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,85:86:99:3570,217,0
21	9827613	.	T	C	31.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=-0.794;DP=25;FS=6.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.042;QD=1.27;ReadPosRankSum=0.878	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,3:25:60:60,0,895
21	9827715	.	C	G	262.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=1.203;DP=17;FS=2.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.818;QD=15.46;ReadPosRankSum=-0.529	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,8:17:99:291,0,336
21	9827728	.	G	C	153.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=-0.581;DP=14;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.356;QD=10.98;ReadPosRankSum=-0.839	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,6:14:99:182,0,284
21	9827769	.	A	C	21.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=-0.776;DP=23;FS=2.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.046;QD=0.95;ReadPosRankSum=0.776	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,3:23:50:50,0,927
21	9827812	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=-0.280;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.839;QD=2.30;ReadPosRankSum=1.509	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,3:19:72:72,0,1218
21	9827813	.	C	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=-0.237;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.118;QD=2.43;ReadPosRankSum=1.422	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,3:18:72:72,0,1218
21	9827857	.	C	G	340.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=1.247;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.163;QD=21.30;ReadPosRankSum=1.030	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,10:16:99:369,0,208
21	9827874	.	C	T	821.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:60:850,60,0
21	9828107	.	T	C	123.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.960;DP=20;FS=4.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.436;QD=6.19;ReadPosRankSum=0.698	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,5:20:99:152,0,566
21	9828157	.	G	C	361.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=-1.768;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.212;QD=25.84;ReadPosRankSum=-0.636	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,10:14:99:390,0,134
21	9828185	.	T	A	523.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.421;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.068;QD=31.45;ReadPosRankSum=1.154	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,7:14:99:552,0,401
21	9828208	.	A	T	523.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.231;DP=13;FS=11.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.392;QD=25.33;ReadPosRankSum=-0.694	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,9:13:99:552,0,401
21	9828297	.	T	C	575.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=1.274;DP=25;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.481;QD=23.03;ReadPosRankSum=0.764	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,16:25:99:604,0,318
21	9828333	.	A	G	123.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=1.115;DP=21;FS=4.876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.784;QD=5.89;ReadPosRankSum=-1.362	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,5:21:99:152,0,614
21	9828401	.	C	G	143.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.212;ClippingRankSum=0.685;DP=18;FS=5.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.423;QD=7.99;ReadPosRankSum=1.001	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,5:17:99:172,0,474
21	9828465	.	G	A	61.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=-1.268;DP=13;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.254;QD=4.75;ReadPosRankSum=-0.423	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,3:13:90:90,0,371
21	9828478	.	G	A	475.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:504,36,0
21	9828577	.	T	C	317.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.667;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=22.70;ReadPosRankSum=-0.933	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,9:14:99:346,0,175
21	9828820	.	G	A	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=0.529;DP=20;FS=2.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.953;QD=2.29;ReadPosRankSum=-0.741	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,3:20:74:74,0,672
21	9828830	.	G	C	937.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:66:966,66,0
21	9828861	.	G	T	329.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=-0.800;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.533;QD=23.55;ReadPosRankSum=-1.200	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,9:14:99:358,0,184
21	9829002	.	G	A	132.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=-0.296;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.789;QD=7.38;ReadPosRankSum=0.197	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,5:18:99:161,0,494
21	9829031	.	C	T	474.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=-0.493;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.394;QD=26.38;ReadPosRankSum=1.676	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,13:18:99:503,0,152
21	9829099	.	T	G	337.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=1.557;DP=21;FS=3.981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.978;QD=16.08;ReadPosRankSum=1.123	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,8:21:99:366,0,1100
21	9829109	.	C	T	337.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=1.228;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.094;QD=14.69;ReadPosRankSum=-1.291	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,9:23:99:366,0,1100
21	9829120	.	C	T	217.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=1.479;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.225;QD=11.46;ReadPosRankSum=-1.141	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,7:19:99:246,0,444
21	9829151	.	T	G	277.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.768;ClippingRankSum=-0.118;DP=29;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.636;QD=9.58;ReadPosRankSum=0.825	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,9:29:99:306,0,786
21	9829177	.	G	A	672.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=-0.627;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.553;QD=30.58;ReadPosRankSum=-0.848	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,16:22:99:701,0,180
21	9829435	.	C	G	221.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=-0.272;DP=18;FS=2.003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.811;QD=12.32;ReadPosRankSum=0.815	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,7:18:99:250,0,411
21	9829460	.	T	C	1054.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1083,75,0
21	9829486	.	C	T	18.82	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=-1.560;DP=28;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.783;QD=0.67;ReadPosRankSum=1.040	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,3:28:47:47,0,984
21	9829508	.	A	C	54.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DP=16;FS=6.726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.135;QD=3.42;ReadPosRankSum=-0.538	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,3:16:83:83,0,498
21	9829541	.	G	A	77.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.573;DP=9;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.573;QD=8.64;ReadPosRankSum=-0.573	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:106,0,240
21	9829634	.	G	T	446.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.064;ClippingRankSum=0.978;DP=21;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.109;QD=21.27;ReadPosRankSum=-1.629	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,13:21:99:475,0,297
21	9829695	.	G	A	321.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=1.021;DP=20;FS=4.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.247;QD=16.09;ReadPosRankSum=-0.718	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,10:20:99:350,0,441
21	9829709	.	T	G	112.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=-0.112;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.410;QD=4.90;ReadPosRankSum=1.528	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,5:23:99:141,0,703
21	9829758	.	G	C	294.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=0.929;DP=12;FS=6.818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.599;QD=24.56;ReadPosRankSum=0.600	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,8:12:99:323,0,132
21	9829809	.	G	A	215.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=-1.152;DP=16;FS=5.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.061;QD=13.49;ReadPosRankSum=0.788	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,4:16:99:244,0,495
21	9829821	.	C	G	170.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.774;DP=22;FS=7.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.700;QD=7.76;ReadPosRankSum=-0.405	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,6:22:99:199,0,766
21	9829831	.	C	A	36.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=-1.244;DP=22;FS=6.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.096;QD=1.67;ReadPosRankSum=-0.096	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,3:22:65:65,0,1079
21	9829852	.	G	A	678.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.967;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.833;QD=28.28;ReadPosRankSum=-0.700	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,18:24:99:707,0,189
21	9829987	.	A	C	55.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.827;ClippingRankSum=-0.567;DP=17;FS=2.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.189;QD=3.28;ReadPosRankSum=1.953	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,3:17:84:84,0,538
21	9830004	.	C	T	59.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.217;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=3.98;ReadPosRankSum=-0.505	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,3:15:88:88,0,473
21	9830024	.	A	T	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=-1.179;DP=9;FS=10.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=3.53;ReadPosRankSum=0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:60:60,0,271
21	9830060	.	G	C	352.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:27:381,27,0
21	9830066	.	T	A	352.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:381,27,0
21	9830110	.	C	G	136.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=-0.417;DP=19;FS=2.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.602;QD=7.20;ReadPosRankSum=2.639	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,5:19:99:165,0,533
21	9830248	.	C	T	390.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.940;ClippingRankSum=-1.445;DP=19;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.372;QD=20.57;ReadPosRankSum=-1.115	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,11:19:99:419,0,301
21	9830396	.	T	C	172.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=-0.258;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.332;QD=7.85;ReadPosRankSum=-0.258	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,6:22:99:201,0,612
21	9830401	.	T	G	35.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.287;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.574;QD=1.63;ReadPosRankSum=0.765	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,3:22:64:64,0,1422
21	9830604	.	C	T	181.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.123;ClippingRankSum=-0.418;DP=33;FS=1.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.739;QD=5.51;ReadPosRankSum=0.242	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,7:33:99:210,0,1236
21	9830612	.	C	T	1130.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=-0.986;DP=32;FS=4.709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.311;QD=31.03;ReadPosRankSum=1.349	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,27:32:99:1159,0,116
21	9830677	.	G	A	253.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.164;ClippingRankSum=-0.412;DP=36;FS=5.108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.614;QD=7.05;ReadPosRankSum=-0.446	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,11:36:99:282,0,1814
21	9830684	.	T	G	703.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.636;ClippingRankSum=-1.422;DP=34;FS=7.319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.694;QD=20.70;ReadPosRankSum=1.041	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,19:34:99:732,0,928
21	9830790	.	G	C	268.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.225;DP=14;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.225;QD=19.20;ReadPosRankSum=-0.471	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,8:14:99:297,0,216
21	9830829	.	T	A	11.12	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.012;ClippingRankSum=-0.671;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.969;QD=0.65;ReadPosRankSum=2.012	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,2:17:39:39,0,589
21	9830857	.	A	G	669.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:698,51,0
21	9830964	.	G	C	101.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.457;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.110;QD=6.78;ReadPosRankSum=-0.065	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,4:15:99:130,0,407
21	9830981	.	C	T	121.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=-1.175;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.410;QD=5.53;ReadPosRankSum=0.783	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,5:22:99:150,0,609
21	9831015	.	C	T	293.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=-0.477;DP=24;FS=6.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.683;QD=12.24;ReadPosRankSum=0.954	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,9:24:99:322,0,570
21	9831044	.	C	T	78.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=1.490;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.043;QD=3.58;ReadPosRankSum=-0.213	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,4:22:99:107,0,796
21	9831058	.	G	A	107.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.610;ClippingRankSum=1.197;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.528;QD=5.13;ReadPosRankSum=-0.289	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,5:21:99:136,0,636
21	9831142	.	C	T	226.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=2.310;DP=27;FS=1.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.142;QD=8.40;ReadPosRankSum=2.469	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,8:27:99:255,0,677
21	9831186	.	C	T	16.86	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.364;ClippingRankSum=-0.321;DP=26;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.401;QD=0.65;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,3:26:45:45,0,880
21	9831220	.	T	C	704.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=1.444;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.228;QD=27.07;ReadPosRankSum=0.076	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,11:20:99:733,0,551
21	9831244	.	G	A	704.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.623;ClippingRankSum=-0.307;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.184;QD=29.42;ReadPosRankSum=1.272	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,13:19:99:733,0,551
21	9831300	.	C	T	54.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=1.076;DP=16;FS=12.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.269;QD=3.42;ReadPosRankSum=0.807	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,3:16:83:83,0,516
21	9831340	.	A	C	658.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:687,48,0
21	9831386	.	T	A	274.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.670;ClippingRankSum=-2.163;DP=13;FS=2.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.533;QD=21.14;ReadPosRankSum=-1.855	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,8:13:99:303,0,189
21	9831441	.	T	C	241.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.050;ClippingRankSum=-0.295;DP=28;FS=3.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.049;QD=8.63;ReadPosRankSum=2.755	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,9:28:99:270,0,1679
21	9831492	.	C	T	350.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=-1.172;DP=20;FS=12.420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.340;QD=17.54;ReadPosRankSum=2.684	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,10:20:99:379,0,683
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21	9832316	.	C	T	150.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=-1.733;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.200;QD=10.77;ReadPosRankSum=0.533	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,5:14:99:179,0,330
21	9832350	.	A	T	139.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.227;DP=16;FS=5.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.699;QD=8.74;ReadPosRankSum=1.246	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,5:16:99:168,0,518
21	9832460	.	A	C	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.505;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.083;QD=3.45;ReadPosRankSum=0.505	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,3:15:80:80,0,982
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21	9832933	.	G	C	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=-0.118;DP=19;FS=6.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.237;QD=2.36;ReadPosRankSum=-1.777	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,3:18:73:73,0,1278
21	9832982	.	G	A	16.86	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=-0.274;DP=14;FS=9.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.274;QD=1.20;ReadPosRankSum=-1.917	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:45:45,0,482
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21	9833463	.	G	T	57.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=-0.592;DP=13;FS=6.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.423;QD=4.44;ReadPosRankSum=-0.254	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,3:13:86:86,0,383
21	9833535	.	C	T	236.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=-0.318;DP=16;FS=2.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.223;QD=14.80;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,7:16:99:265,0,344
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21	9833617	.	A	T	100.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.037;ClippingRankSum=0.597;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.246;QD=9.16;ReadPosRankSum=-0.597	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,4:11:99:129,0,275
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21	9833946	.	T	G	626.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:655,45,0
21	9833971	.	G	C	590.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:619,42,0
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21	9834169	.	A	C	37.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.861;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.478;QD=1.64;ReadPosRankSum=-0.191	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,3:22:66:66,0,758
21	9834181	.	A	C	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.076;ClippingRankSum=0.673;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.269;QD=2.99;ReadPosRankSum=-1.211	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,3:16:76:76,0,522
21	9834330	.	G	A	200.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DP=10;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.133;QD=20.08;ReadPosRankSum=0.365	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,6:10:99:229,0,145
21	9834381	.	G	C	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.589;QD=3.97;ReadPosRankSum=-0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:60:60,0,232
21	9834473	.	G	A	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=5.82;ReadPosRankSum=1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,202
21	9834560	.	T	C	107.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=-0.289;DP=12;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.835;QD=8.98;ReadPosRankSum=2.180	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,4:12:99:136,0,315
21	9834737	.	A	G	409.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:438,30,0
21	9834982	.	G	C	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.311;DP=14;FS=7.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.467;QD=5.91;ReadPosRankSum=0.623	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,3:14:99:111,0,424
21	9835006	.	A	C	68.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.377;ClippingRankSum=-0.382;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.715;QD=6.25;ReadPosRankSum=0.382	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:97:97,0,295
21	9835033	.	A	G	15.88	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.091;DP=14;FS=3.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.091;QD=1.13;ReadPosRankSum=-0.639	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:44:44,0,471
21	9835051	.	T	C	92.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.311;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.090;QD=6.63;ReadPosRankSum=-0.623	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,3:14:99:121,0,431
21	9835113	.	A	G	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=0.480;DP=10;FS=8.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=3.18;ReadPosRankSum=1.733	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:60:60,0,317
21	9835236	.	C	G	72.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=-0.296;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=7.28;ReadPosRankSum=0.546	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:101,0,405
21	9835237	.	G	A	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=-0.731;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=7.38;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:102,0,408
21	9835443	.	A	T	124.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.937;QD=17.82;ReadPosRankSum=0.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:153,0,308
21	9835451	.	G	C	124.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=13.86;ReadPosRankSum=2.219	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:153,0,308
21	9835474	.	T	A	29.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=4.25;ReadPosRankSum=-1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:58:58,0,189
21	9835661	.	T	C	27.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=1.061;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.118;QD=2.52;ReadPosRankSum=-1.061	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:56:56,0,345
21	9836094	.	A	C	25.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=-0.354;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.354;QD=2.34;ReadPosRankSum=-1.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:54:54,0,560
21	9836095	.	T	A	118.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=-0.597;DP=11;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.398;QD=10.80;ReadPosRankSum=0.278	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,4:11:99:147,0,273
21	9836130	.	C	T	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.762;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:63:63,0,264
21	9836159	.	T	G	227.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:256,18,0
21	9836202	.	A	G	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.55;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:71:71,0,116
21	9836458	.	C	G	485.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.33	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:514,36,0
21	9836481	.	G	T	147.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=1.000;DP=12;FS=11.429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.380;QD=12.31;ReadPosRankSum=0.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,5:12:99:176,0,262
21	9836513	.	T	C	23.79	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=-0.825;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.354;QD=2.16;ReadPosRankSum=1.061	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:52:52,0,348
21	9836760	.	T	A	118.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=-0.922;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=14.85;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:147,0,155
21	9837107	.	G	A	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
21	9837197	.	G	A	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
21	9837265	.	C	T	73.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=12.29;ReadPosRankSum=1.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:102,0,118
21	9837282	.	C	T	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
21	9837524	.	C	G	22.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=-0.537;DP=12;FS=10.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.107;QD=1.90;ReadPosRankSum=0.752	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:51:51,0,855
21	9837533	.	A	C	22.79	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.073;ClippingRankSum=-0.691;DP=13;FS=8.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=1.75;ReadPosRankSum=0.888	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:51:51,0,855
21	9837546	.	A	G	78.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.236;DP=20;FS=5.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.614;QD=3.94;ReadPosRankSum=-0.047	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,4:20:99:107,0,611
21	9837893	.	C	T	23.79	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.271;ClippingRankSum=0.898;DP=10;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.480;QD=2.38;ReadPosRankSum=0.898	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:52:52,0,326
21	9837905	.	T	C	78.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=1.920;DP=8;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=9.85;ReadPosRankSum=-1.920	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:107,0,195
21	9837935	.	C	T	357.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:386,27,0
21	9837936	.	G	T	67.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.248;DP=9;FS=6.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.573;QD=7.53;ReadPosRankSum=-1.001	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:96:96,0,231
21	9837990	.	C	T	229.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.276;ClippingRankSum=1.276;DP=14;FS=11.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.299;QD=16.41;ReadPosRankSum=-0.780	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,7:14:99:258,0,265
21	9837995	.	G	A	61.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.930;ClippingRankSum=-0.423;DP=13;FS=2.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.085;QD=4.75;ReadPosRankSum=1.099	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,3:13:90:90,0,697
21	9838194	.	T	A	110.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=0.825;DP=12;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.289;QD=9.23;ReadPosRankSum=-0.536	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,4:12:99:139,0,306
21	9838253	.	T	A	136.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.103;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.668;QD=13.68;ReadPosRankSum=-1.268	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:165,0,189
21	9838321	.	A	T	106.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=-1.109;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.555;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.555	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,3:12:99:135,0,762
21	9838324	.	A	G	106.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=-0.071;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.909;QD=7.63;ReadPosRankSum=-0.071	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,4:14:99:135,0,762
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21	9910262	.	A	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
21	9911537	.	C	T	136.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=27.36;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:27:165,0,27
21	9911804	.	G	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
21	9911960	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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21	9911981	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
21	9912194	.	T	C	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
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21	11052751	.	T	C	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
21	11056356	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
21	11056358	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
21	14344901	.	T	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
21	14344903	.	A	T	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
21	14349456	.	T	A	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
21	14365026	.	C	T	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
21	15166087	.	T	C	452.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.22	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:481,33,0
21	15352473	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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21	16214544	.	C	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
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21	17791847	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
21	18097816	.	C	T	46.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
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21	18787572	.	T	C	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
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21	23225628	.	C	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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21	23408992	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
21	24805596	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
21	26734398	.	C	T	113.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=22.75;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:28:142,0,28
21	26965148	.	G	A	698.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=2.017;DP=35;FS=1.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.317;QD=19.96;ReadPosRankSum=-1.150	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,20:35:99:727,0,557
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21	26969703	.	T	C	1409.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.445;ClippingRankSum=-1.202;DP=44;FS=1.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.080;QD=32.04;ReadPosRankSum=1.354	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,36:44:99:1438,0,203
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21	27554112	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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21	28208904	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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21	30243945	.	T	C	141.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:169,12,0
21	30244666	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
21	30244691	.	G	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
21	30244697	.	T	C	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
21	30244800	.	A	G	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=8.95;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:73:73,0,121
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21	30245340	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
21	30245466	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
21	30245824	.	T	C	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
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21	30247458	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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21	30247628	.	C	T	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=9.15;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:74:74,0,110
21	30248108	.	A	G	69.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:97,9,0
21	30248353	.	C	T	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-1.380;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=6.96;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:70:70,0,153
21	30250555	.	T	C	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
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21	30357163	.	G	T	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.733;ClippingRankSum=-0.898;DP=10;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.898;QD=3.18;ReadPosRankSum=0.898	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:60:60,0,308
21	30361051	.	G	A	132.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=26.55;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:31:161,0,31
21	30370110	.	T	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
21	30371892	.	C	T	130.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=26.15;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:30:159,0,30
21	30376145	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
21	30377224	.	A	G	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
21	30408670	.	A	T	932.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.869;ClippingRankSum=-0.084;DP=36;FS=3.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.453;QD=25.91;ReadPosRankSum=0.889	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,24:36:99:961,0,386
21	30430321	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
21	30431730	.	A	G	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
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21	32996995	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
21	32996998	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
21	33368188	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
21	33370900	.	T	C	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=-0.937;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=11.82;ReadPosRankSum=0.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:111,0,125
21	33371540	.	T	G	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=-1.537;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.988;QD=13.29;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:108,0,105
21	33371655	.	G	A	164.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=23.54;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:58:193,0,58
21	33372351	.	A	G	119.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=19.96;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:59:148,0,59
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21	33373128	.	C	G	172.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=34.55;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:99:201,0,104
21	33373172	.	G	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:69:78,0,69
21	33373511	.	C	T	50.31	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.77;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:1:76,0,1
21	33373930	.	A	C	85.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.45;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:23:114,0,23
21	33494273	.	T	A	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
21	33494302	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
21	33494307	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
21	33685280	.	C	T	192.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.14	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:221,18,0
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21	33880251	.	A	G	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
21	33887131	.	G	A	231.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=-1.500;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.459;QD=9.66;ReadPosRankSum=1.133	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,8:24:99:260,0,620
21	34124296	.	C	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
21	34128717	.	G	A	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=15.95;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:75:108,0,75
21	34602305	.	C	A	29.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=-0.480;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.480;QD=2.98;ReadPosRankSum=0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:58:58,0,294
21	34614255	.	T	G	224.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=-1.479;DP=19;FS=4.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.465;QD=11.83;ReadPosRankSum=2.071	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,7:19:99:253,0,450
21	34634878	.	G	A	78.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=1.754;DP=7;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.25;ReadPosRankSum=1.754	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:107,0,141
21	34636216	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:34:81,0,34
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21	34636303	.	A	G	252.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=-1.179;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=28.09;ReadPosRankSum=0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,7:9:50:281,0,50
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21	34730108	.	A	G	77.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=15.55;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:62:106,0,62
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21	34787312	.	A	G	2342.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,54:54:99:2371,163,0
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21	34899716	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
21	34901423	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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21	34943910	.	T	C	252.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:281,21,0
21	34961965	.	A	T	325.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:354,24,0
21	34964256	.	T	C	128.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:156,12,0
21	34964548	.	T	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
21	34964642	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=9.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,110
21	34964670	.	T	C	29.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.898;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.480;QD=2.98;ReadPosRankSum=-0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:58:58,0,321
21	34964709	.	C	T	86.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=21.70;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:24:115,0,24
21	34964732	.	T	C	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=21.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:113,0,34
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21	35200374	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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21	35456114	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
21	35467645	.	A	G	322.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:351,27,0
21	35469193	.	C	A	307.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:336,24,0
21	35469852	.	C	A	237.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:266,18,0
21	35470042	.	G	T	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
21	35470210	.	T	G	96.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:124,9,0
21	35470213	.	C	A	96.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:9:124,9,0
21	35474410	.	G	A	64.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.248;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=7.20;ReadPosRankSum=0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:93:93,0,224
21	35515117	.	G	A	363.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=-1.955;DP=29;FS=3.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.011;QD=12.54;ReadPosRankSum=2.135	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,11:29:99:392,0,696
21	35677474	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
21	35677483	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
21	35774487	.	G	A	110.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:138,12,0
21	35774898	.	C	T	24.76	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=12.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:52,6,0
21	35891562	.	G	A	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=14.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:71,0,36
21	35892027	.	C	T	155.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=-0.684;DP=8;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.920;QD=19.47;ReadPosRankSum=0.956	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:83:184,0,83
21	35892764	.	G	C	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=23.69;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:32:123,0,32
21	35893737	.	T	C	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=7.55;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:66:66,0,102
21	35924369	.	C	G	656.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:685,48,0
21	35944085	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
21	36165041	.	T	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
21	36191365	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
21	36193871	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
21	36203846	.	G	A	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
21	36218264	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
21	36222713	.	G	C	80.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:108,9,0
21	36261761	.	A	G	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
21	37259622	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
21	37259632	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
21	37412752	.	T	C	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:28:80,0,28
21	37416708	.	C	T	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.94;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:76:76,0,77
21	37420650	.	G	A	137.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.212;ClippingRankSum=-0.158;DP=17;FS=9.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.791;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.264	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,5:17:99:166,0,432
21	37431265	.	G	T	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:117,0,33
21	37501311	.	G	A	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
21	37507745	.	C	T	634.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:663,48,0
21	37514317	.	C	A	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
21	37518706	.	G	A	728.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:757,54,0
21	37524501	.	G	T	46.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
21	37529112	.	G	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
21	37529180	.	C	G	156.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:185,15,0
21	37603653	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
21	37605264	.	A	G	24.78	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=1.558;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.653;QD=1.18;ReadPosRankSum=-1.658	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,3:21:53:53,0,704
21	37609571	.	T	C	602.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:631,48,0
21	37617630	.	T	G	824.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:853,60,0
21	37633307	.	T	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:81,0,36
21	37636537	.	A	G	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
21	37637805	.	T	C	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
21	37664501	.	G	A	233.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=-0.278;DP=11;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.597;QD=21.25;ReadPosRankSum=0.278	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,7:11:99:262,0,121
21	37667342	.	C	T	88.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=22.20;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:24:117,0,24
21	37733063	.	T	C	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
21	37733357	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
21	37741550	.	A	G	547.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=-1.248;DP=25;FS=1.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.971;QD=21.91;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,15:25:99:576,0,372
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21	38216545	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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21	38267493	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
21	38267812	.	C	T	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:9:127,9,0
21	38267822	.	C	T	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
21	38268657	.	C	G	103.52	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:11:172,11,0
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21	38309619	.	C	A	226.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=-0.708;DP=29;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.391;QD=7.82;ReadPosRankSum=0.854	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,8:29:99:255,0,818
21	38319748	.	G	A	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.94;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:76:76,0,77
21	38335248	.	T	C	135.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=27.16;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:25:164,0,25
21	38337865	.	G	T	57.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=-1.001;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=6.42;ReadPosRankSum=1.001	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:86:86,0,204
21	38338110	.	T	C	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:38:39,0,38
21	38342807	.	A	G	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
21	38344022	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
21	38437763	.	C	G	131.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:159,12,0
21	38444863	.	C	T	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
21	38459211	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
21	38512956	.	A	G	143.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:171,12,0
21	38525356	.	T	C	703.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51:732,51,0
21	38531406	.	A	C	143.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:171,12,0
21	38531474	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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21	38574680	.	T	C	368.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:27:397,27,0
21	38596677	.	G	A	937.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:966,66,0
21	38598576	.	T	C	70.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:98,9,0
21	38774847	.	C	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
21	38791581	.	A	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
21	38858175	.	C	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
21	38883540	.	A	G	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
21	38885442	.	A	G	274.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.438;ClippingRankSum=0.542;DP=29;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.872;QD=9.47;ReadPosRankSum=-0.024	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,9:29:99:303,0,799
21	39392423	.	C	A	149.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.07	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:177,12,0
21	39393489	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
21	39394850	.	G	T	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
21	40097836	.	A	G	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
21	40119033	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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21	40684427	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
21	40692545	.	T	C	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:31:76,0,31
21	40715175	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
21	40715313	.	C	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
21	40715831	.	A	G	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
21	40716075	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
21	40717478	.	C	A	579.81	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=-0.598;DP=19;FS=6.767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.066;QD=30.52;ReadPosRankSum=0.598	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,17:19:20:608,0,20
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21	43220724	.	G	C	123.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=24.75;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:30:152,0,30
21	43220991	.	G	A	93.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.44;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:122,0,34
21	43221483	.	A	G	343.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:372,27,0
21	43221826	.	T	C	254.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:283,21,0
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21	44257020	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
21	44263084	.	A	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
21	44264056	.	T	C	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.75;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:72:72,0,106
21	44264468	.	A	T	153.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:182,15,0
21	44264597	.	G	A	330.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:359,27,0
21	44264634	.	G	A	23.79	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=-0.825;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.354;QD=2.16;ReadPosRankSum=0.118	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:52:52,0,354
21	44266327	.	T	C	71.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.956;DP=8;FS=7.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=8.97;ReadPosRankSum=-1.517	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:100,0,188
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21	44396136	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
21	44396144	.	C	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
21	44401124	.	C	T	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
21	44401496	.	T	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
21	44430325	.	T	C	450.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:479,33,0
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21	44474754	.	T	C	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=1.067;DP=8;FS=9.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.589;QD=4.72;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:66:66,0,236
21	44474833	.	A	T	208.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=26.10;ReadPosRankSum=-1.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:64:237,0,64
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21	44474949	.	C	T	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,153
21	44475162	.	A	G	69.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.684;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.221;QD=8.72;ReadPosRankSum=-0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:98:98,0,168
21	44475516	.	G	A	593.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:622,45,0
21	44475680	.	T	C	506.53	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=-0.744;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.488;QD=28.61;ReadPosRankSum=-0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,13:14:3:533,0,3
21	44475714	.	T	C	402.18	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.738;ClippingRankSum=-0.290;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.448;QD=33.52;ReadPosRankSum=-1.738	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,11:12:10:430,0,10
21	44475786	.	C	T	626.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:45:655,45,0
21	44475796	.	T	C	626.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:45:655,45,0
21	44476759	.	A	G	255.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:284,21,0
21	44479701	.	A	G	576.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=-0.867;DP=21;FS=1.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.289;QD=27.47;ReadPosRankSum=0.702	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,16:21:99:605,0,153
21	44479946	.	G	A	14.91	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=-0.085;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.104;QD=0.99;ReadPosRankSum=-0.085	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,2:15:43:43,0,471
21	44480616	.	G	A	2213.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.974;ClippingRankSum=-0.429;DP=70;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.179;QD=31.63;ReadPosRankSum=1.036	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,58:70:99:2242,0,301
21	44486964	.	C	T	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=14.79;ReadPosRankSum=-0.988	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:117,0,119
21	44487404	.	T	C	253.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:282,21,0
21	44487453	.	A	G	192.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.10	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:221,15,0
21	44487454	.	C	T	192.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:221,15,0
21	44488033	.	T	C	646.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:675,48,0
21	44492171	.	G	A	644.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=-0.384;DP=68;FS=1.020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.774;QD=9.48;ReadPosRankSum=0.437	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:48,20:68:99:673,0,1869
21	44514488	.	G	A	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.69;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:75:75,0,77
21	44515504	.	T	C	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
21	44515685	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
21	44516288	.	G	A	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=6.79;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:69:69,0,162
21	44517755	.	G	A	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
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21	44518028	.	G	A	91.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:30:120,0,30
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21	44852552	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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21	45107735	.	C	G	316.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=-0.914;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.395;QD=18.63;ReadPosRankSum=0.818	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,9:17:99:345,0,284
21	45113629	.	C	G	307.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.237;ClippingRankSum=-2.062;DP=15;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.177;QD=20.52;ReadPosRankSum=2.062	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,9:15:99:336,0,218
21	45141115	.	A	G	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
21	45144492	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
21	45162117	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
21	45164854	.	G	A	144.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:172,12,0
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21	45179113	.	C	G	348.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:377,27,0
21	45179932	.	T	G	459.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:488,36,0
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21	45180064	.	T	C	18.89	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=3.15;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:18:47,0,18
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21	45180422	.	G	A	734.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:763,57,0
21	45181446	.	G	A	603.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:632,45,0
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21	45182064	.	C	T	202.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.741;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.741;QD=20.28;ReadPosRankSum=-1.036	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,6:10:99:231,0,144
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21	45195111	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
21	45195119	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
21	45210932	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
21	45214323	.	T	C	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
21	45217559	.	T	C	1661.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.73	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,40:40:99:1690,120,0
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21	45219524	.	T	C	746.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.070;ClippingRankSum=-2.470;DP=41;FS=1.329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.842;QD=18.21;ReadPosRankSum=-0.014	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,23:39:99:775,0,560
21	45220483	.	A	G	1073.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-1.926;DP=50;FS=5.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.064;QD=21.48;ReadPosRankSum=1.160	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,29:50:99:1102,0,753
21	45222058	.	A	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
21	45223930	.	C	T	250.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.228;ClippingRankSum=-1.663;DP=11;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.896;QD=22.80;ReadPosRankSum=1.663	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,7:11:99:279,0,127
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21	45239756	.	C	T	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
21	45323863	.	G	A	71.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=1.580;DP=10;FS=5.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=7.18;ReadPosRankSum=-1.214	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:100,0,265
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21	45645246	.	T	C	122.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DP=8;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;QD=15.35;ReadPosRankSum=0.421	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:151,0,141
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21	45645308	.	A	G	196.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:225,15,0
21	45646010	.	G	T	19.81	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.537;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.107;QD=1.65;ReadPosRankSum=-0.752	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:48:48,0,388
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21	45647051	.	T	C	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=7.63;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:74:74,0,101
21	45647202	.	C	T	159.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=-1.408;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.031;QD=14.52;ReadPosRankSum=0.825	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,6:11:99:188,0,183
21	45647421	.	T	C	232.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:261,18,0
21	45648992	.	T	C	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
21	45649209	.	A	G	126.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:154,12,0
21	45649494	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
21	45649778	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
21	45732116	.	C	T	1285.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,32:32:96:1314,96,0
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21	45746913	.	G	C	1142.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.74	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1171,81,0
21	45746970	.	G	A	410.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=1.205;DP=34;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.240;QD=12.08;ReadPosRankSum=-0.071	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,13:34:99:439,0,801
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21	46288339	.	C	T	42.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:71:71,0,116
21	46288516	.	T	C	170.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=24.40;ReadPosRankSum=-0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:65:199,0,65
21	46290560	.	A	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
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21	46391448	.	G	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
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21	46394175	.	G	A	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.36	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:83,6,0
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21	46397933	.	A	G	418.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.75	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:447,30,0
21	46398792	.	C	T	242.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.271;ClippingRankSum=-0.898;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=24.28;ReadPosRankSum=0.898	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,8:10:58:271,0,58
21	46551422	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
21	46601177	.	A	C	47.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
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21	46646005	.	T	C	157.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=-0.470;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.103;QD=15.78;ReadPosRankSum=0.851	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:186,0,170
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21	46684904	.	A	G	998.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1027,72,0
21	46685175	.	A	G	619.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:648,48,0
21	46685909	.	T	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
21	46686494	.	T	C	227.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:18:256,18,0
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21	46693128	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
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21	46711474	.	T	A	26.75	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:54,6,0
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21	46714707	.	G	A	96.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:124,9,0
21	46714834	.	A	G	290.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:319,24,0
21	46715545	.	G	A	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:81,0,36
21	46715682	.	C	T	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=4.60;ReadPosRankSum=-0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:65:65,0,229
21	46715873	.	G	A	24.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=-1.768;DP=11;FS=7.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.118;QD=2.25;ReadPosRankSum=1.532	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:53:53,0,350
21	46716848	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
21	46875564	.	T	C	871.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:900,63,0
21	46899842	.	C	T	262.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.632;ClippingRankSum=-1.240;DP=31;FS=3.676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.675;QD=8.48;ReadPosRankSum=2.241	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,9:31:99:291,0,812
21	46899857	.	C	T	80.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.234;ClippingRankSum=-2.086;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.213;QD=3.67;ReadPosRankSum=0.298	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,4:22:99:109,0,681
21	46900410	.	C	T	292.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.067;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.267;QD=13.31;ReadPosRankSum=-2.204	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,9:22:99:321,0,496
21	46906832	.	G	C	119.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.877;ClippingRankSum=-1.050;DP=25;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.113;QD=4.79;ReadPosRankSum=1.241	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,6:25:99:148,0,694
21	46908355	.	T	C	1005.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1034,72,0
21	46909426	.	G	A	905.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=-0.114;DP=37;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.633;QD=24.48;ReadPosRankSum=-0.114	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,25:37:99:934,0,391
21	46910210	.	G	A	842.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.928;ClippingRankSum=-0.754;DP=32;FS=1.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.796;QD=26.34;ReadPosRankSum=1.635	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,23:32:99:871,0,266
21	46911188	.	C	G	469.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=-0.580;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.375;QD=21.35;ReadPosRankSum=0.444	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,14:22:99:498,0,227
21	46913477	.	G	C	602.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=-1.400;DP=40;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.503;QD=15.07;ReadPosRankSum=1.101	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,18:40:99:631,0,805
21	46915621	.	C	T	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
21	46915722	.	C	T	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:68:68,0,148
21	46915724	.	A	G	184.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:213,15,0
21	46915950	.	T	C	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
21	46925416	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
21	46929467	.	G	A	906.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.79	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:935,75,0
21	46932328	.	G	A	1448.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.84	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,35:35:99:1477,105,0
21	46932383	.	G	A	469.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:49:498,49,0
21	46932652	.	G	A	877.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:906,66,0
21	46934518	.	T	C	232.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:261,18,0
21	46934826	.	G	A	773.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.33	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:802,57,0
21	46934861	.	A	C	846.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.95	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:875,60,0
21	46951556	.	A	G	688.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=0.426;DP=24;FS=7.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.782;QD=28.70;ReadPosRankSum=-0.569	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,19:24:99:717,0,143
21	46957794	.	T	C	343.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.909;ClippingRankSum=-0.495;DP=14;FS=10.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.212;QD=24.55;ReadPosRankSum=0.354	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,10:14:99:372,0,100
21	46957916	.	G	A	346.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.110;ClippingRankSum=1.763;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.849;QD=23.12;ReadPosRankSum=1.501	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,11:15:99:375,0,122
21	47329352	.	T	C	96.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:124,9,0
21	47410931	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
21	47423389	.	G	A	38.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=12.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:67,0,36
21	47423507	.	G	A	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=16.55;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:69:111,0,69
21	47609510	.	T	C	484.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:513,36,0
21	47609655	.	G	A	615.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=-0.953;DP=24;FS=4.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.699;QD=25.66;ReadPosRankSum=0.127	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,17:24:99:644,0,397
21	47609677	.	A	G	33.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=-1.684;DP=34;FS=14.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.401;QD=0.99;ReadPosRankSum=0.935	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:30,4:34:62:62,0,1878
21	47610066	.	T	C	29.77	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=-0.959;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.046;QD=1.29;ReadPosRankSum=0.867	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,3:23:58:58,0,731
21	47614443	.	A	G	157.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.167;ClippingRankSum=-0.767;DP=24;FS=2.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.833;QD=6.57;ReadPosRankSum=-0.100	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,6:24:99:186,0,684
21	47614469	.	A	C	1140.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1169,81,0
21	47635627	.	C	G	877.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=1.961;DP=30;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.324;QD=29.26;ReadPosRankSum=-0.686	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,23:30:99:906,0,212
21	47642914	.	A	T	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
21	47647027	.	T	C	75.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=18.95;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:23:104,0,23
21	47670633	.	C	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=8.75;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:72:72,0,118
21	47676840	.	A	G	469.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=-0.601;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.334;QD=21.35;ReadPosRankSum=0.601	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,13:22:99:498,0,329
21	47687144	.	G	A	43.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.60;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:22:72,0,22
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21	47695220	.	A	G	556.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=-1.518;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.285;QD=26.51;ReadPosRankSum=-0.973	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,15:21:99:585,0,173
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21	47836206	.	A	C	204.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=0.876;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=22.75;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:233,0,299
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21	47836395	.	T	G	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=6.96;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:70:70,0,162
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21	47841941	.	A	G	133.80	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=26.76;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:21:162,0,21
21	47848459	.	G	A	129.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=1.754;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=18.54;ReadPosRankSum=-1.300	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:158,0,105
21	47851753	.	A	G	326.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.89	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:355,24,0
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21	47855876	.	A	G	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=6.63;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:68:68,0,142
21	47961711	.	G	A	161.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=-0.717;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.717;QD=14.71;ReadPosRankSum=0.825	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,5:11:99:190,0,228
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21	47983657	.	G	A	277.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:306,21,0
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21	47983806	.	C	G	78.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=15.75;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:73:107,0,73
21	47987547	.	C	T	241.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=-0.296;DP=10;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.214;QD=24.18;ReadPosRankSum=0.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,7:10:97:270,0,97
21	47988046	.	T	C	287.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=-0.382;DP=11;FS=8.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.715;QD=26.16;ReadPosRankSum=0.382	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,8:11:94:316,0,94
21	47988142	.	G	A	32.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=4.68;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:61:61,0,177
21	47988382	.	G	A	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:69:74,0,69
21	47988398	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=11.69;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:75:75,0,77
21	47989651	.	C	T	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=12.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:31:65,0,31
21	47990938	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
21	48063476	.	C	G	1067.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.33	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1096,81,0
21	48075536	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
21	48077812	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
21	48079463	.	T	C	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
21	48084628	.	A	G	570.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:599,42,0
21	48084747	.	T	C	434.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:463,33,0
22	16190766	.	T	C	58.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.643;ClippingRankSum=-1.138;DP=45;FS=8.361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.740;QD=1.31;ReadPosRankSum=2.257	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:40,5:45:87:87,0,1565
22	17371869	.	T	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
22	17529814	.	T	C	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
22	17532554	.	A	G	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
22	17535520	.	A	C	134.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:162,12,0
22	17536470	.	A	G	192.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:221,15,0
22	17536555	.	A	G	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
22	17537917	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
22	17538439	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
22	17538808	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
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22	17634711	.	T	C	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
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22	17939453	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
22	17939462	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
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22	18184290	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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22	18354766	.	C	T	619.96	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.531;ClippingRankSum=-0.306;DP=17;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.510;QD=28.59;ReadPosRankSum=-0.919	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,16:17:5:647,5,0
22	18371161	.	A	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
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22	18378060	.	C	T	563.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.24	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:592,42,0
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22	18463608	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
22	18484205	.	G	C	430.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:459,36,0
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22	18587264	.	C	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
22	18613037	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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22	18622162	.	G	T	46.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
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22	19437946	.	G	C	193.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:15:222,15,0
22	19439165	.	C	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
22	19439540	.	G	A	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.56	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
22	19441742	.	T	C	214.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:243,18,0
22	19442013	.	C	T	216.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:245,18,0
22	19751829	.	C	T	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
22	19776019	.	G	A	403.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:432,30,0
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22	19789541	.	A	C	604.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.05	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:633,45,0
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22	19957023	.	C	T	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.55	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
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22	20751339	.	G	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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22	20755098	.	A	G	207.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:236,18,0
22	20755226	.	A	G	97.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
22	20755283	.	A	G	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
22	20761384	.	C	A	1329.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.628;ClippingRankSum=-1.628;DP=33;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.418;QD=30.84;ReadPosRankSum=1.523	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,32:33:89:1358,89,0
22	20761899	.	C	T	274.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.71	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:303,21,0
22	20762423	.	C	A	318.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:347,24,0
22	20763315	.	C	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
22	20779604	.	T	G	181.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:210,15,0
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22	20779822	.	G	C	138.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:166,12,0
22	20779946	.	C	G	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
22	20779947	.	G	C	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
22	20789915	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
22	20801221	.	T	C	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
22	20811231	.	A	G	106.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.27	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:134,9,0
22	20811674	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
22	20811930	.	C	A	140.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:168,12,0
22	20843885	.	T	G	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
22	20846641	.	A	G	180.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:209,15,0
22	20848735	.	T	C	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:66:123,0,66
22	20848736	.	T	C	94.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:66:123,0,66
22	20858803	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
22	20926295	.	G	C	231.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:260,18,0
22	20926852	.	A	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,145
22	20932279	.	C	T	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
22	20935376	.	A	G	178.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:207,15,0
22	21058179	.	A	G	27.75	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:55,6,0
22	21064271	.	G	A	34.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=2.497;DP=38;FS=5.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.165;QD=0.91;ReadPosRankSum=-0.928	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:34,4:38:63:63,0,2702
22	21064273	.	G	A	34.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=2.354;DP=38;FS=5.132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.547;QD=0.91;ReadPosRankSum=0.119	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:34,4:38:63:63,0,2702
22	21065285	.	A	G	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.21	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
22	21072995	.	C	G	314.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.168;DP=28;FS=6.152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.120;QD=11.24;ReadPosRankSum=-0.024	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,10:28:99:343,0,695
22	21076208	.	G	T	92.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:120,9,0
22	21079909	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
22	21084604	.	C	T	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
22	21095720	.	C	A	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
22	21115244	.	T	C	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
22	21118306	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
22	21118524	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
22	21118820	.	C	T	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
22	21118918	.	T	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
22	21152916	.	G	A	1210.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.155;ClippingRankSum=1.040;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.040;QD=27.44;ReadPosRankSum=-1.733	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,29:30:49:1239,49,0
22	21167787	.	G	A	1155.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1184,81,0
22	21179692	.	A	G	137.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:165,12,0
22	21179700	.	T	C	137.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:12:165,12,0
22	21242544	.	A	G	1072.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1101,78,0
22	21243253	.	T	C	1131.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1160,81,0
22	21243643	.	T	C	1270.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1299,90,0
22	21243687	.	T	G	891.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:920,63,0
22	21244385	.	G	T	896.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,21:21:63:925,63,0
22	21245085	.	T	C	735.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:764,57,0
22	21265442	.	A	G	601.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:630,42,0
22	21265448	.	A	G	601.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=37.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:42:630,42,0
22	21344905	.	A	G	301.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:330,24,0
22	21348084	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
22	21349579	.	C	T	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
22	21352181	.	T	C	1003.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1032,72,0
22	21800042	.	T	C	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
22	21801489	.	C	A	270.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:299,21,0
22	21801588	.	T	A	183.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:212,15,0
22	21842813	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
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22	24108412	.	G	A	2767.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.77	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,65:65:99:2796,196,0
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22	24223484	.	T	C	142.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:170,12,0
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22	24226242	.	A	G	355.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:384,27,0
22	24227704	.	A	G	25.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=-1.826;DP=12;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.752;QD=2.15;ReadPosRankSum=1.182	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:54:54,0,398
22	24228125	.	T	C	990.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1019,72,0
22	24232044	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
22	24459438	.	T	C	577.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.99	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:606,45,0
22	24497624	.	C	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
22	24505414	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:79:81,0,79
22	24505417	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:79:81,0,79
22	24505956	.	A	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=7.29;ReadPosRankSum=-1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,164
22	24505987	.	A	G	92.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:30:121,0,30
22	24507748	.	G	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:81,0,33
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22	24938455	.	T	A	1038.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:71:1067,71,0
22	24943294	.	C	T	44.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:72,6,0
22	24951086	.	A	G	265.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.41	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:294,21,0
22	24968971	.	A	G	41.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=10.44;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:70:70,0,75
22	24969061	.	A	G	29.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.762;DP=9;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=3.31;ReadPosRankSum=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:58:58,0,359
22	24969064	.	A	G	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=0.480;DP=10;FS=8.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.898;QD=3.18;ReadPosRankSum=-0.898	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:60:60,0,400
22	24969087	.	A	G	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.106;ClippingRankSum=1.377;DP=11;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.708;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.382	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:99:116,0,696
22	24969092	.	A	G	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.664;DP=12;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.555;QD=7.31;ReadPosRankSum=-0.185	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,3:12:99:116,0,696
22	24969159	.	A	G	110.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=-1.568;DP=10;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=11.08;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:139,0,221
22	24969670	.	A	G	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.303;ClippingRankSum=-1.066;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.474;QD=2.82;ReadPosRankSum=0.592	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,3:18:79:79,0,580
22	24969691	.	A	G	13.95	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.104;ClippingRankSum=-1.953;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.764;QD=0.87;ReadPosRankSum=0.425	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,2:15:42:42,0,1005
22	24969694	.	A	G	13.95	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=-1.032;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.714;QD=0.82;ReadPosRankSum=0.238	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,2:16:42:42,0,1005
22	24969755	.	A	G	162.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=-2.175;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.511;QD=7.40;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,6:22:99:191,0,620
22	24970486	.	A	G	804.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:833,57,0
22	24970542	.	A	G	159.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.485;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.560;QD=7.61;ReadPosRankSum=-0.709	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,7:21:99:188,0,964
22	24970565	.	A	G	474.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=-0.386;DP=13;FS=6.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.694;QD=27.98;ReadPosRankSum=-0.540	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,9:13:99:503,0,115
22	24970576	.	A	G	148.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=-0.361;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=16.53;ReadPosRankSum=0.361	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:99:177,0,174
22	24970609	.	A	G	542.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=-0.752;DP=12;FS=3.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.107;QD=27.04;ReadPosRankSum=0.752	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,10:12:41:571,0,41
22	24970622	.	A	G	24.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=-1.061;DP=11;FS=7.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.296;QD=2.25;ReadPosRankSum=1.532	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:53:53,0,319
22	24970639	.	A	G	18.82	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=6;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=3.14;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:47:47,0,495
22	24970699	.	A	G	13.95	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=4.65;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:42:42,0,410
22	24970710	.	A	G	21.80	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=7.27;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:50:50,0,404
22	24971075	.	G	A	143.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.57	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:171,12,0
22	25085524	.	G	T	23.79	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=-0.550;DP=7;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=3.40;ReadPosRankSum=1.754	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:52:52,0,104
22	25465142	.	T	C	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
22	25467632	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
22	25507595	.	G	C	148.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:176,12,0
22	25578959	.	G	C	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
22	25586744	.	T	G	1133.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1162,81,0
22	25591278	.	T	C	978.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1007,72,0
22	25600699	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
22	25740405	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
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22	25746751	.	T	C	139.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:167,12,0
22	25746766	.	C	G	136.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:164,12,0
22	25747749	.	G	A	282.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.975;ClippingRankSum=-0.836;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.456;QD=14.14;ReadPosRankSum=1.140	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,9:20:99:311,0,418
22	25748078	.	T	C	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-1.495;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=4.82;ReadPosRankSum=1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:62:62,0,184
22	25748718	.	A	G	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.53	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
22	25753231	.	G	A	638.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.13	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:667,48,0
22	25756674	.	C	T	174.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:203,15,0
22	25757268	.	A	G	275.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.47	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:304,24,0
22	25757786	.	T	C	175.80	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=29.30;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:21:204,0,21
22	25758473	.	T	C	127.81	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=25.56;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:20:156,0,20
22	25758790	.	C	G	127.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=21.29;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:73:156,0,73
22	25762338	.	G	A	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.19;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:73:73,0,77
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22	26862153	.	C	A	355.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:384,27,0
22	26862212	.	T	C	1240.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,31:31:93:1269,93,0
22	26862772	.	T	C	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
22	26863032	.	G	T	150.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:178,12,0
22	26863093	.	C	T	129.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:157,12,0
22	26863559	.	T	C	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
22	26870609	.	C	T	141.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:169,12,0
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22	26887829	.	A	G	673.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:702,48,0
22	26888725	.	T	C	323.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:352,24,0
22	26889450	.	T	A	227.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:256,18,0
22	26889564	.	C	T	183.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:212,15,0
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22	26908433	.	C	T	168.18	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=28.03;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:10:196,0,10
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22	26920146	.	A	G	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,117
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22	26923155	.	T	C	443.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=-0.667;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.061;QD=27.74;ReadPosRankSum=0.424	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,12:16:99:472,0,124
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22	26923487	.	C	G	493.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.94	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:522,36,0
22	26929088	.	G	A	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
22	26931221	.	C	T	43.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:71,6,0
22	26932150	.	G	A	46.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
22	26933195	.	C	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
22	26937327	.	C	G	1747.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,42:42:99:1776,126,0
22	26945702	.	C	T	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
22	26952508	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
22	27089655	.	G	T	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.52	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
22	27113741	.	G	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
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22	29755888	.	T	C	297.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.134;ClippingRankSum=0.358;DP=52;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.134;QD=5.73;ReadPosRankSum=-0.471	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:41,11:52:99:326,0,1606
22	29903424	.	T	C	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:74,0,37
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22	29913272	.	C	T	111.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.279;ClippingRankSum=-0.540;DP=28;FS=18.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.540;QD=3.99;ReadPosRankSum=2.519	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,5:28:99:140,0,894
22	29951650	.	A	T	1618.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=-2.200;DP=53;FS=2.910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.542;QD=30.54;ReadPosRankSum=2.178	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,41:53:99:1647,0,356
22	29957944	.	C	T	31.29	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=10.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:59,9,0
22	29974831	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
22	29999784	.	C	A	364.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=0.537;DP=12;FS=3.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=30.40;ReadPosRankSum=-0.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,10:12:53:393,0,53
22	29999878	.	G	C	260.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:289,21,0
22	30075087	.	A	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
22	30086144	.	C	T	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
22	30163526	.	A	G	68.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.176;ClippingRankSum=-2.134;DP=88;FS=1.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.069;QD=0.78;ReadPosRankSum=1.584	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:79,9:88:97:97,0,3155
22	30184950	.	A	G	280.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=-2.069;DP=37;FS=1.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.564;QD=7.59;ReadPosRankSum=1.898	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:27,10:37:99:309,0,1026
22	30189642	.	C	T	459.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=-2.105;DP=54;FS=2.665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.830;QD=8.51;ReadPosRankSum=1.815	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:39,15:54:99:488,0,1538
22	30198025	.	C	T	1548.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=-0.253;DP=50;FS=1.459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.833;QD=30.98;ReadPosRankSum=0.606	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,41:50:99:1577,0,222
22	30223991	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
22	30229399	.	C	G	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
22	30234218	.	A	T	12.99	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=-1.783;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.444;QD=0.87;ReadPosRankSum=1.953	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,2:15:41:41,0,470
22	30302153	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
22	30338954	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
22	30368384	.	T	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
22	30412759	.	T	C	24.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.067;DP=8;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=3.10;ReadPosRankSum=1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:53:53,0,205
22	30413877	.	T	C	168.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:197,15,0
22	30422107	.	C	G	1440.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,34:34:99:1469,102,0
22	30423460	.	C	T	941.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.010;ClippingRankSum=2.261;DP=26;FS=9.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.144;QD=25.07;ReadPosRankSum=-2.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,24:26:0:967,0,0
22	30424863	.	C	G	312.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:341,24,0
22	30426323	.	A	G	92.28	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=23.07;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:9:120,0,9
22	30432403	.	C	A	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
22	30637884	.	A	G	1338.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.40	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,32:32:96:1367,96,0
22	30638226	.	T	G	941.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.325;DP=31;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.575;QD=30.38;ReadPosRankSum=-1.725	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,25:31:99:970,0,166
22	30638292	.	C	G	966.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.519;DP=30;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.129;QD=32.23;ReadPosRankSum=1.434	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,26:30:79:995,0,79
22	30638664	.	C	T	117.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.379;ClippingRankSum=-2.273;DP=23;FS=2.143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.410;QD=5.12;ReadPosRankSum=-1.379	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,5:23:99:146,0,699
22	30638721	.	G	A	1061.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.650;ClippingRankSum=1.217;DP=39;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.483;QD=27.22;ReadPosRankSum=-1.617	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,30:39:99:1090,0,266
22	30669993	.	C	T	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
22	30681257	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
22	30682271	.	C	T	78.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=-0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.684;QD=9.85;ReadPosRankSum=0.956	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:107,0,196
22	30700607	.	T	G	575.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.452;DP=21;FS=2.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.658;QD=27.42;ReadPosRankSum=-1.256	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,18:21:60:604,0,60
22	30714684	.	A	C	26.75	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:54,6,0
22	30728356	.	A	C	147.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:175,12,0
22	30728884	.	A	G	302.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:331,24,0
22	30733111	.	C	A	807.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.217;ClippingRankSum=-0.094;DP=27;FS=4.312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.343;QD=29.92;ReadPosRankSum=-0.031	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,22:27:99:836,0,134
22	30771554	.	T	G	69.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:97,9,0
22	30775675	.	G	A	125.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-0.731;DP=5;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=25.16;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:24:154,0,24
22	30776095	.	C	T	966.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=-0.386;DP=34;FS=3.797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.954;QD=28.43;ReadPosRankSum=0.223	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,26:34:99:995,0,238
22	30782089	.	A	G	48.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=-1.185;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.118;QD=2.71;ReadPosRankSum=0.829	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,3:18:77:77,0,589
22	30793137	.	G	A	166.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.973;ClippingRankSum=-0.117;DP=21;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.195;QD=7.94;ReadPosRankSum=0.195	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,6:21:99:195,0,544
22	30812549	.	C	G	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
22	30818965	.	G	C	553.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.262;ClippingRankSum=-1.571;DP=21;FS=4.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.786;QD=26.37;ReadPosRankSum=1.484	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,15:20:99:582,0,156
22	30820550	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
22	30938949	.	G	A	498.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.15	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:36:527,36,0
22	30938950	.	T	C	498.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.80	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:36:527,36,0
22	30938957	.	G	T	498.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:527,36,0
22	30987861	.	G	C	1129.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1158,81,0
22	31032309	.	C	T	222.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:251,18,0
22	31032920	.	A	G	187.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:216,15,0
22	31043766	.	G	A	53.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
22	31054407	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
22	31060029	.	G	C	195.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.31	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:224,15,0
22	31285548	.	G	A	652.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=1.137;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.426;QD=27.20;ReadPosRankSum=-1.137	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,19:24:99:681,0,135
22	31289477	.	G	C	155.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=-0.900;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.433;QD=6.49;ReadPosRankSum=0.233	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,6:24:99:184,0,695
22	31289891	.	A	G	62.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=-1.676;DP=29;FS=4.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.032;QD=2.16;ReadPosRankSum=1.550	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,4:29:91:91,0,1016
22	31300312	.	A	G	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=9.94;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:68:68,0,79
22	31328929	.	C	G	219.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=1.468;DP=46;FS=3.487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.305;QD=4.78;ReadPosRankSum=-0.609	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:37,9:46:99:248,0,1441
22	31354653	.	G	A	17.84	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=-1.325;DP=29;FS=5.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.253;QD=0.62;ReadPosRankSum=0.824	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,3:29:46:46,0,1025
22	31362733	.	T	C	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=11.94;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:72:76,0,72
22	31364580	.	G	A	81.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.478;ClippingRankSum=-0.493;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.134;QD=3.89;ReadPosRankSum=0.403	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,4:21:99:110,0,630
22	31366330	.	G	T	39.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=-0.529;DP=46;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.141;QD=0.86;ReadPosRankSum=0.635	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:41,5:46:68:68,0,1641
22	31366675	.	G	T	2094.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,50:50:99:2123,150,0
22	31487344	.	C	G	80.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.273;ClippingRankSum=0.424;DP=16;FS=6.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.546;QD=5.05;ReadPosRankSum=-0.546	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,4:16:99:109,0,461
22	31497663	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
22	31499684	.	A	T	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
22	31500536	.	G	A	293.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=2.034;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.294;QD=24.48;ReadPosRankSum=-2.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,9:12:89:322,0,89
22	31503560	.	C	T	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=5.79;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:63:63,0,137
22	31521404	.	G	A	143.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.221;QD=17.97;ReadPosRankSum=-0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,5:8:90:172,0,90
22	31521850	.	A	C	296.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=39.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:325,24,0
22	31565278	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
22	31565283	.	G	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
22	31565311	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
22	31565314	.	A	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
22	31602641	.	G	C	222.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=-0.727;DP=35;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.709;QD=6.36;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:27,8:35:99:251,0,1051
22	31602868	.	T	G	337.88	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=-1.741;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.696;QD=33.79;ReadPosRankSum=1.393	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,9:10:16:366,0,16
22	31621792	.	G	A	36.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=7.35;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:65:65,0,115
22	31644614	.	C	T	413.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=-1.768;DP=55;FS=1.214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.242;QD=7.52;ReadPosRankSum=1.961	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:41,14:55:99:442,0,1565
22	31657449	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
22	31658281	.	A	G	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
22	31659495	.	T	C	55.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
22	31663842	.	C	G	2216.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.64	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,52:52:99:2245,157,0
22	31671932	.	G	T	185.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:214,15,0
22	31672321	.	A	G	72.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=-1.386;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.296;QD=7.28;ReadPosRankSum=1.386	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:101,0,272
22	31672752	.	A	C	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
22	31675185	.	A	C	1978.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,46:46:99:2007,138,0
22	31676454	.	T	C	191.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:220,15,0
22	31677130	.	C	G	190.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:219,15,0
22	31678958	.	C	G	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
22	31679741	.	T	C	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
22	31680240	.	G	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
22	31681062	.	A	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.28	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
22	31742108	.	G	A	38.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:66,6,0
22	31745190	.	G	A	27.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=6.94;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:56:56,0,73
22	31831654	.	A	G	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:36:76,0,36
22	31845442	.	T	G	601.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=-0.454;DP=21;FS=19.449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.619;QD=28.66;ReadPosRankSum=0.041	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,16:21:99:630,0,154
22	31859859	.	A	G	515.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.949;ClippingRankSum=0.619;DP=20;FS=2.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.113;QD=25.79;ReadPosRankSum=-0.784	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,14:20:99:544,0,195
22	31971258	.	T	C	274.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:303,21,0
22	32008039	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
22	32011225	.	T	C	186.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:215,15,0
22	32013745	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
22	32014719	.	C	T	1195.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=-1.235;DP=36;FS=4.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.640;QD=33.22;ReadPosRankSum=-0.732	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,31:36:99:1224,0,111
22	32014796	.	T	G	55.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=-0.619;DP=31;FS=2.208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.678;QD=1.80;ReadPosRankSum=-0.972	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:27,4:31:84:84,0,1073
22	32015162	.	C	T	915.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:944,72,0
22	32015406	.	T	C	1286.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,30:30:90:1315,90,0
22	32015450	.	T	G	1479.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,35:35:99:1508,105,0
22	32015766	.	G	A	57.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.481;DP=44;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.185;QD=1.31;ReadPosRankSum=-0.481	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:39,5:44:86:86,0,1537
22	32021836	.	C	T	425.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.072;DP=15;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.505;QD=28.38;ReadPosRankSum=0.072	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,12:15:83:454,0,83
22	32079303	.	T	C	943.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:972,66,0
22	32080244	.	G	A	855.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:60:884,60,0
22	32110163	.	G	A	491.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:520,36,0
22	32112461	.	T	C	631.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.04	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:660,45,0
22	32113269	.	C	A	124.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=-0.175;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.349;QD=6.24;ReadPosRankSum=0.087	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,5:20:99:153,0,577
22	32136966	.	A	G	36.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:64,6,0
22	32143719	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
22	32217539	.	C	T	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:68:68,0,155
22	32352791	.	G	A	140.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=0.936;DP=58;FS=3.443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.530;QD=2.43;ReadPosRankSum=-0.958	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:50,8:58:99:169,0,1989
22	32435478	.	G	A	26.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=8.93;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:55:55,0,71
22	32435479	.	T	G	26.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=8.93;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:55:55,0,71
22	32435488	.	T	C	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
22	32435607	.	G	A	95.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:123,9,0
22	32508457	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
22	32781197	.	T	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
22	32870806	.	C	T	86.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=-1.250;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.150;QD=4.57;ReadPosRankSum=1.250	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,4:19:99:115,0,555
22	32875190	.	G	A	446.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.376;ClippingRankSum=0.085;DP=60;FS=11.266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.120;QD=7.45;ReadPosRankSum=-0.239	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:45,15:60:99:475,0,1799
22	32884964	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
22	32886998	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:81,0,33
22	32887150	.	C	T	335.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=-0.795;DP=68;FS=4.396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.047;QD=4.94;ReadPosRankSum=0.172	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:55,13:68:99:364,0,2168
22	32887782	.	A	G	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:35:39,0,35
22	32888084	.	G	A	119.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.937;DP=7;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=17.11;ReadPosRankSum=-0.937	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:75:148,0,75
22	35737214	.	C	G	47.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.93;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:25:76,0,25
22	35837650	.	G	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
22	35846282	.	T	A	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
22	35927461	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
22	35936868	.	C	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
22	35948120	.	G	A	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=8.95;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:73:73,0,116
22	35948265	.	G	C	27.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=-0.480;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.898;QD=2.78;ReadPosRankSum=0.898	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:56:56,0,301
22	35948555	.	G	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=9.35;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,109
22	35950148	.	G	A	93.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=-0.937;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=13.40;ReadPosRankSum=1.300	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,4:7:99:122,0,102
22	35952322	.	G	A	239.84	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:268,18,0
22	35952775	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=12.44;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:77:78,0,77
22	35962060	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
22	35962093	.	G	A	92.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:121,0,34
22	35964722	.	C	T	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
22	36003939	.	A	C	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
22	36006322	.	C	T	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
22	36007045	.	G	A	2428.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.48	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,56:56:99:2457,169,0
22	36007075	.	C	T	2134.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,50:50:99:2163,151,0
22	36009787	.	T	C	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
22	36012864	.	C	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
22	36050847	.	A	G	47.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:35:76,0,35
22	36052084	.	A	G	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
22	36052137	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
22	36055840	.	A	G	131.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.635;ClippingRankSum=1.635;DP=12;FS=2.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.831;QD=10.98;ReadPosRankSum=-1.309	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,5:12:99:160,0,262
22	36055877	.	A	G	17.84	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.091;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.456;QD=1.27;ReadPosRankSum=0.639	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:46:46,0,480
22	36055913	.	A	G	179.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=-1.573;DP=16;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.813;QD=11.24;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,6:16:99:208,0,396
22	36055916	.	A	G	101.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=-1.395;DP=16;FS=2.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.061;QD=6.36;ReadPosRankSum=1.395	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,4:16:99:130,0,451
22	36056392	.	A	G	24.78	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.586;ClippingRankSum=-0.604;DP=54;FS=1.728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.323;QD=0.46;ReadPosRankSum=0.800	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:47,6:53:53:53,0,2992
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22	36056410	.	A	G	299.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=-0.171;DP=45;FS=17.587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.171;QD=6.66;ReadPosRankSum=-0.171	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:32,12:44:99:328,0,1708
22	36056491	.	A	G	182.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.063;DP=33;FS=1.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.071;QD=5.54;ReadPosRankSum=0.147	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,8:33:99:211,0,1122
22	36056492	.	A	G	523.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.018;DP=33;FS=1.352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.271;QD=15.87;ReadPosRankSum=-0.488	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,15:33:99:552,0,647
22	36056546	.	A	G	137.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=-0.748;DP=40;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.819;QD=3.44;ReadPosRankSum=1.103	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:33,7:40:99:166,0,1641
22	36056564	.	A	G	142.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=-0.904;DP=38;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.602;QD=3.76;ReadPosRankSum=-1.770	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,7:38:99:171,0,1552
22	36056598	.	A	G	1678.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.042;ClippingRankSum=-0.401;DP=34;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.615;QD=25.21;ReadPosRankSum=-0.080	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,30:34:41:1707,0,41
22	36056732	.	A	G	756.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.300;DP=41;FS=2.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.326;QD=18.46;ReadPosRankSum=1.213	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,21:41:99:785,0,741
22	36056750	.	A	G	105.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=1.707;DP=42;FS=1.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.456;QD=2.52;ReadPosRankSum=-1.743	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:36,6:42:99:134,0,1438
22	36057189	.	A	G	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.933;DP=23;FS=2.291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.338;QD=2.21;ReadPosRankSum=0.608	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,4:23:79:79,0,1256
22	36057206	.	A	G	84.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=2.882;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.142;QD=4.24;ReadPosRankSum=-2.504	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,4:20:99:113,0,617
22	36057248	.	A	G	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.678;ClippingRankSum=0.493;DP=13;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.493;QD=2.91;ReadPosRankSum=0.691	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:66:66,0,1212
22	36057251	.	A	G	37.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=0.063;DP=17;FS=6.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.189;QD=2.22;ReadPosRankSum=0.441	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,3:17:66:66,0,1212
22	36057284	.	A	G	627.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=-0.803;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.087;QD=31.39;ReadPosRankSum=0.425	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,16:20:99:656,0,109
22	36057285	.	A	G	205.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=-0.261;DP=21;FS=9.223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.112;QD=9.80;ReadPosRankSum=0.858	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,7:21:99:234,0,689
22	36057294	.	A	G	122.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.802;ClippingRankSum=-0.157;DP=22;FS=2.326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.567;QD=5.58;ReadPosRankSum=-0.862	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,5:22:99:151,0,788
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22	36057354	.	A	G	140.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.267;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.933;QD=10.05;ReadPosRankSum=-0.533	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,5:14:99:169,0,672
22	36057355	.	A	G	235.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.101;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.811;QD=18.14;ReadPosRankSum=-0.312	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,7:13:99:264,0,337
22	36057400	.	A	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,139
22	36058076	.	T	C	96.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.571;DP=46;FS=1.717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.082;QD=2.10;ReadPosRankSum=-0.342	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:40,6:46:99:125,0,1632
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22	36185493	.	A	G	57.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:85,6,0
22	36424450	.	A	C	299.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:328,24,0
22	36537029	.	C	T	20.80	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=-0.572;DP=8;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:49:49,0,217
22	36537725	.	G	A	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=-0.956;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.684;QD=8.85;ReadPosRankSum=0.956	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:99,0,192
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22	36545137	.	A	T	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=-1.495;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=5.82;ReadPosRankSum=1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,200
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22	36622906	.	T	C	206.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=-1.866;DP=10;FS=7.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=20.68;ReadPosRankSum=0.365	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,6:10:99:235,0,139
22	36623148	.	T	C	374.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=-0.537;DP=12;FS=6.435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.537;QD=31.23;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,10:12:48:403,0,48
22	36623731	.	T	C	934.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.66	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:69:963,69,0
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22	36624462	.	T	G	11.12	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,1:2:39:39,0,57
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22	36631039	.	T	C	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:81,0,37
22	36631691	.	G	A	87.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:115,9,0
22	36633564	.	T	C	192.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:221,15,0
22	36633836	.	A	C	136.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:164,12,0
22	36634217	.	T	C	96.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:124,9,0
22	36655012	.	A	G	93.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
22	36655261	.	C	T	50.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
22	36657023	.	T	C	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
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22	36657596	.	A	G	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
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22	36661536	.	C	A	883.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,22:22:66:912,66,0
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22	38158876	.	C	G	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
22	38164106	.	C	T	2153.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.23	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,51:51:99:2182,154,0
22	38167292	.	G	A	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
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22	38172213	.	G	A	625.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,15:15:45:654,45,0
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22	38202399	.	T	C	1579.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,39:39:99:1608,117,0
22	38202552	.	T	C	2933.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.12	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,68:68:99:2962,205,0
22	38202642	.	G	T	1560.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.708;ClippingRankSum=0.811;DP=67;FS=2.222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.087;QD=23.30;ReadPosRankSum=1.363	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:3,56:59:99:1589,104,0
22	38202734	.	G	C	2692.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.39	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,62:62:99:2721,187,0
22	38205989	.	T	C	146.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:174,12,0
22	38208981	.	G	A	12.99	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=-0.456;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.456;QD=0.93;ReadPosRankSum=-0.091	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:41:41,0,442
22	38269231	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
22	38273749	.	T	C	526.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=-1.262;DP=63;FS=10.562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.123;QD=8.36;ReadPosRankSum=1.247	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:46,17:63:99:555,0,1832
22	38303155	.	C	T	91.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:119,9,0
22	38323507	.	G	T	217.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=-0.850;DP=57;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.031;QD=3.82;ReadPosRankSum=0.934	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:47,10:57:99:246,0,1719
22	38327834	.	G	A	1369.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=2.463;DP=60;FS=7.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.429;QD=22.83;ReadPosRankSum=-0.623	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,37:60:99:1398,0,799
22	38340812	.	A	G	21.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.752;DP=12;FS=2.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=1.82;ReadPosRankSum=0.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:50:50,0,405
22	38341134	.	T	C	600.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=-1.880;DP=22;FS=7.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.848;QD=27.31;ReadPosRankSum=1.806	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,16:22:99:629,0,181
22	38341550	.	G	A	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.067;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.762	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:63:63,0,275
22	38341582	.	A	G	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.762;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.762;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:63:63,0,247
22	38341608	.	A	G	109.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=-0.421;DP=8;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.368;QD=13.72;ReadPosRankSum=-0.421	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:138,0,125
22	38341750	.	A	G	52.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.269;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.673;QD=3.30;ReadPosRankSum=0.269	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,3:16:81:81,0,514
22	38341765	.	A	G	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=-0.573;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.683;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:108,0,443
22	38341766	.	A	G	79.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=-0.248;DP=9;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=8.86;ReadPosRankSum=-0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:99:108,0,443
22	38343143	.	T	C	818.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=-1.023;DP=31;FS=1.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.197;QD=26.41;ReadPosRankSum=0.979	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,22:31:99:847,0,273
22	38343557	.	A	G	147.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=1.453;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.470;QD=14.78;ReadPosRankSum=0.676	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:176,0,150
22	38343592	.	A	G	12.05	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.369;ClippingRankSum=-1.187;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.004;QD=0.86;ReadPosRankSum=-0.639	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:40:40,0,473
22	38343597	.	A	G	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.466;ClippingRankSum=0.077;DP=13;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.540;QD=6.37;ReadPosRankSum=0.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,4:13:99:111,0,335
22	38343898	.	A	G	589.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.667;ClippingRankSum=0.556;DP=16;FS=2.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.350;QD=27.89;ReadPosRankSum=2.143	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,14:16:30:618,0,30
22	38343903	.	A	G	136.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=-0.113;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=2.152;QD=8.05;ReadPosRankSum=-0.453	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,5:16:99:165,0,1095
22	38343907	.	A	G	136.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.436;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.087;QD=6.51;ReadPosRankSum=0.873	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,5:20:99:165,0,1095
22	38343957	.	A	G	23.79	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.589;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.589;QD=2.16;ReadPosRankSum=0.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:52:52,0,379
22	38343967	.	A	G	378.89	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=-0.474;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.423;QD=34.44;ReadPosRankSum=1.423	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,10:11:2:405,2,0
22	38343991	.	A	G	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.468;ClippingRankSum=-0.289;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.289;QD=6.90;ReadPosRankSum=0.536	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,4:12:99:111,0,709
22	38343993	.	A	G	82.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.312;ClippingRankSum=-1.774;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.620;QD=6.37;ReadPosRankSum=0.694	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,4:13:99:111,0,709
22	38463968	.	A	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
22	38473706	.	G	A	38.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=12.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:67,0,37
22	38474696	.	A	G	158.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=22.68;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,5:7:66:187,0,66
22	38476579	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
22	38477342	.	T	A	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:74,0,33
22	38477930	.	G	A	196.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=28.11;ReadPosRankSum=-0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:24:225,0,24
22	38486738	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
22	38487029	.	A	G	33.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:61,6,0
22	38488616	.	A	T	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
22	38488914	.	A	G	50.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:37:79,0,37
22	38521077	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
22	38580430	.	T	C	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
22	38598041	.	C	T	226.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.461;ClippingRankSum=0.529;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.831;QD=18.90;ReadPosRankSum=-1.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,7:12:99:255,0,182
22	38611080	.	C	G	520.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.576;ClippingRankSum=-1.742;DP=30;FS=1.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.249;QD=17.36;ReadPosRankSum=1.784	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,15:30:99:549,0,530
22	38612372	.	A	C	225.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=-0.984;DP=15;FS=9.249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.372;QD=15.05;ReadPosRankSum=-0.637	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,7:15:99:254,0,299
22	38615536	.	A	T	42.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=-2.272;DP=26;FS=4.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.235;QD=1.64;ReadPosRankSum=0.078	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,5:22:71:71,0,482
22	38617333	.	T	C	284.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=-0.828;DP=27;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.828;QD=10.55;ReadPosRankSum=0.728	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,10:27:99:313,0,639
22	38648141	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
22	38689984	.	T	A	87.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:115,9,0
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22	39268237	.	C	G	119.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=19.96;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,4:6:61:148,0,61
22	39382079	.	C	A	1075.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:81:1104,81,0
22	39387558	.	C	T	603.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=1.207;DP=24;FS=4.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.334;QD=25.16;ReadPosRankSum=-1.270	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,17:24:99:632,0,223
22	39414699	.	C	G	234.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=1.134;DP=12;FS=5.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.244;QD=19.56;ReadPosRankSum=-0.244	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,7:12:99:263,0,184
22	39414766	.	C	T	76.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.580;ClippingRankSum=0.296;DP=10;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=7.68;ReadPosRankSum=1.386	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:105,0,336
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22	39913420	.	C	T	243.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=1.034;DP=11;FS=6.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.398;QD=22.16;ReadPosRankSum=-0.678	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,7:11:99:272,0,147
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22	40720704	.	A	G	123.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=24.76;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:25:152,0,25
22	40722745	.	A	G	92.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.727;QD=23.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:30:121,0,30
22	40742702	.	C	G	48.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.016;ClippingRankSum=-2.374;DP=45;FS=35.250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.128;QD=1.08;ReadPosRankSum=-2.503	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:37,7:44:77:77,0,2689
22	40742705	.	A	G	48.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.866;ClippingRankSum=-1.697;DP=38;FS=15.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.141;QD=1.28;ReadPosRankSum=-2.699	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:34,3:37:77:77,0,2689
22	40814636	.	C	T	518.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.197;ClippingRankSum=-1.701;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.567;QD=30.52;ReadPosRankSum=1.575	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,14:17:74:547,0,74
22	40815230	.	G	A	604.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.820;ClippingRankSum=-1.802;DP=22;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.235;QD=27.49;ReadPosRankSum=1.724	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,17:22:99:633,0,162
22	40819586	.	T	C	554.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=-0.698;DP=20;FS=2.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.349;QD=27.74;ReadPosRankSum=0.436	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,15:20:99:583,0,153
22	41166135	.	A	G	190.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.85	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:219,15,0
22	41324288	.	A	G	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
22	41327431	.	A	G	33.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=-1.589;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=4.22;ReadPosRankSum=1.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:62:62,0,230
22	41351338	.	A	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.000;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.720;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,159
22	41359480	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
22	41488232	.	C	T	13.72	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:40,3,0
22	41511171	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
22	41511176	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
22	41551039	.	T	A	1184.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.81	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,29:29:87:1213,87,0
22	41570745	.	T	C	16.63	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=16.63	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:43,3,0
22	41640106	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
22	41640850	.	T	C	101.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:129,9,0
22	41645757	.	C	G	416.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.403;ClippingRankSum=-0.186;DP=70;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.573;QD=5.95;ReadPosRankSum=0.157	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:55,15:70:99:445,0,2129
22	41678620	.	T	C	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=5.68;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:68:68,0,186
22	41680728	.	T	C	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,117
22	41732146	.	A	G	51.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:27:80,0,27
22	41740877	.	A	G	152.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:180,12,0
22	41740879	.	A	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=10.94;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:72:72,0,77
22	41753569	.	T	C	691.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=35.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:720,54,0
22	41753894	.	C	T	105.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.814;DP=40;FS=6.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.549;QD=2.64;ReadPosRankSum=-0.852	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:34,6:40:99:134,0,1345
22	41755822	.	G	T	37.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=-1.156;DP=21;FS=6.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.352;QD=1.80;ReadPosRankSum=1.055	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,3:21:66:66,0,731
22	41792601	.	G	A	353.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.82	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:382,27,0
22	41792641	.	G	A	19.81	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.537;DP=12;FS=8.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.322;QD=1.65;ReadPosRankSum=0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:48:48,0,386
22	41793032	.	C	A	320.88	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.393;ClippingRankSum=1.044;DP=10;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.044;QD=32.09;ReadPosRankSum=-1.393	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,9:10:16:349,0,16
22	41795287	.	G	A	52.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:24:81,0,24
22	41830212	.	G	A	792.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.147;ClippingRankSum=1.439;DP=29;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.024;QD=27.34;ReadPosRankSum=-1.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,21:29:99:821,0,273
22	41831267	.	A	C	102.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=0.960;DP=28;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.020;QD=3.67;ReadPosRankSum=0.660	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,5:28:99:131,0,925
22	41833116	.	C	T	1394.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,34:34:99:1423,102,0
22	41840158	.	C	T	134.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:162,12,0
22	41856137	.	T	A	1666.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.20	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,39:39:99:1695,117,0
22	41857812	.	A	G	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
22	41858657	.	A	G	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
22	41860864	.	C	A	104.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:132,9,0
22	41863423	.	A	G	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
22	41903813	.	A	C	250.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.516;ClippingRankSum=-0.230;DP=50;FS=11.322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.061;QD=5.02;ReadPosRankSum=0.812	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:40,10:50:99:279,0,1381
22	41911525	.	C	T	1145.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.504;ClippingRankSum=-0.350;DP=37;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.680;QD=30.97;ReadPosRankSum=-0.680	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,31:37:99:1174,0,155
22	41995260	.	T	C	178.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=-1.200;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.312;QD=13.75;ReadPosRankSum=1.954	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,6:13:99:207,0,247
22	41995306	.	T	C	96.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=-0.979;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.326;QD=6.45;ReadPosRankSum=-0.065	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,4:15:99:125,0,387
22	41996100	.	T	C	46.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:26:75,0,26
22	41996161	.	T	C	55.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=11.15;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:84:84,0,126
22	41996164	.	T	C	55.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=11.15;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,3:5:84:84,0,126
22	41996312	.	T	C	21.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.752;DP=12;FS=2.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.967;QD=1.82;ReadPosRankSum=-0.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:50:50,0,410
22	42009520	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
22	42045380	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:6:84,6,0
22	42045389	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
22	42062822	.	C	T	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
22	42070276	.	T	C	1932.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,45:45:99:1961,135,0
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22	42076381	.	C	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
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22	42970515	.	A	C	103.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:131,9,0
22	42971987	.	T	C	151.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.447;ClippingRankSum=1.009;DP=19;FS=4.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.447;QD=7.99;ReadPosRankSum=-0.921	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,6:19:99:180,0,485
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22	43275250	.	G	A	168.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:197,15,0
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22	43465814	.	A	G	166.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=27.80;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:27:195,0,27
22	43475920	.	C	T	319.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:348,24,0
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22	43531027	.	C	G	87.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:34:116,0,34
22	43532155	.	T	C	99.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
22	43539309	.	C	A	19.81	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=-1.179;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=2.20;ReadPosRankSum=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:48:48,0,254
22	43551007	.	C	T	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
22	43551836	.	T	C	163.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=27.30;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:28:192,0,28
22	43555590	.	A	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
22	43556316	.	G	A	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.62	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
22	43558926	.	A	G	2770.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,65:65:99:2799,196,0
22	43558972	.	G	A	2005.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.182;DP=69;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.338;QD=29.07;ReadPosRankSum=2.224	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,57:69:99:2034,0,267
22	43559137	.	G	T	1167.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.719;ClippingRankSum=-1.584;DP=43;FS=1.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.528;QD=27.16;ReadPosRankSum=1.557	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,31:43:99:1196,0,361
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22	45124595	.	T	G	183.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:212,15,0
22	45126775	.	T	C	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
22	45128232	.	T	C	62.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.740;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.925;QD=5.23;ReadPosRankSum=-0.925	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,3:12:91:91,0,329
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22	45245876	.	G	C	279.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.45	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:308,21,0
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22	45247063	.	A	T	343.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=-0.751;DP=9;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=28.66;ReadPosRankSum=0.751	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,8:9:97:372,0,97
22	45247175	.	A	G	92.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=23.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:30:121,0,30
22	45247191	.	A	T	258.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.747;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.747;QD=32.35;ReadPosRankSum=0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,7:8:22:287,0,22
22	45247215	.	C	T	359.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:388,27,0
22	45247796	.	T	C	258.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.30	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:287,21,0
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22	45250274	.	A	G	24.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-0.358;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=4.96;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:53:53,0,91
22	45250327	.	A	G	107.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:135,9,0
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22	45251148	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:69:69,0,493
22	45251149	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=-0.720;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:69:69,0,493
22	45251152	.	A	G	40.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:69:69,0,493
22	45251423	.	G	A	72.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=-0.895;DP=10;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=7.28;ReadPosRankSum=1.214	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:101,0,269
22	45251713	.	G	A	90.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=1.202;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.354;QD=6.48;ReadPosRankSum=0.778	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,4:14:99:119,0,395
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22	45251839	.	A	G	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=-0.922;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=8.85;ReadPosRankSum=0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:99:99,0,612
22	45251842	.	A	G	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.322;DP=9;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.322;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.956	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:99,0,612
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22	45253233	.	A	G	72.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=-1.580;DP=10;FS=3.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=7.28;ReadPosRankSum=1.580	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:99:101,0,270
22	45253376	.	C	G	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.600;DP=12;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.825;QD=7.40;ReadPosRankSum=-0.825	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,4:12:99:117,0,303
22	45253530	.	C	T	116.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=-1.447;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=11.68;ReadPosRankSum=0.365	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:145,0,227
22	45253550	.	G	A	192.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=-0.387;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.825;QD=17.52;ReadPosRankSum=0.143	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,6:11:99:221,0,187
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22	45253710	.	G	T	110.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=-0.633;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=11.08;ReadPosRankSum=1.447	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:139,0,228
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22	45255137	.	A	G	183.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=-1.356;DP=14;FS=2.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.065;QD=13.13;ReadPosRankSum=1.097	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,6:14:99:212,0,278
22	45255222	.	A	G	166.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=-0.111;DP=22;FS=9.185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.258;QD=7.58;ReadPosRankSum=0.405	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,6:22:99:195,0,619
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22	45255436	.	C	G	64.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=-1.713;DP=14;FS=7.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.778;QD=4.63;ReadPosRankSum=-0.156	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,3:14:93:93,0,404
22	45255460	.	G	A	105.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=-0.540;DP=13;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.774;QD=8.14;ReadPosRankSum=0.077	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,4:13:99:134,0,345
22	45255484	.	A	C	185.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=1.790;DP=16;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.813;QD=11.61;ReadPosRankSum=-0.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,6:16:99:214,0,377
22	45255771	.	G	C	156.79	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.736;DP=6;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=26.13;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:22:185,0,22
22	45255902	.	T	C	289.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=28.50;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:55:318,0,55
22	45256142	.	C	A	124.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.537;QD=20.79;ReadPosRankSum=0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:99:153,0,104
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22	45559947	.	C	G	88.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=-1.302;DP=17;FS=2.846;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.189;QD=5.22;ReadPosRankSum=1.302	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,4:17:99:117,0,466
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22	45581521	.	C	T	185.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.358;ClippingRankSum=0.140;DP=18;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.328;QD=10.32;ReadPosRankSum=0.328	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,6:18:99:214,0,466
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22	45590302	.	T	C	70.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.322;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=8.85;ReadPosRankSum=-0.322	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:99,0,349
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22	45737310	.	A	G	549.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.16	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:39:578,39,0
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22	45923827	.	A	G	2196.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.03	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,51:51:99:2225,154,0
22	46001443	.	A	T	32.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=8.19;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:61:61,0,72
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22	46643023	.	A	C	114.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.599;ClippingRankSum=-0.825;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.134;QD=9.56;ReadPosRankSum=1.239	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,4:12:99:143,0,298
22	46644168	.	A	G	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=4.35;ReadPosRankSum=-1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:63:63,0,471
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22	46646609	.	T	C	51.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
22	46664431	.	C	G	249.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.627;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=17.84;ReadPosRankSum=0.627	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,8:14:99:278,0,203
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22	46688208	.	C	A	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=9.94;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:68:68,0,80
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22	46722400	.	T	C	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
22	46739182	.	A	G	149.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.061;DP=15;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.674;QD=9.98;ReadPosRankSum=-0.551	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,5:15:99:178,0,390
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22	46753461	.	T	G	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
22	46753507	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
22	46754192	.	T	C	90.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=22.69;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:32:119,0,32
22	46754365	.	A	G	37.94	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=12.65;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:14:66,0,14
22	46755298	.	C	G	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:71:78,0,71
22	46755410	.	C	T	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,239
22	46755411	.	G	A	46.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.358	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:75:75,0,239
22	46755423	.	C	T	44.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.19;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:73:73,0,73
22	46756315	.	C	T	171.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=28.63;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:28:200,0,28
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22	46786315	.	T	C	441.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.432;ClippingRankSum=-1.432;DP=27;FS=11.146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.558;QD=16.36;ReadPosRankSum=-0.024	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,14:27:99:470,0,478
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22	46787697	.	A	G	460.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=-0.307;DP=32;FS=5.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.115;QD=14.40;ReadPosRankSum=0.077	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,13:32:99:489,0,1567
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22	46791452	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
22	46794475	.	T	C	446.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=-1.822;DP=25;FS=4.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.082;QD=17.87;ReadPosRankSum=1.985	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,13:25:99:475,0,424
22	46795523	.	T	C	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
22	46900462	.	C	T	52.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
22	46929692	.	A	G	485.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=-1.434;DP=30;FS=3.333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.520;QD=16.19;ReadPosRankSum=1.642	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,14:30:99:514,0,578
22	46931077	.	G	C	256.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=-0.205;DP=24;FS=6.204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.088;QD=10.70;ReadPosRankSum=0.088	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,10:24:99:285,0,488
22	46931793	.	G	C	450.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.058;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.101;QD=18.78;ReadPosRankSum=2.260	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,13:24:99:479,0,393
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22	46938392	.	T	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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22	47158179	.	G	A	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.312;ClippingRankSum=-0.694;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.849;QD=6.60;ReadPosRankSum=0.540	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,4:13:99:114,0,339
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22	47440669	.	G	A	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
22	47544979	.	A	G	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
22	47569571	.	G	C	186.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:215,15,0
22	47569605	.	G	C	299.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.164;ClippingRankSum=-1.376;DP=16;FS=2.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.318;QD=18.74;ReadPosRankSum=0.635	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,9:16:99:328,0,246
22	47570544	.	G	A	180.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:209,15,0
22	48130713	.	G	A	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
22	48347646	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
22	48347647	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
22	50214021	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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22	50923288	.	T	C	319.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.973;ClippingRankSum=-3.512;DP=17;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.241;QD=18.81;ReadPosRankSum=1.299	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,9:17:99:348,0,729
22	50923292	.	G	C	319.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=-3.308;DP=16;FS=5.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.790;QD=19.99;ReadPosRankSum=-2.007	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,6:16:99:348,0,729
22	50923408	.	G	A	422.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:451,33,0
22	50961854	.	T	C	274.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.60	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:303,21,0
22	50962208	.	T	G	1016.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.17	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:75:1045,75,0
22	50962782	.	C	G	1052.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1081,78,0
22	50963357	.	G	C	260.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.68	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:289,21,0
22	50963540	.	G	C	349.78	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.93	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:378,27,0
22	50963965	.	C	G	657.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.54	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,18:18:54:686,54,0
22	50964153	.	T	C	264.80	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:293,21,0
22	50964255	.	C	T	993.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,26:26:78:1022,78,0
22	50966634	.	G	T	137.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:165,12,0
22	50966914	.	T	C	102.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:130,9,0
22	50967269	.	A	G	17.61	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:44,3,0
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X	221431	.	T	A	210.78	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=30.11;ReadPosRankSum=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:25:239,0,25
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X	1470075	.	A	G	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
X	1471138	.	G	T	145.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.06	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:173,12,0
X	1473286	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
X	1474549	.	G	T	127.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:155,12,0
X	1475321	.	A	G	105.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.44	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:133,9,0
X	1480243	.	A	C	39.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.358;QD=7.95;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:68:68,0,97
X	1497598	.	G	A	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=-1.495;DP=7;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=4.54;ReadPosRankSum=1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:60:60,0,182
X	1502380	.	T	C	49.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-1.026;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:67:78,0,67
X	1502582	.	C	T	38.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:67:67,0,205
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X	2407207	.	G	A	110.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.307;ClippingRankSum=-2.219;DP=9;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.729;QD=12.31;ReadPosRankSum=2.219	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,5:9:99:139,0,136
X	2408437	.	G	A	143.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.825;DP=11;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.186;QD=13.07;ReadPosRankSum=-0.825	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,5:11:99:172,0,208
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X	2536812	.	T	C	253.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.296;DP=10;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.296;QD=25.38;ReadPosRankSum=0.895	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,7:10:99:282,0,100
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X	2825403	.	A	G	383.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.895;DP=24;FS=1.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.318;QD=15.99;ReadPosRankSum=-0.664	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,12:24:99:412,0,431
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X	10203395	.	A	C	91.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:119,9,0
X	10203527	.	T	C	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=-0.727;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:33:114,0,33
X	10204267	.	T	A	175.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.61	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:204,15,0
X	10205023	.	A	G	51.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=17.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:32:80,0,32
X	10413923	.	C	T	13.95	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.508;ClippingRankSum=0.079;DP=16;FS=3.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.667;QD=0.87;ReadPosRankSum=-0.238	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,2:16:42:42,0,547
X	12809661	.	G	A	1474.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,36:36:99:1503,108,0
X	12815721	.	T	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
X	12825116	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
X	12825123	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
X	12994250	.	A	G	490.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.00	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:519,36,0
X	13056654	.	T	C	34.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-0.198;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=4.97;ReadPosRankSum=1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:63:63,0,200
X	13059779	.	A	G	109.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.368;ClippingRankSum=0.421;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.922;QD=13.72;ReadPosRankSum=-0.421	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:138,0,156
X	13060879	.	G	A	13.95	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=-0.274;DP=14;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.091;QD=1.00;ReadPosRankSum=-0.456	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,2:14:42:42,0,472
X	13062722	.	C	T	30.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.572;DP=8;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.572;QD=3.85;ReadPosRankSum=-0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:59:59,0,237
X	13158335	.	A	T	184.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:213,15,0
X	13174679	.	G	T	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
X	13352328	.	T	C	98.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
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X	20171056	.	G	T	761.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.96	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:790,57,0
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X	23719873	.	T	C	151.03	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:179,12,0
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X	77304027	.	T	C	100.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:128,9,0
X	77359322	.	G	A	54.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
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X	77381014	.	G	A	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
X	77382972	.	A	C	94.28	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
X	77383236	.	G	C	61.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:89,6,0
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X	79238852	.	G	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=0;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=0.00;MQ0=0	GT:GQ:PL	1/1:3:45,3,0
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X	111739694	.	A	G	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
X	112019194	.	C	T	12.05	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=-0.107;DP=12;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.537;QD=1.00;ReadPosRankSum=-0.107	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:40:40,0,389
X	114137394	.	G	C	49.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
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X	123034511	.	A	C	664.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.34	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,16:16:48:693,48,0
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X	123043008	.	A	G	31.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=4.54;ReadPosRankSum=0.198	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:60:60,0,237
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X	123044465	.	A	G	45.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=4;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.44;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:74:74,0,77
X	123045064	.	A	G	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:72:72,0,246
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X	123045073	.	A	G	136.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=27.35;ReadPosRankSum=-0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:75:165,0,75
X	123045381	.	A	G	67.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=-0.852;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.041;QD=2.82;ReadPosRankSum=1.501	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,4:23:96:96,0,1449
X	123045385	.	A	G	212.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.141;DP=23;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.269;QD=9.25;ReadPosRankSum=-0.493	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,7:22:99:241,0,976
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X	123046417	.	A	G	34.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=-0.050;DP=21;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.452;QD=1.66;ReadPosRankSum=0.050	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,3:21:63:63,0,710
X	123046440	.	A	G	264.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=-0.501;DP=20;FS=1.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.659;QD=13.24;ReadPosRankSum=-0.347	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,8:20:99:293,0,453
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X	123046591	.	A	G	805.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=-1.475;DP=19;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.913;QD=29.10;ReadPosRankSum=1.054	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,16:18:61:834,0,61
X	123046598	.	A	G	375.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=-1.292;DP=20;FS=7.968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.532;QD=18.79;ReadPosRankSum=-0.608	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,11:20:99:404,0,719
X	123046599	.	A	G	805.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;ClippingRankSum=-1.187;DP=20;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.369;QD=30.31;ReadPosRankSum=-1.369	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,18:19:61:834,0,61
X	123046629	.	A	G	19.81	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=-0.524;DP=24;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.175;QD=0.83;ReadPosRankSum=0.262	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,3:24:48:48,0,1265
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X	123046758	.	A	G	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=-1.768;DP=11;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.589;QD=2.62;ReadPosRankSum=0.354	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,2:11:57:57,0,443
X	123046770	.	A	G	25.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=2.041;DP=12;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.752;QD=2.15;ReadPosRankSum=0.967	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,2:12:54:54,0,474
X	123046837	.	A	G	66.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.868;ClippingRankSum=-1.401;DP=14;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.156;QD=4.77;ReadPosRankSum=2.024	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,3:14:95:95,0,742
X	123046840	.	A	G	66.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=-1.268;DP=13;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.423;QD=5.14;ReadPosRankSum=0.930	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,3:13:95:95,0,742
X	123046852	.	A	G	20.80	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=-1.086;DP=13;FS=3.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.691;QD=1.60;ReadPosRankSum=1.875	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,2:13:49:49,0,398
X	123046923	.	T	G	453.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33:482,33,0
X	123047048	.	A	G	485.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.774;ClippingRankSum=-0.296;DP=18;FS=2.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.690;QD=26.99;ReadPosRankSum=1.479	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,13:18:99:514,0,150
X	123047066	.	A	G	209.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=1.540;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.177;QD=11.65;ReadPosRankSum=-2.083	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,7:18:99:238,0,404
X	123047067	.	A	G	85.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=0.584;DP=18;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.053;QD=4.76;ReadPosRankSum=-1.752	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,4:18:99:114,0,687
X	123047107	.	A	G	26.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=-0.480;DP=10;FS=8.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;QD=2.68;ReadPosRankSum=0.480	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,2:10:55:55,0,596
X	123047112	.	A	G	160.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=-0.470;DP=10;FS=6.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.336;QD=16.08;ReadPosRankSum=1.098	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,5:10:99:189,0,226
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X	129496386	.	G	A	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
X	130555442	.	T	C	60.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:88,6,0
X	130555456	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
X	130555457	.	A	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
X	130555469	.	C	T	58.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:86,6,0
X	130825994	.	A	T	171.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:200,15,0
X	131208596	.	T	A	369.73	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=1.123;DP=29;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.714;QD=12.75;ReadPosRankSum=-1.123	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,21:25:55:512,0,55
X	131337306	.	T	C	26.78	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=0.000;DP=26;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.803;QD=1.03;ReadPosRankSum=-0.080	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,3:26:55:55,0,926
X	131339028	.	C	A	34.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.619;ClippingRankSum=2.968;DP=20;FS=28.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.087;QD=1.74;ReadPosRankSum=-3.142	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,5:20:63:63,0,466
X	131352061	.	A	G	683.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:48:712,48,0
X	131352071	.	T	G	683.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:48:712,48,0
X	131568981	.	A	G	15.65	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.65	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
X	132143914	.	T	A	56.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
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X	132434985	.	T	C	175.90	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.02	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:204,15,0
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Y	13544712	.	C	T	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
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Y	21154569	.	A	G	2646.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.32	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,61:61:99:2675,184,0
Y	21154603	.	A	C	2959.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.72	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,70:70:99:2988,211,0
Y	28759638	.	A	C	18.59	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.59	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:45,3,0
Y	28780346	.	C	G	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
Y	28780352	.	A	C	62.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:90,6,0
MT	73	.	A	G	2338.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.46	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,62:62:99:2367,186,0
MT	263	.	A	G	3128.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,72:72:99:3157,217,0
MT	461	.	C	T	747.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.90	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:776,57,0
MT	489	.	T	C	695.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.29	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,19:19:57:724,57,0
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MT	4769	.	A	G	59.74	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:87,6,0
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MT	5082	.	T	C	497.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36:526,36,0
MT	5301	.	A	G	2094.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.25	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,48:48:99:2123,144,0
MT	5460	.	G	A	1799.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=1.602;DP=53;FS=7.243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.405;QD=33.96;ReadPosRankSum=1.667	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,52:53:99:1828,123,0
MT	5513	.	G	A	199.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.621;ClippingRankSum=3.243;DP=22;FS=31.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.916;QD=9.08;ReadPosRankSum=-3.243	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,7:22:99:228,0,583
MT	5558	.	A	G	1032.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,24:24:72:1061,72,0
MT	7292	.	A	T	228.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.863;ClippingRankSum=-0.689;DP=72;FS=13.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.360;QD=3.18;ReadPosRankSum=0.673	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:61,11:72:99:257,0,2480
MT	8581	.	G	A	17.84	LowQual;my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.602;ClippingRankSum=1.141;DP=23;FS=10.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.685;QD=0.78;ReadPosRankSum=-1.324	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,3:23:46:46,0,800
MT	8701	.	A	G	695.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.341;ClippingRankSum=-0.383;DP=23;FS=2.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.894;QD=30.25;ReadPosRankSum=0.553	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,18:22:89:724,0,89
MT	9540	.	T	C	3799.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,86:86:99:3828,262,0
MT	9635	.	A	G	3615.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,82:82:99:3644,247,0
MT	10398	.	A	G	1906.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,43:43:99:1935,129,0
MT	10400	.	C	T	1906.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,43:43:99:1935,129,0
MT	10640	.	T	C	3974.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.49	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,91:91:99:4003,274,0
MT	10682	.	A	G	3253.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.117;ClippingRankSum=-0.473;DP=84;FS=4.432;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.359;QD=35.16;ReadPosRankSum=0.567	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:5,79:84:35:3282,35,0
MT	10873	.	T	C	1674.31	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.553;ClippingRankSum=0.136;DP=46;FS=2.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.097;QD=25.93;ReadPosRankSum=-0.058	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,42:46:1:1700,0,1
MT	11719	.	G	A	43.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=8.75;ReadPosRankSum=1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:72:72,0,73
MT	11771	.	C	T	659.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.210;ClippingRankSum=-1.943;DP=97;FS=8.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.340;QD=6.80;ReadPosRankSum=0.943	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:75,22:97:99:688,0,3017
MT	12138	.	G	A	45.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.552;ClippingRankSum=3.234;DP=50;FS=12.997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.002;QD=0.92;ReadPosRankSum=-2.716	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:45,5:50:74:74,0,3535
MT	12139	.	T	A	45.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.227;ClippingRankSum=3.476;DP=48;FS=12.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.135;QD=0.95;ReadPosRankSum=-3.476	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:43,5:48:74:74,0,3535
MT	12705	.	C	T	3818.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,87:87:99:3847,262,0
MT	12793	.	T	C	3730.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.91	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,85:85:99:3759,256,0
MT	13239	.	C	T	3525.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.690;ClippingRankSum=-1.732;DP=82;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.352;QD=28.48;ReadPosRankSum=1.690	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,81:82:99:3554,208,0
MT	14128	.	A	G	3284.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.50	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,75:75:99:3313,226,0
MT	14602	.	A	G	1199.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,28:28:84:1228,84,0
MT	14766	.	C	T	1689.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,40:40:99:1718,120,0
MT	14783	.	T	C	2697.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.678;ClippingRankSum=-0.162;DP=64;FS=4.082;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.541;QD=31.00;ReadPosRankSum=1.678	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,63:64:99:2726,159,0
MT	15043	.	G	A	3946.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.97	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,91:91:99:3975,274,0
MT	15092	.	G	A	606.77	PASS	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=-0.278;DP=99;FS=0.917;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.484;QD=6.13;ReadPosRankSum=1.254	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:78,21:99:99:635,0,3156
MT	15301	.	G	A	3331.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.19	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,83:83:99:3360,249,0
MT	15326	.	A	G	3534.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.83	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,81:81:99:3563,244,0
MT	15672	.	T	C	3914.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,89:89:99:3943,268,0
MT	16223	.	C	T	3001.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.70	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,59:59:99:3030,205,0
MT	16231	.	T	C	3001.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.86	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,58:58:99:3030,205,0
MT	16311	.	T	C	2795.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.18	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,65:65:99:2824,196,0
MT	16362	.	T	C	2064.77	PASS	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.92	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,50:50:99:2093,151,0
MT	16519	.	T	C	39.77	my_snp_filter	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.831;DP=63;FS=7.076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.229;QD=0.63;ReadPosRankSum=-0.925	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:57,6:63:68:68,0,2246